MX2008015001A - Polimorfismos en el gen del factor a de transcripcion mitocondrico (tfam) y sus asociaciones con atributos del canal. - Google Patents

Abstract

La regulación fisiológica de la ingesta, crecimiento y particionamiento de energía en animales está bajo el control de múltiples genes, que pueden ser candidatos importantes para descifrar la variación genética en los atributos económicamente relevantes en la producción de carne de res. La presente invención se relaciona a la identificación de polimorfismos de nucleótido individual (SNPs) dentro del gen bovino que codifica el factor A de trascripción mitocóndrico ("TFAM") y sus asociaciones con atributos económicamente relevantes en la producción de carne de res. La invención además abarca métodos y sistemas, incluyendo procesos basados en la red, para manejar los datos de SNP y otros datos relacionados con animales específicos y manadas de animales, cuidado veterinario, datos de diagnóstico y de control de calidad y manejo de ganado que, basado en la determinación del genotipo, tienen atributos de calidad de la carne predecibles, condiciones de crianza, bienestar del animal, información de seguridad del alimento, verificación de los procesos existentes y datos de ubicaciones en campo.

Description

POLIMORFISMOS EN EL GEN DEL FACTOR A DE TRANSCRIPCIÓN MITOCÓNDRICO ( FAM) Y SUS ASOCIACIONES CON ATRIBUTOS DEL CANAL CAMPO DE LA INVENCIÓN La presente invención se relaciona a la identificación de polimorfismos de nucleótido individual (SNPs) dentro de los genes bovinos que codifican el factor A de transcripción mitocóndrico ( "TFAM") y sus asociaciones con atributos económicamente relevantes en la producción de carne de res. La invención además se relaciona a métodos y sistemas, incluyendo procesos basados en la red, para manejar los datos de SNP y otros datos relacionados con animales específicos y manadas de animales, cuidado veterinario, datos de diagnóstico y de control de calidad y manejo de ganado que, basado en la determinación del genotipo, tienen atributos de calidad de carne predecibles, condiciones de crianza, bienestar del animal, información de seguridad de alimento, verificación de los procesos existentes y datos de ubicaciones en el campo. ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN Las mejoras significantes en el desempeño del animal, eficiencia y el canal y la calidad de la carne se han hecho durante los años a través de la aplicación de técnicas de reproducción y selección de animales estándares. Sin embargo, tales técnicas de reproducción de animales clásicas requieren varios años de evaluación genética de registros de desempeño sobre animales individuales y sus parientes y por lo tanto son muy costosas. Otros esfuerzos se han hecho para mejorar la productividad y calidad a través de la aplicación de tales prácticas de manejo como el uso de aditivos alimenticios, implantes hormonales de animales y quimioterapéuticos . Sin embargo, hay una resistencia política y reguladora significante a la introducción y uso de tales metodologías. Tales metodologías también no son heredables y necesitan ser aplicadas de manera diferente en cada sistema de producción. Hay una necesidad por métodos que permitan la selección relativamente fácil y más eficiente y la reproducción de animales de granja con una ventaja para un atributo heredable de niveles de leptina circulante, ingesta de alimento, proporción de crecimiento, peso del cuerpo, valía del canal y composición del canal. El significado económico del uso de marcadores genéticos que están asociados con atributos específicos económicamente importantes (especialmente atributos con baja heredabilidad) en el ganado a través de la selección asistida por marcador por lo tanto no puede ser sobre enfatizada. La regulación fisiológica de la ingesta, el crecimiento y el part icionamiento de energía en animales está bajo el control de múltiples genes, que pueden ser candidatos importantes para descifrar la variación genética en atributos económicamente relevantes (ERT) en la producción de carne de res. Los polimorfismos en estos genes candidatos que muestran asociación con ERT especifica son nucleótidos de atributos cuantitativos útiles para la selección asistida por marcador. El factor A de transcripción mitocóndrico ("TFAM"), un miembro de una familia de proteínas de grupo de alta movilidad y el primer factor de transcripción mitocóndrico identificado (Fisher and Clayton, Mol Cell Biol. 1988; 8:3496-509), es esencial para el mantenimiento y la biogénesis del DNA mitocóndrico (mtDNA) . Primero, TFAM desempeña una función similar a istona en los mitocondrios, ya que es estrechamente asociado con mtDNA como un componente principal del nucleótido (Kanki y colaboradores, Mol Cell Biol. 2004; 24:9823-34). La evidencia ha mostrado que una molécula de mtDNA es empacada con -900 moléculas de TFAM en promedio (Alam y colaboradores, Nucleic Acids Res. 2003; 31:1640-5), que hace el mtDNA no desnudo por más tiempo. Segundo, TFAM regula el número de copias de mtDNA en mamíferos. La investigación utilizando una combinación de ratones con la sobreexpresión de TFAM y la inactivación de TFAM demostró que el número de copias de mtDNA es directamente proporcional al nivel de proteína TFAM total en embriones de ratón (Ekstrand y colaboradores, Hum Mol Genet . 2004; 13:935-44). La interferencia de RNA de la expresión de TFAM endógeno en células HeLa también indicó que la cantidad de mtDNA está correlacionada en paralelo con la cantidad de TFAM (Kanki y colaboradores, Ann N Y Acad Sci . 2004; 1011:61-8). Tercero, TFAM estimula la transcripción de mtDNA. La proteina TFAM posee dos dominios de grupo de alta movilidad en tándem, que hace al TFAM enlazar, desenrollar y plegar el DNA sin especificidad de secuencia y asi facilitar la iniciación de transcripción de mtDNA (Gaspari y colaboradores, 2004; 1659:148-52) . La evidencia ha mostrado que la importación de wt-TFAM en mitocondrios del hígado de ratas hipotiroides incrementó la síntesis de RNA significativamente hasta 4 veces (Garstka y colaboradores, Nucleic Acids Res. 2003; 31:5039-47). Se ha conocido por muchos años que el tejido adiposo desempeña una función central en la regulación y la manipulación de metabolismos de energía a través del almacenamiento y productividad de triglicéridos y a través de la secreción de factores que afectan la saciedad y utilización del abastecimiento. Sin embargo, muchos aspectos claves de la adipogénesis están acompañados por la estimulación de la biogénesis mitocóndrica ( ilson-Fritch y colaboradores, Mol Cell Biol. 2003; 23:1085-94). Por ejemplo, el sitio mayor de ß-oxidación de ácido graso ocurre en los mitocondrios (Reichert and Neupert, Trends Genet . 2004 ; 20:555-62), que puede proporcionar intermediarios claves para la síntesis de triglicéridos por la vía de la acción de piruvato carboxilasa (Owen y colaboradores, J Biol Chem. 2002; 277:30409-12). Además, una masa mitocóndrica relativamente grande es necesaria para generar acetil-CoA para la activación de ácido graso antes de la esterificación en triglicéridos. Todos estos estudios demostraron el papel y función esenciales de los mitocondrios en el metabolismo del lípido . Para explorar adicionalmente el mecanismo de los mitocondrios involucrados en la adipogénesis , Wilson-Fritch y colaboradores (Wilson-Fritch y colaboradores Mol Cell Biol. 2003; 23:1085-94 y Wilson-Fritch y colaboradores, J Clin Invest. 2004; 114:1281-9) estudiaron la diferenciación de la célula 3T3-L1 (representativa de adipocitos blancos) al utilizar procedimientos tanto proteómicos como genómicos. El análisis proteómico reveló un incremento de 20- a 30 veces en la concentración de numerosas proteínas mitocóndricas , mientras que el análisis genómico con el perfilado de expresión génica utilizando Affymetrix GeneChips detectó un incremento estadísticamente significante en la expresión de muchos genes mitocóndricos codificados en el núcleo durante la adipogénesis. En particular, los autores encontraron una disminución profunda de aproximadamente 50% en los niveles de transcriptos para los genes mitocóndricos codificados nucleares que acompañan el inicio de la obesidad (Wilson- Fritch y colaboradores, J Clin Invest. 2004; 114:1281-9). Permanece ventajoso proporcionar SNPs adicionales que puedan predecir de manera más precisa el fenotipo de calidad de carne de un animal y también un método de negocios que proporcione eficiencias de producción incrementadas en el ganado vacuno, asi como proporcionar acceso a varios registros de los animales y permitir comparaciones con objetivos esperados o deseados con respecto a la calidad y cantidad de animales producidos. La cita o identificación de cualquier documento en esta solicitud no es una admisión de que tal documento esté disponible como la técnica previa a la presente invención. BREVE DESCRIPCIÓN DE LA INVENCIÓN La presente invención se relaciona a la identificación de polimorfismos de nucleótido individual (SNPs) dentro de los genes bovinos que codifican el factor A de transcripción mitocóndrico {"TFAM") y sus asociaciones con atributos económicamente relevantes en la producción de carne de res . La invención abarca un método para sub-agrupar animales de acuerdo con el genotipo en donde los animales de cada sub-grupo tienen un polimorfismo similar en un gen TFAM que puede comprender determinar el genotipo de cada animal a ser sub-agrupado al determinar la presencia de un polimorfismo de nucleótido individual en el gen TFAM, y al segregar animales individuales en sub-grupos en donde cada animal en un sub-grupo tiene un polimorfismo similar en un gen TFAM. La invención también abarca un método para sub-agrupar animales de acuerdo con el genotipo en donde los animales de cada sub-grupo tienen un genotipo similar en el gen TFAM que puede comprender determinar el genotipo de cada animal a ser subagrupado al determinar la presencia de un polimorfismo ( s ) de nucleótido individual de interés en el gen TFAM, y al segregar animales individuales en sub-grupos dependiendo de si los animales tienen, o no tienen, el polimorfismo ( s ) de nucleótido individual de interés en el gen TFAM. El polimorfismo ( s ) de nucleótido individual de interés se puede seleccionar del grupo que consiste de una sustitución de A a C en la posición de nucleótido -1220 en el promotor del gen TFAM, una sustitución de T a C en la posición -1212 en el promotor del gen TFAM y una sustitución de T a C en la posición -995 en el promotor del gen TFAM. La invención además se relaciona a un método para sub-agrupar animales de acuerdo con el genotipo en donde los animales de cada subgrupo tienen un genotipo similar en el gen TFAM que puede comprender de determinar el genotipo de cada animal a ser subagrupado al determinar la presencia de cualquiera de los SNPs anteriores, y al segregar los animales individuales en sub-grupos dependiendo de si los animales tienen, o no tienen, cualquiera de los SNPs anteriores en el gen TFAM. La invención también se relaciona a un método para identificar un animal que tiene un fenotipo deseable como es comparado con la población general de animales de esa especie, que puede comprender determinar la presencia de un polimorfismo de nucleótido individual en el gen TFAM del animal, en donde la presencia del SNP es indicativa de un fenotipo deseable. En una modalidad ventajosa, el animal puede ser un bovino. En otra modalidad ventajosa, el gen TFAM puede ser un gen TFAM bovino. La invención también abarca métodos y sistemas asistidos por computadora para mejorar la eficiencia de producción para ganado que tiene carne más blanda comercializable usando múltiples datos, y en particular el genotipo de los animales como se relaciona con SNPs de TFAM. Los métodos de la invención abarcan la obtención de una muestra genética de cada animal en una manada de ganado, determinar el genotipo de cada animal con respecto a los atributos de calidad específicos como es definido por un panel de por lo menos dos polimorfismos de polinucleótido individual (SPNs), agrupar los animales con genotipos similares, y opcionalmente, además subagrupar los animales basados en fenotipos similares. Los, métodos de la invención también pueden abarcar la obtención y mantenimiento de datos relacionados con los animales o manadas, sus condiciones de crianza, salud y cuidado y condición veterinaria, historia genética o parentesco, y la provisión de estos datos a otros a través de sistemas que están basados en la red, contenidos en una base de datos, o unidos al animal mismo tal como mediante un microchip implantado. Un aspecto ventajoso de la presente invención, por lo tanto, se dirige a un sistema de computadora y métodos asistidos por computadora para rastrear atributos de calidad para ganado que poseen predisposiciones genéticas especificas. La presente invención ventajosamente abarca métodos y sistemas asistidos por computadora para adquirir datos genéticos, particularmente datos genéticos como es definido por la ausencia o presencia de un SNP dentro del gen TFAM relacionado con atributos de calidad de la carne de la reproducción del animal y la asociación de esos datos con otros datos acerca del animal o su manada, y el mantenimiento de esos datos en maneras que sean accesibles. Otro aspecto de la invención abarca un método asistido por computadora para predecir qué animales de ganado poseen una diferencia biológica en la calidad de la carne, y que puede incluir las etapas de utilizar un sistema de computadora, por ejemplo, una computadora programada que comprende un procesador, un sistema de almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada y un dispositivo de salida, las etapas de: (a) introducir en la computadora programada a. través del dispositivo de entrada datos que incluyen un genotipo de un animal como se relaciona con cualquiera de los SNPs de TFAM descritos en la presente; (b) correlacionar la calidad de la carne predicha por el genotipo TFAM utilizando el procesador y el sistema de almacenamiento de datos y (c) hacer salir al dispositivo de salida la calidad de la carne correlacionada con el genotipo TFAM, para de esta manera predecir qué animales de ganado poseen una calidad de carne particular. Todavía otro aspecto de la invención se relaciona a un método para hacer negocio para manejar ganado que comprende proporcionar a un usuario el sistema de computadora para manejar ganado que comprende características físicas y genotipos correspondientes a uno o más animales o un medio leíble en computadora para manejar ganado que comprende características físicas y genotipos correspondientes a uno o más animales o características físicas y genotipos correspondientes a uno o más animales, en donde una característica física es la ingesta, crecimiento o valía del canal en el ganado vacuno para carne y el genotipo es un genotipo TFAM. Se observa que en esta descripción y particularmente en las reivindicaciones y/o párrafos, los I I términos tales como "se comprende", "comprendido", "que comprende" y los similares pueden tener el significado atribuido a este en la ley de patentes de los Estados Unidos, por ejemplo, ellos pueden significar "se incluye", "incluido", "que incluye" y los similares; y que los términos tales como "que consiste esencialmente de" y "consiste esencialmente de" tiene el significado adscrito a estos en la ley de patentes de los Estados Unidos, por ejemplo, ellos permiten elementos no explícitamente mencionados, pero excluyen elementos que se encuentran en la técnica previa o que afectan una característica básica o novedosa de la invención . Estas y otras modalidades son divulgadas o son obvias de y abarcadas por, la siguiente Descripción Detallada. BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS DIBUJOS La siguiente descripción detallada, dada a manera de ejemplo, pero no propuesta para limitar la invención solamente a las modalidades específicas descritas, se puede entender mejor en conjunción con los dibujos acompañantes, en los cuales: La FIG. 1 proporciona una anotación esquemática de las secuencias de cDNA y DNA genómico del gen TFAM bovino utilizando una combinación del procedimiento in silico con amplificación de la región objetivo de PCR.

La FIG. 2 proporciona una secuencia de nucleótidos de la región corriente arriba del gen TFAM bovino (SEQ ID NO:l) . Esta secuencia corresponde a la región flanqueante 5' y el exón 1. La secuencia de codificación está sombreada. El sitio de transcripción putativo fue numerado como +1. Las secuencias consensúales para SPl, NRF1 y el represor de transcripción potenciales se muestran por las flechas. Muchos sitios mCpG potenciales están subrayados. Un codón AUG extra corriente arriba del sitio de traducción normal está en negritas y marcado. Ambas sustituciones C/A y C/T están marcadas por flechas y números. La FIG. 3 proporciona una demostración de un SNP de C/A y de C/T en la región del promotor TFAM bovino. Izquierda: un homocigoto con CC y CC; Derecha: un homocigoto con AA y TT en dos posiciones apartadas por 9 bp inclusive. La FIG. 4 proporciona la determinación de genotipo con PCR-RFLP de dos SNPs en el promotor TFAM bovino. Franjas 1 y 8: escaleras de 100 bp. Franjas 2-7: un fragmento de 801 bp se digirió con la enzima de restricción Dpnll . Franjas 2 y 3, animales TT (55+68+135+241+302bp) ; franjas 4 y 5, animales CT (55+68+135+241+302+543bp) ; y franjas 6 y 7, animales CC (55+68+135+543bp) . Franjas 9-14: un fragmento de 801 bp se digirió con la enzima de restricción fíaelll. Franjas 9 y 10, animales AA ( 152+187+462bp ) ; franjas 11 y 12, animales CA (83+104+152+187+462bp) ; y franjas 13 y 14, animales CC (83+104+152+462bp) . La FIG. 5 identifica polimorfismos genéticos en los genes TFAM, TFB1M y TFB2M bovinos. A. Una tercera mutación de sustitución C/T en la región del promotor TFAM. B. Dos mutaciones detectadas en el gen TFB1M bovino utilizando acumulaciones de DNA. C. Cinco mutaciones desarrolladas en el gen TFB2M bovino utilizando acumulaciones de DNA. La FIG. 6A proporciona una secuencia de cDNA de TFAM de ganado vacuno .(2259bp) (SEQ ID N0:2). La FIG. 6B proporciona una secuencia de DNA genómico de TFAM de ganado vacuno (16666bp) (SEQ ID NO:3).

Los exones están sombreados, asi como los sitios de mutación.

