MXPA01012444A - Sintesis de oligonucleotido con acidos de lewis como activadores. - Google Patents
Sintesis de oligonucleotido con acidos de lewis como activadores.Info
- Publication number
- MXPA01012444A MXPA01012444A MXPA01012444A MXPA01012444A MXPA01012444A MX PA01012444 A MXPA01012444 A MX PA01012444A MX PA01012444 A MXPA01012444 A MX PA01012444A MX PA01012444 A MXPA01012444 A MX PA01012444A MX PA01012444 A MXPA01012444 A MX PA01012444A
- Authority
- MX
- Mexico
- Prior art keywords
- group
- chloride
- composition according
- alkoxy
- magnesium
- Prior art date
Links
- 239000002841 Lewis acid Substances 0.000 title claims abstract description 27
- 150000007517 lewis acids Chemical class 0.000 title claims abstract description 26
- 239000012190 activator Substances 0.000 title claims abstract description 14
- 238000002515 oligonucleotide synthesis Methods 0.000 title claims 2
- 150000008300 phosphoramidites Chemical class 0.000 claims abstract description 21
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 20
- 230000008569 process Effects 0.000 claims abstract description 13
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims abstract description 11
- -1 arylsulfonylalkoxy Chemical group 0.000 claims description 73
- 125000003545 alkoxy group Chemical group 0.000 claims description 18
- JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N Pyridine Chemical compound C1=CC=NC=C1 JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 16
- WTEOIRVLGSZEPR-UHFFFAOYSA-N boron trifluoride Chemical compound FB(F)F WTEOIRVLGSZEPR-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 16
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 16
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 claims description 14
- 229910052736 halogen Chemical group 0.000 claims description 13
- 150000002367 halogens Chemical group 0.000 claims description 13
- 229910015900 BF3 Inorganic materials 0.000 claims description 11
- VSCWAEJMTAWNJL-UHFFFAOYSA-K aluminium trichloride Chemical compound Cl[Al](Cl)Cl VSCWAEJMTAWNJL-UHFFFAOYSA-K 0.000 claims description 10
- 125000004093 cyano group Chemical group *C#N 0.000 claims description 10
- 239000000543 intermediate Substances 0.000 claims description 10
- VNDYJBBGRKZCSX-UHFFFAOYSA-L zinc bromide Chemical compound Br[Zn]Br VNDYJBBGRKZCSX-UHFFFAOYSA-L 0.000 claims description 10
- JIAARYAFYJHUJI-UHFFFAOYSA-L zinc dichloride Chemical compound [Cl-].[Cl-].[Zn+2] JIAARYAFYJHUJI-UHFFFAOYSA-L 0.000 claims description 10
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 claims description 9
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 claims description 9
- TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L Magnesium chloride Chemical compound [Mg+2].[Cl-].[Cl-] TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 claims description 8
- RBTARNINKXHZNM-UHFFFAOYSA-K iron trichloride Chemical compound Cl[Fe](Cl)Cl RBTARNINKXHZNM-UHFFFAOYSA-K 0.000 claims description 8
- UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N pyridine Natural products COC1=CC=CN=C1 UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 8
- 125000002103 4,4'-dimethoxytriphenylmethyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C(*)(C1=C([H])C([H])=C(OC([H])([H])[H])C([H])=C1[H])C1=C([H])C([H])=C(OC([H])([H])[H])C([H])=C1[H] 0.000 claims description 7
- 125000005159 cyanoalkoxy group Chemical group 0.000 claims description 7
- DUNKXUFBGCUVQW-UHFFFAOYSA-J zirconium tetrachloride Chemical compound Cl[Zr](Cl)(Cl)Cl DUNKXUFBGCUVQW-UHFFFAOYSA-J 0.000 claims description 7
- 125000005196 alkyl carbonyloxy group Chemical group 0.000 claims description 6
- YCIMNLLNPGFGHC-UHFFFAOYSA-N catechol Chemical compound OC1=CC=CC=C1O YCIMNLLNPGFGHC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims description 6
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 claims description 6
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 claims description 6
- 239000000178 monomer Substances 0.000 claims description 6
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 claims description 6
- 229910021577 Iron(II) chloride Inorganic materials 0.000 claims description 5
- 229910021380 Manganese Chloride Inorganic materials 0.000 claims description 5
- GLFNIEUTAYBVOC-UHFFFAOYSA-L Manganese chloride Chemical compound Cl[Mn]Cl GLFNIEUTAYBVOC-UHFFFAOYSA-L 0.000 claims description 5
- JHXKRIRFYBPWGE-UHFFFAOYSA-K bismuth chloride Chemical compound Cl[Bi](Cl)Cl JHXKRIRFYBPWGE-UHFFFAOYSA-K 0.000 claims description 5
- 125000004438 haloalkoxy group Chemical group 0.000 claims description 5
- NMCUIPGRVMDVDB-UHFFFAOYSA-L iron dichloride Chemical compound Cl[Fe]Cl NMCUIPGRVMDVDB-UHFFFAOYSA-L 0.000 claims description 5
- OTCKOJUMXQWKQG-UHFFFAOYSA-L magnesium bromide Chemical compound [Mg+2].[Br-].[Br-] OTCKOJUMXQWKQG-UHFFFAOYSA-L 0.000 claims description 5
- 229910001623 magnesium bromide Inorganic materials 0.000 claims description 5
- 235000002867 manganese chloride Nutrition 0.000 claims description 5
- 239000011565 manganese chloride Substances 0.000 claims description 5
- 229940102001 zinc bromide Drugs 0.000 claims description 5
- 235000005074 zinc chloride Nutrition 0.000 claims description 5
- 239000011592 zinc chloride Substances 0.000 claims description 5
- KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 7H-purine Chemical compound N1=CNC2=NC=NC2=C1 KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- 229910021578 Iron(III) chloride Inorganic materials 0.000 claims description 4
- CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N Pyrimidine Chemical compound C1=CN=CN=C1 CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- 229910001629 magnesium chloride Inorganic materials 0.000 claims description 4
- 125000004688 alkyl sulfonyl alkyl group Chemical group 0.000 claims description 3
- 125000004435 hydrogen atom Chemical group [H]* 0.000 claims description 3
- 125000001449 isopropyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])[H] 0.000 claims description 3
- BZQRBEVTLZHKEA-UHFFFAOYSA-L magnesium;trifluoromethanesulfonate Chemical compound [Mg+2].[O-]S(=O)(=O)C(F)(F)F.[O-]S(=O)(=O)C(F)(F)F BZQRBEVTLZHKEA-UHFFFAOYSA-L 0.000 claims description 3
- 125000004430 oxygen atom Chemical group O* 0.000 claims description 3
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims description 3
- 125000004172 4-methoxyphenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(OC([H])([H])[H])=C([H])C([H])=C1* 0.000 claims description 2
- UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N Hydrogen Chemical compound [H][H] UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 125000003236 benzoyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C(*)=O 0.000 claims description 2
- 125000005524 levulinyl group Chemical group 0.000 claims description 2
- 239000002243 precursor Substances 0.000 claims description 2
- 125000005951 trifluoromethanesulfonyloxy group Chemical group 0.000 claims 6
- FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N Magnesium Chemical compound [Mg] FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 5
- 229910052749 magnesium Inorganic materials 0.000 claims 5
- 239000011777 magnesium Substances 0.000 claims 5
- XEEYBQQBJWHFJM-UHFFFAOYSA-N Iron Chemical compound [Fe] XEEYBQQBJWHFJM-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 4
- ZOXJGFHDIHLPTG-UHFFFAOYSA-N Boron Chemical compound [B] ZOXJGFHDIHLPTG-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- PXHVJJICTQNCMI-UHFFFAOYSA-N Nickel Chemical compound [Ni] PXHVJJICTQNCMI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- KDLHZDBZIXYQEI-UHFFFAOYSA-N Palladium Chemical compound [Pd] KDLHZDBZIXYQEI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- RTAQQCXQSZGOHL-UHFFFAOYSA-N Titanium Chemical compound [Ti] RTAQQCXQSZGOHL-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- HCHKCACWOHOZIP-UHFFFAOYSA-N Zinc Chemical compound [Zn] HCHKCACWOHOZIP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- QCWXUUIWCKQGHC-UHFFFAOYSA-N Zirconium Chemical compound [Zr] QCWXUUIWCKQGHC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- 229910052782 aluminium Inorganic materials 0.000 claims 2
- XAGFODPZIPBFFR-UHFFFAOYSA-N aluminium Chemical compound [Al] XAGFODPZIPBFFR-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- 229910052797 bismuth Inorganic materials 0.000 claims 2
- JCXGWMGPZLAOME-UHFFFAOYSA-N bismuth atom Chemical compound [Bi] JCXGWMGPZLAOME-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- 229910052796 boron Inorganic materials 0.000 claims 2
- 229910052742 iron Inorganic materials 0.000 claims 2
- WPBNNNQJVZRUHP-UHFFFAOYSA-L manganese(2+);methyl n-[[2-(methoxycarbonylcarbamothioylamino)phenyl]carbamothioyl]carbamate;n-[2-(sulfidocarbothioylamino)ethyl]carbamodithioate Chemical compound [Mn+2].[S-]C(=S)NCCNC([S-])=S.COC(=O)NC(=S)NC1=CC=CC=C1NC(=S)NC(=O)OC WPBNNNQJVZRUHP-UHFFFAOYSA-L 0.000 claims 2
- BASFCYQUMIYNBI-UHFFFAOYSA-N platinum Chemical compound [Pt] BASFCYQUMIYNBI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- 229910052719 titanium Inorganic materials 0.000 claims 2
- 239000010936 titanium Substances 0.000 claims 2
