CN103814123A - 携带肿瘤抗原的微生物 - Google Patents

Abstract

本发明涉及解木聚糖拟杆菌（Bacteroides xylanisolvens）种的微生物，在其表面表达核心-1抗原。这些微生物尤其对于预防和治疗核心-1阳性疾病是有用的，且特征在于稳定的、同质的高核心-1表达。也提供的是包含相应核心-1阳性微生物或其部分的药物组合物。

Description

携带肿瘤抗原的微生物

【技术领域】

本发明涉及抗原呈递微生物。尤其是提供在它们的表面携带核心-1抗原的物种解木聚糖拟杆菌（Bacteroides xylanisolvens）微生物。此外，本发明提供这些微生物在医学中的用途以及含有所述微生物的产品。

【背景技术】

异常糖基化是癌细胞的典型标志。糖蛋白和糖脂上的碳水化合物肿瘤抗原因此是主动和被动免疫治疗的靶。这些高度丰富的抗原由于肿瘤细胞的复合糖基化设备的变化而从新表达或上调。多种脂质或蛋白质结合的碳水化合物肿瘤抗原已有描述，例如GM2，GD2，GD3，岩藻糖基化的GM1，Globo H，Ley和粘蛋白核心结构Tn，唾液酰-Tn和Thomson Friedenreich抗原。

Thomsen-Friedenreich抗原（TF）是在一系列报道中作为肿瘤抗原描述的已知道的碳水化合物结构。TF以2种形式（TF-α和TF-β）存在，可将其连接到蛋白质或糖脂。

核心-1是二糖Gal-β1,3-GalNAc，其在癌细胞中尤其是以α-异头构型O-配糖地连接到蛋白质的羟基氨基酸丝氨酸或苏氨酸。核心-1对应于Thomsen-Friedenreich的TF-α结构，且仅连接到肿瘤上的蛋白质。因此，术语核心-1和Thomsen-Friedenreich不必然指称同一结构。

核心-1在健康和良性-患病的组织中被其他碳水化合物组分掩蔽，但是在大部分癌及在一些非-上皮恶性肿瘤中被去掩蔽。因此，核心-1是特异性的泛癌抗原。

核心-1是重要的肿瘤抗原。核心-1在超过60%的原发性结肠癌及超过90%的自结肠癌肝转移以及在其他主要适应症包括乳腺癌、肺癌、卵巢癌、前列腺癌和其他胃肠癌诸如胃癌、及胰腺癌的大多数癌上表达。核心-1是患结肠癌的患者的独立预后标志物，随着增加核心-1表达强度而死亡率增加和中等存活减小。肝转移的发展与核心-1表达关联。患核心-1阳性原发性癌的患者在几乎60%的病例中发展肝转移，而核心-1-阴性肿瘤的肝转移风险显著地更低（少于20%）。除了介导转移到肝之外，核心-1也可在经内皮转移中起到作用。

格外地高泛癌特异性、预后关联和直接涉及肝转移致使Thomsen-Friedenreich和特别地核心-1成为癌免疫治疗的主要靶。

作为核心-1的广泛分布的结果，提供可在例如，癌的预防和治疗，尤其是疫苗接种中用作药物的具有对应于核心-1的细胞表面结构的核心-1阳性微生物是有利的。

存在提供基于Thomsen-Friedenreich的治疗方法的尝试。例如。Shigoeka等人（1999）描述了在小鼠模型中由抗-Thomsen-Friedenreich特异性单克隆抗体抑制自神经氨酸酶处理的结肠26细胞的肝转移。但是，由于产生高度特异性抗-TF抗体的困难和因为它们作为具有可比较地更低的单结合结构域的固有亲和性的IgM同种型的性质，至今还未开发出TF-特异性抗体。而且，一些抗-TF-抗原抗体不是临床有用的，因为它们造成肿瘤细胞的不期望的增殖。此外，WO2006/012626也描述了抗-TF抗原抗体的治疗性用途。TF-特异性抗体的结合已显示抑制肿瘤细胞的增殖（Jeschke等人（2006））。

此外，也有开发基于Thomsen-Friedenreich的疫苗的尝试。这些多数聚焦于抗体应答的诱导。例如。Livingston和Lloyd（2000）使用的非-天然的TF-缀合物，其中合成TF随机偶联于KLH。此缀合物提起针对合成TF但不针对天然的配体上的TF的体液免疫应答（Adluri等人（1995））。由此它们不是TF特异性的，因为它们不会识别肿瘤结构上的TF。

Springer和Desai使用由O型和MN型红细胞来源的糖蛋白组成的T/Tn疫苗进行疫苗接种，这导致改善的乳腺癌患者存活，尽管仅制造小量的IgM。但是，IgM代表欠成熟免疫应答和许多相关于针对TF-Ag的抗体的之前研究涉及IgM抗体，因此会需要更显著的高度TF特异性免疫应答、优选IgG应答。

已知少数报道描述推定对于TF阳性的微生物。例如，Springer等人（Brit J Haematol47(1981),453-460;Transfusion19(1979),233-249）报道可在鸡和人中产生多克隆抗体应答的耗氧微生物（大肠杆菌（E.coli）O86）也可识别人红细胞上的TF。Springer用唾液酸酶-处理的T红细胞使用抗-T的吸附和血细胞凝集测定，以便测定免疫应答的粗略特异性。但是，人红细胞的唾液酸酶-处理导致几个碳水化合物表位的解蔽，在它们之中但不唯独是TF和尤其是核心-1。因此，由Springer测试的反应由于交叉反应性而不显示对TF和尤其是核心-1的特异性。相应非特异性微生物作为疫苗具有仅有限的适应性，由于其非特异性，由于其不会引起特别针对TF的强免疫应答而是针对类似的TF-样结构，因此潜在地也越来越针对非-肿瘤身体组织或细胞。此外，测试显示，大肠杆菌（E.coli）O86对于核心-1表达不是阳性的，因为其未被核心-1特异性抗体结合。

WO2008/055703公开核心-1阳性微生物，尤其是，在它们的细胞表面表达核心-1抗原的物种卵形拟杆菌（Bacteroides ovatus）微生物，诸如AG6和MU1和它们作为药物的应用。通过核心-1特异性抗体与所述微生物的结合确认核心-1抗原的表达。此外，WO2008/055703公开了相应微生物在治疗中的应用。

当使用核心-1阳性微生物作为药物时，渴望核心-1阳性微生物不仅表达核心-1抗原，而且微生物显示高核心-1抗原表达，以有效地刺激核心-1特异性免疫应答。此外，渴望选择用作药物的核心-1阳性微生物具有稳定的及优选均质高核心-1抗原表达。稳定的、高核心-1抗原表达确保含有核心-1阳性微生物的产品呈现更少变异性，这对于产品质量是重要的，尤其是在药物领域。为了满足管理规定，稳定的、高核心-1抗原表达也是重要的。

因此，本发明旨在提供替代性的核心-1阳性微生物，尤其是在其细胞表面具有稳定的、高核心-1抗原表达的微生物。

【发明概述】

本发明人发现了物种解木聚糖拟杆菌（Bacteroides xylanisolvens）的核心-1阳性微生物。微生物是核心-1阳性，因此，如果核心-1特异性抗体在接触后特异性结合所述微生物，在其表面表达核心-1抗原。

解木聚糖拟杆菌（Bacteroides xylanisolvens）是拟杆菌属（Bacteroides）的新物种，其被Chassard等人首次描述（"Bacteroidesxylanisolvens sp.Nov.,a xylan-degrading bacterium isolated fromhuman faeces";International Journal of Systematic and EvolutionaryMicrobiology(2008);58,1008-1013）。其是可从人粪便分离的木聚糖-降解细菌，由此是人共生微生物。其是革兰氏阴性芽孢杆菌细菌，其一般具有低致病性。解木聚糖拟杆菌在德意志微生物和细胞培养物保藏中心（Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen）（DSMZ），

7B，38124Braunschweig（DE）被保藏为DSM18836，因此是公众可得到的。解木聚糖拟杆菌（DSM18836）不表达核心-1抗原，如由用核心-1特异性抗体的实验显示。所述核心-1特异性抗体不识别、由此不结合解木聚糖拟杆菌（DSM18836），这证明其不表达核心-1抗原，且因此不是核心-1阳性。因此，发明人非常惊讶它们能鉴定物种解木聚糖拟杆菌的核心-1阳性微生物。此外，发明人发现了物种解木聚糖拟杆菌的核心-1阳性微生物显示有利的核心-1抗原表达谱，因为核心-1抗原不仅高量表达，且表达也是非常稳定的，此外同质的。如在导言中讨论，稳定的、高核心-1抗原表达是重要优势，尤其是当将核心-1阳性微生物在药物领域使用时。例如，用具有稳定和均质、高核心-1表达的微生物生产的产品具有恒定的、高核心-1含量。因此，产生具有期望的核心-1水平的产品需要更少微生物，且这些微生物提供恒定产品质量和少缺陷产品。因此，由于关于核心-1抗原表达的特定特征，本发明的核心-1阳性微生物对于在药物领域使用是尤其适合的。这同样适用于所述微生物的核心-1阳性裂解物和/或部分。

因此，本发明的核心-1阳性微生物或其核心-1阳性裂解物或部分可用于，例如，预防和治疗与核心-1表达关联的疾病，尤其是癌，其中癌细胞诸如例如肿瘤细胞表达核心-1。当施用给患者时，本发明的核心-1阳性微生物或其核心-1阳性裂解物或部分能刺激针对核心-1的免疫应答，其然后也转向疾病的核心-1阳性细胞。由于高、稳定的核心-1抗原表达谱，诱导的和/或增强的免疫应答非常强。当使用相同的量的本发明的核心-1阳性微生物或其核心-1阳性裂解物或部分时，本发明的微生物的稳定的、高核心-1抗原表达此外无显著批间变异地提供恒定核心-1活性/表达。此也改善最终产物的质量，分别产生少缺陷产物，因为本发明的微生物具有稳定的、高核心-1抗原表达，因此提供更恒定量的核心-1抗原。由本发明的微生物提供的高、同质的量的核心-1抗原也允许减少对于引发免疫应答必需的微生物的量。

此外，本发明的微生物无致病性，由此可无导致不利的副作用的高风险地施用，尤其是当施用于人类时。此外，由于低致病性，对于本发明的微生物的制备、分布及销售无法令规定上的严重的限制，其由此可用很少努力实现。尤其是，解木聚糖拟杆菌微生物根据欧洲Directive2000/54/EC和德国“生物材料规定”（“Biostoffverordnung”）被分类为风险组1的生物学剂。风险组1是4个风险组中最低的，涉及不太可能导致人疾病的生物学剂。许多其他微生物，也包括其他拟杆菌属（Bacteroides）物种微生物被分类进更高风险组（例如卵形拟杆菌（Bacteroides ovatus）是风险组2的生物学剂）。此外，如在实施例中展示，本发明的微生物尤其对于质粒DNA物质、最重要毒力因子和多数关联细胞外酶和病原性因素是阴性的，且不附着于人结肠的上皮细胞。此外，本发明的微生物显示在小鼠中的毒理学研究中无不利效果，和在摄取达8,5*10¹¹CTC1的每天剂量经3周的人中无任何性质的不利效果。由此，本发明的微生物实现非常高安全性标准，和可无不需要的副作用的风险地被人消费。此外，本发明的微生物优选敏感于各种抗生素，由此可容易和有效消除，如果必要的话。

此外，可将本发明的微生物的稳定的和均质的核心-1表达用作产品质量的标志物。由于天然的微生物，尤其是在最终产品中不期望的微生物，通常不表达核心-1，核心-1含量可用作本发明的期望的微生物的特异性标志物。尤其是，核心-1含量可用作含有本发明的微生物的微生物培养物的同质性的标志物，和/或可用作培养物中本发明的微生物的量的标志物。而且，相比其他核心-1阳性微生物，具有稳定和均质的、高核心-1表达的本发明的微生物的产生被改善，由于在较短时间内及以更少培养步骤获得足够的量的核心-1阳性微生物。此外，不需要富集核心-1阳性微生物的产生步骤。尤其是，本发明的核心-1阳性微生物的产生可通过无需补给期或使用仅一个补给期而使用简单分批培养实施。

因此，在第1方面，本发明提供物种解木聚糖拟杆菌的核心-1阳性微生物或其核心-1阳性裂解物或部分，其中所述微生物或其裂解物或部分被至少一种核心-1特异性抗体识别。

在第2方面，本发明提供组合物，其包含根据本发明的第1方面的核心-1阳性微生物或其核心-1阳性裂解物或部分。根据一实施方式，所述组合物是细胞培养物。

在第3方面，本发明提供根据本发明的第1方面的微生物或根据本发明的第2方面的组合物用于在医学中使用。

根据第4方面，提供药物组合物，其包含根据本发明的第1方面的核心-1阳性微生物或其核心-1阳性裂解物或部分和/或根据本发明的第2方面的组合物。

根据第5方面，本发明提供生产核心-1阳性产物的方法，包括以下步骤：

（a）提供根据本发明的第1方面的核心-1阳性微生物；

（b）任选地处理所述核心-1阳性微生物以获得核心-1阳性裂解物或其部分；

（c）在核心-1阳性产物的制备中使用所述核心-1阳性微生物和/或所述核心-1阳性裂解物或其部分。

本领域技术人员根据以下说明和随附的权利要求会明晰本发明的其他目的、特征、优势和方面。但是，应明白，以下说明，随附的权利要求和特定实施例指示本申请的优选的实施方式，仅以例证方式给出。本领域技术人员会明晰公开的发明的精神和范围之内的各种变化和修饰。