Ver, por ejemplo, GenBank Accesos Nos. AAFC02110692 y AAFC0201944 . La FIG. 7 ilustra un diagrama de flujo de la entrada de datos y la salida de resultados del análisis y la correlación de los datos que pertenecen a la reproducción, historias veterinarias y requerimientos de desempeño de un grupo de animales tal como de una manada de vacas y el flujo interactivo de datos del dispositivo asistido por computadora a un cuerpo de estudiantes que aprenden el uso del método de la invención. La FIG. 8 ilustra las relaciones potenciales entre los elementos de datos a ser introducidos al sistema. Las fleches unidireccionales indican, por ejemplo, que un establo es típicamente propiedad de solamente una granja, mientras que una granja puede tener varios establos. De manera similar, una prescripción puede incluir productos veterinarios. La FIG 9A ilustra el flujo de eventos en el uso del sistema basado en computadora portátil para la entrada de datos sobre la reproducción y crianza de una manada de vacas. La FIG. 9B ilustra el flujo de eventos a través de las sub-rutinas relacionadas con la entrada de datos concernientes con el manejo de la granja. La FIG. 9C ilustra el flujo de eventos a través de las subrutinas relacionadas con la entrada de datos concernientes a los datos específicos a una compañía. La FIG. 10 ilustra un diagrama de flujo de la entrada de datos y la salida de resultados del análisis y la correlación de los datos que pertenecen a la reproducción, historias veterinarias y requerimientos de desempeño de un grupo de animales. DESCRIPCIÓN DETALLADA La práctica de la presente invención empleará, a menos que se indique de otra manera, técnicas convencionales de biología molecular, microbiología, tecnología de DNA recombinante , inmunología, que están dentro de la habilidad de la técnica. Tales técnicas se explican completamente en la literatura. Ver, por ejemplo, Sambrook y colaboradores (2001) Molecular Cloning:A Laboratory Manual, 3rd ed., Cold Spring Harbor Press; DNA Cloning, Vols. I y II (D. N. Glover ed. 1985); Oligonucleotide Synthesis (M. J. Gait ed. 1984); Nucleic Acid Hybridi zation (B. D. Hames & S. J. Higgins eds . 1984); Animal Cell Culture . (R. K. Freshney ed. 1986); Immobilized Cells and Enzymes (IRL press, 1986); Perbal, B., A Practical Guide to Molecular Cloning (1984); the series, Methods In Enzymology (S. Colowick and N. Kaplan eds., Academic Press, Inc.); y Handbook of Experimental Immunology, Vols. I-IV (D. M. Weir y C. C. Blackwell eds., 1986, Blackwell Scientific Publications ) . Antes de describir la presente invención en detalle, se va a entender que está invención no está limitada al DNA particular, secuencias de polipéptido o parámetros del proceso ya que tales, por supuesto, pueden variar. También se va a entender que la terminología utilizada en la presente es para propósitos de describir modalidades particulares de la invención solamente, y no se propone para ser limitativa. A menos que se defina de otra manera, todos los términos técnicos y científicos utilizados en la presente tienen el mismo significado como es comúnmente entendido por uno de habilidad ordinaria en la técnica a la cual la invención pertenece. Aunque un número de métodos y materiales similares o equivalentes a aquellos descritos en la presente se pueden utilizar en la práctica de la presente invención, los materiales preferidos y métodos se describen en la presente. En la descripción de la presente invención, los siguientes términos serán empleados y se proponen para ser definidos como es indicado enseguida. El término "vaca" o "ganado vacuno" se utiliza generalmente para referirse a un animal de origen bovino de cualquier edad. Los términos intercambiables incluyen "bovino", "ternero", "novillo", "toro", "vaquilla" y los similares. Este también incluye un animal individual en todas las etapas de desarrollo, incluyendo las etapas embriónicas y fetales. Los animales como son referidos en la presente también puede incluir individuos o grupos de individuos que son creados para diferente producción de alimento tal, pero no limitado a, animales transgénicos para la producción de biofarmacéuticos incluyendo anticuerpos y otras proteínas y productos de proteína. Por el término "complementariedad" o "complementario" se propone, para los propósitos de la especificación o reivindicaciones, un número suficiente en el oligonucleót ido de pares de bases complementarias en su secuencia para interactuar específicamente (hibridar) con una secuencia de ácido nucleico objetivo del polimorfismo de gen a ser amplificado o detectado. Como es conocido para aquellos expertos en la técnica, un muy alto grado de complementariedad es necesario para la especificidad y sensibilidad que involucra la hibridación, aunque no necesita ser el 100%. Asi, por ejemplo, un oligonucleótido que es idéntico en la secuencia de nucleótidos a un oligonucleótido divulgado en la presente, excepto para un cambio o sustitución de base, puede funcionar de manera equivalente a los oligonucleótidos divulgados. Un gen "DNA complementario" o "cDNA" incluye genes recombinantes sintetizados mediante la transcripción inversa de RNA mensajero ("mRNA"). Una "reacción mediada por polimerasa cíclica" se refiere a una reacción bioquímica en la cual una molécula plantilla o una población de moléculas plantilla es periódica y repetidamente copiada para crear una molécula plantilla complementaria o moléculas plantilla complementarias para de esta manera incrementar el número de las moléculas plantilla durante el tiempo. Por el término "porción detectable" se propone, para propósitos de la especificación o reivindicaciones, una molécula de marca (isotópica y no isotópica) que se incorpora directamente o indirectamente en un oligonucleótido, en donde la molécula de marca facilita la detección del oligonucleótido en la cual es incorporada, por ejemplo, cuando el oligonucleótido es híbrido a secuencias polimórficas de gen amplificado. Así, "porción detectable" se utiliza sinónimamente con "molécula de marca". La síntesis de oligonucleótido se puede realizar mediante cualquiera de varios métodos conocidos para aquellos expertos en la técnica. Las moléculas de marca, conocidos por aquellos expertos en la técnica como que son útiles para la detección, incluyen moléculas quimioluminiscentes , fluorescentes o luminiscentes. Varias moléculas fluorescentes son conocidas en la técnica que son adecuadas para el uso para marcar un ácido nucleico para el método de la presente invención. El protocolo para tal incorporación puede variar dependiendo de la molécula fluorescente utilizada. Tales protocolos son conocidos en la técnica para la molécula fluorescente respectiva . "Amplificación de DNA" como se utiliza en la presente se refiere a cualquier proceso que incrementa el número de copias de una secuencia de DNA especifica al amplificar enzimáticamente la secuencia de ácido nucleico. Una variedad de procesos son conocidos. Uno de los más comúnmente utilizados es el proceso de reacción en cadena de polimerasa (PCR) de Mullís como es descrito en las patentes norteamericanas Nos. 4,683,195 y 4,683,202. Métodos, dispositivos y reactivos se describen en las patentes norteamericanas Nos. 6,951,726; 6,927,024; 6,924,127; 6,893,863; 6,887,664; 6,881,559; 6,855,522; 6,855,521; 6,849,430; 6,849,404; 6,846,631; 6,844,158; 6,844,155; 6, 818,437 ; 6,818,402; 6,794, 177; 6,794,133; 6,790,952; 6, 783, 940; 6, 773, 901; 6, 770,440; 6, 767, 724; 6, 750, 022; 6, 744,789; 6, 733, 999; 6, 733, 972; 6, 703, 236; 6, 699, 713; 6, 696, 277 ; 6, 664, 080; 6, 664, 064; 6, 664, 044; RE38, 352; 6, 650, 719; 6, 645, 758; 6, 645, 720; 6, 642, 000; 6, 638, 716; 6, 632, 653; 6, 617, 107; 6, 613, 560; 6, 610, 87; 6, 596, 492, 6, 586, 250; 6, 586, 233; 6, 569, 678; 6, 569, 627; 6, 566, 103, 6, 566, 067; 6, 566, 052; 6, 558, 929; 6, 558, 909; 6, 551, 783, 6, 544, 782; 6, 537, 752; 6, 524, 830; 6, 518, 020; 6, 514, 750, 6, 514, 706; 6, 503, 750; 6, 503,705; 6, 493, 640; 6, 92, 114, 6,485, 907; 6,485, 903; 6, 82, 588; 6, 75, 729; 6, 68, 743, 6, 465, 638; 6, 465, 637; 6, 465, 171; 6, 48, 014 ; 6, 432, 646 6, 428, 987; 6, 26, 215; 6, 423, 499; 6, 410, 223; 6, 03, 341 6, 399, 320; 6, 395, 518; 6, 391, 559; 6, 383, 755; 6, 379, 932 6, 372, 484 ; 6, 368, 834; 6, 365, 375; 6, 358, 680; 6, 355, 422 6, 348, 336; 6, 346, 384; 6, 319, 673; 6, 316, 195; 6, 316, 192 6, 312, 930; 6, 309, 840; 6, 309, 837; 6, 303, 343; 6, 300, 073 6, 300, 072; 6,287,781; 6, 284, 55; 6, 277, 605; 6, 270, 977 6, 270, 966; 6, 268, 153; 6, 268, 1 3; D445, 907; 6, 261, 431 6, 258, 570; 6, 258, 567; 6, 258, 537; 6, 258, 529; 6, 251, 607 6, 248, 567; 6, 235, 468; 6, 232, 079; 6, 225, 093; 6, 221, 595 D441, 091; 6,218, 153; 6, 207, 425; 6, 183,999; 6, 183, 963 6, 180, 372; 6, 180, 349; 6, 174, 670; 6, 153, 412; 6, 146, 834 6, 143, 496; 6, 140, 613; 6, 140, 110; 6, 103, 468; 6, 087, 097 6, 072, 369; 6, 068, 974; 6, 063, 563; 6, 048, 688; 6, 046, 039 6, 037, 129; 6, 033, 854; 6, 031, 960; 6, 017, 699; 6,015, 664 6, 015, 534 ; 6, 004, 747; 6, 001, 612; 6, 001, 572; 5, 985, 619, 5, 976, 842; 5, 972, 602; 5, 968, 730; 5, 958, 686; 5, 955, 274, 5, 952, 200; 5, 936, 968; 5, 909, 468; 5, 905, 732; 5, 888, 740 5, 883, 924; 5, 876, 978; 5, 876, 977; 5, 874, 221; 5, 869, 318 5, 863, 772; 5, 863, 731; 5, 861, 251; 5, 861, 245; 5, 858, 725 5, 858, 718; 5, 856, 086; 5, 853, 991; 5, 849, 497; 5, 837, 468 5, 830, 663; 5, 827, 695; 5, 827, 661; 5, 827, 657; 5, 824, 516 5, 824, 479; 5, 817, 797;' 5, 814, 489; 5, 814, 453; 5, 811, 296 5, 804, 383; 5, 800, 997; 5, 780,271; 5, 780, 222; 5, 776, 686 5, 774, 497; 5, 766, 889; 5, 759, 822; 5, 750, 347; 5, 747, 251 5, 741, 656; 5, 716, 784; 5, 712, 125 ; 5, 712, 090; 5, 710, 381 5, 705, 627; 5,702, 884; 5, 693, 67; 5, 691, 146; 5, 681, 741 5, 674, 717; 5, 665, 572; 5, 665, 539; 5, 656, 93; 5, 656, 461 5, 654, 144; 5, 652, 102; 5, 650, 268; 5, 643, 765; 5, 639, 871 5, 639, 611; 5, 639, 606; 5, 631, 128; 5, 629, 178; 5, 627, 054 5, 618, 703; 5, 618, 702; 5, 614, 388; 5, 610, 017; 5, 602, 756 5, 599, 674; 5, 589, 333; 5, 585, 238; 5, 576, 197; 5, 565, 340 5, 565, 339; 5, 556, 77 ; 5, 556, 773; 5, 538, 871; 5, 527, 898 5, 527, 510; 5, 514, 568; 5, 512, 463; 5, 512, 462; 5, 501, 947 5, 494, 795; 5, 491, 225; 5, 487, 993; 5, 487, 985; 5, 484, 699 5, 476, 774; 5, 475, 610; 5, 447, 839; 5, 37, 975; 5, 436, 144 5, 426, 026; 5, 20, 009; 5, 411, 876; 5, 393, 657; 5, 389, 512 5, 364, 790; 5, 364, 758; 5, 340, 728; 5, 283, 171; 5,279, 952 5, 254, 69; 5, 241, 363; 5, 232, 829; 5, 231, 015; 5, 229, 297 5, 224, 778; 5, 219, 727; 5, 213, 961; 5, 198, 337; 5, 187, 060 5,142,033; 5,091,310; 5,082,780; 5,066,584; 5,023,171 y 5,008,182 también pueden ser empleadas en la práctica de la presente invención. PCR involucra el uso de una DNA de polimerasa termoestable, secuencias conocidas como cebadores, y ciclos de calentamiento, que separan el ácido deoxirribonucleico (DNA) replicante, hebras y exponencialmente amplifica un gen de interés. Cualquier tipo de PCR, tal como PCR cuantitativo, RT-PCR, PCR de inicio caliente, LAPCR, PCR múltiplex, PCR de toque directo, etc., se puede utilizar. Ventajosamente, se utiliza la PCR en tiempo real. En general, el proceso de amplificación de PCR involucra una reacción de cadena enzimática cíclica para preparar cantidades exponenciales de la secuencia de ácido nucleico específica. Ésta requiere una pequeña cantidad de una secuencia para iniciar la reacción en cadena y los cebadores de oligonucleótido que hibridarán a la secuencia. En PCR los cebadores se recosen a ácido nucleico desnaturalizado seguido por la extensión con un agente de inducción (enzima) y nucleótidos. Esto da por resultado productos de extensión recientemente sintetizados. Puesto que estas secuencias recientemente sintetizadas llegan a ser plantillas para los cebadores, ciclos repetidos de desnaturalización, recocimiento de cebador y la extensión da por resultado la acumulación exponencial de la secuencia específica que es amplificada. El producto de extensión de la reacción de cadena será un dúplex de ácido nucleico discreto con terminales correspondientes a los extremos de los cebadores específicos empleados. Por los términos "enzimáticamente amplificados" o "amplificado" se propone, para los propósitos de la especificación o reivindicaciones, amplificación de DNA, es decir, un proceso mediante el cual las secuencias de ácido nucleico son amplificadas en número. Existen varios medios para amplificar enzimáticamente secuencias de ácido nucleico. Actualmente, el método más comúnmente utilizado es la reacción en cadena de polimerasa (PCR) . Otros métodos de amplificación incluyen LCR (reacción en cadena de ligasa) que utiliza DNA ligada, y una sonda que consiste de dos mitades de un segmento de DNA que es complementaria a la secuencia de DNA a ser amplificado, enzima QB replicasa y una plantilla de secuencia de ácido ribonucleico (RNA) unida a una sonda complementaria al DNA a ser copiado que es utilizado para hacer una plantilla de DNA para la producción exponencial de RNA complementario; amplificación de desplazamiento de hebra (SDA) , amplificación de 0_ß replicasa (Q RA) ; replicación autosostenida (3SR) y NASBA (amplificación basada en secuencia de ácido nucleico) que puede ser realizada sobre RNA o DNA conforme la secuencia de ácido nucleico es amplificada . Un "fragmento" de una molécula tal como una proteina o ácido nucleico se propone para referirse a cualquier porción de la secuencia genética de aminoácidos o nucleótidos . Como se utiliza en la presente, el término "genoma" se refiere a todo el material genético en los cromosomas de un organismo particular. Su tamaño generalmente se da como su número total de pares de bases. Dentro del genoma, el término "gen" se refiere a una secuencia ordenada de nucleótidos localizada en una posición particular sobre un cromosoma particular que codifica un producto funcional especifico (por ejemplo, una proteina o molécula de RNA) . En general, las características genéticas de un animal, como es definido por la secuencia de nucleótidos de su genoma, son conocidas como sus "genotipos", mientras que los atributos físicos del animal son descritos como su "fenotipo". Por "heterocigoto" o "polimorfismo heterocigoto" se propone que los dos alelos de una célula diploide u organismo en un sitio dado son diferentes, es decir, que tienen un nucleótido diferente intercambiado por el mismo nucleótido en el mismo lugar en sus secuencias. Por "homocigoto" o "polimorfismo homocigoto" se propone que los dos alelos de una célula diploide u organismo en un sitio dado son idénticos, es decir, que tienen el mismo intercambio de nucleótido en el mismo lugar en sus secuencias.

