MX2010013622A - Plantas que tienen rasgos mejorados relacionados con el rendimiento y un metodo para obtenerlas. - Google Patents
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Abstract
Método para mejorar diversos rasgos relacionados con el rendimiento de la planta al modular la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un RHL1 (Raíz sin pelos 1). Plantas que tienen expresión modulada de un ácido nucleico que codifica un RHL1, en donde dichas plantas tienen varios rasgos mejorados relacionados con el rendimiento de las plantas con respecto a las correspondientes plantas de tipo silvestre u otras plantas de control. Constructos útiles en dichos métodos. Método para incrementar varios rasgos relacionados con el rendimiento de las semillas de la planta al incrementar la expresión en una planta de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica un polipéptido transglutaminasa. (TGasa). Plantas que tienen mayor expresión de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica un polipéptido TGasa, en donde dichas plantas tienen rasgos aumentados relacionados con el rendimiento de las semillas con respecto a plantas de control. Secuencias de ácidos nucleicos, constructos de ácido nucleico, vectores y plantas que contienen dichas secuencias de ácidos nucleicos. Método para mejorar varias características del crecimiento de las plantas al modular la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido tipo TRY (Tryptichon). Plantas que tienen expresión modulada de un ácido nucleico que codifica un polipéptido tipo TRY, en donde dichas plantas tienen características mejoradas de crecimiento con respecto a las correspondientes plantas de tipo silvestre u otras plantas de control. Constructos útiles en dichos métodos. Método para incrementar el rendimiento de las semillas en plantas. Método para incrementar el rendimiento de semillas en plantas al modular la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido BZR (resistente a brassinazol). Plantas que tienen expresión modulada de un ácido nucleico que codifica un polipéptido BZR, en donde dichas plantas tienen mayor rendimiento de las semillas con respecto a plantas de control. Ácidos nucleicos que codifican BZR desconocidos hasta el presente, y constructos que los comprenden, útiles para realizar dichos métodos.
Description
PLANTAS QUE TIENEN RASGOS MEJORADOS RELACIONADOS C
RENDIMIENTO Y UN MÉTODO PARA OBTENERLAS
La presente invención se relaciona en general con el campo de cular y se refiere a un método para mejorar varios rasgos relacion imiento de la planta al modular la expresión en una planta de un ácido ica un RHL1 (raíz sin pelos 1 (Root Hairless 1)). La presente invenció e a plantas que tienen expresión modulada de un ácido nucleico qu 1 , en donde las plantas tienen varios rasgos mejorados relacion imiento de plantas con respecto a las correspondientes plantas de tip plantas de control. La invención también provee constructos útiles en invención.
La presente invención se relaciona en general con el campo d cular y se refiere a un método para aumentar varios rasgos relacion miento de las semillas de la planta al aumentar la expresión en una p encia de ácidos nucleicos que codifica un polipéptido transglutamínasa nte invención también se refiere a plantas que tienen la expresión a secuencia de ácidos nucleicos que codifica un polipéptido TGasa, d as tienen rasgos aumentados relacionados con el rendimiento de las cto a plantas de control. La invención además se refiere a secuenci Ícos, constructos de ácidos nucleicos, vectores y plantas que conti dimiento de las semillas en plantas al modular la expresión en una nucleico que codifica un polipépttdo BZR (RESISTENTE A BRASSI nte invención también se refiere a plantas que tienen expresión mod nucleico que codifica un polipéptido BZR, donde dichas plantas ti miento de las semillas con respecto a las plantas de control. La inven e ácidos nucleicos que codifican BZR desconocidos hasta el presente, s comprenden, útiles para realizar los métodos de la invención.
El aumento creciente de la población mundial y la provisión cada v arable disponible para la agricultura, incentivan a investigar la p entar la eficiencia de la agricultura. Los medios convencionales para os y la horticultura emplean técnicas de reproducción selectiva para i s con las características deseables. Sin embargo, tales técnicas de tiva tienen diversos inconvenientes, a saber, que dichas técnicas tipi iosas y dan como resultado plantas que a menudo contienen component ogéneos que no siempre resultarán en que un rasgo deseable sea her s progenitoras. Los avances en la biología molecular han permitido q ique el germoplasma de animales y plantas. La ingeniería genétic a el aislamiento y la manipulación del material genético (típicamente e o ARN) y la posterior introducción de tal material genético en una logía tiene la capacidad de suministrar cultivos o plantas con v micos, agronómicos o de horticultura mejorados.
ta calórica total de humanos, ya sea por consumo directo de las propi consumo de productos de carne obtenidos de semillas procesad ituyen una fuente de azúcares, aceites muchos tipos de metabolitos u sos industriales. Las semillas contienen un embrión (fuente de nue s) y un endosperma (fuente de nutrientes para el crecimiento del embri inación y durante el crecimiento temprano de las plántulas). El desa lla comprende muchos genes y requiere de la transferencia de metabolit S, hojas y tallos hasta la semilla en crecimiento. El endosperma, en parti recursores metabólicos de carbohidratos, aceites y proteínas y los omoléculas de almacenamiento para rellenar el grano.
La biomasa de la planta es el rendimiento para los cultivos de forraje je de maíz y heno. Se han usado muchos sustitutos para el rendi os de granos. Los principales entre ellos son los estimados del tamaño año de la planta se puede medir de va as maneras de acuerdo con la de desarrollo, pero incluyen peso seco de la planta total, peso seco o aéreo, área de hojas, volumen de tallo, altura de la planta, diámet tud de hoja, longitud de raíz, masa de raíz, número de macollos y núm as especies mantienen una relación conservadora entre el tamaño s de la planta en una etapa de desarrollo dado. Estas relaciones alomét extrapolarse de una de estas mediadas de tamaño a otro (por ejemplo, Agrie Ecosys & Environ 105: 213). El tamaño de la planta en una etapa os para tos cultivos en el campo.
Otro rasgo importante para muchos cultivos es el vigor temprano. M rano constituye un objetivo importante de los programas modernos de rroz en cultivares de arroz de climas tanto templados como tropicale s son importantes para un anclaje apropiado al suelo en el arroz sembr do el arroz se siembra directamente en campos inundados, y las pi rger rápidamente a través del agua, los brotes más largos se asocian do se emplea siembra directa, los mesocotilos y coleoptilos más rtantes para una buena emergencia de las plántulas. La capacidad de lantas vigor temprano mediante ingeniería genética sería de gran imp ultura. Por ejemplo, el escaso vigor temprano ha sido una limita ucción de híbridos de maíz (Zea mays L) basados en el germoplasm ero en la zona atlántica europea.
El índice de cosecha, la relación del rendimiento de semillas al pes elativamente estable en muchas condiciones ambientales y de est encia se puede obtener una correlación robusta entre tamaño imiento del grano (por ejemplo, Rebetzke et al 2002 Crop Science 4 sos están intrínsecamente ligados debido a que la mayoría de la biom ependiente de la productividad fotosintética actual o almacenada por l de la planta (Gardener et al 1985 Physiology of Crop Plants. lowa St S, pp 68-73). En consecuencia, se ha usado la selección del tama ticas de rendimiento.
Otro rasgo importante es una mejor tolerancia al estrés abiótico. El e na causa principal de pérdida de cultivos en todo el mundo, lo cu miento promedio de la mayoría de las plantas de cultivo principales e (Wang et al, Planta (2003) 218: 1-14). Los distintos tipos de estrés abi rse a sequía, salinidad, temperaturas extremas, toxicidad química y estr pacidad para mejorar la tolerancia de las plantas al estrés abiótico se ja económica para los granjeros en todo el mundo y permitiría el cu iciones adversas y en territorios donde de otra manera no sería posible d
En consecuencia, se puede aumentar el rendimiento de los cultivos ización de uno de los factores mencionados previamente.
Según el uso final, se puede favorecer la modificación de cierto miento sobre otros. Por ejemplo, para aplicaciones tales como la pr e o madera, o recursos de biocombustible, puede ser deseable un incre S vegetativas de una planta, y para aplicaciones tales como producci on o aceite, puede ser particularmente deseable un incremento de los p emillas. Aún entre los parámetros de las semillas, es posible favorec otros, según la aplicación. Varios mecanismos pueden contribuir a miento de las semillas, ya sea en forma de mayor tamaño de las semilla dad de semillas.
Un enfoque para incrementar el rendimiento (rendimiento de las ño de las semillas o de mayor cantidad de semillas o mayor escencias.
En la actualidad se ha descubierto que se pueden mejorar v onados con el rendimiento de plantas al modular la expresión en una nucleico que codifica un RHL1 (raíz sin pelo 1) en una planta.
Además, en la actualidad se ha descubierto que se pueden aum s relacionados con el rendimiento de las semillas en plantas con respe ntrol, mediante el aumento de la expresión en una planta de una s s nucleicos que codifica un polipéptido transqlutaminasa (TGasa). ntados relacionados con el rendimiento de las semillas comprende un r rendimiento total de las semillas por planta, mayor cantidad de semi r índice de cosecha.
Asimismo, en la actualidad se ha descubierto que se puede m terísticas de crecimiento en plantas al modular la expresión en una nucleico que codifica un tipo TRY (Trypttchon) en una planta.
Por otra parte, en la actualidad se ha descubierto que se pued miento de las semillas en las plantas al modular la expresión en una nucleico que codifica un polipéptido BZR (RESISTENTE A BRASSINA .
edentes
semejanza de secuencia débil pero significativa con el extremo C-te ína Topo ll-alfa de mamífero (Sugimoto-Shirasu et al. 2005 PNAS 1). Las proteínas de topo II eucarióticas pertenecen a la subclase de A) que es necesaria para desenrollar ADN bicatenario replicante. Se ha cción física entre un polipéptido RHL1 y una proteína de topo VI d B (Sugimoto-Shirasu et al. 2005). Se ha sugerido que los polipé nan en un complejo de topo VI de planta activo durante el ciclo celular ciclo de las células vegetales. Las plantas de Arabidopsis thaliana, hyp ciones en el gen RHL1 exhiben un fenotipo enano extremo y de rreduplicación (Sugimoto-Shirasu et al. 2005).
Transalutaminasas (TGasa)
Las transglutaminasas (TGasa, EC 2.3.2.13; proteína-gluta miltransferasa) son una familia de enzimas que tienen una variedad d ticas dependientes de calcio (Ca), la mayoría de los cuales se icación pos-traduccional de las proteínas. Estos catalizan la unión co ínas y los polipéptidos de una serie de sustancias que contienen g rio, es decir, ellos promueven la formación de uniones amida, en g dependiente de Ca, entre la amina primaria de un sustrato dador d y-carboxamida de los residuos endoglutamina unidos a péptidos en la ptidos que son aceptores de amina:
4).
Las plantas de arroz transgénico (Claparols et al. (2004) Transgenic 99) que expresan un gen que codifica un polipéptido de tran ndiente de calcio de próstata de rata bajo el control del promotor constitu ulo la enzima recombinante en forma inactiva.
La solicitud de patente internacional WO 2003/102128 describe una s nucleicos que codifica un polipéptido TGasa del maíz, vectores, micro as que comprenden dichas secuencias de ácidos nucleicos, y el ptidos con dicha actividad TGasa en la manipulación, proc formación de alimentos.
De modo sorprendente, en la actualidad se ha encontrado que el a sión en una planta de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica u a como se definió en la presente, produce plantas que tienen rasgos onados con el rendimiento de las semillas con respecto a las plantas de
De acuerdo con una forma de realización, se provee un método para s relacionados con el rendimiento de las semillas en las plantas con r as de control, que comprenden aumentar la expresión en una pl ncia de ácidos nucleicos que codifica un polipéptido TGasa como se nte. Los rasgos aumentados relacionados con el rendimiento de renden uno o más de: mayor rendimiento total de semilla por planta, m millas llenas y mayor índice de cosecha.
no celular dependiente de la posición en la epidermis de la raíz. En con o mecanismo de inhibición lateral parece estar involucrado tanto en la como la determinación celular dependiente de la posición (Schellmann e
RESISTENTE A BRASSINAZOL 1 (BZR1)
La regulación de la expresión del gen es clave para la viabilidad a. Varios cientos de proteínas participan en la regulación de la transcrip particular, los factores de transcripción cumplen un papel centr amente sobre los promotores génicos. Los genomas de pla imadamente 7% de su secuencia codificadora a los factores de trans ton et al. 2008 Plant Physiology 147:280-295 (2008).
Las plantas codifican una clase particular de factores de trans inas BES o BZR, que modulan la respuesta del gen a las fluctuac onas esteroides vegetales tales como brassinosteroides (BR). Los cripción BZR (TF de BZR) se caracterizan por la presencia de un do 1 conservado típicamente hallado en el extremo N-terminal de la proteín unión al promotor del gen específico. La planta normalmente codifica dad de TF de BZR. Por ejemplo, el genoma de Arabidopsis contiene codifican los TF de BZR, mientras que el tabaco, una planta en la qu familia de TF codifica 19 TF de BZR. Todos los TF comprenden un do ZR1 conservado y se predice que actúan en la modulación de la señaliz Se han descripto métodos para modular la vía de respuesta a Bras modificar numerosos rasgos de plantas (US6.921.848). Los rasgos 921.848 comprenden el aumento del crecimiento y la elongación célul os y tejidos. Sin embargo estos efectos no produjeron un aumento de os tales como la cantidad de semillas producidas y/o en un au miento de las semillas de la planta.
sis
Raíz sin pelos 1 (RHL1)
De modo sorprendente, en la actualidad se ha descubierto que sión de un ácido nucleico que codifica a polipéptido RHL1 produce ? rasgos mejorados relacionados con el rendimiento con respecto a ol.
De acuerdo con una forma de realización, se provee un método par s relacionados con el rendimiento de una planta con respecto a planta omprende modular la expresión de un ácido nucleico que codifica u en una planta. Los rasgos mejorados relacionados con el rendimient r vigor temprano, rendimiento de las semillas, cantidad de las semillas ha de una planta.
Tryptichon (tipo TRY)
sión de un ácido nucleico que codifica un polipéptido BZR produce n mayor rendimiento de las semillas con respecto a plantas de control.
De acuerdo con una forma de realización de la invención se prove aumentar el rendimiento de las semillas de la planta con respecto ol, que comprende modular la expresión de un ácido nucleico que ptido BZR en una planta.
iciones
éptido(s)/Proteína(s)
Los términos "polipéptido" y "proteína" se usan en forma indistinta en l fieren a aminoácidos en forma polimérica de cualquier longitud, ligados d icos.
ucleótido(s)/Ácido(s nucleico(s)/Secuencia(s) de ácidos nucleicos/Sec ótidos
Los términos "po inucleótido(s)", "secuencia(s) de ácidos nucleicos", " cleótidos", "ácido(s) nucleico(s)", "molécula de ácido nucleico" se us inta en la presente y se refieren a los nucleótidos, sean ribon irribonucleótidos o una combinación de ambos, en forma polimérica n alquier longitud.
a(s) de control
La elección de plantas de control adecuadas es una parte rutinaria d Una eliminación se refiere a la supresión de uno o más aminoáci ína.
Una inserción se refiere a la introducción de uno o más residuos de sitio predeterminado de una proteína. Las inserciones pueden compren minal y/o C-terminal, además de inserciones intrasecuencia de aminoá ltiples. Generalmente, las inserciones dentro de la secuencia de amino equeñas que las fusiones N- o C-terminal, en el orden de aproximada siduos. Los ejemplos de péptidos o proteínas de fusión N- o C-termin io de unión o el dominio de activación de un activador de la transcripc n el sistema de dos híbridos de levadura, proteínas de revestimie ina)-6-tag, glutatión S-transferasa-tag, proteína A, proteína de unió ofolato reductasa, epitopo Tag»100, epitopo c-myc, epitopo FLAG®, ido de unión a calmodulina), epitopo HA, epitopo de proteína C y epitopo
Una sustitución se refiere al reemplazo de los aminoácidos de la prote ácidos que tienen propiedades similares (tales como hidrofobicidad, nicidad, tendencia similares a formar o romper estructuras a-helicoidal mina ß). Las sustituciones de aminoácidos son típicamente de residuos ueden agrupar de acuerdo con las restricciones funcionales del pol iones usualmente estarán en el orden de aproximadamente 1 a 10 ácidos. Preferentemente, las sustituciones de aminoácidos son rvadoras de aminoácidos. Las tablas de sustituciones conservador Leu, Val
Las sustituciones, eliminaciones y/o inserciones de aminoácidos ar fácilmente mediante técnicas de síntesis de péptidos muy conocida como síntesis de péptidos en fase sólida y similares, o mediante man recombinante. Los métodos para la manipulación de secuencias d cir variantes de substitución, inserción o eliminación de una proteí cidos en el arte. Por ejemplo, las técnicas para realizar mutaciones por s predeterminados del ADN son muy conocidas por los expertos en el ar utagénesis de M13t mutagénesis de T7-Gen in vitro (USB, Cle génesis dirigida al sitio QuickChange (Stratagene, San Diego, CA), da al sitio mediada por PCR u otros protocolos de mutagénesis dirigida a ados
Los "derivados" incluyen péptidos, oligopéptidos, polipéptidos que, en a secuencia de aminoácidos de la forma natural de la proteína tal com terés, comprenden sustituciones de aminoácidos con residuos de am ales o adiciones de residuos de aminoácidos no naturales. Los "deriv ína también abarcan péptidos, oligopéptidos, polipéptidos que compren minoácidos alterados naturales (glicosilados, adiados, prenilados, toilados, sulfatados, etc.) o residuos de aminoácidos alterados no aración con la secuencia de aminoácidos de una forma natural del p cie que se originaron mediante duplicación de un gen ancestral; los s de organismos diferentes que se originaron mediante especiació an de un gen ancestral común.
inio
El término "dominio" se refiere a un conjunto de aminoácidos co iones específicas a largo de un alineamiento de secuencias proteicas nte la evolución. Si bien los aminoácidos en otras posiciones pueden v ólogos, los aminoácidos que están muy conservados en posicione an aminoácidos que posiblemente sean esenciales en cuanto a l bilidad o función de una proteína. Los dominios identificados por su ervación en secuencias alineadas de una familia de homólogos de en usar como identificadores para determinar si algún polipéptido nece a una familia de polipéptidos previamente identificada.
o/Secuencia de consenso/Distintivo
El término "motivo" o "secuencia de consenso" o "distintivo" se refiere conservada en la secuencia proteica relacionada durante la ev encia, los motivos son partes muy conservadas de los dominios, n incluir sólo una parte del dominio o pueden estar localizados fuer ervado (si todos los aminoácidos del motivo se encuentran fuera d ido).
dación
ica para fusionar una cadena doble en dos cadenas simples y/o illas u otras estructuras secundarias de los ácidos nucleicos de cadena s El término "rigurosidad" se refiere a las condiciones en las cuales ti ación. La rigurosidad de la hibridación está influenciada por condicione eratura, concentración de sal, fuerza iónica y composición del buffer de ralmente, las condiciones de baja rigurosidad se seleccionan ? eratura sea aproximadamente 30 °C más baja que el punto de fusión la secuencia específica a una fuerza iónica y pH definidos. Las co sidad media son aquellas en que la temperatura es 20 °C más baja q ciones de alta rigurosidad tienen lugar cuando la temperatura es 10 °C as condiciones de hibridación de alta rigurosidad se usan típicament ncias de hibridación cuyas secuencias son muy similares a ia secuenc icos blanco. Sin embargo, los ácidos nucleicos se pueden desviar de la odificar un polipéptido sustancialmente idéntico, debido a la degeneraci ico. En consecuencia, las condiciones de hibridación de rigurosidad m pueden ser necesarias para identificar tales moléculas de ácidos nuclei La Tm es la temperatura a una fuerza iónica y pH definidos, a la cual ncia blanco se híbrida a una sonda perfectamente apareada. La Tm de ciones de la solución y la composición base y la longitud de la sonda. cuencias más largas se hibridan específicamente a temperaturas may a de hibridación se obtiene desde aproximadamente 16 °C hasta 32 ° Tm= 81 I5eC+16,6xlogio[Na+]a+Ol41x%[G/C ]-500x[LT -J0.61x% de for Híbridos de ADN-ARN o ARN -ARN:
Tm= 79I8+18,5(log10[Na+]a)+0I58(%G/Cb)+11 ,8(%G/Cb)2-820/Lc
Híbridos de oligo-ADN u oligo-ARNd:
Para <20 nucleótidos: Tm= 2 (ln)
Para 20-35 nucleótidos: Tm= 22 + 1 ,46 (ln)
ra otro catión monovalente pero solo exacto en el rango 0,01-0,4 M.
exacto para el % de GC en el rango de 30% a 75%
longitud del dúplex en pares de bases.
, oligonucleótidos; ln, = longitud efectiva del cebador = 2*(no. de G/C)+(no. d La unión no específica se puede controlar mediante cualquiera de la as conocida tales como, por ejemplo, bloqueo de la membrana con sol nen proteínas, adiciones de ARN, ADN y SDS heterologos al buffer de iento con Rnasa. En las sondas no homologas, se puede realizar aciones mediante la variación de uno de los siguientes (i) reducir progre eratura de apareamiento (por ejemplo de 68°C a 42°C) o (ii) reducir pro ncentración de formamida (por ejemplo de 50% a 0%). El experto en el versos parámetros que se pueden alterar durante la hibridación y que iarán las condiciones de rigurosidad.
Además de las condiciones de hibridación, la especificidad de almente también depende de la función de los lavados pos-hibri Por ejemplo, las condiciones de hibridación típicas de alta rigurosi os de ADN mayores de 50 nucleótidos comprenden hibridación a 65 °C
°C en 1x SSC y 50% de formamida, seguida por lavado a 65 °C en 0, los de condiciones de hibridación de rigurosidad media para híbri res de 50 nucleótidos comprenden hibridación a 50 °C en 4x SSC o a y 50% de formamida, seguida por lavado a 50 °C en 2x SSC. La longitu longitud prevista para el ácido nucleico de hibridación. Cuando los ácid cuencia conocida se hibridan, se puede determinar la longitud del h miento de las secuencias y la identificación de las regiones conserva presente. 1 SSC es NaCI 0,15M y citrato de sodio 15m ; la solución d soluciones de lavado pueden incluir adicionalmente reactivo de Denh de SDS, 100 pg/ml de ADN de esperma de salmón fragmentado y des de pirofosfato de sodio.
A los fines de definir el nivel de rigurosidad, se puede hacer referencia . (2001) Molecular Cloning: a laboratory manual, 3rd Edition, Cold S ratory Press, CSH, New York o a Current Protocols in Molecular Biolog ns, ??. (1989 y actualizaciones anuales).
nte de empalme
El término "variante de empalme" como se usa en la presente abarca na secuencia de ácidos nucleicos en las cuales se han escindido, r lazado o agregado los intrones y/o exones seleccionados, o en la 0 pb. Los SNP e INDEL forman el mayor conjunto de variantes de secu s polimórficas naturales de la mayoría de los organismos.
posición qénica/Evolución dirigida
La transposición génica o evolución dirigida consiste en iteraci posición de ADN seguida por la identificación y/o selección apropiada ntes de ácidos nucleicos o porciones de éstos que codifican proteínas qu dad biológica modificada (Castle et al., (2004) Science 304(5674): 1151 ounidenses 5.811.238 y 6.395.547).
ento regulador/Secuencia de control/Promotor
Los términos "elemento regulador", "secuencia de control" y "promotor indistinta en la presente y se deben interpretar en un contexto amplio ecuencias de ácidos nucleicos reguladoras capaces de efectuar la exp ncias a las cuales están ligadas. El término "promotor" típicamente se ncia de control de ácidos nucleicos ubicada corriente arriba del co cripción de un gen y que participa en el reconocimiento y la uni erasa y otras proteínas, dirigiendo de este modo la transcripción ico ligado operativamente. Los términos antes mencionados ab ncias reguladoras transcripcionales derivadas de un gen genómico euc incluye la caja TATA necesaria para la iniciación de una transcripción p na secuencia de la caja CCAAT) y elementos reguladores adiciónal ncias de activación corriente arriba, potenciadores y silenciadores) q lanta, por ejemplo, de la planta que se transforma con la secuenci icos expresada en el proceso de la invención y descrita en la presente. lica a otras señales reguladoras de "planta", tales como los terminadore romotores corriente arriba de las secuencias de nucleótidos útiles en los sente invención se pueden modificar por una o más sustitución(es), inse ación(es) de nucleótidos sin interferir con la actividad o funcionalidad d promotores, el marco de lectura abierto (ORF) o la región reguladora 3' nadores u otras regiones reguladoras 3' que se ubican fuera de la ORF. le que la actividad de los promotores aumente por la modificación de su estos sean reemplazados por completo por promotores más acti otores de los organismos heterólogos. Para la expresión en las plantas, idos nucleicos, como se describió anteriormente, debe estar ligada oper render un promotor adecuado que exprese el gen en el momento corr n de expresión espacial requerido.
