CN101238224A - 炎性肠病的外周血单核细胞的表达谱 - Google Patents

Abstract

本发明涉及PBMC－和IBD－相关生物标记的鉴定方法，这些生物标记可用于诊断炎性肠病，任选用于区分从克罗恩病(Crohn’s disease)患者分离的PBMC和从溃疡性结肠炎患者分离的PBMC。本发明还涉及能够调节PBMC－和IBD－相关生物标记的活性的调节剂的筛选方法，包括高通量筛选方法。本发明提供PBMC－和IBD－相关生物标记的组合物，包括至少一种PBMC－和IBD－相关生物标记的调节剂，用于炎性肠病(例如克罗恩病和溃疡性结肠炎)的诊断、预后、治疗干预和预防方法。而且，本发明还涉及可用于评价试验化合物和疗法在治疗炎性肠病(即克罗恩病或溃疡性结肠炎)中的功效的方法。

Description

炎性肠病的外周血单核细胞的表达谱

[0001]本申请要求2005年6月6日申请的美国临时专利申请第60/687,331号和2005年6月20日申请的美国临时专利申请第60/692,295号的优先权利益；这两份临时申请的内容整体在此引入作为参考。

发明背景

发明领域

[0002]本发明涉及从炎性肠病患者分离的外周血单核细胞(peripheral blood mononuclear cell，PBMC)的表达谱分析以及能够区分罹患两类炎性肠病(即克罗恩病和溃疡性结肠炎)之一的患者的PBMC转录基因标签的鉴别。

相关背景技术

[0003]溃疡性结肠炎(ulcerative colitis，UC)和克罗恩病(Crohn’sdisease，CD)是两种常见的慢性和复发性炎性肠病(inflammatory boweldisease，IBD)，共有几种种群统计和临床特征。但是，UC和CD在组织损伤方面存在重要差异，提示这两种疾病有着截然不同的发病过程。通常提出的一种IBD病因是粘膜免疫系统对正常肠内微生物区系的不适宜活化作用(Podolsky(2002)N.Engl.J.Med.347：417-29)。与Thl-型应答相关的透壁性、肉芽肿性炎症过程是CD的特征，而UC中的炎症往往局限于粘膜，并含有大量看起来与Th2应答相关的分泌免疫球蛋白的浆细胞(Podolsky，出处同上)。这两种疾病都是其中环境和遗传因素的组合可决定个体对疾病的易感性的复杂疾病(Bouma和Strober(2003)Nat.Rev.Immunol.3：521-33)。

[0004]使用寡核苷酸微阵列在RNA水平定量整体表达谱的能力近来已应用于研究得自CD和UC患者的手术切除的胃肠组织中存在的转录标签(Lawrance等，(2001)Hum.Mol.Genet.10：445-56；另参见Warner和Dieckgraefe(2002)Inflamm.Bowel.Dis.8：140-57)。这些研究鉴别出涉及一般在IBD中改变的炎症反应的基因。另外，这些研究表明，由CD和UC患者获得的胃肠组织转录组完全不同，鉴别出的基因组看起来可区分UC组织和CD组织。

[0005]与手术切除或生物活检的胃肠组织相反，外周血是非常容易得到的细胞组织源，可用于区分UC和CD。循环外周血单核细胞(PBMC)负责全面监视机体的感染和疾病征兆。因此，PBMC可用作评价作为病况或严重性标记的疾病诱导基因表达的替代组织(关于一般性综述参见Rockett等，(2004)Toxicol.Appl.Pharmacol.194：189-99)。Maas和同事们鉴别出自身免疫病(如类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮、I型糖尿病和多发性硬化)患者共同的PBMC谱(Maas等，(2002)J.Immunol.169：5-9)。Twine和同事们已表明，在非自身免疫病背景下，得自肾细胞癌(renal cell carcinoma，RCC)患者的PBMC表现出与健康志愿者的转录组截然不同的疾病相关转录组(Twine等，(2003)Cancer Res.63：6069-75)。Mannick和同事们最近用2400个基因cDNA微阵列研究了7名CD患者和5名UC患者的PBMC表达谱，描述了几种在这些疾病之间呈现差异表达的基因(Mannick等，(2004)Clin.Immunol.112：247-57)；之前，已报道了其它基因在克罗恩病患者的外周血单核细胞中在mRNA水平上被调节(Gijsbers等，(2004)Eur.J.Immunol.34：1992-2000；Hori等，(2002)J.Gastroenterol.Hepatol.17：1070-77；Gonsky等，(1998)J.Immunol.160：4914-22)。

[0006]尽管已提出外周炎性组分涉及这两种形式的IBD，但至今还没有将健康受试者和具有组织学已证实的IBD诊断结果(或者为CD形式，或者为UC形式)的患者的循环PBMC的转录基因谱成功地用于开发允许区分疾病的基因分类器(gene classifier)。迄今为止，PBMC相关转录组诊断IBD和/或区分CD和UC的能力在本领域仍是未知的。

[0007]通过确定CD和UC患者的PBMC中的基因表达谱是否不同得足以能够基于单独PBMC中的基因表达谱区分它们，并通过提供可用于区分IBD患者和健康受试者以及任选用于区分CD患者和UC患者的PBMC-和IBD-相关转录基因表达谱，本发明解决了此问题。因此，本发明的涉及对患者的外周血单核细胞转录谱分析的相对非侵入性方法可能有助于炎性肠病和/或不同形式IBD(即CD和UC)的诊断、预后和/或监测。

发明概述

[0008]在一个方面，本发明基于众多PBMC-和IBD-相关生物标记的鉴别和分类(例如表1-4所列的PBMC-和IBD-相关生物标记，它们分别在下列四种情况下存在差异表达：1)与基本无IBD的受试者(例如健康受试者)的PBMC相比，在炎性肠病患者的PBMC中差异表达，2)与基本无IBD的受试者(例如健康受试者)的PBMC相比，在克罗恩病患者的PBMC中差异表达，3)与基本无IBD的受试者(例如健康受试者)的PBMC相比，在溃疡性结肠炎患者的PBMC中差异表达，和4)与溃疡性结肠炎患者相比，在克罗恩病患者的PBMC中差异表达)。本发明提供的并列于表1-4中的PBMC-和IBD-相关生物标记还被分类为I组、II组、III组和IV组，分类基础分别为它们是否可最佳地用于诊断、预后或监测：1)患有克罗恩病或溃疡性结肠炎形式的IBD的患者的发展(I组生物标记，本文也称为“共同生物标记(commonbiomarkers)”组)；2)患有克罗恩病的患者的发展(II组生物标记，本文也称为“CD生物标记”组)；或3)患有溃疡性结肠炎的患者的发展(III组生物标记；本文也称为“UC生物标记”组)；和/或它们是否可最佳地用于区分IBD患者是患有克罗恩病还是溃疡性结肠炎(IV组；本文也称为“CDvUC生物标记”组)。另外，列于表5并分类为V组生物标记的PBMC-和IBD-相关生物标记(本文也称为“分类生物标记(classifyingbiomarkers)”组)也可用于区分克罗恩病患者和溃疡性结肠炎患者。这些PBMC-和IBD-相关生物标记又可为IBD疾病途径的组成部分，并因此可用作治疗炎性肠病(即克罗恩病或溃疡性结肠炎)的新治疗标靶。

[0009]因此，本发明涉及作为克罗恩病和/或溃疡性结肠炎等炎性肠病的PBMC-和IBD-相关生物标记(其可被分类为I组、II组、III组、IV组和/或V组生物标记)的多核苷酸、由所述多核苷酸编码的多肽及所述多核苷酸或多肽的片段、同源物和同种型。本发明还涉及抗本发明的PBMC-和IBD生物标记的抗体、包含本发明生物标记的阵列和/或涉及本发明生物标记的测定(例如微阵列测定、Q-PCR测定、核酸报告分子测定等)的用途。另外，本发明涉及应用这些PBMC-和IBD-相关生物标记的表达谱来说明克罗恩病和/或溃疡性结肠炎等炎性肠病的存在或风险。就克罗恩病和/或溃疡性结肠炎等炎性肠病而言，这些PBMC-和IBD-相关生物标记还可用于将表达水平差异与不良或有利的预后相关联。PBMC-和IBD-相关生物标记还可用于评价IBD治疗或疗法的功效。关于IBD(例如克罗恩病、溃疡性结肠炎等)治疗，本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记还可用于筛选能够改善IBD的试验化合物，和/或本身可用作治疗药。

[0010]在一个方面，本发明提供PBMC-和IBD-相关生物标记，它们的表达水平表示它们的量或活性，与炎性肠病(例如克罗恩病或溃疡性结肠炎)的存在相关。本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记可以是多核苷酸(例如DNA、cDNA、mRNA)、由所述多核苷酸编码的多肽及所述多核苷酸或多肽的片段、同源物和同种型。在某些实施方案中，本发明方法通过检测已转录的多核苷酸或其部分的存在情况来实施，其中已转录的多核苷酸包括PBMC-和IBD-相关生物标记。或者，可通过检测对应于PBMC-和IBD-相关生物标记基因或RNA物质(即由其编码)的蛋白的存在情况进行检测。这些方法还可在蛋白质水平上进行；也就是说，可以评价PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白的蛋白表达水平，用于诊断、预后和/或监测目的，或用于筛选试验化合物，或作为治疗药。

[0011]在某些实施方案中，本发明方法使用包含1种以上PBMC-和IBD-相关生物标记的多组生物标记。在一个实施方案中，本发明提供包含多种PBMC-和IBD-相关生物标记的一组生物标记。在一个实施方案中，本发明的一组生物标记包含至少2种PBMC-和IBD-相关生物标记。在一个实施方案中，本发明的一组生物标记包含至少3种PBMC-和IBD-相关生物标记。在一个实施方案中，本发明的一组生物标记包含至少4种PBMC-和IBD-相关生物标记。在一个实施方案中，本发明的一组生物标记包含至少5种PBMC-和IBD-相关生物标记。在一个实施方案中，本发明的一组生物标记包含至少6种PBMC-和IBD-相关生物标记。在一个实施方案中，本发明的一组生物标记包含至少7种PBMC-和IBD-相关生物标记。在一个实施方案中，本发明的一组生物标记包含至少8种PBMC-和IBD-相关生物标记。在一个实施方案中，本发明的一组生物标记包含至少9种PBMC-和IBD-相关生物标记。在一个实施方案中，本发明的一组生物标记包含至少10种PBMC-和IBD-相关生物标记。在一个实施方案中，本发明的一组生物标记包含至少11种PBMC-和IBD-相关生物标记。在一个实施方案中，本发明的一组生物标记包含至少12种PBMC-和IBD-相关生物标记。在其它实施方案中，生物标记组包含共同生物标记、CD生物标记、UC生物标记、CDvUC生物标记和/或分类生物标记。还提供生物标记组，其包含选自以下的生物标记：I组生物标记、II组生物标记、III组生物标记、IV组生物标记和/或V组生物标记。技术人员将认识到，本发明的一组生物标记可包含任意数量和任意组合的本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记，尤其是本发明的V组生物标记。因此，在本发明的其它非限制性实施方案中，本发明的一组生物标记包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种或至少12种分类生物标记，例如V组的分类生物标记。例如，本发明的一组非限制性生物标记可包含免疫球蛋白重链恒定区γ1和免疫球蛋白κ恒定区生物标记。本发明的另一组非限制性生物标记可包含人28S核糖体RNA 5′区、C型蛋白酪氨酸磷酸酶受体相关蛋白、H3组蛋白家族成员K、整联蛋白β3(血小板糖蛋白IIIa，抗原CD61)和H2B组蛋白家族成员Q生物标记。本发明的另一组非限制性生物标记可包含免疫球蛋白重链恒定区γ1、颗粒酶K(granzyme K)、mutL同源物3、脂笼蛋白(lipocalin2)、CXCL5、血清剥夺应答磷脂酰丝氨酸结合蛋白(serum deprivationresponse phosphatidylserine binding protein)和H3组蛋白家族成员K生物标记。在一个实施方案中，本发明的一组生物标记在以下方面提供至少70％的精确度(更优选至少80％的精确度，最优选至少90％的精确度)：(a)在确定患者是否患有(1)克罗恩病或溃疡性结肠炎形式的IBD，(2)克罗恩病，和/或(3)溃疡性结肠炎方面，和/或(b)在区分IBD患者是患有克罗恩病还是患有溃疡性结肠炎方面，。在本发明的另一方面，在期望得到有关信息(例如诊断、预后、监测治疗和/或疾病的过程等)的具体受试者样品中，测定1种以上的本发明PBMC-和IBD-相关生物标记的表达水平。

[0012]在某些实施方案中，至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的相对表达水平的比较说明了克罗恩病和/或溃疡性结肠炎等炎性肠病的严重性，该比较允许进行诊断、预后和监测分析。例如，IBD(和/或UC或CD)的不同疾病进展状态的PBMC-和IBD-相关生物标记表达谱的比较提供了一种长期预后的方法，包括这些疾病中的任一种暴发或发作的预计持续时间。在另一个实例中，可以评价具体治疗方案，包括具体药物是否起改善具体患者的长期预后的作用。

[0013]PBMC-和IBD-相关生物标记还可用作治疗标靶或治疗药。因此，非囿于机理，本发明的一些方法部分地基于以下原理：当本发明的PBMC-和IBD-生物标记以类似于或基本类似于从基本无IBD的受试者(即健康受试者)分离的PBMC的水平表达时，它们的表达调节可改善炎性肠病。各种PBMC-和IBD-相关生物标记或这些生物标记的各组生物标记的这些差异表达模式的发现允许筛选目标在于调节具体表达模式的试验化合物；例如可对将预后不良的表达谱转变为较好或改善预后的表达谱的化合物进行筛选。

[0014]关于这些实施方案，一些PBMC-和IBD-相关生物标记可包含经确定具有响应治疗方案时调节活性或表达的生物标记。或者，PBMC-和IBD-相关生物标记的活性或表达的调节可与克罗恩病和/或溃疡性结肠炎等炎性肠病的诊断或预后相关联。另外，本发明的调节剂，例如至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂(例如PBMC-和IBD-相关多核苷酸和/或多肽，相关的PBMC-和IBD-相关多核苷酸和/或多肽(例如抑制性多核苷酸、抑制性多肽(例如抗生物标记抗体))、小分子等)可作为治疗药物施用。在本发明的另一个实施方案中，本发明的调节剂可与一种或多种本发明的其它治疗性组合物联用。如下所述将这些化合物配制为药物组合物。施用此治疗性调节剂可调节至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的异常表达，并因此可用于改善或抑制克罗恩病和/或溃疡性结肠炎等炎性肠病。在本发明的另一个实施方案中，本发明的一种或多种调节剂或其它治疗性组合物可与一种或多种其它已知的治疗药或组合物联用。

附图简述

[0015]图1：鉴别为CD相关的、UC相关的并在UC和CD之间有差异表达的转录物的功能注释和类别。A)显示了在CD对正常ANCOVA比较(灰色条带)中、UC对正常ANCOVA比较(黑色条带)中和UC对CD ANCOVA比较(白色条带)中过量表达的典型途径(x轴)。在这些图中，作图p值的负对数(y轴)，以便突出显示更显著的相关性。查询的途径(x轴)如下：(1)淀粉样蛋白加工，(2)凋亡信号转导，(3)精氨酸和脯氨酸代谢，(4)B细胞受体信号转导(非免疫球蛋白)，(5)心脏β-肾上腺素能信号转导，(6)趋化因子信号转导，(7)死亡受体信号转导，(8)ERK/MAPK信号转导，(9)脂肪酸代谢，(10)细胞周期调节(G1/S)，(11)细胞周期调节(G2/M)，(12)G蛋白偶联受体信号转导，(13)谷氨酸代谢，(14)组氨酸代谢，(15)IGF-1信号转导，(16)IL-2信号转导，(17)IL-4信号转导，(18)肌醇磷酸代谢，(19)胰岛素受体信号转导，(20)整联蛋白信号转导，(21)干扰素信号转导，(22)JAK/STAT信号转导，(23)NF-κB信号转导，(24)氮代谢，(25)p38MAPK信号转导，(26)PI3K/AKT信号转导，(27)PPAR信号转导，(28)前列腺素和白三烯代谢，(29)嘌呤代谢，(30)嘧啶代谢，(31)淀粉和蔗糖代谢，(32)T细胞受体信号转导，(33)色氨酸代谢，(34)酪氨酸代谢，和(35)VEGF信号转导。B)使用Ingenuity途径分析系统(Ingenuity，Mountain View，CA)功能注释PBMC中的CD特异性转录物；转录物在针对CD相关基因的各个选定功能类别中的相对分布用饼分图显示。C)人工功能注释PBMC中的UC特异性转录物，给出了免疫球蛋白对非免疫球蛋白类别中转录物的相对分布。

[0016]图2：使用PBMC谱进行CD和UC的监督类别预测。A)显示了由2-20个基因分类器组成的多组生物标记(x轴)的相对整体精确度(■；y轴)、CD分类的精确度(

；y轴)和UC分类精确度(▲；y轴)。B)显示了样品测试集中加权表决类别分配的结果。支持CD的置信度以正值表示，支持UC的类别分配置信度以负值表示。类别分配的整体精确度在测试集中为100％，在仅基于经微阵列分析获得的PBMC中的表达模式的情况下，14名克罗恩病患者中有14名被正确分类为克罗恩病，6名UC患者中有6名被正确分类为UC。注明了PBMC表达谱的实际出处(CD患者＝前14个白色条带；UC患者＝后6个黑色条带)。

[0017]图3：CD和UC样品组中分类器转录物水平的实时PCR检验。A)显示了基因分类器转录物(x轴)的平均升高倍数(y轴)，以在CD中的上调来检测，通过Affymetrix微阵列杂交(Affymetrix；白柱)或定量实时RT-PCR(TAQMAN_；黑柱)检测。B)显示了基因分类器转录物(x轴)的平均升高倍数(y轴)，以在UC中的上调来检测，通过Affymetrix微阵列杂交(Affymetrix；白柱)或定量实时RT-PCR(TAQMAN_；黑柱)检测。

[0018]图4：使用Q-PCR分析的转录谱对克罗恩病或溃疡性结肠炎患者分类的鉴别和逻辑分析的比较。显示了(A)20个训练集(training set)或(B)20个相关测试集(test set)的逻辑分析或鉴别分析的精确度(y轴)。

发明详述

[0019]尽管胃肠组织活检样品的表达谱分析已鉴别出可用于区分这两种炎性肠病即克罗恩病(CD)或溃疡性结肠炎(UC)的胃肠相关转录组的存在，但所需要的胃肠组织活检样品使这些诊断方法变得无吸引力。外周血中的细胞，具体地说是循环外周血单核细胞(PBMC)，远比胃肠组织活检样品容易获得。因为PBMC负责全面监视机体的感染和疾病征兆，以及IBD明显涉及炎症过程，所以PBMC可用作胃肠组织的替代品，用于评价可用于测定IBD的状态或严重性的组织和疾病相关转录组。

[0020]本发明涉及使用PBMC的至少一种“转录基因标签(transcriptional gene signature)”(本文也称为“基因标签(genesignature)”、“表达标签(expression signature)”、“转录组(transcriptome)”、“谱(proille)”或“基因谱(gene profile)”)，即PBMC相关的转录基因标签，即PBMC表达谱，来确定患者是否患有炎性肠病。本发明还涉及使用PBMC相关性转录组选择性确定IBD患者是患克罗恩病还是患溃疡性结肠炎。本发明基于PBMC相关的和IBD相关的(例如克罗恩病相关的和/或溃疡性结肠炎相关的)转录组的发现。具体地说，本发明基于PBMC-和IBD-相关生物标记的鉴别，这些生物标记可基于其在IBD即克罗恩病和/或溃疡性结肠炎的诊断、预后、监测和/或治疗方面的用途而被分类为五组(I组、II组、III组、IV组和V组)。

[0021]本文使用的术语“生物标记(biomarker)”、“基因分类器(gene classifier)”或“PBMC-和IBD-相关生物标记(PBMC-和IBD-associated biomarker)”等包括与基本无IBD的受试者(例如健康受试者)相比在患有炎性肠病(即克罗恩病和/或溃疡性结肠炎)的受试者的外周血单核细胞中的量被显著调节(即上调或下调)的多核苷酸(即基因、转录物、EST等)或多肽分子。在某些实施方案中，本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记包括I组生物标记(也称为“共同生物标记”)、II组生物标记(也称为“克罗恩病相关生物标记”、“CD相关生物标记”、“CD特异性生物标记”或“CD生物标记”)、III组生物标记(也称为“溃疡性结肠炎相关生物标记”、“UC相关生物标记”、“UC特异性生物标记”或“UC生物标记”)、IV组生物标记(也称为“CDvUC生物标记”)和V组生物标记(也称为“分类生物标记”)的多核苷酸、所述多核苷酸的对应基因产物及所述多核苷酸或基因产物的片段、同源物和同种型。

[0022]本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记可以是与基本无IBD的受试者的PBMC相比在CD患者的PBMC中和/或与基本无IBD的受试者的PBMC相比在UC患者的PBMC中被显著调节(即上调或下调)的多核苷酸、所述多核苷酸的对应基因产物及所述多核苷酸或基因产物的片段、同源物和同种型。在一个实施方案中，PBMC-和IBD-相关生物标记包含分类为I组共同生物标记的PBMC-和IBD-相关生物标记。

