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MXPA02009271A - Proteina que se une al ligando glucoproteina p-selectina (psgl-1) novedosa, y usos de esta. - Google Patents

Proteina que se une al ligando glucoproteina p-selectina (psgl-1) novedosa, y usos de esta.

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MXPA02009271A
MXPA02009271A MXPA02009271A MXPA02009271A MXPA02009271A MX PA02009271 A MXPA02009271 A MX PA02009271A MX PA02009271 A MXPA02009271 A MX PA02009271A MX PA02009271 A MXPA02009271 A MX PA02009271A MX PA02009271 A MXPA02009271 A MX PA02009271A
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MX
Mexico
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slic
nucleic acid
polypeptide
protein
acid molecule
Prior art date
Application number
MXPA02009271A
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Inventor
Meike Lorenz
Original Assignee
Genetics Inst
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Publication date
Application filed by Genetics Inst filed Critical Genetics Inst
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Abstract

La invencion proporciona moleculas de acidos nucleicos, aisladas, denominadas moleculas acidos nucleicos SLIC-1 que codifican moleculas que se unen al ligando glucoproteina p-selectina (PSGL-1) novedosas. La invencion tambien proporciona moleculas de acidos nucleicos anti-sentido, vectores de expresion recombinantes que contienen las moleculas acidos nucleicos SLIC-1, celulas hospedadoras en las que se han introducido los vectores de expresion, y animales transgenicos no humanos en los que se ha introducido o hay disrupcion del gen SLIC-1. La invencion aun mas proporciona proteinas SLIC-1 aisladas, proteinas de fusion, peptidos antigenicos y anticuerpos anti-SLIC-l. Tambien se proporcionan los metodos de diagnostico que utilizan las composiciones de la invencion.

Description

PROTEINA QUE SE UNE AL LIGANDO GLUCOPROTEINA P-SELECTINA (PSGL-1) NOVEDOSA, Y USOS DE ÉSTA Antecedentes de la Invención Un proceso de multietapas que involucra eventos adhesivos y de señalización regula las respuestas inflamatorias a la infección o daño a los tejidos. Durante la inflamación los leucocitos se adhieren al endotelio vascular e ingresan al tejido subendotelial, una interacción que se media con la unión especifica de la selectina o de la clase LEC-CAM de las proteínas a los ligandos en las células objetivo (Lowe, JB et al . 1997 J. Clin . Invest . 99:822-826). Tal adhesión celular mediada por la selectina también ocurre enO los desórdenes trombóticos y las enfermedades por parásitos y puede estar implicada en la dispersión metastática de las células de tumores (Lowe, JB et al . 1997 J. Clin . Invest . 99:822-826). Las proteínas selectinas se caracterizan por un dominio similar a la lectina N-terminal, un dominio similar al factor de crecimiento epidérmico, y regiones de homología para complementar la unión de las proteínas (Bevilacqua, MP et al . 1993 J. Clin . Invest . 91:379-387). Hasta ahora tres proteínas humanas se han identificado, E-selectina (antiguamente ELAM-1), L-selectina (antiguamente LAM-1) y P-selectina (antiguamente PADGEM o GMP-140) . La E-selectina se induce en las células endoteliales varias horas después de la activación por las citocinas, que median la interacción dependiente del calcio entre los neutrófilos y el endotelio. La L-selectina es el receptor que aloja los linfocitos, y la P-selectina que rápidamente aparece en la superficie de la células de las plaquetas cuando éstas se activan, que median la adhesión dependiente del calcio de los neutrófilos o los monocitos a las plaquetas. La P-selectina también se encuentra en los cuerpos Weibel-Palade de las células endoteliales; luego de su liberación de estas ampollas la P-selectina media la unión temprana de los neutrófilos al endotelio estimulado por la trombina o la histamina. Se cree que las selectinas median la adhesión a través de las interacciones especificas con los ligandos presentes en la superficie de las células objetivo (Varki. A. J. 1997 J. Clin . Invest . 99:158-162). Generalmente los ligandos de las selectinas comprenden al menos en parte un radical de carbohidrato (por ejemplo, sialilo Lewisx o sialilo Lewisa, heparan sulfato) y cada selectína parece unirse a un rango de carbohidratos con afinidades variadas. La fuerza del evento adhesivo mediado por la selectina (afinidad de unión) también depende de la densidad del carbohidrato y de la densidad de la selectina en la superficie de la célula. Por ejemplo, la P-selectina se une a los carbohidratos que contienen la forma no sialada del grupo antígeno de la sangre de Lewisx y con más alta afinidad al sialilo de Lewisx. La P-selectina también puede reconocer las sulfatidas, que son galactosil ceramidas 3-sulfatadas heterogéneas, aisladas de las células mieloides y de las células de tumores por la extracción con lípidos. Además, la glucoproteína PSGL-1 actúa como un ligando para la P-selectina en las células endoteliales humanas y las plaquetas (Patente Norteamericana No. 5,827,817). El enlace inicial de los leucocitos a las plaquetas activadas o a las plaquetas activadas es en parte mediado por PSGL-1 / CD162. La PSGL-1 es una glucoproteína similar a la mucina, expresada en la superficie de la mayoría de las células de origen hematopoietico, que funciona como una molécula de adhesión celular. Ésta normalmente existe como un homodímero ligado al disulfuro con un peso molecular aparente de aproximadamente 240 kD. La PSGL-1 es un ligando de una alta afinidad única para la P-selectina y es uno de los diferentes ligandos de más baja afinidad conocidos para las E-selectina y la L-selectina. La PSGL-1 tiene una dominio extracelular rico en serinas, teroninas, y prolinas, y que incluye 15 repeticiones decaméricas, así como también sitios putativos para la sulfación de la tirosina (McEver, RP et al 1997 J. Clin . Invest . 100:485-491). La unión de la PSGL-1 a la P-selectina requiere que la PSGL-1 se modifique con un ácido siálico alfa 2,3-enlazado y fusosa alfa 1, 3-enlazada. Además, la PSGL-1 contiene un solo residuo de la cisteina extracelular localizado en la junción del dominio de las transmembranas, seguido por el dominio citoplásmico que contiene sitios de fosforilación putativos en residuos de la tirosina, treonina y serina. La comparación de las proteínas PSGL-1 humanas y murina indica que el dominio de la transmembranas y el dominio citoplásmico se conservan altamente, implicando una función importante para estos dominios. Diferentes reportes proveen evidencia que la ligación de la PSGL-1 en la superficie de los diferentes tipos de células, por una variedad de agentes, resulta en un evento de señalamiento intracelular, incluyendo la fosforilación de las múltiples proteínas intracelulares. Además, la unión de la P-selectina a la PSGL-1 puede generar señales que se integran con señales de otros mediadores para evocar una respuesta del ejecutor o efector. Por ejemplo, la exposición de los monocitos humanos in vi tro a la P-selectina inmovilizada se ha reportado que incrementa su respuesta a la quimiocina RANTES (Hidari, KJ-P et al 1997 J. Biol . . Chem . 272:28750-28756) . En los leucocitos polimorfonucleares (PMNs), la PSGL-1 media los eventos de señalización que incluye la activación de las cinasas MAP y la Ras GTPase, la secreción de la Interleucina-8 (IL-8), y la fosforilación rápida de la tirosina de una proteína de peso de HOkD también asociada con la activación del ß-2integrina CDllb/CD18 (Evangelista, V et al . , 1999 Blood 93:876-885; Hidari, KIP et al . 1997 J. Biol . . Chem . 272:28750-28756) . Además, la adhesión de los T linfocitos a la P-selectina se ha reportado que induce a la fosforilación de la tirosina de diferentes proteínas intracelulares incluyendo a la cinasa de adhesión focal, ppl25FAK (McEver, RP et al . 1997 J. Clin . Invest . 100:485-491). Se ha reportado un paciente que tienen una variante del síndrome tipo 1 (variante LAD-1) de deficiencia de adhesión de los leucocitos, el cual causa defectos en la adhesión de los leucocitos mediada por las integrinas Bl y B2. Los neutrófilos de este paciente tienen un incremento del 77% en la expresión de la superficie de PSGL-1. El mecanismo y la base genética de esta anormalidad individual aún no se han caracterizado (Harris, E. S. Et al . (2001) Blood 97:767-776) . Además, luego de la activación de los leucocitos, la PSGL-1 puede redistribuirse a los urópodos de las células polarizadas, y de esta manera interactuar con los elementos citoesqueléticos durante la redistribución celular (McEver, RP et al . 1997 J. Clin . Invest . 100:485-491). La adherencia de las células progenitoras hematopoieticas (HPCs) que soportan a la PSGL-1 en su superficie también se ha reportado que inhiben el crecimiento de las células e inducen apoptosis bajo ciertas condiciones . Hasta la fecha, sin embargo, no hay identificación de la molécula (s) próximas que interactúan con el dominio citoplásmico de la PSGL-1 y que potencialmente median la transducción subsiguiente de la señal intracelular a la ligación extracelular de la PSGL-1 y/o la asociación citoesquelética de la PSGL-1. Breve Descripción de la Invención La presente invención se basa, al menos en parte, en el descubrimiento de los miembros novedosos de la familia SLIC-1 (para Selectin Ligand Interactor Cytoplasmic) de las moléculas, referida aquí como moléculas de ácidos nucleicos SLIC-1 y moléculas de proteínas SLIC-1. Las moléculas de SLIC-1 de la presente invención son útiles como objetivos para el desarrollo de agente de modulación para regular una variedad de procesos celulares. Consecuentemente, en un aspecto, esta invención provee moléculas de ácidos nucleicos aisladas que codifican las proteínas SLIC-1 o porciones biológicamente activas de éstas, así como también fragmentos de ácidos nucleicos adecuados como cebadores o sondas de hibridización para la detección de los ácidos nucleicos que codifican la SLIC-1.
En una modalidad, una molécula del ácido nucleico de SLIC-1 de la invención está al menos 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, " 99% o más idéntica a la secuencia del nucleótido (por ejemplo, en la longitud completa de la secuencia del nucleótido) mostrada en SEQ ID NO:l o la secuencia de nucleótido del inserto _ de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso un complemento de la misma. En una modalidad preferida, la molécula de ácido nucleico aislada incluye la secuencia del nucleótido mostrada en SEQ ID NO:l, o un complemento de la misma. En otra modalidad preferida, la molécula de ácido nucleico consiste de la secuencia de nucleótido mostrada en SEQ ID NO:l. En otra modalidad preferida, la molécula de ácido nucleico incluye un fragmento de al menos 50, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, o 900 nucleótidos (por ejemplo, nucleótidos continuos) de la secuencia de nucleótidos de SEQ ID N0:1, o un complemento de la misma. En otra modalidad, una molécula de ácidos nucleicos SLIC-1 incluye una secuencia de nucleótido que codifica una proteína que tiene una secuencia de amino ácidos suficientemente idéntica a las secuencia de amino ácidos de SEQ ID NO: 2 o una secuencia de amino ácidos codificada por el inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso En una modalidad preferida, una molécula de ácidos nucleicos SLIC-1 incluye una secuencia de nucleótido que codifica una proteína que tiene una secuencia de amino ácidos al menos 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% o más idéntica a la longitud completa del la secuencia de amino ácidos de SEQ ID NO: 2 o la secuencia de amino ácidos codificada por el inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso . En otra modalidad preferida, una molécula de amino ácidos aislada que codifica la secuencia de amino ácidos de la SLIC-1 humana. En aún otra modalidad preferida, la molécula de ácido nucleico incluye una secuencia de nucleótidos que codifican una proteína que tiene la secuencia de amino ácidos de SEQ ID NO: 2, o la secuencia de amino ácidos codificada por el inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso . En otra modalidad preferida más la molécula de ácido nucleico es al menos 50, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, o 900 nucleótidos en longitud. En una modalidad preferida adicional, la molécula de ácido nucleico es al menos 50, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, o 900 nucleótidos en longitud y codifica un proteína que tiene una actividad SLIC-1 (como aquí se describió) .
Otra modalidad de la invención caracteriza las moléculas del ácido nucleico, preferentemente las moléculas del ácido nucleico de SLIC-1, que específicamente detectan las moléculas del ácido nucleico de SLIC-1 relativas a las moléculas del ácido nucleico que codifican las proteínas no SLIC-1. Por ejemplo, en una modalidad, una molécula de ácido nucleico tal es al menos 50, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900 o más nucleótidos en longitud y se hibridiza bajo condiciones rigurosas a una molécula de ácido nucleico que comprende la secuencia de nucleótidos mostrada en SEQ ID NO:l, la secuencia de nucleótidos del inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso , o un complemento de La misma. En otras modalidades preferidas, la molécula de ácido nucleico que codifica una variante alélica que naturalmente aparece de un polipéptido que comprende la secuencia de amino ácidos de SEQ ID NO: 2 o una secuencia de amino ácidos codificada por el inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso , en donde la molécula del ácido nucleico se hibridiza a una molécula de ácido nucleico que comprende SEQ ID NO:l bajo condiciones rigurosas. Otra modalidad de la invención provee una molécula de ácido nucleico aislada que está en anti-sentido a una molécula de ácido nucleico de SLIC-1, por ejemplo, la hebra codificante de una molécula de ácido nucleico de SLIC-1. Otra modalidad de la invención provee un vector que comprende una molécula del ácido nucleico de SLIC-1. En ciertas modalidades, el vector es un vector de expresión recombinante. En otra modalidad, la invención provee una célula hospedera que contiene un vector de la invención. En otra modalidad más, la invención provee una célula hospedera que contienen una molécula de ácido nucleico de la invención. La invención también provee un método para producir una proteína, preferentemente una proteína SLIC-1, cultivando en un medio adecuado, una célula hospedera, por ejemplo, una célula hospedera de mamíferos tales como las células de un mamífero no humano, de la invención que contienen una vector de expresión recombinante, de manera que la proteína se produzca . Otra modalidad de esta invención caracteriza las proteínas y polipéptido SLIC-1 aislados o recombinados. En una modalidad, una proteína SLIC-1 aislada incluye al menos una secuencia molecular recurrente (motif) de activación basada en el inmunorreceptor tirosina (ITAM). En un modalidad preferida, una proteína SLIC-1 incluye al menos una secuencia molecular recurrente de activación basada en el inmunorreceptor tirosina y tiene una secuencia de amino ácidos al menos aproximadamente 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% o más idéntica a la secuencia de amino ácidos de SEQ ID NO: 2, o la secuencia de amino ácidos codificada por el inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso . En otra modalidad preferida, una proteína SLIC-1 incluye al menos una secuencia molecular recurrente de activación basada en el inmunorreceptor tirosina y tiene una actividad SLIC-1 (como aquí se describió) . En todavía otras modalidad preferida, una proteína SLIC-1 incluyen al menos una secuencia molecular recurrente de activación basada en el inmunorreceptor tirosina y se codifica por una molécula de ácido nucleico que tienen una secuencia de nucleótido que se hibridiza bajo condiciones rigurosas a una molécula de ácido nucleico que comprende la secuencia de nucleótido de SEQ ID NO:l. En otra modalidad, la invención caracteriza los fragmentos de la proteína que tiene la secuencia de amino ácidos de SEQ ID NO: 2, en donde el fragmento se comprende de al menos 15 amino ácidos (por ejemplo amino ácidos continuos) de la secuencia de amino ácidos de SEQ ID NO: 2, o una secuencia de amino ácidos codificada por el inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso . En una modalidad, una proteína SLIC-1 tiene 1-8 residuos de amino ácidos de SEQ ID NO: 2. En otra modalidad, una proteína SLIC-1 tiene 1-160 residuos de amino ácidos de SEQ ID NO: 2. En una modalidad más, una proteína SLIC-1 tiene 1-226 residuos de amino ácidos de SEQ ID NO: 2. En otra modalidad, una proteína SLIC-1 tiene la secuencia de amino ácidos de SEQ ID NO: 2. En otra modalidad, la invención caracteriza una proteína SLIC-1 que se codifica por una molécula de ácido nucleico que consiste de una secuencia de nucleótido al menos aproximadamente 50%, 55%, 6CT%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% o más idéntica a una secuencia de nucleótido de SEQ ID NO:l, o un complemento de la misma. Esta invención además caracteriza una proteína SLIC-1, que se codifica por una molécula de ácido nucleico que consiste de una secuencia de nucleótido que se hibridiza bajo condiciones rigurosas a una molécula de ácido nucleico que comprende la secuencia de nucleótido de SEQ ID NO:l, o un complemento de la misma . Las proteínas de la presente invención o porciones de las mismas, por ejemplo, porciones biológicamente activas de la misma, pueden operativamente ligarse a un polipéptido no SLIC-1 (por ejemplo, las secuencias de amino ácidos heterólogos) para formar proteínas de fusión. La invención además caracteriza los anticuerpos, tales como los anticuerpos monoclonales o policlonales, que específicamente se unen a las proteínas de la invención, preferentemente las proteínas SLIC-1. Además, las proteínas SLIC-1 o las porciones biológicamente activas de éstas pueden incorporarse dentro de las composiciones farmacéuticas, que opciopalmente incluyen los transportadores farmacéuticamente aceptables. En otra modalidad, la presente invención provee un método para detectar la presencia de una molécula, proteína, o polipéptido de ácido nucleico SLIC-1 en una muestra biológica contactando la muestra biológica con una agente capaz de detectar una molécula, proteína o polipéptido de ácido nucleico SLIC-1 de manera que la presencia de molécula, proteína o polipéptido de ácido nucleico SLIC-1 se detecte en la muestra biológica. En otro aspecto, la presente invención provee un método para detectar la presencia de la activada SLIC-1 en una muestra biológica con una agente capaz de detectar un indicador de la actividad SLIC-1 de manera que la presencia de la actividad SLIC-1 se detecte en la muestra biológica. En otro aspecto, la invención provee un método para modular la actividad de SLIC-1, que comprende poner en contacto a una célula capaz de expresar la SLIC-1 con un agente que module la actividad SLIC-1 de manera que la actividad SLIC-1 en la célula se module. En una modalidad, el agente inhibe la actividad SLIC-1. En otra modalidad, el agente estimula la actividad SLIC-1. En una modalidad, el agente es una anticuerpo que específicamente une a una proteína SLIC-1. En otra modalidad, el agente modula la expresión de la SLIC-1 modulando la transcripción del gen de la SLIC-1 o la translación de una ARNm de la SLIC-1. En otra modalidad más, el agente es una molécula de ácido nucleico que tiene una secuencia de nucleótido que está en anti-sentido con la tendencia codificante de una ARNm de la SLIC-1 o un gen de la SLIC-1. En otra modalidad, los métodos de la presente invención se usan para tratar una sujeto que tiene una desorden caracterizado por una proteína SLIC-1 o expresión del ácido nucleico o actividad aberrante o no deseada administrando un agente que es una modulador SLIC-1 en el sujeto. En una modalidad, el modulador SLIC-1 es una proteína SLIC-1. En otra modalidad el modulador SLJC-1 es una molécula de ácido nucleico SLIC-1. En otra modalidad más, el modulador SLIC-1 es péptido, peptidomimético, u otra molécula pequeña. En una modalidad preferida, el desorden caracterizado por una proteína SLIC-1 o expresión del ácido nucleico aberrante o no deseada es un desorden inflamatorio o un desorden del sistema inmune. En otra modalidad preferida, el desorden caracterizado por una proteína SLIC-1 o expresión del ácido nucleico aberrante o no deseada es un desorden cardiovascular. En otra modalidad, el desorden caracterizado por actividad SLIC-1 aberrante o no deseada es un desorden de proliferación, activación, adhesión, crecimiento, diferenciación, o migración celular. En una modalidad más, el desorden caracterizado por la actividad SLIC-1 aberrante o no deseada es un desorden hematopoietico o trombótico. La presente invención también provee ensayos de diagnóstico para identificar la presencia o ausencia de una alteración genética caracterizada por al menos uno de (i) modificación o mutación aberrante de un gen que codifica la proteína SLIC-1 (ii) mala-regulación del gen, y (iii) modificación post-traduccional aberrante de la proteína SLIC-1, en donde una forma tipo silvestre del gen codifica una proteína con una actividad SLIC-1 . En otro aspecto la invención provee métodos para identificar un compuesto que une a o modula la actividad de una proteína SLIC-1, proveyendo una composición del indicador que comprende una proteína SLIC-1 que tiene actividad SLIC-1, poniendo en contacto la composición del indicador con un compuesto de prueba, y determinando el efecto del compuesto de prueba sobre la actividad SLIC-1 en la composición del indicador para identificar un compuesto que modula la actividad de una proteína SLIC-1.
Otras características y ventajas de la invención serán aparentes a partir de la siguiente descripción detallada y de las reivindicaciones . Breve Descripción de los Dibujos La Figura 1 describe la secuencia de ADNc y predice la secuencia de amino ácidos de la SLIC-1 humana. La secuencia de nucleótido corresponde a los ácidos nucleicos 1 a 951 de SEQ ID N0:1. La secuencia de amino ácidos corresponde a los amino ácidos 1 a 316 de la SEQ ID NO: 2. La Figura 2 describe la sobre-expresión transiente o transitoria de la SLIC-1 en las células COS como se evaluó por el análisis de manchado Western. La Figura 3 describe la co-inmunoprecipitación de la T7SLIC-1 con PSGL-1 en las células COS. La Figura 4 describe las estructuras genómicas de los genes del humano y ratón, que se determinaron por el análisis de manchado de las secuencias genómicas con la secuencia SLIC-1 ADNc humana. El gen SLIC-1 que se compone de cuatro exones se ha conservado tanto en las especies como en los limites exon-intrones . Los tamaños de los intrones humanos y las posiciones de los exones humanos en el ADNc (mostrados) se determinaron usando el ADNc humano de longitud completa y la secuencia del gen completa.
Descripción Detallada de la Invención La presente invención se basa, al menos en parte, en el descubrimiento de las moléculas novedosas, referidas aquí como moléculas de ácido nucleico SLIC-1 y moléculas de proteínas, que son miembros novedosos de la familia SLIC-1 (por Selectin Ligand Interactor Cytoplasmic) de las moléculas. Como aquí se usó, el término de la molécula "interactor citoplásmico-1 del ligando de selectina" o "SLIC-1" incluye una proteína o polipéptido que se une o interactúa con el dominio citoplásmico de un ligando de la glucoproteína p-selectina (por ejemplo PSGL-1) o una proteína selectina. Las moléculas SLIC-1 típicamente se expresan en las células del origen hematopoietico, y participan en la trayectoria de la transducción de la señal intracelular, por ejemplo, las señales transducidas por la PSGL-1. Además, las moléculas PSGL-1 pueden interactuar con las moléculas efectoras o ejecutadoras (por ejemplo, las moléculas que contienen un dominio SH2), así como también median la interacción de las proteínas (por ejemplo, PSGL-1) con el citoesqueleto. Estas moléculas novedosas son capaces de, por ejemplo, modular un ligando de glucoproteína p-selectina, por ejemplo, un ligando de glucoproteína P-selectina (SLIC-1) , media la actividad en una célula, por ejemplo, una célula hematopoietica o mieloide, y de esta manera juega un papel en una variedad de procesos celulares, por ejemplo, la transducción de la señal, la organización citoesquelética, las respuestas inmunes e inflamatorias, la comunicación inter- e intra-celular, adhesión, migración, activación celular, crecimiento, diferenciación, y proliferación. De esta manera, las proteínas SLIC-1 de la presente invención proveen los objetivos de diagnóstico y agentes terapéuticos novedosos para el control o modulación de los desórdenes asociados con la molécula del citoplásmico-1 interactor ligando selectina, por ejemplo, un desorden inflamatorio o un desorden del sistema inmune, un desorden cardiovascular, un desorden de proliferación, activación, adhesión, crecimiento, diferenciación, o migración celular, o un desorden hematopoietico o trombótico. Además, como las proteínas SLIC-1 de la presente invención pueden unirse a ínteractuar con una ligando de la glucoproteína selectina modulado, por ejemplo, ligando de la glucoproteína P-selectina (SLIC-1) , actividades mediadas, estas pueden ser útiles para el desarrollo del diagnóstico novedoso y de los agentes terapéuticos para los desordenes asociados con o relacionados a la actividad PSGL-1 aberrante, por ejemplo, un desorden inflamatorio o un desorden del sistema inmune, o un desorden asociado con la migración y/o adhesión celular aberrante.
Como aquí se usó, una "actividad mediada por el ligando de la glucoproteína selectina", una "actividad mediada por PSGL-1", o una "actividad PSGL-1" incluye una actividad que involucra un ligando de glucoproteína P-selectina, por ejemplo, el ligando de la glucoproteína P-selectina en una célula endotelial, una célula hematopoietica, o un leucocito. Los ligandos de la glucoproteína p-selectina participan en la adhesión intercelular (por ejemplo, la adhesión del leucocito a la vasculatura) , transducción de la señal intracelular, organización citoesquelética, respuestas inmunes o inflamatorias, activación de la célula, y migración de las células . Como aquí se usó, un "desorden asociado con la molécula del interactor citoplásmico-1 del ligando de la selectina" o un "desorden asociado a SLIC-1" incluyen un desorden, enfermedad o condición que se caracteriza por una mala-regulación (por ejemplo, sobre-regulación o baja-regulación) de una actividad de la molécula del interactor citoplásmico-1 del ligando de la selectina. Los desordenes asociados a la molécula del interactor citoplásmico-1 del ligando de la selectina (SLIC-1) pueden perjudicialmente afectar las funciones de la célula tales como la transducción de la señal, organización citoesquelética, comunicación inter- e intracelular, la adhesión, migración, activación celular, crecimiento diferenciación, y proliferación. Los ejemplos de los desordenes asociados con la molécula del interactor citoplásmico-1 del ligando de la selectina (SLIC-1) incluyen desordenes inflamatorios o desordenes del sistema inmune, ejemplo de los cuales incluyen, pero no están limitados a la enfermedad inflamatoria del intestino, colitis de la ulcera, enfermedad de Crohn, síndrome de deficiencia II de adhesión del leucocito, peritonitis, inflamación del pulmón, asma, apendicitis aguda, ataque séptico, nefritis, amilosis, artritis reumatoide, sarcoidosis, esclerosis, lupo, polimiositis, síndrome de Reiter, psoriasis, enfermedad de inflamación pélvica, enfermedad de inflamación del pecho, enfermedad de inflamación orbital, desordenes de deficiencia inmune (por ejemplo, VIH, la inmunodeficiencia común variable, inmunodeficiencia severa combinada) , desordenes autoinmunes, y enfermedades neurodegenerativas (por ejemplo, la enfermedad de Alzheimer) . Un desorden asociado con la molécula del inetractor citoplásmico-1 del ligando de la selectina (SLIC-1) también incluye un desorden hematopoietico o trombótico, por ejemplo, la coagulación intravascular diseminada, anemia, linfoma, leucemia, neutrofilia, neutropenia, desordenes mieloproliferativos, trombocitosis, trombocitopenia, enfermedad de Von illerbrand, y hemofilia.