Por "hibridación" o "hibridante" como se utiliza en la presente, se propone la formación de pares de bases A-T y C-G entre las secuencias de nucleótidos de un fragmento de un segmento de un polinucleótido y una secuencia de nucleótidos complementarios de un oligonucleótido . Por complementario se propone que en el sitio de cada A, C, G o T (o U en un ribonucleótido) en la secuencia del fragmento, el oligonucleótido secuenciado tiene una T, G, C o A, respectivamente. El fragmento/oligonucleótido hibridado es llamado un "dúplex". Un "complejo de hibridación", tal como un ensayo de intercalación, significa un complejo de moléculas de ácido nucleico que incluye por lo menos el ácido nucleico objetivo y una sonda sensora. Este también puede incluir una sonda fij adora . Como se utiliza en la presente, el término "sitio" o "sitios" se refiere a la ubicación de un gen sobre un cromosoma. Pares de genes, conocidos como "alelos" controlan el atributo hereditario producido por un sitio de gen. Cada combinación de alelos particular del animal es referido como su "genotipo". Donde ambos alelos son idénticos el individuo se dice que es homocigoto para el atributo controlado por ese par de genes; donde los alelos son diferentes, el individuo se dice que es heterocigoto para el atributo. Una "temperatura de fusión" se propone en la temperatura en la cual los dúplexes hibridados se desinhiban y regresan a su estado en una sola hebra. Del mismo modo, la hibridación no ocurrirá en el primer lugar entre dos oligonucleotidos o, en la presente, un oligonucleótido y un fragmento, a temperaturas arriba de la temperatura de fusión del dúplex resultante. Es actualmente ventajoso que la diferencia en las temperaturas de punto de fusión de dúplexes de oligonucleótido de un fragmento de esta invención sea de aproximadamente 1°C a aproximadamente 10 C para ser fácilmente detectable. Como se utiliza en la presente, el término "molécula de ácido nucleico" se propone para incluir moléculas de DNA (por ejemplo, cDNA o DNA genómico) , moléculas de RNA (por ejemplo, mRNA) , análogos de DNA o RNA generados utilizando análogos de nucleótidos y derivados, fragmentos y homólogos de los mismos. La molécula de ácido nucleico puede ser de una sola hebra o de doble hebra, pero ventajosamente es DNA de doble hebra. "DNA" se refiere a la forma polimérica de deoxiribonucleótidos (adenina, guanina, timina o citosina) en su forma ya sea de una sola hebra o una hélice de doble hebra. Este término se refiere solamente a la estructura primaria y secundaria de la molécula, y no la limita a cualquiera de las formas terciarias particulares. Asi, este término incluye DNA de doble hebra encontrado, ínter alia, en moléculas de DNA lineales (por ejemplo, fragmentos de restricción), virus, plásmidos y cromosomas. En la discusión de la estructura de las moléculas de DNA de doble hebra particulares, las secuencias se pueden describir en la presente de acuerdo con la convención normal de dada solamente la secuencia en la dirección 5' a 3' a lo largo de la hebra no transcrita de DNA (es decir, la hebra que tiene una secuencia homologa al mRNA) . Una molécula de ácido nucleico "aislada" es una que es separada de otras moléculas de ácido nucleico que están presentes en la fuente natural del ácido nucleico. Un "nucleósido" se refiere a una base enlazada a un azúcar. La base puede ser adenina (A) , guanina (G) (o su sustituto, inosina (I)), citosina (C) , o timina (T) (osu sustituto, uracilo (U) ) . El azúcar puede ser ribosa (el azúcar de un nucleótido natural en RNA) o 2-deoxiribosa (el azúcar de un nucleótido natural en DNA) . Un "nucleótido" se refiere a un nucleósido enlazado a un solo grupo fosfato. Como se utiliza en la presente, el término "oligonucleótido" se refiere a una serie de residuos de nucleótidos enlazados, el oligonucleótido que tiene un número suficiente de bases de nucleótido para ser utilizado en una reacción de PCR. Una secuencia de oligonucleótido corta puede estar basada sobre, o diseñada de, una secuencia genómica o de cDNA y se utiliza para amplificar, confirmar o revelar la presencia de un DNA o RNA idéntico o similar complementario en una célula o tejido particular. Los oligonucleótidos pueden ser sintetizados químicamente y se pueden utilizar como cebadores de sondas. Oligonucleótido significa cualquier nucleótido de más de tres bases en longitud utilizado para facilitar la detección e identificación de un ácido nucleico objetivo incluyendo sondas y cebadores. Una "polimerasa" es una enzima que cataliza la adición secuencial de unidades monoméricas o una cadena polimérica, o enlaza dos o más unidades monoméricas para iniciar una cadena polimérica. La "polimerasa" trabajará al adicionar unidades monoméricas cuya identidad es determinada mediante y que es complementaria a una molécula plantilla de una secuencia específica. Por ejemplo, las DNA polimerasas tal como pol 1 y Taq polimerasa adicionan deoxiribonucleótidos al extremo 3' de una cadena de polinucleótido en una manera dependiente de plantilla, para de esta manera sintetizar un ácido nucleico que es complementario a la molécula de plantilla. Las polimerasas se pueden utilizar ya sea para extender un cebador una vez o efectivamente o para amplificar un polinucleótido mediante el cebado repetitivo de dos hebras complementadas utilizando dos cebadores. Una "polimerasa termoestable" se refiere a una enzima de DNA o RNA polimerasa que puede resistir temperaturas extremadamente altas tales como aquellas que se aproximan a 100°C. Frecuentemente, las polimerasas termoestables se derivan de organismos que viven en temperaturas extremas, tal como Thermus aquaticus. Ejemplos de polimerasas termoestables incluyen Taq, Tth, Pfu, Vent, deep vent, UITma, y variaciones y derivados de las mismas. Un "polinucleótido" se refiere a una cadena lineal de nucleótidos conectada por un enlace de fosfodiéster entre el grupo 3'-hidroxilo y el grupo 5'-idroxilo de un segundo nucleósido que a su vez es enlazado a través de su grupo 3'-hidroxilo al grupo 5'-hidroxilo de un tercer nucleósido y asi sucesivamente para formar un polímero comprendido de nucleósidos enlazados por un esqueleto principal de fosfodiéster. Un "polinucleótido modificado" se refiere a un polinucleótido en el cual uno o más nucleótidos naturales han sido parcialmente, sustancialmente o completamente reemplazados con nucleótidos modificados. Un "cebador" es un oligonucleótido, la secuencia de por lo menos una porción de la cual es complementaria a un segmento de un DNA de plantilla que va a ser amplificado o replicado. Cebadores típicos se utilizan en la realización de la reacción en cadena de polimerasa (PCR) . Un cebador híbrida con (o recose a "el DNA" de plantilla y se utiliza mediante la enzima de polimerasa que usa como el punto de partida para el proceso de replicación/amplificación . Los cebadores en la presente se seleccionan para ser "sustancialmente" complementarios a diferentes hebras de una secuencia de DNA objetivo particular. Esto significa que los cebadores deben ser suficientemente complementarios para hibridar con sus hebras respectivas. Por lo tanto, la secuencia de cebadores no necesita reflejar la secuencia exacta de la plantilla. Por ejemplo, un fragmento de nucleótido no complementario se puede unir al extreme 5' del cebador, con el resto de la secuencia de cebador que es complementaria a la hebra. Alternativamente, las bases no complementarias o sus secuencias más largas se pueden interdispersar en el cebador, con la condición de que la secuencia de cebador tenga suficiente complementariedad con la secuencia de la hebra para hibridar con la misma y de esta manera formar la plantilla para la síntesis del producto de extensión. "Sondas" se refiere a oligonucleótidos de secuencias de ácido nucleico de longitud variable, utilizadas en la detección de secuencias de ácido nucleico idénticas, similares o complementarias para la hibridación. Una secuencia de oligonucleótido utilizada como una sonda de detección puede ser marcada con una porción detectable. Los siguientes son ejemplos no limitativos de polinucleótidos : un gen o fragmento de gen, exones, intrones, mRNA, tRNA, rRNA, ribozimas, cDNA, polinucleótidos recombinantes , polinucleótidos ramificados, plásmidos, vectores, DNA aislado de cualquier secuencia, RNA aislado de cualquier secuencia, sondas y cebadores de ácido nucleico. Un polinucleótido puede comprender nucleótidos modificados, tales como nucleótidos metilados y análogos de nucleótido, uracilo, otros azúcares y grupos de enlace tales como fluororibosa y tiolado, y ramificaciones de nucleótido. La secuencia de nucleótidos puede ser además modificada después de la polimerización, tal como mediante conjugación, con un componente de marcación. Otros tipos de modificaciones incluidos en esta definición están terminaciones, sustitución de uno o más de los nucleótidos que ocurren naturalmente con un análogo, e introducción de medios para unir el polinucleótido a proteínas, iones metálicos, componentes de marcación, otros polinucleótidos o soportes sólidos. Un polinucleótido o polipéptido "aislado" es uno que está sustancialmente puro de los materiales con los cuales está asociado en su ambiente nativo. Por sustancialmente libre, se propone por lo menos 50%, por lo menos 55%, por lo menos 60%, por lo menos 65%, ventajosamente por lo menos 70%, por lo menos 75%, más ventajosamente por lo menos 80%, por lo menos 85%, aun más ventajosamente por lo menos 90%, por lo menos 91%, por lo menos 92%, por lo menos 93%, por lo menos 94%, por lo menos 95%, por lo menos 96%, por lo menos 97%, mucho más ventajosamente por lo menos 98%, por lo menos 99%, por lo menos 99.5%, por lo menos 99.9% libre de estos materiales. Una molécula de ácido nucleico "aislada" es una molécula de ácido nucleico separada y discreta del organismo completo con el cual se encuentra la molécula en la naturaleza; o una molécula de ácido nucleico libre de, por completo o en parte secuencias normalmente asociadas con esta en la naturaleza; o una secuencia, como existe en la naturaleza, pero que tiene secuencias heterólogas (como es definido enseguida) en asociación con la misma. El término "polinucleótido que codifica una proteína" como se utiliza en la presente se refiere a un fragmento de DNA o molécula de DNA aislada que codifica una proteína, o la hebra complementaria a la misma; pero, RNA no es excluido, ya que se entiende la térmica que timidina (T) en una secuencia de DNA se considera igual a uracilo (U) en una secuencia de RNA. Así, las secuencias de RNA para el uso en la invención, por ejemplo, para el uso en vectores de RNA, se pueden derivar de secuencias de DNA, por timidina (T) en la secuencia de DNA que se considera igual a uracilo (U) en las secuencias de RNA. Una "secuencia de codificación" de DNA o una "secuencia de nucleótido que codifica" una proteína particular, es una secuencia de DNA que es transcrita y traducida en un polipéptido in vitro o in vivo cuando se coloca bajo el control de elementos reguladores apropiados. Los límites de la secuencia de codificación se determinan por un codón de inicio en el 5' (amino) terminal y un codón de detención de traducción en el 3' (carboxi) terminal. Una secuencia de codificación puede incluir, pero no está limitada a secuencias procarióticas , cDNA de mRNA eucariótico, secuencias de DNA genómico de DNA eucariótico (por ejemplo, mamífero) y aun secuencias de DNA sintéticas. Una secuencia de terminación de transcripción usualmente será ubicada 3' para la secuencia de codificación. "Homología" se refiere al por ciento de identidad entre dos polinucleótidos o dos porciones de polipéptido. Dos DNA, o dos secuencias de polipéptido son "sustancialmente homologas" entre sí cuando las secuencias exhiben por lo menos aproximadamente 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, de preferencia por lo menos aproximadamente 90%, 91%, 92%, 93%, 94% y mucho más de preferencia por lo menos aproximadamente 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5%, 99.9% de identidad de secuencia sobre una longitud definida de las moléculas. Como se utiliza en la presente, sustancialmente homologa también se refiere a secuencias que muestran identidad completa (100% de identidad de secuencia) al DNA especificado o secuencia de polipéptido. La homología se puede determinar mediante la hibridación de polinucleótidos bajo condiciones que forman dúplexes estables entre reacciones homologas, seguido por la digestión con nucleasa(s) específica de una sola hebra, y la determinación del tamaño de los fragmentos digeridos. Las secuencias de DNA que son sustancialmente homologas pueden ser identificadas en experimentos de hibridación de Southern bajo, por ejemplo, condiciones severas, como es definido para este sistema particular. La definición de condiciones de hibridación apropiada está dentro de la habilidad de la técnica. Ver, por ejemplo Sambrook y colaboradores supra; DNA Cloning, supra; Nuclexc Acid Hybridization, supra. Dos fragmentos de ácido nucleico se consideran que son "selectivamente hibridables" a un polinucleótido si son capaces de específicamente hibridar a un ácido nucleico una variante del mismo o específicamente cebar una reacción en cadena de polimerasa: (i) bajo condiciones de hibridación y de lavado típicas, como es descrito, por ejemplo, en Sambrook y colaboradores, supra y Nucleic Acid Hybridization, supra, (ii) utilizando condiciones de lavado de severidad reducida que permite a lo más aproximadamente 25-30% de igualaciones de pares de base, por ejemplo: 2x SSC, 0.1% SDS, temperatura ambiente dos veces, 30 minutos cada uno; luego 2x SSC, 0.1% SDS, 37°C una vez, 30 minutos; luego 2 x SSC temperatura ambiente dos veces, 10 minutos cada uno, o (iii) seleccionar cebadores para el uso en las reacciones en cadena de polimerasa típica (PCR) bajo condiciones estándares (descrito por ejemplo en Saiki, y colaboradores, (1988) Science 239: 487-491) . El término "capaz de hibridar bajo condiciones severas" como se utiliza en la presente se refiere al recocido de un primer ácido nucleico o un segundo ácido nucleico bajo condiciones severas como es definido enseguida. Las condiciones de hibridación severa típicamente permiten la hibridación de moléculas de ácido nucleico que tiene por lo menos 70% de identidad de secuencia de ácido nucleico con la molécula de ácido nucleico que es utilizada como una sonda en la región de hibridación. Por ejemplo, el primer ácido nucleico puede ser una muestra o sonda de prueba, y el segundo ácido nucleico puede ser la hebra de sentido o antisentido de un ácido nucleico o un fragmento del mismo. La hibridación del primero y segundo ácido nucleico puede ser conducida bajo condiciones severas, por ejemplo, a alta •temperatura y/o bajo contenido de sal que tiende a desfavorecer la hibridación de secuencias de nucleótido distintas. Alternativamente, la hibridación del primero y el segundo ácido nucleico se puede conducir bajo condiciones de severidad reducida, por ejemplo, baja temperatura y/o alto contenido de sal que tienden a favorecer la hibridación de secuencias de nucleótidos distintas. Las condiciones de hibridación de baja severidad pueden ser seguidas por las condiciones de alta severidad o condiciones de severidad medias intermedias para incrementar la selectividad del enlace del primero y segundo ácido nucleico. Las condiciones de hibridación puede además incluir reactivos tales como, pero no limitados a, sulfóxido de dimetilo (MDSO) o formamida para desfavorecer todavía además la hibridación de secuencias de nucleótidos distintas. Un protocolo de hibridación adecuado puede, por ejemplo, involucrar la hibridación en 6 x SSC (en donde 1 x SSC comprende citrato de sodio 0.015 M y cloruro de sodio 0.15 M) , a 65° Celsius en una solución acuosa, seguido por el lavado con 1 x SSC a 65°C. Las fórmulas para calcular la hibridación apropiada y condiciones de lavado para lograr la hibridación que permite el 30% o menos desigualaciones entre dos moléculas de ácido nucleico son divulgadas, por ejemplo, en Meinkoth y colaboradores, (1984) Anal. Biochem. 138:267-284; el contenido de la cual es incorporada en la presente por referencia en su totalidad. Los protocolos para las técnicas de hibridación son bien conocidos para aquellos de habilidad en la técnica y los manuales de biología molecular estándares pueden ser consultados para seleccionar un protocolo de hibridación adecuado sin experimentación indebida. Ver, por ejemplo, Sambrook y colaboradores, (2001) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3rd ed . , Cold Spring Harbor Press, los contenidos de la cual son incorporados en la presente por referencia en su totalidad'. Típicamente, las condiciones severas serán aquellas en las cuales la concentración de sal es menor que aproximadamente 1.5 M de ion de sodio, de manera típica aproximadamente 0.01 a 1.0 M de concentración de ion de sodio (u otras sales) de aproximadamente pH 7.0 a aproximadamente pH 8.3 y la temperatura es por lo menos aproximadamente 30° Celsius para sondas cortas (por ejemplo, 10 a 50 nucleótidos) y por lo menos aproximadamente 60°C para sondas largas (por ejemplo, mayor que 50 nucleótidos). Las condiciones severas también se pueden lograr por la adición de agentes desestabilizantes tal como formamida. Condiciones de baja severidad ejemplares incluyen la hibridación con una solución reguladora de formamida al 30 a 35%, NaCl 1 M, SDS al 1% (dodecil sulfato de sodio) a 37° Celsius, y un lavado en 1-2 x SSC a 50 a 55° Celsius. Las condiciones de severidad moderadas ejemplares incluyen la hibridación en formamida al 40 a 45%, NaCl 1 M, SDS al 1% a 37° Celsius, y un lavado en 0.5-1 x SSC a 55 a 60° Celsius. Las condiciones de alta severidad ejemplares incluyen la hibridación en formamida al 50%, NaCl 1 M, SDS al 1% a 37° Celsius, y un lavado en 0.1 x SSC a 60 a 65° Celsius. Los métodos y materiales de la invención se pueden utilizar más generalmente para evaluar una muestra de DNA de un animal, genéticamente el tipo de un animal individual y detectar las diferencias genéticas en los animales. En particular, una muestra de DNA genómica de un animal se puede evaluar por referencia a uno o más controles para determinar si un SNP, o grupo de SNPs, en un gen está presente.

Cualquier método para determinar el genotipo se puede utilizar para determinar el genotipo en la presente invención. Tales métodos incluyen, pero no están limitados a, secuenciación de amplimero, secuenciación de DNA, espectroscopia de fluorescencia, análisis de hibridación basado en la transferencia de energía de resonancia de fluorescencia (o " FRET " ) clasificación de alto rendimiento, espectroscopia de masas, análisis de microsatélite , hibridación de ácido nucleico, reacción en cadena de polimerasa (PCR), análisis de R FL P y cromatografía de tamaño (por ejemplo, cromatografía capilar o de gel), todas las cuales son bien conocidos para uno de habilidad en la técnica. En particular, los métodos para determinar polimorfismos de nucleótido, particular polimorfismo de nucleótido individual, se describe en las patentes norteamericanas Nos. 6,514,700; 6,503,710; 6,468,742; 6,448,407; 6,410,231; 6,383,756; 6,358,679; 6,322,980; 6,316,230; and 6,287,766 y revisado por Chen y Sullivan, Pharmacogenomics J 2003 ; 3 ( 2 ) : 77 -96 , la descripción de cada una de las cuales son incorporadas por referencia en sus totalidades. Los datos genotípicos útiles en los métodos de la invención y los métodos para identificar atributos de animales se basan sobre la presencia de SNPs. Un "fragmento de restricción" se refiere a un fragmento de un polinucleótido generado por una endonucleasa de restricción (una enzima que segmenta enlaces de fosfodiéster dentro de una cadena de polinucleótidos ) que segmenta DNA en respuesta a un sitio de reconocimiento sobre el DNA. El sitio de reconocimiento (sitio de restricción) consiste de una secuencia especifica de nucleótidos de manera típica aproximadamente 4-8 nucleótidos de largo. Un "polimorfismo de nucleótido individual" o "SNP" se refiere a una variación en la secuencia de nucleótidos de un polinucleótido que difiere de otro polinucleótido mediante una diferencia de nucleótido individual. Por ejemplo, sin limitación, el . intercambio de un A por un C, G o T en la secuencia completa del polinucleótido constituye SNP. Es posible tener más de un SNP en un polinucleótido particular. Por ejemplo, en una posición en un polinucleótido , un C puede ser intercambiado por un T, en otra posición un G puede ser intercambiado por un A y así sucesivamente. Cuando se refiere a SNPs, el polinucleótido es más frecuentemente DNA. Como se utiliza en la presente, una "plantilla" se refiere a una hebra de polinucleótido objetivo, por ejemplo, sin limitación, una hebra de DNA que ocurre naturalmente no modificada, una polimerasa que usa como un medio para reconocer qué nucleótido debe incorporar enseguida en una hebra de crecimiento para polimerizar el complemento de la hebra que ocurre naturalmente. Tal hebra de DNA puede ser de una sola hebra o puede ser parte de una plantilla de DNA de doble hebra. En aplicaciones de la presente invención que requieren ciclos repetidos de polimerización, por ejemplo la reacción en cadena de polimerasa (PCR) la hebra de plantilla misma puede llegar a ser modificada mediante la incorporación de nucleótidos modificados, pero todavía servir como una plantilla para una polimerasa para sintetizar polinucleótidos adicionales . Una "reacción termocíclica" es una reacción de multietapas en donde por lo menos dos etapas son realizadas al cambiar la temperatura de la reacción. Una "variación" es una diferencia en la secuencia de nucleótidos entre polinucleótidos relacionados. La diferencia puede ser la supresión de uno o más nucleótidos de la secuencia de un polinucleót ido comparado con la secuencia de un polinucleótido relacionado, la adición de uno o más nucleótidos o la sustitución de un nucleótido por otro. Los términos "mutación", "polimorfismo" y "variación" se utilizan intercambiablemente en la presente. Como se utiliza en la presente, el término "variación" en lo singular se va a considerar que incluye múltiples variaciones; es decir, dos o más adiciones, supresiones y/o sustituciones de nucleótidos en el mismo polinucleótido. Una "mutación puntual" se refiere a una sola sustitución de un nucleótido por otro. Como se utiliza en la presente, los términos "atributos", "atributos de calidad" o "características físicas" o "fenotipos" se refieren a propiedades ventajosas del animal que resultan de la genética. Los atributos de calidad incluyen, pero no están limitados a, la habilidad genética del animal para metabolizar eficientemente la energía, producir carne o leche, colocar la grasa intramuscular. Las características físicas incluyen, pero no están limitadas a, carnes marmoleadas, blandas o magras. Los términos se pueden utilizar intercambiablemente. Un "sistema de computadora" se refiere al medio de hardware. Medio de software y medios de almacenamiento de datos utilizados para compilar los datos de la presente invención. El medio de hardware mínimo de sistemas basados en computadora de la invención puede comprender una. unidad central de procesamientos (CPU) , medios de entrada, medios de salida y medios de almacenamiento de datos. Deseablemente, se proporciona un monitor para visualizar los datos de estructura. El medio de almacenamiento de datos puede ser RAM u otro medio para ingresar al medio leíble en computadora de la invención. Ejemplos de tales sistemas son estaciones de trabajo de microcomputadora disponibles de Silicon Graphics Incorporated y Sun Microsystems que funcionan basados en Unix, Linux, Windows NT, XP o sistemas de operación IBM OS/2. "Medio leíble en computadora" se refiere a cualquier medio que se puede leer e ingresar directamente por una computadora, e incluye, pero no está limitado a: medios de almacenamiento magnéticos tales como discos suaves, medio de almacenamiento duro y cinta magnética; medio de almacenamiento óptico tales discos ópticos o CD-ROOM; medio de almacenamiento eléctrico tal como RAM y ROM; e híbridos de esas categorías, tales como medios magnéticos/ópticos. Al proporcionar tal medio leíble en computadora, los datos compilados sobre un animal particular se pueden ingresar rutinariamente por un usuario, por ejemplo, un operador de lote de alimento. El término "módulo de análisis de datos" se define en la presente para incluir cualquier persona o máquina, individualmente o que trabaja conjuntamente, que analiza la muestra y determina la información genética contenida en la misma. El término puede incluir una persona o máquina dentro de una instalación de laboratorio. Como se utiliza en la presente, el término "módulo de colección de datos" se refiere a cualquier persona u objeto o sistema que tiene una muestra de tejido de un animal o embrión. Por ejemplo y sin limitación, el término puede definir individualmente o colectivamente, la persona o máquina en contacto físico con el animal conforme la muestra es tomada, los contenedores que contienen las muestras de tejido, el empaquetamiento utilizado para transportar las muestras y los similares. Ventajosamente, el colector de datos es una persona. Más ventajosamente el colector de datos es un granjero de ganado, un reproductor o un veterinario. El término "interfaz de red" se define en la presente para incluir cualquier persona o sistema de computadora capaz de ingresar datos, depositar datos, combinar datos, analizar datos, investigar datos, transmitir datos o almacenar datos. El término se define ampliamente para ser una persona que analiza los datos, los sistemas de hardware y software electrónicos utilizados en el análisis, las bases de datos que almacenan el análisis de datos y cualquier medio de almacenamiento capaz de almacenar a los datos. Ejemplos no limitativos de interfaces de red incluyen gente, equipos de laboratorio automatizado, computadoras y redes de computadora, dispositivos de almacenamiento de datos tales como, pero no limitados a, discos, discos duros o chips de memoria. El término "historia de reproducción" como se utiliza en la presente se refiere a un registro de la vida de un animal o grupo de animales que incluye, pero no limitado a, la ubicación, reproducción, periodo de alojamiento, asi como historia genética de los animales, incluyendo el parentesco y descendientes de los mismos, genotipo, fenotipo e historia transgénica si es relevante y los similares. El término "condiciones de crianza" como se utiliza en la presente se refiere a parámetros relacionados con el mantenimiento de animales que incluyen, pero no limitados a, la temperatura del cobertizo o alojamiento, mortalidad semanal de una manada, consumo de agua, consumo de alimento, proporción y calidad de ventilación, condición de la carnada y los similares. El término "historia veterinaria" como se utiliza en la presente se refiere a datos de vacunación de un animal o grupo de animales, incluyendo, pero no limitados a, tipo(s) de vacuna, número (s) de serie de lote de vacuna, dosis administrada, antigeno objetivo, método de administración de la vacuna al animal (es) recipiente, número de animales vacunados, edad de los animales y el vacunador. Los datos relacionados con una respuesta serológica o inmunológica inducida por la vacuna también pueden ser incluidos. "Historia veterinaria" como se utiliza en la presente también se propone para incluir las historia de medicación del animal (es) objetivo, incluyendo pero no limitado a fármaco y/o antibióticos administrados a los animales incluyendo el tipo de medicación administrada, cantidad y proporciones de dosis, por quiénes y cuándo se administraron, por qué ruta, por ejemplo oral, subcutáneamente y los similares, y la respuesta a la medicación incluyendo los efectos deseados e indeseables de la misma. El término "datos de diagnóstico" como se utiliza en la presente se refiere a los datos relacionados con la salud del animal (es) diferentes de los datos que detallan la vacunación o historia de medicación del animal (es) . Por ejemplo, los datos de diagnóstico pueden ser un registro de las infecciones experimentadas por el animal (es) y la respuesta del mismo a las medicaciones proporcionadas para tratar tales medicaciones. Los datos serológicos que incluyen la composición de anticuerpo de proteina del suero u otros biofluidos también pueden ser datos de diagnóstico útiles para introducir en los métodos de la invención. Los datos quirúrgicos que pertenecen al animal (es) pueden ser incluidos, tal como el tipo de manipulación quirúrgica, efecto de la cirugía y complicaciones que surgen del procedimiento quirúrgico. "Datos de diagnóstico" también pueden incluir mediciones de tales parámetros como peso, morbidez y otras características observadas por un servicio veterinario tal como la condición de la piel, las patas, etc. El término "datos de bienestar" como se utiliza en la presente ser refiere a la acumulación colectiva de datos que pertenecen a un animal o grupo de animales que incluyen, pero no limitados a, una historia de reproducción, una historia veterinaria, un perfil de bienestar, datos de diagnóstico, datos de control de calidad o cualquier combinación de los mismos. El término "perfil de bienestar" como se utiliza en la presente se refiere a parámetros tales como el peso, densidad de la carne, niveles de amontonamiento en encerramientos de reproducción o de crianza, comportamiento psicológico del animal, proporción de crecimiento y calidad de los similares. El término "control de calidad" como se utiliza en la presente se refiere a las características deseadas del animal (es) . Para animales que no son aves de corral tal como ganado vacuno y ovejas, por ejemplo, tales parámetros incluyen la cantidad y densidad del músculo, contenido de grasa, blandura de la carne, rendimiento y calidad de la leche, habilidad de reproducción de los similares. El término "parámetros de desempeño" como se utiliza en la presente se refiere a tales factores como el marmoleo de carne de res, grasa subcutánea, rendimiento de carne, rendimiento de reproducción, forma de lácteo, calidad de rendimiento de la carne, velocidad de preñez de hijas (es decir, fertilidad) , vida productiva (es decir, longevidad) y los similares que pueden ser los objetivos deseados de la reproducción y crianza del animal (es). Los parámetros de desempeño pueden ser ya sean generados de los animales por sí mismos, o aquellos parámetros deseados por un cliente o el mercado . El término "datos nutricionales" como se utiliza en la presente se refiere a la composición, cantidad y frecuencia de suministro de alimento incluyendo agua, proporcionado al animal (es).

