NL2036501B1 - Method for sequencing nucleic acid molecules and related methods. - Google Patents
Method for sequencing nucleic acid molecules and related methods. Download PDFInfo
- Publication number
- NL2036501B1 NL2036501B1 NL2036501A NL2036501A NL2036501B1 NL 2036501 B1 NL2036501 B1 NL 2036501B1 NL 2036501 A NL2036501 A NL 2036501A NL 2036501 A NL2036501 A NL 2036501A NL 2036501 B1 NL2036501 B1 NL 2036501B1
- Authority
- NL
- Netherlands
- Prior art keywords
- dna
- stranded dna
- molecules
- sample
- sequencing
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Claims (15)
1. Een methode voor het sequencen van nucleïnezuurmoleculen, omvattende: - het verstrekken van een monster een verscheidenheid van lineaire DNA-moleculen omvat; - het in contact brengen van dit monster met een terminaal deoxynucleotidyl transferase (TdT) en een mengsel van twee of meer verschillende nucleotiden onder omstandigheden waarin nucleotiden in het mengsel sequentieel en willekeurig worden toegevoegd aan de 3'-uiteinden van de lineaire DNA-moleculen door de TdT, en het denatureren van, indien aanwezig, dubbelstrengs DNA in het monster, waardoor lineaire enkelstrengs DNA-moleculen met sequentie-identifiers aan hun 3'-uiteinden worden gegenereerd; - het in contact brengen van de lineaire enkelstrengs DNA- moleculen met de sequentie-identifiers met een enkelstrengs DNA-ligase onder omstandigheden waarin de wteinden van de lineaire enkelstrengs DNA-moleculen met de sequentie-identifiers worden zelfgeligeerd, waardoor een verscheidenheid van circulaire enkelstrengs DNA-moleculen wordt gegenereerd, elk bestaande uit een DNA-molecuul en een sequentie- identifier; - het in contact brengen van de verscheidenheid van circulaire enkelstrengs DNA-moleculen met een polymerase met strengverplaatsingsactiviteit en een primer, en het uitvoeren van een rolling circle amplificatie (RCA) onder omstandigheden waarin een verscheidenheid van amplificatieproducten wordt geproduceerd, elk bestaande uit een of meer kopieën van een ander circulair enkelstrengs DNA-molecuul uit de verscheidenheid van circulaire enkelstrengs DNA-moleculen; - het sequencen van de verscheidenheid van amplificatieproducten, waardoor een verscheidenheid aan sequenties van de amplificatieproducten wordt gegenereerd; en - het identificeren van een of meer sequenties van een enkelstrengs DNA-molecuul in het monster met behulp van een sequentie-identifier.
2. De methode volgens claim 1, verder omvattende het uitlijnen van respectievelijke sequenties van een enkelstrengs DNA-molecuul met behulp van de sequentie-identifier.
3. De methode volgens claim 1 of claim 2, waarbij het verstrekte DNA-monster een verscheidenheid van lineaire enkelstrengs DNA- moleculen en een verscheidenheid van circulaire enkelstrengs DNA- moleculen omvat.
4. De methode volgens een van de claims 1-3, waarbij de sequentie- identifiers unieke sequentie-identifiers zijn.
5. De methode volgens een van de claims 1-4, omvattende het in contact brengen van een monster dat een verscheidenheid van lineaire RNA-moleculen omvat met een reverse transcriptase onder omstandigheden waarin RNA-moleculen worden gekopieerd in cDNA-moleculen, waardoor het monster wordt geproduceerd dat een verscheidenheid van lineaire enkelstrengs DNA-moleculen omvat.
6. De methode volgens een van de claims 1-4, waarbij het monster circulerend vrij DNA (efDNA) omvat.
7. De methode volgens een van de claims 1-6, waarbij het sequencen wordt uitgevoerd met behulp van een short read methode, bij voorkeur een next-generation sequencing-methode waarbij massaal parallel sequencen is betrokken, bij voorkeur met behulp van het Illumina Sequencing Platform.
8. De methode volgens een van de claims 1-7, waarbij de twee of meer verschillende nucleotiden drie of meer, bij voorkeur vier, verschillende nucleotiden zijn.
9. De methode volgens een van de claims 1-8, waarbij het enkelstrengs DNA-ligase een CircLigase'™ is.
10. De methode volgens een van de claims 1-9, waarbij het polymerase met strengverplaatsingsactiviteit een DNA-polymerase met hoge processiviteit 1s.
11. De methode volgens claim een van de claims 1-10, waarbij het polymerase 1s geselecteerd uit de groep bestaande uit Phi29 DNA Polymerase, Bst DNA Polymerase, en Vent (exo-) DNA Polymerase.
12. De methode volgens claim 11, waarbij het Phi29 DNA Polymerase EquiPhi29™ DNA-polymerase is.
13. De methode volgens een van de claims 1-12, waarbij de primer voor de RCA een specifieke primer is.
14. Een kit voor het sequencen van een verscheidenheid van DNA- moleculen, waarbij de kit een TdT, een enkelstrengs DNA-ligase, een polymerase met strengverplaatsingsactiviteit en ten minste twee nucleotiden omvat.