Otros ejemplos de los desordenes asociados con la molécula del interactor citoplásmico-1 del ligando de la selectina (SLIC-1) incluyen los desordenes relacionados con el corazón. Los desordenes del sistema cardiovascular en los cuales las moléculas SLIC-1 de la invención pueden estar directamente o indirectamente involucradas incluyen, la arterioesclerosis, lesión por reperfusión de isquemia, enfermedad inflamatoria del corazón, restenosis, inflamación arterial, remodelado de la pared intestinal, microembolismo coronario, fallo o anomalía congestiva del corazón, cardiomiopatía, ligación de la arteria coronaria, enfermedad vascular del corazón, angina, hipertensión, infracción del miocardio, enfermedad de la arteria coronaria y ateroesclerosis . Otros ejemplos de los desordenes asociados con la molécula del interactor citoplásmico-1 del ligando de la selectina (SLIC-1) incluyen desordenes de proliferación, activación, adhesión, crecimiento, diferenciación, o migración celular. Un "desorden de proliferación, activación adhesión crecimiento, diferenciación, o migración celular" incluye aquellos desordenes que afectan los procesos de proliferación, activación, adhesión, crecimiento, diferenciación, o migración celular. Como aquí se usó, un "proceso de proliferación, activación adhesión crecimiento, diferenciación, o migración celular" es un proceso mediante el cual una célula se incrementa en número, tamaño, estado de activación, o contenido, mediante el cual una célula desarrolla un conjunto de características especificadas que la diferencian de las otras células, o mediante el cual una célula se mueve más cerca de o además desde un lugar particular o estímulo. Las moléculas SLIC-1 de la presente invención pueden involucrarse en los mecanismos de transducción de señales que son conocidos por estar involucrados en los procesos de activación, adhesión, migración, crecimiento, proliferación, diferenciación, y apoptosis celular. De esta manera, las moléculas SLIC-1 pueden modular el crecimiento, activación, adhesión, diferenciación, o migración celular, y pueden jugar un papel en los desordenes caracterizados por el crecimiento, activación, adhesión, diferenciación, o migración aberrantemente regulados. Tales desordenes incluyen el cáncer, por ejemplo, carcinoma, sarcoma, o leucemia; angiogénesis y metástasis del tumor; y desordenes hematopoieticos y/o mieloproliferativos . Los desordenes asociados o relacionados con la SLIC-1 también incluyen los desordenes de los tejidos en los cuales la proteina SLIC-1 se expresa, por ejemplo, las células hematopoieticas . Tales desordenes incluyen, por ejemplo, los desordenes inflamatorios y/o desordenes del sistema inmune, desordenes hematopoiéticos o trombóticos. Como aquí se usó, una "actividad de la molécula interactor citoplásmico-1 del ligando de la selectina" o una "actividad SLIC-1" incluye una actividad que involucra el unir o hacer interactuar con el dominio citoplásmico de un ligando de la glucoproteína selectina (por ejemplo PSGL-1) o una proteína de selectina y transducir una señal, por ejemplo, vía una molécula ejecutora. Además, una actividad SLIC-1 incluye una actividad que involucra mediar la interacción de una proteína (por ejemplo, PSGL-1) con el citoesqueleto. Las moléculas SLIC-1 de la presente invención puede ser importantes en los procesos celulares tales como la transducción de la señal, organización citoesquelética, respuestas inmunes e inflamatorias, comunicación intra- e inter-celular, adhesión, migración, activación de la célula, crecimiento, diferenciación, y proliferación. El término "familia" cuando se hace referencia a la proteína y a las moléculas de ácido nucleico de la invención se entiende que significa dos o más proteínas o moléculas de ácido nucleico que tienen un dominio de estructura o secuencia molecular recurrente común y tienen una homología de la secuencia de nucleótido o secuencia de amino ácidos como aquí se definió. Tales miembros de la familia puede aparecer naturalmente o no naturalmente y pueden ser de ya sea la misma o diferente especie. Por ejemplo, una familia que contiene una primer proteína de origen humano, así como también otros, proteínas distintas de origen humano o alternativamente, pueden contener homólogos de origen no humano, por ejemplo, proteínas de mono. Los miembros de una familia puede también tener características funcionales comunes. Por ejemplo, la familia de las proteínas SLIC-1 comprende al menos una "secuencia molecular recurrente de activación basada en el inmunorreceptor tirosina" (ITAM) en la molécula de la proteína o la molécula del ácido nucleico que codifica la molécula de proteína. Como aquí se usó, el término "secuencia molecular recurrente de activación basada en el inmunoreceptor tirosina" incluyen una secuencia molecular recurrente de la proteína que tiene una secuencia de amino ácidos de alrededor de 10-25 residuos de amino ácidos. Más preferentemente, una secuencia molecular recurrente de activación basada en el inmunoreceptor tirosina que incluye al menos alrededor de 15-20 residuos de amino ácidos. La secuencia molecular recurrente de activación basada en el inmunorreceptor tirosina se caracteriza por los residuos de tirosina conservados. En una modalidad, una secuencia molecular recurrente de activación basada en el inmunoreceptor tirosina comprende al menos, y más preferentemente dos, residuos de tirosina. En otra modalidad, una secuencia molecular recurrente de activación basada en el inmunorreceptor tirosina comprende al menos dos o más residuos de tirosina. En una modalidad, una secuencia molecular recurrente de activación basada en el inmunorreceptor tirosina sirve como un sitio que se une al dominio SH2, por lo cual forma la base estructural para las interacciones con las moléculas ejecutoras corriente abajo que median la transducción de la señal. Las secuencias moleculares recurrentes de activación basada en el inmunoreceptor tirosina se describen en, por ejemplo, Isakov, N (1998) Receptors Channels 5:243-253; Isakov, N (1997) J. Leuk . Bíol . 61:6-16; y Chan, AC et al . (1996) Curr. Opin . Immunol . 8:394-401, los contenidos de los cuales se incorporan aquí como referencia. Consecuentemente, están dentro del ámbito de la invención las proteínas SLIC-1 que tienen al menos una homología del 50-60%, preferentemente una homología del alrededor del 60-70%, más preferentemente una homología del alrededor del- 70-80%, o una homología del alrededor del 80-90% con una secuencia molecular recurrente de activación basada en el inmunorreceptor tirosina de la SLIC-1 humana. Las proteínas aisladas de la presente invención, preferentemente las proteínas SLIC-1, tienen una secuencia de amino ácidos suficientemente idéntica la secuencia de amino ácidos de SEQ ID NO: 2 o se codifican por una secuencia de nucleótido suficientemente idéntica a la SEQ ID N0:1. Como aquí se usó, el término "suficientemente idéntica" se refiere a una primer secuencia de nucleótidos o secuencia de amino ácidos que contienen un número mínimo o suficiente de residuos de amino ácidos o nucleótidos idénticos o equivalentes (por ejemplo, un residuo de amino ácidos que tiene una cadena lateral similar) a una segunda secuencia de nucleótidos o secuencia de amino ácidos de manera que la primera y segunda secuencia de nucleótidos o secuencia de amino ácidos compartan los dominios o secuencias moleculares recurrentes estructurales comunes y/o una actividad funcional común. Por ejemplo, las secuencias de nucleótidos o secuencias de amino ácidos que comparten los dominios estructurales comunes tienen al menos una homología del 30%, 40% o 50%, preferentemente una homología del 60%, más preferentemente una homología del 70%-80%, y aún más preferentemente una homología del 90-95% a través de las secuencias de amino ácidos de los dominios y contienen al menos y preferentemente dos dominios o secuencia molecular recurrente estructurales, aquí se definieron como suficientemente idéntica. Además, las secuencias de nucleótidos o secuencias de amino ácidos que comparten una homología de al menos el 30%, 40% o 50%, preferentemente del 60%, más preferentemente una homología del 70%-80%, y aún más preferentemente una homología del 90-95% y comparten una actividad funcional común aquí se definieron como suficientemente idénticas. Como aquí se usó en forma intercambiable, Una "actividad SLIC-1", "actividad biológica de la SLIC-1" o una "actividad funcional de la SLIC-1", se refiere a una actividad que se ejerce por una proteína SLIC-1, polipéptido o molécula de ácido nucleico sobre una célula o tejido sensible a la SLIC-1, o en un substrato de la proteína SLIC-1, como se determinó in vivo, o in vitro, de acuerdo a la técnicas estándares. En una modalidad, una actividad SLIC-1 es una actividad directa, tal como asociación con una molécula objetivo SLIC-1. Como aquí se usó, una "molécula objetivo" o "compañero que se une" es una molécula con la cual un proteína SLIC-1 se une o interactúa en la naturaleza, de manera que se logra la función mediada por la SLIC-1. Una molécula objetivo SLIC-1 puede ser una molécula no SLIC-1 o una proteína o polipéptido SLIC-1 de la presente invención. En una modalidad ejemplar, una molécula objetivo SLIC-1 es una substrato SLIC--1, por ejemplo, una molécula de señalamiento intracelular, preferentemente que contenga un dominio SH2. En otra modalidad, una substrato SLIC-1 es una proteína citoesquelética o una proteínas asociada al citoesqueleto. Alternativamente, una actividad SLIC-1 es una actividad directa, tal como una actividad de señalamiento celular mediada por la interacción de la proteína SLIC-1 con una substrato SLIC-1. Aquí se describen las actividades biológicas de la SLIC-1. Por ejemplo, las proteínas SLIC-1 de la presente invención pueden tener una o más de las siguientes actividades: (1) interacción con una molécula de la proteína no SLIC-1; (2) activar una trayectoria de la transducción de la señal dependiente de la SLIC-1; (3) modular una trayectoria de la transducción de la señal dependiente de la SLIC-1; (4) modular la adhesión intercelular; (5) modular la asociación de la PSGL-1 con el citoesqueleto; (6) modular la activación y/o proliferación de la célula; y (7) modular la migración celular. Consecuentemente, otra modalidad de la invención caracteriza las proteínas y polipéptidos SLIC-1 aislados que tienen una actividad SLIC-1. Las proteínas preferidas son las proteínas SLIC-1 que tiene al menos una secuencia molecular recurrente basada en el inmunorreceptor tirosina, y, preferentemente, una actividad SLIC-1. Las proteínas preferidas adicionales tiene al menos una secuencia molecular recurrente basada en el inmunorreceptor tirosina, y se, preferentemente, codifican por una molécula de ácido nucleico que tienen una secuencia de nucleótidos que se hibridiza bajo condiciones rigurosas a una molécula de ácido nucleico que comprende la secuencia de nucleótidos de la SEQ ID N0:1. La secuencia de nucleótidos del ADNc de la SLIC-1 humana aislada y la secuencia de amino ácidos predicha del polipéptido SLIC-1 humano se muestran en la Figura 1 y en SEQ ID NOs : 1 y 2, respectivamente. Un plásmido que contiene la secuencia de nucleótidos que codifica la SLIC-1 humana se depositó con la Colección de Cultivo Tipo Americano (ATCC) , 10801 Uníversity Boulevard, Manases, VA 20110-2209, en y Número de Acceso asignado . _ Este deposito debe mantenerse bajo los términos del Tratado de Budapest en el Reconocimiento Internacional del Depósito de Microorganismos para los Propósitos del Procedimiento de la Patente. Este depósito se hace meramente como una conveniencia para aquellos expertos en la técnica y no es una admisión que un depósito se requiere bajo U.S.C. 35 ? 112. El gen SLIC-1 humano, que es aproximadamente de 951 nucleótidos en longitud, codifica una proteína que tiene un peso molecular de aproximadamente 34.8 kD y que es aproximadamente de 316 residuos de amino ácidos en longitud. Diferentes aspectos de la invención se describen en más detalle en las siguientes sub-secciones : I. Moléculas del Ácido Nucleico Aisladas Un aspecto de la invención pertenece a las moléculas del ácido nucleico aisladas que codifican a las proteínas SLIC-1 o las porciones biológicamente activas de la misma, así como también los fragmentos del ácido nucleico suficientes para su uso como sondas de hibridización para identificar las moléculas de ácido nucleico que codifican a la SLIC-1 (por ejemplo, ARNm de la SLIC-1) y fragmentos para su uso como cebadores PCR para la amplificación o mutación de las moléculas de ácido nucleico SLIC-1. Como aquí se usó, el término "molécula de ácido nucleico" se entiende que incluye las moléculas de ADN (por ejemplo, ADNc o ADN genómico) o las moléculas de ARN (por ejemplo, ARNm) y los análogos del ADN o ARN generados usando los análogos de la secuencia de nucleótidos. La molécula de ácido nucleico puede ser ADN de una sola hebra o de doble hebra, pero preferentemente es de doble hebra. El término "molécula de ácido nucleico aislada" incluye las moléculas de ácido nucleico que se separan de otras moléculas de ácido nucleico que están presentes en la fuente natural del ácido nucleico. Por ejemplo, con respecto al ADN genómico, el término "aislado" incluye las moléculas de ácido nucleico que se separan des cromosoma con el cual el ADN genómico está naturalmente asociado. Preferentemente, un ácido nucleico "aislado" está libre de secuencias que naturalmente flanquean el ácido nucleico (por ejemplo, las secuencias localizadas en los extremos 5' y 3' del ácido nucleico) en el ADN genómico del organismo del cual el ácido nucleico se deriva. Por ejemplo, en diferentes modalidades, la molécula de ácido nucleico SLIC-1 aislada puede contener al menos aproximadamente 5 kb, 4 kb, 3 kb, 2 kb, 1 kb, 0.5 kb o 0.1 kb de las secuencias de nucleótidos que naturalmente flanquean la molécula de ácido nucleico en el ADN genómico de la célula de la cual el ácido nucleico se deriva. Además, una molécula de ácido nucleico "aislada", tal como la molécula de ADNc, puede estar substancialmente libre de otros materiales celulares, o medios de cultivos cuando se produce mediante técnicas recombinantes, o substancialmente libre de precursores químicos u otros químicos cuando químicamente se sintetiza. Una molécula de ácidos nucleicos de la presente invención, por ejemplo, una molécula de ácidos nucleicos que tiene una secuencia de nucleótidos de SEQ ID NO:l, o la secuencia de nucleótidos del inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC co Número de Acceso , o una porción de la misma, puede aislarse usando las técnicas biológicas moleculares estándares y la información de la secuencia aquí provista. Usando toda o una porción de la secuencia de nucleótido de la SEQ ID NO:l, o la secuencia de nucleótidos del inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso . Como una sonda de hibridización, las moléculas de ácido nucleico SLIC-1 pueden aislarse usando las técnicas de clonación e hibridización estándares (por ejemplo, como se describe en Sambrook, J. , Fritsh, E. F. y Maniatis, T. Molecular Cloning: A Labora tory Manual . 2nd, ed, Cold Spring Harbor Labora tory, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1989) . Además, una molécula de ácido nucleico que abarcan toda o una porción de la SEQ ID N0:1, o la secuencia de nucleótidos del inserto de ADN del plásmido depositado con ATCC como Número de Accesión puede aislarse mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) usando los cebadores oligonucleótidos sintéticos diseñados con base en la secuencia de SEQ ID NO:l, o la secuencia de nucleótidos del inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso Un ácido nucleico de la invención puede amplificarse usando ADNc, ARNm, o alternativamente, el ADN genómico, como unos cebadores de oligonucleótidos apropiados y templados de acuerdo a las técnicas de amplificación por PCR estándares. El ácido nucleico así amplificado puede clonarse dentro de un vector apropiado y ser caracterizado por el análisis de la secuencia de ADN. Además, los oligonucleótidos correspondientes a las secuencias de nucleótidos SLIC-1 puede prepararse por técnicas sintéticas estándares, por ejemplo, usando un sintetizador de ADN automatizado. En una modalidad preferida, una molécula de ácido nucleico aislada de la invención comprende la secuencia de nucleótidos mostrada en SEQ ID N0:1. La secuencia de SEQ ID N0:1 corresponde al ADNc SLIC-1 humano. Este ADNc comprende las secuencias que codifican la proteína SLIC-1 humana (por ejemplo, "la región codificante", de los nucleótidos 1-951) . En otra modalidad preferida, una molécula de ácido nucleico aislada de la invención comprende una molécula de ácido nucleico que es una complemento de la secuencia de nucleótidos mostrada en SEQ ID NO:l, o la secuencia de nucleótidos del inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso , o una porción de cualquiera de estas secuencias de nucleótidos. Una molécula de ácido nucleico que es complementaria a la secuencia de nucleótidos mostrada en SEQ ID NO:l, o la secuencia de nucleótidos del inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso , es una que es suficientemente idéntica a la secuencia de nucleótidos mostrada en SEQ ID NO:l, o la secuencia de nucleótidos del inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso , de manera que se puede hibridizar a la secuencia de nucleótidos mostrada en SEQ ID N0:1, o la secuencia de nucleótidos del inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso , por lo cual se forma una dupla estable. En todavía otra modalidad preferida, la molécula de ácido nucleico aislada de la presente invención comprende una secuencia de nucleótidos que es al menos 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% o más idéntica a la longitud total de la secuencia de nucleótidos mostrada en SEQ ID NO:l, o la longitud de la secuencia de nucleótidos del inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso , o una porción de cualquiera de estas secuencia de nucleótidos. Además, la molécula de ácido nucleico de la invención puede comprender solo una porción de la secuencia de ácido nucleico de SEQ ID NO:l, o la secuencia de nucleótidos del inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso , por ejemplo, una fragmento que puede usarse como una sonda o cebador o un fragmento que codifica una porción de una proteína SLIC-1, por ejemplo, una porción biológicamente activa de la proteína SLIC-1. La secuencia de nucleótidos determinada a partir de la clonación del gen de la SLIC-1 permite la generación de sondas y cebadores diseñados para su uso en la identificación y/o clonación de otros miembros de la familia de la SLIC-1, así como también los homólogos de la SLIC-1 de otras especies. La sonda y/o cebador típicamente comprende oligonucleótidos substancialmente purificados. El oligonucleótido típicamente comprende una región de la secuencia de nucleótidos que se hibridiza bajo condiciones rigurosas en al menos aproximadamente 12 a 15, preferentemente aproximadamente 20 o 25, más preferentemente aproximadamente 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 150, o 200 o más nucleótidos consecutivos de una secuencia sensible de SEQ ID NO:l, o la secuencia de nucleótidos del inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso , de una secuencia anti-sentido de SEQ ID NO:l, o la secuencia de nucleótidos del inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso , o de una variante o mutante alélica que naturalmente aparece de SEQ ID NO:l, o la secuencia de nucleótidos del inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso . En una modalidad, una molécula de ácido nucleico de la presente invención comprende una secuencia de nucleótidos que es mayor que 50, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900 o más nucleótidos en longitud y se hibridiza bajo condiciones rigurosas a una molécula de ácido nucleico de SEQ ID NO:l, o la secuencia de nucleótidos del inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso Las sondas basadas en las secuencias de nucleótidos SLIC-1 pueden usarse para detectar las secuencias genómicas o transcriptas que codifican a las mismas o a las proteínas homologas. En las modalidades preferidas, la sonda además comprende un grupo de etiqueta ligado allí mismo, por ejemplo, el grupo de etiqueta puede ser un radioisótopo, un compuesto fluorescente, una enzima, o un co-factor de enzima. Tales sondas pueden usarse como una parte de un equipo de prueba de diagnóstico para identificar las células o tejidos que mala-expresan una proteína SLIC-1, tal como midiendo un nivel de ácido nucleico que codifica una SLIC-1 en una muestra de células de un sujeto, por ejemplo, detectando los niveles de ARNm de la SLIC-1 o determinando sí un gen de la SLIC-1 genómico ha sido mutado o eliminado. Un fragmento de ácido nucleico que codifica un "porción biológicamente activa de una proteína SLIC-1" puede prepararse aislando una porción de la secuencia de nucleótidos de SEQ ID NO:l, o la secuencia de nucleótidos del inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso , que codifica un polipéptido que tiene una actividad biológica de SLIC-1 (las actividades biológicas de las proteínas SLIC-1 aquí se describen) , que expresa la porción descodificada de la proteína SLIC-1 (por ejemplo, mediante la expresión recombinante in vi tro) y evalúa la actividad de la porción codificada de la proteína SLIC-1. La invención demás abarca las moléculas de ácido nucleico que difieren de la secuencia de nucleótidos mostrada en SEQ ID N0:1, o la secuencia de nucleótidos del inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso , debido a la degeneración del código genético y de esta manera codificar las mismas proteínas SLIC-1 como aquellas codificadas por las secuencia de nucleótidos mostrada en SEQ ID N0:1, ola secuencia de nucleótidos del inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso . En otra modalidad, una molécula de ácido nucleico aislada de la invención tiene una secuencia de nucleótidos que codifica una proteína que tiene una secuencia de amino ácidos mostrada en SEQ ID NO:2. Además a las secuencia de nucleótidos SLIC-1 mostradas en SEQ ID NO:l, o la secuencia de nucleótidos del inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso , se apreciará por aquellos expertos en la técnica que los polimorfismos de la secuencia de ADN que dirigen a los cambios en las secuencias de amino ácidos de las proteínas SLIC-1 pueden existir dentro de una población (por ejemplo, la población humana) . Tales polimorfismos genéticos en los genes SLIC-1 pueden existir entre los individuos dentro de una población debido a la variación alélica natural. Como aquí se usó, los términos "gen" y "gen recombinante" se refiere a las moléculas del ácido nucleico que incluyen una estructura de lectura abierta que codifica una proteína SLIC-1, preferentemente una proteína SLIC-1 de mamífero, y además puede incluir secuencias regulatorias no codificantes, e intrones . Las variantes alélicas de la SLIC-1 humana incluyen tanto las proteínas funcionales como las no funcionales . Las variantes alélicas funcionales son las variantes de la secuencia de amino ácidos que naturalmente aparecen de la proteína SLIC-1 humana que mantiene la capacidad de unir un ligando SLIC-1 o una substrato y/o modulado, por ejemplo, los mecanismos de señalización inflamatorios, la transducción de la señal PSGL-1, o la adhesión de la célula. Las variantes alélicas funcionales típicamente contendrán solo substitución conservativa de uno o más amino ácidos de SEQ ID NO: 2, o substitución, eliminación o inserción de residuos no cruciales en las regiones no cruciales de la proteína. Las variantes alélicas no funcionales son las variantes de la secuencia de amino ácidos que naturalmente aparecen de la proteína SLIC-1 que no tiene la capacidad de ya sea unir una ligando SLIC-1 y/o modular cualquiera de las actividades SLIC-1 aquí descritas. Las variantes alélicas no funcionales típicamente contendrán una substitución, una eliminación, o inserción o truncación prematura no conservativa de la secuencia de amino ácidos de SEQ ID NO: 2, o una substitución, inserción, o eliminación en los residuos cruciales de las regiones cruciales . La presente invención además provee ortólogos no humanos de las proteína SLIC-1 humana. Los ortólogos de las proteína SLIC-1 humana son proteínas que se aislan de los organismos no humanos y que poseen las mismas actividades de unirse al ligando SLIC-1 y/o la modulación de la transducción de las señal, asociación citoesquelética, o adhesión de la célula, de la proteína SLIC-1 humana. Los ortólogos de la proteína SLIC-1 humana ya pueden identificarse como comprenden una secuencia de amino ácidos que es substancialmente-idéntica a la SEQ ID NO:2. Además, las moléculas de ácido nucleico que codifican otros miembros de la familia de la SLIC-1 y, de esta manera, que tienen una secuencia de nucleótidos que difiere de las secuencias SLIC-1 de SEQ ID NO:l, o la secuencia de nucleótidos del inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso se entienden que están dentro del ámbito de la invención. Por ejemplo, otro ADNc SLIC-1 puede identificarse basado en la secuencia del nucleótido de la SLIC-1 humana. Además, las moléculas de ácido nucleico que codifican las proteínas SLIC-1 d diferentes especies, y que entonces, tienen una secuencia de nucleótido que difiere de las secuencias SLIC-1 de la SEQ ID N0:1, o la secuencia de nucleótido del inserto del ADN del plásmido depositado en el ATCC con número de Acceso se pretende que estén dentro del alcance de la invención. Por ejemplo, un ADNc de SLIC-1 de ratón se puede identificar basado en la secuencia de nucleótidos de la SLIC-1 humana. Las moléculas de ácido nucleico correspondientes a las variantes alélicas y los homólogos naturales de los ADNsc SLIC-1 de la invención pueden aislarse en base a su homología a los ácidos nucleicos SLIC-1 aquí divulgados usando los ADNsc aquí divulgados, o una porción de los mismos, como una sonda de hibridización de acuerdo a las técnicas de hibridización estándares bajo las condiciones de hibridización rigurosas. Las moléculas de ácidos nucleicos correspondientes a las variantes alélicas y homólogos naturales de los ADNsc SLIC-1 pueden además aislarse haciendo el mapeo para el mismo cromosoma o lugar como el gen de la SLIC-1. Consecuentemente, en otra modalidad, una molécula de ácido nucleico aislada de la invención es al menos 15, 20, 25, 30 o más nucleótidos en longitud y se hibridiza bajo condiciones rigurosas a una molécula de ácido nucleico que comprende la secuencia de nucleótidos de SEQ ID NO:l, o la secuencia de nucleótidos del inserto de ADN del plásmido depositado en el ATCC con Número de Acceso . En otra modalidad, el ácido nucleico es al menos 50, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900 o más nucleótidos en longitud. Como aquí se usó, el término "se hibridiza bajo condiciones rigurosas o severas" se entiende que describe las condiciones descritas para la hibridización y el lavado bajo las cuales las secuencias de nucleótidos que son significativamente idénticos u homólogos uno con el otro permanezcan hidribizados uno del otro. Preferentemente, las condiciones son de manera que al menos aproximadamente el 70%, más preferentemente al menos aproximadamente el 80%, aún más preferentemente al menos aproximadamente el 85% o el 90% idénticas una de la otra permanezcan hibridizadas entre sí. Tales condiciones rigurosas son conocidas por aquellos expertos en la técnica y pueden encontrarse en Current Protocols in Molecular Biology, Ausubel, et al . , John Wiley & Sons, Inc. (1995), secciones 2, 4 y 6. Las condiciones rigurosas adicionales pueden encontrarse en Molecular Cloning: A Labora tory Manual , Sambrooks et al . , Cold Harbor Press, Cold Spring Harbor, NY (1989), capitulo 7, 9 y 11. UN ejemplo no limitante preferido de condiciones de hibridización severas incluye la hibridización en 4X de cloruro de sodio / citrato de sodio (SSC), en aproximadamente 65-70°C (o la hibridización en 4X SSC más 50% de formamida en aproximadamente 42-50 °C) seguido de uno o más lavados en IX SSC, en aproximadamente 65-70°C. Un ejemplo no limitante, preferido de las condiciones altamente rigurosas incluye la hibridización en IX SSC, en aproximadamente 65-70 °C (la hibridización en 4X SSC más 50% de formamida en aproximadamente 42-50 °C) seguido de uno o más lavados en 0.3X SSC, en aproximadamente 65-70 °C. Un ejemplo no limitante, preferido de las condiciones altamente rigurosas incluye la hibridización en 4X SSC, en aproximadamente 50-60 °C (o alternativamente la hibridización en 6X SSC más 50% de formamida en aproximadamente 40-45°C) seguido de uno o más lavados en 2X SSC, en aproximadamente 50-60°C. Los rangos intermedios de los valores antes mencionados, por ejemplo; en 65-70°C o en 42-45°C también se intentan abarcar por la presente invención. SSEP (lxSSEP es NaCl al 0.15 M, NaH2P04 al lOmM, y EDTA al 1.25 mM, pH 7.4) pueden substituirse por SSC (lxSSC es NaCl al 0.15M, y citrato de sodio al 15mM) , en la hibridización y los amortiguadores del lavado; los lavados se realizan por 15 minutos cada uno después de que la hibridización se completa. La temperatura de la hibridización para los híbridos anticipados ese menor que 50 pares base en la longitud podría ser de 5-10 °C menos que la temperatura de fusión (Tm) del híbrido, donde TM se determina de acuerdo a las siguientes ecuaciones. Para híbridos menores de 18 pares base en longitud, Tm(°C) = 2(# de A + T bases) + 4 (# de G + C bases) . Para los híbridos entre 18 y 19 pares base en longitud Tm(°C) = 81.5 + 16.6(log10[Na+] ) + 0.41(%G + C) - (600/N), donde N es el número de bases en el híbrido, y [Na+] es la concentración de los iones del sodio en el amortiguador de hibridización ( [NA+] por IxSSC = 0.165 M) : También se reconocerá por el experto practicante que los reactivos adicionales pueden añadirse a los amortiguadores de hibridización y/o lavado para disminuir la hibridización no especifica de las moléculas del ácido nucleico en las membranas, por ejemplo, las membranas de nitrocelulosa o nylon, incluyendo pero no estando limitado a los agentes de bloqueo (por ejemplo, BSA o transportadores de ADN en el esperma del salmón o arenque), detergentes (por ejemplo, SDS), agentes quelantes (por ejemplo, EDTA), Ficoll, PVP y los similares. Cuando se usa las membranas de nylon, en particular, un ejemplo preferido adicional, no limitante de las condiciones rigurosas de hibridización es la hibridización en NaH2P04 al 0.25-0.5M, SDS al 7% en aproximadamente 65 °C, seguido por uno o más lavados en NaH2P04 al 0.02M, SDS al 1% en aproximadamente 65 °C, ver, por ejemplo, Church and Gilbert (1984) Proc . Na ti . Acad. Sci . USA 81:1991-1995, (o alternativamente 0.2X SSC, SDS al 1%).
Preferentemente, una molécula del ácido nucleico aislada de la invención que se hibridiza bajo las condiciones rigurosas en la secuencia SEQ ID N0:1 y los correspondientes a una molécula de ácido nucleico que naturalmente aparece. Como aquí se usó, una molécula de ácido nucleico que "naturalmente aparece" se refiere a la molécula de ARN o ADN que tiene una secuencia de nucleótidos que aparecen en la naturaleza (por ejemplo, que codifica una proteína natural) . Además las variantes alélicas que naturalmente aparecen de las secuencias SLIC-1 que pueden existir en la población, él artesano experto además apreciará que los cambios pueden introducirse por la mutación dentro de las secuencias de nucleótidos de SEQ ID NO:l, o la secuencia de nucleótidos del inserte de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso , por lo cual dirige los cambios en la secuencia de amino ácidos de las proteínas SLIC-1 codificadas, sin alterar la capacidad funcional de las proteínas SLIC-1. Por ejemplo, las substituciones de los nucleótidos que dirigen las substituciones de los amino ácidos en los residuos de amino ácidos "no esenciales" pueden hacerse en la secuencia de SEQ ID NO:l, o la secuencia de pucleótidos del inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso . Un residuo de amino ácidos "no esencial" es un residuo que puede alterarse a partir de la secuencia del tipo silvestre de SLIC- 1 (por ejemplo, la secuencia de SEQ ID NO: 2) sin alterar la actividad biológica, mientras µn residuo de amino ácidos "esencial" se requiere para la actividad biológica. Por ejemplo, los residuos de amino ácidos que se conservan entre las proteínas SLIC-1 de la presente invención, por ejemplo, aquellas presentes en una secuencia molecular recurrente de activación basada en el inmunoreceptor tirosina, se predicen que están particularmente no influenciada, por la alteración. Además, los residuos de amino ácidos adicionales que se conservan entre las proteínas SLIC-1 de la presente invención y otros miembros de la familia de la SLIC-1 que no son probablemente a ser influencia a la alteración. Consecuentemente, otro aspecto de la invención pertenece a las moléculas de ácido nucleico que codifican a las proteínas SLIC-1 que contienen cambios en los residuos de amino ácidos que no son esenciales para la actividad. Tales proteínas SLIC-1 difieren en la secuencia de amino ácidos de SEQ ID NO: 2, todavía retiene la actividad biológica. En una modalidad, la molécula de ácido nucleico aislada comprende una secuencia de nucleótidos que codifica una proteína, en donde la proteína comprende una secuencia de amino ácidos de al menos aproximadamente 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% o más idéntica a la SEQ ID NO:2.
Una molécula de ácido nucleico aislada que codifica una proteína SLIC-1 idéntica a la proteína de SEQ ID NO: 2, puede crearse introduciendo una o más substituciones, adiciones o eliminaciones de nucleótidos dentro del inserte de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso de manera que una o más substituciones, adiciones o eliminaciones de amino ácidos se introducen dentro de la proteína codificada. Las mutaciones pueden introducirse dentro de la SEQ ID N0:1, o la secuencia de nucleótidos del inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso mediante las técnicas estándares, tal como la mutagénesis dirigida al sitio y la mutagénesis" mediada por PCR. Preferentemente, las substituciones de los amino ácidos conservativa se hacen en uno o más residuos de amino ácidos no esenciales previstos. Una "substitución de amino ácidos conservativa" es una en la cual el residuo de amino ácidos se reemplaza con un residuo de amino ácidos que tiene una cadena lateral similar. La familias de los residuos de amino ácidos que tienen cadenas laterales similares se han definido en la técnica. Estas familias incluyen los amino ácidos con las cadenas laterales básicas (por ejemplo, lisina, arginina, histidina), cadenas laterales acidas (por ejemplo, ácido aspártico, ácido glutámico) , cadenas laterales no cargadas (por ejemplo, alanina, valina, leucina, isoleucina, prolina, fenilalanina, metionina, triptofano) , cadenas laterales beta-ramificadas (por ejemplo, treonina, valina, isoleucina) y cadenas laterales aromáticas (por ejemplo, tirosina, fenilalanina, triptofano, histidina) . De esta manera, un residuo de amino ácidos no esencial previsto en una proteína SLIC-1 preferentemente se reemplaza con otro residuo de amino ácidos de la misma familia de la misma cadena lateral. Alternativamente, en otra modalidad, las mutaciones puede introducirse fortuitamente a lo largo de toda o parte de la secuencia que codifica a la SLIC-1, tal como la mutagénesis de saturación, y los mutantes resultantes puede seleccionarse para la actividad biológica de la SLIC-1 para identificar los mutantes que retienen la actividad. Enseguida de la mutagénesis de SEQ ID N0:1, o la secuencia de nucleótidos del inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC co Número de Acceso , la proteína_ codificada puede expresarse recombinantemente y la actividad de la proteína puede determinarse. En una modalidad preferida, una proteína SLIC-1 mutante puede ensayarse para la capacidad a (1) interactuar con la molécula de la proteína no SLIC-1; (2) activar una trayectoria de transducción de la señal SLIC-1 dependiente; (3) modular una trayectoria de transducción de la señal dependiente de PSGL-1; (4) modular la adhesión intercelular; (5) modular la asociación de PSGL-1 con el citoesqueleto; (6) modular la activación y/o proliferación de la célula; y (7) modular la migración de la célula. Además a las moléculas del ácido nucleico que codifica las proteínas SLIC-1 antes descritas, otro aspecto de la invención perteneciente a las moléculas de amino ácidos aisladas que están en anti-sentido a ésta. Un ácido nucleico "anti-sentido" comprende una secuencia de nucleótidos que es complementaria a un ácido nucleico "sentido" que codifica a una proteína, por ejemplo, complementaria a la hebra codificante de una molécula de ADNc de doble hebra o complementaria a una secuencia de ARNm. Consecuentemente, un ácido nucleico anti-sentido puede enlazar al hidrógeno a un ácido nucleico sentido. El ácido nucleico anti-sentido puede ser complementario a una hebra que codifica a la SLIC-1 completa, o a solo una parte de la misma. En una modalidad, una molécula de ácido nucleico anti-sentido está en antisentido con una "región codificante" de la hebra codificante de una secuencia de nucleótidos que codifican a la SLIC-1. El término "región codificante" se refiere a la región de la secuencia de nucleótidos que comprende codones que se traducen dentro de los residuos de amino ácidos (por ejemplo, la región codificante de la SLIC-1 humana correspondiente a la SLIC-1) . En otra modalidad, la molécula de ácido nucleico anti-sentido está en anti-sentido a una "región no codificante" de la hebra codificante de una secuencia de nucleótidos que codifican la SLIC-1. El término "región no codificante" se refiere a las secuencia 5' y 3' que flanquean la región codificante que no se traduce dentro de los amino ácidos (por ejeraplo, también referido como las regiones no traducidas 5' y 3' ) . Dado las secuencias de hebra codificantes que codifican las SLIC-1 aquí divulgadas (por ejemplo, SEQ ID N0:1), los ácidos nucleicos anti-sentido de la invención pueden diseñarse de acuerdo a las reglas de apareamiento de bases de Watson y Crick. La molécula de ácido nucleico anti-sentido puede ser complementaria a la región completa codificante de ARNm de la SLIC-1, pero más preferentemente es un oligonucleótido que está en anti-sentido con solo una porción de una región codificante o no codificante del ARNm de la SLIC-1. Por ejemplo, el oligonucleótido anti-sentido puede ser complementario a la región circundante al sitio de inicio de la traducción del ARNm de la SLIC-1. Un oligonucleótido antisentido puede ser, por ejemplo, aproximadamente 5, 10, 15, 20, 25, 30 ,35 40, 45 o 50 nucleótidos en longitud. Un ácido nucleico anti-sentido de la invención puede construirse usando las reacciones de síntesis química o de ligación enzimática usando los procedimientos conocidos en la técnica. Por ejemplo, un ácido nucleico anti-sentido (por ejemplo, un oligonucleótido anti-sentido) puede químicamente sintetizarse usando nucleótidos que naturalmente aparecen o nucleótidos diversamente modificados, diseñados para incrementar la estabilidad biológica de las moléculas o para incrementar la estabilidad física de los pares formados entre los ácidos nucleicos anti-sentido y sentidos, por ejemplo, pueden usarse los derivados del fosforotioato y los nucleótidos substituidos de la acridina. Los ejemplos de los nucleótidos modificados que pueden usarse para generar el ácido nucleico anti-sentido incluyen 5-fluoroaracilo, 5-bromouracilo, 5-clorouracilo, 5-yodouracilo, hipoxantina, xantina, 4-acetilcitosina, 5- (carboxíhidroximetil) uracilo, 5-carboxímetilaminometil-2-tiouridina, 5-carboxímetilaminometiluracils, dihidrouracilo, beta-D-galactoilqueosina, inosina, N6-isopenteniladenina, 1-metilguanina, 1-metilinosina, 2, 2-dinetilguanina, 2-metiladenina, 2-metilguanina, 3-metilcitosina, 5-metilcitosina, Nd-adenina, 7-metilguanina, 5-metilaminometiluracilo, 5-metoxiaminometil-2-tiouracilo, beta-D-mannosilqueosina, 5' -metoxicarboximetiluracilo, 5-metoxiuracilo, 2-metiltio-N6-isopenteniladenina, ácido uracil-5-oxiacetico (v) , wibutoxosina, pseudouracilo, queosina, 2-tiocitosina, 5-metil-2-tiouracilo, 2-tiouracilo, 4-tiouracilo, 5-metiluracilo, ácido uracil-5-oxiacetico (v) , 5-metil-2-tiouracilo, 3- (3-amino-3-N-2-carboxipropil) uracilo, (acp3)w, y 2, 6-diaminopurina . Alternativamente, el ácido nucleico antisentido puede producirse biológicamente usando un vector de expresión dentro del cual un ácido nucleico ha sido subclonado en una orientación anti-sentido (por ejemplo, el ARN transcripto del ácido nucleico insertado debe ser de una orientación anti-sentido a un ácido nucleico objetivo de interés, además descrito en la siguiente subsección) . Las moléculas del ácido nucleico anti-sentido de la invención típicamente se administran a un sujeto o se generan in si tu de manera que éstas se hibridicen con o se unan al ARNm celular y/o ADN genómico que codifica una proteína SLIC-1 por lo cual se inhibe la expresión de la proteína, por ejemplo, inhibiendo la transcripción y/o transducción. La hibridización puede ser por medio de un nucleótido convencional complementario para formar una dupla estable, o, por ejemplo, en el caso de una molécula de ácido nucleico anti-sentido que se une a los pares o duplas de ADN, a través de las interacciones especificas en la principal ranura del eje doble. Un ejemplo de una ruta de la administración de las moléculas de ácido nucleico anti-sentido de la invención incluyen inyección directa en un sitio de tejido. Alternativamente, las moléculas de ácido nucleico anti-sentido pueden modificarse para apuntar a las células seleccionadas y entonces sistemáticamente administrarse. Por ejemplo, para la administración sistemática, las moléculas anti-sentido pueden modificarse de manera que éstas se unan específicamente a los receptores o antígenos expresados en una superficie de la célula seleccionada, por ejemplo, ligando las moléculas de ácido nucleico anti-sentido a los péptidos o anticuerpos que se unen a los receptores o antígenos de la superficie de la célula. Las moléculas de ácido nucleico anti-sentido también pueden liberarse a las células usando los vectores aquí descritos . Para alcanzar las concentraciones intracelulares suficientes de la secuencia molecular recurrentes antisentido, son preferidos los constructos de los vectores en los cuales la molécula de ácido nucleico anti-sentido se coloca bajo el control de un fuerte promotor pol II o pol III. En todavía otra modalidad, la molécula de ácido nucleico anti-sentido de la invención es una molécula de ácido nucleico a-anomérica. Una molécula de ácido nucleico a-anomérica forma híbridos específicos de doble hebra con ARN o complementario en el cual, contrario a la ß-unidades usuales, las hebras corren en paralelo una de la otra (Gaultier et al . (1987) Nucleic Acids . Res . 15:6625-6641). La molécula de ácido nucleico anti-sentido también puede comprender un 2'-o-metilribonucleótido (Inoue et al . (1987) FEBS Let t . 215:327-330) .