El término "seguridad del alimento" como se utiliza en la presente se refiere a la calidad de la carne de un animal de ganado, incluyendo, pero no limitado a, tiempo, lugar y manera de preparación, almacenamiento del producto alimenticio, ruta de transporte, registro de inspección, textura, color, sabor, olor, contenido bacteriano, contenido parasítico y los similares. Será evidente para aquellos de habilidad en la técnica que los datos relacionados con la salud y el mantenimiento de los animales se pueden agrupar variadamente dependiendo de la fuente o intención del recolector de datos y cualquier agrupamiento en la presente no se propone por lo tanto para ser limitativo. A menos que se defina de otra manera, todos los términos técnicos y científicos utilizados en la presente tienen el mismo significado como es comúnmente entendido por uno de habilidad ordinaria en la técnica de biología molecular. Aunque los métodos y materiales .similares o equivalentes a aquellos descritos en la presente se pueden utilizar en la práctica o la prueba de la presente invención, métodos y materiales adecuados se describen en la presente. En una modalidad, en donde el gen de interés es TFAM bovino, la secuencia de nucleótidos de TFAM bovino se puede seleccionar de, pero no está limitada a, la secuencia correspondiente a GenBank Acceso Nos. AAFC0211069 o AAFC02019444 (SEQ ID NO: 3) o un fragmento del mismo o una región del genoma bovino que comprende esta secuencia. La presente invención, por lo tanto, proporciona ácidos nucleicos aislados que pueden hibridar específicamente a la secuencia de nucleótidos correspondiente a GenBank Acceso No. AAFC0211069 o AAFC02019444 (SEQ ID N0:3), o el complemento de la misma, y que comprende el sitio polimórfico correspondiente a las posiciones de nucleótido -1220, -1212 o -995. El polimorfismo ( s ) de nucleótido individual de interés se puede seleccionar del grupo que consiste de una sustitución de A a C en la posición de nucleótido -1220 en el promotor del gen TFAM, una sustitución de T a C en la posición -1212 en el promotor del gen TFAM y una sustitución de T a C en la posición -995 en el promotor del gen TFAM. El SNP ventajoso en la presente invención está asociado con ciertos atributos económicamente valiosos y heredables relacionados con la calidad de carne en bovinos. Por lo tanto, es un objetivo de la presente invención determinar el genotipo de un animal dado de interés como es definido por el SNP del sitio TFAM de acuerdo con la presente invención. También se contempla que el genotipo del animal (es) puede ser definido por SNPs adicionales dentro del gen TFAM o dentro de otros genes identificados con atributos deseables u otras características, y en particular por un panel o paneles de SNPs. Existen muchos métodos conocidos en la técnica para determinar la secuencia de DNA en una muestra, y para identificar si una muestra de DNA dada contiene un SNP particular. Cualquier técnica tal conocida en el arte se puede utilizar en el desempeño de los métodos de la presente invención . Los métodos de la presente invención permiten a animales con ciertos atributos heredables económicamente valiosos que sean identificados basados en la presencia de SNPs en sus genomas y particularmente SNPs del gen TFAM. Los métodos además permiten mediante métodos asistidos por computadora de la invención, correlacionar los atributos asociados con SNP con otros datos pertinentes al bienestar y la capacidad productiva de los animales, o grupo de animales . Para determinar el genotipo de un animal dado de acuerdo con los métodos de la presente invención, es necesario obtener una muestra de DNA genómico de ese animal. Típicamente, la muestra de DNA genómico será obtenido de una muestra de tejido o células tomadas de un animal. Una muestra de tejido o de célula se puede tomar de un animal en cualquier tiempo en el tiempo de vida de un animal pero antes de que se pierda la identidad del canal. La muestra de tejido puede comprender cabello, incluyendo raíces, cuero, huesos, frotaciones bucales, sangre, saliva, leche, semen, embriones, músculo o cualquiera de los órganos internos. En los métodos de la presente invención, la fuente de la muestra de tejido, y de esta manera también la fuente de la muestra de ácido nucleico de prueba, no es critica. Por ejemplo, el ácido nucleico de prueba se puede obtener de células dentro de un fluido corporal del animal o de células que constituyen un tejido corporal del animal. El fluido corporal particular del cual las células se obtienen también es critico para la presente invención. Por ejemplo, el fluido corporal se puede seleccionar del grupo que consiste de sangre, ascitis, fluido pleural y fluido espinal. Además, el tejido corporal particular del cual se obtienen las células también no es critico para la presente invención. Por ejemplo, el tejido corporal se puede seleccionar del grupo que consiste de piel, endometrio, uterino y tejido cervical. Tejidos tanto normales como de tumor pueden ser utilizados. Típicamente, la muestra de tejido es marcada con un número de identificación u otra leyenda que relaciona a la muestra con el animal individual del cual se tomó la muestra. La identidad de la muestra ventajosamente permanece constante por todos los métodos y sistemas de la invención para de esta manera garantizar la integridad y continuidad de la muestra durante la extracción y el análisis. Alternativamente, las leyendas pueden ser cambiadas en un aspecto regular que asegura que los datos, y cualquiera de otros datos asociados, pueden ser relacionados nuevamente con el animal del cual se obtuvieron los datos. La cantidad/tamaño de muestra requerida es conocida para aquellos expertos en la técnica y por ejemplo, se puede determinar por las etapas subsecuentes utilizadas en el método y sistema de la invención y los métodos específicos de análisis utilizados. Idealmente, el tamaño/volumen de la muestra de tejido recuperado debe ser tan consistente como sea posible dentro del tipo de muestra y la especie de animal. Por ejemplo, para ganado vacuno, ejemplos no limitativos de tamaños/métodos de muestra incluyen carne sin grasa: 0.0002 gm-10.0 gm; piel: 0.0004 gm-10.0 gm; raices de cabello: por lo menos uno y ventajosamente mayor que cinco; frotaciones bucales: 15 a 20 segundos de frotación con presión leve en el área entre el labio externo y la encía utilizando, por ejemplo, un cepillo de citología; hueso: 0.0002 gm-10.0 gm; sangre: 30 µ? a 50 mi. Generalmente, la muestra de tejido se coloca en un contenedor que es marcado utilizando un sistema de numeración que lleva un código correspondiente al animal, por ejemplo, a la etiqueta de la oreja del animal. Por consiguiente, el genotipo de un animal particular es fácilmente rastreable en todos los tiempos. El dispositivo de muestreo y/o contenedor se puede suministrar al granjero, un rastro o detallista. El dispositivo de muestreo ventajosamente toma una muestra consistente y reproductible de animales individuales mientras que simultáneamente evita cualquier contaminación cruzada del tejido. Por consiguiente, el tamaño y el volumen de tejidos de muestras derivados de animales individuales serian consistentes . El DNA puede ser aislado del tejido/células por técnicas bien conocidos para aquellos expertos en la técnica (ver, por ejemplo, las patentes norteamericanas Nos. 6,548,256 y 5,989,431; Hirota y colaboradores, (1989) Jinrui Idengaku Zasshi . 34:217-23 y John y colaboradores, (1991) Nucleic Acids Res. 19:408, las descripciones de cada una de las cuales son incorporadas por referencia en sus totalidades) . Por ejemplo, el DNA de alto peso molecular puede ser purificado de células o tejidos utilizando la extracción de proteinasa K y la precipitación de etanol. El DNA, sin embargo, puede ser extraído de una muestra de animal utilizando cualquiera de otros métodos adecuados conocidos en la técnica. En una modalidad, la presencia o ausencia del SNP de cualquiera de los genes de la presente invención se puede determinar al secuenciar la región de la muestra de DNA genómica que abarca el sitio polimórfico. Muchos métodos para secuenciar DNA genómico son conocidos en el arte, y cualquiera de tal método se pueden utilizar, ver por ejemplo, Sambrook y colaboradores, (2001) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3rd ed., Cold Spring Harbor Press. Por ejemplo, es descrito enseguida, un fragmento de DNA que abarca la ubicación del SNP de interés se puede amplificar utilizando la reacción en cadena de polimerasa. La región amplificada de la forma de DNA luego puede ser secuenciada utilizando cualquier método conocido en la técnica, por ejemplo, utilizando un secuenciador de ácido nucleico automatizado. La detección de un SNP dado luego se puede realizar utilizando la hibridación de sondas y/o utilizando métodos de amplificación basados en PCR. Tales métodos se describen en más detalle enseguida. Los métodos de la presente invención pueden ser oligonucleotidos útiles como cebadores para amplificar secuencias de ácido nucleico especificas del gen TFAM, ventajosamente la región que comprende un SNP de TFAM. Tales fragmentos deben ser de longitud suficiente para permitir el recocido o hibridación especifica a la muestra de ácido nucleico. Las secuencias típicamente serán de aproximadamente 8 a aproximadamente 44 nucleótidos en longitud. Las secuencias más largas, por ejemplo, de aproximadamente 14 a aproximadamente 50 pueden ser ventajosas para ciertas modalidades. El diseño de cebadores es bien conocido para uno de habilidad ordinaria en técnica. Las moléculas de ácido nucleico inventivas incluyen moléculas de ácido nucleico que tienen por lo menos 70% de identidad u homología o similitud con un gen TFAM o sondas o cebadores derivados de los mismos tal como por lo menos 75% de identidad u homología o similitud, de preferencia por lo menos 80% de identidad u homología o similitud, más de preferencia por lo menos 85% de identidad u homología o similitud tal como por lo menos 90% de identidad u homología o similitud, más de preferencia por lo menos 95% de identidad u homología o similitud tal como por lo menos 97% de identidad u homología o similitud. La similitud u homología de identidad de la secuencia de nucleótidos se puede determinar utilizando el programa "Align" de Myers y Miller, ("Optimal Alignments in Linear Space", CABIOS 4, 11-17, 1988) y disponible en NCBI . Alternativamente o adicionalmente, los términos "similitud" o "identidad" u "homología" por ejemplo, con respecto a una secuencia de nucleótidos, se propone para indicar una medida cuantitativa de homología entre dos secuencias. El por ciento de similitud de secuencia se puede calcular como (Nref-Ndif) *100/Nref, en donde Ndif es el número total de residuos no idénticos en las dos secuencias cuando se alinean y en donde Nref es el número de residuos en una de las secuencias. Por consiguiente, la secuencia de DNA AGTCAGTC tendrá una similitud de secuencia de 75% con la secuencia AATCAATC (Nref = 8; Ndif = 2) . Alternativamente o adicionalmente, "similitud" con respecto a secuencias se refiere al número de posiciones con nucleótidos idénticos divididos entre el número de nucleótidos en la más corta de las dos secuencias en donde la alineación de las dos secuencias se puede determinar de acuerdo con el algoritmo de Wilbur y Lipman (Wilbur y Lipman, 1983 PNAS USA 80:726), por ejemplo, utilizando un tamaño de ventana de 20 nucleótidos, una longitud de palabra de 4 nucleótidos, y una sanción de espacio de , y el análisis asistido por computadora y la interpretación de los datos de secuencia que incluyen la alineación puede ser convenientemente realizado utilizando programas comercialmente disponibles (por ejemplo, Intelligenetics™ Suite, Intelligenetics Inc. CA) . Cuando las secuencias de RNA se dice que son similares, o tiene un grado de identidad de secuencia con la secuencia de DNA, timidina (T) en la secuencia de DNA se considera igual a uracilo (U) en la secuencia de RNA. Una sonda o cebador puede ser cualquier estiramiento de por lo menos 8, de preferencia por lo menos 10, más de preferencia por lo menos 12, 13, 14 o 15, tal como por lo menos 20, por ejemplo, por lo menos 23 o 25, por ejemplo por lo menos 27 o 30 nucleótidos en el gen TFñM que son únicas a un gen TFñM. En cuanto a PCR o cebadores o sondas de hibridación y longitudes óptimas para los mismos, la referencia también se hace a Kajimura y colaboradores, GATA 7 (4) : 71-79 (1990) .