[0023]本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记还包括克罗恩病相关生物标记。本文使用的术语“克罗恩病相关生物标记”或“CD生物标记”包括与基本无IBD的受试者的PBMC中的情况相比在克罗恩病患者的外周血单核细胞中的量被显著调节(即上调或下调)的多核苷酸、所述多核苷酸的对应基因产物及所述多核苷酸或基因产物的片段、同源物和同种型。另外，与基本无IBD的受试者的PBMC中的情况相比，CD生物标记在溃疡性结肠炎患者的外周血单核细胞中未被显著调节。在某些实施方案中，本发明的克罗恩病相关生物标记包括被分类为II组生物标记的PBMC-和IBD-相关生物标记，其中可发现某些亚组被分类在IV组和V组生物标记的列表中。

[0024]本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记还包括溃疡性结肠炎相关生物标记。本文使用的术语“溃疡性结肠炎相关生物标记”或“UC生物标记”包括与基本无IBD的受试者的PBMC相比在溃疡性结肠炎病患者的外周血单核细胞中的量被显著调节(即上调或下调)的多核苷酸、所述多核苷酸的对应基因产物及所述多核苷酸或基因产物的片段、同源物和同种型。另外，与基本无IBD的受试者的PBMC相比，UC生物标记在克罗恩病患者的外周血单核细胞中的量未被显著调节。在某些实施方案中，本发明的溃疡性结肠炎相关生物标记包括被分类为III组生物标记的PBMC-和IBD-相关生物标记，其中可发现某些亚组被分类在IV组和V组生物标记的列表中。

[0025]本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记包括CDvUC生物标记。本文使用的术语“CDvUC生物标记”包括与基本无IBD的受试者的PBMC相比在溃疡性结肠炎或克罗恩病患者的外周血单核细胞中的量被显著调节(即上调或下调)的多核苷酸、所述多核苷酸的对应基因产物及所述多核苷酸或基因产物的片段、同源物和同种型，它们能区分从克罗恩病患者分离的外周血单核细胞和从溃疡性结肠炎患者分离的外周血单核细胞。例如，与其在患有一种炎性肠病(例如克罗恩病)的受试者中的表达相比，CDvUC生物标记可在患有另一种炎性肠病(例如溃疡性结肠炎)的受试者中被显著调节。或者，与患有一种炎性肠病(例如克罗恩病)的受试者相比，CDvUC生物标记可在患有另一种炎性肠病(例如溃疡性结肠炎)的受试者中被以相反方向调节。在某些实施方案中，区分性CDvUC生物标记包括IV组生物标记，其中可发现某些亚组被分类在V组生物标记的列表中。

[0026]本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记可分类为较小的CDvUC生物标记组，属于分类生物标记组。本文使用的“分类生物标记组”包括一组可用于区分克罗恩病患者和溃疡性结肠炎患者的多核苷酸、所述多核苷酸的对应基因产物及所述多核苷酸或基因产物的片段、同源物和同种型。在某些实施方案中，一组分类生物标记是一组分类为V组生物标记的生物标记。

[0027]优选地，对于本发明的目的，被显著调节(即上调或下调)的本发明PBMC-和IBD-相关生物标记的表达水平分别被增加或降低达异常程度，其中表达水平是异常的，例如超出健康受试者PBMC中的相同PBMC-和IBD-相关生物标记的标准偏差。更优选地，相对于健康受试者，显著受调节的PBMC-和IBD-相关生物标记被上调或下调达至少异常的1.5、2、3或4倍改变或更高。

[0028]作为I组、II组、III组、IV组和V组生物标记纳入的PBMC-和IBD-相关生物标记的UniGene登录号、名称以及它们的调节方向(即上调或下调)分别列于下面的表1、表2、表3、表4和表5。

表1.I组的PBMC-和IBD-相关生物标记；共同生物标记
							登录号	名称	在二者中的方向	CD相对于正常的倍数差异	CD相对于正常的ANCOVAp值	UC相对于正常的倍数差异	UC相对于正常的ANCOVAp值
Hs.75716	丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂，进化枝B(卵清蛋白)，成员2，PAI2	↑	6.93	6.84E-12	3.35	3.87E-05
							Hs.154654	细胞色素P450，亚家族I(二_英可诱导的)，多肽1	↑	3.31	6.49E-10	2.37	2.81E-05
Hs.79516	脑丰富的、膜连接的信号蛋白I	↑	1.94	6.81E-09	2.13	2.61E-09
							Hs.177781	未知	↑	1.88	6.34E-08	1.92	3.99E-07
Hs.104624	水通道蛋白9	↑	1.88	9.92E-06	2.02	9.06E-06
							Hs.20084	类视黄醇X受体，α	↑	1.80	1.33E-06	1.68	9.18E-05
Hs.2161	补体组分5受体1	↑	1.74	2.65E-05	1.81	5.05E-05

	(C5a配体)
							Hs.865	RAP1A，RAS癌基因家族成员	↑	1.64	5.95E-10	1.53	1.01E-06
Hs.177486	淀粉样蛋白β(A4)前体蛋白(蛋白酶微管连接蛋白-II，阿尔茨海默病(Alzheimerdisease)	↑	1.63	6.11E-10	1.60	4.81E-08
							Hs.198282	磷脂合成酶1(scramblase 1)	↑	1.60	3.90E-05	1.76	1.09E-05
Hs.288555	ELK3，ETS-结构域蛋白(SRF辅助蛋白2)	↑	1.59	4.25E-10	1.51	2.75E-07
							Hs.101695	NCK连接蛋白2	↑	1.57	2.72E-14	1.51	1.08E-10
Hs.198282	磷脂合成酶1	↑	1.56	1.02E-05	1.55	7.12E-05
							Hs.285313	核启动子元件结合蛋白	↓	2.78	8.63E-05	5.65	9.23E-09
Hs.151411	KIAA0916蛋白	↓	2.47	7.92E-05	3.21	6.01E-06
							Hs.20072	肌球蛋白调节性轻链互作蛋白	↓	2.45	3.21E-07	2.47	2.73E-06
Hs.81248	CUG三链体重复序列，RNA结合蛋白1	↓	2.44	8.74E-08	2.52	4.84E-07
							Hs.211610	CUG三链体重复序列，RNA结合蛋白2	↓	2.27	5.40E-06	2.62	1.77E-06
Hs.86896	含布罗莫结构域的蛋白3(bromodomaincontaining 3)	↓	2.24	1.22E-06	2.26	8.83E-06
							Hs.100555	DEAD/H(Asp-Glu-Ala-Asp/His)框多肽18(Myc-调节的)	↓	2.24	3.89E-05	2.48	3.11E-05
Hs.143601	假定蛋白hCLA-iso	↓	2.20	1.20E-07	2.16	2.42E-06
							Hs.149436	驱动蛋白家族成员5B	↓	2.15	2.66E-05	2.56	4.15E-06

Hs-239483	未知	↓	2.10	2.47E-09	2.42	2.47E-10
							Hs.78909	锌指蛋白36，C3H型样2	↓	2.03	1.46E-07	2.06	1.18E-06
Hs.85273	成视网膜细胞瘤结合蛋白6	↓	2.01	6.23E-05	2.56	1.64E-06
							Hs.219614	F-框和亮氨酸富集重复蛋白11	↓	1.95	9.04E-07	2.41	1.11E-08
Hs.153834	pumilio同系物1(果蝇)	↓	1.92	6.49E-08	1.92	8.29E-07
							Hs.18827	圆柱瘤(头帕(turban)肿瘤综合征)	↓	1.91	7.70E-06	2.13	2.93E-06
Hs.127287	KIAA0794蛋白	↓	1.83	3.31E-05	1.95	4.07E-05
							Hs.73090	B细胞2中κ轻链多肽基因增强子的核因子(p49/p100)	↓	1.81	3.63E-06	1.77	4.93E-05
Hs.373557	包含THC211630基因的部分转录物	↓	1.81	3.43E-05	2.18	1.32E-06
							Hs.75243	含布罗莫结构域的蛋白2	↓	1.76	1.11E-06	1.86	1.65E-06
Hs.118174	34肽重复结构域3	↓	1.76	4.63E-05	2.35	6.54E-08
							Hs.37096	锌指蛋白145(Kruppel样，在早幼粒细胞性白血病中表达)	↓	1.74	8.38E-07	1.91	2.96E-07
Hs.3530	FUS互作蛋白(丝氨酸-精氨酸富集)1	↓	1.72	2.20E-05	1.89	7.47E-06
							Hs.83484	Meisl	↓	1.70	2.26E-06	1.78	3.70E-06
Hs.294014	未知	↓	1.68	5.43E-06	1.81	2.84E-06
							Hs.183418/214291/355896	细胞分裂周期蛋白2样1(PITSLRE蛋白)，细胞分裂周期蛋白2样2	↓	1.64	1.42E-05	1.88	9.80E-07
Hs.77256	zeste同系物2的增强子(果蝇)	↓	1.63	7.72E-06	1.71	8.73E-06
							Hs.278426	PDGFA相关蛋白1	↓	1.60	6.59E-07	1.57	1.61E-05
Hs.10351	KIAA0308蛋白	↓	1.60	8.99E-06	1.78	1.10E-06

Hs.18368	SR富集蛋白	↓	1.57	1.30E-05	1.83	2.43E-07
							Hs.2173	岩藻糖基转移酶4(α(1，3)岩藻糖基转移酶，骨髓特异性)	↓	1.54	4.08E-05	1.70	6.69E-06
Hs.152601	UDP-葡萄糖，神经酰胺葡糖基转移酶	↓	1.54	3.35E-05	1.73	2.72E-06
							Hs.243901	未知	↓	1.51	8.84E-05	1.68	1.29E-05

¹这些PBMC-和IBD-生物标记的表达异常，例如与健康者相比在CD患者和UC患者的PBMC中均被显著上调(↑)或下调(↓)。

表2：II组的PBMC-和IBD-相关生物标记；CD生物标记
						登录号	名称	在CD中的方向	CD相对于正常的倍数差异	CD相对于正常的p值	具有显著性(p≤0.0001)
Hs.72933	血小板因子4变体1	↑	2.48	1.91E-05
						Hs.83381	鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)，γ11	↑	2.30	4.02E-09
Hs.119257	emsl序列(哺乳动物肿瘤和鳞状上皮细胞癌相关的(p80/85src底物)	↑	2.28	1.53E-08
						Hs.87149	整联蛋白，β3(血小板糖蛋白IIIa，抗原CD61)	↑	2.22	6.10E-06
Hs.90061	孕酮受体膜组分1	↑	2.18	1.61E-07
						Hs.155097	碳酸酐酶II	↑	2.17	2.37E-06
Hs.81564	血小板因子4(趋化因子(C-X-C基序)配体4)	↑	2.14	4.03E-09
						Hs.90786	ATP-结合表达盒，亚家族C(CFTR/MRP)，成员3	↑	2.12	4.00E-05
Hs.279843	mutL同系物3(大肠杆菌)	↑	2.12	1.26E-08
						Hs.88474	前列腺素-内过氧化物合酶1(前列腺素G/H合酶和环加氧酶)	↑	2.06	4.95E-06

Hs.75106	簇蛋白(clusterin)(补体裂解抑制剂，SP-40，40，硫酸化糖蛋白2，载脂蛋白J)	↑	2.00	7.02E-06
						Hs.249216	H2B组蛋白家族，成员J	↑	1.98	9.64E-08
Hs.41267	染色体21可读框7	↑	1.97	1.39E-06
						Hs.326035	早期生长反应蛋白1	↑	1.95	6.86E-05
Hs.271473	在癌症中被上调的上皮蛋白，膜相关蛋白17	↑	1.87	2.30E-06
						Hs.84171	骨髓增殖性白血病病毒癌基因	↑	1.84	1.14E-06
Hs.77890	鸟苷酸环化酶1，可溶性，β3	↑	I.82	1.17E-06
						Hs.1395	早期生长反应蛋白2(Krox-20同系物，果蝇)	↑	1.79	5.01E-05
Hs.204238	脂笼蛋白2(癌基因24p3)	↑	1.79	5.19E-05
						Hs.88474	前列腺素-内过氧化物合酶1(前列腺素G/H合酶和环加氧酶)	↑	1.76	3.21E-07
Hs.26530	血清剥夺应答蛋白(磷脂酰丝氨酸结合蛋白)	↑	1.69	8.41E-07
						Hs.193700	共有序列，包括gb：AL110164.1	↑	1.67	1.12E-06
Hs.2164	前血小板碱性蛋白(趋化因子(C-X-C基序)配体7)	↑	1.66	1.18E-06
						Hs.8302	4个半LIM结构域2	↑	1.66	3.70E-05
Hs.64016	蛋白S(α)	↑	1.62	7.63E-06
						Hs.87149	整联蛋白，β3(血小板糖蛋白IIIa，抗原CD61)	↑	1.61	3.55E-05
Hs.114360	转化生长因子β刺激蛋白TSC-22	↑	1.59	1.10E-06
						Hs 149846	整联蛋白，β5	↑	1.58	1.60E-05
Hs.6721	甘油单酯脂酶	↑	1.56	1.57E-05

Hs.77899	原肌球蛋白1(α)	↑	1.56	4.16E-05
						Hs.114231	C-型凝集素样受体-2	↑	1.56	3.31E-06
Hs.7917	小鼠低氧诱导基因1的可能直系同源物	↑	1.55	1.79E-06
						Hs 261023	假定蛋白FLJ20958	↑	1.53	1.25E-06
Hs.22116	CDC14细胞分裂周期蛋白14同系物B(酿酒酵母)	↑	1.51	4.87E-05
						Hs.433622	卵泡抑素样蛋白1	↑	1.51	7.19E-05
Hs.183125	杀伤细胞凝集素样受体亚家族F，成员1	↓	2.57	4.03E-07
						Hs.334837	Williams Beuren综合征染色体区20C，Williams-Beuren综合征关键区域蛋白20拷贝B	↓	2.21	7.94E-06
Hs.8272	前列腺素D2合酶21kDa(脑)	↓	2.17	6.12E-08
						Hs.64746	氯离子胞内通道3	↓	2.07	2.17E-05
Hs.8272	前列腺素D2合酶21kDa(脑)	↓	2.06	4.36E-07
						Hs.334837	Williams Beuren综合征染色体区20A、B和C	↓	1.94	4.80E-05
Hs.406306	Williams Beuren综合征染色体区20A、B和C	↓	1.88	4.85E-05
						Hs.3066	颗粒酶K(丝氨酸蛋白酶，颗粒酶3；酪蛋白酶II)	↓	1.87	6.01E-05
Hs.381613	连接物相关的蛋白复合物1，γ2亚基	↓	1.85	1.06E-05
						Hs.355888	磷脂酶C，β2	↓	1.83	7.22E-06
Hs.88411	天然细胞毒性触发受体3	小	1.82	1.22E-05
						Hs.406306	Williams Beuren综合征染色体区20A、B和C	↓	1.80	3.32E-05
Hs.194669	zeste同系物1的增强子(果	↓	1.80	5.58E-05

	蝇)
						Hs.99491	RAS鸟嘌呤基释放蛋白2(钙和DAG-调节的)	↓	1.77	5.81E-07
Hs.349256	成对免疫球蛋白样受体β	↓	1.73	9.12E-05
						Hs.13377	含abhydrolase结构域的蛋白3	↓	1.70	5.09E-05	嗜中性粒细胞
Hs.274	巨核细胞相关的酪蛋白激酶	↓	1.68	3.10E-06	单核细胞/淋巴细胞
						Hs.323817	DKFZP547E1010蛋白	↓	1.66	2.68E-06
Hs.8272	前列腺素D2合酶21kDa(脑)	↓	1.64	7.56E-06
						Hs.288126	spondin 2，胞外基质蛋白	↓	1.64	6.34E-06
Hs.8182	假定蛋白MGC17528，突触核表达的基因1	↓	1.63	1.44E-07
						Hs.31834	共有序列，包括gb：AI052536	↓	1.63	2.88E-05
Hs.234569	ζ-链(TCR)相关蛋白激酶70kDa	↓	I.61	3.24E-05	单核细胞/淋巴细胞
						Hs.167988	神经细胞粘附分子1	↓	1.61	2.19E-05
Hs.75196	HLA-B相关转录物8	↓	1.61	6.42E-05
						Hs.180948	KIAA0570基因产物	↓	1.60	4.03E-05
Hs.356684	假定蛋白DKFZp762C186	↓	1.58	3.27E-06	嗜酸性粒细胞/嗜中性粒细胞
						Hs.29288	内-β-N-乙酰葡糖胺酶	↓	1.55	1.69E-05
Hs.313844	共有序列，包括gb：AW069290	↓	1.55	8.69E-05
						Hs.100293	O-联N-乙酰葡糖胺(GlcNAc)转移酶(UDP-N-乙酰葡糖胺：多肽-N-乙酰葡糖胺转移酶)	↓	1.53	1.41E-05
未知	共有序列，包括gb：NM_024957.1	↓	1.52	6.06E-07
						Hs.170160	RAB2，成员RAS癌基因家	↓	1.52	2.47E-06	嗜中性粒

族样

细胞

²与健康者相比较，这些PBMC-和IBD-生物标记仅在CD患者的PBMC中(即不在UC患者的PBMC中)的表达异常，例如被显著上调(↑)或下调(↓)。

表3：III组的PBMC-和IBD-相关生物标记；UC生物标记
						登录号	名称	在UC中的方向	UC相对于正常的倍数差异	UC相对于正常的p值	具有显著性(p≤0.0001)
Hs.300697	免疫球蛋白重链恒定区γ3(G3m标记)	↑	4.65	2.70E-12
						N/A	共有序列，包括gb：X51887(免疫球蛋白κ孤独基因)	↑	2.75	7.83E-05
Hs.406565	免疫球蛋白κ恒定区	↑	2.63	2.05E-06
						Hs.76325	免疫球蛋白J多肽，免疫球蛋白α和μ多肽的连接蛋白	↑	2.48	4.70E-06
s-406565	免疫球蛋白κ恒定区	↑	2.46	4.66E-08
						Hs.102950	外被体蛋白复合物，亚基γ，免疫球蛋白λJ3	↑	2.32	3.12E-06
Hs.406565	免疫球蛋白κ恒定区	↑	2.21	5.90E-10
						Hs.102950	外被体蛋白复合物，亚基γ，免疫球蛋白λJ3	↑	2.19	3.33E-07
N/a	共有序列，包括gb：AJ408433(免疫球蛋白κ链可变区的部分IGKV基因)	↑	2.16	1.92E-05
						Hs.406565	免疫球蛋白κ恒定区	↑	2.16	7.59E-07
Hs.102950	外被体蛋白复合物，亚基γ，免疫球蛋白λJ3	↑	2.10	4.74E-06
						Hs.406565	免疫球蛋白κ恒定区	↑	2.05	1.99E-06
Hs.381417	共有序列，包括	↑	1.97	3.63E-06

	gb：AF103529.1(免疫球蛋白κ轻链可变区)
						Hs.348935	免疫球蛋白λ样多肽1	↑	1.89	1.65E-06
Hs.405944	免疫球蛋白λ基因座	↑	1.83	2.53E-05
						Hs.102950	外被体蛋白复合物，亚基γ，免疫球蛋白λJ 3	↑	1.82	1.55E-05
Hs.405944	免疫球蛋白λ基因座	↑	1.75	7.51E-06
						Hs.406565	免疫球蛋白κ恒定区	↑	1.71	1.12E-07
Hs.381418	共有序列，包括gb：AF103530.1(免疫球蛋白κ轻链可变区)	↑	1.70	3.11E-07
						Hs.406565	免疫球蛋白κ恒定区	↑	1.59	4.25E-06
Hs.102950	外被体蛋白复合物，亚基γ，免疫球蛋白λJ3	↑	1.50	2.91E-05
						Hs.107213	形成素结合蛋白3	↓	1.75	4.27E-05

³与健康者相比较，这些PBMC-和IBD-生物标记仅在UC患者的PBMC中(即不在CD患者的PBMC中)的表达异常，例如被显著上调(↑)或下调(↓)。

表4.IV组的PBMC-和IBD-相关生物标记；CDvUC生物标记
					登录号	名称	特异性	倍数差异	ANCOVAp值
Hs.90061	孕酮受体膜组分1	克罗恩病	2.08	2.55E-07
					Hs.279843	mutL同系物3(大肠杆菌)	克罗恩病	2.00	2.75E-08
Hs.88474	前列腺素-内过氧化物合酶1(前列腺素G/H合酶和环加氧酶)	克罗恩病	1.93	1.18E-05
					Hs.73769	叶酸受体1(成人)	克罗恩病	1.93	6.82E-11
Hs.89714	趋化因子(C-X-C基序)配体5	克罗恩病	1.85	3.71E-05
					Hs.83381	鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)，γ11	克罗恩病	1.79	8.04E-06
Hs.2359	双特异性磷酸酶4	克罗恩病	1.76	5.30E-05
					Hs.204238	脂笼蛋白2(癌基因24p3)	克罗恩病	1.75	4.35E-05
Hs.81564	血小板因子4(趋化因子(C-X-C	克罗恩病	1.74	4.38E-06