Para la identificación de los promotores funcionalmente equivalentes omotor y/o el patrón de expresión de un promotor candidato se pueden lo, por la unión operativa del promotor a un gen informante y la evalua presión y el patrón del gen indicador en diversos tejidos de la planta dores conocidos adecuados incluyen, por ejemplo, beta-glucuronid tosidasa. La actividad del promotor se determina por la medición de ática de beta-glucuronidasa o beta-galactosidasa. La potencia del pr " dirige la expresión de una secuencia codificadora a un nivel
imadamente 1 /10 transcripciones a aproximadamente 1/100 trans imadamente 1/1000 transcripciones por célula. En general, por "
cia mediana" se entiende un promotor que dirige la expresión de un
cadora a un nivel más bajo que un promotor fuerte, en particular a un
los casos, es inferior at obtenido bajo el control de un promotor de 35S
o operativamente
El término "ligado operativamente" como se usa en la presente se refie nal entre la secuencia del promotor y el gen de interés, de mod
ncía del promotor puede iniciar la transcripción del gen de interés
otor constitutivo
Un "promotor constitutivo" se refiere a un promotor que es a
ripción durante la mayoría, pero no necesariamente todas, las fases de arrollo y en la mayoría de las condiciones ambientales, en por lo meno
u órgano. La siguiente Tabla 2a provee ejemplos de promotores constit 2a: Ejemplos de promotores constitutivos
ente génica Referencia
ina McEIroy et al, Plant Cell, 2: 163-171 , 1990 IGP WO 2004/070039
W 35S Odell et al, Nature, 313: 810-812, 1985
MV 19S Nilsson et al., Physiol. Plant. 100:456-462, 1 S2 de Pater et al, Plant J Nov;2(6):837-44,
2004/065596
otor ubicuo
Un promotor ubicuo es activo sustancialmente en casi todos los tejid organismo.
otor regulado por el desarrollo
Un promotor regulado por el desarrollo es activo durante ciertas rollo o en partes de la planta que experimentan cambios en el desarrollo. otor inducible
Un promotor inducible ha inducido o aumentado la iniciación de la tran esta a un estímulo químico (para una reseña ver Gatz 1997, Annu. ol. Plant Mol. Biol., 48:89-108), ambiental o físico o puede ser "inducibl cir, activado cuando una planta se expone a varias condiciones ible por patógeno" es decir, activado cuando una planta se expon enos.
otor específico de órgano/específico de tejido
Un promotor específico de órgano o específico de tejido es uno capaz ripción preferentemente en ciertos órganos o tejidos, tales como hojas, milla, etc. Por ejemplo, un "promotor específico de raíz" es un pro en la transcripción predominantemente en las raíces de las plantas, ncialmente cualquier otra parte de una planta, mientras que aún pe ón de expresión en estas otras partes de la planta. Los promotores la transcripción sólo en ciertas células se denominan en la presente "e "
es específicos de la raíz del Conkling, et al., Plant Physiol. 93: 1203, 1 có
B. napus G1-3b Patente de Estados Unidos No. 5, 401 , 8 RP1 Suzuki et al, Plant Mol. Biol. 21 : 109-1 9 1 Baumberger et al. 2001 , Genes & Dev. 1 -26 Brassica napus US 20050044585
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NRT1-1 (tomate) Lauter et al. (1996, PNAS 3:8139)
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AB5a (arroz) Wang et al. 2002, Plant Sci. 163:273
(Arabidopsis) Diener et al. (2001 , Plant Cell 13:1625) 2;1 ?? (N. plumbaginifolia) Quesada et al. (1997, Plant Mol. Biol. 34:
Un promotor específico de semilla es activo en la transcripción predom
tejido de las semillas, pero no necesariamente en forma exclusiva en el
las (en casos de filtración de expresión). El promotor específico de semil
durante el desarrollo de la semilla y/o durante la germinación.
ífico de raíz puede ser específico de endosperma/aleurona/embrión.
omotores específicos de semilla (específicos de endosperma/aleurona
tran en las siguientes Tablas 2c a 2f. Otros ejemplos de promotores e
la se indican en Qing Qu and Takaiwa (Plant Biotechnol. J. 2, 113-125,
ipción se incorpora a la presente por referencia como si se establ
ad.
ente génica Referencia
omotor Itr1 de cebada Diaz et al. (1995) Mol Gen Genet 248(5):5 rdeína, B1 , C, D de cebada Theor Appl Gen 98:1253-62, 1999; Plant J
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omotor sintético Vicente-Carbajosa et al., Plant J. 13: 629-6 olamina NRP33 de arroz Wu et al, Plant Cell Physiology 39(8) 885-8 globulina de arroz Glb-1 Wu et al, Plant Cell Physiology 39(8) 885-8 H1 de arroz Sato et al, Proc. Nati. Acad. Sci. USA,
8122, 1996
lobulina REB/OHP-1 de Nakase et al. Plant Mol. Biol. 33: 513-522, ??
P-glucosa pirofosforilasa Trans Res 6:157-68, 1997
arroz
milia del gen ESR de maíz Plant J 12:235-46, 1997
kafirina de sorgo DeRose et al., Plant Mol. Biol 32:1029-35, OX Postma-Haarsma et al, Plant Mol. Biol. 3
1999
eosina de arroz Wu et al, J. Biochem. 123:386, 1998 eosina de girasol Cummins et al., Plant Mol. Biol. 19: 873-87 O0117, proteína WO 2004/070039
>sómica putativa 40S de
OZ
O0136, alanina no publicado
iinotransferasa de arroz
O0147, inhibidor ITR1 de no publicado
sina (cebada)
O0151 , WSI18 de arroz WO 2004/070039
O0175, RAB21 de arroz WO 2004/070039
O005 WO 2004/070039
ente génica Referencia
Anderson et al. (1989) NAR 17:461-2 A de trigo Albani et al. (1997) Plant Cell 9:171-18 iadinas de trigo Rafalski et al. (1984) EMBO 3:1409-15 omotor Itr1 de cebada Díaz et al. (1995) Mol Gen Genet 248( rdeína, B1 , C, D de cebada Cho et al. (1999) Theor Appl Genet 98
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82
motor sintético Vicente-Carbajosa et al. (1998) Plant
640
lamina NRP33 de arroz Wu et al, (1998) Plant Cell Physiol 3
889
bulina Glb-1 de arroz Wu et al. (1998) Plant Cell Physiol 3
889
bulina REB/OHP-1 de arroz Nakase et al. (1997) Plant Molec Biol
522
P-glucosa pirofosforilasa de Russell et al. (1997) Trans Res 6:157-oz
milia del gen ESR de maíz Opsahl-Ferstad et al. (1997) Plant J 1 firina de sorgo DeRose et al. (1996) Plant Mol Biol 32
2e: Ejemplos de promotores específicos del embrión:
Fuente génica Referencia
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KNOX Postma-Haarsma et al, Plant Mol. Biol. 39:257-71 , 19 Un promotor específico de tejido verde como se define en la pre otor activo en la transcripción predominantemente en el tejido verde, ncialmente cualquier otra parte de una planta, mientras que aún pe ión de expresión en estas otras partes de la planta.
En la siguiente tabla 2g se exponen ejemplos de promotores específi que se pueden utilizar para llevar a cabo métodos de ta invención.
2g: Ejemplos de promotores específicos de tejido verde
n Expresión Referencia ofosfato diquinasa de maíz Específico de hoja Fukavama e sfoenolpiruvato carboxilasa de maíz Específico de hoja Kausch et al sfoenolpiruvato carboxilasa de arroz Específico de hoja Liu et al., 20 bunidad pequeña Rubisco de arroz Específico de hoja Nomura et a ta expansina EXBP9 de arroz Específico de brote WO 2004/07 bunidad pequeña Rubisco de gandú Específico de hoja Panguluri et CS3A de arveja Específico de hoja
Otro ejemplo de un promotor específico de tejido consiste en ífico de meristema, que es activo en la transcripción predominanteme temático, excluyendo sustancialmente cualquier otra parte de una pla ún permite alguna filtración de expresión en estas otras partes de la nte tabla 2h se exponen ejemplos de promotores específicos de meri e pueden utilizar para llevar a cabo los métodos de la invención.
enilación de una transcripción primaria y la terminación de la tran nador se puede derivar del gen natural, a partir de una variedad de otr a o de T-ADN. El terminador agregado puede derivar, por ejemplo, de l lina sintasa u octopina sintasa, o alternativamente de otro gen de p r preferencia, de cualquier otro gen eucariótico.
lación
El término "modulación" significa, en relación con la expresión o expr oceso en el que el nivel de expresión es modificado por dicha expresi aración con la planta de control, se puede aumentar o disminuir sión. La expresión original no modulada puede ser de cualquier clase n ARN (rARN, tARN) o mARN estructural con traducción posterior, ulación de la actividad" significa cualquier cambio de la expresión de la cidos nucleicos de la invención o proteínas codificadas, que conduc miento y/o mayor crecimiento de las plantas.
sión
El término "expresión" o "expresión génica" significa la transcripció ífico o genes específicos o construcción genética específica. El términ presión génica" en particular significa la transcripción de un gen rucción genética en ARN (rARN, tARN) o mARN estructural con o si rior de la última en una proteína. El proceso incluye la transcripción samiento del producto de mARN resultante.
ustitución (ver, Kmiec, US 5.565.350; Zarling et al., W09322443), o ucir promotores aislados en una célula de planta en la orientación íadas de un gen de la presente invención a fin de controlar la expresión
Si se desea la expresión de un polipéptido, generalmente es preferibl n de poliadenilación en el extremo 3' de una región de codificación de p gión de poliadenilación puede derivar del gen natural, de una varie S de planta, o de T-ADN. La secuencia del extremo 3' agregada puede plo, de los genes de nopalina sintasa u octopina sintasa, o alternativam e planta o, con menor preferencia, de cualquier otro gen eucariótico.
También se puede agregar una secuencia intrón a la región 5' no tra ecuencia codificadora de la secuencia codificadora parcial para aument ensaje maduro que se acumula en el citosol. Se ha demostrado que la trón que se puede empalmar en la unidad de transcripción de las const sión vegetales y animales aumenta la expresión génica tanto al niv de las proteínas hasta 1000 veces (Buchman and Berg (1988) Mol. - 405; Callis et al, (1987) Genes Dev 1 :1183-1200). Tal potenci sión génica por el intrón es típicamente mayor cuando se coloca cerca la unidad de transcripción. El uso de intrones de maíz intrón Adh1-S Bronze-1 son conocidos en el arte. Para información general ver: book, Chapter 116, Freeling and Walbot, Eds., Springer, N.Y. (1994).
ndógeno
ntrol. La reducción o sustancial eliminación es, en orden creciente de pr s 10%, 20%, 30%, 40% ó 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90% ó 95%, 96 o más reducida en comparación con la de las plantas de control. Los nuir la expresión son conocidos en el arte y el experto será capaz ente los métodos conocidos de silenciamiento, a fin de lograr la red sión de un gen endógeno en una planta completa o en partes de ésta, nte el uso de un promotor apropiado.
Para la reducción o sustancial eliminación de la expresión de un gen lanta, es necesario que los nucleotidos sustancialmente contiguos de u idos nucleicos tengan suficiente longitud. A fin de realizar el silenciam puede tener tan pocos como 20, 19, 18, 17, 16, 15( 14, 13, 12, 11 , ótidos, alternativamente ésta puede ser igual al gen entero (incluso UT otal o parcialmente). La porción de nucleotidos sustancialmente cont ar del ácido nucleico que codifica la proteína de interés (gen blanco) o nucleico capaz de codificar un ortólogo, parálogo u homólogo de la s. Preferentemente, la porción de nucleotidos sustancialmente contigu rmar uniones de hidrógeno con el gen blanco (ya sea cadena sentido o preferentemente, la porción de nucleotidos sustancialmente contiguos tie nte de preferencia, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97 o de identidad de secuencia con el gen blanco (ya sea cadena sentido o secuencia de ácidos nucleicos que codifica un polipéptido (funcion n de nucleótidos sustancialmente contiguos derivados del gen de i uier ácido nucleico capaz de codificar un ortólogo, paralogo u h uiera de la proteína de interés) se clona como una repetición invertida letamente), separada por un espaciador (ADN no codificador).
En dicho método preferido, la expresión del gen endógeno se reduce ncialmente mediante el silenciamiento mediado por ARN utilizando un ida de un ácido nucleico o una parte de éste (en este caso una ótidos sustancialmente contiguos derivados del gen de interés o de cu ¡co capaz de codificar un ortólogo, paralogo u homólogo de la proteína rentemente capaz de formar una estructura de horquilla. La repetición en un vector de expresión que comprende secuencias de control. Una S nucleico de ADN no codificador (un separador, por ejemplo un frag n de unión a matriz (MAR), un intrón, un poliligador, etc.) se ubica e S nucleicos invertidos que forman la repetición invertida. Luego de la tra epetición invertida, se forma un ARN quimérico con una omplementaria (parcial o completa). Esta estructura de ARN de cade ina ARN horquilla (hpARN). El hpARN es procesado por la planta en si ora en un complejo de silenciamiento inducido por ARN (RISC). El R las transcripciones de mARN, reduciendo sustancialmente de este mod anscripciones de mARN a ser traducidas en polipéptidos. Para ales ver, por ejemplo, Grierson et al. (1998) WO 98/53083; Waterhouse ARN del gen endógeno blanco, reduciendo sustancialmente de es ad de transcripciones de mARN a ser traducidas en un rentemente, la secuencia de ARN de cadena doble corresponde a un ge
Otro ejemplo de un método de silenciamiento de ARN incluy ncías de ácidos nucleicos o sus partes (en este caso, una porción de ncialmente contiguos derivados del gen de interés, o de cualquier ác de codificar un ortólogo, paralogo u homólogo de la proteína de ínt ación sentido en una planta. Orientación sentido" se refiere a una s que es homologa a una transcripción de mARN de ésta. Por lo tanto, s a planta al menos una copia de la secuencia de ácidos nucleicos. La s s nucleicos adicional reducirá la expresión del gen endógeno, ge eno conocido como cosupresión. La reducción de la expresión géni nciada si se introducen varias copias adicionales de una secuenci icos en la planta, ya que existe una correlación positiva entre los alto ripciones y la activación de la cosupresión.
Otro ejemplo de un método de silenciamiento de ARN incluye el uso d cidos nucleicos antisentido. Una secuencia de ácidos nucleicos rende una secuencia de nucleótidos que es complementaria de una s s nucleicos "sentido" que codifica una proteína, es decir, compleme a codificadora de una molécula de cADN de cadena doble o compleme ncía de transcripciones de mARN. La secuencia de ácidos nucleicos a proteína de interés) pero también puede ser un oligonucleótido que e on respecto a una parte de la secuencia de ácidos nucleicos (incluyend IARN). Por ejemplo, la secuencia de oligonucleótidos antisentido ementaría de la región que rodea al sitio de inicio de la traducción de u ARN que codifica un polipéptido. La longitud de una secuencia de olig ntido adecuada es conocida en el arte y puede comenzar desde alre 0, 35, 30, 25, 20, 15 ó 10 nucleótidos de longitud o menos. Se puede ncía de ácidos nucleicos antisentido de acuerdo con la invención medi ca y reacciones de ligadura enzimáticas utilizando los métodos conocid jemplo, una secuencia de ácidos nucleicos antisentido (por ejemplo, u igonucleótidos antisentido) se puede sintetizar químicamente utilizando ales o nucleótidos modificados de distinta manera diseñados para ilidad biológica de las moléculas o para aumentar la estabilidad físic do entre las secuencias de ácidos nucleicos sentido y antisentido, por n utilizar derivados de fosforotioato y nucleótidos sustituidos por los de nucleótidos modificados que se pueden utilizar para generar la idos nucleicos antisentido son muy conocidos en el arte. Las modifi ótidos conocidas incluyen metilación, delación y "capuchón" (caps) y s o más de los nucleótidos naturales por un análogo tal como in icaciones de nucleótidos son conocidas en el arte.
La secuencia de ácidos nucleicos antisentido se puede producir de fo ncional de nucleótidos para formar un dúplex estable o, por ejemplo e ecuencia de ácidos nucleicos antisentido que se une a dúplex de AD cciones específicas en la cavidad principal de la hélice doble. Las se S nucleicos antisentido se pueden introducir en una planta mediante tra ección directa en un sitio de tejido específico. Alternativamente, las se S nucleicos antisentido se pueden modificar para que se dirija ionadas y luego administrarlas de forma sistémica. Por ejemp istración sistémica, las secuencias de ácidos nucleicos antisentido icar de manera tal que se unan específicamente a receptores sados en una superficie celular seleccionada, por ejemplo, mediante la ncia de ácidos nucleicos antisentido a péptidos o anticuerpos que nos o receptores de la superficie celular. Las secuencias de ácid ntido también se pueden dirigir a las células utilizando los vectores de nte.
De acuerdo con otro aspecto, la secuencia de ácidos nucleicos antise ncia de ácidos nucleicos a-anomérica. Una secuencia de ácidos érica forma híbridos específicos de cadena doble con ARN compleme S, a diferencia de las unidades b habituales, las cadenas corren de fo sí (Gaultier et al. (1987) Nucí Ac Res 15: 6625-6641 ). La secuenci icos antisentido también puede comprender un 2'-o-metilrribonucleótido ) Nucí Ac Res 15, 6131-6148) o un análogo de ARN-ADN quimérico sponden a una secuencia de ácidos nucleicos para seleccionar un A tiene actividad de ribonucleasa específica de un conjunto de molécul el and Szostak (1993) Science 261 , 1411-1418). La utilización de ribozi iamiento génico en plantas es conocido en el arte (por ejemplo, Atkins 94/00012; Lenne et al. (1995) WO 95/03404; Lutziger et al (2000) W en et al. (1997) WO 97/13865 y Scott et al. (1997) WO 97/38116).
El silenciamiento génico también se puede lograr mediante mut ción (por ejemplo, inserción de T-ADN o inserción de transposón) tegias como las que describen, entre otros, Angelí and Baulcombe ((1 : 357-62), (Ampticon VIGS WO 98/36083) o Baulcombe (WO 99/15682).
El silenciamiento génico también puede ocurrir si hay una mutació geno y/o una mutación en un ácido nucleico/gen aislado que s riormente en una planta. La reducción o sustancial eliminación puede n polipéptido no funcional. Por ejemplo, el polipéptido puede unir ínas interactuantes; por lo tanto, una o más mutaciones y/o truncamie rar un polipéptido que aún es capaz de unirse a proteínas interactuantes ínas receptoras) pero que no puede exhibir su función normal (tal com ñalización).
Otro enfoque del silenciamiento génico consiste en hacer blanco en s S nucleicos complementarias de la región reguladora del gen (por otor y/o potenciadores) para formar estructuras helicoidales triples q jemplo, para realizar recombinación homologa.
Se puede utilizar microARN (miARN) artificial y/o natural para realizar expresión génica y/o la traducción de mARN. Los miARN endógen eños de cadena simple que generalmente tienen 19-24 nucleótidos de ón consiste principalmente en regular la expresión génica y/o la traducció ayoría de los microARN (miARN) vegetales tienen una complementarie i perfecta con sus secuencias blanco. Sin embargo, existen blancos n cinco faltas de coincidencias. Se procesan a partir de ARN no codifi s con estructuras de replegamiento características mediante RNasas e na doble de la familia Dicer. Luego del procesamiento, se incorporan en lenciamiento inducido por ARN (RISC) mediante la unión a su compone proteína Argonauta. MiARN sirve como componente de especificida o a que forma pares de bases con los ácidos nucleicos blanco, en N, en el citoplasma. Los posteriores eventos reguladores incluyen l ucción del mARN blanco y/o la inhibición de la traducción. De este mod sobreexpresión de miARN a menudo se ven reflejados en niveles N de genes blanco.
Los microARN artificiales (amiARN), que típicamente tienen 21 nu ud, se pueden modificar mediante ingeniería genética específicamente rma negativa la expresión génica de un único o de múltiples genes de minantes de la selección del blanco de microARN vegetal son bien con . Sin embargo, no es un requisito indispensable que la secuencia de ácid introducida se origine a partir de la misma especie vegetal que la plan introducida. Es suficiente que haya homología sustancial entre el ge o y el ácido nucleico a ser introducido.
Anteriormente se describieron ejemplos de diversos métodos para la ncial eliminación de la expresión de un gen endógeno en una planta. U e podrá adaptar fácilmente los métodos de silenciamiento antes menci grar la reducción de la expresión de un gen endógeno en una planta ent S, por ejemplo mediante el uso de un promotor adecuado.
) Marcador seleccionare /Gen indicador
"Marcador seleccionare", "gen marcador seleccionare" o "gen indica uier gen que confiere un fenotipo en una célula en la cual se expresa pa ficación y/o selección de las células que se transfectan o transform rucción de ácido nucleico de la invención. Estos genes marcadores ficación de una transferencia exitosa de las moléculas de ácidos nucleic a serie de principios diferentes. Los marcadores adecuados se pueden S de marcadores que confieren resistencia a antibióticos o herbicidas, qu evo rasgo metabólico o que permiten la selección visual. Los ejemplos dores seleccionares incluyen genes que confieren resistencia a antib nptll que fosforila neomicina y canamicina, o hpt que fosforita higromi confieren resistencia, por ejemplo, a bleomicina, estreptomicina, ntes marcadores según el organismo y el método de selección.
Se sabe que después de ta integración estable o transitoria de los ácid S células de plantas, sólo una minoría de las células capta el ADN ext , lo integra en su genoma, según el vector de expresión usado y l ección usada. Para identificar y seleccionar estos integrantes, S mente un gen codificador de un marcador seleccionable (tal como los d ioridad) en las células huésped junto con el gen de interés. Esos ma n usar, por ejemplo, en mutantes en los cuales estos genes no son fun lo, por eliminación con los métodos convencionales. Además, las nucleico que codifican un marcador seleccionable se puede introducir e ed en el mismo vector que comprende la secuencia que codifica los po ención o usada en los métodos de la invención, o sino en un vector s s que se han transfectado en forma estable con el ácido nucleico in n identificar, por ejemplo mediante selección (por ejemplo, las célu ado el marcador seleccionable sobreviven mientras que las otras célul enes marcadores se pueden retirar o escindir de la célula transgénica c necesarios. Las técnicas para retirar el gen marcador son conocidas e as útiles se describieron anteriormente en la sección de definiciones.
Debido a que los genes marcadores, en particular los genes para la óticos y herbicidas, ya no son necesarios o no son deseados en la cé énica una vez que se han introducido éxitosamente los ácidos nucleico da (conocido como tecnología Ac/Ds). Los transformantes se puede uente de transposasa o los transformantes se transforman con una con nucleico que confiere expresión de una transposasa, en forma transitor gunos casos (aprox. 10%), el transposón sale del genoma de la célula ue se ha producido la transformación con éxito y se pierde. En otr posón salta a un lugar diferente. En estos casos, el gen marcador debe s nte la realización de cruzas. En microbiología, se desarrollaron t ilitan o facilitan la detección de dichos eventos. Un método ventajo ste en lo que se conoce como sistemas de recombinación, cuya ventaja e puede prescindir de la eliminación por cruza. El sistema más conocido l denominado sistema Cre/lox. La Creí es una recombinasa que ncias ubicadas entre las secuencias loxP. Si el gen marcador está int cuencias loxP, se lo elimina por expresión de la recombinasa una ve cido éxitosamente la transformación. Otros sistemas de recombina as HIN/HIX, FLP/FRT y REP/STB (Tribble et al., J. Biol. Chem., 275, ; Velmurugan et al., J. Cell Biol., 149, 2000: 553-566). Es posible l ífica de sitio en el genoma de la planta de las secuencias de ácidos do con la invención. Obviamente, estos métodos también se puede organismos tales como levaduras, hongos o bacterias.
génico/Transgen /Recombinante
A los fines de la invención, "transgénico", "transgen" o "recombinan binantes, siendo posible que la modificación adopte la forma, por eje ución, adición, eliminación, inversión o inserción de uno o más ótidos. Por entorno genético natural se entiende el locus genómico o al en la planta original o la presencia en una biblioteca genómica. En el teca genómica, el entorno genético natural de la secuencia de ácidos rentemente retenido, por lo menos en parte. El entorno flanquea la s S nucleicos por lo menos en un lado y tiene una longitud de secuen s 50 pb, preferentemente por lo menos 500 pb, con especial prefer s 1000 pb, con máxima preferencia por lo menos 5000 pb. Un cásete al - por ejemplo la combinación natural del promotor natural de las s S nucleicos con la correspondiente secuencia de ácidos nucleicos qu ptido útil en los métodos de la presente invención, como se definió ant nvierte en un cásete de expresión transgénico cuando este cásete de ficado por métodos sintéticos no naturales ("artificiales") tales como, iento mutagénico. Los métodos adecuados se describen, por eje .350 o WO 00/15815.