En otra modalidad más, una ácido nucleico anti-sentido de la invención es una ribozima. Las ribozimas son moléculas de ARN catalícas con actividad ribonucleasa que son capaces de escindir una ácido nucleico de una hebra, tales como el ARNm, para que estos tengan una región complementaria. De esta manera, las ribozimas (por ejemplo, ribozimas cabeza de martillo (descritas en Haselhoff and Gerlach (1988) Na ture 334:585-591)) pueden usarse para escindir catalíticamente los transcriptos de ARNm de la SLIC-1 para lo cual se inhibe la traducción del ARNm. Una ribozima que tiene especificidad para el ácido nucleico que codifica a la SLIC-1 puede diseñarse con base en la secuencia de nucleótidos del ADNc SLIC-1 aquí divulgada (por ejemplo, la SEQ ID NO:l o la secuencia de nucleótidos del inserto de ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso ) . Por ejemplo, un derivado de una ARN L-19 IVS Tetrahymena puede construirse en el cual la secuencia de nucleótidos del sitio activo es complementario a la secuencia de nucleótidos para ser escindido en el ARN que codifica a la SLIC-1. Ver, por ejemplo, Cech et al . Patente Norteamericana No. 4,987,071; y Cech et al . Patente Norteamericana No. 5,116,742.
Alternativamente, el ARNm de la SLIC-1 puede usarse para seleccionar una ARN catalítico que tiene una actividad de ribonucleasa especifica de un conjunto de moléculas de ARN.
Ver, por ejemplo, Bartel, D. And Szostak, J. W. (1993) Science 261:1411-1418. Alternativamente, la expresión del gen SLIC-1 puede inhibirse apuntando hacia las secuencias de nucleótidos complementarias en la región regulatoria de la SLIC-1 (por ejemplo, el promotor y/o mejoradores de la SLIC-1) para formar las estructuras helicoidales triples que prevén las transcripción del gen de la SLIC-1 en las células objetivo. Ver generalmente, Helene, C. (1991) Anticancer Drug Des . 6(6):569-84; Helene, C. et al . (1992) Ann . N. Y. Acad. Sci . 660:27-36; y Maher, L. J. (1992) Bioassays 14 (12) : 807-15. En otra modalidad más, las moléculas de ácido nucleico SLIC-1 de la presente invención pueden modificarse en las porciones base, porciones de azúcar o la cadena principal del fosfato para mejorar, por ejemplo, la estabilidad, la hibridización, o solubilidad de la molécula. Por ejemplo, la cadena principal del fosfato de desoxirribosa de las moléculas del ácido nucleico puede modificarse para generar los ácidos nucleicos del péptido (ver Hyrup B. et al . (1996) Bioorganic Medicinal Chemistry 4(l):5-23, Como aquí se usó, los términos "ácidos nucleicos del péptido" o "ANPs" se refieren a los ácidos nucleicos que imitan, por ejemplo al ADN, en los cuales la cadena principal del fosfato de desoxirribosa se reemplaza por una cadena principal de pseudopéptido y solo las cuatro nucleobases naturales se retienen. La cadena principal neutral de los ANPs se ha mostrado que permite la hibridización especifica del ADN y ARN bajo condiciones de baja fuerza iónica. La síntesis de los oligómeros de ANP puede realizarse usando los protocolos estándares de síntesis del péptido en la fase sólida como se describen en Hyrup B. et al (1996) supra ; Perry-O' Keefe et al . Proc. Na ti . Acad. Sci . 93:14670-675. Los ANPs de las moléculas de ácido nucleico SLIC-1 pueden usarse en las aplicaciones terapéuticas y de diagnostico. Por ejemplo, los ANPs pueden usarse como agentes anti-sentido o anti-gen para la modulación de la secuencia de la expresión del gen mediante, por ejemplo, inducir la detención de la transcripción o traducción o inhibir la replicación. Los ANPs de las moléculas de ácido nucleico SLIC-1 también pueden usarse en el análisis de las mutaciones del par de base simple en un gen, (por ejemplo, por fijar el RCP dirigido el ANP); como las "enzimas de restricción artificial" cuando se usaron en combinación con otras enzimas, (por ejemplo, las nucleasas SI (Hyrup B. (1996) supra ) ) ; o como sondas o cebadores para la secuenciación o hibridización del ADN (Hyrup B. et al (1996) supra ; Perry-O' Keefe supra ) . En otra modalidad, APNs de la SLIC-1 pueden modificarse (por ejemplo, para mejorar su estabilidad o absorción celular) , ligando los grupos lipofilicos u otros grupos auxiliares al APN, mediante la formación de las quimeras de ADN-APN, o por el uso de los liposomas u otras" técnicas de liberación del fármaco conocidas en la técnica. Por ejemplo, las quimeras de ADN-ANP de las moléculas de ácido nucleico SLIC-1 pueden generarse las cuales pueden combinarse las propiedades ventajosas de ADN y ANP. Tales quimeras permiten a las enzimas de reconocimiento del ADN, (por ejemplo, el H del ARN y las polimerasas del ADN) , interactuar con la porción del ADN mientras que la porción de ANP podría proveer la alta afinidad y especificidad de unión. Las quimeras ADN-ANP pueden enlazarse usando enlazadores de longitudes apropiadas seleccionados en términos del apilamiento de bases, el número de enlaces entre las nucleobases, y la orientación (Hyrup B. (1996) supra) . La síntesis de las quimeras de ADN-ANP pueden realizarse como se describe en Hyrup B. (1996) supra y Finn P. J. Et al . (1996) Nucleic Acids Res . 24 (17) : 3357-63. Por ejemplo, la cadena de ADN puede sintetizarse sobre un soporte sólido usando la química estándar de acoplamiento de la fosforamidita y modificar los análogos de los nucleósidos, por ejemplo, la 5' - (4-metoxitritil) amino-5' -desoxi-timidina fosforamidita, puede usarse entre el ANP y el extremo 5' del ADN (Mag, M. Et al (1989) Nucleic Acid Res . 17:5973-88). Los monómeros del ANP entonces se acoplan en forma de etapas para producir una molécula quimérica con el segmento 5' del ANP y un segmento 3' del ADN (Finn P. . J. et al . (1996) supra ) . Alternativamente, las moléculas quiméricas pueden sintetizarse con un segmento 5' de ADN y un segmento 3' del ANP (Peterser, K. H. et al . (1975) Bioorganic Med. Chem . Let t . 5:1119-11124). En otras modalidades, el oligonucleótido puede incluir otros grupos anexos tales como los péptidos (por ejemplo, los receptores de las célula hospedera de objetivo in vivo) , o agentes que facilitan el transporte a través de la membrana de la célula (ver, por ejemplo, Letsinger et al . (1989) Proc . Na ti . Acad. Sci . USA 86:6553-6556; Lemaitre et al . (1987) Proc . Na ti . Acad. Sci . USA 84:648-652; Publicación PCT No. WO88/09810) o la barrera del cerebro a al sangre (ver, por ejemplo, Publicación PCT No. W089/10134) . Además, los oligonucleótidos pueden modificarse con agentes escisión que provocan la hibridización (Ver, por ejemplo, Krol et al . (1988) Bio-Techniques 6:958-976) o agentes intercalantes (Ver, por ejemplo, Zon, (1988) Pharm . Res . 5:539-549). Para este fin, el oligonucleótido puede conjugarse con otra molécula, (por ejemplo, un péptido, agente de reticulación que provoca la hibridización, agente de transporte, o un agente de escisión que provoca la hibridización) . Alternativamente, las características de expresión de un gen de SLIC-1 endógeno dentro de una línea de una célula o microorganismo puede modificarse insertando un elemento regulatorio del ADN heterólogo dentro del genoma de la línea de la célula estable o el microorganismo clonado de manera que el elemento regulatorio insertado operativamente se ligue o enlace con el gen de la SLIC-1 endógeno. Por ejemplo, gen de la SLIC-1 endógeno que normalmente es "transcripcionalmente silente", nucleótido, un gen de la SLIC-1 que normalmente no se expresa, o solo se expresa en niveles muy bajos en una línea de célula o microorganismo, puede activarse insertando un elemento regulatorio que es capaz de promover la expresión del producto gen normalmente expresado en esa línea de célula o microorganismo. Alternativamente, un gen de la SLIC-1 endógeno, transcripcionalmente silente, puede activarse por la inserción de un elemento regulatorio promiscuo que trabaja a través de los tipos de células. Un elemento regulatorio heterólogo puede insertarse dentro de una línea de célula estable o microorganismo clonado, de manera que operativamente se ligue o enlace con un gen de la SLIC-1 endógeno, usando las técnicas, tales como la recombinación homologa dirigida, que es bien conocida por aquellos expertos en la técnica, y descrita, por ejemplo, en Chappel, Patente Norteamericana No. 5,272,071; Publicación de PCT No. WO 91/06667, publicada en Mayo 16, 1991.
II. Proteínas SLIC-1 Aisladas de Anticuerpos Anti-SLIC-1 Un aspecto de la invención pertenece a las proteínas SLIC-1 aisladas, y porciones biológicamente activas de las mismas, así como también a fragmentos de .polipéptidos adecuados para su uso como inmunógenos para aumentar los anticuerpos anti-SLIC-1. En una modalidad, las proteínas SLIC-1 nativas pueden aislarse de las células o fuentes de tejido por un esquema de purificación apropiado usando las técnicas de purificación estándar de las proteínas. En otra modalidad, las proteínas SLIC-1 se producen por las técnicas de ADN recombinantes. Alternativo a la expresión recombinante, una proteína o polipéptido SLIC-1 puede sintetizarse químicamente usando las técnicas de síntesis de péptidos. Una proteína "aislada" o "purificada" o una porción biológicamente activas de la misma está substancialmente libre del material celular u otras proteínas contaminantes de las célula o fuente de tejido de la cual la proteína SLIC-1 se deriva, o substancialmente libre de precursores^ químicos u otros químicos cuando químicamente se sintetiza. El lenguaje "substancialmente libre de material celular" incluye las preparaciones de la proteína SLIC-1 en las cuales la proteína se separa de los componentes celulares de las células de las cuales ésta se aisla o se produce recombinantemente. En una modalidad, el lenguaje "substancialmente libre de material celular" incluye las preparaciones de proteína SLIC-1 que tiene aproximadamente menos del 30% (en peso seco) de la proteína no SLIC-1 (también aquí referido como una "proteína contaminante") , más preferentemente menos de aproximadamente el 20% de la proteína no SLIC-1, aún más preferentemente menos de aproximadamente el 10% de la proteína no SLIC-1, y más preferentemente menos de aproximadamente el 5% de la proteína no SLIC-1. Cuando la proteína SLIC-1 o la porción biológicamente activa de la misma se produce de manera recombinante, ésta también está preferentemente substancialmente libre del medio de cultivo, por ejemplo, el medio de cultivo que representa menos de aproximadamente el 20%, más preferentemente menos de aproximadamente el 10%, y más preferentemente menos de aproximadamente el 5% del volumen de la preparación de la proteína. El lenguaje "substancialmente libre de precursores químicos u otros químicos" incluye las preparaciones de la proteína SLIC-1 en las cuales la proteína se separa de los precursores químicos u otros químicos que están involucrados en la síntesis de la proteína. En una modalidad, el lenguaje "substancialmente libre de precursores químicos u otros químicos" incluye las preparaciones de la proteína SLIC-1 que tienen menos de aproximadamente el 30% (peso en seco) de precursores químicos o químicos no SLIC-1, más preferentemente menos de aproximadamente el 20% de precursores químicos o químicos no SLIC-1, aún más preferentemente menos de aproximadamente el 10% de precursores químicos o químicos no SLIC-1, y más preferentemente menos de aproximadamente el 5% de precursores químicos o químicos no SLIC-1. Como aquí se usa, una "porción biológicamente activa" de una proteína SLIC-1 incluye una fragmento de una proteína SLIC-1 de una proteína SLIC-1 que participa en una interacción entre una molécula de la SLIC-1 y una molécula no SLIC-1. Las porciones biológicamente activas de una proteína SLIC-1 incluyen los péptidos que comprenden las secuencias de amino ácidos suficientemente idénticas a o derivadas de las secuencia de amino ácidos de la proteína SLIC-1, por ejemplo, la secuencia de amino ácidos mostrada en SEQ ID NO: 2, la cual incluye menos amino ácidos que la longitud completa de las proteínas SLIC-1, y exhibe al menos una actividad de una proteína SLIC-1. Típicamente, las porciones biológicamente activas comprende un dominio o una secuencia molecular recurrente con al menos una actividad de la proteína SLIC-1, por ejemplo, la transducción de la señal modulante, la asociación de la PSGL-1 con el citoesqueleto, o la adhesión de la célula. Un porción biológicamente activa de una proteína SLIC-1 que puede ser un polipéptido que es, por ejemplo, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 75, 88, 100, 125, 150, 160, 175, 200, 226, o más amino ácidos en longitud. Las porciones biológicamente activas de una proteína SLIC-1 pueden usarse como objetivos para los agentes de desarrollo que modulan una actividad mediada por la SLIC-1, por ejemplo, la modulación de la transducción de la señal, la asociación de la PSGL-1 con el citoesqueleto, o adhesión de la célula. En una modalidad, una porción biológicamente activa de una proteína SLIC-1 comprende al menos una secuencia molecular recurrente de activación basada en la tirosina del inmunorreceptor. Además, otras porciones biológicamente activas, en las cuales se eliminan otras regiones de la proteína, pueden prepararse por las técnicas recombinantes y evaluadas para una o más actividades funcionales de una proteína SLIC-1 nativa. En una modalidad preferida, la proteína SLIC-1 tienen una secuencia de amino ácidos en SEQ ID NO: 2. En otras modalidades, la proteína SLIC-1 es substancialmente idéntica a la SEQ ID NO: 2, y retiene la actividad funcional de la proteína de SEQ ID NO: 2, todavía difiere en la secuencia de amino ácidos debido a la variación alélica natural o a la mutagénesis, como se describió en detalle en la subsección I anterior. Consecuentemente, en otra modalidad, la proteína SLIC-1 es una proteína que comprende una secuencia de amino ácidos al menos aproximadamente 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% o más idéntica a la SEQ ID NO:2. Para determinar el porcentaje de identidad de dos secuencias de amino ácidos o de dos secuencias de ácidos nucleicos, las secuencias se alinean para los propósitos de comparación óptima (por ejemplo, las aperturas pueden introducirse en una o ambas de una primera y segunda secuencias de ácido nucleico o secuencia de amino ácidos para el alineamiento óptimo y las secuencia no idénticas puede no considerarse para los propósitos de comparación) . En una modalidad preferida, la longitud de una secuencia de referencia alineada para los propósitos de comparación es de al menos el 30%, preferentemente al menos el 40%, más preferentemente al menos el 50%, aún más preferentemente al menos el 60%, e incluso más preferentemente al menos el 70%, 80% o 90% de longitud de la secuencia de referencia (por ejemplo, cuando se alinea una segunda secuencia con la secuencia de amino ácidos de la SLIC-1 de la SEQ ID NO: 2 que tiene 316 residuos de amino ácidos, al menos 95, preferentemente al menos 126, más preferentemente al menos 158, incluso más preferentemente al menos 190, e incluso más preferentemente al menos 221 o más residuos de amino ácidos alineados) . Entonces se comparan los residuos de amino ácidos o nucleótidos en las posiciones correspondientes de los amino ácidos o las posiciones de los nucleótidos. Cuando una posición en la primer secuencia está ocupada por el mismo residuo de amino ácidos o nucleótido como la posición correspondiente en la segunda secuencia, entonces las moléculas son idénticas en esa posición (como aquí se usó la "identidad" de amino ácidos o ácidos nucleicos es equivalente a la "homología" de amino ácidos o ácidos nucleicos) . El porcentaje de identidad entre las dos secuencias es una función del número de posiciones idénticas compartidas por las secuencias, tomando en cuenta el número de aperturas o separaciones, y la longitud de cada apertura, que es necesario introducir para el alineamiento óptimo de las dos secuencias.
La comparación de las secuencias y la determinación del porcentaje de identidad entre las dos secuencias puede realizarse usando un algoritmo matemático. En una modalidad preferida, el porcentaje de identidad entre las dos secuencias se determina usando el algoritmo de Needleman y Wunsh ( J. Mol . Biol . (48):444-453 (1970)) que se ha incorporado en el programa GAP en el paquete del conjunto de programas GCG (disponible en http: //ww .gcg. com) , usando ya sea una matriz 62 de Blosum o una matriz PAM250, y un valor de la apertura de 16, 14, 12, 10, 8, 6, o 4 y un valor de longitud de 1, 2, 3, 4, 5, o 6. En todavía otra modalidad preferida, el porcentaje de identidad entre las dos secuencias se determina usando la programa GAP en el paquete del conjunto de programas GCG (disponible en http : //ww . gcg . com) , usando una matriz NWSgapdna.CMP y un valor de la apertura de 40, 50, 60, 70, ó 80 y un valor de longitud de 1, 2, 3, 4, 5, ó 6. En otra modalidad, el porcentaje de identidad entre las secuencias de amino ácidos y ácidos nucleicos se determina usando el algoritmo de E. Meyer y Miller ((1988) Comput , Appl . Biosci . 4:11-17) que aquí se ha incorporado dentro del programa ALIGN (versión 2.0), usando la tabla de valores del residuo PAM120, una penalidad de la longitud de la apertura de 12 y una penalidad de la longitud de la apertura de 4. Las secuencias de la proteína y del ácido nucleico de la presente invención además pueden usarse como una "secuencia de rastreo" para realizar una búsqueda en contra de las bases de datos publicas de, por ejemplo, la identidad de otros miembros de la familia o secuencias relacionadas. Tales búsquedas pueden realizarse usando los programas NBLAST y XBLAST (versión 2.0) de Altschul, et al . (1990) J. Mol . Biol . 215:403-10. Las búsquedas de nucleótidos BLAST pueden realizarse con el programa NBLAST, puntaje = 100, longitud del término = 12 para obtener las secuencias de nucleótidos homólogos a las moléculas de ácido nucleico SLIC-1 de la invención. Las búsquedas de la proteína BLAST con el programa XBLAST, puntaje = 100, longitud del término = 3 para obtener las secuencias de nucleótidos homólogos a las moléculas de ácido nucleico SLIC-1 de la invención. Para obtener los alineamientos con aperturas para los propósitos de comparación, el Gapped BLAST o con separación puede utilizarse como se describe en Altschul et al . , (1997) Nuciere Acids Res . 25 (17) : 3389-3402. Cuando se utilizan los programas BLAST o Gapped BLAST, pueden usarse los paramentos de incumplimiento de los programas respectivos (por ejemplo, XBLAST y NBLAST) . Ver htt : //www . ncbi . nlm. nih . gov. La invención también provee proteínas quiméricas o de fusión de la SLIC-1. Como aquí se usó, una "proteína quimérica" o "proteína de fusión" de la SLIC-1 comprende un polipéptido SLIC-1 operativamente ligado o enlazado al polipéptido no SLIC-1. Un "polipéptido SLIC-1" se refiere a un polipéptido que tiene una secuencia de amino ácidos correspondiente a la SLIC-1, mientras un "polipéptido no SLIC-1" se refiere a un polipéptido que tiene una secuencia de amino ácidos correspondiente a una proteína que no es substancialmente homologa a la proteína SLIC-1, por ejemplo, una proteína que es diferente a la proteína SLIC-1 y que se deriva del mismo o diferente organismo. Dentro de la proteína de fusión SLIC-1 el polipéptido SLIC-1 puede corresponder a toda o una porción de la proteína SLIC-1. En una modalidad preferida, una proteína de fusión SLIC-1 comprende al menos una porción biológicamente activa de la proteína SLIC-1. En otra modalidad preferida, una proteína de fusión SLIC-1 comprende al menos dos porciones biológicamente activas de la proteína SLIC-1. Dentro de la proteína de fusión, el término "operativamente ligado o enlazado" se entiende que indica que el polipéptido SLIC-1 y el polipéptido no SLIC-1 se fusionan en estructura uno con el otro. El polipéptido no SLIC-1 puede fusionarse con el N-terminal o C-terminal del polipéptido SLIC-1. Por ejemplo, en una modalidad, la proteína de fusión es una proteína de fusión GST-SLIC-1 en la cual las secuencias SLIC-1 se fusionan al C-terminal de la secuencias GST. En otra modalidad, la proteína de fusión es una proteína de fusión T7-SLIC-1 en la cual las secuencias SLIC-1 se fusionan con las secuencias T7, por ejemplo, la etiqueta de la proteína T7 (ver el Ejemplo 4) . Tales proteínas de fusión pueden facilitar la purificación y/o detección de SLIC-1 recombinante. En otra modalidad, la proteína de fusión es una proteína SLIC-1 que contiene una secuencia de señal heteróloga en su N-terminal. En ciertas células hospederas (por ejemplo, las células hospederas de mamíferos) , las expresión y/o secreción de la SLIC-1 puede incrementarse a través del uso de una secuencia de señal heteróloga.
Las proteínas de fusión SLIC-1 de la invención pueden incorporarse dentro de las composiciones farmacéuticas y administrarse a un sujeto in vivo . Las proteínas de fusión SLIC-1 pueden usarse para afectar la biodisponibilidad del substrato SLIC-1. El uso de las proteínas de fusión SLIC-1 puede ser útil terapéuticamente para el tratamiento de los desordenes causados por, por ejemplo, (i) la modificación o mutación aberrante de un gen que codifica un proteína SLIC-1; (ii) la mala-regulación del gen SLIC-1; y (iii) la modificación post-traduccional aberrante de una proteína SLIC-1. Además, las proteínas de fusión SLIC-1 de la invención pueden usarse como inmunógenos para producir los anticuerpos anti-SLIC-1 en el sujeto, para purificar los ligandos SLIC-1 en los ensayos seleccionados para identificar las moléculas que inhiben la interacción de la SLIC-1 con el substrato SLIC-1. Preferentemente, una proteína de fusión o quimérica SLIC-1 de la invención se produce por las técnicas del ADN recombinantes estándares. Por ejemplo, los fragmentos de ADN que codifican las diferentes secuencias de polipéptido se ligan juntos en la estructura en conformidad con las técnicas convencionales, por ejemplo empleando los términos extremo tomo o extremo escalonado para la ligación, la restricción de la digestión de la enzima para proveer el término apropiado, el cumplimiento de los extremos cohesivos como apropiados, el tratamiento de la fosfatasa alcalina para evitar la unión no deseable, y la ligación enzimática. En otra modalidad, el gen de fusión puede sintetizarse por medio de las técnicas convencionales incluyendo los sintetizadores de ADN automatizados. Alternativamente, la amplificación por PCR de los fragmentos del gen puede llevarse a cabo usando los cebadores de apoyo que dan lugar a los salientes adicionales entre dos fragmentos del gen consecutivos que pueden hibridarse y reamplificarse para generar una secuencia del gen quimérica (ver, por ejemplo, Current Protocols in Moelcular, eds. Ausubel et al . John Wiley & Sons: 1992) . Además, muchos vectores de expresión que ya codifican una porción de fusión están comercialmente disponibles (por ejemplo, un polipéptido GST) . Un ácido nucleico que codifica la SLIC-1 puede clonarse dentro de un vector de expresión de manera que la porción de fusión se ligue o enlace en la estructura con la proteína SLIC-1. La presente invención también se aplica a las variantes de las proteínas SLIC-1 cuya función es ya sea como agonista SLIC-1 (miméticos) o como antagonistas SLIC-1. Las variantes de las proteínas SLIC-1 puede generarse por la mutagénesis, por ejemplo, la mutación en el punto discreto o la truncación de una proteína SLIC-1. Un agonista de las proteínas SLIC-1 puede retener substancialmente las mismas, o un subconjunto, de las actividades biológicas de la forma que aparece naturalmente de la proteína SLIC-1. Un antagonista de una proteína SLIC-1 puede inhibir una o más actividades de la forma que aparece naturalmente de una proteína SLIC-1, mediante, por ejemplo, modular competitivamente una actividad mediada por la SLIC-1 de una proteína SLIC-1. De esta manera, los efectos biológicos específicos pueden responder al tratamiento con una variante de la función limitada. En una modalidad, el tratamiento de un sujeto con una variante que tiene una subconjunto de las actividades biológicas de la forma que aparece naturalmente de la proteína tiene menos efectos secundarios en un sujeto con relación al tratamiento con la forma que aparece naturalmente de la proteína SLIC-1. En una modalidad, las variantes de una proteína SLIC-1 cuya función es ya sea como agonistas SLIC-1 (miméticos) o como antagonistas SLIC-1 puede identificarse mediante la selección de las genotecas combinatoriales o mutantes, por ejemplo, los mutantes de la truncación, de una proteína SLIC-1 para la actividad agonista o antagonista de la proteína SLIC-1, En una modalidad, una genoteca variegada de las variantes de la SLIC-1 se genera mediante la mutagénesis combinatorial en el nivel del ácido nucleico y se codifica por una genoteca de gen variegado. Una genoteca variegada de las variantes de la SLIC-1 puede producirse mediante, por ejemplo, ligar enzimáticamente una mezcla de oligonucleótidos sintéticos dentro de las secuencia del gen de manera que un conjunto degenerado de las secuencias de la SLIC-1 potenciales es expresable como polipéptidos individuales, o alternativamente, como un conjunto de proteínas de fusión más grandes (por ejemplo, para mostrar el Fag o bacteriofag) que contiene el conjunto de secuencias de la SLIC-1 dentro de la misma. Hay una variedad de métodos que pueden usarse para producir las genotecas de las variantes de la SLIC-1 potenciales a partir de la secuencia del oligonucleótido degenerada. La síntesis química de una secuencia del gen degenerada puede realizarse en una sintetizador de ADN automático, y el gen sintético entonces se liga dentro de una vector de expresión apropiado. El uso de un conjunto degenerado de genes permite la provisión, en una mezcla, de todas las secuencias que codifican el conjunto deseado de las secuencias de la SLIC-1 potenciales. Los métodos para sintetizar los oligonucleótidos degenerados se conocen en la técnica (ver, por, Narang, S. A. (1983) Tetrahedron 39:3; Itakura et al . (1984) Annu . Rev. Biochem . 53:323; Itakura et al . (1984) Science 198:1056: Ike et al . K (1983) Nucleic Acid Res . 11:477.
Además, las genotecas de los fragmentos de una secuencia que codifica la proteína SLIC-1 puede usarse para generar una población variegada de los fragmentos de la SLIC-1 para la separación y selección subsiguiente de las variantes de una proteína SLIC-1. En una modalidad, una genoteca de fragmentos de la secuencia codificante puede generarse tratando un fragmento de PCR de doble hebra de la secuencia codificante de la SLIC-1 con una nucleasa bajo condiciones en donde la formación de una hendidura ocurre solo aproximadamente una vez por molécula, desnaturalizar el ADN de doble hebra, renaturalizar el ADN para formar el ADN de doble hebra que puede incluir pares sentido / anti-sentido a partir de los diferentes productos, removiendo porciones de una sola hebra de los duplos reformados por medio del tratamiento con la nucleasa Sl, y ligando la genoteca del fragmento resultante dentro del vector de expresión. Por este método, puede derivarse una genoteca de expresión que codifica los fragmentos N-terminal, C-terminal e internos de diferentes tamaños de la proteína SLIC-1. Las diferentes técnicas se conocen en la técnica para seleccionar los productos del gen de las genotecas combinatorias por las mutaciones o la truncación en un punto, y para seleccionar las genotecas del ADNc para los productos del gen que tienen una propiedad seleccionada. Tales técnicas son adaptables para la selección rápida de las genotecas del gen generadas por las mutagénesis combinatorias de las proteínas SLIC-1. La mayoría de las técnicas ampliamente usadas, que son factibles para el análisis de alto rendimiento, para seleccionar las genotecas grandes del gen típicamente incluyen el clonado de las genoteca del gen dentro de los vectores de expresión replicables, transformar las células apropiadas con la genoteca resultante de los vectores, y expresar los genes combinatorios bajo condiciones en que la detección de una actividad deseada que facilita el aislado del vector que codifica el gen del cual cuyo producto se detecta. La mutagénesis de conjunto recursiva (REM) , es una técnica que mejorar la frecuencia de los mutantes funcionales en las genotecas, que puede usarse en combinación con los ensayos de selección para identificar las variantes de la SLIC-1 (Arkin and Yourvan (1992) Proc. Na ti . Acad. Sci . USA 89:7811-7815; Delgrave et al (1993) Protein Engineering 6 (3) : 327-331) . En una modalidad, los ensayos basados en la células pueden explotarse para analizar una genoteca de la SLIC-1 variegado, Por ejemplo, una genoteca de los vectores de expresión puede transferirse dentro de una línea de célula, por ejemplo, la línea de la célula hematopoietica, que ordinariamente responde al ligando SLIC-1 de una manera en particular dependiente del ligando SLIC-1. Las células transferidas entonces se contactan con un ligando SLIC-1 y se puede detectar el efecto de la expresión del mutante en, por ejemplo, la transducción de la señal, la asociación PSGL-1 con el citoesqueleto, o la adhesión celular. El ADN del plásmido entonces se puede recuperar de las células que califican para la inhibición, o alternativamente, la potencialización de la señalización mediante el ligando SLIC-1, y los clones individuales otra vez se caracterizan. Un proteína SLIC-1 aislada, o una porción o un fragmento de la misma, puede usarse como un inmunogen para generar los anticuerpos que unen a la SLIC-1 usando las técnicas estándares para la preparación del anticuerpo policlonal y monoclonal. Una proteína SLIC-1 de longitud completa puede usarse o, alternativamente, la invención provee los fragmentos del péptido antigénico de la SLIC-1 par su uso como inmunógenos. El péptido antigénico de la SLIC-1 comprende al menos 8 residuos de amino ácidos de la secuencia de amino ácidos mostrada en SEQ ID NO: 2 y abarca un epítope de la SLIC-1 tal un anticuerpo generado en contra del péptido forma un complejo inmune especifico con la SLIC-1. Preferentemente, el péptido antigénico comprende al menos 10 residuos de amino ácidos, más preferentemente al menos 15 residuos de amino ácidos, incluso más preferentemente al menos 20 residuos de amino ácidos, y más preferentemente al menos 30 residuos de amino ácidos. Los epítopes preferidos abarcados por el péptido antigénico son regiones de la SLIC-1 que^ es_tán localizadas en la superficie- de la proteína, por ejemplo, las regiones hidrofílicas, así como también las regiones con alta antigenicidad . Un inmunógeno SLIC-1 típicamente se usa para preparar los anticuerpos para inmunizar un sujeto adecuado (por ejemplo, conejo, cabra, ratón u otros mamíferos) con el inmunógeno. Una preparación inmunogénica apropiada puede contener, por ejemplo, la proteína SLIC-1 recombinantemente expresada o un polipéptido SLIC-1 químicamente sintetizado. La preparación además puede incluir un adyuvante, tales como los adyuvantes completos o incompletos de Freund, o un agente similar inmunoestimulatorio . La inmunización de un sujeto adecuado con las preparación de la SLIC-1 inmunogénica que induce una respuesta del anticuerpo anti-SLIC-1 policlonal. Consecuentemente, otro aspecto de la invención se aplica a los anticuerpos anti-SLIC-1. El término "anticuerpo" como aquí se usa se refiere a las moléculas de la inmunoglobulina y la porciones inmunológicamente activas de las moléculas de la inmunoglobina, es decir, las moléculas que contienen un sitio de enlace al antígeno que específicamente se une (inmunoreactivos con) un antígeno, tal como la SLIC-1. Los ejemplos de las porciones inmunológicamente activas de las moléculas de la inmunoglobulina incluyen fragmentos F(ab) y F(ab')2 que pueden generarse tratando el anticuerpo con una enzima tal como la pepsina. La invención provee los anticuerpos policlonales y monoclonales que se unen a la SLIC-1. El término "anticuerpo monoclonal" o "composición del anticuerpo monoclonal", como aquí se usa se refiere a la población de moléculas del anticuerpo que contienen solo una especie de un sitio de unión al anticuerpo capaz de inmunorreaccionar con el epítope particular de la SLIC-1. Una composición del anticuerpo monoclonal de esta manera típicamente muestra una afinidad de unión simple para una proteína SLIC-1 con la cual ésta inmunorreacciona .
Los anticuerpos anti-SLIC-1 policlonales pueden prepararse como se describió arriba inmunizando un sujeto adecuado con un inmunógeno SLIC-1. Por ejemplo, los anticuerpos anti-SLIC-1 policlonales se generaron inmunizando los conejos con un antígeno del polipéptido SLIC-1 conjugado con KLH (ver el Ejemplo 3) . El título del anticuerpo anti-SLIC-1 en el sujeto inmunizado puede monitorearse con el paso del tiempo por las técnicas estándares, tales como con un ensayo inmunosorbente ligado o enlazado a la enzima (ELISA) usando la SLIC-1 inmovilizada. Sí se desea, las moléculas del anticuerpo dirigidas hacia la SLIC-1 pueden aislarse del mamífero (por ejemplo, de la sangre) y además purificarse por técnicas bien conocidas, tales como la cromatografía de la proteína A para obtener la fracción IgG. En un tiempo apropiado después de la inmunización, por ejemplo, cuando los títulos del anticuerpo anti-SLIC-1 son los más grandes, las células que producen el anticuerpo puede obtenerse del sujeto y usarse para preparar los anticuerpos monoclonales por las técnicas estándares, tales como la técnica del hibridoma originalmente descrita por Kohier and Milstein (1975) Na ture 256: 95-497) (ver también, Brown et al . (1981) J. Immunol . 127:539-46; Brown et al . (1980) J. Biol . Chem . 255:4980-83; Yeh et al . (1976) Proc, Na ti Acad. Sci . USA 76:2927-31; and Yeh Et al . (1982) Int . J. Cáncer 29:269-75), la técnica más reciente del hibridoma de las células B humanas (Kosbor et al . (1983) Immunol Today 4:72), la técnica del hibridoma EBV (Colé et al . (1985), Monoclonal Antibodies and Cáncer Therapy, Alan R. Liss, Inc., pp. 77-96) o las técnicas del trioma. La tecnología para producir los hibridomas del anticuerpo monoclonal es bien conocida (ver generalmente, R. H. Kenneth, en Monoclonal Antibodies : A New Dimensión in Biological Analices, Plenum Publishing Corp., New York (1980); E. A. Lerner (1981) Yale J. Biol . . Med. , 54:387-402; M. L. Gefter et al . (1977) Soma tic Cell Genet . 3:231-36). Brevemente, una línea de célula inmortal (típicamente un mieloma) se fusiona a los linfocitos (típicamente esplenocitos) de un mamífero inmunizado con el inmunógeno SLIC-1 como se describió arriba, y los sobrenadantes del cultivo de las células del hibridoma resultantes se seleccionan para identificar un hibridoma que produce un anticuerpo monoclonal que se une a la SLIC-1.