【发明详述】

本发明人发现了物种解木聚糖拟杆菌的核心-1阳性微生物。因此，在第1方面，本发明针对物种解木聚糖拟杆菌的核心-1阳性微生物或其核心-1阳性裂解物或部分，其中所述微生物或其裂解物或部分被至少一种核心-1特异性抗体识别。如上所述，意外地发现存在物种解木聚糖拟杆菌微生物，其表达核心-1抗原，此外这些微生物显示有利的核心-1抗原表达谱，其中它们显示稳定的、高核心-1抗原表达，这是例如由其他拟杆菌属物种的核心-1阳性微生物、诸如例如卵形拟杆菌达不到的。

本发明的核心-1阳性微生物携带核心-1抗原。本文所用的术语“核心-1抗原”尤其是指称被核心-1-特异性抗体识别由此特异性地结合的抗原。与核心-1特异性抗体结合可通过使核心-1特异性抗体在适当的结合条件下与核心-1抗原、分别是携带核心-1抗原的微生物和/或携带核心-1抗原的裂解物或其部分接触来测试。在现有技术中知晓适合的核心-1特异性抗体（见例如.WO2008/055703）且本文也进行了描述。优选地，本发明的微生物的核心-1抗原被至少2种核心-1特异性抗体结合，其中每个所述核心-1特异性抗体识别核心-1抗原的不同表位。优选地，核心-1抗原以暴露的形式存在于本发明的微生物的表面。暴露的尤其是指核心-1抗原是自周围培养基可接近的，由此可在接触后与核心-1特异性抗体结合。暴露的核心-1抗原例如未嵌入其他结构，尤其是其他碳水化合物结构，由此未被其他结构、尤其是其他碳水化合物结构掩蔽。存在于本发明的核心-1阳性微生物的核心-1抗原与肿瘤上的蛋白质上发现的天然的核心-1不必然相同（对于天然的核心-1的描述,见以上）。对于本发明而言，仅本发明的微生物上的核心-1抗原与核心-1特异性抗体结合是决定性的，因为此确保所述核心-1抗原能模拟核心-1结构，由此能刺激核心-1特定免疫应答。优选地，本发明的微生物的核心-1抗原是碳水化合物结构或包含碳水化合物结构。根据优选的实施方式，由本发明的微生物表达的核心-1抗原包含核心-1二糖结构Gal-β1,3-GalNAc。核心-1抗原通常连接到主链结构，优选糖结构，尤其是寡糖结构或多糖结构。优选地，核心-1二糖结构Gal-β1,3-GalNAc和主链结构之间的连接是α-异头。β-异头是另一选项。优选地，其是糖苷连接。可例如在核心-1抗原的Gal-β1,3-GalNAc结构和主链结构的GalNAc分子之间建立（优选α-异头）糖苷连接。根据优选的实施方式，核心-1抗原存在于本发明的微生物的荚膜多糖的分支结构之内。

根据本发明，物种解木聚糖拟杆菌微生物尤其是指称属于拟杆菌属且优选具有以下特征之一个或更多的微生物：

（a）在DNA-DNA杂交测定中，其与保藏为DSM18836或DSM25004的解木聚糖拟杆菌显示至少30%、优选至少50%、至少70%、至少80%、至少90%、优选至少95%、更优选的至少98%或至少99%的DNA-DNA亲缘关系；

（b）其与保藏为DSM18836或DSM25004的解木聚糖拟杆菌显示至少95%、优选至少97%、至少98%、优选至少99%、更优选至少99,5%的16S rRNA基因序列相似性水平；

（c）其具有以下特征之一个或更多：

（i）作为保藏为DSM18836的解木聚糖拟杆菌，其不能降解淀粉；

（ii）其具有使用和/或代谢甘露糖醇（尤其是D-甘露糖醇）、松三糖和/或山梨糖醇（尤其是D-山梨糖醇）和/或自甘油产生酸的能力；

（iii）其表达谷氨酰谷氨酸芳基酰胺酶活性；

（iv）其不能产生吲哚；

（v）其不显示过氧化氢酶活性；和/或

（d）其具有以下特征之一个或更多：

（i）其是厌氧微生物；

（ii）其是非-孢子-形成的；

（iii）其是非-能动性的；和/或

（iv）其是革兰氏阴性的。

优选地，符合至少2或至少3、及更优选的全部以上定义的标准（a）～（d）。

术语“DNA-DNA亲缘关系”特别指称如由根据De Ley等人（1970）Eur.J.Biochem.12,133-142或Huβ等人（1983）Syst.Appl.Microbiol.4,184-192的DNA-DNA杂交/复性测定测量的2种微生物的基因组或整个DNA的百分率相似性。尤其是，DNA-DNA杂交测定优选由DSMZ（德意志微生物和细胞培养物保藏中心（Deutsche Sammlungvon Mikroorganismen und Zellkulturen）GmbH,Braunschweig,德国）鉴定服务实施。在一实施方式中，DNA-DNA杂交测定如在以下实施例1.3中所述实施。

术语“16S rRNA基因序列相似性”尤其是指称第1微生物的16S核糖体RNA（rRNA）基因的核酸序列的区域和第2微生物的16SrRNA基因的核酸序列的对应区域之间的同一核苷酸的百分率。优选地，所述区域包含至少100个连续核苷酸，更优选至少200个连续核苷酸，至少300个连续核苷酸或至少400个连续核苷酸，最优选约480个连续核苷酸。在一实施方式中，16S rRNA基因的核酸序列区侧翼分别有SEQ ID NO:20和21的序列或它们的互补序列。

本文所用的术语“核心-1表达水平”尤其是指称存在于本发明的微生物的核心-1抗原的量和尤其是指称所述微生物表面上核心-1抗原的量。核心-1抗原表达可例如通过，尤其是使用ELISA方法，例如本文在实施例2中所述的方法，结合核心-1特异性抗体（诸如例如.Nemod-TF1和/或Nemod-TF2（Glycotope GmbH,柏林）；以下描述了其他适合的核心-1特异性抗体）及测量结合的抗体的量来测定。核心-1特异性抗体结合越多，核心-1表达越高。一般而言，核心-1抗原表达水平通过使用定义的数的细胞/微生物来测定。尤其是，在彼此比较2种或更多表达水平的情况中，将近似数的细胞/微生物用于测定各表达水平，或用数学方法将表达水平调至相同的数的细胞/微生物。此外，当比较不同样品的核心-1表达水平时，将这些样品中的微生物优选培养在近似条件和尤其是同一条件下。例如，将本发明的拟杆菌属微生物诸如解木聚糖拟杆菌和尤其是微生物在厌氧条件下于37℃过夜培育于Wilkins-Chalgren（WC）培养基（Oxoid Ltd.,UK）中。

平均核心-1抗原表达水平优选通过平铺培养物样品、在温育之后挑选单集落及测定挑选的集落的核心-1抗原表达水平来测定。例如，平均核心-1抗原表达可通过随机挑选平铺的培养物的10个集落，测定各集落的核心-1表达水平（见以上）、添加获得的值并将添加的值除以10来测定。平均核心-1表达水平也可通过无需之前的平铺及单集落挑选而测量一个或更多培养物的一个或更多样品的表达水平来相应地测定。在此情况中，例如，分析包含待分析的微生物的一个培养物的几个样品或几个培养物之每个的一个样品，其中所述样品应含有大致相同的数的细胞/微生物，并例如通过使用本文所述的ELISA测定法来测定这些样品的核心-1抗原表达水平。自获得的个体值测定平均值。核心-1抗原表达水平优选通过使用ELISA测定法来测定。测定核心-1抗原表达的适合的ELISA测试在实施例2中描述。根据一实施方式，当实施在以下实施例2中描述的ELISA测定时，在ELISA测定中，使用至少一种核心-1特异性抗体，本发明的核心-1阳性微生物优选达到至少0.2、至少0.25、优选至少0.3和更优选至少0.35的平均吸光度值。具有相应高核心-1抗原表达水平的核心-1阳性微生物是有利的，因为其能诱导强免疫应答。

此外，当在相同的条件下培养时，本发明的微生物优选呈现Coreotics（DSM25004）的平均核心-1表达的至少60%、优选至少70%、更优选至少80%、至少85%、优选至少90%、最优选的至少95%的平均表面核心-1抗原表达。

如上所述，本发明的微生物尤其是特征在于稳定的核心-1抗原表达。优选地，达到以下稳定性程度。根据一实施方式，在本发明的微生物的培养物中，至少30%、优选至少50%、至少70%、至少80%、至少85%、优选至少90%和更优选至少95%的本发明的微生物具有所述细胞培养物中全部本发明的微生物的平均核心-1表达水平的至少50%、优选至少60%、至少70%、更优选至少75%和最优选至少80%的核心-1抗原表达水平。优选地，培养物中至少95%的本发明的微生物具有培养物中全部本发明的微生物的平均核心-1表达水平的至少75%、优选至少80%的核心-1表达水平。本质上，培养物中仅少数微生物不显示显著核心-1抗原表达。根据一实施方式，培养物中至少30%、优选至少50%、至少70%、至少80%、至少85%、优选至少90%和更优选的至少95%的本发明的微生物具有保藏为DSM25004的Coreotics的平均核心-1表达水平的至少50%、优选至少60%、至少70%、至少75%、更优选至少80%的核心-1抗原表达水平。优选地，培养物中至少95%的本发明的微生物具有保藏为DSM25004的Coreotics的平均核心-1表达水平的至少75%、优选至少80%的核心-1表达水平。核心-1表达水平，分别地培养物中微生物的核心-1表达的稳定性可（例如）通过平铺培养物的样品、在温育之后挑选单集落、并测定挑选的集落的核心-1表达水平来测定。尤其是，如果例如培养物的至少90%的微生物应具有特定表达水平，则上述分析的10个集落中的至少9个应具有特定的表达水平。不同克隆或培养物的核心-1表达水平优选在近似条件下、更优选在同一条件下测定。尤其是，不同克隆或培养物优选在例如上述近似或同一条件下培养。

此外，本发明的微生物也由核心-1抗原的均质表达表征。优选地，达到以下同质性程度。在细胞培养中，优选，所述细胞培养物中至少30%、优选至少50%、至少70%、至少80%、至少85%、优选至少90%和更优选至少95%的本发明的微生物具有在所述细胞培养物中全部本发明的微生物的平均核心-1抗原表达水平的60%～150%、70%～140%、优选70%～130%、75%～125%、80%～120%、或85%～115%、及最优选90%～110%范围内的核心-1抗原表达水平。尤其是，所述细胞培养物中至少95%的本发明的微生物具有在培养物中全部本发明的微生物的平均核心-1表达水平的75%～125%、优选80%～125%范围内的核心-1表达水平。本质上，培养物中仅少数微生物显示自培养物中平均核心-1表达大大改变的核心-1抗原表达。根据一实施方式，所述培养物中至少30%、优选至少50%、至少70%、至少80%、至少85%、优选至少90%和更优选至少95%的本发明的微生物具有在保藏为DSM25004的Coreotics的平均核心-1抗原表达的60%～150%、70%～140%、优选70%～130%、75%～125%、80%～120%、或85%～115%、及最优选90%～110%范围内的核心-1抗原表达水平。优选地，所述细胞培养物中至少95%的本发明的微生物具有在保藏为DSM25004的Coreotics的平均核心-1表达水平的75%～125%、优选80%～125%范围内的核心-1表达水平。关于稳定的核心-1抗原表达，优选如上述测定同质性。

优选如上述测定核心-1抗原表达水平。

根据一实施方式，本发明的微生物的核心-1抗原包含选自下列的至少一种碳水化合物结构：图4的结构#1、#2、#3、#4和#5，其类似结构，和/或其重复单元。所述类似结构包含核心-1碳水化合物结构Galβ1,3-GalNAc和优选由图4的结构#1、#2、#3、#4和#5的单糖单元的相同的数和尤其是相同的类型和/或定位组成。但是，类似结构可尤其是在单糖单元的连接（α-异头或β-异头连接,附着位置）和修饰（甲基化,乙酰化）上不同于图4的结构#1、#2、#3、#4和#5。除了Galβ1,3-GalNAc二糖经α或β连接附着于余下糖结构的第3或4位的单糖单元和/或一个或更多岩藻糖单元可被甲基化（如在图4中显示，不必然是第3岩藻糖单元）之外，这些类似结构尤其是包括与图4的那些相同的结构。优选地，图4的结构的类似结构具有以下式：

L-Fucα1→(3/4)-L-Fucα1→(3/4)-L-Fucα1→(3/4)-(D-Galβ1→3-D-GalNAc(α/β)1→(3/4))-D-HexNAcβ1→(3/4)-D-Hex