Por lo tanto, a los fines de la invención, por planta transgénica se en dicó anteriormente, que los ácidos nucleicos usados en el método de la en su locus natural en el genoma de dicha planta, lo cual posibilita q icos se expresen en forma homologa o heteróloga. Sin embargo, como génico también significa que, mientras los ácidos nucleicos de acu ormar con una construcción genética de la presente invención y una pla erada a partir de ella. El tejido particular elegido variará de acuerdo con ropagación clonal disponibles y más adecuados para ta especie ormar. Los ejemplos de tejidos específicos incluyen discos de iones, cotiledones, hipocotilos, megagametofitos, tejido de callo, tejido m nte (por ejemplo, meristema apical, brotes axilares y meristemas de raíz tema inducido (por ejemplo, meristema de cotiledón y meristema de h cleótido se puede introducir en forma transitoria o estable en una célul ede mantener no integrado, por ejemplo, como un plásmido. Alternativa integrar en el genoma del huésped. La célula de planta transforma se puede usar para regenerar una planta transformada de la manera pertos en el arte.
La transferencia de genes extraños al genoma de una planta s ormación. La transformación de especies de planta es en la actualidad nte rutinaria. Ventajosamente, se puede usar cualquiera de los diversos ormación para introducir el gen de interés en una célula ancestral ad os descritos para la transformación y regeneración de las plantas a s de planta o células de planta se pueden utilizar para la transformación le. Los métodos de transformación incluyen el uso de liposomas, ele ncias químicas que aumentan la captación de ADN libre, inyecci amente en la planta, bombardeo con pistola de partículas, transformaci nsión de agrobacterias transformadas actúe en la planta intacta o por l rimordios de la flor. Luego se cultiva la planta hasta que se obtienen las nta tratada (Clough and Bent, Plant J. (1998) 16, 735-743). Los mét formación de arroz mediada por Agrobacterium incluyen métodos bie la transformación de arroz, tales como los descritos en alguna de la ud de patente europea EP 1198985 A1 , Aldemita and Hodges (Planta 1 ); Chan et al. (Plant Mol Biol 22 (3): 491-506, 1993), Hiei et al. (Plant J 6 ( , cuyas descripciones se incorporan por referencia a la presente ieran en su totalidad. En el caso de la transformación del maíz, el mét que se describe en Ishida et al. (Nat. Biotechnol 14(6): 745-50, 1996) o t Physiol 129(1): 13-22, 2002), cuyas descripciones se incorporan por re nte como si se expusieran en su totalidad. Dichos métodos también se de ejemplo en B. Jenes et al., Techniques for Gene Transfer énicas, Vol. 1 , Engineering and Utilization, eds. S.D. Kung and R. W (1993) 128-143 y en Potrykus Annu. Rev. Plant Physiol. Plant Molec. Bi 25). Los ácidos nucleicos o la construcción a ser expresad rentemente en un vector que es adecuado para transformar A aciens, por ejemplo pBin 9 (Bevan et al., Nucí. Acids Res. 12 (1984 acterias transformadas por dicho vector se pueden usar de la manera c nsformación de plantas, tales como las plantas usadas como m dopsis (dentro del alcance de la presente invención, Arabidopsis th génicas. De este modo, por ejemplo, las semillas de Arabidopsis s acterias y las semillas se obtienen a partir de las plantas en desarrollo, nsforma una cierta proporción y de este modo son transgénicas [Feld s MD (1987). Mol Gen Genet 208:274-289; Feldmann K (1992). In: C and J Shell, eds, Methods in Arabidopsis Research. Word Scientific, Si 89]. Los métodos alternativos se basan en la eliminación reiter scencias y la incubación del sitio de escisión en el centro de la ro acterias transformadas, por la cual las semillas transformadas tambié er en un momento posterior (Chang (1994). Plant J. 5: 551-558; Katavic enet, 245: 363-370). Sin embargo, un método especialmente efectivo iltración al vacío con sus modificaciones, tal como el método de "inmersi SO de infiltración al vacío de Arabidopsis, las plantas intactas bajo pres tan con una suspensión de agrobacterias [Bechthold, N (1993). C R AC ci, 316: 1 194-1199], mientras que en el caso del método de "inmers floral en desarrollo se incuba durante poco tiempo con una su acterias tratada con tensioactivos [Clough, SJ and Bent AF (1998) The 43]. En ambos casos se cosecha una proporción determinada énicas, y estas semillas se pueden distinguir de las semillas no ándolas en las condiciones selectivas descritas anteriormente. ormación estable de los plástidos es ventajosa porque los plástidos se aterna en la mayoría de los cultivos, lo cual reduce o elimina el riesg chnology 22(2), 225-229).
lado de activación de T-ADN
El rotulado de activación de T-ADN (Hayashi et al. Science (1992) rende la inserción de T-ADN, que generalmente contiene un promo e ser un potenciador de la traducción o un intrón), en la región genómic s o 10 kb secuencia arriba o abajo de la región codificadora de un gen d el promotor dirige la expresión del gen blanco. Generalmente, la regu sión del gen blanco es alterada por su promotor natural y el gen cae b romotor recién introducido. El promotor generalmente está insertado en
T-ADN se inserta aleatoriamente en el genoma vegetal, por ejemplo, grobacterium y conduce a la expresión modificada de los genes cerca tado. Las plantas transgénicas obtenidas muestran fenotipos dominante sión modificada de genes cercanos al promotor introducido.
NG
El término "TILLING" es una abreviatura de "Lesiones locales dirigid nomas" [Targeted Induced Local Lesions In Genomes] y se refiere a un utagénesis útil para generar y/o identificar ácidos nucleicos que codific xpresión y/o actividad modificada. TILLING también permite la selecció ortan tales variantes mutantes. Estas variantes mutantes pueden exhi icada, tanto en relación a la potencia o localización o duración (por ej ciones afectan al promotor). Estas variantes mutantes pueden e te; y (g) secuenciación del producto de PCR mutante. Los métodos p ien conocidos en el arte (McCallum et al., (2000) Nat Biotechnol 1 ed by Stemple (2004) Nat Rev Genet 5(2): 145-50).
mbinación homologa
La recombinación homologa permite la introducción en un genoma ico seleccionado en una posición seleccionada definida. La recombinaci a tecnología estándar usada en forma rutinaria en las ciencias bio ismos inferiores tales como levaduras o musgo Physcomitrella. Se os para realizar la recombinación homóloga en plantas, no sólo lo (Offringa et al. (1990) EMBO J 9(10): 3077-84) sino también par o, por ejemplo arroz (Terada et al. (2002) Nat Biotech 20(10): 1030 a (2004) Curr Opin Biotech 15(2): 132-8) y hay enfoques que se pued ra general independientemente del organismo blanco (Miller et al, Natur 8-785, 2007).
imiento
El término "rendimiento" significa en general un producto medi mico, típicamente relacionado con un cultivo específico, un área y u o. Cada una de las partes de la planta contribuye directamente al rendi e de su cantidad, tamaño y/o peso, o el rendimiento real es el rendimie ado para un cultivo y año, que se determina dividiendo la producción tot cción cosechada y tasada) por metros cuadrados plantados,
"
miento casi al mismo tiempo), y con frecuencia mejor y mayor ren cuencia, el vigor temprano se puede determinar midiendo diversos fa peso de mil granos, porcentaje de germinación, porcentaje de iento de la plántula, altura de la plántula, longitud de la raíz, biomasa rote, entre otros.
mentar/meiorar/potenciar
Los términos "incrementar", "mejorar" o "potenciar" son indistintos y s tido de la solicitud, al menos 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9% o 10%, pref nos 15% o 20%, más preferentemente 25%, 30%, 35% o 40% más ren iento en comparación con las plantas de control como se definen en la imiento de la semilla
Un mayor rendimiento de la semilla se puede manifestar como uno ntes: a) un aumento de la biomasa de la semilla (peso total de la semill n base a cada semilla y/o planta y/o metro cuadrado, b) mayor cantidad ; c) mayor cantidad de semillas (llenas); d) mayor tasa de llenado de la presa como la relación entre la cantidad de semillas llenas dividido po de semillas); e) mayor índice de cosecha, que se expresa como la rela miento de las partes cosechables, tales como semillas, dividido por la bi ayor peso de mil granos (TKW), y g) mayor cantidad de panojas prim pola a partir de la cantidad de semillas llenas contadas y su peso tot puede ser el resultado de un mayor tamaño de la semilla y/o peso de la relación entre verde y rojo excede en un umbral determinado. En ales de crecimiento, en condiciones de crecimiento con estrés iciones de crecimiento con disponibilidad reducida de nutrientes, el índi s plantas se mide en la última toma de imágenes antes de la flora ario, en condiciones de crecimiento con estrés por sequía, el índice de s se mide en la primera toma de imágenes después de la sequía, a
El término "planta" como se usa en la presente abarca plantas tros y progenie de las plantas y partes de las plantas, que incluyen se , hojas, raíces (incluso tubérculos), flores y tejidos y órganos, donde cad iores comprende el ácido nucleico/gen de interés. El término "planta" ta s de planta, cultivos en suspensión, tejidos de callos, embrion temáticas, gametofitos, esporofitos, polen y microsporas, donde cada iores comprende el ácido nucleico/gen de interés.
Las plantas que son particularmente útiles en los métodos de la inven las plantas que pertenecen a la superfamilia Víridiplantae, en parti cotiledóneas y dicotiledóneas que incluyen forraje o legumbres forraj brentales, cultivos alimenticios, árboles o arbustos seleccionados de rende Acer s p., Actinidia spp., Abelmoschus spp., Agave sisalana, Ag f/s stoionifera, Allium spp., Amaranthus spp., Ammophila arenaria, Anan a spp., Apium graveoíens, Arachis spp, Artocarpus spp., Asparag ca arundinacea, Ficus carica, Fortunella spp., Fragaria spp., Ginkgo bil (por ejemplo, Glycine max, Soja hispida o Soja max), Gossypiu thus spp. (por ejemplo, Helianthus annuus), Hemerocallis fulva, Hi um spp. (por ejemplo, Hordeum vulgare), Ipomoea batatas, Juglans s , Lathyrus spp., Lens culinaris, Linum usitatissimum, Litchi chinensis, acutangula, Lupinus spp., Luzula sylvatica, Lycopersicon spp. (p ersicon esculentum, Lycopersicon ¡ycopersicum, Lycopersicon tyloma spp., Malus spp., Malpighia emarginata, Mammea american , Manihot spp., Manilkara zapota, Medicago sativa, Melifotus spp., nthus sinensis, Momordica spp., Morus nigra, Musa spp., Nicotiana spp tia spp., Ornithopus spp., Oryza spp. (por ejemplo, Oryza sativa, Or um miliaceum, Panicum virgatum, Passiflora edutis, Pastinaca sativa, ersea spp., Petroselinum crispum, Phafarís arundinacea, Phaseolus s se, Phoenix spp., Phragmites australis, Physalis spp., Pinus spp., spp., Poa spp., Populus spp., Prosopis spp., Prunus spp., Psidium tum, Pyrus communis, Quercus spp., Raphanus sativus, Rheum rhabar Ricinus communis, Rubus spp., Saccharum spp., Sa//x sp., Sambucus /e, Sesamum spp., Sinapis sp., Solanum spp. (por ejemplo, Solanu um integrifolium o Solanum ¡ycopersicum), Sorghum bicolor, Sp f/t/m spp., Tagetes spp., Tamarindus indica, Theobroma cacao, Tr acum dactyloides, Triticale sp., Triticosecale rimpaui, Triticum spp. ( de un ácido nucleico que codifica un polipéptido RHL1.
Además, de modo sorprendente, en la actualidad se ha descubierto q presión en una planta de una secuencia de ácidos nucleicos que ptido TGasa como se define en la presente, produce plantas que ti ntados relacionados con el rendimiento de las semillas con respecto ol. De acuerdo con una primera forma de realización, la presente inve étodo para aumentar los rasgos relacionados con el rendimiento de las s con respecto a plantas de control, que comprende aumentar la expré de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica un polipéptido TGas
Además, de modo sorprendente, en la actualidad se ha descubierto qu sión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polipépti ce plantas que tienen rasgos mejorados relacionados con el ren cto a plantas de control. De acuerdo con una primera forma de r nte invención provee un método para mejorar los rasgos relacion miento en plantas con respecto a plantas de control, que comprend sión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido nalmente seleccionar plantas que tienen rasgos mejorados relacion miento.
Asimismo, de modo sorprendente, en la actualidad se ha descubierto presión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido as que tienen mayor rendimiento de las semillas con respecto a planta a de un ácido nucleico que codifica un polipéptido BZR, en donde dicha ectúa al introducir un ácido nucleico que codifica un polipéptido BZR b promotor derivado de la planta.
Con respecto a los polipéptidos RHL1 , cualquier referencia de aquí e proteína útil en los métodos de la invención" significa un polipéptido R en la presente. Cualquier referencia de aquí en adelante a un "ácido nu étodos de la invención" significa un ácido nucleico capaz de codificar ta . El ácido nucleico a introducir en una planta (y por lo tanto útil en la r étodos de la invención) es cualquier ácido nucleico que codifica el tipo se describirá a continuación, de aquí en adelante también denomi ico RHLf' o ugen RHL1n.
Un "polipéptido RHL1 " como se define en la presente se refiere ptido que comprende una secuencia que tiene, en orden creciente de 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 97%, 98%, 99% o más de identidad de secuencia con la secuencia de alquiera de los polipéptidos de la Tabla A1.
Un polipéptido RHL1 preferido útil en los métodos de la invención co ncia que tiene, en orden creciente de preferencia 50%, 55%, 60%, 65% 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% o más de identidad de secu ncia de aminoácidos de cualquiera de los polipéptidos de SEQ ID NO: 0, con mayor preferencia comprende SEQ ID NO: 2.
un motivo que tiene, en orden creciente de preferencia 50%, 55%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% o más de i secuencia con la secuencia de aminoácidos del
SGG [KR] [ IV] G [ED] L [KA] DL [GD] TKNP [ ILV] LYLDFPQ
(SEQ ID NO: 30);
un motivo que tiene, en orden creciente de preferencia 50%, 55%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% o más de secuencia con la secuencia de aminoácidos del
TP [VS ] RQSARTAGKK [ FL] [KN] [FY] [AT] ExSS (SEQ ID NO: 31 un motivo que tiene, en orden creciente de preferencia 50%, 55%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% o más de secuencia con la secuencia de aminoácidos del
GTK [ED] ENPEE [LA] [RK] L [DE] FPKE [LF] Q [ENQ] [GD] (SEQ un motivo que tiene, en orden creciente de preferencia 50%, 55%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% o más de secuencia con la secuencia de aminoácidos del
[SN] [GN] [NL] L [LQV] [SR] [EDG]xP[AS]
[KA]PR[SA] [APS ] LAPSK [TAG] VL [KR] [HL] [HQ] G [KR] D (S 33);
un motivo que tiene, en orden creciente de preferencia 50%, 55%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% o más de KG [ PA] AAKKQRASP [EM] [EA] K [HQ] P [TA] G [KI ] K (SEQ ID N nde los aminoácidos entre corchetes son alternativos.
De manera alternativa un polipéptido RHL1 preferido útil en los m ción comprende:
un motivo que tiene, en orden creciente de preferencia 50%, 55%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% o más de identidad secuencia de aminoácidos de uno o más de los siguientes motivos:
Motivo
(SN) VMC(ED) D(YV) F(DE) (NS) ( L) (IV) VFS (DE) AWWIG(TR
(ED) ENPEE (SEQ ID NO: 37);
Motivo
L(AILV)A(PA) (IVA) (SA)GG(KR) ( IVF) G ( ED) L (KA) DL (GDS (TS) KNP ( IVL) LYLDFPQ (SEQ ID NO: 38);
Motivo 11 : G(RQ) (ML) KLFGTI (VL) YPKN (RK) Y (LI ) TLQF (SEQ nde los aminoácidos entre corchetes (aminoácidos alternatives en esa p ativos; o
uno o más de los siguientes motivos:
Motivo
(SN) VMC(ED) D(YV) F(DE) (NS) (ML) ( IV) VFS ( DE ) AWWIG (TR
(ED) ENPEE (SEQ ID NO: 37);
Motivo
35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41 %, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 50%, 51 %, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71 %, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 80%, 81 %, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 95%, 96%, 97%, 98%, o 99% de identidad de secuencia total con el sentado por SEQ ID NO: 2, siempre que una proteína homologa compr otivos conservados como se delineó anteriormente. La identidad de se termina usando un algoritmo de alineamiento global, tal como el leman Wunsch en el programa GAP (GCG Wisconsin Package rentemente con parámetros predeterminados. En comparación con la ncia total, la identidad de secuencia generalmente será mayor cua deran los dominios o motivos conservados.
Preferentemente, la secuencia de polipéptidos, cuando se usa en la árbol filogenético, tal como el representado en la Figura 3, se agrupa co s polipéptidos RHL1 que se origina de una planta dicotiledónea que c ncia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 2 más que con c .
Con relación a TGasa, cualquier referencia de aquí en adelante a una s métodos de la invención" significa un polipéptido TGasa como se nte. Cualquier referencia de aquí en adelante a una "secuencia de ácid los métodos de la invención" significa una secuencia de ácidos nuclei De manera alternativa o adicional, un "polipéptido TGasa" como se nte se refiere a cualquier secuencia de polipéptidos que tiene (i) un to plastídico; (ii) en orden creciente de preferencia al menos 50%, 55% 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98%, 99% o más de identidad de s ácidos con un polipéptido representado por SEQ ID NO: 45.
De manera alternativa o adicional, un "Polipéptido TGasa" como se nte se refiere a cualquier polipéptido que tiene, en orden creciente de p s 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98%, 99 idad de secuencia de aminoácidos con un polipéptido TGasa represent : 2, o con cualquiera de las secuencias de polipéptidos indicadas en la nte.
De manera alternativa o adicional, un "polipéptido TGasa" como se nte se refiere a cualquier secuencia de polipéptidos que cuando se rucción de un árbol filogenético TGasa, tal como el representado en la a con el ciado de los polipéptidos TGasa que comprende la s ptidos representada por SEQ ID NO: 2 (denotado por una flecha en la itan TGasas de plantas mediante un corchete en la Figura 1), más que s.
De manera alternativa o adicional, un "polipéptido TGasa" es un pol dad enzimática que consiste en catalizar la formación de uniones amid odo dependiente del Ca, entre la amina primaria de un sustrato dador d 249.17, dominio SMART SM00717, dominio ProfileScan PS500 10641.SF26).
Preferentemente, el polipéptido tipo TRY comprende uno o más de I os:
O . 12: [F ] [ST] E [DQ]EE [DT] LIIR [YHF] [NKR] LVG [E RI
O 13: PGR [TK] AEEIE [KR] [YF]WT[SM] [RK]
o 14: EEVSS[QT] [ED] [SW] [EK] [FL] [IE]
O 15: E [ED] [DET] [LI] [IV]X[RK] [LFM] [HY]XL[L WX[LI]IA[GRK]R[LIV] [PV]GR[TKEQ] [DAP] [NEKG] [EQ] [ IV nde X en la posición 6 puede ser cualquier aminoácido, pero con prefer L, Y, S, F, C, o T; y en donde X en la posición 10 puede ser cualquier con preferencia uno de R, K, E, S, T, o N; y en donde X en la posición 1 uier aminoácido, pero con preferencia uno de S, D, A, E, P, o T.
Preferentemente el Motivo 15 es EE [DT] [LI] [I ]LVG[NED]R X[LI] IA[GR]R[IV] [ PV] GR [TKEQ] [AP] [NEKG] nde X en la posición 6 puede ser cualquier aminoácido, pero con prefer F, C, o T; y en donde X en la posición 17 puede ser cualquier aminoáci encía uno de D, A, E, P, o T.
Con mayor preferencia, el polipéptido tipo TRY comprende en orden renda al menos 2 al menos 3 o los 4 motivos.
rentemente con parámetros predeterminados y preferentemente con se ínas maduras (es decir, sin tener en cuanta señales de secreción o to). En comparación con la identidad de secuencia total, la identidad d almente será mayor cuando sólo se consideran los dominios rvados. Preferentemente los motivos en un polipéptido tipo TRY tien nte de preferencia, al menos 70%, 71 %, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 80%, 81 %, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 95%, 96%, 97%, 98%, o 99% de identidad de secuencia con sentados por SEQ ID NO: 229 a SEQ ID NO: 232 (Motivos 12 a 15).
Preferentemente, la secuencia de polipéptidos, cuando se usa en la árbol filogenético, se construye con las secuencias de polipéptidos de rupa con el grupo de polipéptidos tipo TRY que comprenden la s ácidos representada por SEQ ID NO: 76 (At5g53200) más que con c .
Con relación a los polipéptidos BZR, cualquier referencia de aquí e proteína útil en los métodos de la invención" significa un polipéptido B en la presente. Cualquier referencia de aquí en adelante a un "ácido nu étodos de la invención" significa un ácido nucleico capaz de co ptido BZR. El ácido nucleico a introducir en una planta (y por lo ta ación de los métodos de la invención) es cualquier ácido nucleico que c oteína que se describirá a continuación, de aquí en adelante también
' "
73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81 %, 82%, 83%, 84%, 88%, 89%, 90%, 91 %, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, o 99% cuencia con el dominio represor transcripcional BZR1 en SEQ ID NO: posición de aminoácido (coordenadas) 10 a 157 en SEQ ID NO: 2 io represor transcripcional BZR comprendido en cualquiera de los polip A4.
Típicamente, los polipéptidos BZR útiles en los métodos de la invenci io tipo bHLH conservado ubicado en el extremo N-terminal de la lo dicho dominio corresponde a la
RRAIAAKIFTGLRSQGNYKLPKHCDNNEVLKALCLE AG IVHEDGT: ( ubicada en las posiciones 27 a 76 de SEQ ID NO: 238.
Adicionalmente el polipéptido BZR útil en los métodos de ia inve render un dominio que tiene, en orden creciente de preferencia al meno 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61 %, 62%, 63%, 64% 68%, 69%, 70%, 71 %, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79% 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91 %, 92%, 93%, 94% 98%, o 99% de identidad de secuencia con un dominio tipo bHLH repr ID NO: 326.
Adicionalmente, el polipéptido BZR útil en los métodos de la inve render uno o más de los siguientes motivos:
Motivo 16: SAPVTPPLSSP (SEQ ID NO: 323), en donde 1 , 2, 3 96%, 97%, 98%, o 99% de identidad de secuencia total con el sentado por SEQ ID NO: 238, siempre que la proteína homologa c io BZR conservado como se indicó anteriormente. La identidad de se termina usando un algoritmo de alineamiento global, tal como el ieman Wunsch en el programa GAP (GCG Wisconsin Package rentemente con parámetros predeterminados y preferentemente con se ínas maduras (es decir, sin tener en cuanta señales de secreción o to). En comparación con la identidad de secuencia total, la identidad d almente será mayor cuando sólo se consideran los dominios rvados.
Los términos "dominio", "distintivo" y "motivo" están definidos en iciones" de la presente. Existen bases de datos especializadas para la i minios, por ejemplo, SMART (Schultz et al. (1998) Proc. Nati. Acad. 5864; Letunic et al. (2002) Nucleic Acids Res 30, 242-244), InterPro ( ) Nucí. Acids. Res. 31 , 315-318), Prosite (Bucher and Bairoch (1994), A syntax for biomolecular sequences motifs and its function in automat retation. (In) ISMB-94; Proceedings 2nd International Conference o ms for Molecular Biology. Altman R., Brutlag D., Karp P., Lathrop R., Se 61 , AAAI Press, Menlo Park; Hulo et al., Nucí. Acids. Res. 32:D134-D13 (Bateman et al., Nucleic Acids Research 30(1): 276-280 (2002)). Se di nto de herramientas para el análisis in silico de secuencias de pro g D.t Karp P., Lathrop R., Searls D., Eds., pp53-61 , AAAI Press, Menlo ucí. Acids. Res. 32:D134-D137, (2004)), o Pfam (Bateman et al., N arch 30(1 ): 276-280 (2002)). Se dispone de un conjunto de herramie is in silico de secuencias de proteínas en el servidor ExPASy Prote te of Bioinformatics (Gasteiger et al., ExPASy: the proteomics server in knowledge and analysis, Nucleic Acids Res. 31 :3784-3788(2003)). en identificar dominios o motivos usando técnicas de rutina, tal como aliñ ncias. Se muestra en la Figura 6, un alineamiento de los polipéptidos d presente. Dichos alineamientos son útiles para identificar los domini conservados entre los polipéptidos TGasa como se define en la pres S dominios es un dominio que comprende al menos una hélice enrolla s X en la Figura 6, y representado por SEQ ID NO: 70.