- 229910052725 zinc Inorganic materials 0.000 claims 2
- 239000011701 zinc Substances 0.000 claims 2
- 229910052726 zirconium Inorganic materials 0.000 claims 2
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M Chloride anion Chemical compound [Cl-] VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims 1
- VYZAMTAEIAYCRO-UHFFFAOYSA-N Chromium Chemical compound [Cr] VYZAMTAEIAYCRO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- RYGMFSIKBFXOCR-UHFFFAOYSA-N Copper Chemical compound [Cu] RYGMFSIKBFXOCR-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- ZOKXTWBITQBERF-UHFFFAOYSA-N Molybdenum Chemical compound [Mo] ZOKXTWBITQBERF-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- KJTLSVCANCCWHF-UHFFFAOYSA-N Ruthenium Chemical compound [Ru] KJTLSVCANCCWHF-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- BQCADISMDOOEFD-UHFFFAOYSA-N Silver Chemical compound [Ag] BQCADISMDOOEFD-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- ATJFFYVFTNAWJD-UHFFFAOYSA-N Tin Chemical compound [Sn] ATJFFYVFTNAWJD-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 229910052787 antimony Inorganic materials 0.000 claims 1
- WATWJIUSRGPENY-UHFFFAOYSA-N antimony atom Chemical compound [Sb] WATWJIUSRGPENY-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 125000003710 aryl alkyl group Chemical group 0.000 claims 1
- 229910052793 cadmium Inorganic materials 0.000 claims 1
- BDOSMKKIYDKNTQ-UHFFFAOYSA-N cadmium atom Chemical compound [Cd] BDOSMKKIYDKNTQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 229910052804 chromium Inorganic materials 0.000 claims 1
- 239000011651 chromium Substances 0.000 claims 1
- 229910017052 cobalt Inorganic materials 0.000 claims 1
- 239000010941 cobalt Substances 0.000 claims 1
- GUTLYIVDDKVIGB-UHFFFAOYSA-N cobalt atom Chemical compound [Co] GUTLYIVDDKVIGB-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 229910052802 copper Inorganic materials 0.000 claims 1
- 239000010949 copper Substances 0.000 claims 1
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 229910052737 gold Inorganic materials 0.000 claims 1
- 239000010931 gold Substances 0.000 claims 1
- 229910052735 hafnium Inorganic materials 0.000 claims 1
- VBJZVLUMGGDVMO-UHFFFAOYSA-N hafnium atom Chemical compound [Hf] VBJZVLUMGGDVMO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 150000002431 hydrogen Chemical group 0.000 claims 1
- 229910052741 iridium Inorganic materials 0.000 claims 1
- GKOZUEZYRPOHIO-UHFFFAOYSA-N iridium atom Chemical compound [Ir] GKOZUEZYRPOHIO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- FBAFATDZDUQKNH-UHFFFAOYSA-M iron chloride Chemical compound [Cl-].[Fe] FBAFATDZDUQKNH-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims 1
- 229910052746 lanthanum Inorganic materials 0.000 claims 1
- FZLIPJUXYLNCLC-UHFFFAOYSA-N lanthanum atom Chemical compound [La] FZLIPJUXYLNCLC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- QSHDDOUJBYECFT-UHFFFAOYSA-N mercury Chemical compound [Hg] QSHDDOUJBYECFT-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 229910052753 mercury Inorganic materials 0.000 claims 1
- 229910052750 molybdenum Inorganic materials 0.000 claims 1
- 239000011733 molybdenum Substances 0.000 claims 1
- 229910052759 nickel Inorganic materials 0.000 claims 1
- 229910052758 niobium Inorganic materials 0.000 claims 1
- 239000010955 niobium Substances 0.000 claims 1
- GUCVJGMIXFAOAE-UHFFFAOYSA-N niobium atom Chemical compound [Nb] GUCVJGMIXFAOAE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 229910052762 osmium Inorganic materials 0.000 claims 1
- SYQBFIAQOQZEGI-UHFFFAOYSA-N osmium atom Chemical compound [Os] SYQBFIAQOQZEGI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 229910052763 palladium Inorganic materials 0.000 claims 1
- 229910052697 platinum Inorganic materials 0.000 claims 1
- 229910052702 rhenium Inorganic materials 0.000 claims 1
- WUAPFZMCVAUBPE-UHFFFAOYSA-N rhenium atom Chemical compound [Re] WUAPFZMCVAUBPE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 229910052707 ruthenium Inorganic materials 0.000 claims 1
- 229910052706 scandium Inorganic materials 0.000 claims 1
- SIXSYDAISGFNSX-UHFFFAOYSA-N scandium atom Chemical compound [Sc] SIXSYDAISGFNSX-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 229910052709 silver Inorganic materials 0.000 claims 1
- 239000004332 silver Substances 0.000 claims 1
- 229910052715 tantalum Inorganic materials 0.000 claims 1
- GUVRBAGPIYLISA-UHFFFAOYSA-N tantalum atom Chemical compound [Ta] GUVRBAGPIYLISA-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 229910052714 tellurium Inorganic materials 0.000 claims 1
- PORWMNRCUJJQNO-UHFFFAOYSA-N tellurium atom Chemical compound [Te] PORWMNRCUJJQNO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 229910052718 tin Inorganic materials 0.000 claims 1
- 239000011135 tin Substances 0.000 claims 1
- WFKWXMTUELFFGS-UHFFFAOYSA-N tungsten Chemical compound [W] WFKWXMTUELFFGS-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 229910052721 tungsten Inorganic materials 0.000 claims 1
- 239000010937 tungsten Substances 0.000 claims 1
- 229910052720 vanadium Inorganic materials 0.000 claims 1
- GPPXJZIENCGNKB-UHFFFAOYSA-N vanadium Chemical compound [V]#[V] GPPXJZIENCGNKB-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 229910052727 yttrium Inorganic materials 0.000 claims 1
- VWQVUPCCIRVNHF-UHFFFAOYSA-N yttrium atom Chemical compound [Y] VWQVUPCCIRVNHF-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 abstract description 7
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 abstract description 6
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 abstract 1
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 abstract 1
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 abstract 1
- XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N Ethyl acetate Chemical compound CCOC(C)=O XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N Triethylamine Chemical compound CCN(CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 150000003536 tetrazoles Chemical class 0.000 description 9
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 7
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 6
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 description 6
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 235000019439 ethyl acetate Nutrition 0.000 description 5
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 5
- HYZJCKYKOHLVJF-UHFFFAOYSA-N 1H-benzimidazole Chemical compound C1=CC=C2NC=NC2=C1 HYZJCKYKOHLVJF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N Diethyl ether Chemical compound CCOCC RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N Phosphorus Chemical compound [P] OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M Sodium bicarbonate Chemical compound [Na+].OC([O-])=O UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 125000004390 alkyl sulfonyl group Chemical group 0.000 description 4
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 4
- YMWUJEATGCHHMB-DICFDUPASA-N dichloromethane-d2 Chemical compound [2H]C([2H])(Cl)Cl YMWUJEATGCHHMB-DICFDUPASA-N 0.000 description 4
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 4
- 231100000647 material safety data sheet Toxicity 0.000 description 4
- QJGQUHMNIGDVPM-UHFFFAOYSA-N nitrogen group Chemical group [N] QJGQUHMNIGDVPM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 125000001820 oxy group Chemical group [*:1]O[*:2] 0.000 description 4
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 description 4
- 239000011574 phosphorus Substances 0.000 description 4
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 4
- 125000000472 sulfonyl group Chemical group *S(*)(=O)=O 0.000 description 4
- 238000004809 thin layer chromatography Methods 0.000 description 4
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- XPDWGBQVDMORPB-UHFFFAOYSA-N Fluoroform Chemical compound FC(F)F XPDWGBQVDMORPB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- PMZURENOXWZQFD-UHFFFAOYSA-L Sodium Sulfate Chemical compound [Na+].[Na+].[O-]S([O-])(=O)=O PMZURENOXWZQFD-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 3
- 125000002777 acetyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)=O 0.000 description 3
- 230000003213 activating effect Effects 0.000 description 3
- 125000004448 alkyl carbonyl group Chemical group 0.000 description 3
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 3
- 125000001797 benzyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C([H])([H])* 0.000 description 3
- 125000002915 carbonyl group Chemical group [*:2]C([*:1])=O 0.000 description 3
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 3
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 3
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 3
- 125000001188 haloalkyl group Chemical group 0.000 description 3
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 description 3
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 3
- 125000001889 triflyl group Chemical group FC(F)(F)S(*)(=O)=O 0.000 description 3