其中己糖单元（Hex和HexNAc）优选是半乳糖单元（分别Gal和GalNAc），且其中一个或更多岩藻糖单元可被甲基化。

根据一实施方式，所述核心-1抗原包含核心-1碳水化合物结构Galβ1,3-GalNAc，其优选以α-异头构型结合于主链结构，优选碳水化合物结构。但是，结构Galβ1,3-GalNAc可替代性地以β-异头构型结合于主链结构。优选地，核心-1碳水化合物结构Galβ1,3-GalNAc在寡-或多糖的重复单元之内作为分支组分存在。本发明的微生物上核心-1抗原的此暴露的呈现对诱导的免疫应答具有有利效果。

随着本发明的微生物在其细胞表面表达核心-1抗原，如果所述核心-1特异性抗体与核心-1阳性微生物在适当的结合条件下接触，其由此被至少一种核心-1特异性抗体识别及因此结合。结合可例如通过使用ELISA测试来测试。适合的结合条件例如在实施例2中描述。

核心-1特异性抗体描述及定义于WO2008/055703和WO2004/050707，通过引用在本文合并。核心-1特异性抗体尤其是特异性结合核心-1，其尤其是以α-异头构型O-配糖地连接于癌细胞中的蛋白的羟基氨基酸丝氨酸或苏氨酸的二糖Gal-β1,3-GalNAc。术语核心-1特异性抗体尤其是指称识别仅核心-1，或，次优选，识别核心-1和核心-2（Galβ1-3(GlcNAcbeta1-6)GalNAcalpha）的抗体。核心-1特异性抗体优选与所述碳水化合物结构的其他衍生物和异头物不呈现任何交叉反应性（诸如在WO2004/050707的实施例7中在该文描述的结合条件下给出的）。本文所用的核心-1特异性抗体尤其是特异性结合于GaIβ1-3GaINAcα1-聚丙烯酰胺（TFα-PAA,TFa-PAA,TFα-PAA,Core-1-PAA），但不结合于任何列No.1的物质：

列No.1

●GIcNAcβ1-2Galβ1-3GalNAcα-PAA（GlcNAcβ1-2'TF）

●Fucα1-2Galβ1-3GalNAcα-PAA（H3型）

●GalNAcα1-3Galβ-PAA（A_di）

●Galα1-3-GalNAcβ-PAA（T_αβ）

其可例如自Lectinity控股，Inc获得。或者，全部结构可由本领域技术人员产生，其也可根据碳水化合物结构和必需中间体的合成选择另一适合的缀合用聚丙烯酰胺或另一适合的载体分子以及适合的偶联用缀合方法。

优选地，所述核心-1特异性抗体具有一个或更多以下特征：

（a）其结合于无唾液酸血型糖蛋白（携带核心-1），但不结合于血型糖蛋白（不携带核心-1），且此结合优选是高碘酸盐敏感的；

（b）其结合于TFα-PAA，且少或不结合于TFβ-PAA（Galβ1-3GalNAcbeta1-聚丙烯酰胺）且其结合于无唾液酸血型糖蛋白及不结合于血型糖蛋白，且此结合优选是高碘酸盐敏感的；

（c）其结合于TFα-PAA，且少或不结合于TFβ-PAA，且其结合于无唾液酸血型糖蛋白，且不结合于血型糖蛋白，且其结合于NM-D4［DSM ACC2605］，NM-F9［DSM ACC2606］中的至少一种人肿瘤细胞系，且其中结合优选是高碘酸盐敏感的；和/或

（d）其具有一个或更多结合特征（a）～（c），但其不结合于与PAA偶联的三糖核心-2，诸如例如NEMOD-TF1。

优选地，符合至少2个、更优选至少3个、最优选全部以上定义的标准（a）～（d）。

所述核心-1特异性抗体可为来自任何动物或人的全抗体，诸如鼠，大鼠，人，骆驼，不同抗体类诸如但不限于IgM，IgG，IgG1，lgG2，lgG3，lgG4，IgA，IgE，IgD的人源化的或嵌合抗体，或任何抗体片段，只要其包含针对核心-1的结合特异性，诸如Fab，F(ab)2，单链Fv，或单结构域抗体。那些抗体也可含有至少一个另外的氨基酸或突变或多肽序列，诸如标签，接头或多聚化结构域和它们也可来源于动物之外的其他来源，如植物和诸如自合成抗体库使用例如噬菌体展示或核糖体展示或由重组构建选择。术语“抗体”也包括抗体，诸如重链抗体，即仅由一个或更多、尤其是2个重链组成的抗体，及纳米抗体，即仅由单个单体可变结构域组成的抗体，以及抗体的片段或衍生物。

“特异性结合”优选是指相比结合另一靶，抗体更强结合于特异性的靶诸如表位（在本文：核心-1）。如果制剂以小于第2靶的解离常数的解离常数（K_d）结合第1靶，则该制剂相比第2靶更强结合于第1靶。优选地，制剂特异性结合的靶的解离常数比所述制剂不特异性结合的靶的解离常数低大于2倍、优选大于5倍、更优选大于10倍、甚至更优选大于20倍、50倍、100倍、200倍、500倍或1000倍。优选地，靶（在本文是核心-1）的解离常数在μM或nM范围内。在优选的实施方式中，抗体结合其特异性靶（在本文是核心-1）的解离常数是10μM或更小，优选5μM或更小，2μM或更小，或1μM或更小，更优选500nM或更小，200nM或更小，100nM或更小，50nM或更小，或20nM或更小，及最优选10nM或更小。解离常数优选在标准条件，例如于20℃或室温和生理学缓冲剂条件，例如在含有150mM NaCl和10mM Tris/HCl pH7的盐水或水溶液中测定。

适合的核心-1结合抗体描述于例如WO2004/050707和WO2008/055703。实例是HB-T1（IgM）［可自DakoCytomation GmbH,Hamburg获得;Giuffre G,Vitarelli E,Tuccari G,Ponz de Leon M,Barresi G:Detection of Tn,sialosyl-Tn and T antigens in hereditarynonpolyposis colorectal cancer.Virchows Arch429:345-352(1996)］，HH8（IgM）［Clausen H,Stroud M,Parker J,Springer G,HakomoriS:Monoclonal antibodies directed to the blood group A associatedstructure,galactosyl-A:specificity and relation to theThomsen-Friedenreich antigen.MoI Immunol25:199-204(1988)］，Nemod-TF1［Glycotope GmbH,Berlin;Goletz S,Cao Y,Danielczyk A,Ravn P,Schoeber U,Karsten U.Thomsen-Friedenreich antigen:the"hidden"tumor antigen.Adv Exp Med Biol.2003;535:147-62］及Nemod-TF2［Glycotope GmbH,Berlin;Goletz S,Cao Y,Danielczyk A,Ravn P,Schoeber U,Karsten U:Thomsen-Friedenreich antigen:the"hidden"tumor antigen.Adv Exp Med Biol.2003;535:147-62］。

特别适合于测定微生物是核心-1阳性和/或适合于测定核心-1抗原表达水平的是使用抗体mIgM-Karo2、mIgM-Karo4、cIgG-Karo4和/或cIgM-Karo4，其公开于WO2004/050707的第16～18页的序列表，通过引用在本文合并，或使用具有对应结合特异性和亲和性的抗体。

根据一实施方式，本发明的核心-1阳性微生物或其核心-1阳性裂解物或部分与包含以下组的互补决定区(CDR)之一的核心-1特异性抗体结合：

组1：

重链CDR：SEQ ID NO:1（CDR-H1）；SEQ ID NO:2（CDR-H2）；SEQ ID NO:3（CDR-H3）；以及

轻链CDR：SEQ ID NO:4（CDR-L1）；SEQ ID NO:5（CDR-L2）；SEQ ID NO:6（CDR-L3）

组2：

重链CDR：SEQ ID NO:7（CDR-H1）；SEQ ID NO:8（CDR-H2）；SEQ ID NO:9（CDR-H3）；以及

轻链CDR：SEQ ID NO:10（CDR-L1）；SEQ ID NO:11（CDR-L2）；SEQ ID NO:12（CDR-L3）

以上定义的具有组1的CDR的抗体优选包含：包含根据SEQ IDNO:13的氨基酸序列的重链和/或包含根据SEQ ID NO:16的氨基酸序列的轻链，或包含根据SEQ ID NO:14或15的氨基酸序列的重链和/或包含根据SEQ ID NO:17的氨基酸序列的轻链。以上定义的具有组2的CDR的抗体优选包含：包含根据SEQ ID NO:18的氨基酸序列的重链和/或包含根据SEQ ID NO:19的氨基酸序列的轻链。

可商购的、特别适合的核心-1特异性抗体是例如Nemod-TF1和Nemod-TF2（可获自Glycotope GmbH,柏林）。这些抗体高度特异于核心-1。

但是，包含CDR组1的抗体和包含CDR组2的抗体均特异于核心-1，这些抗体从2个不同角度结合核心-1，由此结合不同表位。类似地，Nemod-TF1和Nemod-TF2也均特异性结合核心-1碳水化合物结构，但结合不同表位。本发明的核心-1阳性微生物或其核心-1阳性裂解物或部分与至少2种识别核心-1碳水化合物结构上不同表位的不同核心-1特异性抗体的结合确保核心-1抗原以暴露的、可接近的形式存在于细胞表面。由此，根据一实施方式，本发明的核心-1阳性微生物或其核心-1阳性裂解物或部分与以上定义的具有组1的CDR的抗体以及以上定义的具有组2的CDR的抗体结合和/或本发明的核心-1阳性微生物或其核心-1阳性裂解物或部分与Nemod-TF1和Nemod-TF2结合。

根据一实施方式，本发明的微生物不被结合TFβ的抗体A68-B/A11（Glycotope,柏林）结合。

根据一实施方式，至少一种核心-1特异性抗体与本发明的核心-1阳性微生物或其核心-1阳性裂解物或部分的结合是高碘酸盐敏感的，其中在高碘酸盐处理之后，核心-1特异性抗体的结合减少或甚至缺乏。高碘酸盐处理导致表面碳水化合物部分的部分降解。由此，用以暴露的由此非-隐藏的（分别非-掩蔽的）形式携带核心-1抗原的核心-1阳性微生物，高碘酸盐处理毁坏存在于细胞表面的核心-1抗原的结构，这导致核心-1特异性抗体可在高碘酸盐处理之后不再结合，因为核心-1抗原不再存在，分别完整。另一方面，不携带核心-1抗原，尤其是核心-1碳水化合物抗原，但仅携带核心-1-样碳水化合物抗原，其中核心-1抗原例如还被糖单元掩蔽，因此，无之前处理而不与核心-1特异性抗体结合的微生物，可在高碘酸盐处理之后揭示核心-1抗原。至少一种核心-1特异性抗体与本发明的微生物的结合优选是高碘酸盐敏感的，即用高碘酸盐处理导致核心-1特异性抗体不再结合高碘酸盐处理的微生物或在高碘酸盐处理之后显示至少减少的结合。根据一实施方式，本发明的微生物的裂解物或部分具有相同的特征。

本发明的高碘酸盐处理尤其是指待处理的物质暴露于以对于糖单元的至少部分氧化有效的浓度含有高碘酸盐的溶液。例如，高碘酸盐处理可通过将待处理的物质在50mM乙酸钠缓冲剂溶液中温育5min，之后在10mM高碘酸钠溶液中温育1h来实现。在用50mM乙酸钠缓冲剂溶液再次洗涤之后，通过在50mM硼氢化钠溶液中避光温育30min来停止高碘酸盐的作用。

此外，本发明的微生物的表面上的核心-1抗原或其裂解物或部分优选是自周围培养基可接近的，尤其是对于周围培养基中的核心-1特异性抗体可接近的，由此暴露于细胞表面。

本发明的微生物尤其是优选不存在于其天然的环境中的分离的微生物。尤其是，微生物不存在于人体内，优选其不存在于人或动物体内。根据一实施方式，本发明的微生物已从包含不是核心-1阳性和/或不属于物种解木聚糖拟杆菌的微生物的组合物分离。根据一实施方式，本发明的微生物存在于或得自包含至少70%、至少80%、至少90%、优选至少95%、97%、99%、最优选约100%的本发明的微生物的培养物。

本文所用的术语“微生物”可指称仅一个单细胞生物以及多个单细胞生物。例如，术语“物种解木聚糖拟杆菌微生物”可指称物种解木聚糖拟杆菌的一个单解木聚糖拟杆菌细菌细胞以及物种解木聚糖拟杆菌的多个细菌细胞。术语“物种解木聚糖拟杆菌微生物”和“解木聚糖拟杆菌微生物”在本文作为同义词使用。优选地，术语“微生物”指称多个细菌细胞。尤其是，所述术语指称至少10³个细菌细胞，优选至少10⁴个细菌细胞，至少10⁵个或至少10⁶个细菌细胞。

本发明的解木聚糖拟杆菌微生物优选能产生短链脂肪酸（SCFA）。作为微生物碳水化合物发酵的终产物产生的短链脂肪酸（SCFA）可具有健康促进性质。作为一例，丙酸被报道具有潜在降低胆甾醇效应和抗-脂质生成效应。其可还刺激饱感，并随乙酸和丁酸提供抗-致癌效应。在优选的实施方式中，本发明的微生物能产生一种或更多选自下列的SCFA：丙酸、乙酸、琥珀酸、甲酸和乳酸。优选地，其能产生丙酸和/或乙酸。在优选的实施方式中，这些SCFA也存在于含有本发明的微生物或其裂解物或部分的本发明的组合物中。在本发明的微生物待以有活力的形式施用于患者的特定实施方式中，所述微生物仍能在施用之后在患者的体内产生所述SCFA。