Con relación a los polipéptidos TGasa, las hélices enrolladas son d importantes para identificar interacciones proteína a proteína, erización, ya sea de proteínas idénticas, de proteínas de la misma fami ínas no relacionadas entre sí. Recientemente, se ha logrado un gran pr cción computacional de las hélices enrolladas a partir de datos de secu lgoritmos bien conocidos por un experto en el arte, se encuentran dispo mientas ExPASy Proteomics COILS, PAIRCOIL, PAIRCOIL2, M COIL, albergadas por Swiss Institute for Bioinformatics. En el Ejemplo 4 uestran respectivamente los resultados gráficos y numéricos de SE en identificar con facilidad mediante, por ejemplo, el algoritmo miento de secuencia múltiple (versión 1.83), con los parámetros de ado predeterminado y un método de calificación en porcentaje. Los les de similitud e identidad también se pueden determinar mediante dos disponibles en el paquete de software MatGAT (Campanella ormatics. 2003 Jul 10¡4:29. MatGAT: an application that generates simi ces using protein or DNA sequences.). Se puede realizar edición manual izar el alineamiento entre motivos conservados, como sería evidente par arte. Además, en lugar de utilizar secuencias de longitud total para la i mólogos, también se pueden usar dominios específicos. Los valores de ncia se pueden determinar para la totalidad de la secuencia de ácidos ncia de aminoácidos, o para dominios seleccionados o motivo(s) co ndo los programas antes mencionados con los parámetros predetermin miento local, es particularmente útil el algoritmo de Smith-Waterma rman MS (1981) J. Mol. Biol 147(1); 195-7).
Con relación a los polipéptidos TGasa, en la Tabla B2 del Ejemplo 3 d scribe el porcentaje de identidad entre el polipéptido TGasa represent : 45 y los polipéptidos TGasa enumerados en la Tabla A2, que puede 26% de identidad de secuencia de aminoácidos.
La tarea de predecir la localización subcelular de proteínas es impor amente estudiada. Conocer la localización de una proteína ayuda a plastíco) de células vegetales.
Los métodos para hacer blanco en los plástidos son conocidos
en el uso de péptidos de tránsito. La siguiente Tabla 3 muestra
os de tránsito que se pueden usar para dirigir cualquier polipéptido
o, cuyo polipéptido TGasa en su forma natural, generalmente no se
o, o cuyo polipéptido TGasa en su forma natural, se dirige a un piástido
ptido de tránsito diferente (por ejemplo, su péptido de tránsito natural).
a secuencia de ácidos nucleicos que codifica un péptido de tránsito corri
marco de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica un poli
lo, un polipéptido TGasa que carece de su propio péptido de trán
as moleculares estándar conocidas en el arte.
3: Ejemplos de secuencias de péptidos de tránsito útiles para que los
ijan a los plástidos.
de acceso a Organismo fuente Función de la Secuencia de péptidos EQ ID NO proteína
O: Chlamydomonas Ferredoxina MA A RSTFAARVGA
RMSCMA
O: Chlamydomonas Rubisco activasa QVTMKSSAVSGQRV 5 RAQLQV
O: Arabidopsis thaliana Aspartato amino MASLMLSLGSTSLLPR 2 transferasa ASNPFLKAKSFSRVTM O: Arabidopsis thaliana Proteína portadora de MATQFSASVSLQTSCL 1 acilo 1 SNHGKTNLSFNLRRSI O: Arabidopsis thaliana Proteína portadora de MASIAASASISLQARPR 8 acilo 2 SNGRRSSLSFNLRQLP
También, los polipéptidos RHL1 , cuando se expresan en el arroz de étodos de la presente invención como se indica en la sección Ejempl as que tienen rasgos aumentados relacionados con el rendimiento, uiera de vigor temprano, mayor peso total de las semillas por planta, ma millas, mayor cantidad de semillas llenas y mayor índice de cosecha.
Asimismo, los polipéptidos tipo TRY (al menos en su forma nativa) n actividad de unión a ADN. Las herramientas y técnicas para medir la a ADN son bien conocidas en el arte.
También, los polipéptidos tipo TRY, cuando se expresan en el arroz los métodos de la presente invención como se indica en la secció cen plantas que tienen rasgos aumentados relacionados con el ren ular una o más de mayor vigor al momento de emerger, mayor tasa r índice de cosecha, mayor cantidad total de las semillas, mayor peso d r cantidad de panojas primarias, mayor cantidad de semillas llenas y/o e las semillas.
Además, los polipéptidos BZR (al menos en su forma nativa) típica dad de unión a ADN y opcionalmente actividad de unión a p mientas y técnicas para medir la actividad de unión a ADN son bien con Por ejemplo se puede usar la técnica EMSA que está basada en la ob s complejos proteína:ADN migren más lentamente que las moléculas d o se someten a electroforesis no desnaturalizante en gel de poliacrila cidos en el arte (He et al. 2005; Yin et al 2008). Preferentemente el elem mento caja E comprenden una secuencia que tiene al menos 70%, 80% de identidad de secuencia con la secuencia CGTGC(T/C)G (elemento : 90) y CANNTC (caja E: SEQ ID NO: 328) respectivamente. Con mayo gmento de ADN con el cual el polipéptido BZR se une es seleccionad otor CPD, DWF4, UBC y CNX5 como se describe en He el al. 2005.
Además, los polipéptidos BZR, cuando se expresan en el arroz de acu dos de la presente invención como se indica en la sección Ejemplo s que tienen mayor rendimiento de las semillas, en particular mayor las llenas.
Con relación a los polipéptidos RHL1 , la presente invención se ilustra formación de plantas con la secuencia de ácidos nucleicos representad 1 , que codifica la secuencia de polipéptidos de SEQ ID NO: 2. Sin ación de la invención no se restringe a estas secuencias; los mé ción se pueden realizar ventajosamente usando cualquier ácido ca RHL1 o polipéptido RHL1 como se define en la presente.
Con relación a los polipéptidos RHL1 , los ejemplos de ácidos n can polipéptidos RHL1 se indican en la Tabla A1 del Ejemplo 1 de s ácidos nucleicos son útiles para realizar los métodos de la in ncias de aminoácidos indicadas en la Tabla A1 del Ejemplo 1 son ncias de ortólogos y parálogos del polipéptido RHL1 representado por
" " " "
la secuencia incógnita (cuando la secuencia incógnita es SEQ ID NO: , el segundo BLAST sería, por lo tanto, contra secuencias de Arabidop se comparan los resultados del primer y segundo BLAST. Se identifica coincidencia de alto rango en el primer BLAST proviene de la misma eriva la secuencia incógnita, entonces una nueva búsqueda BLAST id resultado que la secuencia incógnita se encuentre entre las mayores c ntifica un ortólogo si una coincidencia de alto rango en el primer BLAST misma especie de la cual deriva la secuencia incógnita, y preferenteme ado que la nueva búsqueda BLAST en la secuencia incógnita se encue res coincidencias.
Con relación a los polipéptidos TGasa, la presente invención se ilustra ormación de plantas con la secuencia de ácidos nucleicos representad 44, que codifica la secuencia de polipéptidos TGasa de SEQ ID rgo, la realización de la invención no se restringe a estas secuencias; invención se pueden realizar ventajosamente usando cualquier secuen icos que codifica un polipéptido TGasa como se define en la presente.
Con relación a los polipéptidos TGasa, ejemplos de secuencia i eos que codifican polipéptidos TGasa se indican en la Table A2 del Ej nte. Dichas secuencias de ácidos nucleicos son útiles para realizar los ención. Las secuencias de polipéptidos indicadas en la Tabla A2 del Ej plos de secuencias de ortólogos y parálogos del polipéptido TGasa repr
" " " "
la secuencia incógnita (cuando la secuencia incógnita es SEQ ID NO: 5, la segunda BLAST sería, por lo tanto, contra secuencias de Oryza s mparan los resultados del primer y segundo BLAST. Se identifica un pa idencia de alto rango en el primer BLAST proviene de la misma especi la secuencia incógnita, entonces una nueva búsqueda BLAST idealme ado que la secuencia incógnita se encuentre entre las mayores coin fica un ortólogo si una coincidencia de alto rango en el primer BLAST no sma especie de la cual deriva la secuencia incógnita, y preferenteme ado que la nueva búsqueda BLAST en la secuencia incógnita se encue res coincidencias.
Con relación a los polipéptidos tipo TRY, la presente invención se ilus nsformación de plantas con la secuencia de ácidos nucleicos represent : 75, que codifica la secuencia de polipéptidos de SEQ ID NO: 76. Sin ación de la invención no se restringe a estas secuencias; los mé ción se pueden realizar ventajosamente usando cualquier ácido n ca tipo TRY o polipéptido tipo TRY como se define en la presente.
Con relación a los polipéptidos tipo TRY, ejemplos de ácidos n can polipéptidos tipo TRY se indican en la Table A3 del Ejemplo 1 de s ácidos nucleicos son útiles para realizar los métodos de la in ncias de aminoácidos indicadas en la Tabla A3 del Ejemplo 1 son ncias de ortólogos y parálogos del polipéptido tipo TRY representadas
" " " "
a la secuencia incógnita (cuando la secuencia incógnita es SEQ ID NO: 76, el segundo BLAST sería, por lo tanto, contra secuencias de Arabido mparan los resultados del primer y segundo BLAST. Se identifica un par idencia de alto rango en el primer BLAST proviene de la misma especi la secuencia incógnita, entonces una nueva búsqueda BLAST idealme ado que la secuencia incógnita se encuentre entre las mayores coinc fica un ortólogo si una coincidencia de alto rango en el primer BLAST no sma especie de la cual deriva la secuencia incógnita, y preferenteme ado que la nueva búsqueda BLAST en la secuencia incógnita se encue res coincidencias.
Con relación a los polipéptidos BZR, la presente invención se ilustra ormación de plantas con la secuencia de ácidos nucleicos representada 38, que codifica la secuencia de polipéptidos de SEQ ID NO: 239. Sin ación de la invención no se restringe a estas secuencias; los mé ción se pueden realizar ventajosamente usando cualquier ácido n ca BZR o polipéptido BZR como se define en la presente.
Con relación a los polipéptidos BZR, ejemplos de ácidos nucleicos q ptidos BZR se indican en la Table A4 del Ejemplo 1 de la presente. D icos son útiles para realizar los métodos de la invención. Las se ácidos indicadas en la Tabla A4 del Ejemplo 1 son ejemplos de se gos y parálogos del polipéptido BZR representadas por SEQ ID NO: 23
" " " "
a la secuencia incógnita (cuando la secuencia incógnita es SEQ ID NO O: 239, el segundo BLAST sería, por lo tanto, contra secuencias de na). Luego se comparan los resultados del primer y segundo BLAST. rálogo si una coincidencia de alto rango en el primer BLAST proviene cie de la cual deriva la secuencia incógnita, entonces una nueva búsq mente da como resultado que la secuencia incógnita se encuentre entre idencias; se identifica un ortólogo si una coincidencia de alto rango T no proviene de la misma especie de la cual deriva la secuencia rentemente da como resultado que la nueva búsqueda BLAST en ? nita se encuentre entre las mayores coincidencias.
Las coincidencias de alto rango son las que tienen bajo valor E. Cua l valor E, más significativa es la calificación (o, en otras palabra bilidad dé hallar la coincidencia por azar). El cálculo del valor E es bien e. Además de los valores E, las comparaciones también se califican p entidad. El porcentaje de identidad se refiere a la cantidad de nucleótido oácidos) entre las dos secuencias comparadas de ácidos nucleicos (o na longitud particular. En el caso de grandes familias, se puede us ido de un árbol de unión cercano, para contribuir a visualizar la agrupac onados e identificar ortólogos y parálogos.
Con relación a los polipéptidos BZR, preferentemente, los polinucl en los métodos de la invención codifican un polipéptido que tien dos de la presente invención tienen sustancialmente ia misma activida nal como la proteína no modificada a partir de la cual se derivan. Otr para practicar los métodos de la invención son las variantes en la iza el uso del códon o en las cuales se eliminas los sitios diana de mtAR
Otras variantes de ácido nucleico útiles para practicar los métodos de en porciones de secuencias de ácidos nucleicos que codifican polipépti ptidos TGasa, o polipéptidos tipo TRY, o polipéptidos BZR, secuenci i eos que hibridan con secuencias de ácidos nucleicos que codifican , o polipéptidos TGasa, o polipéptidos tipo TRY, o polipéptidos BZR, las lme de las secuencias de ácidos nucleicos que codifican polipéptid ptidos tipo TRY, o polipéptidos BZR, las variantes alélicas de ácidos n can polipéptidos RHL1 , o polipéptidos TGasa, o polipéptidos tipo TRY, o y las variantes de secuencias de ácidos nucleicos que codifican polipé lipéptidos TGasa, o polipéptidos tipo TRY, o polipéptidos BZR, o posición génica. Los términos secuencia de hibridación, variante d te alélica y transposición génica son como se describen en la presente.
Los ácido nucleicos que codifican polipéptidos RHL1 , o polipéptid ptidos tipo TRY, o polipéptidos BZR, no necesitan ser ácidos nucleico dado que la realización de los métodos de la invención no depende ncias de ácidos nucleicos de longitud total. De acuerdo con la presen ovee un método para mejorar rasgos relacionados con el rendimiento en ncialmente la misma actividad biológica que las secuencias de das en la Tabla A1 del Ejemplo 1. Preferentemente, la porción es un uiera de los ácidos nucleicos indicados en la Tabla A1 del Ejemplo n de un ácido nucleico que codifica un ortólogo o parálogo de cualq ncias de aminoácidos indicadas en la Tabla A1 del Ejemplo 1. Prefer n tiene al menos 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 100 cutivos de longitud, siendo los nucleótidos consecutivos de cualq ncias de ácidos nucleicos indicadas en la Tabla A1 del Ejemplo 1 , o Íco que codifica un ortólogo o parálogo de cualquiera de las se ácidos indicadas en ia Tabla A1 del Ejemplo 1. Con máxima preferenc a porción del ácido nucleico de SEQ ID NO: 1. Preferentemente, la por gmento de una secuencia de aminoácidos que, cuando se utiliza en la árbol filogenético, tal como el representado en la Figura 3, se agrupa c s polipéptidos RHL1 que se origina de una planta dicotiledónea que c ncia de aminoácidos representada por SEQ ID NO: 2 más que con c .
Con relación a los polipéptidos TGasa, las porciones útiles en los m ción, codifican un polipéptido TGasa como se define en la presen ncialmente la misma actividad biológica que las secuencias de das en la Tabla A2 del Ejemplo 1. Preferentemente, la porción es un uiera de las secuencias de ácidos nucleicos indicadas en la Tabla A2 d s secuencias de polipéptidos indicadas en la Tabla A de la presente. rencia, la porción es una porción de la secuencia de ácidos nucleicos de
Con relación a los polipéptidos tipo TRY, las porciones útiles en los m ción, codifican un polipéptido tipo TRY como se define en la prese ncialmente la misma actividad biológica que las secuencias de das en la Tabla A3 del Ejemplo 1. Preferentemente, la porción es un uiera de los ácidos nucleicos indicados en la Tabla A3 del Ejemplo n de un ácido nucleico que codifica un ortólogo o parálogo de cualq ncías de aminoácidos indicadas en la Tabla A3 del Ejemplo 1. Prefer n tiene al menos 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 6 850, 900, 950, 1000, 1050, 1 100, 1150, 1200, 1250, 1300, 1350, 1400, , 1600, 1650, 1700, 1750, 1800, 1850, 1900, 1950, 2000, 2050, 2100, , 2300, 2350, 2400, 2450, 2500 nucleótidos consecutivos de longitu ótidos consecutivos de cualquiera de las secuencias de ácidos nucleic Tabla A3 del Ejemplo 1 , o de un ácido nucleico que codifica un ortólog alquiera de las secuencias de aminoácidos indicadas en la Tabla A3 d máxima preferencia la porción es una porción del ácido nucleico de SE rentemente, la porción codifica un fragmento de un polipéptido que c nio de unión a ADN tipo Myb (dominio PFam PF00249.17, dom 717, dominio ProfiieScan PS50090, Panther PTHR10641 :SF26).
áxima preferencia la porción es una porción del ácido nucleico de SEQ rentemente, la porción codifica un fragmento de una secuencia de amin rende un dominio de proteína que tiene, en orden creciente de prefe 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91 %, 92%, 93%, 97%, 98%, o 99% de identidad de secuencia con el dominio tipo bH senta en SEQ ID NO: 326.
Otra variante de ácido nucleico útil en los métodos de la inven ncia de ácidos nucleicos capaz de hibridarse, en condiciones de ida, con preferencia en condiciones rigurosas, con un ácido nucleico qu ptido RHL1 , o un polipéptido TGasa, o un polipéptido tipo TRY, o u como se definen en la presente, o con una porción como se define en la
Con relación a los polipéptidos RHL1 , o polipéptidos tipo TRY, de ac nte invención, se provee un método para mejorar rasgos relacion iento en plantas, que comprende introducir y expresar en una plañ ico capaz de hibridarse con cualquiera de los ácidos nucleicos indicado en la Tabla A3 del Ejemplo 1 , o que comprende introducir y expresar e ido nucleico capaz de hibridarse con un ácido nucleico que codifica go u homólogo de cualquiera de las secuencias de ácidos nucleicos ind A1 , o en la Tabla A3 del Ejemplo .
rende introducir y expresar en una planta un ácido nucleico capaz de hi ido nucleico que codifica un ortólogo, parálogo u homólogo de cualq ncias de ácidos nucleicos indicadas en la Tabla A4 del Ejemplo 1.
Con relación a los polipéptidos RHL1 , las secuencias de hibridación os de la invención codifican un polipéptido RHL1 como se define en tienen sustancialmente la misma actividad biológica que las se ácidos indicadas en la Tabla A1 del Ejemplo 1. Preferentemente, la s ación es capaz de hibridarse con cualquiera de los ácidos nucleicos ind A1 del Ejemplo 1 , o con una porción de cualquiera de estás secuenci orción es como se definió anteriormente, o la secuencia de hibridación arse con un ácido nucleico que codifica un ortólogo o parálogo de cual ncías de aminoácidos indicadas en la Tabla A1 del Ejemplo 1. rencia, la secuencia de hibridación es capaz de hibridarse con un á sentado por SEQ ID NO: 1 o con una porción de éste.
Con relación a los polipéptidos TGasa, las secuencias de hibridación os de la invención codifican un polipéptido TGasa como se define en l sustancialmente la misma actividad biológica que las secuencias de das en la Tabla A2 del Ejemplo 1. Preferentemente, la secuencia de h de hibridarse con cualquiera de las secuencias de ácidos nucleicos in A2 del Ejemplo 1 , o con un complemento de éstas, o con una porción tas secuencias, en donde una porción es como se definió anteriormente étodos de la invención codifican un polipéptido tipo TRY como se nte, que tienen sustancíalmente la misma actividad biológica que las se ácidos indicadas en la Tabla A3 del Ejemplo 1. Preferentemente, la s ación es capaz de hibridarse con el complemento de cualquiera d icos indicados en la Tabla A3 del Ejemplo 1 , o con una porción de c secuencias, en donde una porción es como se definió anteriormente, o I bridación es capaz de hibridarse con el complemento de un ácido ca un ortólogo o parálogo de cualquiera de las secuencias de aminoácid Tabla A3 del Ejemplo 1. Con máxima preferencia, la secuencia de hi de hibridarse con el complemento de un ácido nucleico representado 5 o con una porción de ésta.
Con relación a los polipéptidos BZR, las secuencias de hibridación os de la invención codifican un polipéptido BZR como se define en la p sustancíalmente la misma actividad biológica que las secuencias de das en la Tabla A4 del Ejemplo 1. Preferentemente, la secuencia de hi de hibridarse con el complemento de cualquiera de los ácidos nucleic Tabla A4 del Ejemplo 1 , o con una porción de cualquiera de estas se e una porción es como se definió anteriormente, o la secuencia de hi de hibridarse con el complemento de un ácido nucleico que codifica ogo de cualquiera de las secuencias de aminoácidos indicadas en la plo 1. Con máxima preferencia, la secuencia de hibridación es capaz Con relación a los polipéptidos BZR, preferentemente, la secuencia d rende un dominio de proteína o codifica un polipéptido con una s ácidos que, cuando es de longitud total comprende un dominio de , en orden creciente de preferencia 50%, 51 %, 52%, 53%, 54%, 55%, 59%, 60%, 61 %, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81 %, 82%, 83%, 84%, 85%, 89%, 90%, 91 %, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, o 99% de i ncia con un dominio tipo bHLH representado por SEQ ID NO: 326.
Otra variante de secuencia de ácidos nucleicos útil en los métodos de a variante de empalme que codifica un polipéptido RHL1 , o un polipépti olipéptido tipo TRY, o un polipéptido BZR, como se definió en iormente, siendo una variante de empalme como se define en la present
Con relación a los polipéptidos RHL1 , o polipéptidos tipo TRY, de ac nte invención, se provee un método para mejorar rasgos relacion miento en plantas, que comprende introducir y expresar en una planta palme de cualquiera de las secuencias de ácidos nucleicos indicadas en la Tabla A3 del Ejemplo 1 , o una variante de empalme de un ácido ca un ortólogo, parálogo u homólogo de cualquiera de las se ácidos indicadas en la Tabla A1 , o en la Tabla A3 del Ejemplo 1.
Con relación a los polipéptidos TGasa, de acuerdo con la presente i e un método para aumentar rasgos relacionados con el rendimiento de uiera de las secuencias de aminoácidos indicadas en la Tabla A4 del Eje Con relación a los polipéptidos RHL1 , las variantes de empalme pr tes de empalme de un ácido nucleico representado por SEQ ID N te de empalme de un ácido nucleico que codifica un ortólogo o parálog 2. Preferentemente, la secuencia de aminoácidos codificada por la lme, cuando se utiliza en la construcción de un árbol filogenético, sentado en la Figura 3, se agrupa con cualquiera de los polipéptidos a de una planta dicotiledónea que comprende la secuencia de sentada por SEQ ID NO: 2 más que con cualquier otro grupo.
Con relación a los polipéptidos TGasa, las variantes de empalme pr tes de empalme de una secuencia de ácidos nucleicos representada 4, o una variante de empalme de una secuencia de ácidos nucleicos qu go o parálogo de SEQ ID NO: 45. Preferentemente, la variante de emp nte de empalme de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica u lipéptidos que tiene, en orden creciente de preferencia al menos 50% 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98%, 99% o más de identidad de S ácidos con el polipéptido TGasa representado por SEQ ID NO: 45 o c secuencias de polipéptidos indicadas en la Tabla A2 de la presente.
Con relación a los polipéptidos tipo TRY, las variantes de empalme p riantes de empalme de un ácido nucleico representado por SEQ ID N te de empalme de un ácido nucleico que codifica un ortólogo o parálog sentado por SEQ ID NO: 326.
Otra variante de secuencia de ácidos nucleicos útiles para realizar los ención es una variante alélica de un ácido nucleico que codifica un polip polipéptido TGasa, o polipéptido tipo TRY, o un polipéptido BZR, como esente anteriormente, en donde una variante alélica es como se nte.