- KJUGUADJHNHALS-UHFFFAOYSA-N 1H-tetrazole Chemical compound C=1N=NNN=1 KJUGUADJHNHALS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000004679 31P NMR spectroscopy Methods 0.000 description 2
- VHYFNPMBLIVWCW-UHFFFAOYSA-N 4-Dimethylaminopyridine Chemical compound CN(C)C1=CC=NC=C1 VHYFNPMBLIVWCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- MIUOBAHGBPSRKY-UHFFFAOYSA-N 5-(4-nitrophenyl)-2h-tetrazole Chemical compound C1=CC([N+](=O)[O-])=CC=C1C1=NNN=N1 MIUOBAHGBPSRKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N Ammonium hydroxide Chemical compound [NH4+].[OH-] VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- JLTDJTHDQAWBAV-UHFFFAOYSA-N N,N-dimethylaniline Chemical compound CN(C)C1=CC=CC=C1 JLTDJTHDQAWBAV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000007832 Na2SO4 Substances 0.000 description 2
- 230000002378 acidificating effect Effects 0.000 description 2
- 235000011114 ammonium hydroxide Nutrition 0.000 description 2
- 125000002102 aryl alkyloxo group Chemical group 0.000 description 2
- 125000004391 aryl sulfonyl group Chemical group 0.000 description 2
- CUFNKYGDVFVPHO-UHFFFAOYSA-N azulene Chemical compound C1=CC=CC2=CC=CC2=C1 CUFNKYGDVFVPHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000001584 benzyloxycarbonyl group Chemical group C(=O)(OCC1=CC=CC=C1)* 0.000 description 2
- 125000000484 butyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 2
- 125000004432 carbon atom Chemical group C* 0.000 description 2
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 2
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 2
- WWZKQHOCKIZLMA-UHFFFAOYSA-N octanoic acid Chemical compound CCCCCCCC(O)=O WWZKQHOCKIZLMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000007530 organic bases Chemical class 0.000 description 2
- 239000012044 organic layer Substances 0.000 description 2
- 125000003170 phenylsulfonyl group Chemical group C1(=CC=CC=C1)S(=O)(=O)* 0.000 description 2
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 2
- 235000017557 sodium bicarbonate Nutrition 0.000 description 2
- 229910000030 sodium bicarbonate Inorganic materials 0.000 description 2
- 229910052938 sodium sulfate Inorganic materials 0.000 description 2
- 235000011152 sodium sulphate Nutrition 0.000 description 2
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 2
- 238000010532 solid phase synthesis reaction Methods 0.000 description 2
- 125000002023 trifluoromethyl group Chemical group FC(F)(F)* 0.000 description 2
- 125000002221 trityl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1C([*])(C1=C(C(=C(C(=C1[H])[H])[H])[H])[H])C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1[H] 0.000 description 2
- HEVMDQBCAHEHDY-UHFFFAOYSA-N (Dimethoxymethyl)benzene Chemical compound COC(OC)C1=CC=CC=C1 HEVMDQBCAHEHDY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JPRPJUMQRZTTED-UHFFFAOYSA-N 1,3-dioxolanyl Chemical group [CH]1OCCO1 JPRPJUMQRZTTED-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MCTWTZJPVLRJOU-UHFFFAOYSA-N 1-methyl-1H-imidazole Chemical compound CN1C=CN=C1 MCTWTZJPVLRJOU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YBYIRNPNPLQARY-UHFFFAOYSA-N 1H-indene Natural products C1=CC=C2CC=CC2=C1 YBYIRNPNPLQARY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000000453 2,2,2-trichloroethyl group Chemical group [H]C([H])(*)C(Cl)(Cl)Cl 0.000 description 1
- YQTCQNIPQMJNTI-UHFFFAOYSA-N 2,2-dimethylpropan-1-one Chemical group CC(C)(C)[C]=O YQTCQNIPQMJNTI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HUHXLHLWASNVDB-UHFFFAOYSA-N 2-(oxan-2-yloxy)oxane Chemical class O1CCCCC1OC1OCCCC1 HUHXLHLWASNVDB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000003821 2-(trimethylsilyl)ethoxymethyl group Chemical group [H]C([H])([H])[Si](C([H])([H])[H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])C(OC([H])([H])[*])([H])[H] 0.000 description 1
- LDHYTBAFXANWKM-UHFFFAOYSA-N 2-amino-3,7-dihydropurin-6-one Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1NC=N2.O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 LDHYTBAFXANWKM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000004777 2-fluoroethyl group Chemical group [H]C([H])(F)C([H])([H])* 0.000 description 1
- 229960000549 4-dimethylaminophenol Drugs 0.000 description 1
- FOEPLOQMUWYHBM-UHFFFAOYSA-N 5-(trifluoromethyl)-2h-tetrazole Chemical compound FC(F)(F)C=1N=NNN=1 FOEPLOQMUWYHBM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MGISCGVZJJIDSR-UHFFFAOYSA-N 7h-purin-6-amine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1NC=N2.NC1=NC=NC2=C1NC=N2 MGISCGVZJJIDSR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 1
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QWOJMRHUQHTCJG-UHFFFAOYSA-N CC([CH2-])=O Chemical compound CC([CH2-])=O QWOJMRHUQHTCJG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004215 Carbon black (E152) Substances 0.000 description 1
- LCGLNKUTAGEVQW-UHFFFAOYSA-N Dimethyl ether Chemical class COC LCGLNKUTAGEVQW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N Hydrochloric acid Chemical compound Cl VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BAVYZALUXZFZLV-UHFFFAOYSA-N Methylamine Chemical compound NC BAVYZALUXZFZLV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- CWRVKFFCRWGWCS-UHFFFAOYSA-N Pentrazole Chemical compound C1CCCCC2=NN=NN21 CWRVKFFCRWGWCS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UIIMBOGNXHQVGW-DEQYMQKBSA-M Sodium bicarbonate-14C Chemical compound [Na+].O[14C]([O-])=O UIIMBOGNXHQVGW-DEQYMQKBSA-M 0.000 description 1
- HOPINICTTFKHMI-UHFFFAOYSA-N [C-]1=NN=NN1.[C-]1=NN=NN1.[C-]1=NN=NN1.[PH6+3] Chemical compound [C-]1=NN=NN1.[C-]1=NN=NN1.[C-]1=NN=NN1.[PH6+3] HOPINICTTFKHMI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DHKHKXVYLBGOIT-UHFFFAOYSA-N acetaldehyde Diethyl Acetal Natural products CCOC(C)OCC DHKHKXVYLBGOIT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 1
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 1
- OBETXYAYXDNJHR-UHFFFAOYSA-N alpha-ethylcaproic acid Natural products CCCCC(CC)C(O)=O OBETXYAYXDNJHR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 description 1
- 125000003785 benzimidazolyl group Chemical group N1=C(NC2=C1C=CC=C2)* 0.000 description 1
- 239000013626 chemical specie Substances 0.000 description 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 1
- 125000004218 chloromethyl group Chemical group [H]C([H])(Cl)* 0.000 description 1
- 150000005676 cyclic carbonates Chemical class 0.000 description 1
- 125000004122 cyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 238000000354 decomposition reaction Methods 0.000 description 1
- UAOMVDZJSHZZME-UHFFFAOYSA-N diisopropylamine Chemical group CC(C)NC(C)C UAOMVDZJSHZZME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KPUWHANPEXNPJT-UHFFFAOYSA-N disiloxane Chemical class [SiH3]O[SiH3] KPUWHANPEXNPJT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000002170 ethers Chemical class 0.000 description 1
- 125000001495 ethyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000004672 ethylcarbonyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C(*)=O 0.000 description 1
- 125000006125 ethylsulfonyl group Chemical group 0.000 description 1
- 238000004880 explosion Methods 0.000 description 1
- 125000002485 formyl group Chemical group [H]C(*)=O 0.000 description 1
- 125000001475 halogen functional group Chemical group 0.000 description 1
- 150000004677 hydrates Chemical class 0.000 description 1
- 229930195733 hydrocarbon Natural products 0.000 description 1
- 150000002430 hydrocarbons Chemical class 0.000 description 1
- 239000012535 impurity Substances 0.000 description 1
- 125000003392 indanyl group Chemical group C1(CCC2=CC=CC=C12)* 0.000 description 1
- 125000003454 indenyl group Chemical group C1(C=CC2=CC=CC=C12)* 0.000 description 1
- 125000000959 isobutyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 125000004184 methoxymethyl group Chemical group [H]C([H])([H])OC([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 1
- QNJMDPIFQZSNPZ-UHFFFAOYSA-N methyl(phenyl)azanium;2,2,2-trichloroacetate Chemical compound [O-]C(=O)C(Cl)(Cl)Cl.C[NH2+]C1=CC=CC=C1 QNJMDPIFQZSNPZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000004170 methylsulfonyl group Chemical group [H]C([H])([H])S(*)(=O)=O 0.000 description 1
- PSHKMPUSSFXUIA-UHFFFAOYSA-N n,n-dimethylpyridin-2-amine Chemical compound CN(C)C1=CC=CC=N1 PSHKMPUSSFXUIA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000004108 n-butyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- TXXJGCVOHDSYBC-UHFFFAOYSA-N n-methylaniline;2,2,2-trifluoroacetic acid Chemical compound [O-]C(=O)C(F)(F)F.C[NH2+]C1=CC=CC=C1 TXXJGCVOHDSYBC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000000740 n-pentyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- RRTXKQSFZYOTNW-UHFFFAOYSA-N n-phosphanyl-n-propan-2-ylpropan-2-amine Chemical group CC(C)N(P)C(C)C RRTXKQSFZYOTNW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000004123 n-propyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000001624 naphthyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000005146 naphthylsulfonyl group Chemical group C1(=CC=CC2=CC=CC=C12)S(=O)(=O)* 0.000 description 1
- 125000000449 nitro group Chemical group [O-][N+](*)=O 0.000 description 1