Las secuencias de RNA dentro del alcance de la invención se derivan de las secuencias de DNA, por timidina (T) en la secuencia de DNA que se considera igual a uracilo (U) en secuencias de RNA. Los oligonucleótidos se pueden producir mediante un proceso de producción convencional para oligonucleótidos generales. Ellos se pueden producir, por ejemplo, mediante un proceso de síntesis químico o mediante un proceso microbiano que hace uso de un vector de plásmido, un vector de fago o los similares. Además, es adecuado para el uso como un sintetizador de ácido nucleico. Para marcar un oligonucleótido con el tinte fluorescente, uno de los métodos de marcación convencionalmente conocidos puede ser utilizado (Tyagi & Kramer (1996) Nature Biotechnology 14: 303-308; Schofield y colaboradores, (1997) Appl. and Environ. Microbiol. 63:1143-1147; Proudnikov & Mirzabekov (1996) Nucí. Acids Res. 24:4532-4535). Alternativamente, el oligonucleótido puede ser marcado con una radiomarca, por ejemplo, 3H5 1251 , 35S, 14C, 32P, etc. Los métodos de marcación bien conocidos son descritos, por ejemplo, en Sambrook y colaboradores, (2001) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3rd ed. , Cold Spring Harbor Press. La marca se acopla directamente o indirectamente a un componente del oligonucleótido de acuerdo con métodos bien conocidos en la técnica. La cromatografía de fase inversa o los similares utilizada para proporcionar una sonda de ácido nucleico para uso en la presente invención puede purificar el oligonucleótido sintetizado marcado con un marcador. Una forma de sonda ventajosa es una marcada con un tinte fluorescente en el extremo 5'- o 5'- y que contiene G o C como la base en el extremo marcado. Si el extremo 5'- es marcado y el extremo 3'- no es marcado, el grupo OH sobre el átomo C en la posición 3' de la ribosa de extremo 3' - o deoxirribosa se puede modificar con un grupo de fosfato o similar aunque no se impone limitación a este respecto. Durante la hibridación del objetivo de ácido nucleico con las sondas, se pueden utilizar condiciones severas, ventajosamente junto con otras condiciones que afectan la severidad, para ayudar en la hibridación. La detección mediante la interrupción diferencial es particularmente ventajosa para reducir o eliminar la hibridación de deslizamiento entre sondas objetivo, y para promover la hibridación más efectiva. En todavía otro aspecto, las condiciones de severidad se pueden variar durante la determinación de estabilidad del complejo de hibridación para determinar más precisamente o rápidamente si un SNP está presente en la secuencia objetivo. Un método para determinar el genotipo en el sitio de gen polimórfico abarca obtener una muestra de ácido nucleico, hibridar la muestra de ácido nucleico o una sonda, e interrumpir la hibridación para determinar el nivel de energía de interrupción requerida en donde la sonda tiene una diferente energía de interrupción para un alelo como es comparado a otro alelo. En un ejemplo, puede haber una energía de interrupción inferior, por ejemplo a temperatura de fusión, para un alelo que alberga un residuo de citosina en un sitio polimórfico, y una energía requerida más alta para un alelo sin un residuo diferente del sitio polimórfico. Esto se puede lograr donde la sonda tiene 100% de homología con un alelo (una sonda perfectamente igualada) pero tiene una sola desigualación con el alelo alternativo. Puesto que la sonda perfectamente igualada se enlaza más herméticamente al DNA objetivo que la sonda desigualada, éste requiere más energía para causar que la sonda hibridada se disocie. En una etapa adicional de método anterior, una segunda sonda ("fijadora") puede utilizada. Generalmente, la sonda fijadora no es específica a cualquier alelo, sino que se híbrida sin considerar de qué nucleótido está presente en el sitio polimórfico. La sonda fijadora no afecta la energía de interrupción requerida para desasociar el complejo de hibridación sino, en cambio, contiene una marca complementaria para la utilización con la primera sonda ( "sensora" ) . La estabilidad de hibridación puede ser influenciada por numerosos factores, incluyendo termorregulación, regulación química, así como el control de severidad electrónico, ya sea solo o en combinación con los otros factores aislados. A través del uso de condiciones de severidad, en cualquiera o ambas de etapa de hibridación objetivo o la etapa de severidad de oligonucleótido sensor, la completación rápida del proceso se puede lograr. Esto es deseable para lograr la hibridación apropiadamente indexada del DNA objetivo para alcanzar el número máximo de moléculas en un sitio de prueba con un complejo de hibridación preciso. A manera de ejemplo, con el uso de severidad, la etapa de hibridación inicial se puede completar en diez minutos o menos. Más ventajosamente cinco minutos o menos, y mucho más ventajosamente dos minutos o menos. Globalmente, el proceso analítico se puede completar en menos de media hora. En un modo, el complejo de hibridación se marca y la etapa de determinación de la cantidad de hibridación incluye detectar las cantidades del complejo de hibridación marcado en los sitios de prueba. El dispositivo y método de detección puede incluir, pero no está limitado, a formación de imagen óptica, formación de imagen electrónica, formación de imagen con una cámara CCD, formación de imagen óptica integrada y espectrometría de masas. Además, la cantidad de la sonda marcada y no marcada enlazada al objetivo se puede cuantificar. Tal cuantificación puede incluir análisis estadístico. La porción marcada del complejo puede el objetivo, el estabilizador, la sonda o el complejo de hibridación en todo. La marcación puede ser mediante marcación fluorescente seleccionada de pero no limitado a, Cy3, Cy5, Rojo Bodipy Texas, Rojo Bodipy Far, Amarillo Lucifer, Bodipy 630/650-X, Bodipy R6G-X y 5-CR 6G. La marcación colorimétrica , marcación bioluminiscente y/o marcación quimioluminiscente además pueden realizar la marcación. La marcación además puede incluir la transferencia de energía entre moléculas en el complejo de hibridación mediante el análisis de perturbación, enfriamiento rápido, transporte electrónico entre moléculas donadoras y aceptoras, esta última de las cuales se puede facilitar mediante los complejos de hibridación de igualación de doble hebra. Opcionalmente si el complejo de hibridación es no marcado, la detección se puede realizar mediante la medición de la diferencial de conductancia entre el DNA de doble hebra y no de doble hebra. Además, la detección directa se puede lograr mediante la interferometria óptica basada en silicio poroso o mediante la espectrometría de masas. Al utilizar la espectrometría de masas no fluorescente u otra marca es necesario. Más bien la detección se obtiene mediante niveles extremadamente altos de resolución de masa logrado por la medición directa, por ejemplo, mediante el tiempo de vuelo (TOF) o mediante la ionización de rocío de electrones (ESI) . Donde se contempla la espectrometría de masas, las sondas que tienen una secuencia de ácido nucleico de 50 bases o menos son ventajosas. La marca puede ser amplificada, y puede incluir, por ejemplo, DNA ramificado o dendritico. Si el DNA objetivo es purificado, éste puede ser no amplificado o amplificado. Además, si el objetivo purificado es amplificado y la amplificación es un método potencial, éste puede ser, por ejemplo, DNA amplificado por PCR o DNA amplificado por amplificación de desplazamiento de hebra (SDA). Los métodos lineales de amplificación de DNA tal como el circulo de enrollamiento o corrida t anscripcional también pueden ser utilizados . Donde se desea amplificar un fragmento de DNA que comprende una SNP de acuerdo con la presente invención, los cebadores delanteros e inversos pueden tener estiramientos contiguos de aproximadamente 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 o cualquier otra longitud hasta e incluyendo aproximadamente 50 nucleótidos en longitud. Las secuencias a las cuales los cebadores delanteros inversos se recosen son ventajosamente localizadas sobre cualquier lado de la posición de nucleótido particular que es sustituido en el SNP a ser amplificado. Una marca detectable puede ser incorporada en un ácido nucleico durante por lo menos un ciclo de una reacción de amplificación. Los medios espectroscópicos , fotoquimicos , bioquímicos, inmunoquímicos , eléctricos, ópticos o químicos pueden detectar tales marcas. Las marcas útiles en la presente invención incluyen tintes fluorescentes (por ejemplo, isotiocianato de fluoresceína , rojo de Texas, rodamina, y los similares), radiomarcas (por ejemplo, 3H, 125I, 35S, 14C, 32P, etc.), enzimas (por ejemplo Peroxidasa de rábano picante, fosfatasa alcalina, etc.), marcas colorimétricas tales como oro coloidal o cuentas de vidrio o de plástico coloreadas (por ejemplo - poliestireno, polipropileno, látex, etc.). La marca es acoplada directamente o indirectamente a un componente del ensayo de acuerdo con los métodos bien conocidos en al técnica. Como es indicado en lo anterior, una amplia variedad de marcas son utilizadas, con la elección de la marca que depende de la sensibilidad requerida, facilidad de conjugación con el compuesto, requerimiento de estabilidad, instrumentación disponible y provisiones de desecho. Las marcas no radioactivas son frecuentemente unidas por medios indirectos. Las polimerasas también pueden incorporar nucleótidos fluorescentes durante la síntesis de ácidos nucleicos. Los reactivos que permiten la secuenciación de productos de reacción se pueden utilizar en la presente. Por ejemplo, los nucleótidos de terminación de cadena frecuentemente serán incorporados en un producto de reacción durante uno o más ciclos de una reacción. Los equipos comerciales que contienen los reactivos más típicamente utilizados para estos métodos de secuenciación de DNA están disponibles y ampliamente utilizados. Los métodos de digestión de exonucleasa de PCR para la secuenciación de DNA también pueden ser utilizados. Muchos métodos de secuenciación de DNA genómico son conocidos en la técnica, y cualquier método de tal clase puede ser utilizado ver, por ejemplo Sambrook y colaboradores (2001) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3rd ed., Cold Spring Harbor Press. Por ejemplo, como es descrito enseguida, un fragmento de DNA que abarca la localización del SNP de interés se puede amplificar utilizando la reacción en cadena de polimerasa o alguna otra reacción de amplificación mediada por polimerasa cíclica. La región amplificada de DNA luego se puede secuenciar sutilizando cualquier método conocido en la técnica. Ventajosamente, la secuenciación de ácido nucleico es mediante métodos automatizados (revisados por Meldrum, (2000) Genome Res. 10: -1288-303, la descripción de la cual es incorporada por referencia en su totalidad) , por ejemplo, usando un Sistema de Análisis Genético Beckman CEQ 8000 (Beckman Coulter Instruments, Inc.). Los métodos para secuenciar ácidos nucleicos incluyen pero no esta limitados a, secuenciación de DNA fluorescente automatizadas (ver, por ejemplo, Watts & MacBeath, (2001) Methods Mol Biol . 167: 153-70 y MacBeath y colaboradores (2001) Methods Mol Biol. 167:119-52), electroforesis capilar (ver, por ejemplo, Bosserhoff y colaboradores (2000) Comb Chem High Throughput Screen. 3: 455-66), chips de secuenciación de DNA (ver, por ejemplo, Jain, (2000) Pharmacogenomics . 1: 289-307), espectrometría de masas (ver, por ejemplo, Yates, (2000) Trends Genet . 16: 5-8), pirosecuenciación (ver, por ejemplo, Ronaghi, (2001) Genome Res. 11: 3-11), y electroforesis de gel de capa ultra delgada (ver, por ejemplo, Guttman & Ronai, (2000) Electroforesis . 21: 3952-64) , las descripciones de las cuales son incorporadas en presente por referencia en sus totalidades. La secuenciación también se puede hacer mediante una compañía comercial. Ejemplo de tales compañías incluyen pero no están limitadas a, la University of Georgia Molecular Genetics Instrumentation Facility (Athens, Georgia) o Seq Wright DNA Technologies Services (Houston, Texas) . Una sonda específica de SNP también se puede utilizar en la detección del SNP en secuencias de ácido nucleico específicas amplificadas de gen objetivo, tales como los productos de PCR amplifícaos generados utilizando los cebadores descritos en lo anterior. En ciertas modalidades, estas sondas específicas de SNP consisten de fragmentos de oligonucleót ido . Ventajosamente, los fragmentos son de suficiente longitud para proporcionar hibridación específica a la muestra de ácido nucleico. El uso de una sonda de hibridación de entre 10 y 50 nucleótidos en longitud permite la formación de una molécula dúplex que es tanto estable como selectiva. Las moléculas que tienen secuencias complementarias sobre estiramientos mayores que 12 bases en longitud son generalmente ventajosas, con el fin de incrementar la estabilidad y selectividad del híbrido, y para de esta manera mejorar la calidad y el grado de moléculas híbridas particulares obtenidas. Generalmente se preferirá diseñar moléculas de ácido nucleico que tienen estiramientos de 16 a 24 nucleótidos, o aun más largas donde es deseado. Una región de nucleótidos de etiqueta puede ser incluida, como en el extremo 5' del cebador que puede proporcionar un sitio al cual un cebador de secuenciación de oligonucleótido puede hibridar para facilitar la secuenciación de múltiples muestras de PCR. La secuencia de sonda debe abarcar la posición de nucleótido particular que puede ser sustituida en el SNP particular a ser detectado. Ventajosamente, dos o más diferentes "sondas específicas de alelos" se pueden utilizar para el análisis de un SNP, una primera sonda específica de alelo para la detección de un alelo, y una segunda sonda específica de alelo para la detección del alelo alternativo. Será entendido que esta invención no está limitada a los cebadores particulares y sondas divulgadas en la presente y se propone que abarca por lo menos secuencias de ácido nucleico que son hibridables a la secuencia de nucleótidos divulgada en la presente, el complemento o un fragmento de la misma, o son análogos de secuencias funcionales de estas secuencias. También se contempla que un atributo particular de un animal puede ser determinado al utilizar un panel de SNPs asociados con ese atributo. Varios atributos económicamente relevantes pueden ser caracterizados por la presencia o ausencia de uno o más SNPs y por una pluralidad de SNPs en diferentes genes. Uno o más paneles de SNPs pueden ser utilizados en los métodos de la invención para definir el perfil fenotipico del animal sujeto. Homólogos (es decir, ácidos nucleicos derivados de otras especies) u otras secuencias relacionadas (por ejemplo, parálogos) se pueden obtener bajo condiciones de condiciones de hibridación estándar o severa con toda una porción de la secuencia particular como una sonda utilizando métodos bien conocidos en la técnica para la hibridación y clonación de ácido nucleico. Los marcadores genéticos, sondas de los mismos, métodos y equipos de la invención también son útiles en un programa de la producción para seleccionar la reproducción de estos animales que tienen fenotipos deseables para varios atributos económicamente importantes, tal como la calidad de carne. La selección contiene la reproducción de animales, tal como ganado, que son por lo menos heterocigotos y ventajosamente homocigotos paralelos deseables de los sitios polimórficos del gen TFAM asociados con atributos económicamente relevantes de crecimiento, ingesta de alimento, eficiencia y/o valia del canal, y la reproducción y longevidad conducirían a una reproducción, línea o población que tiene números más altos de descendientes con atributos económicamente relevantes de crecimiento, ingesta de alimento, eficiencia y valía del canal, y la producción y longevidad. Así, los SNPs de TFAM de la presente invención se pueden utilizar como una herramienta de selección. Los fenotipos deseables incluyen, pero no están limitados a, ingesta de alimento, proporción de crecimiento, peso del cuerpo, valía y composición del canal, y reproducción y longevidad, y rendimiento de leche. Los atributos del canal específicos con fenotipos deseables incluyen, pero no están limitados al valor del canal adicional (valor del canal adicional, $) , ganancia diaria promedio (ADG, lb/d) , espesor de grasa posterior (BFAT, in) , peso vivo calculado (Cale Lv Wt, Ib) , grado de rendimiento calculado (cYG) , días en el alimento (DOF, d) , porcentaje de abono (DP, %), ingesta de materia (DMI, Ib) , ingesta de materia seca por día sobre el alimento (DMI por DOF, lb/d) , peso del canal caliente (HCW, Ib) , valor del peso del canal caliente (HCW valué, $), contenido de grasa intramuscular (IMF%, %), registro de marmoleo (MBS, 10 a 99), registro de marmoleo dividido entre los días sobre el alimento (MBS/DOF) , grado de calidad, menor que o igual a la selección contra mayor que o igual a la elección (QG, < Se vs, > Ch) , área de ribeye (REA, in2) , área de ribeye por ciento en peso HCW (REA/cwt HCW, in2/100 Ib de peso del canal caliente (HCW) y profundidad de grasa subcutánea (SFD) . Un aspecto de la presente invención proporciona el agrupamiento de animales y métodos para manejar la producción de ganado que comprende agrupar animales de ganado tal como ganado vacuno de acuerdo con el genotipo como es definido con los paneles de SNPs, cada panel que comprende por lo menos un SNP, uno o más de los cuales están en el gen de TFAM de la presente invención. Otros SNPs que pueden ser incluidos en los paneles de SNPs incluyen, pero no están limitados a, SNPs encontrados en el calpastatina , gen GHR, gen FABP4 , gen grelina, gen leptina, gen NPY, gen ob, gen UASMS1, gen UASMS2, gen UASMS3 y/o el gen UCP2. La selección genética y el método de agrupamiento de la presente invención se puede utilizar en conjunción con otros métodos de agrupamientos fenotipicos convencionales tal cómo el agrupamiento de animales mediante características visibles tal como el peso, tamaño del cuerpo, atributos de reproducción y los similares. Los métodos de la presente invención proporcionan la producción de ganado vacuno que tiene atributos heredables mejorados, y se pueden utilizar para optimizar el desempeño de las manadas de ganado en áreas tales como la reproducción, ingesta de alimento, calidad del canal/carne y la producción de leche. La presente invención proporciona métodos para clasificar ganado para determinar aquellos que desarrollan más probablemente una condición del cuerpo deseada al identificar la presencia o ausencia de uno o más polimorfismos de gen correlacionados con la calidad de carne. Como es descrito en lo anterior, y en los ejemplos, existen varios atributos fenotipicos con los cuales los SNPs de la presente invención pueden ser asociados. Cada uno de los atributos fenotipicos y genéticos se pueden probar utilizando los métodos descritos en los Ejemplos, o utilizando cualquiera de los métodos adecuados conocidos en la técnica. Utilizando los métodos de la invención, un granjero, u operador de lote de alimento o lo similares, pueden agrupar el ganado de acuerdo con la propensión genética de cada animal para un atributo deseado tal como la proporción de crecimiento, ingesta de alimento o comportamiento de alimentación, como es determinado por el genotipo de SNP. El ganado vacuno se prueba para determinar la homocigosidad o heterocigosidad con respecto a los alelos SNP de uno o más genes de modo que pueden ser agrupados tal que cada corral contiene ganado con genotipos similares. Cada corral de animales luego se alimenta y de otra manera se mantiene de una manera y durante un tiempo determinado por el operador del lote de alimentos y luego se sacrifica.

Los datos genotipicos individuales derivados de un panel o paneles de SNPs para cada animal o una manada de animales se puede registrar y asociar con otros diversos datos del animal, por ejemplo, información de salud, parentesco, condiciones de eriaza, historia de vacunación, registros de la manada, datos de seguridad de alimentos subsecuentes y los similares. Tal información puede ser dirigida a una agencia gubernamental para proporcionar rastreabilidad de un animal o producto de carne, o puede servir como la base para reproducción, alimentación e información de comercialización. Una vez que los datos tienen o no se han asociado con otros datos, los datos se almacenan en una base de datos accesible, tal, como, pero no limitada a, una base de datos de computadora o un micro chip implantado en el animal. Los métodos de la invención pueden proporcionar un análisis de los datos de entrada que' pueden ser comparados con parámetros deseados por el operador. Estos parámetros incluyen, pero no están limitados a, tal como objetivos de reproducción, objetivos de puesta de huevos, niveles de vacunación de una manada. Si el desempeño de las propiedades de los animales se desvia de los objetivos deseados, los métodos basados en computadora pueden activar una alerta para permitir al operador ajusfar las dosis de la vacunación, medicación, alimento, etc. por consiguiente. Los resultados del análisis proporcionan datos que están asociados con el animal individual o a la manada, en conjunto o en parte, de la cual se tomo la muestra. Los datos luego se conservan en una base de datos accesibles, y puede o no pueden ser asociados con otros datos de ese individuo particular o de otros animales. Los datos obtenidos de animales individuales se pueden almacenar en una base de datos que pueden ser integrado o asociada con y/o igualada cruzadamente con otras bases de datos. La base de datos junto con los datos asociados permite la información acerca del animal individual que es conocido a través de cada etapa de la vida del animal, es decir, desde la concepción al consumo del producto animal. Los datos acumulados y la combinación de los datos genéticos con otros tipos de datos del animal proporcionan acceso a la información acerca del parentesco, identificación de la manada, información de salud incluyendo vacunaciones, Exposición de enfermedades, localización de lotes de alimento dieta y cambios de propietario. La información tales como datos y resultados de las pruebas de diagnóstico de rutina fácilmente se almacenen y son alcanzables. Tal información seria especialmente valiosa para compañías, particularmente aquellas quienes buscan líneas de reproducción superiores. Cada animal se puede proporcionar con un identificador único. El animal puede ser etiquetado, como los programas de rastreo tradicionales o tener chips de computadora implantados que proporcionan datos almacenados y leíbles o proporcionados con cualquier otro método de identificación que asocia al animal con su identificador único . La base de datos que contienen los resultados del genotipo basado en SNP para cada animal o los datos para cada animal se pueden asociar o enlazar a otras bases de datos que contienen datos, por ejemplo, que puede ser útiles en seleccionar atributos para agrupar o subagrupar un animal. Por ejemplo, y no para limitación, los datos que pertenecen a animales que tienen protocolos de vacunación o meditación particulares, opcionalmente pueden ser además enlazados con datos que pertenecen a animales que tienen alimento de ciertas fuentes de alimento. La habilidad para refinar un grupo de animales está limitada solamente por los atributos buscados y las bases de datos que contienen información relacionada con estos atributos. Las bases de datos que pueden ser útilmente asociadas con los métodos de la invención incluyen, pero no están limitados a, datos científicos específicos o generales, los datos específicos incluyen, pero no están limitados a, líneas de reproducción, sementales, madres y los similares, otros genotipos de animales, que incluyen si o no otros animales específicos poseen genes específicos, incluyendo elementos genéticos transgénicos , localización de animales que comparten características ¦ genéticas similares o idénticas, y los similares. Los datos generales incluyen, pero no están limitados a, datos científicos tales como que genes codifican para características de calidad específicas, datos de asociación de reproducción, datos de alimento, tendencias de reproducción y los similares. Un método de la presente invención incluye proporcionar al propietario del animal o al cliente con el equipo de colección de muestra, tales como torundas y etiquetas útiles para recolectar muestras de las cuales se pueden obtener datos genéticos. Ventajosamente, el empaquetamiento se codifica con una etiqueta de código de barras. Las etiquetas se codifican con las mismas leyendas de identificación, ventajosamente con una etiqueta de código de barras de igualación. Opcionalmente , el empaquetamiento contiene medios para enviar las etiquetas a un laboratorio para análisis. El empaquetamiento opcional también es codificado con leyendas de identificación, ventajosamente con una etiqueta de código de barras. El método opcionalmente incluye un sistema en donde una cuenta de base de datos establece el ordenamiento del equipo de muestreo. El identificador de la cuenta de base de datos corresponde a las leyendas de identificación de las etiquetas y el empaquetamiento. En el envío del equipo de muestreo en cumplimiento del orden, las leyendas de identificación solo registradas en una base de datos. Ventajosamente, identificadores a una etiqueta de código de barras que es escaneada cuando las etiquetas se envían. Cuando las etiquetas se regresan a la instalación de prueba, el identificador nuevamente se registra y se iguala con la información previamente registrada en la base de datos en el envío del frasquito al cliente. Una vez que se completa la detección del genotipo, la información se registra en la base de datos y se codifica con el identificador único. Los resultados de prueba también se proporcionan al cliente o propietario del animal. Los datos almacenados en la base de datos de genotipos se pueden integrar con o comparar con otros datos o bases de datos para el propósito de identificar animales basados en propensiones genéticas. Otros datos o bases de datos incluyen, pero no están limitados, a aquellos que contienen la prueba de DNA basada en SNP, vacunación, el programa de preacond.icionamiento de salud segura, estro y resultados de preñez, niveles de hormonas, seguridad/contaminación del alimento, conteo de células somáticas, ocurrencia de mastitis, resultado de prueba de diagnóstico, niveles de proteína de la leche, grasa de la leche, estado de vacuna, registros de salud, niveles de minerales, niveles de minerales menores, desempeño de la manada y los similares.