	基序)配体4)
					Hs.119257	emsl序列(哺乳动物肿瘤和鳞状细胞癌相关的(p80/85src底物)	克罗恩病	1.70	8.21E-05
Hs.26530	血清剥夺应答蛋白(磷脂酰丝氨酸结合蛋白)	克罗恩病	1.66	5.34E-07
					Hs.303023	微管蛋白，β1	克罗恩病	1.65	8.39E-05
Hs.23581	瘦素受体基因相关蛋白	克罗恩病	1.61	7.52E-05
					Hs.249216	H2B组蛋白家族，成员J	克罗恩病	1.61	6.91E-05
Hs.77439	蛋白激酶，cAMP-依赖性的，调节性的，II型，β	克罗恩病	1.59	4.09E-05
					Hs.2178	H2B组蛋白家族，成员Q	克罗恩病	1.57	8.85E-06
Hs.114231	C-型凝集素样受体-2	克罗恩病	1.57	8.79E-07
					Hs.12813	DKFZP434J214蛋白	克罗恩病	1.52	1.21E-05
Hs.2164	前血小板碱性蛋白(趋化因子(C-X-C基序)配体7)	克罗恩病	1.51	2.90E-05
					Hs.300697	免疫球蛋白重链恒定区γ3(G3m标记)	UC	3.87	9.280E-13
Hs.153261	免疫球蛋白重链恒定区μ	UC	2.60	2.72E-05
					n/a	与免疫球蛋白κ孤独基因具有共有序列的未知EST	UC	2.42	5.66E-05
Hs.406565	免疫球蛋白κ恒定区	UC	2.30	1.78E-06
					n/a	28S核糖体RNA5’区	UC	2.11	2.95E-07
Hs.406565	免疫球蛋白κ恒定区	UC	2.08	2.88E-08
					Hs.406565	免疫球蛋白κ恒定区	UC	2.04	3.52E-07
Hs.183125	杀伤细胞凝集素样受体亚家族F，成员1	UC	2.02	5.45E-05
					Hs.411106	穿孔素1	UC	1.98	7.07E-05
Hs.153261	免疫球蛋白重链恒定区μ	UC	1.93	378E-05
					Hs.406565	免疫球蛋白κ恒定区	UC	1.88	2.19E-06
Hs.406565	免疫球蛋白κ恒定区	UC	1.87	8.32E-09
					Hs.102950	外被体蛋白复合物，亚基γ，免疫球蛋白λJ3	UC	1.74	5.47E-05

Hs.102950	外被体蛋白复合物，亚基γ，免疫球蛋白λJ3	UC	1.74	2.10E-05
					Hs.406565	免疫球蛋白κ恒定区	UC	1.72	2.57E-07
Hs.355888	磷脂酶C，β2	UC	1.72	2.24E-05
					Hs.8272	前列腺素D2合酶21kDa(脑)	UC	1.71	5.41E-05
Hs.25338	蛋白酶，丝氨酸，23	UC	1.68	7.72E-05
					Hs.381417	与免疫球蛋白κ轻链可变区具有共有序列的未知EST	UC	1.67	3.86E-05
Hs.75596	白介素2受体，β	UC	1.65	7.19E-05
					Hs.406565	免疫球蛋白κ恒定区	UC	1.64	2.48E-06
Hs.102950	外被体蛋白复合物，亚基γ，免疫球蛋白λJ3	UC	1.64	4.13E-05
					Hs.406565	免疫球蛋白κ恒定区	UC	1.63	4.95E-06
Hs.406565	免疫球蛋白κ恒定区	UC	1.61	3.75E-08
					Hs.380156	NK-受体，杀伤细胞免疫球蛋白样受体，两个结构域，长胞质尾，3	UC	1.60	3.16E-08
Hs.405944	免疫球蛋白λ基因座	UC	1.59	1.55E-05
					Hs.3489356	免疫球蛋白λ样多肽1	UC	1.58	4.69E-05
Hs.84	白介素2受体，γ(严重复合免疫缺陷症)	UC	1.53	7.84E-05
					Hs.193128	秀丽线虫smu-1同系物	UC	1.52	5.16E-05
Hs.238944	假定蛋白FLJ10631	UC	1.52	3.72E-05

表5：V组的PBMC-和IBD-相关生物标记；分类生物标记

分类器基因	类别	名称	单基因标识号
				1	克罗恩病	脂笼蛋白2(癌基因24p3)	Hs.204238
2	克罗恩病	mutL同源物3(大肠杆菌)	Hs.279843
				3	克罗恩病	血清剥夺应答蛋白(磷脂酰丝氨酸结合蛋白)	Hs.26530
4	克罗恩病	H2B组蛋白家族，成员Q	Hs.2178
				5	克罗恩病	H3组蛋白家族，成员K	Hs.70937

6	克罗恩病	趋化因子(C-X-C基序)配体5	Hs.89174
				7	克罗恩病	整联蛋白β3(血小板糖蛋白IIIa，抗原CD61)	Hs.87149
8	UC	免疫球蛋白重链恒定区γ3(G3m标记，IgHg3)，本文也称为免疫球蛋白重链恒定区γ1	Hs.300697
				9	UC	免疫球蛋白κ恒定区	Hs.406565
10	UC	M27830人28S核糖体RNA基因5′区	n/a
				11	UC	C型蛋白酪氨酸磷酸酶受体相关蛋白	Hs.155975
12	UC	颗粒酶K(丝氨酸蛋白酶，颗粒酶3；酪蛋白酶II)	Hs.3066
				13	UC	免疫球蛋白κ恒定区	Hs.406565
14	UC	免疫球蛋白κ恒定区	Hs.406565

PBMC-和IBD-相关生物标记的来源

[0029]本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记的多核苷酸和多肽可分离自表达PBMC-和IBD-相关生物标记的任意受试者组织或细胞。在一个优选的非限制性实施方案中，所述组织来自血液(或者例如血清、血浆、血细胞)、淋巴结、唾液、胃或肠。含有一种或多种PBMC-和IBD-相关生物标记的组织样品本身可用于本发明方法，本领域技术人员会知晓可通过其常规获得、贮存和/或保存这类样品的方法。但是，对本领域技术人员显而易见的是，血液，具体的说是PBMC，应在提供的诊断、预后和/或监测IBD(即CD或UC)进展的方法中用作评价本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记表达的优选来源。

分离的PBMC-和IBD-相关生物标记多核苷酸

[0030]本发明提供作为PBMC-和IBD-相关生物标记的分离的多核苷酸和多肽。本发明的优选核苷酸序列包括基因组、cDNA、mRNA、siRNA和化学合成的核苷酸序列。

[0031]本发明的示例性PBMC-和IBD-相关生物标记列于表1-5。本发明包含列于表1-5的PBMC-和IBD-相关生物标记的多核苷酸序列。本发明的多核苷酸还包括在严格条件下与列于表1-5的PBMC-和IBD-相关生物标记的多核苷酸序列或其互补序列杂交和/或编码保留列于表1-5的PBMC-和IBD-相关生物标记的基本生物活性(即活性片段)的多肽的多核苷酸。本发明的多核苷酸还包括列于表1-5的PBMC-和IBD-相关生物标记的多核苷酸序列的连续部分，这些连续部分包含至少21个连续核苷酸。

[0032]本发明还包括列于表1-5的PBMC-和IBD-相关生物标记的多肽。本发明的多肽还包括列于表1-5的PBMC-和IBD-相关生物标记的多肽的连续部分，这些连续部分包含至少7个连续氨基酸。本发明的优选实施方案包含选自列于表1-5的那些生物标记的PBMC-和IBD-相关生物标记的任一种多肽的任意连续部分，此连续部分保留选定多肽的基本生物活性。

[0033]本发明还包括仅由于众所周知的遗传密码简并性而与列于表1-5的PBMC-和IBD-相关生物标记的多核苷酸序列不同的多核苷酸分子，因此其编码的蛋白与列于表1-5的PBMC-和IBD-相关生物标记编码的蛋白相同。

[0034]本发明包括的多核苷酸可用作杂交探针和引物，以鉴定和分离具有与公开的多核苷酸的编码序列相同或相似的序列的核酸。用于鉴定和分离核酸的杂交方法包括聚合酶链反应(PCR)、DNA杂交、原位杂交和RNA杂交，这些方法都是本领域技术人员众所周知的。

[0035]可在不同严格性的条件下进行杂交反应。杂交反应的严格性包括任意两个核酸分子彼此杂交的难度。本发明还包括能够在降低的严格性条件下、更优选在严格条件下以及最优选在高严格条件下与本文描述的多核苷酸杂交的多核苷酸。严格性条件的实例示于下表6：高严格条件是至少和例如条件A-F一样严格的那些条件；严格条件是至少和例如条件G-L一样严格的条件；降低的严格条件是至少和例如条件M-R一样严格的条件。

表6.严格条件

严格条件	多核苷酸杂交	杂交长度(bp)1	杂交温度和缓冲液2	洗涤温度和缓冲液2
					A	DNA:DNA	＞50	65℃；1×SSC或42℃；1×SSC，50％甲酰胺	65℃；0.3×SSC
B	DNA:DNA	＜50	TB *；1×SSC	TB *；1×SSC
					C	DNA:RNA	＞50	67℃；1×SSC或45℃；1×SSC，50％甲酰胺	67℃；0.3×SSC
D	DNA:RNA	＜50	TD *；1×SSC	TD *；1×SSC
					E	RNA:RNA	＞50	70℃；1×SSC或50℃；1×SSC，50％甲酰胺	70℃；0.3×SSC
F	RNA:RNA	＜50	TF *；1×SSC	TF *；1×SSC
					G	DNA:DNA	＞50	65℃；4×SSC或42℃；4×SSC，50％甲酰胺	65℃；1×SSC
H	DNA:DNA	＜50	TH *；4×SSC	TH *；4×SSC
					I	DNA:RNA	＞50	67℃；4×SSC或45℃；4×SSC，50％甲酰胺	67℃；1×SSC
J	DNA:RNA	＜50	TJ *；4×SSC	TJ *；4×SSC
					K	RNA:RNA	＞50	70℃；4×SSC或50℃；4×SSC，50％甲酰胺	67℃；1×SSC
L	RNA:RNA	＜50	TL *；2×SSC	TL *；2×SSC
					M	DNA:DNA	＞50	50℃；4×SSC或40℃；6×SSC，50％甲酰胺	50℃；2×SSC
N	DNA:DNA	＜50	TN *；6×SSC	TN *；6×SSC
					O	DNA:RNA	＞50	55℃；4×SSC或	55℃；2×SSC

			42℃；6×SSC，50％甲酰胺
					P	DNA:RNA	＜50	TP *；6×SSC	TP *；6×SSC
Q	RNA:RNA	＞50	60℃；4×SSC或45℃；6×SSC，50％甲酰胺	60℃；2×SSC
					R	RNA:RNA	＜50	TR *；4×SSC	TR *；4×SSC

1：杂交长度是预期的杂交多核苷酸的杂交区的长度。当多核苷酸与未知序列的靶多核苷酸杂交时，杂交长度被假定为杂交多核苷酸的长度。当已知序列的多核苷酸杂交时，可通过比对多核苷酸序列并鉴定一个或多个最佳序列互补区而确定杂交长度。

2：SSPE(1×SSPE是0.15MNaCl、10mMNaH₂PO₄和1.25mMEDTA，pH7.4)在杂交和洗涤缓冲液中可替代SSC(1×SSC是0.15MNaCl和15mM柠檬酸钠)，杂交完成后可进行15分钟的漂洗。

T_B ^*-T_R ^*：预计长度小于50个碱基对的杂合体的杂交温度应比杂合体的解链温度(T_m)低5-10℃，其中T_m按照以下公式求出。对于长度小于18个碱基对的杂合体，T_m(℃)＝2(A+T碱基数)+4(G+C碱基数)。对于长度介于18-49个碱基对的杂合体，T_m(℃)＝81.5+16.6(log₁₀Na⁺)+0.41(％G+C)-(600/N)，其中N是杂合体中的碱基数，Na⁺是杂交缓冲液中的钠离子浓度(1×SSC中，Na⁺＝0.165M)。

多核苷酸杂交的严格条件的其它实例参见Sambrook，J.，E.F.Fritsch，和T.Maniatis，1989，Molecular Cloning：A Laboratory Manual，Cold Spring HarborLaboratory Press，Cold Spring Harbor，NY，第9和11章，以及Current Protocols inMolecular Biology，1995，F.M.Ausubel等编辑，John Wiley & Sons，Inc.，第2.10和6.3-6.4节，这些文献在此引入作为参考。

[0036]本发明的多核苷酸还可用作杂交探针和引物，以鉴定和分离同源多核苷酸，即具有的序列编码本发明多肽和/或与所公开多肽同源的多肽的核酸。这些同源物是由与所公开的多核苷酸和多肽的物种不同的物种分离的多核苷酸和多肽，或者是在相同物种中的多核苷酸和多肽，但与所公开的多核苷酸和多肽具有显著的序列相似性。优选地，多核苷酸同源物与所公开的多核苷酸具有至少60％的序列同一性(更优选具有至少75％的同一性；最优选具有至少90％的同一性)，而多肽同源物与所公开的多肽具有至少30％的序列同一性(更优选具有至少45％的同一性；最优选具有至少60％的同一性)。优选地，所公开的多核苷酸和多肽的同源物分离自哺乳动物物种，最优选分离自人。

[0037]本发明的多核苷酸可用作杂交探针和引物，以鉴定和分离具有编码列于表1-5的PBMC-和IBD-相关生物标记的多核苷酸序列的等位基因变体的序列的DNA。等位基因变体是列于表1-5的PBMC-和IBD-相关生物标记的多核苷酸序列的天然可变形式，其编码的多肽与列于表1-5的基因编码的多肽相同或具有显著相似性。优选地，等位基因变体与所公开的多核苷酸具有至少90％的序列同一性(更优选具有至少95％的同一性；最优选具有至少99％的同一性)。

[0038]因此，除了列于表1-5的多核苷酸序列以外，本发明还包括列于表1-5的PBMC-和IBD-相关生物标记的同源物和等位基因变体。

[0039]本发明的多核苷酸还可用作杂交探针和引物，以鉴定表达本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记的多肽的细胞和组织以及它们表达的条件。

[0040]另外，本发明的多核苷酸可用于改变(即调节(例如增强、减少或修饰))细胞或生物中对应于本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记的基因的表达。这些对应基因是本发明的基因组DNA序列，它们经转录产生mRNA，由这些mRNA得到本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记多肽。

[0041]可通过使用各种抑制性多核苷酸，例如反义多核苷酸、结合和/或切割由本发明基因转录的mRNA的核酶、靶向基因调节区的形成三链体的寡核苷酸以及引起靶mRNA序列特异性降解的短干扰RNA，在细胞或生物中实现本发明包含的PBMC-和IBD-相关生物标记的改变的表达(例如Galderisi等，(1999)J.Cell.Physiol.181：251-57；Sioud(2001)Curr.Mol.Med.1：575-88；Knauert和Glazer(2001)Hum.Mol.Genet.10：2243-51；Bass(200)Nature 411：428-29)。

[0042]本发明的抑制性反义多核苷酸或核酶多核苷酸可与本发明基因的完整编码链互补，或仅与其一部分互补。或者，抑制性多核苷酸可与本发明基因编码链的非编码区互补。可使用本领域众所周知的方法，使用化学合成和/或酶连接反应构建本发明的抑制性多核苷酸。可修饰化学合成的多核苷酸的核苷键，以增强其对抗核酸酶介导的降解的能力以及增加其序列特异性。这样的键修饰包括但不限于硫代磷酸酯键、甲基膦酸酯键、氨基磷酸酯键、硼烷磷酸酯键、吗啉代键和肽核酸(PNA)键(Galderisi等，出处同上；Heasman(2002)Dev.Biol.243：209-14；Mickelfield(2001)Curr.Med.Chem.8：1157-79)。或者，可使用本发明的多核苷酸已以反义(即反向)方向亚克隆入其中的表达载体用生物学方法生产反义分子。

[0043]在又一个实施方案中，本发明的反义多核苷酸分子是α-异头多核苷酸分子。α-异头多核苷酸分子与互补RNA形成特异性双链杂合体，在所述互补RNA中，与通常的β单元相比，链彼此平行排列。根据本领域众所周知的技术，反义多核苷酸分子还可以包含2′-o-甲基核糖核苷酸或嵌合RNA-DNA类似物。

[0044]本发明包含的抑制性的形成三链体的寡核苷酸(TFO)以高特异性和亲和性结合双链DNA的大沟(Knauert和Glazer，出处同上)。可通过靶向与基因的调节区(即启动子和/或增强子序列)互补的TFO，以形成防止基因转录的三螺旋结构，从而抑制本发明基因的表达。

[0045]在本发明的一个实施方案中，本发明的抑制性多核苷酸是短的干扰RNA(siRNA)分子。这些siRNA分子是短的(优选19-25个核苷酸；更优选19或21个核苷酸)双链RNA分子，引起靶mRNA的序列特异性降解。该降解被称为RNA干扰(RNAi)(例如Bass(2001)Nature 411：428-29)。最初在低等生物中鉴别出的RNAi已成功地应用于哺乳动物细胞，最近还表明其在用靶向Fas mRNA的siRNA分子治疗的小鼠中预防暴发性肝炎(Song等，(2003)Nature Med.9：347-51)。另外，最近已报道，鞘内传递的siRNA在两个大鼠模型(激动剂诱导的疼痛模型和神经病性疼痛模型)中阻断疼痛反应(Dorn等，(2004)Nucleic Acids Res.32(5)：e49)。

[0046]可通过将两个互补性单链RNA分子(其中一个匹配一部分靶mRNA)退火在一起(Fire等，美国专利第6,506,559号)，或通过使用在自身上折起来以产生需要的双链部分的单发夹RNA分子(Yu等，(2002)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 99：6047-52)，产生本发明的siRNA分子。siRNA分子可化学合成(Elbashir等，(2001)Nature 411：494-98)，或使用单链DNA模板通过体外转录生产(Yu等，出处同上)。或者，可使用含有义和反义siRNA序列的表达载体，瞬时地(Yu等，出处同上；Sui等，(2002)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 99：5515-20)或稳定地(Paddison等，(2002)Proc.Natl Acad.Sci.USA 99：1443-48)用生物学方法生产siRNA分子。最近，使用表达被进一步加工成siRNA的发夹RNA的腺病毒载体证实了原代人体细胞中的靶mRNA水平以有效和序列特异性方式降低(Arts等，(2003)Genome Res.13：2325-32)。

[0047]可基于本领域众所周知的标准设计靶向本发明多核苷酸的siRNA分子(例如Elbashir等，(2001)EMBO J.20：6877-88)。例如，靶mRNA的目标节段应当以AA(优选的)、TA、GA或CA开始；siRNA分子的GC比率应为45-55％；siRNA分子应不包含成一排的3个相同核苷酸；siRNA分子应不包含成一排的7个混杂的G/C；目标节段应不在靶mRNA的ORF区中，并应在起始ATG之后至少75bp和终止密码子之前至少75bp。使用前述标准或其它已知标准(例如Reynolds等，(2004)Nat.Biotechnol.22：326-30)，本领域普通技术人员可设计靶向本发明多核苷酸的siRNA分子。

[0048]还可通过创建本发明的多核苷酸已导入其基因组中的非人转基因动物实现本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记的基因在细胞或生物中的改变的表达。这样的转基因动物包括具有多个拷贝的本发明基因(即转基因)的动物。组织特异性调节序列可有效连接至转基因，以将本发明多肽的表达导向特定细胞或特定发育期。在另一个实施方案中，可生产转基因非人动物，其包含允许转基因表达受调节的选定系统。本领域已知的此系统的一个实例是噬菌体P1的cre/loxP重组酶系统。经胚胎操作和微注射产生转基因动物(尤其是小鼠之类的动物)的方法已变成常规的，在本领域众所周知(例如Bockamp等，(2002)Physiol.Genomics 11：115-32)。在本发明的优选实施方案中，非人转基因动物包含至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记。

[0049]还可通过创建其对应于本发明多核苷酸的内源基因已通过插入外源多核苷酸序列而被破坏的动物(即敲除动物)，实现本发明的基因在细胞或生物中的改变的表达。内源基因的编码区可被破坏，由此产生无功能蛋白。或者，内源基因的上游调节区可被破坏，或用不同调节元件替代，产生表达改变的仍有功能的蛋白。产生敲除动物的方法包括同源重组，在本领域众所周知(例如Wolfer等，(2002)Trends Neurosci.25：336-40)。

分离的PBMC-和IBD-相关生物标记多肽

[0050]本发明的几个方面涉及分离的PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白、其生物活性部分和多肽片段，它们适于用作产生抗PBMC-和IBD-相关生物标记抗体的免疫原。在一个实施方案中，可使用标准蛋白纯化技术，通过适宜的纯化流程由细胞或组织源分离出天然PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白。在另一个实施方案中，PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白通过重组DNA技术生产。作为对重组表达的替代，可使用标准肽合成技术化学合成PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白或多肽。

[0051]可通过将列于表1-5的PBMC-和IBD-相关生物标记的多核苷酸序列有效连接至表达控制序列(例如pMT2和pED表达载体)，重组生产列于表1-5中的PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白。重组蛋白的通用表达方法在本领域众所周知。

[0052]众多细胞系可用作适于重组表达本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记多肽的宿主细胞。哺乳动物宿主细胞系包括例如COS细胞、CHO细胞、293T细胞、A431细胞、3T3细胞、CV-1细胞、HeLa细胞、L细胞、BHK21细胞、HL-60细胞、U937细胞、HaK细胞、Jurkat细胞、正常二倍体细胞以及来源于初生组织和原代组织块的体外培养物的细胞株。

[0053]或者，有可能在诸如酵母的低等真核生物或原核生物中重组生产本发明的多肽。潜在适宜的酵母菌株包括酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)、粟酒裂殖酵母(Schizosaccharomycespombe)、克鲁维酵母菌株(Kluyveromyces strain)和假丝酵母菌株(Candida strain)。潜在适宜的细菌菌株包括大肠杆菌(Escherichia coli)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)和鼠伤寒沙门氏菌(Salmonellatyphimurium)。如果本发明的多肽用酵母或细菌来制备，则可能必须通过例如磷酸化或糖基化适宜的位点对其进行修饰，以便获得功能性。这样的共价连接可使用众所周知的化学法或酶法来完成。