Cualquiera de las muchos protocolos bien conocidos usados para fusionar los linfocitos y las líneas de la célula inmortalizada puede aplicarse para los propósitos de generar un anticuerpo monoclonal anti-SLIC-1 (ver, por ejemplo, G. Galfre et al . (1977) Na ture 266:55052; Gefter et al . Soma tic Cell Genet . , citado supra ; Lerner, Yale J. Biol . Med. , citado supra ; Kenneth, Monoclonal Antibodies, citado supra ) . Además, el trabajador ordinariamente experto apreciará que hay muchas variaciones de tales métodos que también podrían ser útiles.
Típicamente, la línea de la célula inmortal (por ejemplo, una línea de célula de mieloma) se deriva de las mismas especies de mamíferos como los linfocitos. Por ejemplo, las hibridomas murinos pueden obtenerse fusionando los linfocitos de un ratón inmunizado con una preparación inmunogénica de la presente invención con una línea de la célula inmortalizada del ratón. Las líneas de la células inmortalizadas son las líneas de la célula del mieloma del ratón que son sensibles al medio de cultivo que contiene la hipoxantina, aminopterina y timidina ("medio HAT") . Cualquiera de un número de líneas de la célula del mieloma pueden usarse como compañero de fusión de acuerdo a las técnicas estándares, por ejemplo, las líneas del mieloma P3-NSl/l-Ag4-l, P3-x63-Ag8.653 o Sp2/0-Agl4. Estas líneas del mieloma están disponibles de ATCC. Típicamente, las células del mieloma del ratón sensibles a HAT se fusionan a los esplenocitos del ratón usando el glicol ("PEG") . Las células del hibridoma resultantes de la fusión entonces se seleccionan usando el medio HAT, que mata las células del mieloma no fusionadas y no productivamente fusionadas (los esplenocitos no fusionados mueren después de varios días puesto que éstos no se transformaron) . Las células del hibridoma que producen un anticuerpo monoclonal de la invención se detectan seleccionando los sobrenadantes del cultivo del hibridoma para los anticuerpos que se unen a la SLIC-1, por ejemplo, usando un ensayo de ELISA estándar.
Alternativo a la preparación de hibridomas que segregan el anticuerpo monoclonal, un anticuerpo anti-SLIC-1 monoclonal puede identificarse y aislarse seleccionando una genoteca de la inmunoglobulina combinatoria recombinante (por ejemplo, una genoteca que muestra el Fago del anticuerpo) con la SLIC-1 por lo cual los miembros de la genoteca de la inmunoglobulina aislada se une a la SLIC-1. Los equipos para generar y seleccionar las genotecas que muestran el Fago están comercialmente disponibles (por ejemplo, la Pharmacia Recombinant Phage Antibody System, Catalogo No. 27-9400-01; y el Stratagene SurfZAP™ Phage Display Ki t , Catalogo No. 240612) .
Adicionalmente, los ejemplos de los métodos y los reactivos particularmente factibles para su uso en la generación y selección de la genoteca que muestra el anticuerpo pueden encontrarse en, por ejemplo, Ladner, et al , Patente Norteamericana No. 5,223,409; Kang et al , Publicación Internacional PCT No. WO 92/18619; Dower et al , Publicación Internacional PCT No. WO 91/17271; Winter et al , Publicación Internacional PCT WO 92/20791; Markland et al , Publicación Internacional PCT No. WO 92/15679; Breitling et al , Publicación Internacional PCT WO 93/01288; McCafferty et al , Publicación Internacional PCT No. WO 92/01047; Garrard et al , Publicación Internacional PCT No. WO 92/09690; Ladner et al , Publicación Internacional PCT No. WO 90/02809; Fuchs et al , (1991) Bio/Technology 9:1370-1372; Hay et al . (1992) Hum . Antibod. Hybridomas 3:81-85; Huse et al . (1989) Science 246:1275-1281; Griffiths et al . (1993) EMBO J 12:725-734; Hawkins et al. (1992) J. Mol. Biol.. 226:889-896; Clarkson et al. (1991) Nature 352:624-628; Gram et al. (1992) Proc. Nati. Acad. Sci. USA 89:3576-3580; Garrad et al. (1991) Bio/Technology 9:1373-1377 ; Hoogenboom et al. (1991) Nuc. Acid. Res. 19:4133-4137; Barbas et_ al. (1991) Proc. Nati. Acad. Sci. USA 88:7978-7982; y McCafferty et al. Nature (1990) 348:552-554. Adicionalmente, los anticuerpos anti-SLIC-1 recombinantes, tales como los anticuerpos monoclonales quiméricos y humanizados, que comprenden tanto las porciones humanas como no humanas, que pueden obtenerse usando las técnicas de AD? recombinante estándares, están dentro del ámbito de la invención. Tales anticuerpos monoclonales quiméricos y humanizados puede producirse por las técnicas del AD? recombinante conocidas en la técnica, por ejemplo usando los métodos descritos en Robinson et al. Solicitud Internacional ?o. PCT/US86/02269; Akira, et al. Solicitud de Patente Europea 184, 187; Taniguchi, M., Solicitud de la Patente Europea 171, 496; Morrison et al. Solicitud de la Patente Europea 173, 494; ?euberger et al. Publicación Internacional PCT ?o. WO 86/01533; Cabilly et al. Patente Norteamericana No. 4,816,567; Cabilly et al. Solicitud de la Patente Europea 125,023; Better et al. (1998) Science 240:1041-1043; Liu et al. (1987) Proc. Nati. Acad. USA 84:3439-3443; Liu et al . (1987) J. Immunol 139:3521-3526; Sun et al . (1987) Proc . Na ti . Acad. Sci . USA 84:214-218; Nishimura et al . (1987) Canc . Res . 47:999-1005; Wood et al . (1985) Na ture 314:446-449; y Shaw et al . (1988) J. Na ti . Cáncer Inst . 80:1553-1559); Morrison, S. L. (1985) Science 229:1202-1207; Oi et al . (1986) BioTechniques 4:214; Winter Patente Norteamericana 5,225,539; Jones et al . (1986) Na ture 321:552-525; Verhoeyan et al . . (1988) Science 239:1534; y Beider et al . (1988) J. Immunol 141:4053-4060. Un anticuerpo anti-SLIC-1 (por ejemplo, el anticuerpo monoclonal) puede usarse para aislar la SLIC-1 por las técnicas estándares, tales como la cromatografía o inmunoprecipitación. Un anticuerpo anti-SLIC-1 puede facilitar la purificación de la SLIC-1 natural a partir de las células y de la SLIC-1 producida recombinantemente, expresada en las células hospederas. Además, un anticuerpo anti-SLIC-1 puede usarse para detectar la proteína SLIC-1 (por ejemplo, en un lisado celular o sobrenandante celular) con el objetivo de evaluar la abundancia y el patrón de la expresión de la proteína SLIC-1. Loa anticuerpos anti-SLIC-1 pueden usarse diagnósticamente para monitorear los niveles de la proteína en el tejido como parte del procedimiento de prueba clínica, por ejemplo, para determinar la eficiencia de un régimen de tratamiento dado. La detección puede facilitarse acoplando (por ejemplo, físicamente ligando) el anticuerpo a una substancia detectable. Los ejemplos de las substancias detectables incluyen diferentes enzimas, grupos prostéticos, materiales fluorescentes, materiales luminescentes, materiales bioluminiscentes, y materiales radioactivos. Los ejemplos de las enzimas adecuadas incluyen la peroxidasa del rábano picante, la fosfatasa alcalina, ß-galactosidasa, o acetilcolinesterasa; los ejemplos de los complejos del grupo prostético, adecuados, incluyen la estreptavidina / biotina y avidina / biotina; los ejemplos de los materiales fluorescentes adecuados incluyen la umbelliferona, fluoresceína, isotiocianato de fluoresceína, rodamina, fluoresceína de diclorotriazinilamina, cloruro de dansilo o ficoeritrina; un ejemplo de un material luminiscente incluye el luminol; los ejemplos de los materiales bioluminiscentes incluyen la luciferasa, luciferina, y aequorina, y los ejemplos del material radiactivo adecuado 125I, 131I, 35S o 3H. III. Los Vectores de Expresión Recombinates y las Células Hospederas Otro aspecto de la invención se aplica a los vectores, preferentemente a los vectores de expresión, que contienen un ácido nucleico que codifica una proteína SLIC-1 (o una porción de la misma) . Como aquí se usa, el término "vector" se refiere a una molécula del ácido nucleico capaz de transportar otros ácidos nucleicos al cual ésta se ha ligado. Un tipo de vector es un "plásmido", el cual se refiere a un bucle circular de ADN de doble hebra dentro del cual los segmentos del ADN adicionales pueden ligarse. Otro tipo de vector es una vector viral, en donde los segmentos del ADN adicionales puede ligarse dentro del genoma viral. Ciertos vectores son capaces de hacer la replicación autónoma en una célula hospedera dentro de la cual éstas se introducen (por ejemplo, los vectores bacterianos que tienen un origen bacteriano de replicación y los vectores de mamíferos episomales) . Otros vectores (por ejemplo, los vectores de mamíferos no episomales) se integran dentro del genoma de una célula hospedera con la introducción dentro de la célula hospedera, y por lo cual se replican junto con el genoma hospedero. Además, ciertos vectores son capaces de dirigir la expresión de los genes en los cuales éstos están operativamente ligados. Aquí tales vectores se refirieron como "vectores de expresión". En general, los vectores de expresión de utilidad en las técnicas del ADN recombinantes están a menudo en la forma de plásmidos. En la presente especificación, el "plásmido" y el "vector" pueden intercambiablemente usarse como el plásmido es la forma comúnmente más usada del vector. Sin embargo, la invención pretende incluir a tales otras formas de los vectores de expresión, tales vectores virales (por ejemplo, los retrovirus defectivos de la replicación, adenovirus y virus adeno-asociados) , que sirven como funciones equivalentes^ Los vectores de expresión recombinantes de la invención comprenden un ácido nucleico de la invención en una forma adecuada para la expresión del ácido nucleico en una célula hospedera, que significa que los vectores de expresión recombinantes incluyen una o más secuencias regulatorias, seleccionadas con bases en las células hospederas a ser usadas para la expresión, que operativamente está ligada a la secuencia del ácido nucleico a ser expresada. Dentro de un vector de expresión recombinante, "operativamente ligado" pretende significar que la secuencia de nucleótidos de interés está ligada a la secuencia (s) regulatoria (s) de una manera que permite la expresión de las secuencia de nucleótidos (por ejemplo, en un sistema de transcripción / traducción in vi tro o en una célula hospedera cuando el vector se introduce dentro de la célula hospedera) . El término "secuencia regulatoria o reguladora" pretende incluir los promotores, mejoradores y otros elementos de control de expresión (por ejemplo, las señales de poliadenilación) . Tales secuencias regulatorias se describen, por ejemplo, en Goeddel; Gene Expresión Technology: Methods in Enzymology K185, Academic Press, San Diego, CA (1990) . Las secuencias regulatorias incluyen aquellas que dirigen la expresión constitutiva de una secuencia de nucleótidos en muchos tipos de células hospederas y aquellas que dirigen las expresión de las secuencia de nucleótidos solo en ciertas células hospederas (por ejemplo, las secuencias regulatorias especificas de tejido) . Se apreciará por aquellos expertos en la técnica que el diseño del vector de expresión puede depender de tales factores como la elección de la célula hospedera a transformarse, el nivel de expresión de la proteína deseada, y cosas similares. Los vectores de expresión de la invención pueden introducirse dentro de las células hospederas por lo cual produce las proteínas y péptidos, incluyendo las proteínas o péptidos de fusión, codificado por el ácido nucleico como aquí se describió (por ejemplo, las proteínas SLIC-1, las formas mutantes de las proteínas SLIC-1, las proteínas de fusión, y los similares) . Los vectores de expresión recombinantes de la invención pueden diseñarse para la expresión de las proteínas SLIC-1 en las células procarióticas o eucarióticas. Por ejemplo, las proteínas SLIC-1 pueden expresarse en las células bacterianas tales como las E. Coli , las células de insecto (usando los vectores de expresión del baculovirus) células de levaduras o células de mamíferos. Las células hospederas adecuadas se discuten además en Goeddel, Gene Expresión Technology: Meted in Enzymology 185, Academis Press, San Dioego, CA (1990) .
Alternativamente, el vector de expresión recombinante puede transcribirse y traducirse in vi tro, por ejemplo usando las secuencias regulatorias del promotor T7, y la polimerasa T7. La expresión de las proteínas en los procarióticos en la mayoría de los casos se lleva a cabo en la E . Coli con los vectores que contienen los promotores constitutivos o inducibles que dirigen la expresión de ya sea las proteínas de fusión o de no fusión. Los vectores de fusión añaden un número de amino ácidos a la proteína aquí codificada, usualmente al término del amino de la proteína recombinante. Tales vectores de fusión típicamente sirven para tres propósitos: 1) para incrementar la expresión de la proteína recombinante; 2) para incrementar la solubilidad de la proteína recombinante; y 3) para ayudar en la purificación de la proteína recombinante actuando como un ligando en la purificación por afinidad. A menudo, en los vectores de expresión de fusión, un sitio de escisión proteolítico se introduce en la juntura de la porción de fusión y la proteína recombinante para habilitar la separación de la proteína recombinante a partir de la porción de fusión subsiguiente para la purificación de la proteína de fusión. Tales enzimas, y sus secuencias de reconocimiento de cognado, incluye el Factor Xa, la trombina y la enterocinasa. Los vectores de expresión de fusión típicos incluyen pGEX (Pharmacia Biotach Inc; Smith, D. B. and Jonson, K. S. (1988) Gene 67:31-40), pMAL (New England Biolabs, Beverly, MA) y pRIT5 (Pharmacia, Piscataway, NJ) que funde la glutationa S-transferasa (GST) , maltosa E que une la proteína, o proteína A, respectivamente, a la proteína recombinante objetivo. Las proteínas de fusión purificadas pueden utilizase en los ensayos de actividad de la SLIC-1 (por ejemplo, los ensayos directos o ensayos competitivos descritos abajo en detalle) , o para generar los anticuerpos específicos para las proteínas SLIC-1, por ejemplo. En una modalidad preferida, una proteína de fusión SLIC-1 expresada en un vector de expresión retroviral de la presente invención puede utilizarse para infectar las células de la medula espinal que subsecuentemente se transplantan dentro de los recipientes irradiados . La patología del recipiente del sujeto entonces se examina después de que ha pasado un tiempo suficiente (por ejemplo, seis (6) semanas). Los ejemplos de los vectores de expresión de E. Coli de no fusión inducibles incluyen pTrc (Ammán et al . , (1988) Gene 69:301-315) y pET lid (Studier et al . , Gene Expression Technology: Methods in Enzymology 185, Academic Press, San Diego, California (1990) 60-89). La expresión del gen objetivo de vector pTrc se basa en la transcripción de la polimerasa del ARN hospedero a partir de un promotor de fusión trp-lac híbrido. La expresión del gen objetivo del vector pET lid se basa en la transcripción del promotor de fusión T7 gn 10-lac mediada por una polimerasa del ARN viral co-expresado (T7 gnl) . Esta polimerasa viral se suministra por la cepas hospederas BL21 (DE3) o HMS174(DE3) a partir del profago residente que hospeda un gen T7 gnl bajo el control transcripcional del promotor lacUV 5. Una estrategia para maximizar la expresión de la proteína recombinante en la E. Coli es expresar la proteína en una bacteria hospedera con una capacidad deteriorada para proteolíticamente hacer una escisión en la proteína recombinante (Gottesman, S., Gene Expression Technology: Methods in Enzymology 185, Academic Press, San Diego, California (1990) . Otra estrategia es alterar la secuencia del ácido nucleico del ácido nucleico a ser insertado dentro de un vector de expresión a fin de que los codones individuales para cada amino ácido sean aquellos preferentemente, utilizados en la E. Coli (Wada et al . , (1992) Nucleic Acids Res . 20:2111-2118) . Tal alteración de las secuencias del ácido nucleico de la invención puede llevarse a cabo por las técnicas de síntesis del ADN estándares. En una modalidad, el vector de expresión de la SLIC-1 es un vector de expresión de la levadura. Los ejemplos de los vectores para la expresión en la levadura S . Cerevisiae incluyen pYepSecl (Baldari, et al , (1987) EMBO J. 6:229-234), pMFa (Kurjan and Herskowitz, (1982) Cell 30:933-943), pJRY88 (Schultz et al . , (1987) Gene 54:113-123), pYES2 (Invitrogen Corporation, San Diego, CA) , y picZ (In Vitrogen Crop, San Diego, CA) . Alternativamente, las proteínas SLIC-1 pueden expresarse en las células de insecto usando los vectores de expresión del baculovirus. Los vectores del baculovirus disponibles para la expresión de la proteína en las células de insecto cultivadas (por ejemplo, las células Sf 9) incluyen las series pAC (Smith et al . , (1983) Mol . Cell Biol . 3:2156-2165) y las series pVL (Lucklow and Summers (1989) Virology 170:31-39). En todavía otra modalidad, un ácido nucleico de la invención se expresa en las células de mamíferos usando el vector de expresión de mamífero. Los ejemplos de los vectores de expresión de mamíferos incluyen pCDMd (Seed, B. (1987) Na ture 329:840) y pMT2PC (Kaufman et al . (1987) EMBO J. 6:187-195) . Cuando se usa en células de mamíferos, las funciones de control del vector de expresión a menudo se proveen por los elementos regulatorios virales. Por ejemplo, los promotores comúnmente usado se derivan del polioma, Adenovirus 2, citomegalovirus y Virus 40 de simio. Para otros sistemas de expresión adecuados para tanto las células procarióticas como eucarióticas ver el capitulo 16 y 17 de Sambrook, J. , Fritsh, E. F., and Maniatis, T. Molecular Cloning: A Labora tory Manual . 2nd, ed, Cold Spring Harbor Labora tory, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1989. En otra modalidad, el vector de expresión recombinante de mamífero es capaz de dirigir la expresión del ácido nucleico preferentemente en un tipo de célula en particular (por ejemplo, se usan los elementos regulatorios especificados de tejido para expresar el ácido nucleico). Los elementos regulatorios especificados de tejido son conocidos en la técnica. Los ejemplos no limitantes de los promotores específicos de tejido incluyen el promotor de la albúmina (especifico de hígado; Pinkert et al . (1987) Genes Dev. 1:268- 277) , promotores específicos de linfoide (Caíame and Eaton (1988) Adv. Immunol . 43:235-275), en particular los promotores de los receptores de las células T (Winoto and Baltimore (1989) EMBO J. 8:729-733) y las inmunoglobulinas (Banerji et al . (1983) Cell 33:729-740; Queen and Baltimore (1983) Cell 33:741-748), los promotores específicos de la neurona (por ejemplo, el promotor del neurofilamento; Byrne and Ruddle (1989) Proc . Na ti . Acad. Sci . USA 86:5473-5477), los promotores específicos del páncreas (Edlund et al . (1985) Science 230:912-916), y los promotores específicos de las glándulas mamarias (por ejemplo, el promotor del suero de leche; Patente Norteamericana No. 4,873,316 y La Publicación de la Solicitud Europea No. 264,166). Los promotores regulados mediante el desarrollo también se abarcan, por ejemplo los promotores hox de la familia de los ratones (Kessel and Gruss (1990) Science 249:374-379) y el promotor a-fetoproteína (Campes and Tilghman (1988) Genes Dev. 3:537-546). La invención además provee un vector de expresión recombinante que comprende una molécula de ADN de la invención clonada dentro del vector de expresión en una orientación anti-sentido. Es decir, la molécula de ADN está operativamente ligada a la secuencia regulatoria en una manera que permite la expresión (mediante la transcripción de la molécula de ADN) de una molécula de ARN que está en antisentido a la ARNm de la SLIC-1. Las secuencias regulatorias operativamente ligadas al ácido nucleico clonado en la orientación anti-sentido pueden elegirse para que dirijan la expresión continua de la molécula de ARN anti-sentido en una variedad de tipos de células, por ejemplo los promotores y/o mejoradores virales, o secuencias regulatorias que pueden elegirse para que dirijan al expresión específica constitutiva, específica del tejido o del tipo de célula del ARN anti-sentido. El vector de expresión anti-sentido puede estar en la forma de un plásmido recombinante, fagémido o virus atenuados en los cuales los ácidos nucleicos antisentido se producen bajo el control de una región regulatoria de alta eficiencia, la actividad de los cuales puede determinarse por el tipo de célula dentro de la cual el vector se introduce. Para una discusión de la regulación de la expresión del gen usando los genes anti-sentido ver Weintraub, H. et al . , Antisense RNA como una herramienta molecular para el análisis genético, Reviews - Trends in Genetics, Vol. 1(1) 1986. Otro aspecto de la invención se aplica a las células hospederas dentro de las cuales se introduce la molécula del ácido nucleico de la SLIC-1 de la invención, por ejemplo, la molécula del ácido nucleico de la SLIC-1 dentro de un vector de expresión recombinante o una molécula del ácido nucleico de la SLIC-1 que contiene las secuencias que permiten a ésta recombinarse de manera homologa dentro de una sito específico del genoma de la célula hospedera. Los términos "célula hospedera" y "célula hospedera recombinante" aquí se usaron intercambiablemente. Se entiende que los términos no solo se refieren a la célula del sujeto en particular sino a la progenie o progenie potencial de tal célula. Puesto que ciertas modificaciones pueden ocurrir en las generaciones sucesivas debido a ya sea la mutación o influencias ambientales, tal progenie puede no, de hecho, ser idéntica a la célula progenitora, pero también están incluidas dentro del ámbito de término como aquí se usó.
Una célula hospedera puede ser cualquier célula procariótica o eucariótica. Por ejemplo, una proteína SLIC-1 puede expresarse en las células bacterianas tal como la E. Coli, las células de insecto, o células de levadura o de mamíferos (tales como las células del ovario del hámster Chino (CHO) o células COS (ver los Ejemplos 3 y 4) . Otras células hospederas adecuadas son conocidas por aquellos expertos en la técnica. El ADN vector puede introducirse dentro de las células procariótica o eucariótica vía las técnicas de transformación o transfección convencionales. Como aquí se usó, los términos (transformación" y "transfección" pretenden referirse a una variedad de técnicas reconocidas en la técnica para introducir el ácido nucleico antes mencionado (por ejemplo, el ADN) dentro de una célula hospedera, incluyendo la co-precipitación con fosfato de calcio o cloruro de calcio, la transfección mediada por DEAE-dextrano, lipofección, o electroporación. Los métodos adecuados para transformar o transfectar las células hospederas pueden encontrarse en Sambrook, et al . (Molecular Cloning: A Labora tory Manual , 2nd, ed. , Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1989), y otros manuales de laboratorio ._ Para la transfección estable de las células de mamíferos, se conoce que, dependiendo del vector de expresión y la técnica de transfección usadas, solo una pequeña fracción de las células puede integrarse al ADN antes mencionado dentro de su genoma. Con el objetivo de identificar y seleccionar estos integrantes, un gen que codifica un marcador seleccionable (por ejemplo, la resistencia a los antibióticos) generalmente se introduce dentro de las células hospederas junto con el gen de interés. Los marcadores seleccionables preferidos incluyen aquellos que confieren la resistencia a los fármacos, tales como el G418, la higromicina y el metotrexato. El ácido nucleico que codifica una marcador seleccionable puede introducirse dentro del mismo vector como aquél que codifica una proteína SLIC-1 o puede introducirse en un vector separado. Las células establemente transfectadas con el ácido nucleico introducido puede identificarse por la selección del fármaco (por ejemplo, las células que han incorporado el gen del marcador seleccionable sobrevivirán, mientras las otras células mueren) . Una célula hospedera de la invención, tal como una célula hospedera procariótica o eucariótica en el cultivo, puede usarse para producir una proteína SLIC-1 (por ejemplo, expreso) . Consecuentemente, la invención además provee los métodos para producir una proteína SLIC-1 usando las células hospederas de la invención. En una modalidad, el método comprende el cultivar la célula hospedera de la invención (dentro de la cual se ha introducido un vector de expresión recombinante que codifica una proteína SLIC-1) en un medio adecuado de manera que se produzca la proteína SLIC-1. En otra modalidad, el método además comprende aislar una proteína SLIC-1 del medio u otra célula hospedera. Las células hospederas de la invención también pueden usarse para producir animales transgénicos no humanos. Por ejemplo, en una modalidad, una célula hospedera de la invención es un oocito fertilizado o una célula madre embrionaria dentro de la cual se han introducido las secuencias que codifican la SLIC-1. Tales células hospederas entonces pueden usarse para crear los animales transgénicos no humanos en las cuales las secuencias de la SLIC-1 exógenas se han introducido dentro de su genoma o los animales recombinantes homólogos en los cuales las secuencias de la SLIC-1 endógenas se han alterado. Tales animales son útiles para estudiar la función y/o la actividad de una SLIC-1 y para identificar y/o evaluar los moduladores de la actividad de la SLIC-1. Como aquí se usó, un "animal transgénico" es un animal no humano, preferentemente una mamífero, más preferentemente un roedor tal como una rata o ratón, en el cual una o más de las células del animal incluyen un transgen. Otros ejemplos de los animales transgénicos incluyen los primates no humanos, ovejas, perros, vacas, cabras, gallinas, anfibios, y los similares. Un transgen es un ADN exógeno que se integra dentro del genoma de una célula a partir de la cual un animal transgénico se desarrolla y permanece en el genoma del animal natural, por lo cual se dirige la expresión de un producto del gen codificado en uno o más tipos de células o tejidos del animal transgénico. Como aquí se usa, un "animal recombinante homólogo" es un animal no humano, preferentemente un mamífero, más preferentemente un ratón, en el cual un gen de la SLIC-1 endógeno se ha alterado por la recombinación homologa entre el gen endógeno y una molécula del ADN exógeno introducidos dentro de una célula del animal, por ejemplo, una célula embrionaria del animal, antes del desarrollo del animal. Una animal transgénico de la invención puede crearse introduciendo un ácido nucleico que codifica la SLIC-1 dentro del pronúcleo del macho de un oocito fertilizado, por ejemplo, por la microinyección, infección retroviral, y permitiendo al oocito desarrollarse en un animal adoptivo hembra pseudopreñado. La secuencia del ADNc de la SLIC-1 de la SEQ ID NO:l puede introducirse como una transgen dentro del genoma de una animal no humano. Alternativamente, un homólogo no humano de un gen de la SLIC-1, tal como otro miembro de la familia de la SLIC-1, puede aislarse en base a la hibridización de las secuencias ADNc de la SLIC-1 de la SEQ ID NO:l, o el inserto del ADN del plásmido depositado en ATCC con Número de Acceso (descrito además en la_ subsección I de arriba) y se usa como un transgen. Las secuencias intrónicas y las señales de poliadenilación también pueden incluirse en el transgen para incrementar la eficiencia de la expresión del transgen. Una secuencia (s) regulatoria (s) especifica del tejido puede operablemente ligarse a un transgen de la SLIC-1 para dirigir la expresión de una proteína SLIC-1 en las células particulares. Los métodos para generar los animales transgénicos vía la manipulación y microinyección del embrión, particularmente los animales tales como los ratones, son convencionales en la técnica y se describen, por ejemplo, en las Patentes Norteamericana Nos. 4,736,866 y 4,870,009, tanto por Leder et al . , Patente Norteamericana No. 4,873,191 por Wagner et al . como en Hogan, G., Manipula ting the Mouse Embryo, (Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N. Y., 1986). Los métodos similares se usan para la producción de otros animales transgénicos. Un animal fundador transgénico puede identificarse con base en la presencia de un transgen de la SLIC-1 en su genoma y/o la expresión de ARNm de la SLIC-1 en los tejidos o células de los animales. Un animal fundador transgénico entonces puede usarse para engendrar animales adicionales que portan el transgen. Además, los animales transgénicos que portan un transgen que codifica una proteína SLIC-1 pueden reproducir o engendrar además otros animales transgénicos que transporten otros transgenes. Para crear un animal recombinante homologo, se prepara un vector que contenga al menos una porción del gen de la SLIC-1 dentro del cual una eliminación, o adición o substitución se ha introducido por lo cual, el gen de la SLIC-1 se altera, por ejemplo, se deteriora funcionalmente. El gen de la SLIC-1 puede ser un gen humano (por ejemplo, el ADNc de SEQ ID N0:1), pero más preferentemente, es un homologo no humano de un gen de la SLIC-1 (por ejemplo, un ADNc aislado por la hibridización rigurosa con la secuencia de nucleótidos de SEQ ID NO:l). Por ejemplo, un gen de la SLIC-1 de ratón puede usarse para construir una molécula de ácido nucleico por recombinación homologa, por ejemplo, un vector, adecuado para alterar un gen de la SLIC-1 endógeno en el genoma del ratón. En una modalidad preferida, la molécula del ácido nucleico de recombinación homologa se diseña de manera que, con la recombinación homologa, el gen de la SLIC-1 endógeno esté funcionalmente desestabilizado (por ejemplo, que ya no codifique una proteína funcional; también se refiere a un vector "destruido") . Alternativamente, la molécula del ácido nucleico de recombinación homologa puede diseñarse de manera que, con la recombinación homologa, el gen de la SLIC-1 endógeno se hace que mute o de otra manera se altere pero que todavía codifique la proteína funcional (por ejemplo, la región regulatoria corriente arriba puede alterarse por lo cual altera la expresión del qen de la SLIC-1 endógena) . En la molécula del ácido nucleico de recombinación homologa, la porción alterada del gen de la SLIC-1 se flanquea en sus extremos 5' y 3' por la secuencia del ácido nucleico del gen de la SLIC-1 para permitir que la recombinación homologa ocurra entre el gen de la SLIC-1 exógeno transportado por la molécula del ácido nucleico de recombinación homologa y un gen de la SLIC-1 endógeno en una célula, por ejemplo, una célula madre embrionaria. La secuencia del ácido nucleico de la SLIC- 1 de flanqueo adicional es de una longitud suficiente para la recombinación homologa exitosa con el gen endógeno. Típicamente, diferentes kilobases de ADN de flanqueo (tanto en los extremos 5' como en el 3' ) se incluyen en la molécula del ácido nucleico de recombinación homologa (ver, por ejemplo, Thomas, K. R. And Capecchi, M. R. (1987) Cell 51:503 para una descripción de los vectores de recombinación homologa) . La molécula del ácido nucleico de recombinación homologa se introduce dentro de una célula, por ejemplo, una línea de células madres embrionarias (por ejemplo, mediante electroporación) y las células en las cuales el gen de la SLIC-1 introducido homólogamente se combina con el gen de la SLIC-1 endógeno (ver, por ejemplo, Li, E. Et al . (1992) Cell 69:915). Las células seleccionadas entonces pueden inyectarse dentro de un blastocito o ciste de las blástulas de un animal (por ejemplo, un ratón) para formar quimeras de agregación ver, por ejemplo, Bradley, "A. en Tera tocarcinomas and Embryonic Stem Cells : A Practical Approach , E. J. Robertson, ed (IRL, Oxford, 1987) pp. 113-152) . Un embrión quimérico entonces puede implantarse dentro de un animal adoptivo pesudopreñado femenino adecuado y el embrión se lleva a término. La progenie que hospeda el ADN homólogamente recombinado en sus células germinales puede usarse para reproducir o engendrar los animales en los cuales todas las células de animal contengan el ADN homólogamente recombinado mediante la transmisión en la línea germinal del transgen. Los métodos para construir las moléculas del ácido nucleico de recombinación homologas, por ejemplo, los vectores, o animales de recombinación homologa se describen además en Bradley, A. (1991) Current Opinión in Biotachnology 2:823-829 y en La Publicación Internacional PCT No. WO 90/11354 por Le Mouellec et al . ; WO 91/01140 por Smithies et al . ; WO 92/0968 por Zijlstra et al . ; WO 93/04169 por Berns et al . En otra modalidad, pueden producirse los animales no humanos transgénicos los cuales contengan los sistemas seleccionados que permitan la expresión regulada del transgen. Un ejemplo de un sistema tal es el sistema de cre/loxP recombinasa del bacteriofag Pl. Para una descripción del sistema de cre/loxP recombinasa, ver, por ejemplo, Lakso et al . (1992) Proc . Na ti . Acad. Sci . USA 89:6232-6236. Otro ejemplo del sistema de la recombinasa es el sistema de la recombinasa FLP de Saccharomyces cerevisiae (O'Gormart et al . (1991) Science 215:1351-1355. Sí un sistema de cre/loxP recombinasa se usa para regular la expresión del transgen, se requieren los animales que contienen los transgenes que codifican tanto el sistema de Cre recombinasa como una proteína seleccionada. Tales animales pueden proveerse a través de la construcción de los animales transgénicos "duplicados", por ejemplo, mediante aparear dos animales transgénicos, uno que contenga un transgen que codifica una proteína seleccionada y el otro que contenga un transgen que codifica una recombinasa. Los clones de los animales transgénicos aquí descritos también pueden producirse de acuerdo a los métodos descritos en Wiimut, I. Et al . (1997) Na ture 385:810-813 y la Publicación Internacional PCT Nos. WO 97/07668 y WO 97/07669. En resumen, una célula, por ejemplo, una célula somática, de un animal transgénico puede aislarse e inducirse para salir del ciclo crecimiento y entrar a la fase G0. La célula quieta o inactiva entonces puede fusionarse, por ejemplo, a través del uso de los pulsos eléctricos, a un oolicito extraído del núcleo de un animal de la misma especie del cual la célula quieta o inactiva se aisla. El oocito reconstruido entonces se cultiva de manera que desarrolle en mórula o blastocito y después se transfiera al animal adoptivo femenino pseudo-preñado. La descendencia sostenida de este animal adoptivo femenino será un clon del animal del cual la célula, por ejemplo, la célula somática, se aisla. IV. Composiciones Farmacéuticas Las moléculas del ácido nucleico de la SLIC-1, los fragmentos de las proteínas SLIC-1, y los anticuerpos anti-SLIC-1 (también referidos como "composiciones activas") de la invención pueden incorporarse dentro de las composiciones farmacéuticas adecuadas para la administración. Tales composiciones típicamente comprenden la molécula del ácido nucleico, proteína, o anticuerpo, y un transportador farmacéuticamente aceptable. Como aquí se usa el leguaje "transportador farmacéuticamente aceptable" se entiende que incluye cualquiera y todos los solventes, medio de dispersión, revestimientos, agentes antibacterianos y antifúngicos, agentes retardantes isotónicos y retardantes de la absorción, y los similares, compatible con la administración farmacéutica. Es bien conocido en la técnica el uso de tal medio y tales agentes para las substancias farmacéuticamente aceptables. Excepto en la medida que cualquier medio o agente convencional sea compatible con el compuesto activo, el uso del mismo en las composiciones se contempla. Los compuestos activos complementarios también se incorporan dentro de las composiciones . Una composición farmacéutica de la invención se formula para ser compatible con su ruta deseada de administración. Los ejemplos de rutas de administración incluyen la administración parenteral, por ejemplo, intravenosa, intradérmica, subcutánea, oral (por ejemplo, inhalación) transdérmica (tópica), transmucosal, y rectal. Las soluciones o suspensiones usadas para la aplicación parenteral, intradérmica, o subcutánea puede incluir los siguientes componentes: una diluente estéril tal como el agua para la inyección, solución salina, aceites estables, polietilen glicoles, glicerina, propilen glicoles u otros solventes; los agentes antibacterianos tales como el alcohol bencílico o los parabenos de metilo; antioxidantes tales como el ácido ascórbico o bisulfito de sodio; agentes quelantes tal como el ácido etilendiamintetrtaacetico; amortiguadores tales como los acetatos, citratos o fosfatos y agentes para el ajuste de la toxicidad tales como el cloruro de sodio y la dextrosa. El pH puede ajustarse con ácidos o bases, tales como el ácido clorhídrico o el hidróxido de sodio. La preparación parenteral puede encerrarse en ampollas, jeringas desechables o frascos de dosis múltiples de vidrio o de plástico. Las composiciones farmacéuticas adecuadas para el uso inyectable incluyen soluciones acuosas estériles (donde es soluble al agua) o dispersiones y polvos estériles para la preparación extemporánea de las soluciones o dispersiones inyectables estériles. Para la administración intravenosa, los transportadores adecuados incluyen agua fisiológica salina, bacteriostática, Cremophor EL™ (BASF, Parsippany, NJ) o salina amortiguada de fosfato (PBS) . En todos los casos, la composición debe ser estéril y deberá fluir en la media que exista la capacidad de ser inyectada por una jeringa. Ésta debe ser estable bajo las condiciones de fabricación y almacenamiento y debe conservarse en contra de la contaminación de los microorganismos tales como las bacterias y hongos . El transportador debe ser un solvente o un medio de dispersión que contenga, por ejemplo, agua, etanol, poliol (por ejemplo, el glicerol, propilen glicol, y polietilen glicol líquido, y los similares) , y las mezclas adecuadas de los mismos. La fluidez adecuada puede mantenerse, por ejemplo, por el uso de un revestimiento tal como la lecitina, por el mantenimiento del tamaño de partículas requerido en el caso de la dispersión y por el uso de surfactantes. La prevención de la acción de los microorganismos puede lograrse por diferentes agentes antibaterianos y antifungicidas, por ejemplo, los parabenos, clorobutanol, fenol, ácido ascórbico, timerosal, y los similares. En muchos casos, se preferirá incluir agentes isotónicos, por ejemplo, azucares, polialcoholes tales como el manitol, sorbitol, cloruro de sodio en la composición. La absorción prolongada de las composiciones inyectables puede conseguirse incluyendo en la composición un agente que retrasa la absorción, por ejemplo, el monoestereato de aluminio y la gelatina. Las soluciones inyectables estériles pueden prepararse incorporando el compuesto activo (por ejemplo, un fragmento de una proteína SLIC-1 o un anticuerpo anti-SLIC-1) en la cantidad requerida en una solvente apropiado con uno o una combinación de ingredientes antes numerados, como sea necesario, seguido de la esterilización filtrada. Generalmente, las dispersiones se preparan incorporando el compuesto activo dentro del vehículo estéril que contiene un medio de dispersión básico y los otros ingredientes requeridos de aquellos antes numerados. En el caso de los polvos estériles para la preparación de las soluciones inyectables estériles, los métodos preferidos de preparación son el secado al vacío y el secado por congelamiento que produce un polvo del ingrediente activo más algún ingrediente deseada adicional de una solución previamente filtrada estéril del mismo.