La presente invención, por lo tanto, abarca métodos asistidos por computadora para rastrear las historias de reproducción y veterinarias de animales de ganado que comprenden la utilización de un sistema basado en computadora que comprende una computadora programada que comprende un procesador, un sistema de almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada y un dispositivo de salida, y que comprende las etapas de generar un aprovechamiento del animal de ganado al introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada datos de genotipo del animal, en donde el genotipo puede ser definido por .un panel de por lo menos dos polimorfismos de nucleótido individual que predicen por lo menos un atributo físico del animal, introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada los datos deben de estar del animal, que se correlacionan con los datos de bienestar introducidos con el perfil fenotípico del animal utilizando el procesador y el sistema de almacenamiento de datos, y hacer salir un perfil del animal o grupo de animales al dispositivo de salida. Las bases de datos y el análisis de las mismas serán accesibles aquellos a quienes se ha proporcionado acceso. El acceso se puede proporcionar a través de derechos al acceso o mediante suscripción a porciones específicas de los datos. Por ejemplo, la base de datos se puede accesar por propietarios del animal, el sitio de prueba, identidad que proporciona la muestra al sitio de prueba, el personal de lote de alimentación y veterinarios. Los datos se pueden proporcionar en cualquier forma mediante el acceso de un sitio de red, fax, correo electrónico, correspondencia dirigida, teléfono automatizado u otros métodos para comunicación. Estos datos también pueden ser codificados a un dispositivo de almacenamiento portátil, tal como micro chips, que puede ser implantado en el animal. Ventajosamente, la información se puede leer y nueva información adicional sin remover el microchip del animal. La presente invención comprende sistemas para realizar los métodos divulgados en la presente. Tales sistemas · comprenden dispositivos tales como computadoras, conexiones de Internet, servidores y dispositivo de almacenamiento para datos. La presente invención también proporciona un método para permitir datos que comprenden la transmisión de información de tales métodos discutidos en la presente o etapas de los mismos, por ejemplo, por la vía de telecomunicación, teléfono, video conferencia, comunicación masiva, por ejemplo, la presentación tal como una presentación en computadoras ' (por ejemplo, POWERPOINT) , Internet, correo electrónico, comunicación documental tales como programas de computadoras (por ejemplo, WORD) y los similares . Los sistemas de la presente invención pueden comprender un módulo de colección de datos, que incluye un recolector de datos para recolectar los datos de un animal o embrión y transmitir los datos a un módulo de análisis de datos, un a interfaz de red para recibir datos del módulo de análisis de datos, y opcionalmente además adaptado para combinar múltiples datos de uno o más animales individuales, y para transmitir los datos por la vía de una red a otros sitios, o a un dispositivo de almacenamiento. Más particularmente, los sistemas de la presente invención comprenden un módulo de recolección de datos, un módulo de análisis de datos, un interfaz de red para recibir datos del módulo de análisis de datos, y opcionalmente además adaptado para combinar múltiples datos de uno o más animales individuales, y para trasmitir los datos por la vía de una red a otros sitios y/o un dispositivo de almacenamiento. Por ejemplo, los datos recolectados por el módulo de recolección de datos conduce una determinación de la ausencia o presencia de un SNP en el animal o embrión, y por ejemplo, tales datos se trasmiten cuando el régimen de alimentación del animal es planeado . En una modalidad donde los datos son implantados en un microchips o un animal particular, el granjero puede optimizar la eficiencia del manejo de la manada debido a que el granjero es capaz de identificar las predisposiciones genéticas de un animal individual asi como los tratamientos pasados, presentes y futuros (por ejemplo, vacunaciones y visitas veterinarias). La invención, por lo tanto también proporciona ingreso a otras bases de datos, por ejemplo, datos de manada relacionados con pruebas genéticas y datos relacionados por otros, mediante enlaces de datos a otros sitios. Por lo tanto, los datos de otras bases de datos se pueden transmitir a la base de datos central de la presente invención por la vía de un interfaz de red para recibir datos de 1 módulo de análisis de datos a las otras bases de datos. La invención se relaciona a un sistema de computadora y un. medio leíble en computadora para compilar datos sobre un animal, el sistema que contiene datos introducidos sobre ese animal, tal, pero no limitados a, vacunación e historias de medicación, prueba de DNA, prueba de tiroglobulina, leptina, MMI (Meta Morphix Inc.), diagnóstico de encefalopatía espongiforme bobina (BSE) , vacunación de brucelosis, vacunación de FMD (enfermedad de la pata y la boca) , vacunación de BVD (diarrea viral bovina) , programa de preacondicionamiento de Salud Segura, resultados de estro y preñez, tuberculosis, niveles de hormonas, seguridad/contaminación de alimento, conteo de células somáticas, ocurrencia de mastitis, resultados de prueba de diagnóstico, niveles de proteína de la leche, grasa de la leche, estado de vacuna, registros de salud, niveles de minerales, niveles de minerales menores, desempeño de la manada y los similares. Los datos de los animales también pueden incluir tratamientos previos asi como el tratamiento ajustado sugerido dependiendo de la predisposición genética de ese animal hacia una enfermedad particular. La invención también proporciona un método asistido por computadora para mejorar la producción de animal que comprende la utilización de un sistema de computadora, por ejemplo, una computadora programada que comprende un procesador, un sistema de almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada y un dispositivo de salida, las etapas de introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada datos que comprenden datos de reproducción, veterinarios, de medicación y de diagnóstico y los similares de un animal, que correlaciona a una característica física predicha por el genotipo utilizando el procesador del sistema de almacenamiento de datos, hacer salir al dispositivo de salida las característica física correlacionada con el genotipo, y alimentar, al animal con una dieta basada con la característica física para esta manera mejorar la producción del ganado. La invención además proporciona un método asistido por computadora para optimizar la eficiencia de datos de alimentación para ganado que comprende utilizar un sistema de computadora, por ejemplo, una computadora programada que comprende un procesador, un sistema de almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada y un dispositivo de salida, y las etapas de introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada datos que comprenden una reproducción, la historia veterinaria de un animal, correlacionada con la reproducción, historias veterinarias utilizando el procesador y el sistema de almacenamiento de datos, hacer salir al dispositivo de salida a la característica física correlacionada con el genotipo y alimentar al animal con una dieta basada en la característica física, para de esta manera optimizar la eficiencia de los lotes de alimentación para el ganado. La invención además comprende métodos para hacer negocios al proporcionar acceso a tal medio leíble en computadora y/o sistemas de computadora y/o datos recolectados de animales a usuarios; por ejemplo los medios y/o los datos de secuencia pueden ser accesibles a un usuario, por ejemplo es una base de suscripción de suscripción, por la vía del Internet o una comunicación global/red de computadoras; o, el sistema de computadora puede estar disponible a un usuario, sobre una base de suscripción . En una modalidad, la invención proporciona un sistema de computadora para manejar ganado que comprende características físicas y bases de datos correspondientes a uno o más animales. En otra modalidad, la invención proporciona medios leíbles en computadoras para manejar ganado que comprende características físicas e historias determinadas correspondientes a uno o más animales. La invención además proporciona los métodos para hacer negocio para manejar ganado que comprende proporcionar un usuario el sistema de computadora y los medios descritos en lo anterior o características físicas e historias veterinarias correspondientes a uno o más animales. La invención además abarca métodos para transmitir información obtenida en cualquier método o etapa del mismo descrito en la presente o cualquier información descrita en la presente, por ejemplo, por la vía de telecomunicaciones, teléfono, comunicaciones masivas, medios masivos, presentaciones, Internet, correo electrónico, etc. La invención además abarca equipos útiles para clasificar el ácido nucleico aislado de uno o más individuos bovinos para la variación alélica de cualquiera de los genes de factor de transcripción mitocóndricos , y en particular para cualquiera de los SNPs descritos en la presente, en donde los equipos pueden comprender por lo menos un oligonucleótido que híbrida selectivamente un ácido nucleico que comprende cualquiera de uno o más de los cuales son secuencias de TFAM descritas en la presente e instrucciones para utilizar el oligonucleótido para detectar la variación en el oligonucleótido correspondiente al SNP del ácido nucleico aislado. Una modalidad de este aspecto de la invención proporciona un oligonucleótido que específicamente híbrida a la molécula de ácido nucleico aislada de ese aspecto de la invención, y en donde el oligonucleótido híbrida a una porción de la molécula de ácido nucleico aislada que comprende cualquiera de los sitios polimórficos en las secuencias TFAM descritas en la presente. Otra modalidad de la invención es un oligonucleótido que específicamente híbrida bajo condiciones de alta severidad a cualquiera de los sitios polimórficos del gen TFAM, en donde el oligonucleótido está entre aproximadamente 18 nucleótidos y aproximadamente 50 nucleótidos . En otra modalidad de la invención, el oligonucleótido comprende un nucleótido central que específicamente híbrida con un sitio polimórfico del gen TFAM de la porción de la molécula de ácido nucleico. Otro aspecto de la invención es un método par identificar un polimorfismo TFAM en una muestra de ácido nucleico que comprende aislar una molécula de ácido nucleico que codifica TFAM o un fragmento del mismo y determinar el nucleótido en el sitio polimórfico. Otro aspecto de la invención es un método para clasificar el ganado vacuno para determinar aquellos bovinos más probables de escribir una diferencia biológica en la calidad de carne que comprende las etapas de obtener una muestra de materiales genético de un bovino, y analizar para la presencia de un genotipo en el bovino que está asociado por la calidad de carne, el genotipo caracterizado por un polimorfismo en cualquiera de los genes del factor de transcripción mitocóndrico. En otras modalidades de este aspecto de la invención, la etapa de analizar se selecciona del grupo que consiste: análisis de polimorfismo de longitud de fragmento de restricción (RFLP) , minisecuenciación , MALD-TOF, SINE, análisis de heterodúplex, polimorfismo conformacional de una sola hebra (SSCP) , electroforesis de gel de gradiente de desnaturalización (DGGE) y electroforesis de gel de gradiente de temperaturas (TGGE) . En varias modalidades de la invención, el método además puede comprender la etapa de amplificar una región del gen TFAM o una porción del mismo que contiene el polimorfismo. En otras modalidades de la invención, la amplificación puede incluir la etapa de seleccionar un cebador de secuencia delantero y/o inverso capaz de amplificar una región del gen TFAM. Otro aspecto de la invención es un método asistido por computadora para predecir que animales de ganado poseen una diferencia biológica en la calidad de carne que comprende: usar un sistema de computadora, por ejemplo, una computadora programada que comprende un procesador, un sistema de almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada y un dispositivo de salida, las etapas de: (a) introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada datos que comprenden un genotipo TFAM de un animal, (b) correlacionar el crecimiento, la ingesta de alimento, eficiencia o calidad de valia del canal predicha por el genotipo TFAM utilizando el procesador y el sistema de almacenamiento de datos y (c) hacer salir al dispositivo de salida la calidad de carne correlacionada con el genotipo TFAM, para de esta manera predecir que animales de ganado poseen un nivel de crecimiento particular, ingesta de alimento, eficiencia o calidad de valia del canal. Todavía otro aspecto de la invención es un método para hacer negocio para manejar ganado que comprende proporcionar a un usuario un sistema de computadora para manejar ganado que comprende características físicas y genotipos correspondientes a uno o más animales o un medio leíble en computadora para manejar ganado que comprende características físicas y genotipos correspondientes a uno o más animales o características físicas y genotipos correspondientes a uno o más animales. La invención ahora será descrita adicionalmente por medio de los siguientes ejemplos no limitativos.

EJEMPLOS Ejemplo 1 Este ejemplo proporciona secuencias de DNA, polimorfismos genéticos y asociaciones significantes con el marmoleo y la profundidad de grasa subcutánea en cruzamientos F2 de Wagyu x Limousin para el gen del factor A de transcripción mi ocóndrico (TFAM) bovino. El factor A de transcripción mitocóndrico (TFAM) , una proteina codificada en el núcleo desempeña una función importante en la iniciación de la transcripción y la replicación del DNA mitocóndrico (mtDNA) . La expresión disminuida en los genes mitocóndricos de codificación nuclear se ha asociado con el inicio de la obesidad en ratón. Por lo tanto, se planteó como hipótesis de que variantes genéticas en el gen TFAM incluyen en la biogénesis mitocóndrica consecuentemente afectando la deposición de grasa del cuerpo y el metabolismo de energía. En el presente estudio, ambas secuencias de cDNA (2259 bp) y DNA genómico (16,666 bp) se generaron para el gen TFAM bovino utilizando una combinación de clonación in silico con la amplificación de PCR de región dirigida. La alineación de ambas secuencias de cDNA y genómica condujo a la determinación de la organización genómica en la caracterización de la región de promotor del gen TFAM bovino. Desafortunadamente, no se detectaron polimorfismos en la región de codificación, pero dos polimorfismos de nucleótido individual (SNPs) de A/C y C/T estrechamente enlazados se encontraron en el promotor TFAM bovino. Dos de estos SNPs fueron determinados en genotipo en 237 animales F2 Wagyu x Limousin con fenotipos registrados para el marmoleo y la profundidad de grasa subcutánea (SFD) . El análisis estadístico demostró que ambos SNPs estuvieron asociados con el marmoleo ( P = 0.0153 para A/C y P = 0.0026 para C/T) y SFD (P = 0.0200 para A/C y P = 0.0039 para C/T) , respectivamente. Una búsqueda para los elementos reguladores transcripcionales utilizando Matlnspector indicó que ambos SNPs conducen a una ganancia /pérdida de seis sitios de enlace putativos para genes relevantes a la deposición de grasa y metabolismo de energía. Comparado con reportes previos sobre los genes tiroglobulina , leptina y diacilglicerol 0-aciltranferasa , el gen TFAM tiene los efectos más grandes sobre tanto el marmoleo y SFD en esta población, indicando su potencial como un nuevo objetivo para la selección asistida por marcador en la industria de carne de res. El factor A de transcripción mitocóndrico (TFAM), un miembro de una familia de proteínas de grupo de alta movilidad y el primer factor de transcripción mitocóndrico identificado (Fisher y Clayton, 1988), es esencial para el mantenimiento y la biogénesis de mtDNA. Primero, TFAM desempeña una función similar a histona en los mitocondrios, ya que está estrechamente asociado con mtDNA como un componente principal del nucleótido (Kanki y colaboradores, 2004a) . La evidencia ha mostrado que una molécula de mtDNA es empacada con -900 moléculas de TFAM en promedio (Alam y colaboradores, 2003), que hace al mtDNA no desnudo por más tiempo. Segundo, T FAM regula el número de copias de mtDNA en mamíferos. La investigación utilizando una combinación de ratones con sobreexpresión de T FAM e inactivación de T FAM demostró que el número de copias de mtDNA es directamente proporcionar al nivel de proteína de T FAM total en embriones de ratón (Ekstrand y colaboradores, 2004). La interferencia de RNA de la expresión de TFAM endógena en células HeLa también indicó que la cantidad de mtDNA está correlacionada en paralelo con la cantidad de TFAM (Kanki y colaboradores, 2004b) . Tercero, estimula la transcripción de mtDNA. La proteína TFAM posee dos dominios de grupo de alta movilidad en tándem, que hace al TFAM enlazar, desenrollar y plegar el DNA sin especificidad de secuencia y así facilitar la iniciación de transcripción del mtDNA (Gaspari y colaboradores, 2004) . La evidencia ha mostrado que la importación de wt-TFAM en mitocondrios del hígado de ratas hipotiroides incrementó la síntesis de RNA significativamente hasta 4 veces (Garstka y colaboradores, 2003) . Se ha conocido por muchos años que el tejido adiposo desempeña una función central en la regulación y la manipulación de los metabolismos de energía a través del almacenamiento y la productividad de triglicéridos y a través de la secreción de factores que afectan la saciedad y la utilización del abastecimiento. Sin embargo, muchos aspectos claves de la adipogénesis están acompañados por la estimulación de la biogénesis mitocóndrica ( Wilson-Fritch y colaboradores, 2003). Por ejemplo, el sitio mayor de la ß-oxidación de ácido graso ocurre en los mitocondrios (Reichert y Neupert, 2004), que puede proporcionar intermediarios claves para la síntesis de triglicéridos por la vía de la acción de piruvato carboxilasa (Owen y colaboradores, 2002). Además, una. masa mitocóndrica relativamente grande es necesaria para generar acetil-CoA para la activación de ácido graso antes de la esterificación en triglicéridos. Todos estos estudios demostraron el papel y función esenciales de los mitocondrios en el metabolismo del lípido. Para explorar adicionalmente el mecanismo de los mitocondrios involucrados en la adipogénesis, Wilson-Fritch y colegas (2003 y 2004) estudiaron la diferenciación de la célula 3T3-L1 (representativa de adipositos blancos) al utilizar procedimientos tanto proteómicos como genómicos. El análisis proteómico reveló un incremento de 20 a 30 veces en la concentración de numerosas proteínas mitocóndricas , mientras que el análisis genómico con el perfilado de expresión génica utilizando Affymetrix GeneChips detectó un incremento estadísticamente significante en la expresión de muchos genes mitocóndricos codificados en el núcleo durante la adipogénesis . En particular, los autores encontraron una disminución profunda de aproximadamente 50% en los niveles de transcriptos para los genes mitocóndricos codificados nucleares que acompañan el inicio de la obesidad (Wilson-Fritch y colaboradores, 2004) . Como TFAM es uno de los genes mitocóndricos codificados nucleares, se planteó como hipótesis que éste desempeña una función importante en la adipogénesis o deposición de grasa por la vía de su función en la biogénesis mitocóndrica . Aquí, la evidencia se presenta para apoyar la hipótesis al reportar asociaciones significantes de los polimorfismos del promotor TFAM bovino con registros de marmoleo y mediciones de SFD en cruzamientos de Waygu x Limousin. Una generación Fi de un cruzamiento de agyu x Limousin se desarrolló en Washington State University y se transfirió al Fort eogh Livestock and Range Research Laboratory, ARS, USDA en el otoño de 1998, incluyendo 6 toros Fi y 113 hembras. El apareamiento ínter se de estos animales Fi produjo 71 progenies F2 en el 2000, 90 en el 2001 y 109 en el 2003, respectivamente. Cada becerro se pesó dentro de entre 24 h después del nacimiento y nuevamente en el destetamiento cuando los becerros promediaron aproximadamente 180 d de edad. Después del destetamiento, los becerros se regresaron a pasturas de margen nativo y se suplementaron con 0.7 kg por becerro por día de tanto tortas de cebada como pelotillas de alfalfa. A mediados de enero, los becerros se movieron del margen y se alimentaron con ensilaje y heno picado para lograr ganancias anticipadas de 0.5 a 0.8 kg por día. Luego se colocaron en una dieta de acabado por aproximadamente 150 días seguidos por el sacrificamiento . Los datos de proporción de crecimiento y de calidad del canal y de la carne se recolectaron en todos los becerros F2. Los registros de marmoleo variaron de 4 = Ligero0 a 9.5 = Moderadamente Abundante50 (SD = 1.00) y las mediciones SFD variaron de 0.1 a 1.3 pulgadas (SD = 0.18) en esta población F2. El marmoleo fue una medida subjetiva de la cantidad de grasa intramuscular en el músculo longissimus basado en estándares de USDA ( http : / /www . ams . usda . gov/ ) . SFD se midió en la interfase de la 12-13ava costilla perpendicular a la superficie externa en un punto tres cuartos la longitud del músculo longissimus desde su extremo del hueso del espinazo. El DNA se extrajo de muestras de sangre. Basado en la disponibilidad de tanto los datos como las muestras de DNA, se utilizaron 246 observaciones en el estudio actual. Desafortunadamente, ambas secuencias de cDNA y de DNA genómico no estuvieron disponibles para el gen TFAM bovino cuando se inició el proyecto. Sin embargo, el proyecto del mapeo del genoma bovino ha avanzado significativamente en años recientes. En particular, más de 500,000 ESTs bovino (etiquetas de secuencia expresadas) (http : / /www .ncbi.nlm.nih.gov/) y secuencias de genoma bovino 3X (ht tp : / /www . hgsc . bcrn . mc . edu/proj ects /bovine/ ) se han liberado a las bases de datos públicas. Por lo tanto, una combinación de una clonación comparativa in silico con un procedimiento de clonación objetivo de PCR se desarrolló y se utilizó para determinar ambas de las secuencias de cDNA y DNA genómico del gen bovino (FIG. 1). El procedimiento incluyó tres etapas: 1), búsquedas BLAST contra las bases de datos públicas utilizando una secuencia de cDNA de longitud completa del gen TFAM humano como una referencia para recuperar todas las secuencias bovinas que son ortólogas al gen humano; 2) anotación de ambas secuencias de ESTs y DNA genómico con el fin de diseñar cebadores para la amplificación de la región objetivo para cerrar espacios si hay algunos; 3) alineación de las secuencias de cDNA y secuencias de DNA genómico para determinar la secuencia de cDNA de longitud completa y la organización genómica del gen TFAM bovino. Dos pares de cebadores se diseñaron para cerrar dos espacios para la secuencia de DNA genómico del gen TFAM bovino (Tabla 1). Las reacciones de PCR se realizaron utilizando 25 ng de DNA genómico bovino como plantilla en un volumen final de 10 uL que contiene 12.5 ng de cada cebador, 200 µ? de dNTPs , MgCl2 1.5 - 3 mM, C1 50 mM, Tris-HCl 20 mM y 0.2U de Platinum Taq polimerasa (Invitrogen, Carlsbad, CA) . Las condiciones de PCR se llevaron a cabo como sigue: 94°C durante 2 min, 32 ciclos de 94°C durante 30 seg, 63°C durante 30 seg y 72°C durante 30 seg, seguido por una extensión de 5 min adicional a 72°C. Los productos de PCR luego se examinaron mediante electroforesis a través de un gel de agarosa al 1.5% con solución reguladora IX TBE para determinar la calidad y cantidad para la secuenciación de DNA. La secuenciación se realizó en el secuenciador ABI 3730 en el Laboratorio para Biotecnología y Bioanálisis (Washington State Uhiversity) . Las secuencias de estos dos productos amplificados por PCR que abarcan las regiones de espacio y tres contiguos de secuencias de genoma derivadas del proyecto de secuencia de genoma de Ganado vacuno, luego se ensamblaron para formar una secuencia de DNA genómica completa para el gen TFAM bovino. Tabla 1. Cebadores diseñados para el cerramiento del espacio genómico y la detección de mutación del gen TFAM bovino . Región Secuencias de cebador Tamaño Recocido SEQ ID obj etivo (5' -3' ) en bp Tm NO: Promotor Delantero : 801 61°C GTTGTTGCAGAAATCAGCTAAAATG 4 Trasero : CATCCACTGAGACTATCGCTGACCT 5 ???? 1 Delantero : 405 61°C CGCCTCCTAGCTAATCGGAAGTTAG 6 Trasero : GTCGGAATCACAGGGCTAAGTCAGT 7 ???? 2 Delantero : 421 61°C TTCCCCTGGATAGGACAGGATTTTA 8 Trasero : TACAGGCCATCACACAGAATGGTTA 9 ???? 3 Delantero : 407 57°C GAGCTAATGGATTATTCTTTCCTGA 10 Trasero : ATGTGTTATCCAAGGTGAAGGTCTA 11 ???? 4 Delantero : 459 57°C TTATAAGTGGGATTTCAGAGTGCAT 12 Trasero : AACTGAAGTCATTCTCTACCACGTC 13 ???? 5 Delantero : 392 57°C AACAATCGCATACTCATAATGTTCA 14 Trasero : TGGTAAGAAAAAGGATTTTTAGGTC 15 Espacio Delantero : 222 57°C de GCACAAACAAAGGAACCATCAA 16 Intrón 5 Trasero : TTCCCTGACAATGATGTTGAGC 17 ???? 6 Delantero : 408 57°C TACAGCTCAGAGTTTTGAGGAGTCT 18 Trasero : CACTAAGTTACGAGGGACACTGTTT 19 Espacio Delantero : 736 57°C de TGAAAACTGGAAAAATCTCTCTA 20 Intrón 6 Trasero : & Exón 7 AACAGCTTCCGGTATTGAGACCT 21 Los cebadores se diseñaron para dirigir la región de promotor y todas las regiones de codificación con el fin de clasificar polimorfismos genéticos en el gen TFAM bovino (Tabla 1) . Cuatro acumulaciones de DNA se formaron, una de todos los seis toros Fi, una de 30 hembras Fi aleatoriamente seleccionadas, una de 30 progenies de alto marmoleo F2 y una de 30 progenies de bajo marmoleo F2. Los productos de PCR para cada par de cebadores se amplificaron sobre estas cuatro acumulaciones de DNA y directamente se secuenciaron sobre el secuenciador ABI 3730 como es descrito en lo anterior. Los polimorfismos de nucleótidos se identificaron mediante la comparación de patrones de secuencia entre estas cuatro acumulaciones de DNA. Desafortunadamente, no se detectaron polimorfismos en la secuencia de codificación, pero dos SNPs, es decir, sustituciones C/A y sustituciones C/T se encontraron en la región de promotor TFAM bovino. Estos dos SNPs en la región de promotor bovino luego se determinaron en genotipo en los animales F2 de Wagyu X Limousin que tienen tanto muestras de DNA como datos de desempeño para el registro de marmoleo y mediciones de SFD. Utilizando el procedimiento de PCR-RFLP (polimorfismo de longitud de fragmento de restricción), estas dos mutaciones se revelaron mediante la digestión a 37°C durante tres horas de amplicones de PCR de 2U de HaelII para la sustitución C/A y 2U de Dpnl para la sustitución C/T, seguido por el análisis en geles de agarosa al 4%. Los datos fenotipicos para los registros de marmoleo y las mediciones de SFD se ajustaron para efectos de año, género y edad en recolección (lineal) antes de estimar los efectos de los genotipos utilizando el procedimiento de GLM (modelo lineal general), de SAS v9.1 (SAS institute Inc., Gary, NC) para estimar los efectos del grupo contemporáneo y el genotipo en el sitio del gen TFAM. Las búsquedas BLAST utilizando el cDNA de TFAM humano (NM_003201) como una referencia recuperaron ocho secuencias EST ortólogas bovinas de la base de datos de otros ESTs en el National Center for Biotechnology Informatics (NCBI) y tres contiguos genómicos del ensamble de genoma 3X de ganado vacuno en Baylor College Medicine. Tres ESTs (DN286575, DN285251 y CN793484) se seleccionaron para formar una secuencia de cDNA consensúa! inicial del gen TFAM bovino, pero ellos dejaron un espacio en el 3 ' UTR (región no traducida) (FIG. 1). Sin embargo, la alineación inicial de esta secuencia EST con la secuencia de DNA genómico reveló que el espacio de la secuencia de cDNA podría ser fácilmente cerrado utilizando la secuencia de DNA genómico correspondiente a la región 3'UTR. La longitud total de la secuencia de mRNA ensamblada es 2,259 bp para el gen TFAM bovino. Tres contiguos de DNA genómico (contiguo 45319, contiguo 729099 y contiguo 138856) aparentemente no se han sobrepuesto. La orientación de estos tres contiguos genómicos a una dirección 5' — 3' correspondiente a la secuencia de mRNA hizo posible diseñar cebadores para cerras dos espacios entre estos (FIG. 1) . Dos productos de PCR de 222 bp y 736 bp (Tabla 1) se amplificaron y se secuenciaron . El ensamble de tres contiguos genómicos y estos dos productos de PCR hizo posible formar una secuencia de DNA genómica de 16,666 bp para el gen TFAM bovino (FIG. 1) . Todos los ocho ESTs bovinos que son ortólogos al gen TFAM humano son 99 - 100% idénticos a la secuencia de mRNA consensual ensamblada. La secuencia de codificación completa putativa del gen TFAM bovino es de 741 bp en longitud, que es idéntica a aquella en humano (NM_003201, D'Errico y colaboradores, Gene 362, 125-132 (2005)), pero 6 bp y 9 bp más larga que aquella en la rata (NM_031326, Piantadosi y Suliman, J. Biol. Chem. 281 (1), 324-333 (2006)) y ratón (NM_009360, Noack y colaboradores, Biochim. Biophys. Acta 1760 (2), 141-150 (2006)) y 48 bp más corta que aquella en pollo (NM_204100, Caldwell y colaboradores, Genome Biol. 6 (1), R5 (2005)), respectivamente. La secuencia de aminoácidos traducida codificada por el gen TFAM bovino mostró 91% de identidad con cerdo (AY923074), 71% con humano (NM_003201), 65% con rata (NM_031326) , 63% con ratón (NM_009360) y 43% con pollo (NM_204100), respectivamente. La estructura total del gen TFAM bovino se determinó al comparar la secuencia de DNA genómica con la secuencia de cDNA completa determinada en el estudio (FIG. 1) . Similar a aquella en humano, ratón, rata y pollo, la organización genómica del gen TFAM bovino consiste de siete exones y seis intrones (FIG. 1) . Se estima que el genoma bovino es similar en tamaño a los genomas de humano y otros mamíferos, que contienen aproximadamente 3 billones de pares de bases de DNA. La secuenciación del genoma bovino comenzó en el Diciembre del 2003 y el ensamble inicial basado en la cobertura de 3.3 veces del genoma bovino se liberó el 6 de Octubre del 2004, que ahora puede ser accesada a través de GenBank (www . ncbi ¦ nih . gov/Genbank ) en NCBI . Además, más de 500,000 ESTs bovino también se han liberado al público y se pueden accesar a través de GenBank en NCBI. Ambas secuencias de ESTs y de genoma bovinas proporcionan recursos valiosos para revolucionar la investigación del genoma en el ganado vacuno. En el estudio actual, una herramienta que combina una clonación comparativa in silico con un procedimiento de clonación objetivo de PCR se desarrolló y se utilizó para clonar ambas de las secuencias de cNA y de DNA genómico del gen TFAM bovino. Este procedimiento es muy directo, simple, rápido y poco costoso. Por lo tanto, este procedimiento puede servir como una de las herramientas modelo en identificar, mapear y entender la función de los genes en el ganado vacuno, que además harán avanzar la investigación de la biología básica. La FIG. 2 muestra las secuencias de nucleótidos para la región corriente arriba 5' y el exón 1 completo del gen TGAM bovino. El análisis utilizando el programa Mat Inspector (Quandt y colaboradores, 1995) reveló un factor 1 respiratorio nuclear potencial (NRFl) y un sitio de enlace de proteína 1 estimulante (SPl) en la región del promotor TFAM bovino (FIG. 2). Sin embargo, el promotor TFAM bovino ¦ carece de los sitios de enlace putativos para el factor 2 respiratorio nuclear (NRF2). En la región del promotor TFAM humano, ambos sitios de enlace NRFl y NRF2 se encontraron, mientras que solamente los sitios de enlace NRF2 existieron en los promotores TFAM de rata y de ratón (Scarpulla, 2002) . Todos los promotores TFAM en el humano, rata y ratón tiene los sitios de enlace SPl. NRFl, NRF2 y SPl son los factores más prevalecientes asociados con los genes respiratorios (Scarpulla, 2002). Además de los sitios de enlace NRFl y SPl, el promotor TFAM bovino contiene un sitio de enlace represor transcripcional provisional, que enlaza a elementos encontrados predominantemente en genes que participan en el metabolismo de lipido (FIG. 2) . Aunque no es claro si las islas CpG son metiladas in vivo, muchos sitios de CpG metilados potenciales están presentes en el promotor TFAM bovino (FIG. 2) . Muy interesantemente, el promotor TFAM bovino puede ser uno de los pocos promotores que contienen el codón AUG que ocurre naturalmente corriente arriba del sitio de inicio traduccional normal (FIG. 2) . Este codón AUG que también se confirmó al secuenciar con cebadores que abarcan el promotor parcial, exón 1 completo e intrón 1 parcial (ver la descripción enseguida) en el estudio. La regla general de Kozak es que en la mayoría de los casos el codón AUG más cerca del extremo 5' es el sitio único de iniciación de traducción, debido a que éste "efecto de posición" se observa en casos donde una mutación crea un codón AUG corriente arriba del sitio de inicio normal y los desplazamiento de traducción al sitio corriente arriba (Kozak, 2002) . Sin embargo, la primera regla puede ser postulada cuando el triplete AUG próximo 5' es seguido cortamente por un codón terminador, que hace la reiniciación en un codón AUG corriente abajo posible (Kozak, 1995) . Se observa que este codón AUG extra en el promotor TFAM bovino no está en la estructura (FIG. 2). Si se tradujera, éste generaría precisamente un péptido de 12 aminoácidos como MQWRFSGAYGAC (SEQ ID NO:22). Si y como este triplete AUG próximo 5' interfiere con la traducción normal permanece desconocido. Por lo tanto, el gen TFAM bovino podría ser un gen de modelo natural para la investigación de mecanismos involucrados en la iniciación de traducción de genes mamíferos. Un total de ocho pares de cebadores se diseñaron y se utilizaron para clasificar polimorfismos genéticos en el gen TFAM bovino. Un par de cebadores se dirige a la región de promotor, y los cebadores restantes amplifican siete exones con un par de cebadores por exón . Sin embargo, el último par de cebadores se utilizó para tanto el cerramiento del espacio como la amplificación del exón 7 (Tabla 1). Con el fin de lograr tener la región de exón completamente amplificada y secuenciada, por lo menos 100 bp de secuencias de cada lado flanqueante se incluyeron en los productos. No se encontraron polimorfismos en todas las secuencias de codificación del gen TFAM bovino, aunque la población de referencia incluye dos razas de reproducción divergentemente de ganado vacuno: un Wagyu de origen Asiático y un Limousin de origen Europeo, que tienen características que son muy diferentes entre sí. Sin embargo, dos SNPs se detectaron en la región de promotor (FIG. 2 y FIG. 3). Estos dos SNPs están localizados justo 9 bp aparte, una sustitución C/A y otra sustitución C/T. Ambos SNPs se revelaron mediante la digestión con HaelII y Dpnll, respectivamente en un fragmento de 801 bp (FIG. 4).