[0054]在本发明的另一个实施方案中，还可通过将本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记多核苷酸有效连接至在一个或多个昆虫表达载体(例如杆状病毒载体)中的适宜控制序列，并使用昆虫细胞表达系统，重组生产本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记多肽。用于杆状病毒/Sf9表达系统的材料与方法可以试剂盒形式购买(例如MAXBAC_试剂盒，Invitrogen，Carlsbad，CA)。

[0055]在适宜的宿主细胞中重组表达后，接着可使用众所周知的纯化方法，例如凝胶过滤和离子交换层析，从培养基或细胞提取物纯化出本发明多肽。纯化还可包括采用已知结合本发明多肽的物质的亲和层析。这些纯化方法还可用于从天然来源纯化本发明多肽。

[0056]或者，本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记多肽还可以有利于鉴定、纯化和/或检测的方式重组表达。例如，多肽可作为与麦芽糖结合蛋白(MBP)、谷胱甘肽-S-转移酶(GST)或硫氧还蛋白(TRX)之类蛋白的融合体表达。用于表达和纯化此融合蛋白的试剂盒可分别由New England BioLabs(Beverly，MA)、Pharmacia(Piscataway，NJ)和Invitrogen(Carlsbad，CA)商购。本发明多肽还可用小表位标记，随后使用针对该表位的特异性抗体鉴定或纯化。优选的表位是FLAG表位，可由Eastman Kodak(New Haven，CT)商购。

[0057]信号序列可用于促进分泌性多肽或其它目标蛋白的分泌和分离。信号序列以疏水氨基酸核为典型特征，一般在分泌过程中以一个或多个切割事件由成熟蛋白上被切下来。此信号肽包含加工位点，这些加工位点允许在它们经过分泌途径时将信号序列由成熟蛋白上切下来。因此，本发明涉及所述具有信号序列的多肽，以及信号序列已由其中被蛋白酶剪切的多肽(即切割产物)。在一个实施方案中，编码信号序列的多核苷酸序列可在表达载体中有效连接至目标蛋白，例如通常不是分泌型的蛋白或要不然难以分离的蛋白。信号序列引导蛋白分泌，例如由表达载体转化入其中的真核宿主分泌，信号序列随后或同时被切割。然后可容易地通过本领域公知的方法由胞外培养基纯化蛋白。或者，可使用有利于纯化的序列，例如具有GST结构域的序列，将信号序列连接至目标蛋白。

[0058]除了列于表1-5的PBMC-和IBD-相关生物标记多肽及其等位基因变体和同源物以外，本发明还包括这样的多肽：其在结构上不同于列于表1-5的多肽(例如具有稍微改变的序列)，但具有与所公开的多肽基本相同的生物化学特性(例如仅功能上非必需氨基酸残基改变)。这类分子包括但不限于含改变、置换、取代、插入或缺失的有意工程改造过的变体。这些改变、置换、取代、插入或缺失的技术和试剂盒是本领域技术人员众所周知的。

[0059]本发明还包括本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白的变体，其起PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白的激动剂或拮抗剂的作用。在某些实施方案中，PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白的激动剂可保留天然形式的PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白的基本相同的生物活性，或其一部分生物活性，或者可增强PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白的活性。在某些实施方案中，PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白的拮抗剂可通过例如竞争性调节PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白的活性抑制天然形式的PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白的一种或多种活性。因此，可通过用有限功能的变体处理激发特定生物学作用。在一个实施方案中，用具有天然形式蛋白的一部分生物活性的变体治疗受试者相对于用天然形式的PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白治疗对受试者的副作用较少。在另一个优选实施方案中，根据IBD治疗需要特定目标PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白上调还是下调，某些调节剂可用作本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白的激动剂或拮抗剂。

[0060]PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白的变体可通过诱变产生，例如PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白的不连续点突变或截短。或者，可通过筛选突变体组合文库，例如筛选PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白的截短突变体的激动剂或拮抗剂活性，鉴定用作PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白激动剂或PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白拮抗剂的PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白变体。在一个实施方案中，PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白变体的多样化文库(variegated library)通过在多核苷酸水平组合诱变产生，并由多样化的基因文库编码。在某些实施方案中，例如可使用这些蛋白作为本发明的治疗性蛋白。可通过例如将合成寡核苷酸的混合物酶促连接入基因序列中，使得潜在PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白序列的简并组可表达为单个多肽，或者表达为一组其中含PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白序列组的较大融合蛋白(例如用于噬菌体展示)，产生PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白变体的多样性文库。有多种方法可用于由简并寡核苷酸序列产生潜在PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白变体的文库。简并基因序列的化学合成可在自动化DNA合成仪中进行，然后将合成基因连接入合适的表达载体中。简并基因组的应用允许在一个混合物中提供编码期望的潜在PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白序列组的所有序列。简并寡核苷酸的合成方法是本领域已知的。

[0061]本发明的多肽还可通过已知的常规化学合成法生产。用于化学合成本发明多肽的方法是本领域技术人员众所周知的。这样的化学合成多肽可具有与天然的纯化多肽相同的生物特性，因此可用作天然肽的生物活性替代物或免疫替代物。

抗PBMC-和IBD-相关生物标记的抗体

[0062]另一方面，本发明涉及对蛋白特异性的抗体，所述蛋白对应于本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记，或由本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记编码。优选地，所述抗体是单克隆抗体，最优选地，所述抗体是人源化抗体，见下文。

[0063]本发明的抗PBMC-和IBD-相关生物标记的抗体分子可(抗生物标记抗体)可通过本领域技术人员众所周知的方法生产。例如，单克隆抗体可通过按照已知方法产生杂交瘤来生产。然后使用标准方法，例如酶联免疫吸附测定(ELISA)，筛选以此方式形成的杂交瘤，以鉴定生产与本发明多肽特异性结合的抗体的一种或多种杂交瘤。本发明的全长多肽可用作免疫原，或者可使用多肽的抗原性肽片段。本发明多肽的抗原性肽包含至少7个连续氨基酸残基，并包含表位，使得针对肽产生的抗体与多肽形成特异性免疫复合物。优选地，抗原性肽包含至少10个氨基酸残基，更优选包含至少15个氨基酸残基，再更优选包含至少20个氨基酸残基，最优选包含至少30个氨基酸残基。

[0064]作为制备分泌单克隆抗体的杂交瘤的替代，可通过用本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记多肽筛选重组组合免疫球蛋白文库(例如抗体噬菌体展示文库)，鉴定和分离针对本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记的单克隆抗体，由此分离出结合PBMC-和IBD-相关生物标记的免疫球蛋白文库成员。用于产生和筛选噬菌体展示文库的技术和商品化试剂盒是本领域技术人员众所周知的，特别适用于产生和筛选抗体展示文库的方法和试剂也是如此。

[0065]可通过用本发明的多肽免疫适宜的受试者，生产多克隆血清和抗体。可利用标准技术，例如使用固定化生物标记蛋白的ELSIA，监测随时间变化的已免疫受试者中的抗体效价。如果有需要，可由受试者或培养基分离出针对本发明多肽的抗体分子，并通过诸如A蛋白层析等众所周知的技术进一步纯化，以获得IgG级分。

[0066]另外，可使用标准重组DNA技术制备的重组抗生物标记抗体，例如含人和非人部分的嵌合人源化单链抗体，属于本发明范围。人源化抗体还可使用转基因小鼠生产，所述转基因小鼠无法表达内源免疫球蛋白重链和轻链基因，但可表达人重链和轻链基因。或者，可使用称为导向选择的技术产生识别选定表位的人源化抗体。在该方法中，选定的非人单克隆抗体(例如鼠抗体)用于导向选择识别同一表位的人源化抗体。

[0067]可通过本领域已知的重组DNA技术生产嵌合抗体，包括嵌合免疫球蛋白链。例如，用限制性酶消化编码鼠(或其它物种)单克隆抗体分子的Fc恒定区的基因，以去除鼠Fc编码区，并用编码人Fc恒定区的基因的等同部分代替(参见PCT/US86/02269；EP 184,187；EP 171,496；EP 173,494；WO 86/01533；美国专利第4,816,567号；EP 125,023；Better等，(1988)Science 240：1041-43；Liu等，(1987)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.84：3439-43；Liu等，(1987)J.Immunol.139：3521-26；Sun等，(1987)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.84：214-18；Nishimura等，(1987)Canc.Res.47：999-1005；Wood等，(1985)Nature314：446-49；和Shaw等，(1988)J.Natl.Cancer Inst.80：1553-59)。

[0068]如果有需要，可通过本领域已知的方法对抗体或免疫球蛋白链进行人源化。可通过用人Fv可变区的等同序列代替不直接参与抗原结合的Fv可变区的序列，产生人源化抗体，包括人源化免疫球蛋白链。用于产生人源化抗体的通用方法参见Morrison(1985)Science229：1202-07；Oi等，(1986)BioTechniques 4：214-21；和美国专利第5,585,089、5,693,761和5,693,762号，所有这些文献均整体在此引入作为参考。这些方法包括从重链或轻链中的至少一种分离、操作和表达编码全部或部分免疫球蛋白Fv可变区的核酸序列。此核酸的来源是本领域技术人员众所周知的，例如可由产生抗预定靶的抗体的杂交瘤获得。然后可将编码人源化抗体或其片段的重组DNA克隆入合适的表达载体中。

[0069]人源化或CDR移植抗体分子或免疫球蛋白可通过CDR移植或CDR置换产生，其中免疫球蛋白链的1个、2个或全部CDR均可被替换。参见例如美国专利第5,225,539号；Jones等，(1986)Nature321：522-25；Verhoeyan等，(1988)Science 239：1534-36；和Beidler等，(1988)J.Immunol.141：4053-60，所有这些文献都整体在此引入作为参考。美国专利第5,225,539号描述了可用于制备本发明的人源化抗体的CDR移植方法(另参见GB 2188638A)。特定人抗体的所有CDR都可用至少一部分非人CDR置换，或者仅一些CDR可用非人CDR置换。只有将人源化抗体与预定抗原结合所需数量的CDR置换才是必需的。

[0070]已通过例如缺失、添加或置换抗体的其它部分如恒定区而修饰的单克隆抗体、嵌合抗体和人源化抗体，也属于本发明的范围。例如，抗体可如下修饰：(i)缺失恒定区；(ii)恒定区被另一个恒定区置换，例如意欲增加抗体的半衰期、稳定性或亲和性的恒定区，或来自另一物种或抗体类别的恒定区；和/或(iii)修饰恒定区中的一个或多个氨基酸，以改变例如糖基化位点数、效应子细胞功能、Fc受体(FcR)结合、补体结合等。

[0071]改变抗体恒定区的方法是本领域已知的。可通过用不同的残基置换抗体恒定区部分中的至少一个氨基酸残基，生产具有改变的功能的抗体(例如针对效应子配体(如细胞上的FcR)或补体的C1组分的改变的亲和性)(参见例如EP 388,15lA1、美国专利第5,624,821和5,648,260号，所有这些文献都整体在此引入作为参考)。还可将相似类型的改变应用于鼠免疫球蛋白和其它物种的免疫球蛋白。例如，通过用在其侧链上具有合适官能团的残基置换特定残基，或通过导入带电官能团(例如谷氨酸或天冬氨酸)或芳香族非极性残基(例如苯丙氨酸、酪氨酸、色氨酸或丙氨酸)，有可能改变抗体(例如IgG，例如人IgG)Fc区对FcR(例如FcγR1)或对C1q结合的亲和性(参见例如美国专利第5,624,821号)。

[0072]另外，可使用转基因非人动物生产针对本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记的人抗体，所述转基因非人动物已被修饰，以便响应抗原攻击产生全人抗体，而不是动物内源性抗体。参见例如PCT公布号WO 94/02602。使编码非人宿主中的重链和轻链免疫球蛋白链的内源基因失活，并将编码人重链和轻链免疫球蛋白的活性基因座插入宿主基因组中。例如使用含必需的人DNA节段的酵母人工染色体掺入人基因。然后通过杂交育种含少于满额修饰的中间转基因动物获得提供全部预期修饰的子代动物。此非人动物的一个实施方案是小鼠，称为XENOMOUSE^TM，其公开于PCT公布号WO 96/33735和WO 96/34096。该动物产生分泌全人免疫球蛋白的B细胞。抗体可由用目标免疫原免疫后的动物直接获得，作为例如多克隆抗体制备物，或者由来源于该动物的无限增殖化B细胞如产生单克隆抗体的杂交瘤获得。另外，可回收并表达编码具有人可变区的免疫球蛋白的基因，以直接获得抗体，或者可进一步修饰，以获得抗体类似物，例如单链Fv分子。

[0073]本发明抗体的结合能力可通过以下方法检测：Biacore分析、酶联免疫吸附测定(ELISA)、X射线晶体学、序列分析和扫描诱变以及本领域已知的其它方法。

[0074]还可使用其它蛋白结合分子调节PBMC-和IBD-相关生物标记的活性。此蛋白结合分子包括小模块化免疫药物(SMIP^TM)(Trubion Pharmaceuticals，Seattle，WA)。SMIP是由关连结构(例如抗原、反受体等)的结合域、具有0-1个半胱氨酸残基的铰链区多肽和免疫球蛋白CH2和CH3结构域组成的单链多肽(另参见www.trubion.com)。SMIP及其使用和应用公开于例如美国已公布专利申请号2003/0118592、2003/0133939、2004/0058445、2005/0136049、2005/0175614、2005/0180970、2005/0186216、2005/0202012、2005/0202023、2005/0202028、2005/0202534和2005/0238646及其相关同族专利成员，所有这些文献都整体在此引入作为参考。

[0075]可按照本领域众所周知的方法，通过切割抗体产生抗生物标记抗体的片段。例如，可通过用诸如胃蛋白酶的酶处理抗体产生免疫活性的F(ab′)和F(ab′)₂片段。

[0076]本发明的抗生物标记抗体还可用于分离、纯化和/或检测上清液、细胞裂解物中的或细胞表面上的PBMC-和IBD-相关生物标记多肽。在本发明中公开的抗体可诊断性地用于监测PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白的水平，作为临床试验程序的组成部分，或者用于将治疗性调节剂靶向含抗生物标记抗体的抗原的细胞或组织。例如，本发明的治疗药，包括但不限于小分子，可与抗生物标记抗体连接，以便将治疗药靶向PBMC-和IBD-相关生物标记。

PBMC-和IBD-相关生物标记的检测

[0077]本发明通过检测受试者体内的PBMC-和IBD-相关生物标记的异常表达或活性水平，提供诊断、预后和监测由此PBMC-和IBD-相关生物标记的异常表达或活性水平直接或间接引起的IBD(例如克罗恩病或溃疡性结肠炎)进展的方法，包括但不限于将这些方法应用于人类受试者。例如，这些方法可通过使用预先包装的诊断试剂盒来实施，所述诊断试剂盒包括至少一种以下成分：PBMC-和IBD-相关生物标记多核苷酸及其片段、PBMC-和IBD-相关生物标记多肽及其衍生物、抗PBMC-和IBD-相关生物标记的抗体以及如本文所述的PBMC-和IBD-相关生物标记多核苷酸和/或多肽的调节剂，所述诊断试剂盒例如可在临床环境中常规使用。另外，本领域技术人员应认识到，一种或多种PBMC-和IBD-相关生物标记的表达或活性水平的改变还可通过本文描述方法以外的众所周知的方法进行检测。

[0078]本发明的诊断、预后和监测测定包括检测和定量生物样品中的PBMC-和IBD-相关生物标记基因产物。PBMC-和IBD-相关生物标记基因产物包括但不限于PBMC-和IBD-相关生物标记mRNA、cDNA和基因组DNA，以及PBMC-和IBD-相关生物标记多肽；这些基因产物可使用本领域技术人员众所周知的方法进行检测。

[0079]例如，可使用基于杂交的测定，例如RNA杂交、原位杂交、斑点印迹和狭线印迹以及寡核苷酸阵列，直接检测和定量PBMC-和IBD-相关生物标记的mRNA。基于杂交的测定是指其中探针核酸与靶核酸杂交的测定。在某些形式下，靶、探针或这二者是固定化的。固定化核酸可为DNA、RNA或其它寡核苷酸或多核苷酸，并可包含天然或非天然核苷酸、核苷酸类似物或主链。用于本发明的核酸探针序列的选择方法基于PBMC-和IBD-相关生物标记的核酸序列，是本领域众所周知的。

[0080]或者，在检测和定量前可扩增PBMC-和IBD-相关生物标记的mRNA。这类扩增型测定在本领域众所周知，包括聚合酶链反应(PCR)、逆转录PCR(RT-PCR)、PCR-酶联免疫吸附测定(PCR-ELISA)、连接酶链反应(LCR)、自动维持序列扩增、转录扩增系统、Q-β复制酶或任意其它多核苷酸扩增方法。本领域技术人员可基于列于表1-5的PBMC-和IBD-相关生物标记的核酸序列，无需过多的实验就可以容易地设计和生产用于生产和检测扩增的PBMC-和IBD-相关生物标记基因产物的引物和探针。例如可通过凝胶电泳；通过与探针核酸杂交；通过测序；通过检测荧光、磷光或放射性信号；或通过众多众所周知的方法中的任一种，直接分析扩增的PBMC-和IBD-相关基因产物。另外，本领域技术人员知晓用于增加通过靶核酸序列扩增产生的信号的方法。本领域技术人员会认识到，无论使用哪种扩增方法，如果期望定量PBMC-和IBD-相关基因产物，则都可使用本领域已知的众多定量方法(例如定量PCR(Q-PCR)；本文也称为“实时PCR”、“定量实时PCR”、“定量实时逆转录酶聚合酶链反应”、“定量实时RT-PCR”等))。

[0081]可使用众多使用上述抗生物标记抗体的众所周知的免疫学测定检测本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记多肽(或其片段)。免疫学测定是指利用特异性结合PBMC-和IBD-相关多肽(或其片段)的抗体(例如多克隆抗体、单克隆抗体、嵌合抗体、人源化抗体、scFv及其片段)的测定。适于本发明实施的这些众所周知的免疫学测定包括ELISA、放免测定(RIA)、免疫沉淀、免疫荧光、荧光活化的细胞分选(FACS)和蛋白质印迹。另外，可用其在受试者体内的存在和定位可通过标准成像技术检测的放射性生物标记来标记抗生物标记的抗体。

[0082]每种PBMC-和IBD-相关生物标记均可独立考察，但提供两种或更多种PBMC-和IBD-相关生物标记的组合属于本发明范围，这些组合用于本发明方法和组合物，以增加分析的置信度。在一个实施方案中，本发明提供本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记的多个组，例如模型。一组生物标记可包含2-5、5-15、15-35、35-50、50-100或100种以上的PBMC-和IBD-相关生物标记和/或基本上由其组成。在一个实施方案中，本发明的一组生物标记包含至少2种PBMC-和IBD-相关生物标记和/或基本上由其组成。在一个实施方案中，本发明的一组生物标记包含至少3种PBMC-和IBD-相关生物标记和/或基本上由其组成。在一个实施方案中，本发明的一组生物标记包含至少4种PBMC-和IBD-相关生物标记和/或基本上由其组成。在一个实施方案中，本发明的一组生物标记包含至少5种PBMC-和IBD-相关生物标记和/或基本上由其组成。在一个实施方案中，本发明的一组生物标记包含至少6种PBMC-和IBD-相关生物标记和/或基本上由其组成。在一个实施方案中，本发明的一组生物标记包含至少7种PBMC-和IBD-相关生物标记和/或基本上由其组成。在一个实施方案中，本发明的一组生物标记包含至少8种PBMC-和IBD-相关生物标记和/或基本上由其组成。在一个实施方案中，本发明的一组生物标记包含至少9种PBMC-和IBD-相关生物标记和/或基本上由其组成。在一个实施方案中，本发明的一组生物标记包含至少10种PBMC-和IBD-相关生物标记和/或基本上由其组成。在一个实施方案中，本发明的一组生物标记包含至少11种PBMC-和IBD-相关生物标记和/或基本上由其组成。在一个实施方案中，本发明的一组生物标记包含至少12种PBMC-和IBD-相关生物标记和/或基本上由其组成。

[0083]在另一个实施方案中，选择多组PBMC-和IBD-相关生物标记，使得在任一组中的生物标记都有某些共同特征。例如，与基本无IBD的受试者的PBMC相比，第一组的生物标记在炎性肠病(即克罗恩病或溃疡性结肠炎)患者的PBMC中的量或活性均可表现出至少1.5倍的增加。或者，与第一组相比，第二组的生物标记均可表现出差异调节。同样，不同的生物标记组可由不同功能类别(即蛋白水解、信号转导、转录等)或样品(即血液、肾脏、脾脏、淋巴结、脑、肠、结肠、心脏、尿液等)的生物标记组成，或者可选择不同的生物标记组，以代表炎性肠病(即克罗恩病或溃疡性结肠炎)的不同阶段。在一个优选实施方案中，本发明的各组生物标记包含血液(具体地说是PBMC)的生物标记。可通过选择分类为I组生物标记的生物标记、分类为II组生物标记的生物标记、分类为III组生物标记的生物标记、分类为IV组生物标记的生物标记和/或分类为V组生物标记的生物标记作为一组生物标记，获得本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记组。还可通过由分类为I组、II组、III组、IV组和/或V组的生物标记独立地选择生物标记获得各组生物标记。在一个优选实施方案中，一组生物标记包含分类为V组生物标记的PBMC-和IBD-相关生物标记组和/或基本上由其组成。技术人员还将认识到，本发明的一组生物标记可包含任意数量和任意组合的本发明PBMC-和IBD-相关生物标记、尤其是本发明的V组生物标记和/或基本上由其组成。例如，本发明的一组非限制性生物标记可包含免疫球蛋白重链恒定区γ1和免疫球蛋白κ恒定区PBMC-和IBD-相关生物标记和/或基本上由其组成。本发明的另一组非限制性生物标记可包含人28S核糖体RNA5′区、C型蛋白酪氨酸磷酸酶受体相关蛋白、H3组蛋白家族成员K、整联蛋白β3(血小板糖蛋白IIIa，抗原CD61)和H2B组蛋白家族成员Q PBMC-和IBD-相关生物标记和/或基本上由其组成。本发明的另一组非限制性生物标记可包含免疫球蛋白重链恒定区γ1、颗粒酶K、mutL同源物3、脂笼蛋白2、CXCL5、血清剥夺应答磷脂酰丝氨酸结合蛋白和H3组蛋白家族成员K PBMC-和IBD-相关生物标记和/或基本上由其组成。在一个实施方案中，在确定患者是否患有(1)克罗恩病或溃疡性结肠炎形式的IBD，(2)克罗恩病，和/或(3)溃疡性结肠炎方面，和/或在区分IBD患者是患有克罗恩病还是患有溃疡性结肠炎方面，本发明的一组生物标记提供至少70％的精确度(更优选至少80％的精确度，最优选至少90％的精确度)。

