CN108411021A - 一种大豆百粒重相关的分子标记方法及其标记组合 - Google Patents
一种大豆百粒重相关的分子标记方法及其标记组合 Download PDFInfo
- Publication number
- CN108411021A CN108411021A CN201810202384.3A CN201810202384A CN108411021A CN 108411021 A CN108411021 A CN 108411021A CN 201810202384 A CN201810202384 A CN 201810202384A CN 108411021 A CN108411021 A CN 108411021A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- soybean
- grain weight
- weight
- qtl
- breeding
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Withdrawn
Links
- 244000068988 Glycine max Species 0.000 title claims abstract description 48
- 235000010469 Glycine max Nutrition 0.000 title claims abstract description 48
- 238000002372 labelling Methods 0.000 title abstract 2
- 238000009826 distribution Methods 0.000 claims abstract description 7
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 claims abstract description 7
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 claims abstract description 5
- 239000003147 molecular marker Substances 0.000 claims description 11
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 9
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims description 8
- 238000013507 mapping Methods 0.000 claims description 5
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 claims description 3
- 238000011160 research Methods 0.000 claims description 2
- 238000009395 breeding Methods 0.000 abstract description 28
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 abstract description 28
- 239000000463 material Substances 0.000 abstract description 8
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 abstract description 6
- 244000046052 Phaseolus vulgaris Species 0.000 abstract description 2
- 235000010627 Phaseolus vulgaris Nutrition 0.000 abstract description 2
- 230000002349 favourable effect Effects 0.000 abstract 1
- 238000009400 out breeding Methods 0.000 abstract 1
- 238000004220 aggregation Methods 0.000 description 1
- 230000002776 aggregation Effects 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/13—Plant traits
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Mycology (AREA)
- Botany (AREA)
- Immunology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Beans For Foods Or Fodder (AREA)
- Fodder In General (AREA)
- Medicines Containing Plant Substances (AREA)
Abstract
本发明涉及一种大豆百粒重相关的分子标记方法，包括以下步骤：1）大豆RIL群体百粒重的分布：对滑皮豆和齐黄26的高世代RIL群体进行连续两年的种植，统计其百粒重；2）大豆百粒重的QTL定位：利用SLAF‑seq技术构建的高密度遗传图谱对大豆RIL群体的百粒重进行QTL定位，获得10个大豆百粒重相关的QTL位点。利用该发明所提出的标记组合对育种材料进行低世代的标记选择，有助于在低世代对育种材料中的大粒型优异基因聚集，降低高世代育种选择工作量，缩小育种规模，缩短育种年限。
Description
技术领域
本发明涉及分子标记辅助育种技术领域，尤其涉及一种大豆百粒重相关的分子标记方法及其标记组合。
背景技术
大豆是我国重要的粮油饲兼用作物，在国民经济发展中具有重要的战略地位。大豆籽粒重是大豆产量的重要构成因子，在前人的研究中与大豆产量呈显著正相关，是选育高产大豆品种的重要目标。然而大豆籽粒重受不同遗传背景的影响，在年际间波动较大，是高产大豆育种进展缓慢的主要原因之一。
目前，SoyBase数据库收录的与大豆粒重相关QTL共计265个。但是，由于百粒重等数量性状由微效多基因控制，这些标记存在着群体间的特异性，不能用于特定育种群体的分子标记辅助选择育种。
发明内容
为了解决上述技术问题，本发明提供，本发明提供一种大豆百粒重相关的分子标记方法及其标记组合。利用该发明所提出的标记组合对育种材料进行低世代的标记选择，有助于在低世代对育种材料中的大粒型优异基因聚集，降低高世代育种选择工作量，缩小育种规模，缩短育种年限。
本发明是通过如下技术方案实现的，本发明提供一种大豆百粒重相关的分子标记方法，包括以下步骤：
1）大豆RIL群体百粒重的分布：对滑皮豆和齐黄26的高世代RIL（重组自交系）群体进行连续两年的种植，统计其百粒重；
2）大豆百粒重的QTL定位：利用SLAF-seq技术（大规模基因分型高通量策略技术）构建的高密度遗传图谱对大豆RIL群体的百粒重进行QTL定位，获得10个大豆百粒重相关的QTL位点。
作为优选，齐黄26号由山东省农业科学院作物研究所选育。
