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CN105814081B - 肿瘤坏死因子样配体1a特异性抗体及其组合物和用途 - Google Patents

肿瘤坏死因子样配体1a特异性抗体及其组合物和用途 Download PDF

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Abstract

本发明提供了特异性结合至TL1A的抗体或其抗原结合片段。本发明进一步提供了获得这样的抗体和编码所述抗体的核酸的方法。本发明进一步涉及用于使用这些抗体用于治疗和/或预防TL1A介导的疾病、病症或病状的组合物和治疗方法。

Description

肿瘤坏死因子样配体1A特异性抗体及其组合物和用途
发明领域
本发明涉及特异性结合肿瘤坏死因子(TNF)样配体1A(TL1A)的抗体，例如，全长抗体及其抗原结合片段。本发明进一步涉及包含针对TL1A的抗体的组合物和使用所述抗体作为药物的方法。TL1A抗体可用于治疗和预防由TL1A介导的疾病和病症。
发明背景
肿瘤坏死因子(TNF)样配体1A(TL1A)是细胞因子的TNF家族的成员，也称为TNFSF15。TL1A是其受体“死亡受体3”(DR3)(也称为TNFRSF25)的唯一已知配体。抗原呈递细胞(单核细胞、巨噬细胞、树突状细胞)上的TL1A表达和效应细胞(T细胞、NK和NKT细胞)上的DR3表达高度依赖于促炎性条件(Migone等人,2002,Immunity 16(3):479-492；Prehn等人,2004,Clin.Immunol.112(1):66-77；Shih等人,2009,Eur J Immunol 39(11):3239-3250)。体内和体外证据证实了TL1A/DR3途径对于T细胞和增强效应细胞功能、炎症细胞扩增和细胞因子分泌的共刺激作用。此外，此途径牵涉免疫介导的疾病中的病原性Th1、Th2和Th17T-辅助细胞应答和NK及NK-T细胞应答的调节(Papadakis等人,2004,J Immunol 172(11):7002-7007；Prehn等人,2004,Clin.Immunol.112(1):66-77；Papadakis等人,2005,JImmunol 174(8):4985-4990；Pappu等人,2008,J Exp Med 205(5):1049-1062；Takedatsu等人,2008,Gastroenterology 135(2):552-567)。
对DR3或TL1A基因缺陷型小鼠或用抗TL1A抗体治疗的小鼠的研究证实了此途径在多种自身免疫疾病模型(诸如IBD、哮喘、多发性硬化和关节炎)中的作用(参见Meylan等人.,2008,Immunity 29(1):79-89.；Pappu等人,2008；Hsu and Viney,2011,MucosalImmun.4(4):368-370)。
此外，来自涉及非临床物种和人的研究的大量文献暗示TL1A最显著存在于炎性肠病(IBD)诸如溃疡性结肠炎(UC)和克罗恩病(Crohn'sDisease，CD)的病理生理学中。也就是说，大量的全基因组关联研究已将TL1A基因的几种多态性与日本、欧洲和亚洲来源的患者群体的UC和CD联系起来(Yamazaki等人,2005.Hum Mol Genet 14(22):3499-3506.；Barrett等人,2008,Nat Genet 40(8):955-962；Kakuta等人,2009,Hum Mol Genet 18(6):1089-1098；Jostins等人,2012,Nature 491(7422):119-124.；Yamazaki等人,2013,Gastroenterology 144(4):781-788)。
此外，发炎的人IBD组织显示高水平的TL1A和DR3表达，并且几个独立实验室已证实TL1A的抗体阻断预防或减轻多种鼠IBD模型中已建立的肠道炎症(Bamias等人,2003,JImmunol 171(9):4868-4874；Prehn等人,2004；Bamias等人,2006,Proc Natl Acad SciUSA 103(22):8441-8446.；Takedatsu等人,2008,Gastroenterology 135(2):552-567；Shih等人,2009；Kamada等人,2010,Inflamm Bowel Dis 16(4):568-575；Meylan等人,2011,Immunol Rev 244(1):188-196；Taraban等人,2011,Mucosal Immunol 4(2):186-196；Bamias等人,2012,Dig Liver Dis.44(1):30-36)。
尽管仍不清楚IBD例如CD和UC的确切病因，但已显示促炎细胞因子和黏附分子的抑制提供一些治疗益处。然而，虽有当前的医学疗法，但大多数CD患者可能最终需要手术，并且随时间过去，重复的切除术可导致短肠综合征，从而最终使患者承受终生的胃肠外营养及其相关并发症。因此，对于针对CD患者的更强力疗法存在长久以来得不到满足的需要。此外，对于治疗或改善IBD包括UC和CD以及治疗其它TL1A介导的疾病和病状的新型治疗剂存在长久以来得不到满足的需要。本发明满足了这些需求。
发明概述
本发明公开了特异性结合肿瘤坏死因子样配体1A(TL1A)的分离的抗体或其抗原结合片段，以及相关的试剂、组合物和方法。
E1.根据本发明的第一方面，提供了特异性结合肿瘤坏死因子样配体1A(TL1A)的分离的抗体或其抗原结合片段。
下文描述了本发明的此第一方面的多个实施方案(E)，其中为方便起见E1与其相同。
E2.根据E1的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段以约4nM或4nM以下的亲和力结合人TL1A。
E3.根据E1至E2中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段以约1nM或1nM以下的亲和力结合人TL1A。
E4.根据E1至E3中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段以约500pM或500pM以下的亲和力结合人TL1A。
E5.根据E1至E4中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段以约250pM或250pM以下的亲和力结合人TL1A。
E6.根据E1至E5中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段以约100pM或100pM以下的亲和力结合人TL1A。
E7.根据E1至E6中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段以约50pM或50pM以下的亲和力结合人TL1A。
E8.根据E1至E7中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段以约25pM或25pM以下的亲和力结合人TL1A。
E9.根据E1至E8中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段以约10pM或10pM以下的亲和力结合人TL1A。
E10.根据E1至E9中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段以约5pM或5pM以下的亲和力结合人TL1A。
E11.根据E1至E9中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段以约2pM或2pM以下的亲和力结合人TL1A。
E12.根据E1至E11中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段对TL1A的人同源物的亲和力比它对人TL1A的亲和力低，且所述TL1A的人同源物是TNFSF6。
E13.根据E1至E12中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗体结合片段对TL1A的人同源物的亲和力比它对人TL1A的亲和力低，且所述TL1A的人同源物是TNFSF10。
E14.根据E1至E13中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗体结合片段对TL1A的人同源物的亲和力比它对人TL1A的亲和力低，且所述TL1A的人同源物是TNFSF14。
E15.根据E1至E14中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗体结合片段对TL1A的人同源物的亲和力比它对人TL1A的亲和力低，且所述TL1A的人同源物是TNF-β。
E16.根据E1至E15中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗体结合片段对TL1A的人同源物的亲和力比它对人TL1A的亲和力低，且所述TL1A的人同源物是TNF-α。
E17.根据E1至E16中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗体结合片段对TL1A的人同源物的亲和力比它对人TL1A的亲和力低，且所述TL1A的人同源物是淋巴毒素α2-β1。
E18.根据E1至E19中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗体结合片段对TL1A的人同源物的亲和力比它对人TL1A的亲和力低，且所述TL1A的人同源物是淋巴毒素α1-β2。
E19.根据E1至E20中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段对TL1A的人同源物的亲和力比它对人TL1A的亲和力低，且所述TL1A的人同源物选自TNFSF6、TNFSF10、TNFSF14、TNF-β、TNF-α、淋巴毒素α2-β1和淋巴毒素α1-β2。
E20.根据E12至E19中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段对TL1A的人同源物的亲和力的值选自约1μM或1μM以上、约3μM或3μM以上、约10μM或10μM以上、约30μM或30μM以上以及约100μM或100μM以上。
E21.根据E12至E20中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段对TL1A的人同源物的亲和力是约1μM或1μM以上。
E22.根据E12至E20中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段对TL1A的人同源物的亲和力是约3μM或3μM以上。
E23.根据E12至E22中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段对TL1A的人同源物的亲和力是约10μM或10μM以上。
E24.根据E12至E23中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段对TL1A的人同源物的亲和力是约100μM或100μM以上。
E25.根据E12至E24中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段对TL1A的人同源物的亲和力是约1mM或1mM以上。
E26.根据E12至E25中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段对TL1A的人同源物的亲和力是约1μM或1μM以上。
E27.根据E1至E26中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段对鼠TL1A的亲和力是约10nM或10nM以下。
E28.根据E1至E27中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段对鼠TL1A的亲和力是约3nM或3nM以下。
E29.根据E1至E28中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段对鼠TL1A的亲和力是约1nM或1nM以下。
E30.根据E1至E29中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段对鼠TL1A的亲和力是约300pM或300pM以下。
E31.根据E1至E30中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段对鼠TL1A的亲和力是约100pM或100pM以下。
E32.根据E1至E31中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段对人TL1A的亲和力是约100pM或100pM以下，对鼠TL1A的亲和力是约300pM或300pM以下且对人TNF-α的亲和力是约1μM或1μM以上。
E33.根据E1至E32中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段对人TL1A的亲和力通过表面等离子体共振(SPR)测量。
E34.根据E1至E33中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述亲和力是如通过SPR测量的KD值。
E35.根据E1至E34中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述SPR使用捕获的抗体和溶液相靶。
E36.根据E35的抗体或其抗原结合片段，其中使用抗同种型抗体或其抗原结合部分将所述捕获的抗体固定于传感器芯片上。
E37.根据E36的抗体或其抗原结合片段，其中将所述抗同种型抗体或其抗原结合部分以约4,000至约13,000个反应单位的密度固定于所述传感器芯片上。
E38.根据E33至E37中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述SPR测量基本上根据实施例8中所述的方案进行。
E39.根据E33或E34的抗体或其抗原结合片段，其中所述SPR使用捕获的靶和溶液相抗体。
E40.根据E33至E39中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述SPR测量使用Biacore T100或T200仪器进行。
E41.根据E1至E32中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段对人TL1A的亲和力通过基于溶液的动力学排阻测定法(KinExA)测量。
E42.根据E41的抗体或其抗原结合片段，其中所述亲和力是如通过基于溶液的动力学排阻测定法(KinExA)测量的KD值。
E43.根据E41至E42中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述KinExA使用在固相上捕获的靶和溶液相抗体。
E44.根据E43的抗体或其抗原结合片段，其中将所述抗体和靶在溶液中预孵育足够久以达到平衡。
E45.根据E44的抗体或其抗原结合片段，其中未结合抗体的水平在所述抗体和靶已达到平衡后测量。
E46.根据E41至E45中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述KinExA测量使用KinExA 3200仪器(Sapidyne)进行。
E47.根据E1至E46中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段是人源化抗体。
E48.根据E1至E46中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段是嵌合抗体。
E49.根据E1至E48中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含具有减小的效应子功能的Fc结构域。
E50.根据E1至E49中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段包含具有减少或消除的效应子功能的恒定区。
E51.根据E50的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段不结合Fcγ受体。
E52.根据E50至E51的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合部分包含效应结构域，所述效应结构域包含与来自人IgG的CH2序列至少约90％同源的氨基酸序列。
E53.根据E52的抗体或其抗原结合片段，其中所述IgG选自IgG1、IgG2和IgG4。
E54.根据E1至E53中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗体结合部分包含人IgG1CH2结构域，其中所述CH2结构域在选自234、235和237(根据EU编号系统编号的)的位置上或在SEQ ID NO：228的241、242和244位置上包含一个或多个缺失。
E55.根据E1至E54中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗体结合部分包含人IgG1CH2结构域，其中所述CH2结构域在对应于选自234、235和237(根据EU编号系统(参见Kabat等人"Sequences of proteins of immunological interest".Bethesda,USDepartment of Health and Human Services,NIH,1991)编号的)的位置的位置上，或在SEQ ID NO：228的241、242和244位置上包含一个或多个取代。
E56.根据E55的抗体或其抗原结合片段，其中所述取代可包含选自丝氨酸、丙氨酸和脯氨酸的任何氨基酸。
E57.根据E1至E56中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗体结合部分包含选自L241A、L242A和G244A的至少一个残基，其根据SEQ ID NO：228进行编号。
E58.根据E1至E57中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗体结合部分包含以下残基中的每一个：L241A、L242A和G244A，其根据SEQ ID NO：228进行编号。
E59.根据E1至E58中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗体结合部分包含氨基酸序列SEQ ID NO：257。
E60.根据E1至E59中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗体结合部分的溶解度是至少约10mg/ml。
E61.根据E1至E60中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗体结合部分在水溶液中的溶解度选自：至少约20mg/ml、至少约30mg/ml、至少约40mg/ml、至少约50mg/ml、至少约60mg/ml、至少约70mg/ml、至少约80mg/ml、至少约90mg/ml、至少约100mg/ml、至少约125mg/ml、至少约150mg/ml、至少约175mg/ml和至少约200mg/ml。
E62.根据E61的抗体或其抗原结合片段，其中所述水溶液的pH值介于约pH 5.0与约pH 8.0之间。
E63.根据E61至E62的抗体或其抗原结合片段，其中所述水溶液的pH值介于约pH6.0与约pH 7.0之间。
E64.根据E61至E63的抗体或其抗原结合片段，其中所述水溶液包含约等同于盐水缓冲液例如PBS的离子强度。
E65.根据E1至E64的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段具有熔化温度(Tm)(如通过差示扫描热量测定法测量的)为约60℃或60℃以上的热稳定性。
E66.根据E1至E65的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段具有熔化温度(Tm)(如通过差示扫描热量测定法测量的)选自约60℃或60℃以上、约65℃或65℃以上、约70℃或70℃以上和约75℃或75℃以上的热稳定性。
E67.根据E1至E66的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段具有至少约37℃的T1％或蛋白质是1％未折叠时的温度。
E68.根据E1至E67的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段具有选自至少约37℃、至少约40℃、至少约45℃、至少约50℃或至少约55℃的T1％或蛋白质是1％未折叠时的温度。
E69.根据E1至E68中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段与选自如本文中所定义的1D1 1.31、26B11、9B3、7D4、22F9、15A9和15C11的抗体竞争结合TLA1，或者所述抗体或其抗原结合片段结合与选自如本文中所定义的1D1 1.31、26B11、9B3、7D4、22F9、15A9和15C11的抗体相同的TL1A表位。
E70.根据E1至E69中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含重链可变区(VH)，其包含：
a.VH互补决定区1(CDR-H1)，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：374；
b.VH互补决定区2(CDR-H2)，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：377；和
c.VH互补决定区3(CDR-H3)，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：380。
E71.根据E1至E70中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含重链可变区(VH)，其包含：
a.VH互补决定区1(CDR-H1)，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：375；
b.VH互补决定区2(CDR-H2)，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：378；和
c.VH互补决定区3(CDR-H3)，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:381。
E72.根据E1至E71中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含重链可变区(VH)，其包含：
a.VH互补决定区1(CDR-H1)，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：376；
b.VH互补决定区2(CDR-H2)，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：379；和
c.VH互补决定区3(CDR-H3)，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：382。
E73.根据E1至E72中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含轻链可变区(VL)，其包含与选自SEQ ID NO：102、1、22、36、50、64、88的氨基酸序列至少90％同一的氨基酸序列。
E74.根据E1至E73中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含轻链可变区(VL)，其包含与氨基酸序列SEQ ID NO：102至少90％同一的氨基酸序列。
E75.根据E1至E74中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含轻链可变区(VL)，其包含选自SEQ ID NO：102、1、22、36、50、64、88的氨基酸序列。
E76.根据E1至E75中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含轻链可变区(VL)，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：102。
E77.根据E1至E76中任一项的抗体或其抗原结合片段，其包含重链可变区(VH)，其包含选自以下的氨基酸序列：SEQ ID NOs:226,3,5,24,38,52,66,68,70,90,104,116,118,120,122,124,126,128,130,132,134,136,138,140,142,144,146,148,150,152,154,156,158,160,162,164,166,168,170,172,174,176,178,180,182,184,186,188,190,192,194,196,198,205,212,219,233,240和247。
E78.根据E1至E77中任一项的抗体或其抗原结合片段，其包含重链可变区(VH)，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：226。
E79.根据E1至E78中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含VL，其包含具有氨基酸序列SEQ ID NO：110的CDR-L1、具有氨基酸序列SEQ IDNO：111的CDR-L2和具有氨基酸序列SEQ ID NO:112的CDR-L3。
E80.根据E1至E79中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含轻链可变区(VL)，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：102。
E81.根据E1至E80中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含由核酸序列SEQ ID NO：103编码的VL。
E82.根据E1至E81中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含轻链可变区(VL)，其包含与选自SEQ ID NO：1、50、88和64的氨基酸序列至少约90％同一的氨基酸序列。
E83.根据E1至E82中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含VL，其包含具有氨基酸序列SEQ ID NO：13的CDR-L1、具有氨基酸序列SEQ IDNO：14的CDR-L2和具有氨基酸序列SEQ ID NO：15的CDR-L3。
E84.根据E1至E83中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含轻链可变区(VL)，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：1。
E85.根据E1至E84中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含由核酸序列SEQ ID NO：2编码的VL。
E86.根据E1至E85中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含VL，其包含具有氨基酸序列SEQ ID NO：58的CDR-L1、具有氨基酸序列SEQ IDNO：59的CDR-L2和具有氨基酸序列SEQ ID NO：60的CDR-L3。
E87.根据E86的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段包含轻链可变区(VL)，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：50。
E88.根据E86至E87中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段包含由核酸序列SEQ ID NO：51编码的VL。
E89.根据E1至E85中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含VL，其包含具有氨基酸序列SEQ ID NO：76的CDR-L1、具有氨基酸序列SEQ IDNO：77的CDR-L2和具有氨基酸序列SEQ ID NO：78的CDR-L3。
E90.根据E89的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段包含轻链可变区(VL)，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：64。
E91.根据E89至E90中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段包含由核酸序列SEQ ID NO：89编码的VL。
E92.根据E1至E91中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段在如通过VH的Kabat编号确定的位置76上包含T或R。
E93.根据E1至E92中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段在如通过VH的Kabat编号确定的位置81上包含D或E。
E94.根据E1至E93中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含：
a.VH，其包含：
i.CDR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：202；
ii.CDR-H2，其包含选自SEQ ID NO：203、210、217、224、231、238、245或252的氨基酸序列；
iii.CDR-H3，其包含选自SEQ ID NO：232、204、211、218、225、239、246或253的氨基酸序列；
和
b.VL，其包含具有氨基酸序列SEQ ID NO：110的CDR-L1、具有氨基酸序列SEQ IDNO：111的CDR-L2和具有氨基酸序列SEQ ID NO：112的CDR-L3。
E95.根据E1至E94中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含VH，其包含SEQ ID NO：230的CDR-H1氨基酸序列、SEQ NO：231的CDR-H2氨基酸序列、SEQ ID NO：232的CDR-H3氨基酸序列；和VL，其包含SEQ ID NO：110的CDR-L1氨基酸序列、SEQ ID NO：111的CDR-L2氨基酸序列和SEQ ID NO：112的CDR-L3氨基酸序列。
E96.根据E1至E95中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含VH，其包含VH氨基酸序列SEQ ID NO：226的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含VL氨基酸序列SEQ ID NO：102的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
E97.根据E1至E96中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：226；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：102；
E98.根据E1至E97中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含重链，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：228；和轻链(LC)，其包含氨基酸序列SEQID NO：106；
E99.根据E1至E98中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含VH，其包含由核酸序列SEQ ID NO：227编码的VH的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含由核酸序列SEQ ID NO：103编码的VL的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
E100.根据E1至E99中任一项的抗体或其抗原结合片段，其包含由编码氨基酸序列SEQ ID NO：226的核酸编码的VH，和由编码氨基酸序列SEQ ID NO：102的核酸编码的VL；或根据E1至E99中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含由核酸序列SEQ ID NO：227编码的VH和由核酸序列SEQ ID NO：103编码的VL；和
E101.根据E1至E100中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含由核酸序列SEQ ID NO：229编码的重链和由核酸序列SEQ ID NO：107编码的轻链。
E102.根据E1至E101中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含由保藏为1D1 1.31VH、ATCC保藏号为PTA-120639的载体的插入物的核酸序列所编码的VH。
E103.根据E1至E102中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含由保藏为1D1 1.31VL，ATCC保藏号为PTA-120640的载体的插入物的核酸序列所编码的VL。
E104.根据E1至E102中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含由保藏为1D1 1.31VH、ATCC保藏号为PTA-120639的载体的插入物的核酸序列所编码的VH；和由保藏为1D1 1.31VL，ATCC保藏号为PTA-120640的载体的插入物的核酸序列所编码的VL。
E105.一种结合肿瘤坏死因子样配体1A(TL1A)的分离的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体结合至TL1A上的表位，所述表位包含选自以下的至少一个氨基酸：T30,V31,V32,R33,Q34,T35,P36,T37,Q38,H39,F40,K41,N42,Q43,F44,P45,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,T58,R86,G87,M88,T89,E91,G99,R100,P101,N102,K103,P104,D105,S106,S136,N137,F139,S161,D162,I163,S164,L165,V166,D167,Y168,T169,K170,E171,D172,N42,F44,K103,P104,D105,S106,K113,T115,S117,Y118,P119,E120,P121,T122,Q123,M147,F148,S149和Q151，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
E106.根据E1至E105的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体结合至TL1A的同多聚体，所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中所述抗体结合至所述第一TL1A单体上的第一表位，其中所述第一表位包含选自以下的至少一个氨基酸：N42,F44,K103,P104,D105,S106,K113,T115,S117,Y118,P119,E120,P121,T122,Q123,M147,F148,S149和Q151，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且所述抗体结合至所述第二TL1A单体上的第二表位，其中所述第二表位包含选自以下的至少一个氨基酸：T30,V31,V32,R33,Q34,T35,P36,T37,Q38,H39,F40,K41,N42,Q43,F44,P45,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,T58,R86,G87,M88,T89,E91,G99,R100,P101,N102,K103,P104,D105,S106,S136,N137,F139,S161,D162,I163,S164,L165,V166,D167,Y168,T169,K170,E171和D172，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
E107.根据E1至E106的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体结合至TL1A上的表位，所述表位包含选自以下的至少一个氨基酸：V31,V32,R33,T35,P36,T37,Q38,H39,F40,Q43,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,R86,G87,M88,S136,N137,S164,L165,Y168,T169,K170,E171,K113,S117,Y118,P119,T122,Q123,M147,F148,S149和Q151，其根据SEQID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
E108.根据E1至E107的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体结合至TL1A的同多聚体，且其中所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中所述抗体结合至所述第一TL1A单体上的第一表位，其中所述第一表位包含选自K113,S117,Y118,P119,T122,Q123,M147,F148,S149和Q151的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且所述抗体结合至所述第二TL1A单体上的第二表位，其中所述第二表位包含选自V31,V32,R33,T35,P36,T37,Q38,H39,F40,Q43,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,R86,G87,M88,S136,N137,S164,L165,Y168,T169,K170和E171的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
E109.根据E1至E110的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体结合至TL1A上的表位，所述表位包含选自V31,V32,R33,E50,L53,G54,S164,Y168,T169,K170,E171,Y118和Q151的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
E110.根据E1至E109的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体结合至TL1A的同多聚体，其中所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中所述抗体结合至所述第一TL1A单体上的第一表位，其中所述第一表位包含选自Y118和Q151的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且所述抗体结合至所述第二TL1A单体上的第二表位，其中所述第二表位包含选自V31,V32,R33,E50,L53,G54,S164,Y168,T169,K170和E171的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
E111.根据E1至E110的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体结合至TL1A上的表位，所述表位包含选自R33、Y168和T169的至少一个TL1A氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
E112.根据E1至E111的抗体或其抗原结合片段，在另一实施方案中，所述抗体或抗原结合片段特异性结合TL1A，其中所述抗体结合至TL1A上的表位，所述表位包含选自V31,V32,R33,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,Y168,T169,K170,E171,K113,Y118,T122,Q123,M147,F148,S149和Q151的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
E113.根据E1至E112的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体结合至TL1A的同多聚体，所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中所述抗体结合至所述第一TL1A单体上的第一表位，其中所述第一表位包含选自K113,Y118,T122,Q123,M147,F148,S149和Q151的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且所述抗体结合至所述第二TL1A单体上的第二表位，其中所述第二表位包含选自V31、V32、R33、E50、H51、E52、L53、G54、L55、A56、F57、Y168、T169、K170、E171的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
E114.根据E1至E113的抗体或其抗原结合片段，其中与TL1A的抗体结合由于所述抗体与TL1A氨基酸的相互作用而引起内埋表面积的非零变化，根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的所述氨基酸序列的所述鲁编号，所述TL1A氨基酸选自：R33,Q34,T35,P36,T37,Q38,H39,F40,K41,N42,P45,E50,L53,G54,L55,F57,T58,R86,M88,T89,P101,N102,K103,P104,D105,S136,N137,D162,I163,S164,Y168,T169,K170,E171,N42,K103,P104,D105,K113,S117,Y118,T122,S149和Q151，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
E115.根据E1至E114的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段结合至TL1A的同多聚体，所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中与所述第一TL1A单体上的第一表位的抗体结合由于所述抗体与TL1A氨基酸的相互作用而引起内埋表面积的非零变化，所述TL1A氨基酸选自N42,K103,P104,D105,K113,S117,Y118,T122,S149和Q151，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且与所述第二TL1A单体上的第二表位的抗体结合由于所述抗体与TL1A氨基酸的相互作用而引起内埋表面积的非零变化，所述TL1A氨基酸选自R33,Q34,T35,P36,T37,Q38,H39,F40,K41,N42,P45,E50,L53,G54,L55,F57,T58,R86,M88,T89,P101,N102,K103,P104,D105,S136,N137,D162,I163,S164,Y168,T169,K170和E171，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
E116.根据E1至E115的抗体或其抗原结合片段，其中与TL1A的抗体结合由于所述抗体与TL1A氨基酸的相互作用而引起内埋表面积的非零变化，所述TL1A氨基酸选自R33,T35,P36,Q38,H39,F40,K41,N42,L53,G54,L55,R86,M88,P101,N102,K103,D105,N137,S164,Y168,E171,N42,K103,D105和Y118，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
E117.根据E1至E116的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体结合至TL1A的同多聚体，所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中与所述第一TL1A单体上的第一表位的抗体结合由于所述抗体与TL1A氨基酸的相互作用而引起内埋表面积的非零变化，所述TL1A氨基酸选自N42,K103,D105和Y118，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且与所述第二TL1A单体上的第二表位的抗体结合由于所述抗体与TL1A氨基酸的相互作用而引起内埋表面积的非零变化，所述TL1A氨基酸选自R33,T35,P36,Q38,H39,F40,K41,N42,L53,G54,L55,R86,M88,P101,N102,K103,D105,N137,S164,Y168和E171，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
E118.根据E1至E117的抗体或其抗原结合片段，其中与TL1A的抗体结合由于所述抗体与TL1A氨基酸的相互作用而引起内埋表面积的非零变化，所述TL1A氨基酸选自R33,Q38,F40,K41,L53,R86,M88和Y118，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
E119.根据E1至E118的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体结合至TL1A的同多聚体，所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中与所述第一TL1A单体上的第一表位的抗体结合由于在Y118(其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号)上与所述抗体的相互作用而引起内埋表面积的非零变化；并且与所述第二TL1A单体上的第二表位的抗体结合由于所述抗体与TL1A氨基酸的相互作用而引起内埋表面积的非零变化，所述TL1A氨基酸选自R33,Q38,F40,K41,L53,R86和M88，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号.
E120.根据E1至E119的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体的一个或多个氨基酸残基与TL1A中的一个或多个氨基酸残基参与形成氢键，所述TL1A中的一个或多个氨基酸残基选自A56,D232,E171,E52,H109,K111,K173,N112,N172,N207,P106,P171,Q104,Q108,R156,R33,S149,T122,T169,Y118,Y168和Y238，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
E121.根据E1至E120的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体的一个或多个氨基酸残基与TL1A中的一个或多个氨基酸残基参与形成氢键，所述TL1A中的一个或多个氨基酸残基选自Q108,H109,K111,N112,P171,N172和K173，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
E122.根据E1至E121的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体的一个或多个氨基酸残基与TL1A中的一个或多个氨基酸残基参与形成氢键，所述TL1A中的一个或多个氨基酸残基选自Q104,P106,R156,N207,D232和Y238，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
E123.根据E1至E122的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体的一个或多个氨基酸残基与TL1A中的一个或多个氨基酸残基参与形成氢键，所述TL1A中的一个或多个氨基酸残基选自T122,S149,E52,A56,Y168,T169和E171，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
E124.根据E1至E123的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体的一个或多个氨基酸残基与TL1A中的一个或多个氨基酸残基参与形成氢键，所述TL1A中的一个或多个氨基酸残基选自Y118,S149,R33,E52,A56和Y168，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
E125.根据E1至E124的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体的一个或多个氨基酸残基与一个或多个TL1A氨基酸残基参与形成盐桥，所述一个或多个TL1A氨基酸残基选自R33、K41、E50、E52和K113，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
E126.根据E1至E125的抗体或其抗原结合片段，其中本文中所述的抗体或抗原结合片段结合至TL1A并与TL1A的一个或多个残基参形成水介导的氢键，所述TL1A的一个或多个残基选自R33,Q38,K41,N42,L55,N102,D105和M147，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
E127.根据E1至E126的抗体或其抗原结合片段，其中当所述抗体的一个或多个氨基酸残基与TL1A中的一个或多个残基参与形成氢键，与TL1A的一个或多个残基参与形成水介导的氢键，与TL1A中的一个或多个残基参与形成盐桥，由于与TL1A的相互作用而具有内埋表面积的非零变化，或当来自所述抗体的一个或多个残基的重原子与TL1A中的重原子的距离在
Figure BDA0000988789920000201
内时,本文中所述的抗体或抗原结合片段结合至TL1A。
E128.一种药物组合物，其包含根据E1至E127中任一项的抗体或其抗原结合片段且进一步包含药学上可接受的载体或赋形剂。
E129.一种预防、改善或治疗由TL1A介导的疾病、病症或病状的方法，其包括对有此需要的受试者施用有效量的根据E1至E127中任一项的抗体或其抗原结合片段或根据E128的药物组合物。
E130.根据E1至E127中任一项的抗体或其抗原结合片段或根据E128的药物组合物，其用于预防、改善或治疗由TL1A介导的疾病、病症或病状。
E131.根据E1至E127中任一项的抗体或其抗原结合片段在制备用于预防、改善或治疗由TL1A介导的疾病、病症或病状的药物中的用途。
E132.根据E131的用途，其中所述疾病、病症或病状选自炎性肠病(IBD)、克罗恩病、溃疡性结肠炎、哮喘、过敏、糖尿病、关节炎、类风湿性关节炎、幼年型类风湿性关节炎、骨关节炎、银屑病性关节炎、强直性脊柱炎、多发性硬化、移植排斥反应、移植物抗宿主病(GVHD)、脊椎关节病、原发性硬化性胆管炎、原发性胆汁性肝硬化、动脉粥样硬化、膀胱综合征/间质性膀胱炎、尿肠功能障碍、败血症、葡萄膜炎、脑脊髓炎、重症肌无力、系统性红斑狼疮、皮肤红斑狼疮、自体免疫性甲状腺炎、特应性皮炎、湿疹性皮炎、银屑病、干燥综合征(Sjogren's syndrome)、硬皮病和血管炎。
E133.一种检测样品、组织或细胞中的TL1A的方法，其包括提供与根据E1至E127的抗体或其抗原结合片段接触的样品、组织或细胞，和检测所述抗体。
E134.一种分离的核酸，其编码根据E1至E127的特异性结合TL1A的抗体或其抗原结合片段。
E135.根据E134的分离的核酸，其中所述核酸选自：
a.核酸序列SEQ ID NO：103；
b.核酸序列SEQ ID NO：105；
c.核酸序列SEQ ID NO：107；
d.核酸序列SEQ ID NO：109；
e.核酸序列SEQ ID NO：103和105；
f.核酸序列SEQ ID NO：107和109；
g.保藏为1D1 1.31VH、ATCC保藏号为PTA-120639的载体的插入物的核酸序列；
h.保藏为1D1 1.31VL、ATCC保藏号为PTA-120640的载体的插入物的核酸序列；
i.保藏为1D1 1.31VH、ATCC保藏号为PTA-120639的载体的插入物的核酸序列；和保藏为1D1 1.31VL，ATCC保藏号为PTA-120640的载体的插入物的核酸序列；
j.核酸序列SEQ ID NO：227；
k.核酸序列SEQ ID NO：229；
l.核酸序列SEQ ID NO：227和103；
m.核酸序列SEQ ID NO：229和107；
n.核酸序列的SEQ ID NO：199；
o.核酸序列的SEQ ID NO：201；
p.核酸序列SEQ ID NO：199和103；
q.核酸序列SEQ ID NO：201和107；
r.核酸序列SEQ ID NO：206；
s.核酸序列SEQ ID NO：208；
t.核酸序列SEQ ID NO：206和103；
u.核酸序列SEQ ID NO：208和107；
v.核酸序列SEQ ID NO：213；
w.核酸序列SEQ ID NO：215；
x.核酸序列SEQ ID NO：213和103；
y.核酸序列SEQ ID NO：215和107；
z.核酸序列SEQ ID NO：220；
aa.核酸序列SEQ ID NO：222；
bb.核酸序列SEQ ID NO：220和103；
cc.核酸序列SEQ ID NO：222和107；
dd.核酸序列SEQ ID NO：234；
ee.核酸序列SEQ ID NO：236；
ff.核酸序列SEQ ID NO：234和103；
gg.核酸序列SEQ ID NO：236和107；
hh.核酸序列SEQ ID NO：241；
ii.核酸序列SEQ ID NO：243；
jj.核酸序列SEQ ID NO：241和103；
kk.核酸序列SEQ ID NO：243和107；
ll.核酸序列SEQ ID NO：248；
mm.核酸序列SEQ ID NO：250；
nn.核酸序列SEQ ID NO：248和103；
oo.核酸序列SEQ ID NO：250和107；
pp.核酸序列SEQ ID NO：65；
qq.核酸序列SEQ ID NO：67；
rr.核酸序列SEQ ID NO：69；
ss.核酸序列SEQ ID NO：71；
tt.核酸序列SEQ ID NO：73；
uu.核酸序列SEQ ID NO：75；
vv.核酸序列SEQ ID NO：67和65；
ww.核酸序列SEQ ID NO：69和65；
xx.核酸序列SEQ ID NO：71和65；
yy.核酸序列SEQ ID NO：73和75；
zz.核酸序列SEQ ID NO：2；
ааа.核酸序列SEQ ID NO：4；
bbb.核酸序列SEQ ID NO：6；
ccc.核酸序列SEQ ID NO：8；
ddd.核酸序列SEQ ID NO：10；
eee.核酸序列SEQ IDNO：12；
fff.核酸序列SEQ IDNO：4和2；
ggg.核酸序列SEQ IDNO：6和2；
hhh.核酸序列SEQ IDNO：10和8；
iii.核酸序列SEQ IDNO：12和8；
jjj.编码氨基酸序列SEQ ID NO：102的核酸；和kkk.编码氨基酸序列SEQ ID NO：226的核酸。
E136.一种载体，其包含根据E134或E135的核酸。
E137.一种宿主细胞，其包含根据E136的载体。
E138.根据E137的宿主细胞，其选自细菌细胞、真菌细胞、昆虫细胞、鸟类细胞、植物细胞或哺乳动物细胞。
E139.一种产生特异性结合TL1A的抗体或其抗原结合片段的方法，所述方法包括在其中表达所述抗体的条件下培养E137或E138的宿主细胞，并且进一步包括分离所述抗体。
E140.一种分离的抗体或其抗原结合片段，其特异性结合肿瘤坏死因子样配体1A(TL1A)且包含：
a)重链可变区(VH)，其包含：
i)VH互补决定区1(CDR-H1)，其包含氨基酸序列GYX1FX2X3YGIS，其中X1是S、D、Q、N或P；X2是T或R；以及X3是Y或H(SEQ ID NO：384)；
ii)CDR-H2，其包含氨基酸序列WISX4YNGX5X6X7YAX8MX9QG，其中X4是T、P、S或A；X5是K、A、G、N或V；X6是T或K；X7是N或H；X8是R或Q；以及X9是L或H(SEQ ID NO：385)；和
iii)CDR-H3，其包含氨基酸序列ENYYGSGX9X10RGGMDX11，其中X9是S或A；X10是Y或F；以及X11是V、G或A(SEQ ID NO：382)；
b)VH，其包含：
i)CDR-H1，其包含氨基酸序列GYX1FX2X3YGIS，其中X1是S、D、Q、N或P；X2是T或R；以及X3是Y或H(SEQ ID NO：384)；
ii)CDR-H2，其包含氨基酸序列WISX4YNGX5X6X7YAX8MX9QG，其中X4是T、P、S或A；X5是K、A、G、N或V；X6是T或K；X7是N或H；X8是R或Q；以及X9是L或H(SEQ ID NO：385)；
iii)CDR-H3，其包含氨基酸序列ENYYGSGX9X10RGGMDX11，其中X9是S或A；X10是Y或F；以及X11是V、G或A(SEQ ID NO：382)；和
轻链可变区(VL)，其包含与氨基酸序列SEQ ID NO：102至少90％同一的氨基酸序列；
c)VH，其包含：
i)CDR-H1，其包含氨基酸序列GYX1FX2X3YGIS，其中X1是S、D、Q、N或P；X2是T或R；以及X3是Y或H(SEQ ID NO：384)；
ii)CDR-H2，其包含氨基酸序列
WISX4YNGX5X6X7YAX8MX9QG，其中X4是T、P、S或A；X5是K、A、G、N或V；X6是T或K；X7是N或H；X8是R或Q；和X9是L或H(SEQ ID NO：385)；
iii)CDR-H3，其包含氨基酸序列ENYYGSGX9X10RGGMDX11，其中X9是S或A；X10是Y或F；以及X11是V、G或A(SEQ ID NO：382)；
iv)T或R，其位于如通过VH的Kabat编号确定的位置H76上；
v)D或E，其位于如通过VH的Kabat编号确定的位置H81上；
和
VL，其包含具有氨基酸序列SEQ ID NO：110的CDR-L1、具有氨基酸序列SEQ ID NO：111的CDR-L2和具有氨基酸序列SEQ ID NO：112的CDR-L3；
d)VH，其包含：
i)CDR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：202；
ii)CDR-H2，其包含选自SEQ ID NO：203、210、217、224、231、238、245或252的氨基酸序列；
iii)CDR-H2，其包含选自SEQ ID NO：204、211、218、225、232、239、246或253的氨基酸序列；和
VL，其包含具有氨基酸序列SEQ ID NO：110的CDR-L1；具有氨基酸序列SEQ ID NO：111的CDR-L2；和具有氨基酸序列SEQ ID NO：112的CDR-L3；
e)VH，其包含SEQ ID NO：113的CDR-H1氨基酸序列、SEQ ID NO：114的CDR-H2氨基酸序列、SEQ ID NO：115的CDR-H3氨基酸序列；和VL，其包含SEQ ID NO：110的CDR-L1氨基酸序列、SEQ ID NO：111的CDR-L2氨基酸序列和SEQ ID NO：112的CDR-L3氨基酸序列；
f)VH，其包含VH氨基酸序列SEQ ID NO：104的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含VL氨基酸序列SEQ ID NO：102的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
g)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：104；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：102；
h)重链，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：108；和轻链(LC)，其包含氨基酸序列SEQID NO：106；
i)VH，其包含由核酸序列SEQ ID NO：105编码的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含由核酸序列SEQ ID NO：103编码的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
j)由核酸序列SEQ ID NO：105编码的VH和由核酸序列SEQ ID NO：103编码的VL；
k)由核酸序列SEQ ID NO：109编码的重链和由核酸序列SEQ ID NO：107编码的轻链；
l)VH，其包含SEQ ID NO：230的CDR-H1氨基酸序列、SEQ ID NO：231的CDR-H2氨基酸序列、SEQ ID NO：232的CDR-H3氨基酸序列；和VL，其包含SEQ ID NO：110的CDR-L1氨基酸序列、SEQ ID NO：111的CDR-L2氨基酸序列和SEQ ID NO：112的CDR-L3氨基酸序列；
m)VH，其包含VH氨基酸序列SEQ ID NO：226的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含VL氨基酸序列SEQ ID NO：102的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
n)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：226；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：102；
o)重链，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：228；和轻链(LC)，其包含氨基酸序列SEQID NO：106；
p)VH，其包含由核酸序列SEQ ID NO：227编码的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含由核酸序列SEQ ID NO：103编码的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
q)由核酸序列SEQ ID NO：227编码的VH和由核酸序列SEQ ID NO：103编码的VL；
r)由核酸序列SEQ ID NO：229编码的重链和由核酸序列SEQ ID NO：107编码的轻链；
s)VH，其包含SEQ ID NO：202的CDR-H1氨基酸序列、SEQ ID NO：203的CDR-H2氨基酸序列、SEQ ID NO：204的CDR-H3氨基酸序列；和VL，其包含SEQ ID NO：110的CDR-L1氨基酸序列、SEQ ID NO：111的CDR-L2氨基酸序列和SEQ ID NO：112的CDR-L3氨基酸序列；
t)VH，其包含VH氨基酸序列SEQ ID NO：198的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含VL氨基酸序列SEQ ID NO：102的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
u)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：198；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：102；
v)重链，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：200；和轻链(LC)，其包含氨基酸序列SEQID NO：106；
w)VH，其包含由核酸序列SEQ ID NO：199编码的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含由核酸序列SEQ ID NO：103编码的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
x)由核酸序列SEQ ID NO：199编码的VH和由核酸序列SEQ ID NO：103编码的VL；
y)由核酸序列SEQ ID NO：201编码的重链和由核酸序列SEQ ID NO：107编码的轻链；
z)VH，其包含SEQ ID NO：209的CDR-H1氨基酸序列、SEQ ID NO：210的CDR-H2氨基酸序列、SEQ ID NO：211的CDR-H3氨基酸序列；和VL，其包含SEQ ID NO：110的CDR-L1氨基酸序列、SEQ ID NO：111的CDR-L2氨基酸序列和SEQ ID NO：112的CDR-L3氨基酸序列；
aa)VH，其包含VH氨基酸序列SEQ ID NO：205的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含VL氨基酸序列SEQ ID NO：102的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
bb)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：205；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：102；
cc)重链，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：207；和轻链(LC)，其包含氨基酸序列SEQID NO：106；
dd)VH，其包含由核酸序列SEQ ID NO：206编码的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含由核酸序列SEQ ID NO：103编码的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
ee)由核酸序列SEQ ID NO:206编码的VH和由核酸序列SEQ ID NO：103编码的VL；
ff)由核酸序列SEQ ID NO：208编码的重链和由核酸序列SEQ ID NO：107编码的轻链；
gg)VH，其包含SEQ ID NO：216的CDR-H1氨基酸序列、SEQ ID NO：217的CDR-H2氨基酸序列、SEQ ID NO：218的CDR-H3氨基酸序列；和VL，其包含SEQ ID NO：110的CDR-L1氨基酸序列、SEQ ID NO：111的CDR-L2氨基酸序列和SEQ ID NO：112的CDR-L3氨基酸序列；