在优选的实施方式中，本发明的解木聚糖拟杆菌微生物能在摄入之后，在尤其是经过人的胃的条件，及优选也尤其是经过人的至少一部分肠的条件存活。尤其是，在人的胃中的条件存活指称包含微生物的组合物中的至少50%、优选至少60%、至少70%、至少80%或至少85%的本发明的解木聚糖拟杆菌微生物在胃液中存活至少180min。此外，在人的肠中的条件存活指称包含微生物的组合物中的至少50%、优选至少60%、至少70%、至少80%、至少85%、至少90%或至少95%的本发明的解木聚糖拟杆菌微生物在肠液中存活至少240min。在优选的实施方式中，本发明的微生物在所述处理之后在它们的表面仍包含至少一种核心-1抗原。更优选地，它们仍在它们的表面包含一定量的核心-1抗原，其为处理开始时它们的表面上的核心-1抗原量的至少50%、优选至少60%、至少70%、至少80%、至少90%或至少95%。此外，本发明的微生物能在它们的表面表达核心-1，尤其是如本文所述，在上述处理之后。由此，本发明的微生物的核心-1表达未受人消化道中的条件的影响，且所述微生物仍在它们的表面包含高和稳定的核心-1抗原密度，且如果以有活力的形式使用，仍能在口服施用之后表达核心-1。因此，本发明的微生物尤其对于以口腔制剂作为治疗剂使用有利。

在优选的实施方式中，本发明的解木聚糖拟杆菌微生物具有以下安全性特征中的一个或更多：

（i）其敏感于抗生素甲硝唑、美罗培南和/或克林霉素；

（ii）其不含有质粒RP4（DSM3876）和/或质粒pSC101（DSM6202）；

（iii）其不含有β-内酰胺酶基因cfiA和/或cfxA；

（iv）其不含有脆弱拟杆菌（Bacteroides fragilis）的毒力因子多糖A和/或脆弱拟杆菌的肠毒素Bft和/或由基因ompW编码的“TonB-连接的外膜蛋白”；

（v）其不显示任何细胞外DNA酶活性、细胞外软骨素酶活性、细胞外透明质酸酶活性和/或细胞外神经氨酸酶活性；和/或

（vi）其不附着于人结肠的上皮细胞。

在优选的实施方式中，本发明的解木聚糖拟杆菌微生物是：

（a）Coreotics，根据布达佩斯条约的要求，其于2011年7月12日由Glycotope GmbH以保藏号DSM25004保藏在德意志微生物和细胞培养物保藏中心（Deutsche Sammlung von Mikroorganismen undZellkulturen）（DSMZ），

7B，38124Braunschweig（DE）,Robert-

-Str.10,13125柏林（DE），（DSM25004），

（b）源于Coreotics的微生物，或

（c）Coreotics同源物。

Coreotics（DSM25004）属于物种解木聚糖拟杆菌。优选地，Coreotics是严格厌氧、非-孢子-形成、非-能动性和革兰氏阴性的0.4～0.5μm宽度和通常1～2μm长度的杆-形细菌，其尤其是在Wilkins-Chalgren琼脂上生长18h之后长出具有环状、乳头状、隆起的及凸表面的直径2～3mm的集落。Coreotics在其细胞表面呈现高度稳定的、均质、强核心-1表达。如在实施例2中显示，对Coreotics的10个不同集落测定核心-1抗原表达值，显示ELISA测定中的OD值（见实施例2），在它们的核心-1抗原表达上变化少。由此，当例如在药物组合物中使用Coreotics时，提供恒定、同质和高量的核心-1抗原。此表达谱是独特的，且也显示Coreotics具有超过其他核心-1抗原表达微生物诸如例如卵形拟杆菌（Bacteroides ovatus）AG6DSM18726（公开于WO2008/055703）的显著的优势，所述其他核心-1抗原表达微生物相比Coreotics在它们的核心-1表达上显示例如更高变异性。也涵盖Coreotics的核心-1阳性裂解物和部分。

源于Coreotics和/或Coreotics同源物的微生物优选具有以下特征之一个或更多：

（a）其属于以上定义的解木聚糖拟杆菌物种；

（b）在DNA-DNA杂交测定中，其与保藏为DSM25004的Coreotics和/或保藏为DSM18836的解木聚糖拟杆菌显示至少30%、优选至少50%、至少70%、至少80%、至少90%、或至少95%、更优选的至少98%或至少99%的DNA-DNA亲缘关系；

（c）其与保藏为DSM25004的Coreotics和/或保藏为DSM18836的解木聚糖拟杆菌显示至少95%、优选至少97%、至少98%、或至少99%、更优选至少99,5%、及最优选约100%的16S rRNA基因序列相似性水平；

（d）其显示具有1个、2个、优选3个、更优选4个、最优选全部以下特征的核心-1抗原表达：

（i）其具有保藏为DSM25004的Coreotics的平均核心-1表达的至少50%、优选至少60%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、或至少90%、更优选至少95%的平均核心-1抗原表达；

（ii）其在实施例2中描述的ELISA测定中达到至少0.25、优选至少0.3和更优选至少0.35的平均吸光度值；

（iii）其在细胞表面表达选自下列的至少一种碳水化合物结构：图4的结构#1、#2、#3、#4和#5，其类似结构，和/或其重复单元；

（iv）在细胞培养物中，至少50%、优选至少60%、至少70%、至少80%、至少90%、或至少95%、更优选的约100%的所述微生物具有保藏为DSM25004的Coreotics的平均核心-1抗原表达的至少75%、优选至少80%的核心-1抗原表达水平；和/或

（v）在细胞培养物中，至少50%、优选至少60%、至少70%、至少80%、至少90%、或至少95%、更优选的约100%的所述微生物具有在保藏为DSM25004的Coreotics的平均核心-1抗原表达的70%～150%、75%～125%、优选80%～115%、最优选90%～110%范围内的核心-1抗原表达水平；

（e）其具有以上公开的安全性特征中的一个或更多；

（f）其在人的胃和/或肠中的条件生存，且尤其是能在所述条件存活之后表达核心-1；和/或

（g）其能产生短链脂肪酸，尤其是丙酸。

优选地，符合至少2个、更优选至少3个、至少4个、至少5个或至少6个、且最优选全部以上定义的标准（a）～（f）。

在第2方面，本发明提供组合物，其包含根据本发明的第1方面的核心-1阳性微生物或其核心-1阳性裂解物或部分。所包含的本发明的核心-1阳性微生物可相同或不同。关于根据本发明的第1方面的物种解木聚糖拟杆菌（Bacteroides xylanisolvens）的核心-1阳性微生物的特征，参照以上公开。关于核心-1阳性裂解物、部分和/或其片段也同样适用。

优选地，在组合物中80%或更多、更优选85%或更多、90%或更多、95%或更多、98%或更多或99%或更多、及最优选约100%的微生物是根据本发明的第1方面的物种解木聚糖拟杆菌的核心-1阳性微生物。

在优选的实施方式中，在本发明的组合物中的核心-1阳性微生物特征在于稳定的核心-1抗原表达。优选地，获得以下稳定性程度。根据一实施方式，在组合物中至少30%、优选至少50%、至少70%、至少80%、至少85%、优选至少90%和更优选至少95%的核心-1阳性微生物具有所述组合物中全部核心-1阳性微生物的平均核心-1表达水平的至少50%、优选至少60%、至少70%、更优选的至少75%、至少80%的核心-1抗原表达水平。优选地，在组合物中至少95%的核心-1阳性微生物具有在组合物中全部核心-1阳性微生物的平均核心-1表达水平的至少75%的核心-1表达水平。根据一实施方式，至少30%、优选至少50%、至少70%、至少80%、至少85%、优选至少90%和更优选的至少95%的核心-1阳性微生物在组合物中具有保藏为DSM25004的Coreotics的平均核心-1表达水平的至少50%、优选至少60%、至少70%、至少75%、至少80%的核心-1抗原表达水平。优选地，在组合物中至少95%的核心-1阳性微生物具有保藏为DSM25004的Coreotics的平均核心-1表达水平的至少75%的核心-1表达水平。优选地，所述核心-1阳性微生物属于物种解木聚糖拟杆菌。

根据优选的实施方式，在本发明的组合物中核心-1阳性微生物特征在于核心-1抗原的均质表达。优选地，达到以下同质性程度。优选地，在组合物中至少30%、优选至少50%、至少70%、至少80%、至少85%、优选至少90%和更优选至少95%的核心-1阳性微生物具有在组合物中全部核心-1阳性微生物的平均核心-1抗原表达的60%～150%、70%～140%、优选70%～130%、75%～125%、80%～120%、或85%～115%、及最优选90%～110%范围内的核心-1抗原表达水平。尤其是，在组合物中至少95%的核心-1阳性微生物具有在组合物中全部核心-1阳性微生物的平均核心-1表达水平的75%～125%范围内的核心-1表达水平。根据一实施方式，在组合物中至少30%、优选至少50%、至少70%、至少80%、至少85%、优选至少90%和更优选至少95%的核心-1阳性微生物具有在保藏为DSM25004的Coreotics的平均核心-1抗原表达的60%～150%、70%～140%、优选70%～130%、75%～125%、80%～120%、或85%～115%、及最优选90%～110%范围内的核心-1抗原表达水平。尤其是，在组合物中至少95%的本发明的核心-1阳性微生物具有在保藏为DSM25004的Coreotics的平均核心-1表达水平的75%～125%范围内的核心-1表达水平。优选地，所述核心-1阳性微生物属于物种解木聚糖拟杆菌。

以上描述了测定核心-1抗原表达水平以及稳定性和同质性的手段。

根据一实施方式，根据第2方面的组合物是细胞培养物。以上结合本发明的第1方面描述了包含本发明的核心-1阳性微生物的细胞培养物的优选的值。

根据一实施方式，微生物在组合物中以有活力的、非-增殖的、非-有活力的或裂解的形式存在。根据一实施方式，仅所述微生物的核心-1阳性部分用于所述根据本发明的第2方面的组合物。

优选地，组合物包含至少10³个本发明的微生物，更优选至少10⁴个，至少10⁵个或至少10⁶个本发明的微生物；或此量的本发明的微生物的核心-1阳性裂解物或部分。

在第3方面，本发明提供根据本发明的第1方面的核心-1阳性微生物或其核心-1阳性裂解物或部分或者根据本发明的第2方面的组合物用于在医学中使用。本发明的核心-1阳性微生物、裂解物或其部分和/或组合物优选用于诱导和/或增强针对核心-1的免疫应答。诱导的或增强的免疫应答可为体液和/或细胞免疫应答和尤其是涉及针对核心-1的抗体滴度的诱导。由此，可治疗和/或预防核心-1阳性肿瘤、癌、胃肠病症和/或核心-1阳性疾病。诱导的和/或增强的核心-1特异性免疫应答发挥抵御例如核心-1阳性癌细胞的屏蔽的功能，尤其是用于核心-1阳性肿瘤或转移的预防、减小或扩展。根据本发明的第1方面的核心-1阳性微生物或其核心-1阳性裂解物或部分或根据本发明的第2方面的组合物也可用作针对癌的疫苗。核心-1阳性微生物的适合的其他治疗性用途也描述于WO2008/055703，通过引用在本文合并。

尤其是，根据本发明的第1方面的核心-1阳性微生物或其核心-1阳性裂解物或部分或根据本发明的第2方面的组合物可施用于患癌或处于发展癌的风险的患者。根据一实施方式，本发明的核心-1阳性微生物在其表面表达核心-1抗原、或其核心-1阳性裂解物或部分能在患者中引发针对核心-1抗原的特异性免疫应答。免疫应答可为体液和/或细胞免疫应答，且优选包括细胞免疫应答，尤其是适应性免疫系统的应答，优选包括免疫系统的记忆细胞的形成。

癌优选是包含在它们的表面携带核心-1碳水化合物抗原的肿瘤细胞的癌（核心-1阳性癌）。优选地，癌是结肠癌或结肠癌的转移。

本文所用的术语“患者”尤其是指称人，非人灵长类动物或别的动物，尤其是哺乳动物诸如牛、马、猪、绵羊、山羊、狗、猫或啮齿动物诸如小鼠和大鼠。优选地，患者是人。

术语“癌”根据本发明尤其是包含白血病、精原细胞瘤、黑色素瘤、畸胎瘤、淋巴瘤、成神经细胞瘤、神经胶质瘤、直肠癌、子宫内膜癌、肾癌、肾上腺癌、甲状腺癌、血癌、皮肤癌、脑癌、子宫颈癌、肠癌、肝癌、结肠癌、胃癌、肠癌、头颈癌、胃肠癌、淋巴结癌、食管癌、结直肠癌、胰腺癌、耳、鼻和喉（ENT）癌、乳腺癌、前列腺癌、子宫癌、卵巢癌和肺癌以及其转移。其例是结肠癌、结直肠癌和上述癌类型或肿瘤的转移。本发明的术语癌也包含癌转移。术语“肿瘤”尤其是指由错调节的细胞增殖形成的一组细胞或组织。肿瘤可显示结构组织和与正常组织的功能协调的部分或完全缺乏，及通常形成可为良性或恶性的组织的离生团块。术语“转移”尤其是指癌细胞自其原位点扩展到身体的另一部分。转移的形成是非常复杂的过程和正常涉及癌细胞自原发性肿瘤脱离，进入身体循环及在身体别处的正常组织内定居生长。当肿瘤细胞转移时，新肿瘤被称为继发性或转移性肿瘤，且其细胞正常模拟原肿瘤中的那些。这是指，例如，如果乳腺癌转移到肺，继发性肿瘤由异常乳腺细胞组成，而非由异常肺细胞组成。肺中的肿瘤然后被称为转移性乳腺癌，而非肺癌。