Las composiciones orales generalmente incluyen un diluente inerte o un transportador comestible. Éstas puede encerrarse en cápsulas de gelatina o comprimirse dentro de tabletas. Para los propósitos de la administración terapéutica oral, el compuesto activo puede incorporarse con los excipientes y usando en la forma de las tabletas, trociscos o tabletillas, o cápsulas. Las composiciones orales también pueden prepararse usando un transportador fluido para su uso como un enjuague bucal, en donde el compuesto en el transportador fluido se aplica oralmente y tragado y ser expectorado o deglutido. Los agentes de unión o aglutinamiento farmacéuticamente compatibles, y/o los materiales adyuvantes pueden incluirse como parte de la composición. Las tabletas, pildoras, cápsulas, trociscos o tabletillas y los similares que puedan contener cualquiera de los siguientes ingredientes, o los compuestos de una naturaleza similar; un aglutinante tal como la celulosa microcristalina, tragacanto de goma o gelatina; un excipiente tal como almidón o lactosa, o un agente desintegrador tal como el ácido algínico, Primogel, o almidón de maíz; un lubricante tal como el estereato de magnesio o Sterotes; un deslizante tal como un dióxido de silicio coloidal; un agente endulzante tal como la sacarosa o sacarina; o un agente saborizante tal como hierbabuena, salicilato de metilo, o un saborizante de naranja . Para la administración por inhalación, los compuestos se liberan en la forma de un rocío en aerosol de un contenedor o un dispersor presurizado que contiene un propulsor adecuado, por ejemplo, un gas tal como el dióxido de carbono, o un nebulizador. La administración sistémica también puede ser por medios transmucosa o transdérmicos. Para la administración transmucosa o transdérmica, se usan los penetrantes apropiados para que la barrera sea permeable en la formulación. Tales penetrantes generalmente se conocen en la técnica, e incluyen, por ejemplo, la administración transmucosa, detergentes, sales de hiél, y derivados del ácido fusídico. La administración transmucosa puede realizarse a través del uso de los rocíos nasales o supositorios. Para la administración transdérmica, los compuestos activos se formulan dentro de los ungüentos, pomadas, geles, o cremas como generalmente se conocen en la técnica . Los compuestos también pueden prepararse en la forma de supositorios (por ejemplo, con bases de supositorios convencionales tal como mantequilla de cacao y otros glicéridos) o enemas de retención para el suministro rectal.
En una modalidad, los compuestos activos se preparan con los transportadores que protegerán el compuesto en contra de la eliminación rápida del cuerpo, tal como una formulación de liberación controlada, incluyendo los implantes y los sistemas de suministro microencapsulados. Pueden usarse los polímeros biodegradables, biocompatibles, tales como el etilen vinil acetato, polianhídridos, ácido poliglicólico, colágeno, poliortoesteres, y el ácido poliláctico. Los métodos para la preparación de tales formulaciones deberán ser aparentes para aquellos expertos en la técnica. Los materiales también pueden obtenerse comercialmente de Alza Coporation y Nova Pharmaceutical, Inc. También pueden usarse las suspensiones liposomales (incluyendo los liposomas dirigidos a las células infectadas con anticuerpos monoclonales en los antígenos virales) como transportadores farmacéuticamente aceptables. Estos pueden prepararse de acuerdo a los métodos conocidos por aquellos expertos en al técnica, por ejemplo, como se describe en la Patente Norteamericana No. 4,522,811. Es especialmente ventajoso formular las composiciones orales o parenterales en una forma de unidad de dosificación para facilitar la administración y uniformidad de la dosificación. La forma de la unidad de la dosificación como aquí se usa se refiere a las unidades físicamente discretas adecuadas como dosificaciones unitarias para el sujeto a ser tratado; cada unidad contiene una cantidad predeterminada del compuesto activo calculada para producir el efecto terapéutico deseado en asociación con el transportador farmacéutico requerido. La especificación de las formas unitarias de dosificación de la invención se estipulan mediante y directamente dependiendo de las características únicas del compuesto activo y del efecto terapéutico particular a ser logrado, y las limitaciones inherentes en la técnica del sintetizar un compuesto activo para el tratamiento de individuos. La toxicidad y la eficacia terapéutica de tales compuestos puede determinarse por los procedimientos farmacéuticos estándares en los cultivos de la célula o en animales experimentales, por ejemplo, para determinar el LD50 (la dosis letal en el 50% de la población) y el ED50 (la dosis terapéuticamente efectiva en el 50% de la población) . La proporción de la dosis entre los efectos tóxicos y terapéuticos es el índice terapéutico y ésta puede expresarse como la proporción LD50/ED50. Se prefieren los compuestos que exhiben grandes índices terapéuticos. Mientras pueden usarse los compuestos que exhiben efectos secundarios tóxicos, se deberá tomar cuidado para diseñar un sistema de liberación que dirija tales compuestos al sitio del tejido afectado con el objetivo de minimizar el daño potencial en las células no infectados y, por lo cual, reducir los efectos secundarios. Los datos obtenidos a partir de los ensayos del cultivo de la célula y los estudios de los animales pueden usarse en formular un rango de dosificación para su uso en humanos. La dosificación de tales compuestos yace preferentemente dentro de un rango de concentraciones circulantes que incluyen el ED50 con poca o sin toxicidad. La dosificación puede variar dentro de este rango dependiendo de la forma de dosificación empleada y la ruta de administración utilizada. Para muchos compuestos en el método de la invención, la dosificación terapéuticamente efectiva puede estimarse inicialmente a partir de los ensayos del cultivo de la célula. Una dosificación puede formularse en los modelos del animal para lograr un rango de concentración del plasma circulante que incluye el IC50 (por ejemplo, la concentración del compuesto de prueba que logra una inhibición máxima media de los síntomas) como se determinó en el cultivo de la célula. Tal información puede usarse para determinar más exactamente la dosificación útil en los humanos. Los niveles en el plasma pueden medirse, por ejemplo, mediante la cromatografía líquida de alto rendimiento. Como aquí se definió, una cantidad terapéuticamente efectiva de la proteína o el polipéptido (por ejemplo, una dosificación efectiva) varía desde 0.001 a 30 mg/kg peso corporal, preferentemente desde 0.01 a 25 mg/kg peso corporal, más preferentemente 0.1 a 20 mg/kg peso corporal, Y aún más preferentemente desde 1 a 10 mg/kg peso corporal, 2 a 9 mg/kg, 3 a 8 mg/kg, 4 a 7 mg/kg, o 5 a 6 mg/kg peso corporal. El artesano experto apreciará que ciertos factores pueden influenciar en la dosificación requerida para efectivamente tratar a un sujeto, incluyendo pero no estando limitado a la severidad de la enfermedad o desorden, los tratamientos previos, el estado de salud en general y/o la edad del sujeto, y otras enfermedades presentes. Además, el tratamiento de un sujeto con una cantidad terapéuticamente efectiva de una proteína, polipéptido, o anticuerpo, puede incluir un tratamiento simple o, preferentemente, puede incluir una serie de tratamientos. En un ejemplo 'preferido, un sujeto se trata con un anticuerpo, proteína, o polipéptido en el rango de entre aproximadamente 0.1 a 20 mg/kg peso corporal, una vez por semana por entre aproximadamente 1 a 10 semanas, preferentemente entre 2 a 8 semanas, más preferentemente entre aproximadamente 3 a 7 semanas, y aún más preferentemente por aproximadamente 4, 5, o 6 semanas. También se deberá apreciar que la dosificación efectiva del anticuerpo, proteína, o polipéptido usada para el tratamiento puede incrementarse o disminuirse sobre el curso de un tratamiento particular. Los cambios en la dosificación pueden resultar y ser aparentes a partir de los resultados de los ensayos de diagnostico como aquí se describió. La presente invención abarca los agentes que modulan la expresión o actividad. Un agente puede, por ejemplo, ser una molécula pequeña. Por ejemplo, tales moléculas pequeñas incluyen, pero no están limitadas a, péptidos, péptido-miméticos, amino ácidos, amino ácidos análogos, polinucleótidos, polinucleótidos análogos, nucleótidos, nucleótidos análogos, compuestos orgánicos e inorgánicos (por ejemplo, incluyendo los compuestos hetero-orgánicos y organometálicos) que tiene un peso molecular menor de aproximadamente 10,000 gramos por mol, compuestos orgánicos o inorgánicos que tienen un peso molecular menor de aproximadamente 5,000 gramos por mol, compuestos orgánicos o inorgánicos que tienen un peso molecular menor de aproximadamente 1,000 gramos por mol, compuestos orgánicos o inorgánicos que tienen un peso molecular menor de aproximadamente 500 gramos por mol, y sales, esteres, y otras formas farmacéuticamente aceptables de tales compuestos. Se entiende que los dosificación apropiada de los agentes de molécula pequeña depende de un número de factores dentro del conocimiento de un medico, veterinario, o investigador ordinariamente experto. La(s) dosificación (es) de molécula pequeña variarán, por ejemplo, dependiendo de la identidad, tamaño, u condición del sujeto o muestra tratada, además dependiendo de la ruta por la cual la composición se administra, sí es aplicable, y el efecto que el practicante desea que la molécula pequeña tenga sobre el ácido nucleico o polipéptido de la invención. Las dosificaciones ejemplares incluyen cantidades en miligramo o microgramo por kilogramo de peso del sujeto o muestra (por ejemplo, aproximadamente 1 microgramo por kilogramo a aproximadamente 500 miligramos por kilogramo, aproximadamente 100 microgramos por kilogramo a aproximadamente 5 miligramos por kilogramo, o aproximadamente 1 microgramo por kilogramo a aproximadamente 50 microgramos por kilogramo. Además se entenderá que las dosificaciones apropiadas de una molécula pequeña dependen de la potencia de la molécula pequeña con respecto a la expresión o actividad a ser modulada. Tales dosificaciones apropiadas puede determinarse usando los ensayos aquí descritos. Cuando una o más de estas moléculas pequeñas se administran a un animal (por ejemplo, el humano) con el objetivo de modular la expresión o actividad de un polipéptido o ácido nucleico de la invención, un medico, un veterinario, o un investigador pueden, por ejemplo, prescribir una dosificación relativamente baja al principio, subsecuentemente incrementando la dosificación hasta que una respuesta apropiada se obtenga. Además, se entiende que el nivel de dosificación especifico para cualquier sujeto animal en particular dependerá de una variedad de factores incluyendo la actividad del compuesto especifico empleado, la edad, peso corporal, estado de salud en general, género, y dieta del sujeto, el tiempo de administración, la ruta de administración, la proporción de la excreción, cualquier combinación del fármaco, y del grado de expresión o actividad a ser modulado. Además, un anticuerpo (o fragmento del mismo) puede conjugarse en una porción terapéutica tal como una citotoxina, un agente terapéutico o un ion metálico radiactivo. Una citotoxina o un agente citotóxico incluye cualquier agente que sea perjudicial a las células. Los ejemplos incluyen taxol, citochalasina B, gramicidina D, bromuro de etidio, emetina, mitomicina, etoposida, tenoposida, vincristina, vinblastina, colchicina, doxorubicina, daunorubicina, dihidroxi antracin diona, mitoxantrona, mitramicina, actinomicina D, 1-deshidrotestoterona, glucocorticoides, procaina, tetracaina, lidocaina, propanolol, y puromicina y los análogos u homólogos de los mismos. Los agentes terapéuticos incluyen, pero no están limitados a, antimetabolitos (por ejemplo, metotrexato, 6-mercaptopurina, 6-tioguanina, citarabina, 5-fluorouracil decarbazina) , agentes alquilantes (por ejemplo, meclorotamina, tioepa clorambucil, melfalan, carmustina (BSNU) y lomustina (CCNU) , ciclotosfamida, busulfan, dibromomanitol, estreptozotocina, mitomicina C, y cis-diclorodiamina platino (II) (DP) cisplatina) , antraciclinas (por ejemplo, daunorubicina (antiguamente daunomicina) y doxorubicina) antibióticos (por ejemplo, dactinomicina (antiguamente actinomicina) , bleomicina, mitramicina, y antramicina (AMC) , y agentes anti-mitóticos (por ejemplo, vincristina y vinblastina) . Los conjugados de la invención pueden usarse para modificar una respuesta biológica dada, la porción del fármaco no se interpreta de una forma limitada por los agentes terapéuticos químicos clásico. Por ejemplo, la porción del fármaco puede ser una proteína o un polipéptido que posee una actividad biológica deseada. Tales proteínas puede incluir, por ejemplo, una toxina tal como la abrina, ricina A, exotoxina pseudodomonas, o toxina de la difteria; una proteína tal como el factor de necrosis del tumor, alfa-interferon, beta-interferon, factor de crecimiento de los nervios, factor de crecimiento derivado de las plaquetas, activador del plasminogeno del tejido; o, modificadores de la respuesta biológica tales como, por ejemplo, linfocinas, interleucina-1 ("IL-1"), interleucina-2 ("IL-2") , interleucina-6 ("IL-6") , factor que estimula la colonia de macrofase de granulocitos ("GM-CSF") , factor que estimula la colonia de granulocitos ("G-CSF"), u otros factores del crecimiento. Las técnicas para conjugar tales porciones a los anticuerpos son bien conocidas, ver, por ejemplo, Arnon et al , "Monoclonal Antibodies For Immunotargeting Of Drugs In Cáncer Therapy", in Monoclonal Antibodies And Cáncer Therapy, Reisfeld et al . (eds), pp. 243-56 (Alan R. Liss, Inc. 1985); Hellstrom Ket al., "Antibodies For Drugs Delivery", in Controlled Drug Delivery (2nd Ed.), Robinson et al . (eds), pp. 623-53 (Marcel Dekker, Inc, 1987); Thorpe, "Antibody Carriers Of Cytotoxic Agents In Cáncer Therapy: A Review", in Monoclonal Antibodies '84: Biological And Clinical Applications, Pinchera et al . (eds), pp. 475-506 (1985); "Analysis, Results, And Future Prospective Of The Therapeutic Use Of Radiolabeled Antibody In Cáncer Therapy", in Monoclonal Antibodies For Cáncer Detection And Therapy, Baldwin et al . (eds), pp. 303-16 (Academic Press 1985), and Thorpe et al .
"The Preparation And Cytotoxic Properties Of Antibody-Toxin Conjugates", Immunol, Rev., 62:119-58 (1982). Alternativamente, un anticuerpo puede conjugarse a una segundo anticuerpo para formar un anticuerpo heteroconjugado como se describió por Segal en la Patente Norteamericana No. 4,676,980.
Las moléculas del ácido nucleico de la invención pueden insertarse dentro de los vectores y usarse como los vectores de terapia génica. Los vectores de terapia génica pueden suministrarse a un sujeto por, por ejemplo, inyección intravenosa, administración local (ver la Patente Norteamericana No. 5,328,470) o por la inyección estereotáctica (ver, por ejemplo, Chen et al . (1994) Proc. Nati . Acad. Scí . USA 91:3054-3057). La preparación farmacéutica del vector de terapia génica es un diluente aceptable, o puede comprender una matriz de liberación lenta en la cual el vehículo de liberación del gen se incrusta. Alternativamente, donde el vector de liberación completa del gen puede producirse intacto a partir de las células recombinantes, por ejemplo, los vectores retrovirales, la preparación farmacéutica puede incluir una o más células que producen el sistema de liberación o suministro del gen. Las composiciones farmacéuticas pueden incluirse en un contenedor, paquete, o dispensador con instrucciones para la administración. V. Usos y Métodos de la Invención Las moléculas, proteínas, homólogos, y anticuerpos, del ácido nucleico aquí descritos pueden usarse en uno o más de los siguientes métodos: a) ensayos de selección; b) medicina predictiva (por ejemplo, los ensayos de diagnósticos, ensayos de pronóstico, pruebas clínicas de monitoreo, y farmacogenéticos) ; y c) métodos de tratamiento (por ejemplo, terapéuticos y profilácticos) . Como aquí describió, una proteína SLIC-1 de la invención tiene una o más de las siguientes actividades. (1) interactuar con una molécula de la proteína no SLIC-1; (2) activar una trayectoria de la transducción de la señal dependiente de la SLIC-1; (3) modular una trayectoria de la transducción de la señal dependiente de la SLIC-1; (4) modular la adhesión intermolecular; (5) modular la asociación de la SLIC-1 con el citoesqueleto; (6) modular la activación y/o la proliferación de las células; y (7) modular la migración de las células. Las moléculas del ácido nucleico aisladas de la invención puede usarse, por ejemplo, expresar la proteína SLIC-1 (por ejemplo, vía un vector de expresión recombinante en una célula hospedera en las aplicaciones de terapia génica) , para detectar el ARNm de la SLIC-1 (por ejemplo, en una muestra biológica) o una alteración genética en el gen de la SLIC-1, y para modular la actividad de la SLIC-1, como otra vez se describe abajo. Las proteínas SLIC-1 pueden usarse para tratar los desordenes caracterizados por la producción insuficiente o excesiva del substrato de SLIC-1 o la producción de los inhibidores de , la SLIC-1. Además, las proteínas SLIC-1 pueden usarse para seleccionar los substratos de SLIC-1 que aparecen naturalmente, para seleccionar los fármacos o compuestos que modulan la actividad déla SLIC-1, así como también para tratar los desordenes caracterizados por la producción insuficiente o excesiva de la proteína SLIC-1 o la producción de las formas de la proteína SLIC-1 que han disminuido, la actividad aberrante, o no deseada comparada con la proteína tipo silvestre de la SLIC-1 (por ejemplo, los desordenes asociados con el ligando de glicoproteína P-selectina tales como los desordenes inflamatorios o desordenes del sistema inmune (por ejemplo, la enfermedad inflamatoria del intestino, la colitis ulcerativa, la enfermedad de Crohn, el síndrome de la deficiencia II de adhesión de los leucocitos, la peritonitis, la inflamación del pulmón, asma, la apendicitis aguda, ataque séptico, amiloidosis, artritis reumática, sarcoidosis, escleroderma, lupino, polimiositis, síndrome de Reiter, psoriasis, enfermedad inflamatoria pélvica, enfermedad inflamatoria del pecho, enfermedad inflamatoria orbital, desordenes de deficiencia inmune (por ejemplo, las inmunodeficiencia variable común, inmunodeficiencia combinada severa) , desordenes autoinmunes, y enfermedades neurodegenerativas (por ejemplo, la enfermedad de Alzheimer) ; los desordenes hematopoietico y trombótico (por ejemplo, coagulación intravascular diseminada, anemia, linfoma, leucemia, neutrofilia, neutropenia, desordenes mieloproferativos, trombocitosis, trombocitopenia, enfermedad de Von Willebrand, y hemofilia) ; los desordenes del sistema cardiovascular (por ejemplo, arteriosclerosis, daño de reperfusión por isquemia, enfermedad del corazón inflamarotia, restenosis, inflamación arterial, remodelado de la pared vascular, microembolismo coronario, falla del corazón congestiva, cardiomiopatía, ligación arterial coronaria, enfermedad del corazón vascular, angina, hipertensión, infracción del miocardio, enfermedad de la arteria coronaria, y aterosclerosis, ) ; y desordenes de proliferación, activación adhesión, crecimiento, diferenciación, o migración celular, (por ejemplo, carcinoma, sarcoma, o leucemia; angiogénesis y metástasis de tumor; y desordenes hematopoieticos y trombóticos) ) . En una modalidad, la presente invención provee el uso de las moléculas de la proteína y ácido nucleico de la SLIC-1 para identificar una molécula terapéutica para modular la activación de las células que expresan la SLIC-1. En otra modalidad, la presente invención provee el uso de variantes de las moléculas de la proteína y del ácido nucleico de la SLIC-1 (por ejemplo, una molécula de la SLIC-1 negativa dominante) par modular la proliferación de las células, por ejemplo, siguiendo el suministro del gen exógeno novedoso o la terapia génica .
Además, los anticuerpos anti-SLIC-1 de la invención pueden usarse para detectar y aislar las proteínas SLIC-1, para regular la biodisponibilidad de las proteínas SLIC-1, y para modular la actividad de la SLIC-1 . A. Ensayos de Selección: La invención provee un método (también aquí referido como "ensayo de selección") para identificar los moduladores, por ejemplo, los compuestos o agentes candidatos o de prueba (por ejemplo, los péptidos, péptidomimeticos, moléculas pequeñas u otros fármacos) , que se unen a las proteínas SLIC-1, que tienen un efecto estimulatorio o inhibitorio sobre, por ejemplo, la expresión o actividad del substrato de la SLIC-1.
En una modalidad, la invención provee ensayos para seleccionar los compuestos candidatos o de prueba que son los substratos de la proteína o el polipéptido SLIC-1 o una porción biológicamente activa de la misma. En otra modalidad, la invención provee ensayos seleccionar los compuestos candidatos o de prueba que se unen a o modulan la actividad de una proteína o polipéptido SLIC-1 o una porción biológicamente activa de la misma. Los compuestos de prueba de la presente invención pueden obtenerse usando cualquiera de las numerosas metodologías en los métodos de genoteca combinatoria conocidos en la técnica, incluyendo; los métodos de las genotecas biológicas; genotecas de fase en solución o en fase sólida paralelas espacialmente accesibles; genoteca sintética que requieren desconvolución, el método de la genoteca incompuesto una-cuenta' ; y los métodos de la genoteca sintética usando la selección por cromatografía de afinidad. La metodología de la genoteca biológica se limita a las genotecas del péptido, mientras los otras cuatro metodologías se aplican a las genotecas del péptido, oligómero no péptido, o molécula pequeña de los compuestos (Larn, K . S. (1997) Anticáncer Drug Des. 12:145) . Los ejemplos de los métodos para la síntesis de las genotecas moleculares pueden encontrarse en la técnica, por ejemplo, DeWitt et al. (1993) Proc. Nati. Acad. Sci. U.S.A. 90:6909; Erb et al. (1994) Proc. Nati. Acad. Sci. U.S.A. 91:11422; Zuckermann et al. (1994). J. Med. Chem. 37:2678; Cho Et al. (1993) Science 261:10303; Carrell et al. (1994) Angrew, Chem. Ent. Ed. Engl. 33:2059; Carell et al. (1994) Angrew. Chem. Int. Ed. Engl. 33:2061; y en Gallop et al. (1994) J. Med. Chem. 37:1233. Las genotecas de los compuestos pueden presentarse en solución (por ejemplo, Houghten (1992) Biotechniques 13:412-421), o en cuentas (Lam (1991) Nature 354:82-84), trozos (Fodor (1993) Nature 364:55-556), bacterias (Ladner (Ladner USP 5,223,409), esporas (Ladner USP ?409) , plásmidos (Culi et al. (1992) Proc. Nati. Acad. Sci. U.S.A. 89:1865-1869) o en Fagos (Scott and Smith (1990) Science 249:386-390); (Devlin (1990) Science 249:404-406); (Cwirla et al . (1990) Proc. Na ti . Acad. Sci . 87:6378-6382); (Felici (1991) J. Mol . Biol . 22:301-310) ; (Ladner supra ) . En una modalidad, un ensayo es un ensayo basado en la célula en el cual una célula que expresa una proteína SLIC-1 o una porción biológicamente activa de la misma se contacta con una compuesto de prueba y se determina la capacidad del compuesto de prueba para modular la actividad de la SLIC-1. Determinar la capacidad del compuesto de prueba para modular la actividad de la SLIC-1 puede lograrse monitoreando, por ejemplo, el patrón de fosforilación y/o asociación del citoesqueleto de la tirosina proteína de la PSGL-1 en una célula que expresa la SLIC-1. La célula, por ejemplo, puede ser de origen de una mamífero, por ejemplo, una célula hematopoietica . La capacidad del compuesto de prueba de modular la unión de la SL1C-1 con un substrato o para unirse a una SLIC-1 también puede determinarse. Determinar la capacidad del compuesto de prueba para modular la unión de la SLIC-1 a un substrato puede realizarse, por ejemplo, acoplando el substrato de SLIC-1 con un radioisótopo o una etiqueta enzimática de manera que la unión del substrato de SLIC-1 con la SLIC-1 pueda determinarse detectando el substrato de SLIC-1 etiquetado en un complejo. Alternativamente, la SLIC-1 podría acoplarse con un radioisótopo o una etiqueta enzimática para monitorear la capacidad del compuesto de prueba para modular la unión de la SLIC-1 con el substrato de SLIC-1 en un complejo. Determinar la capacidad del compuesto de prueba para unir la SLIC-1 puede realizarse, por ejemplo, acoplando el compuesto con el radioisótopo o una etiqueta enzimáticoa de manera que la unión del compuesto con la SLIC-1 pueda determinarse detectando el compuesto de SLIC-1 etiquetado en un complejo. Por ejemplo, los compuestos (por ejemplo, los substratos de SLIC-1) pueden etiquetarse con 125I-, 35Sr, 14,C, o 3H, ya sea directamente o indirectamente, y el radioisótopo detectarse por el conteo de la radioemisión o por el conteo del centello. Alternativamente, los compuestos pueden enzimáticamente etiquetarse con, por ejemplo, la peroxidasa de rábano picante, la fosfatasa alcalina, o la luciferaza, y la etiqueta enzimática puede detectarse por la determinación de la conversión de un substrato apropiado para el producto. También está dentro de esta invención determinar la capacidad de un compuesto (por ejemplo, un substrato de SLIC-1) para interactuar con la SLIC-1 sin el etiquetado de alguno de los interactuantes . Por ejemplo. Un microfisiómetro puede usarse para detectar la interacción de un compuesto con la SLIC-1 sin el etiquetado de ya sea el compuesto o la SLIC-1.
McConnell, H. M. et al . (1992) Science 257:1906-1912. Como aquí se usó, un "microfisiómetro" (por ejemplo, Cytosensor) es un instrumento analítico que mide la proporción en la cual una célula acidifica su ambiente usando un detector potenciométrico localizable por la luz (LAPS) . Los cambios en esta proporción de acidificación pueden usarse como un indicador de la interacción entre un compuesto y la SLIC-1. En otra modalidad, un ensayo es un ensayo basado en la célula que comprende poner en contacto un célula que expresa una molécula objetivo de SLIC-1 (por ejemplo, un substrato de SLIC-1) con un compuesto de prueba y determina la capacidad del compuesto de prueba para modular (por ejemplo, estimula o inhibe) la actividad de la molécula objetivo de SLIC-1. Determinar la capacidad del compuesto de prueba para modular la actividad de una molécula objetivo de SLIC-1 puede realizarse, por ejemplo, determinando la capacidad de la proteína SLIC-1 para unirse o interactuar con la molécula objetivo de SLIC-1. Determinar la capacidad de la proteína SLIC-1, o el fragmento biológicamente activo de la misma, para unirse o interactuar con una molécula objetivo de la SLIC-1 puede realizarse por uno de los métodos abajo descritos para determinar la unión directa. En una modalidad preferida, determinar la capacidad de la proteína SLIC-1 para unirse o interactuar con una molécula objetivo de la SLIC-1 puede realizarse determinando la actividad de la molécula objetivo. Por ejemplo, la actividad de la molécula objetivo puede determinarse detectando la inducción de una respuesta celular (por ejemplo, los cambios en el patrón de la fosforilación de la tirosina de las proteínas intracelulares; los cambios en la actividad de una cinasa MAP o un RAS GTPasa; la secreción de IL-8), detectando la actividad catalítica / enzimática del objetivo en un substrato apropiado, detectando la inducción del gen recopilador (que comprende un elemento regulador que responde al objetivo operativamente ligado a una ácido nucleico que codifica una marcador detectable, por ejemplo, luciferaza) , o detectando una respuesta celular regulada por el objetivo. En otra modalidad más, un ensayo de la presente invención es un ensayo libre de células en el cual una proteína SLIC-1 o una porción biológicamente activa se pone en contacto con un compuesto de prueba y la capacidad del compuesto de prueba de unirse a la proteína SLIC-1 o la porción biológicamente activa de la misma se determina. Las porciones activas biológicamente preferidas de las proteínas SLIC-1 para usarse en los ensayos de la presente invención incluyen los fragmentos que participan en las interacciones con las moléculas no- SLIC-1, por ejemplo, los fragmentos que comprenden una secuencia molecular recurrente de activación basada en el inmunorreceptor tirosina. La unión del compuesto de prueba con la proteína SLIC-1 puede determinarse ya sea directamente o indirectamente como antes se describió. En una modalidad preferida, el ensayo incluye poner en contacto la proteína SLIC-1 o la porción biológicamente activa de la misma con una compuesto conocido que se une a la SLIC-1 para formar una mezcla del ensayo, poner en contacto la mezcla del ensayo con un compuesto de prueba, y determinar la capacidad del compuesto de prueba para interactuar con una proteína SLIC-1, en donde determinar la capacidad del compuesto de prueba para interactuar con una proteína SLIC-1 comprende determinar la capacidad del compuesto de prueba para preferentemente unirse a la SLIC-1 o una porción biológicamente activa de la misma cuando se compara con el compuesto conocido. En otra modalidad, el ensayo es un ensayo libre de células en el cual una proteína SLIC-1 o una porción biológicamente activa de la misma se pone en contacto con un compuesto de prueba y se determina la capacidad del compuesto de prueba para modular (por ejemplo, estimular o inhibir) la actividad de la proteína SLIC-1 o una porción biológicamente activa de la misma. Determinar la capacidad del compuesto de prueba para modular la actividad de una proteína SLIC-1 puede realizarse, por ejemplo, determinando la capacidad de la proteína SLIC-1 para unirse a una molécula objetivo de la SLIC-1 de uno de los métodos antes descritos para determinar la unión directa. Determinar la capacidad de la proteína SLIC-1 para unirse a una molécula objetivo de la SLIC-1 también puede realizarse usando una tecnología tal como la Biomolecular Interaction Analysis en tiempo real (BIA) . Sjolander, S. And Urbaniczky, C. (1991) Anal . Chem . 63:2338-2345 y Szabo et al . (1995) Curr. Opin . Struct . Biol . 5:699-705. Como aquí se usó, "BIA" es una tecnología para las interacciones bioespecificas de estudio en el tiempo real, sin etiquetado alguno de los interactuantes (por ejemplo, BIAcore) . Los cambios en el fenómeno óptico de la resonancia plasmon en la superficie (SPR) puede usarse como una indicación de las reacciones en el tiempo real entre las moléculas biológicas. En una modalidad alternativa, determinar la capacidad del compuesto de prueba para modular la actividad de una proteína SLIC-1 puede realizarse determinando la capacidad de la proteína SLIC-1 para además modular la actividad de un ejecutor corriente debajo de la molécula objetivo de la SLIC-1. Por ejemplo, la actividad de la molécula del ejecutor sobre una objetivo apropiado puede determinarse o la unión del ejecutor a un objetivo apropiado puede determinarse como previamente se describió.