hh)VH，其包含VH氨基酸序列SEQ ID NO：212的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含VL氨基酸序列SEQ ID NO：102的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
ii)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：212；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：102；
jj)重链，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：214；和轻链(LC)，其包含氨基酸序列SEQID NO：106；
kk)VH，其包含由核酸序列SEQ ID NO：213编码的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含由核酸序列SEQ ID NO：103编码的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
ll)由核酸序列SEQ ID NO：213编码的VH和由核酸序列SEQ ID NO：103编码的VL；
mm)由核酸序列SEQ ID NO：215编码的重链和由核酸序列SEQ ID NO：107编码的轻链；
nn)VH，其包含SEQ ID NO：223的CDR-H1氨基酸序列、SEQ NO：224的CDR-H2氨基酸序列、SEQ ID NO：225的CDR-H3氨基酸序列；和VL，其包含SEQ ID NO：110的CDR-L1氨基酸序列、SEQ ID NO：111的CDR-L2氨基酸序列和SEQ ID NO：112的CDR-L3氨基酸序列；
oo)VH，其包含VH氨基酸序列SEQ ID NO：219的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含VL氨基酸序列SEQ ID NO：102的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
pp)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：219；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：102；
qq)重链，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:221；和轻链(LC)，其包含氨基酸序列SEQID NO：106；
rr)VH，其包含由核酸序列SEQ ID NO：220编码的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含由核酸序列SEQ ID NO：103编码的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
ss)由核酸序列SEQ ID NO：220编码的VH和由核酸序列SEQ ID NO：103编码的VL；
tt)由核酸序列SEQ ID NO：222编码的重链和由核酸序列SEQ ID NO：107编码的轻链；
uu)VH，其包含SEQ ID NO：237的CDR-H1氨基酸序列、SEQ ID NO：238的CDR-H2氨基酸序列、SEQ ID NO：239的CDR-H3氨基酸序列；和VL，其包含SEQ ID NO：110的CDR-L1氨基酸序列、SEQ ID NO：111的CDR-L2氨基酸序列和SEQ ID NO：112的CDR-L3氨基酸序列；
vv)VH，其包含VH氨基酸序列SEQ ID NO:233的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含VL氨基酸序列SEQ ID NO：102的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
ww)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：233；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：102；
xx)重链，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：235；和轻链(LC)，其包含氨基酸序列SEQID NO：106；
yy)VH，其包含由核酸序列SEQ ID NO：234编码的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含由核酸序列SEQ ID NO：103编码的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
zz)由核酸序列SEQ ID NO：234编码的VH和由核酸序列SEQ ID NO：103编码的VL；
aaa)由核酸序列SEQ ID NO：236编码的重链和由核酸序列SEQ ID NO：107编码的轻链；
bbb)VH，其包含SEQ ID NO：244的CDR-H1氨基酸序列、SEQ NO：245的CDR-H2氨基酸序列、SEQ ID NO：246的CDR-H3氨基酸序列；和VL，其包含SEQ ID NO：110的CDR-L1氨基酸序列、SEQ ID NO：111的CDR-L2氨基酸序列和SEQ ID NO：112的CDR-L3氨基酸序列；
ccc)VH，其包含VH氨基酸序列SEQ ID NO：240的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含VL氨基酸序列SEQ ID NO：102.的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
ddd)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：240；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：102；
eee)重链，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：242；和轻链(LC)，其包含氨基酸序列SEQID NO：106；
fff)VH，其包含由核酸序列SEQ ID NO：241编码的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含由核酸序列SEQ ID NO：103编码的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
ggg)由核酸序列SEQ ID NO：241编码的VH和由核酸序列SEQ ID NO：103编码的VL；
hhh)由核酸序列SEQ ID NO：243编码的重链和由核酸序列SEQ ID NO：107编码的轻链；
iii)VH，其包含SEQ ID NO：251的CDR-H1氨基酸序列、SEQ NO：252的CDR-H2氨基酸序列、SEQ ID NO：253的CDR-H3氨基酸序列；和VL，其包含SEQ ID NO：110的CDR-L1氨基酸序列、SEQ ID NO：111的CDR-L2氨基酸序列和SEQ ID NO：112的CDR-L3氨基酸序列；
jjj)VH，其包含VH氨基酸序列SEQ ID NO：247的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含VL氨基酸序列SEQ ID NO：102的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
kkk)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：247；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：102；
lll)重链，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：249；和轻链(LC)，其包含氨基酸序列SEQID NO：106；
mmm)VH，其包含由核酸序列SEQ ID NO：248编码的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含由核酸序列SEQ ID NO：103编码的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
nnn)由核酸序列SEQ ID NO：248编码的VH和由核酸序列SEQ ID NO：103编码的VL；
ooo)由核酸序列SEQ ID NO：250编码的重链和由核酸序列SEQ ID NO：107编码的轻链；
ppp)保藏为1D1 1.31VH、ATCC保藏号为PTA-120639的载体的插入物的核酸序列所编码的VH；和保藏为1D1 1.31VL，ATCC保藏号为PTA-120640的载体的插入物的核酸序列所编码的VL；
qqq)由编码氨基酸序列SEQ ID NO：102的核酸编码的VL；和
rrr)由编码氨基酸序列SEQ ID NO：226的核酸编码的VH。
E141.根据E1至E127或E140中任一项的分离的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体包含：
a)VH，其包含：
i)CDR-H1，其包含氨基酸序列GYTFTSYX1X2X3，其中X1是G或A；X2是I或M；以及X3是N或H(SEQ ID NO：386)；
ii)CDR-H2，其包含氨基酸序列WIX4X5X6NGNTX7X8X9QKX10QG，其中X4是S或N；X5是T或A；X6是Y或G；X7是N或K；X8是S或Y；以及X9是A或S；X10是L或F(SEQ ID NO：387)；
iii)CDR-H3，其包含氨基酸序列X11X12SSX13WFDAFDI，其中X11是A或G；X12是H或Y；以及X13是S或A(SEQ ID NO：388)；
iv)D或E，其位于如通过VH的Kabat编号确定的位置H85上；和
VL，其包含具有氨基酸序列SEQ ID NO：96的CDR-L1、具有氨基酸序列SEQ ID NO：97的CDR-L2和具有氨基酸序列SEQ ID NO：98的CDR-L3；
b)VH，其包含SEQ ID NO：52或SEQ ID NO：90；和VL，其包含SEQ ID NO：50；
c)VH，其包含SEQ ID NO：99的CDR-H1氨基酸序列、SEQ NO：100的CDR-H2氨基酸序列、SEQ ID NO：101的CDR-H3氨基酸序列；和VL，其包含SEQ ID NO：96的CDR-L1氨基酸序列、SEQ ID NO：97的CDR-L2氨基酸序列和SEQ ID NO：98的CDR-L3氨基酸序列；
d)VH，其包含VH氨基酸序列SEQ ID NO：90的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含VL氨基酸序列SEQ ID NO：88的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
e)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：90；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：88；
f)重链，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：94；和轻链(LC)，其包含氨基酸序列SEQ IDNO：92；
g)VH，其包含由核酸序列SEQ ID NO：91编码的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含由核酸序列SEQ ID NO：89编码的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
h)由核酸序列SEQ ID NO：91编码的VH和由核酸序列SEQ ID NO：89编码的VL；
i)由核酸序列SEQ ID NO：95编码的重链和由核酸序列SEQ ID NO：93编码的轻链；
j)VH，其包含SEQ ID NO：61的CDR-H1氨基酸序列、SEQ NO：62的CDR-H2氨基酸序列、SEQ ID NO：63的CDR-H3氨基酸序列；和VL，其包含SEQ ID NO：58的CDR-L1氨基酸序列、SEQ ID NO：59的CDR-L2氨基酸序列和SEQ ID NO：60的CDR-L3氨基酸序列；
k)VH，其包含VH氨基酸序列SEQ ID NO：52的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含VL氨基酸序列SEQ ID NO：50的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
l)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：52；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：50；
m)重链，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：56；和轻链(LC)，其包含氨基酸序列SEQ IDNO：54；
n)VH，其包含由核酸序列SEQ ID NO：53编码的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含由核酸序列SEQ ID NO：51编码的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
o)由核酸序列SEQ ID NO：53编码的VH和由核酸序列SEQ ID NO：51编码的VL；或
p)由核酸序列SEQ ID NO：57编码的重链和由核酸序列SEQ ID NO：55编码的轻链。
E142.根据E1至E127、E140或E141中任一项的分离的抗体或其抗原结合片段，其包含：
a)VH，其包含：
i)CDR-H1，其包含氨基酸序列GFTFSX1X2AX3H，其中X1是N或S；X2是Y或F；以及X3是L、M或I(SEQ ID NO：389)；
ii)CDR-H2，其包含氨基酸序列LIX4X5DGSX6X7YYADSVKG，其中X4是S或P；X5是Y或F；X6是D、S或N；X7是K或N(SEQ ID NO：390)；
iii)CDR-H3，其包含氨基酸序列
DRX8YX9X10X11X12SX13SX14DAFDI，其中X8是E或N；X9是C或Y；X10是T或G；X11是Y或S；X12是S或G；X13是C或F；X14是Y或F(SEQ ID NO：391)；
iv)A或T，其位于如通过VH的Kabat编号确定的位置H85上；
v)M或L，其位于如通过VH的Kabat编号确定的位置108上；和
VL，其包含具有氨基酸序列SEQ ID NO：76的CDR-L1、具有氨基酸序列SEQ ID NO：77的CDR-L2和具有氨基酸序列SEQ ID NO：78的CDR-L3；和F或Y，其位于如通过VL的Kabat编号确定的位置L83上；
b)VH，其包含SEQ ID NO：66、68或70；和VL，其包含SEQ ID NO：1或64；
c)VH，其包含：
i)SEQ ID NO：79的CDR-H1氨基酸序列、SEQ NO：80的CDR-H2氨基酸序列和SEQ IDNO：81的CDR-H3氨基酸序列；
ii)SEQ ID NO：82的CDR-H1氨基酸序列、SEQ NO：83的CDR-H2氨基酸序列和SEQ IDNO：84的CDR-H3氨基酸序列；或
iii)SEQ ID NO：85的CDR-H1氨基酸序列、SEQ NO：86的CDR-H2氨基酸序列和SEQID NO：87的CDR-H3氨基酸序列；和
VL，其包含SEQ ID NO：76的CDR-L1氨基酸序列、SEQ ID NO：77的CDR-L2氨基酸序列和SEQ ID NO：78的CDR-L3氨基酸序列；
d)VH，其包含VH氨基酸序列SEQ ID NO：66的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含VL氨基酸序列SEQ ID NO：64的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
e)VH，其包含VH氨基酸序列SEQ ID NO：68的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含VL氨基酸序列SEQ ID NO：64的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
f)VH，其包含VH氨基酸序列SEQ ID NO：70的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含VL氨基酸序列SEQ ID NO：64的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
g)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：66；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：64；
h)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：68；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：64；
i)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：70；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：64；
j)重链，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：74；和轻链(LC)，其包含氨基酸序列SEQ IDNO:72；
k)VH，其包含由核酸序列SEQ ID NO：67编码的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含由核酸序列SEQ ID NO：65编码的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
l)VH，其包含由核酸序列SEQ ID NO：69编码的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含由核酸序列SEQ ID NO：65编码的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
m)VH，其包含由核酸序列SEQ ID NO：71编码的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含由核酸序列SEQ ID NO：65编码的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
n)由核酸序列SEQ ID NO：67编码的VH和由核酸序列SEQ ID NO：65编码的VL；
o)由核酸序列SEQ ID NO：69编码的VH和由核酸序列SEQ ID NO：65编码的VL；
p)由核酸序列SEQ ID NO：71编码的VH和由核酸序列SEQ ID NO：65编码的VL；
q)由核酸序列SEQ ID NO：75编码的重链和由核酸序列SEQ ID NQ：73编码的轻链；
r)VH，其包含SEQ ID NO：16的CDR-H1氨基酸序列、SEQ ID NO：17的CDR-H2氨基酸序列、SEQ ID NO：18的CDR-H3氨基酸序列；和VL，其包含SEQ ID NO：13的CDR-L1氨基酸序列、SEQ ID NO:14的CDR-L2氨基酸序列和SEQ ID NO:15的CDR-L3氨基酸序列；
s)VH，其包含SEQ ID NO：19的CDR-H1氨基酸序列、SEQ ID NO：20的CDR-H2氨基酸序列、SEQ ID NO：21的CDR-H3氨基酸序列；和VL，其包含SEQ ID NO：13的CDR-L1氨基酸序列、SEQ ID NO：14的CDR-L2氨基酸序列和SEQ ID NO：15的CDR-L3氨基酸序列；
t)VH，其包含VH氨基酸序列SEQ ID NO：3的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含VL氨基酸序列SEQ ID NO：1的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
u)VH，其包含VH氨基酸序列SEQ ID NO：5的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含VL氨基酸序列SEQ ID NO：1的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
v)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：3；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：1；
w)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：5；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：1；
x)重链，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：9；和轻链(LC)，其包含氨基酸序列SEQ IDNO：7；
y)重链，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：11；和轻链(LC)，其包含氨基酸序列SEQ IDNO:7；
z)VH，其包含由核酸序列SEQ ID NO：4编码的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含由核酸序列SEQ ID NO：2编码的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
aa)VH，其包含由核酸序列SEQ ID NO：6编码的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3；和VL，其包含经核酸序列SEQ ID NO：2编码的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3；
bb)由核酸序列SEQ ID NO：4编码VH和由核酸序列SEQ ID NO：2编码的VL；
cc)由核酸序列SEQ ID NO：6编码VH和由核酸序列SEQ ID NO：2编码的VL；
dd)由核酸序列SEQ ID NO：10编码的重链和由核酸序列SEQ ID NO：8编码的轻链；或
ee)由核酸序列SEQ ID NO：12编码的重链和由核酸序列SEQ ID NO：8编码的轻链。
E143.一种分离的抗体或其抗原结合片段，其包含与VH序列SEQ ID NO：90至少84％同一的VH序列。
E144.根据E143的抗体或其抗原结合片段，其进一步包含与SEQ ID NO：88的VL至少95％同一的VL序列。
E145.一种分离的抗体或其抗原结合片段，其包含与VH序列SEQ ID NO：68至少87％同一的VH序列。
E146.一种分离的抗体或其抗原结合片段，其包含与VL序列SEQ ID NO：64至少98％同一的VL序列。
E147.一种结合TL1A的分离的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体与根据E1至E120或E133至E139中任一项的抗体或其抗原结合片段竞争结合至TL1A。
E148.根据E1至E127或E140至E147中任一项的抗体或其抗原结合片段，其具有包含以下的互补位：
a)选自基于关于所述序列SEQ ID NO：104的Kabat编号的Gly26,Tyr27,Ser28,Thr30,Tyr31,Trp50,Tyr53,Asn54,Asn56,Asn58,Thr73,Arg76,Tyr97,Gly99,Ser100,Gly100A,Ser100B和Arg100D的一个或多个重链可变结构域残基；和选自基于关于序列SEQID NO：102的Kabat编号的Tyr32和Trp94的一个或多个轻链可变结构域残基；或
b)基于关于序列SEQ ID NO：104的Kabat编号的一个或多个重链可变结构域残基Gly26,Asp28,Thr30,Tyr31,Trp50,Tyr53,Asn54,Asn56,His58,Thr73,Arg76,Tyr97,Gly99,Ser100,Gly100A,Ser100B,Arg100D；基于关于序列SEQ ID NO：102的Kabat编号的一个或多个轻链可变结构域残基Tyr32和Trp94。
E149.根据E1至E127或E140至E148中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体以4nM至1pM的KD结合至人TL1A。
E150.根据E1至E127或E140至E149中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段以小于2nM的KD结合至人TL1A。
E151.根据E1至E127或E140至E150中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体以小于1nM的KD结合至人TL1A。
E152.根据E1至E127或E140至E151中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中：
a)所述抗体结合至选自K113,T115,S117,Y118,P119,P121,T122,Q123,M147,F148,S149,Q151,V31,V32,R33,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,T58,E91,Y168,T169,K170和E171的至少一个TL1A氨基酸根据，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
b)所述抗体结合至TL1A的同多聚体，所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中所述抗体结合至所述第一TL1A单体上的第一表位，其中所述第一表位包含选自K113,T115,S117,Y118,P119,P121,T122,Q123,M147,F148,S149和Q151的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且所述抗体结合至所述第二TL1A单体上的第二表位，其中所述第二表位包含选自V31,V32,R33,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,T58,E91,Y168,T169,K170和E171的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
c)所述抗体结合至选自K113,Y118,T122,Q123,M147,F148,S149,Q151,V31,V32,R33,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,Y168,T169,K170和E171的至少一个TL1A氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
d)所述抗体结合至TL1A的同多聚体，所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中所述抗体结合至所述第一TL1A单体上的第一表位，其中所述第一表位包含选自K113,Y118,T122,Q123,M147,F148,S149和Q151的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且所述抗体结合至所述第二TL1A单体上的第二表位，其中所述第二表位包含选自V31,V32,R33,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,Y168,T169,K170和E171至少一个的氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
e)所述抗体结合至选自K113,Y118,T122,M147,S149,Q151,V32,R33,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,Y168,T169,K170和E171的至少一个TL1A氨基酸，其根据SEQ IDNO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
f)所述抗体结合至TL1A的同多聚体，所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中所述抗体结合至所述第一TL1A单体上的第一表位，其中所述第一表位包含选自K113,Y118,T122,M147,S149和Q151的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且所述抗体结合至所述第二TL1A单体上的第二表位，其中所述第二表位包含选自V32,R33,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,Y168,T169,K170和E171的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
g)所述抗体结合至选自K113,Y118,T122,M147,S149,Q151,R33,E50,E52,L53,G54,L55,A56,F57,Y168,T169,K170和E171的至少一个TL1A氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
h)所述抗体结合至TL1A的同多聚体，所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中所述抗体结合至所述第一TL1A单体上的第一表位，其中所述第一表位包含选自K113,Y118,T122,M147,S149和Q151的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且所述抗体结合至所述第二TL1A单体上的第二表位，其中所述第二表位包含选自R33、E50、E52、L53、G54、L55、A56、F57、Y168、T169、K170和E171的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
i)所述抗体结合至选自K113,Y118,T122,M147,S149,Q151,R33,E50,E52,L53,G54,L55,A56,F57,Y168,T169和E171的至少一个TL1A氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
j)所述抗体结合至TL1A的同多聚体，所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中所述抗体结合至所述第一TL1A单体上的第一表位，其中所述第一表位包含选自K113,Y118,T122,M147,S149和Q151的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且所述抗体结合至所述第二TL1A单体上的第二表位，其中所述第二表位包含选自R33,E50,E52,L53,G54,L55,A56,F57,Y168,T169和E171的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
k)所述抗体结合至选自K113,Y118,T122,S149,R33,E50,E52,L53,A56,F57,Y168,T169和E171的至少一个TL1A氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
l)所述抗体结合至TL1A的同多聚体，所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中所述抗体结合至所述第一TL1A单体上的第一表位，其中所述第一表位包含选自K113、Y118、T122和S149的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且所述抗体结合至所述第二TL1A单体上的第二表位，其中所述第二表位包含选自R33,E50,E52,L53,A56,F57,Y168,T169和E171的至少一个氨基酸，其根据SEQID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
m)所述抗体结合至选自SEQ ID NO：254的残基117-123和SEQ ID NO：254的残基50-58的至少一个TL1A氨基酸；
n)所述抗体结合至TL1A的同多聚体，所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中所述抗体结合至所述第一TL1A单体上的第一表位，所述第一表位包含来自SEQ ID NO：254的残基117-123的至少一个氨基酸；且所述抗体结合至所述第二单体上的第二表位，所述第二表位包含来自SEQ ID NO：254的残基50-58的至少一个氨基酸；
o)所述抗体结合至选自SEQ ID NO：254的K113,Y118,T122,S149,E50,E52,L53,A56,Y168,T169和E171的至少一个TL1A氨基酸；
p)所述抗体结合至TL1A的同多聚体，所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中所述抗体结合至所述第一TL1A单体上的第一表位，所述第一表位包含选自K113、Y118、T122和S149的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且所述抗体结合至所述第二单体上的第二表位，所述第二表位包含选自E50,E52,L53,A56,Y168,T169和E171的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
q)所述抗体结合至选自SEQ ID NO：254的K113,Y118,T122,S149,E50,E52,A56和Y168的至少一个T L1A氨基酸；
r)所述抗体结合至TL1A的同多聚体，所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中所述抗体结合至所述第一TL1A单体上的第一表位，所述第一表位包含选自K113、Y118、T122和S149的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且所述抗体结合至所述第二单体上的第二表位，所述第二表位包含选自E50、E52、A56和Y168的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
s)所述抗体结合至选自K113,T115,Y118,P121,T122,Q123,M147,F148,S149,Q151,V31,V32,R33,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,T58,E91,Y168,T169,K170和E171的至少一个TL1A氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
t)所述抗体结合至TL1A的同多聚体，所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中所述抗体结合至所述第一TL1A单体上的第一表位，其中所述第一表位包含选自K113,T115,Y118,P121,T122,Q123,M147,F148,S149和Q151的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且所述抗体结合至所述第二TL1A单体上的第二表位，其中所述第二表位包含选自V31,V32,R33,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,T58,E91,Y168,T169,K170和E171的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
u)所述抗体结合至选自Y118,M147,S149,R33,E50,E52,L55,A56和Y168的至少一个TL1A氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
v)所述抗体结合至TL1A的同多聚体，所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中所述抗体结合至所述第一TL1A单体上的第一表位，其中所述第一表位包含选自Y118、M147和S149的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且所述抗体结合至所述第二TL1A单体上的第二表位，其中所述第二表位包含选自R33、E50、E52、L55、A56和Y168的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
w)所述抗体结合至选自K113,Y118,T122,S149,Q151,R33,E50,E52,L53,G54,L55,A56,F57,T58,Y168,T169,K170和E171的至少一个TL1A氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
x)所述抗体结合至TL1A的同多聚体，所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中所述抗体结合至所述第一TL1A单体上的第一表位，其中所述第一表位包含选自K113,Y118,T122,S149和Q151的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且所述抗体结合至所述第二TL1A单体上的第二表位，其中所述第二表位包含选自R33,E50,E52,L53,G54,L55,A56,F57,T58,Y168,T169,K170和E171的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
y)所述抗体结合至选自Y118、E50、E52和L53的至少一个TL1A氨基酸，其根据SEQID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
z)所述抗体结合至TL1A的同多聚体，所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中所述抗体结合至所述第一TL1A单体上的第一表位，其中所述第一表位包含至少Y118，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且所述抗体结合至所述第二TL1A单体上的第二表位，其中所述第二表位包含选自E50、E52、L53的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
aa)所述抗体结合至选自K113,S117,Y118,P119,T122,Q123,M147,F148,S149,Q151,V31,V32,R33,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,Y168,T169,K170和E171的至少一个TL1A氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
bb)所述抗体结合至TL1A的同多聚体，所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中所述抗体结合至所述第一TL1A单体上的第一表位，其中所述第一表位包含选自K113,S117,Y118,P119,T122,Q123,M147,F148,S149和Q151的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且所述抗体结合至所述第二TL1A单体上的第二表位，其中所述第二表位包含选自V31,V32,R33,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,Y168,T169,K170和E171的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
bb)所述抗体结合至选自K113,T122,S149,E50,E52,A56,Y168,T169和E171的至少一个TL1A氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
cc)所述抗体结合至TL1A的同多聚体，所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中所述抗体结合至所述第一TL1A单体上的第一表位，其中所述第一表位包含选自K113、T122和S149的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且所述抗体结合至所述第二TL1A单体上的第二表位，其中所述第二表位包含选自E50,E52,A56,Y168,T169和E171的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
dd)所述抗体结合至选自K113,S117,Y118,T122,S149,Q151,R33,E50,E52,L53,G54,L55,A56,F57,Y168,T169和E171的至少一个TL1A氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
ee)所述抗体结合至TL1A的同多聚体，所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中所述抗体结合至所述第一TL1A单体上的第一表位，其中所述第一表位包含选自K113,S117,Y118,T122,S149和Q151的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且所述抗体结合至所述第二TL1A单体上的第二表位，其中所述第二表位包含选自R33,E50,E52,L53,G54,L55,A56,F57,Y168,T169和E171的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
ff)所述抗体结合至选自K113,Y118,T122,E50,E52和L53的至少一个TL1A氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
gg)所述抗体结合至TL1A的同多聚体，所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中所述抗体结合至所述第一TL1A单体上的第一表位，其中所述第一表位包含选自K113、Y118和T122的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且所述抗体结合至所述第二TL1A单体上的第二表位，其中所述第二表位包含选自E50、E52和L53至少一个的氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
hh)所述抗体结合至选自K113,Y118,T122,F148,S149,Q151,V31,V32,R33,E50,E52,L53,G54,L55,A56,F57,E91,Y168,T169,K170和E171的至少一个TL1A氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
ii)所述抗体结合至TL1A的同多聚体，所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中所述抗体结合至所述第一TL1A单体上的第一表位，其中所述第一表位包含选自K113,Y118,T122,F148,S149和Q151的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且所述抗体结合至所述第二TL1A单体上的第二表位，其中所述第二表位包含选自V31,V32,R33,E50,E52,L53,G54,L55,A56,F57,E91,Y168,T169,K170和E171的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
jj)所述抗体结合至选自K113,Y118,P119,T122,Q123,F148,S149,V31,V32,E50,E52,L53,G54,L55,A56,Y168,T169,K170和E171的至少一个TL1A氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
kk)所述抗体结合至TL1A的同多聚体，所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中所述抗体结合至所述第一TL1A单体上的第一表位，其中所述第一表位包含选自K113,Y118,P119,T122,Q123,F148和S149的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且所述抗体结合至所述第二TL1A单体上的第二表位，其中所述第二表位包含选自V31,V32,E50,E52,L53,G54,L55,A56,Y168,T169,K170和E171的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
ll)所述抗体结合至选自K113,Y118,P119,T122,Q123,F148,S149,Q151,V31,V32,R33,E50,E52,L53,G54,L55,A56,F57,E91,Y168,T169,K170和E171的至少一个TL1A氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
mm)所述抗体结合至TL1A的同多聚体，所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中所述抗体结合至所述第一TL1A单体上的第一表位，其中所述第一表位包含选自K113,Y118,P119,T122,Q123,F148,S149和Q151的至少一个氨基酸，其根据SEQ IDNO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且所述抗体结合至所述第二TL1A单体上的第二表位，其中所述第二表位包含选自V31,V32,R33,E50,E52,L53,G54,L55,A56,F57,E91,Y168,T169,K170和E171的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；
nn)所述抗体结合至选自K113,Y118,T122,F148,S149,V31,V32,E50,E52,L53,G54,L55,A56,Y168,T169,K170和E171的至少一个TL1A氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；或
oo)所述抗体结合至TL1A的同多聚体，所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中所述抗体结合至所述第一TL1A单体上的第一表位，其中所述第一表位包含选自K113,Y118,T122,F148和S149的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且所述抗体结合至所述第二TL1A单体上的第二表位，其中所述第二表位包含选自V31,V32,E50,E52,L53,G54,L55,A56,Y168,T169,K170和E171的至少一个氨基酸，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
E153.根据E1至E127或E140至E152中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中当所述抗体的一个或多个氨基酸残基与TL1A中的一个或多个残基参与形成氢键，与TL1A的一个或多个残基参与形成水介导的氢键，与TL1A中的一个或多个残基参与形成盐桥，由于与TL1A的相互作用而具有内埋表面积的非零变化，或当来自所述抗体的一个或多个残基的重原子与TL1A中的重原子的距离在
Figure BDA0000988789920000471
内时,所述抗体结合至TL1A。
E154.一种编码根据E1至E127或E140至E153中任一项的抗体或其抗原结合片段的分离的核酸。
E155.根据E154的编码抗体或其抗原结合片段的分离的核酸，其中所述核酸包含选自以下的核酸序列：
a.核酸序列SEQ ID NO：103；
b.核酸序列SEQ ID NO：105；
c.核酸序列SEQ ID NO：107；
d.核酸序列SEQ ID NO：109；
e.核酸序列SEQ ID NO：103和105；
f.核酸序列SEQ ID NO：107和109；
g.保藏为1D1 1.31VH、ATCC保藏号为PTA-120639的载体的插入物的核酸序列；
h.保藏为1D1 1.31VL、ATCC保藏号为PTA-120640的载体的插入物的核酸序列；
i.保藏为1D1 1.31VH、ATCC保藏号为PTA-120639的载体的插入物的核酸序列；和保藏为1D1 1.31VL，ATCC保藏号为PTA-120640的载体的插入物的核酸序列；
j.核酸序列SEQ ID NO：227；
k.核酸序列SEQ ID NO：229；
l.核酸序列SEQ ID NO：227和103；
m.核酸序列SEQ ID NO：229和107；
n.核酸序列的SEQ ID NO：199；
o.核酸序列的SEQ ID NO：201；
p.核酸序列SEQ ID NO：199和103；
q.核酸序列SEQ ID NO：201和107；
r.核酸序列SEQ ID NO：206；
s.核酸序列SEQ ID NO：208；
t.核酸序列SEQ ID NO：206和103；
u.核酸序列SEQ ID NO：208和107；
v.核酸序列SEQ ID NO：213；
w.核酸序列SEQ ID NO：215；
x.核酸序列SEQ ID NO：213和103；
y.核酸序列SEQ ID NO：215和107；
z.核酸序列SEQ ID NO：220；
aa.核酸序列SEQ ID NO：222；
bb.核酸序列SEQ ID NO：220和103；
cc.核酸序列SEQ ID NO：222和107；
dd.核酸序列SEQ ID NO：234；
ee.核酸序列SEQ ID NO：236；
ff.核酸序列SEQ ID NO：234和103；
gg.核酸序列SEQ ID NO：236和107；
hh.核酸序列SEQ ID NO：241；
ii.核酸序列SEQ ID NO：243；
jj.核酸序列SEQ ID NO：241和103；
kk.核酸序列SEQ ID NO：243和107；
ll.核酸序列SEQ ID NO：248；
mm.核酸序列SEQ ID NO：250；
nn.核酸序列SEQ ID NO：248和103；或
oo.核酸序列SEQ ID NO：250和107。
E156.根据E154或E155的编码抗体或其抗原结合片段的分离的核酸，其中所述核酸包含：
а)核酸序列SEQ ID NO：89；
b)核酸序列SEQ ID NO：91；
c)核酸序列SEQ ID NO：93；
d)核酸序列SEQ ID NO：95；
e)核酸序列SEQ ID NO：89和91；
f)核酸序列SEQ ID NO：93和95；
j)核酸序列SEQ ID NO：53；
k)核酸序列SEQ ID NO：57；
l)核酸序列SEQ ID NO：53和89；
m)核酸序列SEQ ID NO：57和93；
n)编码氨基酸序列SEQ ID NO：102的核酸；或
o)编码氨基酸序列SEQ ID NO：226的核酸。
E157.根据E154至E156中任一项的编码抗体或其抗原结合片段的分离的核酸，其中所述核酸包含：
a)核酸序列SEQ ID NO：65；
b)核酸序列SEQ ID NO：67；
c)核酸序列SEQ ID NO：69；
d)核酸序列SEQ ID NO：71；
e)核酸序列SEQ ID NO：73；
f)核酸序列SEQ ID NO：75；
g)核酸序列SEQ ID NO：67和65；
h)核酸序列SEQ ID NO：69和65；
i)核酸序列SEQ ID NO：71和65；
j)核酸序列SEQ ID NO：73和75；
k)核酸序列SEQ ID NO：2；
l)核酸序列SEQ ID NO：4；
m)核酸序列SEQ ID NO：6；
n)核酸序列SEQ ID NO：8；
o)核酸序列SEQ ID NO：10；
p)核酸序列SEQ ID NO：12；
q)核酸序列SEQ ID NO：4和2；
r)核酸序列SEQ ID NO：6和2；
s)核酸序列SEQ ID NO：10和8；或
t)核酸序列SEQ ID NO：12和8。
E158.一种载体，其包含根据E154至E157中任一项的核酸。
E159.一种宿主细胞，其包含根据E154至157中任一项的核酸或根据E158的载体。
E160.根据E159的宿主细胞，其中所述细胞是细菌细胞或哺乳动物细胞。
E161.一种产生特异性结合TL1A的抗体或其抗原结合片段的方法，所述方法包括在其中表达所述抗体的条件下培养根据E159或E160的宿主细胞，并且进一步包括分离所述抗体。
E162.一种药物组合物，其包含根据E1至E127和E140至E153中任一项的抗体或其抗原结合片段和药学上可接受的载体或赋形剂。
E163.一种预防或治疗由TL1A介导的疾病、病症或病状的方法，所述方法包含给有此需要的受试者施用有效量的根据E1至E120和E133至E145中任一项的抗体或其抗原结合片段或根据E154的药物组合物。
E164.根据E1至E127和E140至E153中任一项的抗体或其抗原结合片段或根据E162的药物组合物，其用于预防或治疗由TL1A介导的疾病、病症或病状。
E165.根据E1至E127和E140至E153中任一项的抗体或其抗原结合片段在制备用于治疗由TL1A介导的疾病、病症或病状的药物中的用途。
E166.根据E163的方法、根据E162的抗体或药物组合物或根据E165的用途，其中所述疾病、病症或病状选自以下的至少一种：炎性肠病(IBD)、克罗恩病、溃疡性结肠炎、哮喘、过敏、糖尿病、关节炎、类风湿性关节炎、幼年型类风湿性关节炎、骨关节炎、银屑病性关节炎、强直性脊柱炎、多发性硬化、移植排斥反应、移植物抗宿主病(GVHD)、脊椎关节病、原发性硬化性胆管炎、原发性胆汁性肝硬化、动脉粥样硬化、膀胱综合征/间质性膀胱炎、尿肠功能障碍、败血症、葡萄膜炎、脑脊髓炎、重症肌无力、系统性红斑狼疮、皮肤红斑狼疮、自体免疫性甲状腺炎、特应性皮炎、湿疹性皮炎、牛皮癣、干燥综合征、硬皮病和血管炎。
E159.使用根据E1至E127和E140至E153中任一项的抗体或其抗原结合片段检测样品、组织或细胞中的TL1A的方法，其包括使样品、组织或细胞与所述抗体接触，和检测所述抗体。
附图简述
当结合所附的附图阅读时，将较好地理解本发明的前述概述以及下文的详述。出于举例说明本发明的目的，在附图中显示了当前优选的实施方案。然而，应理解本发明不限于所显示的精确排列和手段。
在附图中：
图1(包括图A至图H)描绘本发明的各种抗TL1A抗体的氨基酸序列。在图1中，如通过抗体M定义的VH结构域CDR H1区用粗体和斜体示出。如通过Kabat定义的CDR区是加下划线的。图1A描绘抗体9B3、15A9、15C11和22F9的VH和VL区氨基酸序列。图1B描绘抗体26B11、7D4和1D1的VH和VL区氨基酸序列。图1C和图1D描绘一系列1D1抗体的VH区氨基酸序列，所述抗体通过噬菌体展示亲和力成熟并且表示为1D1D5、1D1D18、1D1D21、1D1D24、1D1D25、1D1D28、1D1D29、1D1D31、1D1D37、1D1D38、1D1D39、1D1DH3、1D1DH8、1D1DH9和1D1DH10。图1E至图1H描绘1D1抗体的VH区氨基酸序列，该抗体通过共晶结构和噬菌体展示分析亲和力成熟并且表示为1D1 1.1至1D1 1.34。对于图1C至图1H中的亲和力成熟抗体，VL区具有与亲本抗体1D1VL区相同的氨基酸序列。图1I-1描绘26B11、7D4和1D1的VL区的氨基酸序列的比对，且图1I-2显示亲本抗体1D1、7D4和26B11的VH区的序列比对。这些抗体中各自表示不同的表位-结合抗体组(bin)/群。图1J描绘来自抗体7D4和22F9的氨基酸序列的比对，所述抗体共享表位结合组。图1K描绘抗体26B11与9B3之间的氨基酸序列的比对，所述抗体共享表位结合组。图1L描绘抗体1D1和抗体15A9和15C11的氨基酸序列比对，所述抗体共享表位-结合组。图1M-1显示描绘1D1的VH结构域和各种1D1变体抗TL1A抗体之间共享的百分比氨基酸序列同一性的表。图1M-2显示描绘各种抗TL1A抗体(1D1、15A9、15C11、9B3、26B11、7D4和22F9)的VL结构域之间的百分比氨基酸序列同一性的表。图1M-3显示描绘各种抗TL1A抗体(1D1、15A9、15C11、9B3/26B11VH1、9B3/26B11VH2、26B11MDX、7D4和22F9)的VH结构域之间的百分比氨基酸序列同一性的表。
图2描绘根据表位组显示抗TL1A抗体的文氏图(Venn diagram)。相同圆内的抗体竞争结合至人TL1A，而分开的圆中的抗体不竞争结合人TL1A。
图3描绘根据表位组显示的抗体的抗TL1A抗体的另一个文氏图。相同圆内的抗体竞争结合至人TL1A，而分开的圆中的抗体不竞争结合人TL1A。
图4描绘抗TL1A抗体的表位组的文氏图。相同圆内的抗体竞争结合至鼠TL1A，而分开的圆中的抗体不竞争结合鼠TL1A。该图显示证明多克隆Ab AT127不与另一圆中的抗体(1D1、27F8、11F5、3C5、16B3、20C10、16g9和6D7)中的任何抗体竞争的数据，并且其还显示圆内的所有抗体彼此竞争结合至鼠TL1A。
图5描绘结合至三个TL1A单体(表面模型，其中TL1A分子显示为浅灰色、深灰色和黑色)的三个1D1scFv分子(带状)的共晶结构。1D1的重链更靠近察看者，其中轻链位于其后。
图6描绘1D1scFv的CDRH1(如通过AbM定义)中所选区域的放大图，其说明CDRH1的丝氨酸28残基不具有与TL1A上的任何残基的强H-键配对。
图7描绘如图6中所显示的1D1scFv的CDRH1(如通过AbM定义)中所选区域的放大图。该图显示该模型指示用天冬氨酸取代丝氨酸28提供了强相互作用(例如，H-键和盐桥)的机会。
图8描绘与人TL1A共结晶的抗TL1A抗体7D4的Fab的晶体结构。个体TL1A单体显示为浅灰色、深灰色和黑色的表面。7D4Fab显示为具有深灰色的VL和浅灰色的VH的带状物。
图9描绘与人TL1A共结晶的抗TL1A抗体26B11的Fab的晶体结构的模型。该模型通过单个复合物的晶体结构在TL1A三聚体的结构上的连续迭加形成。个体TL1A单体显示为具有不同灰色色度的表面。26B11Fab显示为具有深灰色的轻链和浅灰色的重链的带状物。
图10描绘与人TL1A共结晶的抗TL1A抗体1D1 1.31的scFv的晶体结构。个体TL1A单体各自显示为浅灰色、深灰色和黑色的表面。1D1 1.31scFv显示在具有浅灰色的重链和深灰色的轻链的带状物中。
图11描绘在围绕抗体的残基58的区域中抗TL1A抗体1D1(亲本)和亲和力优化的1D1 1.31与人TL1A的晶体结构的比较。1D1 1.31显示为黑色(重链在右侧)和深灰色(轻链在左侧)。亲本1D1显示为浅灰色。TL1A显示为细棒。
图12描绘在围绕抗体的残基28的区域中抗TL1A抗体1D1(亲本)和1D1 1.31以及人TL1A的晶体结构的比较。亲本1D1以浅灰色粗棒显示。1D1 1.31以黑色棒显示。TL1A以细棒显示，其中来自亲本1D1共同结构的构象为浅灰色且来自1D1 1.31共同结构的构象为黑色。
图13是描绘在存在和不存在抗TL1A抗体1D1 1.31情况下，通过单核细胞表达膜结合的TL1A(mTL1A)的图。来自全血的人单核细胞通过板结合的IC±1D1 1.31刺激4小时，且显示在通过同种型对照(浅灰色)和未刺激细胞(深灰色)显示的重叠峰右侧的峰。使用抗生蛋白链菌素PE检测且通过流式细胞术测量膜TL1A，以使得细胞表面上的TL1A的量沿着0至105mTL1A的x轴表达为增加的荧光信号。
图14(包含图A至图E)描绘显示通过抗TL1A抗体对NFκB抑制的抑制的图。图14A描绘显示在无GM-CSF的情况下过夜培养之后DR3在TF-1细胞上的组成性表达的图。DR3在TF-1细胞上的组成性表达通过用商购的生物素化抗DR3抗体染色，随后用抗生蛋白链菌素-PE染色来显示。染色之后，通过流式细胞术分析来检查DR3表达。细胞计数相对于平均荧光强度(MFI)作图，作为DR3表达的测量，DR3表达通过用DR3抗体(浅灰色)染色的细胞中的MFI相较于抗生蛋白链菌素-PE对照细胞(深灰色)的增加来显示。图14B描绘显示在TF-1-NFκB-萤光素酶细胞中NFκB活性的TL1A剂量依赖性活化的图。在37℃下用所示pM浓度的TL1A刺激TF-1-NFκB-萤光素酶细胞6小时。通过萤光素酶活性的表达(光度单位)测量NFκB活性。通过光度计测量相对光度单位并相对于TL1A浓度作图。图14C描绘显示在TF-1-NFκB-萤光素酶细胞中响应TL1A刺激通过抗体1D1 1.31活性对NFκB活化剂量依赖性抑制的代表性图。在37℃下，在所示浓度1D1 1.31的存在下通过150pM TL1A刺激TF-1-NFκB-萤光素酶细胞6小时。通过萤光素酶活性的表达测量NFκB活性。通过光度计测量相对光度单位并且相对于1D1 1.31浓度作图。图14D描绘显示在存在或不存在3nM同种型对照抗体的情况下，TF-1-NFκB-萤光素酶细胞中的NFκB活性的TL1A剂量依赖性活化的图。在37℃下，用所示浓度的TL1A并且在存在或不存在3nM同种型对照抗体的情况下刺激TF-1-NFκB-萤光素酶细胞6小时。通过萤光素酶活性的表达测量NFκB活性。通过光度计测量相对光度单位且相对于TL1A浓度作图。图14E描绘显示在TF-1-NFκB-萤光素酶细胞中响应TL1A刺激的NFκB活化的抗破伤风类毒素同种型对照抗体剂量依赖性抑制的图。在37℃下，通过150pM TL1A在所示浓度的同种型对照抗体的存在下刺激TF-1-NFκB-萤光素酶细胞6小时。通过萤光素酶活性的表达测量NFκB活性。通过光度计测量相对光度单位且相对于1D11.31抗体浓度作图。
图15(包含图A和图B)显示通过抗TL1A抗体对TF-1细胞中的半胱天冬酶活性的抑制。图15A描绘显示在TF-1细胞中半胱天冬酶活性的TL1A剂量依赖性活化的图。在37℃下，在环己酰亚胺存在下，用所示浓度的TL1A剌激TF-1细胞6小时。通过半胱天冬酶特异性底物的切割之后释放的萤光素活性来测量半胱天冬酶活性。通过光度计测量相对光度单位且相对于TL1A浓度作图。所示数据显示约94.17的EC50。图15B描绘显示在TF-1细胞中响应TL1A刺激通过抗体1D1 1.31对半胱天冬酶活性的剂量依赖性抑制的图。在37℃下，在环己酰亚胺存在下，在所示浓度的1D1 1.31的存在下通过87pM TL1A刺激TF-1细胞6小时。通过半胱天冬酶特异性底物的切割之后释放的萤光素活性测量半胱天冬酶活性。通过光度计测量相对光度单位并且相对于1D1 1.31浓度作图。所示数据显示Ab 1D1 1.31的约54.26的IC50。
图16(包含图A和图B)描绘通过人全血中的抗TL1A抗体对细胞因子的抑制和消耗。图16A描绘显示在人外周血的免疫复合物(IC)和IL-12和IL-18刺激后通过1D1 1.31对IFNγ分泌的抑制的图。在37℃下在不存在或存在所示1D1 1.31或同种型对照抗体浓度下通过包被有免疫复合物的板刺激用0.5ng/mL重组人IL-12和5ng/mL重组人IL-18处理的人外周血24小时(以分别上调NK/NKT细胞上的DR3和单核细胞上的TL1A)。从这些样品制备血浆，且使用Mesoscale(MSD)试剂盒，通过定量免疫配体结合测定法测量血浆样品中的IFNγ。图16B描绘显示在人外周血的IC和IL-12和IL-18刺激后，无1D1-1.31的可溶性TL1A(sTL1A)上的1D1 1.31减少的图。在37℃下，在不存在或存在所示1D1 1.31或同种型对照抗体浓度下通过包被有免疫复合物的板刺激用0.5ng/mL重组人IL-12和5ng/mL重组人IL-18处理的人外周血24小时(以分别上调NK/NKT细胞上的DR3和单核细胞上的TL1A)。从这些样品制备血浆，且使用Mesoscale(MSD)，通过定量免疫配体结合测定测量血浆样品中的无1D1 1.31的sTL1A
图17(包含图A和图B)描绘在食蟹猕猴全血中通过抗TL1A抗体对细胞因子的抑制和消耗。图17A描绘在食蟹猴外周血的IC和IL-12和IL-18刺激后IFNγ产生的抗体1D1 1.31抑制。在37℃下，在不存在或存在所示1D1 1.31或同种型对照抗体浓度下通过包被有免疫复合物的板刺激用1ng/mL重组人IL-12和10ng/mL重组人IL-18处理的食蟹猴外周血24小时(以分别上调NK/NKT细胞上的DR3和单核细胞上的TL1A)。从这些样品制备血浆，且使用Mesoscale(MSD)试剂盒，通过定量免疫配体结合测定测量血浆样品中的IFNγ。图17B描绘显示在食蟹猴血的IC和IL-12和IL-8刺激下，无抗体1D1-1.31的可溶性TL1A上的减少的图。在37℃下，在不存在或存在所示1D11.31或同种型对照抗体浓度下通过包被有免疫复合物的板刺激用1ng/mL重组人IL-12和10ng/mL重组人IL-18处理的食蟹猴外周血24小时(以分别上调NK/NKT细胞上的DR3和单核细胞上的TL1A)。从这些样品制备血浆，且使用Mesoscale(MSD)试剂盒，通过定量免疫配体结合测定测量血浆样品中的无1D1 1.31的sTL1A。
图18A至图18C显示概述因1D1抗体残基和TL1A残基的配对之间的相互作用而内埋的标准化表面积
Figure BDA0000988789920000561
的表格。1D1残基由链(H表示重链，或L表示轻链)、单字母氨基酸编码和残基数目表示。TL1A残基通过TL1A单体/链(A或B)、单字母氨基酸编码和残基数目表示。形成氢键的配对用“h”指示。形成盐桥的配对用“S”指示。共同配位水分子的配对用“w”指示。
图19A至图19C显示概述因1D1 1.31抗体残基和TL1A残基配对之间的相互作用而内埋的标准化表面积
Figure BDA0000988789920000562
的表格。1D1 1.31残基由链(H表示重链，或L表示轻链)、单字母氨基酸编码和残基数目表示。TL1A残基通过TL1A单体/链(A或B)、单字母氨基酸编码和残基数目表示。形成氢键的配对用“h”指示。形成盐桥的配对用“S”指示。共同配位水分子的配对用“w”指示。
图20显示比较1D1 1.31与TL1A和TNFSF6的结合的图。如材料和方法中所述的测定抗体结合。此图代表一式两份进行的3个独立实验(n＝6)。1D1 1.31以8.4pg/mL的EC50值结合TL1A(倒三角形)，但不结合TNFSF6(星形)。抗TNFSF6抗体以3pg/mL的EC50值结合TNFSF6(圆)。