根据本发明术语“核心-1阳性疾病”尤其是指相关于特征在于核心-1肿瘤抗原的发生的真核生物细胞、肿瘤细胞￠癌或其他生物材料的任何疾病（见以上）。

本发明也在第4方面提供药物组合物，其包含

（i）根据本发明的第1方面的核心-1阳性微生物或其核心-1阳性裂解物或部分（以上描述了根据本发明的核心-1阳性微生物的细节，参照以上公开）

和/或

（ii）根据本发明的第2方面的组合物（以上描述了相应组合物的细节;参照以上公开）。

术语“药物组合物”特别指称适宜于施用于人或动物的组合物，即，含有药学可接受的组分的组合物。优选地，药物组合物作为活性化合物包含根据第1方面的核心-1阳性微生物或其核心-1阳性裂解物或部分和/或与载体，稀释剂或药学赋形剂诸如缓冲剂，防腐剂和张度修饰物一起包含根据第2方面的组合物。以上描述了适合的药物使用；参照以上公开。药物组合物可经口施用，但也可由任何其他适合的施用途径施用。

本发明的药物组合物优选包含对于患者导致约10⁴～约10¹³个微生物的每天剂量的量或浓度的核心-1阳性微生物。优选地，每天剂量不超过2.8*10¹²个微生物，优选2.3*10¹²个微生物，和/或至少是10⁷个微生物，优选至少10⁹个微生物。尤其是，每天剂量在约10¹⁰～约10¹²个微生物范围内。药物组合物优选处于单个单元剂量形式，各包含上述核心-1阳性微生物的每天剂量。对于包含核心-1阳性微生物的核心-1阳性裂解物或部分的药物组合物，在组合物中核心-1阳性裂解物或部分的量或浓度等同于在上述组合物中核心-1阳性微生物的量或浓度。尤其是，在组合物中核心-1阳性裂解物或部分从上述核心-1阳性微生物的量或浓度得到。

本发明的核心-1阳性微生物和在本发明的组合物中的核心-1阳性微生物可以有活力的、非-增殖、非-有活力的或裂解的形式使用。在特定实施方式中，核心-1阳性微生物以有活力的形式使用。尤其是，当以有活力的形式使用时，微生物仍能在患者身体中产生短链脂肪酸诸如丙酸，由此提供进一步上述健康益处。优选地，微生物以非-病原性形式、非-增殖、非-有活力的或裂解的形式使用。此外，也可使用所述微生物的核心-1阳性部分。根据本发明，微生物的核心-1阳性裂解物或部分包含至少一种核心-1抗原，其优选是上述核心-1特异性抗体可接近的和/或是如上述高碘酸盐敏感的。

本发明的核心-1阳性微生物和药物组合物的一个特定优势是它们在人或动物身体中诱导针对核心-1的抗体滴度的能力。此抗-核心-1抗体滴度尤其是提供针对核心-1阳性疾病，尤其是包含核心-1阳性肿瘤或癌细胞的癌的一般性保护。由此，在优选的实施方式中，本发明的核心-1阳性微生物或其核心-1阳性裂解物或片段或部分或本发明的药物组合物当施用时能在人或动物身体中诱导针对核心-1抗原的抗体滴度。诱导的抗体滴度优选至少可由常见的检测方法检测，和优选足以减小获取核心-1阳性疾病，尤其是包含核心-1阳性肿瘤或癌细胞的癌的风险。

根据第5方面，本发明提供生产核心-1阳性产品的方法，其包括以下步骤：

（a）提供根据本发明的第1方面的核心-1阳性微生物；

（b）任选地处理所述核心-1阳性微生物以获得核心-1阳性裂解物或其部分；

（c）在核心-1阳性产物的制备中使用所述核心-1阳性微生物和/或所述核心-1阳性裂解物或其部分。

所述产品可为任何产品及包括但不限于药物产品。关于相应产品的生产和本发明的核心-1阳性微生物的细节，参照以上公开。根据本发明的第1方面的核心-1阳性微生物可以有活力的或非-有活力的形式使用。生产的产品也可进一步加工。

本文所用的术语“核心-1-阳性微生物部分”和类似术语尤其是指所述微生物的更小部分的制备或纯化，诸如例如本发明的所述核心-1阳性微生物的核心-1阳性组分的细胞壁制备，包膜制备，裂解物，脂多糖制备，胶囊制备，或胶囊多糖制备。所述部分应包含所述核心-1阳性微生物的至少一种核心-1阳性组分，以便能引发期望的免疫应答。它们可从自至少一种本发明的核心-1阳性微生物的制备或纯化得到。所述制备和纯化可由本领域技术人员知道的方法获得，诸如单或连续细胞分部分离，苯酚水提取，醚提取，酶消化诸如用溶菌酶消化或层析方法。此外，术语核心-1阳性微生物的部分也包含也在本发明的核心-1阳性微生物上发现的人工产生的核心-1阳性组分。

根据一实施方式，根据第5方面的方法产生的核心-1阳性产品是抗原呈递细胞，优选树突细胞。在此情况中，根据本发明的第5方面的方法的步骤（c）优选包括用本发明的核心-1阳性微生物和/或其核心-1阳性裂解物或部分装载所述抗原呈递细胞。优选地，抗原呈递细胞是人的抗原呈递细胞。优选地，抗原呈递细胞是自白血病细胞系MUTZ-3（DSM ACC295）获得的树突细胞或源于MUTZ-3的细胞，诸如NEMOD-DC（见WO2003/023023）。

在WO2008/055703中，描述了当被有功能的抗原呈递细胞、尤其是树突细胞体外呈递时，核心-1阳性微生物和其裂解物和/或部分能以核心-1特异性方式活化人T-细胞，由此开启了新治疗性机会（见WO2008/055703,尤其是第77页,第26行～第85页,第20行,通过引用在本文合并）。

因此，根据本发明的第6方面提供生产针对核心-1的有功能的抗原呈递细胞、优选树突细胞的方法，其包括以下步骤：

（a）提供根据本发明的第1方面的核心-1阳性微生物（也见权利要求1～5）

（b）任选地处理所述核心-1阳性微生物以获得核心-1阳性裂解物或其部分；

（c）使适合的量的至少一种抗原呈递细胞、优选树突细胞与适合的量的下列物质接触：

（i）所述核心-1阳性微生物和/或

（ii）所述核心-1阳性裂解物或其部分，

由此获得针对核心-1的有功能的抗原呈递细胞，优选树突细胞。

步骤（c）中的接触在适合的条件下发生适合的时间，以产生至少一种针对核心-1的有功能的抗原呈递细胞，优选树突细胞。优选地，在步骤（c）中与核心-1阳性化合物接触的抗原呈递细胞是未成熟的抗原呈递细胞诸如未成熟的树突细胞，其然后成熟而获得针对核心-1的有功能的抗原呈递细胞。所述接触步骤（c）的细节也描述于WO2008/055703；参照相应公开。

已获得该针对核心-1的有功能的抗原呈递细胞，可通过使用上述核心-1特异性抗体测试。针对核心-1的有功能的抗原呈递细胞装载使用的本发明的核心-1阳性微生物（或其核心-1阳性裂解物或部分,见以上）的核心-1抗原。由此，核心-1抗原可由分别装载的抗原呈递细胞上的核心-1特异性抗体检测。获得的针对核心-1的有功能的抗原呈递细胞（其也可为抗原呈递细胞,优选树突细胞的混合物）可活化T-细胞，尤其是原发性人T-细胞（其特异性针对核心-1），由此可刺激针对核心-1的特异性细胞免疫应答。T-细胞活化可例如由如描述于WO2008/055703的细胞免疫应答测试测试。

根据第7方面，提供产生针对核心-1的活化的T细胞、T细胞、T细胞克隆或T细胞系的方法，所述方法包括：

（a）使用根据本发明的第6方面的方法获得至少一种针对核心-1的有功能的抗原呈递细胞，优选树突细胞；

（b）使适合的量的针对核心-1的有功能的抗原呈递细胞与适合的量的至少一种T细胞或T细胞的混合物或包含至少一种T细胞的细胞混合物接触；以及

（c）与所述装载的针对核心-1的有功能的抗原呈递细胞一起培养所述T细胞或T细胞混合物，以活化和/或引发针对核心-1的T细胞。

也可结合本发明使用的对应产生方法的细节也描述于WO2008/055703；参照相应公开。

也提供的是由根据本发明的第6或第7方面的方法产生的针对核心-1的有功能的抗原呈递细胞，优选树突细胞，针对核心-1的活化的T细胞，包含针对核心-1的T细胞的细胞组合物，针对核心-1的T细胞系，或针对核心-1的T细胞克隆，其诱导针对核心-1阳性细胞和/或疾病的体液和/或细胞免疫应答。相应细胞适宜于生产用于预防或治疗核心-1阳性疾病，诸如尤其是核心-1阳性肿瘤的药物。

本发明也属于根据本发明的第1方面的核心-1阳性微生物和/或其核心-1阳性裂解物或部分体内或体外用于诱导或增强核心-1特异性免疫应答和/或用于产生针对核心-1的有功能的抗原呈递细胞，优选树突细胞，和/或活化的T细胞、T细胞系或T细胞克隆或抗体的用途。

表述“包含”，如本文所用，除其字面含义之外，也包括及特别指称表述“基本上由...组成”和“由...组成”。由此，表述“包含”指称实施方式，其中“包含”特别列出的要素的主题不包含其他要素，以及实施方式，其中“包含”特别列出的要素的主题可和/或的确包括其他要素。同样，表述“具有”应被理解为表述“包含”，也包括及特别指称表述“基本上由...组成”和“由...组成”。

【附图说明】

图1显示根据本发明的微生物Coreotics和不同参照微生物的限制性分析。结果支持Coreotics属于物种解木聚糖拟杆菌。

图2显示使用核心-1特异性抗体的Coreotics（DSM25004）和AG6（DSM18726）的抗原ELISA结合研究。将不同Coreotics或AG6集落平铺于微量滴定孔及与核心-1特异性抗体结合。结合通过使用过氧化物酶-偶联的第二抗体可视化。ELISA测定显示，Coreotics具有核心-1抗原的稳定的和均质的表达，而AG6具有欠稳定的和因此欠同质的核心-1表达。AG6的平均核心-1抗原表达也少于Coreotics的平均核心-1抗原表达。

图3显示使用ELISA测定的抗-核心-1抗体与Coreotics（DSM25004）的结合。在前的高碘酸盐处理消除了抗体结合。对于核心-1阳性对照（PK）获得相同的结果。参照株解木聚糖拟杆菌DSM18836未显示任何抗-核心-1抗体结合。

图4显示携带可存在于Coreotics微生物的细胞表面的核心-1-样二糖基序的不同碳水化合物结构。

图5显示质粒和β-内酰胺酶基因cfiA，cfxA和cepA的确定。（A）质粒：装载20μg的各分离的质粒DNA。泳道：1，1kb DNA阶梯；2，大肠杆菌DSM3876；3，大肠杆菌DSM6202；4，解木聚糖拟杆菌DSM25004。（B）cfiA基因：泳道：1，100bp DNA阶梯；2，脆弱拟杆菌TAL3636；3，解木聚糖拟杆菌DSM25004；4，阴性对照。（C）cfxA基因：泳道：1和6，1kb DNA阶梯；2，卵形拟杆菌MN7；3，卵形拟杆菌MN23；4，解木聚糖拟杆菌DSM25004；5，阴性对照。（D）cepA基因：泳道：1和6，100bp DNA阶梯；2，脆弱拟杆菌DSM1396；3，卵形拟杆菌MN23；4，解木聚糖拟杆菌DSM25004；泳道5，阴性对照。

图6显示毒力编码基因bft、wcfR、wcfS和ompW的确定。（A）bft基因：泳道：1，100bp DNA阶梯；2，解木聚糖拟杆菌DSM25004；3，脆弱拟杆菌ATCC43858；4，阴性对照。（B）wcfR基因：泳道：1，1kb DNA阶梯；2，脆弱拟杆菌DSM1396；3，脆弱拟杆菌ATCC43858；4，脆弱拟杆菌DSM2151；5，解木聚糖拟杆菌DSM25004；6，脆弱拟杆菌TAL3636；7，阴性对照。（C）wcfS基因：泳道：Lanes：1，1kb DNA阶梯；2，脆弱拟杆菌DSM1396；3，脆弱拟杆菌ATCC43858；4，脆弱拟杆菌DSM2151；5，解木聚糖拟杆菌DSM25004；6，脆弱拟杆菌TAL3636；7，阴性对照。（D）ompW基因：泳道：1，100bp DNA阶梯；2，解木聚糖拟杆菌DSM25004；3，粪拟杆菌（Bacteroides caccae）DSM19024；4，阴性对照。

