[go: up one dir, main page]

BE1022789B1 - Werkwijze en systeem voor geslachtsinschatting van een foetus van een zwangere vrouw - Google Patents

Werkwijze en systeem voor geslachtsinschatting van een foetus van een zwangere vrouw Download PDF

Info

Publication number
BE1022789B1
BE1022789B1 BE2015/5464A BE201505464A BE1022789B1 BE 1022789 B1 BE1022789 B1 BE 1022789B1 BE 2015/5464 A BE2015/5464 A BE 2015/5464A BE 201505464 A BE201505464 A BE 201505464A BE 1022789 B1 BE1022789 B1 BE 1022789B1
Authority
BE
Belgium
Prior art keywords
fraction
gender
allele
sample
measured
Prior art date
Application number
BE2015/5464A
Other languages
English (en)
Inventor
Paul Vauterin
Michaël Vyverman
Schrijver Joachim De
Original Assignee
Multiplicom Nv
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Multiplicom Nv filed Critical Multiplicom Nv
Priority to BE2015/5464A priority Critical patent/BE1022789B1/nl
Priority to EP16738770.3A priority patent/EP3326094B1/en
Priority to US15/737,093 priority patent/US11155854B2/en
Priority to ES16738770T priority patent/ES2764501T3/es
Priority to PCT/EP2016/066653 priority patent/WO2017012954A1/en
Application granted granted Critical
Publication of BE1022789B1 publication Critical patent/BE1022789B1/nl

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6809—Methods for determination or identification of nucleic acids involving differential detection
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6879—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for sex determination
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/689—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids related to pregnancy or the gonads
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
    • G16H10/00—ICT specially adapted for the handling or processing of patient-related medical or healthcare data
    • G16H10/40—ICT specially adapted for the handling or processing of patient-related medical or healthcare data for data related to laboratory analysis, e.g. patient specimen analysis
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
    • G16H50/00—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics
    • G16H50/20—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics for computer-aided diagnosis, e.g. based on medical expert systems
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2537/00—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature
    • C12Q2537/10—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature the purpose or use of
    • C12Q2537/16—Assays for determining copy number or wherein the copy number is of special importance
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2537/00—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature
    • C12Q2537/10—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature the purpose or use of
    • C12Q2537/165—Mathematical modelling, e.g. logarithm, ratio
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Primary Health Care (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Evolutionary Biology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Data Mining & Analysis (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Gynecology & Obstetrics (AREA)
  • Reproductive Health (AREA)
  • Databases & Information Systems (AREA)

Abstract

Werkwijze voor het inschatten van een geslacht van een foetus van een zwangere vrouw, welke werkwijze omvat: het meten van allelaanwezigheden (Dx) voor een eerste veelvoud aan genetische markeringen van het X-chromosoom en allelaanwezigheden (DR) voor een tweede veelvoud aan genetische markeringen van minstens één referentiechromosoom, verschillend van het X- en Y- chromosoom in een monster van celvrij DNA van een zwangere vrouw; op basis van de gemeten allelaanwezigheden voor het eerste veelvoud, het bepalen van een eerste fractie daarvan die geassocieerd is met puur homozygote genetische markeringen; op basis van de gemeten allelaanwezigheden voor het tweede veelvoud, het bepalen van een tweede fractie daarvan die geassocieerd is met puur homozygote genetische markeringen; en het inschatten van een geslacht van de foetus op basis van de eerste en tweede fractie.