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 125000000636 p-nitrophenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(=C([H])C([H])=C1*)[N+]([O-])=O 0.000 description 1
- 125000006340 pentafluoro ethyl group Chemical group FC(F)(F)C(F)(F)* 0.000 description 1
- 125000001997 phenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(*)C([H])=C1[H] 0.000 description 1
- UYWQUFXKFGHYNT-UHFFFAOYSA-N phenylmethyl ester of formic acid Natural products O=COCC1=CC=CC=C1 UYWQUFXKFGHYNT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 1
- SXADIBFZNXBEGI-UHFFFAOYSA-N phosphoramidous acid Chemical group NP(O)O SXADIBFZNXBEGI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920006395 saturated elastomer Polymers 0.000 description 1
- 150000003335 secondary amines Chemical group 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 1
- 125000001424 substituent group Chemical group 0.000 description 1
- BDHFUVZGWQCTTF-UHFFFAOYSA-M sulfonate Chemical compound [O-]S(=O)=O BDHFUVZGWQCTTF-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 238000010189 synthetic method Methods 0.000 description 1
- 125000000999 tert-butyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- ILMRJRBKQSSXGY-UHFFFAOYSA-N tert-butyl(dimethyl)silicon Chemical group C[Si](C)C(C)(C)C ILMRJRBKQSSXGY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000001712 tetrahydronaphthyl group Chemical group C1(CCCC2=CC=CC=C12)* 0.000 description 1
- 125000004014 thioethyl group Chemical group [H]SC([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 1
- 230000001052 transient effect Effects 0.000 description 1
- 125000000876 trifluoromethoxy group Chemical group FC(F)(F)O* 0.000 description 1
- 239000013638 trimer Substances 0.000 description 1
- 125000000026 trimethylsilyl group Chemical group [H]C([H])([H])[Si]([*])(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 1
- 125000001834 xanthenyl group Chemical group C1=CC=CC=2OC3=CC=CC=C3C(C12)* 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/06—Pyrimidine radicals
- C07H19/10—Pyrimidine radicals with the saccharide radical esterified by phosphoric or polyphosphoric acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/16—Purine radicals
- C07H19/20—Purine radicals with the saccharide radical esterified by phosphoric or polyphosphoric acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
Abstract
Un proceso para sintetizar oligonucleotidos mediante quimica de fosforamidita, donde la mejora radica en el uso de acidos de Lewis como activadores, para la formacion del enlace fosforo-oxigeno.
Description
_-? •* * SÍNTESIS DE OLIGONUCLEOTIDO CON ÁCIDOS DE LEWIS COMO
ACTIVADORES
Campo Técnico 5 • La presente invención se relaciona con un proceso que utiliza ácidos de Lewis como activadores en la preparación de oligonucleótidos mediante química de fosforamidita.
Antecedentes de la Invención 10 La presente invención se relaciona en general con los campos de la química orgánica y la biología. En particular, la presente invención se dirige a composiciones y métodos para uso en la síntesis de oligonucleótidos. La química de fosforamidita (Beaucage, S.L., y 15 Lyer, R.P. Tetrahedron (1992), 48, 2223-2311) se ha vuelto la química de acoplamiento más ampliamente usada para la síntesis de los oligonucleótidos. Como es muy conocido para los expertos en la técnica, la síntesis de fosforamidita de los oligonucleótidos implica la activación de precursores de mo- 20 nómeros de fosforamidita de nucleósido mediante la reacción con un agente activante para formar intermediarios activados, seguido por la adición secuencial de los intermediarios activados para el crecimiento de la cadena de oligonucleótidos (generalmente anclados en un extremo a un soporte sólido con- >
25 veniente) para formar el producto de oligonucleótido. El te-
trazol se usa .comúnmente para la activación de los monómeros de fosforamidita de nucleósido; la activación se presenta por el mecanismo representado en el Esquema I. El tetrazol tiene un protón ácido el cual presumiblemente protona el nitrógeno básico del grupo di-isopropilaminofosfina, haciendo de este modo del grupo di-isopropilamino un grupo saliente. El ion de tetrazolio cargado negativamente realiza un ataque en el fósforo trivalente, formando una especie de tetrazolida de fósforo transitoria. El grupo 5' -OH del nucleósido pegado al soporte sólido ataca entonces a la especie de fósforo trivalente activo, dando como resultado la formación de un enlace in- ter-nucleótidos . El fósforo trivalente finalmente se oxida al fósforo pentavalente.
Esquema 1
1) repetición de ciclos 2) Disocia y desprotege con NH4OH ó CH3NH2/NH4OH
Las principales desventajas del tetrazol son su co- sto y su inestabilidad la cual incluye su potencial para explotar (Hojas de Datos de Seguridad o MSDS enlistan el 1H- tetrazol como un riesgo de explosión grave) . Debido a su inestabilidad inherente, el tetrazol sublimado generalmente se requiere para asegurar los rendimientos de acoplamiento de- seados. Además, el tetrazol (que típicamente se usa cerca de
su solubilidad saturada de 0.5M) tiende a precipitarse de la solución de acetonitrilo a temperaturas frías; esto puede conducir al bloqueo de válvulas en algunos sintetizadores de ADN automatizados. Otros activadores que funcionan casi tan eficientemente como el tetrazol tienen desventajas similares a las del tetrazol que se comentaron anteriormente. Estos activadores, que son todos donantes de protones, incluyen los siguientes miembros de la clase de tetrazol de activadores: 5- (p- nitrofenil) tetrazol (Froehler, B.C. y attcucci, M.D. , Tetrahedron Letters (1983), 24, 3171-3174); 5- (p- nitrofenil) tetrazol y DMAP (Pon, R.T. Tetrahedron Letters (1987), 28, 3643-3646); y 5- (tioetil) -lH-tetrazol ( right, P. y colaboradores, Tetrahedron Letters (1993), 34, 3373-3376). Además de la clase de activadores de tetrazol, lo siguientes activadores se han empleado: el trifluoroacetato de N- metilanilina (Fourrey, J.L. y Varenne, J., Tetrahedron Letters (1984) , 25, 4511-4514) ; el tricloroacetato de N- metilanilinio (Fourrey, J.L. y colaboradores, Tetrahedron Letters (1987), 28, 1769-1772); el sulfonato de 1- metilimidazoltrifluorometano (Arnold, L. y colaboradores, Co- llect. Czech. Chem. Commun. (1989), 54, 523-532); ácido octanoico o trietilamina (Stec, W.J. y Zon, G., Tetrahedron Letters (1984), 25, 5279-5282); 1-metilimidazol HCl, 5- trifluorometil-lH-tetrazol, N,N-dimetilanilina HCl, y N,N-
dimetilaminopiridina HCl (Hering, G. y colaboradores, Nucleo-sides and Nucleotides (1985), 4, 169-171). Sobre todo estos activadores tienen desempeño inferior en relación con el tetrazol . La Patente Japonesa JP 08301878 describe el uso de otro activador de protones. Se describe una mezcla de 1:1 de bencimidazol y eterato de BF3, en donde el componente BF3 actúa para aumentar la acidez del protón de bencimidazol necesario para la activación de la fosforamidita (intermedíarios) . El complejo BF3 de bencimidazol actúa de una manera similar al tetrazol descrito en el Esquema I . La presente invención no activa los intermediarios de fosforamidita con un donante de protón sino en vez de eso utiliza ácidos de Lewis para la activación. En particular, se usa el eterato BF3 en la presente invención. Las ventajas del eterato del BF3 sobre el complejo BF3 de bencimidazol incluyen la disponibilidad comercial y la facilidad de remoción del éter dietílico contra la remoción de bencimidazol . Además, los intermediarios de fosforamidita activa-da son muy sensibles a la humedad. Un exceso del 50 por ciento al 100 por ciento de las fosforamiditas muy valuable se requiere para poner en secuencia aún con solventes anhidros (<20 ppm de contenido de humedad) . La presencia de cantidad en traza de humedad da como resultado una pérdida de rendi-miento considerable y un aumento en impurezas de secuencia- miento suprimido. Además de activar los intermediarios de fosforamidita, los ácidos de Lewis pueden actuar como agotadores de humedad minimizando la descomposición de la fosfóra- midita. Por lo tanto, el uso de ácidos de Lewis para la acti- vación de los intermediarios de fosforamidita conduce a una eficiencia de acoplamiento mejorada, menor costo, y manejo y operación del material conveniente . La adición de un ácido de Lewis, sin embargo, fpuede bajar el pH de la mezcla de la reacción. Una acidez aumentada en la mezcla de la reacción puede causar la remoción de los grupos protectores N y O en el intermediario de fosforamidita conduciendo a productos indeseables y rendimientos reducidos . La adición de piridina por lo tanto puede ser usada para aumentar el pH a un nivel que puedan tolerar los grupos de pro- tección de fosforamidita. Es un objeto de la presente invención proporcionar nucleósidos para proporcionar los nucléosidos activados con ácido de Lewis para el uso en la síntesis, incluyendo la síntesis en fase sólida, que no presente todas las desventajas de la técnica anterior. Es otro objeto de la presente invención proporcionar métodos para la preparación y uso de los nucleósidos activados con ácido de Lewis como se describe posteriormente.