En una modalidad más, el ensayo libre de células involucra poner en contacto una proteína SLIC-1 o una porción biológicamente activa de la misma con un compuesto conocido que se une a la proteína SLIC-1 para formar una mezcla de ensayo, poner en contacto la mezcla de ensayo con el compuesto de prueba, y determinar la capacidad del compuesto de prueba para interactuar con la proteína SLIC-1, en donde determinar la capacidad del compuesto de prueba para interactuar con la proteína SLIC-1 comprende determinar la capacidad de la proteína SLIC-1 para preferentemente unirse o modular la actividad de la molécula objetivo de la SLIC-1. En más de una modalidad de los métodos de ensayos anteriores de la presente invención, puede ser deseable inmovilizar ya sea la SLIC-1 o su molécula objetivo de la SLIC-1 para facilitar la separación de las formas complejas a las no complejas de una o ambas proteínas, así como también para arreglar la automatización del ensayo. La unión de un compuesto de prueba a una proteína SLIC-1, o la interacción de una proteína SLIC-1 con la molécula objetivo en presencia o ausencia de una compuesto candidato, puede realizarse en cualquier recipiente adecuado para contener los reactantes. Los ejemplos de tales recipientes incluyen placas microtituladoras, tubos de prueba, tubos de micro-centrifuga. En una modalidad, puede proveerse una proteína de fusión la cual añade un dominio que permite a una o a ambas proteínas enlazarse con una matriz. Por ejemplo, las proteínas de fusión glutationa-S-transferasa/SLIC-1 o las proteínas de fusión glutationa-S-transferasa/objetivo pueden absorberse dentro de las cuentas (Sigma Chemical, St. Louis, MO) o las placas microtituladoras derivadas de la glutationa, que después se combinan con el compuesto de prueba o el compuesto de prueba y ya sea la proteína de objetivo no absorbida o la proteína SLIC-1, y la mezcla incubada bajo las condiciones conduce a la formación del complejo (por ejemplo, en la condiciones fisiológicas para la sal y el pH) . Enseguida de la incubación, las cuentas o los pozos de la placa microtituladora se lavan para remover cualesquiera de los componentes no enlazados, la matriz se inmoviliza en el caso de las cuentas, el complejo se determina ya sea directamente o indirectamente, por ejemplo, como antes se describió. Alternativamente, los complejos puede disociarse de la matriz, y el nivel de la unión o actividad de la SLIC-1 se determina usando las técnicas estándares. Otras técnicas para inmovilizar las proteínas en las matrices también pueden usarse en los ensayos de selección de la invención. Por ejemplo, ya sea la proteína SLIC-1 o una molécula objetivo de la SLIC-1 puede inmovilizarse utilizando la biotina y estreptavidina. La proteína SLIC-1 biotinilada o las moléculas de la SLIC-1 pueden prepararse a partir de la biotina-NHS (N-hidroxi-succinimida) usando las técnicas conocidas en la técnica (por ejemplo, el equipo de biotinilación, Pierce Chemicals, Rockford, IL) , e inmovilizarse en los pozos de las placas de 96 pozos revestidos con estreptavidina (Pierce Chemical) . Alternativamente, los anticuerpos reactivos con la proteína SLIC-1 o las moléculas objetivo pero que no interfieren con la unión de la proteína SLIC-1 en su molécula objetivo pueden derivarse en los pozos de la placa, y la proteína SLIC-1 o de objetivo no enlazada, se atrapada, en los pozos por la conjugación del anticuerpo. Los métodos para detectar tales complejos, además de aquellos antes descritos para los complejos inmovilizados por GST, incluyen la inmunodetección de los complejos usando los anticuerpos reactivos con la proteína SLIC-1 o la molécula objetivo de la SLIC-1, así como también los ensayos ligados con la enzima que se basan en la detectar una actividad enzimática asociada con la proteína SLIC-1 o la molécula objetivo de la SLIC-1. En otra modalidad, los moduladores de la expresión SLIC-1 se identifican en un método en donde una célula se pone en contacto con un compuesto candidato y se determina la expresión de la ARNm de la SLIC-1 o la proteína SLIC-1 en la célula. El nivel de expresión de ARNm de la SLIC-1 o proteína SLIC-1 en presencia del compuesto candidato se compara con el nivel de expresión de ARNm de la SLIC-1 o proteína SLIC-1 en ausencia del compuesto candidato. El compuesto candidato después se puede identificar como un modulador de la expresión SLIC-1 basada en su comparación. Por ejemplo, cuando la expresión de la ARNm de la SLIC-1 o proteína SLIC-1 es mayor (estadísticamente significativamente mayor) en presencia del compuesto candidato que en su ausencia, el compuesto candidato se identifica como un estimulador de la expresión de ARNm de la SLIC-1 o proteína SLIC-1. Alternativamente, cuando la expresión de ARNm de la SLIC-1 o proteína SLIC-1 es menor (estadísticamente significativamente menor) en presencia del compuesto candidato que en su ausencia, el compuesto candidato se identifica como un inhibidor de la expresión de ARNm de la SLIC-1 o proteína SLIC-1. El nivel de la expresión de ARNm de la SLIC-1 o proteína SLIC-1 en las células puede determinarse por los métodos descritos aquí para detectar la ARNm de la SLIC-1 o proteína SLIC-1. En otro aspecto de la invención, las proteínas SLIC-1 pueden usarse como "proteínas anzuelo o carnada" en un ensayo de dos híbridos o un ensayo de tres híbridos (ver, por ejemplo, la Patente Norteamericana No. 5,283,317; Zervos et al . (1993) Cell 72:223-232; Madura et al . (1993) J. Biol . Chem . 268:12046-12054; Bartel et al . (1993) Biotechniques 14:920-924; Iwabubhi et al . (1993) Oncogene 8:1693-1696; y Brent WO94/10300) , para identificar otras proteínas, que se unen o interactúa con la SLIC-1 ("proteínas que se unen a SLIC-1" o "SLIC-1-bp") y se involucran en la actividad de la SLIC-1. Tales proteínas que se unen a la SLIC-1 también probablemente se involucran en la propagación de las señales de las proteínas SLIC-1 o los objetivos SLIC-1 como, por ejemplo, los elementos de corriente abajo de una trayectoria del señalamiento mediada por la SLIC-1. Alternativamente, tales proteínas que se unen a la SLIC-1 probablemente son los inhibidores de la SLIC-1. El sistema de dos híbridos se basa en la naturaleza modular de la mayoría de los factores de transcripción, que consiste de los dominios de la activación y de la unión del ADN separable. Brevemente, el ensayo utiliza dos diferentes constructos del ADN. En un constructo, el gen que codifica una proteína SLIC-1 se fusiona con un gen que codifica el ADN qie codifica un dominio de una factor de transcripción conocido (por ejemplo, GAL-4). En el otro constructo, una secuencia de ADN, de una genoteca de las secuencias de ADN que codifica el dominio de activación del factor de transcripción conocido. Sí las proteínas "anzuelo o carnada" y las proteínas "presa o victima" son capaces de interactuar, in vivo, para formar un complejo dependiente de la SLIC-1, los dominios de activación y de unión del ADN del factor de transcripción se llevan dentro de la proximidad cercana. Esta proximidad permite la transcripción de un gen recopilador (por ejemplo, LacZ) que está operablemente ligado a un sitio regulador transcripcional sensible al factor de transcripción. La expresión del gen recopilador puede detectarse y las colonias de las células que contienen el factor de transcripción funcional puede aislarse y usarse para obtener el gen clonado que codifica la proteína que interactúa con la proteína SLIC-1. En otro aspecto, la invención se aplica a una combinación de dos o más ensayos aquí descritos. Por ejemplo, un agente modulante puede identificarse usando un ensayo libre de células o un ensayo basado en la célula, y la capacidad del agente para modular la actividad de la proteína SLIC-1 puede confirmarse in vivo, por ejemplo, en un animal tal como un modelo de animal para la inflamación. Esta invención además se aplica a agentes novedosos identificados por los ensayos antes descritos. Consecuentemente, está dentro del ámbito de esta invención además usar un agente identificado como aquí se describió (por ejemplo, un agente modulante de la SLIC-1, una molécula del ácido nucleico SLIC-1 anti-sentido, un anticuerpo especifico de la SLIC-1, o un patrón de unión de la SLIC-1) puede usarse en un animal modelo parta determinar la eficiencia, toxicidad, o los efectos secundarios del tratamiento con un agente tal.
Alternativamente, un agente identificado como aquí se describió puede usarse en un animal modelo para determinar el mecanismo de acción de un agente tal. Además, esta invención se aplica a los usos de los agentes novedosos identificados por los ensayos de la selección antes descritos para los tratamientos como aquí se describieron. B. Ensayos de Detección Las porciones de los fragmentos de las secuencias de ADNc aquí identificados (y las secuencias del gen completas correspondientes) pueden usarse en numerosos maneras como reactivos del polinucleótido. Por ejemplo, estas secuencias pueden usarse para: (i) hacer mapas de sus genes respectivos en un cromosoma; y, de esta manera, localizar las regiones del gen asociadas con la enfermedad genética; (ii) identificar un individuo a partir de una muestra biológica diminuta (determinar el tipo de tejido); y (iii) auxiliar en la identificación forense de una muestra biológica. Estas aplicaciones se deriven en la sub-secciones de abajo. 1. Cartografía o Mapeo del Cromosoma Una vez que la secuencia (o una porción de la secuencia) de un gen se ha aislado, esta secuencia puede usarse para hacer un mapa de la localización del gen en un cromosoma. Este proceso se llama cartografía o mapeo del cromosoma.
Consecuentemente, las porciones o fragmentos de las secuencias del nucleótidos de la SLIC-1, aquí descritos, pueden usarse para hacer un nacer un mapa de la localización de los genes de la SLIC-1 sobre un cromosoma. La cartografía o mapeo de las secuencias de la SLIC-1 es los cromosomas es una primer paso importante en la correlación de estas secuencias con los genes asociados con la enfermedad. Brevemente, los genes de la SLIC-1 puede mapearse en los cromosomas preparando unos cebadores PCR (preferentemente de 115-25 bp en longitud) a partir de las secuencias de nucleótidos. El análisis por computadora de las secuencias de SLIC-1 puede usarse para predecir que los cebadores no se extienden más de un exón en el ADN genómico, de esta manera complicar el proceso de la amplificación. Estos cebadores entonces pueden usarse para la selección PCR de los híbridos de la célula somática que contienen los cromosomas humanos individuales. Solo aquellos híbridos que contienen el gen humano correspondiente a las secuencias de la SLIC-1 producirán un fragmento amplificado. Los híbridos de las células somáticas se preparan fusionando las células somáticas de diferentes mamíferos (por ejemplo, células de ratón y de humano) . Como los híbridos de las células de ratón y de humano crecen y se dividen, estas gradualmente pierden los cromosomas humanos en un orden aleatorio, pero retienen los cromosomas del ratón. Usando el medio en el cual las células del ratón no crecen, puesto que estas carecen de una enzima en particular, pero las células de humano puede crecer, el cromosoma humano que contiene el gen que codifica la enzima necesaria, debe ser retenida. Usando diferentes medios, los paneles de líneas célula híbrida pueden establecerse. Cada línea de célula en un panel contiene ya sea un solo cromosoma humano o un número pequeño de cromosomas humanos, y un conjunto completo de cromosomas de ratón, permitiendo la fácil cartografía o mapeo de los genes individuales en los cromosomas humanos específicos. (D'Eustachio P. et al . (1983) Science 220:919-924). Los híbridos de las células somáticas que contienen solo los fragmentos de los cromosomas humanos también pueden producirse usando los cromosomas humanos con las trans-localizaciones o eliminaciones. La cartografía o mapeo por PCR de los híbridos de las células somáticas es un procedimiento rápido para asignar una secuencia particular a un cromosoma particular. Tres o más secuencias puede asignarse por día usando un solo formador de ciclos térmico. Usando las secuencias del nucleótidos de la SLIC-1 para diseñar los cebadores de oligonucleótidos, la sub-localización puede lograrse con los paneles de los fragmentos a partir de los cromosomas específicos. Otras estrategias de cartografía o mapeo que pueden usarse similarmente para hacer cartografía o mapeo de una secuencia de SLIC-1 es su cromosoma incluyen la hibridización in si tu (descrita en Fan, Y, et al . (1990)) Proc. Na ti . Acad. Sci . U. S . A . , 87:6223-27), la preselección con los cromosomas catalogados por el flujo, y la pre-selección de la hibridización en las genotecas del ADNc especificas del cromosoma. La hibridización in si tu por fluorescencia (FISH) de una secuencia de ADN para una difusión cromosómica del metaFAg además puede usarse para proveer una localización cromosómica exacta en una etapa. Las difusiones del cromosoma pueden hacerse usando las células cuya división se ha bloqueado en el metafase por un químico tal como el colcemido que desestabiliza el eje mitótico. Los cromosomas pueden tratarse brevemente con tripsina, y después mancharse con Giemsa. Un patrón de bandas oscuras de luz se desarrolla en cada cromosoma, de tal manera que los cromosomas puedan individualmente identificarse. La técnica FISH puede usarse con una secuencia de ADN tan corta como de 500 o 600 bases. Sin embargo, los clones más largos de 1,000 bases tienen una alta probabilidad de unirse a una localización cromosómica única con una intensidad de señal suficiente para una solo detección. Preferentemente, 1,000 bases, y más preferentemente 2,000 bases serán suficientes para obtener buenos resultados en una cantidad razonable de tiempo. Para una vista de esta técnica, ver Verma et al . , Human Chromosomes: A. Manual of Basic Techniques (Pergamon Press, New York) 1988). Los reactivos para hacer cartografía o mapeo del cromosoma pueden usarse individualmente para marcar un solo cromosoma o un solo sitio en el que el cromosoma, o los paneles de los reactivos pueden usarse para hacer sitios múltiple y/o cromosomas múltiples. Los reactivos correspondientes para no codificar las regiones de los genes actualmente se prefieren para los propósitos de hacer cartografía o mapeo. Las secuencias codificantes son más probables a conservarse dentro de las familias del gen, de esta manera se incrementa la oportunidad de afectar las hibridizaciones durante la cartografía o mapeo. El gen de la SLIC-1 humano se ha localizado en el cromosoma 16. Una vez que la secuencia se ha mapeado a una localización cromosómica precisa, la posición física de la secuencia en el cromosoma puede correlacionarse con los datos del mapa genético. (tales datos se encuentra, por ejemplo, en V. McKusick, Mendelian Inheritance en Man, disponible en línea a través de Johns Hopkins University Welch Medical Library) . Las relaciones entre un gen y una enfermedad, mapeados en la región cromosómica de los mismos, después pueden identificarse a través del análisis de vinculación (co-herencia de los genes físicamente adyacentes), descritos en, por ejemplo, Egeland, J. Et al . (1987) Na ture, 325:783-787. Además, pueden determinarse las diferencias en las secuencias del ADN entre los individuos afectado y los individuos no afectados con la enfermedad asociada con el gen de la SLIC-1. Sí una mutación se observa en alguno o en todos los individuos afectados pero no en alguno de los individuos no afectados, entonces es probable que la mutación sea por una agente causativo de la enfermedad en particular. La comparación de los individuos afectados y los individuos no afectados generalmente involucra la primera observación de las alteraciones estructurales en los cromosomas, tales las eliminaciones o trans-localizaciones que son visibles a partir de las difusiones del cromosoma o detectables usando el PCR basado en la secuencia de ADN. Últimamente, la secuenciación completa de los genes de los diferentes individuos puede realizarse para confirmar la presencia de una mutación o distinguir mutaciones a partir de polimorfismos. 2. Determinación del tipo de Tejido Las secuencias de SLIC-1 de la presente invención también pueden usarse para identificar a los individuos a partir de muestras biológicas diminutas. El ejército de la Estados Unidos de Norteamérica, por ejemplo, está considerando el uso del polimorfismo de la longitud del fragmento de restricción (RFLP) para la identificación de su personal. En esta técnica, un ADN genómico del individuo se digiere con una o más enzimas de restricción, y examina o prueba en un manchado Southern para producir bandas únicas para la identificación. Este método no sufre de las limitaciones actuales de "etiquetas de Identificación" que pueden perderse, alternarse, o ser robadas, haciendo difícil la identificación positiva. Las secuencias de la presente invención son útiles como marcadores de ADN adicionales para la RFLP (descrita en la Patente Norteamericana No. 5,272,057). Además, las secuencias de la presente invención pueden usarse para proveer una técnica alternativa la cual determine la secuencia de ADN base por base actual de las porciones seleccionadas de un genoma de un individuo. De esta manera, las secuencias de nucleótidos de SLIC-1 aquí descritos pueden usarse para preparar dos cebadores PCR a partir de los extremos 5' y 3' de las secuencias. Estos cebadores entonces pueden usarse para amplificar un ADN de un individuo y subsecuentemente una secuencia de éste. Los paneles de las secuencias de ADN correspondientes de los individuos, preparados de esta manera, pueden proveer identificaciones únicas individuales, como cada individuo tendrá un conjunto único de secuencias de ADN debido alas diferencias alélicas. Las secuencias de la presente invención pueden usarse para obtener tales secuencias de identificación a partir de individuos y de tejido. Las secuencias de nucleótidos de SLIC-1 de la invención únicamente representan porciones del genoma humano. La variación alélica ocurre en algún grado en las regiones codificantes de estas secuencias, y en un grado mayor en las regiones no codificantes. Se estima que la variación alélica entre los humanos ocurre con una frecuencia de aproximadamente una vez cada 500 bases. Cada una de las secuencias aquí descritas puede, en algún grado, usarse como un estándar en contra del cual el ADN de un individuo puede compararse para los propósitos de identificación. Puesto que grandes números de polimorfismos ocurren en las regiones no codificantes, pocas secuencias son necesarias para diferenciar los individuos. Las secuencias no codificantes del gen de la SLIC-1 puede confortablemente proveer la identificación del individuo positiva con un panel de quizás 10 a 1,000 cebadores de los cuales cada uno produce una secuencia amplificada no codificante de 100 bases. Sí se usan las secuencias no codificantes previstas, tal como aquellas de SEQ ID N0:1SEQ ID NO:l, un número más apropiado de cebadores para la identificación positiva del individuo podría ser de 500-2,000. Sí un panel de reactivos de las secuencias de nucleótidos de SLIC-1 aquí descrito se usa para generar una base de datos de la identificación única para un individuo, aquellos mismos reactivos puede después usarse para identificar el tejido de tal individuo. Usando la base de datos la identificación única, la identificación positiva del individuo, vivo o muerto, puede hacerse a partir de muestras de tejido extremadamente pequeñas. 3. Uso de las Secuencias de SLIC-1 en la Biología Forense Las técnicas de identificación basada en el ADN también puede usarse en la biología forense. La biología forense es un campo científico que emplea el determinar el tipo genético de la evidencia biológica encontrada en la escena de un crimen como un medio para positivamente identificar, por ejemplo, un perpetrador de un crimen. Para hacer una identificación tal, la tecnología PCR puede usarse para amplificar las secuencias de ADN tomadas de muestras biológicas muy pequeñas tales como tejidos, por ejemplo, pelo o piel, o fluidos corporales, por ejemplo, sangre, saliva, o semen, encontrados en la escena de un crimen. La secuencia amplificada entonces se compara con un estándar, por lo cual se permite la identificación del origen de la muestra biológica. Las secuencias de la presente invención pueden usarse para proveer los reactivos de nucleótidos, por ejemplo, los cebadores de PCR, dirigidos a la posición especifica de un cromosoma ocupado por gen en particular en el genoma de un humano, que puede mejorar la confiabilidad de las identificaciones forenses basadas en el ADN por, por ejemplo, proveer otro "marcador de identificación" (por ejemplo, otra secuencia de ADN que es única en un individuo en particular) . Como aquí se mencionó, la información de la secuencia de base actual puede usarse para la identificación como una alternativa exacta para los patrones formados por los fragmentos generados por la enzima de restricción. Las secuencias dirigidas a las regiones no codificantes del gen de la SLIC-1 son particularmente apropiadas para este uso como grandes números de polimorfismos ocurren en las regiones no codificantes, haciendo fácil el identificar a los individuos usando esta técnica. Los ejemplos de los reactivos de polinucleótidos incluyen las secuencias de nucleótidos de SLIC-1 o porciones de las mismas, por ejemplo, los fragmentos derivados de la SEQ ID NO:l o las regiones no codificantes del gen de la SLIC-1 que tienen una longitud de al menos 20 bases, preferentemente al menos 30 bases. Las secuencias de nucleótidos de SLIC-1 aquí descritas además pueden usarse para proveer las reactivos de polinucleótidos, por ejemplo, las sondas etiquetadas o etiquetables que pueden usarse en, por ejemplo, una técnica de hibridización in si tu, para identificar un tejido específico, por ejemplo, el tejido hematopoietico y/o linfoide. Esto puede ser muy útil en casos en donde una patología forense se presenta con un tejido de un origen desconocido. Los paneles de tales sondas de SLIC-1 pueden usarse para identificar el tejido de especies y/o tipo de órgano. En un uso similar, estos reactivos, por ejemplo, los cebadores o sondas de SLIC-1 -pueden usarse para seleccionar el cultivo del tejido de la contaminación (por ejemplo, la selección por la presencia de una mezcla de diferentes tipos de células en un cultivo) . C. Medicina Preventiva La presente invención también se aplica al campo de las medicina preventiva en la cual se usan los ensayos de diagnostico, ensayos de pronóstico, y las pruebas clínicas de monitoreo para los propósitos de diagnóstico (pronóstico) por lo cual se trata un individuo profilácticamente. Consecuentemente, un aspecto de la presente invención se refiere a los ensayos de diagnóstico para determinar la expresión de la proteína SLIC-1 y/o ácido nucleico así como también la actividad de la SLIC-1, en el contexto de una muestra biológica (por ejemplo, sangre, suero, células, tejido) por lo cual se determina si un individuo está afligido con una enfermedad o desorden, o está en riesgo de. desarrollar un desorden, asociado con la expresión o actividad no deseada o aberrante de la SLIC-1. La invención también provee para los ensayos de diagnósticos (o pronósticos) para determinar sí un individuo está en riesgo de desarrollar un desorden, asociado con la expresión o actividad del ácido nucleico y/o de la SLIC-1. Por ejemplo, las mutaciones en una gen de SLIC-1 pueden ensayarse en una muestra biológica. Tales ensayos pueden usarse para el propósito de diagnóstico o pronóstico por lo cual se trata profilácticamente a un individuo en el principio de una desorden caracterizado por o asociado con la expresión o actividad de proteína SLIC-1, ácido nucleico. Otro aspecto de la invención se aplica a monitorear la influencia de los agentes (por ejemplo, fármacos, compuestos) sobre la expresión o actividad de la SLIC-1 en las pruebas clínicas . Estos y otros agentes se describen en más detalle en las siguientes secciones . 1. - Ensayos de diagnóstico Un método ejemplar para detectar la presencia o ausencia de la proteína SLIC-1 o el ácido nucleico en una muestra biológica involucra obtener una muestra biológica de un sujeto de prueba y contener la muestra biológica con un compuesto o un agente capaz de detectar la proteína SLIC-1 o el ácido nucleico (por ejemplo, el ARNm, o el ADN genómico) que codifica la proteína SLIC-1 de manera que la presencia de la proteína SLIC-1 o el ácido nucleico se detecta en la muestra biológica. Un agente preferido para detectar ARNm de la SLIC-1 o el ADN genómico es una sonda del ácido nucleico etiquetable capaz de hibridizar al ARNm de la SLIC-1 o el ADN genómico. La sonda del ácido nucleico puede ser, por ejemplo, el ácido nucleico de la SLIC-1 antes descrito en SEQ ID N0:1, o inserte de ADN del plásmido depositado con ATCC como Número de Accesión , o una porción del mismo, tal como un oligonucleótido de al menos 15, 30, 50, 100, 250, o 500 nucleótidos en longitud y suficiente para específicamente hibridizarse bajo condiciones rigurosas al ARNm de la SLIC-1 o el ADN genómico. Otras sondas adecuadas para su uso en los ensayos de diagnostico de la invención aquí se describen. Un agente preferido para detectar la proteína SLIC-1 es un anticuerpo capaz de unirse a la proteína SLIC-1, preferentemente un anticuerpo con una etiqueta detectable. Los anticuerpos pueden ser policlonales, o más preferentemente, monoclonales. Puede usarse un anticuerpo intacto, o un fragmento del mismo (por ejemplo, Fab o F(ab')2) . El término "etiquetado", con respecto a la sonda o anticuerpo, se entiende que abarca el etiquetado directo de la sonda o anticuerpo acoplando (por ejemplo, físicamente unido) una sustancia detectable a la sonda o anticuerpo, así como también el etiquetado indirecto de la sonda o anticuerpo por la reactividad con otro reactivo que se etiquetó directamente. Los ejemplos de etiquetado directo incluyen la detección de un anticuerpo primario usando el anticuerpo secundario fluorescentemente etiquetado^y el etiquetado en el extremo de la sonde del ADN con la biotina de manera que éste pueda detectarse con la estreptavidina fluorescentemente etiquetada. El término "muestra biológica" se entiende que incluye tejidos, células y fluidos biológicos aislados de un sujeto, así como también, células y fluidos presentes dentro de un sujeto. Es decir, el método de detección de la invención puede usarse para detectar al ARNm, proteína, ADN genómico de la SLIC-1 en una muestra biológica in vi tro así como también in vivo . Por ejemplo, las técnicas in vi tro.. para la detección de ARNm de la SLIC-1 incluyen las hibridizaciones Northern y las hibridizaciones in si tu . Las técnicas in vi tro para la detección de la proteína SLIC-1 incluyen los ensayos de inmunoabsorbentes ligado a al enzima (ELISAs) , los manchados Western, las inmunoprecipitaciones y la inmunofluorescencia. Las técnicas in vi tro para la detección del ADN genómico de la SLIC-1 incluyen las hibridizaciones Southern. Además, las técnicas in vivo para la detección de la proteína SLIC-1 incluyen introducir dentro de un sujeto una anticuerpo de anti-SLIC-1 etiquetado. Por ejemplo, el anticuerpo puede etiquetarse con un marcador radiactivo cuya presencia y localización en un sujeto puede detectarse por las técnicas de formación de imágenes estándares . En una modalidad, la muestra biológica contiene las moléculas de la proteína del sujeto de prueba. Alternativamente, la muestra biológica puede contener las moléculas de ARNm del sujeto de prueba o las moléculas de ADN genómico del sujeto de prueba. Una muestra biológica preferida es una muestra de suero aislada por los medios convencionales de un sujeto. En otra modalidad, los métodos además involucran una muestra biológica de control de un sujeto de control, que se pone en contacto con la muestra de control con una compuesto o agente capaz de detectar la proteína SLIC-1, o el ADN genómico, de manera que la presencia de la proteína SLIC-1, ARNm o el ADN genómico se detecte en la muestra biológica, y se compare la presencia de la proteína SLIC-1, ARNm o ADN genómico en la muestra de control con la presencia de SLIC-1, ARNm o ADN genómico en la muestra de prueba. La invención también abarca los equipos para detectar la presencia de la SLIC-1 en una muestra biológica. Por ejemplo, el equipo puede comprender un compuesto o agente etiquetado capaz de detectar la proteína SLIC-1 o ARNm en una muestra biológica; los medios para determinar la cantidad de SLIC-1 en la muestra; y los medios para comparar la cantidad de SLIC-1 en la muestra con un estándar. El compuesto o ^agente puede empacarse en un contenedor adecuado. El equipo además puede comprender instrucciones para el uso de los equipos para detectar la proteína o el ácido nucleico de SLIC-1 2. Ensayos de Pronóstico Los métodos de diagnostico aquí descritos además pueden utilizarse para identificar sujetos que tengan o estén en riesgo de desarrollar una enfermedad o desorden asociado con la expresión o actividad de SLIC-1 no deseada o aberrante. Como aquí se usó, el término "aberrante" incluyen una expresión o actividad de SLIC-1 que se desvía de la expresión o actividad de SLIC-1 del tipo silvestre. La expresión o actividad de SLIC-1 aberrante incluye incrementar o disminuir al expresión o actividad, así como también la expresión o actividad que no sigue el patrón evolutivo del tipo silvestre de la expresión o el patrón sub-celular de expresión. Por ejemplo, la expresión o actividad de SLIC-1 aberrante se entiende que incluye los casos en que una mutación en el gen de SLIC-1 causa al gen de SLIC-1 estar bajo-expresado o sobre-expresado y las situaciones en que tales mutaciones resultan en una proteína SLIC-1 no-funcional o una proteína que no está función en una manera del tipo silvestre, por ejemplo, que no interactúe con una substrato de SLIC-1, o una que interactúe con una substrato no-SLIC-1. Como se usa aquí, el término "no deseado" incluye un fenómeno no deseado involucrado en una respuesta biológica tal como la proliferación celular. Por ejemplo, el término no deseado incluye la expresión o actividad de SLIC-1 que es indeseable para un sujeto. Los ensayos aquí descritos, tales como los ensayos de diagnostico o los siguientes ensayos, pueden utilizarse para identificar un sujeto que tienen o está en riesgo de desarrollar un desorden asociado con una mala-regulación en la actividad de la proteína SLIC-1 o la expresión del ácido nucleico, tal como un desorden inflamatorio o un desorden del sistema inmune, un desorden cardiovascular, un desorden de proliferación, activación, adhesión, crecimiento, diferenciación, o migración celular, o un desorden hematopoietico o trombótico. Alternativamente, los ensayos de pronostico pueden utilizarse para identificar un ajunto que tienen o está en riesgo de desarrollar un desorden asociado con la mala-regulación en la actividad de la proteína SLIC-1 o la expresión del ácido nucleico, tal como un desorden inflamatorio o un desorden del sistema inmune, un desorden cardiovascular, un desorden de proliferación, activación, adhesión, crecimiento, diferenciación, o migración celular, o un desorden hematopoietico o trombótico. Así, la presente invención provee un método para identificar una enfermedad o desorden asociado con la expresión o actividad de SLIC-1 no deseado o aberrante en la cual un muestra de prueba se obtiene de un sujeto y de la proteína SLIC-1 o el ácido nucleico (por ejemplo, ARNm o ADN genómico) se detecta, en donde la presencia de la proteína SLIC-1 del ácido nucleico se diagnostica para un sujeto que tiene o está en riesgo de desarrollar una enfermedad o desorden asociado con expresión o actividad de SLIC-1 no deseado o aberrante. Como aquí se usa, una "muestra de prueba" se refiere a una muestra biológica obtenida de un sujeto de interés. Por ejemplo, una muestra de prueba puede ser un fluido biológico (por ejemplo, el fluido o suero del cerebroespinal), la muestra de célula, o tejido. Además, los ensayos de diagnóstico aquí descritos pueden usarse para determinar sí a un sujeto puede administrársele un agente (por ejemplo, un agonista, antagonista, péptidomimetico, proteína, péptido, ácido nucleico, moléculas pequeñas, u otro fármaco candidato) para tratar una enfermedad o desorden asociado con la expresión o actividad de SLIC-1 no deseado o aberrante; un desorden cardiovascular, un desorden de proliferación, activación, adhesión, crecimiento, diferenciación, o migración celular, o un desorden hematopoietico o trombótico. De esta manera, la presente invención provee los métodos para determinar sí un sujeto puede efectivamente tratarse con un agente para un desorden asociado con expresión o actividad de SLIC-1 no deseado o aberrante en el cual la muestra de prueba se obtiene y expresión o actividad de proteína SLIC-1 se detecta (por ejemplo, en donde la abundancia de la expresión o actividad de proteína SLIC-1 se diagnostica para un sujeto que puede administrársele el agente a tratar un desorden asociado con la expresión o actividad de SLIC-1 no deseado o aberrante) . Los métodos de la invención también puede usarse para detectar las alteraciones genéticas en un gen de SLIC-1, por lo cual se determina sí un sujeto con el gen alterado está en riesgo de un desorden caracterizado por la mala-regulación en expresión del ácido nucleico o la actividad de la proteína SLIC-1, tal como un desorden inflamatorio o un desorden del sistema inmune un desorden inflamatorio o un desorden del sistema inmune, un desorden cardiovascular, un desorden de proliferación, activación, adhesión, crecimiento, diferenciación, o migración celular, o un desorden hematopoiético o trombótico. En las modalidades preferidas, los .métodos incluyen detectar, en una muestra de células del sujeto, la presencia o ausencia de una alteración genética caracterizada por que al menos una de un alteración afecta la integridad de un gen que codifica una proteína SLIC-1, o la mala-expresión del gen de SLIC-1. Por ejemplo, tales alteraciones puede detectarse por averiguar la existencia de al menos de 1) una eliminación de uno o más nucleótidos de una gen de SLIC-1; 2) una adición de uno o más nucleótidos de un gen de SLIC-1; 3) una substitución de uno o más nucleótidos de un gen de SLIC-1; ; 4) un re-arreglo cromosómico de un gen de SLIC-1; 5) una alteración del nivel de una mensajero o emisario de la transcripción del ARN de un gen de SLIC-1; 6) la modificación aberrante de un gen de SLIC-1, tal como el patrón de metilación del ADN genómico, 7) la presencia de un patrón empalme o apareamiento del tipo no silvestre de un mensajero o emisario de la transcripción del ARN de un gen de SLIC-1; 8) un nivel del tipo no silvestre de una proteína SLIC-1; 9) perdida alélica de un gen de SLIC-1, y 10) la modificación post-traduccional inapropiada de una proteína SLIC-1. Como aquí se describió, hay un gran número de ensayos en la técnica que pueden usarse para detectar las alteraciones en un gen de SLIC-1. Una muestra biológica preferida es una muestra de tejido o suero aislada por medios convencionales de un sujeto. En ciertas modalidades, la detección de la alteración involucra el uso de una sonda / cebador en una reacción en cadena de la polimerasa (PCR) (ver, por ejemplo, la Patentes Norteamericanas Nos. 4,683,195 y 4,683,202, tales como la PCR de ancla o RACE PCR, o alternativamente, en una reacción en cadena de ligación (LCR) (ver, por ejemplo, Landegran et al . (1988) Science 241:1077-1080; y Nakazawa et al . (1994) Proc .