Description

Werkwijze en systeem voor geslachtsinschatting van een foetus van een zwangere vrouw
Domein van de uitvinding
Het domein van de uitvinding heeft betrekking op geslachtsinschatting van een foetus van een zwangere vrouw. Bijzondere uitvoeringsvormen volgens de uitvindingen hebben betrekking op werkwijzen, systemen, computerprogramma’s en computerprogrammaproducten voor geslachtsinschatting van een foetus van een zwangere vrouw.
Achtergrond WO 2013/057568 ten name van de aanvraagster openbaart prenatale detectie werkwijzen die gebruikmaken van niet-invasieve technieken. In het bijzonder heeft het betrekking op prenatale diagnose van een foetale chromosomale aneuploïdie door foetale en maternale nucleïnezuren in een maternaal biologisch monster te detecteren. Meer in het bijzonder past WO 2013/057568 multiplex PCR toe om geselecteerde fracties van de respectieve chromosomen van matemale en foetale chromosomen te vermeerderen. Respectieve hoeveelheden van vermoede aneuploïde chromosomale gebieden en referentiechromosomen worden bepaald uit grootschalige sequentie-analyse gevolgd door een statistische analyse om een bijzondere aneuploïdie te detecteren.
Ofschoon verschillende prenatale detectiewerkwijzen bestaan, is er nood aan een nauwkeurige werkwijze om het geslacht van de foetus van een zwangere vrouw in te schatten.
Samenvatting
Het doel van uitvoeringsvormen volgens de uitvinding is een werkwijze, systeem en computerprogramma te voorzien voor geslachtsinschatting van de foetus van een zwangere vrouw.
Volgens een eerste aspect van de uitvinding wordt een werkwijze voorzien voor geslachtsinschatting van een foetus van een zwangere vrouw. De werkwijze omvat het meten van allelaanwezigheden voor een eerste veelvoud aan genetische markeringen van het X-chromosoom en allelaanwezigheden voor een tweede veelvoud aan genetische markeringen van minstens één referentiechromosoom, verschillend van het X- en Y-chromosoom, in een monster van celvrij DNA van een zwangere vrouw. Elke allelaanwezigheid vertegenwoordigt de aanwezigheid op een genetische markering van minstens één van: een referentie-allel van matemale of foetale oorsprong, en een alternatief allel van matemale of foetale oorsprong. Om volledig te zijn, wordt opgemerkt dat dit niet inhoudt dat een onderscheid kan worden gemaakt tussen een allel van maternale oorsprong en een allel van foetale oorsprong, maar slechts dat een allel van eender welke van beide oorsprongen gemeten kan worden. De werkwijze omvat bovendien: op basis van de gemeten allelaanwezigheden voor het eerste veelvoud, het bepalen van een eerste fractie (Fx) daarvan die geassocieerd is met puur homozygote genetische markeringen, op basis van de gemeten allelaanwezigheden voor het tweede veelvoud, het bepalen van een tweede fractie (FR) daarvan die geassocieerd is met puur homozygote genetische markeringen, en het inschatten van een geslacht van de foetus op basis van de eerste en tweede fractie. De term “puur homozygote genetische markering” verwijst naar een genetische markering die zowel homozygoot is in het DNA van maternale oorsprong als in het DNA van foetale oorsprong.
Uitvoeringsvormen volgens de uitvinding zijn onder meer gebaseerd op het inventieve inzicht dat de verwachte eerste fractie op het X-chromosoom groter hoort te zijn in geval van een mannelijke foetus, dan in vergelijking met een vrouwelijke foetus. Voor een vrouwelijke foetus wordt verwacht dat deze eerste fractie identiek is aan de tweede fractie verkregen van niet-X/Y-chromosomen. Voor een mannelijke foetus wordt verwacht dat een eerste fractie groter is dan de tweede fractie verkregen van het minstens één referentiechromosoom verschillend van het X- en Y-chromosoom. Gebruikmakend van deze eerste en tweede fractie, kan het geslacht nauwkeurig worden ingeschat.
Flet inschatten van het geslacht van een foetus volgens uitvoeringsvormen volgens de uitvinding laat toe om het geslacht zoals ingeschat in bekende inschattingswerkwijzen te verifiëren. Deze verificatie zal de nauwkeurigheid van een inschatting van het geslacht van een foetus verbeteren ten opzichte van bekende inschattingswerkwijzen.
In de context van deze specificatie, is een ‘genetische markering’ een positie op het genoom waarvan geweten is dat die meerdere mogelijke toestanden aanneemt over individuen in een populatie.
In een voorkeursuitvoeringsvorm omvat het bepalen van de eerste fractie: op basis van de gemeten allelaanwezigheden voor het eerste veelvoud aan genetische markeringen, het berekenen van een overeenstemmend aantal allelfrequenties voor het eerste veelvoud; en het als de eerste fractie bepalen van de fractie van de gemeten allelaanwezigheden waarvoor de allelfrequentie 0 of 1 is binnen een vooraf bepaalde foutmarge. Op gelijkaardige wijze kan het bepalen van de tweede fractie omvatten: op basis van de gemeten allelaanwezigheden voor het tweede veelvoud aan genetische markeringen, het berekenen van een overeenstemmend aantal allelfrequenties voor het tweede veelvoud; en het als de tweede fractie bepalen van de fractie van de gemeten allelaanwezigheden waarvoor de allelfrequentie 0 of 1 is binnen een vooraf bepaalde foutmarge. Typisch worden de allelaanwezigheden geplot als aantallen inlezingen in functie van de allelfrequentie, en stemt de eerste/tweede fractie overeen met de aantallen inlezingen van de variantdatapunten geconcentreerd rond allelfrequentie 0 en rond allelfrequentie 1.
In een voorkeursuitvoeringsvorm omvat het inschatten het schatten van een eerste geslachtsschatter gebruikmakend van een verhouding tussen de eerste fractie (Fx) en de tweede fractie (FR).
In een voorkeursuitvoeringsvorm wordt het meten en het bepalen uitgevoerd voor een batch die een veelvoud aan monsters omvat; waarbij voor elk monster van de batch, de eerste en tweede fractie worden berekend; en waarbij het inschatten van het geslacht bovendien gebeurt op basis van de eerste en tweede fractie van elk monster. Zodoende kan de nauwkeurigheid van het inschattingsresultaat verder verbeterd worden.
In een verder ontwikkelde uitvoeringsvorm omvat het inschatten van een geslacht: het bepalen van een eerste geslachtsschatter (EH1) voor elk monster op basis van de eerste en tweede fractie voor het monster; voor elk monster waarvoor de eerste geslachtsschatter aangeeft dat het geslacht van de foetus vrouwelijk is, het bepalen van een verhouding (NXi) tussen de gemeten allelaanwezigheden voor het eerste veelvoud en de gemeten allelaanwezigheden voor het tweede veelvoud aan genetische markeringen, en het bepalen van statistische distributieparameters van het veelvoud aan verhoudingen voor de monsters geassocieerd met een eerste geslachtsschatter die aangeeft dat de foetus vrouwelijk is; en het gebruikmaken van de statistische distributie om een tweede geslachtsschatter te bepalen. Op die wijze wordt statistische informatie van een batch monsters gebruikt om de geslachtsinschatting te verbeteren voor een enkel monster van de batch. In het geval dat het aantal monsters in de analysebatch waarvoor de eerste geslachtsschatter aangeeft dat het geslacht van de foetus vrouwelijk is, te klein is om een betrouwbare schatting van de distributie te verkrijgen, kan deze verzameling worden vermeerderd door gebruik te maken van monsters waarvoor de eerste geslachtsschatter aangeeft dat het geslacht van de foetus mannelijk is, gebruikmakend van een correctiefactor.
Het inschatten van het geslacht kan dan bovendien omvatten: het bepalen van een gecombineerde geslachtsschatter gebruikmakend van de eerste en tweede geslachtsschatter.
Volgens een ander aspect van de uitvinding, wordt een systeem voorzien voor het inschatten van een geslacht van een foetus van een zwangere vrouw. Het systeem omvat een meettoestel, een bepalingsmodule en een inschattingsmodule. Het meettoestel is ingericht voor het meten van allelaanwezigheden (Dx) voor een eerste veelvoud aan genetische markeringen van het X-chromosoom en allelaanwezigheden (DR) voor een tweede veelvoud aan genetische markeringen van minstens één referentiechromosoom, verschillend van het X- en Y-chromosoom, in een monster van celvrij DNA van een zwangere vrouw. Dit kan eender welk commercieel beschikbaar meettoestel zijn dat geschikt is voor het uitvoeren van dergelijke metingen. De bepalingsmodule is ingericht voor het bepalen van een eerste fractie (Fx) van de gemeten allelaanwezigheden voor het eerste veelvoud dat geassocieerd is met puur homozygote genetische markeringen, en een tweede fractie (FR) van de gemeten allelaanwezigheden voor het tweede veelvoud dat geassocieerd is met puur homozygote genetische markeringen. De inschattingsmodule is ingericht voor het inschatten van een geslacht van de foetus op basis van de eerste en tweede fractie. In een typische uitvoeringsvorm zijn de bepalingsmodule en de inschattingsmodule geïmplementeerd als software.