Compendio de la Invención En su principal modalidad, la presente invención describe un proceso para activar monómeros de fosforamidita de la fórmula I :
en donde B1 se selecciona del grupo que consiste en base purina y base pirimidina; R1 es una amina secundaria, una amina preferida es la di-isopropilamina; R2 se selecciona del grupo que consiste en alcoxilo, alquilo, alquilsulfonilalcoxilo, arilsulfonilalcoxilo, cianoalcoxilo, y haloalcoxilo; R3 es un grupo de protección hidroxilo, un grupo preferido es 4 , 4 ' -dimetoxitritilo; y R4 se selecciona del grupo que consiste en hidrógeno y -OR7, en donde R7 es un grupo de protección hidroxilo; que comprende tratar los monómeros de fosforamidita de la fórmula I con una cantidad opcional de piridina y un ácido de Lewis, los ácidos de Lewis preferidos se selecciona entre
|____JA_ _«_>«.___- -|-J, ¡f^ cloruro de aluminio, cloruro de bismuto (III) , trifluoruro de boro, cloruro «de hierro (II), cloruro de hierro (III), bromuro de magnesio, cloruro de magnesio, trifluorometansulfonato de magnesio, cloruro de manganeso (II) , bromuro de zinc, clo- ruro de zinc, y cloruro de zirconio (IV) .
Descripción Detallada de la Invención Todas las patentes, las solicitudes de patentas, y las referencias de la literatura citada en la especificación se incorporan mediante la presente por referencia completamente. En el caso de inconsistencias, será preponderante la presente descripción, incluyendo las definiciones. Definición de Términos Como se usa en la especificación y en las reivindi- caciones anexas, los siguientes términos tienen los significados especificados. El término "alcoxilo", como se usa en la presente, se refiere a un grupo alquilo, como se define en la presente, unido a la fracción molecular padre a través de un grupo oxi, como se define en la presente. Los ejemplos representativos de alcoxilo incluyen, pero no se limitan a, metoxilo, etoxilo, propoxilo, 2-propoxilo, butoxilo, butoxilo terciario, pentiloxilo, y similares. El término "alquilo", como se usa en la presente, se refiere a un hidrocarburo de cadena recta o ramificada que
_________i?___*__i¡__j_ -- áff contiene de 1 a 5 átomos de carbono. Los ejemplos representativos de alquilo incluyen, pero no se limitan a, metilo, etilo, n-propilo, iso-propilo, n-butilo, butilo secundario, isobutilo, butilo terciario, n-pentilo, y similares. El término "alquilcarbonilo" , como se usa en la presente, se refiere a un grupo alquilo, como se define en la presente, unido a la fracción molecular padre a través de un grupo carbonilo, como se define en la presente. Los ejejnplos representativos de alquilcarbonilo incluyen, pero no se limi-tan a,- acetilo, etilcarbonilo, y similares. El término "alquilcarboniloxilo" , como se usa en la presente, se refiere a un grupo alquilcarbonilo, como se define en la presente, unido a la fracción molecular padre a través de un grupo oxi, como se define en la presente. Los ejemplos representativos de alquilcarboniloxilo incluyen, pero no se limitan a, acetiloxilo, etilcarboniloxilo, t-butilcarboniloxilo, y similares. El término "alquilsulfonilo", como se usa en la presente, se refiere a un grupo alquilo, como se define en la presente, unido a la fracción molecular padre a través de un grupo sulfonilo, como se define en la presente. Los ejemplos representativos de alquilsulfonilo incluyen, pero no se limitan a, metiisulfonilo, etiisulfonilo, y similares. El término "alquilsulfonila coxilo" , como se usa en la presente, se refiere a un grupo alquilsulfonilo, como se
_*! __ -_, ___>_ . _ _«_ .____-,._«.„-»___.«. - - ^ •»--» — »>«-._--- J» ________ ____________^ — , fl _ -- jftpn^üj^j define en la presente, unido a la fracción molecular padre a través de un grupo alcoxilo, como se define en la presente. Los ejemplos representativos de alquilsulfonilalcoxilo incluyen, pero no se limitan a, 2-metilslfoniletoxilo, 2- etilsulfoniletoxilo, y similares. El término "amino", como se usa en la presente, se refiere a un grupo -NH2. El término "grupo de protección amino" o "grupo de protección-N" , se refiere a grupos que. pretenden proteger un grupo amino contra reacciones indeseables 'durante procedimientos sintéticos. Los grupos de protección de nitrógeno comúnmente usados se describen en Greene, T.W. & Wuts, P.G.M. (1991) . Protective Groups In Organic Synthesis (2- edición) . Nueva York: John Wiley & Sons. Los grupos de protección de nitrógeno preferidos son formilo, acetilo, benzoílo, pivaloí- lo, t-butilacetilo, fenilsulfonilo, bencilo, t- butiloxicarbonilo (Boc) , y benciloxicarbonilo (Cbz) . El término "arilo", como se usa en la presente, se refiere a un sistema de anillo monocíclico aromático, o a un sistema de anillo bicíclico fusionado en donde uno o ambos de los anillos fusionados son aromáticos. Los ejemplos representativos de arilo incluyen, pero no se limitan a, azuleno, indanilo, indenilo, naftilo, fenilo, tetrahidronaftilo, y similares. Los grupos arilo en esta invención se pueden susti-
-.___-_____..____.__ ^.jUhfcM» . , •* _ .___. ._ _ *,„ ..,__._. _____ ___,.- .»__.._,__,,fe, .;____„,»«„___>._.,._.»__ .tA^j,^ tuir con 1, 2, ó 3 sustituyentes seleccionados independientemente entre alquilo, ciano, halógeno, haloalquilo, y nitro. El término "arilalcoxilo" , como se usa en la presente, se refiere a un grupo arilo, como se define en la pre- senté, unido a la fracción molecular padre a través de un grupo alcoxilo, como se define en la presente. Los ejemplos representativos de arilalcoxilo incluyen, pero no se limitan a, 2-feniletoxilo, 2-naftiletoxilo, 2- (4-nitrofenil) et?>xilo, y similares. ' El término ."ariisulfonilo", como se usa en la presente, se refiere a un grupo arilo, como se define en la presente, unido a la fracción molecular padre a través de un grupo sulfonilo, como se define en la presente. Los ejemplos representativos de ariisulfonilo incluyen, pero no se limitan a, fenilsulfonilo, naftilsulfonilo, y similares. El término "arilsulfonilalcoxilo" , como se usa en la presente, se refiere a un grupo ariisulfonilo, como se define en la presente, unido a la fracción molecular padre a través de un grupo alcoxilo, como se define en la presente. Los ejemplos representativos de arilsulfonilalcoxilo incluyen, pero no se limitan a, 2-fenilsulfoniletoxilo, 3- feilsulfonilpropoxilo, y similares. El término "carbonilo", como se usa en la presente, s'e refiere a un grupo -C(0)-. El término "catecol", como se usa en la presente,