图7显示株DSM25004与Caco-2细胞的结合的分子分析。（A）GAPDH和蔗糖异麦芽糖酶。泳道：1，100bp DNA阶梯（Bioline）；2，第1天；3，第3天；4，第6天；5，第8天；6，第10天；7，第13天；8，第14天，9，阴性对照。（B）株DSM25004和脆弱拟杆菌DSM1396的检测。泳道：1，100bp DNA阶梯；2，株DSM25004，在第1洗涤步骤之后；3，株DSM25004，在第6洗涤步骤之后；4，株DSM25004+Caco-2细胞；5，脆弱拟杆菌DSM1396，在第1洗涤步骤之后；6，脆弱拟杆菌DSM1396，在第6洗涤步骤之后；7，脆弱拟杆菌DSM1396+Caco-2细胞；8，Caco-2细胞；9，株DSM25004；10，脆弱拟杆菌DSM1396；11，阴性对照。（C）嗜酸乳杆菌（Lactobacillus acidophilus）的检测。泳道：1，嗜酸乳杆菌DSM9126，在第1洗涤步骤之后；2，嗜酸乳杆菌DSM9126，在第6洗涤步骤之后；3，嗜酸乳杆菌DSM9126+Caco-2细胞；4，Caco-2细胞；5，嗜酸乳杆菌DSM9126；6，阴性对照；7，100bp DNA阶梯。

图8显示在90天口腔毒性研究期间小鼠的体重和食物消费。（A）雄性Crl：NMRI小鼠体重。（B）雌性Crl：NMRI小鼠体重。（C）雄性Crl：NMRI小鼠的食品消费。（D）雌性Crl：NMRI小鼠的食品消费。平均值/组：组1（0），组2（1×10⁶），组3（1×10⁷），组4（1×10⁸）CFU的解木聚糖拟杆菌DSM25004和组5（1×10¹¹）巴氏消毒的解木聚糖拟杆菌DSM25004/动物/天。由P≤0.01指示统计学意义。根据Dunnett氏测试的值。

图9显示由多重物种特定PCR的注射的溶液中混杂的检测。泳道：1，阳性对照（解木聚糖拟杆菌DSM25004）；2，溶液2（1×10⁹脆弱拟杆菌RMA6791/ml）；3，溶液3（1×10⁹解木聚糖拟杆菌DSM25004/ml）；4，溶液4（1.5×10⁸脆弱拟杆菌RMA6791/ml）；5，溶液5（1.5×10⁸解木聚糖拟杆菌DSM25004/ml）；6，溶液6（5×10⁶脆弱拟杆菌RMA6791/ml）；7，溶液7（5×10⁶解木聚糖拟杆菌DSM25004/ml），8，阳性对照（脆弱拟杆菌RMA6791）；9，溶液1（对照组）。混杂对照：泳道10，90%脆弱拟杆菌RMA6791和10%解木聚糖拟杆菌DSM25004的混合物；泳道11，10%脆弱拟杆菌RMA6791和90%解木聚糖拟杆菌）DSM25004的混合物。泳道12，1kb DNA阶梯（Fermentas）。

图10显示自穿刺的脓肿分离的DNA的物种特异性PCR。（A）注射解木聚糖拟杆菌DSM25004的动物脓肿中解木聚糖拟杆菌的检测。泳道：1，100bp DNA阶梯（Fermentas）；2-3，组3（4.6×10⁹解木聚糖拟杆菌DSM25004/kg bw）；4-5，组5（6.9×10⁸解木聚糖拟杆菌DSM25004/kg bw）；6-7，组7（2.3×10⁷解木聚糖拟杆菌DSM25004/kg bw）；8，阳性对照（解木聚糖拟杆菌DSM25004）；9，阴性对照（水）。（B）注射脆弱拟杆菌RMA6791的动物脓肿中脆弱拟杆菌的检测。泳道：1，100bp DNA阶梯（Fermentas）；2-3，组2（4.6×10⁹脆弱拟杆菌RMA6791/kg bw）；4-5，组4（6.9×10⁸脆弱拟杆菌RMA6791/kg bw）；6-7，组6（2.3×10⁷脆弱拟杆菌RMA6791/kgbw），8，阳性对照（脆弱拟杆菌RMA6791）；9，阴性对照（水）；10，1kb DNA阶梯（fermentas）。

【实施例】

【实施例1：核心-1阳性微生物是物种解木聚糖拟杆菌的不同株】

【1.1.自人粪便样品的细菌的选择性富集和分离】

为了自人粪便样品富集核心-1阳性细菌，根据生产商的建议制备用特异于核心-1的单克隆抗体包被的磁珠（Dynal Biotech ASA,Oslo,Norway）。将来自在最后3个月期间未摄取抗生素的健康人受试者的粪便样品用于研究。将粪便样品在还原的PBS（PBS_red：8.5g NaCl,0.3gKH₂PO₄,0.6g Na₂HPO₄,0.1g蛋白胨和0.25g半胱氨酸·HCl/L,pH7.0）中稀释，均质化及离心（300×g,1min,21℃）。将上清液洗涤一次（8000×g,5min,21℃）及重悬浮于PBS_red。将20μl体积的细菌悬浮液添加到180μl的PBS_red和5μl的抗体包被的磁珠，并将混合物于室温温育30min。随后将珠悬浮于1ml PBS_red，并洗涤3次。将等份（100μl）扩展在选择性和非选择性平铺的琼脂上。集落悬浮于PBS_red至McFarland浊度标准3至5（Smibert和Krieg1994），并将20μl等份的此悬浮液再次添加到抗-核心-1-抗体-包被的珠。自琼脂板随机挑选集落，并在非-选择性培养基上再划线几次。将集落在适当的肉汤培养基中在适当的条件下培养。将培养部分冷冻及部分固定。将固定的培养物用于检定抗体NM-TF1，NM-TF2和B/A11-68与各株的结合。仅株Coreotics表现类似于免疫-可接近的人核心-1结构的抗体结合表征，NM-TF1和NM-TF2的强和高碘酸盐敏感结合和无B/A11-68的结合。Coreotics与细菌物种的可能的分类学亲和通过使用生物化学检定（快速ID32A和API20A生物化学试剂盒（Biomérieux,Marcyl'Etoile,法国）表征。结果，Coreotics可分类为属于拟杆菌属（Bacteroides spp.）物种组。为了运行进一步分类学分析，通过在选择性培养基上平铺Coreotics培养物和随后下列步骤来获得Coreotics的纯培养物：

步骤1：选择在显微镜下呈现均质细胞群的集落，

步骤2：从步骤1中：选择呈现充足的Core-1表达（以上描述的特征）的集落，

步骤3：在步骤2中选择的集落中：过夜培养，之后是200～500集落形成单位（cfu）的平铺，以及

步骤4：选择呈现均质集落群的板。

将选择过程（步骤1～4）重复几次。在几轮纯化之后，对纯Coreotics株进行分类学分析。

【1.2.分类学分析1：16S rRNA序列相似性】

将株Coreotics的16S rRNA基因序列（480个碱基）由PCR使用通用引物27f（5’～AGAGTTTGATCMTGGCTCAG-3’（SEQ IDNO:20））和519r（5’～GWATTACCGCGGCKGCTG-3’（SEQ IDNO:21））扩增。通过使用High Pure PCR产物纯化试剂盒（Roche,Indianapolis,USA）纯化PCR产物，并将DNA浓度和产物尺寸通过使用Low DNA质量阶梯（Invitrogen,Carlsbad,USA）估计。PCR产物通过使用DYEnamicTM ET染色终止子循环测序试剂盒（Amersham Bioscience）和ABI PRISM3100毛细管测序仪（应用的Biosystems）根据生产商的说明书测序。起初由针对具有有效地公开的原核生物名称的类型株的数据库的BLAST（Altschul等人,1997）和megaBLAST（Zhang等人,2000）程序（Chun等人.2007）进行种系发生近邻的鉴定。然后为了使用全局比对算法的配对序列相似性的计算（在EzTaxon服务器（http://www.eztaxon.org/;Chun等人,2007）上实施）而选择50个具有最高分值的序列。通过使用程序MEGA5版（Tamura,2007）手动校正得到的多-序列比对，以移出比对间隔和两可碱基，并根据邻接法（Saitou&Nei,1987）用程序MEGA5版（Tamura,2007）构建系统树。

株Coreotics的16S rRNA序列分析显示：此株与解木聚糖拟杆菌（Bacteroides xylanisolvens）DSM18836（100%16S rRNA序列相似性）、与卵形拟杆菌（Bacteroides ovatus）ATCC8483（97,5%），与多形拟杆菌（Bacteroides thetaiotaomicron）ATCC29148（94,2%）及与Finegoldii拟杆菌（Bacteroides finegoldii）DSM17565（92,2%）聚集。需知，16S rRNA基因序列发散中≥97%的相似性值对于物种描绘是显著的（Stackebrandt&Goebel,1994）。但是，Stackebrandt&Ebers（2006）建议，此值在不牺牲‘物种’描述的质量和精确度的情况下，及作为对分类学家的辅助，可增至98.7～99%。

【1.3.分类学分析2：全基因组DNA-DNA杂交】

DNA-DNA杂交被认为是分类学中的黄金标准。使Coreotics株的全基因组与解木聚糖拟杆菌DSM18836、卵形拟杆菌DSM1896、多形拟杆菌DSM2079和Finegoldii拟杆菌DSM17565的全基因组杂交（那些分析在和由DMSZ（德意志微生物和细胞培养物保藏中心）进行）。简言之,将待比较的各株的3g生物材料用于DNA-制备。分析分离的DNA的纯度，并将DNA通过使用弗压碎器剪切，并于高温（100℃,10min）变性。优选将DNA剪切为具有200和600kDa之间的尺寸的片段，主要部分是约450+/-100kDa。用分光光度计使用在260nm处的吸光度测量各株的DNA以及等同浓度的两株的DNA的混合物（样品中的最终DNA浓度基本上相同和优选位于约20和100μg/ml之间,尤其是约30μg/ml）的复性。通过快速冷却溶液至低于DNA的熔解温度的温度25℃来起始复性，并实施测量30min。由各单细菌株的DNA和两株的DNA的混合物的复性曲线的不同斜率计算DNA亲缘关系。尤其是，复性速度v'测定为吸光度/min减小（ΔA/t），而结合程度（D），即DNA亲缘关系，根据由De Ley等人给出的式计算(见以上)：

$D=\frac{{4v^{\′}}_m-({v^{\′}}_A+{v^{\′}}_B)}{2\sqrt{{v^{\′}}_A{v^{\′}}_B}}100$

其中D是结合程度（%），v'_m是混合物的复性速度，v'_A是第1株的DNA的复性速度，及v'_B是第2株的DNA的复性速度。

全基因组杂交的结果显示于表1：

表1

【1.4.分类学分析3：微生物和生物化学表征】

株DSM25004可被鉴定为是严格厌氧、非-孢子-形成、非-能动性和革兰氏阴性的。短杆或杆-形细胞是0.4～0.5μm宽，且长度有变化；通常跨1～2μm。在Wilkins～Chalgren琼脂（Oxoid）上生长18h之后的集落的直径为2～3mm，具有环状、乳状、隆起的及凸表面。初始生物化学分析显示与卵形拟杆菌物种（Databank BioMérieux）91%相似性。与卵形拟杆菌相反，株DSM23964不能利用淀粉产生吲哚，且其未显示过氧化氢酶活性。通过使用快速ID32A和API20A生物化学试剂盒（Biomérieux,Marcy l'Etoile,法国）根据生产商的使用说明实施分离的细菌和它们的组成性酶和底物利用特征的生物化学鉴定。株解木聚糖拟杆菌Coreotics，解木聚糖拟杆菌DSM18836，Finegoldii拟杆菌DSM17565，卵形拟杆菌DSM1896，多形拟杆菌DSM2079和脆弱拟杆菌DSM1396的化学分类学分析的结果总结于表2。株解木聚糖拟杆菌Coreotics和解木聚糖拟杆菌DSM18836具有相同的生物化学特征。解木聚糖拟杆菌Coreotics可通过利用甘油、D-山梨糖醇、D-甘露糖醇和D-松三糖从卵形拟杆菌DSM1896区分开来。此外，解木聚糖拟杆菌Coreotics显示谷氨酰谷氨酸芳基酰胺酶活性，与卵形拟杆菌DSM1896的结果相反。在其他位点上，卵形拟杆菌DSM1896能表达亮氨酸芳基酰胺酶活性，然而解木聚糖拟杆菌Coreotics未能如此。因此，解木聚糖拟杆菌Coreotics可从Finegoldii拟杆菌DSM17565，多形拟杆菌DSM2079和脆弱拟杆菌DSM1396区分开来（表2）。与解木聚糖拟杆菌Coreotics和解木聚糖拟杆菌DSM18836的结果相反，多形拟杆菌DSM2079酶活性测试中显示大量的阳性结果。

表2

株：1：解木聚糖拟杆菌Coreotics；2：解木聚糖拟杆菌DSM18836；3：Finegoldii拟杆菌DSM17565；4：卵形拟杆菌DSM1896；5：多形拟杆菌DSM2079；6：脆弱拟杆菌DSM1396。特征评分为：'+'：阳性反应；'-'：阴性反应。