[0084]除了提供多组PBMC-和IBD-相关生物标记以外，还提供一组便利地偶联到固体支持体的PBMC-和IBD-相关生物标记也属于本发明范围。例如，使用本领域众所周知的方法，可将本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记多核苷酸偶联至阵列(例如用于杂交分析的生物芯片)、树脂(例如可装填入柱层析用柱子内的树脂)或基质(例如用于RNA印迹分析的硝酸纤维素基质)。这些阵列的制备和使用方法，包括使用阵列和计算机可读媒介(包含本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记)和/或数据库(例如关系数据库)，在本领域众所周知。

[0085]通过提供此支持体，可检测样品中针对该组选定的各种PBMC-和IBD-相关生物标记的存在情况或活性的离散分析。例如，在阵列中，可使用本领域众所周知的方法，将与一组PBMC-和IBD-相关生物标记的每个成员互补的多核苷酸独立地连接至阵列上的不同已知位置上。该阵列例如可与由受试者血样(优选PBMC样品)提取的多核苷酸杂交。可检测样品的多核苷酸与阵列在阵列上任意位置的杂交，因此可确定样品中PBMC-和IBD-相关生物标记的存在情况或量。因此，不仅一组IBD生物标记的组织特异性可确定，而且其在组织中的表达水平也可确定。在一个优选实施方案中，使用基于生物芯片的阵列。同样，可对与受试者的蛋白样品杂交的不同多肽生物标记特异性的固定化抗体进行ELISA分析。

[0086]在另一个实施方案中，使用报告核酸检测本发明的一种或多种PBMC-和IBD-相关生物标记的表达。此报告核酸可用于高通量筛选改变外周血单核细胞表达谱的物质。此报告分子测定的构建和使用是众所周知的。

[0087]例如，用于本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记的转录调节的报告分子的构建一般需要PBMC-和IBD-相关生物标记的调节序列，典型地为启动子。可通过众多常规方法获得启动子。例如，基因组文库可与由核酸编码区组成的标记探针杂交，以鉴定含启动子序列的基因组文库克隆。可以对分离的克隆进行测序，以鉴定编码区上游的序列。另一种方法是使用退火至PBMC-和IBD-相关生物标记多核苷酸的编码区5′端的引物的扩增反应。扩增模板例如可以是已与锚泡状连接物(anchor bubble adaptor)连接的限制性基因组核酸。

[0088]为构建报告分子，可将选定的PBMC-和IBD-相关生物标记的启动子与报告核酸有效连接，例如不使用选定的PBMC-和IBD-相关生物标记多核苷酸的可读框。通过转染方法将核酸构建物转化入组织培养细胞如外周血单核细胞中，以产生报告细胞。

[0089]可使用许多众所周知的报告核酸。在一个实施方案中，报告核酸是绿色荧光蛋白。在第二个实施方案中，报告分子是β-半乳糖苷酶。在其它实施方案中，报告核酸是碱性磷酸酶、β-内酰胺酶、萤光素酶、氯霉素乙酰转移酶或本领域已知的其它报告核酸。例如通过使用靶向同源重组可将报告核酸构建物保持在游离体上，或插入到染色体中。这些报告核酸的制备和使用方法众所周知。

采用I-V组生物标记的分析

[0090]本领域技术人员会认识到，尽管本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记可分类为5个不同组别，但每个单独的生物标记均为本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记。另外，技术人员会认识到，生物标记仅是为了表征目的而被分类为这些组别。例如，业已确定，I组的PBMC-和IBD-相关生物标记是在CD患者的PBMC中差异表达的生物标记，在UC患者的PBMC中也是如此。因此，这些共同生物标记被分类在一起，以通报它们可便利地一起用于筛选IBD治疗用试验化合物的测定，或者可一起用于诊断、预后和/或监测IBD，不管IBD是CD形式还是UC形式。技术人员还会认识到，分类为II组、III组、IV组和/或V组的PBMC-和IBD-相关生物标记也可用于筛选诊断、预后和/或监测IBD用的试验化合物，不管IBD是CD形式还是UC形式。但是，要指出的是，II组生物标记，即包括在CD生物标记组中的生物标记，可能是在IBD为CD形式时用于筛选诊断、预后和/或监测IBD用的试验化合物的方法的最佳组别。相比之下，III组生物标记，即包括在UC生物标记组中的生物标记，可能是在IBD为UC形式时用于筛选诊断、预后和/或监测IBD用的试验化合物的方法的最佳组别。另外，IV组生物标记，即包括在CDvUC生物标记组中的生物标记，尤其是V组生物标记，即包括在分类生物标记组中的生物标记，可能是在区分CD患者和UC患者很重要时用于筛选诊断、预后和/或监测IBD用的试验化合物的方法的最佳组别。

筛选

[0091]除了诊断、预后和监测IBD进展的方法以外，本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记多核苷酸和多肽还可用于筛选测定，以鉴定能够调节PBMC-和IBD-相关生物标记的活性并因此潜在地能够抑制或缓解IBD(即克罗恩病或溃疡性结肠炎)症状的药物或药物的先导化合物。这些筛选测定包括高通量筛选方法，在本领域众所周知。例如，使诊断患有IBD或疑似患有IBD的受试者样品或含PBMC-和IBD-相关生物标记(或天然的或重组的)的样品可与多种试验化合物(例如有机小分子、生物制剂)中的一种接触，将各个处理样品中的PBMC-和IBD-相关生物标记的表达或活性水平可与未处理样品或接触不同试验化合物的样品中的PBMC-和IBD-相关生物标记的表达或活性水平相比较，以确定任一种试验化合物是否提供：1)至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的表达或活性水平显著下降，由此指示至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的活性抑制剂，或2)至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的表达或活性水平显著增加，由此指示增加至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记活性的增强剂。在一个优选实施方案中，使用高通量筛选测定，例如由BIACORE^_(Biacore International AB，Uppsala，Sweden)提供的高通量筛选测定，或BRET(生物发光共振能量转移)和FRET(荧光共振能量转移)测定，以及ELISA和基于细胞的测定，对能够调节至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记活性的试验化合物进行鉴定。

[0092]另外，本发明还涉及一种筛选能够调节PBMC-和IBD-相关生物标记与结合配偶体结合的试验化合物的方法，该方法如下进行：将试验化合物、PBMC-和IBD-相关蛋白和结合配偶体相混合，并确定结合配偶体与PBMC-和IBD-相关蛋白是否发生结合，以及此结合如何受到试验化合物的正调节或负调节。

[0093]如上所述，能够调节PBMC-和IBD-相关生物标记活性的调节剂可为众多天然或合成化合物、生物分子、蛋白质、肽、寡肽、多糖、核苷酸或多核苷酸中的任一种。试验化合物可为例如小分子或生物制剂。如下所述，试验化合物可由本领域众所周知的众多文库来提供。

[0094]本发明的试验化合物可由任意可用来源获得，包括天然和/或合成化合物的系统文库。试验化合物还可通过在本领域已知的组合文库方法中的众多方案中的任一种获得，包括：生物文库、类肽文库(具有肽的官能团但具有新的非肽主链的分子文库，其抗酶降解，但仍保留生物活性；参见例如Zuckermann等，(1994)J.Med.Chem.37：2678-85)；空间可寻址平行固相或液相文库；需要重叠合法(deconvolution)的合成文库法；“一珠一化合物”文库法；以及使用亲和层析选择的合成文库法。生物文库和类肽文库法限于肽文库，而另外4种方法可应用于肽、非肽寡聚物或小分子化合物文库(一般参见例如Lam(1997)Anticancer Drug Des.12(3)：145-67)。

诊断、预后和监测炎性肠病进展的方法

[0095]“诊断的”或“诊断”指鉴别病理情况的存在或不存在。诊断方法包括如下检测显著受调节的(即异常的)PBMC-和IBD-相关生物标记的表达：测定受试者(人或非人哺乳动物)生物样品中的PBMC-和IBD-相关生物标记基因产物(例如mRNA、cDNA或多肽，包括其片段)的测试量，并比较测试量与PBMC-和IBD-相关生物标记基因产物的正常量或范围(即已知未患IBD的个体的量或范围)。

[0096]在一个实施方案中，比较两个样品中的PBMC-和IBD-相关生物标记的水平，测试样品中的一种或多种PBMC-和IBD-相关生物标记的异常表达说明患有IBD。在其它实施方案中，2、3、4或更多种生物标记的异常表达说明病例患有严重IBD。在另一个实施方案中，一种或多种生物标记的异常表达说明有患有IBD的可能性，2、3、4或更多种生物标记的异常表达指示患有IBD的可能性增加。另一方面，本发明提供其量或活性与IBD的不同表现或严重性或类型相关联的生物标记。例如，如所示，表5中的PBMC-和IBD-相关生物标记的异常表达可能与克罗恩病或溃疡性结肠炎的诊断结果相关联。还可将随后的表达水平与疾病不同阶段的不同表达谱相比较，以证实受试者是否具有匹配的表达谱。尽管具体的诊断方法可能不提供明确的IBD诊断结果，但如果该方法提供有助于诊断的阳性指示就足够了。

[0097]本发明还提供通过检测至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的异常表达或活性水平预后IBD的方法。“预后的”或“预后”指预测病理情况的可能发展和/或严重性。预后方法包括测定受试者生物样品中至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记基因产物的测试量，并比较测试量与PBMC-和IBD-相关生物标记基因产物的预后量或范围(即IBD严重性改变的个体的量或范围)。测试样品中PBMC-和IBD-相关生物标记的各种量与IBD即克罗恩病和/或溃疡性结肠炎的某些预后相一致。以特定预后水平检测PBMC-和IBD-相关生物标记基因产物的量为受试者提供了预后。在本发明的一个涉及IBD(或特定形式的IBD)的实施方案中，一种或多种PBMC-和IBD-相关生物标记的表达或活性被显著上调通常与异常增加相关联。在另一个涉及IBD(或特定形式的IBD)的实施方案中，一种或多种PBMC-和IBD-相关生物标记的表达或活性被显著下调通常与异常降低相关联。

[0098]另外，本文所述的预后测定可用于确定受试者是否可施用治疗或预防与异常PBMC-和IBD-相关生物标记表达或活性相关的IBD的治疗药或预防药(例如激动剂、拮抗剂、肽模拟物、蛋白质、肽、多核苷酸、小分子或其它候选药物)。因此，调节PBMC-和IBD-相关生物标记如PAI-2至正常水平(例如类似于或基本类似于基本无IBD的组织的水平)可使IBD得以改善。

[0099]关于胃肠病学领域，可设计预后测定，以确定经历此疾病治疗的受试者是否对长期存活或疾病进展具有不良前景。在一个优选实施方案中，可在诊断后立即(即几天内)确定预后。通过建立IBD或特定形式的IBD(例如克罗恩病或溃疡性结肠炎)由发作至急性疾病的不同阶段的表达谱，可呈现出一种将特定表达谱与预后不良增加的可能性相关联的表达谱。然后预后可用于设计更加积极的治疗程序，以避免慢性IBD以及提高长期存活和保持良好状态的可能性。

[0100]在本发明的一个优选实施方案中，对生物样品使用公开的分子和方法，以检测PBMC-和IBD-相关生物标记基因中一种或多种公知将导致PBMC-和IBD-相关生物标记异常表达的遗传改变的存在情况。此检测可用于确定IBD的严重性，或预后归因于PBMC-和IBD-相关生物标记的表达或活性受调节的IBD潜力。在又一个具体实施方案中，一个或多个遗传改变与受试者对IBD的预后或易感性相关联。可通过本领域众所周知的方法鉴别样品中PBMC-和IBD-相关生物标记基因的遗传改变，包括但不限于测序反应、电泳迁移率测定和寡核苷酸杂交。

[0101]本发明还提供通过监测PBMC-和IBD-相关生物标记的表达或活性来监测IBD即克罗恩病和/或溃疡性结肠炎的进展或病程的方法。监测方法包括测定第一次和第二次从受试者取出的生物样品中的PBMC-和IBD-相关生物标记基因产物的测试量，并比较这些量。第一次和第二次之间PBMC-和IBD-相关生物标记的量的一个或多个改变指示IBD病程的改变。这些监测实验还可用于评价特定治疗干预对患者的功效(例如在临床实验当中)，即评价响应本文提供的治疗药的PBMC-和IBD-相关生物标记的调节作用。

[0102]要认识到的是，本发明的测定方法不一定需要检测PBMC-和IBD-相关生物标记基因产物的绝对值，因为相对值对这些方法的许多应用来说足矣。还要认识到的是，除了PBMC-和IBD-相关生物标记基因产物的量或丰度以外，可通过与正常基因产物和表达谱比较鉴别改变的或异常的PBMC-和IBD-相关生物标记基因产物或其表达模式(例如突变转录物、截短的多肽)。

治疗方法

[0103]本发明提供治疗受试者的预防和治疗方法，所述受试者对IBD即克罗恩病和/或溃疡性结肠炎有风险、易感或已确诊。例如可通过本文描述的任一种诊断或预后测定或其组合鉴别对IBD有风险、易感或已确诊的受试者，所述IBD由异常的PBMC-和IBD-相关生物标记表达或活性引起或诱发。在一个方面，通过给予受试者调节PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白表达或活性的PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白或调节剂，本发明提供预防受试者的与异常的PBMC-和IBD-相关生物标记表达或活性相关的IBD的预防方法。在表现出以差异化PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白表达为特征的症状之前，可给予预防药，使得IBD被预防，或者任选延迟其发展。本发明的另一方面涉及为治疗目的而调节PBMC-和IBD-相关生物标记的表达或活性水平的治疗方法。因此，在示例性实施方案中，本发明的该调节方法包括使细胞(例如PBMC)与调节PBMC-和IBD-相关生物标记的表达水平或一种或多种活性的调节剂接触。

[0104]PBMC-和IBD-相关生物标记的表达或活性水平的调节剂，即至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂，可为本文所述的调节剂，例如PBMC-和IBD-相关生物标记多核苷酸(包括相关的PBMC-和IBD-相关性生物标记多核苷酸(例如抑制性多核苷酸))、PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白、PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白的天然靶分子(例如PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白底物)、抗生物标记抗体、PBMC-和IBD-相关生物标记激动剂、PBMC-和IBD-相关生物标记拮抗剂或其它小分子。合适的调节剂可基于本文描述的筛选测定确定。

[0105]这些调节方法可在体外进行(例如通过在调节剂存在下培养PBMC)，或者在体内进行(例如通过将调节剂给予受试者)。在一个实施方案中，所述方法包括给予作为治疗药的PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白或多核苷酸分子或PBMC-和IBD-相关激动剂，以代偿显著减少或异常的PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白表达或活性。在其中PBMC-和IBD-相关生物标记蛋白被显著下调和/或其中增加的PBMC-和IBD-相关生物标记活性可能具有有益效果的情况下，刺激或上调PBMC-和IBD-相关生物标记活性合乎需要。

[0106]在另一个实施方案中，所述方法包括给予作为治疗药的抑制性多核苷酸或多肽，以代偿显著增加或异常的PBMC-和IBD-相关生物标记表达或活性。在其中PBMC-和IBD-相关生物标记表达或活性被显著上调和/或其中降低的PBMC-和IBD-相关生物标记活性可能具有有益效果的情况下，抑制或下调PBMC-和IBD-相关生物标记活性合乎需要。

[0107]设想过的几种确定是否给予至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂的药物基因组学方法是本领域技术人员众所周知的，包括全基因组关联、候选基因法和基因表达谱分析。本发明的药物组合物配制得与其预期给药途径相适合(例如服组合物一般包括惰性稀释剂或可食用载体)。给药途径的其它非限制性实例包括胃肠外(例如静脉内、皮下、肌内)、口服(例如吸入)、直肠、经皮(局部)和经粘膜给药。与各个预期途径相适合的药物组合物是本领域周知的。

[0108]至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂在与药学上可接受的载体混合时可用作药物组合物。除了至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂和载体以外，此组合物还可包含各种稀释剂、填充剂、盐、缓冲剂、稳定剂、增溶剂和本领域众所周知的其它物质。术语“药学上可接受的”是指不干扰活性成分的生物活性的有效性的无毒物质。载体的特征取决于给药途径。

[0109]本发明的药物组合物还可包含细胞因子、淋巴因子或其它造血因子，例如M-CSF、GM-CSF、IL-1、IL-2、IL-3、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、IL-8、IL-9、IL-10、IL-11、IL-12、IL-14、IL-15、G-CSF、干细胞因子和促红细胞生成素。药物组合物还可包括抗细胞因子抗体、溶血栓或抗血栓因子(例如纤溶酶原激活物和VIII因子)和/或其它抗炎药物。这些额外的因子和/或调节剂可包括在药物组合物中，以与至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂产生协同作用，或者使调节剂的副作用最小化。另外，本发明的组合物还可包括(除了本发明的至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂以外)用于治疗IBD的已知药物，例如柳氮磺吡啶、5-ASA、类固醇等。相比之下，至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂可包括在特定细胞因子、淋巴因子、其它造血因子、溶血栓或抗血栓因子或抗炎药物的制剂中，致使细胞因子、淋巴因子、其它造血因子、溶血栓或抗血栓因子或抗炎药物的副作用最小化。

[0110]本发明的药物组合物可为脂质体形式，其中除了其它药学上可接受的载体以外，至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂还可与诸如脂质的两亲物质混合，这些两亲物质以在水性溶液中的胶束、不溶性单层、液晶或薄片层的聚集形式存在。适用于脂质体制剂的脂质包括但不限于甘油单酯、甘油二酯、硫脑苷脂、溶血卵磷脂、磷脂、皂苷、胆汁酸等。这类脂质体制剂的制备是本领域技术人员众所周知的。

[0111]本文使用的术语“治疗有效量”是指药物组合物或方法中足以显示出有意义的患者利益(例如改善IBD相关疾病的症状、治愈IBD相关疾病或增加IBD相关疾病的治愈率等)的各活性成分的总量。当各活性成分单用时，该术语是指该单独的成分。当各活性成分联用时，该术语是指产生疗效的活性成分的联合用量，无论是联合用药、序贯用药还是同时用药。

[0112]在实施本发明的治疗或使用方法时，将治疗有效量的至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂给予受试者，例如哺乳动物(例如人)。给予调节剂，可按照本发明方法单用或与其它疗法联用，所述其它疗法例如为使用细胞因子、淋巴因子或其它造血因子或抗炎药物的治疗。当与一种或多种药物共同给予时，至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂可与其它药物同时或序贯地用药。如果序贯用药，则主治医师将决定按适宜次序给予例如至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂以及至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的其它调节剂或其它调节剂。

[0113]在一个实施方案中，本发明的至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂，例如其药物组合物，以联合疗法施用，即与其它调节剂组合，例如可用于治疗病理疾病或障碍(例如免疫和/或炎性疾病)的治疗药。本文中的术语“联用”是指或同时或序贯地基本同时给予调节剂。如果序贯用药，则在开始给予第二种化合物时，优选在治疗部位或对受试者仍可检测到有效浓度的两种化合物中的第一种。

联合治疗

[0114]联合治疗可包括例如与至少一种额外治疗药共同配制和/或共同用药的PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂。额外调节剂可包括如在下文中更详细描述的至少一种细胞因子抑制剂、生长因子抑制剂、免疫抑制剂、抗炎剂、代谢抑制剂、酶抑制剂、细胞毒性剂或细胞抑制剂。这些联合疗法可有利地利用较低剂量的施用治疗药，由此避免了与各种单一疗法相关的可能毒性或并发症。而且，本文公开的治疗药作用于与IBD伤害途径不同的途径，因此预期其增强和/或增效至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂的作用。

[0115]与PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂联用的治疗药可为在不同阶段干扰炎症反应的那些药物。在一个实施方案中，本文所述的至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂可与至少一种细胞因子和/或生长因子拮抗剂共同配制和/或共同用药。细胞因子和/或生长因子拮抗剂可包括可溶性受体、肽抑制剂、小分子、配体融合物、抗体(其结合细胞因子或生长因子或其受体或其它细胞表面分子)和“抗炎细胞因子”及其激动剂。