'*AA*afc*a»^*T''H'___mil? II .~,*»*H* t~,,.MA~* **? . ^..^^,^ ^„_ J¿^, i^ ^J^ se refiere a un grupo C6H4-1, 2- (0-) 2, en donde ambos átomos de oxígeno están unidos a M, como se define en la presente. El término "ciano", como se usa en la presente, se refiere a un grupo -CN. El término "cianoalcoxilo" , como se usa en la presente, se refiere a un grupo ciano, como se define en la presente, unido a la reacción molecular padre a través de un grupo alcoxilo, como se define en la presente. Los ejemplos representativos de cianoalcoxilo incluyen, pero no se limitan a, 2-cianoetoxilo, 3-cianopropoxilo, l-metil-2-cianoetoxilo, 1, 1-dimetil-2-cianoetoxilo, y similares. El término "halo" o "halógeno" , como se usa en la presente, se refiere a -Cl, -Br, -I, ó -F. El término "haloalcoxilo" , como se usa en la pre-senté, se refiere a cuando menos un halógeno, como se define en la presente, unido a la fracción molecular padre a través de un grupo alcoxilo, como se define en la presente. Los ejemplos representativos de haloalcoxilo incluyen, pero no se limitan a, 2, 2, 2-tricloroetoxilo, 1, l-dimetil-2 , 2, 2-tricloroetoxilo, trifluorometoxilo, y similares. El término "haloalquilo" , como se usa en la presente, se refiere a cuando menos un halógeno, "como se define en la presente, unido a la fracción molecular padre a través de un grupo alquilo, como se define en la presente. Los ejemplos representativos de haloalquilo incluyen, pero no se limitan a, clorometilo, 2-fluoroetilo, trifluorometilo, pentafluoroetilo, 2-cloro-3-fluoropentilo, y similares. El término "grupo de protección hidroxilo" o "grupo de protección-O" se refiere a grupos destinados a proteger un grupo hidroxilo contra reacciones indeseables durante los procedimientos sintéticos. Los grupos de protección hidroxilo comúnmente usados se describen en T.H. Greene and P.G.M. Wuts, Protective Groups in Organic Synthesis, 2- edijción, John Wiley & Sons, Nueva York (1991) , la cual se incorpora en la presente mediante referencia. Los ejemplos de grupos de protección hidroxilo incluyen, pero no se limitan a, metilé-teres sustituidos, por ejemplo, metoximetilo, benciloximeti-lo, 2-metoxietoximetilo, 2- (trimetilsilil) -etoximetilo, bencilo, y trifenilmetilo; tetrahidropiraniléteres; etiléteres sustituidos, por ejemplo, 2 , 2 , 2-tricloroetilo y t-butilo; sililéteres, por ejemplo, trimetilsililo, t-butildimetilsililo y t-butildifenilsililo,- acétales y cetales cíclicos, por ejemplo metilenacetal, acetonida y bencilidenacetal; ortoésteres cíclicos, por ejemplo metoximetileno; carbonatos cícli-eos; boronatos cíclicos; derivados de carbonilo, por ejemplo, acetilo, p-fenilazofeniloxicarbonilo, 9-fluorenilmetoxicar-bonilo, 2 , 4-dinitrofeniletoxicarbonilo, 2- (metiltiometoxi-metil) benzoílo, 2- (isopropiltiometoximetil) benzoílo, 2- (2,4-dinitrobencensulfeniloximetil) benzoílo, 4- (metiltiometoxi) butirilo, y levulinilo; derivados de tritilo, por ejemplo, 4,4' -dimetoxitritilo, 4,4' ,4' ' -tris- (benciloxi) tritilo, 4,4' ,4' ' -tris- (4, 5-dicloroftalimido) tritilo, 4,4' ,4' ' -tris- (levuliniloxi) tritilo, 3- (imidazolilmetil) -4,4' - dimetoxitritilo, 4-deciloxitritilo, 4-hexadeciloxitritilo, y 1, 1-bis- (4-metoxihenil) -1' -pirenilmetilo; grupos de xantenilo sustituidos, por ejemplo, pixil (9-fenilxanten-9-ilo) , 9- (p- metoxifenil)xanten-9-ilo) , y 9- (4-octadeciloxifenil)xanten-9- ilo. t El término "ácido de Lewis" , como se usa en la pre- senté, se refiere a una especie química, distinta de protón, que tiene un orbital vacante o acepta un par de electrones. Se entenderá que los ácidos de Lewis se pueden comprar o preparar como complejos incluyendo pero sin limitarse a, etera- tos, hidratos, y tioeteratos. Se entenderá además que los complejos comprados o preparados para la presente invención no contienen un protón ácido. Los ejemplos representativos de ácido de Lewis incluyen, pero no se limitan a, cloruro de aluminio, cloruro de bismuto (III) , trifluoruro de boro, cloruro de hierro (II) , cloruro de hierro (III) , bromuro de mag- nesio, cloruro de magnesio, trifluorometansulfonato de magnesio, cloruro de manganeso (II) , bromuro de zinc, cloruro de zinc, cloruro de zirconio (IV), y similares. El término "metilendioxilo" , como se usa en la presente, se refiere a un grupo -OC(R80) (R81)0-, en donde R80 y R81 se seleccionan independientemente de hidrógeno y alquilo. Los
-._ _ _,.¿A^ _.,a_¿.__„... f. __^^^ _Ür_-Ti >**»*»-*- -*- __- átomos de hidrógeno del grupo metilendioxilo están unidos a la fracción molecular padre a través de dos átomos de carbono adyacentes. Los ejemplos representativos de un grupo metilendioxilo incluyen, pero no se limitan a, 1, 3-dioxolanilo, 2,2- dimetil-1, 3-dioxolanilo, 2-metil-l, 3-dioxolanilo, y similares . El término "oxi", como se usa en la presente, se refiere a (-0-) . . El término "base purina" , como se usa en la présente, se refiere a una base orgánica seleccionada entre 9H- purin-6-ilamina (adenina) y 2-amino-l, 9-dihidro-6H-purin-6- ona (guanina) . El grupo amino unido a la adenina puede ser protegido con un grupo de protección de nitrógeno. El término "protón", como se usa en la presente, se refiere a H+. El término "base pirimidina" , como se usa en la presente, se refiere a una base orgánica seleccionada entre 2,4 (1H, 3H) -pirimidinodiona (uracilo), 5-metil-2 , 4 (1H, 3H) - pirimidinodiona (timina), y 4-amino-2 (1H) -pirimidinona (cito- sina) . El grupo amino unido a la citosina se puede proteger con un grupo de protección de nitrógeno. El término "sulfonilo", como se usa en la presente, se refiere a un grupo -S02- . El término "trifluorometano" , como se usa en la presente, se refiere a -CF3.
El término "trifluorometansulfonilo" , como se usa en la presente, se refiere a un grupo trifluorometano, como se define én la presente, unido a la fracción molecular padre a través de un grupo sulfonilo, como se define en la presen-te. El término "trifluorometansulfonilo" , como se usa en la presente, se refiere a un grupo trifluorometansulfonilo, como se define en la presente, unido a la fracción mole-cular padre a través de un grupo, oxi, como se define en la presente. Abreviaturas Se usan las siguientes abreviaturas: DMA para dime-tilacetamida, DMT para 4, 4' -dimetoxitritilo, EtOAc para acetilo de etilo, eq para equivalentes, MSDS para Hojas de Datos de Seguridad, NaHC03 para bicarbonato de sodio, Na2S04 para sulfato de sodio, y TLC para cromatografía de capa delgada. Métodos Sintéticos Los compuestos y procesos de la presente invención se entenderán mejor en relación con el siguiente esquema sin-tético que ilustra el método mediante el cual se pueden preparar los compuestos de la invención.
Esquema 1
equivalentes o de Lewis equivalentes piridina
Procedimiento general usando ácidos de Lewis como activadores ; Una solución de fosforamidita (i) (1.0 equivalentes) y nucleósido (ii) (1.0 equivalentes) en acetonitrilo o DMA (0.1 M) se trató con ácido de Lewis (Tabla 1). La solu-ción se mezcló a temperatura ambiente y se monitoreó mediante
ri____¡,.
s i cromatografía de capa delgada usando EtOAc : trietilamina (95:5) y el solvente de revelado. Después de un rango de menos de 5 minutos a 60 minutos (Tabla 1) , la mezcla de la reacción se amortiguó con NaHC03 acuoso, y se extrajo con EtOAc. La capa orgánica se lavó con NaHC03 acuoso, se secó (Na2S04) , y se evaporó al vacío para proporcionar el producto dímero (iii) en un rendimiento aproximadamente cuantitativo. 31P RMN (500 MHz, CD2Cl2) d 139.5, 139.7; j MS (ESI+) m/z: 1041.4 (M+) . 10 Procedimiento general usando ácidos de Lewis y piridina como activadores : Una solución de fosforamidita (i) (1.0 equivalentes) y nucleósido (ii) (0.1 equivalentes) en acetonitrilo o
15 DMA (0.1 M), se trató con piridina (2 equivalentes) seguida por la adición de un ácido de Lewis (2 equivalentes) . La solución se mezcló a temperatura ambiente y fue monitoreada mediante cromatografía de capa delgada usando EtOAc : trietilamina (95:5) como el solvente de revelado. Des- 20 pues de menos de 5 minutos, la mezcla de la reacción se amortiguó con NaHC03 acuoso y se extrajo con EtOAc. La capa orgánica se lavó con NaHC03 acuosa, se secó (Na2S0) , y se evaporó al vacío para proporcionar el producto dímero (iii) en un rendimiento aproximadamente cuantitativo. 25 31P RMN (500 MHz, CD2Cl2) 5 139.5, 139.7;
__«._.______-*.
MS (ESI+) m/z: 1041.4 (M+) .