Con relación a los polipéptidos RHL1 , o polipéptidos tipo TRY, de ac nte invención, se provee un método para mejorar rasgos relacion miento en plantas, que comprende introducir y expresar en una planta a de cualquiera de los ácidos nucleicos indicados en la Tabla A1 , o en jemplo 1 , o que comprende introducir y expresar en una planta una va ácido nucleico que codifica un ortólogo, parálogo u homólogo de cual ncias de aminoácidos indicadas en la Tabla A1 , o en la Tabla A3 del Ej
Con relación a los polipéptidos TGasa, de acuerdo con la presente i e un método para aumentar los rasgos relacionados con el rendim las, que comprende introducir y expresar en una planta, una varian uiera de las secuencias de ácidos nucleicos indicadas en la Tabla A2 d e comprende introducir y expresar en una planta, una variante al ncía de ácidos nucleicos que codifica un ortólogo, parálogo u h uiera de las secuencias de polipéptidos indicadas en la Tabla A2 del Eje
Con relación a los polipéptidos BZR, de acuerdo con la presente i : 1 o una variante alélica de un ácido nucleico que codifica un ortólog EQ ID NO: 2. Preferentemente, la secuencia de aminoácidos codifi te alélica, cuando se utiliza en la construcción de un árbol filogenético, sentado en la Figura 3, se agrupa con cualquiera de los polipéptidos a de una planta dicotiledónea que comprende la secuencia de sentada por SEQ ID NO: 2 más que con cualquier otro grupo.
Con relación a los polipéptidos TGasa, las variantes alélicas útiles en presente invención tienen sustancialmente la misma actividad bioló ptido TGasa de SEQ ID NO: 45 y cualquiera de las secuencias de sentados en la Tabla A2 del Ejemplo 1. Las variantes alélicas e aleza, y el uso de estos átelos naturales está comprendido en los m nte invención. Preferentemente, la variante alélica es una variante alé : 44 o una variante alélica de una secuencia de ácidos nucleicos qu go o parálogo de SEQ ID NO: 45. Preferentemente, la variante al te alélica de una secuencia de polipéptidos que tiene, en orden renda al menos 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95 S de identidad de secuencia de aminoácidos con el polipéptido TGasa r EQ ID NO: 45 o con cualquiera de las secuencias de polipéptidos ind A2 de la presente.
Con relación a los polipéptidos tipo TRY, los polipéptidos codifica tes alélicas útiles en los métodos de la presente invención tienen susta dad biológica que el polipéptido BZR de SEQ ID NO: 239 y cualq oácidos representados en la Tabla A4 del Ejemplo 1. Las variantes alél naturaleza, y el uso de estos alelos naturales está comprendido en los sente invención. Preferentemente, la variante alélica es una variante alé : 238 o una variante alélica de un ácido nucleico que codifica un ortólog Q ID NO: 239. Preferentemente, la secuencia de aminoácidos codificad rende un dominio de proteína que tiene en orden creciente de prefe 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61 %, 62%, 63%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91 %, 92%, 93%, 97%, 98%, o 99% de identidad de secuencia a un dominio tipo bH senta en SEQ ID NO: 326.
También se puede utilizar transposición génica o evolución dirigida ntes de secuencias de ácidos nucleicos que codifican polipéptid ptidos TGasa, o polipéptidos tipo TRY, o polipéptidos BZR, com iormente; en donde el término "transposición génica" es como se nte.
Con relación a los polipéptidos RHL1 , o polipéptidos tipo TRY, de ac nte invención, se provee un método para mejorar rasgos relacion miento en plantas, que comprende introducir y expresar en una planta alquiera de las secuencias de ácidos nucleicos indicados en la Tabla A1 Con relación a los polipéptidos BZR, de acuerdo con la presente i e un método para incrementar el rendimiento de semillas en plantas, qu ucir y expresar en una planta una variante de cualquiera de las se s nucleicos indicados en la Tabla A4 del Ejemplo 1 , o que comprend sar en una planta una variante de un ácido nucleico que codifica ogo u homólogo de cualquiera de las secuencias de aminoácidos indt A4 del Ejemplo 1 , cuyas variantes de ácidos nucleicos se o posición génica.
Con relación a los polipéptidos RHL1 , preferentemente, la s oácidos codificada por la variante de ácido nucleico obtenida por t a, cuando se utiliza en la construcción de un árbol filogenético sentado en la Figura 3, se agrupa con cualquiera de los polipéptidos a de una planta dicotiledónea que comprende la secuencia de sentada por SEQ ID NO: 2 más que con cualquier otro grupo.
Con relación a los polipéptidos TGasa, preferentemente, la variante cidos nucleicos obtenida por transposición génica codifica una s ptidos que tiene en orden creciente de preferencia al menos 50%, 55 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98%, 99% o más de identidad de s oácidos con el polipéptido de TGasa representado por SEQ ID NO: 45 o secuencias de polipéptidos indicadas en la Tabla A2 de la presente.
Con relación a los polipéptidos tipo TRY, preferentemente, la s génesis dirigida a sitio. Existen diversos métodos disponibles pa génesis dirigida a sitio, siendo los más habituales los aquellos métodos (Current Protocols in Molecular Biology. Wiley Eds.).
Los ácidos nucleicos que codifican polipéptidos RHL1 pueden derivar e natural o artificial. El ácido nucleico puede modificarse de su forma osición y/o ambiente genómico mediante manipulación humana rentemente el ácido nucleico que codifica el polipéptido RHL1 es de un r preferencia de una planta dicotiledónea, con mayor preferencia d sicaceae, con máxima preferencia el ácido nucleico es de Arabidopsis t
Las secuencias de ácidos nucleicos que codifican polipéptidos TG r de cualquier fuente natural o artificial. La secuencia de ácidos nucl icarse de su forma nativa en su composición y/o ambiente genómi ulación humana deliberada. La secuencia de ácidos nucleicos que ptido de TGasa es de una planta, con mayor preferencia de ledónea, con mayor preferencia de la familia Poaceae, con máxima p ncia de ácidos nucleicos es de Oryza sativa.
Los ácidos nucleicos que codifican polipéptidos tipo TRY puede uier fuente natural o artificial. El ácido nucleico puede modificarse de su composición y/o ambiente genómico mediante manipulación human rentemente el ácido nucleico que codifica el polipéptido tipo TRY es d ayor preferencia de una planta dicotiledónea, con mayor preferencia un ácido nucleico representado por cualquiera de SEQ ID NO: 13, 15, un ácido nucleico o fragmento de este que es complementario de c SEQ ID NO: 13, 15, 17, 19;
un ácido nucleico que codifica un polipéptido BZR que tiene, en orden preferencia, al menos 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, o 99% o más de secuencia a una de SEQ ID NO: 14, 16, 18, 20;
un ácido nucleico capaz de hibridarse en condiciones rigurosas a cual ácidos nucleicos dados en (i), (ii) o (iii) anteriores.
De acuerdo con otra forma de realización de la presente invención, s o un polipéptido aislado que comprende:
una secuencia de aminoácidos que tiene, en orden creciente de pr menos 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, o 99% o más de identidad de sec de SEQ ID NO: 14, 16, 18, 20;
derivados de cualquiera de la secuencias de aminoácidos dadas en (i).
Con relación a los polipéptidos RHL1 , la realización de los métodos de ce plantas que tienen rasgos mejorados relacionados con el ren ular la realización de los métodos de la invención produce plantas que t r rendimiento de semillas con respecto a plantas de control. Los tér rano", "rendimiento" y "rendimiento de semilla" se describen en mayor ón "definiciones" de la presente.
Con relación a los polipéptidos BZR, la realización de los métodos de ce plantas que tienen mayor rendimiento de las semillas
Con relación a los polipéptidos RHL1 , la referencia que se haga en l sgos mejorados relacionados con el rendimiento significa un aumento e ) de una o más partes de la planta, que puede incluir partes aéreas ( rtes por debajo del suelo (cosechables). En particular, tales partes cos ias, y la realización de los métodos de la invención da como resultado mayor rendimiento de las semillas en relación con el rendimiento de se s de control.
Con relación a los polipéptidos tipo TRY, la referencia que se haga e rasgos mejorados relacionados con el rendimiento significa un aument ano y/o un aumento en la biomasa (peso) de una o más partes de la incluir partes aéreas (cosechables) y/o partes por debajo del suelo (c rticular, tales partes cosechables son semillas, y la realización de los m ción da como resultado plantas que tienen mayor rendimiento de las ón con el rendimiento de semillas de las plantas de control.
Con relación a los polipéptidos BZR, la referencia que se hace en la p rendimiento significa uno o más de los siguientes parámetros de ud/diámetro de la mazorca, aumento de la tasa de llenado de semilla ad de semillas llenas dividido por la cantidad total de semillas y mul entre otros. Si se toma al arroz como ejemplo, un mayor rendimien estar como aumento de uno o más de los siguientes: cantidad de plant ado, cantidad de panículos por planta, cantidad de espículas por paníc res (inflorescencias) por panículo (que se expresa como la relación entr millas llenas y la cantidad de panículos primarios), aumento de la tasa d as (que es la cantidad de semillas llenas dividido por la cantidad total licado por 100), aumento del peso de mil granos, entre otros.
La presente invención provee un método para incrementar el ialmente el rendimiento de semillas en plantas, con respecto a planta método comprende modular la expresión en una planta de un ácido ca un polipéptido RHL1 , o un polipéptido tipo TRY, como se define en la
La presente invención también provee un método para increme onados con el rendimiento de plantas respecto a plantas de control, rende aumentar la expresión en una planta de una secuencia de ácid odifica un polipéptido de TGasa como se define en la presente.
La presente invención además provee un método para incrementar el millas de plantas, con respecto a plantas de control, cuyo método lar la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un poli se define en la presente.
ración de la semilla. El aumento de la tasa de crecimiento puede ocur stadios en el ciclo de vida de una planta o durante sustancialmente tod e la planta. El aumento de la tasa de crecimiento durante las etapas te de vida de una planta puede reflejar incremento del vigor. El aumento d iento puede alterar el ciclo de cosecha de una planta lo cual permite s las plantas y/o cosecharlas antes de lo que sería posible de otro mod er un efecto similar con tiempo de floración más temprano). Si se in nte la tasa de crecimiento, permitiría la siembra adicional de semillas ie vegetal (por ejemplo, la siembra y cosecha de plantas de arroz s ra y cosecha de otras plantas de arroz, todo ello dentro de un iento convencional). De modo similar, si se incrementa lo suficient iento, permitiría la siembra adicional de semillas de distinta especie lo, la siembra y cosecha de plantas de maíz seguido de, por ejemplo, nal cosecha de soja, papa o cualquier otra planta adecuada). También les las cosechas adicionales de los mismos troncos en el caso de algun o. La alteración del ciclo de cosecha de una planta puede conducir a un ducción de biomasa anual por metro cuadrado (debido a un aumento d ces (por ejemplo, un año) que cualquier planta particular se pue har). Un aumento de la tasa de crecimiento también puede permitir s transgénicas en una zona geográfica más amplia que sus contrapar tre, dado que las limitaciones territoriales para cultivar una planta icos que codifica un polipéptido RHL1 , o un polipéptido de TGasa, o po un polipéptido BZR, como se define en la presente.
Los rasgos aumentados relacionados con el rendimiento de las se si la planta está en condiciones sin estrés o si la planta está expuest de estrés en comparación con las plantas de control en condiciones lantas generalmente responden a la exposición al estrés con un cre . En condiciones de estrés severo, la planta incluso puede detener su cr leto. Por otra parte, el estrés leve se define en la presente como cualq stá expuesta una planta y que no da por resultado que la planta cese leto sin la capacidad de reiniciar el crecimiento. En el sentido de la i s leve conduce a una reducción del crecimiento de las plantas estresad %, 35% o 30%, preferentemente menos de 25%, 20% o 15%, más pref s de 14%, 13%, 12%, 11% o 10% o menos en comparación con la plan ndiciones sin estrés. Debido a los adelantos en las prácticas agrícola ación, tratamientos con pesticidas) a menudo las plantas de culti tidas a distintos tipos de estrés severos. Como consecuencia, el rometido inducido por estrés leve es a menudo una característica inde ultura. El estrés leve es el estrés biótico y/o abiótico (ambiental) cotidian esta una planta. El estrés abiótico se puede deber a sequía o exceso de róbico, estrés salino, toxicidad química, estrés oxidativo y temperaturas congelación. El estrés abiótico puede ser estrés osmótico causado por eraturas extremas y oxidativo están interconectados y pueden inducir el año celular por mecanismos similares. Rabbani et al. (Plant Physiol 1767) describe un grado particularmente alto de "intercomunicación" equía y estrés por alta salinidad. Por ejemplo, la sequía y/o la sal iestan principalmente como estrés osmótico, lo cual da como resultado homeostasis y la distribución iónica en la célula. El estrés oxidativo, qu paña al estrés por temperatura alta o baja, salinidad o sequía, pue turalización de proteínas funcionales y estructurales. Como consecu os tipos de estrés ambiental a menudo activan vías de señalizaci estas celulares similares, tales como la producción de proteínas d ción en forma ascendente de antioxidantes, la acumulación de solutos etención del crecimiento. El término condiciones "sin estrés" tal como nte son las condiciones ambientales que permiten el óptimo crecim s. Los expertos en el arte conocen las condiciones normales del ciones climáticas para una determinada ubicación. Las plantas ciones de crecimiento (cultivadas en condiciones sin estrés) generalmen creciente de preferencia, por lo menos 97%, 95%, 92%, 90%, 87%, 77% o 75% de la producción promedio de dicha planta en un ambiente oducción promedio se puede calcular sobre la base de la cosecha y/o xpertos en el arte conocen el rendimiento de la producción promedio de El término "estrés abiótico" tal como se define en la presente signific incrementar rasgos relacionados con el rendimiento en las semillas, adas en condiciones de estrés abiótico, cuyo método comprende sión en una planta de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica u asa. De acuerdo con un aspecto de la invención, el estrés abiótico tico, seleccionado de uno o más de los siguientes: estrés hídrico, e s oxidativo y estrés iónico.
Otro ejemplo de estrés ambiental abiótico consiste en la disponibilidad más nutrientes que deben ser asimilados por las plantas para el e rollo. Debido a la fuerte influencia de la eficiencia en el uso de nutrie miento vegetal y la calidad del producto, se verte una gran cantidad de f mpos para optimizar el crecimiento y la calidad de la planta. La producti s comúnmente está limitada por tres nutrientes primarios: fósfor eno, y de los tres el último es el elemento que limita la velocidad de er nta. Por lo tanto, el principal elemento nutricional necesario para el creci es el nitrógeno (N). Es un elemento constitutivo de numerosos tantes que se encuentran en las células vivientes, incluso aminoácid as), ácidos nucleicos y clorofila. De 1 ,5% a 2% de la materia seca de eno y aproximadamente 16% de la proteína total de la planta. De e nibilidad de nitrógeno es un factor limitativo importante para el crec cción de plantas de cultivo (Frink et al. (1999) Proc Nati Acad Sci USA ), y tiene también un impacto importante en la acumulación de nibilidad reducida de nutrientes puede ser el resultado de la deficiencia trientes tales como nitrógeno, fosfatos y otros compuestos que contie io, calcio, cadmio, magnesio, manganeso, hierro y boro, rentemente, la disponibilidad reducida de nutrientes es disponibilidad eno.
Con relación a los polipéptidos RHL1 , la realización de los métodos de a plantas cultivadas en condiciones libres de estrés o en condiciones de ayor rendimiento con respecto a plantas de control cultivadas en arables. Por lo tanto, de acuerdo con la presente invención, se prove incrementar el rendimiento en plantas cultivadas en condiciones libres d ciones de sequía leve, cuyo método comprende modular la expresión e a secuencia de ácidos nucleicos que codifica un polipéptido RHL1.
Con relación a los polipéptidos TGasa, la realización de los mé ción genera plantas cultivadas en condiciones libres de estrés o en co S leve que tiene rasgos aumentados relacionados con el rendimiento en especto a plantas de control cultivadas en condiciones comparables. Po do con la presente invención, se provee un método para incrementa onados con el rendimiento de semillas en plantas cultivadas en condició o en condiciones de estrés leve, cuyo método comprende aumentar la lanta de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica un polipéptido
Con relación a los polipéptidos tipo TRY, la realización de los m iciones libres de estrés o en condiciones de sequía leve, cuyo métod lar la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polip
Con relación a los polipéptidos RHL1 , la realización de los métodos de ra plantas cultivadas en condiciones de deficiencia de nutrientes, en iciones de deficiencia de nitrógeno, con mayor rendimiento con respecto ol cultivadas en condiciones comparables. Por lo tanto, de acuerdo co ción, se provee un método para incrementar el rendimiento en plantas iciones de deficiencia de nutrientes, cuyo método comprende modular a planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido RHL1. La d ntes puede ser el resultado de la falta de nutrientes tales como nitróge compuestos que contienen fósforo, potasio, calcio, cadmio, magnesio, y boro, entre otros.
Con relación a los polipéptidos tipo TRY, la realización de los m ción genera plantas cultivadas en condiciones de deficiencia de n ular en condiciones de deficiencia de nitrógeno, con mayor rendimiento tas de control cultivadas en condiciones comparables. Por lo tanto, de sente invención, se provee un método para incrementar el rendimient adas en condiciones de deficiencia de nutrientes, cuyo método compre presión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polipéptido iencia de nutrientes puede ser el resultado de la falta de nutrientes eno, fosfatos y otros compuestos que contienen fósforo, potasio, calci esio, manganeso, hierro y boro, entre otros.
Con relación a los polipéptidos tipo TRY, la realización de los mé ción genera plantas cultivadas en condiciones de estrés salino, miento con respecto a plantas de control cultivadas en condiciones comp to, de acuerdo con la presente invención, se provee un método para in miento en plantas cultivadas en condiciones de estrés salino, c rende modular la expresión en una planta de un ácido nucleico que ptido tipo TRY. El término estrés salino no se encuentra limitado a l I), sino que puede se uno o más de: NaCI, KCI, LiCI, MgCI2, CaCI2, entre
Con relación a los polipéptidos BZR, la realización de los métodos de ra plantas cultivadas en condiciones de estrés salino, con mayor ren las con respecto a plantas de control cultivadas en condiciones compar , de acuerdo con la presente invención, se provee un método para in miento de semillas en plantas cultivadas en condiciones de estrés do comprende modular la expresión en una planta de un ácido nucleico lipéptido BZR. El término estrés salino no se encuentra limitado a l I), sino que puede se uno o más de: NaCI, KCI, LiCI, MgCI2, CaCI2, entre
La presente invención abarca plantas o partes de estas (incluso se s que pueden obtenerse mediante métodos de acuerdo con la presen lantas o sus partes comprenden un transgén de ácido nucleico que ptido RHL1 , o un polipéptido de TGasa, o un polipéptido tipo TRY, o u un polipéptido tipo TRY, o un polipéptido BZR, como se definió anterior una o más secuencias de control capaces de dirigir, o aumentar la ex secuencia de ácidos nucleicos de (a); y opcionalmente
una secuencia de terminación de la transcripción.
Preferentemente, la secuencia de ácidos nucleicos que codifica un , o un polipéptido de TGasa, o un polipéptido tipo TRY, o un polipépt se definió anteriormente. El término "secuencia de control" y "s nación" son como se define en la presente.
Con relación a los polipéptidos TGasa, preferentemente, una de las s ol de un constructo es un promotor específico de semilla aislado de al. Un ejemplo de un promotor específico de semilla es un promo lina, preferentemente el promotor alfa-globulina del arroz, con mayor pr otor alfa-globulina representado por SEQ ID NO: 72. De manera alte ncia control es un promotor constitutivo, por ejemplo un prom rentemente un promotor GOS2 del arroz, con máxima preferencia a secu sentada por SEQ ID NO: 71.
Las plantas se transforman con un vector que comprende cualquiera i eos descritos anteriormente. El experto en el arte se encuentra al ntos genéticos que deben estar presentes en el vector a fin de ionar y propagar exitosamente células huésped que contienen la s os, preferentemente un promotor constitutivo aislado a partir de un gen motor constitutivo vegetal dirige la expresión de una secuencia codific que en todas las instancias se encuentra por debajo del obtenido bajo romotor viral 35S Ca V. Un ejemplo de tal promotor es un pro sentado por SEQ ID NO: 71. Promotores específicos de órgano, por eje sión preferida en hojas, tallos, tubérculos, meristemas, son útiles para os de la invención. Los promotores inducibles y regulados por el desar tiles para realizar los métodos de la invención. Preferentemente, los íñeos de semilla son particularmente útiles en los métodos de la inv ciones de distintos tipos de promotor ver la sección "Definiciones" de la Con relación a los polipéptidos tipo TRY, ventajosamente, cualq otor, ya sea natural o sintético, puede ser usado para dirigir la exp ncía de ácidos nucleicos, pero preferentemente el promotor es de orige ularmente útil en los métodos un promotor constitutivo. Preferentement itutivo es un promotor constitutivo ubicuo de fuerza media. Para de tos tipos de promotor ver la sección "Definiciones" de la presente. Tamb étodos de la invención un promotor específico de raíz.
Con relación a los polipéptidos BZR, ventajosamente, cualquier tipo a natural o sintético, puede ser usado para dirigir la expresión de la s S nucleicos, pero preferentemente el promotor es de origen vegetal. itutivo es particularmente útil en los métodos. Preferentemente
itutivo es representado por SEQ ID NO: 39. Ver Tabla 2 en la sección " presente para ejemplos adicionales de promotores constitutivos.
De acuerdo con otra característica preferida de la invención, el ácido ea un polipéptido se encuentra ligado operativamente a un promotor e El promotor específico de raíz es preferentemente un promotor RCc3 (Pl Jan;27(2):237-48), con mayor preferencia el promotor RCc3 es del rentemente el promotor RCc3 es representado por una secuenci icos sustancialmente similar a SEQ ID NO: 43, con máxima preferencia presentado por SEQ ID NO: 43. Ejemplos de otros promotores especí ueden ser también usados para la realización de los métodos de la i tran en la Tabla 3 en la sección "Definiciones" anterior.
Con relación a los polipéptidos TGasa, debe ser claro que la aplica nte invención no se encuentra restringida a la secuencia de ácidos n ca el polipéptido de TGasa, representado por SEQ ID NO: 45, y entra restringida la aplicabilidad de la invención a la expresión de un s S nucleicos que codifica un polipéptido de TGasa cuando es dirigido por cífico de semilla.
Con relación a los polipéptidos tipo TRY, debe ser claro que la aplic nte invención no se encuentra restringida al ácido nucleico que ptido tipo TRY representado por SEQ ID NO: 75, y tampoco s ngida la aplicabilidad de la invención a la expresión de un ácido nucleico t Mol Biol. 1995 Jan;27(2):237-48), con mayor preferencia el promotor , más preferentemente el promotor RCc3 es representado por una s s nucleicos sustancialmente similar a SEQ ID NO: 235, con máxima p otor es representado por SEQ ID NO: 235. Ejemplos de otros promotore íz que pueden ser también usados para la realización de los métodos de uestran en la Tabla 2 en la sección "Definiciones" anterior.
Con relación a los polipéptidos tipo TRY, opcionalmente, una o más s nador pueden ser usadas en el constructo introducido en rentemente, el constructo comprende un cásete de expresión esencial ntico a SEQ ID NO 236, que comprende el promotor RCc3 y el ácido ca el polipéptido tipo TRY, o un cásete de expresión en donde el ácido ca el polipéptido tipo TRY se encuentra ligado operativamente a un pro rroz que es sustancialmente similar a SEQ ID NO: 237.
Con relación a los polipéptidos BZR, debe ser claro que la aplica nte invención no se encuentra restringida al ácido nucleico que ptido BZR representado por SEQ ID NO: 238, y tampoco se encuentra bilidad de la invención a la expresión de un ácido nucleico que ptido BZR cuando es dirigida por un promotor constitutivo.
El promotor constitutivo es preferentemente un promotor de fuerza r preferencia seleccionado de un promotor derivado de planta, tal como 2, con mayor preferencia es el promotor GOS2 del arroz. Más prefer ncia que tiene al menos 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57% 61 %, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71 %, 72%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81 %, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, o 99% de identidad de s omotor de origen vegetal.
Opcionalmente, una o más secuencias de terminador pueden ser u ructo introducido en una planta. Otros elementos reguladores pu radores de la transcripción así como también de la traducción. Los ex onocen las secuencias que pueden ser adecuadas para utilizar como rador en la realización de la invención. También se puede agregar un a la región 5' no traducida (UTR) o en la secuencia codificadora para in ad de mensaje maduro que se acumula en el citosol, como se de ón de definiciones. Otras secuencias control (además de las secuenci rador, silenciador, intrón, las regiones 3'UTR y/o 5'UTR) pueden se ilizadores de ARN y/o proteínas. El experto en el arte conoce o puede ad dichas secuencias.