图21显示证实通过抗TL1A抗体1D1 1.31对生物素化TL1A与表达DR3的HEK293细胞的结合的抑制的图。抗TL1A抗体1D1 1.31以18.68μg/mL的IC50抑制10μg/mL生物素化TL1A与表达DR3的HEK293细胞的结合。
图22A至图22E显示在HDM小鼠模型中施用抗TL1A抗体对气道炎症的结果。施用1D1抗体导致总BAL细胞构成[图22(a)]、BAL嗜酸性粒细胞[图22(b)]、BAL淋巴细胞[图22(c)]和BAL巨噬细胞[图22(d)]的数目显著减少。BAL嗜中性粒细胞数目似乎未受到抗TL1A处理的显著调节[图22(e)]，但值得注意的是BAL嗜中性粒细胞在此模型中代表较小的细胞群体。
图23A至图23C显示概述因7D4抗体残基和TL1A残基配对之间的相互作用而内埋的标准化表面积
Figure BDA0000988789920000571
的表格。7D4残基由链(H表示重链，或L表示轻链)、单字母氨基酸编码和残基数目表示。TL1A残基通过TL1A单体/链(A或B)、单字母氨基酸编码和残基数目表示。形成氢键的配对用“h”指示。形成盐桥的配对用“S”指示。共同配位水分子的配对用“w”指示。
图24A至图24C显示概述因26B11抗体残基和TL1A残基配对之间的相互作用而内埋的标准化表面积
Figure BDA0000988789920000572
的表格。26B11残基由链(H表示重链，或L表示轻链)、单字母氨基酸编码和残基数目表示。TL1A残基通过TL1A单体/链(A或B)、单字母氨基酸编码和残基数目表示。形成氢键的配对用“h”指示。形成盐桥的配对用“S”指示。共同配位水分子的配对用“w”指示。
发明详述
本文公开了特异性结合至TL1A的抗体，且进一步公开了抑制所述TL1A结合至DR3的抗体。提供了制备TL1A抗体的方法、包含这些抗体的组合物和使用这些抗体的方法。TL1A抗体可用于预防、治疗和/或改善由TL1A导致和/或与TL1A相关的疾病、病症或病状，诸如免疫相关或炎性疾病。这样的疾病、病症或病状包括但不限于IBD(包括UC和CD)、哮喘、多发性硬化、银屑病和类风湿性关节炎，以及如由本文中所公开的教导内容提供的本领域技术人员将理解的其它疾病、病症或病状。
通用技术
除非本文中另外定义，否则结合本发明使用的科学和技术术语应具有由本领域普通技术人员通常理解的含义。此外，除非上下文另外需要，否则单数术语应包括复数且复数术语应包括单数。一般而言，本文中所述的与细胞和组织培养、分子生物学、免疫学、微生物学、遗传学和蛋白与核酸化学和杂交结合使用的命名法及技术是本领域中公知且常用的。
除非另外指明，否则本发明的实施将采用在本领域技术人员范围内的分子生物学(包括重组技术)、微生物学、细胞生物学、生物化学和免疫学的常规技术。这样的技术在诸如以下的文献中充分解释：A Laboratory Manual,第二版(Sambrook等人,1989)ColdSpring Harbor Press；Oligonucleotide Synthesis(M.J.Gait,ed.,1984)；Methods inMolecular Biology,Humana Press；Cell Biology:A Laboratory Notebook(J.E.Cellis,ed.,1998)Academic Press；Animal Cell Culture(R.I.Freshney,ed.,1987)；Introduction to Cell and Tissue Culture(J.P.Mather and P.E.Roberts,1998)Plenum Press；Cell and Tissue Culture:Laboratory Procedures(A.Doyle,J.B.Griffiths,and D.G.Newell,eds.,1993-1998)J.Wiley and Sons；Methods inEnzymology(Academic Press,Inc.)；Handbook of Experimental Immunology(D.M.Weirand C.C.Blackwell,eds.)；Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells(J.M.Millerand M.P.Calos,eds.,1987)；Current Protocols in Molecular Biology(F.M.Ausubel等人,eds.,1987)；PCR:The Polymerase Chain Reaction,(Mullis等人,eds.,1994)；Current Protocols in Immunology(J.E.Coligan等人,eds.,1991)；Sambrook andRussell,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,3rd.ed.,Cold Spring HarborLaboratory Press,Cold Spring Harbor,NY(2001)；Ausubel等人,Current Protocols inMolecular Biology,John Wiley&Sons,NY(2002)；Harlow and Lane Using Antibodies:ALaboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,NY(1998)；Coligan等人,Short Protocols in Protein Science,John Wiley&Sons,NY(2003)；Short Protocols in Molecular Biology(Wiley and Sons,1999)；Immunobiology(C.A.Janeway and P.Travers,1997)；Antibodies(P.Finch,1997)；Antibodies:a practical approach(D.Catty.,ed.,IRL Press,1988-1989)；Monoclonalantibodies:a practical approach(P.Shepherd and C.Dean,eds.,Oxford UniversityPress,2000)；Using antibodies:a laboratory manual(E.Harlow and D.Lane (ColdSpring Harbor Laboratory Press,1999)；The Antibodies(M.Zanetti and J.D.Capra,eds.,Harwood Academic Publishers,1995)。
酶促反应和纯化技术是根据制备商的说明书如本领域中通常实现的或如本文中所述的来进行。本文所述的与分析化学、生物化学、免疫学、分子生物学、合成有机化学以及医学和药物化学结合使用的命名法和分析化学、生物化学、免疫学、分子生物学、合成有机化学以及医学和药物化学的实验室程序和技术是本领域中公知且通常使用的。将标准技术用于化学合成、化学分析、药物制备、配制和递送、以及治疗患者。
定义
除非另外指明，否则以下术语将理解为具有以下含义：术语“分离的分子”(其中所述分子是例如多肽、多核苷酸或抗体或其片段)是借助于其衍生的起源或来源(1)不与在其天然状态下伴随其的天然缔合的组分缔合、(2)基本上不含来自相同物种的其它分子、(3)由来自不同物种的细胞表达、或(4)不存在于自然界中的分子。因此，化学合成的或在与其天然来源的细胞不同的细胞系统中表达的分子将是与其天然缔合的组分“分离的”。还可使用本领域中公知的纯化技术，通过分离使分子基本上不含天然缔合的组分。分子纯度或均质性可通过本领域中公知的多种方法测定。例如，多肽样品的纯度可使用聚丙烯酰胺凝胶电泳和凝胶染色以使用本领域中公知的技术使多肽显现来进行测定。出于某些目的，可通过使用HPLC或本领域中公知用于纯化的其它手段来提供较高的分辨率。
如本文中所用，“基本上纯的”意指目标种类是存在的主要种类(即以摩尔计，它比组合物中的任何其它个别种类更丰富)，并且优选地基本上纯化的级分是其中目标种类(例如糖蛋白，包括抗体或受体)包含至少约50％(以摩尔计)的存在的所有大分子种类的组合物。一般而言，基本上纯的组合物将包含超过约80％的存在于组合物中的所有大分子种类，更优选超过约85％、90％、95％和99％。最优选地，将目标种类纯化至基本均质性(通过常规检测方法无法检测到组合物中的污染种类)，其中组合物主要由单一大分子种类组成。
“抗体”是能够通过位于免疫球蛋白分子的可变区中的至少一个抗原识别位点特异性结合至靶诸如碳水化合物、多核苷酸、脂质、多肽等的免疫球蛋白分子。如本文中所使用，除非另外规定，否则该术语不仅包含完整多克隆或单克隆抗体，而且还包含与完整抗体竞争特异性结合的其任何抗原结合部分、包含抗原结合部分的融合蛋白和包含抗原识别位点的免疫球蛋白分子的任何其它经修饰的构型。抗原结合部分包括例如Fab、Fab’、F(ab’)2、Fd、Fv、结构域抗体(dAb，例如鲨鱼和骆驼类抗体)、包含互补决定区(CDR)的片段、单链可变片段抗体(scFv)、maxibody、minibody、intrabody、diabody、triabody、tetrabody、v-NAR和双-scFv，以及含有足以将抗原特异性结合赋予多肽的免疫球蛋白的至少一部分的多肽。抗体包括任何种类的抗体或其抗原结合片段，诸如IgG、IgA或IgM(或其亚类)，并且抗体不需要是任何特定种类。取决于免疫球蛋白的重链恒定区的抗体氨基酸序列，该免疫球蛋白可归于不同种类。存在五种主要类型的免疫球蛋白：IgA、IgD、IgE、IgG和IgM，并且这些免疫球蛋白中的几个可以进一步划分成亚类(同种型)，例如IgG1,IgG2,IgG3,IgG4,IgA1和IgA2。对应于不同种类的免疫球蛋白的重链恒定区分别称为α、δ、ε、γ和μ。不同种类的免疫球蛋白的亚基结构和三维构型是公知的。
如在本文中可互换使用的，术语抗体的“抗原结合部分”或“抗原结合片段”(或简言之“抗体部分”)是指保留特异性结合至抗原(例如TL1A)的能力的抗体的一个或多个片段。已显示抗体的抗原结合功能可由全长抗体的片段来执行。涵盖在术语抗体的“抗原结合部分”内的结合片段的实例包括(i)Fab片段，其是由VL、VH、CL和CH1结构域组成的单价片段；(ii)F(ab’)2片段，其是包含通过二硫桥键在铰链区连接的两个Fab片段的二价片段；(iii)Fd片段，其由VH和CH1结构域组成；(iv)Fv片段，其由抗体单臂的VL和VH结构域组成，(v)dAb片段(Ward等人,(1989)Nature 341:544-546)，其由VH结构域组成；和(vi)分离的互补决定区(CDR)、二硫键连接的Fvs(dsFv)和抗独特型(抗-Id)抗体和intrabody。此外，尽管Fv片段的两个结构域(VL和VH)由单独的基因编码，但它们可使用重组方法通过合成接头连接，所述接头能够使其制备成其中VL和VH区配对以形成单价分子的单个蛋白链(称为单链Fv(scFv))；参见例如Bird等人Science 242：423-426(1988)和Huston等人Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85:5879-5883(1988))。这样的单链抗体还意欲涵盖在术语抗体的“抗原结合部分”内。还涵盖了其它形式的单链抗体，诸如diabody。Diabody是二价的双特异性抗体，其中VH和VL结构域表达在单个多肽链上，但使用的接头太短而不允许相同链上的两个结构域之间配对，从而迫使结构域与另一条链的互补结构域配对并产生两个抗原结合位点(参见例如Holliger等人Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444-6448(1993)；Poljak等人,1994,Structure 2:1121-1123)。
抗体可来源于任何哺乳动物，包括但不限于人、猴、猪、马、兔、狗、猫、小鼠等，或其它动物诸如鸟类(例如鸡)、鱼类(例如鲨鱼)和骆驼类(例如美洲驼)。
抗体的“可变区”是指单独或组合形式的抗体轻链(VL)的可变区或抗体重链(VH)的可变区。如本领域中已知，重链和轻链的可变区各自由通过三个互补决定区(CDR)(也称为高变区)连接的四个构架区(FR)组成，并且促成抗体的抗原结合位点的形成。若需要对象可变区的变体，特别是具有CDR区外部(即在构架区中)的氨基酸残基的取代，则可通过将对象可变区与含有与对象可变区相同的典型种类中的CDR1和CDR2序列的其它抗体的可变区进行比较来鉴定适当的氨基酸取代，优选保守氨基酸取代(Chothia and Lesk,J.Mol.Biol.196(4):901-917,1987)。
在某些实施方案中，CDR的确定性描绘和包含抗体的结合位点的残基的鉴定通过解析抗体的结构和/或解析抗体-配体复合物的结构来实现。在某些实施方案中，这可通过本领域技术人员已知的多种技术中的任何技术来实现，诸如X射线结晶学。在某些实施方案中，可采用各种分析方法来鉴定或近似鉴定CDR区。在某些实施方案中，可采用各种分析方法来鉴定或近似鉴定CDR区。这样的方法的实例包括但不限于Kabat定义、Chothia定义、AbM定义、接触定义和构象定义。
Kabat定义是用于对抗体中的残基进行编号的标准且通常用于鉴定CDR区。参见例如，Johnson&Wu,2000,Nucleic Acids Res.,28:214-8。Chothia定义与Kabat定义相似，但Chothia定义考虑到某些结构环区域的位置。参见例如Chothia等人,1986,J.Mol.Biol.,196:901-17；Chothia等人,1989,Nature,342:877-83。AbM定义使用通过Oxford MolecularGroup开发的模拟抗体结构的计算机程序整合套件。参见例如Martin等人,1989,Proc NatlAcad Sci(USA),86:9268-9272；“AbMTM,A Computer Program for Modeling VariableRegions of Antibodies,”Oxford,UK；Oxford Molecular,Ltd。AbM定义使用知识数据库与从头计算法的组合来从一级序列模拟抗体的三级结构，诸如通过Samudrala等人,1999,“AbInitio Protein Structure Prediction Using a Combined Hierarchical Approach,”in PROTEINS,Structure,Function and Genetics Suppl.,3:194-198所述的。接触定义基于可获得的复合晶体结构的分析。参见例如MacCallum等人,1996,J.Mol.Biol.,5:732-45。在另一种方法(在本文中称作CDR的“构象定义”)中，CDR的位置可鉴定为向抗原结合贡献焓的残基。参见例如Makabe等人,2008,Journal of Biological Chemistry,283:1156-1166。虽然其它CDR边界定义可能不严格遵循上文方法中的一种，但仍然将与Kabat CDR的至少一部分重叠，尽管其可根据以下预测或实验发现而缩短或延长：特定残基或残基群不显著影响抗原结合。如本文中所使用，CDR可指通过本领域中已知的任何方法(包括方法的组合)所定义的CDR。本文中所用的方法可利用根据这些方法中的任何方法所定义的CDR。对于含有多于一个CDR的任何给定实施方案，CDR可根据Kabat、Chothia、延伸的、AbM、接触和/或构象定义中的任一项定义。
如本文中其它地方所概述的，抗体分子的某些位置可变化。如本文中所使用，“位置”意指在蛋白质的序列中的定位。位置可依次编号或根据已建立的格式编号，例如可使用EU索引和Kabat索引对抗体的氨基酸残基进行编号。例如，位置297是人抗体IgG1中的位置。如上文所概述，相应的位置一般通过与其它亲本序列的比对来确定。
如本文中所使用的“残基”意指在蛋白质及其相关氨基酸标识符中的位置。例如，天冬酰胺297(也称为Asn297、也称为N297)是人抗体IgG1中的残基。
如本文中所使用，“单克隆抗体”是指从基本上均质的抗体群体获得的抗体，即除了可少量存在的可能的天然存在的突变外，构成此群体的个体抗体是相同的。单克隆抗体具有高度特异性，其针对单个抗原位点。此外，与通常包括针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制剂相反，各单克隆抗体针对抗原上的单个决定簇。修饰语“单克隆”指示抗体的特征为从基本上均质的抗体群体获得，且不应被解释为需要通过任何特定方法产生所述抗体。例如，根据本发明所使用的单克隆抗体可通过首先由Kohler and Milstein,1975,Nature 256:495所述的杂交瘤方法制备，或可通过重组DNA方法诸如美国专利号4,816,567中所述的方法制备。单克隆抗体还可从例如使用McCafferty等人,1990,Nature348:552-554中所述的技术产生的噬菌体文库中分离。如本文中所使用，“人源化”抗体是指含有来源于非人免疫球蛋白的最小序列的嵌合免疫球蛋白、免疫球蛋白链或其片段(诸如Fv、Fab、Fab'、F(ab')2或抗体的其它抗原结合子序列)的非人(例如鼠)抗体形式。优选地，人源化抗体是具有所需特异性、亲和力和能力的人免疫球蛋白(接受者抗体)，其中来自接受者的CDR的残基被来自非人种类(供者抗体)诸如小鼠、大鼠或兔的CDR的残基置换。人源化抗体可能包含这样的残基，其既未见于接受者抗体中也未见于所导入的CDR或构架序列中但被包含以进一步改善和优化抗体性能。
“人抗体”是具有这样的氨基酸序列的抗体：其对应于由人所产生的抗体的氨基酸序列和/或使用如本文所公开的任何制备人抗体的技术制备。人抗体的此定义特别排除了包含非人抗原结合残基的人源化抗体。
术语“嵌合抗体”意欲指其中可变区序列来源于一个物种且恒定区序列来源于另一物种的抗体，诸如其中可变区序列来源于小鼠抗体且恒定区序列来源于人抗体或反之亦然的抗体。该术语还涵盖包含来自一个物种的一个个体(例如第一小鼠)的V区和来自相同物种的另一个体(例如第二小鼠)的恒定区的抗体。
术语“抗原”和“Ag”是指用于免疫接种免疫活性的脊椎动物以产生识别Ag的抗体(Ab)或筛选表达文库(例如噬菌体、酵母或核糖体展示文库以及其它文库)的分子实体。在本文中，Ag较为广泛地命名并且一般意欲包括由Ab特异性识别的靶分子，因此包括该分子的片段或模拟物，其用于产生Ab的免疫接种法或用于选择Ab的文库筛选中。因此，对于结合至TL1A的本发明的抗体而言，来自哺乳动物物种的全长TL1A(例如人、猴、小鼠和大鼠TL1A)，包括其单体和多聚体(诸如二聚体、三聚体等)以及TL1A的截短及其它变体，被称为抗原。
一般而言，术语“表位”是指与抗体特异性结合的抗原的区域或部位，例如包含与抗体相互作用的接触残基的区域或部位。因此，术语“表位”是指能够在一个或多个抗体抗原结合区上由抗体识别和结合的分子的部分。通常，在抗体或其抗原结合片段与其相对应的抗原之间的分子相互作用的背景下定义表位。表位通常由分子诸如氨基酸或糖侧链的表面分组组成，且具有特定的三维结构特征以及特定的电荷特征。在一些实施方案中，表位可以是蛋白质表位。蛋白质表位可以是线性的或构象的。在线性表位中，蛋白质与相互作用分子(诸如抗体)之间的所有相互作用点沿着蛋白质的一级氨基酸序列线性存在。“非线性表位”或“构象表位”包含在特异于该表位的抗体所结合的抗原蛋白质内的非邻接多肽(或氨基酸)。如本文中所使用，术语“抗原表位”定义为如通过本领域中公知的任何方法(例如通过常规免疫测定法)所确定的可与抗体特异性结合的抗原的一部分。或者，在发现过程期间，抗体的生成和表征可显示关于所需表位的信息。根据此信息，随后可能竞争性筛选结合至相同表位的抗体。实现此的方法是进行竞争和交叉竞争研究以寻找彼此竞争或交叉竞争结合至TL1A的抗体，例如竞争结合至抗原的抗体。
如本文中所使用，术语“野生型氨基酸”、“野生型IgG”、“野生型抗体”或“野生型mAb”是指在某一群体(例如人、小鼠、大鼠、细胞等)内天然存在的氨基酸或核酸的序列。
术语“拮抗剂抗体”是指结合至靶且阻止或降低靶的生物学效应的抗体。在一些实施方案中，该术语可表示这样的抗体，其阻止其所结合的靶执行生物功能例如结合至其同源受体。
如本文中所使用，术语“抗-TL1A拮抗剂抗体”是指能够抑制以下的抗体：TL1A生物活性或包含TL1A的同聚物(诸如同二聚体或同三聚体)的活性和/或由TL1A介导的下游事件，所述事件包括但不限于结合至其受体(包括DR3)和由此调节信号传导。TL1A拮抗剂抗体涵盖阻断、拮抗、抑制或降低(至任何程度，包括显著的程度)TL1A生物活性(包括由TL1A介导的下游事件，诸如DR3结合和下游信号传导)的抗体。出于本发明的目的，将明确理解术语“抗TL1A抗体”(可与“拮抗剂TL1A抗体”、“拮抗剂抗TL1A抗体”、“抗TL1A拮抗剂抗体”互换使用)涵盖所有先前鉴定的术语、标题以及功能性状态和特征，由此TL1A自身、TL1A生物活性(包括但不限于其结合受体的能力)或生物活性的结果以任何有意义的程度受到实质抵消、降低或中和。在一些实施方案中，抗TL1A抗体结合TL1A并阻止其通过DR3结合和传导信号。在一些实施方案中，如本文中所公开的，拮抗剂能力通过基于细胞的测定法诸如NFκB抑制测定法或半胱天冬酶抑制测定法来表征和/或描述。在一些实施方案中，拮抗剂能力以IC50或EC50值来描述。在一些实施方案中，如果本公开内容的TL1A抗体或其抗原结合片段使TL1A活性相对于无抗体存在下的TL1A活性降低5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多，则认为其阻断、拮抗、抑制或降低TL1A活性。
如本领域中已知的，抗体的“恒定区”是指单独或组合形式的抗体轻链的恒定区或抗体重链的恒定区。
术语“多肽”、“寡肽”、“肽”和“蛋白质”在本文中可互换使用，是指任何长度的氨基酸链。所述链可以是直链或分支链，其可包含经修饰的氨基酸，和/或可间杂有非氨基酸。该术语还涵盖已被天然修饰或通过插入修饰的氨基酸链；例如，二硫键形成、糖基化、脂化、乙酰化、磷酸化或任何其它操纵或修饰诸如与标记组分缀合。还包括在定义内的是例如含有氨基酸的一种或多种相似物(包括例如非天然氨基酸等)以及本领域中已知的其它修饰的多肽。应理解，多肽可以以单链或缔合链形式存在。
在本发明的抗原结合蛋白(例如抗体或其抗原结合片段)结合抗原上的氨基酸或结合包含抗原上的氨基酸的表位的上下文中，术语“结合”意指抗原的氨基酸残基与抗原结合蛋白参与静电相互作用，与抗原结合蛋白参与形成氢键，或与抗原结合蛋白参与形成水介导的氢键，或与抗原结合蛋白参与形成盐桥，或其由于与抗原结合蛋白的相互作用而具有内埋表面积的非零变化，和/或抗原氨基酸残基的重原子位于抗原结合蛋白的残基的重原子的
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内。
如本文中关于抗体所使用的，术语“竞争”意指第一抗体或其抗原结合部分以充分相似于第二抗体、其抗原结合部分或不是抗体的配体的结合的方式结合至表位，以使得与第二抗体不存在下第一抗体的结合相比，在第二抗体的存在下第一抗体与其同源表位的结合的结果可检测地减少。以下替代性情况也是可能的但并非一定：在第一抗体存在下第二抗体与其表位的结合也可检测地降低。即，第一抗体可抑制第二抗体与其表位的结合，而第二抗体无需抑制第一抗体与其各自表位的结合。然而，当各抗体在无论相同、较大或较小的程度上可检测地抑制另一抗体与其同源表位或配体的结合时，所述抗体被称为彼此“交叉竞争”结合其各自表位。本发明涵盖竞争抗体和交叉竞争抗体两者。无论这样的竞争或交叉竞争发生的机制(例如位阻、构象变化或结合至共同表位或其部分)如何，本领域技术人员基于本文中所提供了的教导内容将理解，这样的竞争和/或交叉竞争抗体涵盖在且可用于本文中所公开的方法中。
如本文中关于抗体或与其特异性结合的抗原所使用的“接触残基”是指存在于包含至少一个重原子(即非氢)的抗体/抗原上的氨基酸残基，其中所述重原子在存在于同源抗体/抗原上的氨基酸残基的重原子的
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或小于
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之内。
如本文中所使用，当平衡解离常数(KD)等于或小于5nM、优选小于1nM、优选小于100pM、优选小于约50pM、更优选小于约20pM、最优选小于约10pM、更优选小于约5pM、更优选小于约2pM时，抗体与TL1A“相互作用”。术语“解离常数”与“平衡解离常数”有时可互换使用，且是指在平衡下进行滴定测量或通过解离速率常数(koff)除以缔合速率常数(kon)所获得的值。缔合速率常数、解离速率常数和平衡解离常数用于表示抗体与抗原的结合亲和力。用于测定缔合和解离速率常数的方法是本领域中所熟知的。使用基于荧光的技术提供了高灵敏度和检查处于平衡的生理缓冲液中的样品的能力。可使用其它实验方法和仪器，诸如
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(生物分子相互作用分析)分析仪(例如购自BIAcore International AB(GE Healthcare公司，Uppsala,Sweden)的仪器)。另外，还可使用购自SapidyneInstruments(Boise，Id.)的
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(动力学排阻测定)测定。在一个实施方案中，使用表面等离子体共振(SPR)方法(Biacore)测量解离常数。在某些实施方案中，亲和力是如通过SPR测量的KD值。在其它情况下，SPR使用捕获的抗体和溶液相靶。在一些实施方案中，使用抗同种型抗体或其抗原结合部分将捕获的抗体固定于传感器芯片上。例如，抗同种型抗体或其抗原结合部分可以以介于约4,000与约13,000个反应单位之间的密度固定至传感器芯片。还可例如基本上如根据实施例8中示出的方案进行来执行SPR测量。在一些情况下，SPR使用捕获的靶和溶液相抗体。在一些实施方案中，使用Biacore T100或T200仪器进行SPR测量。在另一实施方案中，使用基于溶液的动力学排阻测定(KinExA)测量解离常数。在其它实施方案中，通过基于溶液的动力学排阻测定(KinExA)测量抗体或其抗原结合片段对人TL1A的亲和力。例如，在一些情况下，亲和力是如通过基于溶液的动力学排阻测定(KinExA)测量的KD值。在其它情况下，KinExA使用在固相上捕获的靶和溶液相抗体。在其它情况下，在溶液中预孵育抗体和靶足够长的时间以达到平衡。在一个实施方案中，在抗体和靶已达到平衡之后测量未结合抗体的量。在特定实施方案中，使用KinExA 3200仪器(Sapidyne)进行KinExA测量。在一个实施方案中，当如通过KinExA测量的KD在约20pM至约1pM范围内时抗体与TL1A相互作用。在一个实施方案中，当如通过KinExA测量的KD为约1.38pM时抗体与TL1A相互作用。
多种方法可用于测量抗体与其抗原的结合亲和力，一种这样的方法是KinExATM。动力学排阻测定(KinExATM)是能够测量抗原/抗体相互作用的平衡解离常数以及缔合和解离速率常数的通用免疫测定平台(基本上是流动光谱荧光计)。由于KinExATM在已获得平衡之后进行，所以其是用于在相互作用的解离速率可极其缓慢时测量高亲和力相互作用的KD的有利技术。KinExATM尤其适用于此情况：抗体与抗原的亲和力高于表面等离子体共振分析可精确预测的值。KinExATM方法一般可如通过引用全文并入本文中的Drake等人(2004)Analytical Biochemistry 328,35-43中所述的以及还如在实施例部分中所详述的方式进行。如本文中所使用，术语“表面等离子体共振”是指允许通过例如使用BIACORETM系统检测蛋白质浓度在生物传感器基质内的变化来分析实时生物特异性相互作用的光学现象。
“优先结合”或“特异性结合”(在本文中可互换使用)至表位的抗体是本领域中已清楚理解的术语，并且用于测定这样的特异性或优先结合的方法也是本领域中所熟知的。若分子与特定细胞或物质的反应或缔合比它与替代性细胞或物质的反应或缔合更频繁、更迅速、具有更长持续时间和/或更大亲和力，则称该分子显示“特异性结合”或“优先结合”。若抗体以比它结合至其它物质更大的亲和力、亲合力、更容易和/或以更长持续时间地结合，则该抗体“特异性结合”或“优先结合”至靶。此外，若抗体结合至样品中的靶比它结合至存在于样品中的其它物质具有更大亲和力、亲合力、更容易和/或具有更长持续时间，则该抗体“特异性结合”或“优先结合”至该靶。例如，特异性或优先结合至TL1A表位的抗体是以比它结合至其它TL1A表位或非TL1A表位更大的亲和力、亲合力、更容易和/或以更长持续时间结合此表位的抗体。通过阅读此定义还应理解，例如，特异性或优先结合至第一靶的抗体(或部分或表位)可能或可能不特异性或优先结合至第二靶。由此，“特异性结合”或“优先结合”不必须地要求(尽管其可包括)排他性结合。通常地但非必须地，对结合的提及意指优先结合。“特异性结合”或“优先结合”包括识别并结合至特定分子但基本上不识别或结合样品中的其它分子的化合物，例如蛋白质、核酸、抗体等。例如，识别并结合至样品中的同源配体或结合伴侣(例如结合TL1A的抗TL1A抗体)但基本上不识别或结合样品中的其它分子的抗体或肽受体特异性结合至该同源配体或结合伴侣。因此，在指定的测定条件下，指定的结合部分(例如抗体或其抗原结合部分或受体或其配体结合部分)优先结合至特定靶分子并且不以显著量结合存在于测试样品中的其它组分。
多种测定形式可用于选择特异性结合目标分子的抗体或肽。例如，固相ELISA免疫测定、免疫沉淀、BiacoreTM(GE Healthcare,Piscataway，NJ)、KinExA、荧光活化细胞分选(FACS)、OctetTM(FortéBio,Inc.,Menlo Park,CA)和蛋白印迹分析是可用于鉴定与抗原特异性反应的抗体或与同源配体或结合伴侣特异性结合的受体或其配体结合部分的许多测定法中的一些。通常，特异性或选择性反应将是背景信号或噪声的至少两倍、更通常超过背景的10倍、甚至更通常超过背景的50倍、更通常超过背景的100倍、更通常超过背景的500倍、甚至更通常超过背景的1000倍且甚至更通常超过背景的10,000倍。此外，当平衡解离常数(KD)≤1μM、优选≤100nM、更优选≤10nM、甚至更优选≤1nM、甚至更优选≤100pM、更优选≤10pM和甚至更优选≤1pM时，认为抗体“特异性结合”抗原。
术语“结合亲和力”在本文中用作两个分子例如抗体或其片段与抗原之间的非共价相互作用的强度的测量。术语“结合亲和力”用于描述单价相互作用(固有活性)。
两个分子例如抗体或其片段与抗原之间通过单价相互作用的结合亲和力可通过测定解离常数(KD)来定量。进而，KD可通过使用例如表面等离子体共振(SPR)方法(Biacore)测量复合物形成和解离的动力学来测定。对应于单价复合物的缔合和解离的速率常数分别是指缔合速率常数ka(或kon)和解离速率常数kd(或koff)。KD与ka和kd通过方程式KD＝kd/ka相关联。解离常数的值可通过公知的方法直接测定，并且可通过诸如Caceci等人(1984,Byte9:340-362)中所示的那些方法计算出甚至复杂混合物的解离常数值。例如，KD可使用诸如由Wong和Lohman(1993,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:5428-5432)所公开的双过滤硝酸纤维素过滤器结合测定法来建立。用于评估配体(诸如针对靶抗原的抗体)的结合能力的其它标准测定是本领域中已知的，包括例如ELISA、蛋白印迹、RIA和流式细胞分析和在本文中的其它地方所例示的其它测定。抗体的结合动力学和结合亲和力还可通过本领域中已知的标准测定法来评估，诸如表面等离子体共振(SPR)，例如通过使用BiacoreTM系统或KinExA进行。
可进行其中将抗体与抗原的结合与靶与该靶的另一配体(诸如以其它方式结合靶的另一抗体或可溶性受体)的结合相比较的竞争性结合测定法。发生50％抑制时的浓度称为Ki。在理想条件下Ki等于KD。Ki值应永不小于KD，所以可将Ki的测量方便地替代为提供KD的上限。
遵循以上定义，与不同分子相互作用相关的结合亲和力，例如比较不同抗体针对给定抗原的结合亲和力，可通过比较个体抗体/抗原复合物的KD值来比较。抗体或其它结合伴侣的KD值可使用本领域中良好建立的方法来测定。一种用于测定KD的方法是通过使用通常使用生物传感器系统诸如
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系统的表面等离子体共振。
相似地，相互作用的特异性可通过测定和比较目标相互作用(例如抗体与抗原之间的特异性相互作用)的KD值与非目标相互作用(例如已知不结合TL1A的对照抗体)的KD值来评估。
特异性结合其靶的抗体可以以高亲和力结合其靶，即，如上文所论述的显示低KD；且可以以更低的亲和力结合至其它非靶分子。例如，抗体结合至非靶分子的KD可以是1x 10-6M或高于1x 10-6M、更优选1x 10-5M或高于1x 10-5M、更优选1x 10-4M或高于1x 10-4M、更优选1x 10-3M或高于1x 10-3M、甚至更优选1x 10-2M或高于1x10-2M。本发明的抗体或其抗原结合片段优选能够以其结合至另一非TL1A分子的亲和力的至少两倍、10倍、50倍、100倍、200倍、500倍、1000倍或10,000倍或更高的亲和力结合至其靶。
如本领域中已知，术语“Fc区”用于定义免疫球蛋白重链的C末端区域。“Fc区”可以是天然序列Fc区或变体Fc区。虽然免疫球蛋白重链的Fc区的边界可变化，但人IgG重链Fc区通常定义为从位置Cys226上的氨基酸残基或从Pro230延伸至其羧基末端。Fc区中的残基的编号是如Kabat等人,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5thEd.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.,1991中所述的EU索引的编号。免疫球蛋白的Fc区一般包含两个恒定结构域：CH2和CH3。如本领域中已知的，Fc区可以以二聚体或单体形式存在。
如本文中所使用，“Fc受体”和“FcR”描述结合至抗体的Fc区的受体。优选FcR是天然序列人FcR。此外，优选的FcR结合IgG抗体(γ受体)，且包括FcγRI,FcγRII和FcγRIII亚类(包括这些受体的等位基因变体和可变剪接形式)的受体。FcγRII受体包括FcγRIIA(“活化受体”)和FcγRIIB(“抑制受体”)，其具有主要在其胞质结构域中不同的相似的氨基酸序列。FcR综述于Ravetch and Kinet,1991,Ann.Rev.Immunol.,9:457-92；Capel等人,1994,Immunomethods,4:25-34；和de Haas等人,1995,J.Lab.Clin.Med.,126:330-41中。“FcR”还包括新生儿受体FcRn，其负责转移母体IgG至胎儿(Guyer等人,1976,J.Immunol.,117:587；和Kim等人,1994,J.Immunol.,24:249)。
“功能性Fc区”拥有天然序列Fc区的至少一种效应子功能。示例性“效应子功能”包括C1q结合；补体依赖性细胞毒性；Fc受体结合；抗体依赖性细胞介导的细胞毒性；吞噬作用；下调细胞表面受体(例如B细胞受体)等。这样的效应子功能一般需要Fc区与结合结构域(例如抗体可变结构域或其抗原结合部分)组合并且可使用本领域中已知用于评估这样的抗体效应子功能的各种测定来评估。
“天然序列Fc区”包含与自然界中存在的Fc区的氨基酸序列相同的氨基酸序列。“变体Fc区”包含由于至少一个氨基酸修饰而与天然序列Fc区的氨基酸序列不同但又保留天然序列Fc区的至少一种效应子功能的氨基酸序列。相较于天然序列Fc区或相较于亲本多肽的Fc区，变体Fc区优选具有至少一个氨基酸取代，例如在天然序列Fc区中或在亲本多肽的Fc区中具有约一个至约十个氨基酸取代，优选具有约一个至约五个氨基酸取代。在本文中，变体Fc区将优选与天然序列Fc区和/或与亲本多肽的Fc区具有至少约80％的序列同一性且最优选与其具有至少约90％的序列同一性、更优选与其具有至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％的序列同一性。
如本领域中已知的，如在本文中可互换使用的“多核苷酸”或“核酸”是指任何长度的核苷酸链，包括DNA和RNA。核苷酸可以是脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、经修饰的核苷酸或碱基和/或其相似物、或可通过DNA或RNA聚合酶并入链中的任何底物。多核苷酸可包含经修饰的核苷酸，诸如甲基化的核苷酸及其相似物。若存在，可在链组装之前或之后赋予对核苷酸结构的修饰。核苷酸的序列可间杂有非核苷酸组分。多核苷酸可在聚合后诸如通过与标记组分缀合来进一步修饰。其它类型的修饰包括例如“加帽(cap)”、用相似物取代天然存在的核苷酸中的一个或多个、核苷酸间修饰，诸如具有不带电荷的键联(例如膦酸甲酯、磷酸三酯、磷酰胺酯(phosphoamidate)、氨基甲酸酯等)和具有带电荷的键联(例如硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)的修饰，含有悬垂部分诸如蛋白质(例如核酸酶、毒素、抗体、信号肽、聚-L-赖氨酸等)的修饰、具有嵌入剂(例如吖啶、补骨脂素等)的修饰、含有螯合剂(例如金属、放射性金属、硼、氧化金属等)的修饰、含有烷基化剂的修饰、具有经修饰的键联(例如α异头核酸等)的修饰以及多核苷酸的未经修饰的形式。此外，通常存在于糖中的任何羟基可例如通过膦酸酯基、磷酸基置换，通过标准保护基保护，或经活化以制备与额外核苷酸的另外键联，或可缀合至固体支持物。5'和3'端OH可经磷酸化或用胺基或1至20个碳原子的有机封端基团部分取代。其它羟基也可被衍生为标准保护基。多核苷酸还可含有本领域中一般已知的相似形式的核糖或脱氧核糖，包括例如2'-O-甲基-、2'-O-烯丙基、2'-氟-或2’-叠氮基-核糖、碳环糖相似物、α-或β-异头糖、差向异构糖(诸如阿拉伯糖、木糖或来苏糖)、呱喃糖、呋喃糖、景天庚酮糖、非环相似物和无碱基核苷相似物(诸如甲基核糖苷)。一个或多个磷酸二酯键可被替代性连接基团置换。这些替代性连接基团包括但不限于其中磷酸被P(O)S(“硫代酸酯”)、P(S)S(“二硫代酸酯”)、(O)NR2(“酰胺化物”)、P(O)R、P(O)OR’、CO或CH2(“formacetal”)置换的实施方案，其中每个R或R’独立地是H或任选含有醚(-O-)键、芳基、烯基、环烷基、环烯基或芳烷基的经取代或未经取代的烷基(1-20个C)。并非多核苷酸中的所有键联需要是相同的。前述描述适用于本文中所提及的所有多核苷酸，包括RNA和DNA。
如本文中所使用，“载体”意指能够递送并优选在宿主细胞中表达一个或多个目标基因或序列的构建体。载体的实例包括但不限于病毒载体、裸DNA或RNA表达载体、质粒、黏粒或噬菌体载体、与阳离子缩合剂缔合的DNA或RNA表达载体、封装于脂质体中的DNA或RNA表达载体和某些真核细胞诸如生产细胞。
如本文中所使用，“表达控制序列”意指指导核酸的转录的核酸序列。表达控制序列可以是启动子诸如组成性或诱导性启动子，或增强子。将表达控制序列可操作地连接于待转录的核酸序列。
“宿主细胞”包括可以是或已是用于并入多核苷酸插入物的载体的接受者的个体细胞或细胞培养物。宿主细胞包括单个宿主细胞的后代，并且后代可以由于天然、偶然或故意的突变而不必须地与原始亲本细胞完全相同(在形态上或在基因组DNA互补物上)。宿主细胞包括用本发明的多核苷酸在体内转染和/或转化的细胞。
如本文中所使用，“治疗”是用于获得有益或所需临床结果的方法。出于本发明的目的，有益或所需的临床结果包括但不限于以下的一种或多种：存活率改善(死亡率降低)、对疾病的炎症反应降低、组织纤维化的量降低、疾病病变的外观好转、病理性病变限制于病灶部位、来自疾病的损害程度降低、疾病的持续时间减少和/或与疾病相关的症状的数量减少、程度降低或持续时间缩短。该术语包括施用本发明的化合物或药剂以预防或延缓疾病的症状、并发症或生物化学征候的发作，缓解症状或阻止或抑制疾病、病状或病症进一步发展。治疗可以是在疾病显现后症状的预防性(以预防或延缓疾病发作或预防其临床或亚临床症状显现)或治疗性抑制或缓解。
“改善”意指与未施用TL1A抗体相比，一种或多种症状的减轻或好转。“改善”还包括缩短或减少症状的持续时间。
如本文中所使用，药物、化合物或药物组合物的“有效剂量”或“有效量”是足以影响任何一个或多个有益或所需结果的量。在更具体的方面中，有效量预防、缓解或改善疾病或感染的症状和/或延长治疗的受试者的存活期。对于预防性使用，有益或所需结果包括消除或降低疾病的风险、减轻疾病的严重程度或延缓疾病发作，其中疾病包括疾病的生物化学、组织学和/或行为症状、其并发症和在疾病发展期间所呈现的中间病理表型。对于治疗性使用，有益或所需结果包括临床结果诸如减轻TL1A介导的疾病、病症或病状的一种或多种症状、降低治疗疾病所需的其它药物的剂量、增强另一药物的效应和/或延缓患者的疾病进程。有效剂量可以以一种或多种施用形式施用。出于本发明的目的，药物、化合物或药物组合物的有效剂量是足以直接或间接实现预防性或治疗性治疗的量。如在临床情形下所理解的，药物、化合物或药物组合物的有效剂量可以或不可以连同另一药物、化合物或药物组合物一起实现。因此，“有效剂量”可以被认为处于施用一种或多种治疗剂的背景下，并且如果连同一种或多种其它药剂可实现或已实现所需结果，则单个药剂可被认为是以有效量给出的。
“个体”或“受试者”是哺乳动物，更优选是人。哺乳动物还包括但不限于家畜(例如奶牛、猪、马、鸡等)、运动型动物、宠物、灵长类动物、马、狗、猫、小鼠和大鼠。在一些实施方案中，个体被认为是处于由TL1A与其受体的结合和由此介导的信号传导所介导的或与其相关的疾病、病症或病状的风险下。
如本文所用，“药学上可接受的载体”或“药学上可接受的赋形剂”包括当与活性成分组合时允许成分保持生物活性且不与受试者的免疫系统反应的任何物质。实例包括但不限于任何标准药物载体，诸如磷酸盐缓冲溶液、水、乳液(诸如油/水乳液)和各种类型的湿润剂。对于气雾剂或胃肠外施用优选的稀释剂是磷酸盐缓冲液(PBS)或生理盐水(0.9％)。包含这样的载体的组合物通过熟知的常规方法配制(参见例如Remington'sPharmaceutical Sciences,18th edition,A.Gennaro,ed.,Mack Publishing Co.,Easton,PA,1990；和Remington,The Science and Practice of Pharmacy 20th Ed.MackPublishing,2000)。
本文中对值或参数提及的“约”包括(且描述)针对该值或参数本身的实施方案。例如，提及“约X”的描述包括“X”的描述。数值范围包括定义该范围的数字。一般而言，术语“约”是指变量的指定值并且是指在指定值的实验误差内(例如在平均值的95％置信区间内)或在指定值的10％内的变量的所有值(无论谁更大)。当术语“约”用在时间段(年、月、周、日等)的上下文中时，术语“约”意指时间段加或减下一级时间段的一个量(例如约1年意指11-13个月；约6个月意指6个月加或减1周；约1周意指6-8日等)，或在指定值的10％内(无论谁更大)。
尽管示出本发明的广泛范围的数值范围和参数是近似值，但具体实施例中所示的数值尽可能精确地报告。然而，任何数值均固有地含有由其各自测试测量中发现的标准偏差必然造成的某些误差。此外，本文中所公开的所有范围应理解为涵盖其中所包含的任何和所有子范围。例如，所述的范围“1至10”应视为包括最小值1与最大值10之间(包括1和10)的任何和所有子范围；即以1或大于1的最小值(例如1至6.1)开始和以10或小于10的最大值(例如5.5至10)结束的所有子范围。
应理解在本文中无论何处用语言“包含”描述实施方案时，还提供了以“由……组成”和/或“基本上由……组成”描述的相似实施方案。在整个本说明书和权利要求书中，措辞“包含”或变型诸如“包括”或“含有”应理解为意指包括所述的整数或整数组但不排除任何其它整数或整数组。除非上下文另外需要，否则单数术语应包括复数且复数术语应包括单数。在术语“例如”或“诸如”之后的任何实例并不意指穷尽性或限制性。
当本发明的方面或实施方案以马库什群组或替代物的其它分组进行描述时，本发明不仅涵盖整体列出的整个群组，而且还包含单独群组的每个成员和主群组的所有可能亚组，且还包含缺乏一个或多个群组成员的主群组。本发明还设想了明确排除请求保护的发明中的任何群组成员中的一个或多个。
除非另外定义，否则本文中所用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域的普通技术人员通常所理解的相同的含义。在有冲突的情况下，将以本说明书(包括定义)为准。
虽然与本文所述的方法和材料相似或等价的方法和材料也可用于实施或测试本发明，但本文中描述了示例性方法和材料。材料、方法和实施例仅是举例说明性的且并不意欲是限制性的。
TL1A抗体
本发明涉及结合至TL1A的抗体。抗体优选特异性结合至TL1A。具体地，本发明涉及结合至TL1A并且调节其活性的抗体。例如，本发明的抗体或其抗原结合片段可具有减少或抑制TL1A与其受体DR3的结合和从而减少或抑制下游受体信号传导的能力。本发明还涉及包含这样的抗体的组合物以及这样的抗体的用途，包括治疗性和药物用途。
术语“TL1A”意指TL1A的任何天然存在形式(无论单体或多聚的)，包括二聚体、三聚体等，其可来源于任何合适的生物体。如本文中所使用，“TL1A”是指哺乳动物TL1A，诸如人、大鼠或小鼠以及非人灵长类动物、牛、绵羊或猪TL1A。优选地，TL1A是人TL1A(参见例如Genbank登录号NP_005109，SEQ ID NO：258)。术语“TL1A”还涵盖这样的TL1A分子的片段、变体、异型体和其它同源物。变体TL1A分子将通常表征为具有与天然存在的TL1A相同类型的活性，诸如结合DR3的能力和诱导受体调节的活性的能力。
TL1A可以是同多聚体形式。同多聚体可包含两个、三个、四个、五个、六个或更多个TL1A单体单元。在一些方面中，同多聚体可以是同二聚体或同三聚体。在一些方面中，在同多聚体中存在3个TL1A单体，且TL1A同多聚体是同三聚体。在一些方面中，在TL1A同多聚体中存在2个TL1A单体，且同多聚体是同二聚体。
TL1A可包含一个或多个、两个或两个以上、三个或三个以上、四个或四个以上、五个或五个以上、六个或六个以上、七个或七个以上、八个或八个以上、九个或九个以上、十个或十个以上、十二个或十二个以上或十五个或十五个以上的表面可及的TL1A的残基。当TL1A包含同多聚体形式的TL1A时，靶可包含一个或多个、两个或两个以上、三个或三个以上、四个或四个以上、五个或五个以上、六个或六个以上、七个或七个以上、八个或八个以上、九个或九个以上、十个或十个以上、十二个或十二个以上或十五个或十五个以上的表面可及的TL1A的第一亚基的残基，和一个或多个、两个或两个以上、三个或三个以上、四个或四个以上、五个或五个以上、六个或六个以上、七个或七个以上、八个或八个以上、九个或九个以上、十个或十个以上、十二个或十二个以上或十五个或十五个以上的表面可及的TL1A的第二亚基的残基。
靶分子可包含来自TL1A的已知表位。
本发明的抗体或其抗原结合片段特异性结合TL1A并抑制其与DR3的相互作用，由此抑制TL1A活性。如在本文中可互换使用的，术语“TL1A介导的活性”、“TL1A介导的效应”、“TL1A活性”、“TL1A生物活性”或“TL1A功能”意指通过TL1A与同源受体的相互作用介导的任何活性，包括但不限于TL1A结合至DR3，通过结合DR3，活化细胞因子特别是促炎性细胞因子例如INFγ、IL-6、TNF-α、IL-17、IL-22、IL-4、IL-5、IL-13、IL-25和在本领域技术人员所熟知的其它细胞因子的下游表达/分泌，本领域中已知或未来将示出的TL1A的任何其它活性。
因此，本发明的方法使用本发明的阻断、抑制或降低(例如显著降低)TL1A活性(包括通过TL1A与其受体DR3的结合介导的下游事件)的TL1A抗体或其抗原结合片段。本发明的TL1A抗体或其抗原结合片段可显示以下特征中的任何一个或多个：(a)特异性结合至TL1A；(b)阻断TL1A与其受体DR3的相互作用；(c)阻断、抑制或减少通过DR3活化的下游信号传导事件；和(d)阻断、抑制或降低TL1A调节的活性的任何其它TL1A活性。
在一个实施方案中，本公开内容提供了以下中任一项或包含具有轻链序列或其部分以及重链或其部分的抗体的组合物(包括药物组合物)，所述抗体来源于以下抗体中的任何抗体：1D1,1D1 1.27,1D1 1.28,1D1 1.29,1D1 1.30,1D1 1.31,1D1 1.32,1D1 1.33,1D11.34,15A9,15C11,7D4,22F9,9B3,2B11。
可用于本发明的抗体可包括单克隆抗体、多克隆抗体、抗体片段(例如Fab、Fab’、F(ab’)2、Fv、Fc等)、嵌合抗体、双特异性抗体、异缀合抗体、单链(ScFv)、其突变体、包含抗体部分(例如结构域抗体)的融合蛋白、人源化抗体和包含所需特异性的抗原识别位点的免疫球蛋白分子的任何其它修饰构型，包括抗体的糖基化变体、抗体的氨基酸序列变体和共价经修饰抗体。抗体可以是鼠、大鼠、人或任何其它来源的(包括嵌合或人源化抗体)。在一些实施方案中，TL1A抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中，抗体是嵌合、人源化或人抗体。在特点实施方案中，抗体是人抗体。
在一些情况下，本发明的抗体通过互补决定区(“CDR”)定义。在某些情况下，CDR在人可变结构域中。在另一实施方案中，CDR在人源化可变结构域内。在其它实施方案中，CDR在嵌合可变结构域内。根据本发明的抗体或其抗原结合片段包括任何种类的抗体或其抗原结合片段，诸如IgG、IgA、IgE或IgM(或其亚类)。在一个实施方案中，抗体是IgG，包括任何主要亚类(例如IgG1,IgG2,IgG3,IgG4)。在一个实施方案中，抗体是亚型IgG1。在另一实施方案中，抗体是亚型IgG2。在其它情况下，抗体可以是IgG4亚型。在其它情况下，抗体可以是IgG3。在其它情况下，抗体可以是IgA抗体，包括其任何亚型。在一个实施方案中，抗体是IgA1。在另一实施方案中，抗体是IgA2。
在一个实施方案中，根据本发明的抗体或其抗原结合片段包含可变区，其包含构架区，其中所述构架区选自IgG、IgA、IgM、IgE和IgD构架区。在另一实施方案中，根据本发明的抗体或其抗原结合片段包含可变区，其包含构架区，其中所述构架区选自IgG1,IgG2,IgG3,IgG4构架区。在另一实施方案中，根据本发明的抗体或其抗原结合片段包含可变区，其包含构架区，其中所述构架区选自人、人源化和嵌合的构架区。
本发明的TL1A抗体可通过本领域中已知的任何方法制备。用于产生人和小鼠抗体的一般技术是本领域中已知的和/或描述于本文中。
可采用本领域中已知的方法来检测和/或测量通过本文中所述的抗体或抗原结合片段介导的TL1A活性的减少、改善或中和。在一些实施方案中，通过用TL1A孵育候选试剂(例如DR3)并监测TL1A的结合和/或所伴随的TL1A的生物活性的减少或抑制，来鉴定TL1A抗体。可用例如纯化的TL1A多肽或用天然表达各种受体或经转染以表达TL1A受体的细胞进行结合测定。在一个实施方案中，结合测定是评估候选抗体与已知TL1A抗体竞争结合TL1A的能力的竞争性结合测定。测定可以以各种形式包括ELISA形式进行。在一些实施方案中，通过用TL1A孵育候选抗体并监测结合来鉴定TL1A抗体。在一些实施方案中，通过用TL1A孵育候选抗体(例如人抗TL1A抗体)并监测第二TL1A抗体与TL1A的结合以评估一种抗体是否与第二抗体竞争结合TL1A，来鉴定TL1A抗体。
此外，可通过已知用于测试靶向生物活性的生物测定来测量候选TL1A抗体的活性。在一些实施方案中，使用体外细胞测定来进一步表征候选TL1A抗体。例如，可使用生物测定直接筛选候选物。用于鉴定和表征TL1A抗体的一些方法详细描述于实施例中。
如上文所论述的，本发明的TL1A抗体显示以下特征中的一个或多个：(a)特异性结合至TL1A；(b)阻断TL1A与其受体DR3的相互作用；和(c)减弱或阻断下游信号传导事件。优选地，本发明的TL1A抗体或其抗原结合片段具有这些特征中的至少一个；更优选地，抗体具有这些特征中的两个或多于两个。更优选地，抗体具有所有特征。
TL1A表位
TL1A抗体可使用本领域中公知的其它方法表征。例如，一种方法是鉴定其结合的表位或“表位作图”。本领域中存在用于作图和表征蛋白质上的表位的位置的许多已知方法，包括解析抗体-抗原复合物的晶体结构、竞争测定、基因片段表达测定和基于合成肽的测定，如例如Harlow and Lane,Using Antibodies,a Laboratory Manual,Cold SpringHarbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,New York,1999的第11章中描述的。在其它实例中，表位作图可用于测定与TL1A抗体结合的序列。表位作图可商购自各种来源，例如Pepscan Systems(Edelhertweg 15,8219PH Lelystad,The Netherlands)。表位可以是线性表位，即包含于氨基酸的单个伸展中，或可不必须地包含于单个伸展中的由氨基酸的三维相互作用形成的构象表位。不同长度(例如至少4-6个氨基酸长)的肽可被分离或合成(例如重组地)并用于与TL1A抗体的结合测定。在另一实例中，与TL1A抗体结合的表位可以在通过使用来源于TL1A序列的重叠肽和测定与抗体的结合的系统筛选中测定。根据基因片段表达测定，可将编码TL1A的开放阅读框随机地或通过特定基因结构片段化并测定TL1A的表达片段与待测试的抗体的反应性。基因片段可例如通过PCR产生并随后在放射性氨基酸的存在下体外转录和翻译成蛋白质。随后通过免疫沉淀和凝胶电泳测定抗体与放射性标记的TL1A片段的结合。还可通过使用在噬菌体颗粒(噬菌体文库)或酵母(酵母展示)的表面上展示的随机肽序列的大型文库来鉴定某些表位。或者，可在简单结合测定中测试重叠肽片段的确定文库对测试抗体的结合。在另一实例中，可进行抗原的诱变、结构域交换实验和丙氨酸扫描诱变来鉴定表位结合所需、所足够和/或所必需的残基。例如，可使用其中TL1A多肽的各种残基已由丙氨酸置换的突变TL1A进行丙氨酸扫描诱变实验。通过评估抗体与突变TL1A的结合，可评估特定TL1A残基对抗体结合的重要性。
可用于表征TL1A抗体的另一种方法是使用与已知结合至相同抗原(即TL1A上的各种片段)的其它抗体的竞争测定法来测定TL1A抗体是否结合至与其它抗体相同的表位。竞争测定是本领域技术人员所熟知的。
此外，可使用多种实验和计算表位作图方法以不同详细水平定义和表征给定抗体/抗原结合对的表位。实验方法包括诱变、X射线结晶、核磁共振(NMR)光谱分析、氢/氘交换质谱分析(H/D-MS)和本领域中公知的各种竞争结合方法。由于各方法依赖于独特的原理，所以表位的描述与用于测定所述表位的方法密切相关。因此，取决于所采用的表位作图方法，将不同地定义给定抗体/抗原对的表位。
在其最详细的水平下，Ag与Ab之间相互作用的表位可通过定义存在于Ag-Ab相互作用中的原子接触的空间坐标以及关于其对结合热力学的相对贡献的信息来定义。在不太详细的水平下，表位可通过定义Ag与Ab之间原子接触的空间坐标来表征。在进一步较不详细的水平下，表位可通过其所包含的如通过特定标准(例如通过Ab和Ag中的原子(例如重原子，即非氢原子)之间距离)所定义的氨基酸残基来表征。在进一步较不详细的水平下，表位可通过功能，例如通过与其它Ab的竞争结合来表征。表位还可更一般地定义为包含氨基酸残基，对于所述氨基酸残基，另一氨基酸的取代将改变Ab与Ag之间相互作用的特征(例如使用丙氨酸扫描)。
在通过抗体(例如，Fab片段)与其Ag之间的复合物的空间坐标所定义的X射线衍生晶体结构的上下文中，除非另外指定或上下文相矛盾，否则本文中的术语“表位”具体定义为特征在于具有与Ab中的重原子的距离在
Figure BDA0000988789920000821
内的重原子(即非氢原子)的TL1A残基。或者，如果给定TL1A氨基酸残基与抗体或与水分子(其还与抗体氢键合)(水介导的氢键合)参与形成氢键，或其与抗体上的残基参与形成盐桥，或如果其由于与抗体的相互作用而产生内埋表面积的非零变化，则将该给定TL1A氨基酸残基视为表位的部分。或者，如果给定TL1A氨基酸残基与抗体参与形成氢键，或如果其与水分子(其还与抗体氢键合)(水介导的氢键合)氢键合，或如果其与抗体上的残基参与形成盐桥，或如果其由于与抗体的相互作用而产生内埋表面积的非零变化，则将该给定TL1A氨基酸残基视为表位的部分。因此，如果满足这些条件中的至少一个，例如TL1A氨基酸残基具有与抗体的氨基酸残基上的重原子距离在
Figure BDA0000988789920000831
内的重原子、TL1A氨基酸残基与抗体的氨基酸残基参与形成氢键、TL1A氨基酸残基与水分子(其中相同水分子还与抗体的氨基酸残基氢键合)氢键合、TL1A氨基酸残基与抗体的氨基酸残基参与形成盐桥和TL1A氨基酸残基由于与抗体的相互作用而产生内埋表面积的非零变化，则将抗体上的氨基酸视为“结合”TL1A上的氨基酸。
由于取决于所使用的表位作图方法，表位的描述和定义以不同的详细水平获得的事实，因此可相似地以不同的详细水平进行相同Ag上的针对不同Ab的表位的比较。
如果在氨基酸水平上描述的(例如由X射线结构测定的)表位含有相同的氨基酸残基组，则称其是相同的。如果表位共享至少一个氨基酸，则所述表位被称为是重叠的。如果表位不共享氨基酸残基，则所述表位被称为是单独(独特)的。
如果相应抗体的结合是相互排斥的，即一个抗体的结合排斥其它抗体的同时或连续结合，则通过竞争结合表征的表位被称为是重叠的。如果抗原能够同时容纳两种相应抗体的结合，则表位被称为是单独(独特)的。
术语“互补位”的定义来源于对“表位”的上文定义的关系逆转。因此，术语“互补位”是指特异性结合抗原的抗体上的区域或部位，即以如本文中其它地方所定义的“接触”方式与抗原(TL1A)进行接触的抗体上的氨基酸残基。
在通过抗体(例如Fab片段或两个Fab片段)与其抗原之间复合物的空间坐标所定义的X射线衍生晶体结构的上下文中，除非另外指定或上下文相矛盾，否则本文中的术语“互补位”具体定义为特征在于具有与TL1A中的重原子的距离在
Figure BDA0000988789920000841
内的重原子(即非氢原子)的抗原残基。替代地或另外地，如果给定TL1A氨基酸残基与抗体或与水分子(其还与抗体氢键合)(水介导的氢键合)参与形成氢键，或其与抗体上的残基参与形成盐桥，或如果其由于与抗体的相互作用而产生内埋表面积中的非零变化，则该给定TL1A氨基酸残基被视为表位的部分。根据前文的任何氨基酸被称为彼此“接触”。
给定抗体/抗原对的表位和互补位可通过常规方法来鉴定。例如，表位的一般位置可通过评估抗体结合至不同片段或变体TL1A多肽的能力来确定。与抗体进行接触的TL1A内的特定氨基酸(表位)和与TL1A进行接触的抗体中的特定氨基酸(互补位)还可使用常规方法诸如实施例中描述的那些方法来测定。例如，可将抗体和靶分子组合并可使抗体/抗原复合物结晶。可测定复合物的晶体结构并用于鉴定抗体与其靶之间相互作用的特定位点。
根据本发明的抗体或其抗原结合片段可结合至与本文中所具体公开的本发明的抗体相同的TL1A表位或结构域。例如，本发明的其它尚未鉴定的抗体可通过将其与TL1A的结合与以下单克隆抗体中的任何抗体与TL1A的结合相比较来鉴定：1D1,1D1 1.27,1D11.28,1D11.29,1D1 1.30,1D1 1.31,1D1 1.32,1D1 1.33,1D1 1.34,15A9,15C11,7D4,22F9,9B3,2B11及其变体；或通过将尚未鉴定的抗体的功能与本文中所述的抗体的功能相比较来鉴定；和/或通过将尚未鉴定的抗体的TL1A上的表位/接触残基与本发明的抗体的TL1A上的表位/接触残基相比较来鉴定。可用于这样的鉴定目的的分析和测定包括在如实施例10-14中所述的生物活性测定中和在抗体的晶体结构的分析中评估目标抗体或其抗原结合片段与DR3之间针对结合TL1A的竞争的测定。
如本文所公开的，针对1D1亲本抗体与TL1A和变体抗体1D11.31与TL1A之间的相互作用进行这样的晶体结构分析。该分析更详细地描述于实施例中。抗体1D1与TL1A和抗体1D1 1.31与TL1A的结合表位如同样在实施例中更详细描述地来作图。
本文中还公开了TL1A与其天然配体DR3之间的详细相互作用。由此，预期在与DR3相同的氨基酸残基处“接触”TL1A的抗体将干扰TL1A与DR3之间的相互作用。由此，在一些实施方案中，由本发明的抗体或其抗原结合片段结合的TL1A表位包含选自以下的TL1A残基中的一个或多个：T30(T100),V31(V101),V32(V102),R33(R103),E50(E120),L53(L123),G54(G124),R86(R156),G87(G157),M88(M158),S136(S206),N137(N207),F139(F209),S164(S234),L165(L235),Y168(Y238),T169(T239),K170(K240),E171(E241),N42(N112),F44(F114),K103(K173),P104(P174),D105(D175),S106(S176),S117(S187),Y118(Y188),P119(P189),E120(E190),Q151(Q221)，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号[圆括号中为SEQ ID NO：258的编号]。
如展示与配体DR3和抗体1D1 1.31、1D1、26B11和7B4相互作用的TL1A的氨基酸的表42中所示，本文中所述的几种抗体与那些与配体DR3相互作用的氨基酸相同的氨基酸相互作用。因此，在特定实施方案中，与抗体结合的TL1A表位包含选自以下的TL1A残基中的一个或多个：V31(V101),V32(V102),R33(R103),E50(E120),L53(L123),G54(G124),R86(R156),G87(G157),M88(M158),S136(S206),N137(N207),S164(S234),L165(L235),Y168(Y238),T169(T239),K170(K240),E171(E241),S117(S187),Y118(Y188),P119(P189),和Q151(Q221)，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号[圆括号中为SEQID NO：258的编号]。
如图5中所描绘的，在一些实施方案中，TL1A抗体1D1和1D11.31结合至两个TL1A单体之间的TL1A同三聚体。因此，单个1D1或1D1 1.31可同时结合至两个TL1A单体，且单个抗体不太可能结合至单个TL1A单体上的所有表位残基。或者，有可能本发明的一个TL1A抗体或其抗原结合片段可结合TL1A上蛋白质的一些表位，而另一TL1A抗体结合其它表位。
因此，在一些实施方案中，与本发明的抗体或其抗原结合片段结合的TL1A表位包含选自K113,T115,S117,Y118,P119,P121,T122,Q123,M147,F148,S149,Q151,V31,V32,R33,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,T58,E91,Y168,T169,K170和E171的TL1A残基中的一个或多个，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。鉴于抗体1D1和1D1 1.31与两个TL1A单体之间的TL1A的结合的几何学，一些结合残基发现于第一单体(也称为TL1A的链A的单体A)上，且其它结合残基发现于第二单体(也称为TL1A的链B的单体B)上。具体地，单体A上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自K113,T115,S117,Y118,P119,P121,T122,Q123,M147,F148,S149和Q151，且单体B上的一个或多个TL1A结合表位残基选自V31,V32,R33,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,T58,E91,Y168,T169,K170和E171。在一些实施方案中，发现于单体A上的表位与一个TL1A抗体结合，而发现于单体B上的表位结合另一TL1A抗体。
在另一实施方案中，本公开内容的TL1A抗体或其抗原结合片段结合至TL1A上的包含选自K113,Y118,T122,Q123,M147,F148,S149,Q151,V31,V32,R33,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,Y168,T169,K170和E171的一个或多个TL1A残基的表位，其根据SEQ IDNO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号，其中单体A上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自K113,Y118,T122,Q123,M147,F148,S149,Q151，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且其中单体B上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自V31,V32,R33,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,Y168,T169,K170和E171，其根据SEQ IDNO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
在其它实施方案中，TL1A表位可包含选自K113,Y118,T122,M147,S149,Q151,V32,R33,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,Y168,T169,K170和E171的氨基酸残基，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号，其中单体A上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自K113,Y118,T122,M147,S149和Q151，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且其中单体B上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自V32,R33,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,Y168,T169,K170和E171，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号，其中所述残基参与本发明的TL1A抗体或其抗原结合片段与TL1A之间的静电相互作用，或当结合至本发明的TL1A抗体或其抗原结合片段时，围绕残基的内埋表面积大于
Figure BDA0000988789920000872
在另一实施方案中，TL1A表位可包含选自K113,Y118,T122,S149,R33,E50,E52,L53,A56,F57,Y168,T169和E171的氨基酸残基，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号，其中单体A上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自K113、Y118、T122和S149，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且单体B上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自R33,E50,E52,L53,A56,F57,Y168,T169和E171，其根据SEQID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；其中所述残基参与本发明的TL1A抗体或其抗原结合片段与TL1A之间的静电相互作用，或当结合至本发明的TL1A抗体或其抗原结合片段时，围绕残基的内埋表面积大于