齐黄26是山东农科院作物所育成的一个大粒型高蛋白大豆品种，滑皮豆是山东农科院作物所搜集的一个小粒型的优异大豆种质，在大豆育种与生产中得到广泛的应用。本发明构建了齐黄26和滑皮豆的RIL群体，利用SLAF-seq技术对百粒重相关基因进行定位，获得10个QTL位点，表型贡献率达93.81%。这些QTL位点将在基于齐黄26和滑皮豆的分子标记辅助育种中起着重要作用。
一种大豆百粒重相关的分子标记方法获得的标记组合，为获得10个大豆百粒重相关的QTL位点，且10个大豆百粒重相关的QTL位点分别位于5号、5号、9号、11号、11号、12号、13号、15号、20号和20号染色体。
本发明的有益效果为：
1. 在以齐黄26作为亲本进行大粒型大豆育种时，利用该发明所提出的标记组合对育种材料进行低世代的标记选择，有助于在低世代对育种材料中的大粒型优异基因聚集，降低高世代育种选择工作量，缩小育种规模，缩短育种年限。
2. 在以滑皮豆作为亲本进行小粒型大豆（芽豆）育种时，利用该发明所提出的标记组合对育种材料进行低世代的标记选择，有助于在低世代对育种材料中的小粒型优异基因聚集，降低高世代育种选择工作量，缩小育种规模，缩短育种年限。
3. 本发明所获得的部分标记位点物理区间较短，实现了粒重基因的精细定位，有助于粒重相关基因的分子克隆。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本发明的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。
图1 为2013年大豆RIL群体百粒重的分布；
图2 为2014年大豆RIL群体百粒重的分布；
图3 为大豆百粒重的QTL定位。
具体实施方式
为了使本发明的目的、技术方案及优点更加清楚明白，以下结合实施例，对本发明进行进一步详细说明。应当理解，此处所描述的具体实施例仅仅用以解释本发明，并不用于限定本发明。
下面结合附图及具体实施例对本发明的应用原理作进一步描述。
实施例1，一种大豆百粒重相关的分子标记方法，包括以下步骤：
1）大豆RIL群体的百粒重分布：对滑皮豆和齐黄26的高世代RIL群体进行连续两年的种植，统计其百粒重，发现RIL群体的百粒重基本呈正态分布。如图1-2所示。
2）大豆百粒重的QTL定位：利用基于SLAF-seq技术构建的高密度遗传图谱对大豆RIL群体的百粒重进行QTL定位，采用完备区间作图（ICIM）共获得10个大豆百粒重相关的QTL位点（图3），分别位于5号、5号、9号、11号、11号、12号、13号、15号、20号和20号染色体（表1），共解释93.81%的表型变异。如图3所示。
表1 大豆百粒重相关的QTL位点
当然，上述说明也并不仅限于上述举例，本发明未经描述的技术特征可以通过或采用现有技术实现，在此不再赘述；以上实施例及附图仅用于说明本发明的技术方案并非是对本发明的限制，参照优选的实施方式对本发明进行了详细说明，本领域的普通技术人员应当理解，本技术领域的普通技术人员在本发明的实质范围内所做出的变化、改型、添加或替换都不脱离本发明的宗旨，也应属于本发明的权利要求保护范围。
Claims (3)
1.一种大豆百粒重相关的分子标记方法，其特征在于：包括以下步骤：
大豆RIL群体百粒重的分布：对滑皮豆和齐黄26的高世代RIL群体进行连续两年的种植，统计其百粒重；
大豆百粒重的QTL定位：利用SLAF-seq技术构建的高密度遗传图谱对大豆RIL群体的百粒重进行QTL定位，获得10个大豆百粒重相关的QTL位点。
2.根据权利要求1所述的一种大豆百粒重相关的分子标记方法，其特征在于：齐黄26号由山东省农业科学院作物研究所选育。
3.根据权利要求1所述的一种大豆百粒重相关的分子标记方法获得的标记组合，其特征在于：为获得10个大豆百粒重相关的QTL位点，且10个大豆百粒重相关的QTL位点分别位于5号、5号、9号、11号、11号、12号、13号、15号、20号和20号染色体。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201810202384.3A CN108411021A (zh) | 2018-03-13 | 2018-03-13 | 一种大豆百粒重相关的分子标记方法及其标记组合 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201810202384.3A CN108411021A (zh) | 2018-03-13 | 2018-03-13 | 一种大豆百粒重相关的分子标记方法及其标记组合 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN108411021A true CN108411021A (zh) | 2018-08-17 |
Family
ID=63131265
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201810202384.3A Withdrawn CN108411021A (zh) | 2018-03-13 | 2018-03-13 | 一种大豆百粒重相关的分子标记方法及其标记组合 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN108411021A (zh) |
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN110241125A (zh) * | 2019-07-31 | 2019-09-17 | 南京农业大学 | 大豆百粒重增效基因及其分子标记和应用 |
| CN116479164A (zh) * | 2023-05-09 | 2023-07-25 | 吉林省农业科学院 | 大豆百粒重与尺寸相关的snp位点、分子标记、扩增引物及其应用 |
| CN120555640A (zh) * | 2025-05-28 | 2025-08-29 | 河北省农林科学院粮油作物研究所 | 一种用于鉴定大豆百粒重的kasp分子标记及应用 |
Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO1999032661A1 (en) * | 1997-12-22 | 1999-07-01 | Pioneer-Hi-Bred International, Inc. | Qtl mapping in plant breeding populations |
| CN103898105A (zh) * | 2014-04-11 | 2014-07-02 | 河北省农林科学院粮油作物研究所 | 一个稳定的大豆百粒重相关QTL位点及其紧密连锁标记satt281 |
| CN105087757A (zh) * | 2014-05-05 | 2015-11-25 | 河北省农林科学院粮油作物研究所 | 鉴定大豆百粒重高低的分子标记及其应用 |
| CN106755561A (zh) * | 2017-03-30 | 2017-05-31 | 吉林省农业科学院 | 一种与大豆根干重相关的qtl、snp分子标记及应用 |
-
2018
- 2018-03-13 CN CN201810202384.3A patent/CN108411021A/zh not_active Withdrawn