Na ti . Acad. Sci . USA 91:360-364), la última de las cuales puede ser particularmente útil para detectar las mutaciones en el punto en el gen de SLIC-1 (ver Abravaya et al . (1995) Nucleic Acids Res . 23:675-682). Este método puede incluir las etapas de recolectar una muestra de las células de un sujeto, aislar el ácido nucleico de un sujeto, aislar el ácido nucleico (por ejemplo, el genómico, el ARNm, o ambos), de las células de la muestra, contactar la muestra de ácido nucleico con uno o más cebadores que específicamente hibridizan a un gen de SLIC-1 bajo condiciones tales que la hibridización y la amplificación del gen de SLIC-1 (sí está presente) ocurra, y detectar la presencia o ausencia de un producto de la amplificación y comparar la longitud con una muestra de control. Se anticipa que la PCR y/o LCR puede ser deseables para usarse como una etapa de amplificación preliminar en conjunción con cualquier técnica usada para detectar las mutaciones aquí descritas. Los métodos de amplificación alternativos incluye: la replicación de la secuencia sostenida por esta misma (Guatelli, J. C. et al . (1990) Proc . Nati . Acad. Sci . USA 87:1874-1878), el sistema de amplificación transcripcional (Kwoh, D. Y. Et al . , (19889) Proc . Na ti . Acad. Sci . USA 86:1173-1177) , Q-Beta Replicasa (Lizardi, P. M. et al . , (1988) Bio-Technology 6:1197), o cualquier otro método de amplificación del ácido nucleico, seguido de la detección de las moléculas amplificadas usando las técnicas bien conocidas por aquellos expertos en la técnica. Estos esquemas de detección son especialmente útiles para la detección de las moléculas de ácido nucleico sí tales moléculas están presentes en numerosos muy pequeños. En una modalidad alternativa, las mutaciones en un gen de • SLIC-1 de una célula muestra puede identificarse por las alteraciones en los patrones de incisión de la enzima de restricción. Por ejemplo, el ADN de muestra y de control se aisla, se amplifica (opcionalmente) , se digiere con una o más endonucleasas de restricción, y los tamaños de la longitud del fragmento se determinan mediante la electroforesis con gel y se compara. Las diferencias en los tamaños de la longitud entre el ADN de muestra y él de control indican las mutaciones en el ADN de muestra. Además, el uso de ribozimas de secuencia especifica (ver, por ejemplo, la Patente Norteamericana No. 5,498,531) puede usarse para puntuar la presencia de las mutaciones especificas por el desarrollo o perdida del sitio de incisión de la ribozima. En otras modalidades, las mutaciones genéticas en la SLIC-1 pueden identificarse hibridizando ácidos nucleicos de muestra y de control, por ejemplo, ADN o ARN, en arreglos de alta densidad que contiene cientos o miles de sondas de oligonucleótido (Cronin, M. T. Et al . , (1996) Human Muta tion 7:244-255; Kozal, M. J. Et al . , (1996) Na ture Medicine 2:753-759) . Por ejemplo, las mutaciones genéticas en la SLIC-1 pueden identificarse en dos arreglos dimensionales que contienen las sondas de ADN generadas por la luz como se describe en Cronin, M T. et al . Supra . Brevemente, un primer arreglo de hibridización de sondas puede usarse para examinar con la vista a través de tramos largos de ADN en una muestra y un control para identificar los cambios de base entre las secuencias marcando los arreglos lineales de las sondas traslapantes secuenciales. Esta etapa permite la identificación de las mutaciones de punto. Esta etapa es seguida por un segundo arreglo de hibridización que permite la caracterización de mutaciones especificas usando arreglos complementarios de la sonda especializada, más pequeña en todas las variantes o mutaciones detectadas. Cada arreglo de mutación se compone de conjuntos de sondas paralelas, una complementaría para el gen del tipo silvestre y la otra complementaria al gen mutante. En una modalidad más, cualquiera de una variedad de reacciones de secuenciación conocidas en la técnica pueden usarse para directamente secuenciar el gen de SLIC-1 y detectar las mutaciones comparando la secuencia de la SLIC-1 de muestra con la secuencia (de control) de tipo silvestre correspondiente. Los ejemplos de las reacciones de secuenciación incluyen aquellas basadas en las técnicas desarrolladas por Maxam and Gilbert ((1997) Proc. Na ti . Acad. Sci . USA 74 : 560) o Sanger ((1997) Proc. Nati . Acad. Sci . USA 74:5463). También se contempla que cualquiera de una variedad de procedimientos de secuenciación automatizados pueden utilizarse cuando se realizan los ensayos de diagnostico ((1995) Biotechnieus 19:448), incluyendo la secuenciación mediante la espectrometría de masa (ver, por ejemplo, La Publicación Internacional PCT No. WO 94/16101; Cohén et al . (1996) Adv. Chroma togr. 36:127-162; y Griffin et al . (1993) Appl . Biochem . Biotechnol . 38:147-159). Otros métodos para detectar las mutaciones en el gen de SLIC-1 incluyen métodos en los cuales la protección de los agentes de incisión se usa para detectar las bases mal-acoplados en heteroduplos ARN/ARN o ARN/ADN (Myers et al . (1985) Science 230:1242). En general, la técnica de "incisión mal-acoplada" que inicia proveyendo los heteduplos de formados por hibridizar el ARN o ADN (etiquetado) que contiene la secuencia de SLIC-1 tipo silvestre con ARN o ADN potencialmente mutante obtenido de muestra de tejido. Los duplos de doble hebra se tratan con un agente que hace una incisión en las regiones de una hebra de los duplos tales como los que existirán debido al mal-apareamiento del par de bases entre las hebras de control y de la hebra de muestra. Por ejemplo, los duplos ARN/ADN pueden tratarse con RNasa e híbridos de ADN/ADN tratados con la nucleasa Sl para enzimáticamente digerir las regiones mal-apareadas. En otras modalidades, ya sea los duplos de ADN/ADN y el ARN/ADN pueden tratarse con hidroxilamina o tetróxido de osmio y con piperidina con el objetivo de digerir las regiones mal-apareadas. Después de la digestión las regiones mal-comparadas, el material resultante entonces se separa por tamaño en geles de poliacrilamida desnaturalizante para determinar el sitio de la mutación. Ver, por ejemplo, Cotton et al . , (1988) Proc . Na ti . Acad. Sci . USA 85:4397; Saleeba et al . (1992) Methods Enzymol . 217:286-295. En una modalidad preferida, el ADN o ARN de control pueden etiquetarse para la detección. En una modalidad más, la reacción de incisión de mal-apareamiento emplea una o más proteínas que reconocen los pares de base de mal-apareamiento en al ADN de doble hebra (así llamadas enzimas de "reparación del mal-apareamiento del ADN") en sistemas definidos para detectar y hacer mapas de las mutaciones de punto en los ADNsc de la SLIC-1 obtenidos de las muestras de las células. Por ejemplo, la enzima mutY de la E. Coli escinde a A en los desapareamientos G/A y la glicosilasa del ADN timidina de las células HeLas que escinden a T en los desapareamientos G/T (Hsu et al . (1994) Carcinogenesis 15:1657-1662). Consecuentemente a una modalidad ejemplar, una sonda basada en la secuencia de SLIC-1, por ejemplo, la secuencia de SLIC-1 tipo silvestre, se hibridiza a un ADNc u otro producto del ADN de la célula (s) de prueba). El duplo se trata con una enzima de reparación del desapareamiento del ADN, y los productos de incisión, sí contiene, puede detectarse a partir de los protocolos de eletroforesis o los similares. Ver, por ejemplo, la Patente Norteamericana No. 5,459,039. En otras modalidades, las alteraciones en la movilidad electroforética se usará par identificar las mutaciones en los genes de SLIC-1. Por ejemplo, el polimorfismo de conformación de una solo hebra (SSCP) puede usarse para detectar las diferencias en la movilidad electroforética entre los ácidos nucleicos mutante y del tipo silvestre (Orita et al . (1989) Proc . Na ti . Acad. Sci . USA: 86:2766, ver también Cotton (1993) Muta t . Res . 285:125-144; y Hayashi (1992) Genet . Anal . Tech . Appl . 9:73-79) . Los fragmentos del ADN de una sola hebra de muestra y los ácidos nucleicos de la SLIC-1 de control deberán ser desnaturalizados y permitir la renaturalización. La estructura secundaria de los ácidos nucleicos varia de acuerdo a la secuencia, la alteración resultante en la movilidad electroforética habilita la detección de incluso una cambio de una sola base. Los fragmentos de ADN pueden etiquetarse o detectarse con las sondas etiquetadas. La sensibilidad del ensayo puede mejorarse usando el ARN (en lugar del ADN), en el cual la estructura secundaria es más sensible a un cambio en la secuencia. En una modalidad preferida, el método sujeto utiliza el análisis de heteroduplo para separar las moléculas del heteroduplo de doble hebra en las bases de los cambios la movilidad electroforética (Keen et al . (1991) Trends Genet 7:5) . En una modalidad más el movimiento de los fragmentos mutante o del tipo silvestre en los geles de poliacrilamida que contiene un gradiente del desnaturalizante se ensaya usando la electroforesis de gel del gradiente desnaturalizante (DGGE) (Myers et al . (1985) Na ture 313:495). Cuando la DGGE se usa como el método de análisis, el ADN se modificará para asegurar que no se desnaturalice completamente, por ejemplo añadiendo una grapa de GC de aproximadamente 40 bp de ADN rico en GC del alto punto de fusión. En una modalidad más, un gradiente de temperatura se usa en lugar de un gradiente de desnaturalización para identificar las diferencias en la movilidad del ADN de control o de muestra (Rosenbaum and Reissner (1987) Biophys Chem 265:12753). Los ejemplos de otras técnicas para detectar las mutaciones de punto incluyen, pero no están limitadas a, la hibridización del oligonucleótido selectiva, la amplificación selectiva, o la extensión selectiva del cebador. Por ejemplo, los cebadores de oligonucleótido pueden prepararse en los cuales la mutación conocida centralmente se coloca y después se hibridiza al ADN objetivo bajo condiciones que permitan la hibridización solo sí se encuentra un apareamiento perfecto (Saiki et al . (1986) Na ture 324:163); Saiki et al . (1989) Proc. Nati . Acad. Sci . USA 86:6230). Tales oligonucleótidos específicos de alelo se hibridizan al ADN objetivo amplificado por PCR o un número de diferentes mutaciones cuando los oligonucleótidos se ligan a la membrana hibridizante y se hibridiza con el ADN objetivo etiquetado. Alternativamente, la tecnología de amplificación especifica de alelo que depende de la amplificación por PCR selectiva puede usarse en conjunción con la invención de momento . Los oligonucleótidos usados como cebadores para la amplificación especifica puede llevar a la mutación de interés al centro de la molécula (así que la amplificación depende de la hibridización diferencial) (Gibbs et al . (1989) Nucleic Acíds Res . 17:2437-2448) o en el extremo del final 3' de un cebador donde, bajo condiciones apropiada, el desapareamiento o mal-apareamiento puede evitarse, o reducir la extensión de la polimerasa (Prossner (1993) Tibtech 11:238). Además puede ser deseable introducir un sitio de restricción novedoso en la región de la mutación para crear la detección basada en la incisión (Gasparini et al . (1992) Mol . Cell . Probes 6:1). SE anticipa que en ciertas modalidades de la amplificación pueden también realizarse usando la ligasa Taq para la amplificación (Barany (1991) Proc . Na ti . Acad. Sci . USA 88:189). En tales casos, la ligación ocurrirá solo sí hay una apareamiento prefecto en el extremo 3' de la secuencia 5' haciendo posible la presencia de una mutación conocida en un sitio especifico observándola presencia o ausencia de la amplificación. Los métodos aquí descritos puede realizarse, por ejemplo, utilizando los equipos de diagnostico pre-empacados que comprenden al menos una sonda de ácido nucleico o un anticuerpo reactivo aquí descritos, los cuales pueden convencionalmente usarse, por ejemplo, en ambientes clínicos que involucran un gen de SLIC-1. Además, cualquier tipo de célula o tejido en que la SLIC-1 se expresa puede utilizarse en los ensayos de diagnostico aquí descritos. 3. Monitoreo de los Efectos Durante las Pruebas Clínicas Monitorear la influencia de los agentes (por ejemplo, fármacos) sobre la expresión o actividad de una proteína SLIC- 1 (por ejemplo, la modulación de los mecanismos inflamatorios y/o de señalización de la PSGL-1, la asociación del citoesqueleto ligando glucoproteína p-selectina (PSGL-1) , o la adhesión de la célula) puede aplicarse no solo en la selección básica del fármaco, pero también en las pruebas clínicas. Por ejemplo, la efectividad de un agente determinado por una ensayo de selección como aquí se describió para incrementar la expresión del gen de SLIC-1, lo niveles de la proteína, o la actividad de SLIC-1 sobre-regulada, puede monitorearse en las pruebas clínicas de sujetos que exhiben disminución de la expresión del gen de SLIC-1, los niveles de proteína, o la actividad de SLIC-1 bajo-regulada. Alternativamente, la efectividad de un agente determinado por un ensayo de selección para disminuir la expresión del gen de SLIC-1, los niveles de proteína, o la actividad de SLIC-1 sobre-regulada. En tales pruebas clínicas, la expresión o actividad del gen de SLIC-1, y preferentemente, otros genes que están implicados en, por ejemplo, un desorden asociado con la SLIC-1 pueden usarse como una "indicación" o marcadores del fenotipo de una célula en particular. Por ejemplo, y no a manera de limitación, pueden identificarse los genes, incluyendo el SLIC-1, que se modulan en las células por el tratamiento con un agente (por ejemplo, identificados en un ensayo de selección como aquí se describió) . De esta manera, estudiar el efecto de los agentes sobre los desordenes asociados con la SLIC-1 (por ejemplo, los desordenes caracterizados por los mecanismos de señalización del ligando glucoproteína p-selectina des-regulada) , por ejemplo, en una prueba clínica, las células pueden aislarse y el ARN preparado y analizado para los niveles de expresión de SLIC-1 y otros genes implicados en el desorden asociado con SLIC-1, respectivamente, Los niveles de la expresión del gen (por ejemplo, el patrón de expresión del gen) pueden cuantificarse por el análisis de manchado Northern o la RT-PCR, como aquí se describió, o alternativamente midiendo la cantidad de proteína producida, por uno de los métodos como aquí se describieron, o midiendo los niveles de actividad de SLIC-1 u otros genes. De este modo, el patrón de expresión del gen puede servir como un marcador, indicativo de la respuesta fisiológica de las células en el agente. Consecuentemente, este estado de respuesta puede determinarse antes, o en varios puntos durante el tratamiento del individuo con el agente. En una modalidad preferida, la presente invención provee un método para monitorear la efectividad del tratamiento de una sujeto con un agente (por ejemplo, un agonista, antagonista, péptidomimético, proteína, péptido, ácido nucleico, molécula pequeña, u otros fármacos candidatos identificados por los ensayos de selección aquí descritos) incluyendo las etapas de (i) obtener una muestra de pre-administración de un sujeto antes de la administración del agente; (ii) detectar el nivel de expresión de la proteína SLIC-1, ARNm, ADN genómico en la muestra de pre-administración; (iii) obtener una o más muestras de la pre-administración del sujeto; (iv) detectar el nivel de expresión o actividad de la proteína SLIC-1, ARNm, o ADN genómico en las muestras de pre-administración; (v) comparar el nivel de expresión o actividad de la proteína SLIC-1, ARNm, o ADN genómico en las muestras de pre-administración con la proteína SLIC-1, ARNm, o ADN genómico en la muestra o muestras de la post-administración; y (vi) consecuentemente alterar la administración del agente en el sujeto. Por ejemplo, la administración incrementada del agente puede desearse para incrementar la expresión o actividad de SLIC-1 en los niveles más altos que se detecten, por ejemplo, para incrementar la efectividad del agente. Alternativamente, la administración disminuida del agente puede desearse para disminuir la expresión o actividad de SLIC-1 en los niveles más bajos detectados, por ejemplo, para disminuir la efectividad del agente. Conforme a una modalidad tal, la expresión o actividad de SLIC-1 puede usarse como un indicador de la efectividad del un agente, incluso en la ausencia de una respuesta fenotípica observable.
D. Los Métodos del Tratamiento La presente invención se provee para tanto los métodos profilácticos como terapéuticos para tratar a un sujeto en riesgo de (o susceptible) un desorden o que tiene un desorden asociado con una expresión o actividad de SLIC-1 no deseado o aberrante, un desorden inflamatorio o un desorden del sistema inmune, un desorden cardiovascular, un desorden de proliferación, activación, adhesión, crecimiento, diferenciación, o migración celular, o un desorden hematopoietico o trombótico. Con respecto a tanto los métodos profilácticos como terapéuticos del tratamiento, tales tratamientos pueden especialmente hacerse a la medida o modificarse con base en los antecedentes obtenidos del campo de los farmacogenómicos. Los "farmacogenómicos", como aquí se usó, se refiere a la aplicación de tecnologías genómicas tales como el análisis de la secuenciación del gen, genéticas estadísticas, y la expresión del gen en los fármacos en el ambiente clínico y en el marcado. Más específicamente, el término se refiere al estudio de cómo unos genes de un paciente determinan su respuesta al fármaco (por ejemplo, un "fenotipo de respuesta al fármaco" o "genotipo de respuesta al fármaco" del paciente) . De esta manera, otro aspecto de la invención provee los métodos para hacer a la medida una tratamiento profiláctico o terapéutico de un individuo con ya sea las moléculas de SLIC-1 de la presente invención o los moduladores de SLIC-1 de acuerdo al genotipo de respuesta al fármaco del paciente. Los farmacogenómicos permiten a un clínico o medico dirigir los tratamientos profiláctico o terapéutico a los pacientes quienes se beneficiarán con el tratamiento y evitarán el tratamiento de los pacientes que experimentarán efectos secundarios relacionados con el fármaco toxico. 1. Métodos profilácticos En un aspecto, la invención provee un método para prevenir en un sujeto, una enfermedad o condición asociado con la expresión o actividad de SLIC-1 no deseada o aberrante, administrando al sujeto Un saludo, o un agente que modula la expresión de SLIC-1 al menos una actividad de SLIC-1. Los sujetos en riesgo de una enfermedad, que es causada o. contribuida por la expresión o actividad de SLIC-1 no deseada o aberrante puede identificarse por, por ejemplo, algún o una combinación de ensayos de diagnostico o pronostico como aquí se describieron. La administración de un agente profiláctico puede ocurrir antes de la manifestación de los síntomas característicos de la aberración de SLIC-1, de manera que una enfermedad o desorden se prevenga, o, alternativamente se retrase en su progresión. Dependiendo del tipo de aberración de SLIC-1, por ejemplo, un SLIC-1, o un agente agonista SLIC-1 o antagonista SLIC-1 puede usarse para tratar al sujeto. El agente apropiado puede determinarse en base en los ensayos de selección aquí descritos. 2. Métodos Terapéuticos Otro aspecto de la invención se aplica a los métodos para modular la expresión o actividad de SLIC-1 para los propósitos terapéuticos. Consecuentemente, en una modalidad ejemplar, el método modulatorio de la invención involucra poner en contacto una célula con una SLIC-1 o un agente que module una o más actividades de la actividad de la proteína SLIC-1 asociada con la célula. Un agente que modula la actividad de la proteína SLIC-1 puede ser un agente como aquí se describió, tal como el ácido nucleico o un proteína, o una molécula objetivo que naturalmente aparece de la proteína SLJC-1 (por ejemplo, un substrato de SLIC-1) , un anticuerpo de SLIC-1, un agonista o antagonista de SLIC-1, o péptidomimético de agonista o antagonista de SLIC-1, u otra molécula pequeña. En una modalidad, el agente estimula una o más actividades de SLIC-1. Los ejemplos de tales agentes estimulatorios incluyen la proteína SLIC-1 activa y una molécula del ácido nucleico que codifica la SLIC-1 que se ha introducido dentro de la célula. En otra modalidad, el agente inhibe una o más actividades de SLIC-1. Los ejemplos de tales agentes inhibitorios incluyen las moléculas del ácido nucleico de SLIC-1 anti-sentido, los anticuerpos anti-SLIC-1, y los inhibidores de SLIC-1. Estos métodos modulatorios puede realizarse in vi tro (por ejemplo, cultivando la célula con el agente) o, alternativamente, in vivo (por ejemplo, administrando el agente a un sujeto) . Tal como, la presente invención provee los métodos para tratar un individuo afligido con una enfermedad o desorden caracterizado por la expresión o actividad no deseada o aberrante de una proteína SLIC-1 o molécula del ácido nucleico. En una modalidad, el método involucra administrar un agente (por ejemplo, un agente identificado por un ensayo de selección aquí descrito) , o una combinación de los agentes que modulan (por ejemplo, sobre-regulan o sub-regulan) la expresión o actividad de SLIC-1. En otra modalidad, el método involucra administrar una proteína SLIC-1 o una molécula del ácido nucleico como una terapia para compensar la expresión o actividad de SLIC-1 no deseada o aberrante reducida. Es deseable la estimulación de la actividad de SLIC-1 en situaciones en que la SLIC-1 es anormalmente sub-regulada y/o en que se incrementa la actividad de SLIC-1 es probable que tenga un efecto benéfico. De manera similar, es deseable la inhibición de la actividad de SLIC-1 en situaciones en que la SLIC-1 anormalmente sobre-regulada y/o en que se disminuye la actividad de SLIC-1 es probable que tenga un efecto benéfico. 3. Farmacogenómicos Las moléculas de SLIC-1 de la presente invención, así como también los agentes, o moduladores que tienen un efecto estimulatorio o inhibitorio sobre la actividad de SLIC-1 (por ejemplo, la expresión del gen de SLIC-1) identificados por un ensayo de selección aquí descrito pueden administrarse a individuos para tratar (profilácticamente o terapéuticamente) desórdenes asociados con la SLIC-1 (por ejemplo, desordenes inflamatorios o del sistema inmune, desórdenes cardiovasculares, desórdenes de proliferación, activación, adhesión, crecimiento, diferenciación, o migración celular, o desordenes hematopoiéticos o trombóticos) asociados con la actividad de SLIC-1 no deseada o aberrante. En conjunción con el tratamiento tal, pueden considerarse los farmacogenómicos (por ejemplo, el estudio de la relación entre un genotipo del individuo y la respuesta del individuo en el compuesto o fármaco antes mencionado) . Las diferencias en el metabolismo de los terapéuticos puede dirigir a una severa toxicidad de o falla terapéutico alterando la relación entre la dosificación y la concentración de sangre del fármaco farmacéuticamente activo. De esta manera, un medico o clínico puede considerar aplicar los conocimientos obtenidos en los estudios de los farmacogenómicos relevantes en determinar sí el administrar una molécula de SLIC-1 o un modulador de SLIC-1 así como también hacer a la medida la dosificación y/o el régimen terapéutico del tratamiento con una molécula de SLIC-1 o un modulador de SLIC-1. Los farmacogenómicos tratan las variaciones hereditarias clínicamente significante en la respuesta a los fármacos debido a la disposición del fármaco alterada y a la acción anormal en las personas afectadas. Ver, por ejemplo, Eichelbaum, M, et al . (1996) Clin . Exp. Pharmacol . Physiol . 23(10-11): 983-985 y Linder, M. W. et al . (1997) Clin . Chem . 43 (2) : 254-266. En general, dos tipos de condiciones farmacogenéticas pueden diferenciarse. Las condiciones genéticas transmitidas como una solo factor que altera el curso de los fármacos que actúan en el cuerpo (la acción alterada del fármaco) o las condiciones genéticas transmitidas como un solo factor que altera el curso de los fármacos que actúan en el cuerpo (el metabolismo alterado del fármaco) . Estas condiciones farmacogenéticas pueden ocurrir ya sea como defectos genéticos raros o como polimorfismos que naturalmente aparecen. Por ejemplo, la deficiencia de glucosa-6-fosfato de deshidrogenasa (G6PD) es una enzimopatía hereditaria común en la cual la complicación clínica principal es la hemolisis después de la ingestión de los fármacos oxidantes (antimalarias, sulfonamidas, analgésicos, nitrofuranos) y el consumo de habas (fava beans) .
Otras metodologías farmacogenómicas para identificar los genes que predicen la respuesta al fármaco, conocida como "una asociación extensa del genoma", que se basa principalmente en una mapa de alta resolución del genoma humano que consiste de los marcadores relacionados con el gen, ya conocidos (por ejemplo, un mapa marcador del gen "bi-alélico" que consiste de 60,000-100,000 sitios polimorficos o variables en el genoma humano, cada uno de los cuales tiene dos variantes) . Tal mapa genético de alta resolución puede compararse con un mapa del genoma de cada uno de un número estadísticamente significativo de pacientes tomando parte en una prueba del Fase II/III para identificar los marcadores asociados con una respuesta al fármaco observada en particular o el efecto secundario. Alternativamente, un mapa de alta resolución tal puede generarse a partir de una combinación de unos diez-millones de polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) en el genoma humano. Como aquí se usó, un "SNP" es una alteración común que ocurre en una base de un solo nucleótido en una región o superficie del ADN. Por ejemplo, una SNP puede ocurrir una vez por cada 1Q00 bases de AD. Una SNP puede involucrarse en un proceso de una enfermedad, sin embargo, la vasta mayoría no está asociada con la enfermedad. Dado un mapa genético basado en la ocurrencia o aparición de tales SNPs, los individuos pueden agruparse dentro de categorías genéticas dependiendo del patrón particular de las SNPs en su genoma individual. De una manera tal, los regímenes del tratamiento pueden hacerse a la medida para los grupos de los individuos genéticamente similares, tomando en cuenta los rasgos que pueden ser comunes entre tales individuos genéticamente similares. Alternativamente, un método denominado "metodología del gen candidato", puede utilizarse para identificar los genes que predicen la respuesta al fármaco. Consecuentemente a este método, sí se conoce un gen que codifica un objetivo de fármacos (por ejemplo, la proteína SLIC-1, de la presente invención) , todas las variantes comunes del gen que pueden bastantemente fácilmente identificarse en la población y está puede determinarse sí tiene una versión del gen frente a otro se asocia con una respuesta al fármaco particular. Como una modalidad ilustrativa, la actividad de las enzimas metabolizantes del fármaco es un determinante principal de tanto la intensidad como de la duración de la acción del fármaco. El descubrimiento de los polimorfismos genéticos de las enzimas metabolizantes del fármaco (por ejemplo, N-acetiltransferasa 2 (NAT2) y citocromo P450, las enzimas CYP2D6 y CYP2C19) provee una explicación de cómo algunos pacientes no obtienen los efectos al fragmento esperados o muestran una respuesta al fármaco exagerada y una toxicidad seria después de tomar la dosificación segura y estándar del fármaco. Estos polimorfismos se expresan en dos fenotipos en la población, el metabolizador extensivo (EM) y el metabolizador pobre (PM) . El predominio de la PM es diferente entre las diferentes poblaciones. Por ejemplo, el gen que codifica la CYP2D6 es altamente polimórfico y se han identificado diferentes mutaciones en la PM, que todas dirigen a la ausencia de la CYP2D6 funcional. Los metabolizadores pobres de CYP2D6 y de CYP2C19 muy frecuentemente experimentan una respuesta al fármaco y efectos secundarios exagerados cuando se reciben en dosificaciones estándares. Sí un matabolito es la porción terapéutica activa, la PM no muestra una respuesta terapéutica, como se demuestra por el efecto analgésico de codeína medida por su metabolito de morfina formada por la CYP2D6. Los otros extremos son los así llamados metabolizadores ultra-rápidos que no responden a las osificaciones estándares. Recientemente, las bases moleculares del metabolismo ultra-rápido se ha identificado debido a la amplificación del gen de CYP2D6. Alternativamente, un método denominado la "perfilación de la expresión del gen", puede utilizarse para identificar los genes predicen la respuesta al fármaco. Por ejemplo, la expresión del gen de un animal dosificado con un fármaco (por ejemplo, una molécula de SLIC-1 o una modulador de SLIC-1 de la presente invención) puede dar una indicación sí las trayectorias del gen relacionadas con la toxicidad se han activado . La información generada a partir de más de una de las metodologías farmacogenómicas anteriores pueden usarse para determinar la dosificación y los regímenes de tratamiento apropiados para el tratamiento profiláctico y terapéutica en un individuo. Este conocimiento, cuando se aplica a la selección de la dosificación y del fármaco, puede evitar las reacciones o fallas terapéuticas y de esta manera mejorar la eficiencia terapéutica o profiláctica cuando se trata a un sujeto con la molécula de SL1C-1 o el modulador de SLIC-1, tal como un modulador identificado por uno de los ensayos de selección ejemplares aquí descritos. Esta invención además ilustra los siguientes ejemplos que no deben de interpretarse como una limitante. Los contenidos de todas las referencias, patentes y solicitudes de patentes publicadas citadas a lo largo de su solicitud, así como también las Figuras y el Listado de Secuencias, se incorporan aquí como referencia.
EJEMPLOS EJEMPLO 1. SELECCIÓN DE DOS HÍBRIDOS DE LA LEVADURA USANDO EL DOMINIO CITOPLÁSMICO DE PSGL-1 Una selección de dos híbridos de la levadura (Gyuris et al. 1993, Cell 75:791-803) se realizó para identificar las proteínas que interactúan con el dominio citoplásmico de PSGL- 1 humana (PSLcyt) . A . Construcción del Plásmido Anzuelo o Carnada El dominio citoplásmico de PSGL-1 se ampli ficó vía PCR usando el ADNc de PSGL-1 humano de longitud completa ( Sako et al . 1993 , Cell 75 : 1179-1186) como una plantilla o modelo . Se usaron los siguientes cebadores de PCR los cuales introducen los sitios de restricción EcoRl y BamHl para sub-clonación : PS CY5 5' -ATACTGAATTCCGCCTCTCCCGCAAGGGCCACAT-3 ' (SEQ ID NO: 3) PSLCY3 5' -ATACAGGATCCAGAGTGAGCTAAGGGAGGAAAG-3' ( SEQ ID N0 : ) Un producto de 240 bp correspondiente al dominio citoplásmico de PSGL-1 (PSLcyt) se amplificó bajo las condiciones de PCR de 30 ciclos de 94°C por 1 minuto, 60°C por 1 minuto, y 72 °C por 1 minuto. Los reactivos PCR se adquieren de Perkin Elmer.