Figure BDA0000988789920000871
在一些实施方案中，与本公开内容的TL1A抗体结合的TL1A表位选自SEQ ID NO：254的一个或多个氨基酸残基117-123和SEQ ID NO：254的残基50-158，其中单体A上的残基中的一个或多个选自SEQ ID NO：254的残基117-123，且单体B上的残基中的一个或多个选自SEQ ID NO：254的残基50-58。
在另一实施方案中，本公开内容的TL1A抗体或其抗原结合片段结合至TL1A上的包含选自K113,Y118,T122,S149,E50,E52,L53,A56,Y168,T169和E171的一个或多个TL1A残基的表位，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号，其中单体A上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自K113、Y118、T122和S149，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且其中单体B上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自E50,E52,L53,A56,Y168,T169和E171，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
在其它实施方案中，本公开内容的TL1A抗体或其抗原结合片段结合至TL1A上的包含选自K113、Y118、T122、S149、E50、E52、A56和Y168的一个或多个TL1A残基的表位，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号，其中单体A上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自K113、Y118、T122和S149，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且其中单体B上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自E50、E52、A56和Y168，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
在另一实施方案中，本公开内容的TL1A抗体或其抗原结合片段结合至TL1A上的包含选自K113、Y118、P119、T122、Q123、F148、S149、Q151、V31、V32、R33、E50、E52、L53、G54、L55、A56、F57、E91、Y168、T169、K170和E171的一个或多个TL1A残基的表位，其根据SEQ IDNO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号，其中单体A上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自K113,Y118,P119,T122,Q123,F148,S149和Q151，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且其中单体B上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自V31,V32,R33,E50,E52,L53,G54,L55,A56,F57,E91,Y168,T169,K170和E171，其根据SEQ IDNO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；其中当发现结合的TL1A与1D1一起时，所述残基的重原子发现于抗体1D1 1.31的氨基酸残基的重原子的
Figure BDA0000988789920000881
内。
在一些实施方案中，本公开内容的TL1A抗体或其抗原结合片段结合至TL1A上的包含选自K113,Y118,T122,F148,S149,V31,V32,E50,E52,L53,G54,L55,A56,Y168,T169,K170和E171的一个或多个TL1A残基的表位，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号，其中单体A上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自K113、Y118、T122、F148和S149，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且其中单体B上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自V31,V32,E50,E52,L53,G54,L55,A56,Y168,T169,K170和E171，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；其中当TL1A抗体结合至TL1A时，TL1A表位残基发现于TL1A抗体的残基的
Figure BDA0000988789920000891
内。
在另一实施方案中，抗体1D1结合至包含TL1A上的选自K113,T115,Y118,P121,T122,Q123,M147,F148,S149,Q151,V31,V32,R33,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,T58,E91,Y168,T169,K170和E171的一个或多个TL1A残基的表位，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号，其中单体A上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自K113,T115,Y118,P121,T122,Q123,M147,F148,S149和Q151，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且其中单体B上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自V31,V32,R33,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,T58,E91,Y168,T169,K170和E171，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
在其它实施方案中，抗体1D1结合至TL1A上的包含选自Y118,M147,S149,R33,E50,E52,L55,A56和Y168的一个或多个TL1A残基的表位，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号，其中单体A上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自Y118、M147和S149，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且其中单体B上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自R33,E50,E52,L55,A56和Y168，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；其中表位参与抗体1D1与TL1A之间的静电相互作用。
在其它实施方案中，抗体1D1结合至TL1A上的包含选自K113,Y118,T122,S149,Q151,R33,E50,E52,L53,G54,L55,A56,F57,T58,Y168,T169,K170和E171的一个或多个TL1A残基的表位，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号，其中单体A上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自K113,Y118,T122,S149和Q151，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且其中单体B上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自R33,E50,E52,L53,G54,L55,A56,F57,T58,Y168,T169和E171，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；其中表位参与抗体1D1与TL1A之间的静电相互作用，或当结合至本发明的TL1A抗体或其抗原结合片段时，围绕残基的内埋表面积大于
Figure BDA0000988789920000901
在一些实施方案中，抗体1D1结合至L1A上的包含选自Y118、E50、E52和L53的一个或多个TL1A残基的表位，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号，其中Y118发现于单体A上；且其中单体B上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自E50、E52、L53，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；其中表位参与抗体1D1与TL1A之间的盐桥相互作用，或当结合至本发明的TL1A抗体或其抗原结合片段时，围绕残基的内埋表面积大于
Figure BDA0000988789920000902
在另一实施方案中，抗体1D1结合至TL1A上的包含选自K113,Y118,T122,F148,S149,Q151,V31,V32,R33,E50,E52,L53,G54,L55,A56,F57,E91,Y168,T169,K170和E171的一个或多个TL1A残基的表位，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号，其中单体A上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自K113,Y118,T122,F148,S149和Q151，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且其中单体B上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自V31,V32,R33,E50,E52,L53,G54,L55,A56,F57,E91,Y168,T169,K170和E171，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；其中当发现结合的TL1A与1D1一起时，所述残基发现于抗体1D1的
Figure BDA0000988789920000911
内。
在另一实施方案中，抗体1D1 1.31结合至包含TL1A上的选自K113,S117,Y118,P119,T122,Q123,M147,F148,S149,Q151,V31,V32,R33,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,Y168,T169,K170和E171的一个或多个TL1A残基的表位，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号，其中单体A上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自K113,S117,Y118,P119,T122,Q123,M147,F148,S149和Q151，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且其中单体B上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自V31,V32,R33,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,Y168,T169,K170和E171，其根据SEQ IDNO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
在其它实施方案中，抗体1D1 1.31结合至TL1A上的包含选自K113,T122,S149,E50,E52,A56,Y168,T169和E171的一个或多个TL1A残基的表位，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号，其中单体A上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自K113、T122和S149，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且其中单体B上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自E50,E52,A56,Y168,T169和E171，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；其中表位参与抗体1D1 1.31与TL1A之间的静电相互作用。
在其它实施方案中，抗体1D1 1.31结合至TL1A上的包含选自K113,S117,Y118,T122,S149,Q151,R33,E50,E52,L53,G54,L55,A56,F57,Y168,T169和E171的一个或多个TL1A残基的表位，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号，其中其单体A上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自K113,S117,Y118,T122,S149和Q151，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且其中单体B上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自R33,E50,E52,L53,G54,L55,A56,F57,Y168,T169和E171，其根据SEQID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；其中表位参与抗体1D1 1.31与TL1A之间的静电相互作用，或当结合至抗体1D1 1.31时，围绕残基的内埋表面积大于
Figure BDA0000988789920000921
在一些实施方案中，抗体1D1 1.31结合至TL1A上的包含选自K113,Y118,T122,E50,E52和L53的一个或多个TL1A残基的表位，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号，其中单体A上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自K113、Y118和T122；且其中单体B上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自E50、E52、L53，其根据SEQID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号：其中表位参与抗体1D1与TL1A之间的盐桥相互作用，或当结合至本发明的TL1A抗体或其抗原结合片段时，围绕残基的内埋表面积大于
Figure BDA0000988789920000922
在另一实施方案中，抗体1D1 1.31结合至TL1A上的包含选自K113,Y118,P119,T122,Q123,F148,S149,V31,V32,E50,E52,L53,G54,L55,A56,Y168,T169,K170和E171的一个或多个TL1A残基的表位，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号，其中单体A上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自K113,Y118,P119,T122,Q123,F148和S149，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；且其中单体B上的TL1A结合表位残基中的一个或多个选自V31,V32,E50,E52,L53,G54,L55,A56,Y168,T169,K170和E171，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；其中当发现结合的TL1A与1D1一起时，残基发现于抗体1D1 1.31的
Figure BDA0000988789920000923
内。
在其它实施方案中，抗体1D1包含互补位，其包含选自基于关于序列SEQ ID NO：104的Kabat编号的Gly26,Tyr27,Ser28,Thr30,Tyr31,Trp50,Tyr53,Asn54,Asn56,Asn58,Thr73,Arg76,Tyr97,Gly99,Ser100,Gly100A,Ser100B和Arg100D的一个或多个重链可变结构域残基，和选自基于关于序列SEQ ID NO：102的Kabat编号的Tyr32和Trp94的一个或多个轻链可变结构域残基。
在另一实施方案中，抗体1D1 1.31包含互补位，其包含选自基于关于序列SEQ IDNO：104的Kabat编号的Gly26,Asp28,Thr30,Tyr31,Trp50,Tyr53,Asn54,Asn56,His58,Thr73,Arg76,Tyr97,Gly99,Ser100,Gly100A,Ser100B和Arg100D的一个或多个重链可变结构域残基，和选自基于关于序列SEQ ID NO：102的Kabat编号的Tyr32和Trp94的一个或多个轻链可变结构域残基。
如本文中所述，本发明的抗体或其抗原结合片段可具有与本发明的另一抗体或其抗原结合片段竞争或交叉竞争结合至TL1A的能力。例如，本发明的抗体或其抗原结合片段可与本文中所述的抗体竞争或交叉竞争结合至TL1A或结合至与本文中所公开的抗体结合的TL1A的合适片段或变体。
也就是说，如果第一抗体与第二抗体竞争结合至TL1A，但当第二抗体首先结合至TL1A时，所述第一抗体不进行竞争，则仍然认为其与第二抗体竞争(也称为单向竞争)。当无论哪一抗体首先结合至TL1A，抗体均与另一抗体竞争时，则抗体与另一抗体交叉竞争结合至TL1A。这样的竞争或交叉竞争抗体可基于其在标准结合测定中与本发明的已知抗体或其抗原结合片段竞争/交叉竞争的能力来鉴定。例如，可使用例如通过使用BiacoreTM系统的SPR、ELISA测定或流式细胞术来显示竞争/交叉竞争。这样的竞争/交叉竞争可表明两种抗体结合至相同、重叠或相似的表位。
因此，可通过包含结合测定的方法来鉴定本发明的抗体或其抗原结合片段，其中所述结合测定评估测试抗体是否能够与本发明的参考抗体或其抗原结合片段(例如1D1、1D1变体、7D4、9B3和26B11以及其它)竞争/交叉竞争靶分子上的结合位点。用于进行竞争性结合测定的方法公开于本文中和/或是本领域中公知的。例如，其可牵涉使用抗体可结合至靶分子的条件使本发明的参考抗体或其抗原结合片段结合至靶分子。随后抗体/靶复合物可暴露于测试/第二抗体，并且可评估测试抗体能够从抗体/靶复合物置换本发明的参考抗体或其抗原结合片段的程度。替代方法可牵涉在允许抗体结合的条件下使测试抗体与靶分子接触，随后添加本发明的能够结合该靶分子的参考抗体或其抗原结合片段，并评估本发明的参考抗体或其抗原结合片段能够从抗体/靶复合物置换测试抗体或同时结合至靶(即非竞争抗体)的程度。
测试抗体抑制本发明的参考抗体或其抗原结合片段与靶结合的能力显示，测试抗体可与本发明的参考抗体或其抗原结合片段竞争结合至靶，并因此测试抗体与本发明的参考抗体或其抗原结合片段结合至TL1A蛋白质上的相同或基本上相同的表位或区域。在这样的方法中鉴定为与本发明的参考抗体或其抗原结合片段竞争的测试抗体也是本发明的抗体或其抗原结合片段。测试抗体可与本发明的参考抗体或其抗原结合片段在相同区域中结合TL1A且可与本发明的参考抗体或其抗原结合片段竞争的事实表明，测试抗体可用作在与本发明的抗体或其抗原结合片段相同的结合位点上的配体，且因此测试抗体可模拟参考抗体的作用并因此是本发明的抗体或其抗原结合片段。这可通过使用如本文中其它地方更全面描述的测定，在其它方面相同的条件下比较在测试抗体存在下TL1A的活性与在参考抗体存在下TL1A的活性来确认。
本发明的参考抗体或其抗原结合片段可以是如本文中所述的抗体，诸如本文中所述的保留结合至TL1A的能力的1D1,1D1 1.27,1D11.28,1D1 1.29,1D1 1.30,1D1 1.31,1D11.32,1D1 1.33,1D1 1.34,15A9,15C11,7D4,22F9,9B3,2B11或其任何变体或片段。本发明的抗体或其抗原结合片段可与本文中所述的参考抗体或如本文中所述的保留结合至TL1A的能力的其任何变体或片段结合至相同的表位。
如先前在本文中其它地方所述的，特异性结合可以关于抗体与非靶分子的结合来评估。此比较可通过比较抗体与靶和与另一分子结合的能力来进行。此比较可如上文所述在KD或Ki的评估中进行。用于这样的比较的其它分子可以是非靶分子的任何分子。优选地，其它分子与靶分子不相同。优选地，靶分子不是靶分子的片段。
本发明的抗体或其抗原结合片段的KD可小于50nM，诸如小于10nM、诸如小于5nM、诸如小于1nM、诸如小于750pM、诸如小于500pM、诸如小于100pM、诸如小于50pM、诸如小于25pM、诸如小于20pM、诸如小于10pM、诸如小于9pM、诸如小于9pM、诸如小于7pM、诸如小于6pM、诸如小于5pM、诸如小于4pM、诸如小于3pM、诸如小于2pM、诸如小于1pM、诸如在20pM与1pM之间。
在其它实施方案中，TL1A抗体与TL1A的结合亲和力(KD)可以是约0.001至约250nM。在一些实施方案中，结合亲和力是约200nM、约100nM、约50nM、约10nM、约1nM、约500pM、约100pM、约60pM、约50pM、约20pM、约15pM、约10pM、约5pM、约2pM或约1pM中的任一项。在一些实施方案中，结合亲和力小于约250nM、约200nM、约100nM、约50nM、约10nM、约1nM、约500pM、约100pM、约50pM、约20pM、约10pM、约5pM、约2pM或约1pM中的任一项。在一些实施方案中，TL1A抗体的KD的范围为约70pM至约1pM。在一些实施方案中，TL1A抗体针对人TL1A的KD的范围为约30pM至约2pM。在一些实施方案中，本发明的TL1A抗体或其抗原结合片段的结合亲和力为约69pM、约28pM、约25pM、约15pM、约13pM、约10pM、约4pM和约2pM。
用于测定特异性结合的其它分子可在结构或功能上与靶无关。例如，其它分子可以是环境中的无关物质或伴随物质。
用于测定特异性结合的其它分子可以是与靶分子(即TL1A)参与相同体内途径的另一分子。通过确保本发明的抗体或其抗原结合片段相对于另一这样的分子具有针对TL1A的特异性，可避免不需要的体内交叉反应性。
本发明的抗体或其抗原结合片段可保留结合至与靶分子相关的一些分子的能力。
或者，本发明的抗体或其抗原结合片段可具有针对特定靶分子的特异性。例如，其可结合至如本文中所述的一种靶分子，但可能不结合或可能以显著降低的亲和力结合至如本文中所述的不同靶分子。例如，全长成熟人TL1A可用作靶，但结合至该靶的抗体可能不能结合至或可能以更小的亲和力结合至例如来自其它物种的其它TL1A蛋白质(诸如其它哺乳动物TL1A)。
本发明的抗体或其抗原结合片段可结合至TL1A并且通过此可抑制TL1A的活性。
根据本发明的多肽或抗体“片段”或“部分”可通过截短制备，例如通过从多肽的N和/或C末端移除一个或多个氨基酸制备。可以以此方式从N和/或C末端移除至多10个、至多20个、至多30个、至多40个或40个以上的氨基酸。片段还可通过一个或多个内部缺失产生。
本发明的抗体或其抗原结合片段可以是或可包含抗体1D1,1D11.27,1D1 1.28,1D1 1.29,1D1 1.30,1D1 1.31,1D1 1.32,1D1 1.33,1D11.34,15A9,15C11,7D4,22F9,9B3,2B11或其变体中的任一项、其片段。本发明的抗体或其抗原结合片段可以是或可包含该抗体或其变体的抗原结合部分。例如，本发明的抗体或其抗原结合片段可以是该抗体或其变体的Fab片段，或可以是衍生自该抗体或其变体的单链抗体。
变体抗体可包含来自上文所论述的具体序列和片段的1个、2个、3个、4个、5个、至多10个、至多20个、至多30个或30个以上的氨基酸取代和/或缺失和/或插入。“缺失”变体可包括缺失个体氨基酸；缺失小的氨基酸组，诸如2、3、4或5个氨基酸；或缺失较大的氨基酸区域，诸如缺失特定氨基酸结构域或其它特征。“插入”变体可包括插入个体氨基酸；插入小的氨基酸组，诸如2、3、4或5个氨基酸；或插入较大的氨基酸区域，诸如插入特定氨基酸结构域或其它特征。“取代”变体优选牵涉用相同数目的氨基酸替代一个或多个氨基酸和进行保守氨基酸取代。例如，氨基酸可用具有相似特性的替代性氨基酸取代，例如另一种碱性氨基酸、另一种酸性氨基酸、另一种中性氨基酸、另一种带电荷氨基酸、另一种亲水性氨基酸、另一种疏水性氨基酸、另一种极性氨基酸、另一种芳族氨基酸或另一种脂族氨基酸。可用于选择适当取代基的20种主要氨基酸的一些特性如下：
取代变体将抗体分子中的至少一个氨基酸残基移除并将不同残基插入此位置。用于取代型诱变的最感兴趣的位点包括高变区，但也涵盖构架变化。保守取代在表1中显示于标题“保守取代”下。如果这样的取代导致生物活性变化，则可引入以下所示的命名为“示例性取代”的或如下文关于氨基酸种类所进一步描述的更实质性的变化，并筛选产物。
表1：氨基酸取代
Figure BDA0000988789920000971
Figure BDA0000988789920000981
抗体的生物特性的实质性修饰通过选择在其维持以下的效应上显著不同的取代来实现：(a)取代的区域中的多肽主链的结构，例如作为β折叠或螺旋构象；(b)在靶位点上的分子的电荷或疏水性；或(c)侧链的量。基于共有侧链特性将天然存在的残基划分成以下组：
(1)非极性：正亮氨酸,Met,Ala,Val,Leu,Ile；
(2)极性不带电荷：Cys,Ser,Thr,Asn,Gln；
(3)酸性(带负电荷)：Asp,Glu；
(4)碱性(带正电荷)：Lys,Arg；
(5)影响链定向的残基：Gly,Pro；和
(6)芳族：Trp,Tyr,Phe,His。
非保守取代通过将这些种类之一的成员交换为另一种类来进行。
例如，可进行的一种类型的取代是将抗体中可以是化学反应性的一个或多个半胱氨酸改变成另一残基，诸如但不限于丙氨酸或丝氨酸。例如，可存在非典型半胱氨酸的取代。取代可在可变结构域的CDR或构架区中或在抗体的恒定区中进行。在一些实施方案中，半胱氨酸是典型的。还可通常用丝氨酸取代不参与维持抗体的恰当构象的任何半胱氨酸残基以改善分子的氧化稳定性和防止异常交联。相反，特别是当抗体是抗体片段诸如Fv片段时，可将半胱氨酸键添加至抗体以改善其稳定性。
本发明还提供了产生、选择和制备TL1A抗体的方法。本发明的抗体可通过本领域中已知的程序制备。在一些实施方案中，抗体可以使用本领域中已知的任何方法重组地制备和表达。
在一些实施方案中，抗体可通过噬菌体展示技术制备和选择。参见例如美国专利号5,565,332；5,580,717；5,733,743；和6,265,150；和Winter等人,Annu.Rev.Immunol.12:433-455,1994。或者，可使用噬菌体展示技术(McCafferty等人，Nature 348：552-553,1990)从来自未经免疫的供体的免疫球蛋白可变(V)结构域基因库体外产生人抗体和抗体片段。根据此技术，将抗体V结构域基因读框内克隆至丝状噬菌体的主要或次要外壳蛋白基因诸如M13或fd中，并使其在噬菌体颗粒的表面上展示为功能性抗体片段。因为丝状颗粒含有噬菌体基因组的单链DNA拷贝，所以基于抗体的功能特性的选择还导致选择编码显示那些特性的抗体的基因。因此，噬菌体模拟B细胞的一些特性。噬菌体展示可以多种形式进行；关于综述参见例如，Johnson,Kevin S.and Chiswell,David J.,Current Opinion inStructural Biology 3:564-571,1993。几种来源的V基因区段可用于噬菌体展示。Clackson等人,Nature 352:624-628,1991从来源于经免疫小鼠的脾的V基因的小随机组合文库分离出不同阵列的抗恶唑酮抗体。可构建来自人供体的V基因库，并且按照由Mark等人,1991,J.Mol.Biol.222:581-597或Griffith等人,1993,EMBO J.12:725-734所述的技术，可基本上分离针对不同阵列的的抗原(包括自体抗原)的抗体。在天然免疫应答中，抗体基因以高速率累积突变(体细胞高变)。引入的一些变化将赋予更高的亲和力，并且在后续抗原攻击期间呈现高亲和力表面免疫球蛋白的B细胞优先复制和分化。此天然过程可以通过采用被称为“链改组”的技术模拟(Marks等人,1992,Bio/Technol.10:779-783)。在此方法中，可通过用获自未经免疫供体的V结构域基因的天然存在的变体(库)的库依次替代重链和轻链V区基因，来改善通过噬菌体展示获得的“一级”人抗体的亲和力。此技术允许产生亲和力在pM-nM范围内的抗体和抗体片段。用于制备很大的噬菌体抗体库(也称为“所有库的母库”)的策略已由Waterhouse等人,Nucl.Acids Res.21:2265-2266,1993描述。当人抗体具有与起始啮齿类动物抗体相似的亲和力和特异性时，基因改组还可用于从啮齿类动物抗体衍生出人抗体。根据此方法(也称为“表位印记(epitope imprinting)”)，用人V结构域基因的库替代通过噬菌体展示技术所获得的啮齿类动物抗体的重链或轻链V结构域基因，从而产生啮齿类动物-人嵌合体。对抗原的选择导致分离能够恢复功能性抗原结合位点的人可变区，即表位控制(印记)伴侣的选择。当重复所述方法以替代剩余啮齿类动物V结构域时，获得人抗体(参见PCT公开号WO93/06213)。不同于传统的通过CDR移植使啮齿类动物抗体人源化，此技术完全提供了不具有啮齿类动物来源的构架或CDR残基的人抗体。
在一些实施方案中，抗体可使用杂交瘤技术制备。考虑了可操纵任何哺乳动物受试者包括人或来自其的抗体产生细胞以用作产生哺乳动物包括人的杂交瘤细胞系的基础。如本文中进一步所述，寄主动物的免疫接种的途径和时间表通常与已建立的用于抗体刺激和产生的常规技术一致。通常，寄主动物经腹膜内、肌肉内、口服、皮下、足底内和/或皮内接种一定量的免疫原，包括如本文中所述的。
杂交瘤可从淋巴细胞和永生化骨髓瘤细胞使用Kohler,B.and Milstein,C.,1975,Nature 256:495-497的一般性体细胞杂交技术或如通过Buck,D.W.,等人,In Vitro,18:377-381,1982改良的来制备。包括但不限于X63-Ag8.653和来自Salk Institute,CellDistribution Center,San Diego,Calif.,USA的那些的可获得的骨髓瘤系可用于杂交中。一般而言，技术包括使用融合剂诸如聚乙二醇或通过本领域技术人员熟知的电方法融合骨髓瘤细胞和淋巴样细胞。融合后，将细胞从融合培养基分离，并使其在选择性生长培养基诸如次黄嘌呤-氨基喋呤-胸苷(HAT)培养基中生长，以除去未杂交的亲本细胞。本文中所述的补充有血清或无血清的任何培养基可用于培养分泌单克隆抗体的杂交瘤。作为细胞融合技术的另一替代方案，EBV永生化B细胞可用于产生本发明的TL1A单克隆抗体。如果需要，使杂交瘤或其它永生化B细胞扩增和亚克隆，并通过常规免疫测定程序(例如放射免疫测定、酶免疫测定或荧光免疫测定)测定上清液的抗免疫原活性。
可用作抗体的来源的杂交瘤包含产生对TL1A具有特异性的单克隆抗体或其部分的亲本杂交瘤的所有衍生物、后代细胞。
可使用已知程序使产生这样的抗体的杂交瘤在体外或体内生长。如果需要，可通过常规免疫球蛋白纯化程序诸如硫酸铵沉淀、凝胶电泳、透析、层析和超过滤，从培养基或体液分离单克隆抗体。可例如通过在由附接至固相的免疫原制成的吸附剂上运行制剂并从免疫原洗脱或释放出所需抗体，从而移除非期望的活性(如果存在)。用使用双功能或衍生试剂(例如马来酰亚胺苯甲酰磺基琥珀酸亚胺酯(通过半胱氨酸残基缀合)、N-羟基琥珀酰亚胺(通过赖氨酸残基)、戊二醛、琥珀酐、SOCl2或R1N＝C＝NR，其中R和R1是不同烷基)缀合至在待免疫的物种中具有免疫原性的蛋白质(例如钥孔戚血蓝素、血清白蛋白、牛甲状腺球蛋白或大豆胰蛋白酶抑制剂)的TL1A多肽或含有靶氨基酸序列的片段，对宿主动物进行免疫接种，可产生抗体(例如单克隆抗体)群体。
如果需要，可将目标TL1A抗体(单克隆或多克隆)测序并且随后可将多核苷酸序列克隆人用于表达或扩增的载体中。可将编码目标抗体或其抗原结合片段的序列维持在宿主细胞中的载体中，并且可随后使宿主细胞扩增和冷冻用于未来使用。可通过利用本领域中已知的方法从B细胞克隆抗体基因来实施细胞培养物中重组单克隆抗体的产生。参见例如Tiller等人,2008,J.Immunol.Methods 329,112；US Patent No.7,314,622。
在一些实施方案中，多核苷酸序列可用于遗传操纵以使抗体人源化或改善亲和力或抗体的其它特征。抗体还可针对例如用于狗、猫、灵长类动物、马科动物和牛科动物而进行定制。
在一些实施方案中，完全人抗体可通过使用已被工程改造以表达特定人免疫球蛋白的商购可得小鼠获得。被设计为产生更期望(例如完全人抗体)或更稳健的免疫应答的转基因动物也可用于产生人源化或人抗体。这样的技术的的实例是来自Abgenix，Inc.(Fremont,CA)的XenomouseTM和来自Medarex，Inc.(Princeton,NJ)的
Figure BDA0000988789920001011
和TC MouseTM。
可通过首先从宿主动物分离抗体和抗体产生细胞，获得基因序列和使用基因序列在宿主细胞(例如CHO细胞)中重组地表达抗体，来重组地制备抗体。可采用的另一方法是在植物(例如烟草)或转基因乳中表达抗体序列。已公开了用于在植物或乳中重组地表达抗体的方法。参见例如Peeters,等人Vaccine 19:2756,2001；Lonberg,N.and D.HuszarInt.Rev.Immunol 13:65,1995；和Pollock,等人,J Immunol Methods 231:147,1999。用于制备抗体衍生物例如结构域抗体、单链抗体等的方法是本领域中已知的。
还可采用免疫测定和流式细胞分选技术诸如荧光活化细胞分选(FACS)来分离对TL1A具有特异性的抗体。
编码单克隆抗体的DNA易于使用常规程序分离和测序(例如通过使用能够特异性结合至编码单克隆抗体的重链和轻链的基因的寡核苷酸探针)。杂交瘤细胞用作这样的DNA的优选来源。经分离后，可将DNA置入表达载体中(诸如公开于PCT公开号WO87/04462中的表达载体)，随后将所述表达载体转染至不以其它方式产生免疫球蛋白的宿主细胞(诸如大肠杆菌细胞、猴COS细胞、中国仓鼠卵巢(CHO)细胞或骨髓瘤细胞)中，以在重组宿主细胞中获得单克隆抗体的合成。参见例如，PCT公开号WO87/04462。还可例如通过用人重链和轻链恒定结构域的编码序列取代同源鼠序列(Morrison等人,Proc.Nat.Acad.Sci.81:6851,1984)或通过将所有或部分非免疫球蛋白多肽的编码序列共价连接至免疫球蛋白编码序列，来修饰DNA。以该方式，制备具有本文中的TL1A抗体的结合特异性的嵌合或杂合抗体。
抗体片段可通过蛋白质水解或抗体的其它降解、通过如上文所述的重组方法(即单个或融合多肽)或通过化学合成来产生。抗体的多肽(特别是至多约50个氨基酸的较短多肽)方便地通过化学合成来制备。化学合成的方法是本领域中已知的且是商购可得的。例如，抗体可通过采用固相方法的自动化多肽合成仪产生。还参见美国专利号5,807,715；4,816,567；和6,331,415。
在一些实施方案中，多核苷酸包含编码本公开内容的TL1A抗体或其抗原结合片段的重链和/或轻链可变区的序列。可将编码目标抗体或其抗原结合片段的序列维持在宿主细胞中的载体中，并且可随后使宿主细胞扩增和冷冻用于未来使用。本文中进一步描述了载体(包括表达载体)和宿主细胞。
本发明包括亲和力成熟的实施方案。例如，亲和力成熟的抗体可通过本领域中已知的程序产生(Marks等人,1992,Bio/Technology,10:779-783；Barbas等人,1994,ProcNat.Acad.Sci,USA91:3809-3813；Schier等人,1995,Gene,169:147-155；Yelton等人,1995,J.Immunol.,155:1994-2004；Jackson等人,1995,J.Immunol.,154(7):3310-9；Hawkins等人,1992,J.Mol.Biol.,226:889-896；和PCT公开号WO2004/058184)。
以下方法可用于调整抗体的亲和力和用于表征CDR。一种表征抗体的CDR和/或改变(诸如改善)多肽诸如抗体的结合亲和力的方式称为“文库扫描诱变”。一般而言，文库扫描诱变如下工作。使用本领域认可的方法，用两种或两种以上(诸如3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)氨基酸置换CDR中的一个或多个氨基酸位置。这产生小的克隆文库(在一些实施方案中，一个文库对应于分析的每个氨基酸位置)，每个库具有两个或两个以上的成员的复杂性(如果在每个位置上两个或两个以上的氨基酸被取代)。一般而言，文库还包括包含天然(未经取代)氨基酸的克隆。针对对于靶多肽(或其它结合靶)的结合亲和力筛选来自各文库的少量克隆例如约20-80个克隆(取决于文库的复杂性)，并鉴定具有增加的、相同、减少的或无结合的候选物。用于测定结合亲和力的方法是本领域中所熟知的。例如可使用检测约2倍或2倍以上的结合亲和力的差异的BiacoreTM表面等离子体共振分析、
Figure BDA0000988789920001031
生物传感器、闪烁亲近测定、ELISA、
Figure BDA0000988789920001032
免疫测定、荧光淬灭、荧光转移和/或酵母展示来测定结合亲和力。还可使用合适的生物测定来筛选结合亲和力。当起始抗体已以相对高的亲和力例如约10nM或10nM以下的KD结合时，BiacoreTM尤其适用。
在一些实施方案中，使用本领域认可的诱变方法(其中一些描述于本文中)，用所有20种天然氨基酸置换CDR中的每个氨基酸位置(在一些实施方案中，一次一个)。这产生小的克隆文库(在一些实施方案中，一个文库对应于分析的每个氨基酸位置)，每个文库具有20个成员的复杂性(如果在每个位置上所有20种氨基酸被取代)。
在一些实施方案中，待筛选的文库包含可在相同CDR中或在两个或两个以上CDR中的两个或两个以上位置上的取代。因此，文库可包含在一个CDR中的两个或两个以上位置上的取代。文库可包含在两个或两个以上CDR中的两个或两个以上位置上的取代。文库可包含在3、4、5个或5个以上位置上的取代，所述位置发现于二、三、四、五或六个CDR中。取代可使用低冗余密码子制备。参见例如Balint等人,1993,Gene 137(1):109-18的表2。
CDR可以是重链可变区(VH)CDR3和/或轻链可变区(VL)CDR3。CDR可以是VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和/或VL CDR3中的一个或多个。CDR可以是Kabat CDR、Chothia CDR、延伸的CDR、AbM CDR、接触CDR或构象CDR。
可将具有改善的结合的候选物测序，由此鉴定导致亲和力改善的CDR取代突变(也称为“改善的”取代)。还可将进行结合的候选物测序，由此鉴定保留结合的CDR取代。
可进行多个回合的筛选。例如，具有改善的结合的候选物(各自包含位于一个或多个CDR的一个或多个位置上的氨基酸取代)还可用于设计含有至少在各改善的CDR位置(即在其上取代突变显示改善的结合的CDR中的氨基酸位置)上的原始和经取代的氨基酸的第二文库。以下进一步论述此文库的制备和筛选或选择。
只要具有改善的结合、相同的结合、减少的结合或无结合的克隆的频率也提供了与各氨基酸位置对于抗体-抗原复合物的稳定性的重要性相关的信息，则文库扫描诱变还提供了用于表征CDR的方法。例如，如果当被改变成所有20种氨基酸时CDR的位置保持结合，则该位置被鉴定为抗原结合不太可能需要的位置。相反，如果CDR的位置仅在较小百分比的取代中保持结合，则该位置被鉴定为对于CDR功能是重要的位置。因此，文库扫描诱变方法产生关于可改变成许多不同氨基酸(包括所有20种氨基酸)的CDR中的位置和不可改变或仅可改变成几种氨基酸的CDR中的位置的信息。
可将具有改善的亲和力的候选物合并入第二文库，取决于所需的或允许使用所需筛选或选择方法的文库的复杂性，所述第二文库包括在该位置上的改善的氨基酸、原始氨基酸并且可进一步包括在该位置上的额外取代。此外，如果需要，相邻氨基酸位置可随机化为至少两种或两种以上氨基酸。相邻氨基酸的随机化可允许突变CDR中的额外构象灵活性，其可进而允许或促进引入较大量的改善突变。文库还可包含在第一回合筛选中未显示改善的亲和力的位置上的取代。
使用本领域中已知的任何方法针对具有改善和/或改变的结合亲和力的文库成员筛选或选择第二文库，包括使用Biacore、KinexaTM生物传感器分析来筛选，和使用本领域中已知的用于选择的任何方法包括噬菌体展示、酵母展示和核糖体展示来选择。
为了表达本发明的TL1A抗体，首先可使用上文所述的任何方法来获得编码VH和VL区的DNA片段。还可使用本领域技术人员已知的标准方法，将各种修饰例如突变、缺失和/或添加引入DNA序列中。例如，可使用标准方法诸如PCR介导的诱变实施诱变，其中将突变的核苷酸并入PCR引物中，以使得PCR产物含有所需的突变或定点诱变。
本发明包括图1中所示的针对可变区的修饰和图1中所指示的CDR。例如，本发明包括包含功能上等价的可变区和不显著影响其特性的CDR的抗体以及具有增强或降低的活性和/或亲和力的变体。例如，可使氨基酸序列突变以获得对TL1A具有所需结合亲和力的抗体。经修饰的多肽的实例包括具有氨基酸残基的保守取代、氨基酸的一个或多个缺失或添加的多肽，其中所述氨基酸不使功能活性显著有害地改变，或其使多肽针对其配体的亲和力成熟(增强)，或使用化学相似物。
氨基酸序列插入包括长度为一个残基至含有一百个或一百个以上残基的多肽的氨基-和/或羧基-末端融合，以及单个或多个氨基酸残基的序列内插入。末端插入的实例包括具有N末端甲硫氨酰基残基的抗体或融合至表位标签的抗体。抗体分子的其它插入变体包括增加抗体在血液循环中的半衰期的酶或多肽融合至抗体或其抗原结合片段的N或C末端。
抗体还可例如在重链和/或轻链的可变结构域中经修饰，例如以改变抗体的结合特性。可变区中的变化可改变结合亲和力和/或特异性。在一些实施方案中，在CDR结构域内进行不超过一至五个保守氨基酸取代。在其它实施方案中，在CDR结构域内进行不超过一至三个保守氨基酸取代。例如，可在CDR区的一个或多个中进行突变以增加或降低抗体对TL1A的KD；增加或降低koff；或改变抗体的结合特异性。定点诱变的技术已是本领域中所熟知的。参见例如Sambrook等人和Ausubel等人，同上。
还可在构架区或恒定区中进行修饰或突变以增加TL1A抗体的半衰期。参见例如PCT公开号WO 00/09560。还可在构架区或恒定区中进行突变以改变抗体的免疫原性，提供用于共价或非共价结合至另一分子的位点，或改变诸如补体结合、FcR结合和抗体依赖性细胞介导的细胞毒性的特性。根据本发明，单个抗体可具有在可变结构域的任何一个或多个CDR或构架区中或在恒定区中的突变。
修饰还包括糖基化和非糖基化多肽，以及具有其它翻译后修饰诸如利用不同糖的糖基化、乙酰化和磷酸化的多肽。抗体在其恒定区中的保守位置上被糖基化(Jefferis andLund,1997,Chem.Immunol.65:111-128；Wright and Morrison,1997,TibTECH 15:26-32)。免疫球蛋白的寡糖侧链影响蛋白质的功能(Boyd等人,1996,Mol.Immunol.32:1311-1318；Wittwe and Howard,1990,Biochem.29:4175-4180)和糖蛋白的部分之间的分子内相互作用，其可影响糖蛋白的构象和所呈现的三维表面(Jefferis and Lund,同上；Wyss andWagner,1996,Current Opin.Biotech.7:409-416)。寡糖还可用于基于特定识别结构使给定糖蛋白靶向至某些分子。还已报导抗体的糖基化影响抗体依赖性细胞毒性(ADCC)。具体地，据报导由具有β(1,4)-N-乙酰葡糖氨基转移酶III(GnTIII)(催化二等分GlcNAc的形成的糖基转移酶)的四环素调节的表达的CHO细胞所产生的抗体改善ADCC活性(Umana等人,1999,Nature Biotech.17:176-180)。
抗体的糖基化通常是N-连接的或O-连接的。N-连接是指碳水化合物部分附接至天冬酰胺残基的侧链。三肽序列天冬酰胺-X-丝氨酸、天冬酰胺-X-苏氨酸和天冬酰胺-X-半胱氨酸(其中X是除了脯氨酸外的任何氨基酸)是用于碳水化合物部分酶促附接至天冬酰胺侧链的识别序列。因此，在多肽中这些三肽序列中的任一项的存在产生潜在的糖基化位点。O-连接的糖基化是指糖N-乙酰半乳糖胺、半乳糖或木糖之一附接至羟氨基酸，最常见的是丝氨酸或苏氨酸，尽管还可使用5-羟基脯氨酸或5-羟基赖氨酸。
方便地通过改变氨基酸序列以使得其含有上述三肽序列中的一个或多个来实现糖基化位点至抗体的添加(对于N-连接的糖基化位点)。还可通过向原始抗体的序列添加一个或多个丝氨酸或苏氨酸残基或用所述残基取代原始抗体的序列来进行改变(对于O-连接的糖基化位点)。
还可在不改变基本核苷酸序列的情况下改变抗体的糖基化模式。糖基化很大程度上取决于用于表达抗体的宿主细胞。由于用于重组糖蛋白(例如作为潜在治疗剂的抗体)的表达的细胞类型很少是天然细胞，所以可预期抗体的糖基化模式的改变(参见例如Hse等人,1997,J.Biol.Chem.272:9062-9070)。
除了宿主细胞的选择以外，在重组产生抗体期间影响糖基化的因素还包括生长模式、培养基配制、培养物密度、氧合作用、pH、纯化方案等。已提出各种方法来改变在特定宿主生物体中实现的糖基化模式，包括引入或过表达某些参与产生寡糖的酶(美国专利号5,047,335；5,510,261和5,278,299)。糖基化或某些类型的糖基化可以以酶促方式从糖蛋白移除，例如使用内切糖苷酶H(Endo H)、N-糖苷酶F、内切糖苷酶F1、内切糖苷酶F2、内切糖苷酶F3。另外，在处理某些类型的多糖中重组宿主细胞可经基因工程改造为缺陷性的。这些和相似的技术已是本领域中所熟知的。
其它修饰方法包括使用本领域中已知的偶联技术，其包括但不限于酶促方法、氧化取代和螯合。修饰可用于例如附接用于免疫测定的标记。经修饰的多肽使用本领域中已建立的程序来制备并可使用本领域中已知的标准测定来筛选，所述标准测定中的一些描述于下文和实施例中。
在一些实施方案中，抗体包含经修饰的恒定区，所述抗体对人Fcγ受体具有增加或减少的结合亲和力，其是免疫学上惰性的或部分惰性的，例如不触发补体介导的裂解，不刺激抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)或不活化小神经胶质细胞；或在以下中的任何一个或多个方面具有降低的活性(相较于未经修饰的抗体)：触发补体介导的裂解、刺激ADCC或活化小神经胶质细胞。恒定区的不同修饰可用于实现效应子功能的最佳水平和/或组合。参见例如Morgan等人,Immunology 86:319-324,1995；Lund等人,J.Immunology 157:4963-9157:4963-4969,1996；Idusogie等人,J.Immunology 164:4178-4184,2000；Tao等人,J.Immunology 143:2595-2601,1989；and Jefferis等人,Immunological Reviews163:59-76,1998。在一些实施方案中，根据Eur.J.Immunol.,1999,29:2613-2624；PCT申请号PCT/GB99/01441；和/或英国专利申请号9809951.8中所述的来修饰恒定区。
在一些实施方案中，可修饰抗体恒定区以避免与Fcγ受体和补体和免疫系统的相互作用。用于制备这样的抗体的技术描述于WO 99/58572中。例如，如果抗体用于人的临床试验和治疗，则可将恒定区工程改造以更相似于人恒定区，以避免免疫反应。参见例如美国专利号5,997,867和5,866,692。
在一些实施方案中，Eur.J.Immunol.,1999,29:2613-2624；PCT申请号PCT/GB99/01441；和/或英国专利申请号9809951.8中所述的来修饰恒定区。在这样的实施方案中，Fc可以是人IgG2或人IgG4。Fc可以是含有突变A330P331至S330S331(IgG2Δa)的人IgG2，其中氨基酸残基参考野生型IgG2序列进行编号。Eur.J.Immunol.,1999,29:2613-2624。在一些实施方案中，抗体包含IgG4的恒定区(Armour等人,2003,Molecular Immunology 40 585-593)，所述恒定区包含以下突变：E233F234L235至P233V234A235(IgG4Δc)，其中参考野生型IgG4进行编号。在另一实施方案中，Fc是具有缺失G236的人IgG4E233F234L235至P233V234A235(IgG4Δb)。在另一实施方案中，Fc是含有铰链稳定突变S228至P228的任何人IgG4Fc(IgG4、IgG4Δb或IgG4Δc)(Aalberse等人,2002,Immunology 105,9-19)。
在一些实施方案中，抗体包含人重链IgG2恒定区，所述恒定区包含以下突变：A330P331至S330S331(氨基酸编号参考野生型IgG2序列)。Eur.J.Immunol.,1999,29:2613-2624。在其它实施方案中，将恒定区针对N-连接糖基化去糖基化。在一些实施方案中，通过使作为恒定区中的N-糖基化识别序列的部分的寡糖附接残基和/或侧接残基突变来将恒定区针对N-连接糖基化去糖基化。例如，可使N-糖基化位点N297突变为例如A、Q、K或H。参见Tao等人,J.Immunology 143:2595-2601,1989；和Jefferis等人,Immunological Reviews163:59-76,1998。在一些实施方案中，将恒定区针对N-连接糖基化去糖基化。可将恒定区以酶促方式或通过糖基化缺陷的宿主细胞中表达来针对N-连接糖基化去糖基化(诸如通过酶PNGase移除碳水化合物)。
其它抗体修饰包括如PCT公开号WO 99/58572中所述修饰的抗体。除了针对于靶分子的结合结构域外，这些抗体还包含具有与人免疫球蛋白重链的所有或部分恒定区基本上同源的氨基酸序列的效应结构域。这些抗体能够结合靶分子而不触发靶的显著补体依赖性裂解或细胞介导的破坏。在一些实施方案中，效应结构域能够特异性结合FcRn和/或FcγRIIb。这些通常基于衍生自两个或两个以上人免疫球蛋白重链CH2结构域的嵌合结构域。以此方式修饰的抗体尤其适用于慢性抗体疗法，以避免常规抗体疗法的炎性及其它不利反应。
本公开内容还提供了可经进一步修饰的抗体恒定结构域。已知Fc区的变体例如氨基酸取代、插入和/或添加和/或缺失增强或减小效应子功能。参见例如Presta等人,2002,Biochem.Soc.Trans.30:487-490；Strohl,2009,Curr.Opin.Biotechnol.20(6):685-691；美国专利5,624,821,5,648,260,5,885,573,6,737,056,7,317,091；PCT公开号WO 99/58572,WO 00/42072,WO 04/029207,WO 2006/105338,WO 2008/022152,WO 2008/150494,WO 2010/033736；美国专利申请公开号2004/0132101,2006/0024298,2006/0121032,2006/0235208,2007/0148170；Armour等人,1999,Eur.J.Immunol.29(8):2613-2624(减少的ADCC和CDC)；Shields等人,2001,J.Biol.Chem.276(9):6591-6604(减少的ADCC和CDC)；Idusogie等人,2000,J.Immunol.164(8):4178-4184(增加的ADCC和CDC)；Steurer等人,1995,J.Immunol.155(3):1165-1174(减少的ADCC和CDC)；Idusogie等人,2001,J.Immunol.166(4):2571-2575(增加的ADCC和CDC)；Lazar等人,2006,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 103(11):4005-4010(增加的ADCC)；Ryan等人,2007,Mol.Cancer.Ther.,6:3009-3018(增加的ADCC)；Richards等人,2008,Mol.Cancer Ther.7(8):2517-2527。
在一些实施方案中，抗体包含经修饰的恒定区，其相较于未经修饰的抗体对FcRn具有增加的结合亲和力和/或增加的血清半衰期。
在称为“种系化(germlining)”的过程中，可使VH和VL序列中的某些氨基酸突变以匹配种系VH和VL序列中天然存在的那些。具体地，可使VH和VL序列中的构架区的氨基酸序列突变以匹配种系序列，以降低当施用抗体时免疫原性的风险。人VH和VL基因的种系DNA序列是本领域中已知的(参见例如“Vbase”人种系序列数据库；也参见Kabat,E.A.,等人,1991,Sequences of Proteins of Immunological Interest,Fifth Edition,U.S.Department of Health and Human Services,NIH Publication No.91-3242；Tomlinson等人,1992,J.Mol.Biol.227:776-798；和Cox等人,1994,Eur.J.Immunol.24:827-836)。
可进行的另一类型的氨基酸取代是移除抗体中的潜在蛋白质水解位点。这样的位点可存在于抗体的可变结构域的CDR或构架区中或恒定区中。取代半胱氨酸残基和移除蛋白水解位点可降低抗体产物中异质性的风险并因此增加其均质性。另一类型氨基酸取代是除去形成潜在脱酰胺位点的天冬酰胺-甘氨酸对，其通过改变所述残基中的一者或两者来进行。在另一实例中，可将本发明的TL1A抗体或其抗原结合片段的重链的C末端赖氨酸切割或以其它方式移除。在本发明的各种实施方案中，抗体的重链和轻链可任选包括信号序列。
获得编码本发明的VH和VL区段的DNA片段后，可将这些DNA片段通过标准重组DNA技术进行进一步操纵，例如以将可变区基因转变成全长抗体链基因、Fab片段基因或scFv基因。在这些操纵中，将VL或VH编码DNA片段可操作地连接至编码另一蛋白质(诸如抗体恒定区或柔性接头)的另一DNA片段。如此上下文中所使用的，术语“可操作地连接”意欲意指两个DNA片段连接以使得由该两个DNA片段编码的氨基酸序列保持在读框内。
可通过将VH编码DNA可操作地连接至编码重链恒定区(CH1、CH2和CH3)的另一DNA分子，将编码VH区的分离的DNA转化成全长重链基因。人重链恒定区基因的序列是本领域中已知的(参见例如Kabat,E.A.,等人,1991,Sequences of Proteins of ImmunologicalInterest,Fifth Edition,U.S.Department of Health and Human Services,NIHPublication No.91-3242)，并且包含这些区域的DNA片段可通过标准PCR扩增获得。重链恒定区可以是IgG1,IgG2,IgG3,IgG4,IgA,IgE,IgM或IgD恒定区，但最优选是IgG1或IgG2恒定区。IgG恒定区序列可以是已知存在于不同个体中的各种等位基因或同种异型中的任一项，诸如Gm(1),Gm(2),Gm(3)和Gm(17)。这些同种异型代表在IgG1恒定区中天然存在的氨基酸取代。对于Fab片段重链基因，可将VH编码DNA可操作地连接至仅编码重链CH1恒定区的另一DNA分子。CH1重链恒定区可来源于任何重链基因。
可通过将VL编码DNA可操作地连接至编码轻链恒定区CL的另一DNA分子，将编码VL区的分离的DNA转化成全长轻链基因(以及Fab轻链基因)。人轻链恒定区基因的序列是本领域中已知的(Kabat,E.A.,等人,1991,Sequences of Proteins of ImmunologicalInterest,Fifth Edition,U.S.Department of Health and Human Services,NIHPublication No.91-3242)，并且包含这些区域的DNA片段可通过标准PCR扩增获得。轻链恒定区可以是κ或λ恒定区。κ恒定区可以是已知存在于不同个体中的各种等位基因中的任一项，诸如Inv(1),Inv(2)和Inv(3)。λ恒定区可来源于三种λ基因中的任一项。
为了产生scFv基因，将VH和VL编码DNA片段可操作地连接至编码柔性接头的另一片段，以使得VH和VL序列可表达为连续单链蛋白质，其中VL和VH区通过柔性接头连接(参见例如，Bird等人,1988,Science 242:423-426；Huston等人,1988,Proc.Natl.Acad.Sci.USA85:5879-5883；McCafferty等人,1990,Nature 348:552-554)。连接肽的实例是(GGGGS)3(SEQ ID NO：383)，其在一个可变区的羧基末端和另一可变区的氨基末端之间桥接约3.5nm。已设计和使用其它序列的接头(Bird等人，1988，见上文)。接头继而可经修饰用于额外功能，诸如药物的附接或附接至固体支持物。如果仅使用单个VH和VL，则单链抗体可以是单价的；如果使用两个VH和VL，则单链抗体可以是二价的；或如果使用多于两个VH和VL，则单链抗体可以是多价的。可产生特异性结合至TL1A和另一分子的双特异性或多价抗体。可以重组地或合成地产生单链变体。对于合成产生scFv，可使用自动化合成仪。对于重组产生scFv，可将含有编码scFv的多核苷酸的合适质粒引入合适的宿主细胞中，宿主细胞可以是真核的(诸如酵母\植物\昆虫或哺乳动物细胞)或原核的(诸如大肠杆菌)。编码目标scFv的多核苷酸可通过常规操作诸如多核苷酸的连接来制备。所得的scFv可使用本领域中已知的标准蛋白质纯化技术分离。
还涵盖其它形式的单链抗体，诸如diabody。Diabody是二价、双特异性抗体，其中VH和VL表达在单个多肽链上，但使用过短而不允许相同链上的两个结构域之间配对的接头，由此迫使所述结构域与另一链的互补结构域配对并产生两个抗原结合位点(参见例如Holliger,P.,等人,1993,Proc.Natl.Acad Sci.USA 90:6444-6448；Poljak,R.J.,等人,1994,Structure 2:1121-1123)。
包含两个共价连接的抗体的异缀合抗体也在本发明的范围内。这样的抗体已被用于使免疫系统细胞靶向不想要的细胞(美国专利号4,676,980)，并用于治疗HIV感染(PCT公开号WO 91/00360和WO 92/200373；EP 03089)。异缀合抗体可使用任何方便的交联方法制备。合适的交联剂和技术已是本领域中所熟知的，且描述于美国专利号4,676,980中。
嵌合或杂合抗体还可使用合成蛋白质化学的已知方法(包括牵涉交联剂的那些)在体外制备。例如，免疫毒素可使用二硫交换反应或通过形成硫醚键来构建。用于此目的的合适试剂的实例包括硫醇亚胺酯和甲基-4-丁酰亚氨酸巯酯。
本发明还涵盖包含来自本文中所公开的抗体的一个或多个片段或区域的融合蛋白。在一些实施方案中，可制备包含连接至另一多肽的本发明的TL1A抗体或其抗原结合片段的全长或一部分的融合抗体。在另一实施方案中，仅将TL1A抗体的可变结构域连接至多肽。在另一实施方案中，将TL1A抗体的VH结构域连接至第一多肽，而将TL1A抗体的VL结构域连接至第二多肽，所述第二多肽以使得VH结构域与VL结构域可彼此相互作用以形成抗原结合位点的方式与第一多肽缔合。在另一个优选实施方案中，通过接头使VH结构域与VL结构域分离，以使得VH与VL结构域可彼此相互作用。随后将VH-接头-VL抗体连接至目标多肽。此外，可产生融合抗体，其中两个(或两个以上)单链抗体彼此连接。如果想要在单个多肽链上产生二价或多价抗体或如果想要产生双特异性抗体，这是有用的。
在一些实施方案中，提供的融合多肽包含SEQ ID NO：1、22、36、50、64、88或102中所示的可变轻链区的至少10个连续氨基酸和/或SEQ ID NO：3、5、24、38、52、66、68、67、198、205、212、219、226、233、240或247中所示的可变重链区的至少10氨基酸。在其它实施方案中，提供的融合多肽包含可变轻链区的至少约10、至少约15、至少约20、至少约25、或至少约30个连续氨基酸和/或可变重链区的至少约10、至少约15、至少约20、至少约25或至少约30个连续氨基酸。在另一实施方案中，融合多肽包含一个或多个CDR。在其它实施方案中，融合多肽包含VH CDR3和/或VL CDR3。出于本发明的目的，融合蛋白质含有一种或多种抗体及其在天然分子中不附接的另一氨基酸序列，例如异源序列或来自另一区域的同源序列。示例性异源序列包括但不限于“标签”诸如FLAG标签或6His标签(SEQ ID NO：392)。标签是在本领域中所熟知的。
融合多肽可通过本领域中已知的方法产生，例如合成地或重组地产生。通常地，本发明的融合蛋白通过使用本文中所述的重组方法制备编码其的表达多核苷酸来制备，但其还可通过本领域中已知的其它方法制备，包括例如化学合成。
在其它实施方案中，其它经修饰的抗体可使用编码TL1A抗体的核酸分子制备。例如，“Kappa body”(Ill等人,1997,Protein Eng.10:949-57)、“Minibody”(Martin等人,1994,EMBO J.13:5303-9)、“Diabody”(Holliger等人，见上文)或“Janusin”(Traunecker等人,1991,EMBO J.10:3655-3659和Traunecker等人,1992,Int.J.Cancer(Suppl.)7:51-52)可遵循本说明书的教导容使用标准分子生物技术制备。
例如，对至少两种不同抗原具有结合特异性的双特异性抗体、单克隆抗体可使用本文中所公开的抗体制备。用于制备双特异性抗体的方法是本领域中已知的(参见例如Suresh等人,1986,Methods in Enzymology 121:210)。例如，双特异性抗体或抗原结合片段可通过杂交瘤的融合或Fab’片段的连接来产生。参见例如Songsivilai&Lachmann,1990,Clin.Exp.Immunol.79:315-321,Kostelny等人,1992,J.Immunol.148:1547-1553。传统地，双特异性抗体的重组产生基于两个免疫球蛋白重链-轻链对的共表达，其中两个重链具有不同特异性(Millstein and Cuello,1983,Nature 305,537-539)。此外，双特异性抗体可作为“diabody”或“Janusin”形成。在一些实施方案中，双特异性抗体结合至TL1A的两个不同的表位。在一些实施方案中，上文所述的经修饰的抗体使用来自本文中所提供的TL1A抗体的可变结构域或CDR区中的一个或多个来制备。
根据制备双特异性抗体的一种方法，使具有所需结合特异性的抗体可变结构域(抗体-抗原组合位点)融合至免疫球蛋白恒定区序列。融合优选与包含至少部分的铰链、CH2和CH3区的免疫球蛋白重链恒定区进行。优选地，使含有轻链结合所需位点的第一重链恒定区(CH1)存在于融合体的至少一个中。将编码免疫球蛋白重链融合体和(如果需要)免疫球蛋白轻链的DNA插入单独的表达载体中，并共转染入合适宿主生物体中。这在当用于构建体的三个多肽链的不相等比率提供最佳产率的实施方案中提供调整三个多肽片段的相互比例的极大灵活性。然而，当呈相等比率的至少两个多肽链的表达导致高产率时或当比率不具有特定显著性时，可能的是将三个多肽链中的两个或所有的编码序列插入一个表达载体中。
在一个方法中，双特异性抗体是由一个臂中的具有第一结合特异性的杂合免疫球蛋白重链和另一臂中的杂合免疫球蛋白重链-轻链对(提供了第二结合特异性)组成。此不对称结构(其中免疫球蛋白轻链仅处于一半的双特异性分子中)有助于将所需双特异性化合物与不想要的免疫球蛋白链组合分离。此方法描述于PCT公开号WO 94/04690中。
本发明还提供了包含缀合(例如连接)至试剂的抗体的组合物，所述试剂促进偶联至固体支持物(诸如生物素或抗生物素蛋白)。为简单起见，一般将在理解这些方法适用于本文中所述的任何TL1A结合和/或拮抗剂实施方案情况下提及抗体。如本文中所述，缀合一般是指连接这些组分。连接(其通常将这些组分固定至邻近缔合以至少用于施用)可以许多方式实现。例如，当试剂和抗体各自拥有能够彼此反应的取代基时，试剂与抗体之间可以直接反应。例如，在一个上的亲核基团(诸如氨基或硫氢基)可能够与在另一个上的含羰基基团(诸如酐或酰卤基)或与含有良好离去基团(例如卤化物)的烷基反应。
抗体可结合至许多不同载体。载体可以是活性的和/或惰性的。熟知的载体的实例包括聚丙烯、聚苯乙烯、聚乙烯、葡聚糖、尼龙、淀粉酶、玻璃、天然和经修饰的纤维素、聚丙烯酰胺、琼脂糖和磁铁矿。出于本发明的目的，载体的性质可以是可溶的或不可溶的。本领域技术人员将知晓用于结合抗体的其它合适载体或将能够使用常规实验确定这样的载体。
本发明的抗体或多肽可连接至标记试剂诸如荧光分子、放射性分子或本领域中已知的任何其它标记。标记是本领域中已知的，其通常提供(直接或间接)信号。
如实施例1中较详细描述的，本申请公开了可表征为属于三种不同表位“组”之一的多个TL1A抗体。即，一起分组在一个表位组中的抗体彼此竞争结合至TL1A。更具体地，抗体1D1、其亲和力优化的变体和抗体15A9和15C11各自竞争结合至TL1A，并因此被一起分组在第一表位组中。抗体7D4和22F9也彼此竞争结合至TL1A，但结合至与本文中所公开的其它抗体不同的表位，因此被分组在第二表位组中。抗体26B11和9B3彼此竞争结合至TL1A，但也结合至与本文中所公开的其它抗体不同的表位，因此将其分组在第三表位组中。下文提供了各表位组内的抗体的细节。
本文中所公开的TL1A抗体的轻链可变结构域(VL)、重链可变结构域(VH)、全长轻链(LC)和全长重链(HC)的氨基酸序列按序列鉴定编号概述于表2中。编码这些抗体的VL、VH、LC和HC的核酸序列按序列鉴定编号概述于表3中。表2和表3中所提供的通过序列鉴定编号所指定的这些序列示于序列列表(表40)中。
表2：TL1A抗体的氨基酸序列SEQ ID NO。
Figure BDA0000988789920001171
表3：TL1A抗体的核酸序列SEQ ID NO。
Figure BDA0000988789920001172
Figure BDA0000988789920001181
表3A：CDR-H1序列的比对
Figure BDA0000988789920001191
Figure BDA0000988789920001201
Figure BDA0000988789920001211
表3B：CDR-H2序列的比对
Figure BDA0000988789920001221
Figure BDA0000988789920001231
Figure BDA0000988789920001241
Figure BDA0000988789920001251
表3C：CDR-H3序列的比对
Figure BDA0000988789920001252
Figure BDA0000988789920001261
Figure BDA0000988789920001271
Figure BDA0000988789920001281
Figure BDA0000988789920001291
Figure BDA0000988789920001301
抗体1D1及其变体