Los constructos genéticos de la invención también pueden incluir u hgen de replicación necesaria para mantener y/o replicar en un ti cífica. Un ejemplo es cuando se requiere mantener un constructo gen bacteriana como elemento genético episomal (por ejemplo, molécula d ido). Preferentemente, los orígenes de replicación incluyen, sin limitado génicas que comprenden estos ácidos nucleicos, es ventajoso út adores (o genes informantes). Por lo tanto, la construcción gen render opcionalmente un gen marcador seleccionare. Los cionables se describen en mayor detalle en la sección "definiciones" de enes marcadores pueden ser retirados o cortados de la célula transgé a no se los necesita. Las técnicas para retirar los marcadores son con se describen técnicas útiles en la anterior sección de definiciones.
Se sabe que luego de la integración estable o transitoria de las se s nucleicos en las células vegetales, sólo una minoría de las células e ño y, si se desea, lo integra en su genoma, según el vector de expresió a de transfección usada. Para identificar y seleccionar estos int uce usualmente un gen codificador de un marcador seleccionare (t ritos con anterioridad) en las células huésped junto con el gen de plo, estos marcadores se pueden usar en mutantes en los cuales estos g nales, por ejemplo, por eliminación con métodos convencionales. culas de las secuencias de ácidos nucleicos que codifican un marcador S ueden introducir en una célula huésped en el mismo vector que c ncia que codifica los polipéptidos de la invención o usados en los m ción, o sino en un vector separado. Las células que han sido transfecta le con la secuencia de ácidos nucleicos introducida se pueden id lo, mediante selección (por ejemplo, las células que han integrado l rendimiento en las semillas con respecto a plantas de control, que c ucción y expresión en una planta de cualquier secuencia de ácidos n ca un polipéptido de TGasa como se definió en la presente con anteriori Con relación a los polipéptidos BZR, la invención también provee un oducción de plantas transgénicas que tienen mayor rendimiento de cto a plantas de control, que comprende la introducción y expresión e ualquier ácido nucleico que codifica un polipéptido BZR como se d nte con anterioridad.
Con relación a los polipéptidos RHL1 , más específicamente, la invenci do para la producción de plantas transgénicas que tienen rasgo ionados con el rendimiento, en particular rendimiento (de semilla) aum do comprende:
introducir y expresar en una planta o célula vegetal un ácido nucleico el polipéptido RHL1 ; y
cultivar la célula vegetal en condiciones que promueven el crecimient de la planta.
El ácido nucleico de (i) puede ser cualquiera de los ácidos nucleicos car un polipéptido RHL1 como se define en la presente.
Con relación a los polipéptidos TGasa, más especialmente, la prese e un método para la producción de plantas transgénicas que ti ados relacionados con el rendimiento, en particular vigor tempran miento de las semillas, cuyo método comprende:
introducir y expresar en una planta o célula vegetal un ácido nucleico un polipéptido tipo TRY; y
cultivar la célula vegetal en condiciones que promuevan el crecimiento de la planta.
El ácido nucleico de (i) puede ser cualquiera de los ácidos nucleicos icar un polipéptido tipo TRY como se define en la presente.
Con relación a los polipéptidos BZR, más específicamente, la presen e un método para la producción de plantas transgénicas que ti miento de las semillas, cuyo método comprende:
introducir y expresar en una planta o célula vegetal un ácido nucleico un polipéptido BZR; y
cultivar la célula vegetal en condiciones que promuevan el crecimiento de la planta.
El ácido nucleico de (i) puede ser cualquiera de los ácidos nucleicos car un polipéptido BZR como se define en la presente.
La secuencia de ácidos nucleicos puede introducirse directamente e al o en ia planta en sí (incluyendo la introducción en un tejido, órgan parte de una planta). De acuerdo con una característica preferida de tido a condiciones selectivas, de manera tal que las plantas transf an distinguir de las plantas no transformadas. Por ejemplo, las semillas ñera antes descrita se pueden sembrar y, después del período de creci ometidas a una selección adecuada por rociado. Otra posibilidad consis millas, si corresponde después de la esterilización, en placas de aga e de selección adecuado de manera que sólo las semillas transform r y convertirse en plantas. Alternativamente, las plantas transformadas determinar la presencia de un marcador seleccionare tal como l órmente.
Después de la transferencia y regeneración de ADN, las plantas ormadas se pueden evaluar, por ejemplo, mediante análisis So minar la presencia del gen de interés, la cantidad de copias y/o la mica. De manera alternativa o adicional, los niveles de expresión del ucido pueden ser monitoreados mediante análisis Northern y/o Wes s técnicas conocidas por los expertos en el arte.
Las plantas generadas transformadas pueden ser propagadas os, tales como por propagación clonal o técnicas de cultivo clásicas. Po e autocruzar una primera generación (o T1) de plantas transformadas cionar una segunda generación (o T2) de transformantes homocigotas, ego se pueden propagar adicionalmente por técnicas de cultivo c ismos generados transformados pueden adoptar diversas formas.
La invención también incluye células huésped que contienen una s s nucleicos aislada que codifica un polipéptido de TGasa como se nte con anterioridad. Las células huésped preferidas de acuerdo con élulas vegetales. Las células huésped para las secuencias de ácidos n r usado en el método de acuerdo con la invención, el cásete de tructo o vector son, en principio, ventajosamente todas las plantas, la ces de sintetizar los polipéptidos usados en el método de la invención.
Los métodos de la invención se pueden aplicar ventajosamente a cual lantas que son particularmente útiles en los métodos de la invención in plantas que pertenecen a la superfamilia Viridiplantae, en partic cotiledóneas y dicotiledóneas incluso forraje o legumbres forraje mentales, cultivos alimenticios, árboles o arbustos. De acuerdo con u ación preferida de la presente invención, la planta es una planta de plos de plantas de cultivo incluyen soja, girasol, cañóla, alfalfa, colza, lin te, papa y tabaco. Más preferentemente, la planta es una planta mon ejemplos de plantas monocotiledóneas incluyen caña de a rentemente, la planta es un cereal. Los ejemplos de cereales incluyen cebada, mijo, centeno, triticale, sorgo, triticum dicoccum, espelta, se coccum, teff, milo y avena.
La invención también se extiende a las partes cosechables de una pia sin limitarse a semillas, hojas, frutas, flores, tallos, raíces, rizomas, lipéptido tipo TRY; sin embargo los efectos de llevar a cabo el méto rar los rasgos relacionados con el rendimiento también pueden lograr técnicas bien conocidas en el arte, incluyendo pero sin limitarse a ción de T-ADN, TILLING, recombinación homologa. Se provee una de técnicas en la sección de definiciones.
Con relación a los polipéptidos TGasa, como se mencionó anteri do preferido para incrementar la expresión de una secuencia de ácidos n ea un polipéptido de TGasa consiste en la introducción y expresión en u ecuencia de ácidos nucleicos que codifica un polipéptido de TGasa; sin s de llevar a cabo el método, es decir, aumentar los rasgos relacion miento en las semillas, también pueden lograrse utilizando otras t idas en el arte, incluyendo pero sin limitarse a rotulado de activació NG, recombinación homologa. Se provee una descripción de estas té on de definiciones.
Con relación a los polipéptidos BZR, como se mencionó anteriorment rido para modular la expresión de una secuencia de ácidos nucleicos qu ptido BZR consiste en la introducción y expresión en una planta de un idos nucleicos que codifica un polipéptido BZR; sin embargo los efecto el método, es decir, aumentar el rendimiento de semilla también pue ndo otras técnicas bien conocidas en el arte, incluyendo pero sin limitar tivación de T-ADN, TILLING, recombinación homologa. Se provee una eno.
Incluso, la presente invención también abarca el uso de ácidos n can polipéptidos tipo TRY como se describe en la presente y el u ptidos tipo TRY en mejorar cualquiera de los rasgos antes onados con el rendimiento en plantas.
Además, la presente invención también abarca el uso de ácidos n can polipéptidos BZR como se describe en la presente y el uso de estos para aumentar cualquiera de los parámetros de rendimiento de s ionados en plantas.
Con relación a los polipéptidos RHL1 , las secuencias de ácidos n ean polipéptidos RHL1 descritos en la presente, o los polipéptidos os, puede encontrar utilidad en programas de reproducción en lo fica un marcador de ADN que puede encontrarse ligado genéticamente ea un polipéptido RHL1. Las secuencias de ácidos nucleicos/g ptidos RHL1 en si mismos pueden usarse para definir un marcador mo dor de ADN o proteína luego pueden ser usados en programas de seleccionar plantas que tienen rasgos mejorados relacionados con el se definió en la presente con anterioridad en los métodos de la invenció
Con relación a los polipéptidos TGasa, las secuencias de ácidos n can polipéptidos TGasa descritos en la presente, o los polipéptidos os, pueden ser útiles en programas de reproducción en los cuales se o proteína puede luego ser usado en programas de reproducción para as que tienen rasgos mejorados relacionados con el rendimiento como sente con anterioridad en los métodos de la invención.
Con relación a los polipéptidos BZR, las secuencias de ácidos n can un polipéptido BZR descrito en la presente, o los polipéptidos BZR e en ser útiles en programas de reproducción en los cuales se identifica N que puede estar ligado genéticamente a un gen que codifica un poli ecuencias de ácidos nucleicos/genes, o los polipéptidos BZR en si mis e para definir un marcador molecular. Este marcador de ADN o pro ser usado en programas de reproducción para seleccionar plantas que miento de las semillas como se definió en la presente con anterio dos de la invención.
Las variantes alélicas de un ácido nucleico/gene que codifica un polip polipéptido de TGasa, o un polipéptido tipo TRY, o un polipéptido B en ser útiles en programas de reproducción asistidos por marcador. Tale producción a veces requieren la introducción de una variación alélica iento mutagénico de las plantas, usando por ejemplo, mutagénes ra alternativa, el programa puede comenzar con una colección de l as de las denominadas de origen "natural" causadas de forma no i o tiene lugar la identificación de las variantes alélicas, por ejemplo, m o se lleva a cabo la identificación de variantes alélicas, por ejemplo, m so de secuencias de ácidos nucleicos que codifica un polipéptido ptido de TGasa, o un polipéptido tipo TRY, o un polipéptido BZR, requi encia de ácidos nucleicos de al menos 15 nucleotidos de longitud. Las s s nucleicos que codifica un polipéptido RHL1 , o un polipéptido de ptido tipo TRY, o un polipéptido BZR, puede usarse como ma orfismos de fragmento de restricción (RFLP). Pueden sondarse So brook J, Fritsch EF and Maniatis T (1989) Molecular Cloning, A Labora DN genómico vegetal digerido por restricción con las secuencias de áci odifican un polipéptido RHL1 , o un polipéptido de TGasa, o un polipépti polipéptido BZR. Los patrones de banda resultantes luego se puede sis genético utilizando programas de computación tales como MapMak 987) Genomics 1 : 174-181) a fin de construir un mapa genético. Ademá icos se pueden usar para sondear Southern blots que contienen A o con endonucleasa de restricción de un conjunto de individuos que re nitores y la progenie de una cruza genética definida. Se observa la se olimorfismos de ADN y se lo utiliza para calcular la posición de la s nucleicos que codifica polipéptidos RHL1 , o un polipéptido de éptido tipo TRY, o un polipéptido BZR, en el mapa genético obtenido sta población (Botstein et al. (1980) Am. J. Hum. Genet. 32: 314-331 ).
La producción y uso de sondas derivadas de genes vegetales para o genético se describen en Bernatzky and Tanksley (1986) Plant Mol. ecen el uso de grandes clones (entre varios kb y varios cientos de kb; v ) Genome Res. 5:13-20), las mejoras de la sensibilidad pueden ación del mapeo FISH con sondas más cortas.
Se pueden llevar a cabo varios métodos de mapeo genético y físico b ificación de secuencias de ácidos nucleicos mediante el uso de las se S nucleicos. Los ejemplos incluyen amplificación específica de alelo ) J. Lab. Clin. Med. 11 :95-96), polimorfismo de fragmentos amplificad S; Sheffield et al. (1993) Genomics 16:325-332), unión específic egren et al. (1988) Science 241 :1077-1080), reacciones de extensión d lov (1990) Nucleic acid sequence Res. 18:3671), mapeo de híbridos c er et al. (1997) Nat. Genet. 7:22-28) y mapeo Happy (Dear and Cook (1 sequence Res. 17:6795-6807). Para estos métodos, se usa la secue ncia de ácidos nucleicos para diseñar y producir pares de cebadores q reacción de amplificación o en las reacciones de extensión de cebador ichos cebadores es conocido por los expertos en el arte. En los ean el mapeo genético basado en PCR, puede ser necesario id ncías en las secuencias de ADN entre los progenitores del cruzamient región que corresponde a la secuencia de ácidos nucleicos de la p rgo, en general esto no es necesario para los métodos de mapeo.
Los métodos de acuerdo con la presente invención dan como resul ienen rasgos mejorados relacionados con el rendimiento, como se de ado plantas que tienen mayor rendimiento de las semillas, como se de nte con anterioridad. Estos rasgos también se pueden combinar con josos a nivel económico, tales como otros rasgos mejoradores del ncia a otro tipo de estrés biótico y abiótico, rasgos que modi terísticas arquitectónicas y/o características bioquímicas y/o fisiológicas.
Un método para mejorar los rasgos relacionados con el rendimiento en respecto a plantas de control, que comprende modular la expresión e de un ácido nucleico que codifica un polipéptido de raíz sin pelos y op seleccionar plantas que tienen rasgos mejorados relacionados con el r Método de acuerdo con el ítem 1 , en donde dicho polipéptido de r comprende uno o más de los siguientes motivos:
(i) Motivo 9: (SN)VMC(ED) D(YV) F(DE) (NS) (M
(DE)A WIG (TR) K(ED) ENPEE (SEQ ID NO: 37);
(¡i) Motivo 10: L(AILV)A(PA) (IVA) (SA)GG(KR) (
L (KA) DL (GDS) (TS) KNP ( IVL) LYLDFPQ (SEQ ID NO: 3
(Üi) Motivo 11 : G(RQ) (ML) KLFGTI (VL) YPKN (RK) Y (LI) TL
NO: 39);
en donde los aminoácidos entre paréntesis son aminoácidos alterna posición, y en donde, en orden creciente de preferencia 0, 1 , 2, 3, 4, indicadas en la Tabla A1.
Método de acuerdo con cualquier ítem anterior, en donde dichos rasg relacionados con el rendimiento comprenden mayor rendimiento de con respecto a plantas de control.
Método de acuerdo con cualquier ítem anterior, en donde dichos rasg relacionados con el rendimiento se obtienen en condiciones de cul deficiencia de nitrógeno.
Método de acuerdo con cualquiera de los ítems 3 a 7, en donde nucleico está ligado operativamente a un promotor constitutivo, con un promotor GOS2, con máxima preferencia a un promotor GOS2 del Método de acuerdo con cualquier ítem anterior, en donde dicho ácido codifica un polipéptido de raíz sin pelos es de origen vegetal, con pr una planta dicotiledónea, con más preferencia a partir de la familia B con máxima preferencia de Arabidopsis thaliana.
Planta o parte de ésta, incluso de semillas, que se puede obtener por método de acuerdo con cualquier ítem anterior, en donde dicha plant ésta comprende un ácido nucleico recombinante que codifica un p raíz sin pelos.
Constructo que comprende:
(i) ácido nucleico que codifica un polipéptido de raíz sin pelos co en los ítems 1 , 2 ó 3;
con preferencia mayor rendimiento de las semillas con respecto a control, que comprende:
(a) introducir y expresar en una planta un ácido nucleico que polipéptido de raíz sin pelos como se define en el ítem 1 ó 2; y
(b) cultivar las célula vegetal en condiciones que promueven el c desarrollo de la planta ; y opcionalmente
(c) seleccionar plantas que tienen rasgos mejorados relacion rendimiento.
Planta transgénica que tiene mayor rendimiento, particularmente ma con respecto a plantas de control, que resulta de la expresión mod ácido nucleico que codifica un polipéptido de raíz sin pelos como se ítem 1 ó 2 ó una célula de planta transgénica derivada de dicha planta
Planta transgénica de acuerdo con el ítem 10, 14 ó 16, ó una célu transgénica derivada de ésta, en donde dicha planta es una planta de planta monocotiledónea ó un cereal, tal como arroz, maíz, trigo, c centeno, triticale, sorgo y avena.
Partes cosechables de una planta de acuerdo con el ítem 17, en d partes cosechables son preferentemente biomasa de brote y/o semilla Productos derivados de una planta de acuerdo con el ítem 17 y/ cosechables de una planta de acuerdo con el ítem 18.
glutamiltransferasa.
Método de acuerdo con el ítem 21 , en donde dicho polipéptido TGas péptido de tránsito plastídico; (ii) en orden creciente de preferencia al 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98%, 99% o más de secuencia de aminoácidos con un polipéptido representado por SE Método de acuerdo con el ítem 21 ó 22, en donde dicho polipéptido en orden creciente de preferencia al menos 50%, 55%, 60%, 65%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98%, 99% o más de idientidad de s aminoácidos con un polipéptido TGasa representado por SEQ ID N cualquiera de las secuencias de polipéptidos indicadas en la Tab presente.
Método de acuerdo con cualquiera de los ítems 21 a 23, en polipéptido TGasa es cualquier secuencia de polipéptidos que cuando construcción de un árbol filogenético TGasa, tal como el representado 5, se agrupa con el ciado de los polipéptidos TGasa que comprenden de polipéptidos representada por SEQ ID NO: 45, más que con los otr Método de acuerdo con cualquiera de los ítems 21 a 24, en polipéptido TGasa es un polipéptido con actividad enzimática que catalizar la formación de ligantes amida, en general de modo dependi entre la amina primaria de un sustrato dador de amina y el grupo y-de los residuos de endoglutamina unidos al péptido de las proteínas o ADN, TILLING, o recombinación homologa.
Método de acuerdo con cualquiera de los ítems 21 a 28, en donde dic aumentada se lleva a cabo al introducir y expresar en una planta una ácidos nucleicos que codifica un polipéptido TGasa.
Método de acuerdo con cualquiera de los ítems 21 a 29, en donde aumentado relacionado con e! rendimiento de las semillas es uno o m rendimiento total de las semillas por planta, mayor cantidad de semil mayor índice de cosecha.
Método de acuerdo con cualquiera de los ítems 21 a 30, en donde dic de ácidos nucleicos está ligada operativamente a un promotor e semillas.
Método de acuerdo con el ítem 31 , en donde dicho promotor específic es un promotor alfa-globulina, con preferencia un promotor alfa-globuli con mayor preferencia un promotor alfa-globulina representado por 72.
Método de acuerdo con cualquiera de los ítems 21 a 32, en donde dic de ácidos nucleicos que codifica un polipéptido TGasa es de una pla preferencia de una planta monocotiledónea, con mayor preferencia familia Poaceae, con máxima preferencia la secuencia de ácidos nu Oryza sativa.
Plantas, partes de éstas (incluso de semillas), o células vegetales qu semillas es un promotor alfa-globulina, con preferencia un promotor a del arroz, con mayor preferencia un promotor alfa-globulina represent ID NO: 72.
Uso de un constructo de acuerdo con cualquiera de los ítems 35 método para obtener plantas que tienen rasgos aumentados relacio rendimiento de las semillas con respecto a plantas de control, en dond aumentados relacionados con el rendimiento de las semillas son un mayor rendimiento total de las semillas por planta, mayor cantidad llenas, y mayor índice de cosecha.
Planta, parte de la planta o célula vegetal transformada con un c acuerdo con cualquiera de los ítems 35 a 37.
Método para la producción de plantas transgénicas que tienen rasgos relacionados con el rendimiento de las semillas con respecto a planta que comprende:
(i) introducir y expresar en una planta, parte de la planta, o célula secuencia de ácidos nucleicos que codifica un polipéptido TG define en cualquiera de los ítems 1 a 7; y
(ii) cultivar la célula vegetal, parte de la planta, o planta en con promueven el crecimiento y desarrollo de la planta.
Planta transgénica que tiene rasgos aumentados relacionados con el de las semillas con respecto a plantas de control, que resulta de cosechables de una planta de acuerdo con el ítem 43.
Uso de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica un polipé como se define en cualquiera de los ítems 21 a 27 para aum relacionados con el rendimiento de las semillas, que comprende un mayor rendimiento total de las semillas por planta, mayor cantidad llenas, y mayor índice de cosecha.
Un método para mejorar los rasgos relacionados con el rendimiento e respecto a plantas de control, que comprende modular la expresión e de un ácido nucleico que codifica un polipéptido tipo TRY, en polipéptido tipo TRY comprende un dominio de unión a ADN tipo PTHR10641 :SF26; Gene3D G3DSA: 1.10.10.60).
Método de acuerdo con el ítem 46, en donde dicho polipéptido tipo TRY co o más de los motivos 12 a 15 (SEQ ID NO: 229 a SEQ ID NO: 232).
Método de acuerdo con el ítem 46 ó 47, en donde dicha expresión lleva a cabo al introducir y expresar en una planta un ácido nucleico un polipéptido tipo TRY.
Método de acuerdo con cualquiera de los ítems 46 a 48, en donde nucleico que codifica un polipéptido tipo TRY codifica cualquiera de l enumeradas en la Tabla A3 o es una porción de dicho ácido nucleic nucleico capaz de hibridarse con dicho ácido nucleico.
Método de acuerdo con cualquiera de los ítems 46 a 49, en donde dic promotor constitutivo, con preferencia a un promotor GOS2, c preferencia con un promotor GOS2 del arroz.
Método de acuerdo con cualquiera de los ítems 46 a 53, en donde nucleico que codifica un polipéptido tipo TRY es de origen vegetal, co de una planta dicotiledónea, con más preferencia a partir d Brassicaceae, con mayor preferencia del género Arabidopsis, preferencia de Arabidopsis thaliana.
Planta o parte de ésta, incluso de semillas, que se pueden obtener método de acuerdo con cualquiera de los ítems 46 a 48, en donde di parte de ésta comprende un ácido nucleico recombinante que polipéptido tipo TRY.
Constructo que comprende:
(a) ácido nucleico que codifica un polipéptido tipo TRY como se ítems 1 ó 2;
(b) una o más secuencias de control capaces de dirigir la exp secuencia de ácidos nucleicos de (a); y opcionaimente
(c) una secuencia de terminación de la transcripción.
Constructo de acuerdo con el ítem 56, en donde una de dichas se control es un promotor constitutivo, con preferencia un promotor máxima preferencia un promotor RCc3 del arroz, o en donde un secuencias de control es un promotor constitutivo, con preferencia polipéptido tipo TRY como se define en el ítem 1 ó 2; y
(ii) cultivar la célula vegetal en condiciones que promueven el c desarrollo de la planta.
Planta transgénica que tiene mayor vigor al momento de emerge rendimiento, con respecto a plantas de control, que resulta de l modulada de un ácido nucleico que codifica un polipéptido tipo T define en el ítem 46 ó 47, o una célula de planta transgénica deriva planta transgénica .
Planta transgénica de acuerdo con el ítem 55, 59 ó 61 , o una célu transgénica derivada de ésta, en donde dicha planta es una planta de planta monocotiledónea o un cereal, tal como arroz, maíz, trigo, c centeno, triticale, sorgo, triticum dicoccum, espelta, sécale, triticum teff, milo y avena.
Partes cosechables de una planta de acuerdo con el ítem 62, en d partes cosechables son preferentemente semillas.
Productos derivados de una planta de acuerdo con el ítem 62 y cosechables de una planta de acuerdo con el ítem 63.
Uso de un ácido nucleico que codifica un polipéptido tipo TRY para vigor al momento de emerger y/o para aumentar el rendimiento en respecto a plantas de control.
Un método para aumentar el rendimiento de semillas en plantas co 51%, 52%, 53%, 54%j 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61% 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, o 99% de secuencia con un dominio tipo bHLH como se representa en 326 y/o
(iii) 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84
87%, 88%, 89%, 90%, 91 %, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, más de identidad de secuencia con la secuencia de ami cualquiera de los polipéptidos de la Tabla A4; y/o
(iv) un motivo representado por cualqueira de SEQ ID NO: 323,
324, SEQ ID NO: 325, en donde los residuos 1 , 2, 3 o 4 sustituidos por cualquier aminoácido.
Método de acuerdo con el ítem 66 ó 67, en donde dicha expresión lleva a cabo al introducir y expresar en una planta un ácido nucleico un polipéptido BZR.
Método de acuerdo con cualquiera de los ítems 66 a 68, en dond nucleico que codifica un polipéptido BZR codifica cualquiera de l enumeradas en la Tabla A4 o es una porción de dicho ácido nucleic nucleico capaz de hibridarse con dicho ácido nucleico.
Método de acuerdo con cualquier ítem anterior, en donde dicha nucleico que codifica un polipéptido BZR es de origen vegetal, con pr una planta dicotiledónea, con más preferencia de la familia Brasi máxima preferencia de Arabidopsis thaliana.