Tabla 1
Se entenderá que el dímero (ii) se puede oxidar usando condiciones estándares conocidas para los expertos en la técnica para obtener el fosfato, (J. Am. Chem. Soc.,
(1976), 98, 3655-3661). El 5' -OH del dímero oxidado se puede desproteger y tratar con un monómero de fosforamidita activa-
I ___ . ___t_¿_ do con ácido de Lewis para formar un trímero. Esta secuencia de paso se puede repetir hasta que un oligonucleótido de longitud deseado ha sido sintetizado de manera que el .proceso de la presente invención se puede usar para preparar oligonucleótidos, incluyendo la síntesis en fase sólida de los mismos .
l__i__-d_._.___1._.___..___ __¡A .__..
Claims (20)
1. Una composición que comprende un ácido de Lewis, una cantidad opcional de piridina, y un compuesto de la fórmula I : en donde : B1 se selecciona del grupo que consiste en base purina y base pirimidina; R1 es -NR5R6, en donde R5 y R6 se seleccionan inde*-pendientemente del grupo que consiste en alquilo y arilalquilo; R2 se selecciona del grupo que consiste en alcoxilo, alquilo, alquilsulfonilalcoxilo, arilsulfonilalcoxilo, cianoalcoxilo, y haloalcoxilo; R3 es un grupo de protección hidroxilo; R4 se selecciona del grupo que consiste en hidrógeno y -OR7, en donde R7 es un grupo de protección hidroxilo. 2. Una composición de acuerdo con la reivindica-ción 1 que comprende el ácido de Lewis de la fórmula II: _______b __i_____r_ «___<_.'- -•- '"ttfc¿4__tt. _____ p. en donde : M se selecciona del grupo que consiste en aluminio, antimonio, bismuto, boro, cadmio, cobalto, cobre, cromo, oro, hafnio, iridio, hierro, lantano, magnesio, manganeso, mercurio, molibdeno, níquel, niobio, osmio, paladio, platino, fós-foro, renio, rutenio, escandio, plata, tantalio, telurio, estaño, tungsteno, titanio, vanadio, zinc, zirconio, e itrio; R10 se selecciona del grupo que consiste en alcoxilo, alquilcarboniloxilo, trifluorometansulfoniloxilo, ciano, y halógeno; R11 está ausente o se selecciona del grupo que consiste en alcoxilo, alquilcarboniloxilo, trifluorometansulfoniloxilo, ciano, y halógeno; o R10 y R11 tomados juntos forman un catecol en donde ambos átomos de oxígeno se unen a M; R12 está ausente o se selecciona del grupo que consiste en alcoxilo, alquilcarboniloxilo, trifluorometansulfoniloxilo, ciano, y halógeno; R13 está ausente o se selecciona del grupo que consiste en alcoxilo, alquilcarboniloxilo, trifluorometansulfo-niloxilo, ciano, y halógeno; y ^^*-«»'>'^a^^ .. j___ ^_...^ t- rr - - 1 ifirr- "-r •_!__;__ AfipA.
R14 está ausente o se selecciona del grupo que consiste en halógeno.
3. Una composición de acuerdo con la reivindicación 2 que comprende el ácido de Lewis de la fórmula II en donde : M se selecciona del grupo que consiste en aluminio, bismuto, boro, hierro, magnesio, manganeso, titanio, zinc, y zirconio; R10 se selecciona del grupo que consiste en alcoxilo, ciano, halógeno, y trifluorometansulfoniloxilo; y R11 se selecciona del grupo que consiste en alcoxilo, ciano, halógeno, y trifluorometansulfoniloxilo; o R10 y R11 tomados juntos forman un catecol en donde ambos átomos de oxígeno se unen a M; R12 está ausente o se selecciona del grupo que consiste en alcoxilo y halógeno; R13 está ausente o se selecciona del grupo que consiste en alcoxilo y halógeno; y R14 está ausente .
4. Una composición de acuerdo con la reivindicación 1 que comprende: el ácido de Lewis seleccionado del grupo que consiste en cloruro de aluminio, cloruro de bismuto (III) , tri- fluoruro de boro, cloruro de hierro (II) , cloruro de hierro hia__.._._ _ ._._!„» . t<MMfc. .., ?M*—***^.^ ** ^.^-.* .._.... -^^.^^^^.^^^^^ (III) , bromuro de magnesio, cloruro de magnesio, trifluorome-tansulfonato de magnesio, cloruro de manganeso (II) , bromuro de zinc, cloruro de zinc, y cloruro de zirconio (IV) .
5. Una composición de acuerdo con la reivindica-ción 1, en donde R5 y R6 se seleccionan independientemente del grupo que consiste en alquilo.
6. Una composición de acuerdo con la reivindicación 1 , en donde : R5 es isopropilo; y R6 es isopropilo.
7. Una composición de acuerdo con la reivindicación 1, en donde R2 se selecciona del grupo que consiste en cianoalcoxilo .
8. Una composición de acuerdo con la reivindicación 1, en donde R2 es 2-cianoetoxilo.
9. Una composición de acuerdo con la reivindicación 1, en donde: R1 es di-isopropilamino; y R2 es 2-cianoetoxilo.
10. Una composición de acuerdo con la reivindicación 1, en donde R3 se selecciona del grupo que consiste en 4,4' -dimetoxitritilo, 4,4' ,4' ' -tris- (benciloxi) tritilo, 4,4' ,4' ' -tris- (4, 5-dicloroftalimido) tritilo, 4 , 4 ' , 4 ' ' -tris- (levuliniloxi) tritilo, 3- (imidazolilmetil) -4,4' -dimetoxitritilo, pixil (9-fenilxanten-9-ilo) , 9- (p-metoxifenil) xanten-9-ilo) , 4-deciloxitritilo, 4-hexadeciloxitritilo, 9- (4-octadeciloxifenil)xanten-9-ilo, 1, 1-bis- (4-metoxihenil) -1' -pirenilmetilo; p-fenilazofeniloxicarbonilo, 9-fluorenilmetoxicarbonilo, 2 , 4-dinitrofeniletoxilcarbonilo, 4-(metiltiometoxi)butirilo, 2- (metiltiometoximetil) benzoílo, 2-(isopropiltiometoximetil) benzoílo, 2- (2 , 4-dinitrobencßnsul-feniloximetil) benzoílo, y levulinilo.
11. Una composición de acuerdo con la reivindicación 1, en donde R3 es 4,4' -dimetoxitritilo.
12. Una composición de acuerdo con la reivindicación 1 que comprende de 1 a 4 equivalentes molares de piridina.
13. Una composición de acuerdo con la reivindicación 1 que comprende: el ácido de Lewis seleccionado del grupo que consiste en cloruro de aluminio, cloruro de bismuto (III) , trifluoruro de boro, cloruro de hierro (II) , cloruro de hierro (III) , bromuro de magnesio, cloruro de magnesio, trifluorome-tansulfonato de magnesio, cloruro de manganeso (II) , bromuro de zinc, cloruro de zinc, y cloruro de zirconio (IV) ; de 0 a 4 equivalentes molares de piridina; y el compuesto de la fórmula I , en donde : R1 es di-isopropilamino; _.._*-..,_-_,._.i?__ .____*<_-____ __*__&, R2 es 2-cianoetoxi; y R3 es 4, 4' -dimetoxitritilo.
14. Un proceso para la preparación de un compuesto de la fórmula III: m, en donde B1 y B2 se seleccionan independientemente del grupo que consiste en una base purina y una base pirimidina; R2 se selecciona del grupo que consiste en alcoxilo, alquilo, alquilsulfonilalcoxilo, arilsulfonilalcoxilo, cianoalcoxilo, y haloalcoxilo; R3 es un grupo de protección hidroxilo; R4 se selecciona del grupo que consiste en hidrógeno y -OR7; R8 es -OR7; y R9 se selecciona del grupo que consiste en¡hidróge- no, y -OR7; o _iiAal_i_a.t____.____. __a_ . a^jA'-totwi-___i__-_»?_^_.JAj_^.JtJi._», _ _______ . _. , __ ^¿j.j__i Í-l- R8 y R9 tomados juntos forman un grupo metilendioxilo; este proceso comprende tratar una composición de acuerdo con la reivindicación 1, con un compuesto de la fór- muía IV:
15. Un proceso de acuerdo de acuerdo con la reivindicación 14, en donde R2 es alquilo.
16. Un proceso de acuerdo con la reivindicación 14, en donde R2 es cianoalcoxilo.
17. Un proceso de acuerdo con la reivindicación 14 , en donde : R2 es 2-cianoetoxilo; y R8 y R9 tomados juntos forman un grupo metilendioxilo.