15. De kit volgens claim 14, waarbij het ligase een CircLigaseTM is, en het polymerase met strengverplaatsingsactiviteit een Phi29 Polymerase is.
Priority Applications (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| NL2036501A NL2036501B1 (en) | 2023-12-12 | 2023-12-12 | Method for sequencing nucleic acid molecules and related methods. |
| PCT/NL2024/050664 WO2025127927A1 (en) | 2023-12-12 | 2024-12-12 | Method for sequencing nucleic acid molecules and related methods |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| NL2036501A NL2036501B1 (en) | 2023-12-12 | 2023-12-12 | Method for sequencing nucleic acid molecules and related methods. |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| NL2036501B1 true NL2036501B1 (en) | 2025-06-20 |
Family
ID=89898189
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| NL2036501A NL2036501B1 (en) | 2023-12-12 | 2023-12-12 | Method for sequencing nucleic acid molecules and related methods. |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| NL (1) | NL2036501B1 (nl) |
Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2016053638A1 (en) * | 2014-09-30 | 2016-04-07 | Ge Healthcare Bio-Sciences Corp. | Method for nucleic acid analysis directly from an unpurified biological sample |
| WO2018035170A1 (en) * | 2016-08-15 | 2018-02-22 | Accuragen Holdings Limited | Compositions and methods for detecting rare sequence variants |
| EP3798318A1 (en) * | 2019-09-30 | 2021-03-31 | Diagenode S.A. | A high throughput sequencing method and kit |
-
2023
- 2023-12-12 NL NL2036501A patent/NL2036501B1/en active
Patent Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2016053638A1 (en) * | 2014-09-30 | 2016-04-07 | Ge Healthcare Bio-Sciences Corp. | Method for nucleic acid analysis directly from an unpurified biological sample |
| WO2018035170A1 (en) * | 2016-08-15 | 2018-02-22 | Accuragen Holdings Limited | Compositions and methods for detecting rare sequence variants |
| EP3798318A1 (en) * | 2019-09-30 | 2021-03-31 | Diagenode S.A. | A high throughput sequencing method and kit |
Non-Patent Citations (4)
| Title |
|---|
| BLANCO ET AL., J. BIOL. CHEM., vol. 264, no. 15, 1999, pages 8935 - 40 |
| GOODWIN ET AL., NATURE REVIEWS I GENETICS, vol. 17, 2016, pages 333 - 351 |
| KELMAN ET AL., STRUCTURE, vol. 6, 1998, pages 121 - 125 |
| MOHSENKOOL, ACC CHEM RES, vol. 49, no. 11, 24 October 2016 (2016-10-24), pages 2540 - 2550 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US11214798B2 (en) | Methods and compositions for rapid nucleic acid library preparation | |
| EP3475449B1 (en) | Uses of a cell-free nucleic acid standards | |
| US20200063213A1 (en) | Methods of Amplifying DNA to Maintain Methylation Status | |
| JP2020521486A (ja) | シングルセルトランスクリプトームの増幅法 | |
| CN117778531A (zh) | 分子库制备方法以及其组合物和用途 | |
| US20220333186A1 (en) | Method and system for targeted nucleic acid sequencing | |
| WO2016181128A1 (en) | Methods, compositions, and kits for preparing sequencing library | |
| CN110295231A (zh) | 通过选择性等位基因富集或消耗用低深度测序检测和定量稀有变体 | |
| CN113039285B (zh) | 用于纳米孔测序的液体样品工作流程 | |
| US20170175182A1 (en) | Transposase-mediated barcoding of fragmented dna | |
| US20240301466A1 (en) | Efficient duplex sequencing using high fidelity next generation sequencing reads | |
| JP2023507876A (ja) | 哺乳類ｄｎａのメチル化の検出及び分析 | |
| NL2036501B1 (en) | Method for sequencing nucleic acid molecules and related methods. | |
| US11174511B2 (en) | Methods and compositions for selecting and amplifying DNA targets in a single reaction mixture | |
| KR20230124636A (ko) | 멀티플렉스 반응에서 표적 서열의 고 감응성 검출을위한 조성물 및 방법 | |
| JP2022546485A (ja) | 腫瘍高精度アッセイのための組成物および方法 | |
| US12037640B2 (en) | Sequencing an insert and an identifier without denaturation | |
| WO2025127927A1 (en) | Method for sequencing nucleic acid molecules and related methods | |
| WO2024218469A1 (en) | T cell receptor sequencing | |
| US20250109446A1 (en) | Compositions and methods for oncology assays | |
| HK40001895A (en) | Uses of a cell-free nucleic acid standards | |
| HK40001895B (en) | Uses of a cell-free nucleic acid standards | |
| HK40004109A (en) | Method of improved sequencing by strand identification | |
| HK40004109B (en) | Method of improved sequencing by strand identification |