In een voorkeursuitvoeringsvorm is de bepalingsmodule ingericht om, op basis van de gemeten allelaanwezigheden voor het eerste veelvoud aan genetische markeringen, een overeenstemmend aantal allelfrequenties te bepalen voor het eerste veelvoud; en om als de eerste fractie de fractie van de gemeten allelaanwezigheden te bepalen waarvoor de allelfrequentie 0 of 1 is binnen een vooraf bepaalde foutmarge. Op gelijkaardige wijze kan de bepalingsmodule ingericht zijn om, op basis van de gemeten allelaanwezigheden voor het tweede veelvoud aan genetische markeringen, een overeenstemmend aantal allelfrequenties voor het tweede veelvoud te berekenen; en om als de tweede fractie de fractie te bepalen van de gemeten allelaanwezigheden waarvoor de allelfrequentie 0 of 1 is binnen een vooraf bepaalde foutmarge.
In een voorkeursuitvoeringsvorm is de inschattingsmodule ingericht om een eerste geslachtsschatter te schatten gebruikmakend van een verhouding tussen de eerste fractie (Fx) en de tweede fractie (FR).
In een voorkeursuitvoeringsvorm zijn het meettoestel en de bepalingsmodule ingericht om het meten en het bepalen uit te voeren voor een batch die meerdere monsters omvat, waarbij voor elk monster van de batch de eerste en tweede fractie berekend worden; en waarbij de inschattingsmodule is ingericht voor het inschatten van het geslacht op basis van de eerste en tweede fractie van elk monster.
In een voorkeursuitvoeringsvorm is de inschattingsmodule ingericht voor het inschatten van het geslacht op een wijze zoals beschreven in eender welke van de voorbeelduitvoeringsvormen van de werkwijze.
In een voorkeursuitvoeringsvorm is de meetmodule ingericht om de allelaanwezigheden te meten gebruikmakend van minstens één van de volgende: polymerase kettingreactie (PCR), ligase kettingreactie, nucleïnezuursequentiegebaseerde amplificatie (NASBA), en vertakte DNA werkwijzen; en bij voorkeur PCR.
In voorbeelduitvoeringsvormen van de uitvinding, kan het meten van allelaanwezigheden het meten van SNP-allelaanwezigheden en/of het meten van allelaanwezigheden voor korte invoegingen en/of deleties omvatten.
Voorkeursuitvoeringsvormen van de werkwijze en het systeem volgens de uitvinding worden geopenbaard in de bijgevoegde afhankelijke conclusies.
Volgens een verder aspect van de uitvinding, wordt een computerprogramma voorzien dat computeruitvoerbare instructies omvat om, wanneer het programma wordt uitgevoerd op een computer, één of meer stappen uit te voeren, en in het bijzonder de inschattingsstap van uitvoeringsvormen van de werkwijze hierboven geopenbaard. Volgens een verder aspect van de uitvinding, wordt een computertoestel of andere hardware-toestel voorzien dat is geprogrammeerd om één of meer stappen uit te voeren, en in het bijzonder de inschattingsstap van eender welke van de uitvoeringsvormen van de werkwijze hierboven geopenbaard. Volgens een ander aspect wordt een gegevensopslagtoestel voorzien dat een programma in machineleesbare en machine-uitvoerbare vorm encodeert om één of meer stappen van eender welke van de uitvoeringsvormen van de werkwijze hierboven geopenbaard uit te voeren. De referentie naar computeruitvoerbare instructies/vormen moet zo worden uitgelegd, dat deze zowel direct uitvoerbare machinecode omvat, als code die gecompileerd moet worden om te worden uitgevoerd, alsook code die geïnterpreteerd wordt in plaats van uitgevoerd per se.
Korte beschrijving van de figuren
De bijgaande tekeningen worden gebruikt om niet-beperkende voorbeelduitvoeringsvormen van een werkwijze en systeem volgens voorliggende uitvinding die momenteel de voorkeur genieten te illustreren. De hierboven beschreven en andere voordelen van de kenmerken en doelen van de uitvinding zullen duidelijker worden en de uitvinding zal beter worden begrepen aan de hand van de hiernavolgende gedetailleerde beschrijving, indien samen gelezen met de bijgaande tekeningen, waarin:
Figuur 1 een grafiek is die de totale SNP-dekking versus allelfrequentie op chromosoom X voor monster M toont;
Figuur 2 een grafiek is die de totale SNP-dekking versus allelfrequentie op chromosoom X voor monster F toont;
Figuur 3 een grafiek is die voor een verzameling monsters de geslachtsschatter Em op de X-as versus de foetale fractie op de Y-as weergeeft;
Figuur 4 een grafiek is die voor de verzameling monsters van figuur 3, de verhouding NXi op de X-as versus de foetale fractie op de Y-as weergeeft;
Figuur 5 een grafiek is die voor de verzameling monsters van figuur 3, de verhouding Nxi voor monsters geclassificeerd als vrouwelijk (volgens EHi) en N’xi voor monsters geclassificeerd als mannelijk (volgens EHi) op de X-as versus de foetale fractie op de Y-as weergeeft;
Figuur 6 een grafiek is die voor de verzameling monsters van figuur 3, de z-score Z0i op de X-as versus de foetale fractie op de Y-as weergeeft;
Figuur 7 een grafiek is die voor de verzameling monsters van figuur 3, de tweede geslachtsschatter EH2 op de X-as versus de foetale fractie op de Y-as weergeeft;
Figuur 8 een grafiek is die voor de verzameling monsters van figuur 3, de eerste geslachtsschatter EHi op de X-as versus de tweede geslachtsschatter Eh2 op de Y-as weergeeft;
Figuur 9 een grafiek is die voor de verzameling monsters van figuur 3, de gecombineerde geslachtsschatter EH op de X-as versus de foetale fractie op de Y-as weergeeft; en Figuur 10 een schematische tekening is van een uitvoeringsvorm van een systeem.
Gedetailleerde beschrijving van voorbeelduitvoeringsvormen
In een niet-invasieve prenatale test (Non-Invasive Prénatal Test, NIPT), gekend in de stand van de techniek, wordt celvrij DNA (cell free DNA, cfDNA) in een matemaal serum- of plasmamonster van een zwangere vrouw sequentie-geanalyseerd om de aanwezigheid van chromosomale aneuploïdieën in de foetus te onderzoeken, zoals trisomie van chromosoom 21. Volgens voorbeelduitvoeringsvormen van de uitvinding, wordt een werkwijze voorzien om het geslacht van de foetus in te schatten.
In een typische uitvoeringsvorm wordt een maternaal serum of plasmamonster afgeleid uit het maternale bloed. Dit kan een kleine hoeveelheid serum of plasma zijn, bijvoorbeeld 1 tot 20 ml. Afhankelijk van de gewenste nauwkeurigheid kan het de voorkeur genieten om grotere volumes te gebruiken. De bereiding van het serum of plasma uit het maternale bloedmonster kan uitgevoerd worden gebruikmakend van standaardtechnieken. Geschikte technieken omvatten centrifugatie en/of matrixgebaseerde technieken. In mogelijke uitvoeringsvormen kan een sequentiegebaseerde verrijkingswerkwijze gebruikt worden om het maternale serum of plasma specifiek te verrijken voor foetale nucleïnezuursequenties.
Uitvoeringsvormen van de werkwijze volgens de uitvinding kunnen uitgevoerd worden voor een monster dat foetaal DNA omvat aan een foetale fractieconcentratie van de totale hoeveelheid DNA boven een vooraf bepaalde drempelwaarde. In voorkeursuitvoeringsvormen wordt een amplificatie van de foetale DNA-sequenties in het monster uitgevoerd. Eender welke amplificatiewerkwijze die voor de vakman bekend is kan gebruikt worden, zoals een PCR-werkwijze.
In een voorkeursuitvoeringsvorm worden gegevens gebruikt uit de Clarigo-test van de aanvraagster, die niet de detectie van SNP (of enkele-nucleotide polymorfisme - single-nucleotide polymorphism, dat wil zeggen een genetische markering die een enkele variabele nucleotide omvat) allelen op het foetale DNA die niet aanwezig zijn in het DNA van de zwangere vrouw. De Clarigo-test bestaat uit het doelmatig sequentie-analyseren van een aantal regionen op het menselijke genoom (met andere woorden, die specifieke genetische markeringen als doel nemen), gebruikmakend van bekende SNP’s (enkele-nucleotide polymorfismen) met grote (bijvoorbeeld groter dan 1 %, bij voorkeur groter dan 10 %) populatieprevalentie en twee mogelijke allelen (te weten een referentie-allel ook bekend als REF; en een alternatief allel ook bekend als ALT). Meer details over de Clarigo-test kunnen op het internet gevonden worden op http://www.multiplicom.com/product/clarigo, en in WO 2013/057568 ten name van de aanvraagster. .
Nu zal in detail een voorbeelduitvoeringsvorm van een werkwijze voor het inschatten van het geslacht van een foetus van een zwangere vrouw worden beschreven. In een eerste metingsstap worden allelaanwezigheden voor een eerste veelvoud (Dx) aan genetische markeringen van het X-chromosoom en voor een tweede veelvoud (DR) aan genetische markeringen van minstens één referentiechromosoom, verschillend van het X- en Y-chromosoom, gemeten in een monster van celvrij DNA van een zwangere vrouw. Elke allelaanwezigheid vertegenwoordigt de aanwezigheid op een genetische markering van minstens één van: een referentie-allel van matemale of foetale oorsprong, en een alternatief allel van matemale of foetale oorsprong. In een tweede berekeningsstap, op basis van de gemeten allelaanwezigheden voor het eerste veelvoud, wordt een eerste fractie (Fx) daarvan bepaald die geassocieerd is met puur homozygote genetische markeringen, en op basis van de gemeten allelaanwezigheden voor het tweede veelvoud, wordt een tweede fractie (FR) daarvan bepaald die geassocieerd is met puur homozygote genetische markeringen. In een derde stap wordt een geslacht van de foetus ingeschat op basis van de eerste en tweede fractie. In de voorbeelduitvoeringsvorm die hieronder wordt uiteengezet, omvat de inschattingsstap het berekenen van een eerste geslachtsschatter voor een specifiek monster, het berekenen van een tweede geslachtsschatter eveneens gebruikmakend van gegevens van andere monsters, en het berekenen van een gecombineerde geslachtsschatter voor het specifieke monster op basis van de eerste en tweede geslachtsschatter.