El plásmido pEG202 de anzuelo o de carnada se digirió con EcoRl y BamHl, tratado con la fosfatasa intestinal de becerro (New England Biolabs) , y se purificó usando una extracción con fenol / cloroformo seguido de la precipitación con etanol. El producto de PCR PSLcyt se digirió con EcoRl y BamHl, se purificó, y se ligó con un plásmido pEG202 de anzuelo o de carnada. Este producto permite la expresión de una proteína de fusión novedosa que consiste del dominio citoplásmico de la PSGL-1 fusionada al terminal carboxilo de la proteínas que se une al ADN LexA. Las células de la bacteria E. Coli XLIBlue (Stratagene) se transformaron con los plásmidos ligados vía la electroporación en tubos de 1 mm (BIORAD) usando un Gene Pulser (BIORAD) . Los mini-preparados del plásmido se seleccionaron por el inserto por la digestión de restricción de EcoRl / BamHl y el fraccionamiento del tamaño de los fragmentos mediante la electroforesis en geles de agarosa al 1% manchados con bromuro de etidio. Luego de la identificación de los plásmidos que contienen un inserto de tamaño correcto, los equipos QIAGEN Plasmid Maxi se usaron para la preparación del plásmido a gran escala. Además, el análisis de la secuencia de ADN se realizó para confirmar la secuencia correcta para PSLcyt. La secuencia del fragmento de ADN introducido era idéntica con la secuencia de PSGL-1 en los nucleótidos 1057 a 1277 (Sako et al . 1993, Cell 75:1179-1186). B. Selección del interactor Con una Genoteca del ADNc de U937 La cepa egy48-34 de la levadura se transformó con el plásmido de anzuelo o de carnada y el manchado Western con un anticuerpo anti-LexA (Invitrogen) se realizó para confirmar la expresión de la proteína de fusión LexA-PSLcyt. Una banda especifica se detectó en el tamaño esperado de aproximadamente 32 kD. Para evaluar la actividad de transcripción de la proteína de anzuelo o de carnada LexA-PSLcyt, la levadura EGY48 que transporta el plásmido recopilador pSH18-34 lacZ se transformaron con el plásmido de anzuelo o de carnada pEG202-PSLcyt y el vector pJG4-5 vacío a la proteína presa victima. Los niveles antecedentes se encontraron normales cuando la levadura u hongo transformado se probó por la activación no especifica de los genes recopiladores o reporteros Leu2 y lacZ. El material amplificado de una genoteca del ADNc de la célula U937 en el vector pJG4-5 (presa o victima) se usó para transformar las células de levadura u hongo EGY48 que transportan la proteína de anzuelo o de carnada LexA-PSLcyt. Para la transformación, los cultivos de levadura u hongo se hicieron crecer en un OD600 de aproximadamente 0.5 a partir de cultivos frescos durante la noche. La levadura se re-suspendió en 1.5 ml X amortiguador de TE / acetato de litio al 0. ÍM después de un lavado en agua estéril. Se realizaron treinta reacciones de transformación que comprenden 50 µL de la suspensión de levadura, 1 µL del ADN de la genoteca y 50 µg del ADN transportador desnaturalizado con calor. Después de la incubación a 30°C por 30 minutos en 300 µL de PEG4000 al 40%, las reacciones se calentaron con rapidez a 42 °C por 10 minutos en presencia de DMSO al 10%. Las reacciones de transformación se colocaron en placas, en placas de 243x243 mm deficientes para los amino ácidos, uracilo, histidina, y triptofano (un medio CMD-U-H-W, Genetics Institute) para permitir el crecimiento selectivo de la levadura que transporta tanto el plásmido de anzuelo o de carnada y el plásmido de la genoteca. Las levaduras del crecimiento se recolectaron de las placas y se almacenaron como fondos a -80 °C. La eficiencia del re-chapado del. material del glicerol de la levadura se determinó y una selección del interactor se realizó enchapando unidades que forman una colonia de 10 millones (CFU) de levaduras en placas que contienen X-gal y galactosa, pero que carecen de los amino ácidos uracilo, histidina, triptofano y leucina (un medio CMG/R-U-H-W-L + X- Gal, Genetics Institute) . Después de 3-4 incubaciones durante la noche las colonias azules de estas placas se escogieron y dos veces se recolocaron en placas, en placas de control CMG/R-U-H-W-L + X-GAL. Se transfirieron cincuenta y dos colonias candidatas de esas placas a cuatro placas examinadoras diferentes, CMD-U-H-W + X-GAL, CMG/R-U-H-W-L, CMD-U-H-W-L y CMG/R-3 + X-Gal, para fomentar la activación especifica de prueba. Los clones que inducen la activación especifica de los genes recopiladores Leu2 y lacZ se espera que formen las colonias blancas en placas de CMD-U-H-W + X-Gal y CMG/R-U-H-W-L. No hay crecimiento o crecimiento muy débil se espera en las placas CMD-U-H-W-L, la CFUs azules se esperan en las placas CMG/R-3 + X-Gal. La apariencia de cada clon candidato seguido del enchapado en las 4 placas examinadoras se usó para seleccionar aquellos clones que muestran un patrón de inducción especifico global comparado con los otros clones que muestran menos especificidad. C. Análisis de los Clones Positivos Candidatos La selección del interactor da como resultado la identificación de 11 ciones que parecen interactuar específicamente con el anzuelo o carnada PSLcyt. El ADN del plásmido se extrajo de estas células de levadura y se usó para transformar la bacteria KC8 (CLONTECH) . El crecimiento selectivo de la bacteria transformada en el medio CAA en presencia de ampicilina se observó debido al gen de resistencia de la ampicilina y al gen TRP1 en el plásmido de la genoteca pJG4-5. Los mini-preparados de la bacteria transformada se seleccionaron por la digestión de restricción EcoRl/Xhol para determinar el tamaño del inserto de ADN y para identificar nuevos posibles sitios de restricción. Cada uno de los 11 clones iniciales interactuantes identificados en el sistema de dos híbridos de levadura, el ADN del plásmido de un clon KC8 se sometió al análisis de secuencia del ADN parcial del inserto del ADNc. Los clones con los patrones de digestión de restricción idénticos y secuencias de ADN idénticas se agruparon juntos para los otros estudios. Cuatro diferentes grupos se formaron. Para cada grupo de clones con patrones de digestión de restricción de apareamiento y las secuencias de ADN, un clon se usó para transformar la levadura con PSLcyt como una proteína anzuelo o de carnada. Usando este método, la especificidad de la interacción (presa o victima) de la proteína de la genoteca de anzuelo o de carnada se reexaminó en el ensayo de 4 placas examinadoras. En este ensayo dos clones, designados 2.8.3 y 8.1.1, se identificaron para específicamente interactuar con la proteína anzuelo o de carnada PSLcyt.
EJEMPLO 2. AISLAMIENTO DEL ADNc DE SLIC-1 DE LONGITUD COMPLETA A PARTIR DE UNA GENOTECA DE LA CÉLULA U937 La forma de longitud completa del ADNc de la SLIC-1 se clonó a partir de un Fago o bacteriófago de bacteria, la genoteca del ADNc de la SLIC-1 cebada aletoriamente con ZAPII lambda (Genectis Institute) por métodos de selección convencionales. Aproximadamente 1 x 106 pfu de la genoteca se colocaron en placas, en placas de NZCYM con agarosa como cubierta. Se realizaron levantamientos del filtro duplicador usando las membranas Duralosa-UV (Strategen) . La pre-hibridización y la hibridización de los filtros se realizaron en una solución de 5X SSC, solución Denhardt 5X, SDS al 0.1% y y 50 µg/mL del transportador de ARN (SIGMA) a 65°C. Para generar una sonda para la selección de la genoteca, el plásmido pJG4-5 que contiene el clon 8.1.1 del ADNc parcial aislado de la selección de dos híbridos de la levadura se digirió secuencialmente con Apal y EcoRl . El fragmento resultante de aproximadamente 0.5 kb se aisló usando un Equipo de Extracción con Gel de Agarosa QIAXII (QIAGEN) . El cebado aleatorio con este material se realizó por 1 hora a la temperatura ambiente en presencia de 32P-dATP y 32P-CTP (Amersham) , cebadores aleatorios 6-mer (Genetics Institute) y Klenow Large Fragment (New England Biolabs) . Los productos se purificaron usando una columna Sephadex G-50 (Pharmacia) . Los filtros se hibridizaron con la sonda del fragmento EcoRl/Apal 32P-etiquetado, y se lavaron 4 veces en 0.2X SSC / SDS al 0.1%. Las autoradiografías de los filtros se desarrollaron después de una noche de almacenamiento a -80 °C. Con base en los resultados de la radiografía, 12 placas positivas se aislaron para otra caracterización. Estos clones de Fago o bacteriófago se re-seleccionaron de acuerdo al método antes descrito resultando en la selección de tres clones positivos. Los insertos de ADNc de los tres clones positivos se subclonaron dentro de pBluescript por la co-incubación consecutiva del fago de interés con BB4.7 E. Coli y XL-1 Blue E. Coli en presencia del fago ayudante ExAssist (Stratagene) . Los tres clones se analizaron otra vez mediante las digestiones de restricción con EcoRl , Notl y BssHI (New Englad Biolabs), así como también la secuenciación del ADN parcial. Un clon, designado al clon Uran-5, contenido en un codon de iniciación y una estructura de lectura abierta 5' adicional consistente con el clon del ADNc parcial 8.1.1 originalmente identificado a partir de la selección de dos híbridos de la levadura. La secuencia del ADN completa de clon Uran-5 se determinó y se encontró que contiene una estructura de lectura abierta denominada "SLIC-1" humana.
Consecuentemente, la invención se basa, al menos en parte, en el descubrimiento del gen humano que codifica una proteína novedosa, aquí referida como SLIC-1. La secuencia de nucleótidos que codifica la proteína SLIC-1 humana se muestra en la Figura 1 y se estableció como SEQ ID NO:l. La proteína codificada por este ácido nucleico comprende de aproximadamente 316 amino ácidos y tienen las secuencias de amino ácidos mostrada en la Figura 1 y se determinó como SEQ ID NO: 2. El clon Uran-5, que comprende la región codificante de la SLIC-1 humana se depositó con la Colección de Cultivo Tipo Americano (ATCC®) , 10801 University Boulevard, Manassas, V A 20110-2209, en , y con No. de Acceso asignado Distribución del Tejido de ARNm SLIC-1 El análisis de manchado Northern indica que el ARNm SLIC-1 se expresa solo en las células del origen hematopoiético.
EJEMPLO 3. EXPRESIÓN DEL SLIC-1 EN LAS CÉLULAS COS Este ejemplo describe la expresión transiente o transitoria del ADNc de SLIC-1 presentada en las células COS.
Un fragmento de 1.5 kb del ADN de Sal I, que contiene la región de la SLIC-1 completa dentro del clon del ADNc Uran-5, se eligió dentro del sitio Sal I en la región del policonector del vector pED?C de expresión de mamífero. La presencia o la orientación correcta del inserto de ADN se confirmó, y el plásmido resultante se designó pED.Uran-5 Las células COS se cultivaron en platos de cultivo del tejido de 10 cm (Corning) en aproximadamente el 90% con fluidez en DME con Suero de Bocino Fetal inactivado al calor al 10% (SIGMA) , Glutamina, y Penicilina / Estreptomicina (Gibco) . La transfección de la células COS se realizó bajos condiciones de incubación estándares con 8 µg / plato del plásmido pED.Uran-5 pre-complejado con lipofectamina (Gibco) por 45 minutos a la temperatura ambiente en Opti-MEM (Gibco) . En los siguientes días las células se disolvieron por medio de lisinas. Las placas se impregnaron con PBS-CMR y se disolvieron con lisinas en 1 mL / placa del amortiguador de disolución frío /Tris-HC al 25 mM 1, pH 8.0, NaCl al 125 mM, Triton-X al 1%) . Los inhibidores de proteasa (mini tabletas Complete, Boehringer Mannheim) se incluyeron en el amortiguador de disolución a la concentración recomendada. Después de 30 minutos de la disolución en hielo, el lisado se aclaró mediante la centrifugación a la velocidad máxima por 15 minutos en centrífuga de mesa refrigerada. El sobrenadante entonces se llevó a ebullición en el amortiguador de muestra reductante de reducción 2X por 5 minutos, y a diferentes volúmenes de la muestra se les aplicó la electroforesis en Geles de Tris-Glicina SDS al 4-20% (Novex) . Las muestras se electromancharon dentro de las membranas de nitrocelulosa (Novex) y se realizó el manchado Western para la detección de la SLIC-1. Las membranas de nitrocelolusa se bloquearon a 4°C durante la noche en BSA al 3% (SIGMA) en Solución Salina Amortiguada con Tris (TBS) con Tween-20 al 0.1%. Las membranas se lavaron por 7 minutos en TBS-0.1% Tween, y después se incubaron por 1 hora en una dilución al 1:2500 de los anticuerpos policlonales anti-SLIC-1 de conejo purificados por afinidad (Research Genetics, Inc.). Estos anticuerpos se generaron inmunizando los conejos con un antígeno de polipéptido que tiene la secuencia de amino ácidos QERLEESQLRRPTPR conjugado con KLH. Las membranas se lavaron tres veces en TBS-0.1% Tween, se incubaron por 1. hora con un anticuerpo secundario para detectar la inmunoglobulina del conejo, y se desarrollaron usando el Sistema de Detección por Manchado Western ECL (Amersham) . Las transfecciones falsas y el análisis Western que usan la IgG de conejo policlonal purificado no relacionada (Serotec) se realizaron en paralelo como controles. Los resultados de este análisis se muestran en la Figura. La proteína SLIC-1 exhiben un peso molecular aparente de aproximadamente 45 KD por análisis SDS-PAGE.
EJEMPLO 4. INTERACCIÓN DE LA SLIC-1 CON PSGL-1 LAS CÉLULAS COS A. La Generación de los Constructos de la Proteína de Fusión T7-SLIC-1 Un constructo del ADN que permite la expresión de la SLIC-1 de longitud completa como una proteína de fusión con una etiqueta de proteína T7 se generó como sigue. Un cebador mutado por la secuencia 5' de la SLIC-1 se diseñó para introducir una etiqueta T7 directamente corriente arriba del codon de iniciación de la SLIC-1 en el vector pED.Uran-5 por PCR. La etiqueta T7 codifica la secuencia de amino ácidos MASMTGGQQMG. La reacción PCR genera un producto de aproximadamente 380 bp, que abarca la extremo N-terminal de la SLIC-1 más allá de un sitio de restricción Ascl. Un sitio 5' Salí y este sitio AscI se usaron para reemplazar el extremo N-terminal original de la SLIC-1 en pED.Uran-5 con el producto de la SLIC-1 que contiene la etiqueta T7. El vector resultante se designó pED.Uran-5 y codifica todos loa 316 amino ácidos de la SLIC-1. El vector pED.Uran-5 además se usó para crear tres formas truncadas de la SLIC-1 como sigue. El vector pED.T7U5AA226 codifica los primeros 226 amino ácidos de la SLIC-1, y se generó por la digestión de restricción de pED.T7Uran-5 con Notl y Ascl y la ligación del plásmido con el conector o enlazador Notl/Xbal que también comprende un codon Stop para terminar la transcripción. Una metodología similar se usó para crear pED.T7U5AAl60, una forma corta de 160 amino ácidos de la SLIC-1 que se generó mediante la digestión por restricción de pED.T7Uran-5 con Ascl y Xbal y la ligación con una conectador apropiado. El vector pED.T7U5AA88 se generó mediante la PCR usando el cebador original 5' para pED.T7Uran-5 y nuevamente se designó al cebador 3' que se introdujo un codon Stop o de detención y un sitio Xbal adicional después de 88 residuos de amino ácidos en la SLIC-1. Los sitios Xbal y Salí en pED.T7Uran-5 entonces se usaron para reemplazar la secuencia por la SLIC-1 de longitud completa con su forma truncada. Todos los oligonucleótidos se generaron en Genetics Institute (Oligonucleotide Synthesis Group) , y los agentes PCR se obtuvieron de Perkin Elmer. Las reacciones PCR se realizaron en un formador de ciclos térmicos de ADN Perkin Pelmer bajo condiciones de 25 ciclos de incubación a 94 °C por 1 minuto, 45° por 1 minuto y a 72°C por 3 minutos, seguido de una etapa de extensión final a 72°C por 7 minutos. Los reactivos usados en las reacciones de digestión de restricción y las reacciones de ligación se obtuvieron de New England Biolabs, excepto para dATP adicional de Perkin Elmer. Todos los fragmentos se aislaron con geles de agarosa y se purificaron con un equipo QIAEXII (QIAGEN) después de la incubación con las enzimas de restricción. Los conectores o enlazadores de oligonucleótido se hibridizaron con calor en Tris al 20nM, pH 8.1, MgCl2 al lmM, y NaCl al 20 mM. Las reacciones de ligación se llevaron a cabo durante la noche a 16°C. Los plásmidos se amplificaron en células HB101 (BIO-RAD) y se aislaron de la bacteria con equipos de purificación del plásmido de QIAGEN de acuerdo a las instrucciones del fabricante. Las digestiones de restricción con enzimas de restricción apropiadas se llevaron a cabo para confirmar la amplificación correcta de los constructos del ADN. E Sobreexpresión Transitoria de la SLIC-1 y PSGL-1 en Células COS y Co-inmunoprecipitación Usando los Anticuerpos Anti-PSGL-1 Las células COS se transfectaron con formas etiquetadas de T7 de la SLIC-1 como se describió en el Ejemplo 3. El vector pMT-pl85a (Genectis Institute) se incluyeron en un subconjunto de muestras para temporalmente sobre-expresar la forma de longitud completa de la SLIC-1 humana. La disolución de la células se llevó a acabo como se describió antes en 900 µL /plato del amortiguador de disolución que consiste de Tris-HCL al 20 mM, pH 7.4, NaCl al 137 mM, Triton-X 0.05% y los inhibidores de la proteasa (Hildt, E and Oess, SJ 1999 J. Exp . Med. 189(11): 1707-1714). Un volumen pequeño del lisado de las células aclaradas se usó para el manchado Western para detectar la proteína sobre-expresada en el lisado de la célula completa y la medición espectrofotometrica del contenido de la proteína. Un volumen de 300 µL de cada lisado se usó para estudios de co-inmunoprecipitación con ya sea 2.5 µg del anticuerpo anti-PSGL-1 de ratón monoclonal biotinilado (anticuerpo 2G3, Genetics Institute) o un anticuerpo de control biotinilado (SIGMA). Las muestras se agitaron a 4°C por 5 horas, y los inmunocomplejos se precipitaron con cuentas de agarosa de estreptavidina (Pierce) bajo las mismas condiciones por 1 hora. Con base en un protocolo por Hildt and Oess ( supra) , las cuentas de agarosa de estreptavidina se lavaron cuatro veces en LiCl al 0.5 M / Tris HCl al 0.1 M, pH 7.4, 4 y 2 veces en Tris HCl al 0.01 M, pH 7.4. Estas cuentas entonces se llevaron a ebullición en el amortiguador de muestra reductante 2X por 5 minutos, y las muestras se les aplicó la electroforesis y se les aplicó el electromanchado como se describió en el Ejemplo 3. La presencia de la proteína SLIC-1 etiquetada con T7 en las muestras se detectó mediante el análisis de manchado Western usando un equipo LimiBlot anti-T7 de peroxidasa de rábano picante (Novagen) de acuerdo a las instrucciones del fabricante. Los resultados indican que la SLIC-1 de longitud completa y un polipéptido que comprenden de 1-226 residuos de amino ácidos de la SLIC-1 (T7SLIC-1AA226) puede co-inmunoprecipitarse con PSGL-1 en las células COS, mientras las proteínas SLIC-1 truncadas que comprenden de 1-160 residuos de amino ácidos (T7SLIC-1AA160) o 1-88 (T7SLIC-1AA88) , respectivamente, no asociado con PSGL-1 (Figura 3) . De esta manera, los 1-226 residuos de amino ácidos de la SLIC-1 son capaces de mediar la interacción entre la SLIC-1 y PSGL-1.
EJEMPLO 5. DETERMINACIÓN DE LOS LÍMITES INTRON / EXON Este ejemplo describe la identificación de los límites del intrón o exon en el ADN de la SLIC-1 genómico de ratón y de humano. La Figura 4 describe las estructuras genómicas de los genes de la SLIC-1 de ratón y de humano, que se determinaron por el análisis de manchado de las secuencias genómicas con la secuencia del ADNc de la SLIC-1 humana. La secuencia del gen de la SLIC-1 humana, con el identificador de acceso genómico (X2HTBKPQEQN 23) , se identificó en la búsqueda del manchado de la base de datos de la secuencia del genoma humano de Celera™ usando la secuencia de Ade humano como una interrogación. Los tamaños del intrón y las posiciones del exon humanos (mostradas) se determinaron usando el ADNc humano de longitud completa y la secuencia completa del gen. Los números de referencias de la secuencia genómica de ratón usadas son: Exon 1 GA_72028902, exon2 GA_66403237, exon3 GA_71266054, y exon4 GA_79541782. El gen de SLIC-1 se compone de cuatro exones en ambas especies. Los límites del exon-intrón se han conservado entre el humano y el ratón. Con base en estos datos, la localización cromosomal humana de la SLIC-1 se determinó para que sea un cromosoma 16. Determinada la secuencia de ADNc humana de la SLIC-1, como aquí se describió, un experto en la técnica podría determinar la secuencia genómica y del ADNc de la murina así como también las secuencias regulatorias importantes de los genes de la SLIC-1 del ratón y del humano. Equivalentes Aquellos expertos en la técnica reconocerán, o serán capaces de constatar, usando no más de una experimentación de rutina, muchos equivalentes para las modalidades especificas de la invención aquí descrita. Tales equivalentes pretenden abarcar las siguientes reivindicaciones.
LISTADO SE SECUENCIAS <no> Instituto de genéticos <120> PROTEÍNA QUE SE UNE AL UGANDO GLUCOPROTEÍNA P-SELECTINA (SLIC-1) NOVEDOSA, Y USOS DE ÉSTA <130> GFN-5380PC <1 0> <141> <150> 60/192,104 <151> 2000-03-24 <16D> 4 <170> Patentln Ver. 2.0 <210> 1 <211> 951 <212> DNA <213> Ho o sapiens <220> <221> CDS <222> (1) . (948) <400> 1 atg gca agt cea gag cae cct ggg age cct ggc tgc atg gga ccc ata 48 Met Ala Ser Pro Glu His Pro Gly Ser Pro Gly Cys Met Gly Pro lie 1 5 10 15 acc cag tgc acg gca agg acc cag cag gaa gca cea gcc act ggc ccc 96 Thr Gln Cys Thr Ala Arg Thr Gln Gln Glu Ala Pro Ala Thr Gly Pro 20 25 30 gac ctc ccg cae cea gga cct gac ggg cae tta gac aca cae agt ggc 144 Asp Leu Pro His Pro Gly Pro Asp Gly His Leu Asp Thr His Ser Gly 35 40 45 ctg age tec aac tec age atg acc acg cgg gag ctt cag cag tac tgg 192 Leu Ser Ser Asn Ser Ser Met Thr Thr Arg Glu Leu Gln Gln Tyr Trp 50 55 60 cag aac cag aaa tgc cgc tgg aag cae gtc aaa ctg ctc ttt gag ate 240 Gln Asn Gln Lys Cys Arg Trp Lys His Val Lys Leu Leu Phe Glu lie 65 70 75 80 gct tca ger cgc ate gag gag aga aaa gtc tet aag ttt gtg gtg tac 288 Ala Ser Ala Arg lie Glu Glu Arg Lys Val Ser Lys Phe Val Val Tyr 85 90 : 95 caa ate ate gtc ate cag act ggg age ttt gac aac aac aag gcc gtc 336 Gln lie lie Val He Gln Thr Gly Ser Phe Asp Asn Asn Lys Ala Val 100 105 110 ctg gaa cgg cgc tat tec gac ttc gcg aag ctc cag aaa gcg ctg ctg 384 Leu Glu Arg Arg Tyr Ser Asp Phe Ala Lys Leu Gln Lys Ala Leu Leu 115 120 125 aag acg ttc agg gag gag ate gaa gac gtg gag ttt ccc agg aag cae 432 Lys Thr Phe Arg Glu Glu He Glu ñsp Val Glu Phe Pro Arg Lys riis 130 135 140 ctg act ggg aac ttc gct gag gag atg ate tgt gag cgt cgg cgc gcc 480 Leu Thr Gly Asn Phe Ala Glu Glu Met He Cys Glu Arg Arg Arg Ala 145 150 155 160 ctg cag gag tac ctg ggc ctg ctc tac gcc are cgc tac gtg cgc cgc 528 Leu Gln Glu Tyr Leu Gly Leu Leu Tyr Ala lie Arg Cys Val Arg Arg 165 170 175 tec egg gag ttc ctg gac ttc ctc acg cgg ccg gag ctg cgc gag -gct 576 Ser Arg Glu Phe Leu Asp Phe Leu Thr Arg Pro Glu Leu Arg Glu Ala 180 185 190 ttc ggc tgc ctg cgg gcc ggc cag tac ccg cgc gcc ctg gag ctg ctg 624 Phe Gly Cys Leu Arg Ala Gly Gln Tyr Pro Arg Ala Leu Glu Leu Leu 195 200 205 ctg cgc gtg ctg ccg ctg cag gag aag ctc acc gcc cae tgc cct gcg 672 Leu ñrg Val Leu Pro Leu Gln Glu Lys Leu Thr Al-a His Cys Pro Ala 210 215 220 gcc gcc gtc ceg gcc ctg tgc gcc gtg ctg ctg tgc cae cgc gac ctc 720 Ala Ala Val Pro Ala Leu Cys Ala Val Leu Leu Cys His Arg Asp Leu 225 230 235 240 gac cgc ccc gcc gag gcc ttc gcg gcc gga gag agg gcc ctg cag cgc 768 Asp Arg Pro Ala Glu Ala Phe Ala Ala Gly Glu Arg Ala Leu Gln Arg 245 250 255 ctg cag gcc cgg gag ggc cat cgc tac tat gcg cct ctg ctg gac gcc 816 Leu Gln Ala Arg Glu Gly His Arg Tyr Tyr Ala Pro Leu Leu Asp Ala 260 265 270 atg gtc cgc ctg gcc tac gcg ctg ggc aag gac ttc gtg act ctg cag !64 Met Val Arg Leu Ala Tyr Ala Leu Gly Lys Asp Phe Val Thr Leu Gln 275 280 285 gag agg ctg gag gag age cag ctc cgg agg ccc acg ccc cga ggc ate 912 Glu Arg Leu Glu Glu Ser Gln Leu Arg Arg Pro Thr Pro Arg Gly He 290 295 300 acc ctg aag gag ctc act gtg cga gaa tac ctg cae tga 951 Thr Leu Lys Glu Leu Thr Val Arg Glu Tyr Leu His 305 310 315 <210> 2 <211> 316 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 2 Met Ala Ser Pro Glu His Pro Gly Ser Pro Gly Cys Met Gly Pro He 1 5 10 15 Thr Gln 'Cys Thr Ala Arg Thr Gln Gln Glu Ala Pro Ala Thr Gly Pro 20 25 30 Asp Leu Pro His Pro Gly Pro Asp Gly His Leu Asp Thr His Ser Gly 35 40 45 Leu Ser Ser Asn Ser Ser Met Thr Thr Arg Glu Leu Gln Gln Tyr Trp 50 55 60 Gln Asn Gln Lys Cys Arg Trp Lys His Val Lys Leu Leu Phe Giu He 65 70 75 80 Ala Ser Ala Arg He Glu Glu Arg Lys Val Ser Lys Phe Val Val Tyr 85 90 95 Gln He He Val He Gln Thr Gly Ser Phe Asp Asn Asn Lys Ala Val 100 105 110 Leu Glu Arg Arg Tyr Ser Asp Phe Ala Lys Leu Gln Lys Ala Leu Leu 115 * 120 125 Lys Thr Phe Arg Glu Glu He GIu Asp Val Glu Phe Pro Arg Lys His 130 135 140 Leu Thr Gly Asn Phe Ala Glu Glu Met He Cys Glu Arg Arg Arg Ala 145 150 155 160 Leu Gln Glu Tyr Leu Gly Leu Leu Tyr Ala He Arg Cys Val Arg Arg 165 170 175 Ser Arg Glu Phe Leu Asp Phe Leu Thr Arg Pro Glu Leu Arg Giu Ala 180 185 190 Phe Gly Cys Leu Arg Ala Gly Gln Tyr Pro Arg Ala Leu Glu Leu Leu 195 200 205 Leu Arg Val Leu Pro Leu Gln Glu Lys Leu Thr Ala His Cys Pro Ala 210 215 220 Ala Ala Val Pro Ala Leu Cys Ala Val Leu Leu Cys His Arg Asp Leu 225 230 235 240 Asp Arg Pro Ala Glu Ala Phe Ala Ala Gly Glu Arg Ala Leu Gln Arg 245 250 255 Leu Gln Ala Arg Glu Gly His Arg Tyr Tyr Ala Pro Leu Leu Asp Ala 260 265 270 Met Val Arg Leu Ala Tyr Ala Le.u Gly Lys Asp Phe Val Thr Leu Gln 275 280 285 Glu Arg Leu Glu Glu Ser Gln Leu Arg Arg Pro Thr Pro Arg Gly He 290 295 300 Thr Leu Lys Glu Leu Thr Val Arg Glu Tyr Leu His 305 310 315 <210> 3 <211> 34 <212> ADN <213> Secuencia Artificial <220> <223> Descripción de la Secuencia Artifícial: cebador <400> 3 atactgaatt ccgcctctcc cgcaagggcc aeat 34 <210> 4 <211> 33 <2i2> ADN <2i3> Secuencia Artificial <220> <223> Descripción de la Secuencia Artificial: cebador <400> 4 atacaggatc cagagtgagc taagggagga aag 33

Claims (26)

  1. REIVINDICACIONES 1.- Una molécula de ácido nucleico aislada, caracterizada porque comprende la secuencia de nucleótidos establecida en SEQ ID NO:l. 2.- Una molécula de ácido nucleico aislada que codifica un polipéptido, caracterizada porque comprende la secuencia de amino ácidos establecida en SEQ ID NO:
  2. 2.
  3. 3.- Una molécula de ácido nucleico aislada, caracterizada porque comprende la secuencia de nucleótidos contenida en el plásmido depositado en ATCC® con Número de Acceso .
  4. 4.- Una molécula de ácido nucleico aislada que codifica una variante alélica que aparece naturalmente de un polipéptido, caracterizada porque comprende la secuencia de amino ácidos establecida en SEQ ID NO: 2.
  5. 5.- Una molécula de ácido nucleico, caracterizada porque se aisla del grupo que consiste de: a) una molécula de ácido nucleico que comprende una secuencia de nucleótidos que es al menos el 60% idéntica a la secuencia de nucleótidos de SEQ ID NO:l, o un complemento de la misma; b) una molécula de ácido nucleico que comprende un fragmento de al menos 50 nucleótidos de un ácido nucleico que comprende la secuencia de nucleótidos de SEQ ID NO:l, o un complemento de la misma; c) una molécula de ácido nucleico que codifica un polipéptido que comprende una secuencia de amino ácidos de al menos el 60% idéntica a la secuencia de amino ácidos de SEQ ID NO:l, y d) una molécula de ácido nucleico que codifica un fragmento de una polipéptido que comprende la secuencia de amino ácidos de SEQ ID NO: 2, en donde el fragmento comprende al menos 15 residuos de amino ácidos contiguos de la secuencia de amino ácidos SEQ ID NO: 2.
  6. 6.- Una molécula de ácido nucleico aislada, caracterizada porque se hibridiza a una molécula de ácido nucleico de cualquiera de las reivindicaciones 1, 2, 3, 4, o 5 bajo condiciones rigurosas.
  7. 7.- Una molécula de ácido nucleico, caracterizada porque comprende una secuencia de nucleótidos que es complementaria a la secuencia de nucleótidos de la molécula de ácido nucleico de cualquiera de las reivindicaciones 1, 2, 3, 4, o 5.
  8. 8.- Una molécula de ácido nucleico, caracterizada porque comprende la molécula de ácido nucleico de cualquiera de las reivindicaciones 1, 2, 3, 4, o 5, y una secuencia de nucleótidos que codifica un polipéptido heterólogo.
  9. 9.- Un vector caracterizado porque comprende la molécula de ácido nucleico de cualquiera de las reivindicaciones 1, 2, 3, 4 o 5.
  10. 10.- El vector de la reivindicación 9, caracterizado porque es un vector de expresión.
  11. 11.- Una célula hospedera transfectada con el vector de expresión de la reivindicación 10.
  12. 12.- Un método para producir un polipéptido, caracterizado porque comprende cultivar la célula hospedera de la reivindicación 11 en un medio de cultivo apropiado, por lo cual, se produce el polipéptido.
  13. 13.- Una polipéptido aislado, caracterizado porque se selecciona del grupo que consiste de: a) un fragmento de un polipéptido que comprende la secuencia de amino ácidos de SEQ ID NO: 2, en donde el fragmento comprende al menos 15 amino ácidos contiguos de la SEQ ID NO: 2; b) una variante alélica que naturalmente aparece de un polipéptido que comprende la secuencia de amino ácidos de SEQ ID NO: 2, en donde el polipéptido es codificado por una molécula de ácido nucleico que se hibriza a una molécula de ácido nucleico que consiste de SEQ ID N0:1 bajo condiciones rigurosas; un polipéptido que se codifica por una molécula de ácido nucleico que comprende una secuencia de nucleótidos que es al menos el 60% idéntica al ácido nucleico que comprende la secuencia de nucleótidos de SEQ ID NO:l; d¡ un polipéptido que comprende una secuencia de amino ácidos que es al menos el 60% idéntica a la secuencia de amino ácidos de SEQ ID NO: 2.
  14. 14.- El polipéptido aislado de la reivindicación 13, caracterizado porque comprende la secuencia de amino ácidos de SEQ ID NO: 2.
  15. 15.- El polipéptido de la reivindicación 13, caracterizado porque además comprende las secuencias de amino ácidos heterólogas .
  16. 16.- Un anticuerpo que selectivamente se une a un polipéptido de la reivindicación 13.
  17. 17.- Un método para detectar la presencia de un polipéptido de la reivindicación 13, en una muestra, caracterizado porque comprende: a) poner en contacto la muestra con un compuesto que selectivamente se une al polipéptido; y b) determinar sí el compuesto se une al polipéptido en la muestra por lo cual se detecta la presencia de un polipéptido de la reivindicación 13 en la muestra.
  18. 18.- El método de la reivindicación 17, caracterizado porque el compuesto que se une al polipéptido es un anticuerpo.
  19. 19.- Un equipo caracterizado porque comprende un compuesto que selectivamente se une a un polipéptido de la reivindicación 13 e instrucciones para su uso.
  20. 20.- Un método para detectar la presencia de una molécula de ácido nucleico de cualquiera de las reivindicaciones 1, 2 , 3, 4, o 5 en una muestra, caracterizado porque comprende: a) poner en contacto la muestra con una sonda o cebador de ácido nucleico que selectivamente se hibridiza a la molécula de ácido nucleico; y b) determinar sí la sonda o cebador se une a una molécula de ácido nucleico en la muestra por lo cual se detecta la presencia de una molécula de ácido nucleico de cualquiera de las reivindicaciones 1, 2, 3, 4, o 5 en la muestra.
  21. 21.- El método de la reivindicación 20, caracterizado porque la muestra comprende las moléculas de ARNm y está en contacto con una sonda de ácido nucleico.
  22. 22.- Un equipo caracterizado porque comprende un compuesto que selectivamente se hibridiza a una molécula de acido nucleico de cualquiera de las reivindicaciones 1, 2, 3, 4, o 5 e instrucciones para su uso.
  23. 23.- Un método para identificar un compuesto que se une a un polipéptído de la reivindicación 13, caracterizado porque comprende : a) poner en contacto el polipéptido, o una célula que expresa al polipéptido con un compuesto de prueba; y b) determinar sí el polipéptido se une al compuesto de prueba.
  24. 24.- El método de la reivindicación 23, caracterizado porque la unión del compuesto de prueba con el polipéptido se detecta por un método seleccionado del grupo que consiste de; a) la detección de la unión por la detección directa de la unión del compuesto de prueba / polipéptido; b) la detección de la unión usando un ensayo de unión de competición; y c) la detección de la unión usando un ensayo para la actividad de SLIC-1.
  25. 25.- Un método para modular la actividad de un polipéptido de la reivindicación 13, caracterizado porque comprende poner en contacto el polipéptido o una célula que expresa el polipéptido con una compuesto que se une al polípéptido en una concentración suficiente para modular la actividad del polipéptido.
  26. 26.- Un método para identificar un compuesto que modula la actividad de un polipéptido de la reivindicación 13, caracterizado porque comprende: a) poner en contacto un polipéptido de la reivindicación 13 con un compuesto de prueba; y b) determinar el efecto del compuesto de prueba sobre la actividad del polipéptido por lo cual se identifica un compuesto que modula la actividad del polipéptido.
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