[0116]可与本文描述的PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂联用的药物的非限制性实例包括但不限于至少一种白介素(例如IL-1、IL-2、IL-6、IL-7、IL-8、IL-12、IL-13、IL-15、IL-16、IL-17、IL-18、IL-21和IL-22)、细胞因子(例如TNFα、LT、EMAP-II和GM-CSF)或生长因子(例如FGF和PDGF)的拮抗剂。所述药物还可包括但不限于白介素、细胞因子和生长因子的至少一种受体的拮抗剂。PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂还可与细胞表面分子的抑制剂(例如抗体)联用，所述细胞表面分子例如为CD2、CD3、CD4、CD8、CD20(例如CD20抑制剂利妥昔单抗(RITUXAN^_)、CD25、CD28、CD30、CD40、CD45、CD69、CD80(B7.1)、CD86(B7.2)、CD90或其配体，包括CD154(gp39或CD40L，或LFA-1/ICAM-1和VLA-4/VCAM-1(Yusuf-Makagiansar等，(2002)Med.Res.Rev.22：146-67)。可与本文描述的PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂联用的其它化合物可包括IL-1、IL-12、TNFα、IL-15、IL-17、IL-18、IL-21和IL-22受体的拮抗剂。

[0117]可与PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂一起用于联合疗法的药物实例包括IL-12拮抗剂(例如结合IL-12的抗体(参见例如WO 00/56772))、IL-12受体抑制剂(例如抗IL-12受体的抗体)和可溶性IL-12受体及其片段。IL-15拮抗剂的实例包括抗IL-15或其受体的抗体、IL-15受体的可溶性片段和IL-15结合蛋白。IL-18拮抗剂的实例包括抗IL-18的抗体、IL-18受体的可溶性片段和IL-18结合蛋白(IL-18BP，Mallat等，(2001)Circ.Res.89：E41-45)。IL-1拮抗剂的实例包括白介素-1-转化酶(ICE)抑制剂(例如Vx740)、IL-1拮抗剂(例如IL-1RA(阿那白滞素(KINERET^TM)，Amgen))、sIL-1RII(Immunex)和抗IL-1受体抗体。

[0118]TNF拮抗剂的实例包括抗TNF(例如人TNFα)的抗体，例如D2E7(人抗-TNFα抗体，美国专利第6,258,562号，HUMIRA^TM，Abbott Labs)、CDP-571/CDP-870/BAY-10-3356(人源化抗TNFα抗体，Celltech/Pharmacia)、cA2(嵌合抗TNFα抗体，REMICADE^TM，Centocor)和抗TNF抗体片段(例如CPD870)。其它实例包括可溶性TNF受体(例如人p55或p75)片段和衍生物，例如p55kD TNFR-IgG(55kD TNF受体-IgG融合蛋白，LENERCEPT^TM)和75kd TNFR-IgG(75kD TNF受体-IgG融合蛋白，ENBREL^TM(依那西普-Immunex))。参见例如vander Poll等，(1997)Blood.89：3727-34；Mori等，(1996)J.Immunol.157：3178-82。其它实例包括酶拮抗剂(例如TNFα转化酶抑制剂(TACE)，例如α-磺酰基异羟肟酸衍生物(WO 01/55112)或N-羟基甲酰胺抑制剂(GW 3333，-005或-022，GlaxoSmithKline)和TNF-bp/s-TNFR(可溶性TNF结合蛋白，参见例如Lantz等，(1991)J.Clin.Invest.88：2026-31；Kapadia等，(1995)Amer.J.Physiol.Heart Circ.Phys.268：H517-25)。TNF拮抗剂可以是可溶性TNF受体(例如人p55或p75)片段和衍生物，例如75kd TNFR-IgG和TNFα转化酶(TACE)抑制剂。

[0119]在其它实施方案中，本文所述的PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂可与至少一种以下药物联合用药：IL-13拮抗剂，例如可溶性IL-13受体和/或抗IL-13抗体；和IL-2拮抗剂，例如IL-2融合蛋白(例如由Seragen制备的DAB 486-IL-2和/或DAB 389-IL-2，参见例如Sewell等，(1993)Arthritis Rheum.36：1223-33)和抗IL-2R抗体(例如抗Tac-H人源化抗体，Protein Design Labs，参见Junghans等，(1990)Cancer Res.50：1495-502)。另一种组合包括PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂与非清除性抗CD4抑制剂如IDEC-CE9.1/SB 210396(抗CD4抗体，GlaxoSmithKline)的组合。再其它组合包含PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂与CD80(B7.1)和CD86(B7.2)共刺激途径拮抗剂(例如抗体、可溶性受体或拮抗性配体)、P-选择素糖蛋白配体(PSGL)、PSGL-1抑制剂(例如抗PSGL和/或PSGL-1的抗体和小分子抑制剂)、T细胞和B细胞清除剂(例如抗CD4或抗CD22抗体)和抗炎细胞因子及其激动剂(例如抗体)。抗炎细胞因子可包括IL-4(例如Schering-Plough Biopharma)、IL-10(例如SCH 52000，重组IL-10，Schering-Plough Biopharma)、IL-11、IL-13和TGFβ或其激动剂(例如激动剂抗体)。

[0120]在其它实施方案中，至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂可与至少一种抗炎药、免疫抑制剂、代谢抑制剂和酶抑制剂共配制和/或共给予。可与本文所述的PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂联合使用的药物或抑制剂的非限制性实例包括但不限于至少一种以下药物：非甾体抗炎药(NSAID)(包括但不限于阿司匹林、双水杨酯、双氟尼柳、布洛芬、酮洛芬、萘丁美酮、吡罗昔康、萘普生、双氯芬酸、吲哚美辛、舒林酸、托美丁、依托度酸、酮咯酸、奥沙普嗪、替尼达普、美洛昔康、吡罗昔康、醋氯芬酸、托美丁、噻洛芬酸、尼美舒利等)、柳氮磺吡啶、皮质类固醇(例如泼尼松龙)、细胞因子抑制性抗炎药(CSAID)、核苷酸生物合成抑制剂(例如嘌呤生物合成抑制剂(例如叶酸拮抗剂，例如甲氨蝶呤))和嘧啶生物合成抑制剂，例如二氢乳清酸脱氢酶(DHODH)抑制剂，例如来氟米特(参见例如Kraan等，(2004)Ann.Rheum.Dis.63：1056-61)。用于与至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂联用的治疗药可包括一种或多种NSAID、CSAID、DHODH抑制剂(例如来氟米特)和叶酸拮抗剂(例如甲氨蝶呤)。

[0121]可与PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂联用的其它调节剂的实例包括至少一种以下药物：皮质类固醇(口服、吸入和局部注射)；免疫抑制药(例如环孢菌素和他克莫司(FK-506))；mTOR抑制剂(例如西罗莫司(雷帕霉素)或雷帕霉素类似物和/或衍生物，例如雷帕霉素酯衍生物，例如CCI-779(参见例如Elit(2002)Curr.Opin.Investig.Drugs 3：1249-53；Huang等，(2002)Curr.Opin.Investig.Drugs3：295-304))；干扰促炎细胞因子(例如TNFα和IL-1)信号转导的药物(例如IRAK、NIK、IKK、p38或MAP激酶抑制剂)；TPL-2、Mk-2和NFκb抑制剂；COX-2抑制剂(例如塞来考昔、罗非考昔等及其变体)；磷酸二酯酶抑制剂(例如咯利普兰)；磷脂酶抑制剂(例如胞质磷脂酶2(cPLA2)抑制剂，例如三氟甲酮类似物(美国专利第6,350,892号))；血管内皮细胞生长因子(VEGF)抑制剂；VEGF受体抑制剂；血管生成抑制剂；RAGE和可溶性RAGE；雌激素受体β(ERB)激动剂、ERB-NFκb拮抗剂；干扰素-β(例如IFNβ-1a和IFNβ-1b)；克帕松(copaxone)；和皮质类固醇。

[0122]可与一种或多种PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂联用的其它有用治疗药包括：布地奈德(budenoside)；表皮生长因子；氨基水杨酸盐；6-巯基嘌呤；硫唑嘌呤；甲硝唑；脂氧合酶抑制剂；美沙拉秦；奥沙拉秦；巴柳氮；抗氧化剂；血栓烷抑制剂；生长因子；弹性蛋白酶抑制剂；吡啶-咪唑化合物；葡糖苷酸或葡聚糖-缀合的泼尼松龙、地塞米松或布地奈德的前体药物；ICAM-1反义硫代磷酸酯寡聚脱氧核苷酸(ISIS 2302；Isis Pharmaceuticals，Inc.)；可溶性补体受体1(TP10；T Cell Sciences，Inc.)；缓释型美沙拉秦；血小板活化因子(PAF)拮抗剂；环丙沙星；利多卡因；环孢菌素A；羟氯喹(PLAQUENIL^TM)；米诺环素(MINOCIN^TM)；和阿那白滞素(KINERET^TM)。

[0123]选择用于与本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂联用的具体治疗药将很大程度上取决于诸如具体受试者、所需靶标和所选治疗时间等因素。这些决定完全属于本领域技术人员的技术和知识范围。

[0124]可与PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂联用的治疗药的其它实例包括一种或多种以下药物：6-巯基嘌呤(6-MP)、硫唑嘌呤、柳氮磺吡啶、美沙拉秦、奥沙拉秦、氯喹、羟氯喹(PLAQUENIL_)、青霉胺；金硫丁盐(aurothiornalate)(肌内和口服)、硫唑嘌呤、秋水仙碱(colchicine)、β-2肾上腺素受体激动剂(沙丁胺醇、特布他林、沙美特罗(salmeteral))、黄嘌呤(茶碱、氨茶碱)、色甘酸盐、奈多罗米、酮替芬、异丙阿托铵和氧托铵、麦考酚酸吗乙酯、腺苷激动剂、抗血栓药、补体抑制剂和肾上腺素能药。

[0125]在一个实施方案中，PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂可与一种或多种抗体联用，所述抗体针对参与调节免疫应答的其它靶标。可与本发明的PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂联合用于治疗或预防免疫应答的药物的非限制性实例包括以下药物：针对其它细胞表面分子的抗体，包括但不限于CD25(IL-2受体-a)、CD11a(LFA-1)、CD54(ICAM-1)、CD4、CD45、CD28、CTLA4、ICOSL、ICOS、CD80(B7.1)和/或CD86(B7.2)。在又一个实施方案中，PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂与一种或多种通用免疫抑制剂联用，例如环孢菌素A或FK506。在另一个实施方案中，PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂与CTLA4激动剂联用，例如CTLA4Ig-阿巴西普(abatacept，ORENCIA^_)。

[0126]将本发明的药物组合物配制成与其预定给药途径相适合。实现给药的方法是本领域普通技术人员已知的。还有可能获得可局部或口服给药的组合物，或能够透过粘膜递送的组合物。在用于实施本发明方法的药物组合物中使用的本发明调节剂的给药可以多种常规方式进行，例如口服摄取法、吸入法、皮肤用药法、皮下用药法、静脉内注射法、直肠灌肠法、栓剂插入法等等。

[0127]用于皮内或皮下应用的溶液剂或混悬液通常包括一种或多种以下组分：无菌稀释剂，例如注射用水、盐水溶液、不挥发性油、聚乙二醇、甘油、丙二醇或其它合成溶剂；抗细菌剂，例如苯甲醇或对羟苯甲酸甲酯；抗氧化剂，例如抗坏血酸或亚硫酸氢钠；螯合剂，例如乙二胺四乙酸；缓冲剂，例如乙酸盐、柠檬酸盐或磷酸盐；和张力调节剂，例如氯化钠或葡萄糖。pH可用酸或碱调节，例如盐酸或氢氧化钠。这些制剂可封装入由玻璃或塑料制成的安瓿、一次性注射器或多剂量小瓶中。

[0128]适于注射的药物组合物包括无菌水性溶液剂或分散液和用于临用时配制成无菌注射液或分散液的无菌粉针剂。对于静脉内给药，适宜的载体包括生理盐水、抑菌水、CREMAPHORE^TMEL(BASF，Parsippany，NJ)或磷酸缓冲盐溶液(PBS)。在所有情况下，组合物必须无菌，并应流体化到具有易注射性的程度，在生产和储藏条件下必须是稳定的，必须防腐，以对抗诸如细菌和真菌等微生物的污染作用。载体可为含例如水、乙醇、多元醇(例如甘油、丙二醇和液体聚乙二醇等)及其适宜的混合物的溶剂或分散介质。通过使用诸如卵磷脂的包衣材料、就分散液而言通过保持需要的粒度以及通过使用表面活性剂，可保持适当的流动性。可通过各种抗细菌剂和抗真菌剂，例如对羟基苯甲酸酯、三氯叔丁醇、苯酚、抗坏血酸、硫柳汞等，实现对微生物作用的预防。在许多情况下，优选在组合物中包含等渗剂，例如糖、多元醇(例如甘露醇、山梨醇)和氯化钠。组合物中包括延迟吸收的试剂(例如一硬脂酸铝和明胶)可得到延长注射用组合物的吸收。

[0129]当口服给予治疗有效量的至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂时，粘合剂为片剂、胶囊剂、粉剂、溶液剂或酏剂形式。当以片剂形式给药时，本发明的药物组合物另外还可包含固体载体，例如明胶或辅剂。片剂、胶囊剂和粉剂包含约5-95％的粘合剂，优选包含约25-90％的粘合剂。当以液体形式给药时，可加入液体载体，例如水、石油、动物或植物源的油(例如花生油(但要谨记群体中花生变态反应的频率))、矿物油、大豆油或芝麻油或合成油。液体形式的药物组合物还可包含生理盐水溶液、葡萄糖或其它糖溶液，或二元醇，例如乙二醇、丙二醇或聚乙二醇。当以液体形式给药时，药物组合物包含约0.5-90％(重量)的粘合剂，优选包含约1-50％(重量)的粘合剂。

[0130]当通过静脉内、皮肤、皮下注射给予治疗有效量的至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂时，调节剂为无热源形式的胃肠外可接受水性溶液剂。此胃肠外可接受蛋白溶液的制剂对pH、等渗性、稳定性等有关要求，该制剂属于本领域技术人员的知识范围。除了至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂以外，用于静脉内、皮肤或皮下注射的优选药物组合物还应包含等渗溶媒，例如氯化钠注射液、Ringer注射液、葡萄糖注射液、葡萄糖和氯化钠注射液、乳酸盐Ringer注射液或本领域已知的其它溶媒。本发明的药物组合物还可包含稳定剂、防腐剂、缓冲剂、抗氧化剂或本领域技术人员已知的其它添加剂。

[0131]本发明药物组合物中至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂的量取决于待治疗疾病的性质和严重性，以及患者已经受的先前治疗的性质。最后，主治医师将决定治疗每个个体患者的至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂的量。首先，主治医师给予低剂量的至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂，并观察患者反应。可给予较大剂量的至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂，直至对患者获得最佳疗效，那时剂量一般不再增加。预期用于实施本发明方法的各种药物组合物应包含约0.1μg至约100mg/kg体重。

[0132]使用本发明的药物组合物进行静脉内(i.v.)治疗的时程可变，取决于待治疗疾病的严重性以及每个个体患者的疾病和潜在特异反应。预期至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂每次给药的时程可在12-24小时连续静脉内给药的范围内，或者某些其它的适宜时间段。还设想了使用本发明的药物组合物的皮下(s.c)、栓剂等治疗药。这些治疗药可每日用药一次，每周用药一次，或者更优选每两周或每月用药一次。还预期在至少一种PBMC-和IBD-相关生物标记的调节剂为小分子的情况下，治疗药可每日一次、一日两次、一日三次......用药。最后，在使用本发明药物组合物时，主治医师将决定适宜的疗程或使用小分子的适宜疗程，以及施用治疗药的时间。

药盒

[0133]本发明还提供用于确定炎性肠病患者长期存活或保持良好状态的预后用药盒，所述药盒包括用于评价本发明生物标记的表达的试剂。还设想了用于诊断和监测的药盒。优选地，所述试剂可包含一种或多种抗生物标记抗体或其片段，其中所述抗体或其片段特异性结合对应于PBMC-和IBD-相关生物标记的蛋白。任选所述药盒可包含一种多核苷酸探针，其中所述探针特异性结合对应于列于表1-5的PBMC-和IBD-相关生物标记的转录多核苷酸。所述药盒还可包含一组PBMC-和IBD-相关生物标记，它们可作为阵列排列在生物芯片例如GENECHIP_上。

[0134]本发明还提供用于评价多种化合物中的每一种抑制受试者的炎性肠病的适应性的药盒。这些药盒包括多种待测化合物，以及用于评价列于表1-5的PBMC-和IBD-相关生物标记的表达的试剂(即相应蛋白特异性抗体，或相应多核苷酸特异性探针或引物)。

[0135]依据标准技术对上述本发明组合物和方法的修改对本领域技术人员是显而易见的，也应当包括在本发明中。

[0136]以下实施例进一步阐述了本发明，不应把这些实施例看成是限制性的。在整个本申请中提及的所有参考文献、专利和专利申请的内容都在此引入作为参考。

实施例

[0137]以下陈述的实施例有助于理解本发明，但无意且不应被看作以任何方式限制本发明的范围。实施例不包括常规方法的详述，例如由健康志愿者和罹患炎性肠病的患者分离外周血单核细胞。这些方法是本领域普通技术人员众所周知的。

实施例1

材料与方法

实施例1.1：患者信息和临床评价

[0138]在北美和欧洲临床场所由总共42名表观健康个体、59名CD患者和26名UC患者收集用于药物基因组学分析的血样。各个临床场所的机构伦理审查委员会或伦理学委员会都批准了此研究，在获得每名患者的知情同意前未实施程序。

[0139]本研究中个体的人口学特征的比较结果见表7。

表7：正常无病个体(C)以及克罗恩病(CD)或溃疡性结肠炎(UC)形式的IBD受试者的人口学特征

类型	CD	UC	C	CvIBDp值	CDvVCp值
						样品数	59	26	42
年龄(平均)	41.3	46.7	44.1	0.961	0.0551
						性别	21名男性38名女性	8名男性18名女性	24名男性18名女性	0.0142	0.662
种族	51名白人7名黑人1名西班牙人	22名白人3名黑人1名西班牙人	40名白人1名亚洲人1名印地安人	0.093	0.823

1：运用双侧t检验和基于ANOVA误差估计的t统计计算的p值。

2：运用比较组别中的男性对女性频率的似然比卡方检验计算的p值。

3：运用比较组别中的白人对非白人频率的似然比卡方检验计算的p值。

[0140]健康受试者(24名男性，18名女性)主要是白人，年龄在25-60岁的范围内。CD患者(21名男性，38名女性)主要是白人，年龄在20-65岁的范围内，克罗恩病活动指数评分(CDAI)在220-400之间，腹痛评级≥25和/或腹泻评级≥25。通过放射性研究、内窥镜检查加上组织学检查或外科病理学证实至少6个月的CD诊断结果；如果通过活检证实诊断结果，则包括诊断为克罗恩病的患者。UC患者(8名男性，18名女性)主要是白人，年龄在25-73岁的范围内，根据Mayo溃疡性结肠炎评分系统(Mayo Ulcerative Colitis Scoring System，MUCSS)的医师总体评价评分，在轻度至中度(评分为1或2)范围内进行评分。除了标准临床标准以外，还通过内窥镜检查加上活检提供了左侧UC的诊断结果。

[0141]女性对男性的比例在健康群体和IBD群体之间显著不同，但在两个IBD群体之间没有不同；在健康群体和IBD群体之间或两个IBD群体之间种族(白人对非白人)和年龄均没有显著差异(均为p＜0.05水平)。研究两个IBD群体之间的伴随药物应用表明，5-ASA和报告为伴随药物的任一种其它不常使用的药物均没有混淆该研究中的比较。

实施例1.2：采集血样和处理

[0142]在临床场所，采集每个人的血液(8ml)，装入Vacutainer细胞制备管(CPT；Becton Dickinson，Franklin Lakes，NJ)中，并按照生产商的建议连夜送到中心处理实验室进行PBMC分离。在该研究中分析的所有PBMC都在取血后24小时内处理。在RNA纯化前，使用ABX Pentra 60C+血细胞分析仪(Irvine，CA)对纯化的PBMC进行全细胞计数，以记录嗜中性粒细胞、淋巴细胞、单核细胞、嗜酸性粒细胞和嗜碱性粒细胞的绝对数和百分率。UC患者的1个PBMC样品未进行细胞计数，因此该表达谱被排除在下述ANCOVA分析之外。当开发和检验预测模型时包括该患者的表达数据。使用RNeasy小型柱方案(Qiagen，Valencia，CA)由PBMC纯化总RNA。

实施例1.3：寡核苷酸阵列杂交和数据简化

[0143]按照Affymetrix方法(Affymetrix，Santa Clara，CA)将总RNA(2μg)转变为生物素化cRNA。将标记cRNA(10μg)片段化，并为如前所述的杂交做准备(Twine等，出处同上)。如在Affymetrix技术手册中的描述，使生物素化cRNA与Affymetrix HG-U133A人GENECHIP^_阵列杂交。将丰度在1∶300,000(3ppm)至1∶1000(1000ppm)范围内的11个生物素化对照转录物掺入各个样品中，然后杂交，以用作标准曲线(Hill等，(2001)Genome Biol.2(12)：research0055.1-0055.13)。用GENECHIP^_MAS 5.0软件来评价特异性杂交强度，计算各个探针组的信号值，并做出不存在/存在判断。然后通过参比标准曲线，将各个探针组的信号值换算成代表10⁶个转录物中存在的转录物数的频率值(Hill等，出处同上)。评价每个转录物，如果其满足以下的两个非严格标准则纳入研究：判断为‘存在’以及在其中至少一个样品(健康者、UC或CD)中处于或高于频率值10(10ppm)。7,908个序列满足这些过滤标准，用于分析。

实施例1.4：方差分析(ANOVA)和协方差分析(ANCOVA)

[0144]在检验疾病组别中的平均表达差异时，使用协方差分析(analysis of covariance，ANCOVA)法调整PBMC细胞类型组成的差异。使用对数转换的频率作为反应测量结果，对每个转录物运行单独的ANCOVA。ANCOVA模型包括疾病组别、性别、嗜中性粒细胞百分率、单核细胞百分率和嗜酸性粒细胞百分率这些项目。在ANCOVA中，对于每个细胞类型，计算描述细胞类型百分率和特定基因表达水平之间的线性关系的斜率，进行t检验，以确定该斜率是否与0有明显差异(其中，斜率0表示细胞类型百分率和表达水平之间没有线性关系)。