Meting en fractiebepaling
Een voordelige manier om de resultaten weer te geven van het meten van allelaanwezigheden voor een genetische markering is om de volgende informatie te associëren met een variantdatapunt voor die genetische markering. Een variantdatapunt (dus een datapunt geassocieerd met een aantal varianten, zoals allelen) wordt gebruikt in deze specificatie als een handige representatie voor een genetische markering, en geeft dus het resultaat weer van het meten van allelaanwezigheden in een aantal amplicons voor genetische markeringen. Een amplicon is een stukje DNA of RNA dat (de bron en/of) het product van amplificatie- of replicatiegebeurtenissen is. Met andere woorden, een amplicon is een biofysisch stukje replicatiemateriaal, ontworpen om een bekende SNP-positie met grote populatieprevalentie te bevatten. Elk variantdatapunt wordt dus geassocieerd met een bekende SNP met grote populatieprevalentie en met twee mogelijke allelen (te weten een referentie-allel ook gekend als REF; en een alternatief allel ook gekend als ALT). Voor elk variantdatapunt , kunnen de volgende getallen bepaald worden gebruikmakend bijvoorbeeld van een standaard bio-informatica pijplijn toegepast op de sequentie-analysegegevens: • Het aantal inlezingen die het REF-allel op de bekende SNP-positie bevatten, : _ . • Het aantal inlezingen die het ALT-allel op de bekende SNP-positie bevatten, . • De totale dekking
• De allelfrequentie, of de fractie van ALT-allelinlezingen op de totale dekking
Bijgevolg kunnen, voor een gegeven genetische markering i, de allelaanwezigheden voor zowel het REF-allel, voor het ALT-allel, als voor beide allelen gemeten worden, door het aantal inlezingen te meten die respectievelijk het REF-allel, het ALT-allel en zowel het REF- als het ALT-allel bevatten. Op basis van de gemeten allelaanwezigheden wordt een overeenstemmend aantal allelfrequenties berekend voor het vooraf bepaalde aantal genetische markeringen.
Voor elke positie in het genoom (dat wil zeggen voor elke genetische locus), met uitzondering van de X- en Y-chromosomen en onder aanname dat er geen relevante chromosoomafwijkingen zijn, zijn er vier kopieën aanwezig in het monster (aannemend dat de positie geen deel uitmaakt van een aneuploïdieregio), die het totale aantal inlezingen bepalen: twee kopieën van het maternale DNA en twee kopieën van het foetale DNA.
Voor een individueel variantdatapunt (dat wil zeggen voor een individuele genetische markering), laat A en B het REF- en ALT-allel voor het bekende SNP op het maternale DNA voor die genetische markering aanduiden, en a en b de overeenstemmende toestanden voor het foetale DNA. Dit betekent dat het variantdatapunt zich in de mogelijke toestanden opgelijst in Tabel 1 kan voordoen:
Tabel 1
Ter illustratie van gemeten allelaanwezigheden tonen de puntgrafieken geïllustreerd in figuren 1 en 2 gegevens voor een monster M (mannelijke foetus) en een monster F (vrouwelijke foetus) waarvoor allelaanwezigheden voor genetische markeringen voor het X-chromosoom gemeten zijn, waarbij: • Elk punt is een variantdatapunt (dat het resultaat van metingen weergeeft gemaakt op amplicons) voor genetische markeringen van het X-chromosoom. • De horizontale as toont de fractie van inlezingen met het ALT-SNP-allel (dat wil zeggen de allelfrequentie F4). • De verticale as toont de totale inlezingsdekking CTi.
Men ziet aan de hand van figuur 1 dat specifieke variantdatapunten geassocieerd zijn met een specifieke allelfrequentie. Bijvoorbeeld wordt variantdatapunt 101 links getoond, en geeft het een genetische markering weer waarvoor bij benadering 3300 inlezingen werden uitgevoerd. Alle of nagenoeg alle inlezingen voor deze genetische markering hebben gemeten dat de allelaanwezigheid aangeeft dat REF-allelen (dat wil zeggen A) aanwezig zijn, maar niet dat ALTallelen aanwezig zijn (dat wil zeggen B). Bijgevolg is variantdatapunt 101 links in figuur 1 weergegeven, waar de allelfrequentie ongeveer 0 is, en waarschijnlijk een homozygote genetische markering AAaa weergeeft. Variantdatapunt 102 wordt rechts getoond, en geeft een genetische markering weer waarvoor bij benadering 2500 inlezingen werden uitgevoerd. Alle of nagenoeg alle inlezingen voor deze genetische markering hebben gemeten dat de allelaanwezigheid aangeeft dat REF-allelen (dat wil zeggen A) niet aanwezig zijn, maar dat ALT-allelen (dat wilt zeggen B) aanwezig zijn. Bijgevolg is variantdatapunt 102 in figuur 1 rechts weergegeven, waar de allelfrequentie bij benadering 1 is, en geeft het waarschijnlijk een homozygote genetische markering BBbb weer.
In figuur 2 geeft variantdatapunt 103 een genetische markering weer waarvoor bij benadering 1800 inlezingen werden uitgevoerd. De gemeten allelaanwezigheden laten toe dat men de allelfrequentie berekent, die relatief laag is, maar niet 0. Bijgevolg geeft variantdatapunt 103 waarschijnlijk een genetische markering weer die matemaal homozygoot is voor het referentie-allelpaar maar die een heterozygoot allelpaar van foetale oorsprong heeft (dus AAab), aangezien de fractie van maternaal DNA aanwezig in het monster voor de genetische markering (veel) groter is dan de fractie van foetaal DNA aanwezig in het monster voor de genetische markering. Variantdatapunt 104 wordt rechts getoond, en geeft een genetische markering weer waarvoor bij benadering 2250 inlezingen werden uitgevoerd. Met dezelfde redenering geeft variantdatapunt 104 waarschijnlijk een genetische markering weer die matemaal homozygoot is voor het alternatieve allelpaar maar die een heterozygoot allelpaar van foetale oorsprong heeft (dus BBab).
In figuur 1 geeft variantdatapunt 105 een genetische markering weer waarvoor bij benadering 2750 inlezingen werden uitgevoerd. De gemeten allelaanwezigheden laten toe dat men de allelfrequentie berekent die op ongeveer 0,48 wordt bepaald. Bijgevolg geeft variantdatapunt 105 waarschijnlijk een genetische markering weer die matemaal heterozygoot is (dus AB).
Bijgevolg kunnen drie groepen variantdatapunten (1 IA en 1 IB, 12A en 12B, en 13) worden onderscheiden: - variantdatapunten 1 IA en 11B die homozygoot zijn in het matemale en foetale DNA (AAaa, BBbb); - variantdatapunten 12A en 12B die homozygoot zijn in het matemale DNA, en heterozygoot in het foetale DNA (AAab, BBab). Merk op dat in deze gevallen het foetale DNA een allel bevat dat overgeërfd is van de vader en dat niet aanwezig is in het matemale DNA. Met andere woorden, voor een mannelijke foetus zal deze groep van variantdatapunten niet aanwezig zijn voor het X-chromosoom, zie figuur 1 ; - variantdatapunten 13 die heterozygoot zijn in het matemale DNA (ABaa, ABab, ABbb).
Merk op dat meerdere variantdatapunten dezelfde (of nagenoeg dezelfde) allel frequentie kunnen hebben, in het bijzonder wanneer ze deel uitmaken van dezelfde groep. Dit betekent dat (nagenoeg) hetzelfde aantal allelaanwezigheden gemeten is voor hen, ten opzichte van het totale aantal inlezingen.
Merk ook op dat, in figuren 1 en 2, variantdatapunten met een grotere totale inlezingsdekking (dichter bij de bovenkant van de grafiek) een nauwkeurigere allelfrequentie hebben, eenvoudigweg omdat er meer metingsgegevens zijn. Deze eigenschap kan men in rekening brengen wanneer een statistische betrouwbaarheid voor een gegeven variantdatapunt wordt bepaald.
Homozygote fractie geslachtsschatter teerste geslachtsschatterl
Een eerste geslachtsschatter wordt berekend door de fractie te onderzoeken van variantdatapunten die puur homozygoot zijn in het monster voor het X-chromosoom en voor het minstens één referentiechromosoom dat niet het X/Y-chromosoom bevat. In een voorkeursuitvoeringsvorm kunnen alle referentiechromosomen gebruikt worden.
De volgende parameters worden berekend op basis van de verkregen meetresultaten: - het totale aantal Dd inlezingen over alle variantdatapunten op chromosoom X, dat wil zeggen het totale aantal gemeten allelaanwezigheden voor het eerste veelvoud aan genetische markeringen van het chromosoom X; - het totale aantal Ddd inlezingen op chromosoom X, overeenstemmend met variantdatapunten die puur homozygoot zijn, dat wil zeggen allelfrequentie 0 of 1, binnen een vooraf bepaalde foutmarge, dat wil zeggen groepen 1 IA en 11B in figuren 1 en 2; - het totale aantal Dd inlezingen over alle variantdatapunten op het minstens één referentiechromosoom (dit kunnen alle chromosomen zijn met uitzondering van het X-chromosoom en het Y-chromosoom); dat wil zeggen het totale aantal gemeten allelaanwezigheden voor het tweede veelvoud aan genetische markeringen van het minstens één referentiechromosoom; - het totale aantal Dod inlezingen van het minstens één referentiechromosoom, overeenstemmend met variantdatapunten die puur homozygoot zijn, dat wil zeggen een allelfrequentie die 0 of 1 is, binnen een vooraf bepaalde foutmarge.