Planta o parte de ésta, incluso de semillas, que se puede obtener método de acuerdo con cualquiera de los ítems 66 a 74, en donde di parte de ésta comprende un ácido nucleico recombinante que polipéptido BZR.
Una molécula de ácido nucleic aislada que comprende cualquiera de l características:
(i) un ácido nucleico representado por cualquiera de las SEQ ID N
254, 256;
(ii) un ácido nucleico o fragment de éste que es complementario de las SEQ ID NO: 250, 252, 254, 256;
(¡ii) un ácido nucleico que codifica un polipéptido BZR que tien creciente de preferencia, al menos 80%, 81 %, 82%, 83%, 84% 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, o más de identidad de secuencia con una de SEQ ID NO: 25 258;
(iv) un ácido nucleico capaz de hibridarse en condiciones ri cualquiera de los ácidos nucleicos indicados en (i), (ii) o (iii) ant Un polipéptido aislado que comprende:
(iii) una secuencia de terminación de la transcripción.
Constructo de acuerdo con el ítem 78, en donde una de dichas se control es un promotor constitutivo, con preferencia un promotor máxima preferencia un promotor GOS2 del arroz.
Uso de un constructo de acuerdo con el ítem 13 ó 14 en un método plantas que tienen mayor rendimiento de las semillas con respecto control.
Planta, parte de la planta o célula vegetal transformada con un c acuerdo con el ítem 78 ó 79.
Método para la producción de una planta transgénica que tiene mayor de las semillas con respecto a plantas de control, que comprende:
(i) introducir y expresar en una planta un ácido nucleico que polipéptido BZR como se define en el ítem 66, 67 ó 77, o un á de acuerdo con el ítem 11 ; y
(ii) cultivar la célula vegetal en condiciones que promueven el c desarrollo de la planta ; y opcionalmente
(iii) seleccionar plantas que tienen rendimiento de semillas.
Planta transgénica que tiene mayor rendimiento de las semillas que expresión modulada de un ácido nucleico que codifica un polipéptido B define en el ítem 66, 67 ó 77 o una célula de planta transgénica deriv planta transgénica .
La presente invención se describirá con referencia a las siguientes fi
Figura 1 representa la secuencia de la SEQ ID NO: 2 con señales de ar putativas conservadas.
Figura 2 representa el alineamiento múltiple del polipeptido RHL1.
Figura 3 muestra el árbol filogenético del polipéptido RHL1
Figura 4 representa el vector binario para el aumento de expresi de un ácido nucleico que codifica RHL1 bajo el control de un promotor (pGOS2)
Figura 5 muestra un árbol filogenético del polipéptido de polipéptidos organismos fuente, de acuerdo con Villalobos et al. (2004; Gene 336: a útiles para realizar los métodos de la invención (esencialmente de tran con un paréntesis, la división del ciado con un círculo, la flec ptido de TGasa de Oryza sativa representado por la SEQ ID NO: 45.
Figura 6 muestra el resultado gráfico del algoritmo COILS que predi minio de hélice enrollada del polipéptido representado por la SEQ ID N resenta la coordenada del residuo de aminoácido, el eje Y la probabilid a 1) de que un dominio de hélice enrollada esté presente, y las tres lín nas (14, 21 , 28) examinadas.
Figura 7 muestra un alineamiento de secuencia múltiple AlignX (de Invitrogen Corporation) del polipéptido de las TGasa de la Tabla A2.
Figura 10 representa un alineamiento múltiple de varias se ptidos tipo TRY. Un punto indica los residuos conservados, dos p uos altamente conservados y un asterisco representa residuos p rvados. El mayor grado de conservación de secuencia se halla en l nio de unión a ADN.
Figura 11 representa el vector binario para el aumento de expresi de un ácido nucleico que codifica tipo TRY bajo el control de un prom (pRCc3).
Figura 12 representa un alineamiento múltiple de los polipéptidos BZR
Figura 13 representa el vector binario para el aumento de expresi de un ácido nucleico que codifica BZR bajo el control de un promot (pGOS2).
plos
La presente invención se describirá a continuación con referencia a l plos, que son solamente ilustrativos. Los siguientes ejemplos no pret letamente o limitar de otro modo el alcance de la invención.
Manipulación de ADN: a menos que se indique de otra manera, las recombinante se realizan de acuerdo con protocolos estándar d brook (2001) Molecular Cloning: a laboratory manual, 3rd Edition Cold S ratory Press, CSH, New York) o en los Volúmenes 1 y 2 de Ausubel nt Protocols in Molecular Biolo , Current Protocols. Los materiale ecuencias en bases de datos, tales como Basic Local Alignment T hul et al. (1990) J. Mol. Biol. 215:403-410; y Altschul et al. (1997) Nuclei 89-3402). El programa se usa para hallar regiones de similitud ncias comparando secuencias de ácidos nucleicos o secuencias de poli s de datos de secuencias y calculando la significancia estadís idencias. Por ejemplo, el polipéptido codificado por el ácido nucleico ut nte invención se usó para el algoritmo TBLASTN, con ajustes por defect ro para ignorar secuencias de baja complejidad. El resultado del análisi omparación de a pares y se clasificó de acuerdo con el resultado de r E), donde el resultado refleja la probabilidad de que ocurra un ular al azar (cuanto menor es el valor E, más significativo es el acierto), alores E, también fueron evaluadas las comparaciones por porcentaje rcentaje de identidad se refiere al número de nucleótidos idénticos (o dos secuencias de ácidos nucleicos (o polipéptidos) comparadas en ular. En algunos casos, los parámetros por defecto se pueden ajusfar p actitud de la búsqueda. Por ejemplo, el valor E puede ser aumentado idencias menos exactas. De esta manera, se pueden identificar coincid xactas.
La Tabla A1 proporciona una lista de secuencias de ácidos nucleicos secuencia de ácidos nucleicos usada en los métodos de la presente inv A1 : Ejemplos de polipéptidos y ácidos nucleicos RHL1 :
bre Organismo Fuente SEQ ID NO
de Ácido
Nucleico:
uttleworthii TA2694 Vitis shuttleworthii 25
ifera_GSVIVT00027050001 Vitis vinifera 27
En algunos casos, las secuencias relacionadas se ensamblan tent
veladas públicamente por instituciones de investigación, tales como Th
mic Research (TIGR). Se utiliza la base de datos Eukaryotic Gene Orth
identificar dichas secuencias relacionadas, ya sea realizando una b
ra clave o utilizando el algoritmo BLAST con la secuencia de ácidos
ncía de polipéptidos de interés.
Transglutaminasas (TGasas)
Las secuencias (cADN de longitud completa, ESTs o genómicas) rela
uencia de ácidos nucleicos usada en los métodos de la presente inve
ficadas entre aquellas conservadas en la base de datos Entrez Nucle
nal Center for Biotechnology Information (NCBI) usando herramientas
cuencias en bases de datos, tales como Basic Local Alignment T
hul et al. (1990) J. Mol. Biol. 215:403^10; y Altschul et al. (1997) Nuclei
89-3402). El programa se usa para hallar regiones de similitud
ncias comparando secuencias de ácidos nucleicos o secuencias de poli
de datos de secuencias y calculando la significancia estadís itir coincidencias menos exactas. De esta manera, se puede
idencias cortas casi exactas.
Tabla A2 provee una lista de secuencias de ácidos nucleicos relaci
ncia de ácidos nucleicos usada en los métodos de la presente invención
A2: Ejemplos de secuencias de polipéptidos de TGasa, y secuenci
icos codificadoras:
Nombre Organismo Fuente Número de Secuencia S acceso de base de ácidos de datos pública nucleicos p
SEQ ID NO: S sa_TGase Oryza sativa na 44
th TGase Arabidopsis thaliana NM 105387 46
vu TGase Hordeum vuigare AK251411 48
es_TGase Lycopersicon BT012898 50
esculentum
sa TGase II Oryza sativa NM 001052696 52
i TGAse Picea sitchensis EF087701 54
tr TGase Populus tremuioides TA16744 3694 56
of_TGase Saccharum CA246119 58
officinarum CA254082
CA265940
bi_TGase Sorghum bicolor CL187991 60
ER757182.1
CW291038
ma_TGase II Zea mays DT641696.1 , 62
DV5408311
ma_TGase Zea mays na 64
Las secuencias (cADN de longitud completa, ESTs o genómicas) rela cuencia de ácidos nucleicos usada en los métodos de la presente inve ificadas entre aquellas conservadas en la base de datos Entrez Nucle nal Center for Biotechnology Information (NCBI) usando herramientas ecuencias en bases de datos, tales como Basic Local Alignment T hul et al. (1990) J. Mol. Biol. 215:403-410; y Altschul et al. (1997) Nuclei 89-3402). El programa se usa para hallar regiones de similitud ncias comparando secuencias de ácidos nucleicos o secuencias de poli S de datos de secuencias y calculando la significancia estadís idencias. Por ejemplo, el polipéptido codificado por el ácido nucleico ut nte invención se usó para el algoritmo TBLASTN, con ajustes por defect o para ignorar secuencias de baja complejidad. El resultado del análisi omparación de a pares y se clasificó de acuerdo con el resultado de E), donde el resultado refleja la probabilidad de que ocurra un ular al azar (cuanto menor es el valor E, más significativo es el acierto), lores E, también fueron evaluadas las comparaciones por porcentaje rcentaje de identidad se refiere al número de nucleótidos idénticos (o dos secuencias de ácidos nucleicos (o polipéptidos) comparadas en ular. En algunos casos, los parámetros por defecto se pueden ajustar p ctitud de la búsqueda. Por ejemplo, el valor E puede ser aumentado idencias menos exactas. De esta manera, se pueden identificar coincid Nombre SEQ ID NO de SEQ ID ácido nucleico: polipé
P.pinaster_CT579117 177 17
P.pinaster_TA6535_71647 179 18
P.sitchensis TA16538 3332 181 18
P.sitchensis TA17447 3332 183 18
P.taeda DR096185 185 18
P.tremula BU888423 187 18
P.tremula DN497189 189 19
P.tremula TA11725 113636 191 19
P.tremula TA7610 13636 193 19
P.trichocarpa_562293 195 19
P.trichocarpa_568212 197 19
P.trichocarpa_594467 199 20
P.trichocarpa_674550 201 20
P.trichocarpa_807368 203 20
P.vulgar¡s_CV538421 205 20
S.bicolor_Sb03g028170.1 207 20
S.miltiorrhiza CV166339 209 21
S.miltiorrhiza TA1626 226208 21 1 21
S.tuberosum CV505951 213 21
T.aestivum BE412359 215 21
T.androssowii TA2313 189785 217 21
Triphysaria_sp_TC9313 219 22
V.vinifera GSVIVT00006915001 221 22
V.vinifera GSVIVT00010755001 223 22
V.vinifera GSVIVT00026045001 225 2
Z.mays_TC409725 227 2 RESISTENTE A BRASSINAZOL 1 (BZR1)
Las secuencias (cADN de longitud completa, ESTs o genómicas) rela cuencia de ácidos nucleicos fueron identificadas entre aquellas conse de datos Entrez Nucleotides en el National Center for Biotechnolpgy 1) usando herramientas de búsqueda de secuencias en bases de datos Local Alignment Tool (BLAST) (Altschul et al. (1990) J. Mol. Biol. 21 hul et al. (1997) Nucleic Acids Res. 25:3389-3402). El programa se us es de similitud local entre secuencias comparando secuencias de acid cuencias de polipéptidos con bases de datos de secuencias y c icancia estadística de las coincidencias. SEQ ID NO: 2 se usó para STN, con ajustes por defecto y TBLASTN sin filtros para ignorar secue lejidad. El resultado del análisis se observó por comparación de a icó de acuerdo con el resultado de probabilidad (valor E), donde el res babilidad de que ocurra un alineamiento particular al azar (cuanto men s significativo es el acierto). Además de los valores E, también fueron e araciones por porcentaje de identidad. El porcentaje de identidad ro de nucleótidos idénticos (o aminoácidos) entre dos secuencia icos (o polipéptidos) comparadas en una longitud particular.
Tabla A4 provee una lista de secuencias de ácidos nucleicos BZR y s ¡cadas.
El alineamiento de las secuencias del polipéptido de RHL1 de la Tabla do el algoritmo Clustal W del alineamiento progresivo (Larking et al. Bi Nov 1 ;23(21):2947-8. Thompson et al. (1997) Nucleic Acids Res 2 na et al. (2003). Nucleic Acids Res 31 :3497-3500). Los valores pred la penalidad por apertura de brecha de 10, para la penalidad por extensi 1 y la matriz de peso seleccionada es Blosum 62. El alineamiento de pr Figura 2a.
Se construyó un árbol filogenético de las secuencias del polipéptido A (Figura 2b) usando un algoritmo de agrupamiento de unión a vecino grama Clustal W.
Transglutaminasas (TGasa)
El alineamiento de secuencias múltiple de todas las secuencias del p a de la Tabla A se realizó usando el algoritmo AlignX (del Vector NTI 10 oration). Los resultados del alineamiento se muestran en la Figura 7 d tud. El péptido de tránsito plastídico N-termínal se separa del resto d na barra vertical. La región de unión al calcio putativa está recuadrada na X en la secuencia de consenso. El dominio donde se predice al men iada usando el algoritmo Coils (y como se representa en la SEQ ID ada con la X en la región de consenso.
rvadas de las proteínas, que se pueden reconocer por los asterisc icos), los dos puntos (sustituciones altamente conservadas) y ituciones conservadas).
RESISTENTE A BRASS1NAZOL 1 (BZR1)
El alineamiento de las secuencias polipeptídicas se realizó usando X del Vector NTI (Invitrogen) que se basa en el popular algoritmo amiento progresivo (Thompson et al. (1997) Nucleic Acids Res 2 na et al. (2003). Nucleic Acids Res 31:3497-3500). Los valores pre n los siguientes: penalidad por apertura de brecha de 10; penalidad por a de 0,1 y la matriz de peso seleccionada es Blosum 62 (si los po an). El alineamiento de los potipéptidos BZR se muestra en la Fi encia Pp172161 del alineamiento está truncada en N- y C-terminal. Los oácidos altamente conservados se indican en la secuencia de consenso.
La conservación de secuencia entre los polipéptidos de BZR es esen rte N-terminal a lo largo del dominio represor de la transcripción BZR1. de ADN tipo bHLH altamente conservado característico de los polipép destacado en la Figura 12. Se identificaron los motivos de aminoácidos como SAPVTPPLSSP (SEQ ID NO: 323: ubicado en la posición 4 encia de consenso) y VKPWEGERIHE (SEQ ID NO: 324: ubicado en la de la secuencia de consenso) y DLELTLG (SEQ ID NO: 325: ubi S datos. El programa lleva a cabo una serie de alineamientos de a par
itmo de alineamiento global yers and Miller (con una penalidad por
a de 12, y una penalidad por extensión de brecha de 2), calcula similitu
do por ejemplo Blosum 62 (para polipéptidos), y luego coloca los result
z de distancia. La similitud de secuencia se muestra en la mitad inferi
ria y se muestra la identidad de secuencia en la mitad superior de la I i
nal.
Los parámetros utilizados en la comparación fueron:
Matriz de resultados: Blosum62
Primera brecha: 12
Brecha de extensión: 2
Los resultados del análisis de software se muestran en la Tabla B1 pa
ntidad global a través de toda la longitud de la secuencia de pol
ntaje de identidad se brinda por encima de la diagonal en negrita y el
tud se da por debajo de la diagonal (letra normal).
El porcentaje de identidad entre las secuencias de polipéptidos RHL1
ación de los métodos de la invención puede ser tan bajo como 31 % de
oácidos en comparación con SEQ ID NO: 2.
.
Transglutaminasas (TGasas)
Los porcentajes de similitud e identidad global entre la secuencia de
ngitud completa útil en la realización de los métodos de la invención se
do uno de los métodos disponibles en el arte, el software MatGAT ( ment Tool) (BMC Bioinformatics. 2003 4:29. MatGAT: an application th rity/identity matrices using protein or DNA sequences. Campanella JJ
ley J; software hosted by Ledion Bitincka). El software MatGAT genera
tud/identidad para secuencias de ADN o proteínas sin necesidad de pre
s datos. ?? programa lleva a cabo una serie de alineamientos de a par itmo de alineamiento global Myers and Miller (con una penalidad por
a de 12, y una penalidad por extensión de brecha de 2), calcula similitu
do por ejemplo Blosum 62 (para polipéptidos), y luego coloca los result
z de distancia. La similitud de secuencia se muestra en la mitad inferi ria y se muestra la identidad de secuencia en la mitad superior de la lí
nal.
Los parámetros utilizados en la comparación fueron:
Matriz de resultados: Blosum62
Primera brecha: 12
Brecha de extensión: 2
Los resultados del análisis de software se muestran en la Tabla B2 pa
ntidad global a través de toda la longitud de la secuencia de polipéptidos 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 Poptr_TGase 50 40 39 45 35 51 31 29 26 28 Sacof TGase 40 45 45 75 42 41 44 88 75 81 Sorbi TGase 40 46 46 70 41 38 41 91 81 87 . Zeama TGase\ll 34 43 42 64 42 34 37 77 82 93 Zeama TGaseMII 38 46 44 70 41. 37 39 83 88 93
. Zeama_tgz15 32 37 38 49 37 29 34 56 56 58 57 . Zeama_tgz21 29 34 35 45 34 27 32 52 51 55 53
El porcentaje de identidad de secuencia puede aumentarse de modo comparan las regiones más conservadas del polipéptido. Por ejemplo ara la secuencia de de aminoácidos del dominio de hélice enrollada de mo se representa en SEQ ID NO: 27), con el dominio de hélice enro ptidos de la Tabla A, el porcentaje de identidad de secuencia aume
Tryptichon (tipo TRY)
Los porcentajes de similitud e identidad global entre la secuencia de gitud completa útil en la realización de los métodos de la invención se o uno de los métodos disponibles en el arte, el software MatGAT ( ent Tool) (BMC Bioinformatics. 2003 4:29. MatGAT: an application th rity/identity matrices using protein or DNA sequences. Campanella JJ ley J; software hosted by Ledion Bitincka). El software MatGAT genera ud/identidad ara secuencias de ADN o roteínas sin necesidad de re Los resultados del análisis de software se muestran en la Tabla B3 pa ntidad global a través de toda la longitud de la secuencia de poli ntaje de identidad entre At5g53200 y otros polipéptidos tipo TRY s a de la diagonal en negrita, tanto para la secuencia de longitud total nio de unión a ADN.
El porcentaje de identidad entre las secuencias de polipéptidos tipo alización de los métodos de la invención puede ser tan bajo como 12 % ecuencia en comparación con SEQ ID NO: 76. Sin embargo, la con encia es muy superior cuando se compara la unión a ADN. La Tabla B tud e identidad entre las secuencias que representan el dominio de encias que se alinean con el dominio de unión a ADN como se muestra siduos 30 a 75 en SEQ ID NO: 76). La identidad de secuencia gen rior a 50%.
.
.
RESISTENTE A BRASSINAZQL 1 (BZR1)
Los porcentajes de similitud e identidad global entre las secuencias de de longitud completa se determinaron usando el software MatGAT (
ment Tool) (BMC Bioinformatics. 2003 4:29. MatGAT: an application th
rity/identity matrices using protein or DNA sequences. Campanella JJ
ley J; software hosted by Ledion Bitincka). El software MatGAT genera
tud/identidad para secuencias de ADN o proteínas sin necesidad de pre
s datos. El programa lleva a cabo una serie de alineamientos de a par itmo de alineamiento global Myers and Miller (con una penalidad por a de 12, y una penalidad por extensión de brecha de 2), calcula similitu do por ejemplo Blosum 62 (para polipéptidos), y luego coloca los result
z de distancia. La similitud de secuencia se muestra en la mitad inferi
ria y se muestra la identidad de secuencia en la mitad superior de la lí
nal.
Los parámetros utilizados en la comparación fueron:
Matriz de resultados: Blosum62
Primera brecha: 12
Brecha de extensión: 2
Los resultados del análisis de software se muestran en la Tabla B pa
ntidad global a través de toda la longitud de la secuencia de pol
ntaje de identidad se da por encima de la diagonal en negrita y el p .
plo 4: Identificación de dominios comprendidos en ias se éptidos útiles en la realización de los métodos de la invención
Raíz sin pelos (RHL1)
Se llevó a cabo la identificación de motivos de secuencias altamente polipéptidos RHL1 de la Tabla A usando el sistema MEME (Timothy al of Computational Biology, Vol. 5, pp. 211-221 , 1998); Timothy ormatics, Vol. 14, pp. 48-54).
C1 : Los resultados del escaneo MEME (principales números de a ncia de polipéptidos como se representa en SEQ ID NO: 2.
aminoácidos dados entre paréntesis indican cualquiera de los posibles ínas. Bases de datos que colaboran incluyen SWISS-PROT, PROSI TS, ProDom y Pfam, Smart y TIGRFAMs. Pfam es una gran amientos de secuencias múltiples y modelos ocultos Markov que cu nios y familias de proteínas comunes. Pfam se encuentra en el servido ute en el Reino Unido. InterPro se encuentra en el European Bioinform Reino Unido.
Los resultados del escaneo InterPro de las secuencias de sentadas por SEQ ID NO: 76 se representan en la Tabla C2.
C2: Los resultados del escaneo InterPro (principales números de a encia de polipéptidos como se representa en SEQ ID NO: 76.
RESISTENTE A BRASSINAZOL 1 (BZR1)
La base de datos Integrated Resource of Protein Families, Domai rPro) es una interfaz integrada para las bases de datos de fir nmente para búsquedas basadas en texto y secuencias. La base de d C3: Los resultados del escaneo InterPro (principales números de a encia de polipéptidos como se representa en SEQ ID NO: 239.
pio 5: Predicción de las características de estructura secundaria de
Las hélices enrolladas usualmente contienen un patrón de resid oácidos repetidos denominado septena de repetición. Las hélices en rtantes para identificar interacciones proteína-proteína, tales como la olig de proteínas idénticas, de las proteínas de la misma familia, o de ionadas. Recientemente se han realizado grandes progresos en i ante computadoras de hélices enrolladas a partir de datos de se entran disponibles muchos algoritmos bien conocidos por el experto en mientas ExPASy Proteomics. Una de ellas, COILS, es un programa secuencia con una base de datos de hélices enrolladas bicatenari cidas y deriva un puntaje similar. Al comparar este puntaje con los ución en las proteínas globulares y de hélices enrolladas, luego el prog babilidad de que la secuencia adopte una conformación de hélices enrol
El polipéptido TGasa como se representa en SEQ ID NO: 45, tiene nio de hélices enrolladas previsto, con una alta probabilidad, en las t 21 y 28) examinadas. En la Tabla D1 , se muestran las coordenadas PENCE Proteome Analyst PA-GOSUB 2.5 residente en el servidor de of Alberta, Edmonton, Alberta, Canadá;
TMHMM, residente en el servidor de la Technical University of Denma ediante una comparación de la secuencia del polipéptido de SEQ ID gos de otras especies vegetales para las cuales se identificó la elular, es posible deducir que la localización subcelular de la s ptidos como se representa en SEQ ID NO: 45 es el cloroplasto (Vill ) Gene 336: 93-104).
Tryptichon (tipo TRY)
TargetP 1.1 predice la ubicación subcelular de las proteínas eu ación de la ubicación se basa en la presencia predicha de cualq cuencias N-terminal: péptido de tránsito a cloroplasto (cTP), cionamiento a mitocondria (mTP) o péptido de señal de la vía secreto tados sobre los cuales se basa la predicción final no son realmente pro man necesariamente una. Sin embargo, la ubicación con el resultado probable de acuerdo con TargetP, y la relación entre los resultados abilidad) puede ser una indicación de cuán cierta es la predicción. abilidad (RC) oscila entre 1 y 5, en donde 1 indica la predicción más fu cuentra en el servidor de la Universidad Técnica de Dinamarca.
Para las secuencias predichas con respecto a que contienen una pre ID NO: 76
Cuando se analizan con PSort, la probabilidad de la localización nucl tanto la proteína es probablemente una proteína nuclear.
e pueden utilizar muchos otros algoritmos para llevar a cabo tales análisi TargetP 1.1 residente en el servidor de la Technical University of Den ChloroP 1.1 residente en el servidor de la Technical University of Den Protein Prowler Subcellular Localisation Predictor, versión 1.2 resi servidor del Institute for Molecular Bioscience, University of Queensla Australia;
PENCE Proteome Analyst PA-GOSUB 2.5 residente en el servidor de of Alberta, Edmonton, Alberta, Canadá;
TMHMM, residente en el servidor de la Technical University of Denma PSORT (URL: psort.org)
PLOC (Park and Kanehisa, Bioinformatics, 19, 1656-1663, 2003).