在一个实施方案中，抗体或其抗原结合片段包含VH，其包含：i)CDR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：374；ii)CDR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：377；和iii)CDR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：380。根据此实施方案的抗体或其抗原结合片段还可包含VL，其包含与包含选自SEQ ID NO：1、22、36、50、64、88和102的氨基酸序列的VL序列至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％同一的氨基酸序列。
在一个实施方案中，抗体或其抗原结合片段包含VH，其包含：i)CDR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：375；ii)CDR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：378；和iii)CDR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：381。根据此实施方案的抗体或其抗原结合片段还可包含VL，其包含与包含选自SEQ ID NO：50、64和102的氨基酸序列的VL序列至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％同一的氨基酸序列。
在一个实施方案中，抗体或其抗原结合片段包含VH，其包含：i)CDR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：376；ii)CDR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：379；和iii)CDR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：382。根据此实施方案的抗体或其抗原结合片段还可包含VL，其包含与SEQ ID NO：102的VL序列至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％同一的氨基酸序列。
在一个实施方案中，本发明的抗体或其抗原结合片段包含VH，其包含：i)CDR-H1，其包含氨基酸序列GYX1FX2X3YGIS，其中X1是S、D、Q、N或P；X2是T或R；以及X3是Y或H(SEQ IDNO：384)；ii)CDR-H2，其包含氨基酸序列WISX4YNGX5X6X7YAX8MX9QG，其中X4是T、P、S或A；X5是K、A、G、N或V；X6是T或K；X7是N或H；X8是R或Q；以及X9是L或H(SEQ ID NO：385)；和iii)CDR-H3，其包含氨基酸序列ENYYGSGX9X10RGGMDX11，其中X9是S或A；X10是Y或F；以及X11是V、G或A(SEQ ID NO：382)。
本发明的抗体或其抗原结合片段可包含VL，其包含与SEQ ID NO：102氨基酸序列至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一的氨基酸序列。
在另一实施方案中，本发明的抗体或其抗原结合片段可包含VH，其包含：i)CDR-H1，其包含氨基酸序列GYX1FX2X3YGIS，其中X1是S、D、Q、N或P；X2是T或R；以及X3是Y或H(SEQID NO：384)；ii)CDR-H2，其包含氨基酸序列WISX4YNGX5X6X7YAX8MX9QG，其中X4是T、P、S或A；X5是K、A、G、N或V；X6是T或K；X7是N或H；X8是R或Q；以及X9是L或H(SEQ ID NO：385)；iii)CDR-H3其包含氨基酸序列ENYYGSGX9X10RGGMDX11，其中X9是S或A；X10是Y或F；以及X11是V、G或A(SEQID NO：382)；iv)T或R，其位于如通过VH的Kabat编号确定的位置H76上；v)D或E，其位于如通过VH的Kabat编号确定的位置H81上；和VL，其包含具有氨基酸序列SEQ ID NO：110的CDR-L1、具有氨基酸序列SEQ ID NO：111的CDR-L2和具有氨基酸序列SEQ ID NO：112的CDR-L3。
在其它实施方案中，本发明的抗体或其抗原结合片段可包含VH，其包含：i)CDR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：202；ii)CDR-H2，其包含选自SEQ ID NO：203、210、217、224、231、238、245或252的氨基酸序列；iii)CDR-H2，其包含选自SEQ ID NO：204、211、218、225、232、239、246或253的氨基酸序列；和VL，其包含具有氨基酸序列SEQ ID NO：110的CDR-L1、具有氨基酸序列SEQ ID NO：111的CDR-L2和具有氨基酸序列SEQ ID NO：112的CDR-L3。
本发明的抗体或其抗原结合片段可包含：
a)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：104；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：102；或
b)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：198；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：102；或
c)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：205；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：102；或
d)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：212；和VL，其包含胺基吁酸序列SEQ ID NO：102；或
e)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：219；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：102；或
f)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：226；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：102；或
g)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：233；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：102；或
h)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：240；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：102；或
i)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：247；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：102；或
j)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：24；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：22；或
k)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：38；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：36。
在一个方面中，抗体包含VL，其包含序列SEQ ID NO：102、SEQ ID NO：22或SEQ IDNO：36。在另一方面中，抗体包含VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：106、SEQ ID NO：198、SEQID NO：205、SEQ ID NO：205、SEQ ID NO：212、SEQ IDNO：219、SEQ ID NO：226、SEQ ID NO：233、SEQ ID NO：240、SEQ ID NO：247、SEQ ID NO：24或SEQ ID NO：38。在另一方面中，抗体包含这些序列的变体，其中这样的变体可包括保守和非保守取代、缺失和/或添加，且通常包括与本文所公开的任何序列共享至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少87％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％的序列同一性的肽。
例如，在一个方面中，本公开内容提供了一种分离的抗体或其抗原结合部分，其包含如SEQ ID NO：106、SEQ ID NO：198、SEQ ID NO：205、SEQ ID NO：205、SEQ ID NO：212、SEQID NO：219、SEQ ID NO：226、SEQ ID NO：233、SEQ ID NO：240、SEQ ID NO：247、SEQ ID NO：24或SEQ ID NO：38中所示的VH链氨基酸序列或其变体。在一个方面中，所述抗体变体包含SEQ ID NO：106、SEQ ID NO：198、SEQ ID NO：205、SEQ ID NO：205、SEQ ID NO：212、SEQ IDNO：219、SEQ ID NO：226、SEQ ID NO：233、SEQ ID NO：240、SEQ ID NO：247、SEQ ID NO：24或SEQ ID NO：38的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个保守或非保守取代，和/或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个添加和/或缺失。在其它方面中，所述变体与SEQID NO：106、SEQ ID NO：198、SEQ ID NO：205、SEQ ID NO：205、SEQ ID NO：212、SEQ ID NO：219、SEQ ID NO：226、SEQ ID NO：233、SEQ ID NO：240、SEQ ID NO.247、SEQ ID NO：24或SEQID NO：38共享至少65％、至少75％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％的序列同一性，并且其中所述抗体或抗原结合部分特异性结合TL1A。
在其它方面中，本公开内容提供了分离的抗体或其抗原结合部分，其包含如SEQID NO：102、SEQ ID NO：22或SEQ ID NO：36中所示的VL链氨基酸序列或其变体。在一个方面中，所述抗体变体包含SEQ ID NO：102、SEQ ID NO：22或SEQ ID NO：36的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个保守或非保守取代，和/或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个添加和/或缺失。在其它方面中，所述变体与SEQ ID NO：102、SEQ ID NO：22或SEQ IDNO：36共享至少65％、至少75％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％的序列同一性，并且其中所述抗体或抗原结合部分特异性结合TL1A。
本发明的抗体或其抗原结合片段可包含重链，其包含VH，所述VH包含氨基酸序列SEQ ID NO：106、SEQ ID NO：198、SEQ ID NO：205、SEQ ID NO：205、SEQ ID NO：212、SEQ IDNO：219、SEQ ID NO：226、SEQ ID NO：233、SEQ ID NO：240、SEQ ID NO：247、SEQ ID NO：24或SEQ ID NO：38，其中抗体进一步包含重链恒定结构域。如本文中其它地方更全面示出的，抗体重链恒定结构域可选自IgG1,IgG2,IgG3,IgG4,IgA,IgE,IgM或IgD恒定区，但最优选是IgG1或IgG2恒定区。IgG恒定区序列可以是已知存在于不同个体中的各种等位基因或同种异型中的任一项，诸如Gm(1),Gm(2),Gm(3)和Gm(17)。对于Fab片段重链基因，VH编码DNA可以可操作地连接至仅编码重链CH1恒定区的另一DNA分子。CH1重链恒定区可来源于任何重链基因。
在一个方面中，抗体可包含重链，其包含VH，所述VH选自包含氨基酸序列SEQ IDNO：106、SEQ ID NO：198、SEQ ID NO：205、SEQ ID NO：205、SEQ ID NO：212、SEQ ID NO：219、SEQ ID NO：226、SEQ ID NO：233、SEQ ID NO：240、SEQ ID NO：247、SEQ ID NO：24或SEQ IDNO：38的VH；且所述重链进一步包含人野生型IgG1恒定结构域，其包含氨基酸序列SEQ IDNO：256。在另一方面中，IgG1恒定结构域包含减小或消除Fc效应子功能的三重突变(hIgG1-3m；SEQ ID NO：257)。在一个方面中，本发明的抗体或其抗原结合片段可包含重链，其包含VH，所述VH包含序列SEQ ID NO：106、SEQ ID NO：198、SEQ ID NO：205、SEQ ID NO：205、SEQID NO：212、SEQ ID NO：219、SEQ ID NO：226、SEQ ID NO：233、SEQ ID NO：240、SEQ ID NO：247、SEQ ID NO：24或SEQ ID NO：38；且所述重链进一步包含人IgG1-3m恒定结构域以使得全长重链氨基酸序列包含SEQ ID NO:108、SEQ ID NO：200、SEQ ID NO：207、SEQ ID NO：214、SEQ ID NO：221、SEQ ID NO：228、SEQ ID NO：235、SEQ ID NO：242、SEQ ID NO：249、SEQID NO：28或SEQ ID NO：42。
在其它方面中，本公开内容提供了分离的抗体或其抗原结合部分，其包含全长重链，所述重链包含如SEQ ID NO:108、SEQ ID NO：200、SEQ ID NO：207、SEQ ID NO：214、SEQID NO：221、SEQ ID NO：228、SEQ ID NO:235、SEQ ID NO：242、SEQ ID NO：249、SEQ ID NO：28或SEQ ID NO：42中所示的氨基酸序列或其变体。在一个方面中，所述抗体变体包含SEQID NO:108、SEQ ID NO：200、SEQ ID NO：207、SEQ ID NO：214、SEQ ID NO：221、SEQ ID NO：228、SEQ ID NO：235、SEQ ID NO：242、SEQ ID NO：249、SEQ ID NO：28或SEQ ID NO：42的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个保守或非保守取代，和/或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个添加和/或缺失。在其它方面中，所述变体与SEQ ID NO:108、SEQ IDNO：200、SEQ ID NO：207、SEQ ID NO：214、SEQ ID NO：221、SEQ ID NO：228、SEQ ID NO：235、SEQ ID NO：242、SEQ ID NO：249、SEQ ID NO：28或SEQ ID NO：42共享至少65％、至少75％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％的序列同一性，并且其中所述抗体或抗原结合部分特异性结合TL1A。
本发明的抗体或其抗原结合片段可包含轻链，其包含VL，所述VL包含氨基酸序列SEQ ID NO：102、SEQ ID NO：22或SEQ ID NO：36，其中抗体进一步包含轻链恒定结构域。如本文中其它地方更全面示出的，抗体轻链恒定结构域可选自Cκ或Cλ恒定区，优选Cκ恒定区。
在一个方面中，抗体可包含轻链，其包含VL，所述VL选自包含氨基酸序列SEQ IDNO：102、SEQ ID NO：22或SEQ ID NO：36的VL；且所述轻链进一步包含人野生型Cλ恒定结构域，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：255，以使得全长轻链氨基酸序列包含SEQ ID NO：106、SEQ ID NO：26或SEQ ID NO：40。
在其它方面中，本公开内容提供了分离的抗体或其抗原结合部分，其包含全长轻链，所述轻链包含如SEQ ID NO：106、SEQ ID NO：26或SEQ ID NO：40中所示的氨基酸序列或其变体。在一个方面中，所述抗体变体包含SEQ ID NO：106、SEQ ID NO：26或SEQ ID NO：40的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个保守或非保守取代，和/或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个添加和/或缺失。在其它方面中，所述变体与SEQ ID NO：106、SEQ ID NO：26或SEQ ID NO：40共享至少65％、至少75％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％的序列同一性，且其中所述抗体或抗原结合部分特异性结合TL1A。
本发明涵盖抗体或其抗原结合片段，其包含由载体的多核苷酸插入物编码的重链可变结构域氨基酸序列的三个CDR，所述载体作为1D1 1.31VH于2013年10月17日保藏于ATCC(ATCC保藏号PTA-120639)。在一个方面中，本发明的抗体或其抗原结合片段包含由载体的多核苷酸插入物编码的VH结构域氨基酸序列，所述载体作为1D1 1.31VH保藏于ATCC(ATCC保藏号PTA-120639)。
本发明涵盖抗体或其抗原结合片段，其包含由载体的多核苷酸插入物编码的轻链可变结构域氨基酸序列的三个CDR，所述载体作为1D1 1.31VL于2013年10月17日保藏于ATCC(ATCC保藏号PTA-120640)。在一个方面中，本发明的抗体或其抗原结合片段包含由载体的多核苷酸插入物编码的VL结构域氨基酸序列，所述载体作为1D1 1.31VL保藏于ATCC(ATCC保藏号PTA-120640)。
本发明涵盖抗体或其抗原结合片段，其包含由载体的多核苷酸插入物编码的轻链可变结构域氨基酸序列的三个CDR，所述载体作为1D1 1.31VL于2013年10月17日保藏于ATCC(ATCC保藏号PTA-120640)；和由载体的多核苷酸插入物编码的重链可变结构域氨基酸序列的三个CDR，所述载体作为1D1 1.31VH保藏于ATCC(ATCC保藏号PTA-120639)。
本发明涵盖抗体或其抗原结合片段，其包含由载体的多核苷酸插入物编码的轻链可变结构域氨基酸序列，所述载体作为1D1 1.31VL于2013年10月17日保藏于ATCC(ATCC保藏号PTA-120640)；和由载体的多核苷酸插入物编码的重链可变结构域氨基酸序列，所述载体作为1D1 1.31VH保藏于ATCC(ATCC保藏号PTA-120639)。
可通过将VL编码DNA可操作地连接至编码轻链恒定区CL的另一DNA分子，将编码VL区的分离的DNA转化成全长轻链基因(以及Fab轻链基因)。人轻链恒定区基因的序列是本领域中已知的(Kabat,E.A.,等人,1991,Sequences of Proteins of ImmunologicalInterest,Fifth Edition,U.S.Department of Health and Human Services,NIHPublication No.91-3242)，并且包含这些区域的DNA片段可通过标准PCR扩增获得。轻链恒定区可以是κ或λ恒定区。κ恒定区可以是已知存在于不同个体中的各种等位基因中的任一项，诸如Inv(1),Inv(2)和Inv(3)。λ恒定区可来源于三种λ基因中的任一项。
本发明的抗体或其抗原结合片段可包含显示于图1中的VL或VH氨基酸之一的片段。例如，本发明的抗体或其抗原结合片段可包含至少7、至少8、至少9、至少10、至少12、至少15、至少18、至少20或至少25个连续氨基酸的片段，所述氨基酸来自包含SEQ ID NO：106、SEQ ID NO：198、SEQ ID NO：205、SEQ ID NO：205、SEQ ID NO：212、SEQ ID NO：219、SEQ IDNO：226、SEQ ID NO：233、SEQ ID NO：240、SEQ ID NO：247、SEQ ID NO：24或SEQ ID NO：38的VH，或来自包含SEQ ID NO：102、SEQ ID NO：22或SEQ ID NO：36的VL。这样的片段将优选保留如上文所述的一种或多种功能，诸如结合至TL1A的能力。
这些VH或VL序列中的任何序列的合适片段或变体将保留结合至TL1A的能力。其将优选保留特异性结合至TL1A的能力。其将优选保留特异性结合至与衍生其的抗体相同或相似的TL1A分子表位或区域的能力。其将优选保留衍生其的抗体的一种或多种另外的功能，诸如抑制TL1A结合至其受体的能力等。
合适的片段或变体VL序列将优选保留基于关于序列SEQ ID NO：102的Kabat编号的位置Tyr32和Trp94上的氨基酸。合适的片段或变体VH序列将优选保留基于关于序列SEQID NO：104的Kabat编号的位置Gly26,Tyr27,Ser28,Thr30,Tyr31,Trp50,Tyr53,Asn54,Asn56,Asn58,Thr73,Arg76,Tyr97,Gly99,Ser100,Gly100A,Ser100B,Arg100D上的氨基酸，或保留基于关于序列SEQ ID NO：104的Kabat编号的位置Gly26,Asp28,Thr30,Tyr31,Trp50,Tyr53,Asn54,Asn56,His58,Thr73,Arg76,Tyr97,Gly99,Ser100,Gly100A,Ser100B,Arg100D上的氨基酸。如在实施例中鉴定的，这些是具有
Figure BDA0000988789920001391
Figure BDA0000988789920001392
或更大的内埋表面积(BSA)的1D1和1D1 1.31轻链和重链可变结构域序列中的残基，或在抗体结合至TL1A时参与静电相互作用。
本发明的抗体或其抗原结合片段可包含来自本文中鉴定的特异性抗体的CDR区，诸如来自SEQ ID NO：106、SEQ ID NO：198、SEQ ID NO：205、SEQ ID NO：205、SEQ ID NO：212、SEQ ID NO：219、SEQ ID NO：226、SEQ ID NO：233、SEQ ID NO：240、SEQ ID NO：247、SEQID NO：24、SEQ ID NO：38、SEQ ID NO：102、SEQ ID NO：22或SEQ ID NO：36内的CDR区。这样的抗体将优选保留如本文所描述的结合至TL1A的能力。
例如，本发明的抗体的CDR序列显示于图1、表8、表11和序列列表(表40)中，其使用Kabat定义和AntibodyM定义。
在一个方面中，本公开内容提供了分离的抗体或其抗原结合部分，其包含：
a)VH，其包含：i)CDR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：202；ii)CDR-H2，其包含选自SEQ ID NO：203、210、217、224、231、238、245或252的氨基酸序列；iii)CDR-H2，其包含选自SEQ ID NO：204、211、218、225、232、239、246或253的氨基酸序列；和VL，其包含具有氨基酸序列SEQ ID NO：110的CDR-L1、具有氨基酸序列SEQ ID NO：111的CDR-L2和具有氨基酸序列SEQ ID NO：112的CDR-L3；
b)VH，其包含CDR-H1氨基酸序列SEQ ID NO：113、CDR-H2氨基酸序列SEQ ID NO：114、CDR-H3氨基酸序列SEQ ID NO：115；和VL，其包含CDR-L1氨基酸序列SEQ ID NO：110、CDR-L2氨基酸序列SEQ ID NO：111和CDR-L3氨基酸序列SEQ ID NO：112；
c)VH，其包含CDR-H1氨基酸序列SEQ ID NO：202、CDR-H2氨基酸序列SEQ ID NO：203、CDR-H3氨基酸序列SEQ ID NO：204；和VL，其包含CDR-L1氨基酸序列SEQ ID NO：110、CDR-L2氨基酸序列SEQ ID NO：111和CDR-L3氨基酸序列SEQ ID NO：112；
d)VH，其包含CDR-H1氨基酸序列SEQ ID NO：209、CDR-H2氨基酸序列SEQ ID NO：210、CDR-H3氨基酸序列SEQ ID NO：211；和VL，其包含CDR-L1氨基酸序列SEQ ID NO：110、CDR-L2氨基酸序列SEQ ID NO：111和CDR-L3氨基酸序列SEQ ID NO：112；
e)VH，其包含CDR-H1氨基酸序列SEQ ID NO：216、CDR-H2氨基酸序列SEQ ID NO：217、CDR-H3氨基酸序列SEQ ID NO：218；和VL，其包含CDR-L1氨基酸序列SEQ ID NO：110、CDR-L2氨基酸序列SEQ ID NO：111和CDR-L3氨基酸序列SEQ ID NO：112；
f)VH，其包含CDR-H1氨基酸序列SEQ ID NO：223、CDR-H2氨基酸序列SEQ ID NO：224、CDR-H3氨基酸序列SEQ ID NO：225；和VL，其包含CDR-L1氨基酸序列SEQ ID NO：110、CDR-L2氨基酸序列SEQ ID NO：111和CDR-L3氨基酸序列SEQ ID NO：112；
g)VH，其包含CDR-H1氨基酸序列SEQ ID NO：230、CDR-H2氨基酸序列SEQ ID NO：231、CDR-H3氨基酸序列SEQ ID NO：232；和VL，其包含CDR-L1氨基酸序列SEQ ID NO：110、CDR-L2氨基酸序列SEQ ID NO：111和CDR-L3氨基酸序列SEQ ID NO：112；
h)VH，其包含CDR-H1氨基酸序列SEQ ID NO：237、CDR-H2氨基酸序列SEQ ID NO：238、CDR-H3氨基酸序列SEQ ID NO：239；和VL，其包含CDR-L1氨基酸序列SEQ ID NO：110、CDR-L2氨基酸序列SEQ ID NO：111和CDR-L3氨基酸序列SEQ ID NO：112；
i)VH，其包含CDR-H1氨基酸序列SEQ ID NO：244、CDR-H2氨基酸序列SEQ NO：245、CDR-H3氨基酸序列SEQ ID NO：246；和VL，其包含CDR-L1氨基酸序列SEQ ID NO：110、CDR-L2氨基酸序列SEQ ID NO：111和CDR-L3氨基酸序列SEQ ID NO：112；
j)VH，其包含CDR-H1氨基酸序列SEQ ID NO：251、CDR-H2氨基酸序列SEQ NO：252、CDR-H3氨基酸序列SEQ ID NO：253；和VL，其包含CDR-L1氨基酸序列SEQ ID NO：110、CDR-L2氨基酸序列SEQ ID NO：111和CDR-L3氨基酸序列SEQ ID NO：112；
k)VH，其包含CDR-H1氨基酸序列SEQ ID NO：33、CDR-H2氨基酸序列SEQ NO：34、CDR-H3氨基酸序列SEQ ID NO：35；和VL，其包含CDR-L1氨基酸序列SEQ ID NO：30、CDR-L2氨基酸序列SEQ ID NO：31和CDR-L3氨基酸序列SEQ ID NO：32；或
l)VH，其包含CDR-H1氨基酸序列SEQ ID NO：47、CDR-H2氨基酸序列SEQ NO：48、CDR-H3氨基酸序列SEQ ID NO：49；和VL，其包含CDR-L1氨基酸序列SEQ ID NO：44、CDR-L2氨基酸序列SEQ ID NO：45和CDR-L3氨基酸序列SEQ ID NO：46。
在一个方面中，本公开内容提供了一种抗体变体，其包含针对上文列出的CDR的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个保守或非保守取代，和/或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个添加和/或缺失。在其它方面中，变体与上文列出的CDR序列共享至少65％、至少75％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％的序列同一性，且其中抗体或其抗原结合部分特异性结合TL1A。
抗体7D4、22F9及其变体
本发明的抗体或其抗原结合片段可包含VH，其包含：i)CDR-H1，其包含氨基酸序列GYTFTSYX1X2X3，其中X1是G或A；X2是I或M；以及X3是N或H(SEQ ID NO：386)；ii)CDR-H2，其包含氨基酸序列WIX4X5X6NGNTX7X8X9QKX10QG，其中X4是S或N；X5是T或A；X6是Y或G；X7是N或K；X8是S或Y；以及X9是A或S；X10是L或F(SEQ ID NO：387)；iii)CDR-H3，其包含氨基酸序列X11X12SSX13WFDAFDI，其中X11是A或G；X12是H或Y；以及X13是S或A(SEQ ID NO：388)；iv)D或E，其位于如通过VH的Kabat编号确定的位置H85上；和
VL，其包含具有氨基酸序列SEQ ID NO：96的CDR-L1、具有氨基酸序列SEQ ID NO：97的CDR-L2和具有氨基酸序列SEQ ID NO：98的CDR-L3。
在其它实施方案中，本发明的抗体或其抗原结合片段可包含VH，其包含SEQ IDNO：52或90；和VL，其包含SEQ ID NO：50。
本发明的抗体或其抗原结合片段可包含：
a)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：90；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：88；或
b)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：52；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：50。
在一个方面中，抗体包含VL，其包含序列SEQ ID NO：88或SEQ ID NO：50。在另一方面中，抗体包含这些序列的变体，其中这样的变体可包括保守和非保守取代、缺失和/或添加，且通常包括与本文所公开的任何特定序列共享至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少87％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％的序列同一性的肽。
例如，在一个方面中，本公开内容提供了分离的抗体或其抗原结合部分，其包含如SEQ ID NO：88或SEQ ID NO：50中所示的VL链氨基酸序列或其变体。在一个方面中，所述抗体变体包含针对SEQ ID NO：88或SEQ ID NO：50的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个保守或非保守取代，和/或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个添加和/或缺失。在其它方面中，所述变体与SEQ ID NO：88或SEQ ID NO：50共享至少65％、至少75％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％的序列同一性，且其中所述抗体或抗原结合部分特异性结合TL1A。
在其它方面中，本公开内容提供了分离的抗体或其抗原结合部分，其包含如SEQID NO：90或SEQ ID NO：52中所示的VH链氨基酸序列或其变体。在一个方面中，抗体变体包含针对SEQ ID NO：90或SEQ ID NO：52的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个保守或非保守取代，和/或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个添加和/或缺失。在其它方面中，变体与SEQ ID NO：90或SEQ ID NO：52共享至少65％、至少75％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％的序列同一性，且其中抗体或抗原结合部分特异性结合TL1A。
本发明的抗体或其抗原结合片段可包含重链，其包含VH，所述VH包含氨基酸序列SEQ ID NO：90或SEQ ID NO：52，其中抗体进一步包含重链恒定结构域。如本文中其它地方更全面示出的，抗体重链恒定结构域可选自IgG1,IgG2,IgG3,IgG4,IgA,IgE,IgM或IgD恒定区，但最优选是IgG1或IgG2恒定区。IgG恒定区序列可以是已知存在于不同个体中的各种等位基因或同种异型中的任一项，诸如Gm(1),Gm(2),Gm(3)和Gm(17)。对于Fab片段重链基因，VH编码DNA可以可操作地连接于仅编码重链CH1恒定区的另一DNA分子。CH1重链恒定区可来源于任何重链基因。
在一个方面中，抗体可包含重链，其包含VH，所述VH选自包含氨基酸序列SEQ IDNO：90或SEQ ID NO：52的VH；且所述重链进一步包含人野生型IgG1恒定结构域，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：256。在另一方面中，IgG1恒定结构域包含减小或消除Fc效应子功能的三重突变(hIgG1-3m；SEQ ID NO：257)。在一个方面中，本发明的抗体或其抗原结合片段可包含重链，其包含VH，所述VH包含序列SEQ ID NO：90或SEQ ID NO：52；且所述重链进一步包含人IgG1-3m恒定结构域以使得全长重链氨基酸序列包含SEQ ID NO:94或SEQ ID NO：56。
在另一方面中，本公开内容提供了分离的抗体或其抗原结合部分，其包含全长重链，所述全长重链包含如SEQ ID NO:94或SEQ ID NO：56中所示的氨基酸序列或其变体。在一个方面中，抗体变体包含针对SEQ ID NO:94或SEQ ID NO：56的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个保守或非保守取代，和/或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个添加和/或缺失。在其它方面中，变体与SEQ ID NO:94或SEQ ID NO：56共享至少65％、至少75％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％的序列同一性，且其中抗体或抗原结合部分特异性结合TL1A。
本发明的抗体或其抗原结合片段可包含轻链，其包含VL，所述VL包含氨基酸序列SEQ ID NO：88或SEQ ID NO：50，其中抗体进一步包含轻链恒定结构域。如本文中其它地方更全面示出的，抗体轻链恒定结构域可选自Cκ或Cλ恒定区，优选Cκ恒定区。
在一个方面中，抗体可包含轻链，其包含VL，所述VL选自包含氨基酸序列SEQ IDNO：88或SEQ ID NO：50的VL；且所述轻链进一步包含人野生型Cλ恒定结构域，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：255，以使得全长轻链氨基酸序列包含SEQ ID NO：92或SEQ ID NO：54。
在其它方面中，本公开内容提供了分离的抗体或其抗原结合部分，其包含全长轻链，所述全长轻链包含如SEQ ID NO：92或SEQ ID NO：54中所示的氨基酸序列或其变体。在一个方面中，抗体变体包含针对SEQ ID NO：92或SEQ ID NO：54的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个保守或非保守取代，和/或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个添加和/或缺失。在其它方面中，所述变体与SEQ ID NO：92或SEQ ID NO：54共享至少65％、至少75％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％的序列同一性，且其中所述抗体或抗原结合部分特异性结合TL1A。
本发明的抗体或其抗原结合片段可包含显示于图1中的VL或VH氨基酸序列之一的片段。例如，本发明的抗体或其抗原结合片段可包含至少7、至少8、至少9、至少10、至少12、至少15、至少18、至少20或至少25个连续氨基酸的片段，所述氨基酸来自包含SEQ ID NO：90或SEQ ID NO：52的VH，或来自包含SEQ ID NO：88或SEQ ID NO：50的VL。这样的片段将优选保留如上文所述的一种或多种功能，诸如结合至TL1A的能力、抑制TL1A结合至其受体DR3的能力、抑制TL1A通过其受体传导信号的能力等。
这些VH或VL序列中的任何序列的合适片段或变体将保留结合至TL1A的能力。其将优选保留特异性结合至TL1A的能力。其将优选保留特异性结合至与衍生其的抗体相同或相似的TL1A分子表位或区域的能力。其将优选保留衍生其的抗体的一种或多种另外的功能，诸如抑制TL1A结合至其受体(例如，DR3)的能力、抑制TL1A通过其受体传导信号的能力等。
本发明的抗体或其抗原结合片段可包含来自本文中鉴定的特异性抗体的CDR区，诸如来自SEQ ID NO：88、SEQ ID NO：50、SEQ ID NO：90或SEQ ID NO：50内的CDR区。这样的抗体将优选保留如本文所描述的结合至TL1A的能力。
例如，本发明的抗体的CDR序列显示于图1和序列列表(表40)中，其使用Kabat定义和AntibodyM定义。
在一个方面中，本公开内容提供了分离的抗体或其抗原结合部分，其包含：
a)VH，其包含CDR-H1氨基酸序列SEQ ID NO：99、CDR-H2氨基酸序列SEQ NO：100、CDR-H3氨基酸序列SEQ ID NO：101；和VL，其包含CDR-L1氨基酸序列SEQ ID NO：96、CDR-L2氨基酸序列SEQ ID NO：97和CDR-L3氨基酸序列SEQ ID NO：98；或
b)VH，其包含CDR-H1氨基酸序列SEQ ID NO：61、CDR-H2氨基酸序列SEQ NO：62、CDR-H3氨基酸序列SEQ ID NO：63；和VL，其包含CDR-L1氨基酸序列SEQ ID NO：58、CDR-L2氨基酸序列SEQ ID NO：59和CDR-L3氨基酸序列SEQ ID NO：60。
在一个方面中，本公开内容提供了一种抗体变体，将包含针对上文列出为SEQ IDNO：96-101或SEQ ID NO：58-63的CDR的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个保守或非保守取代，和/或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个添加和/或缺失。在其它方面中，变体与上文列出的CDR序列共享至少65％、至少75％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％的序列同一性，且其中抗体或抗原结合部分特异性结合TL1A。
抗体26B11、9B3及其变体
本发明的抗体或其抗原结合片段可包含VH，其包含：i)CDR-H1，其包含氨基酸序列GFTFSX1X2AX3H，其中X1是N或S；X2是Y或F；以及X3是L、M或I(SEQ ID NO：389)；ii)CDR-H2，其包含氨基酸序列LIX4X5DGSX6X7YYADSVKG，其中X4是S或P；X5是Y或F；X6是D、S或N；X7是K或N(SEQ ID NO：390)；iii)CDR-H3，其包含氨基酸序列DRX8YX9X10X11X12SX13SX14DAFDI，其中X8是E或N；X9是C或Y；X10是T或G；X11是Y或S；X12是S或G；X13是C或F；X14是Y或F；iv)A或T，其位于如通过VH的Kabat编号确定的位置H85上；v)M或L，其位于如通过VH的Kabat编号确定的位置108上；和VL，其包含具有氨基酸序列SEQ ID NO：76的CDR-L1、具有氨基酸序列SEQ ID NO：77的CDR-L2和具有氨基酸序列SEQ ID NO：78的CDR-L3；和F或Y，其位于如通过VL的Kabat编号确定的位置L83上。
在其它实施方案中，本发明的抗体或其抗原结合片段可包含VH，其包含SEQ IDNO：66、68或70；和VL，其包含SEQ ID NO：1或64。
本发明的抗体或其抗原结合片段可包含：
a)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：66；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：64；或
b)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：68和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：64，或
c)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：70和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：64，或
d)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：3；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：1；或
e)VH，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：5；和VL，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：1。
在一个方面中，抗体包含VL，其包含序列SEQ ID NO：64或SEQ ID NO：1。在另一方面中，抗体包含这些序列的变体，其中这样的变体可包括保守和非保守取代、缺失和/或添加，且通常包括与本文所公开的任何特定序列共享至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少87％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％的序列同一性的肽。
例如，在一个方面中，本公开内容提供了分离的抗体或其抗原结合部分，其包含如SEQ ID NO：64或SEQ ID NO：1中所示的VL链氨基酸序列或其变体。在一个方面中，所述抗体变体包含针对SEQ ID NO：64或SEQ ID NO：1的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个保守或非保守取代，和/或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个添加和/或缺失。在其它方面中，所述变体与SEQ ID NO：64或SEQ ID NO：1共享至少65％、至少75％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％的序列同一性，且其中所述抗体或抗原结合部分特异性结合TL1A。
在其它方面中，本公开内容提供了分离的抗体或其抗原结合部分，其包含如SEQID NO：66、SEQ ID NO：68或SEQ ID NO：70、SEQ ID NO：3或SEQ ID NO：5中所示的VH链氨基酸序列或其变体。在一个方面中，所述抗体变体包含针对SEQ ID NO：66、SEQ ID NO：68或SEQ ID NO：70、SEQ ID NO：3或SEQ ID NO：5的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个保守或非保守取代，和/或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个添加和/或缺失。在其它方面中，所述变体与SEQ ID NO：66、SEQ ID NO：68或SEQ ID NO：70、SEQ ID NO：3或SEQID NO：5共享至少65％、至少75％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％的序列同一性，且其中所述抗体或抗原结合部分特异性结合TL1A。
本发明的抗体或其抗原结合片段可包含重链，其包含VH，所述VH包含氨基酸序列SEQ ID NO：66、SEQ ID NO：68或SEQ ID NO：70、SEQ ID NO：3或SEQ ID NO：5，其中抗体进一步包含重链恒定结构域。如本文中其它地方更全面示出的，抗体重链恒定结构域可选自IgG1,IgG2,IgG3,IgG4,IgA,IgE,IgM或IgD恒定区，但最优选是IgG1或IgG2恒定区。IgG恒定区序列可以是已知存在于不同个体中的各种等位基因或同种异型中的任一项，诸如Gm(1),Gm(2),Gm(3)和Gm(17)。对于Fab片段重链基因，VH编码DNA可以可操作地连接于仅编码重链CH1恒定区的另一DNA分子。CH1重链恒定区可来源于任何重链基因。
在一个方面中，抗体可包含重链，其包含VH，所述VH选自包含氨基酸序列SEQ IDNO：66、SEQ ID NO：68或SEQ ID NO：70、SEQ ID NO：3或SEQ ID NO：5的VH，且所述重链进一步包含人野生型IgG1恒定结构域，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：256。在另一方面中，IgG1恒定结构域包含减小或消除Fc效应子功能的三重突变(hIgG1-3m；SEQ ID NO：257)。在一个方面中，本发明的抗体或其抗原结合片段可包含重链，其包含VH，所述VH包含序列SEQ IDNO：66、SEQ ID NO：68或SEQ ID NO：70、SEQ ID NO：3或SEQ ID NO：5，且所述重链进一步包含人IgG1-3m恒定结构域以使得全长重链氨基酸序列包含SEQ ID NO:74、SEQ ID NO：9或SEQ ID NO：11。
在其它方面中，本公开内容提供了分离的抗体或其抗原结合部分，其包含全长重链，所述全长重链包含如SEQ ID NO.74、SEQ ID NO：9或SEQ ID NO：11中所示的氨基酸序列或其变体。在一个方面中，所述抗体变体包含针对SEQ ID NO.74、SEQ ID NO：9或SEQ IDNO：11的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个保守或非保守取代，和/或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个添加和/或缺失。在其它方面中，所述变体与SEQ ID NO:74、SEQ ID NO：9或SEQ ID NO：11共享至少65％、至少75％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％的序列同一性，且其中所述抗体或抗原结合部分特异性结合TL1A。
本发明的抗体或其抗原结合片段可包含轻链，其包含VL，所述VL包含氨基酸序列SEQ ID NO：64或SEQ ID NO：1，其中抗体进一步包含轻链恒定结构域。如本文中其它地方更全面示出的，抗体轻链恒定结构域可选自Cκ或Cλ恒定区，优选Cκ恒定区。
在一个方面中，抗体可包含轻链，其包含VL，所述VL选自包含氨基酸序列SEQ IDNO：64或SEQ ID NO：1；且所述轻链进一步包含人野生型Cλ恒定结构域，其包含氨基酸序列SEQ ID NO：255，以使得全长轻链氨基酸序列包含SEQ ID NO：72或SEQ ID NO：7。
在其它方面中，本公开内容提供了分离的抗体或其抗原结合部分，其包含全长轻链，所述全长轻链包含如SEQ ID NO：72或SEQ ID NO：7中所示的氨基酸序列或其变体。在一个方面中，所述抗体变体包含针对SEQ ID NO：72或SEQ ID NO：7的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个保守或非保守取代，和/或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个添加和/或缺失。在其它方面中，所述变体与SEQ ID NO：72或SEQ ID NO：7共享至少65％、至少75％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％的序列同一性，且其中所述抗体或抗原结合部分特异性结合TL1A。
本发明的抗体或其抗原结合片段可包含显示于图1中的VL或VH氨基酸序列之一的片段。例如，本发明的抗体或其抗原结合片段可包含至少7、至少8、至少9、至少10、至少12、至少15、至少18、至少20或至少25个连续氨基酸的片段，所述氨基酸来自包含SEQ ID NO：66、SEQ ID NO：68或SEQ ID NO：70、SEQ ID NO：3或SEQ ID NO：5的VH，或来自包含SEQ IDNO：72或SEQ ID NO：7的VL。这样的片段将优选保留如上文所述的一种或多种功能，诸如结合至TL1A的能力。
这些VH或VL序列中的任何序列的合适片段或变体将保留结合至TL1A的能力。其将优选保留特异性结合至TL1A的能力。其将优选保留特异性结合至与衍生其的抗体相同或相似的TL1A分子表位或区域的能力。其将优选保留衍生其的抗体的一种或多种另外功能，诸如抑制TL1A结合至其受体的能力等。
本发明的抗体或其抗原结合片段可包含来自本文中鉴定的特异性抗体的CDR区，诸如来自SEQ ID NO：66、SEQ ID NO：68或SEQ ID NO：70、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：5、SEQID NO：64或SEQ ID NO：1内的CDR区。这样的抗体将优选保留如本文所描述的结合至TL1A的能力。
例如，本发明的抗体的CDR序列显示于图1和序列列表(表40)中，其使用Kabat定义和AntibodyM定义。
在一个方面中，本公开内容提供了分离的抗体或其抗原结合部分，其包含：
a)CDR-H1氨基酸序列SEQ ID NO：79、CDR-H2氨基酸序列SEQ NO：80和CDR-H3氨基酸序列SEQ ID NO：81；和VL，其包含CDR-L1氨基酸序列SEQ ID NO：76、CDR-L2氨基酸序列SEQ ID NO：77和CDR-L3氨基酸序列SEQ ID NO：78；
b)VH，其包含CDR-H1氨基酸序列SEQ ID NO：82、CDR-H2氨基酸序列SEQ NO：83和CDR-H3氨基酸序列SEQ ID NO：84；和VL，其包含CDR-L1氨基酸序列SEQ ID NO：76、CDR-L2氨基酸序列SEQ ID NO：77和CDR-L3氨基酸序列SEQ ID NO：78；或
c)VH，其包含CDR-H1氨基酸序列SEQ ID NO：85、CDR-H2氨基酸序列SEQ NO：86和CDR-H3氨基酸序列SEQ ID NO：87；和VL，其包含CDR-L1氨基酸序列SEQ ID NO：76、CDR-L2氨基酸序列SEQ ID NO：77和CDR-L3氨基酸序列SEQ ID NO：78；或
d)VH，其包含CDR-H1氨基酸序列SEQ ID NO：16、CDR-H2氨基酸序列SEQ ID NO：17、CDR-H3氨基酸序列SEQ ID NO：18；和VL，其包含CDR-L1氨基酸序列SEQ ID NO：13、CDR-L2氨基酸序列SEQ ID NO：14和CDR-L3氨基酸序列SEQ ID NO：15；或
e)VH，其包含CDR-H1氨基酸序列SEQ ID NO：19、CDR-H2氨基酸序列SEQ ID NO：20、CDR-H3氨基酸序列SEQ ID NO：21；和VL，其包含CDR-L1氨基酸序列SEQ ID NO：13、CDR-L2氨基酸序列SEQ ID NO：14和CDR-L3氨基酸序列SEQ ID NO：15。
在一个方面中，本公开内容提供了一种抗体变体，其包含针对上文列出的CDR的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个保守或非保守取代，和/或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个添加和/或缺失。在其它方面中，变体与上文列出的CDR序列共享至少65％、至少75％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％的序列同一性，且其中抗体或抗原结合部分特异性结合TL1A。
多核苷酸、载体和宿主细胞
本发明还提供了编码抗体中的任一项的多核苷酸，包括本文中所描述的抗体片段和经修饰的抗体，诸如具有受损效应子功能的抗体。在另一方面中，本发明提供了一种制备本文中所描述的任何多核苷酸的方法。多核苷酸可通过本领域中已知的程序制备和表达。因此，本发明提供了多核苷酸或包含多核苷酸的组合物，包括药物组合物，所述多核苷酸编码以下TL1A抗体及其抗原结合片段中的任一项：1D1VL(SEQ ID NO:102),1D1VH(SEQ IDNO:104),1D1LC(SEQ ID NO:106),1D1-hIgG1-3m-HC(SEQ ID NO:108),1D1 1.27VH(SEQ IDNO:198),1D1 1.27-hIgG1-3m-HC(SEQ ID NO:200),1D1 1.28VH(SEQ ID NO:205),1D11.28-hIgG1-3m-HC(SEQ ID NO:207),1D11.29VH(SEQ ID NO:212),1D1 1.29-hIgG1-3m-HC(SEQ ID NO:214),1D1 1.30VH(SEQ ID NO:219),1D1 1.30-hIgG1-3m-HC(SEQ ID NO:221),1D1 1.31VH(SEQ ID NO:226),1D11.31-hIgG1-3m-HC(SEQ ID NO:228),1D1 1.32VH(SEQ ID NO:233),1D1 1.32-hIgG1-3m-HC(SEQ ID NO:235),1D1 1.33VH(SEQ ID NO:240),1D1 1.33-hIgG1-3m-HC(SEQ ID NO:242),1D1 1.34VH(SEQ ID NO:247),1D1 1.34-hIgG1-3m-HC(SEQ ID NO:249),15A9VL(SEQ ID NO:22),15A9VH(SEQ ID NO:24),15A9LC(SEQ ID NO:26),1D1-hIgG1-3m-HC(SEQ ID NO:28),15C11VL(SEQ ID NO:36),15C11VH(SEQ ID NO:38),15C11LC(SEQ ID NO:40),15C11-hIgG1-3m-HC(SEQ ID NO:42),7D4VL(SEQ ID NO:88),7D4VH(SEQ ID NO:90),7D4LC(SEQ ID NO:92),7D4-hIgG1-3m-HC(SEQ IDNO:94),22F9VL(SEQ ID NO:50),22F9VH(SEQ ID NO:52),22F9LC(SEQ ID NO:54),22F9-hIgG1-3m-HC(SEQ ID NO:56),26B11VL(SEQ ID NO:64),26B11VH1(SEQ ID NO:66),26B11VH2(SEQ ID NO:68),26B11VH-MDX(SEQ ID NO:70),26B11LC(SEQ ID NO:72),26B11-hIgG1-3m-HC(SEQ ID NO:74),9B3VL(SEQ ID NO:1),9B3VH1(SEQ ID NO:3)；9B3VH2(SEQID NO:5),9B3LC(SEQ ID NO:7),9B3-hIgG1-3m-HC1(SEQ ID NO:9),9B3-hIgG1-3m-HC2(SEQ ID NO:11)，或其具有结合TL1A能力的任何片段或部分。
本发明提供了多核苷酸或包含多核苷酸的组合物，所述多核苷酸编码本发明的以下TL1A抗体及其抗原结合片段的任一项，包括：1D1VL(SEQ ID NO:102),1D1VH(SEQ ID NO:104),1D1LC(SEQ ID NO:106),1D1-hIgG1-3m-HC(SEQ ID NO:108),1D1 1.27VH(SEQ IDNO:198),1D1 1.27-hIgG1-3m-HC(SEQ ID NO:200),1D1 1.28VH(SEQ ID NO:205),1D11.28-hIgG1-3m-HC(SEQ ID NO:207),1D11.29VH(SEQ ID NO:212),1D1 1.29-hIgG1-3m-HC(SEQ ID NO:214),1D1 1.30VH(SEQ ID NO:219),1D1 1.30-hIgG1-3m-HC(SEQ ID NO:221),1D1 1.31VH(SEQ ID NO:226),1D11.31-hIgG1-3m-HC(SEQ ID NO:228),1D1 1.32VH(SEQ ID NO:233),1D1 1.32-hIgG1-3m-HC(SEQ ID NO:235),1D1 1.33VH(SEQ ID NO:240),1D1 1.33-hIgG1-3m-HC(SEQ ID NO:242),1D1 1.34VH(SEQ ID NO:247),1D1 1.34-hIgG1-3m-HC(SEQ ID NO:249),15A9VL(SEQ ID NO:22),15A9VH(SEQ ID NO:24),15A9LC(SEQ ID NO:26),1D1-hIgG1-3m-HC(SEQ ID NO:28),15C11VL(SEQ ID NO:36),15C11VH(SEQ ID NO:38),15C11LC(SEQ ID NO:40),15C11-hIgG1-3m-HC(SEQ ID NO:42),7D4VL(SEQ ID NO:88),7D4VH(SEQ ID NO:90),7D4LC(SEQ ID NO:92),7D4-hIgG1-3m-HC(SEQ IDNO:94),22F9VL(SEQ ID NO:50),22F9VH(SEQ ID NO:52),22F9LC(SEQ ID NO:54),22F9-hIgG1-3m-HC(SEQ ID NO:56),26B11VL(SEQ ID NO:64),26B11VH1(SEQ ID NO:66),26B11VH2(SEQ ID NO:68),26B11VH-MDX(SEQ ID NO:70),26B11LC(SEQ ID NO:72),26B11-hIgG1-3m-HC(SEQ ID NO:74),9B3VL(SEQ ID NO:1),9B3VH1(SEQ ID NO:3)；9B3VH2(SEQID NO:5),9B3LC(SEQ ID NO:7),9B3-hIgG1-3m-HC1(SEQ ID NO:9),9B3-hIgG1-3m-HC2(SEQ ID NO:11)，或其具有结合TL1A能力的任何片段或部分，其中多核苷酸的序列包含序列SEQ ID NO:103(编码1D1VL),SEQ ID NO:105(编码1D1VH),SEQ ID NO:107(编码1D1LC),SEQ ID NO:109(编码1D1-hIgG1-3m-HC),SEQ ID NO:199(编码1D1 1.27VH),SEQ ID NO:201(编码1D1 1.27-hIgG1-3m-HC),SEQ ID NO:206(编码1D1 1.28VH),SEQ ID NO:208(编码1D11.28-hIgG1-3m-HC),SEQ ID NO:213(编码1D1 1.29VH),SEQ ID NO:215(编码1D11.29-hIgG1-3m-HC),SEQ ID NO:220(编码1D1 1.30VH),SEQ ID NO:222(编码1D1 1.30-hIgG1-3m-HC),SEQ ID NO:227(编码1D1 1.31VH),SEQ ID NO:229(编码1D11.31-hIgG1-3m-HC),SEQ ID NO:234(编码1D1 1.32VH),SEQ ID NO:236(编码1D1 1.32-hIgG1-3m-HC),SEQ ID NO:241(编码1D1 1.33VH),SEQ ID NO:243(编码1D1 1.33-hIgG1-3m-HC),SEQ IDNO:248(编码1D1 1.34VH),SEQ ID NO:250(编码1D11.34-hIgG1-3m-HC),SEQ ID NO:23(编码15A9VL),SEQ ID NO:25(编码15A9VH),SEQ ID NO:27(编码15A9LC),SEQ ID NO:29(编码1D1-hIgG1-3m-HC),SEQ ID NO:37(编码15C11VL),SEQ ID NO:39(编码15C11VH),SEQ IDNO:41(编码15C11LC),SEQ ID NO:43(编码15C11-hIgG1-3m-HC),SEQ ID NO:89(编码7D4VL),SEQ ID NO:91(编码7D4VH,SEQ ID NO:93(编码7D4LC),SEQ ID NO:95(编码7D4-hIgG1-3m-HC),SEQ ID NO:51(编码22F9VL),SEQ ID NO:53(编码22F9VH),SEQ ID NO:55(编码22F9LC),SEQ ID NO:57(编码22F9-hIgG1-3m-HC),SEQ ID NO:65(编码26B11VL),SEQID NO:67(编码26B11VH1),SEQ ID NO:69(编码26B11VH2),SEQ ID NO:71(编码26B11VH-MDX),SEQ ID NO:73(编码26B11LC),SEQ ID NO:75(编码26B11-hIgG1-3m-HC),SEQ ID NO:2(编码9B3VL),SEQ ID NO:4(编码9B3VH1),SEQ ID NO:6(编码9B3VH2),SEQ ID NO:8(编码9B3LC),SEQ ID NO:10(编码9B3-hIgG1-3m-HC1),SEQ ID NO:12(编码9B3-hIgG1-3m-HC2)，或其具有结合TL1A能力的任何片段或部分。
在一个实施方案中，VH和VL结构域或其抗原结合片段或全长HC或LC由单独的多核苷酸编码。或者，VH和VL两者或其抗原结合片段或HC和LC由单个多核苷酸编码。
在另一方面中，本发明提供了编码TL1A抗体的多核苷酸及其变体，其中这样的变体多核苷酸与本文所公开的任何特定核酸共享至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少87％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％的序列同一性。
本发明还涵盖与任何这样的序列互补的多核苷酸。多核苷酸可以是单链(编码或反义)或双链的，且可以是DNA(基因组、cDNA、或合成的)或RNA分子。RNA分子包括HnRNA分子，其含有内含子且以一对一方式对应于DNA分子；和mRNA分子，其不含内含子。另外的编码或非编码序列可能(但不必须)存在于本发明的多核苷酸内，且多核苷酸可能(但不必须)连接至其它分子和/或支持物质。
多核苷酸可包含天然序列(即，编码抗体或其片段的内源序列)或可包含这样的序列的变体。多核苷酸变体含有一个或多个取代、添加、缺失和/或插入以使得所编码的多肽的免疫反应性相对于天然免疫反应性分子不降低。对所编码的多肽的免疫反应性的效应可通常如本文所描述的评估。变体优选显示与编码天然抗体或其片段的多核苷酸序列至少约70％的同一性，更优选至少约80％的同一性，更优选至少约90％的同一性，且最优选至少约95％的同一性。
当如下文所描述的针对最大对应性进行比对时，如果两个序列中的核苷酸或氨基酸序列相同，则两个多核苷酸或多肽序列称为是“相同的”。两个序列之间的比较通常通过在比较窗口上比较序列以鉴定和比较局部区域的序列相似性来进行。如本文中所使用的“比较窗口”是指至少约20个连续位置，通常30至约75，或40至约50个连续位置的区段，其中两个序列经最佳比对之后，序列可与相同数目连续位置的参考序列相比较。
用于比较的最佳序列比对可使用默认参数，使用生物信息软件的
Figure BDA0000988789920001551
套件中的
Figure BDA0000988789920001552
程序(
Figure BDA0000988789920001553
Inc.,Madison,WI)来进行。此程序体现以下参考文献中描述的几种比对方案：Dayhoff,M.O.,1978,A model of evolutionary changein proteins-Matrices for detecting distant relationships.In Dayhoff,M.O.(ed.)Atlas of Protein Sequence and Structure,National Biomedical ResearchFoundation,Washington DC Vol.5,Suppl.3,pp.345-358；Hein J.,1990,UnifiedApproach to Alignment and Phylogenes pp.626-645Methods in Enzymology vol.183,Academic Press,Inc.,San Diego,CA；Higgins,D.G.and Sharp,P.M.,1989,CABIOS 5:151-153；Myers,E.W.and Muller W.,1988,CABIOS 4:11-17；Robinson,E.D.,1971,Comb.Theor.11:105；Santou,N.,Nes,M.,1987,Mol.Biol.Evol.4:406-425；Sneath,P.H.A.and Sokal,R.R.,1973,Numerical Taxonomy the Principles and Practice ofNumerical Taxonomy,Freeman Press,San Francisco,CA；Wilbur,W.J.and Lipman,D.J.,1983,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 80:726-730。
优选地，“序列同一性的百分比”通过在至少20个位置的比较窗口上比较两个最佳比对序列来确定，其中比较窗口中的多核苷酸或多肽序列的部分可相较于用于两个序列的最佳比对的参考序列(其不包含添加或缺失)包含20％或更少，通常5％至15％，或10％至12％的添加或缺失(即，间隙)。百分比通过以下计算：确定相同核酸碱基或氨基酸残基出现在两个序列中的位置数目以产生匹配位置的数目，将匹配位置的数目除以参考序列中的位置总数(即，窗口尺寸)和将结果乘以100以产生序列同一性百分比。
变体还可或替代地与天然基因或其部分或互补物基本上同源。这样的多核苷酸变体在适度严格条件下能够与编码天然抗体(或互补序列)的天然存在的DNA序列杂交。
适当的“适度严格条件”包括在5X SSC、0.5％SDS、1.0mM EDTA(pH 8.0)的溶液中预洗涤；在50℃-65℃，5X SSC下杂交过夜；之后在65℃下用含0.1％SDS的2X、0.5X和0.2XSSC各自洗涤两次进行20分钟。