Patent Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO1999032661A1 (en) * | 1997-12-22 | 1999-07-01 | Pioneer-Hi-Bred International, Inc. | Qtl mapping in plant breeding populations |
| CN103898105A (zh) * | 2014-04-11 | 2014-07-02 | 河北省农林科学院粮油作物研究所 | 一个稳定的大豆百粒重相关QTL位点及其紧密连锁标记satt281 |
| CN105087757A (zh) * | 2014-05-05 | 2015-11-25 | 河北省农林科学院粮油作物研究所 | 鉴定大豆百粒重高低的分子标记及其应用 |
| CN106755561A (zh) * | 2017-03-30 | 2017-05-31 | 吉林省农业科学院 | 一种与大豆根干重相关的qtl、snp分子标记及应用 |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| CHEN QING SHAN等: "QTL Analysis of Major Agronomic Traits in Soybean", 《AGRICULTURAL SCIENCES IN CHINA》 * |
| 闫宁等: "利用Bayes分层广义线性模型剖析大豆籽粒性状的遗传基础", 《作物学报》 * |
Cited By (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN110241125A (zh) * | 2019-07-31 | 2019-09-17 | 南京农业大学 | 大豆百粒重增效基因及其分子标记和应用 |
| CN116479164A (zh) * | 2023-05-09 | 2023-07-25 | 吉林省农业科学院 | 大豆百粒重与尺寸相关的snp位点、分子标记、扩增引物及其应用 |
| CN116479164B (zh) * | 2023-05-09 | 2024-02-13 | 吉林省农业科学院 | 大豆百粒重与尺寸相关的snp位点、分子标记、扩增引物及其应用 |
| CN120555640A (zh) * | 2025-05-28 | 2025-08-29 | 河北省农林科学院粮油作物研究所 | 一种用于鉴定大豆百粒重的kasp分子标记及应用 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Mackill et al. | IR64: a high-quality and high-yielding mega variety | |
| Li et al. | Genetic and molecular mechanisms of quantitative trait loci controlling maize inflorescence architecture | |
| Lindhout et al. | Towards F1 hybrid seed potato breeding | |
| CN105505925B (zh) | 一种与甘蓝型油菜含油量qtl紧密连锁的分子标记 | |
| CN104025998B (zh) | 利用杂交诱导单倍体选育玉米自交系的方法 | |
| CN104372003B (zh) | 与小麦株高和穗下节间长主效qtl紧密连锁的分子标记及其获取方法和应用 | |
| Zhu et al. | Introgression of clubroot resistant gene into Brassica oleracea L. from Brassica rapa based on homoeologous exchange | |
| CN104877996A (zh) | 簇毛麦6vs染色体特异性分子标记6vs-bh1及其用途 | |
| Zhao et al. | Comparative QTL analysis for yield components and morphological traits in maize (Zea mays L.) under water-stressed and well-watered conditions | |
| CN108411021A (zh) | 一种大豆百粒重相关的分子标记方法及其标记组合 | |
| CN104285776B (zh) | 玉米雄性不育系的选育方法 | |
| CN102657077A (zh) | 一种长粒杂交粳稻恢复系选育方法 | |
| Zhao et al. | Characterization and genetic mapping of a novel recessive genic male sterile gene in sesame (Sesamum indicum L.) | |
| Xu et al. | Breeding value estimation of the application of IPA1 and DEP1 to improvement of Oryza sativa L. ssp. japonica in early hybrid generations | |
| CN106636354A (zh) | 一种提高杂交水稻抗病育种效率的方法 | |
| CN110305980A (zh) | 一种抗根肿病高油酸油菜的选育方法及其应用 | |
| CN106086034B (zh) | 一个小麦穗型发育调控基因wbh1及其分子标记和应用 | |
| CN120945121A (zh) | 一种提高水稻耐盐性基因OsHAK11分子标记及其检测鉴定方法与应用 | |
| Ibrahim et al. | Comparison of QTLs for drought tolerance traits between two advanced backcross populations of spring wheat | |
| CN108165659A (zh) | 一种提高大豆蛋白含量的分子标记方法及其标记组合 | |
| CN115637298A (zh) | 一种大豆百粒重相关的分子标记方法及其标记组合 | |
| CN115820908A (zh) | 一种提高大豆油份含量的分子标记方法及其标记组合 | |
| CN108148925A (zh) | 一种提高大豆油份含量的分子标记方法及其标记组合 | |
| CN113462807B (zh) | Snp分子标记及其在提高大麦耐盐性中的应用 | |
| CN108384874A (zh) | 一种大豆株高相关的分子标记方法及其标记组合 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| WW01 | Invention patent application withdrawn after publication | ||
| WW01 | Invention patent application withdrawn after publication |
Application publication date: 20180817 |