Voor monster M wordt de volgende verzameling waarden verkregen door de werkwijze (zie figuur 1 voor de variantdatapunten op het X-chromosoom):
Dn = 227542 (verdeeld onder 390 amplicons),
Dqü = 162151 (verdeeld onder een deelverzameling van 285 amplicons),
Dd = 883695 (verdeeld onder 1681 amplicons), .
Ddd = 491752 (verdeeld onder een deelverzameling van 917 amplicons).
Voor monster F wordt de volgende verzameling waarden geïdentificeerd door de werkwijze (zie figuur 2 voor de variantdatapunten op het X-chromosoom):
Dd = 942355 (verdeeld onder 1680 amplicons),
Ddd = 541801 (verdeeld onder een deelverzameling van 953 amplicons), D0 = 255394 (verdeeld onder 391 amplicons),
Ddd = 143376 (verdeeld onder een deelverzameling van 228 amplicons).
Vervolgens worden de volgende fracties berekend: - een eerste fractie Fx inlezingen voor het eerste veelvoud aan genetische markeringen, dat geassocieerd is met puur homozygote genetische markeringen:
- een tweede fractie FR inlezingen voor het tweede veelvoud aan genetische markeringen, dat geassocieerd is met puur homozygote genetische markeringen:
Een eerste preliminaire geslachtsschatter kan berekend worden als:
In geval van een vrouwelijke foetus zijn er twee kopieën van chromosoom X en van het minstens één referentiechromosoom aanwezig. Bijgevolg wordt verwacht dat E0| 1 is. In geval van een mannelijke foetus, is er slechts één kopie van chromosoom X, maar twee kopieën van alle referentiechromosomen. Bijgevolg wordt verwacht dat En! groter is dan 1. Met andere woorden, de eerste preliminaire geslachtsschatter laat toe om het geslacht in te schatten.
Voor de voorbeelduitvoeringsvorm van figuur 1 (monster M), kunnen de fracties die puur homozygoot zijn en de preliminaire geslachtsschatter Edi berekend worden als:
Omdat BQ] beduidend groter is dan 1, kan monster M worden ingeschat als mannelijk.
Voor de voorbeelduitvoeringsvorm van figuur 2 (monster F), kunnen de fracties die puur homozygoot zijn en de preliminaire geslachtsschatter EDj berekend worden als:
Omdat Eo! bij benadering 1 is, kan worden ingeschat dat monster F vrouwelijk is.
Dit kan verder worden begrepen als volgt. Gegeven twee kopieën van chromosoom X, REF-allel A en ALT-allel B, zijn er vier verschillende combinaties van die allelen mogelijk voor de moeder, die naar verwachting zullen verschijnen: AA, AB, BA, BB. Op basis van het geslacht van de foetus kunnen de combinaties hierboven verder worden opgedeeld door de aanwezigheid van foetaal DNA: 1. Mannelijke foetus (figuur 1, monster M): de DNA-inhoud op chromosoom X bestaat uit twee kopieën van de moeder en een enkele kopie van de foetus overgeërfd van de moeder in een hoeveelheid gelijk aan de helft van de foetale fractie. De volgende allelcombinaties kunnen worden onderscheiden: a. AAa, BBb: puur homozygoot. b. ABa, ABb, BAa, BAb: heterozygoot. 2. Vrouwelijke foetus (figuur 2, monster F): de DNA-inhoud op chromosoom X bestaat uit twee kopieën van de moeder en twee kopieën van de foetus, waarvan er één is overgeërfd van de moeder en een andere overgeërfd van de vader, met een hoeveelheid gelijk aan de foetale fractie. De volgende groepen kunnen worden onderscheiden: a. AAaa, BBbb: puur homozygoot. b. AAab, BBab: homozygote allelparen van matemale oorsprong en heterozygote allelparen van foetale oorsprong. c. ABaa, ABab, ABba, ABbb, BAaa, BAab, BAba, BAbb: heterozygote allelparen van matemale oorsprong.
Uit het bovenstaande volgt dat de verwachte eerste fractie van puur homozygote SNP’s op de X-chromosomen groter zou moeten zijn in geval van een mannelijke foetus dan in vergelijking met een vrouwelijke foetus. Voor een vrouwelijk foetus wordt verwacht dat deze eerste fractie identiek is aan de tweede fractie verkregen uit niet-geslachtschromosomen. Voor een mannelijke foetus wordt verwacht dat de eerste fractie groter is dan de tweede fractie.
De eerste preliminaire geslachtsschatter Εαι kan gestandaardiseerd worden als een eerste geslachtsschatter E j die naar verwachting 0 is voor een vrouwelijke foetus, en 1 voor een mannelijke foetus:
waarbij E & een voorspelde waarde is voor ED! in geval van een mannelijke foetus.
Deze voorspelde waarde En& kan verkregen worden door het populatie SNP heterozygositeitsniveau te schatten gebruikmakend van de fractie SNP’s die als heterozygoot geobserveerd wordt in het DNA van de moeder in het monster. De schatting kan als volgt gedaan worden. De volgende definities worden voorgesteld: - het totale aantal Dna& inlezingen op het minstens één referentiechromosoom, overeenstemmend met variantdatapunten die heterozygoot zijn in het maternale DNA. Voor de heterozygote variantdatapunten zijn er 8 mogelijkheden: ABaa, ABbb, ABab, ABba, BAaa, BAbb, BAab and BAba. .
De fractie heterozygote variantdatapunten voor het minstens één referentiechromosoom kan dan als volgt worden berekend:
Dit kan verder als volgt worden begrepen. Veronderstel dat, gemiddeld, het REF allel A gevonden kan worden in een fractie FA van alle voorvallen van een SNP en het ALT allel in een fractie Fa = 1 - Fn. Indien wordt veralgemeend dat elke SNP in de variantdatapunten dezelfde REF allel fractie FA deelt, kunnen verwachte niveaus van homozygositeit en heterozygositeit worden geschat. Het homozygositeitsniveau, of equivalent daaraan, het niveau van optreden van de combinaties AA, BB wordt geschat door:
Het heterozygositeitsniveau, of equivalent daaraan, het niveau van optreden van de combinaties AB, BA is
De combinaties AAa, BBb hebben hetzelfde niveau van optreden als de combinaties AA, BB.
Het optreden van de combinaties AAaa, BBbb is
Het optreden van de andere combinaties kan op gelijkaardige wijze worden geschat.
Uit het bovenstaande volgt dat een voorspelde waarde voor EH0 in geval van een mannelijke foetus kan worden ingeschat als:
De werkwijze schat de waarde Fn in op basis van het waargenomen heterozygositeitsniveau op het minstens één referentiechromosoom Fnng door het oplossen van de volgende tweede orde vergelijking en het nemen van de grootste wortel:
Indien geen reële wortel bestaat, wordt FD op 0.5 ingesteld.
Een eerste geslachtsclassificatie kan worden uitgevoerd op basis van En$, gebruikmakend van een vaste drempel "Π (< 0.5):
Voor monster M kan de eerste geslachtsschatter als volgt worden berekend. Eerst wordt Ddd&amp; bepaald:
(verdeeld onder 498 amplicons), en vervolgens wordt de fractie berekend:
Op basis van deze fractie kan de voorspelde waarde Ea&amp; worden berekend:
De eerste geslachtsschatter wordt dan:
Op basis van deze waarde, is een eerste classificatie van monster M mannelijk.
Voor monster F kan de eerste geslachtsschatter als volgt worden berekend. Eerst wordt Ddd&amp;· bepaald:
(verdeeld onder 436 amplicons), en vervolgens wordt de fractie berekend:
Op basis van deze fractie kan de voorspelde waarde E &amp; worden berekend:
De eerste geslachtsschatter wordt dan:
Op basis van deze waarde, is een eerste classificatie van monster F vrouwelijk.
Figuur 3 illustreert een eerste geslachtsschatter En$ (X-as) voor een batch monsters met verschillende foetale fracties (Y-as). De monsters (elk punt stelt een monster voor) aan de linkerzijde van de verticale lijn 301 stemmen overeen met een eerste schatter die een vrouwelijke foetus aangeeft, en de monsters aan de rechterzijde van de verticale lijn 301 stemmen overeen met een eerste schatter die een mannelijke foetus aangeeft.
Dekking Geslachtsschatter (tweede geslachtsschatter)
Een tweede geslachtsschatter wordt verkregen door het vergelijken van de dekking van het X-chromosoom met de dekking van een verzameling van ten minste één referentiechromosoom verschillend van de X- en Y-chromosomen. Deze verzameling kan dezelfde verzameling zijn als de verzameling gebruikt voor het bepalen van de eerste geslachtsschatter, of een verschillende verzameling.
De volgende parameters worden berekend op basis van de variantdatapunten van een monster i van een batch: - het totale aantal Dminlezingen over alle variantdatapunten op chromosoom X, dat wil zeggen het totale aantal gemeten allelaanwezigheden voor het eerste veelvoud aan genetische markeringen op het X-chromosoom; en - het totale aantal DQDinlezingen over alle variantdatapunten op het minstens één referentiechromosoom, dat wil zeggen het totale aantal gemeten allelaanwezigheden voor het tweede veelvoud aan genetische markeringen op het minstens één referentiechromosoom.
Vervolgens wordt een verhouding N» van de Dxi inlezingen en de inlezingen DRi berekend als volgt voor monster i:
De verhouding Nxi kan berekend worden voor alle monsters in een analysebatch, bijvoorbeeld alle monsters gesequentieerd gedurende een enkele uitvoering. Vervolgens kunnen de waarden NXi voor de monsters die “vrouwelijk” werden bepaald gebruikmakend van de eerste geslachtsclassificatie geselecteerd worden, en kunnen normaaldistributieparameters voor die waarden berekend worden, bijvoorbeeld een gemiddelde waarde μ en een standaardafwijking a
In het voorval dat het aantal monsters in de analysebatch die geclassificeerd werden als “vrouwelijk” te klein is om een betrouwbare schatting van de distributie te verkrijgen, kan deze verzameling worden vergroot door gebruik te maken van monsters geclassificeerd als “mannelijk”, gebruikmakend van een gecorrigeerde waarde:
waarbij FF de geschatte foetale fractie van het monster is. De foetale fractie kan worden geschat gebruikmakend van een uitvoeringsvorm van de werkwijze geopenbaard in octrooiaanvrage BE 2015/5460 ten name van de aanvraagster, die hierin wordt opgenomen middels verwijzing. Andere bestaande werkwijzen kunnen ook gebruikt worden om de foetale fractie te schatten.
Gebruikmakend van deze distributie, kan een z-score ZDDworden berekend voor alle monsters i in de analysebatch:
Voor elk monster, bepaal ZD Q de verwachte z-scorewaarde aannemend dat het monster “mannelijk” is. Deze waarde is gebaseerd op de geschatte foetale fractie van het monster:
Een tweede geslachtsschatter wordt berekend als:
Deze waarde is naar verwachting 0 voor een vrouwelijke foetus, en 1 voor een mannelijke foetus.
Voor monsters M en F kan de verhouding Nxi worden berekend gebruikmakend van de formules hierboven:
Vervolgens worden alle waarden NDDberekend voor alle monsters in de analysebatch. Figuur 4 toont de waarden NDDvoor alle monsters in functie van hun foetale fractie FF. De monsters geclassificeerd als vrouwelijk door de eerste geslachtsschatter E $ worden getoond in een contour 401 en de monsters preliminair geclassificeerd als mannelijk worden getoond in een contour 402.
De monsters geclassificeerd als vrouwelijk (dat wil zeggen de punten in contour 401) worden gebruikt om een normaaldistributie te bepalen. Dit zijn de monsters waarvoor En$ < Ti. Deze monsters kunnen gevonden worden aan de linkerzijde van de verticale scheidingslijn 301 in Figuur 3.
In het voorbeeld van Figuren 3 en 4, zijn er genoeg vrouwelijk monsters om de normaaldistributie nauwkeurig te schatten. Indien dit niet het geval zou zijn geweest, kunnen waarden N'□□gebruikt worden voor mannelijke monsters om de distributie te schatten. Voor monster M (met FF = 5.8%) zou dit betekenen:
Figuur 5 toont het effect van het normaliseren van waarden NDQtot N'DQvoor monsters geclassificeerd als mannelijk door de eerste geslachtsschatter.
Op basis van de waarden NDQ wordt de normaaldistributie berekend met: gemiddelde waarde μ= 0.12792346387904036, en standaardafwijking C =0.0011732807075874412.
Gebruikmakend van deze distributie wordt een z-score
voor monster M en Zqb = -0.14 voor monster F berekend. De z-score voor alle monsters in de analysebatch wordt getoond in Figuur 6.
De verwachte z-score waarde aannemend dat het monster “mannelijk” is voor de twee voorbeeldmonsters, is
. Gebruikmakend van beide z-scores is de tweede geslachtsschatting van monsters M en F:
De tweede geslachtsschatterwaarden voor alle monsters in de analysebatch worden getoond op de X-as van Figuur 7. Monsters geclassificeerd als vrouwelijk zijn getoond in een contour 701 en monsters geclassificeerd als mannelijk zijn getoond in een contour 702.
Gecombineerde geslachtsschatter
Zowel de eerste als de tweede geslachtsschatter kunnen worden gecombineerd tot een enkele gedeelde schatter.
In geval van een vrouwelijk foetus heeft het gecombineerde schatterpaar naar verwachting de volgende waarden:
In geval van een mannelijke foetus heeft het gecombineerde schatterpaar naar verwachting de volgende waarden:
Voor een specifiek monster kunnen de Euclidische afstanden tussen de waargenomen schatterwaardeparen en beide verwachte waardeparen worden berekend:
Hieruit wordt een enkele gecombineerde schatter berekend als
Deze waarde is naar verwachting -1 voor een mannelijke foetus en +1 voor een vrouwelijke foetus.
Gebruikmakend van de finale geslachtsschatter kan een finale schatting worden uitgevoerd als volgt, gebruikmakend van een vooraf bepaalde drempel □ (> G):
De geslachtsschatters resulteerden in waarden (1.07, 1.43) voor monster M en waarden (-0.10, 0.05) voor monster F. Figuur 8 toont de waarden van beide schatters voor alle monsters in de analysebatch. Monsters waarvan de schatterwaarden gecentreerd zijn rond (0, 0) zullen geclassificeerd worden als vrouwelijk en zijn getoond in een contour 801. Monsters waarvan de schatterwaarden gecentreerd zijn rond (1,1) zullen geclassificeerd worden als mannelijk en zijn getoond in een contour 802.
Ten slotte kan een gecombineerde schatterwaarde voor monsters M en F worden berekend:
Op basis van deze waarden en drempel T=0.3 wordt monster M geclassificeerd als mannelijk en monster F geclassificeerd als vrouwelijk. De waarde van ED voor alle monsters in de voorbeeldanalysebatch wordt getoond in Figuur 9. Monsters geclassificeerd als vrouwelijk worden getoond aan de linkerzijde van verticale lijn 901, en monsters geclassificeerd als mannelijk worden getoond aan de rechterzijde van verticale lijn 902. Alle monsterpunten tussen lijnen 901 en 902 (er waren geen dergelijke punten aanwezig in het huidige voorbeeld) zouden worden geclassificeerd als onbekend.
Figuur 10 illustreert een uitvoeringsvorm van een systeem van de uitvinding voor het inschatten van het geslacht van een foetus van een zwangere vrouw. Het systeem omvat een meettoestel 1001, een bepalingsmodule 1002, en een inschattingsmodule 1003. Het meettoestel 1001 is ingericht voor het meten van allelaanwezigheden (Dx) voor een eerste veelvoud aan genetische markeringen van het X-chromosoom en allelaanwezigheden (DR) voor een tweede veelvoud aan genetische markeringen van minstens één referentiechromosoom, verschillend van het X- en Y-chromosoom, in een monster van cel vrij DNA van een zwangere vrouw. De bepalingsmodule 1002 is ingericht voor het bepalen van een eerste fractie (Fx) van de gemeten allelaanwezigheden voor het eerste veelvoud dat geassocieerd is met puur homozygote genetische markeringen, en een tweede fractie (Fr) van de gemeten allelaanwezigheden voor het tweede veelvoud dat geassocieerd is met puur homozygote genetische markeringen. De inschattingsmodule 1003 is ingericht voor het inschatten van een geslacht van de foetus op basis van de eerste en tweede fractie. De inschatting kan gedaan worden volgens eender welke van de hierboven beschreven voorbeelduitvoeringsvormen.
Een vakman zou zonder meer erkennen dat stappen van verschillende hierboven beschreven werkwijzen kunnen worden uitgevoerd door geprogrammeerde computers. Hierbij is het de bedoeling dat sommige uitvoeringsvormen eveneens programmaopslagtoestellen afdekken, bijvoorbeeld, digitale opslagmedia, die machine- of computerleesbaar zijn en machine-uitvoerbare of computeruitvoerbare instructieprogramma’s encoderen, waarbij de instructies enkele of alle stappen van de hierboven beschreven werkwijzen uitvoeren. De programmaopslagtoestellen kunnen, bijvoorbeeld, digitale geheugens, magnetische opslagmedia zoals magnetische schijven en magnetische tapes, harde schijven, of optisch leesbare digitale dataopslagmedia zijn. Het is tevens de bedoeling dat de uitvoeringsvormen computers afdekken die geprogrammeerd zijn om de stappen van de hierboven beschreven werkwijzen uit te voeren.
De functies van de verschillende elementen getoond in de figuren, inclusief functionele blokken gelabeld als “modules”, kunnen worden voorzien door het gebruik van toegewijde hardware zowel als hardware in staat om software uit te voeren in overeenstemming met geschikte software. Indien voorzien door een processor, kunnen de functies worden voorzien door een enkele toegewijde processor, door een enkele gedeelde processor, of door een veelvoud aan individuele processoren, waarvan er enkele gedeeld zijn. Bovendien hoort expliciet gebruik van de term” module” niet te worden uitgelegd als exclusief verwijzen naar hardware in staat om software uit te voeren, en mag dit impliciet omvatten, zonder beperking, digitale signaal verwerkings- (DSV) hardware, netwerkprocessor, application specific integrated circuit (ASIC), field programmable gâte array (FPGA), read only memory (ROM) voor het opslaan van software, random access memory (RAM), en niet-volatiele opslag. Andere hardware, conventioneel en/of specifiek ontworpen, kan eveneens worden omvat.
Ofschoon de principes van de uitvinding hierboven zijn uiteengezet in verbinding met specifieke uitvoeringsvormen, moet men verstaan dat deze beschrijving slechts als voorbeeld is gedaan en niet als beperking van de beschermingsomvang die wordt bepaald door de bijgevoegde conclusies.