【1.5.随机扩增的多态DNA（RAPD）图案和基因型分析】

为了测试是否Coreotics是物种解木聚糖拟杆菌的不同株，实施RAPD测定。将4种不同随机引物用于独立反应（在各反应中使用仅一种引物）用于模板DNA的扩增。PCR反应混合物（50μl）含有：Taq缓冲剂（16mM(NH₄)₂SO₄,67mM Tris HCl），2,5mM MgCl₂，0.25mM各dNTP，1μM引物，2.5U Taq DNA聚合酶和2μl的模板DNA。PCR程序是：95℃经5min，95℃经1min，50℃经1min和72℃经1min的35个循环，及最终72℃经6min。在1%琼脂糖凝胶上分析全部引物的条带图案。由此，为各模板DNA，获得4个不同条带图案（每种引物一个）。

使核心-1-阳性Coreotics经历RAPD分析，并将结果与物种解木聚糖拟杆菌（DSM18836），Finegoldii拟杆菌（DSM17565）和卵形拟杆菌（DSM1896）的参照细菌的结果进行比较（见图1，对于一个例示引物）。结果展示，Coreotics是与已知的解木聚糖拟杆菌株DSM18836不相同的不同株。

【1.6.总结】

16S rRNA序列相似性、全基因组DNA-DNA杂交和生物化学表征的结果展示，分离的微生物Coreotics属于物种解木聚糖拟杆菌。此外，RAPD分析显示，Coreotics是与已知的解木聚糖拟杆菌株不同的特定和不同的解木聚糖拟杆菌株。

【实施例2：核心-1抗原稳定的和均质的表达】

【2.1.相比AG6的Coreotics的核心-1表达】

将固定的细菌细胞用PBS调至1*10⁷个细胞/ml的细胞浓度。将50μl以一式两份应用于PolySorp微孔板（Nunc,Wiesbaden,德国）的孔及于37℃过夜包被。在全部进一步温育步骤之前，将板用200μl含吐温20的Tris-缓冲的盐水（8.78g NaCl,6.06g Tris/L,及0,05%［v/v］吐温20,pH7.6）洗涤3次。于室温实施进一步方法步骤。通过用200μl的PBS中2%牛血清白蛋白（BSA）温育孔20min来阻断残留的结合位点。将特异于核心-1的单克隆抗体（Nemod-TF1）作为第一抗体应用于50μl含有1%BSA的PBS中，并于室温温育1h。在用第二抗体温育之前，将板用200μl含吐温20的Tris-缓冲的盐水洗涤3次。将第二抗体（过氧化物酶-兔-抗-小鼠IgG/IgM P0260,DAKO,Hamburg,德国）在含1%BSA的PBS中1/5000稀释，及每孔应用50μl，并于室温温育1h。将板用200μl含吐温20的Tris-缓冲的盐水再次洗涤3次，并通过向各孔添加100μl的显影溶液（在含1%［v/v］DMSO的50μM乙酸钠缓冲剂中1mg/ml四甲基联苯胺）来避光显影5～20min。随后，加入50μl的2.5M H₂SO₄停止反应，并在ELISA读取器（Dynex Technologies Inc.,Chantilly,VA,USA）中测量吸光度（E_450/630）。也将WO2008/055703中公开的AG6DSM18726的固定的培养物用PBS调至1*10⁷个细胞/ml的细胞浓度而作为阳性对照。或者，对于核心-1抗原，将无唾液酸血型糖蛋白和血型糖蛋白（100ng/孔『in』PBS,Sigma-Aldrich,Taufkirchen,德国）分别作为阳性和阴性对照。在至少2个分开的时机以一式两份实施测定。

10个不同Coreotics（DSM25004）和10个不同AG6（DSM18726,公开于WO2008/055703）集落的ELISA测定揭示，Coreotics（解木聚糖拟杆菌呈现在它们的细胞表面非常稳定的和均质的高核心-1表达，而AG6（卵形拟杆菌）显示更高变异性及更低平均核心-1表达（见图2）。

【2.2.相比解木聚糖拟杆菌参照株的Coreotics的核心-1表达】

通过在ELISA实验中核心-1特异性抗体Nemod-TF1（Gl_ycotopeGmbH,德国）的结合来分析核心-1表达。可对阳性对照（PK）和株Coreotics鉴定强TF1结合。此揭示在它们的表面核心-1结构的存在。用高碘酸盐预处理完全消除抗-核心-1抗体的结合。参照株解木聚糖拟杆菌DSM18836未呈现核心-1特异性抗体的任何结合。结果显示于图3。

【实施例3：模拟的胃液和热处理对核心-1表达的效应】

为了模拟经过消化道，使Coreotics细菌经历模拟的胃和肠液的作用。胃液中Coreotics株的存活率是在180min之后90%以上，而在暴露于肠液240min之后是96%以上。有趣的是，无一处理对株Coreotics表面上的核心-1抗原暴露具有任何效应。巴氏消毒也未影响核心-1抗原密度，当于室温，4或-20℃存储时，保持稳定超过12个月。

【实施例4：短链脂肪酸的产生】

基于HPLC分析，展示解木聚糖拟杆菌株CTC1能产生短链脂肪酸（SCFA）如丙酸和乙酸以及其他物质如琥珀酸、甲酸和乳酸。依赖于生长条件和培养基组合物，上清液中测量的代谢产物的浓度分别变动于：琥珀酸是2.5mM～44.7mM，丙酸是5.8mM～29.3mM，乙酸是3.4mM～38.3mM，甲酸是0mM～45mM和乳酸是0.88mM～8.6mM。

【实施例5：毒力因子的分析】

【5.1.Coreotics的抗生素抗性】

几种抗生素的最小抑制性浓度（MIC）的分析揭示解木聚糖拟杆菌Coreotics株抵抗β-内酰胺药物如青霉素G、氨苄西林和美洛西林。但是，其敏感于通常的抗生素剂如甲硝唑、美罗培南和克林霉素，而β-内酰胺酶抑制物的添加恢复β-内酰胺药物的灵敏度。

【5.2.Coreotics中质粒的检测】

为了研究Coreotics株中质粒的潜在存在，分别从Coreotics及从两个对照株，即含有低拷贝质粒RP4（60kb）和pSC101（9.4kb）的大肠杆菌DSM3876及大肠杆菌（E.coli）DSM6202，分离质粒DNA物质。在260nm处的质粒DNA浓度的测量揭示Coreotics的质粒制备物中不存在DNA。在琼脂糖凝胶上运行质粒制备物确认两种低拷贝质粒自对照株的分离和自解木聚糖拟杆菌Coreotics的可检测的质粒物质的缺失（图5A）。

【5.3.Coreotics的基因组中β-内酰胺酶基因cfxA、cepA和cfiA的鉴定】

为了表征Coreotics株的β-内酰胺酶活性，对于在拟杆菌属已知的各β-内酰胺酶基因cfiA、cfxA和cepA运行特定PCR测定。结果指示株Coreotics唯独含有cepA基因（图5B～D）。

【5.4.拟杆菌属中编码毒力因子的基因】

脆弱拟杆菌多糖A（PS A）和脆弱拟杆菌肠毒素Bft是拟杆菌属的最重要的毒力因子。为了研究肠毒素Bft的存在，实施对bft基因的特异性PCR。在PS A的情况中，为位于PS A的生物合成基因的上游的高度保守的开放阅读框upaY、upaZ，及为最重要基因：编码氨基转移酶的wcfR和编码糖基转移酶的wcfS设计特定PCR。与脆弱拟杆菌ATCC43858相反，Coreotics株不具有bft基因。基因wcfR、wcfS及两个开放阅读框upaY和upaZ也不可检测到（图6A～C）。

此外，分析编码可涉及IBD发展的毒力因子“Ton B-连接的外膜蛋白”的基因ompW的存在。在Coreotics株中不可检测到ompW编码基因（图6D）。

【5.5.Coreotics的细胞外酶和病原性因子的确定】

除了神经氨酸酶之外，描述几株拟杆菌属产生不需要的外酶，包括胶原酶、DNA酶和可参与感染过程的一些蛋白酶。利用PCR（神经氨酸酶）或酶促测定分析最关联的外酶活性。Coreotics株显示无DNA酶、软骨素酶、透明质酸酶和神经氨酸酶活性，及仅弱β-溶血和胶原酶活性。

【5.6.Coreotics与Caco-2细胞的粘接】

培养caco-2细胞及诱导分化。结果展示，GAPDH的表达水平在分化期间恒定，然而蔗糖酶异麦芽糖酶水平在分化期间增加。显微镜观察确认，Caco-2细胞在14天之后良好分化为单层。利用对随后洗涤步骤的上清液，及最终对刮下的Caco-2细胞实施物种-特异性PCR来分析在厌氧条件下3小时的共温浴之后细菌与分化的Caco-2细胞的结合。与阳性对照相反，Coreotics细胞，其当然可在第1洗涤步骤的上清液中检测到，在随后上清液中或刮下的Caco-2细胞上不再可检测到，指示Coreotics细胞不附着于人结肠的上皮细胞（图7）。

【实施例6：毒理学研究】

【6.1.活力测定】

在几个独立实验中分析在冷冻干燥和再水化之后解木聚糖拟杆菌Coreotics（DSM25004）的活力。最低鉴定的存活率指示4×10⁹CFU/g有活力的细菌的最小浓度。此浓度被接受为“可利用的浓度”。

【6.2.体外诱变性研究（Ames-测试）】

实施此测试以检测Coreotics或它们的发酵产物的任何毒性或诱变效应。在2个独立实验中采用5剂量的0.28～28.5mg细菌/板的有活力的细菌或一个剂量的59mg巴氏消毒的细菌/板，各实施及不实施代谢活化。相比对照计数，对任何浓度的有和无代谢活化的5个测试株，且也分别以两种测试形式，板并合和预温育模式，未观察到细胞毒性迹象和回复体集落数增加。

【6.3.致畸变活性的体外评定（体外染色体畸变测定）】

研究中采用的Coreotics的最高浓度是2.8mg有活力的细菌/ml培养基和5.9mg巴氏消毒的细菌/ml培养基，其被认为是最大合理的浓度。在代谢活化缺失下，在4小时和24小时暴露之后，阴性对照中观察到的染色体畸变的平均发生率（排除间隔）分别是1.0%或0.5%。有活力的或巴氏消毒的Coreotics浓度在4小时和24小时暴露后无一产生异常细胞的任何统计学地显著增加（0.5%～2.5%）。相反，在4小时和24小时暴露之后，异常细胞中阳性对照呈现分别10.5%和17.5%增加。在代谢活化存在下，在4小时暴露之后，阴性对照中观察到的染色体畸变的平均发生率（排除间隔）是0.5%。再次，有活力的或巴氏消毒的Coreotics浓度无一产生异常细胞的任何统计学地显著增加，在2个独立实验中，分别产生0.0%和1.5%。在4小时之后在2个实验中，阳性对照呈现分别13.5%和16.5%异常细胞。对于测试的全部Coreotics浓度，在有或无代谢活化的实验中未见到物品-相关的多倍性或核内再复制。此外，确认在先结果，在有及无代谢活化的实验中，以Coreotics的任何测试的浓度未见到细胞毒性迹象。

【6.4.小鼠中90天口服毒性研究】

此研究的目的是测定Coreotics的口腔摄入是否会具有任何毒理学效果。将Crl：NMRI小鼠（50只雄性和50只雌性）分配到5个测试组（10只雄性和10只雌性/组），并经口经强饲施用每天剂量的细菌90天。我们测试了1×10⁶～1×10⁸CFU或1×10¹¹巴氏消毒的Coreotics/动物/天的效应。结果显示于图8。如在对照组中看到的一样，在用有活力的或巴氏消毒的Coreotics治疗的任何组中注意到在90天测试期间无死亡率。处理或未处理的小鼠无一被揭示它们的行为或外观上有任何变化。此外，功能观察未揭示任何测试物品-相关的影响：能动性、粪便一致性、及水消费、以及体重增加和食品消费呈现贯穿实验时期处理组和对照组之间无显著差异。血液检查显示在有活力的及巴氏消毒的Coreotics的任何测试的剂量水平无测试物品-相关的影响，并观察到对照组和处理的小鼠组之间无统计学地显著差异。临床生物化学值和眼科检查揭示，对有活力的及巴氏消毒的Coreotics二者，在任何组，以任何剂量水平无测试物品-相关的变化。而且，宏观死后分析揭示无测试物品相关的损伤或异常。最终，全部器官的扩展的及细节化的组织病理学分析揭示处理组和对照组之间无差异。