Los polipéptidos útiles para realizar los métodos de la invención zan la formación de uniones amida, en general de modo dependiente del a primaria de un sustrato dador de amina y el grupo y-carboxamida de doglutamina unidos al péptido de las proteínas o polipéptidos que son a. Más específicamente, se puede medir actividad de TGasa usando e marcado con putrescina, o el método de cadaverina de gamma-glut ipto en Villalobos et al. (2004; supra).
Los expertos en la técnica conocen bien dichos procedimientos ex medir la actividad enzimática del polipéptido de TGasa, que incluye la lipéptido de TGasa representado por la SEQ ID NO: 45.
Ensayo funcional de Tryptichon (tipo TRY)
Los polipéptidos tipo TRY normalmente tienen actividad de unión do para medir y caracterizar las propiedades de unión al ADN de tos po ribe en Xue (A CELD-fusion method for rapid determination of the ence specificity of novel plant DNA-binding proteins. Plant Journal ).
p/o 8: Clonación de la secuencia de ácidos nucleicos usada en los ención
Raíz sin pelos (RHLP
? de Invitrogen, como parte de la tecnología Gateway®.
El clon de entrada que comprende la SEQ ID NO: 1 se usó luego en on un vector de destino usado para la transformación de Oryza sativa. nía como elementos funcionales dentro de los bordes de T-ADN: cionable vegetal; un cásete de expresión marcador controlable; y un cas nado a la recombinación de LR in vivo con la secuencia de ácidos s ya clonada en el clon de entrada. Un promotor GOS2 de arroz (SE la expresión constitutiva específica se ubicó corriente ascendente co cásete Gateway.
Luego de la etapa de recombinación LR, el vector de expresió S2::Arath__RHL1 l (Figura 3) se transformó en una cepa de Agrobacteri uerdo con métodos bien conocidos en el arte.
Transglutaminasas (TGasas)
La secuencia de ácidos nucleicos de Oryza sativa que codifica una éptidos TGasa como se representa en SEQ ID NO: 45 se amplificó m do como molde una banco de cADN construido utilizando ARN de d en diferentes etapas de desarrollo. Se utilizaron los siguientes ce en los sitios AttB para la combinación Gateway, para la amplificaci 2265 (SEQ ID NO: 73, sentido): 5'-ggggacaagt gcttcacaatggcataccatggacag-3' y prm02266 (SEQ ID NO: 7
'
ado a la recombinación de LR in vivo con la secuencia de ácidos s ya clonada en el clon de entrada. Un promotor alfa-globulina del ar 2) para la expresión específica de semilla se ubicó corriente arriba de ay.
Luego de la etapa de recombinación LR, el vector de expresió ::TGase (Figura 4) para la expresión específica de semilla, se transform robacterium LBA4044 de acuerdo con los métodos bien conocidos en el
Trvptichon (tipo TRY)
La secuencia de ácidos nucleicos usada en los métodos de la i ificó por PCR usando como molde una biblioteca de cADN de dopsis thaliana personalizada (en pCMV Sport 6.0; Invitrogen, Paisley, se llevó a cabo usando ADN polimerasa Hifi Taq en condiciones está ng de molde en 50 µ? de una mezcla PCR. Los cebadores utiliz 9014 (SEQ ID NO: 233; sentido, codón de inicio en acaagtttgtacaaaaaagcagg cttaaacaatggataacactgaccgtcgt-3' y prm090
234; inverso, complementario): 5'-ggggaccactttgtacaagaaagctgggttttttc , que incluyen los sitios AttB para la recombinación Gateway. ificado por PCR se purificó también usando métodos estándar. Luego, r paso del procedimiento Gateway, la reacción BP, durante el cual el f se recombina in vivo con ei plásmido pDONR201 para producir, de ac
" "
S2::tipo TRY (Figura 3) o pRCc3::TRY se transformó en la cepa de A 044 de acuerdo con los métodos bien conocidos en el arte.
RESISTENTE A BRASSINAZQL 1 (BZR1 )
La secuencia de ácidos nucleicos usada en los métodos de la i ificó por PCR usando como molde una biblioteca de cADN de dopsis thaliana personalizada (en pCMV Sport 6.0; Invitrogen, Paisley, se llevó a cabo usando ADN polimerasa Hifi Taq en condiciones está g de molde en 50 µ? de una mezcla PCR. Los cebadores utilizados fue 320; sentido): 5'-ggggacaagtttgtacaaaaaagcaggcttaaacaatgacggcatcag ID NO: 321 ; inverso, complementario): S'-ggggac Ctgggtaccacgatattaacctagccg-3', que incluyen los sitios AttB para la re way. El fragmento amplificado por PCR se purificó también usan dar. Luego, se realizó el primer paso del procedimiento Gateway, la te el cual el fragmento de PCR se recombina in vivo con el plásmido producir, de acuerdo con la terminología Gateway, un "clon de entrad ido pDONR201 se obtuvo de Invitrogen, como parte de la tecnología G
El clon de entrada que comprende la SEQ ID NO: 238 se usó l ión LR con un vector de destino usado para la transformación de Oryz r contenía como elementos funcionales dentro de los bordes de T-ADN: ionable vegetal; un cásete de expresión marcador controlable; y un cas inuto en 70% de etanol, seguido por 30 minutos en 0,2% de HgCI2l s os de 15 minutos con agua destilada estéril. Las semillas estériles inar luego en un medio que contenía 2,4-D (medio de inducción de call cubación en la oscuridad durante cuatro semanas, se extrajeron callos d elo, embriogénicos, y se propagaron en el mismo medio. Después de d allos se multiplicaron o propagaron por subcultivo en el mismo medio du nas. Las piezas de callos embriogénicos fueron subcultivadas en me antes del cocultivo (para estimular la actividad de división celular).
La cepa LBA4404 de Agrobacterium que contenía el vector de expr el cocultivo. Se inoculó Agrobacterium en un medio AB con los iados y se cultivó durante 3 días a 28°C. Luego se recogieron las b ndieron en un medio de cocultivo líquido a una densidad (OD600) de ensión se transfirió luego a una placa de Petri y se sumergieron los ensión durante 15 minutos. Los tejidos de los callos luego se secaron en y se transfirieron a un medio de cocultivo solidificado, y se incubaron d oscuridad a 25 °C. Los callos cocultivados se cultivaron en un medio durante 4 semanas en la oscuridad a 28 °C en presencia de u ión. Durante este período, se desarrollaron islas de callos resistentes amente. Después de transferir este material a un medio de reg ación a la luz, se liberó el potencial embriogénico y se desarrollaron ntes cuatro a cinco semanas. Se retiraron los brotes de los callos y sformación de maíz
La transformación de maíz (Zea mays) se realiza con una modificació ripto por Ishida et al. (1996) Nature Biotech 14(6): 745-50. La transf ndiente del genotipo en el maíz y sólo genotipos específicos formados y regenerados. La línea endogámica A188 (Universidad de I íbridos con A188 como progenitor son buenas fuentes de material d formación, pero también se pueden usar exitosamente otros genotipos. cosechadas de la planta de maíz aproximadamente 1 1 días de ización (DAP) cuando la longitud del embrión inmaduro es de aprox. 1 a iones inmaduros son cocultivados con Agrobacterium tumefaciens qu r de expresión, y las plantas transgénicas son recuperadas nogénesis. Los embriones extraídos son cultivados en un medio de i s, luego medio de regeneración de maíz, que contiene el agente de s plo, imidazolinona, pero se pueden usar varios marcadores de selección etri son incubadas a la luz a 25 °C durante 2-3 semanas, o hasta que s S. Los brotes verdes son transferidos de cada embrión al medio de enra e incubados a 25 °C durante 2-3 semanas, hasta que se desarrollan la S con raíces son transplantados a suelo en el invernadero. Las se cidas de plantas que exhiben tolerancia al agente de selección y que c copia del inserto de T-ADN.
plantados a suelo en el invernadero. Las semillas T1 son producidas d en tolerancia af agente de selección y que contienen una sola copia del i .
sformación de soja
La soja es transformada de acuerdo con una modificación del métod tente U.S. 5.164.310 de Texas A&M. Diversas variedades de soja com ransformadas con este método. El cultivar Jack (disponible de la ation) se usa comúnmente para la transformación. Las semillas ilizadas para sembrar in vitro. El hipocotilo, la radícula y un cotiledón lántulas de siete días. El epicotilo y el cotiledón restante se cultivan a desarrollar nodulos axilares. Estos nodulos axilares son extraídos e in bacterium tumefaciens que contiene el vector de expresión. Después d ocultivo, los explantes se lavan y se transfieren al medio de selecció erados son extraídos y colocados en un medio de alargamiento de lo S no más largos que 1 cm son colocados en medio de enraizamiento rrollan raíces. Los brotes con raíces son transplantados a suelo en el emillas T1 son producidas de plantas que exhiben tolerancia al agente contienen una sola copia del inserto de T-ADN.
formación de coíza/canola
y luego cultivados en medio MSBAP-3 con cefotaxima, carbenicilina o e de selección hasta la regeneración de los brotes. Cuando los brotes ti e longitud, se cortan y se transfieren a medio de alargamiento de brot ue contiene 0,5 mg/l BAP). Los brotes de aprox. 2 cm de longitud son tr de enraizamiento (MSO) para la inducción de raíces. Los brotes co plantados a suelo en el invernadero. Las semillas T1 son producidas de en tolerancia al agente de selección y que contienen una sola copia del i
formación de alfalfa
Se transforma un clon regenerador de alfalfa (Medicago sativa) usando rsie et al., 1999 Plant Physiol 19: 839-847). La regeneración y la trans dependen del genotipo y por lo tanto se requiere una planta regenera ito métodos para obtener plantas regeneradoras. Por ejemplo, éstas onadas del cultivar Rangelander (Agricutture Canadá) o cualquier otra varie rcial como describieron Brown DCW y A Atanassov (1985. Plant Cell Tissue 1-112). Alternativamente, la variedad RA3 (Universidad de Wiscon ionada para usar en el cultivo de tejidos (Walker et al., 1978 Am J Bot 65:6 tes de pecíolos son cocultivados, durante la noche, con un cultivo de A aciens C58C1 pMP90 (McKersie et al., 1999 Plant Physiol 119: 839-847) o ne el vector de expresión. Los explantes son cocultivados durante 3 días en formación de algodón
El algodón se transforma utilizando Agrobacterium tumefaciens de ac do descrito en US 5.159.135. Las semillas de algodón se esterilizan en % de solución de hipoclorito de sodio durante 20 minutos y se lav lada con 500 pg/ml de cefotaxima. Luego se transfieren las semillas al m /ml de benomil para su germinación. Se extraen los hipocotilos de las n de 4 a 6 días, se los corta en trozos de 0,5 cm y se los coloca en 0,8% una suspensión de Agrobacterium (aprox. 108 células por mi, diluidas o de toda la noche transformado con el gen de interés y marcadores uados) para inocular los explantes de hipocotilos. Luego de 3 días a ente y luz, los tejidos se transfieren a un medio sólido (1 ,6 g/l de Gelrit shige and Skoog con vitaminas B5 (Gamborg et al., Exp. Cell Res. )), 0,1 mg/l de 2,4-D, 0,1 mg/l de 6-furfurilaminopurina y 750 g/ml de 100 pg/ml de cefotaxima y 400-500 pg/ml de carbenicilina para eliminar uales. Se aislan las líneas celulares individuales luego de dos a tres ultivos cada cuatro a seis semanas) y se cultivan adicionalmente ivo para la amplificación de tejido (30°C, fotoperíodo de 16 hs). Poster S transformados se cultivan adicionalmente en un medio no selectivo d s para que se generen embriones somáticos. Los embriones de aspe menos 4 mm de longitud se transfieren a tubos con un medio SH en ve mentado con 0,1 mg/l de ácido indol acético, 6 furfurilaminopurina y áci
°
nían el transgén (hetera- y homocigotas) y aproximadamente 10 plán nían el transgén (nulicigotas) monitoreando la expresión del marcado as transgénicas y los nulicigotas correspondientes fueron cultivados la iones al azar. Las condiciones del invernadero eran de días cortos (12 a la luz y 22°C en la oscuridad y una humedad relativa de 70%. adas en condiciones sin estrés se riegan a intervalos regulares para as y los nutrientes no sean limitantes y para satisfacer las necesidades d completar su crecimiento y desarrollo.
Se evaluaron adicionalmente cuatro eventos T1 en la generación T2 o procedimiento de evaluación que para la generación T1 pero con m ventos. Desde la etapa de siembra hasta la etapa de madurez, la ron varias veces a través de una cámara de imágenes digitales. En c o se tomaron imágenes digitales (2048x1536 píxeles, 16 millones d planta desde por lo menos 6 ángulos diferentes.
ro/ cíe sequía
Se cultivan plantas de semillas T2 en suelo de macetas en condicio que se aproximan a la etapa de emerger. Luego son transferidas a " en donde no se realiza irrigación. Se insertan sondas de humedad das al azar para monitorear el contenido de agua del suelo (SWC). Cu ncuentra por debajo de ciertos umbrales, las plantas se vuel as que no crecieron con estrés abiótico. Los parámetros de crecimiento gistran como se detalló para el crecimiento en condiciones normales.
rol de estrés por sal
Se cultivan plantas en un sustrato hecho de fibras de coco y argex (p e usa una solución de nutrientes normal durante las dos primeras sema plantar las plántulas al invernadero. Después de las dos primeras gan 25 mM de sal (NaCI) a la solución de nutrientes, hasta que s as. Luego se miden los parámetros relacionados con las semillas.
Análisis estadístico: Prueba F
Se usó ANOVA (análisis de variantes) de dos factores como un mode la evaluación general de las características fenotípicas de la planta. Se prueba F en todos los parámetros medidos de todas las plantas de todo formados con el gen de la presente invención. La prueba F se llevó olar un efecto del gen sobre todos los eventos de transformación y par o general del gen, también conocido como efecto global del gen. ficancia para un efecto global del gen verdadero se fijó a un nivel de pr ara la prueba F. Un valor de prueba F significativo indica un efecto d fica que no es sólo la simple presencia o posición del gen la q encías del fenotipo.
ron imágenes digitales (2048x1536 píxeles, 16 millones de colores) de e por lo menos 6 ángulos diferentes.
Se determinó el área aérea de la planta (o biomasa del follaje) contando e íxeles en las imágenes digitales de las partes aéreas de las plantas disc . Este valor se promedió para las fotos tomadas en el mismo punto de tie ntes ángulos y se convirtió a un valor de superficie física expresado en mm ración. Los experimentos muestran que el área aérea de la planta medida de aciona con la biomasa de las partes aéreas de la planta. El área aérea es e I punto de tiempo en el cual la planta había alcanzado su máxima biomas temprano es el área aérea de la planta (plantín) tres semanas po nación. El vigor temprano es ei área aérea de la planta (plántula) tres seman germinación. El aumento de la biomasa de raíz se expresa como un a asa total de la raíz (medida como la biomasa máxima de las raíces observ útil de una planta); o como un aumento del índice raíz/brote (medido como la sa de la raíz y la masa del brote en el período de crecimiento activo de la raí
Se determinó el vigor temprano contando el número total de píxeles as de la planta discriminado del fondo. Este valor se promedió para las foto ismo punto de tiempo desde diferentes ángulos y se convirtió en un valor expresado en mm cuadrados por calibración. Los resultados descriptos plantas tres semanas posteriores a la germinación.
en la presente invención se define como la proporción entre el rendimi lla y el área aérea (mm2), multiplicado por el factor 106. La cantidad total ula como se define en la presente invención es la proporción entre la millas y la cantidad de panículas primarias maduras. La tasa de llenad se define en la presente invención es la proporción (expresada como u la cantidad de semillas llenas con respecto a la cantidad total de semill
ipio 11: Resultados de la evaluación fenotípica de las plantas transg . Raíz sin pelo 1 (RHLP
A continuación se presentan los resultados de la evaluación de la transgénicas de generación T2 que expresan la región codificadora ico Arath_RHL1 (SEQ ID NO: 1 ) en condiciones de cultivo de limitación jemplo 8. Se observó un incremento de al menos 5% para vigor de emer rano, EmerVigor), rendimiento de semilla total (peso total de semillas) llas llenas (Número de semillas llenas), índice de cosecha (índice asa de raíz (Rootmax) y número de semillas totales de una planta llas totales) (Tabla F1).
F1. Evaluación de plantas transgénicas que expresan el gen Ara iciones de crecimiento con limitación de nitrógeno.
a F2 Evaluación de plantas transgénicas que expresan un ácido a RHL1 en condiciones de no estrés.
Los resultados de la evaluación de las plantas de arroz transgénico de la g xpresa la región codificadora del ácido nucleico de Orysa_RHL1 (SEQ ID l promotor específico de raíz Rcc3 (SEQ ID NO: 40) cultivada en condicione eno como se especificó anteriormente en la prueba de eficiencia de uso de tran en la Tabla F3. EmerVigor (también denominado como vigor temprano ndimiento directamente correlacionado con el vigor de la planta en partic rana de desarrollo de la plántula.
F3. Evaluación de plantas transgénicas que expresan un ácido imiento de semilla total por planta, del número total de semillas, de
illas llenas, de la tasa de llenado de semillas y del índice de cosecha d
génicas en comparación con las nulicigotas correspondientes (control
stra en la Tabla F4.
a F4: Resultados de la evolución de las plantas de arroz transgénico de l
T2 que expresan la secuencia de ácidos nucleicos que codifican un p
sa representado en la SEQ ID NO: 45, bajo el control de un pro
esión específica de semilla.
sgo Promedio total del % de Promedio total aumento en 8 eventos de la aumento en 4 eve generación T1 generació ndimiento de 26% 15% illa total por
nta
ntidad total de 27% 14% illas llenas
ice de cosecha 26% 14%
. Tryptichon (tipo TRY)
La evaluación de las plantas de arroz transgénico que expresan un á
TRY bajo el control del promotor RCc3, y se cultivan en condiciones de
itrógeno reducida, reveló un aumento de más de 5% para el vigor d F5: Síntesis de datos para las plantas de arroz transgénico transform ructo de pGOS2::TRY; para cada parámetro, el incremento del porcen tra para la generación T1 , para cada parámetro el valor de p es <0,05.
En la generación T2, se halló un fuerte aumento (> 5%) para la bio Max y firstpan), vigor temprano y rendimiento de semilla; los detalles F:
F6: Síntesis de datos para plantas de arroz transgénico transform ructo GOS2::TRY; para cada parámetro, el aumento del porcentaje tota la generación T2, para cada parámetro el valor de p es <0,05.
RESISTENTE A BRASSINAZOL 1 (BZR1)
A continuación se presentan los resultados de la evaluación de la
Claims (1)
- REIVINDICACIONES Un método para mejorar los rasgos relacionados con el rendimiento e respecto a plantas de control, caracterizado porque comprende expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un polípé sin pelos y opcionalmente seleccionar plantas que tienen rasgo relacionados con el rendimiento. Método de acuerdo con la reivindicación 1 , caracterizado porque dich de raíz sin pelos comprende uno o más de los siguientes: (i) una secuencia que tiene, en orden creciente de preferencia 30 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95 98%, 99% o más de identidad de secuencia con la s aminoácidos de cualquiera de los polipéptidos de la Tabla A (ii) un motivo que tiene, en orden creciente de preferencia 50% 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 9 identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos [IV]R[RK][KG][SG]QRK[NS][RK][FY]LFSFPGLLAP (SEQ ID N (iii) un motivo que tiene, en orden creciente de preferencia 50 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 9 identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos SGG KR IV G ED L KA DL GD TKNP ILV LYLDF PQG RQ M identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos d [SN][GN][NL]L[LQV][SR][EDG]xP[AS][KA]PR[SA][APS]LAPSK[ [KR][HL][HQ]G[KR]D (SEQ ID NO: 33); (vii) un motivo que tiene, en orden creciente de preferencia 50% 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99 identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos d HA[ED][CY]DFKGGAGAA[CS]D[ES][KA]Q (SEQ ID NO: 34); (viii) un motivo que tiene, en orden creciente de preferencia 50% 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99 identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos d [?8?][???]?[???][???][???][??][??][??][??8? [ELQ]SP[KE][IT][ED][SLV][ED][DI][DV][LS]S[ED][DE][SD][NDS] (SEQ ID NO: 35); (ix) un motivo que tiene en orden creciente de preferencia 50% 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 9 identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos KG[PA]AAKKQRASP[EM][EA]K[HQ]P[TA]GtKI]K (SEQ ID NO: Método de acuerdo con la reivindicación 1 ó 2, caracterizado expresión modulada se lleva a cabo al introducir y expresar en una pi nucleico que codifica un polipéptido de raíz sin pelos. Método de acuerdo con cualquier reivindicación anterior, caracteri dicho ácido nucleico ue codifica un oli é tido de raíz sin condiciones de cultivación con deficiencia de nitrógeno. Método de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 3 a 7, c porque dicho ácido nucleico está ligado operativamente con constitutivo, con preferencia a un promotor GOS2, con máxima pref promotor GOS2 del arroz. Método de acuerdo con cualquier reivindicación anterior, caracteri dicho ácido nucleico que codifica un polipéptido de raíz sin pelos vegetal, con preferencia de una planta dicotiledónea, con más prefer de la familia Brassicaceae, con máxima preferencia de Arabidopsis th Planta o parte de ésta, incluso de semillas, que se pueden obtener un método de acuerdo con cualquier reivindicación anterior, caracteri dicha planta o parte de ésta comprende un ácido nucleico reco codifica un polipéptido de raíz sin pelos. Constructo caracterizado porque comprende: (i) ácido nucleico que codifica un polipéptido de raíz sin pelos co en las reivindicaciones 1 , 2 ó 3; (ii) una o más secuencias de control capaces de dirigir la ex secuencia de ácidos nucleicos de (a); y opcionalmente (iii) una secuencia de terminación de la transcripción. Constructo de acuerdo con la reivindicación 11 , caracterizado po dichas secuencias de control es un promotor constitutivo, con pr romotor GOS2, con máxima referencia un romotor GOS2 del arroz desarrollo de la planta; y opcionalmente (iii) seleccionar plantas que tienen rasgos mejorados relacion rendimiento. Planta transgénica que tiene mayor rendimiento, particularmente ma con respecto a plantas de control, caracterizada porque resulta de modulada de un ácido nucleico que codifica un polipéptido de raíz si se define en la reivindicación 1 ó 2 o una célula de planta transgénic dicha planta transgénica. Planta transgénica de acuerdo con la reivindicación 10, 14 ó 16, o u planta transgénica derivada de ésta, caracterizada porque dicha p planta de cultivo ó una planta monocotiledónea ó un cereal, tal como trigo, cebada, mijo, centeno, triticale, sorgo y avena. Partes cosechables de una planta de acuerdo con la reivin caracterizada porque dichas partes cosechables son preferentement brote y/o semillas. Productos derivados de una planta caracterizado porque son de ac reivindicación 17 y/o de partes cosechables de una planta de ac reivindicación 18. Uso de un ácido nucleico que codifica un polipéptido de raíz si aumentar el rendimiento, en particular para aumentar brotes y/o plantas, con respecto a plantas de control. RESUMEN DE LA INVENCIÓN Método para mejorar diversos rasgos relacionados con el rendimiento dular la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un R 1). Plantas que tienen expresión modulada de un ácido nucleico qu , en donde dichas plantas tienen varios rasgos mejorados relacion miento de las plantas con respecto a las correspondientes plantas de ti plantas de control. Constructos útiles en dichos métodos. Método para incrementar varios rasgos relacionados con el rendi llas de la planta al incrementar la expresión en una planta de una s S nucleicos que codifica un polipéptido transglutaminasa (TGasa). Plant r expresión de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica u a, en donde dichas plantas tienen rasgos aumentados relacion miento de las semillas con respecto a plantas de control. Secuenci ÍCOS, constructos de ácido nucleico, vectores y plantas que conti encias de ácidos nucleicos. Método para mejorar varias características del crecimiento de la lar la expresión en una planta de un ácido nucleico que codifica un po (Tryptichon). Plantas que tienen expresión modulada de un ácido ica un polipéptido tipo TRY, en donde dichas plantas tienen característic recimiento con respecto a las correspondientes plantas de tipo silv as de control. Constructos útiles en dichos métodos.
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