Claims (18)

  1. Conclusies
    1. Werkwijze voor het inschatten van een geslacht van een foetus van een zwangere vrouw, welke werkwijze omvat: - het meten van allelaanwezigheden (Dx) voor een eerste veelvoud aan genetische markeringen van het X-chromosoom en allelaanwezigheden (DR) voor een tweede veelvoud aan genetische markeringen van minstens één referentiechromosoom, verschillend van het X- en Y-chromosoom, in een monster van celvrij DNA van een zwangere vrouw; waarbij elke allelaanwezigheid de aanwezigheid op een genetische markering voorstelt van minstens één van: een referentieallel van maternale of foetale oorsprong, en een alternatief allel van matemale of foetale oorsprong; - op basis van de gemeten allelaanwezigheden voor het eerste veelvoud, het bepalen van een eerste fractie (Fx) daarvan die geassocieerd is met puur homozygote genetische markeringen; - op basis van de gemeten allelaanwezigheden voor het tweede veelvoud, het bepalen van een tweede fractie (FR) daarvan die geassocieerd is met puur homozygote genetische markeringen; en - het inschatten van een geslacht van de foetus op basis van de eerste en tweede fractie.
  2. 2. Werkwijze volgens conclusie 1, waarbij het bepalen van de eerste fractie omvat: - op basis van de gemeten allelaanwezigheden voor het eerste veelvoud aan genetische markeringen, het berekenen van een overeenstemmend aantal allelfrequenties voor het eerste veelvoud; - het als de eerste fractie bepalen van de fractie van de gemeten allelaanwezigheden waarvoor de allelfrequentie 0 of 1 is binnen een vooraf bepaalde foutmarge; en/of waarbij het bepalen van de tweede fractie omvat: - op basis van de gemeten allelaanwezigheden voor het tweede veelvoud aan genetische markeringen, het berekenen van een overeenstemmend aantal allelfrequenties voor het tweede veelvoud; - het als de tweede fractie bepalen van de fractie van de gemeten allelaanwezigheden waarvoor de allelfrequentie 0 of 1 is binnen een vooraf bepaalde foutmarge.
  3. 3. Werkwijze volgens conclusie 1 of 2, waarbij het inschatten omvat: het inschatten van een eerste geslachtsschatter gebruikmakend van een verhouding tussen de eerste fractie (Fx) en de tweede fractie (FR).
  4. 4. Werkwijze volgens één der voorgaande conclusies, waarbij het nieten en het bepalen uitgevoerd worden voor een batch die een veelvoud aan monsters omvat; waarbij voor elk monster van de batch de eerste en tweede fractie worden berekend; en waarbij het inschatten van het geslacht bovendien gebaseerd is op de eerste en tweede fractie van elk monster.
  5. 5. Werkwijze volgens conclusie 4, waarbij het inschatten van een geslacht omvat: het bepalen van een eerste geslachtsschatter (Em) voor elk monster op basis van de eerste en tweede fractie voor het monster; voor elk monster waarvoor de eerste geslachtsschatter aangeeft dat het geslacht van de foetus vrouwelijk is, het bepalen van een verhouding (NM) tussen de gemeten allelaanwezigheden van het eerste veelvoud en de gemeten allelaanwezigheden van het tweede veelvoud aan genetische markeringen, en het bepalen van statistische distributieparameters van het veelvoud aan verhoudingen voor de monsters geassocieerd met een eerste geslachtsschatter die aangeeft dat de foetus vrouwelijk is; het gebruikmaken van de statistische distributie om een tweede geslachtsschatter te bepalen.
  6. 6. Werkwijze volgens conclusie 5, waarbij het inschatten van een geslacht bovendien omvat: het bepalen van een gecombineerde geslachtsschatter gebruikmakend van de eerste en tweede geslachtsschatter.
  7. 7. Werkwijze volgens één der voorgaande conclusies, waarbij het inschatten van een geslacht het berekenen omvat van een eerste geslachtsschatter Ea$ die naar verwachting ongeveer 0 is voor een vrouwelijke foetus, en ongeveer 1 voor een mannelijke foetus, als volgt:
    met
    met Fx de eerste fractie; met Fr de tweede fractie; en met En&amp; een voorspelde waarde voor En] in geval van een mannelijke foetus.
  8. 8. Werkwijze volgens conclusie 7, waarbij het inschatten van een geslacht het berekenen omvat van een tweede geslachtsschatter En* voor het monster als
    waarbij Z, een z-score is berekend voor het monster i in een analysebatch als:
    waarbij ZD Deen verwachte z-scorewaarde is onder de aanname dat het monster i “mannelijk” is:
    waarbij FF een berekende foetale fractie van monster i is, waarbij //een gemiddelde waarde en Ceen standaardafwijking is, berekend voor waarden Nxi voor een veelvoud aan monsters van een batch die als “vrouwelijk” zijn bepaald gebruikmakend van de eerste geslachtsschatter, waarbij Nxi een verhouding is tussen gemeten allelaanwezigheden van een eerste veelvoud aan genetische markeringen van het X-chromosoom en gemeten allelaanwezigheden van een tweede veelvoud aan genetische markeringen van een referentiechromosoom, voor een monster i.
  9. 9. Werkwijze volgens één der voorgaande conclusies, waarbij het monster maternaal bloed, plasma, urine, cerebrospinale vloeistof, serum, saliva of transcervicale spoelingsvloeistof is.
  10. 10. Werkwijze volgens één der voorgaande conclusies, waarbij het meten ten minste één van de volgende omvat: polymerase kettingreactie (polymerase chain reaction, PCR), ligase kettingreactie, nucleïnezuur-sequentiegebaseerde amplificatie (nucleic acid sequence based amplification, NASBA), en vertakte DNA-werkwijzen; en bij voorkeur PCR.
  11. 11. Systeem voor het inschatten van een geslacht van een foetus van een zwangere vrouw, welk systeem omvat: - een meettoestel ingericht voor het meten van allelaanwezigheden (Dx) voor een eerste veelvoud aan genetische markeringen van het X-chromosoom en allelaanwezigheden (DR) voor een tweede veelvoud aan genetische markeringen van minstens één referentiechromosoom, verschillend van het X- en Y-chromosoom, in een monster van celvrij DNA van een zwangere vrouw; waarbij elke allelaanwezigheid de aanwezigheid voorstelt op een genetische markering van minstens één van: een referentieallel van maternale of foetale oorsprong, en een alternatief allel van matemale of foetale oorsprong; - een bepalingsmodule ingericht voor het bepalen van een eerste fractie (Fx) van de gemeten allelaanwezigheden voor het eerste veelvoud dat geassocieerd is met puur homozygote genetische markeringen, en een tweede fractie (FR) van de gemeten allelaanwezigheden voor het tweede veelvoud dat geassocieerd is met puur homozygote genetische markeringen; - een inschattingsmodule ingericht voor het inschatten van een geslacht van de foetus op basis van de eerste en tweede fractie.
  12. 12. Systeem volgens conclusie 11, waarbij de bepalingsmodule is ingericht voor: - op basis van de gemeten allelaanwezigheden voor het eerste veelvoud aan genetische markeringen, het berekenen van een overeenstemmend aantal allelfrequenties voor het eerste veelvoud; - het als de eerste fractie bepalen van de fractie van de gemeten allelaanwezigheden waarvoor de allelfrequentie 0 of 1 is binnen een vooraf bepaalde foutmarge; en/ofivoor: - op basis van de gemeten allelaanwezigheden voor het tweede veelvoud aan genetische markeringen, het berekenen van een overeenstemmend aantal allelfrequenties voor het tweede veelvoud; - het als de tweede fractie bepalen van de fractie van de gemeten allelaanwezigheden waarvoor de allelfrequentie 0 of 1 is binnen een vooraf bepaalde foutmarge.
  13. 13. Systeem volgens conclusie 11 of 12, waarbij de inschattingsmodule is ingericht voor: het inschatten van een eerste geslachtsschatter gebruikmakend van een verhouding tussen de eerste fractie (Fx) en de tweede fractie (FR).
  14. 14. Systeem volgens één der conclusies 11-13, waarbij het meettoestel en bepalingsmodule zijn ingericht om het meten en bepalen uit te voeren voor een batch die een veelvoud aan monsters omvat; waarbij voor elk monster van de batch de eerste en tweede fractie worden berekend; en waarbij de inschattingsmodule bovendien is ingericht voor het inschatten van het geslacht op basis van de eerste en tweede fractie van elk monster.
  15. 15. Systeem volgens conclusie 14, waarbij de inschattingsmodule is ingericht voor het inschatten van een geslacht door: het bepalen van een eerste geslachtsschatter (EH1) voor elk monster op basis van de eerste en tweede fractie voor het monster; voor elk monster waarvoor de eerste geslachtsschatter aangeeft dat het geslacht van de foetus vrouwelijk is, het bepalen van een verhouding (NX|) tussen de gemeten allelaanwezigheden van het eerste veelvoud en de gemeten allelaanwezigheden van het tweede veelvoud aan genetische markeringen, en het bepalen van statistische distributieparameters van het veelvoud aan verhoudingen voor de monsters geassocieerd met een eerste geslachtsschatter die aangeeft dat de foetus vrouwelijk is; het gebruikmaken van de statistische distributie om een tweede geslachtsschatter te bepalen.
  16. 16. Systeem volgens één der conclusies 11-15, waarbij het meettoestel is ingericht voor het meten door gebruik te maken van ten minste één van de volgende: polymerase kettingreactie (polymerase chain reaction, PCR), ligase kettingreactie, nucleïnezuur-sequentiegebaseerde amplificatie (nucleic acid sequence based amplification, NASBA), en vertakte DNA-werkwijzen; en bij voorkeur PCR.
  17. 17. Computerprogramma omvattende computeruitvoerbare instructies om, wanneer het programma wordt uitgevoerd op een computer, ten minste de stap van het inschatten van het geslacht van de werkwijze volgens één der conclusies 1-10 uit te voeren.
  18. 18. Digitaal dataopslagmedium dat een machine-uitvoerbaar programma van instructies encodeert, om ten minste de stap van het inschatten van het geslacht van de werkwijze volgens één der conclusies 1-10 uit te voeren.
BE2015/5464A 2015-07-17 2015-07-17 Werkwijze en systeem voor geslachtsinschatting van een foetus van een zwangere vrouw BE1022789B1 (nl)