如本文中所使用的，“高严格条件”或“高严格度条件”是(1)使用低离子强度和高温用于洗涤，例如在50℃下0.015M氯化钠/0.0015M柠檬酸钠/0.1％十二烷基硫酸钠；(2)在杂交期间使用变性剂，诸如甲酰胺，例如在42℃下具有0.1％牛血清白蛋白的50％(v/v)甲酰胺/0.1％Ficoll/0.1％聚乙烯吡咯烷酮/具有750mM氯化钠、75mM柠檬酸钠的50mM磷酸钠缓冲液(pH 6.5)；或(3)在42℃下使用50％甲酰胺、5x SSC(0.75M NaCl，0.075M柠檬酸钠)、50mM磷酸钠(pH 6.8)、0.1％焦磷酸钠、5x Denhardt溶液、超声处理的鲑鱼精DNA(50μg/ml)、0.1％SDS和10％硫酸葡聚糖，其中在42℃下在0.2x SSC(氯化钠/柠檬酸钠)中以及在55℃下在50％甲酰胺中洗液，之后在55℃下用由含EDTA的0.1X SSC组成的高严格度洗液洗涤。本领域技术人员将认识到如何视需要调整温度、离子强度等以适应诸如探针长度等的因素。
本领域普通技术人员将理解，由于遗传密码的简并性，存在许多编码如本文所描述的多肽的核苷酸序列。这些多核苷酸的一些与任何天然基因的核苷酸序列具有最小同源性。尽管如此，本发明特别考虑了因密码子使用的差异而导致多核苷酸发生改变。此外，包含本文所提供的多核苷酸序列的基因的等位基因在本发明范围内。等位基因是由于核苷酸的一个或多个突变(诸如缺失、添加和/或取代)而发生变化的内源基因。所得的mRNA和蛋白质可(但不必须)具有改变的结构或功能。等位基因可使用标准技术(诸如杂交、扩增和/或数据库序列比较)来鉴定。
本发明的多核苷酸可使用化学合成、重组方法或PCR获得。化学多核苷酸合成方法是本领域中所熟知的且无需详细描述于本文中。本领域技术人员可使用本文所提供的序列和商购DNA合成仪来产生所需DNA序列。
为了使用重组方法制备多核苷酸，可将包含所需序列的多核苷酸插入适当的载体中，并且进而可将载体引入适当的宿主细胞中用于复制和扩增，如本文中进一步论述的。多核苷酸可通过本领域中已知的任何方法插入宿主细胞中。通过直接吸收、胞吞作用、转染、F-交配或电穿孔引入外源多核苷酸来转化细胞。经引入后，外源多核苷酸可作为非整合载体(诸如质粒)维持在细胞内或整合入宿主细胞基因组中。如此扩增的多核苷酸可通过本领域内熟知的方法从宿主细胞分离。参见例如，Sambrook等人，1989。
可选择地，PCR允许DNA序列的复制。PCR技术是本领域中所熟知的且描述于美国专利号4,683,195、4,800,159、4,754,065和4,683,202以及PCR:The Polymerase ChainReaction,Mullis等人eds.,Birkauswer Press,Boston,1994中。
RNA可通过使用适当载体中的分离的DNA并将其插入适当的宿主细胞中获得。当细胞复制并且DNA转录至RNA时，随后可使用本领域技术人员熟知的方法分离RNA，例如，如Sambrook等人，1989(见上文)所示出的。
合适的克隆载体可根据标准技术构建，或可选自本领域中可获得的大量克隆载体。虽然所选的克隆载体可根据意欲使用的宿主细胞改变，但可用的克隆载体将一般具有自我复制能力，可具有针对特定限制性核酸内切酶的单一靶，和/或可携带可用于选择含有载体的克隆的标记的基因。适当的实例包括质粒和细菌病毒，例如，pUC18、pUC19、Bluescript(例如，pBS SK+)及其衍生物、mp18、mp19、pBR322、pMB9、ColE1、pCR1、RP4、噬菌体DNA和穿梭载体诸如pSA3和pAT28。这些和许多其它克隆载体可购自商业供货商诸如BioRad、Strategene和Invitrogen。
进一步提供了表达载体。表达载体一般是含有根据本发明的多核苷酸的可复制的多核苷酸构建体。这意味着表达载体必须在宿主细胞中作为游离基因或作为染色体DNA的整合部分而是可复制的。适当的表达载体包括但不限于质粒、病毒载体(包括腺病毒、腺相关病毒、逆转录病毒)、黏粒和PCT公开号WO 87/04462中公开的表达载体。载体组分可一般包括但不限于以下一个或多个：信号序列；复制起点；一种或多种标记基因；适当的转录控制元件(诸如启动子、增强子和终止子)。对于表达(即，翻译)，通常还需要一种或多种翻译控制元件，诸如核糖体结合位点、翻译起始位点和终止密码子。
含有目标多核苷酸的载体和/或多核苷酸自身可通过多种适当方法中的任何方法引入宿主细胞中，包括电穿孔、使用氯化钙、氯化铷、磷酸钙、DEAE-葡聚糖或其它物质的转染；微粒轰击；脂质体转染；和感染(例如，当载体是感染原诸如牛痘病毒时)。引入载体或多核苷酸的选择常常将取决于宿主细胞的特征。
本发明还提供了包含本文中所描述的多核苷酸中的任一项的宿主细胞。能够过表达异源DNA的任何宿主细胞可用于分离编码目标抗体、多肽或蛋白质的基因的目的。哺乳动物宿主细胞的非限制性实例包括但不限于COS、HeLa和CHO细胞。也参见PCT公开号WO 87/04462。适当的非哺乳动物宿主细胞包括原核生物(诸如大肠杆菌(E.coli)或枯草芽胞细菌(B.subtillis))和酵母(诸如酿酒酵母(S.cerevisae)、裂殖酵母(S.pombe)或乳酸克鲁维酵母(K.lactis))。优选地，宿主细胞表达cDNA的水平比相应内源目标抗体或蛋白质(如果存在)在宿主细胞中表达的水平高约5倍，更优选高10倍，甚至更优选高20倍。筛选用于特异性结合至TL1A的宿主细胞由免疫测定或FACS实现。可鉴定过表达目标抗体或蛋白质的细胞。
表达载体可用于直接表达TL1A抗体。本领域技术人员熟悉表达载体的施用以在体内获得外源蛋白质的表达。参见例如，美国专利号6,436,908；6,413,942；和6,376,471。表达载体的施用包括局部或全身施用，包括注射、口服施用、粒子枪或导管施用和表面施用。在另一实施方案中，将表达载体直接施用至交感神经干或神经节，或施用至冠状动脉、心房、心室或心包膜中。
还可使用含有表达载体或亚基因组多核苷酸的治疗组合物的靶向递送。受体介导DNA递送技术描述于例如Findeis等人,Trends Biotechnol.,1993,11:202；Chiou等人,Gene Therapeutics:Methods And Applications Of Direct Gene Transfer,J.A.Wolff,ed.,1994；Wu等人,J.Biol.Chem.,1988,263:621；Wu等人,J.Biol.Chem.,1994,269:542；Zenke等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1990,87:3655；Wu等人,J.Biol.Chem.,1991,266:338中。对于基因疗法方案中的局部施用，在约100ng至约200mg DNA范围内施用含有多核苷酸的治疗组合物。在基因疗法方案期间还可使用约500ng至约50mg，约1μg至约2mg，约5μg至约500μg和约20μg至约100μg DNA的浓度范围。治疗性多核苷酸和多肽可使用基因递送媒介物递送。基因递送媒介物可以是病毒或非病毒来源的(一般参见Jolly,Cancer GeneTherapy,1994,1:51；Kimura,Human Gene Therapy,1994,5:845；Connelly,Human GeneTherapy,1995,1:185；和Kaplitt,Nature Genetics,1994,6:148)。可使用内源哺乳动物或异源启动子诱导这样的编码序列的表达。编码序列的表达可以是组成性的或受调节的。
用于递送所需多核苷酸和在所需细胞中表达的基于病毒的载体是本领域中所熟知是。示例性基于病毒的媒介物包括但不限于重组逆转录病毒(参见例如，PCT公开号WO90/07936；WO 94/03622；WO 93/25698；WO 93/25234；WO 93/11230；WO 93/10218；WO 91/02805；US专利号5,219,740和4,777,127；GB专利号2,200,651；和EP专利号0 345 242)、基于甲病毒的载体(例如，Sindbis病毒载体、西门利克森林病毒(ATCC VR-67；ATCC VR-1247)、罗斯河病毒(ATCC VR-373；ATCC VR-1246)和委内瑞拉马脑炎病毒(ATCC VR-923；ATCC VR-1250；ATCC VR 1249；ATCC VR-532))和腺相关病毒(AAV)载体(参见例如，PCT公开号WO 94/12649；WO 93/03769；WO 93/19191；WO 94/28938；WO 95/11984和WO 95/00655)。还可使用如描述于Curiel,Hum.Gene Ther.,1992,3:147中的连接至被杀死的腺病毒的DNA的施用。
还可使用非病毒递送媒介物和方法，包括但不限于连接至或未连接至单独的被杀死的腺病毒的聚阳离子凝聚DNA(参见例如，Curiel,Hum.Gene Ther.,1992,3:147)；配体连接的DNA(参见例如，Wu,J.Biol.Chem.,1989,264:16985)；真核细胞递送媒介物细胞(参见例如，美国专利号5,814,482；PCT公开号WO 95/07994；WO 96/17072；WO 95/30763；和WO97/42338)和核电荷中和或与细胞膜融合。还可使用裸DNA。示例性裸DNA引入方法描述于PCT公开号WO 90/11092和美国专利号5,580,859中。可用作基因递送媒介物的脂质体描述于美国专利号5,422,120；PCT公开号WO 95/13796；WO 94/23697；WO 91/14445；和EP0524968中。另外的方法描述于Philip,Mol.Cell Biol.,1994,14:2411和Woffendin,Proc.Natl.Acad.Sci.,1994,91:1581中。
抗体结合
本文中所描述的抗体或其抗原结合片段选择性结合肿瘤坏死因子样配体1A(TL1A)。在一个实施方案中，抗体或其抗原结合片段结合人肿瘤坏死因子样配体1A(hTL1A)。
在某些情况下，特别是当开发治疗剂时，有利的是将抗体与来自可用作具有安全性和/或功效的代替模型的其它物种的TL1A交叉反应。例如，在一些情况下，治疗剂的毒性和/或功效可在特定疾病的代替动物模型中测量。如此，在一个实施方案中，抗体或其抗原结合片段结合人肿瘤坏死因子样配体1A(hTL1A)，以及来自至少一种选自小鼠、大鼠、狗和食蟹猴的其它哺乳动物的肿瘤坏死因子样配体1A。在特定实施方案中，针对来自选自小鼠、大鼠、狗和食蟹猴的至少一种其它哺乳动物的肿瘤坏死因子样配体1A的抗体的KD不高于针对hTL1A的抗体的KD的30倍，例如，不高于20倍，不高于15倍，或不高于10倍。在另一实施方案中，抗体或其抗原结合片段针对鼠TL1A的亲和力是如通过SPR测量的10nM或10nM以下，例如3nM或3nM以下，1nM或1nM以下，300pM或300pM以下，或100pM或100pM以下。
在另一实施方案中，抗体或其抗原结合片段针对人TNFα的亲和力是如通过SPR测量的1μM或1μM以上，例如3μM或3μM以上，10μM或10μM以上，30μM或30μM以上，100μM或100μM以上。
在另一实施方案中，抗体或其抗原结合片段针对鼠TL1A的亲和力是如通过SPR测量的10nM或10nM以下，例如3nM或3nM以下，1nM或1nM以下，300pM或300pM以下，或100pM或100pM以下。在特定实施方案中，抗体或其抗原结合片段针对人TL1A的亲和力是100pM或100pM以下，针对鼠TL1A的亲和力是300pM或300pM以下(如通过SPR测量的)，且针对人TNFα的亲和力是1μM或1μM以上。
在一个实施方案中，抗体或其抗原结合片段针对人TL1A的亲和力是如通过表面等离子体共振(SPR)测量的4nM或4nM以下，例如1nM或1nM以下，500pM或500pM以下，250pM或250pM以下，100pM或100pM以下，50pM或50pM以下，25pM或25pM以下，10pM或10pM以下，5pM或5pM以下。
在另一实施方案中，抗体或其抗原结合片段针对人TNFα的亲和力是如通过SPR测量的1μM或1μM以上，例如3μM或3μM以上，10μM或10μM以上，30μM或30μM以上，100μM或100μM以上。
在另一实施方案中，抗体或其抗原结合片段与选自1D1 1.31、26B11、9B3、7D4、22F9、15A9和15C11的抗体竞争，如本文以下所定义的。
在特定实施方案中，抗体或其抗原结合片段针对人TL1A的亲和力是100pM或100pM以下，针对鼠TL1A的亲和力是300pM或300pM以下(如通过SPR测量)，且针对人TNFα的亲和力是1μM或1μM以上。
在某些情况下，抗体或其抗原结合片段与TL1A或任何其它蛋白质的结合可使用表面等离子体共振(SPR)来测量。在某些实施方案中，亲和力是如通过SPR测量的KD值。在其它情况下，SPR使用捕获的抗体和溶液相靶。在一些实施方案中，使用抗同种型抗体或其抗原结合部分将捕获的抗体固定在传感器芯片上。例如，抗同种型抗体或其抗原结合部分可以约4,000和约13,000个反应单位之间的密度固定在传感器芯片上。SPR测量还可例如基本上根据实施例8中示出的方案来进行。在一些情况下，SPR使用捕获的靶和溶液相抗体。在一些实施方案中，使用Biacore T100或T200仪器进行SPR测量。
在其它实施方案中，抗体或其抗原结合片段针对人TL1A的亲和力通过基于溶液的动力学排阻测定(KinExA)测量。例如，在一些情况下，亲和力是如通过基于溶液的动力学排阻测定(KinExA)测量的KD值。在其它情况下，KinExA使用在固相上捕获的靶和溶液相抗体。在其它情况下，在溶液中预孵育抗体和靶足够久以达到平衡。在一个实施方案中，在抗体和靶达到平衡之后测量未结合抗体的水平。在特定实施方案中，使用KinExA 3200仪器(Sapidyne)进行KinExA测量。
治疗方法
治疗方法涉及向需要治疗的受试者施用治疗有效量或有效量的本发明的TL1A抗体或抗原结合部分，并且是本发明所考虑了的。如本文中所使用的，“治疗有效”或“有效”量是指具有足够的量以使疾病症状的严重程度减小、无疾病症状周期的频率和持续时间增加、或预防因疾病病痛所致的损伤或失能的抗体或其部分的量，作为单剂量或根据多种剂量方案，单独地或与其它试剂组合。本领域技术人员将能够基于诸如受试者尺寸、受试者症状的严重程度和所选的具体组合物或施用途径的因素来确定这样的量。受试者可以是人或非人动物(例如，兔、大鼠、小鼠、猴或其它低等灵长类动物)。
本发明的抗体或抗原结合部分可与已知的药剂共同施用，且在一些情况下抗体自身可被修饰。例如，抗体可与免疫毒素或放射性同位素缀合以潜在地进一步增加功效。关于与另外治疗剂的共同施用，这样的试剂可包括细胞毒性剂、放射毒性剂或免疫抑制剂。抗体可连接至试剂(作为免疫复合物)或可与试剂分开施用。在后一情况(单独施用)下，抗体可在试剂之前、之后或同时施用，或可与其它已知疗法(例如抗癌疗法，例如辐射)共同施用。本公开内容的TL1A抗体或其抗原结合片段与治疗剂的共同施用提供了两种试剂，其通过不同机制操作而可提供针对人疾病的治疗和可能的协同效应。
本文所公开的抗体和抗原结合部分可在其中TL1A非期望地表达或见于例如如在Hsu和Viney(见上文)中所综述的多种情况下用作治疗或诊断工具。考虑到TL1A参与发炎途径和许多疾病、病症和病状，许多这样的疾病、病症或病状特别适合于用本发明的抗体或抗原结合部分进行治疗。因此，本发明的TL1A抗体或其抗原结合片段可用于治疗或预防TL1A介导的病症。另外，本发明提供了本公开内容的TL1A抗体或其抗原结合片段在制备用于治疗或预防TL1A介导的病症的药物中的用途。在另一实施方案中，本申请公开了用于治疗TL1A介导的病症的TL1A抗体或其抗原结合片段。在其它实施方案中，本申请公开了用于治疗或预防TL1A介导的疾病的包含本公开内容的TL1A抗体或其抗原结合片段的药物组合物。这些TL1A介导的疾病、病症或病状包括但不限于发炎病症，诸如IBD(包括克罗恩病和溃疡性结肠炎)；哮喘(包括内源性哮喘和过敏性哮喘)；过敏(例如，特应性过敏)；糖尿病；关节炎病症(包括类风湿性关节炎、幼年型类风湿性关节炎、骨关节炎、银屑病性关节炎和强直性脊柱炎)；多发性硬化；移植排斥反应；移植物抗宿主病(GVHD)；脊椎关节病；原发性硬化性胆管炎；原发性胆汁性肝硬化；动脉粥样硬化；膀胱综合征/间质性膀胱炎；尿肠功能障碍；败血症；葡萄膜炎；脑脊髓炎；重症肌无力；系统性红斑狼疮；皮肤红斑狼疮；自体免疫性甲状腺炎；皮肤炎(包括特应性皮炎和湿疹性皮炎)；银屑病；干燥综合征；硬皮病和血管炎。
为了治疗前述病症中的任一项，用于根据本公开内容使用的药物组合物可使用一种或多种药学上可接受的载体或赋形剂以常规方式配制，并如下文更全面论述地施用。
确定根据本公开内容的抗体或抗原结合部分的治疗有效量将很大程度上取决于具体的患者特征、施用途径和治疗的病症的性质，并且下文将更全面地论述。
抗体的施用和给药将更全面论述于下文的其它地方。
诊断方法
本文所公开的TL1A抗体或其抗原结合部分可用于诊断测试和成像。例如，TL1A抗体或其抗原结合部分可用于ELISA测定。抗体或其抗原结合部分还可用作放射性标记的单克隆抗体。参见例如Srivastava(ed.),Radiolabeled Monoclonal Antibodies ForImaging And Therapy,Plenum Press(1988)；Chase,"Medical Applications ofRadioisotopes,"in Remington's Pharmaceutical Sciences,18th Edition,Gennaro等人(eds.),Mack Publishing Co.,pp.624-652(1990)；and Brown,"Clinical Use ofMonoclonal Antibodies,"in Biotechnology and Pharmacy,Pezzuto等人(eds.),Chapman and Hall,pp.227-249(1993)；Grossman,1986,Urol.Clin.North Amer.13:465-474；Unger等人,1985,Invest.Radiol.20:693-700；and Khaw等人,1980,Science 209:295-297。此技术(也称为免疫闪烁成像)使用γ摄影机来检测与单克隆抗体缀合的γ放射性同位素的位置。诊断成像可用于诊断癌症、自身免疫疾病、感染性疾病和/或心血管疾病。(参见例如，Brown,见上文)
在一个实施方案中，TL1A抗体或其抗原结合片段可用于诊断TL1A相关疾病、病症或病状，包括免疫相关疾病。例如，抗体或其抗原结合片段可用于检测患者中的TL1A水平以及其它用途。
除了诊断外，TL1A抗体或其抗原结合片段还可用于监测治疗反应，检测疾病的复发和引导后续临床决策。
在一些实施方案中，出于诊断和监测的目的，放射性同位素可通过使用中间官能团直接或间接结合至抗体片段。这样的中间官能团包括例如DTPA(二乙烯三胺五乙酸)和EDTA(乙二胺四乙酸)。递送至患者的辐射剂量通常维持在尽可能低的水平下。这可通过针对允许检测和精确测量的最短半衰期、在体内的最少保留和同位素的最小量的最佳组合进行同位素选择来实现。可结合至抗体并适合用于诊断成像的放射性同位素的实例包括99mTc和111In。
研究显示，抗体片段特别是Fab和Fab’提供适当的肿瘤/背景比。(参见例如，Brown，见上文)
出于体内诊断的目的，TL1A抗体或其抗原结合片段还可标记有顺磁离子。尤其适用于磁共振成像的元素包括Gd、Mn、Dy和Fe离子。
TL1A抗体或其抗原结合片段还可检测体外TL1A的存在。在这样的免疫测定中，抗体或其抗原结合片段可用于液相或结合至固相载体。例如，完整的抗体或其抗原结合片段可附接至聚合物(诸如氨基葡聚糖)以将抗体组分连接至不溶性支持物，诸如包被聚合物的珠粒、板或管。
可选择地，TL1A抗体或其抗原结合片段可用于检测特定抗原在从组织学样本制备的组织切片中的存在。这样的原位检测可例如通过将可检测标记的TL1A抗体或其抗原结合片段施加至组织切片来实现。原位检测可用于确定特定抗原的存在和确定抗原在检测组织中的分布。原位检测的通用技术是本领域技术人员所熟知的。(参见例如，Ponder,"CellMarking Techniques and Their Application,"in Mammalian Development:APractical Approach,Monk(ed.),IRL Press,pp.115-138(1987)；Coligan等人，见上文)
可检测的标记诸如酶、荧光化合物、电子转移剂等可通过本领域熟知的常规方法连接至载体。这些标记的载体和从其制备的抗体缀合物可用于体外免疫测定和原位检测，尽管抗体缀合物可通过标记至抗体的直接附接制备。当仅实现抗体或抗体片段与靶抗原的低程度的结合时，用多个标记装载抗体缀合物可增加免疫测定或组织学程序的灵敏度。
组合物
本发明还提供了包含有效量的本文中所描述的TL1A抗体的药物组合物。本文中还描述了这样的组合物的实例以及如何配制这样的组合物。在一些实施方案中，组合物包含一种或多种TL1A抗体。在其它实施方案中，TL1A抗体识别TL1A。在其它实施方案中TL1A抗体是人抗体。在其它实施方案中，TL1A抗体是人源化抗体。在一些实施方案中，TL1A抗体包含能够触发所需免疫反应(诸如抗体介导裂解或ADCC)的恒定区。在其它实施方案中，TL1A抗体包含不触发非不想要或不期望的免疫反应(诸如抗体介导裂解或ADCC)的恒定区。在其它实施方案中，TL1A抗体包含抗体的一个或多个CDR(诸如一个、两个、三个、四个、五个或在一些实施方案中，所有六个CDR)。
应理解组合物可包含多于一种TL1A抗体(例如，识别不同TL1A表位的TL1A抗体的混合物)。其它示例性组合物包含识别相同表位的多于一种TL1A抗体，或结合至不同TL1A表位的不同种类TL1A抗体。在一些实施方案中，组合物包含识别不同TL1A变体的TL1A抗体的混合物。
在一些情况下，期望具有在水溶液或药物制剂中有高溶解度的抗体或抗原结合片段。因此，在一个实施方案中，根据本发明的抗体或其抗原结合片段在水溶液中的溶解度是至少约10mg/ml，例如至少约20mg/ml，至少约30mg/ml，至少约40mg/ml，至少约50mg/ml，至少约60mg/ml，至少约70mg/ml，至少约80mg/ml，至少约90mg/ml，至少约100mg/ml，至少约125mg/ml，至少约150mg/ml，至少约175mg/ml和至少约200mg/ml。在某些情况下，水溶液是pH为约5.0-9.0的溶液。在其它情况下，水溶液的pH在约pH 6.0和pH8.0之间。
用于本发明中的组合物可进一步包含呈冻干制剂或水溶液形式的药学上可接受的载体、赋形剂或稳定剂(Remington:The Science and practice of Pharmacy 20thEd.,2000,Lippincott Williams and Wilkins,Ed.K.E.Hoover)。可接受的载体、赋形剂或稳定剂在剂量和浓度下对接受者是无毒的，并且可包含缓冲剂，诸如磷酸盐、柠檬酸盐及其它有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和甲硫氨酸；防腐剂(诸如十八烷基二甲基苄基苯甲基氯化铵；氯化六烃季铵；苯扎氯铵；苄索氯铵；酚、丁基或苄醇；烷基对羟苯甲酸酯，诸如对羟基苯甲酸甲酯或对羟基苯甲酸丙酯；儿茶酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；和间甲酚)；低分子量(小于约10个残基)多肽；蛋白质，诸如血清白蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，诸如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，诸如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖及其它碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或葡聚糖；螯合剂，诸如EDTA；糖，诸如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨醇；形成盐的抗衡离子，诸如钠；金属络合物(例如，Zn-蛋白络合物)；和/或非离子表面活性剂，诸如TWEENTM、PLURONICSTM或聚乙二醇(PEG)。本文中将进一步描述药学上可接受的赋形剂。
TL1A抗体及其组合物还可与用于增强和/或补充试剂有效性的其它试剂结合使用。
本发明也提供了包含本发明的多核苷酸中的任一项的组合物，包括药物组合物。在一些实施方案中，组合物包含表达载体，其包含编码如本文所描述的抗体的多核苷酸。在其它实施方案中，组合物包含表达载体，其包含编码本文中所描述的抗体中的任一项的多核苷酸。在其它实施方案中，组合物包含含有显示于SEQ ID NO：103和SEQ ID NO：105中的序列的多核苷酸的任一或两者，显示于SEQ ID NO：107和SEQ ID NO：109中的多核苷酸的任一或两者，显示于SEQ ID NO：103和SEQ ID NO：199中的多核苷酸的任一或两者，显示于SEQID NO：107和SEQ ID NO：201中的多核苷酸的任一或两者，显示于SEQ ID NO：103和SEQ IDNO：206中的多核苷酸的任一或两者，或显示于SEQ ID NO：107和SEQ ID NO：208中的多核苷酸的任一或两者，或显示于SEQ ID NO：103和SEQ ID NO：213中的多核苷酸的任一或两者，或显示于SEQ ID NO：107和SEQ ID NO：215中的多核苷酸的任一或两者，或显示于SEQ IDNO：103和SEQ ID NO：220中的多核苷酸的任一或两者，或显示于SEQ ID NO：107和SEQ IDNO：222中的多核苷酸的任一或两者，或显示于SEQ ID NO：103和SEQ ID NO：227中的多核苷酸的任一或两者，或显示于SEQ ID NO：107和SEQ ID NO：229中的多核苷酸的任一或两者，或显示于SEQ ID NO：103和SEQ ID NO：241中的多核苷酸的任一或两者，或显示于SEQ IDNO：107和SEQ ID NO：243中的多核苷酸的任一或两者，或显示于SEQ ID NO：103和SEQ IDNO：248中的多核苷酸的任一或两者，或显示于SEQ ID NO：107和SEQ ID NO：250中的多核苷酸的任一或两者，或显示于SEQ ID NO：23和SEQ ID NO：25中的多核苷酸的任一或两者，或显示于SEQ ID NO：27和SEQ ID NO：29中的多核苷酸的任一或两者，或显示于SEQ ID NO：37和SEQ ID NO：39中的多核苷酸的任一或两者，或显示于SEQ ID NO：41和SEQ ID NO：43中的多核苷酸的任一或两者，或显示于SEQ ID NO：89和SEQ ID NO：91中的多核苷酸的任一或两者，或显示于SEQ ID NO：93和SEQ ID NO：95中的多核苷酸的任一或两者，或显示于SEQ IDNO：51和SEQ ID NO：53中的多核苷酸的任一或两者，或显示于SEQ ID NO：55和SEQ ID NO：57中的多核苷酸的任一或两者，或显示于SEQ ID NO：65和SEQ ID NO：67中的多核苷酸的任一或两者，或显示于SEQ ID NO：65和SEQ ID NO：69中的一种或两种聚核管酸，或显示于SEQID NO：65和SEQ ID NO：71中的多核苷酸的任一或两者，或显示于SEQ ID NO：73和SEQ IDNO：75中的多核苷酸的任一或两者，或显示于SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：4中的多核苷酸的任一或两者，或显示于SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：6中的多核苷酸的任一或两者，或显示于SEQ ID NO：8和SEQ ID NO：10中的多核苷酸的任一或两者，或显示于SEQ ID NO：8和SEQ IDNO：12中的多核苷酸的任一或两者。
在另一方面中，多核苷酸可编码本发明的抗体或其抗原结合片段的VH、VL和/或VH和VL两者。即，组合物包含编码本发明的抗体或其抗原结合部分的单一多核苷酸或多于一种多核苷酸。
本发明的药物组合物还可在组合疗法中施用，诸如与其它试剂组合。例如，组合疗法可包括本公开内容的TL1A抗体或其抗原结合片段与至少一种其它疗法组合，其中所述疗法可以是手术、免疫疗法、化学疗法、辐射治疗或药物疗法。
本公开内容的药物化合物可包括一种或多种药学上可接受的盐。这样的盐的实例包括酸加成盐和碱加成盐。酸加成盐包括来源于无毒无机酸的那些，诸如盐酸、硝酸、磷酸、硫酸、氢溴酸、氢碘酸、亚磷酸等；以及来源于无毒有机酸的那些，诸如脂族单羧酸和脂族二羧酸、苯基取代的烷酸、羟基烷酸、芳族酸、脂族和芳族磺酸等。碱加成盐包括来源于碱土金属的那些，诸如钠、钾、镁、钙等；以及来源于无毒有机胺的那些，诸如N,N’-二苄基乙二胺、N-甲基葡糖胺、氯普鲁卡因、胆碱、二乙醇胺、乙二胺、普鲁卡因等。
本公开内容的药物组合物还可包括药学上可接受的抗氧化剂。药学上可接受的抗氧化剂的实例包括：(1)水溶性抗氧化剂，诸如抗坏血酸、盐酸半胱氨酸、硫酸氢钠、偏亚硫酸氢钠、亚硫酸钠等；(2)油溶性抗氧化剂，诸如抗坏血酸棕榈酸酯、丁基羟基苯甲醚(BHA)、丁基羟基甲苯(BHT)、卵磷脂、没食子酸丙酯、α-生育酚等；和(3)金属螯合剂，诸如柠檬酸、乙二胺四乙酸(EDTA)、山梨醇、酒石酸、磷酸等。
可用于本发明的药物组合物的适当水性和非水性载体的实例包括水、乙醇、多元醇(诸如甘油、丙二醇、聚乙二醇等)及其适当的混合物、植物油(诸如橄榄油)和可注射有机酯(诸如油酸乙酯)。适当的流动性可例如通过使用包被材料(诸如卵磷脂)，通过在分散的情况下维持所需粒径和通过使用表面活性剂来维持。
这些组合物还可含有佐剂，诸如防腐剂、润湿剂、乳化剂和分散剂。预防微生物的存在可通过灭菌程序和通过包括各种抗菌剂和抗真菌剂(例如，对羟基苯甲酸酯、氯丁醇、酚山梨酸等)两者来确保。还可期望在组合物内包括等渗剂，诸如糖、氯化钠等。另外，可注射药物形式的延长吸收可通过包括延迟吸收的试剂(诸如单硬脂酸铝和明胶)来达成。
药物组合物通常在制备和储存的条件必须是下无菌且稳定的。组合物可配制成溶液、微乳液、脂质体或适合于高药物浓度的其它有序结构。载体可以是含有溶剂或分散培养基，例如水、乙醇、多元醇(例如，甘油、丙二醇和液体聚乙二醇等)及其适当的混合物。适当的流动性可例如通过使用涂层诸如卵磷脂，通过在分散液的情况下维持所需粒径和通过使用表面活性剂来维持。在多数情况下，将合适的是在组合物中包含等渗剂，例如糖、多元醇(诸如甘露醇、山梨醇)或氯化钠。可注射组合物的延长吸收可通过在组合物中包括延迟吸收的试剂(例如，单硬脂酸盐和明胶)来达成。
无菌注射溶液可通过视需要将所需量活性化合物与上文所列一种成分或成分组合掺入适当溶剂中，之后进行灭菌微过滤来制备。一般而言，分散液通过将活性化合物并入含有碱性分散介质和来自上述列举成分的其它所需成分的无菌媒介物来制备。在无菌粉末用于制备无菌注射溶液的情况下，优选制备方法是真空干燥和冷冻干燥(冻干)，其从其先前无菌过滤溶液产生活性成分以及任何另外所需成分的粉末。
本公开内容的药物组合物可经制备、包装或贩卖为适合眼用的制剂。这样的制剂可能例如呈眼滴剂的形式，包括例如活性成分于水性或油性液体载体中的0.1 1.0％(w/w)溶液或悬浮液。这样的滴剂可能另包含缓冲剂、盐或一种或多种本文所述的其它成分。可使用的其它可供眼用的制剂包括以微结晶形式或脂质体制剂包含该活性成分的制剂。
本文所使用的“其它成分”包括但不限于下列的一种或多种：赋形剂、表面活性剂、分散剂、惰性稀释剂、造粒剂、崩解剂、结合剂、润滑剂、甜味剂、调味剂、着色剂、防腐剂、生理可降解的组合物诸如明胶、水性载体及溶剂、油性载体及溶剂、悬浮剂、分散或湿润剂、乳化剂、缓和剂、缓冲剂、盐、增稠剂、填料、乳剂、抗氧化剂、抗生素、抗真菌剂、稳定剂及药学可接受的聚合性或疏水性材料。其它可包括于本发明的药物组合物中的“其它成分”是本领域中已知的，且描述于例如Remington's Pharmaceutical Sciences,Genaro,ed.,MackPublishing Co.,Easton,PA(1985)，其通过引用并入本文。
在一实施方案中，TL1A抗体或其抗原结合片段以无菌水溶液的静脉内制剂施用，其包含5mg/ml、或更优选约10mg/ml、或更优选约15mg/ml、或甚至更优选约20mg/ml的抗体以及乙酸钠、聚山梨醇酯80和氯化钠，pH为约5至6。优选地，该静脉内制剂是包含5或10mg/ml的抗体、20mM乙酸钠、0.2mg/ml聚山梨醇酯80及140mM氯化钠、pH为5.5的无菌水溶液。另外，包含抗体或其抗原结合片段的溶液可包含但不限于组氨酸、甘露醇、蔗糖、海藻糖、甘氨酸、聚乙二醇、EDTA、甲硫氨酸及其任何组合及本领域已知的许多其它化合物。
在一个实施方案中，本发明的药物组合物包含以下组分：100mg本公开内容的TL1A抗体或抗原结合片段、10mM组氨酸、5％蔗糖和0.01％聚山梨醇酯80，pH为5.8。此组合物可以以冻干粉末形式经提供。当粉末以完整体积重建时，组合物保留相同配方。或者，粉末可以以一半体积重建，在此情况下组合物包含100mg本公开内容的TL1A抗体或其抗原结合片段、20mM组氨酸、10％蔗糖和0.02％聚山梨醇酯80，pH为5.8。
在一实施方案中，抗体制剂的部分剂量以静脉内推注方式施用，其余以输注方式施用。例如，0.01mg/kg静脉内注射的TL1A抗体或其抗原结合片段可以推注方式给予，其余抗体剂量可以静脉内注射施用。TL1A抗体或其抗原结合片段的预定剂量可在例如一个半小时至二小时至五小时的期间施用。
关于治疗剂，当试剂为例如小分子时，其可以以生理可接受的酯或盐的形式存在于药物组合物中，诸如本领域所公知的与生理上可接受的阳离子或阴离子组合。
本文所述的药物组合物的制剂可以任何药理学领域已知或以后开发的方法制备。通常，该制备方法包括使活性成分与载体或一种或多种其它附属成分结合的步骤，之后若有需要或为所需的，将该产品塑形或包装成想要的单一或多剂量单位。
在一个实施方案中，本发明的组合物是无致热原制剂，其基本上不含内毒素和/或相关致热物质。内毒素包括局限于微生物内的毒素，当该微生物分解或死亡时会被释出。致热物质也包括源自细菌及其它微生物的外膜的诱导发热的热稳定物质(糖蛋白)。这两种物质若施用至人，均可造成发烧、低血压及休克。由于这些潜在有害效应，必须从静脉内注射的药物制剂移除即使少量的内毒素。美国食品药物管理局(FDA)规定静脉内药物注射1小时的上限为5内毒素单位(EU)/剂量/公斤体重(The United States PharmacopeialConvention,Pharmacopeial Forum 26(1):223(2000))。当治疗性蛋白质以每公斤体重数百或数千毫克的量施用时，移除即使微量的内毒素是有利的。在一个实施方案中，内毒素及致热原在组合物中的量少于10EU/mg、或少于5EU/mg、或少于1EU/mg、或少于0.1EU/mg、或少于0.01EU/mg、或少于0.001EU/mg。在另一实施方案中，内毒素及致热原在组合物中的量少于约10EU/mg、或少于约5EU/mg、或少于约1EU/mg、或少于约0.1EU/mg、或少于约0.01EU/mg、或少于约0.001EU/mg。
在一个实施方案中，本公开内容包括施用组合物，其中该施用是口服、胃肠外、肌肉内、鼻内、经阴道、直肠、经舌、舌下、经颊、口内、静脉内、经皮、皮下或透皮。
在另一实施方案中，本公开内容还包括施用组合物与其它疗法诸如手术、化学疗法、激素疗法、生物学疗法、免疫疗法或放射疗法的组合。
在一些方面中，本发明的组合物和方法特别地旨在用于与选自以下的一种或多种产品和类别组合使用：镇痛剂，诸如对乙酰氨基酚、萘普生钠、布洛芬(ibuprofen)、曲马多(tramadol)、阿司匹灵(aspirin)、塞来昔布(celecoxib)、伐地昔布(valdecoxib)、吲哚美辛(indomethacin)及其它NSAID；COX-2抑制剂；消炎药；柳氮磺胺吡啶(sulfasalazine)、美色拉嗪(mesalamine)、巴柳氮(balsalazide)和奥色拉嗪(olsalazine)；和皮质类固醇，诸如泼尼松(prednisone)和布地奈德(budesonide)；免疫抑制剂药物，诸如硫哗嘌呤(azathioprine)、疏基嘌呤(mercaptopurine)；TNF阻断剂，诸如英利昔单抗(infliximab)和阿达木单抗(adalimumab)、甲氨碟呤(methotrexate)和环孢灵(cyclosporine)；抗生素，诸如甲硝哒哗(metronidazole)和环丙沙星(ciprofloxacin)；止泻剂，诸如洛呱丁胺(loperamide)；免疫抑制剂药物，诸如硫唑嘌呤、疏基嘌呤、皮质类固醇；免疫抑制剂；Janus激酶-3(Jak-3)抑制剂；和轻泻药；抗组胺药，诸如氯苯那敏、地氯雷他定(desloratadine)、左西替利嗪(levocetirizine)、苯海拉明(diphenhydramine)、琥珀酸多西拉敏、曲普利啶(triprolidine)、氯马斯汀(clemastine)、芬尼拉明(pheniramine)、溴芬尼拉明(brompheniramine)、右溴芬尼拉明(dexbrompheniramine)、氯雷他定(loratadine)、西替利嗪(cetirizine)和菲索芬那定(fexofenadine)、氨来呫诺(amlexanox)、烷基胺衍生物、色甘酸、阿伐斯丁(acrivastine)、异丁司特(ibudilast)、巴米品(bamipine)、酮替芬(ketotifen)、奈多罗米(nedocromil)、奥马珠单抗(omalizumab)、二甲茚定(dimethindene)、奥沙米特(oxatomide)、吡嘧司特(pemirolast)、吡咯他敏(pyrrobutamine)、喷替吉肽(pentigetide)、噻苯哌胺(thenaldine)、呱香豆司特(picumast)、托普帕敏(tolpropamine)、雷马曲班(ramatroban)、瑞吡司特(repirinast)、甲磺司特氨基烷基醚(suplatast tosylate aminoalkylether)、他扎司特(tazanolast)、溴苯海拉明(bromodiphenhydramine)、曲尼司特(tranilast)、卡比沙明(carbinoxamine)、曲呫诺(traxanox)、氯苯安明(chlorphenoxamine)、二苯拉林(diphenylpyaline)、恩布拉敏(embramine)、对甲苯海拉明、莫沙斯丁(moxastine)、奥芬那君(orphenadrine)、苯托沙敏(phenyltoloxamine)、司他斯汀(setastine)、乙二胺衍生物、氯吡拉敏(chloropyramine)、氯森(chlorothen)、美沙吡啉(methapyrilene)、吡拉明(pyrilamine)、他拉斯汀(talastine)、西尼二胺(thenyldiamine)、盐酸桑西胺(thonzylaminehydrochloride)、曲吡那敏(tripelennamine)、哌嗪(piperazine)、氯环利嗪(chlorcyclizine)、氯西尼嗪(clocinizine)、高氯环秦(homochlorcyclizine)、安泰乐(hydroxyzine)、三环化合物、酚噻嗪、美喹他嗪(mequitazine)、普鲁米近(promethazine)、甲硫噻丙铵(thiazinamium methylsulfate)、阿扎他定(azatadine)、赛庚啶(cyproheptadine)、地普托品(deptropine)、地氯雷他定(desloratadine)、异西喷地(isothipendyl)、奥洛他定(olopatadine)、卢帕他定(rupatadine)、安他唑啉(antazoline)、阿司咪唑(astemizole)、氮拉斯汀(azelastine)、贝他斯汀(bepotastine)、克立咪唑(clemizole)、依巴司汀(ebastine)、依美斯汀(emedastine)、依匹斯汀(epinastine)、左卡巴司汀(levocabastine)、美海屈林(mebhydroline)、咪唑斯汀(mizolastine)、苯茚胺(phenindamine)、特非那定(terfenadine)、曲托喹啉(tritoqualine)。
剂量/施用
为了制备包括本发明的TL1A抗体或其抗原结合片段的药物或无菌组合物，将抗体与药学可接受的载体或赋形剂混合。治疗及诊断剂的制剂可通过与例如冻干粉末、浆液、水溶液、乳液或悬浮液的形式的生理上可接受的载体、赋形剂或稳定剂混合来制备(见例如Hardman,等人(2001)Goodman and Gilman's The Pharmacological Basis ofTherapeutics,McGraw-Hill,New York,N.Y.；Gennaro(2000)Remington:The Science andPractice of Pharmacy,Lippincott,Williams,and Wilkins,New York,N.Y.；Avis,等人(eds.)(1993)Pharmaceutical Dosage Forms:Parenteral Medications,Marcel Dekker,NY；Lieberman,等人(eds.)(1990)Pharmaceutical Dosage Forms:Tablets,MarcelDekker,NY；Lieberman,等人(eds.)(1990)Pharmaceutical Dosage Forms:DisperseSystems,Marcel Dekker,NY；Weiner and Kotkoskie(2000)Excipient Toxicity andSafety,Marcel Dekker,Inc.,New York,N.Y.)。
选择治疗剂的施用方案取决于多项因素，包括该实体的血清或组织代谢速率、症状水平、该实体的免疫原性及生物基质中的靶细胞的易接近性。在某些实施方案中，施用方案在可接受的不良反应下最大化递送至患者的治疗剂的量。因此，所递送的生物剂的量部分取决于具体实体及所欲治疗的症状的严重性。选择适当剂量的抗体、细胞因子及小分子的指南是可获得的(见例如Wawrzynczak,1996,Antibody Therapy,Bios ScientificPub.Ltd,Oxfordshire,UK；Kresina(ed.),1991,Monoclonal Antibodies,Cytokines andArthritis,Marcel Dekker,New York,N.Y.；Bach(ed.),1993,Monoclonal Antibodiesand Peptide Therapy in Autoimmune Diseases,Marcel Dekker,New York,N.Y.；Baert,等人,2003,New Engl.J.Med.348:601-608；Milgrom,等人,1999,New Engl.J.Med.341:1966-1973；Slamon,等人,2001,New Engl.J.Med.344:783-792；Beniaminovitz,等人,2000,New Engl.J.Med.342:613-619；Ghosh,等人,2003,New Engl.J.Med.348:24-32；Lipsky,等人,2000,New Engl.J.Med.343:1594-1602)。
适当剂量的决定由临床医生做出，例如利用本领域已知或怀疑会影响治疗或预期会影响治疗的参数或因子。通常，剂量从稍微低于理想剂量的量开始，之后少量渐增直到相对于任何不良反应达到想要的或理想的效应。重要的诊断指标包括例如炎性症状或所产生的炎性细胞因子的量。
在本发明的药物组合物中的活性成分的实际剂量可能互有不同，以获得就特定患者、组合物及施用模式而言能有效达到想要的治疗反应的活性成分的量，而不造成对患者的毒性。经选择的剂量将取决于各种药物动力学因素，包括本发明所采用的特定组合物(或其酯、盐或酰胺)的活性、施用途径、施用时间、所采用的特定化合物的排泄速率、治疗持续时间、与所采用的特定组合物组合使用的其它药物、化合物和/或材料、所治疗的患者的年龄、性别、体重、病状、整体健康及医学病史及医学领域中公知的类似因素。
包含本公开内容的TL1A或其抗原结合片段的组合物可通过连续输注提供，或通过例如每天、每周或每周1至7次间隔给药提供。剂量可静脉内、皮下、局部、经口、经鼻、经直肠、肌肉内、脑内或吸入提供。具体的给药计划涉及避免显著非期望的不良反应的最大剂量或给药频率。每周总剂量可为至少0.05μg/kg体重、至少0.2μg/kg、至少0.5μg/kg、至少1μg/kg、至少10μg/kg、至少100μg/kg、至少0.2mg/kg、至少1.0mg/kg、至少2.0mg/kg、至少10mg/kg、至少15mg/kg、至少20mg/kg、至少25mg/kg或至少50mg/kg(见例如Yang,等人,2003,NewEngl.J.Med.349:427-434；Herold,等人,2002,New Engl.J.Med.346:1692-1698；Liu,等人,1999,J.Neurol.Neurosurg.Psych.67:451-456；Portielji,等人,2003,Cancer.Immunol.Immunother.52:133-144)。剂量可为至少15μg、至少20μg、至少25μg、至少30μg、至少35μg、至少40μg、至少45μg、至少50μg、至少55μg、至少60μg、至少65μg、至少70μg、至少75μg、至少80μg、至少85μg、至少90μg、至少95μg或至少100μg。给受试者施用的剂量次数可以至少为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12或更多次。
就本公开内容的TL1A或其抗原结合片段而言，施用至患者的剂量可以是0.0001mg/kg至100mg/kg患者体重。剂量可以是0.0001mg/kg至20mg/kg、0.0001mg/kg至10mg/kg、0.0001mg/kg至5mg/kg、0.0001至2mg/kg、0.0001至1mg/kg、0.0001mg/kg至0.75mg/kg、0.0001mg/kg至0.5mg/kg、0.0001mg/kg至0.25mg/kg、0.0001至0.15mg/kg、0.0001至0.10mg/kg、0.001至0.5mg/kg、0.01至0.25mg/kg或0.01至0.10mg/kg患者体重。
TL1A或其抗原结合片段的剂量可利用患者公斤体重(kg)乘以以mg/kg施用的剂量来计算。本发明的抗体的剂量可以是150μg/kg或小于150μg/kg、125μg/kg或小于125μg/kg、100μg/kg或小于100μg/kg、95μg/kg或小于95μg/kg、90μg/kg或小于90μg/kg、85μg/kg或小于85μg/kg、80μg/kg或小于80μg/kg、75μg/kg或小于75μg/kg、70μg/kg或小于70μg/kg、65μg/kg或小于65μg/kg、60μg/kg或小于60μg/kg、55μg/kg或小于55μg/kg、50μg/kg或小于50μg/kg、45μg/kg或小于45μg/kg、40μg/kg或小于40μg/kg、35μg/kg或小于35μg/kg、30μg/kg或小于30μg/kg、25μg/kg或小于25μg/kg、20μg/kg或小于20μg/kg、15μg/kg或小于15μg/kg、10μg/kg或小于10μg/kg、5μg/kg或小于5μg/kg、2.5μg/kg或小于2.5μg/kg、2μg/kg或小于2μg/kg、1.5μg/kg或小于1.5μg/kg、1μg/kg或小于1μg/kg、0.5μg/kg或小于0.5μg/kg或0.1μg/kg或小于0.1μg/kg患者体重。
本公开内容的TL1A或其抗原结合片段的单位剂量可以是0.1mg至200mg、0.1mg至175mg、0.1mg至150mg、0.1mg至125mg、0.1mg至100mg、0.1mg至75mg、0.1mg至50mg、0.1mg至30mg、0.1mg至20mg、0.1mg至15mg、0.1mg至12mg、0.1mg至10mg、0.1mg至8mg、0.1mg至7mg、0.1mg至5mg、0.1至2.5mg、0.25mg至20mg、0.25至15mg、0.25至12mg、0.25至10mg、0.25至8mg、0.25mg至7mg、0.25mg至5mg、0.5mg至2.5mg、1mg至20mg、1mg至15mg、1mg至12mg、1mg至10mg、1mg至8mg、1mg至7mg、1mg至5mg或1mg至2.5mg。
本公开内容的TL1A或其抗原结合片段的剂量可在个体中达到至少0.1μg/ml、至少0.5μg/ml、至少1μg/ml、至少2μg/ml、至少5μg/ml、至少6μg/ml、至少10μg/ml、至少15μg/ml、至少20μg/ml、至少25μg/ml、至少50μg/ml、至少100μg/ml、至少125μg/ml、至少150μg/ml、至少175μg/ml、至少200μg/ml、至少225μg/ml、至少250μg/ml、至少275μg/ml、至少300μg/ml、至少325μg/ml、至少350μg/ml、至少375μg/ml或至少400μg/ml的血清滴度。或者，本公开内容的抗体的剂量可在个体中达到至少0.1μg/ml、至少0.5μg/ml、至少1μg/ml、至少2μg/ml、至少5μg/ml、至少6μg/ml、至少10μg/ml、至少15μg/ml、至少20μg/ml、至少25μg/ml、至少50μg/ml、至少100μg/ml、至少125μg/ml、至少150μg/ml、至少175μg/ml、至少200μg/ml、至少225μg/ml、至少250μg/ml、至少275μg/ml、至少300μg/ml、至少325μg/ml、至少350μg/ml、至少375μg/ml或至少400μg/ml的血清滴度。
本公开内容的TL1A或其抗原结合片段的剂量可重复施用，且这些施用可相隔至少1天、2天、3天、5天、10天、15天、30天、45天、2个月、75天、3个月或至少6个月。
对特定患者的有效量可能因许多因素而异，诸如所欲治疗的症状、患者的整体健康、施用方法、途径及剂量以及不良反应的严重性(见例如Maynard,等人,1996,A Handbookof SOPs for Good Clinical Practice,Interpharm Press,Boca Raton,Fla.；Dent,2001,Good Laboratory and Good Clinical Practice,Urch Publ,London,UK)。施用途径可以是例如局部或皮肤施用，经由静脉内、腹膜内、脑内、肌肉内、眼内、动脉内、脑脊髓内、病灶内注射或输注，或通过持续释放系统或植入物施用(见例如Sidman等人,1983,Biopolymers 22:547-556；Langer,等人,1981,J.Biomed.Mater.Res.15:167-277；Langer,1982,Chem.Tech.12:98-105；Epstein,等人,1985,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 82:3688-3692；Hwang,等人,1980,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 77:4030-4034；美国专利号6,350466和6,316,024)。当需要时，组合物还可包括助溶剂及局部麻醉剂诸如利多卡因以缓解注射部位的疼痛。此外，还可采用肺部施用，例如通过使用吸入器或喷雾器及具有雾化剂的制剂。见例如美国专利号6,019,968、5,985,320、5,985,309、5,934,272、5,874,064、5,855,913、5,290,540及4,880,078，以及PCT公开号WO 92/19244、WO 97/32572、WO 97/44013、WO 98/31346及WO 99/66903，这些专利各自通过引用整体并入本文。在一实施方案中，本公开内容的TL1A或其抗原结合片段或组合物利用Alkermes AIRTM肺部药物递送技术(Alkermes,Inc.,Cambridge,Mass.)施用。
本公开内容的组合物还可使用本领域已知的一种或多种方法经由一种或多种施用途径施用。如本领域技术人员所理解的，施用的途径和/或模式将视想要的结果而定。本公开内容的抗体的选定施用途径包括例如通过注射或输注的静脉内、肌肉内、皮内、腹腔内、皮下、脊椎或其它胃肠外施用途径。胃肠外施用可代表除经肠及局部施用以外的通常通过注射的施用模式，包括但不限于静脉内、肌肉内、动脉内、脊椎鞘内、囊内、眼眶内、心内、皮内、腹膜内、经气管、皮下、关节内、表皮下、蛛网膜下腔、脊椎内、硬膜外及胸骨内注射及输注。或者，本公开内容的组合物可经由非胃肠外途径施用，诸如局部、表皮或黏膜途径施用，例如鼻内、经口、经阴道、经直肠、舌下或局部。
若本公开内容的TL1A或其抗原结合片段以控制释放或持续释放系统施用，可使用泵以达到控制或持续释放(见Langer,同上；Sefton,1987,CRC Crit.Ref.Biomed.Eng.14:20；Buchwald等人,1980,Surgery 88:501；Saudek等人,1989,N.Engl.J.Med.321:514)。
聚合物材料可被用于实现本发明的疗法的控制或持续释放(见例如MedicalApplications of Controlled Release,Langer and Wise(eds.),CRC Pres.,BocaRaton,F1a.(1974)；Controlled Drug Bioavailability,Drug Product Design andPerformance,Smolen and Ball(eds.),Wiley,New York(1984)；Ranger and Peppas,1983,J.,Macromol.ScL Rev.Macromol.Chem.23:61；see also Levy等人,1985,Science11 225:190；During等人,19Z9,Ann.Neurol.25:351；Howard等人,1989,J.Neurosurg.71:105)；美国专利号5,679,377；美国专利号5,916,597；美国专利号5,912,015；美国专利号5,989,463；美国专利号5,128,326；PCT公开号WO 99/15154；和PCT公开号WO 99/20253。用于持续释放制剂中的聚合物的实例包括但不限于聚(2-甲基丙烯酸羟乙酯)、聚甲基丙烯酸甲酯、聚丙烯酸、乙烯-乙酸乙烯共聚物、聚甲基丙烯酸、聚乙交酯(PLG)、聚酐、聚(N-乙烯基吡咯烷酮)、聚乙烯醇、聚丙烯酰胺、聚乙二醇、聚丙交酯(PLA)、聚乙丙交酯(polyoeactide-co-glycolides，PLGA)及聚正酯。在一个实施方案中，用于持续释放制剂中的聚合物是惰性、不含可溶滤杂质、储存稳定、无菌和可生物降解的。控制或持续释放系统可被放在预防性或治疗性靶附近，因此仅需全身剂量的一小部分(见例如Goodson,in MedicalApplications of Controlled Release,同上,vol.2,pp.115-138(1984))。
控制释放系统由Langer,1990,Science 249:1527-1533综述。本领域技术人员所知的任何技术可被用于产生包含本公开内容的一种或多种抗体或其缀合物的持续释放制剂。见例如美国专利号4,526,938、国际专利公开号WO 91/05548、WO 96/20698、Ning等人,1996,"Intratumoral Radioimmunotheraphy of a Human Colon Cancer XenograftUsing a Sustained-Release Gel,"Radiotherapy and Oncology 59:179-189,Song等人,1995,"Antibody Mediated Lung Targeting of Long-Circulating Emulsions,"PDAJournal of Pharmaceutical Science and Technology 50:372-397,Cleek et ah,1997,"Biodegradable Polymeric Carriers for a bFGF Antibody for CardiovascularApplication,"Pro.Ml.Symp.Control.Rel.Bioact.Mater.24:853-854,and Lam等人,1997,"Microencapsulation of Recombinant Humanized Monoclonal Antibody forLocal Delivery,"Proc.Ml.Symp.Control Rel.Bioact.Mater.24:759-160，各文献通过引用整体并入本文。
若本公开内容的TL1A或其抗原结合片段经局部施用，其可被配制成软膏、乳膏、经皮贴片、乳液、凝胶、洗剂、喷剂、气雾剂、溶液、乳剂的形式或本领域技术人员所公知的其它形式。见例如Remington's Pharmaceutical Sciences and Introduction toPharmaceutical Dosage Forms,19th ed.,Mack Pub.Co.,Easton,Pa.(1995)。对于非喷雾的局部剂型，通常施用包含与局部施用相容的载体或一种或多种赋形剂且具有在一些情况中高于水的动态黏度的黏性至半固体或固体形式。适当的制剂包括但不限于溶液、悬浮液、乳剂、乳膏、软膏、粉剂、擦剂、药膏等，这些剂型若有需要经灭菌或与助剂(例如防腐剂、稳定剂、润湿剂、缓冲剂或盐)混合以改变多种性质，诸如渗透压。其它适当的局部剂型包括可喷雾的气雾制剂，其中活性成分(在一些情况中与固体或液体惰性载体组合)包装于加压挥发剂(例如气体推进剂，诸如氟氯烷)的混合物或于挤压瓶中。若希望的话，湿润剂或润湿剂可被加入药物组合物及剂型。这样的额外成份的实例是本领域所公知的。
若包含TL1A或其抗原结合片段的组合物经鼻施用，其可被配制成气雾形式、喷剂、雾剂或滴剂的形式。具体地，本发明所使用的预防或治疗剂可利用适当推进剂(例如二氯二氟甲烷、三氯氟甲烷、二氯四氟乙烷、二氧化碳或其它适当气体)，方便地以气雾喷剂形式从加压包装或喷雾器递送。在加压气雾剂的情况下，剂量单位可通过提供阀以递送经计量的量来确定。用于吸入器或吹入器中的胶囊及盒(由例如明胶制成)可经配制为包含化合物和适当粉剂基诸如乳糖或蔗糖的粉剂混合。
共施用第二治疗剂(例如细胞因子、类固醇、化学治疗剂、抗生素或放射线)或用第二治疗剂治疗的方法是本领域所公知的(见例如Hardman,等人(eds.)(2001)Goodman andGilman's The Pharmacological Basis of Therapeutics,10th ed.,McGraw-Hill,NewYork,N.Y.；Poole and Peterson(eds.)(2001)Pharmacotherapeutics for AdvancedPractice:A Practical Approach,Lippincott,Williams and Wilkins,Phila.,Pa.；Chabner and Longo(eds.)(2001)Cancer Chemotherapy and Biotherapy,Lippincott,Williams and Wilkins,Phila.,Pa.)。有效量的治疗剂可降低至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、或至少50％的症状。
可与本公开内容的TL1A或其抗原结合片段组合施用的其它治疗(例如预防或治疗剂)，可与本公开内容的抗体相隔不到5分钟、相隔不到30分钟、相隔1小时、相隔约1小时、相隔约1至约2小时、相隔约2小时至约3小时、相隔约3小时至约4小时、相隔约4小时至约5小时、相隔约5小时至约6小时、相隔约6小时至约7小时、相隔约7小时至约8小时、相隔约8小时至约9小时、相隔约9小时至约10小时、相隔约10小时至约11小时、相隔约11小时至约12小时、相隔约12小时至18小时、相隔18小时至24小时、相隔24小时至36小时、相隔36小时至48小时、相隔48小时至52小时、相隔52小时至60小时、相隔60小时至72小时、相隔72小时至84小时、相隔84小时至96小时或相隔96小时至120小时施用。两种或更多种疗法可在同一次患者门诊时施用。
本公开内容的TL1A或其抗原结合片段及其它疗法可周期性施用。周期性疗法涉及施用第一治疗(例如第一预防或治疗剂)一段时间，随后施用第二治疗(例如第二预防或治疗剂)一段时间，随后选择性地施用第三治疗(例如预防或治疗剂)一段时间以及以此类推，且重复此顺序施用(即周期循环)，以减少对疗法之一的抗药性的发生、避免或减少疗法之一的不良反应和/或改善疗法的疗效。
在一个实施方案中，本发明的TL1A抗体可与用于治疗克罗恩病的组合物共同施用，其包括用于抑制促炎性细胞因子和黏附分子的组合物，诸如NSAID、5-氨基水杨酸、糖皮质激素/皮质类固醇、6-巯基嘌呤或TNF-α抑制剂(包括阿达木单抗、英利昔单抗和本领域技术人员已知的其它抑制剂)。
在某些实施方案中，本公开内容的TL1A或其抗原结合片段可经配制以确保在体内的适当分布。例如，血脑障壁(BBB)排斥许多高亲水性化合物。为了确保本发明的治疗化合物能通过BBB(若需要)，它们可被配制为例如脂质体。制备脂质体的方法见例如美国专利号4,522,811、5,374,548及5,399,331。脂质体可包含一种或多种选择性运送至特定细胞或器官的部分，因此增强靶向药物递送(见例如V.V.Ranade,1989,J.Clin.Pharmacol.29:685)。示例性靶向部分包括叶酸盐或生物素(见例如美国专利号5,416,016)；甘露糖苷(Umezawa等人,Biochem.Biophys.Res.Commun.153:1038)；抗体(P.G.Bloeman等人,1995,FEBSLett.357:140；M.Owais等人,1995,Antimicrob.Agents Chemother.39:180)；表面活性剂蛋白A受体(Briscoe等人(1995)Am.J.Physiol.1233:134)；pl20(Schreier等人(1994)J.Biol.Chem.269:9090)；还参见K.Keinanen；M.L.Laukkanen,1994,FEBS Lett.346:123；Killion；Fidler,1994；Immunomethods 4:273。
本公开内容提供单独施用包含本公开内容的TL1A或其抗原结合片段的药物组合物或与其它疗法组合施用至有此需要的受试者的方法。本公开内容的组合疗法中的疗法(例如预防剂或治疗剂)可被同时或连续施用至受试者。本公开内容的组合疗法中的疗法(例如预防剂或治疗剂)还可周期性施用。周期性疗法涉及施用第一治疗(例如第一预防或治疗剂)一段时间，随后施用第二治疗(例如第二预防或治疗剂)一段时间，且重复此顺序施用(即周期循环)，以减少对疗法(例如药剂)之一的抗药性的发生、避免或减少疗法(例如药剂)之一的不良反应和/或改善疗法的疗效。
本公开内容的组合疗法中的疗法(例如预防剂或治疗剂)可被同时施用至受试者。术语“同时”不限于在完全相同的时间施用疗法(例如预防或治疗剂)，而是代表包含本公开内容的TL1A或其抗原结合片段的药物组合物是在一段时间间隔内依序施用至受试者，以使本公开内容的抗体或其缀合物可与其它疗法一起作用以提供相较于以其它方式施用时增加的益处。例如，各疗法可同时施用或在不同的时间点以任何顺序依序施用至受试者；然而，若不是同时施用，则应在足够接近的时间内施用以提供想要的治疗或预防效应。各疗法可以以任何适当形式及任何适当途径单独施用至受试者。在不同的实施方案中，这些疗法(例如预防或治疗剂)相隔不到15分钟、相隔不到30分钟、相隔不到1小时、相隔约1小时、相隔约1小时至约2小时、相隔约2小时至约3小时、相隔约3小时至约4小时、相隔约4小时至约5小时、相隔约5小时至约6小时、相隔约6小时至约7小时、相隔约7小时至约8小时、相隔约8小时至约9小时、相隔约9小时至约10小时、相隔约10小时至约11小时、相隔约11小时至约12小时、相隔24小时、相隔48小时、相隔72小时或相隔1周施用。在其它实施方案中，两种或更多种疗法(例如预防或治疗剂)在同一次患者门诊时施用。
组合疗法的预防或治疗剂可以以相同药物组合物施用至受试者。或者，组合疗法的预防或治疗剂可以以分开的药物组合物同时施用至受试者。预防或治疗剂可通过相同或不同施用途径施用至受试者。
试剂盒
本发明还提供了包含本文所述的任何或所有抗体的试剂盒。本发明的试剂盒包括一个或多个含有本文所述的TL1A抗体的容器及根据本文所述的本发明的任何方法使用的说明。通常，这些说明包含施用抗体用于上述治疗性治疗的描述。在一些实施方案中，试剂盒用于提供单剂量施用单位。在某些实施方案中，试剂盒可包含具有干燥蛋白的第一容器及具有水性制剂的第二容器。在某些实施方案中，包括包含施用器例如单室及多室预填充注射器(例如液体注射器及冻干注射器(lyosyringe))的试剂盒。
有关使用TL1A抗体的说明通常包括旨在治疗的剂量、给药计划及施用途径的信息。这些容器可以是单位剂量、大量包装(例如多剂量包装)或亚单位剂量。本发明的试剂盒所提供的说明通常为在标签或包装插入页上的书面说明(例如包含在试剂盒中的纸张)，但机器可读取的说明(例如磁性或光学储存磁盘上携带的说明)也是可接受的。
本发明的试剂盒是经适当包装的。适当的包装包括但不限于小瓶、瓶子、罐、可弯曲的包装(例如密封的Mylar或塑料袋)等。还考虑的是与特殊装置组合使用的包装，诸如吸入器、经鼻施用装置(例如雾化器)或输注装置诸如小型泵。试剂盒可具有无菌接口(例如容器可以是具有可被皮下注射针穿刺的塞子的静注溶液袋或小瓶)。容器还可具有无菌接口(例如该容器可以是具有可被皮下注射针穿刺的塞子的静注溶液袋或小瓶)。组合物中的至少一种活性剂是本发明的TL1A抗体或其抗原结合片段。容器还可包含第二药物活性剂。
试剂盒可任选提供额外组分诸如缓冲剂及说明信息。通常，试剂盒包含容器及在该容器上或与该容器相关的标签或包装插入页。
本发明还提供包含本文所述的任何或所有抗体的诊断试剂盒。诊断试剂盒可用于例如检测样品中TL1A的存在。在一些实施方案中，诊断试剂盒可被用于鉴定具有潜在性疾病、病症或症状而使个体处于发展TL1A介导的疾病、病症或症状的风险的个体。在一些实施方案中，诊断试剂盒可被用于检测TL1A在疑似患有TL1A介导的疾病的个体中的存在和/或水平。
本发明的诊断试剂盒包括一个或多个含有本文所述的TL1A抗体的容器及根据本文所述的本发明的任何方法使用的说明。通常，这些说明包含使用TL1A抗体以检测TL1A在处于TL1A介导的疾病风险或疑似患有TL1A介导的疾病的个体中的存在的叙述。在一些实施方案中，示例性诊断试剂盒可经配置为包含试剂诸如TL1A抗体、阴性对照样品、阳性对照样品及试剂盒的使用说明。
生物保藏
本发明的代表性材料于2013年10月17日保藏于美国典型培养物保藏中心(10801University Boulevard,Manassas,Va.20110-2209,USA)。ATCC保藏号为PTA-120639的载体1D1 1.31VH包含编码抗体1D1 1.31的重链可变区的DNA插入物，且ATCC保藏号为PTA-120640的载体1D1 1.31VL包含编码抗体1D1 1.31的轻链可变区的DNA插入物。这些保藏是根据国际承认用于专利程序的微生物保藏的布达佩斯条约的规定进行的。这确保自保藏日开始30年内维持该保藏物的活培养物。保藏将依照布达佩斯条约的规定由ATCC提供，且受制于PfizerInc与ATCC之间的协议，其保证在相关美国专利发布后或在任何美国或外国专利申请对公众公布后(不分先后)公众对保藏培养物后代的永久和无限制可使用性，且确保由美国专利和商标局专员根据35U.S.C.Section 122和按照专员准则(包括特别参考886OG 638的37C.F.R.Section 1.14)决定的享有权利者对保藏培养物后代的可使用性。
本申请案的受让人已同意，如果在适当条件下培养时，保藏的材料的培养物死亡或丢失或毁坏，则将告知以迅速用另一相同材料替换。保藏材料的可供使用性不应解释为许可在违反由任何政府部门根据其专利法律授予权利的情况下实施本发明。
等同物
前述书面说明书被认为足以使本领域技术人员能够实施本发明。前述说明及实例详细叙述本发明的某些示例性实施方案。然而应理解的是，不论前述内容说明得多详细，本发明可以以许多方式实施，且应根据伴随的权利要求书及其任何相等范围来解读。
本文的引用文献(包括专利、专利申请、论文、教科书等)以及这些文献中所引用的文献至其尚未引用的程度，在此以全文引用的方式并入本文中
示例性实施方案