Como el fragmento posee tres sitios de restricción fíaelll, la digestión produce dos bandas invariables de 152 bp y 462 bp, y una banda de 187 bp. Que puede ser, dependiendo del nucleótido en la posición-1220 (FIG. 2), además segmentado en dos bandas de 83 bp y 104 bp (FIG. 4) . Por lo tanto, animales homocigotos con el alelo A tienen dos sitios HaelII, y revelan después de la digestión completa tres bandas: 152 bp, 187 bp y 462 bp, animales homocigotos con el alelo C han ganado un sitio tfaelll adicional en esta posición y dan por resultado cuatro bandas (83 bp, 104 bp, 152 bp y 462 bp) después de la digestión completa. Sin embargo, los animales heterocigotos mostraron cinco bandas después de la digestión de HaelII (FIG. 4). Estos dos sitios tfaelll comunes se consideraron como controles internos de la digestión enzimática. En comparación, los fragmentos contienen cuatro sitios de restricción Dpnll incluyendo un sitio polimórfico. Por lo tanto, la digestión con Dpnll produce tres bandas invariables de 55 bp, 68 bp y 135 bp, y tres bandas polimórficas de 241 bp, 302 bp y 543 bp, respectivamente (FIG. 4). Los animales homocigotos con alelo T tienen todos cuatro sitios Dpnll, y revelan después de la digestión completa cinco bandas: 55 bp, 68bp, 135 bp, 241 bp y 302 bp, mientras que los animales homocigotos con el alelo C han perdido un sitio Dpnll en la posición -1212 (FIG. 2) y dan por resultado cuatro bandas (55 bp, 68 bp, 135 bp y 543 bp) después de la digestión completa. Sin embargo, los animales heterocigotos mostraron seis bandas después de la digestión de Dpnll (FIG. 4) . Estos tres sitios Dpnll comunes también sirvieron como controles internos de la digestión enzimática. La determinación del genotipo de 237 animales F2 para ambos SNPs C/A y C/T revelaron 75 animales CC homocigotos, 45 animales AA homocigotos y 117 animales CA heterocigotos para el primer SNP y 84 animales CC homocigotos, 33 animales TT homocigotos y 120 animales CT heterocigotos para el último SNP (Tabla 2) . Para la sustitución C/A, las frecuencias del alelo C y el alelo A en la población fueron de 0.56 y 0.44, respectivamente. La frecuencia del alelo C ligeramente se incrementó a 0.61 para la sustitución C/T. Sin embargo, ambas distribuciones de genotipo estuvieron en el equilibrio de Hardy-Weinberg. El análisis del modelo lineal general claramente indicó que el efecto del genotipo de cualquier SNP alcanzó significado estadístico (para la sustitución C/A, P=0.0019 para el registro de marmoleo y P=0.0200 para la medición de SFD; y para sustitución C/T P=0.0011 para el registro de marmoleo y P=0.0039 para la medición de SFD) (Tabla 2). Para la sustitución de C/A, el ganado vacuno con el genotipo homocigoto (CC) tuvo 0.047 pulgadas adicionales de grasa subcutánea y 0.482 de registro de marmoleo comparado con los homocigotos AA (P<0.05). Sin embargo, las diferencias entre dos homocigotos CC y TT además se agrandaron para la sustitución C/T. El espesor de grasa subcutánea fue de 0.073 pulgadas más grueso y el registro de marmoleo fue 0.634 más alto en el ganado vacuno con el genotipo homocigoto (CC) que los homocigotos TT (P<0.05) (Tabla 2). Solamente cinco haplotipos entre estos dos polimorfismos promotores se observaron en 237 animales F2 Wagyu x Limousin, incluyendo 75 CCCC, 108 CACT, 33 AATT, 12 AACT y 9 CACC, respectivamente. Debido a muestras relativamente pocas, ambos haplotipos AACT y CACC se excluyeron en el análisis estadístico adicional. Como es indicado en la Tabla 2, el haplotipo tuvo efectos significantes sobre tanto .el marmoleo como SFD en la población de referencia (P = 0.0004 para el marmoleo y P = 0.0029 para SFD) . El registro de marmoleo fue de 0.655 diferente entre los animales CCCC y AATT y 0.518 diferente entre los animales CCCC y CACT (P<0.05). Para mediciones de SFD, el ganado vacuno con el haplotipo CCCC tuvo 0.079 y 0.073 pulgadas adicionales de grasa subcutánea comparada con los animales CACT y AATT (P<0.05), respectivamente. El haplotipo CCCC se observa que está asociado con un incremento de la deposición de grasa del cuerpo completo en el ganado vacuno . Tabla 2. Asociaciones de los SNPs del promotor TFAM bovino con marmoleo y SFD en cruzamientos * F2 de Waygu x Limousin.