[0145]纳入ANCOVA模型中的细胞类型的选择受制于以下考虑因素：1)细胞类型之间的关联程度，2)疾病类型之间各个细胞类型分布的差异程度，和3)每种细胞类型的百分率大小。ANCOVA中的协方差应当彼此不高度相关。淋巴细胞百分率与单核细胞百分率和嗜中性粒细胞百分率呈强负相关，为此没有纳入ANCOVA。

[0146]除了对治疗组差异和细胞类型回归效应的整体检验以外，还使用双侧t检验对已针对细胞类型百分率差异调整过的疾病组平均值进行成对比较，t-统计的分母由ANCOVA误差项获得。最后，因为女性和男性的相对分布在疾病组之间也明显不同，所以将性别纳入ANCOVA。

[0147]由上述分析得出的原始p值未进行调整，以说明所进行的大量统计学检验。使用倍数变化过滤器(1.5倍)连同α＝0.0001的保守显著性水平减少假阳性测定结果的发生率。

实施例1.5：使用微阵列表达数据进行基因选择和监督类别预测

[0148]使用先前已描述(Golub等，(1999)Science 286：531-37)并可在www.broad.mit.edu/cancer/software/software.html获得的GeneCluster2.0版进行基因选择和监督类别预测。在这些分析中，仅使用4228个满足严格数据简化过滤器(在克罗恩病和UC样品中有至少50％的存在呼叫，至少50％的克罗恩病或UC样品具有大于10ppm的频率)的转录物。随机选择各组中的样品作为数据集(数据集MB)中的成员，该数据集由表达谱的训练集(75％)或测试集(25％)组成。使用样品训练集进行基因选择，通过留一和4倍交叉验证鉴别在训练集中表现出最高类别分配总精度的、具有最少基因的分类器。然后对测试集中的样品评价预测分类模型，报告测试集中样品的类别分配总精度。

[0149]对于基因选择，训练集和测试集中的所有表达数据都在分析前进行对数转换。在数据训练集中，使用双侧法(各类别中的特征数相等)建立含增加数量的特征(转录物序列)的模型，所述双侧法采用使用平均值进行类别推测的S2N相似性度量。使用二元法比较CD患者和UC患者的PBMC表达谱。通过留一和4倍交叉验证评价步骤2中含2-200个基因的预测基因分类器，以鉴定产生最精确的类别分配的最小预测模型。使用加权表决算法进行类别成员的预测。

实施例1.6：Ingenuity途径分析

[0150]Ingenuity途径分析(IPA)工具(Ingenuity，Mountain View，CA)用于诠释得自ANCOVA分析的IBD相关基因、CD特异性基因和UC特异性基因。对这些基因名单的经典途径和功能类别的诠释由Gene-By-Gene View取得，和/或使用检索IPKB(Ingenuity途径知识库)特征取得。

实施例1.7：定量实时聚合酶链反应(Q-PCR)证实微阵列结果

[0151]通过Q-PCR分析含来自59名克罗恩病(CD)患者和26名溃疡性结肠炎(UC)患者的外周血单核细胞(PBMC)RNA样品的两个96孔板。将总共45ng各种PBMC RNA样品以保持样品原先顺序的方式转移至96孔板中。2名CD患者和1名UC患者的PBMC RNA样品不含足量的RNA；其后，这些患者的样品被排除在Q-PCR分析之外。使用大容量cDNA库试剂盒(Applied Biosystems，San Diego CA)将每种RNA样品在100μl反应物中进行逆转录。反应物于25℃温育10分钟，然后于37℃温育2小时，并贮存于-80℃，直至扩增。使用预先设计的基因特异性TAQMAN_探针和引物组(TAQMAN_基因表达测定，Applied Biosystems)(对应于12-基因分类器中的基因的GENBANK登录号(即以上表5中可见的单基因标识号)来扩增和定量分类生物标记的相对表达水平。还扩增和定量每种RNA样品的4种看家基因的表达水平：(1)β2-微球蛋白(β2M)，(2)β-肌动蛋白，(3)18S核糖体RNA(18S)和(4)甘油醛-磷酸脱氢酶(GAPDH)。用于各个目标转录物的TAQMAN_探针和引物的Applied Biosystems(ABI)ID见表8。

表8：每个靶基因的TAQMAN探针和引物的ABI ID
				ABI ID	基因名称	符号	单基因标识号
Hs99999901_s1	18SrRNA	18S
				Hs00194353_m1	脂笼蛋白2(癌基因24p3)	LCN2	Hs.204238
Hs00271778_m1	mutL同源物3(大肠杆菌)	MLH3	Hs.279843
				Hs00190538_ml	血清剥夺应答(磷脂酰丝氨酸结合蛋白)	SDPR	Hs.26530
Hs00269023_s1	组蛋白2，H2be	HIST2H2BE	Hs.2178
				Hs00740275_s1	组蛋白1，H3h	HISTlH3H	Hs.70937
Hs00171085_m1	趋化因子(C-X-C基序)配体5	CXCL5	Hs.89714
				Hs00173978_m1	整联蛋白β3(血小板糖蛋白IIIa，抗原CD61)	ITGB3	Hs.87149
Hs00415042_m1	免疫球蛋白κ恒定区	IGKC	Hs.406565
				Hs00174778_m1	C型蛋白酪氨酸磷酸酶受体相关蛋白	PTPRCAP	Hs.155979
Hs00157878_m1	颗粒酶K(丝氨酸蛋白酶，	GZMK	Hs.3066

	颗粒酶3；酪蛋白酶II)
				Hs00187842_m1	β-2-微球蛋白	B2M
Hs99999903_m1	肌动蛋白，β	ACTB
				Hs99999905_m1	甘油醛-3-磷酸脱氢酶	GAPDH
Hs00413854_g1	免疫球蛋白重链恒定区γ1(G1m标记)	IGHG1
				Hs00203983_m1	线粒体核糖体蛋白S28	MRPS28

[0152]使用ABI 7900HT序列检测系统(Applied Biosystems，SanFrancisco，CA)，在96孔快速封闭的光学反应板中于25μl反应体积(含有1X TAQMAN_Fast Universal Master Mix，1X TAQMAN_基因表达测定和2.25ng cDNA)中进行每种目标转录物的定量实时PCR。在每个96孔板上纳入仅DEPC水的阴性对照样品(无模板对照；NTC)和人leukopack RNA的阳性对照样品，针对每个基因特异性TAQMAN_探针和引物组。默认的ABI 7900HT快速封闭循环条件如下：95℃20秒；95℃1秒和60℃20秒共40个循环。按此方式测定的分类生物标记列于表9。

表9.测定的靶基因
		IgHg1	免疫球蛋白重链恒定区γ1(也称为IgHg3)
IgKc	免疫球蛋白κ恒定区
		28S	人28S核糖体RNA 5′区
PTP，C-assoc	C型蛋白酪氨酸磷酸酶受体相关蛋白
		颗粒酶K	颗粒酶K(丝氨酸蛋白酶，颗粒酶3；酪蛋白酶II)
mutL同源物3	mutL同源物3(大肠杆菌)
		脂笼蛋白-2	脂笼蛋白2(癌基因24p3)
CXCL5	趋化因子(C-X-C基序)配体5
		血清剥夺应答	血清剥夺应答(磷脂酰丝氨酸结合蛋白)
组蛋白3K	H3组蛋白家族，成员K
		整联蛋白β3	整联蛋白，β3(血小板糖蛋白IIIa，抗原CD61)
组蛋白2BQ	H3组蛋白家族，成员Q

[0153]可接受的标准是：(1)对于每个目标引物对不可检测的NTC样品扩增，和(2)对于每个目标引物对可检测的leukopack RNA阳性对照样品的基因特异性扩增。对于每个分类生物标记和4个看家基因中的每一个，记录每个扩增反应的循环阈(Ct)值。为标准化，计算每个PBMC样品中靶基因和4个看家基因中每一个的循环阈值之间的差(ΔCt)，并适宜地按下公式计算出UC和CD表达之间表达的平均倍数变化：平均倍数差＝2^{(ΔCtUC-ΔCtCD)}或2^{(ΔCtCD-ΔCtUC)}。

实施例1.8：使用Q-PCR表达值进行监督类别预测

[0154]将判别分析的参数(线性)、非参数k＝3最近邻域和非参数k＝10最近邻域类别分配法应用于分类生物标记表达水平(即循环阈值)的3个数据集(数据集MB(在以上实施例1.5中描述)和与训练子集和测试子集相同的数据的两个替代随机分配(数据集1和数据集2))中的每一个，每个数据集都被分成训练子集和测试子集，所述分类生物标记表达水平用由Q-PCR(在以上实施例1.7中描述)获得的4个看家基因中的每一个标准化。在全部3个数据集中，分析57名克罗恩病(CD)患者和25名溃疡性结肠炎(UC)患者的PBMC样品的RNA表达水平(43个CD加19个UC样品用于训练，14个CD加6个UC样品用于测试)。同样，对用看家基因18S标准化的分类生物标记表达水平的3个数据集进行全模型、向后、向前和逐步法逻辑分析，显著性水平设为p＝0.05或p＝0.15。使用SAS_8.2(Gary，NC)和SPOTFIRE_DECISIONSITE^TM8.0(Somerville，MA)软件计算和比较分类的训练集和测试集精确度、灵敏度、特异性、阳性预期值(PPV)和阴性预期值(NPV)。最后，比较使用ΔCt(针对12个分类生物标记，由看家基因18S的循环阈值标准化)的线性判别分析产生的分类器精确度和使用相同ΔCt(针对20个数据集(每个均包含用于训练的43个CD加19个UC样品，以及用于测试的14个CD加6个UC样品)，这20个数据集被随机分配为训练子集和测试子集)的逻辑分析得出的分类器精确度。

实施例2

实施例2.1：健康受试者、克罗恩病患者和溃疡性结肠炎患者的纯化PBMC样品的细胞组成

[0155]在研究的表达谱分析部分之前，检测全部3组(健康受试者、CD患者和UC患者)中受试者的纯化PBMC沉淀的细胞组成，之后进行RNA分离。表10显示了PBMC样品中嗜碱性粒细胞、嗜酸性粒细胞、淋巴细胞、单核细胞和嗜中性粒细胞的百分率。

表10：取自克罗恩病(CD)或溃疡性结肠炎(UC)形式的IBD患者和正常无病个体(C)的样品数以及样品中细胞类型的平均百分率(％)

类型	CD	UC	C	C对IBDp值1	CD对UCp值1
						样品数	59	25	42
嗜碱性粒细胞(％)	0.33	0.30	1.05	0.012	0.93
						嗜酸性粒细胞(％)	1.10	0.91	0.37	0.0003	0.37
淋巴细胞(％)	52.20	59.58	78.90	＜0.0001	0.056
						单核细胞(％)	29.41	27.63	14.65	＜0.0001	0.52
嗜中性粒细胞(％)	14.96	10.58	5.00	＜0.0001	0.035

1：使用双侧t检验和基于ANOVA误差估计的t统计计算的p值。

[0156]在比较健康受试者的PBMC和IBD患者的PBMC时，PBMC样品的细胞组成显著不同(p＜0.05)。嗜碱性粒细胞和淋巴细胞的总百分率在IBD患者的PBMC中显著较低，而嗜酸性粒细胞、单核细胞和嗜中性粒细胞的百分率在IBD患者的PBMC中显著提升。先前的研究已指出嗜中性粒细胞经相似的纯化过程提升，这种提升归因于沉降密度的改变，该改变似乎与嗜中性粒细胞在晚期癌症患者外周血中活化状态的改变相关(Schmielau和Finn(2001)Cancer Res.61：4756-60)。嗜酸性粒细胞、单核细胞和嗜中性粒细胞的选择性提升可能是由基于CPT的PBMC分离过程捕捉到的疾病相关活化事件，因为全血的细胞组成在各组之间没有显著差异(未出示数据)。

[0157]相比之下，嗜碱性粒细胞、嗜酸性粒细胞和单核细胞比例在CD和UC PBMC样品之间没有显著不同(p＜0.05)。在比较两个IBD组时，只有嗜中性粒细胞显著不同(11％对15％，p＝0.035)。

实施例2.2：所有IBD患者相对于健康对照的PBMC表达水平差异

[0158]为鉴别与细胞组成差异明显不相关的疾病相关基因，使用协方差分析(ANCOVA)鉴别差异表达的转录物，同时考虑PBMC样品之间细胞组成的差异。对7908个通过标准表达水平过滤器的转录物运行ANCOVA，纳入嗜酸性粒细胞、单核细胞和嗜中性粒细胞的百分率作为共变量。

[0159]选择哪种细胞类型纳入部分地由以下事实决定：ANCOVA中的共变量彼此应不高度相关。淋巴细胞百分率与单核细胞百分率和嗜中性粒细胞百分率强负相关，为此没有纳入ANCOVA中。对每种细胞类型，计算描述细胞类型百分率和特定基因表达水平之间的线性关系的斜率，并进行t检验，以确定斜率是否与0有明显差异(其中，斜率0表示细胞类型百分率和表达水平之间没有线性关系)。最后，因为女性和男性的相对分布在疾病组之间也明显不同，所以将性别纳入ANCOVA，以鉴定看起来为性别特异性而不是与病况相关的转录物。

[0160]通过ANCOVA分析，220个转录物的水平在克罗恩病和健康PBMC之间有超过1.5倍的差异，并在基于ANCOVA的成对比较中具有小于0.0001的未调整的p值，使用如上相同的标准，120个转录物的水平在UC和健康PBMC之间有显著差异。这些序列有45个在UC和CD PBMC中均差异表达，与健康水平相比较，这些共同的PBMC-和IBD-相关转录物在这两种疾病中以相同方向改变(上表1)。

[0161]对余下的几组基因应用一种另外的过滤器，以鉴定仅在一种病症中有差异表达的PBMC转录物。在CD相关的220个转录物中(≥1.5倍变化，p＜0.0001)，总共有67个序列在UC PBMC对健康者的比较中未显著改变(p＞0.05)，因此被看作是CD特异性的。67个CD特异性PBMC序列，即CD生物标记，列于以上表2。在120个UC相关的转录物中(≥1.5倍变化，p＜0.0001)，总共有22个序列在CDPBMC对健康者的比较中未显著改变(p＞0.05)，因此被看作是UC特异性的。22个UC特异性PBMC序列，即UC生物标记，列于以上表3。

[0162]在图1A中针对每种对比总结了具有显著过量表达的最大可能性的经典基因途径。在该分析中，涉及前列腺素代谢的经典类别的转录物显著过量表达CD基因标签，而编码涉及凋亡和B细胞信号转导的经典类别的蛋白的转录物看起来过量表达UC基因标签。图1B总结了相对于健康对照在克罗恩病中差异表达的转录物包含的不同功能类别。在CD PBMC中被上调的主要功能类别包括参与前列腺素代谢的酶、转录调节物和跨膜受体，包括几个整联蛋白同种型。最后，图1C总结了免疫球蛋白恒定区的丰富过量表达，这种过量表达是UCPBMC基因表达标签特有的。

实施例2.3：鉴别区分克罗恩病和溃疡性结肠炎的基因标签

[0163]因为本研究的主要目标是确定CD和UC患者的PBMC中的基因表达模式是否不同得足以能够基于单独的PBMC中的基因表达谱分类，所以对这两种疾病之间的基因表达标签进行直接对比。CD对UC PBMC谱的ANCOVA比较鉴别出49个转录物在CD和UC患者的PBMC之间存在显著差异水平(≥1.5倍差异，p＜0.0001)。这些CdvUC生物标记列于以上的表4。

[0164]基于指示CD和UC PBMC基因标签的直接对比的显著差异的ANCOVA结果，使用监督类别预测法鉴别能够进行疾病特异性分类的最小信息序列组。将IBD患者的PBMC样品随机化为由44个CD和22个UC谱组成的训练集以及由15个CD和6个UC谱组成的测试集。对一组增加了大小的基因分类器测定相对总精度、CD分类精度和UC分类精度(图2A)。如在图2A中所示，据4倍交叉验证的评价，由两个基因分类器(即脂笼蛋白2和IgHg3)组成的一组提供64％的精确度(图2A)。据训练集的4倍交叉验证的评价(图2A)，具有区分UC和CD PBMC谱的最高总体精确度(91％)的最小预测模型是14-序列(12-基因)分类器(上文表5)。据留一交叉验证的评价，14-序列分类器具有94％的总体精确度(未出示数据)。表5中的基因分类器以信噪比的递减次序排列；即在克罗恩病患者中被上调并列于表5的分类生物标记中，脂笼蛋白2(第1分类器基因)具有最高信噪比，整联蛋白β-3(第7分类器基因)具有最低信噪比，在溃疡性结肠炎患者中被上调并列于表5的分类生物标记中，IgHg1(第8分类器基因)具有最高信噪比，IgKc(第14分类器基因)具有最低信噪比。增加分类器组的大小没有将精确度增加至该水平以上(图2A)。该12-基因分类器用于将类别成员分配给保留给测试集的14个CD谱和6个UC谱(图2B)。使用该预测模型，测试集中的所有样品都如临床诊断的情况一样被正确分类。使用该分类器每组中只有1个个体的置信度低于0.2，表明以相对高的置信度通过加权表决算法做出这些判断。这些结果表明，使用PBMC表达谱的潜在实用性有助于CD和UC的分子诊断。

实施例2.4：定量实时逆转录酶聚合酶链反应(Q-PCR)证实微阵列观测结果

[0165]不管由微阵列分析中获得的表达水平数据集中基于最近邻域类别分配的分类器组精确度，CD/UC分类器中转录物的平均倍数变化相对较低。因此，进行定量实时PCR(Q-PCR)，以证实在该研究中通过Affymetrix微阵列技术对CD和UC样品观测到的相对表达。使用4个用于标准化靶基因的独立看家基因：β2-微球蛋白(β2M)、β-肌动蛋白、GAPDH和18S核糖体RNA(18S)。研究中的所有CD和UC RNA样品都使用相同的逆转录混合物和方法转变为cDNA。使用β2-微球蛋白通过微阵列和实时PCR计算的平均倍数变化的比较示于图3，在使用4个看家基因中的每一个作为标准化物的情况下，全部12个分类基因的相对倍数变化极为一致(表11)。

表11：标准化后的相对倍数变化
	在UC中升高(相对于CD)
检验		标准化	IgHg1	IgKc	28S	PTP，C-assoc		颗粒酶K
Affy		放大的频率	3.87	2.30	2.11	1.43		1.35
Q-PCR		β2M	3.11	2.04	1.32	1.47		1.85
													β-肌动蛋白	3.05	2.00	1.30	1.44		1.81
		GAPDH	2.83	1.86	1.21	1.34		1.69
													18S	2.68	1.98	1.31	1.40		1.86
在CD中升高(相对于UC)
	检验	标准化	mutL3	脂笼蛋白-2	CXCL5	血清剥夺应答	组蛋白3K		整联蛋白β-3		组蛋白2BQ
	Affy	放大的频率	2.01	1.75	1.85	1.66	1.65		1.62		1.57
	Q-PCR	β2M	1.93	1.84	2.28	1.49	1.32		1.49		1.27
												β-肌动蛋白	1.97	1.88	2.33	1.52	1.35		1.52		1.29
		GAPDH	2.12	2.02	2.50	1.64	1.45		1.64		1.39
												18S	2.13	1.96	2.44	1.59	1.47		1.61		1.36

[0166]基于这些结果，在12个最初被鉴别为CD/UC辨别基因(即分类生物标记)的转录物中，只有28S rRNA片段看起来被微阵列杂交显著高估。

实施例2.5：使用通过Q-PCR获得的表达值进行精确类别预测

[0167]将用4个看家基因(β2M、β-肌动蛋白、GAPDH和18S)中的每一个标准化的12个分类生物标记(见表5和表8)的ΔCt的线性鉴别分析(LDA)与3个数据集(数据集MB、数据集1、数据集2)的相同ΔCt的k-NN鉴别分析相比较，这3个数据集包括训练集中从CD患者分离的43个PBMC RNA样品和从UC患者分离的19个PBMCRNA样品，以及测试集中从CD患者分离的14个PBMC RNA样品和从UC患者分离的6个PBMC RNA样品。

[0168]表13显示了对4个看家(β2-微球蛋白(β2M)、β-肌动蛋白、GAPDH和18S核糖体RNA(18S))基因中的每一个标准化的分类生物标记的表达水平的3个数据集(数据集MB、数据集1和数据集2)的参数(线性)、非参数k＝3最近邻域或非参数k＝10最近邻域鉴别分析法的分类性能的精确度、灵敏度、特异性、PPV和NPV检测结果。

表13：
								看家基因	数据集	方法	精确度	灵敏度	特异性	PPV	NPV
β2M	数据集MB	参数	0.833	1.000	0.667	0.875	1.000
								β2M	数据集MB	K-NN k＝3	0.762	0.857	0.667	0.857	0.667
β2M	数据集MB	K-NN k＝10	0.750	1.000	0.500	0.824	1.000
								β-肌动蛋白	数据集MB	参数	0.833	1.000	0.667	0.875	1.000
β-肌动蛋白	数据集MB	K-NN k＝3	0.798	0.929	0.667	0.867	0.800
								β-肌动蛋白	数据集MB	K-NN k＝10	0.750	1.000	0.500	0.824	1.000
GAPDH	数据集MB	参数	0.750	1.000	0.500	0.824	1.000
								GAPDH	数据集MB	K-NN k＝3	0.762	0.857	0.667	0.857	0.667
GAPDH	数据集MB	K-NN k＝10	0.750	1.000	0.500	0.824	1.000
								18S	数据集MB	参数	0.917	1.000	0.833	0.933	1.000
18S	数据集MB	K-NN k＝3	0.845	0.857	0.833	0.923	0.714
								18S	数据集MB	K-NN k＝10	0.917	1.000	0.833	0.933	1.000
β2M	数据集1	参数	0.964	0.929	1.000	1.000	0.857
								β2M	数据集1	K-NN k＝3	0.821	0.643	1.000	1.000	0.545