本发明另详细描述于下列实验实施例。除非另外说明，这些实施例仅用于举例说明的目的，并不旨在限制本发明。因此，本发明不应被视为被下列实施例所限制，而应被视为包含任何及所有因本文所提供的教导内容而变得明显的变型。
实施例
实施例1：抗TL1A抗体的产生
重组可溶性人和小鼠TL1A蛋白质在HEK293细胞中瞬时表达。通过HitrapNTA、Hitrap Q和Sephacryl-200(均购自GE healthcare)纯化TL1A蛋白质。浓缩所得的纯化的蛋白质溶液并储存在-80℃以下。通过SDS-PAGE和分析SEC确认纯度。
将重组可溶性人和小鼠TL1A蛋白质用于使Medarex KM和Hco小鼠免疫。一些小鼠接受交替的人和小鼠TL1A，而其它小鼠仅接受人TL1A。在一些情况下，每周向小鼠腹膜内和皮下施用Ribi佐剂中的3x 25μg重组人TL1A+1x 25μg重组小鼠TL1A。由E-融合方案产生的杂交瘤从通过血清滴度分析显示针对TL1A的反应性的小鼠制备。对后续杂交瘤针对产生结合TL1A但不结合TNFα的抗体进行筛选。对显示特异性结合至TL1A的那些杂交瘤针对中和抗体进行进一步筛选。
实施例2：通过SPR对抗TL1A抗体进行表位分组
使用配对结合策略来通过使用表面等离子体共振的表位分组来表征抗TL1A抗体。使用Biacore 2000或3000仪器，通过胺偶联使一种抗体直接固定至羧甲基化葡聚糖传感器芯片表面(CM5上)。随后，以10μl/分钟的流速注入在8.1mM Na2HPO4、1.47mM KH2PO4(pH7.2)、237mM NaCl、2.7mM KCl、3.4mM EDTA和0.01％tween 20(PBS-NET)中稀释至10nM的重组可溶性人TL1A或鼠TL1A进行约1分钟，以在固定抗体或其抗原结合片段上实现至少100反应单位(RU)的结合水平。然后，以30nM注入固定在芯片上的相同抗体进行5分钟以使三聚TL1A上的所有潜在结合位点饱和。进行抗体的重复注入以确认该饱和。最后，以30nM注入PBS-NET中的第二抗体或单独的PBS-NET(作为对照)进行5分钟。如果第二抗体结合至用第一抗体饱和的TL1A，则此指示相较于第一抗体，第二抗体结合TL1A上的非竞争表位。如果第二抗体不能结合至饱和的TL1A，则此指示两种抗体共享TL1A上的相同或竞争表位。针对最高中和抗体重复此策略。在各循环结束时，通过3M MgCl2的30秒脉冲或通过0.1％TFA，随后进行PBS-NET的两个连续15秒脉冲来再生固定抗体表面。所有注入以10Hz的收集速率在25℃下进行。通过使用对照表面和缓冲注入液双重参考所有传感图。
针对人TL1A的初始15种中和抗体的表位分组揭示至少两种不同表位(图2)。在第二表位组内，似乎存在重叠表位。抗体25A4结合针对7D4和22F9的非竞争表位，同时显示其具有针对1D1的竞争表位。随后，将抗体针对1D1、7D4和25A4进行比较以确定其在此第二表位组内的位置(图3)。另外，在第一表位组内，将抗体14G1、4C1和10G3各自针对固定的16F9进行比较以再确认其针对于人TL1A的结合的分组。这些抗体中的每一个与16F9结合竞争表位，26B11和9B3也如此。抗体1D1用作结合至16F9的对照，因为这两种抗体在非竞争表位上结合人TL1A。
针对八种抗TL1A抗体(其在基于细胞的半胱天冬酶测定中显示中和鼠TL1A的能力)以及商购可得的抗TL1A多克隆抗体AT127(Enzo Life Sciences，Farmingdale,NY)进行针对鼠TL1A的表位分组。所有抗TL1A抗体(除AT127外)在竞争表位上结合至鼠TL1A。AT127似乎在单独的非重叠表位上结合鼠TL1A(图4)。
实施例3：中和抗体的TL1A结合动力学表征
为了通过表面等离子体共振表征针对TL1A的抗TL1A抗体的结合动力学，使用Biacore T100或T200仪器，通过直接固定的抗人IgG(GE Healthcare)将各抗TL1A抗体捕获在羧甲基化葡聚糖传感器芯片表面(CM5)上。通过胺偶联使抗人IgG固定至大约4,000至13,000反应单位(RU)的密度。在8.1mM Na2HPO4、1.47mM KH2PO4(pH 7.2)、237mM NaCl、2.7mMKCl、3.4mM EDTA和0.01％tween 20(PBS-NET)中将各抗TL1A抗体稀释至0.075-0.15μg/ml并以5μl/分钟的流速注入在抗hIgG表面上进行约1至2分钟，以达到低至30RU的低捕获水平。在捕获之后，将流速增加至100μl/分钟，并注入在PBS-NET中范围在0.195nM至100nM内的各种浓度的重组可溶性人TL1A、食蟹猴TL1A或鼠TL1A进行2至3分钟的缔合并使其解离高达60分钟。在各循环结束时，通过3M MgCl2的30秒脉冲随后进行PBS-NET的两个连续15秒脉冲来再生整个抗人IgG(hIgG)表面。所有注入以10Hz的收集速率在25℃下进行。通过使用对照表面和缓冲注入液双重参考所有传感图。通过将数据拟合至Biacore T100、T200评估软件v1.0或BIAevaluation软件v4.1.1的1:1模型和等式KD＝kd/ka确定速率常数。
首先，在Biacore T100仪器上实时测量人和鼠TL1A与选择抗TL1A抗体的结合。所有抗体以相似平衡解离常数(KD)结合至人TL1A或鼠TL1A。所测定的KD还与那些先前产生的基于细胞的测定IC50是可比较的(数据未显示)。
为了实时后续评估TL1A结合，将结合至不同TL1A表位的代表性抗体(抗体1D1、26B11和7D4)如下表达。通过克隆至哺乳动物表达载体的重链和轻链V区的共转染来评估重组抗TL1A抗体的瞬时表达。例如，对于每个100mm组织培养皿(Corning 430176)；将40μlTransIT(Mirus MIR2306)添加至2ml室温Optimem(Invitrogen-Gibco 11058-021)+谷氨酰胺2mM最终浓度。将Optimem与Trans-IT的此混合物涡旋并在室温下孵育15分钟。将Maxiprep DNA(8μg重链和8μg轻链)添加至混合物并在室温下孵育15分钟。随后将此溶液添加至含有约8ml生长培养基(DMEM+HI FBS+Penn+Strep+谷氨酰胺)的p100。在37℃、10％CO2下24小时之后，用R1CD1(无血清生长培养基)冲洗细胞，随后将10ml R1CD1+PSG添加至各p100。在37℃、10％CO2条件下48小时之后收获条件培养基，离心以沉淀细胞并将上清液移至新管。相应地调整此以容纳更多细胞用于更大的表达运行。
通过总人IgG-Fc-特异性ELISA来定量来自瞬时转染的条件培养基。简言之，在室温下用100μl每孔的于PBS(Pierce 31125)中的1μg/ml山羊抗人IgG过夜包被平底ELISA板(Costar 3590)。在室温下，用100μl/孔的于PBS中的0.02％酪蛋白溶液封闭板最少3小时或至多24小时。如果不立即使用板，则在4℃下将其储存于储存缓冲液(于PBS中的0.02％NaN3)中至多一个月。在测定缓冲液(于PBS中的0.5％牛血清白蛋白+0.02％Tween-20)中以连续稀释系列运行标准品和样品，其中将100μl添加至ELISA板的经洗涤的孔，并在室温下孵育3至24小时。在测定缓冲液中以1：5000稀释山羊抗人IgG(Pierce 31413)并在洗涤板之后将100μl添加至孔并使其在室温下孵育15分钟。在100μl/孔的BioFX TMB(TMBW-0100-01)中洗涤板和使其显影，在100μl/孔的0.18N H2S04中停止反应，并在450nm处在MolecularDevices vMax读板仪上读取板。从来自标准品的稀释系列的曲线的线性范围计算未知数。抗体26B11在此实验中用作定量条件培养基，而1D1和7D4是经纯化的蛋白A。
将抗TL1A抗体捕获至Biacore T100仪器的CM5传感器芯片上的固定的抗人Fc。在捕获的抗TL1A抗体上注入人TL1A(0.4nM至100nM)或食蟹猴TL1A(8nM至200nM)。表中显示的速率常数通过拟合至BiaEvaluation v4.1.1中的1:1Langmuir结合模型来测定(以红色显示拟合线)。所示数据是2个实验之间的至少3个独立表面的平均数和标准偏差。未观察到重组可溶性人或食蟹猴TL1A与固定的抗人Fc的非特异性结合。
故意保持低的捕获水平以允许1:1结合的条件，避免影响亲合力，以及使解离期间的再结合最小化。在捕获水平在30RU以上时，观察到抗体的较慢解离速率，这很可能归因于这些并发情况(数据未显示)。
对于人或食蟹猴TL1A，与抗TL1A抗体的结合取决于所测试的TL1A的浓度。在细胞因子浓度最高时，有时解离相延长至60分钟以实现结合信号至少减少5％。这是精确测量相对慢的抗原解离速率所建议的最小减少量(Katsamba,等人Kinetic analysis of a highaffinity antibody/antigen interaction performed by multiple Biacoreusers.Analytical Biochemistry 2006May 15；352(2):208-21)。当符合此条件时，使用1:1Langmuir结合模型，从结合传感图计算各种类的TL1A和各抗体之间的缔合和解离速率常数。结合至人和食蟹猴TL1A的抗体1D1、7D4和26B11的Kd值概述于表4中。
表4：抗体1D1、7D4和26B11的Kd值
Figure BDA0000988789920001901
实施例4：抗TL1A抗体序列
选择代表各种表位组的最高中和抗体用于测序。如下获得抗TL1A抗体1D1、7D4、26B11、15C11、15A9、9B3和22F9的序列。选择目标抗TL1A杂交瘤以克隆可变结构域。提取来自杂交瘤的RNA，通过RT-PCR克隆获得来自所表达的抗体的可变区DNA序列。一般而言，将1至5百万个亚克隆的杂交瘤细胞匀浆用于总RNA分离，使用QIAGEN RNAeasy Mini试剂盒通过QIAShredder运行，或使用其它Qiagen试剂盒(诸如RNAeasy微试剂盒)调整细胞数目。随后使用superscript II或superscript III逆转录酶(Invitrogen)产生第一链cDNA。随后，使用特异于恒定区的引物和5'已知帽(诸如SMART IIa寡聚物)，通过PCR产生和扩增抗TL1AIgG的可变区的双链cDNA。将所得的RT-PCR产物克隆至TOPO-Blunt克隆载体、zero blunt、topo TA或类似载体(Invitrogen)中并通过常规方法测序。
序列列于序列列表(表40)并显示于图1中。对于抗体9B3和26B11，从杂交瘤克隆多个重链并列于序列列表(表40)和图1中。对于26B11，用具有VH2可变重链结构域(SEQ IDNO：74)的构建体进行实验。
图1I描绘抗体1D1、7D4和26B11的序列比对，其代表上文讨论的3个表位组。图1J描绘来自抗体7D4和22F9的VH和VL序列比对，其结合至竞争TL1A表位。这些抗体具有相同的VL区，但具有不同的VH区。表5提供了抗体7D4与22F9的VH结构域之间氨基酸差异的概述。图1K描绘抗体26B11和9B3之间序列的比对，其结合至竞争TL1A表位。这些抗体具有不同的VL区，但各自产生多个相同的VH区(VH1、VH2)。抗体26B11还产生第三VH结构域，称为MDX-VH。表6提供了抗体26B11与9B3之间氨基酸差异的概述。图1L描绘抗体1D1和抗体15A9和15C11的序列比对，其竞争结合至TL1A。这些抗体具有相同VL区，但各自具有不同VH区。表12提供了抗体1D1、15A9和15C11与1D1亲和力成熟变体之间氨基酸差异的概述。图1M是描绘各种抗TL1A抗体之间的百分比序列同一性的表格。
表5：抗体7D4与和22F9的VH结构域中的氨基酸差异的概述。对于CDR-H1，序列通过AntibodyM定义，并且Kabat定义的残基是粗体和斜体的。
Figure BDA0000988789920001921
表6：抗体9B3和26B11的VH和VL结构域中的氨基酸差异的概述。对于CDR-H1，序列通过AntibodyM定义，并且Kabat定义的残基是粗体和斜体的。
Figure BDA0000988789920001931
Figure BDA0000988789920001941
实施例5：通过噬菌体展示文库的抗TL1A抗体1D1的亲和力成熟
a)噬菌体文库设计
设计三个文库，其每一个含有1D1(本文中也被称作“亲本1D1”或野生型1D1或WT1D1)的VHCDR1、VHCDR2或VHCDR3区中的随机化。结合至人TL1A三聚体的1D1IgG的X射线结晶研究(参见实施例6)指示VL不大量参与结合相互作用，因此VL区不经诱变。使用两种随机化类型，使用Eurofins供应的寡核苷酸的二元取代，和使用IDT(Integrated DNATechnologies)供应的寡核苷酸的强化诱变(spiking mutagenesis)。在二元取代方法中，用并入原始野生型氨基酸或紧密相关的同源物的密码子置换野生型氨基酸。此诱变允许引入细微变化。强化诱变涉及以50％比率用所有其它氨基酸置换野生型氨基酸。
在整个文库建立中维持几个高度保守的氨基酸一例如Y31、I51和D101因其在人抗体中的保守性而不并突变。VHCDR2环的C端末端不并突变；记住指出这些残基在结合功能中的重要性的先前产生的数据。一些可能关键的位置仅通过二元取代突变。其它位置经受两种随机化方法；这些位置被认为具有影响结合亲和力的较大潜力。
VHCDR3最严重突变，因为传统上此环在亲和力决定中具有最大作用。整个环(除了D101)通过二元取代和强化诱变进行突变。因其长度，针对VHCDR3使用两种强化诱变寡核苷酸。
b)噬菌体文库建立
进行突变文库的构建。根据制备商的推荐，初次和二次(SOE)PCR涉及使用
Figure BDA0000988789920001951
Taq DNA Polymerase High Fidelity(Invitrogen)。SOE-PCR产物经限制性消化、纯化并克隆至大肠杆菌TG1中的pWRIL-1载体中。通过在2YT琼脂/100μg/毫升羧苄青霉素/2％(v/v)葡萄糖(2YT-CG)上平铺转化子的连续稀释物来计算总文库大小。将来自每个电穿孔的总细胞群体平铺在含有2YT琼脂/100μg/毫升羧苄青霉素/2％(v/v)葡萄糖(2YT-CG)的22-cm生物测定皿(Genetix)上，在30℃下孵育过夜，且最后通过刮擦和重悬于2YT肉汤/20％(v/v)甘油中进行收获。随后在-80℃冷冻文库等分试样。
c)噬菌体文库救援和选择
救援噬菌体文库，并以两种不同类型进行选择，第一种是经典的溶液-相方法。在这些选择中，历经三轮来选择文库，其中以3nM生物素化hTL1A的浓度起始，在第三轮中以50pM结束。洗涤从第一轮的12次增加至第三轮的18次。另外，在第三轮中包括含有“解离速率竞争”步骤的另一分支，其中添加50nM过量未标记的抗原进行30分钟。
第二种选择类型涉及与第一种选择类型相同的生物素化抗原和珠粒。这些选择的目的是在第一轮中强有力地驱动朝向高亲和力，随后在第二轮中的温和恢复。完成选择的四个分支，其中两个在第一轮中含有1nM生物素化hTL1A，其余的分支在第一轮中含有100pM生物素化抗原。第一轮还含有过夜“解离速率竞争”步骤，其中添加100nM未经标记的抗原进行18h。还在第一轮中使用严格洗涤，其中施加13次洗涤。第二轮选择涉及四个分支，其中两个含有1nM生物素化-重组可溶性人TL1A，其余两个含有1nM生物素化-重组可溶性鼠TL1A。在第二轮中施加十次洗涤。
d)初次筛选-scFv表达和纯化
对于高通量筛选，在22-cm生物测定盘(Genetix)中将大肠杆菌克隆平铺在2YT-CG琼脂上，使用QPix II菌落挑选机(Genetix)挑选至含有2YT-CG肉汤的标准无菌96孔板中，并以600rpm，在37℃和80％湿度下，在Multitron多板孵育器(Infors AG)中生长过夜。生长之后，将甘油添加至30％(v/v)的最终浓度，并在-80℃下储存板或立即将其用于接种含有900μl 2YT-CG肉汤的96孔深孔板。这些在37℃、80％湿度和600rpm下生长5-6h；通过将IPTG添加至0.5mM的最终浓度和在28℃下孵育过夜来诱导表达。通过以1260g离心沉淀细胞并重悬于150μl冰冷周质缓冲液[50mM Tris-HCl、1mM乙二胺四乙酸和20％蔗糖(w/v)，pH 8]中。通过添加150μl/孔的1：5稀释的周质缓冲液诱导渗透休克，将样品置放于冰上30分钟。在此之后以3220g离心10分钟，并回收由含有所表达的scFv的周质级分组成的上清液。在单点分析中使用粗周质提取物进行通过ELISA或HTRF测定法的高通量筛选。
进行小规模的单步骤scFv纯化以用于更详细的HTRF滴定和半胱天冬酶活性测定分析。基于在结合ELISA和HTRF筛选测定中的性能选择目标大肠杆菌克隆，并将其接种以用于小规模蛋白质表达和纯化。
e)结合ELISA
在4℃下，用PBS中的1μg/ml人或鼠TL1A包被Maxisorp板(Nunc)进行过夜。使用Zoomwasher液体操作机器人(Titertek)，用含有0.02％(v/v)Tween-20的250μl PBS洗涤孔三次，并用具有1％牛血清白蛋白的100μl PBS/3％(w/v)干燥乳蛋白封闭所述孔1h。用具有2％牛血清白蛋白的PBS/6％(w/v)干燥乳蛋白封闭粗周质提取物(50％，v/v)1h。随后，用HRP缀合的抗c-myc抗体(Roche)，在1：2500的最终浓度孵育经封闭的周质提取物(50％，v/v)30分钟，随后添加至经包被的ELISA板，将其孵育另外2h。在Zoomwasher上的四次洗涤循环之后，使用UltraTMB(Pierce)使反应物显影，并通过1:1添加0.18M磷酸停止反应。在EnVision Multiplate Reader中，在450nm处读取所述板。使用Decision Site 8(Spotfire)和Prism5(GraphPad)软件制图所有数据。
f)高通量竞争HTRF测定
建立高通量竞争HTRF测定以允许鉴定亲和力改善的克隆。根据制备商的说明书，使用穴状化合物标记试剂盒(CisBio)用铕穴状化合物标记亲本1D1抗体。最终反应混合物在HTRF检测缓冲液(Cisbio)中的20μl总反应物体积中含有6nM生物素化重组可溶性人或鼠TL1A、1:1600稀释的SA-XL665(CisBio)、1:1000稀释的铕穴状化合物标记的亲本1D1和含有目标scFv的10％(v/v)周质提取物(如上文所述制备的)。在MiniTrak Liquid HandlingPlatform(Perkin-Elmer)上，将试剂连续添加至384孔小体积黑色板(Nunc)中。使反应在室温下进行3小时，随后在EnVision Multilabel Plate Reader(Perkin-Elmer)上读取所述板，其中在340nm处激发并在615nm(测量来自1D1铕穴状化合物的输入供体荧光)和665nm处(测量来自SAXL665的输出受体荧光)两次发射读数。所有读数表达为荧光变化的百分比(％ΔF)，如先前所描述的(Finlay等人，J.Mol Biol 388(3)：541-58(2009))。使用DecisionSite 8(Spotfire)和Prism 5(GraphPad)软件对所有数据作图。
g)IgG的重组以及表达和纯化
将所选克隆从其冷冻原液接种并在250rpm、37℃下在含有具有100μg/mL羧苄青霉素的150μL 2YT培养基的单个孔中生长过夜。接着，将0.5μL的各过夜培养物添加至PCR混合物。正向引物读取5’CAACAGCTACAGGCGCGCACTCCCAGGTTCAGCTGGTG 3’(SEQ ID NO：393)，反向引物5’GACCGATGGGCCCTTGGTCGACGCTGAGGAGACGGTGAC3’(SEQ ID NO：394)。随后合并所有PCR反应物并在2％琼脂糖凝胶上解析。使用QIAquick凝胶提取试剂盒(Qiagen)切取并纯化大约400bp条带。随后使经纯化的PCR产物在50℃下经受BssHII消化3h，之后在80℃下去活化20min。然后，将0.6μL牛血清白蛋白(100x)和3μL SalI酶添加至反应物，且使其在50℃下消化另外3小时，之后在65℃下去活化20min。在2％琼脂糖凝胶上解析大部分消化物，纯化凝胶并随后连接至经工程改造以在Fc中包括效应子功能无效突变(也称作“三重突变”或“3mut”)的表达载体中。
在标准转染之后，在30ml HEK293细胞(Invitrogen)中瞬时表达IgG。在37℃，7％CO2条件下5天后收获条件培养基，并通过离心移除细胞。过滤所得的上清液，并使用ProPlus 40ul Resin尖端用MEA机器人(均为Phynexus Inc)进行纯化。简言之，在洗涤缓冲液(Phynexus)中尖端平衡之后，以0.5ml/min流速，通过每个尖端抽取1ml条件培养基6次以在丢弃之前使得能够通过ProA/G混合树脂捕获IgG。用所有30ml培养基重复此步骤，过夜。在使用两种缓冲液(Phynexus Inc)的洗液步骤之后，用0.1M甘氨酸(pH 2)洗脱捕获的蛋白质，并用1M Tris(pH 9)中和。将经纯化的蛋白质交换缓冲液为PBS，通过MicroBCA(Thermo)测定浓度，并通过还原性SDS-PAGE测定纯度。
h)半胱天冬酶活性测定
测试在初始筛选后鉴定的经纯化的scFv和稍后重组的IgG中和TF-1细胞(人红白血病细胞系)中的TL1A诱导的半胱天冬酶活性的能力，以确保已维持功能性。第一天，将TF-1细胞接种至3x 105个细胞/ml的密度，并在37℃，5％CO2条件下孵育。第二天，在37℃下，用3倍稀释系列的scFv，以40nM起始，孵育环己酰亚胺(20ug/ml)和hTL1A(125ng/ml)的刺激混合物30min。将TF-1细胞(50000个细胞/孔)添加至刺激-scFv混合物。在37℃下孵育6h之后，添加100μl/孔Caspase-Glo 3/7试剂(Promega)。在室温下孵育板15min，之后在EnvisionPlate Reader(Perkin-Elmer)上在700nm处读取。进行一式两份分析，并使用Prism 5(GraphPad)软件对数据作图。
i)IgG的Biacore分析
使用T-200生物传感器，系列S CM5芯片和固定在10mM乙酸钠固定缓冲液(pH5.0)中的大约4000RU(反应单位)的抗人IgG(GE Healthcare)进行Biacore分析。如下文所描述，建立测定条件以使质量转移、亲合力和再结合时间的影响最小化。在单独的流动池上进行空白固定用于参考扣除。在运行缓冲液(PBS、300mM氯化钠、3.2mM乙二胺四乙酸、0.01％Tween 20)中稀释经纯化的IgG，并使用100ul/min流速在低水平(<30RU)捕获2min，以减小可能的通过三聚TL1A的再结合。以100ul/min流速将TL1A以浓度范围(0.4-33nM)注入运行缓冲液中进行30s，随后用3M氯化镁和运行缓冲液进行两个30秒再生步骤。使用Biacore T-200评估软件(v1.0)分析各浓度的参考扣除传感图。
k)文库QC测序
从构建的1D1突变scFv文库中的每一个(VHCDR1、VHCDR2、VHCDR3A和VHCDR3B)传送单菌落用于QC序列分析。序列分析结果显示在诱变策略中靶向的所有位置上并入所有期望突变。
l)亲和力成熟变体的鉴定和分析
从各选择分支随机挑选克隆，首先以粗制的单点周质制剂(periprep)形式筛选。通过噬菌体展示选择方法富集结合ELISA鉴定的表达TL1A结合scFv的克隆，其中观察到两种选择方法的第一轮至第三轮结合子数目增加。HTRF测定测量在竞争scFv抗体的存在下铕穴状化合物标记的亲本1D1IgG结合至重组可溶性人/鼠TL1A后观察到荧光的减少。这允许鉴定强烈竞争结合至1D1的初始表位的克隆，其已显示调节体内生物效力。相似地，观察到在3轮选择之后回收的竞争克隆的数目增加。由于无法测定周质制剂浓度，为了测定表达对测定信号的效应，取用具有相似于亲本1D1周质制剂或比亲本1D1周质制剂更好的％ΔF哪些用于进一步分析。从经典选择筛选出800个克隆，并且选择270个用于确认筛选和序列分析，而从第二选择方法筛选出另外800个克隆并取用120个克隆。
m)序列分析
在初步筛选中为阳性的克隆的序列分析导致从经典选择鉴定出40个独特序列，并且从第二选择鉴定出另外13个独特序列，随后移除具有糖基化基序(NXS,NXT)的任何克隆。在所有3个VH CDR中鉴定到突变。这些变体的一些的重链可变结构域(VH)序列提供于序列列表(表40)和图1中。
使所有克隆经受如纯化的scFv在HTRF竞争测定和半胱天冬酶活性测定中的进一步分析，指示所有克隆可与亲本1D1竞争结合至TL1A并以浓度依赖性方式抑制半胱天冬酶活性(数据未显示)。随后将scFv重组成IgG以用于进一步分析，其中类似地所有命中物(hit)在HTRF测定中显示与亲本1D1竞争和抑制半胱天冬酶活性的能力。然而，由于可能的堆栈效应，两种测定均不能用于排序克隆。由于最终浓度是2nM的TL1A用于半胱天冬酶测定，据信克隆已通过分析的检测极限，且并且需要进一步优化以便精确排序每个克隆的效力。
IgG的Biacore分析显示许多命中物具有KD<2nM，并且15个命中物的KD<1nM(表7)。在VHCDR3和VHCDR2中具有突变的克隆中观察到最大亲和力改善(KD增加2至6倍)，其中所有VHCDR3变体包括Asn至His突变。VHCDR3变体在位置93上均包括丝氨酸(S)至丙氨酸(A)突变。这些变体的重链可变结构域(VH)的序列提供于表8、序列列表(表40)和图1中。这些变体具有与亲本1D1抗体相同的轻链。
表7：通过噬菌体展示亲和力成熟的抗TL1A IgG的亲和力改善
Figure BDA0000988789920002011
Figure BDA0000988789920002021
表8：通过噬菌体展示亲和力成熟的1D1变体的VH CDR的序列。相对于1D1亲本克隆的突变位置是加下划线的。对于CDR-H1，序列通过AntibodyM定义，并且Kabat定义的残基是粗体和斜体的。
Figure BDA0000988789920002022
Figure BDA0000988789920002031
Figure BDA0000988789920002041
还测试了克隆针对鼠和食蟹猴TL1A两者的亲和力，其中观察到相似的亲和力增加(表9)。亲和力增加大部分来源于解离速率的改善。在测试针对鼠和食蟹猴TL1A的跨物种反应性时，也观察到亲和力改善(表9)。
表9：主要的抗TL1A IgG针对人、鼠和食蟹猴TL1A的亲和力
Figure BDA0000988789920002042
实施例6：抗TL1A抗体1D1的晶体结构测定
野生型人TL1A形成二硫键连接的多聚体，其使纯化复杂化且在文献中报道导致较低分辨率晶体结构。出于此原因，将C95S/C135S双突变体用于结晶。突变TL1A在大肠杆菌中表达，并使用Ni螯合层析随后进行离子交换层析以及最终的尺寸排阻步骤来进行纯化。
通过用木瓜蛋白酶消化制备来自亲本1D1IgG的Fab片段。生长具有1D1Fab的TL1A复合物的晶体的初始尝试是不成功的。随后，将1D1scFv-Fc在HEK细胞中表达。通过蛋白A捕获从条件培养基纯化scFv-Fc并使用木瓜蛋白酶从Fc切割scFv。经分离的scFv在VH和VL结构域之间的接头处被部分切割，但经修剪的物质仍能够结合至TL1A。1D1scFv与TL1A的复合物在硫氰酸钾和琥珀酸的溶液中形成立方晶体。
在Advanced Photon Source的光束线17-ID上收集数据至
Figure BDA0000988789920002051
使用TL1A的公开结构(PDB编码2RJL)和全体可变结构域结构通过分子置换解析结构。在重建和细化之后，最终Rfree值是0.237，Rwork是0.199。晶体结构具有在不对称单元中结合至单个TL1A单体的1D1scFv的单个拷贝。通过结晶对称性从在立方空间群P432中连接单位晶胞对角的三重轴产生三聚体(图5)。抗体与在相同沟中结合的两个单体的相邻面相互作用，如针对诱饵受体DCR3在其与TL1A的共同结构中所见的。通过从其它TNF家族成员与其信号传导受体的结构进行类推，假定此抗体结合模式将导致直接阻断与DR3受体的信号传导相互作用。几乎所有互补位包含在重链内。
实施例7：亲和力增强点突变的计算设计
通过使用晶体结构，将从Smith and Kortemme 2010(在http://www.plosone.org/article/info％3Adoi％2F10.1371％2Fjournal.pone.0020451上可公开获得)改编的序列公差方案用于鉴定可改善1D1针对TL1A的结合亲和力的突变。此方案使用来自华盛顿大学(Universityof Washington)的Rosetta蛋白质设计软件包相对快速地评估极大量序列。对重链CDR中的每一个进行单独的实验。允许TL1A界面的定义距离内的残基改变。
由于来自CDR 2和3的接触残基在平行噬菌体展示优化中经良好取样，因此我们重点关注来自CDR H1的结果。具体地，明显的是1D1中的丝氨酸28内埋于界面中，但不形成任何强氢键(图6)。序列公差方案建议取代天冬氨酸(图7)、天冬酰胺或谷氨酰胺并且支持在位置31上酪氨酸至组氨酸的突变。使用来自Fox Chase Cancer Center的程序SCWRL和使用来自Schrodinger，Inc.的Macromodel，通过模型化突变来进一步检查这些选择方案，以最小化并计算结合能量的变化。随后进行这些突变(表10)，并测试所得蛋白质的结合。
表10：针对1D1结合改善测试所选择的突变
突变 预测的ddG Kd(nM)
WT 1D1(亲本) 0 2.3
S28D -6.7 0.42
S28N -10.2 无结合(产生糖基化位点)
S28Q -10.0 6.8
Y31H -17.7 12.7
选择S28D的修饰用于与来自CDR H2和H3的噬菌体展示优化的最佳序列组合，产生Kd<0.1nM的变体。这些变体及其VH CDR序列列于表11(克隆1D1 1.1-1.14)中。为了进一步尝试改善亲和力，将在CDRH2和CDRH3上的噬菌体展示筛选中发现的有益突变组合以寻求协同作用，(克隆1D1 1.15-1.26)。在分析所有这些克隆之后，将突变S28D添加至最佳的CDRH2和CDRH3组合，VH1.27-VH1.34。这些变体中的每一个的重链可变结构域(VH)序列列于表40和图1中。这些变体具有与亲本抗体1D1相同的轻链。
表12提供了相较于来自表8和表11的亲和力成熟变体，抗体1D1以及竞争结合至与抗体1D1相同的TL1A表位的抗体15C11和15A9(参见图1L)的VH区中的各种氨基酸取代的概述。
表11：具有优于1D1的改善亲和力的通过计算设计和噬菌体展示亲和力成熟的1D1变体的列表。相对于1D1亲本克隆的突变位置是加下划线的。对于CDR-H1，序列通过AntibodyM定义，并且Kabat定义的残基是粗体和斜体的。
Figure BDA0000988789920002071
Figure BDA0000988789920002081
Figure BDA0000988789920002091
Figure BDA0000988789920002101
Figure BDA0000988789920002111
表12：相对于亲本1D1抗体，在VH和VH CDR中，1D1变体抗体和抗体15C11和15A9中的氨基酸取代的概述。对于CDR-H1，序列通过AntibodyM定义，并且Kabat定义的残基是粗体和斜体的。
Figure BDA0000988789920002112
Figure BDA0000988789920002121
实施例8：通过Biacore/KinExA测定1D1和最高亲和力优化克隆的TL1A结合
为了通过表面等离子体共振来表征各种1D1变体抗TL1A抗体与可溶性重组TL1A的结合动力学，将各抗TL1A抗体表达为IgG1抗体。使用lipofectamine转染方案建立识别TL1A(1D1亲本、7D4和26B11)的抗体的稳定表达池。将CHO细胞生长至80％汇合度；添加用于重链和轻链的25ug DNA。在建立表达池时，以三/四天的时间表重复用R1+10％FBS交换消耗培养基。随后，将表达池适应于无血清悬浮液。通过蛋白A纯化此材料，并在程序中用作对照。
通过在50mL HEK293瞬时转染中的小规模表达测试1D1的新克隆变体。使用AKTA表达系统在蛋白A树脂上的小规模纯化提供了可在用于筛选的早期Biacore和基于细胞的测定中运行的蛋白质。随着选择克隆用于进一步表征，进行大规模瞬时表达和稳定细胞系开发。
使用Biacore T100或T200仪器，通过直接固定的抗人IgG(GE Healthcare)将抗体捕获在羧甲基化葡聚糖传感器芯片表面(CM5)上。在8.1mM Na2HPO4、1.47mM KH2PO4(pH7.2)、237mM NaCl、2.7mM KCl、3.4mM EDTA和0.01％tween 20(PBS-NET)中将抗体稀释至0.075-0.15μg/ml并以5μl/分钟的流速注入在抗hIgG表面上进行约1至2分钟，以达到低于30RU的低捕获水平。在捕获之后，将流速增加至100μl/分钟，并注入在PBS-NET中范围在0.195nM至100nM内的各种浓度的重组可溶性人TL1A(SEQ ID NO:254)、重组可溶性食蟹猴TL1A(SEQ ID NO:259)、重组可溶性小鼠TL1A(SEQ ID NO:260)、重组可溶性大鼠TL1A(SEQID NO:261)或重组可溶性兔子TL1A(SEQ ID NO:262)进行约2至3分钟的缔合并使其解离～3-60分钟。在各循环结束时，通过3M MgCl2的30秒脉冲随后进行PBS-NET的两个连续15秒脉冲来再生整个抗hIgG表面。或者，用含有0.46M KSCN、1.83M MgCl2、0.92M尿素和1.83M胍-HCl、pH为7.4的离子溶液的两个30秒脉冲随后进行PBS-NET的单个30秒脉冲来再生表面。所有注入以10Hz的收集速率在25℃下进行。通过使用对照表面和缓冲注入液双重参考所有传感图。通过将数据拟合至Biacore T100、T200评估软件v1.0或BIAevaluation软件v4.1.1的1:1模型和等式KD＝kd/ka确定速率常数。
使用动力学排阻测定(KinExA)在KinExA 3200仪器(Sapidyne)上测量针对人TL1A的各抗TL1A抗体的平衡解离常数(KD)。此测定涉及预孵育抗体：在使用固相组分测量未结合抗体水平之前，使抗原混合物在溶液中孵育足够长时间以达到平衡。为了制备固相，使用于1ml PBS(pH 7.4)中的30ug/ml重组人TL1A包被两百毫克聚甲基丙烯酸甲酯珠粒(PMMA,Sapidyne)，并在室温下翻滚两小时。在室温下用PBS+10mg/ml牛血清白蛋白(牛血清白蛋白，Sigma)封闭珠粒1小时随后在PBS中稀释至总共27ml。对于溶液中的组分，将各抗体保持在恒定浓度下，同时在PBS+1mg/ml牛血清白蛋白中在240fM至100nM的广泛范围上滴定人、食蟹猴或小鼠TL1A。将抗体浓度保持在接近针对KD控制曲线估计的KD或保持在针对抗原结合浓度(ABC)-控制曲线估计的KD的10倍或10倍以上的浓度。对于各滴定系列，包括缓冲液样品和单独的抗体的样品。各抗体：在室温下翻滚TL1A混合物至少六小时以达到平衡，随后将各混合物注入在仪器流动池中的TL1A-包被珠粒的固相上。仅游离的、未被占用的抗体结合至珠粒，并且用递送至流动池的500ul的0.25ug/ml或1.5ug/ml Alexa-647山羊抗人IgG(H+L)抗体(Jackson)以0.25ml/min进行检测。在各样品之间补充珠粒。将检测到的游离抗体的结合信号转化成如通过仅抗体样品测量的游离的、未结合的抗体的百分比并相对各TL1A浓度作图。对于各抗体，使用n-曲线分析软件v3.1.4同时拟合KD和ABC控制曲线以将曲线拟合至“亲和力未知配体”模型并测量平衡KD。
为了实时评估TL1A结合，通过抗IgG以30RU以下的低密度将各抗体捕获在Biacore传感器芯片表面上。故意保持低的捕获水平以允许1:1结合的条件，避免影响亲合力，以及使解离期间的再结合最小化。在捕获水平在30RU以上时，观察到1D1的较慢解离速率，这很可能归因于这些并发情况。
正如预期的，对于所有种类的TL1A，与1D1和亲和力成熟克隆中的每一个的结合取决于所测试的TL1A的浓度。在细胞因子浓度最高时，有时解离相延长至60分钟以实现结合信号至少减少5％。这是精确测量相对慢的抗原解离速率所建议的最小减少量。当符合此条件时，使用1:1Langmuir结合模型，从结合传感图计算各种类的TL1A和各抗体之间的缔合和解离速率常数(表13-表17)。对于在结合人TL1A时不符合此标准的亲和力成熟抗体，解离速率太慢而无法测量并且估计KD小于100pM(表13)。
表13：抗TL1A抗体针对人TL1A的结合动力学
Figure BDA0000988789920002141
Figure BDA0000988789920002151
表14：抗TL1A抗体针对食蟹猴TL1A的结合动力学
Figure BDA0000988789920002152
表15：抗TL1A抗体针对小鼠TL1A的结合动力学
Figure BDA0000988789920002153
Figure BDA0000988789920002161
表16：抗TL1A抗体针对大鼠TL1A的结合动力学
Figure BDA0000988789920002162
表17：抗TL1A抗体针对兔TL1A的结合动力学
Figure BDA0000988789920002163
将基于溶液动力学排阻测定(KinExA)作为正交技术执行以测量平衡KD值。针对具有TL1A的各亲和力成熟的抗体产生KD控制和ABC控制曲线。还针对亲本1D1抗体和从1D1抗体产生的Fab产生曲线以用作比较物。使用“亲和力未知配体”模型进行n-曲线分析以测定各抗体的平衡KD(表18)。对于具有不能通过表面等离子体共振测定的KD的亲和力成熟抗体，所测量的平衡KD可区分这些抗体与亲本1D1抗体。
表18：1D1变体抗体的平衡KD
Figure BDA0000988789920002171
由于TL1A的同三聚体组合物和在溶液中进行KinExA KD的事实，可能的是多价TL1A形成具有二价抗体的晶格结构。因此，KinExA KD值很可能包括亲合力指数。由于1D1Fab蛋白的可用性，测定1D1抗体的亲合力指数。1D1的Fab以3nM的平衡KD结合人TL1A(表18)。Fab对于人TL1A是单价的，并且相应地KinExA KD与在Biacore传感器芯片表面上1:1结合条件下全长抗体的3.2±0.9nM KD相一致。不存在足够的Fab来通过SPR测量针对人TL1A的KD。相较于通过KinExA测量的127pM KD，1D1的亲合力指数近似地是24。亲和力成熟抗体的亲合力指数是未知的，并且不必须地与亲本1D1抗体的近似24倍指数相同。
实施例9：7D4Fab、26B11Fab和1D1 1.31scFv以及DR3与TL1A的晶体结构
C95S/C135S双突变TL1A在大肠杆菌表达并如实施例6中所描述地纯化。通过用木瓜蛋白酶切割全长IgG并使用蛋白A树脂移除Fc来获得抗体7D4的Fab片段。以1:1摩尔比将Fab与双突变|TL1A混合，并通过SEC纯化所得的复合物。复合物的晶体在100mM Tris(pH8)、25％PEG400中形成。
在Advanced Photon Source的光束线17-ID上收集数据至
Figure BDA0000988789920002182
通过分子置换解析结构并细化至0.187/0.238的R/Rfree(图8)。晶体结构具有在空间群I213的不对称单元中结合至单个7D4Fab片段的TL1A的单个拷贝。对于1D1，通过结晶对称性产生生物三聚体。相较于与相邻TL1A单体之间的受体结合沟相互作用的1D1，7D4表位几乎完全包含在单个TL1A单体内。然而，表位是充分宽的以使得预期7D4结合会直接干扰受体结合，如在基于细胞的中和测定中所见的。
对于测定TL1A与26B11的共同结构，将相同的双突变TL1A与26B11的Fab片段组合并通过SEC纯化所得复合物。在16％PEG3350、250mM硝酸铵中获得晶体，并在AdvancedPhoton Source的光束线17-ID上衍射至
Figure BDA0000988789920002181
将结构细化至0.177/0.224的R/Rfree值(图9)。结晶不对称单元含有复合物的2个拷贝。出人意料地，TL1A分子在晶体中不形成生物活性三聚体。结晶溶液的低pH可引起三聚体的解离。以与26B11Fab和TL1A的3:3复合物的分子量一致的时间从凝胶过滤柱洗脱复合物，显示抗体不干扰三聚作用。此外，如果将26B11复合物中的TL1A叠加在TL1A三聚体结构上，则在26B11Fab的个体拷贝之间不会观察到碰撞。7D4和26B11表位是重叠的，尽管根据实施例2中的数据，这些抗体不竞争结合至TL1A。
对于测定TL1A与1D1 1.31的共同结构，将亲和力优化的抗体的scFv形式表达为Fc融合物，用木瓜蛋白酶切割并如亲本1D1抗体进行纯化。将经纯化的scFv与双突变TL1A混合，且通过SEC纯化复合物。在1800mM硫酸铵、8.33333％二恶烷、100mM MES(pH 6.5)中获得晶体，并在Advanced Photon Source的光束线17-ID上衍射至
Figure BDA0000988789920002191
(图10)。不对称单元含有由三个TL1A单体和三个1.31scFv分子组成的完全三聚复合物的单个拷贝。
1D1 1.31与TL1A的整体结合模式与亲本1D1的模式相同。在1D11.31与1D1之间存在预期位于与TL1A的界面内的两种序列差异：在位置H58处1D1 1.31中的组氨酸相对于1D1中的天冬酰胺，和在位置H28处1D1 1.31中的天冬氨酸相对于丝氨酸(参见图11)。正如所预期，组氨酸与TL1A的谷氨酸55进行与原始天冬酰胺基本上相同的相互作用，但此相互作用更强，因为谷氨酸的靠近很可能会将组氨酸的pKa提高至其在生理pH下将携带正电荷的点。在位置28上的天冬氨酸显示预期的改善的氢键合配位和相对于亲本丝氨酸的电荷互补性(参见图12)。另外，晶体结构显示相对于结合至1D1的构象，相邻TL1A环118-121中的构象改变。TL1A的酪氨酸121在不同旋转异构体中，并且主链轨道发生变化。Y121侧链与1D1 1.31形成新的疏水性相互作用，其可促进此抗体的亲和力增加。在与1D1的结构中，水分子占据在与1D1 1.31的结构中由Y121侧链占据的位置。在复合物的所有三个拷贝中观察到这些差异，但无法排除这是不同结晶条件而非1D1与1D1 1.31之间的序列差异的作用。
相似地，获得TL1A:DR3复合物的晶体。残基TL1A与DR3之间的相互作用以及TL1A与抗体1D1、1D1 1.31(1.31)、7D4和26B11之间的相互作用概括于表42中。如表42中所显示，许多氨基酸(包括T30,V31,V32,R33,Q34,T35,P36,T37,Q38,H39,F40,K41,N42,Q43,F44,P45,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,T58,R86,G87,M88,T89,E91,G99,R100,P101,N102,K103,P104,D105,S106,S136,N137,F139,S161,D162,I163,S164,L165,V166,D167,Y168,T169,K170,E171,D172,N42,F44,K103,P104,D105,S106,K113,T115,S117,Y118,P119,E120,P121,T122,Q123,M147,F148,S149和Q151，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号)与1D1、1.31、7D4、26B11抗体或DR3中的至少一种相互作用；在一些情况下，TL1A氨基酸可位于TL1A多聚体的不同亚基内，以使得抗体结合至TL1A的同多聚体，同多聚体包含至少第一和第二TL1A单体，其中抗体结合至第一TL1A单体上的第一表位，其中第一表位包含选自以下的至少一个氨基酸：N42,F44,K103,P104,D105,S106,K113,T115,S117,Y118,P119,E120,P121,T122,Q123,M147,F148,S149和Q151，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号，并且抗体结合至第二TL1A单体上的第二表位，其中第二表位包含选自以下的至少一个氨基酸：T30,V31,V32,R33,Q34,T35,P36,T37,Q38,H39,F40,K41,N42,Q43,F44,P45,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,T58,R86,G87,M88,T89,E91,G99,R100,P101,N102,K103,P104,D105,S106,S136,N137,F139,S161,D162,I163,S164,L165,V166,D167,Y168,T169,K170,E171和D172，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
TL1A的一些氨基酸残基可能牵涉与抗体1D1、1D1 1.31(1.31)、7D4和26B11或DR3中的多于一种的相互作用。如表42中所显示，氨基酸V31,V32,R33,T35,P36,T37,Q38,H39,F40,Q43,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,R86,G87,M88,S136,N137,S164,L165,Y168,T169,K170,E171,K113,S117,Y118,P119,T122,Q123,M147,F148,S149和Q151(其根据SEQID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号)与1D1、1.31、7D4、26B11抗体或DR3中的至少两种相互作用。在一些情况下，TL1A氨基酸可位于TL1A多聚体的不同亚基内，以使得抗体结合至包含至少第一和第二TL1A单体的TL1A同多聚体，其中抗体结合至第一TL1A单体上的第一表位，其中第一表位包含选自以下的至少一个氨基酸：K113,S117,Y118,P119,T122,Q123,M147,F148,S149和Q151，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号，且抗体结合至第二TL1A单体上的第二表位，其中第二表位包含选自以下的至少一个氨基酸：V31,V32,R33,T35,P36,T37,Q38,H39,F40,Q43,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,R86,G87,M88,S136,N137,S164,L165,Y168,T169,K170和E171，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
如表42中所显示，TL1A的一些氨基酸残基可能牵涉与抗体1D1、1D1 1.31(1.31)、7D4和26B11或DR3中多于两种的相互作用。因此，在一个实施方案中，根据本发明的TL1A抗体或其抗原结合片段结合至选自以下的一个或多个氨基酸：V31,V32,R33,E50,L53,G54,S164,Y168,T169,K170,E171,Y118和Q151，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号，与1D1、1.31、7D4、26B11抗体或DR3中的至少三种相互作用。在一些情况下，TL1A抗体可与位于TL1A多聚体的不同亚基内的TL1A氨基酸的相互作用，以使得抗体结合至包含至少第一和第二TL1A单体的TL1A同多聚体，其中抗体结合至第一TL1A单体上的第一表位，其中第一表位包含选自Y118和Q151(其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号)的至少一个氨基酸，且抗体结合至第二TL1A单体上的第二表位，其中第二表位包含选自以下的至少一个氨基酸：V31、V32、R33、E50、L53、G54、S164、Y168、T169、K170和E171，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
如表42中所显示，TL1A的一些氨基酸可能牵涉与抗体1D1、1D11.31(1.31)、7D4和26B11或DR3中多于三种的相互作用。同样，在一个实施方案中，根据本发明的TL1A抗体或其抗原结合片段与选自R33、Y168和T169的TL1A氨基酸的相互作用，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
在其它情况下，TL1A氨基酸残基牵涉与1D1和1D1 1.31抗体的相互作用。同样，在某些实施方案中，根据本发明的TL1A抗体或其抗原结合片段结合至选自以下的至少一个TL1A氨基酸：V31,V32,R33,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,Y168,T169,K170,E171,K113,Y118,T122,Q123,M147,F148,S149和Q151，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。在其它情况下，抗体可结合至TL1A同多聚体的不同亚基内的氨基酸。同样，在一个实施方案中，根据本公开内容的TL1A抗体或其抗原结合片段结合至包含至少第一和第二TL1A单体的TL1A同多聚体，其中抗体结合至第一TL1A单体上的第一表位，其中第一表位包含选自以下的至少一个氨基酸：K113,Y118,T122,Q123,M147,F148,S149和Q151，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号，且抗体结合至第二TL1A单体上的第二表位，其中第二表位包含选自以下的至少一个氨基酸：V31,V32,R33,E50,H51,E52,L53,G54,L55,A56,F57,Y168,T169,K170,E171，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
在其它情况下，抗体与TL1A的结合导致TL1A氨基酸中的内埋表面积的非零变化。例如，氨基酸R33,Q34,T35,P36,T37,Q38,H39,F40,K41,N42,P45,E50,L53,G54,L55,F57,T58,R86,M88,T89,P101,N102,K103,P104,D105,S136,N137,D162,I163,S164,Y168,T169,K170,E171,N42,K103,P104,D105,K113,S117,Y118,T122,S149和Q151(其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号)中的内埋表面积增加至少
Figure BDA0000988789920002221
这些氨基酸可存在于不同TL1A亚基上：例如，根据SEQ ID NO：254的编号，第一TL1A亚基上的氨基酸N42,K103,P104,D105,K113,S117,Y118,T122,S149和Q151，和第二TL1A亚基上的R33,Q34,T35,P36,T37,Q38,H39,F40,K41,N42,P45,E50,L53,G54,L55,F57,T58,R86,M88,T89,P101,N102,K103,P104,D105,S136,N137,D162,I163,S164,Y168,T169,K170和E171。在其它情况下，氨基酸R33,T35,P36,Q38,H39,F40,K41,N42,L53,G54,L55,R86,M88,P101,N102,K103,D105,N137,S164,Y168,E171,N42,K103,D105和Y118(其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号)中的内埋表面积增加至少
Figure BDA0000988789920002222
这些氨基酸可存在于不同TL1A亚基上：例如，第一TL1A亚基上的氨基酸N42、K103、D105和Y118，以及R33,T35,P36,Q38,H39,F40,K41,N42,L53,G54,L55,R86,M88,P101,N102,K103,D105,N137,S164,Y168和E171，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。在其它情况下，氨基酸R33,Q38,F40,K41,L53,R86,M88和Y118(其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号)中的内埋表面积增加至少
Figure BDA0000988789920002231
这些氨基酸可存在于不同TL1A亚基上：例如，根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号的第一TL1A亚基上的氨基酸Y118，以及R33、Q38、F40、K41、L53、R86和M88。
许多TL1A氨基酸残基，例如氨基酸A56,D232,E171,E52,H109,K111,K173,N112,N172,N207,P106,P171,Q104,Q108,R156,R33,S149,T122,T169,Y118,Y168和Y238(其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号)牵涉与DR3或本发明的抗体的氢键合。例如，如表42中所显示的，TL1A氨基酸Q108,H109,K111,N112,P171,N172和K173(其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号)牵涉与抗体26B11的氢键形成。对于与与抗体7D4的结合，显示Q104,P106,R156,N207,D232和Y238结合形成氢键。根据SEQ IDNO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号的氨基酸Y118、S149、R33、E52、A56和Y168可与抗体1D1形成氢键。氨基酸T122、S149、E52、A56、Y168、T169和E171在TL1A结合至1.31时可形成氢键。
在某些情况下，本发明的抗体或其抗原结合片段结合至TL1A并与水分子一起参与，所述水分子还氢键合至TL1A的选自R33,Q38,K41,N42,L55,N102,D105和M147的一个或多个残基(其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号)。
实施例10：抗TL1A抗体与人单核细胞表面TL1A的结合
此研究显示在用免疫复合物刺激后，TL1A在单核细胞表面上表达，并且抗体1D11.31结合至人单核细胞表面TL1A。在重链Fc中表达为具有效应子功能无效突变的全长人IgG1的抗体1D1 1.31(1D1 1.31-hIgG1-3mut)产生于CHO细胞中。同种型对照抗体是抗破伤风类毒素(aTT)抗体，其也是含有与1D1 1.31相同的三个效应子功能无效突变的人IgG1抗体。
通过首先用磷酸盐缓冲液(PBS)50:50稀释全血并使25mL稀释血液在15mLFicoll-Paque上分层，从100mL人外周血分离外周血单核细胞(PBMC)。以930x g离心分层血液30分钟。离心之后，收集含有PBMC的细胞界面并用10mL无菌PBS洗涤两次。使细胞重悬于5mL Pharm裂解缓冲液(BD Biosciences,San Jose,CA)中并在室温下孵育5分钟以裂解污染性红血细胞。在孵育之后，用含有10％热灭活胎牛血清(FBS)、10mM HEPES、10单位/毫升青霉素/链霉素和2mM谷氨酰胺的RPMI 1640培养基洗涤细胞两次，并重悬于完全培养基中，最终浓度是2x 106个细胞/毫升。
通过在存在或不存在1D1 1.31的情况下通过将2mL含有4x 106PBMC的完全培养基平铺在经IC包被的12孔板中并在37℃下刺激细胞4小时来诱导外周血单核细胞上的TL1A和用1D1 1.31染色。使用通过最佳浓度的人IgG和小鼠抗人IgG形成的IC来实现诱导。在37℃下通过在12孔板的每孔中孵育于PBS中500μL的0.5mg/mL人IgG(Jackson ImmunoResearchLaboratories,West Grove,PA)1小时来制备板结合的IC。孵育之后，用PBS洗涤板3次，并用PBS中的小鼠抗人IgG(20μg/mL)(Jackson ImmunoResearch Laboratories,West Grove,PA)孵育1小时。用PBS洗涤经包被的板3次且在使用之前储存于PBS中。
通过用生物素化1D1 1.31抗体染色证实膜结合的TL1A在人单核细胞上的表达。刺激4小时之后，通过使用细胞夹钳/刮刀从孔分离贴壁细胞来收集细胞。通过离心收集收获的细胞，并重悬于100μL BD PharmingenTM染色缓冲液(FBS；BD Biosciences,San Jose,CA)中并用TruStain FcX(BioLegendTM，SanDiego,CA)在冰上封闭10分钟。添加抗CD14PacificBlue(BD PharmingenTM,BD Biosciences,San Jose,CA)和10μg/mL生物素化1D1 1.31或同种型对照抗体，并在冰上孵育细胞15分钟。在孵育之后，用3ml染色缓冲液洗涤细胞，以800xg离心5分钟并重悬于400μL含有藻红蛋白(PE)-抗生蛋白链菌素(荧光标记抗生蛋白链菌素的1:1000稀释液)的染色缓冲液中。在孵育之后，细胞洗涤两次、离心，并重悬于400μL染色缓冲液中。使用BD LSRFortessaTM仪器测量膜结合的TL1A表达，并通过平均荧光强度(MFI)相较于生物素化同种型对照抗体的增加来证实所述表达。
在经刺激的人单核细胞上评估1D1 1.31与膜结合的TL1A的结合。初步研究指示静息外周血单核细胞不组成性表达膜结合的TL1A。因此，在免疫复合物刺激(通过Fc受体接合)之后，单核细胞被诱导表达内源TL1A以证实1D1 1.31结合至单核细胞表面TL1A。先前对于TL1A上调动力学的深入表征显示在IC刺激后4小时出现最大表达，该时间点用于后续研究以显示1D1 1.31结合至单核细胞。刺激后4小时，经IC包被的板诱导单核细胞表面上的TL1A表达(图13)。与处理的同种型和未刺激的对照细胞相比，用1D1 1.31处理的细胞具有增加的平均荧光强度。使用1和10μg/mL的纯化的裸抗TL1A抗体在竞争测定中确认此结合的特异性(数据未显示)。这些结果说明抗体1D1 1.31是特异性结合至在受刺激的循环单核细胞上表达的膜结合的TL1A的抗TL1A抗体。
实施例11：在TF-1细胞中通过抗TL1A抗体抑制NFκB
为了评估抗体1D1 1.31抑制TL1A通过DR3的细胞内信号传导的功能性抑制效力和能力，在TF-1细胞(红血球母细胞瘤细胞系)中评估抗体，所述TF-1细胞组成性表达DR3并用NFκB启动子驱动的萤光素酶基因转导。
表达为在重链Fc中具有效应子功能无效突变的全长人IgG1的抗体1D1 1.31(1D11.31-hIgG1-3mut)产生于CHO细胞中。同种型对照抗体是抗破伤风类毒素(aTT)抗体，其也是含有与1D1 1.31相同的三个效应子功能无效突变的人IgG1抗体。重组地产生可溶性TL1A(rsTL1A)。
TF-1细胞获自American Tissue Typing Collection(ATCC,Manassas,VA)。TF-1细胞来源于获自ATCC的人造血红血球母细胞瘤细胞系。通过用慢病毒pCignal Lenti NFκB-萤光素酶报告因子(目录编号CLS-013L；SA Biosciences，Valencia,CA)感染TF-1细胞产生TF-1-NFκB-萤光素酶报告细胞。简言之，将24孔板的30,000个细胞/孔接种于150μL RPMI1640、10％胎牛血清(FBS)和2ng/mL粒细胞巨噬细胞菌落刺激因子(GM-CSF)中。第二天，在6μg/mL聚凝胺的存在下，用50μL(1X)和100μL(2X)慢病毒pCignal Lenti NFκB-萤光素酶报告因子感染其。在4天之后，使细胞扩增并暴露于1μg/mL嘌呤霉素用于稳定整合体的选择。继续选择直至所有模拟感染细胞死亡。通过用各种TNF或TL1A浓度处理TF-1-NFκB-Luc 1x和2x细胞来评估报告因子在稳定池中的活性。在37℃，5％CO2条件下，用细胞因子处理细胞(100μL不含GM-CSF的培养基中20,000个细胞/96孔)5小时。随后添加D-萤光素底物(1500μg/mL)，并且在37℃下孵育10分钟之后，在EnVision Luminometer(PerkinElmer,Waltham,MA)中读取发光信号。选择TF-1-NFκB-Luc 2X细胞以用于后续研究。TF-1细胞需要白介素13(IL13)或GM-CSF用于其长期生长。细胞在含有10％热灭活FBS、10mM HEPES、1mM丙酮酸钠、2ng/mL重组人GM-CSF和1μg/mL嘌呤霉素的RPMI 1640中生长。
通过用商购的生物素化抗DR3抗体染色来证实DR3在TF-1细胞上的组成性表达。如5.4节中针对TL1A诱导的半胱天冬酶测定所描述的在不含GM-CSF的情况下使细胞生长过夜。收获细胞并以1x 106个细胞/毫升重悬于BD
Figure BDA0000988789920002261
染色缓冲液(FBS)中，并在冰上用10μg/mL抗DR3抗体孵育15分钟。在孵育之后，用3mL染色缓冲液洗涤细胞，以800g离心且以1x 106个细胞/毫升重悬于具有藻红素(PE)-抗生蛋白链菌素、荧光标记抗生蛋白链菌素1:1000稀释液的相同缓冲液中。在孵育之后，洗涤、离心细胞并以1x 106个细胞/毫升重悬于染色缓冲液中。通过BD Biosciences LSRFortessaTM仪器(San Jose,CA)中的流式细胞分析检查DR3表达。通过平均荧光强度(MFI)相较于抗生蛋白链菌素-PE对照的增加来证实DR3表达。
为了测定rsTL1A活化转录因子NFκB的能力，在用NFκB转录控制下的萤光素酶基因转染的TF-1细胞中测量响应rsTL1A的萤光素酶活性。实验前两天，以0.3x 106个细胞/毫升的细胞密度在含有嘌呤霉素但不含GM-CSF的TF-1培养基中培养TF-1细胞。在96孔板(对于发光板是平底的)中一式两份制备含有在50μL不含嘌呤霉素或GM-CSF的TF-1培养基中的2X各最终浓度的rsTL1A的溶液。以3986pM起始，以3倍稀释向下滴定8个rsTL1A浓度(3968.3,1322.8,440.9,147,49,16.3,5.4和1.8pM)。此TL1A剂量反应实验还在3nM最终浓度的同种型对照抗体的存在下进行。在此情况下，上文所描述的相同TL1A剂量反应溶液也含有2X最终浓度的同种型对照抗体。随后用铝箔密封板并在4℃下置放过夜以达到平衡。第二天，在37℃下预升温板30分钟，收获细胞，在磷酸盐缓冲液(PBS)中洗涤一次，以1x 106个细胞/毫升重悬于不含嘌呤霉素或GM-CSF的TF-1培养基中，并将50μL细胞悬浮液中的50,000个细胞添加至50μL预升温的TL1A溶液中，并在37℃下孵育6小时。将一百(100)μL 2X最终浓度的150μg/mL Beetle萤光素添加至100μL孔，混合孔并在37℃下孵育30分钟。在光度计(EnVision，1秒/孔)读取板。将平均相对发光度单位(RLU)相对于对数TL1A或对数1D1 1.31浓度作图。
EC50和IC50测定
通过将发光值分别相对于TL1A或抗体浓度的对数作图来产生TL1A活化曲线或抗体抑制曲线。使用GraphPad
Figure BDA0000988789920002271
(5.02版，GraphPad Software,Inc.,San Diego,CA)非线性回归曲线拟合和S形对数的激动剂(三个参数)或拮抗剂剂量反应(可变斜率，四个参数)模型(等式1针对TL1A激动剂；和等式2针对拮抗剂1D1 1.31)，从这些图测定EC50(针对TL1A)或IC50值(针对1D1 1.31)。
等式1：
Log(激动剂)vs反应(三个参数)
Y＝底部+(顶部-底部)/(1+10^(LogEC50-X))
等式2：
Log(抑制剂)vs反应-可变斜率(四个参数)
Y＝底部+(顶部-底部)/(1+10^((LogIC50-X)*HillSlope))
其中Y是发光值，且X是激动剂TL1A(等式1)或拮抗剂1D1 1.31(等式2)浓度，顶部是对应于S形曲线的上部平线区的最大Y值，底部是对应于S形曲线的下部平线区的最小Y值，且LogEC50或LogIC50分别是在最大值与最小值之间中间位置的拐点处的激动剂或拮抗剂的浓度的对数。使用平均值和标准偏差(STDEV)概括实验的EC50或IC50值。
在测量TF-1-NFκB-萤光素酶细胞中响应TL1A刺激的NFκB活化的测定中评估1D11.31抑制TL1A通过DR3传导信号的效力和能力。图14A显示在不存在GM-CSF的情况下过夜培养之后DR3在TF-1细胞上的组成性表达。生物素抗DR3抗体染色的细胞比仅用抗生蛋白链菌素二级检测试剂处理的细胞具有增加的平均荧光强度。生物素TL1A也染色细胞，而生物素DR3抗体和生物素TL1A均不染色几种其它DR3阴性细胞，表明了染色的特异性(未显示)。
在用TL1A刺激的TF-1-NFκB-萤光素酶细胞中评估TL1A活化NFκB调节的基因转录的能力。在图14B的代表性实验中显示了NFκB活性的重组人可溶性TL1A剂量依赖性增加。TL1A以149±38pM(n＝8)的平均EC50值刺激TF-1-NFκB-萤光素酶细胞中的NFκB活性。在此测定中，相对轻链单位(RLU)在饱和TL1A浓度下比背景增加10至15倍。在图14C的代表性实验中显示了在TF-1-NFκB-萤光素酶细胞中，通过150pM TL1A对NFκB活化的1D1 1.31剂量依赖性抑制。1D1 1.31以95±5.5pM(n＝4)的平均IC50值抑制NFκB的TL1A活化。这些功能性效力值与1D1 1.31针对TL1A的结合亲和力是一致的。另外，在其它功能性研究中计算出相似效力值，所述功能性研究测量TF-1中的半胱天冬酶活性的活化的抑制(参见实施例12)或在人全血中响应于IC、IL-12和IL-18刺激的IFNγ产生(参见实施例13)。
同种型对照抗体对此测定不具有抑制效应，如图14D和图14E中所显示的。针对图14D的代表性实验显示结果。在同种型对照抗体不存在的情况下，针对NFκB活性的TL1A刺激的平均EC50值是103±27pM(n＝4)，并且在同种型对照抗体存在的情况下是110±18pM(n＝4)。另外，使用多至30nM TL1A的同种型对照抗体剂量反应实验不产生抑制(显示于图14E中)。这些实验指示不存在因同种型抗体而产生的抑制。
所描述的研究显示了1D1 1.31有效地阻断TL1A/DR3相互作用的下游信号传导从而导致TF-1-NFκB-萤光素酶细胞中的NFκB活化的能力。这些实验显示1D1 1.31是TL1A/DR3信号传导的强力拮抗剂。
实施例12：抗TL1A抗体对半胱天冬酶活化反应的抑制
TL1A活化TF-1细胞中的NFκB途径，但也能够在NFκB途径被蛋白质合成抑制剂诸如环己酰亚胺抑制时活化半胱天冬酶途径从而诱导细胞凋亡。此研究的目的是评估在TF-1细胞中响应重组可溶性人TL1A(rsTL1A)的刺激在半胱天冬酶活化测定中抗TL1A抗体1D11.31的中和活性和效力。
TF-1细胞来源于获自ATCC的人造血红血球母细胞瘤细胞系。TF-1细胞需要IL-13或粒细胞巨噬细胞菌落刺激因子(GM-CSF)用于其长期生长。TF-1细胞在含有10％热灭活胎牛血清(FBS)、10mM HEPES、1mM丙酮酸钠和2ng/mL重组人GM-CSF的RPMI 1640中生长。
DR3在TF-1细胞中的表达
通过用商购的生物素化抗DR3抗体(eBiosciences，San Diego,CA)染色来证实DR3在TF-1细胞上的组成性表达。细胞如下文对于TL1A诱导的半胱天冬酶活化测定所描述的在不含GM-CSF的情况下生长过夜。收获细胞并以1x 106个细胞/毫升重悬于BD PharmingenTM染色缓冲液(FBS；BD Biosciences,San Jose，CA)中，且在冰上用10μg/mL抗DR3抗体孵育15分钟。在孵育之后，用3mL染色缓冲液洗涤细胞，以800xg离心并以1x 106个细胞/毫升重悬于具有藻红素(PE)-抗生蛋白链菌素、荧光标记抗生蛋白链菌素1:1000稀释液的相同缓冲液中。在孵育之后，洗涤、离心细胞并以1x 106个细胞/毫升重悬于染色缓冲液中。通过BDLSRFortessaTM仪器中的流式细胞分析检查DR3表达。通过平均荧光强度(MFI)相较于抗生蛋白链菌素-PE对照的增加来证实DR3表达。