【6.5.Coreotics的体内致病性（脓肿形成）】

体内腹膜内脓肿形成模型是用来研究机会性细菌菌株的病理学性质的良好接受的模型（McConville等人,1981;Onderdonk等人.1984;Thadepalli等人.2001）。使用脆弱拟杆菌RMA6971或解木聚糖拟杆菌DSM25004（Coreotics）的新鲜过夜细菌培养物。将含有2.3×10⁷～4.6×10⁹CFU/kg体重，50%（w/w）高压灭菌的大鼠粪便，及10%（w/v）硫酸钡的混合物腹膜内注射给小鼠。在注射之后对余下物质回顾性地测定各物品的活力、细菌浓度和纯度。为了鉴定脆弱拟杆菌及/或解木聚糖拟杆菌的存在，实施由Liu等人（2003）描述的多重物种特异性PCR。此多重PCR也允许鉴定在混杂情况中两个物种，其中一个物种会被强烈忽视。我们确认各单测试物品含有想要的细菌株，且未与其他物种混杂（见图9）。通过将各测试物品平铺在适当的琼脂上，并在耗氧条件下温育来分析进一步潜在混杂。在48小时的温育之后无法检测到单集落。在2个分开的实验中，注射高剂量的Coreotics的小鼠未如阴性对照（硫酸钡+无菌大鼠粪便）诱导更多或更大的脓肿的发展。相反，高浓度的脆弱拟杆菌RMA6971诱导了更多和更大的脓肿的形成。在7天之后，在无菌条件下取2个脓肿/动物，将内容物刺破及交付于DNA提取。我们利用物种-特异性PCR评价了脓肿中Coreotics或脆弱拟杆菌RMA6791的存在（图10）。可在自分别注射2.3×10⁷～4.6×10⁹脆弱拟杆菌/kg体重的组2、4和6分离的全部脓肿中检测到脆弱拟杆菌RMA6971。相反，独立于注射的细菌浓度，在任何分析的脓肿中不能检测到Coreotics。注射Coreotics的小鼠的这些结果明显指示，此株不诱导脓肿的形成，且其实际上在腹膜内注射之后由免疫系统快速和完全根除。

【实施例7：小鼠模型】

小鼠血清可含有与碳水化合物结构交叉-反应的抗体。免疫后，在任何核心-1载体分子或细胞上观察到的增加的结合也可涉及该交叉-反应抗体，导致假阳性信号。为了特异性分析核心-1-特异性抗体滴度，在各时间点的核心-1特异性抗体水平表示为以下比例：“Core-1_R=载体-核心-1上的信号/载体-ref上的信号”。参照结构可为不存在于Coreotics表面的任何碳水化合物结构，优选二糖。Coreotics施用后所述比例的增加指示核心-1特异性抗体滴度的增加。

给7～9周龄的雄性C3H小鼠每天经口施用5*10⁹Coreotics，经4周。作为阴性对照，4只小鼠用NaCl处理和4只小鼠用核心-1-阴性株卵形拟杆菌DSM1896处理。在起始免疫之前及在第21天和第28天取血清。将血清1/100稀释和对糖缀合物PAA-核心-1和PAA-ref（

-3GlcNAc）如下分析核心-1特异性IgM抗体中它们的含量。

将糖缀合物聚丙烯酰胺-

-3GalNAc（PAA-核心-1）和聚丙烯酰胺-

-3GlcNAc（PAA-ref）调节至在包被缓冲液（4.2g NaHCO₃,1.78g Na₂CO₃，用Millipore-H₂O补至1L,pH9.6）中5μg/ml的浓度。将50μl的各糖缀合物以一式两份应用于MaxiSorp微孔板（Nunc,Wiesbaden,德国）的孔，于4℃包被过夜。在全部进一步温育步骤之前，将板用含吐温20的200μl Tris-缓冲的盐水（8.78g NaCl,6.06g Tris/L,及0,05%［v/v］吐温20,pH7.6）洗涤3次。残留的结合位点通过将孔与200μl的含2%牛血清白蛋白（BSA）的PBS温育20min来阻断。

将动物血清用含有1%BSA的PBS适当稀释（1/50～1/200），并将50μl以一式两份应用于用PAA-核心-1和PAA-ref包被的孔，并于室温温育1h。将板用200μl含吐温20的Tris-缓冲的盐水洗涤3次，之后与50μl的第二抗体（过氧化物酶-山羊-抗-小鼠IgM115-035-075,Jackson ImmunoResearch）在含1%BSA的PBS中的1/5000稀释物温育1h。将板用200μl含吐温20的Tris-缓冲的盐水再次洗涤3次，并通过向各孔添加100μl的显影溶液（含1%［v/v］DMSO的50μM乙酸钠缓冲剂中的1mg/ml四甲基联苯胺）避光显影5～20min。随后，加入50μl的2.5M H₂SO₄停止反应，并测量吸光度（E_450/630）。将核心-1特异性抗体的水平表示为以下比例：“PAA-核心-1上的E_450/630/PAA-ref上的E_450/630”。比较在免疫之前及之后的所述比例能够特异性分析核心-1特异性抗体滴度的变化。

结果，可显示小鼠中核心-1特异性抗体滴度被解木聚糖拟杆菌株CTC1所诱导。由此，表明本发明的微生物能够诱导针对所述核心-1抗原的免疫应答。

Claims (15)

1.物种解木聚糖拟杆菌（Bacteroides xylanisolvens）的核心-1阳性微生物或其核心-1阳性裂解物或其核心-1阳性部分，其中所述微生物或其裂解物或部分被至少一种核心-1特异性抗体识别。

2.权利要求1的微生物，其为Coreotics（DSM25004），源于其的微生物或Coreotics同源物。

3.权利要求2的微生物，其中源于Coreotics的微生物或Coreotics同源物具有以下特征中的2个或更多：

（a）其属于解木聚糖拟杆菌物种；

（b）在DNA-DNA杂交测定中，其与保藏为DSM25004的Coreotics和/或保藏为DSM18836的解木聚糖拟杆菌显示至少50%、优选至少70%、至少90%、或至少95%、更优选的至少98%、最优选的至少99%的DNA-DNA亲缘关系；

（c）其与保藏为DSM25004的Coreotics和/或保藏为DSM18836的解木聚糖拟杆菌显示至少98%、优选至少99%或至少99,5%、更优选100%的16S rRNA基因序列相似性水平；和/或

（d）其显示具有以下特征之一个或更多的核心-1抗原表达：

（i）其具有保藏为DSM25004的Coreotics的平均核心-1表达的至少50%、优选至少80%、至少85%、或至少90%、更优选至少95%的平均核心-1抗原表达；

（ii）其在实施例2中描述的ELISA测定中达到至少0.3、优选至少0.35的平均吸光度值；

（iii）其在细胞表面表达选自下列的至少一种碳水化合物结构：图4的结构#1、#2、#3、#4和#5，其类似结构，和/或其重复单元；

（iv）在所述微生物的细胞培养物中，至少50%、优选至少80%、至少90%、或至少95%、更优选的约100%的所述微生物具有保藏为DSM25004的Coreotics的平均核心-1抗原表达的至少75%、优选至少80%的核心-1抗原表达水平；和/或

（v）在所述微生物的细胞培养中，至少50%、优选至少80%、至少90%、或至少95%、更优选的约100%的所述微生物具有在保藏为DSM25004的Coreotics的平均核心-1抗原表达的70%～150%、优选75%～125%范围内的核心-1抗原表达水平。

4.权利要求1～3之任一项的微生物，其中所述微生物具有核心-1抗原表达，所述核心-1抗原表达具有以下特征之一个或更多：

（a）其在实施例2中描述的ELISA测定中具有至少0.3和更优选至少0.35的平均吸光度值；

（b）其具有保藏为DSM25004的Coreotics的平均核心-1表达的至少50%、优选至少70%、至少80%、至少85%、或至少90%、更优选至少95%的平均核心-1抗原表达；

（c）其包含选自下列的至少一种碳水化合物结构：图4的结构#1，#2，#3，#4和#5，其类似结构，和/或其重复单元；

（d）其能产生短链脂肪酸；和/或

（e）在细胞培养中，所述微生物具有以下特征中的至少一个：

（i）所述细胞培养物中至少50%，优选至少80%，至少90%，或至少95%，更优选的约100%的所述微生物具有核心-1抗原表达水平，其为

（aa）细胞培养物中所述微生物的平均核心-1抗原表达水平的至少75%和/或

（bb）保藏为DSM25004的Coreotics的平均核心-1抗原表达的至少75%；

（ii）所述细胞培养物中至少50%，优选至少80%，至少90%，或至少95%更优选的约100%的所述微生物具有核心-1抗原表达水平，其为

（aa）在细胞培养物中所述微生物的平均核心-1抗原表达水平的70%～150%、优选75%～125%范围内，和/或

（bb）在保藏为DSM25004的Coreotics的平均核心-1抗原表达的70%～150%、优选75%～125%范围内。

5.权利要求1～4之任一项的微生物，其中，当核心-1特异性抗体与微生物或其裂解物或部分在适当的结合条件下接触时，所述微生物或其裂解物或部分被至少一种核心-1特异性抗体识别并由此结合，其中所述核心-1特异性抗体与微生物或其裂解物或部分的结合满足以下特征之一个或更多：

（a）核心-1特异性抗体选自以下抗体：

（i）具有由下列组成的一组CDR的抗体：根据SEQ ID NO:1的氨基酸序列作为CDR-H1，根据SEQ ID NO:2的氨基酸序列作为CDR-H2，根据SEQ ID NO:3的氨基酸序列作为CDR-H3，根据SEQID NO:4的氨基酸序列作为CDR-L1，根据SEQ ID NO:5的氨基酸序列作为CDR-L2和根据SEQ ID NO:6的氨基酸序列作为CDR-L3；

（ii）具有由下列组成的一组CDR的抗体：根据SEQ ID NO:7的氨基酸序列作为CDR-H1，根据SEQ ID NO:8的氨基酸序列作为CDR-H2，根据SEQ ID NO:9的氨基酸序列作为CDR-H3，根据SEQID NO:10的氨基酸序列作为CDR-L1，根据SEQ ID NO:11的氨基酸序列作为CDR-L2和根据SEQ ID NO:12的氨基酸序列作为CDR-L3；

（iii）抗体Nemod-TF1及

（iv）抗体Nemod-TF2；

（b）所述微生物或其裂解物或部分被至少2种核心-1特异性抗体结合，其中所述至少2种不同抗体识别不同表位及优选选自权利要求5中定义的抗体（a），尤其是抗体（i）及（ii）或抗体（iii）及（iv）；

（c）至少一种核心-1特异性抗体与所述微生物或其裂解物或部分的结合是高碘酸盐敏感的，其中在高碘酸盐处理之后结合减少或缺乏；和/或

（d）所述微生物或其裂解物包含暴露的形式的核心-1抗原，其中所述暴露的核心-1抗原未被其他结构掩蔽，尤其是未被其他碳水化合物结构掩蔽。

6.组合物，其包含权利要求1～5之任一项的核心-1阳性微生物或其核心-1阳性裂解物或其核心-1阳性部分。

7.权利要求6的组合物，其中在所述组合物中物种解木聚糖拟杆菌的核心-1阳性微生物特征在于权利要求4和/或5中定义的核心-1抗原表达。

8.权利要求6或7的组合物，其中在所述组合物中至少50%，优选至少70%，至少80%，至少90%，或至少95%，更优选的约100%的核心-1阳性微生物具有核心-1抗原表达水平，其为

（a）在组合物中全部核心-1阳性微生物的平均核心-1抗原表达水平的至少75%，和/或保藏为DSM25004的Coreotics的平均核心-1抗原表达的至少75%；和/或

（b）在培养物中全部核心-1阳性微生物的平均核心-1抗原表达水平的70%～150%、优选75%～125%范围内、和/或在保藏为DSM25004的Coreotics的平均核心-1抗原表达的70%～150%、优选75%～125%范围内。

9.权利要求6～8之任一项的组合物，具有以下特征之一个或更多：

（a）所述组合物是细胞培养物和/或

（b）在组合物中核心-1阳性微生物或核心-1阳性微生物以有活力的、非-生殖的、非-有活力的或裂解的形式存在。

10.药物组合物，包含

（i）权利要求1～5之任一项的核心-1阳性微生物或其核心-1阳性裂解物或其核心-1阳性部分

和/或

（ii）权利要求6～9之任一项的组合物。

11.权利要求10的药物组合物，其用于诱导和/或增强针对核心-1抗原的免疫应答。

12.权利要求1～5之任一项的核心-1阳性微生物或其裂解物或部分，权利要求6～9之任一项的组合物，或权利要求10或11的药物组合物，其用于医学，优选用于治疗或预防核心-1阳性肿瘤、癌、胃肠病症和/或核心-1阳性疾病。

13.制备核心-1阳性产物的方法，包括以下步骤：

（a）提供权利要求1～5之任一项的核心-1阳性微生物；

（b）任选地处理所述核心-1阳性微生物以获得核心-1阳性裂解物或其部分；

（c）在核心-1阳性产物的制备中使用所述核心-1阳性微生物和/或所述核心-1阳性裂解物或其部分。

14.权利要求13的方法，其中核心-1阳性产物是抗原呈递细胞，优选树突细胞，及其中步骤（c）包括用所述核心-1阳性微生物和/或所述核心-1阳性裂解物或其片段装载所述抗原呈递细胞。

15.权利要求1～5之任一项的核心-1阳性微生物和/或其核心-1阳性裂解物和/或其核心-1阳性部分的体内或体外用途，用于诱导或增强核心-1特定免疫应答和/或用于诱导针对核心-1的抗体滴度和/或用于产生有功能的抗原呈递细胞，优选树突细胞，和/或活化的T细胞，T细胞系或T细胞克隆或针对核心-1的抗体。

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