Priority Applications (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
BE2015/5464A BE1022789B1 (nl) 2015-07-17 2015-07-17 Werkwijze en systeem voor geslachtsinschatting van een foetus van een zwangere vrouw
EP16738770.3A EP3326094B1 (en) 2015-07-17 2016-07-13 Method and system for estimating a gender of a foetus of a pregnant female
US15/737,093 US11155854B2 (en) 2015-07-17 2016-07-13 Method and system for estimating a gender of a foetus of a pregnant female
ES16738770T ES2764501T3 (es) 2015-07-17 2016-07-13 Método y sistema para estimar el género del feto de una hembra embarazada
PCT/EP2016/066653 WO2017012954A1 (en) 2015-07-17 2016-07-13 Method and system for estimating a gender of a foetus of a pregnant female

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
BE2015/5464A BE1022789B1 (nl) 2015-07-17 2015-07-17 Werkwijze en systeem voor geslachtsinschatting van een foetus van een zwangere vrouw

Publications (1)

Publication Number Publication Date
BE1022789B1 true BE1022789B1 (nl) 2016-09-06

Family

ID=54292998

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
BE2015/5464A BE1022789B1 (nl) 2015-07-17 2015-07-17 Werkwijze en systeem voor geslachtsinschatting van een foetus van een zwangere vrouw

Country Status (5)

Country Link
US (1) US11155854B2 (nl)
EP (1) EP3326094B1 (nl)
BE (1) BE1022789B1 (nl)
ES (1) ES2764501T3 (nl)
WO (1) WO2017012954A1 (nl)

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN116172535B (zh) * 2023-03-08 2026-02-10 抖音视界有限公司 胎心检测方法、装置、电子设备以及存储介质

Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2011091063A1 (en) * 2010-01-19 2011-07-28 Verinata Health, Inc. Partition defined detection methods
WO2013057568A1 (en) * 2011-10-18 2013-04-25 Multiplicom Nv Fetal chromosomal aneuploidy diagnosis
US20130275103A1 (en) * 2011-01-25 2013-10-17 Ariosa Diagnostics, Inc. Statistical analysis for non-invasive sex chromosome aneuploidy determination
WO2014033455A1 (en) * 2012-08-30 2014-03-06 Zoragen Biotechnologies Llp Method of detecting chromosomal abnormalities
US20140099642A1 (en) * 2011-06-29 2014-04-10 Bgi Shenzhen Co., Limited Noninvasive detection of fetal genetic abnormality
WO2015035555A1 (zh) * 2013-09-10 2015-03-19 深圳华大基因科技有限公司 用于确定胎儿是否存在性染色体数目异常的方法、系统和计算机可读介质

Patent Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2011091063A1 (en) * 2010-01-19 2011-07-28 Verinata Health, Inc. Partition defined detection methods
US20130275103A1 (en) * 2011-01-25 2013-10-17 Ariosa Diagnostics, Inc. Statistical analysis for non-invasive sex chromosome aneuploidy determination
US20140099642A1 (en) * 2011-06-29 2014-04-10 Bgi Shenzhen Co., Limited Noninvasive detection of fetal genetic abnormality
WO2013057568A1 (en) * 2011-10-18 2013-04-25 Multiplicom Nv Fetal chromosomal aneuploidy diagnosis
WO2014033455A1 (en) * 2012-08-30 2014-03-06 Zoragen Biotechnologies Llp Method of detecting chromosomal abnormalities
WO2015035555A1 (zh) * 2013-09-10 2015-03-19 深圳华大基因科技有限公司 用于确定胎儿是否存在性染色体数目异常的方法、系统和计算机可读介质

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
DONAGHUE C ET AL: "DEVELOPMENT AND TARGETED APPLICATION OF A RAPID QF-PCR TEST FOR SEX CHROMOSOME IMBALANCE", PRENATAL DIAGNOSIS, CHICHESTER, SUSSEX, GB, vol. 23, no. 3, 3 February 2003 (2003-02-03), pages 201 - 210, XP009019715, ISSN: 0197-3851, DOI: 10.1002/PD.569 *
M HILL ET AL: "Non-invasive prenatal determination of fetal sex: translating research into clinical practice", CLINICAL GENETICS, vol. 80, no. 1, 15 July 2011 (2011-07-15), DK, pages 68 - 75, XP055255534, ISSN: 0009-9163, DOI: 10.1111/j.1399-0004.2010.01533.x *
WARUNEE TUNGWIWAT ET AL: "Non-invasive fetal sex determination using a conventional nested PCR analysis of fetal DNA in maternal plasma", CLINICA CHIMICA ACTA, ELSEVIER BV, AMSTERDAM, NL, vol. 334, no. 1-2, 1 August 2003 (2003-08-01), pages 173 - 177, XP002638658, ISSN: 0009-8981, [retrieved on 20030621], DOI: 10.1016/S0009-8981(03)00224-9 *

Also Published As

Publication number Publication date
ES2764501T3 (es) 2020-06-03
EP3326094B1 (en) 2019-12-18
US20180171390A1 (en) 2018-06-21
US11155854B2 (en) 2021-10-26
EP3326094A1 (en) 2018-05-30
WO2017012954A1 (en) 2017-01-26

Similar Documents

Publication Publication Date Title
McRae et al. Identification of 55,000 replicated DNA methylation QTL
US11217330B2 (en) Size-based analysis of fetal DNA fraction in plasma
Zhang et al. Comprehensive one-step molecular analyses of mitochondrial genome by massively parallel sequencing
KR102082025B1 (ko) 대량 동시 rna 서열분석에 의한 모체 혈장 전사물 분석
Yoo et al. Noninvasive prenatal diagnosis of duchenne muscular dystrophy: comprehensive genetic diagnosis in carrier, proband, and fetus
US20210301343A1 (en) Method and system for estimating whether a female is pregnant based on a blood sample
Carvalho et al. Quantifying uncertainty in genotype calls
TWI767888B (zh) 藉由母體血漿ｄｎａ之淺深度測序以準確定量胎兒ｄｎａ含量
Bruno et al. Use of copy number deletion polymorphisms to assess DNA chimerism
Brewer et al. The value of parental testing by next-generation sequencing includes the detection of germline mosaicism
Teder et al. Computational framework for targeted high-coverage sequencing based NIPT
Reynès et al. ISoLDE: a data-driven statistical method for the inference of allelic imbalance in datasets with reciprocal crosses
BE1022789B1 (nl) Werkwijze en systeem voor geslachtsinschatting van een foetus van een zwangere vrouw
Kim et al. Cost-effective and accurate method of measuring fetal fraction using SNP imputation
Im et al. Genome-wide haplotype association analysis of primary biliary cholangitis risk in Japanese
Paul et al. Comparison of bioinformatics approaches for fetal microdeletions and monogenic variations estimation in non-invasive prenatal testing
BE1023274B1 (nl) Schattingsmethode en systeem voor het schatten van een foetale fractie
Engel et al. Quantifying immune cell telomere content at single-cell resolution in context of PD-1 checkpoint immunotherapy
Liu et al. seGMM: a new tool to infer sex from massively parallel sequencing data

Legal Events

Date Code Title Description
PD Change of ownership

Owner name: AGILENT TECHNOLOGIES, INC.; US

Free format text: DETAILS ASSIGNMENT: CHANGE OF OWNER(S), ASSIGNMENT

Effective date: 20210315