在TF-1细胞中通过重组可溶性TL1A的半胱天冬酶活化
为了测定rsTL1A活化细胞凋亡途径的能力，在用环己酰亚胺(CHX)处理以抑制朝向NFκB途径的信号传导和允许半胱天冬酶和细胞凋亡途径活化的TF-1细胞中评估响应于外源rsTL1A的半胱天冬酶活化。实验前一天，以0.3x 106个细胞/毫升的细胞密度在含有2ng/mL GM-CSF的TF-1培养基中培养TF-1细胞。分别地，在96孔板(对于发光板是平底的)中一式三份制备含有在50μL不含GM-CSF的TF-1培养基中的2X各最终浓度的rsTL1A和CHX的溶液。以3986pM起始，以2倍稀释向下滴定12个rsTL1A浓度(3986,1984,992,496,248,124,62,31,15.5,7.75,3.88and 1.94pM)。第二天，在37℃下预升温板30分钟，收获细胞，在磷酸盐缓冲液(PBS)中洗涤一次，以0.6x 106个细胞/毫升重悬于不含GM-CSF的TF-1培养基中，并将50μL细胞悬浮液中的30,000个细胞添加至50μL预升温的TL1A/CHX溶液中，并在37℃下孵育6小时。添加一百(100)μL
Figure BDA0000988789920002301
3/7试剂盒(Promega,Madison,WI)并在室温下孵育15分钟。在EnVisionTM光度计(1秒/孔；PerkinElmer,Waltham,MA)中读取板。细胞凋亡中的早期步骤涉及活化半胱天冬酶包括半胱天冬酶-3和半胱天冬酶-7。
Figure BDA0000988789920002302
3/7测定是测量纯化的酶制剂或贴壁细胞或悬浮液细胞培养物中的半胱天冬酶-3和半胱天冬酶-7活性的均质发光测定。测定提供了发光性的半胱天冬酶-3/7选择性底物，其含有四肽序列DEVD(SEQ ID NO：395)(识别序列)。使将此底物切割以释放氨基萤光素，其是用于产生光的萤光素酶的底物。优化
Figure BDA0000988789920002303
3/7试剂以用于半胱天冬酶活性、萤光素酶活性和细胞裂解。在“添加-混合-测量”形式中添加
Figure BDA0000988789920002311
3/7试剂导致细胞裂解，之后是底物的半胱天冬酶切割和产生“辉光型”发光信号。测定依赖于经配制以在广泛范围的测定条件下产生稳定信号的专有热稳定萤光素酶(Ultra-Glo
Figure BDA0000988789920002312
Promega)的特性。发光与存在的半胱天冬酶活性的量成正比。
在TF-1细胞中半胱天冬酶活化通过重组可溶性TL1A的抗体1D11.31抑制
在CHX的存在下，在TF-1细胞中评估半胱天冬酶活化的抗体1D1 1.31抑制。简言之，实验前一天，以0.3x 106个细胞/毫升的细胞密度在含有2ng/mL GM-CSF的TF-1培养基中培养TF-1细胞。分别地，在96孔板(对于发光板是平底的)中一式三份制备含有在50μL不含GM-CSF的TF-1培养基中的2X各最终浓度的抗体(CHX(20μg/mL或2nM最终浓度)和rsTL1A(5.5ng/mL或87pM最终浓度))的溶液。随后用铝箔密封板并在4℃下置放过夜以达到平衡。视实验而定，从1nM、2nM或3nM起始，以2和/或3倍稀释向下滴定10或12个点的抗体浓度。对于图15B中的代表性实验，浓度是3000,1000,333,185,103,57,31.8,17.6,4.1和0.5pM。rsTL1A(87pM)被计算为在如上文所描述的先前rsTL1A剂量反应半胱天冬酶活化实验(n＝3)中提供最大反应的一半的平均浓度(EC50)。第二天，在37℃下预升温板30分钟，收获细胞，在磷酸盐缓冲液(PBS)中洗涤一次，以0.6x 106个细胞/毫升重悬于不含GM-CSF的TF-1培养基中，并将50μL细胞悬浮液中的30,000个细胞添加至50μL预升温的抗体/TL1A/CHX溶液中，并在37℃下孵育6小时。添加一百(100)μL
Figure BDA0000988789920002313
3/7试剂盒(Promega)并在室温下孵育15分钟。在光度计(Envision，1秒/孔)中读取板。与1D1 1.31抑制剂量反应实验平行地，进行rsTL1A剂量反应实验以计算各特定实验的EC50，和验证对应于87pM的近似百分比最大反应，所述浓度用于评估抗体的效力。
EC50和IC50测定
将平均相对发光度单位(RLU)相对于对数TL1A或对数1D1 1.31浓度作图。通过将发光值分别相对于TL1A或抗体浓度的对数作图来产生TL1A活化曲线或抗体抑制曲线。使用GraphPad
Figure BDA0000988789920002321
(5.02版，GraphPad Software,Inc.,San Diego,CA)非线性回归曲线拟合和S形对数的激动剂或拮抗剂剂量反应模型(等式1针对TL1A激动剂；和等式2针对拮抗剂1D1 1.31)，从这些图测定EC50(针对TL1A)或IC50值(针对1D1 1.31)。
等式1：
Log(激动剂)vs反应(三个参数)
Y＝底部+(顶部-底部)/(1+10^(LogEC50-X))
等式2：
Log(抑制剂)vs反应-可变斜率(四个参数)
Y＝底部+(顶部-底部)/(1+10^((LogIC50-X)*HillSlope))
其中Y是发光值，且X是激动剂TL1A(等式1)或拮抗剂1D1 1.31(等式2)浓度，顶部是对应于S形曲线的上部平线区的最大Y值，底部是对应于S形曲线的下部平线区的最小Y值，且LogEC50或LogIC50分别是在最大值与最小值之间中间位置的拐点处的激动剂或拮抗剂的浓度的对数。使用平均值和标准偏差(STDEV)概括实验的EC50或IC50值。
在测量TF-1细胞中响应TL1A刺激的半胱天冬酶活化的测定中评估1D1 1.31抑制TL1A通过DR3传导信号的效力和能力。在不含GM-CSF的情况下过夜培养之后进行半胱天冬酶活化实验时，DR3在TF-1细胞上组成性表达。生物素抗DR3抗体处理的细胞比仅用抗生蛋白链菌素二级检测试剂处理的细胞具有增加的平均荧光强度。生物素TL1A也染色细胞，而生物素DR3抗体和生物素TL1A均不染色几种其它DR3阴性细胞，表明了染色的特异性(未显示)。
在CHX存在以阻断通过NFκB途径的信号传导和从而偏离至朝向通过半胱天冬酶活化的细胞凋亡途径的下游受体信号传导机制的情况下，在TF-1细胞中评估TL1A诱导的半胱天冬酶活化。从图15A的代表性实验显示了通过重组可溶性TL1A(rsTL1A)的半胱天冬酶活性的剂量依赖性增力。TL1A以90±7pM(n＝3)的平均EC50值刺激TF-1细胞中的半胱天冬酶活性。在此测定中，RLU在饱和TL1A浓度下比背景增加3至5倍。从图15B的代表性实验显示了在TF-1细胞中87pM TL1A对半胱天冬酶活化的1D1 1.31剂量依赖性抑制。1D1 1.31以69±15pM(n＝3)的平均IC50值抑制半胱天冬酶活性的TL1A依赖性增加。这些功能性效力值与1D1 1.31针对TL1A的结合亲和力是一致的。另外，在其它功能性研究中计算出相似的效力值，所述功能性研究测量TF-1细胞中的NFκB活化的抑制或在人全血中响应于免疫复合物(IC)、IL-12和IL-18刺激的IFNγ产生。
这些研究表明1D1 1.31强力阻断TL1A/DR3相互作用的下游信号传导从而导致CHX处理的TF-1细胞中的半胱天冬酶活化和细胞凋亡的能力。这些研究显示1D1 1.31是TL1A/DR3信号传导的强力拮抗剂。实施例13：在人全血中抗TL1A抗体对细胞因子的抑制和消耗
此研究的目的是评估抗TL1A抗体1D1 1.31在人外周血的测定中的中和活性和效力，所述测定在膜表达内源TL1A和DR3的上调和活化条件下测量细胞因子分泌。在此测定中，TL1A的膜结合形式的表达允许评估对两种TL1A形式(细胞缔合的和可溶性形式)以及在生理学相关离体人全血系统中的可溶性TL1A靶覆盖的抑制。
对于人血液的免疫复合物(IC)刺激，在实验前一天制备IC板。用50μL/孔的在磷酸盐缓冲液(PBS)中的0.5mg/mL或0.25mg/mL人免疫球蛋白G(hIgG)包被九十六孔(96)平底组织培养板，并在4℃下保持过夜。下一早晨，用150μL PBS/孔洗涤板三次。在移除PBS之后，添加50μL/孔的于PBS中的0.02mg/mL或0.08mg/mL小鼠抗人IgG，并在37℃下孵育板1小时。随后，在使用之前用每孔150μL PBS洗涤板三次。
对于人全血的IC和IL-12和IL-18刺激，在Na肝素包被的管中收集来自健康供体的大约10mL血液。在血液抽取后一小时内，在室温下正常递送血液样品。在血液中混合IL-12(0.5ng/mL最终浓度)和IL-18(5ng/mL最终浓度)，随后将190μL血液/IL-12/IL-18混合物添加至IC包被的板的各孔。为了评估1D1 1.31的抑制效力，通过添加10μL/孔的于0.1％牛血清白蛋白(牛血清白蛋白)PBS中的20X最终浓度的1D1 1.31(或同种型对照抗体)来产生12浓度剂量反应曲线。1D1 1.31(或同种型对照抗体)浓度是30000,10000,3333.33,1111.11,370.37,123.45,12.34,1.234,0.1234,0.01234,0.001234和0.0001pM；和30000,10000,3333.3,1111.11,370.37,37.037,3.7 037,0.3704,0.037,0.002,9E-05和4.6E-06pM。一式三份地进行所有条件，但在10-12孔中重复对照(无抗体)；在一式三份或更多重复中还包括无或单一刺激对照(仅IC或仅IL-12/IL-18)。在37℃下培养24小时之后，添加100μL于PBS中的5％牛血清白蛋白，并使孔与200μL血液培养物混合以稀释血浆(稀释因子：1.5)。在以930x g(2000rpm)离心板15分钟之后，收获一百五十(150)微升/孔的稀释血浆，并在于PBS中的5％牛血清白蛋白中进一步稀释4倍用于使用基于MSD(Mesoscale Discovery,Rockville,MD)的配体结合测定来定量IFNγ和TL1A的无1D1 1.31形式。遵循制备商的说明书，使用MSD人IFNγ试剂盒(目录编号K151AEB-1)测量IFNγ。在用于测量sTL1A的PGRD上开发两种测定，一种测量仅抗体未结合的sTL1A，且另一种测量总sTL1A(抗体结合和未结合)。简言之，为了测量无1D1 1.31的sTL1A，在4℃下用30μL/孔的于PBS中的2μg/mL抗TL1A克隆号26B11过夜包被MSD空白板(MSD，目录编号L15XA-6)。第二天，用150μL/孔的于PBS中的0.1％Tween 20洗涤板三次，之后用150μL/孔封闭溶液(于PBS中的5％牛血清白蛋白)洗涤，随后伴随回转式振荡(1500rpm)在室温下孵育板1小时。在如上所述洗涤板之后，添加经稀释的血浆样品并在4℃下孵育过夜。第二天，在洗涤板之后添加0.25μg/mL Sulfo-tag标记的检测Ab(MSD抗TL1A克隆号1D1-VH-37(1D1D37)；30μL/孔；按照制备商的说明书标记)，并伴随回转式振荡(1500rpm)在室温下孵育2小时，随后进行上文所提及的相同板洗涤方案。使用重组人可溶性TL1A产生TL1A标准曲线。遵循制备商的程序读取板，用MSD软件计算细胞因子的标准曲线和血浆浓度。将相似的方案但使用用于捕获和检测的非竞争抗体来检测总TL1A(无1D1 1.31和1D1 1.31结合的可溶性TL1A)。
通过将血浆的IFNγ或可溶性TL1A的浓度(pg/mL)相对于抗体浓度的对数作图来产生抗体1D1 1.31抑制剂量反应曲线。使用GraphPad
Figure BDA0000988789920002351
(5.02版，GraphPadSoftware,Inc.,San Diego,CA)非线性回归曲线拟合和S形对数的拮抗剂剂量反应(可变斜率，四个参数)模型(等式1)，从这些图测定1D1 1.31IC50值。
等式1：
Log(抑制剂)vs反应-可变斜率(四个参数)
Y＝底部+(顶部-底部)/(1+10^((LogIC50-X)*HillSlope))
其中Y是细胞因子的浓度，X是拮抗剂1D1 1.31(等式1)浓度，顶部是对应于S形曲线的上部平线区的最大Y值，底部是对应于S形曲线的下部平线区的最小Y值，且LogIC50是在最大值与最小值之间中间位置的拐点处的拮抗剂浓度的对数。使用平均值和标准偏差(STDEV)概括实验的IC50值。
在测量响应IC(其上调单核细胞上的TL1A表达)和IL-12和IL-18(其上调NK和NKT细胞上的CD3表达)刺激的IFNγ的释放的测定中评估1D1 1.31抑制人全血中的DR3表达原代细胞的内源TL1A活化的效力和能力。由于TL1A和DR3在外周血白细胞上缺乏组成性表达，为了在内源TL1A接合后测量下游DR3活化(诸如IFNγ分泌)，需要上调TL1A在单核细胞上和在DR3在响应NK或NKT上的表达。最佳刺激条件来源于先前显示单核细胞上的TL1A通过IC刺激上调和NK和NKT细胞上的DR3通过IL-12与IL-18细胞因子的组合上调的动力学的实验。单一刺激条件(例如，仅IC或仅IL-12/IL-18)指示IC刺激足以用于实现TL1A水平上调，并且单独的IL-12/IL-18足以上调DR3。然而，可能的是两种刺激针对最佳功能性反应协同超过其对表达上调的影响。还针对细胞因子产生和该产生的TL1A依赖性优化条件。IC和IL-12和IL-18刺激之后的平均IFNγ浓度是4089±2908pg/mL(范围是289pg/mL至8946pg/mL；未刺激血液的平均537倍诱导；n＝14；8个独特供体)。通过IC和IL-12和IL-18刺激全血的IFNγ产生的1D1 1.31剂量依赖性抑制显示于图16A的代表性实验中。在最高饱和1D1 1.31浓度时，抑制达到最大值，但不实现完全抑制并表明反应的部分抑制。考虑到许多促炎性途径导致炎性细胞因子产生和所用刺激条件不特异于TL1A/DR3途径并且很可能活化除TL1A/DR3途径以外的其它途径，这是不出人意料的。TL1A-依赖性和非依赖性途径很可能贡献所测量的IFNγ反应。尽管如此，在这些条件下，TL1A途径似乎是反应的主要贡献者，因为在此系统中1D1 1.31对IFNγ分泌的平均最大抑制是62％±10％(n＝14；8个独特供体；范围为38％至77％)，其表明TL1A依赖性反应占反应的大约平均三分之二，并且TL1A非依赖性机制也在此测定系统中促成总IFNγ产生。通过计算TL1A介导反应的IC50来测定1D1 1.31的效力。1D1 1.31以277±125pM的IC50(n＝11；8个独特供体)抑制通过在全血中由IC上调的内源TL1A的IFNγ分泌。
在相同的人外周血测定(其中评估1D1 1.31响应于IC和IL-12和IL-18刺激而对IFNγ水平的抑制)中，还评估1D1 1.31对sTL1A血浆水平的效应。人全血的IC和IL-12/IL-18刺激导致内源可溶性TL1A升高至940±293pg/mL的平均值(图16B；范围为535pg/mL至1409pg/mL；未刺激血液的平均50倍诱导；n＝8，5个独特供体)。这些sTL1A在24小时的增加很可能反映来自单核细胞膜TL1A的蛋白水解切割，所述TL1A被显示在IC刺激后的较早时间点上最大限度和瞬时地表达在单核细胞上。通过剂量依赖性和无1D1 1.31的可溶性TL1A的完全消耗来测量1D1 1.31与可溶性TL1A的结合。1D1 1.31以1.06±1.68pM(n＝8；5个独特供体)的平均IC50值消耗无抗体可溶性TL1A。通过测量总sTL1A(其还可检测抗体结合TL1A)来确认sTL1A的存在。IFNγ产生的抑制在无抗体可溶性TL1A的消耗≥90％的1D1 1.31浓度上开始。无抗体sTL1A消耗和IFNγ抑制的IC50值的差异表明膜结合TL1A活性可通过调节细胞间相互作用来介导IFNγ产生。实际上，早期测定发展实验显示将含有相似高浓度内源可溶性TL1A的血浆添加至经IL-12/IL-18刺激的血液在增加IFNγ产生方面不如单核细胞上的TL1A上调的IC刺激有效。
本文所公开的数据表明1D1 1.31是人外周血中内源膜和可溶性形式的TL1A的活性的强力抑制剂。在通过IC和IL-12和IL-18刺激单核细胞上的TL1A和效应细胞上的DR3的人外周血上调和活化之后，1D1 1.31以277±125pM的平均IC50值抑制IFNγ分泌。
实施例14：无抗体可溶性TL1A响应食蟹猴全血的免疫复合物和IL-12/IL-18刺激对IFNγ产生和消耗的抑制
此研究的目的是评估抗TL1A抗体1D1 1.31在食蟹猴外周血的测定中的中和活性和效力，所述测定在膜表达内源TL1A和DR3的上调和活化条件下测量细胞因子分泌。在此测定中，TL1A的膜结合形式的表达允许评估对两种TL1A形式(细胞缔合的和可溶性形式)以及在生理学相关离体食蟹猴全血系统中的可溶性TL1A靶覆盖的抑制。
用于这些实验的1D1 1.31抗体产生于CHO细胞中。同种型对照抗体也是含有与1D11.31相同的三个效应子功能无效突变的人IgG1抗体。使用本领域中已知的标准方案产生重组食蟹猴可溶性TL1A(食蟹猴rsTL1A)(Leu72-Leu251，参见SEQ ID NO：259)。
对于食蟹猴血液的免疫复合物(IC)刺激，在实验当天制备IC板。用50μL/孔的在磷酸盐缓冲液(PBS)中的1mg/mL人免疫球蛋白G(hIgG)包被九十六孔(96)平底组织培养板，并在37℃下孵育1小时。随后用150μL PBS/孔洗涤板三次。在移除PBS之后，添加50μL/孔的于PBS中的0.04mg/mL小鼠抗人IgG，并在37℃下孵育板1小时。随后，在使用之前用每孔150μLPBS洗涤板三次。
对于IC和IL-12和IL-18刺激，在肝素钠包被的管中收集食蟹猴血液，且在血液抽取后一小时内使用。在血液中混合人IL-12(1ng/mL最终浓度)和人IL-18(10ng/mL最终浓度)，随后将95μL血液/IL-12/IL-18混合物添加至IC包被的板的各孔。为了评估1D1 1.31的抑制效力，通过添加5μL/孔的于0.1％牛血清白蛋白(牛血清白蛋白)PBS中的20X最终浓度的1D1 1.31(或同种型对照抗体)来产生12浓度剂量反应曲线。1D1 1.31(或同种型对照抗体)浓度对于一些实验组是100000,33333,11111,3703.7,1234.5,411.5,137.17,13.717,1.3717,0.13717and 0.0137和0.00137pM；并且对于其它实验组是100000,20000,4000,800,160,32,6.4,0.64,0.064,0.0064,0.00064和0.000064pM。一式三份地进行所有实验。对照一式三份地包括不含抗体的刺激以及无或单一刺激对照(仅IC或仅IL-12/IL-18)。在37℃下培养24小时之后，添加200μL于PBS中的5％牛血清白蛋白，并使孔与100μL血液培养物混合以稀释血浆(稀释因子：3)。在以930x g(2000rpm)离心板15分钟之后，收获一百五十(150)微升/孔的稀释血浆，并立即测试用于使用基于MSD(Mesoscale Discovery,Rockville,MD)的配体结合测定来定量IFNγ和TL1A的无1D1 1.31形式。遵循制备商的说明书，使用MSD人IFNγ试剂盒(目录编号K151AEB-1)测量IFNγ。简言之，为了测量无1D1 1.31的sTL1A，在4℃下用30μL/孔的于PBS中的4μg/mL抗TL1A克隆号26B11过夜包被MSD空白板(MSD，目录编号L15XA-6)。第二天，用150μL/孔的于PBS中的0.1％Tween 20洗涤板三次，之后用150μL/孔封闭溶液(于PBS中的5％牛血清白蛋白)洗涤，随后伴随回转式振荡(1500rpm)在室温下孵育板1小时。在如上所述洗涤板之后，添加40μL血浆样品，并在4℃下孵育2小时，之后进行相同的洗涤三次，并添加1μg/mL Sulfo-tag标记的检测Ab(MSD抗TL1A克隆号1D1 1.31；30μL/孔；按照制备商的说明书标记)。伴随回转式振荡(1500rpm)在室温下孵育板2小时，随后进行上文所提及的相同板洗涤方案。使用重组食蟹猴可溶性TL1A产生TL1A标准曲线。遵循制备商的程序读取板，用MSD软件计算细胞因子的标准曲线和血浆浓度。
IC50测定
通过将血浆的IFNγ或可溶性TL1A的浓度(pg/mL)相对于抗体浓度的对数作图来产生抗体1D1 1.31抑制剂量反应曲线。使用GraphPad
Figure BDA0000988789920002381
(5.02版，GraphPadSoftware,Inc.,San Diego,CA)非线性回归曲线拟合和S形对数的拮抗剂剂量反应(可变斜率，四个参数)模型(等式1)，从这些图测定1D1 1.31IC50值。
等式1：
Log(抑制剂)vs反应-可变斜率(四个参数)
Y＝底部+(顶部-底部)/(1+10^((LogIC50-X)*HillSlope))
其中Y是细胞因子的浓度，X是拮抗剂1D1 1.31(等式1)浓度，顶部是对应于S形曲线的上部平线区的最大Y值，底部是对应于S形曲线的下部平线区的最小Y值，且LogIC50是在最大值与最小值之间中间位置的拐点处的拮抗剂浓度的对数。使用平均值和标准偏差(STDEV)概括实验的IC50值。
在全血中通过免疫复合物和IL-2/IL-18活化的IFNγ产生的1D11.31抑制
在测量响应IC(其上调单核细胞上的TL1A表达)和IL-12和IL-18(其上调NK和NKT细胞上的CD3表达)刺激的IFNγ的释放的测定中评估1D1 1.31抑制食蟹猴全血中的DR3表达原代细胞的内源TL1A活化的能力。根据在人全血中开发的测定调适实验条件，并针对食蟹猴血液中的细胞因子产生进行进一步优化。IC和IL-12和IL-18刺激之后的平均IFNγ浓度是222±220pg/mL(范围为99pg/mL至667pg/mL；未刺激血液的平均222倍诱导；n＝6只猴)。此IFNγ产生低于人血液(4089±2908pg/mL)中的产生，可能是因为将人(而非食蟹猴)IL-12和IL-18用于活化途径。尽管如此，IC剌激导致相似于人血液中的sTL1A产生水平，并且系统适用于评估测试物的药理学活性。通过IC和IL-12和IL-18刺激的猴全血细胞的IFNγ产生的1D1 1.31剂量依赖性抑制显示于图17A的代表性实验中。在最高饱和1D1 1.31浓度时，抑制达到最大值抑制的平线区，但不实现完全抑制，表明反应的部分抑制。考虑到刺激条件不特异于TL1A/DR3途径并且很可能还活化可导致炎性细胞因子产生的其它途径，这是不出人意料的。因此，TL1A-依赖性和非依赖性途径很可能贡献所测量的IFNγ反应。尽管如此，在这些条件下，TL1A途径似乎是反应的主要贡献者，因为在此系统中1D1 1.31对IFNγ分泌的平均最大抑制是71％±21％(n＝6只不同的猴；范围为50％至99％)，其表明TL1A依赖性反应占反应的大约平均三分之二。这些结果也相似于人系统中的结果(平均最大抑制是62％±10％)。通过计算TL1A介导反应的IC50来测定1D1 1.31的效力。1D1 1.31以36±42pM(n＝6只猴；范围6pM至119pM的IC50)抑制通过在猴全血中由IC上调的内源TL1A的IFNγ分泌。这些结果指示1D1 1.31针对食蟹猴TL1A/DR3途径的效力相似或大于其在人途径中的抑制效力(277±125pM的IC50)。在此测定中，不存在通过同种型对照抗体的剂量依赖性抑制。
在通过免疫复合物和IL-12/IL-18活化的和通过1D1 1.31处理的全血中的可溶性TL1A水平
在相同的人外周血测定(其中评估1D1 1.31响应于IC和IL-12和IL-18刺激而对IFNγ水平的抑制)中，还评估1D1 1.31对sTL1A血浆水平的效应。猴全血的IC和IL-12/IL-18刺激导致内源可溶性TL1A升高至1519±686pg/mL的平均值(图17B；范围485pg/mL至2597pg/mL；未刺激血液的平均116倍诱导；n＝6只猴)。这些值相似于人全血中测量的值(940±293pg/mL；50倍诱导)，并且也相似于仅用食蟹猴血液的IC刺激(无IL-12/IL-18)所测量的值(1430±211pg/mL)。这些sTL1A在24小时的增加很可能反映来自单核细胞膜TL1A的蛋白水解切割，所述TL1A被显示在IC刺激后的较早时间点上最大限度和瞬时地表达在人单核细胞上。通过无1D1 1.31的可溶性TL1A的剂量依赖性减少来测量1D1 1.31与可溶性TL1A的结合。1D1 1.31以22±35pM(范围0.114pg/mL至90pg/mL；n＝6只猴)的平均IC50值消耗无抗体可溶性TL1A。对应人IC50值是1.06±1.68。
在通过IC和IL-12和IL-18刺激食蟹猴外周血中的TL1A/DR3途径的活化之后，抗TL1A抗体1D1 1.31以36±45pM的平均IC50值抑制IFNγ分泌。这些值指示食蟹猴中的药理学活性，并且与人外周血中的1D1 1.31的效力是可比较的。
实施例15：使用1D1变体抗体的生物测定
还用抗体1D1 1.27,1D1 1.28,1D1 1.29,1D1 1.30,1D1 1.31,1D1 1.32,1D11.33和1D1 1.34重复上述NFkB测定、半胱天冬酶测定和人全血细胞因子测定(实施例11、实施例12和实施例13)。这些实验的结果概括于表19中。亲和力成熟抗体中的每一个显示相对于1D1亲本抗体的改善的活性。
表19：抗体1D1和亲和力成熟变体在NFκB测定中的平均IC50。
Figure BDA0000988789920002411
N/T＝未检测到
实施例16：结合至抗体1D1亲本的TL1A的表位作图
在本公开内容中，在定的一个分子中，如果抗原和抗体的残基在一个分子中包括位于在其它分子中具有孤对电子的氢键受体原子的
Figure BDA0000988789920002412
内的氢键供体原子(结合至正电性氢)，则将抗原和抗体的残基称为是氢键合的。
如果抗体和抗原的残基在一个分子中包括在其它分子的带负电原子的
Figure BDA0000988789920002413
内的带正电原子，则将抗体和抗原的残基称为形成盐桥。
通过计算复合物中的抗体和抗原的各残基的溶剂可及表面积，并从单独考虑的两种组分的溶剂可及表面积的总和减去此值来测定每残基溶剂排除。
根据Strake和Rupley(J Mol Biol 79(2):351–71,1973)的方法计算溶剂可及表面积。配对的内埋表面积用于估计来自抗体和抗原的残基对对于内埋表面积在结合能量上的整体效应的个体贡献。由于内埋表面积不是配对可分解的，因此在每个个体抗体残基的存在下、在其余抗体的不存在下计算表位中各残基的内埋表面积。随后标准化这些个体贡献，以使得所有抗体残基对于给定表位残基的内埋表面积的所有个体贡献的总和因整个抗体的结合而会等于该表位残基的总内埋表面积。针对表位残基对于抗体残基的内埋表面积的个体贡献相反重复此方法。显示于表中的各残基对的值是该残基对的这两种计算的总和。
TL1A与1D1的共晶结构的分析
基于同源TNF家族成员与其受体的共晶结构，预期TL1A与其受体DR3在三聚TL1A四级结构内的单体之间的交叉点处相互作用。抗体1D1的表位横跨此交叉点(图5)，并因此将预期通过直接堵塞TL1A上的受体结合界面来阻断受体活化。1D1可变结构域和TL1A上的表位之间的相互作用的几何学为使得单个二聚1D1分子可同时结合单个三聚TL1A分子上的两个表位是不太可能的。
用1D1对TL1A表位作图
1D1结合在TL1A上内埋大约
Figure BDA0000988789920002421
的表面积，其中
Figure BDA0000988789920002422
由一个TL1A单体(单体A或链A)贡献且
Figure BDA0000988789920002423
由其相邻者(单体B或链B)贡献。来自参与相互作用的两个单体中的每一个的残基被标记为链A或链B。各残基对于相互作用的能量结合的整体贡献是静电相互作用(包括氢键和盐桥)和与内埋表面积(BSA)相关的范德华力的函数。
图18显示由各相互作用残基对内埋的TL1A和1D1上的面积。表20、表21、表22和表23概述来自图18的数据，分成重链和轻链的CDR区。
表20：抗TL1A抗体1D1亲本CDR-H1(如通过AbM定义)与TL1A之间相互作用中的内埋表面积。数字表示两个残基之间的标准化内埋表面积。
Figure BDA0000988789920002431
表21：抗体1D1亲本CDR-H2/构架3与TL1A之间相互作用中的内埋表面积。数字表示两个残基之间的标准化内埋表面积。当相互作用涉及静电相互作用时，用以下编码注释内埋表面积：h＝氢键，s＝盐桥，w＝水介导的氢键。
Figure BDA0000988789920002432
Figure BDA0000988789920002441
表22：抗体1D1亲本CDR-H3与TL1A之间相互作用中的内埋表面积。数字表示两个残基之间的标准化内埋表面积。当相互作用涉及静电相互作用时，用以下编码注释内埋表面积：h＝氢键，s＝盐桥，w＝水介导的氢键。
Figure BDA0000988789920002442
Figure BDA0000988789920002451
表23：抗体1D1亲本轻链与TL1A之间相互作用中的内埋表面积。数字表示两个残基之间的标准化内埋表面积。当相互作用涉及静电相互作用时，用以下编码注释内埋表面积：h＝氢键，s＝盐桥，w＝水介导的氢键。
Figure BDA0000988789920002452
在表位中存在3个关键残基，其具有大于
Figure BDA0000988789920002454
的内埋表面积。这些是TL1A链A或单体A上的酪氨酸118(Y118)，和TL1A链B或单体B上的谷氨酸52(E52)和亮氨酸53(L53)。链B上的精氨酸33也具有
Figure BDA0000988789920002453
的高内埋表面积。这些残基定义受体结合裂口两侧上的重要相互作用。
在TL1A-1D1复合物的晶体结构中可见9个直接氢键(通过残基Y118,S149,R33,E50,E52,A56和Y168形成)、4个水介导的氢键(M147、R33和L55)和1个盐桥(E50)。这些列于表24中。额外的氢键合和盐桥相互作用的引入负责大部分在1D1的亲和力优化形式中所见的改善。
表24：参与TL1A与抗体1D1(亲本)之间的静电相互作用的残基。
Figure BDA0000988789920002461
表25概述TL1A表位残基，其在与抗体1D1亲本结合时具有
Figure BDA0000988789920002462
或更高内埋表面积的静电相互作用。
表25：具有静电相互作用和/或通过与1D1相互作用而内埋表面积(BSA)大于
Figure BDA0000988789920002463
的TL1A表位残基。静电相互作用编码：H＝氢键，S＝盐桥，W＝水介导的氢键
Figure BDA0000988789920002471
下表26概述具有与抗体1D1的关键相互作用的TL1A残基，即内埋表面积大于
Figure BDA0000988789920002472
或参与内埋盐桥相互作用。
表26：内埋表面积(BSA)>
Figure BDA0000988789920002474
或参与内埋盐桥相互作用的TL1A表位残基
Figure BDA0000988789920002473
Figure BDA0000988789920002481
此外，许多TL1A残基在抗体的
Figure BDA0000988789920002482
内，其中许多与上文鉴定的静电相互作用残基重叠：K113,Y118,T122,F148,S149,Q151,V31,V32,R33,E50,E52,L53,G54,L55,A56,F57,E91,Y168,T169,K170和E171。这些呈现于表27中，其中关于表位残基在TL1A单体上的位置进行注释。
表27：在抗体1D1亲本上的残基的
Figure BDA0000988789920002483
内的TL1A残基
Figure BDA0000988789920002484
Figure BDA0000988789920002491
当结合至TL1A时，抗体1D1上的互补位几乎完全位于其重链中。重链CDR-H1和CDR-H2区接触两个TL1A链。具体地，1D1重链酪氨酸31和酪氨酸53与两个TL1A单体广泛接触。重链CDR-H3仅与一个TL1A单体广泛接触。1D1的构架3环与TL1A之间还存在两种显著相互作用。虽然1D1的轻链进行的接触比重链远更少，但其在与TL1A的相互作用中起作用。抗体1D1的互补位残基列于表28中。
表28：具有静电相互作用和/或通过与TL1A相互作用内埋的表面大于
Figure BDA0000988789920002492
的抗体1D1亲本互补位残基。静电相互作用编码：H＝氢键，S＝盐桥，W＝水介导的氢键
Figure BDA0000988789920002493
Figure BDA0000988789920002501
实施例17：通过抗体1D1 1.31对TL1A的结合表位作图
TL1A与1.31的共晶结构的分析
还解析了TL1A与抗体1D1 1.31的复合物的晶体结构。1D1 1.31的结合模式基本上与其亲本抗体的结合模式相同。1D1与1D1 1.31之间存在三种序列差异。通过1D1：TL1A复合物晶体结构的上述计算分析来显示在重链残基28上从丝氨酸至天冬氨酸的变化。1D1复合物中的丝氨酸羟基不具有适当的氢键合伴侣(图11)。用天冬氨酸的置换允许氢键合至TL1A苏氨酸122并与TL1A赖氨酸113形成盐桥。存在一些周围残基的另外构象变化，以使得在1D1-TL1A复合物中面朝外的TL1A酪氨酸118在1D1 1.31复合物中向内指向表位的中心。
从噬菌体展示亲和力优化方法发现在重链位置58上从天冬酰胺至组氨酸的变化。假设组氨酸122与TL1A谷氨酸52形成较强的静电相互作用(图12)。
由于在抗体重链位置100B上丙氨酸取代丝氨酸，因此针对任何结合改善的结构基础是较不清楚的。原始的丝氨酸不具有清楚的氢键合伴侣。不希望受任何特定理论束缚，可能的是通过用丙氨酸取代来移除丝氨酸羟基通过消除具有不饱和氢键供体和受体原子的内埋极性基团而使复合物稳定。
1D1 1.31与TL1A之间的相互作用的全部列表显示于图19和表29-38中。与1D1的结构中所见的水介导的氢键在与1D1 1.31的结构中是不可见的。这可能归因于后一结构的较低分辨率。尽管其较紧密结合，但因抗体结合而引起的1D1 1.31的总内埋表面积
Figure BDA0000988789920002513
略低于1D1的总内埋表面积
Figure BDA0000988789920002512
此差异大多归因于牵涉上文所描述的TL1A酪氨酸118的构象变化。不希望受任何特定理论束缚，1D1 1.31的增强结合可能归因于重链残基28和58的改善的静电相互作用。
TL1A-1D1复合物的晶体结构中可见11个直接氢键(通过以下残基形成：T122,S149,E50,E52,A56,Y168,T169和E171)，和3个盐桥(K113、E50、E52)。这些列于表29中。额外的氢键合和盐桥相互作用的引入似乎负责大部分在1D1上所见的亲和力改善。
表29：参与TL1A与抗体1D1 1.31之间的静电相互作用的残基
Figure BDA0000988789920002511
Figure BDA0000988789920002521
表30：抗TL1A抗体1D1 1.31CDRH1(如通过AbM定义)与TL1A之间的内埋表面积相互作用。数字表示两个残基之间的标准化内埋表面积。当相互作用涉及静电相互作用时，用以下编码注释内埋表面积：h＝氢键，s＝盐桥，w＝水介导的氢键。
Figure BDA0000988789920002522
表31：1D1 1.31CDR H2/构架3与TL1A之间相互作用中的内埋表面积。数字表示两个残基之间的标准化内埋表面积。当相互作用涉及静电相互作用时，用以下编码注释内埋表面积：h＝氢键，s＝盐桥，w＝水介导的氢键。
Figure BDA0000988789920002531
表32：1D1 1.31CDR-H3与TL1A之间相互作用中的内埋表面积。数字表示两个残基之间的标准化内埋表面积。当相互作用涉及静电相互作用时，用以下编码注释内埋表面积：h＝氢键，s＝盐桥，w＝水介导的氢键。
Figure BDA0000988789920002532
Figure BDA0000988789920002541
表33：1D1 1.31轻链与TL1A之间相互作用中的内埋表面积。数字表示两个残基之间的标准化内埋表面积。当相互作用涉及静电相互作用时，用以下编码注释内埋表面积：h＝氢键，s＝盐桥，w＝水介导的氢键。
Figure BDA0000988789920002542
表34：具有静电相互作用和/或通过与1D1 1.31相互作用内埋的表面大于
Figure BDA0000988789920002543
的TL1A表位残基。静电相互作用编码：H＝氢键，S＝盐桥，W＝水介导的氢键
Figure BDA0000988789920002544
Figure BDA0000988789920002551
表35：具有静电相互作用和/或通过与TL1A相互作用内埋的表面大于
Figure BDA0000988789920002552
的1D11.31互补位残基。静电相互作用编码：H＝氢键，S＝盐桥，W＝水介导的氢键
Figure BDA0000988789920002553
Figure BDA0000988789920002561
表36：内埋表面积>
Figure BDA0000988789920002565
参与内埋盐桥或参与与在1D1亲本抗体的亲和力优化过程中变化的残基相互作用的TL1A-1D1 1.31结合表位残基。
Figure BDA0000988789920002562
此外，当结合至抗体1D1 1.31时，许多TL1A残基在
Figure BDA0000988789920002564
内：K113,Y118,P119,T122,Q123,F148,S149,V31,V32,E50,E52,L53,G54,L55,A56,Y168,T169,K170和E171(表37)。
表37：具有在1D1 1.31的3.8埃内的原子的TL1A结合表位残基
Figure BDA0000988789920002563
Figure BDA0000988789920002571
Figure BDA0000988789920002581
实施例18：TL1A抗体1D1 1.31的配制
抗体1D1 1.31将被提供为粉末用于以100mg/小瓶剂量强度注射的溶液。在6mL 1型透明玻璃小瓶中供应药物产品，所述透明玻璃小瓶用经涂布的橡胶塞子和易拉铝封口密封。药物产品被设计为在全体积的2.2mL无菌注射水(sWFI)中重建以允许静脉内施用(IV)或在大约半体积的1.0mL sWFI中重建以允许静脉内(IV)施用或皮下(SC)施用。配方是作为冻干粉末的10mM组氨酸、5％蔗糖、0.01％聚山梨醇酯-80(pH 5.8)并且当在全体积中重建时是10mM组氨酸、5％蔗糖、0.01％聚山梨醇酯-80(pH5.8)，以及当在半体积中重建时是20mM组氨酸、10％蔗糖、0.02％聚山梨醇酯-80(pH5.8)。
用于制备药物产品的所有组分及其功能提供于下表38。
表38：用于注射溶液的抗体1D1 1.31粉末的组成，100mg/小瓶
Figure BDA0000988789920002591
过度填充
为了确保在全体积重建之后可从小瓶抽取2mL体积以及在半体积重建之后可从小瓶抽取1mL体积，存在0.4mL的过度填充。不存在制造过剩。
以50mg/mL浓度配制抗体1D1 1.31药物产品，并将2.4mL填充至各小瓶用于冻干。在给药之前，使药物产品重建至全体积或半体积以适应不同注射体积和浓度。对于全体积重建，将2.2mL无菌注射水添加至小瓶，产生大约2.4mL的重建总体积，其中可抽取2.0mL用于给药。全体积重建适用于静脉内(IV)施用。对于半体积重建，将1.0mL无菌注射水添加至小瓶，产生大约1.2mL的重建总体积，其中可抽取1.0mL用于给药。半体积重建适用于静脉内(IV)施用或皮下(SC)施用。添加至用于全体积和半体积重建的小瓶的重建体积考虑了冻干饼状物的体积。在使用2.2mL无菌注射水的全体积重建之后，执行抗体1D1 1.31药物产品释放和稳定性测试。
在重建后选择用于亲液制剂的赋形剂以实现用于IV输注和SC注射的适当溶液，其具有将允许延长的药物产品货架期和相对于温度漂移的稳健性的稳定性特征。另外，制剂被设计为相对于药物物质的冷冻和融化循环是稳健的。
组氨酸与蔗糖和聚山梨醇酯80(pH 5.8)的选择基于早期制剂研发工作。已将聚山梨醇酯80添加至1D1 1.31制剂以减小聚集体形成的潜能。就蔗糖针对冻干和储存稳定性的稳定化效应来选择蔗糖。当在半体积中重建时，所选用于制剂的蔗糖的量靶向等渗溶液。
进行开发研究以评估支持所提出的临床研究设计的施用组分相容性和保留时间。这些研究的结论是剂型与待用于所提出的临床研究的施用组分是相容的，并且在剂量制备和施用期间是稳定的。
实施例19：抗TL1A抗体克隆1D1 1.31针对TL1A和同源物的结合特异性
这些研究的目标是评估1D1 1.31针对人TL1A(TNFSF15)相对于其最接近的人同源物(TNFSF6(FAS配体)；TNFSF10(TRAIL)；TNFSF14(LIGHT)；TNF-β；TNF-α；和淋巴毒素-β异型体；其分别与TL1A 36％、35％、31％、30％、29％和25％同一)的结合特异性。
材料和方法
在基于板的ELISA测定中评估1D1 1.31结合选择性。
为了测试1D1 1.31与各细胞因子的结合，单独地在96孔板中测试各细胞因子和TL1A。一式两份地进行所有条件。用测试物细胞因子包被各板的前6排，并用TL1A包被最后两排作为阳性对照。第1排和第2排是重复排，其中针对测试物细胞因子结合至浓度增加的其对应抗细胞因子阳性对照抗体进行测试。第3排和第4排是针对浓度增加的抗TL1A同种型对照抗体8.8测试的重复排；针对浓度增加的抗TL1A抗体1D1 1.31测试第5排至第8排(第5和第6重复排含有细胞因子测试物，且第7和第8排含有作为用于抗TL1A抗体的阳性对照的TL1A)。将针对各细胞因子的实验重复三次。
简言之，通过将50μL的于PBS中的1μg/mL细胞因子溶液添加至各孔(用测试物细胞因子包被第1至第6排，并用TL1A包被第7排和第8排)(来自R&D systems的TNFSF6、TNFSF10、TNFSF14和TNF-α；购自Sigma的人淋巴毒素α2-β1和淋巴毒素α1-β2；购自Peprotech的人TNF-β)来用细胞因子包被板。在4℃下过夜孵育板。在使用板洗涤器(型号ELx405；BioTek)用300μL PBST洗涤板三次(3X)之后，通过用各孔中的300μL封闭缓冲液(PBST+0.5％BSA)在室温下孵育1小时来封闭板。如上用PBST洗涤板3次，随后以25μg/mL起始浓度(之后在PBST+0.5％BSA中以1：5后续稀释，范围为25μg/mL至2X10-6μg/mL的总共11个抗体浓度)添加50μL对应抗体溶液(如上文对于各排所指出的)并且添加仅PBST的对照。在室温下孵育板1小时，随后使用板洗涤器用300μL PBST洗涤五次，之后添加50μL的1：5000抗人IgG HRP(来自Jackson Immunoresearch)(用于检测抗TL1A；同种型对照8.8或抗TNF-α英利昔单抗抗体)；或1：8000抗生蛋白链菌素HRP(来自Pierce/Thermo Scientific)(用于检测生物素化抗人TNFSF6、TNFSF10、TNFSF14或TNF-β，均来自R&D systems)；或1：5000抗小鼠IgGHRP(R&Dsystems)(用于抗淋巴毒素检测)，且在室温下孵育1小时。随后使用板洗涤器用PBST洗涤板5次。将50μL辣根过氧化酶底物TMB1添加至各孔，并在室温下孵育板5分钟，随后添加50μL停止溶液(0.18M H2SO4)(TMB1来自Fisher)。随后在板读取器(Envision；Perkin Elmer)中在450nm处读取板。通过将450nm值处的光学密度相对于抗体浓度的对数作图在来产生抗体结合曲线。使用GraphPad
Figure BDA0000988789920002622
(5.02版，GraphPad Software,Inc.,San Diego,CA)和非线性回归曲线拟合和S形对数的激动剂(三个参数)剂量反应模型，从这些图测定EC50值(针对1D1 1.31结合至TL1A或细胞因子抗体结合至其对应细胞因子)。
结果
抗TL1A 1D1 1.31不结合至所测试的最接近TL1A同源物-细胞因子中的任一项，但其结合至相同板(其中测试TL1A的细胞因子同源物)中的TL1A。所测试的各细胞因子结合至其对应抗细胞因子特异性抗体，除了淋巴毒素外，针对淋巴毒素仅在抗淋巴毒素抗体的极高抗体浓度下检测到结合。
图20显示测试1D1 1.31结合至TL1A的最接近同源物(TNFSF6)的选择性的实验结果(n＝6；3个独立实验，一式两份)。TNFSF6结合至抗TNFSF6抗体(圆)，但其不结合至抗TL1A1D1 1.31(上三角形)。TL1A结合至1D1 1.31。此曲线是所测试的所有其它细胞因子的代表性曲线，除了仅在高抗体浓度下出现与其特异性抗淋巴毒素抗体结合的淋巴毒素。
表39显示针对抗TL1A 1D1 1.31结合至TL1A和抗细胞因子抗体结合至各板中各自对应细胞因子的各细胞因子实验(n＝6；3个独立实验，一式两份)所获得的EC50值。
表39概述针对抗TL1A 1D1 1.31结合至TL1A获得的EC50值和在对于各细胞因子进行的一式三份实验中各自抗细胞因子抗体结合至其对应细胞因子的EC50值。
Figure BDA0000988789920002621
Figure BDA0000988789920002631
NB＝无结合；Nd--：由于未测量到而不适用。数据是来自一式两份进行的3个独立实验的n＝6。EC50定义为产生在饱和抗体浓度下获得的最大光学密度的一半的抗体的浓度。
结论
1D1 1.31选择性结合至人TL1A并且不可检测地结合至TL1A的最接近同源物中的任一项：TNFSF6、TNFSF10、TNFSF14、TNF-β、TNF-α、淋巴毒素α2-β1或淋巴毒素α1-β2。
实施例20：使用抗TL1A抗体1D1 1.31抑制TL1A:DR3相互作用。
目标
此研究的目的是评估抗TL1A抗体1D1 1.31在表达DR3的HEK293细胞中抑制TL1A与其受体DR3的结合的能力。
材料和方法
将DR3转染的HEK293细胞以PBS 4％FCS中的100,000个细胞/孔的细胞密度平铺于96圆孔板中，并在4℃下用10μg/mL生物素化TL1A和浓度增加的抗TL1A抗体1D1 1.31或其同种型对照(8.8IgG13m)(浓度范围为0.5μg/mL至250μg/mL，以2倍稀释的10个浓度)孵育15分钟。作为阳性对照，用不含任何抗体的生物素化TL1A孵育细胞。在平行实验中，还用未转染的亲本HEK293细胞孵育生物素化TL1A，并且显示不具有结合(数据未显示)。
此15分钟孵育之后，以485g离心细胞，抽吸上清液，并使细胞重悬于抗生蛋白链菌素-PE(BD Biosciences)溶液(在PBS/胎牛血清(FCS)中1：500稀释)中。随后在4℃下孵育细胞15分钟。孵育之后，用相同缓冲液洗涤细胞3次，重悬于200μL相同缓冲液中，在LSRFortessa细胞计数仪(BD Biosciences)上通过流动细胞术分析检查TL1A的结合。
数据分析
用FlowJo软件分析数据。
鉴定单线态细胞之后，测量PE的细胞群荧光强度的几何平均值。这测量细胞上的应仅结合TL1A-生物素的抗生蛋白链菌素-PE的数目。从所有值减去未染色细胞的几何平均值作为背景。单独的抗生蛋白链菌素对照背景相似于未染色细胞的背景。
将这些经校正的几何平均值相对于Ab浓度的对数作图，并用GraphPad Prism软件计算IC50。
结果
显示生物素化的TL1A结合至DR3-HEK293转染的细胞(但不结合至未转染细胞)，并且此结合被抗TL1A抗体1D1 1.31完全抑制(图21)。同种型对照抗体8.8IgG1 3m不显示任何抑制。1D1 1.31以18.68μg/mL的IC50值抑制10μg/mL TL1A的结合。
结论
显示生物素化的TL1A结合至DR3-HEK293转染的细胞(但不结合至未转染细胞)，并且此结合被抗TL1A抗体1D1 1.31完全抑制，但不被同种型对照抗体8.8IgG1 3m抑制。1D11.31以18.68μg/mL的IC50值抑制10μg/mL生物素化TL1A的结合。
实施例21：代表性抗体的热稳定性
目标
目标是表征通过亲和力成熟和关于热稳定性的基于结构的设计所产生的抗TL1A抗体，和确认这些抗体的稳定性不受突变影响。
方法
基本上如King等人(2011),Protein Sci.,20(9):1546–1557中所描述地进行差示扫描热量测定法，所述文献以引用的方式并入本文中。简言之，在PBS中将抗体样品稀释至0.1mg/mL。将Sypro Orange从其初始5000x浓度稀释至2.5x工作浓度。将210μL的总体积分入PCR微孔板的四个孔中，并以1C/分钟从20℃加热至95℃。使用SYBR滤光片收集荧光。在将数据拟合至三个高斯之后，可测定各去折叠转变的Tm值，以及去折叠的起始。
结果
表43显示与亲本抗体(1D1)相比的不同突变抗体的转变温度。
构建体 Tm1 Tm2 Tm3 T1％
1D1 70.98±0.07 79.46±0.12 86.04±0.11 62.67
VH 1.29 71.32±0.06 80.90±0.11 85.67±0.37 61.64
VH 1.28 71.20±0.06 81.06±0.04 86.25±0.25 61.73
VH 1.32 70.42±0.03 78.72±0.02 85.61±0.35 61.77
VH 1.34 70.72±0.09 79.42±0.05 86.26±0.25 61.80
VH 1.27 71.90±0.04 82.38±0.09 87.00±0.19 61.85
VH 1.30 71.84±0.10 83.04±0.12 87.35±0.19 61.91
VH 1.33 71.48±0.16 81.14±0.10 86.75±0.07 62.06
VH 1.31 72.24±0.15 82.37±0.08 87.60±0.40 62.36
还如King等人(同上)所描述的计算T1％或蛋白质的1％去折叠或去折叠起始的温度。各熔解温度是指不同关键界面的熔解。在典型抗体中，TM3是两个CH3结构域的界面熔解时的温度，TM1是两个CH2结构域的界面熔解时的温度，以及TM2是重链和轻链的界面熔解时的温度。
结论
所测试的所有抗体是稳定的，其中Tm1>65℃，且T1％大于50℃。在对应于Fab结构域的Tm2中可见热稳定性的变化。
实施例22：抗TL1A抗体的高浓度稳定性测试
目标
生物学药物的稳定性是确保可配制治疗剂以在确定时期内维持其安全性和效力的极重要特征。测试了本发明的抗TL1A抗体的长期稳定性。
方法
在具有30kDa截留膜的Amicon Ultra 4mL和Vivaspin 500旋转浓缩器中浓缩抗体1D1 1.27、1D1 1.31和1D1 1.32的样品。当达到最终体积(通常约30μL)时，使用Nanodrop在10倍稀释之后测量所有样品的浓度。将样品调节至约150mg/mL，随后置放于具有15μL矿物油覆盖的SEC小瓶中，并置放于室温或4℃下。每周测量样品的聚集体形成。SEC运行由使用PBS运行缓冲液以流速0.5mL/min在TOSOH GSK-300柱上的1μL注入组成。使用曲线下面积计算回收。
结果和讨论
将样品浓缩至150mg/mL，并且在Nanodrop与SEC回收数量之间可见良好一致。在室温或4℃下12周之后，在所有样品(除了抗体1D1 1.32)中可见小于2％的聚集，抗体1D11.32在约6周开始增加聚集并且在12周之后达到大约7.5％聚集。因此，总体而言，这些抗体呈现为稳定的，其中所有抗体(除了1D1 1.32抗体)在室温下12周之后在高浓度下显示小于5％的聚集。
实施例23：抗TL1A抗体在屋尘螨(HDM)诱导的过敏性呼吸道疾病模型中的功效。
背景
DR3(也称为TNFRSF25)是在不同亚群的淋巴细胞上表达的含有死亡结构域的肿瘤坏死因子(TNF)家族受体。TL1A(DR3的TNF族配体)由骨髓细胞(例如，树突状细胞)表达，并且促进淋巴细胞累积至发炎组织中以及释放参与17型和2型免疫反应的细胞因子[Meylan,F.等人(2008)The TNF-family receptor DR3is essential for diverse T cell-mediated inflammatory diseases.Immunity 29,79–89]
材料和方法
根据Pfizer's Institutional Animal Care and Use Committee批准的方案进行所有体内实验。屋尘螨(HDM)诱导的过敏性呼吸道疾病的鼠模型先前描述于Fitz LJ等人Vol.46(2012),pp.71-79中。简言之，8至12周龄BALB/c雌性小鼠购自Taconic Farms(Hudson,NY)。在研究第0天、第7天和第14天，用异氟醚麻醉小鼠，并使其气管内滴注接受100μg HDM提取物(Dermatophagoides pteronyssinus,Greer Laboratories,Lenoir,NC)。在研究第0、2、4、7、9、11、14和16天，腹膜内注射抗TL1A抗体(20mg/kg，克隆1D1鼠IgG1-4mut)、抗盲肠型球虫(Eimeria tenella)IgG1同种型对照抗体或媒介物(盐水)。在第17天，通过CO2窒息使所有动物安乐死，收集支气管肺泡灌洗(BAL)流体样品以评估肺部炎症。使用Mann-Whitney U测试进行统计分析。群之间的差异在P值<0.05时被认为是显著的。
结果
通过抗TL1A治疗调节HDM诱导的过敏性气道炎症。使用Cell-Dyn 3700分析仪(Abbott Laboratories，Abbott Park,IL)测定总BAL细胞构成，同时通过人工评估由Diff-Quik方法染色的细胞离心涂片载玻片上的细胞群体获得分化细胞计数。数据代表各群(9-10动物/群)的平均值±SEM。当通过腹膜内注射抗TL1A抗体每周3次处理小鼠时，总BAL细胞构成与媒介物处理动物相比显著降低(p＝0.0021)。图22显示在用HDM进行3周气管内攻击之后，小鼠出现由嗜酸性粒细胞增多支配的稳健气道炎症，虽然BAL淋巴细胞、巨噬细胞和嗜中性粒细胞数目也增加。相较于对照IgG1，施用1D1抗体导致总BAL细胞构成[图22(a)]、BAL嗜酸性粒细胞数目[图22(b)](p<0.0001，与媒介物处理的动物相比)、BAL淋巴细胞[图22(c)](p＝0.0285)和BAL巨噬细胞[图22(d)](p＝0.0207)的显著减少。BAL嗜中性粒细胞数目似乎不被抗TL1A处理显著调节[图22(e)]，但值得注意的是BAL嗜中性粒细胞在此模型中代表小的细胞群体。
结论
全身抗TL1A治疗用于重复呼吸道攻击的鼠模型，其中HDM显着缓解过敏性气道炎症，包括嗜酸性粒细胞增多。
实施例24：1期，随机、双盲、第三方开放安慰剂对照、剂量递增研究以在健康志愿者中评估单个静脉内和多个皮下和静脉内剂量的抗TL1A(1D11.31)的安全性、耐受性、药代动力学和药效学。
目标
本研究的首要目标是测定在健康受试者中施用单个(IV)和多个输注(SC和IV)的1D11.31的安全性和耐受性。
第二目标是表征在单个IV输液以及多个SC和IV剂量之后的1D11.31的PK特征谱。另外，第二目标是评估1D11.31的免疫原性。
最后，研究的探索性目标包括评估探索性生物标记，其在显示1D11.31的药理学效应中可以是具有信息性的。
终点
本研究的第一终点是测定剂量限制或非耐受治疗相关不良事件(AE)的发生率，治疗中出现AE(TEAE)的发生率、严重程度和病因关系，以及归因于治疗中出现不良事件的停止服药；异常实验室发现的发生率和量值；以及生命征象、血压(BP)和心电图(ECG)参数中的异常和临床上相关变化的鉴定。
第二(药物动力学)终点包括测定在单个剂量(SAD)或多个剂量(MAD)之后的血清1D11.31浓度，通过经验证的测定法来测定。将通过非房室方法产生PK参数，并且所述PK参数将包括但不限于
-单递升剂量阶段(IV输注)：Cmax、Tmax、AUC14days、AUCinf、AUClast、Cmax(dn)、AUCinf(dn)、AUClast(dn)、t1/2、平均滞留时间(MRT)、分布容积(Vss)和清除率(CL)。
-多剂量阶段(SC给药和IV输注)：
第一剂量：Cmax、Tmax、AUCτ,Cmax(dn)、AUCτ(dn)、t1/2、MRT、表观分布容积(Vz/F)、Vss、表观总体清除率(CL/F)和CL。
多剂量：Cmax,Tmax,AUCτ,Cmax(dn),AUCτ(dn),t1/2,MRT,Vz/F,Vss,CL/F,CL、给药区间的最小浓度(Cmin)、稳定状态的平均浓度(Cav)、观察累积比率(Rac)和峰谷波动(PTF)。
额外参数：在对应IV剂量(AUCτ(SC，第一剂量)/AUC14天(IV，单剂量)的比率)上的SC施用的生物可用性(F)估值。
第二(免疫原性)终点包括抗药物抗体(ADA)产生的发生率。
探索性终点包括评估血清和白细胞分析中的高敏感性C-反应性蛋白质(hsCRP)和IP-10基因表达和蛋白质浓度、总TL1A蛋白质浓度。研究设计
在单个研究位点将大约92位健康受试者招收至列于以下的所提出队列中。迄今为止，已经以不同剂量向80位受试者施用抗TL1A抗体。
虽然已参考不同应用、方法、试剂盒和组合物描述所公开的教导内容，但将了解在不背离本文中的教导和下文所请求保护的本发明的情况下可进行不同变化和修改。提供了前述实施例以更好地说明所公开的教导内容，且不意欲限制本文中呈现的教导内容的范围。虽然已在这些示例性实施方案方面描述本发明的教导内容，但本领域技术人员将容易理解在不过度实验情况下这些示例性实施方案的大量变化和修改是可能的。所有这样的变化和修改在当前教导内容的范围内。
本文中所引用的全部参考文献(包括专利、专利申请、论文、课本等)及其中引用的参考文献至其尚未引用的程度，在此以全文引用的方式并入本文中。在所并入文献和相似材料中的一个或多个与本申请在包括但不限于定义的术语、术语用法、所描述的技术等上不同或矛盾的情况下，以本申请为准。
前述描述和实施例详细描述本发明的某些具体实施方案，并且描述了本发明人考虑的最佳模式。然而，将理解无论前文描述在本文中如何详细呈现，本发明可以许多方式实施，并且本发明应根据所附权利要求书及其任何等效物来解释。
表40：序列列表
如通过Kabat定义的CDR氨基酸序列是加下划线的，CDR H1氨基酸序列以斜体字显示。在重链序列中，效应子无效突变也是加下划线的。
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Claims (24)

1.一种分离的抗体或其抗原结合片段，其特异性结合肿瘤坏死因子样配体1A(TL1A)，其包含重链可变区(VH)和轻链可变区(VL)，所述重链可变区包含：
a.VH互补决定区1(CDR-H1)，其由SEQ ID NO：230的氨基酸序列组成；
b.VH互补决定区2(CDR-H2)，其由SEQ ID NO：231的氨基酸序列组成；和
c.VH互补决定区3(CDR-H3)，其由SEQ ID NO：232的氨基酸序列组成；
所述轻链可变区包含：由氨基酸序列SEQ ID NO：110组成的VL互补决定区1(CDR-L1)、由氨基酸序列SEQ ID NO：111组成的VL互补决定区2(CDR-L2)和由氨基酸序列SEQ ID NO：112组成的VL互补决定区3(CDR-L3)。
2.权利要求1的分离的抗体或其抗原结合片段，其包含轻链可变区(VL)和重链可变区(VH)，所述轻链可变区由SEQ ID NO：102的氨基酸序列组成，所述重链可变区由选自以下的氨基酸序列组成：SEQ ID NO：226、198、205、212、219、233、240和247。
3.权利要求1的分离的抗体或其抗原结合片段，其包含轻链可变区(VL)和重链可变区(VH)，所述轻链可变区由氨基酸序列SEQ ID NO：102组成，所述重链可变区由氨基酸序列SEQ ID NO：226组成。
4.权利要求1的分离的抗体或其抗原结合片段，其包含在以下指定位置上具有以下氨基酸的人IgG1 CH2结构域：234A、235A和237A，其中所述位置根据EU编号系统编号。
5.一种抗体或其抗原结合片段，其特异性结合肿瘤坏死因子样配体1A(TL1A)，所述抗体或其抗原结合片段包含选自以下的氨基酸序列：
a.VH，其包含SEQ ID NO：230的CDR-H1氨基酸序列、SEQ ID NO：231的CDR-H2氨基酸序列、SEQ ID NO：232的CDR-H3氨基酸序列；和VL，其包含SEQ ID NO：110的CDR-L1氨基酸序列、SEQ ID NO：111的CDR-L2氨基酸序列和SEQ ID NO：112的CDR-L3氨基酸序列；
b.VH，其由氨基酸序列SEQ ID NO：226组成；和VL，其由氨基酸序列SEQ ID NO：102组成；以及
c.由编码氨基酸序列SEQ ID NO：226的核酸编码的VH，和由编码氨基酸序列SEQ IDNO：102的核酸编码的VL。
6.权利要求1的分离的抗体或其抗原结合片段，其包含由保藏为1D1 1.31VH、ATCC保藏号为PTA-120639的载体的插入物的核酸序列所编码的VH；和由保藏为1D1 1.31VL、ATCC保藏号为PTA-120640的载体的插入物的核酸序列所编码的VL。
7.权利要求1的分离的抗体或其抗原结合片段，其中：
a.所述抗体或其抗原结合片段与TL1A的结合由于所述抗体与TL1A氨基酸的相互作用而引起内埋表面积的非零变化，所述TL1A氨基酸选自R33、Q34、T35、P36、T37、Q38、H39、F40、K41、N42、P45、E50、L53、G54、L55、F57、T58、R86、M88、T89、P101、N102、K103、P104、D105、S136、N137、D162、I163、S164、Y168、T169、K170、E171、N42、K103、P104、D105、K113、S117、Y118、T122、S149和Q151，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；或
b.所述抗体或其抗原结合片段结合至TL1A的同多聚体，所述同多聚体包含至少第一TL1A单体和第二TL1A单体，其中抗体与所述第一TL1A单体上的第一表位的结合由于所述抗体与TL1A氨基酸的相互作用而引起内埋表面积的非零变化，所述TL1A氨基酸选自N42、K103、P104、D105、K113、S117、Y118、T122、S149和Q151，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号；并且抗体与所述第二TL1A单体上的第二表位的结合由于所述抗体与TL1A氨基酸的相互作用而引起内埋表面积的非零变化，所述TL1A氨基酸选自R33、Q34、T35、P36、T37、Q38、H39、F40、K41、N42、P45、E50、L53、G54、L55、F57、T58、R86、M88、T89、P101、N102、K103、P104、D105、S136、N137、D162、I163、S164、Y168、T169、K170和E171，其根据SEQID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
8.权利要求1的分离的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体的一个或多个氨基酸残基与TL1A中的一个或多个氨基酸残基参与形成氢键，所述TL1A中的一个或多个氨基酸残基选自A56、D232、E171、E52、H109、K111、K173、N112、N172、N207、P106、P171、Q104、Q108、R156、R33、S149、T122、T169、Y118、Y168和Y238，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
9.权利要求1的分离的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体的一个或多个氨基酸残基与TL1A中的一个或多个氨基酸残基参与形成氢键，所述TL1A中的一个或多个氨基酸残基选自T122、S149、E52、A56、Y168、T169和E171，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
10.权利要求1的分离的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体的一个或多个氨基酸残基与一个或多个TL1A氨基酸残基参与形成盐桥，所述一个或多个TL1A氨基酸残基选自R33、K41、E50、E52和K113，其根据SEQ ID NO：254中所示的TL1A的氨基酸序列进行编号。
11.一种药物组合物，其包含权利要求1-10中任一项的抗体或其抗原结合片段，和药学上可接受的载体或赋形剂。
12.权利要求11的药物组合物在制备用于预防、改善或治疗由TL1A介导的疾病、病症或病状的药物中的用途。
13.权利要求11的药物组合物，其用于预防、改善或治疗由TL1A介导的疾病、病症或病状。
14.权利要求1-10中任一项的分离的抗体或其抗原结合片段在制备用于预防、改善或治疗由TL1A介导的疾病、病症或病状的药物中的用途。
15.权利要求12或14的用途，其中所述疾病、病症或病状选自以下的至少一种：炎性肠病(IBD)、克罗恩病、溃疡性结肠炎、哮喘、过敏症、糖尿病、关节炎、类风湿性关节炎、幼年型类风湿性关节炎、骨关节炎、牛皮癣关节炎、强直性脊柱炎、多发性硬化、移植排斥反应、移植物抗宿主病(GVHD)、脊椎关节病、原发性硬化性胆管炎、原发性胆汁性肝硬化、动脉粥样硬化、膀胱综合征/间质性膀胱炎、尿肠功能障碍、败血症、葡萄膜炎、脑脊髓炎、重症肌无力、系统性红斑狼疮、皮肤红斑狼疮、自体免疫性甲状腺炎、特应性皮炎、湿疹性皮炎、银屑病、干燥综合征、硬皮病和血管炎。
16.权利要求1-10中任一项的抗体或其抗原结合片段在制备用于检测样品、组织或细胞中的TL1A的装置中的用途。
17.一种分离的核酸，其编码权利要求1的抗体或其抗原结合片段。
18.一种分离的核酸，其编码特异性结合TL1A的抗体或其抗原结合片段，其中所述核酸选自：
a.保藏为1D1 1.31VH、ATCC保藏号为PTA-120639的载体的插入物的核酸序列；和保藏为1D1 1.31VL、ATCC保藏号为PTA-120640的载体的插入物的核酸序列；
b.核酸序列SEQ ID NO：227和103；
c.核酸序列SEQ ID NO：229和107；
d.核酸序列SEQ ID NO：199和103；
e.核酸序列SEQ ID NO：201和107；
f.核酸序列SEQ ID NO：206和103；
g.核酸序列SEQ ID NO：208和107；
h.核酸序列SEQ ID NO：213和103；
i.核酸序列SEQ ID NO：215和107；
j.核酸序列SEQ ID NO：220和103；
k.核酸序列SEQ ID NO：222和107；
l.核酸序列SEQ ID NO：234和103；
m.核酸序列SEQ ID NO：236和107；
n.核酸序列SEQ ID NO：241和103；
o.核酸序列SEQ ID NO：243和107；和
p.核酸序列SEQ ID NO：248和103。
19.一种载体，其包含权利要求17-18中任一项的核酸。
20.一种宿主细胞，其包含权利要求19的载体，其中所述细胞是细菌细胞、真菌细胞、昆虫细胞或哺乳动物细胞。
21.一种产生特异性结合TL1A的抗体或其抗原结合片段的方法，所述方法包括在表达所述抗体的条件下培养权利要求20的宿主细胞，并且进一步包括分离所述抗体。
22.权利要求1的分离的抗体或其抗原结合片段，其中VH由氨基酸序列SEQ ID NO:226组成并且VL由氨基酸序列SEQ ID NO:102组成。
23.权利要求1的分离的抗体或其抗原结合片段，其中重链由氨基酸序列SEQ ID NO:228组成并且轻链由氨基酸序列SEQ ID NO:106组成。
24.一种分离的核酸，其编码特异性结合肿瘤坏死因子样配体1A(TL1A)的抗体或其抗原结合片段，其中所述核酸编码氨基酸序列SEQ ID NO:102和选自下列的另外的序列：
a.氨基酸序列SEQ ID NO:226；
b.氨基酸序列SEQ ID NO:198；
c.氨基酸序列SEQ ID NO:205；
d.氨基酸序列SEQ ID NO:212；
e.氨基酸序列SEQ ID NO:219；
f.氨基酸序列SEQ ID NO:233；
g.氨基酸序列SEQ ID NO:240；和
h.氨基酸序列SEQ ID NO:247。
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