18. Un proceso de acuerdo con la reivindicación 14, en donde: R2 es 2-cianoetoxilo; R3 es 4, 4' -dimetoxitritilo; R4 es hidrógeno; R8 y R9 tomados juntos forman un grupo metilendioxi - t____ii_u__. _-_..____*_t__^^____b_i_Mj?r*» - •"t^_p?t_M____mM___""'f''s''-->-- -**•».»_-.___„____ _ »___>___>-_ _. »_.___-«_<_» _ü__.¿-ii lo.
19. Un proceso de síntesis de oligonucleótidos , en el cual los precursores de monómeros de fosforamidita de ny- cleósido son activados mediante tratamiento con un ácido de Lewis para formar intermediarios activados y los intermediarios activados se añaden secuencialmente para formar un producto de oligonucléotido, en donde el mejoramiento comprende usar los ácidos de Lewis como un activador de monómero de fosforamidita.
20. Un proceso de acuerdo con la reivindicación 19, en donde, el ácido de Lewis se selecciona del grupo que consiste en cloruro de aluminio, cloruro de bismuto (III), trifluoruro de boro, cloruro de hierro (II) , cloruro de hierro (III) , bromuro de magnesio, cloruro de magnesio, trifluo- rometansulfonato de magnesio, cloruro de manganeso (II) , bromuro de zinc, cloruro de zinc, y cloruro de zirconio (IV) . tA¿,Ut_I_a_i.i i.._--- . .~__-_________M__l??||t?r?it?'Bt _ ' i -i ?^_^a¿ttiJM _^_M__i____y__--_'_--_-.--_--Í.
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US32505599A | 1999-06-03 | 1999-06-03 | |
| PCT/US2000/012530 WO2000075157A1 (en) | 1999-06-03 | 2000-05-08 | Oligonucleotide synthesis with lewis acids as activators |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| MXPA01012444A true MXPA01012444A (es) | 2002-07-30 |
Family
ID=23266253
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| MXPA01012444A MXPA01012444A (es) | 1999-06-03 | 2000-05-08 | Sintesis de oligonucleotido con acidos de lewis como activadores. |
Country Status (5)
| Country | Link |
|---|---|
| EP (1) | EP1181301A1 (es) |
| JP (1) | JP2003514766A (es) |
| CA (1) | CA2376016A1 (es) |
| MX (1) | MXPA01012444A (es) |
| WO (1) | WO2000075157A1 (es) |
Families Citing this family (16)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP5283178B2 (ja) * | 2009-03-05 | 2013-09-04 | 株式会社島津製作所 | マトリックス支援レーザ脱離イオン化質量分析用マトリックス |
| CN102596979B (zh) | 2009-09-21 | 2014-12-10 | 吉里德科学公司 | 用于制备1’-取代碳核苷类似物的方法和中间体 |
| BR112013001553B1 (pt) | 2010-07-22 | 2021-01-12 | Gilead Sciences, Inc. | compostos antivirais para o tratamento de infecções por paramyxoviridae e composições farmacêuticas que os compreendem |
| TWI698444B (zh) | 2014-10-29 | 2020-07-11 | 美商基利科學股份有限公司 | 製備核糖苷的方法 |
| ES2918585T3 (es) | 2015-09-16 | 2022-07-19 | Gilead Sciences Inc | Métodos para el tratamiento de infecciones por el virus Arenaviridae |
| CN110869028B (zh) | 2017-03-14 | 2023-01-20 | 吉利德科学公司 | 治疗猫冠状病毒感染的方法 |
| AU2018262501B2 (en) | 2017-05-01 | 2020-12-10 | Gilead Sciences, Inc. | Crystalline forms of (S) 2 ethylbutyl 2 (((S) (((2R,3S,4R,5R) 5 (4 aminopyrrolo[2,1-f] [1,2,4]triazin-7-yl)-5-cyano-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2 yl)methoxy)(phenoxy) phosphoryl)amino)propanoate |
| CA3077489A1 (en) | 2017-07-11 | 2019-01-17 | Gilead Sciences, Inc. | Compositions comprising an rna polymerase inhibitor and cyclodextrin for treating viral infections |
| JP2023512656A (ja) | 2020-01-27 | 2023-03-28 | ギリアード サイエンシーズ, インコーポレイテッド | SARS CoV-2感染を治療するための方法 |
| AU2021234308C1 (en) | 2020-03-12 | 2024-02-22 | Gilead Sciences, Inc. | Methods of preparing 1'-cyano nucleosides |
| JP7482250B2 (ja) | 2020-04-06 | 2024-05-13 | ギリアード サイエンシーズ, インコーポレイテッド | 1’-シアノ置換カルバヌクレオシド類似体の吸入製剤 |
| PL4157272T3 (pl) | 2020-05-29 | 2025-10-20 | Gilead Sciences, Inc. | Remdesiwir do leczenia zakażeń wirusowych |
| TWI819321B (zh) | 2020-06-24 | 2023-10-21 | 美商基利科學股份有限公司 | 1'-氰基核苷類似物及其用途 |
| WO2022047065A2 (en) | 2020-08-27 | 2022-03-03 | Gilead Sciences, Inc. | Compounds and methods for treatment of viral infections |
| TWI867455B (zh) | 2022-03-02 | 2024-12-21 | 美商基利科學股份有限公司 | 用於治療病毒感染的化合物及方法 |
| US12357577B1 (en) | 2024-02-02 | 2025-07-15 | Gilead Sciences, Inc. | Pharmaceutical formulations and uses thereof |
Family Cites Families (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JPH08301878A (ja) * | 1995-04-28 | 1996-11-19 | Toagosei Co Ltd | 三フッ化ホウ素配位化合物およびオリゴヌクレオチドの合成方法 |
-
2000
- 2000-05-08 EP EP00926516A patent/EP1181301A1/en not_active Withdrawn
- 2000-05-08 CA CA002376016A patent/CA2376016A1/en not_active Abandoned
- 2000-05-08 MX MXPA01012444A patent/MXPA01012444A/es unknown
- 2000-05-08 JP JP2001502438A patent/JP2003514766A/ja not_active Withdrawn
- 2000-05-08 WO PCT/US2000/012530 patent/WO2000075157A1/en not_active Ceased
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| JP2003514766A (ja) | 2003-04-22 |
| WO2000075157A1 (en) | 2000-12-14 |
| EP1181301A1 (en) | 2002-02-27 |
| CA2376016A1 (en) | 2000-12-14 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US5763599A (en) | Nucleoside derivatives with photolabile protective groups | |
| EP1409497B1 (en) | Method for preparation of lna phosphoramidites | |
| US7153954B2 (en) | Method for preparation of LNA phosphoramidites | |
| EP1501848B1 (en) | Synthesis of locked nucleic acid derivatives | |
| US6090932A (en) | Method of preparation of known and novel 2'-modified nucleosides by intramolecular nucleophilic displacement | |
| JP5228002B2 (ja) | リボヌクレオチド又はリボヌクレオチド誘導体の製造方法 | |
| Somoza | Protecting groups for RNA synthesis: an increasing need for selective preparative methods | |
| MXPA01012444A (es) | Sintesis de oligonucleotido con acidos de lewis como activadores. | |
| CN104334570B (zh) | 制备取代的核苷酸类似物的方法 | |
| Wagner et al. | A simple procedure for the preparation of protected 2′-O-methyl or 2′-O-ethyl ribonucleoside-3′-O-phosphoramidites | |
| AU711814B2 (en) | Nucleoside derivatives with photolabile protective groups | |
| Zhou et al. | 2-(4-Tolylsulfonyl) ethoxymethyl (TEM)—a new 2′-OH protecting group for solid-supported RNA synthesis | |
| CA2421489A1 (en) | Synthons for oligonucleotide synthesis | |
| KR100255258B1 (ko) | 리보뉴클레오티드 환원 효소 억제제의 제조방법 | |
| JP4709959B2 (ja) | ヌクレオシドホスホロアミダイト化合物 | |
| EP1165584B1 (en) | 2'-substituted rna preparation | |
| US5631362A (en) | 5'-O-Dans EOC modified nucleosides and methods for preparing same | |
| WO2021080021A1 (ja) | オリゴヌクレオチドを製造する方法 | |
| Pannecouque et al. | Synthesis, enzymatic stability and physicochemical properties of oligonucleotides containing a N-cyanoguanidine linkage. | |
| US6048975A (en) | Process for the chemical synthesis of oligonucleotides | |
| Efimov et al. | N-azidomethylbenzoyl blocking group in the phosphotriester synthesis of oligoribonucleotides | |
| EP4308580A1 (en) | Chiral synthons for the synthesis of chiral phosphorothioates | |
| PL221806B1 (pl) | Sposób wprowadzania acetalowych i acetaloestrowych grup ochronnych oraz związki do realizacji tego sposobu |