β2M	数据集1	K-NN k＝10	0.798	0.929	0.667	0.867	0.800
								β-肌动蛋白	数据集1	参数	0.964	0.929	1.000	1.000	0.857
β-肌动蛋白	数据集1	K-NN k＝3	0.821	0.643	1.000	1.000	0.545
								β-肌动蛋白	数据集1	K-NN k＝10	0.845	0.857	0.833	0.923	0.714
GAPDH	数据集1	参数	0.929	0.857	1.000	1.000	0.750
								GAPDH	数据集1	K-NN k＝3	0.786	0.571	1.000	1.000	0.500
GAPDH	数据集1	K-NN k＝10	0.845	0.857	0.833	0.923	0.714
								18S	数据集1	参数	0.845	0.857	0.833	0.923	0.714
18S	数据集1	K-NN k＝3	0.810	0.786	0.833	0.917	0.625
								18S	数据集1	K-NN k＝10	0.845	0.857	0.833	0.923	0.714
β2M	数据集2	参数	0.774	0.714	0.833	0.909	0.556
								β2M	数据集2	K-NN k＝3	0.738	0.643	0.667	0.818	0.444
β2M	数据集2	K-NN k＝10	0.881	0.929	0.833	0.929	0.833
								β-肌动蛋白	数据集2	参数	0774	0.714	0.833	0.909	0.556
β-肌动蛋白	数据集2	K-NN k＝3	0.702	0.571	0.833	0.889	0.455
								β-肌动蛋白	数据集2	K-NN k＝10	0.762	0.857	0.667	0.857	0.667
GAPDH	数据集2	参数	0.810	0.786	0.833	0.917	0.625
								GAPDH	数据集2	K-NN k＝3	0.667	0.500	0.833	0.875	0.417
GAPDH	数据集2	K-NN k＝10	0.810	0.786	0.833	0.917	0.625
								18S	数据集2	参数	0.845	0.857	0.833	0.923	0.714
18S	数据集2	K-NN k＝3	0.810	0.786	0.833	0.917	0.625
								18S	数据集2	K-NN k＝10	0.845	0.857	0.833	0.923	0.714

[0169]鉴别分类对数据集MB最成功，与使用的方法无关，提示每种方法的性能与分析的每个数据集相关(表13)。参数和非参数k＝10最近邻域法效果相似，但平均起来这两种比非参数k＝3最近邻域法更成功(表13)。

[0170]用18S标准化的分类生物标记在3个数据集中显示出性能的系统差异。在某种程度上18S优于其它看家基因；用18S标准化的分类生物标记的分析在精确度、灵敏度和特异性方面始终具有较高的值和较小的可变性(表13)。

[0171]因为18S看起来优于其它测试的看家基因，那么对仅用18S标准化的分类生物标记的表达水平进行逻辑分析。在逻辑分析的全模型、向后、向前或逐步选择法中选择对分类几乎没有影响(未出示数据)。对于数据集MB和数据集1，全模型法完成得等同于或优于其它简化模型(未出示数据)。就数据集2而言，通过向前或逐步法以设定为p＝0.05的显著性水平选择的、采用18S标准化的2或3种分类生物标记(包括MLH3和IgKC这二者)的模型具有较好的类别预测(未出示数据)。此结果可能归因于以下事实：具有非典型表达水平的大部分生物标记包括在数据集2的测试集中，而向前或逐步选择的模型不含那些异常表达的生物标记。包含在生物标记中的这种变异还可以解释为什么全模型不是最好的执行逻辑方法，以及为什么用包括全部12个分类器的模型进行鉴别分析产生较差的分类。逻辑分析的不同选择方法的精确度、灵敏度和特异性表明不同逻辑选择方法相似地完成(未出示数据)。例如，如果一种方法对训练集比对数据集中的测试集显示出更好分类，反之亦然，则用全部3种其它方法的结果显示出相同的特性。

[0172]然后，将通过使用全模型的逻辑分析进行的分类与通过使用参数法的线性鉴别分析进行的分类相对比。尽管观察到这两种方法之间的数据集差异，但这两种分析均精确地进行类别预测。使用数据集MB、数据集1和数据集2进行类别预测产生0.833-0.917的精确度，0.786-1.000的灵敏度以及0.667-1.000的特异性(表14)。但是，在比较20个数据集时这两种方法之间似乎有差异(图4)。用全模型的逻辑分析对交叉验证完成得较好，而鉴别分析对测试集分类做得更好。

表14

数据集	分析方法	灵敏度	特异性	PPV	NPV	精确度
							MB	鉴别	0.786	1.000	1.000	0.667	0.893
MB	逻辑	1.000	0.667	0.875	1.000	0.833
							数据集1	鉴别	0.857	0.833	0.923	0.714	0.845
数据集1	逻辑	1.000	0.833	0.933	1.000	0.917
							数据集2	鉴别	0.786	1.000	1.000	0.667	0.893
数据集2	逻辑	0.857	0.833	0.923	0.714	0.845

实施例3

讨论

[0173]本研究的焦点是尝试确定(1)与CD和UC相关的PBMC中的基因表达模式的通用性和特异性和(2)疾病特异性表达标签是否能有助于疾病的分子诊断。与健康受试者的表达谱相比，CD和UC患者的表达谱中有数十个基因看起来差异表达。这些基因中有许多编码核蛋白，例如转录调节物，并且大部分被下调。实例包括NFKB2、RNA-结合因子CUGBP1和CUGBP2、COPEB和ELK3。UC和CD共同的失调炎症过程可能是这些转录调节物活性调节的结果。

[0174]通常在这两种炎性肠病中被提升的最高表达的基因是蛋白酶抑制剂SERPINB2(也叫做PAI，纤溶酶原激活物抑制剂，II型)。已在IBD患者的粘膜病灶中报告了增加的纤溶酶原激活物水平(deBruin等，(1988)Thromb.Haemost.60：262-66)，增加的PAI-1可见于IBD患者血浆。尽管与PAI-1不同，但PAI-2与u-PA共有酶特异性，并与t-TA共有较低程度的酶特异性，在类风湿性关节炎滑液中报告了提升的PAI-2水平(Kruithof等，(1995)Blood 86：4007-24)。这些结果提示，溶血纤和凝结系统的组分的改变可能促使血栓栓塞并发症风险增加，并可能促成在IBD患者中可见的结肠炎和出血(de Jong等，(1989)Gut 30：188-94)。还没有报告PAI-2在IBD中的作用，但本研究提示，PBMC中提升的PAI-2RNA水平与疾病相关。

[0175]多种功能类别的转录物看起来在CD患者的PBMC中被特异性上调，包括前列腺素代谢酶、趋化因子和转录调节物。CD特异性PBMC基因谱表现出在UC特异性PBMC基因谱中不明显的促炎基因表达谱。参与前列腺素和白三烯代谢的基因，例如花生四烯酸12-脂加氧酶(ALOX12)和前列腺素内过氧化物合酶1(PTGS1，环加氧酶1)，在CD患者的PBMC中显著增加，而前列腺素D2合酶(PTGDS)下降。预期对前列腺素合成途径的这些作用应导致花生四烯酸向选择性前列腺素的转变增加。尽管IBD患者病灶中的前列腺素含量提升(Schmidt等，(1996)Hepatogastroenterology 43：1508-12)，但新近的证据提示，实际上至少一种前列腺素(PGE₂)的水平在CD患者的单核细胞中下降(Trebble等，(2004)Clin.Nutr.23：647-55)。还不清楚在CD患者的PBMC中编码花生四烯酸代谢酶的转录物的相对提升是否在功能上与该观察结果相关，但PGE₂已被文件证实为是一种由来源于胃肠道的T淋巴细胞释放的细胞因子重要调节物(Barrera等，(1996)J.Cell.Physiol 166：130-37)。在克罗恩病患者的循环PBMC中的PG代谢途径的上调可能表示在该疾病中进/出肠固有层的细胞的改变。

[0176]几种趋化因子(C-X-C配体4和7，血小板因子4变体1)在CD中被上调。总的来说，在本文的CD PBMC组中被鉴别为上调的转录物和在Mannick与同事(Mannick等，出处同上)分析的7名CD患者中报告为上调的那些转录物令人惊奇地几乎没有重叠。不知道这是否归因于本文研究的患者数目更大、查询的基因数目更大、基因命名差异或这些研究之间的某些其它混淆因素。但是，Mannick和同事报告的在CD中被最强上调的转录物编码转化生长因子(TGF)-β诱导型转录物(Mannick等，出处同上)。在此，一种不同的TGF-β诱导型转录物TSC-22也被鉴别为在CD PBMC中被上调。这些观察结果表明，TGF-β信号转导的上调似乎在CD PBMC中明显。该途径的组成型提升可导致Smad-依赖性途径下调，这随后可导致TGF-β的活性被抑制，以终止免疫应答，并又在CD发病中起病因作用(Mannick等，出处同上)。

[0177]一部分克罗恩病相关疾病标签基因谱有可能是血小板衍生的。最近的证据已表明，血小板可参与慢性肠炎(Danese等，(2004)Am.J.Gastroenterol.99：938-45)，在该研究中血小板与从CD患者分离的PBMC被共纯化至较高程度(未出示数据)。因此，在CD相关基因标签中血小板因子4和血小板因子4变体1的检测结果可能归因于分离的PBMC中提升的共纯化血小板水平。但是，在血小板中报告的前10个非线粒体转录物中的其它转录物(Gnatenko等，(2003)Blood 101：2285-93)没有出现在本文的CD相关转录物列表中，提示这些无核细胞的水平不是这些转录物的唯一来源。先前已与血小板关联的CD疾病标签中的所有转录物还以显著水平在纯化的T细胞、B细胞和/或单核细胞中表达(未出示数据)，提示先前与血小板相关的转录物可源自在本研究中分离并进行表达谱分析的单核细胞。

[0178]UC特异性基因组通过过量表达免疫球蛋白编码序列而成为显性的，使人联想到在UC患者中观察到的活性IgG浆细胞组分(Farrell等，(2002)Lancet 359：331-40)。该结果与针对B细胞受体基因用途的研究相一致，该研究已表明UC粘膜中的浸润淋巴细胞是外周来源的，而不是粘膜来源的(Dunn-Walters等，(1999)Gut 44：382-86；Thoree等，(2002)Gut 51：44-50)。IgG1和IgG4抗体在UC中有优势，而IgG2抗体在CD中增加(Kett和Brandtzaeg(1987)Gut 28：1013-21)。最近已研究了IgG1型的流行，表明其是UC特异性的，在UC中产生更大的粘膜细菌调理作用和多形核白细胞呼吸爆发的前馈维持(Furrie等，(2004)Gut 53：91-98)。在本研究中于UC PBMC中被最显著提升的其中一种转录物被诠释为免疫球蛋白恒定区γ3(IgHG3)。在Affymetrix芯片上此IgHG3合格者包含的区域实际上作图(即依据BLAST共享100％的核苷酸同一性)至属于免疫球蛋白重链恒定区γ1的几个序列(G1m标记)，并已被鉴别为发炎UC胃肠上皮的标记(Warner和Dieckgraefe，出处同上；Lawrance等，出处同上)。在个体患者外周血谱中的IgHG3转录物表达水平的分析可用作UC和CD之间的区别性生物标记(未出示数据)。但是，这些结果还与UC患者中的血清IgG1水平相对于CD患者中的血清IgG1水平显著增加的先前观察结果一致(Gouni-Berthold等，(1999)Hepatogastroenterology 46：1720-23)。

[0179]相当一部分患有炎性肠病的患者不能根据现行方法分类，构成“未确定型IBD”病例(Winther等，(1998)Drugs Today(Bare).34：935-42；Bentley等，(2002)J.Clin.Pathol55：955-60；Guindi和Riddell(2004)J.Clin.Pathol.57：1233-44)。因此，本研究的一个主要目的是确定UC和CD患者中的PBMC谱是否不同得足以能够将这些疾病分类。类别预测分析的结果表明，PBMC中的基因标签可精确地辨别UC和CD样品。转录差异不是缘于细胞组成，因为患者的PBMC的细胞组成看起来相当类似。

[0180]尽管应有可能在较大群体中进行前验证，但本发明鉴别的疾病特异性模式可提供UC和CD的分子诊断基础，并可有助于分类为患未确定型IBD的患者的诊断。非常有可能的是，分别提出的CD和UC的Th1和Th2性质是造成本研究中差异的主要原因，其它基于Th1和Th2的炎性疾病可能具有与对CD和UC鉴别的那些标签相似的标签。尽管如此，本文鉴别的PBMC谱似乎在IBD中仍具有临床用途，因为所述基因分类器能够辨别这些经常难以辨别且有时无法辨别的密切相关的疾病。

[0181]本研究表明，就IBD而言，循环单核细胞、T细胞和B细胞中的转录谱可用作生物生理状态的敏感监测物。因为这些细胞在各种组织中往返移动，所以一个针对微环境的细胞反应组成部分是转录反应；此反应可通过分析表达谱定量。表达模式可反映出针对疾病病理生理学的原发性或继发性反应的疾病机制。由于PBMC贯穿机体运输，所以其可用作不易测量的组织和系统(例如IBD累及的组织和系统)的易获取的替代监测物。

Claims (50)

1.一种诊断患者的炎性肠病的方法，所述方法包括以下步骤：

a.从患者分离样品；和

b.检测样品中至少一种PBMC相关生物标记和IBD相关生物标记的正常或异常表达，

其中至少一种PBMC相关生物标记和IBD相关生物标记的异常表达说明该患者有可能罹患炎性肠病。

2.权利要求1的方法，其中所述样品是外周血单核细胞的收集物。

3.权利要求1的方法，其中所述检测步骤用基于杂交的测定进行。

4.权利要求1的方法，其中所述检测步骤用免疫学测定进行。

5.权利要求1的方法，其中所述检测步骤用聚合酶链反应进行。

6.权利要求5的方法，其中所述聚合酶链反应是定量聚合酶链反应。

7.权利要求1的方法，其中所述检测步骤检测一组PBMC相关生物标记和IBD相关生物标记的表达。

8.权利要求7的方法，其中所述一组PBMC相关生物标记和IBD相关生物标记包含至少一种共同生物标记。

9.权利要求8的方法，其中所述一组PBMC相关生物标记和IBD相关生物标记包含至少一种I组生物标记。

10.权利要求9的方法，其中所述一组PBMC相关生物标记和IBD相关生物标记包括PAI-2。

11.权利要求7的方法，其中所述一组PBMC相关生物标记和IBD相关生物标记包含至少一种CD生物标记。

12.权利要求11的方法，其中所述一组PBMC相关生物标记和IBD相关生物标记包含至少一种II组生物标记。

13.权利要求11的方法，其中所述一组PBMC相关生物标记和IBD相关生物标记包括ALOX12。

14.权利要求11的方法，其中所述一组PBMC相关生物标记和IBD相关生物标记包括PTGDS。

15.权利要求11的方法，其中所述一组PBMC相关生物标记和IBD相关生物标记包括脂笼蛋白2。

16.权利要求7的方法，其中所述一组PBMC相关生物标记和IBD相关生物标记包含至少一种UC生物标记。

17.权利要求16的方法，其中所述一组PBMC相关生物标记和IBD相关生物标记包含至少一种III组生物标记。

18.权利要求17的方法，其中所述一组PBMC相关生物标记和IBD相关生物标记包括IgHG3。

19.权利要求7的方法，其中所述一组PBMC相关生物标记和IBD相关生物标记包含至少一种CDvUC生物标记。

20.权利要求19的方法，其中所述一组PBMC相关生物标记和IBD相关生物标记包含至少一种IV组生物标记。

21.权利要求7的方法，其中所述一组PBMC相关生物标记和IBD相关生物标记包含至少一种分类生物标记。

22.权利要求21的方法，其中所述一组PBMC相关生物标记和IBD相关生物标记包含至少一种V组生物标记。

23.权利要求7的方法，其中所述一组PBMC相关生物标记和IBD相关生物标记包含选自以下的生物标记组：I组生物标记组、II组生物标记组、III组生物标记组、IV组生物标记组和V组生物标记组。

24.一种诊断患者的溃疡性结肠炎的方法，所述方法包括以下步骤：

a.从患者分离样品；和

b.检测样品中至少一种溃疡性结肠炎相关生物标记的正常或异常表达，

其中至少一种溃疡性结肠炎相关生物标记的异常表达说明该患者有可能罹患溃疡性结肠炎。

25.权利要求24的方法，其中所述样品是外周血单核细胞的收集物。

26.权利要求24的方法，其中至少一种溃疡性结肠炎相关生物标记选自分类为III组生物标记的PBMC相关生物标记和IBD相关生物标记。

27.权利要求26的方法，其中至少一种溃疡性结肠炎相关生物标记包括IgHG3。

28.权利要求24的方法，其中所述检测步骤用基于杂交的测定进行。

29.权利要求24的方法，其中所述检测步骤用免疫学测定进行。

30.权利要求24的方法，其中所述检测步骤用聚合酶链反应进行。

31.权利要求30的方法，其中所述聚合酶链反应是定量聚合酶链反应。

32.权利要求24的方法，其中所述检测步骤检测一组PBMC相关生物标记和IBD相关生物标记的表达。

33.一种诊断患者的克罗恩病的方法，所述方法包括以下步骤：

a.从患者分离样品；和

b.检测样品中至少一种克罗恩病相关生物标记的正常或异常表达，

其中至少一种克罗恩病相关生物标记的异常表达说明该患者有可能罹患克罗恩病。

34.权利要求33的方法，其中所述样品是外周血单核细胞的收集物。

35.权利要求33的方法，其中至少一种克罗恩病相关生物标记选自分类为II组生物标记的PBMC相关生物标记和IBD相关生物标记。

36.权利要求33的方法，其中所述检测步骤用基于杂交的测定进行。

37.权利要求33的方法，其中所述检测步骤用免疫学测定进行。

38.权利要求33的方法，其中所述检测步骤用聚合酶链反应进行。

39.权利要求38的方法，其中所述聚合酶链反应是定量聚合酶链反应。

40.权利要求33的方法，其中所述检测步骤检测一组PBMC相关生物标记和IBD相关生物标记的表达。

41.一种区分患者的溃疡性结肠炎诊断结果和克罗恩病诊断结果的方法，所述方法包括以下步骤：

a.从患者分离样品；和

b.检测样品中至少一种分类生物标记的正常或异常表达，

其中至少一种与鉴别克罗恩病患者相关的分类生物标记的异常表达说明该患者有可能罹患克罗恩病，或者

其中至少一种与鉴别溃疡性结肠炎患者相关的分类生物标记的异常表达说明该患者有可能罹患溃疡性结肠炎。

42.权利要求41的方法，其中所述样品是外周血单核细胞的收集物。

43.权利要求41的方法，其中至少一种分类生物标记选自分类为V组生物标记的分类生物标记。

44.权利要求41的方法，其中所述检测步骤用基于杂交的测定进行。

45.权利要求41的方法，其中所述检测步骤用免疫学测定进行。

46.权利要求41的方法，其中所述检测步骤用聚合酶链反应进行。

47.权利要求46的方法，其中所述聚合酶链反应是定量聚合酶链反应。

48.权利要求41的方法，其中所述检测步骤包括检测样品中一组分类生物标记的正常或异常表达，其中所述一组分类生物标记包含免疫球蛋白重链恒定区γ1、免疫球蛋白κ恒定区、人28S核糖体RNA 5′区、C型蛋白酪氨酸磷酸酶受体相关蛋白、颗粒酶K、mutL同源物3、脂笼蛋白2、CXCL5、血清剥夺应答磷脂酰丝氨酸结合蛋白、H3组蛋白家族成员K、整联蛋白β3(血小板糖蛋白IIIa，抗原CD 61)和H2B组蛋白家族成员Q生物标记。

49.权利要求41的方法，其中所述检测步骤包括检测样品中一组分类生物标记的正常或异常表达，其中所述一组分类生物标记包含至少2种选自以下的分类生物标记：免疫球蛋白重链恒定区γ1、免疫球蛋白κ恒定区、人28S核糖体RNA 5′区、C型蛋白酪氨酸磷酸酶受体相关蛋白、颗粒酶K、mutL同源物3、脂笼蛋白2、CXCL5、血清剥夺应答磷脂酰丝氨酸结合蛋白、H3组蛋白家族成员K、整联蛋白β3(血小板糖蛋白IIIa，抗原CD 61)和H2B组蛋白家族成员Q生物标记。

50.权利要求41的方法，其中所述检测步骤包括检测样品中一组分类生物标记的正常或异常表达，其中所述一组分类生物标记包含至少8种选自以下的分类生物标记：免疫球蛋白重链恒定区γ1、免疫球蛋白κ恒定区、人28S核糖体RNA 5′区、C型蛋白酪氨酸磷酸酶受体相关蛋白、颗粒酶K、mutL同源物3、脂笼蛋白2、CXCL5、血清剥夺应答磷脂酰丝氨酸结合蛋白、H3组蛋白家族成员K、整联蛋白β3(血小板糖蛋白IIIa，抗原CD 61)和H2B组蛋白家族成员Q生物标记。

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