* Significa dentro de una columna con diferentes superindices que son significativamente diferentes (P<0.05) . Esfuerzos previos han identificado genes candidatos responsables para el marmoleo y/o SFD en la carne de res. Barendse y colaboradores (1997) identificaron un polimorfismo TG5 que ocurre en la región de promotor 5' del gen tiroglobulina ( TG) . Este marcador tuvo una asociación genotipica con el registro de marmoleo en el ganado vacuno de alimentación por largo tiempo. La leptina es una proteina de 16-kilodalton producida por el gen de obesidad (ob) . Las mutaciones en el gen leptina {LEP) causan que el ganado para carne alcance el peso para el sacrificio más rápido y desarrollan más marmoleo en el canal (Buchanan y colaboradores, 2002). Una sustitución K232A no conservativa en el gen DGAT1 (diacilglicerol O-aciltransferasa ) se ha mostrado que afecta la deposición de grasa intramuscular (marmoleo) en la carne de res (Thaller y colaboradores, 2003) . La determinación el genotipo de un C/T SNP en el gen TG, una mutación C/T en el gen LEP y un polimorfismo A/C en el gen DGAT1 también se realizó en esta población de cruzamiento de Waygu x Limousin (De y colaboradores, 2004 y Wu y colaboradores, 2005, in press). El análisis de variación utilizando un modelo lineal generalizado no mostró algunas ¦ diferencias significantes entre los genotipos en el gen LEP. Sin embargo, el gen DGAT1 tuvo un efecto aditivo significante sobre SFD (P = 0.036), mientras que el gen TG mostró un efecto dominante sobre el marmoleo que el significado aproximado (P = 0.061) . De y colaboradores (2004) observaron que en el gen TG, las diferencias de genotipo entre los homocigotos CC y TT fueron -0.074±0.093 de registro para marmoleo y -0.002±0.015 pulgadas para SFD (P>0.05 para ambos atributos), mientras que en el gen DGAT1, los animales homocigotos AA fueron superiores a animales homocigotos CC por 0.092±0.095 de registro de marmoleo (P>0.05) y 0.03210.015 pulgadas para SFD (P<0.05), respectivamente. En el gen LEP, las mismas FIGs para diferencias de genotipo entre animales CC y TT fueron 0.075±0.116 de registro para marmoleo y 0.019±0.018 pulgadas para SFD (P>0.05 para ambos atributos) respectivamente. Obviamente, el estudio actual sobre el gen TFAM bovino indicó que las diferencias de genotipo entre dos homocigotos en cualquier posición excedieron cualquiera de las diferencias observadas en el gen TG, DGAT1 y LEP bovino, respectivamente. En particular, las diferencias de genotipo entre los homocigotos CC y TT en el gen TFAM bovino tuvo en cuenta 0.634 de desviación estándar en el marmoleo y 0.402 de desviación estándar en SFD en estos animales F2 de Wagyu X Limousin tuvo una desviación estándar de 1 de registro marmoleo y una desviación estándar de 0.18 pulgadas para SFD. Por lo tanto, entre estos cuatro genes candidatos estudiados hasta ahora en la población de referencia, los resultados mostraron que el gen TFAM tuvo los efectos más grandes sobre tanto el marmoleo como SFD, indicando un gen mayor para ambos atributos. Una búsqueda para los elementos reguladores transcripcionales utilizando Matlnspector (http : //www . gsf . de/ ) indicó que ambos SNPs en el promotor TFAM bovino unidamente o separadamente conducen a una ganancia/pérdida de seis sitios de enlace putativos para 1) heterodimero tal-lalfa/E47 ; 2), proteina 1 de enlace del elemento responsivo de cAMP; 3) , heterodimeros de los factores de transcripción de bHLH HAND2 (Thing2) y E12; 4), factor 1 nuclear; 5), receptor alfa 1 huérfano relacionado con RAR y 6), proteina de dedo de Zinc RP58 (ZNF238), que está asociada preferencialmente con heterocromat ina . Reusch y Klemm (2002) reportaron que la proteina de enlace del elemento de respuesta de cA P del factor de transcripción (CREB) participa en la adipogénesis , con . formas constitutivamente activas de CREB que inducen la diferenciación de adipocito y formas negativas dominantes de CREB que bloquean este proceso. La evidencia ha mostrado que el factor 1 nuclear es esencial para la expresión del gen estearoil-CoA desaturasa durante la diferenciación de preadipocito (Singh y Ntambi, 1998) . El receptor alfalThe RAR-related orphan receptor alfal huérfano relacionado con RAR, o RORal forma una parte de los mecanismos reguladores multifactoriales que controlan la expresión del gen PPARgamma, que se ha estudiado extensivamente por la pasada década principalmente debido a su función central en promover y mantener el fenotipo de adipocito (Sundvold y Lien, 2001). Sin embargo, como estos dos SNPs en el promotor TFAM bovino afectan la eficiencia de enlace para estos genes, como estas alteraciones de enlace regulan los patrones de expresión del gen TFAM subsecuentes y como estos patrones de expresión estimulan la biogénesis mitocóndrica diferentemente y asi conducen a las diferencias en la deposición de grasa y metabolismos de energía, necesitan ser explorados adicionalmente . Referencias : Alam y colaboradores, Nucleic Acids Res. 2003; 31:1640-5. Barendse, 1997. Patent Application W09923248 PCT/AU98/00882. Buchanan y colaboradores, Genet Sel Evol. 2002; 34 : 105-16. De y colaboradores, Proceedings, Western Section, American Society of Animal Science. 2004; 55:95-98. Ekstrand y colaboradores, Hum Mol Genet. 2004; 13:935-44. Fisher and Clayton, Mol Cell Biol. 1988; 8:3496-509. Garstka y colaboradores, Nucleic Acids Res. 2003; 31: 5039-47. Gaspari y colaboradores, 2004; 1659:148-52. Kanki y colaboradores, Mol Cell Biol. 2004; 24:9823-34. Kanki y colaboradores, Ann N Y Acad Sci. 2004 ; 1011:61-8. Kozak, Proc Nati Acad Sci U S A. 1995; 92:2662-6. Kozak, Gene. 2002; 299:1-34. Owen y colaboradores, J Biol Chem. 2002; 277:30409- 12. Quandt y colaboradores, Nucleic Acids Res. 1995; 23: 4878-84. Reichert y Neupert, Trends Genet . 2004; 20:555-62. Reusch y Klemm, 2002, J Biol Chem. 277, 1426-1432. Savell y colaboradores, (1986) Journal of Food Science 51, 838. Scarpulla, 2002. Biochim. Biophys. Acta. 1576:1-14. Singh y Ntambi, 1998. Biochim Biophys Acta 1398, 148-156. Sundvold y Lien, 2001. Biochem Biophys Res Commun. 287, 383-390. Thaller y colaboradores, Anini Genet. 2003 Oct; 34 (5) : 354-7 ilson-Fritch y colaboradores, Mol Cell Biol. 2003; 23: 1085-9 . Wilson-Fritch y colaboradores, J Clin Invest. 2004; 11 : 1281-9. Wu y colaboradores, Genética. 2005 Sep; 125 ( 1 ) : 103-13. Ejemplo 2 Este ejemplo describe genes de transcripción mitocondricos codificados en el núcleo básales y la calidad de carne en el ganado para carne. La evidencia ha mostrado que la maquinaria de transcripción mitocóndrica basal dirige la biogénesis mitocóndrica y la expresión génica, y asi puede desempeñar una función importante en la deposición de grasa del cuerpo y metabolismo de energía. Aquí los inventores reportan la compilación de secuencia, el desarrollo del marcador genético y el análisis de asociación de los genes TFAM, TFB1M y TFB2M con marmoleo y profundidad de grasa subcutánea (SFD) en el ganado vacuno utilizando una población de referencia de cruzamientos F2 de Wagyu x Limousin. El análisis estadístico reveló que el gen TFAM bovino fue significativamente asociado con el marmoleo (F=3.84, P=0.0229) y SFD (F=3.56, P=0.0301) . Los marcadores genéticos desarrollados en el estudio se pueden utilizar para determinar cómo este complejo mitocóndrico es importante para mejorar la calidad de la carne en la industria de carne de res. Debido a su capacidad de codificación de proteína limitada, la iniciación y regulación de la expresión génica en el DNA mitocóndrico (mtDNA) depende excesivamente sobre un conjunto relativamente pequeño de proteínas reguladoras mitocóndricas codificadas nucleares (Gleyzer y colaboradores, 2005) . La maquinaria transcripción mitocóndrica básica consiste de RNA polimerasa mitocóndrica {POLRMT) y el factor A de transcripción mitocóndrico {TFAM) , Bl (TFB1M) y B2 {TFB2M) . TFAM, un miembro de un grupo de familia de proteínas de alta movilidad y el primer factor de transcripción mitocóndrico identificado, es esencial para el mantenimiento y la biogénesis de mtDNA (Fisher and Clayton, 1988) . Tanto TFB1M como TFB2M son factores de transcripción mitocóndricos recientemente identificados e interactúan directamente con POLRMT para formar un heterodimero (Falkenberg y colaboradores, 2002) . Por otra parte, los mitocondrios realizan un gran número de reacciones en células eucariót icas , incluyendo la ß-oxidación de ácidos grasos, que proporciona intermediarios claves para la síntesis de triglicéridos por la vía de la acción de piruvato carboxilasa (Owen y colaboradores, 2002) . Como la maquinaria de transcripción mitocóndrica básica dirige la biogénesis mitocóndrica y la expresión génica, se ha contemplado que la maquinaria puede desempeñar una función importante en la deposición de grasa del cuerpo y el metabolismo de energía. Aquí la compilación de secuencia, el desarrollo del marcador genético y el análisis de asociación de los genes TFAM, TFB1M y TFB2M con el marmoleo y la profundidad de grasas subcutáneas (SFD) usando una población de referencia de cruzamiento F2 de Wagyu x Limousin son reportados. Los procedimientos de bioinformática utilizados para recuperar ambas de las secuencias de cDNA y DNA genómico de esos tres genes bovinos emplearon un procedimiento de tres etapas. Primero, las secuencias de cDNA de los ortólogos humanos se utilizaron como referencias para recuperar las ESTs ortólogas contra la base 'de datos de GenBank "est_others" con una opción de especie limitada a Bos taurus . Segundo, varias ESTs se seleccionaron y se ensamblaron para formar una secuencia de cDNA primaria para cada gen de ganado vacuno, que luego se utilizó para realizar una búsqueda de ESTs especifica de especie contra la misma base de datos con el fin de expandir la secuencia primaria a una secuencia de cDNA de longitud completa. Finalmente, la secuencia de cDNA de longitud completa se utilizó para buscar la secuencias de DNA genómicas del mismo gen contra la base de datos de la secuencia de genoma bovino 6X y asi determinar su organización genómica. Se diseñaron cebadores para dirigir las regiones de promotor y todos los exones de codificación para todos los tres genes bovinos basados en las secuencias de DNA genómicas. Para asegurar que cada región de exón fuera completamente amplificada y secuenciada, por lo menos 100 bp de secuencias flanqueantes se incluyeron en los productos. Para facilitar el descubrimiento de polimorfismos genéticos en estos genes, dos acumulaciones de DNA se formaron: una de 6 sementales Fi de agyu x Limousin y una de 113 hembras Fi de Wagyu x Limousin. Las reacciones de PCR se realizaron sobre estas dos acumulaciones de DNA y se secuenciaron sobre un secuenciador ABI 3730 en el Laboratorio para Biotecnología y Bioanálisis (Washington State University) utilizando un protocolo estándar. Los polimorfismos de nucleótidos se identificaron mediante comparación de patrones de secuencia entre estas acumulaciones de DNA. Un total de diez polimorfismos de nucleótido individual (SNPs) se detectaron, incluyeron 3 en TFAM, 2 en TFB1M y 5 en TFB2M. Solamente un SNP en TFAM, dos SNPs en TFB1M y un SNP en el gen TFB2M bovino se seleccionaron para la determinación del genotipo utilizando las técnicas de PCR-RFLP y Bi-PASA. Los animales utilizados en el estudio fueron la progenie F2 del apareamiento inter se de 6 sementales Fi Wagyu x Limousin y 113 hembras i de Wagyu x Limousin como es descrito en lo anterior. Los registros de marmoleo variaron de 4= Ligero0 a 9.5 = Moderadamente Abundante50 (SD = 1.00). SFD se midió en la interface de la 12-13ava costilla perpendicular a la superficie externa en un punto tres cuartos de la longitud del músculo longissimus desde su extremo del hueso del espinazo, que varió de 0.1 a 1.3 pulgadas (SD = 0.18) en esta población F2. Los datos fenotipicos para los registros de marmoleo y SFD se analizaron con un modelo lineal mezclado utilizando el módulo PROC MIXED en SAS v9.1. La fuente de variación incluyó el año de nacimiento, género, edad en la recolección y el genotipo de cada marcador de transferencia como los efectos fijos y un efecto aleatorio para tener en cuenta el antecedente de poligen. La estructura de covariación del efecto de poligen se definió por la relación numérica calculada del pedigri utilizando SAS macro LORG. El efecto residual se supuso que tiene distribución independiente idéntica con variación desconocida. La variación genética aditiva y los componentes de variación residual se estimaron utilizando el algoritmo de Newton-Raphson estabilizado en el borde para la estimación de probabilidad máxima restringida (REML) . Las pruebas de los efectos marcadores se realizaron utilizando el método de Kenward-Roger para calcular los grados de libertad denominativos. Este método utiliza un estimador ajustado de matriz de covariación para reducir la desviación de la muestra pequeña. Las comparaciones similares a pares de lo medios de mínimos cuadrados se realizaron utilizando el procedimiento de prueba t de diferencia menos significante protegida de Fisher (LSD) . La búsqueda BLAST basada en ortólogo humano recuperó más de 20 ESTs para cada uno del TFAM, TFB1M y TFB2M bovino de la base de datos "est_others" de GenBank. Varias ESTs sobrepuestas se seleccionaron y se ensamblaron para formar las secuencias de cDNA primaria para estos genes. La secuencia de cDNA primaria luego se utilizó como una referencia para la búsqueda de ESTs del mismo gen, en particular para su expansión de secuencia flanqueante 5' y 3', que se omitieron por la búsqueda de ortólogos humanos debido a la baja similitud de secuencia en estas regiones. El ensamble final produjo una secuencia de cDNA de longitud completa de 2,259 bp para el gen TFAM bovino, 2,617 bp para el gen TFB1M bovino y 1,991 bp para el gen TFB2M bovino, respectivamente. Utilizando estas secuencias de cDNA de longitud completa como referencias, las búsquedas BLAST contra las bases de datos de secuencia de genoma de ganado vacuno 6X recuperaron tres contiguos genómicos de 16, 666 bp para TFAM, cuatro contiguos genómicos de 108,966 bp para TFB1M y un contiguo genómico de 53, 542 bp para TFB2M, respectivamente. Similar en humano, perro, ratón y rata, ambos genes TFAM y TFB1M bovinos consisten de siete exones, mientras que el TFB2M bovino contiene ocho exones. Además de dos SNPs A/C y C/T estrechamente enlazados descritos en el Ejemplo 1, una tercera mutación con una transición C/T también se detectó en región del promotor TFAM bovino (FIG. 5A) . Un ensayo Bi-PASA se desarrolló para determinar el genotipo de este marcador sobre individuos. La secuenciación directa de los productos de PCR sobre dos acumulaciones de DNA reveló dos mutaciones en el gen TFB1M (FIG. 5B) y cinco mutaciones en el gen TFB2M (FIG. 5C) , respectivamente. Los amplicones de PCR se digirieron con 2U de MspI y BanI para determinar el genotipo de SNPs de T/G y GIC en el gen TFB1M bovino. La determinación del genotipo inicial de 48 muestras utilizando tres de los cinco polimorfismos en el gen TFB2M bovino reveló que son fijados en dos haplotipos. Por lo tanto, solamente un SNP se seleccionó para la determinación del genotipo mediante la digestión con la enzima de restricción Acil . El análisis estadístico reveló que el gen TFAM bovino fue significativamente asociado con el marmoleo (F=3.84, P=0.0229) y SFD (F=3.56, P=0.0301). Sin embargo, ninguno de los marcadores en ya sea TFB1M y TFB2M afectó los atributos medidos significativamente (F<1.70, P>0.1842). Los efectos aditivos y de dominancia de cada marcador se estimaron y se listan en la Tabla 3. Solamente el efecto aditivo del gen TFAM bovino sobre el marmoleo alcanzó un nivel significante (P=0.0059) y los efectos aditivos del TFAM y TFB2M sobre SFD se aproximó al significado (P=0.0651 para TFAM y P=0.1118 para TFB2M) (Tabla 3). Los resultados indican que el involucramiento de estos tres genes en promover la iniciación de transcripción del genoma mitocóndrico puede ser específico del tejido relevante. Esto es, TFAM contribuyó significativamente a tanto el marmoleo como SFD, mientras que TFB1M no tuvo efecto sobre cualquier atributo. Sin embargo, TFB2M contribuyó más a SFD, pero casi nada al marmoleo . Tabla 3. Efectos aditivos y dominativos de los marcadores TFAM, TFB1M y TFB2M bovinos sobre él marmoleo y SFD. Efecto Marmoleo SFD (en pulgadas) genético Estimado+S . E . t Pr> t Estimado±S.E. t Pr> t C/T en el gen TFAM bovino Aditivo -0.384±0.138 -2.78 0.0059 -0.036±0.019 -1.85 0.0651 Dominativo 0.117±0.088 0.17 0.2066 -0.007±0.013 -0.56 0.5780 G/T en el gen TFB1M bovino Aditivo -0.206±0.160 -1.28 0.2003 -0.007±0.022 -0.33 0.7451 Dominativo -0.017±0.100 0.17 0.8646 -0.003±0.014 -0.23 0.8209 C/G en el en TFB1M bovino Aditivo 0.017±0.186 0.09 0.9273 -0.005±0.026 -0.19 0.8528 Dominativo 0.074±0.118 0.63 0.5288 -0.023±0.017 1.41 0.1612 C/T en el gen TFB2M bovino Aditivo 0.121±0.120 1.00 0.3188 -0.028±0.018 1.60 0.1118 Dominativo -0.112±0.079 -1.41 0.1588 -0.000±0.011 -0.03 0.9798 Tanto el marmoleo como SFD han atraído una gran cantidad de publicidad e interés por muchos años, puesto que son dos de los mayores atributos cuantitativos que afectan la calidad del canal y la eficiencia de producción en el ganado para carne. Los marcadores genéticos desarrollados en el estudio se pueden utilizar para determinar adicionalmente cómo este complejo mitocóndrico es importante para mejorar la calidad de la carne en la industria de carne de res. Referencias: Falkenberg y colaboradores, (2002) Nat Genet. 31:289-94.

Fisher y Clayton (1988) Mol Cell Biol. 8-3496-3509. Gleyzer y colaboradores, (2005) Biochem Biophys Res Commun . 334:516-23. Owen y colaboradores, J Biol Chem. 2002 Aug 23; 277 (34) :30409-12. Ejemplo 3 Este ejemplo proporciona asociaciones en los marcadores TFAM-I, TFA -2 y FABP4 y los atributos del canal en novillos y vaquillas de lotes de alimentación comerciales. Los siguientes marcadores se evaluaron: (1) una sustitución C a A en la posición de nucleótido 1220 en el promotor del gen del factor A de transcripción mitocóndrico (TFAM-1) , (2) una sustitución C a T en la posición de nucleótido 1212 en el promotor TFAM-2 y (3) una sustitución G a C en la posición de nucleótido 7516 del gen del proteina 4 que enlaza ácido graso (FABP4) . Los resultados previos indican que afectan los marcadores que afectan el marmoleo y la grasa posterior. Inicialmente, hubo 1,589 registros inicialmente de novillos y vaquillas. El punto final objetivo fue 12.2 mm de grasa posterior. La fecha de recolección fue predicha del punto final económico óptimo para el animal. Los grupos contemporáneos incluyeron la fuente y el sexo. Se supuso que el tipo de reproducción se confundió con la fuente. El conjunto de datos final incluyó el número de registro basados en los fenotipos y genotipos disponibles para cada atributo . Los atributos probados son: peso del canal caliente (HCW, Ib) , área de ribeye (REA, pg2) , área de ribeye por ciento en peso HCW (REA/cwt HCW, pg2/100 Ib de peso del canal caliente (HCW) , valor del peso del canal caliente (HCW valor, $), peso vivo calculado (Cale Lv Wt, Ib), ingesta de materia seca (DMI, Ib), días en el alimento (DOF, d) , ingesta de materia seca por día en el alimento (DMI por DOF, lb/d) , ganancia diaria promedio (ADG, lb/d), porcentaje de abono (DP, %), espesor de grasa posterior (BFAT, pg) , grado de rendimiento calculado (cYG) , grado de calidad, menor que o igual a la selección contra mayor que o igual a la elección (QG, < Se vs, > Ch) , contenido de grasa intramuscular (IMF%, %), registro de marmoleo (MBS, 10 a 99), registro de marmoleo dividido entre días en el alimento (MBS/DOF) , valor del canal adicional (valor del canal adicional, , $), retorno neto ajustado -- todos los costos removidos (retorno neto ajust. -- todos los costos removidos, $) y retorno neto ajustado — valor del animal inicial no removido (retorno neto ajust. — valor de animal inicial no removido, $) . Los modelos de análisis fueron el genotipo, en donde los genotipos se ajustaron como efectos fijos y sustitución aditiva o de alelo, que mostró la regresión en el número de alelos (0, 1, 2) . Ambos modelos se ajustan con las combinaciones de 2 marcadores. Otro modelo de análisis es el haplotipo, que muestra la regresión sobre el haplotipo (esperado) cuando se ajustan múltiples marcadores TFAM. Asociaciones de marcadores individuales significantes se presentan en la Tabla 4 y las combinaciones de 2 marcadores significantes se presentan en la Tabla 5. t O Tabla 4 : Análisis de un Solo Marcador para TFAM-1, TFAM-2 y FABP4 Ajuste de marcadores para sustitución de alelo: A para TFAM1 ; C para TFAM2 y FABP4 Los registros de marmoleo varían de 10 a 99; 10 = PDO = Std, 99 = A90 = Prime QG Ch (1 , 2 , 5 , 9 , 20) implica Ch o mejor - incluye Prime, Ch , CAB, Sterling Silver y Angus Pride; Alterno incluyó Se , No Roll , Dark cutter y Hard bone Tabla 5 : Análisis de dos Marcadores para TFAM-1, TFAM-2 y FABP4 Ajuste de marcadores para la sustitución de alelo: A para TFAM1 ; C para TFAM2 y FABP4 Los registros de marmoleo varían de 10 a 99; 10 = PDO = Std, 99 = A90 = Prime QG Ch (1 ,2 ,5 , 9 , 20) implica Ch o mejor - incluye Prime, Ch, CAB, Sterling y Angus Pride; Alterno incluyó Se, No Roll, Dark cutter y Hard bone Ejemplo 4 La FIG. 7 muestra un diagrama de flujo de la entrada de datos y la salida de resultados del análisis y la correlación de los datos que pertenecen a lo reproducción, historias veterinarias y requerimientos de desempeño de un grupo de animales tal como de bovinos. El diagrama de flujo ilustrado en la figura FIG. 7 además indica el flujo interactivo de datos del dispositivo asistido por computadora a un grupo de estudiantes que aprenden el uso del método de la invención y la correlación de tales datos interactivos para . presentar una salida como un diagrama circular que indica el progreso de la clase. El diagrama de flujo además indica modificaciones del método de la invención de acuerdo con la información recibida de los estudiantes para avanzar el proceso de enseñanza u optimizar el método para satisfacer las necesidades de los estudiantes. La FIG. 8 ilustra relaciones potenciales entre los elementos de datos que son introducidos en el sistema. Las flechas unidireccionales indican, por ejemplo, que un establo es típicamente propiedad de solamente una granja, mientras que una granj.a puede tener varios establos. De manera similar, una preinscripción puede incluir productos veterinarios . La FIG. 9A ilustra el flujo de eventos en el uso del sistema basado en computadora portátil para la entrada de datos de la reproducción y crianza de una manada de vacas. La FIG. 9B ilustra el flujo de eventos a través de las subrutinas relacionadas con la entrada de datos concernientes al manejo de la granja. La FIG. 9C ilustra el flujo de eventos a través de la subrutina relacionados con la entrada de datos concernientes con datos específicos a una compañía. La FIG. 10 ilustra un diagrama de flujo de la entrada de datos y la salida de resultados del análisis y la correlación de los datos que pertenecen a la reproducción, historias veterinarias y requerimientos de desempeño de un grupo de animales. La invención es además descrita por los siguientes párrafos numerados: 1. Un método para subagrupar animales de acuerdo con el genotipo en donde los animales de cada subgrupo tienen un polimorfismo similar en un gen del factor ? de transcripción mitocóndrico ("TFAM") que comprende: (a) determinar el genotipo de cada animal que es subagrupado al determinar la presencia de un polimorfismo de nucleótido individual en el gen TFAM, y (b) segregar animales individuales en subgrupos en donde cada animal en un subgrupo tiene un polimorfismo similar en el gen TFAM. 2. Un método para subagrupar animales de acuerdo con el genotipo en donde los animales de cada subgrupo tienen un genotipo similar en el gen TFAM que comprende: (a) determinar el genotipo de cada animal que es subagrupado al determinar la presencia de un polimorfismo ( s ) de nucleótido individual de interés en el gen TFAM, (b) segregar animales individuales en subgrupos dependiendo de si los animales tienen, o no tienen, el polimorfismo ( s ) de nucleótido individual de interés en el gen TFAM. 3. El método de los párrafos 1 o 2, en donde el polimorfismo ( s ) de nucleótido individual de interés se selecciona del grupo que consiste de una sustitución de A a C en la posición de nucleótido -1220 en el promotor del gen TFAM, una sustitución de T a C en la posición -1212 en el promotor del gen TFAM y una sustitución de T a C en la posición -995 en el promotor del gen TFAM. 4. Un método para subagrupar animales de acuerdo con el genotipo en donde los animales de cada subgrupo tienen un genotipo similar en el gen TFAM que comprende: (a) determinar el genotipo de cada animal que es subagrupado al determinar la presencia de una sustitución de A a C en la posición de nucleótido -1220 en el promotor del gen TFAM, una sustitución de T a C en la posición -1212 en el promotor del gen TFAM y una. sustitución de T a C en la posición -995 en el promotor del gen TFAM, y (b) segregar animales individuales en subgrupos dependiendo de si los animales tienen, o no tienen, una sustitución de A a C en la posición de nucleótido -1220 en el promotor del gen TFAM, una sustitución de T a C en la posición -1212 en el promotor del gen TFAM y una sustitución de T a C en la posición -995 en el promotor del gen TFAM. 5. Un método para identificar un animal que tiene un fenotipo deseable como es comparado con la población general de animales de esa especie, que comprende determinar la presencia de un polimorfismo de nucleótido individual en el gen TFAM del animal, en donde el polimorfismo se selecciona del grupo que consiste de una sustitución de A a C en la posición de nucleótido -1220 en el promotor del gen TFAM, una sustitución de T a C en la posición -1212 en el promotor del gen TFAM y una sustitución de T a C en la posición -995 en el promotor del gen TFAM en donde el polimorfismo de nucleótido individual es indicativo de un fenotipo deseable. 6. El método del párrafo 5, en donde el fenotipo deseable es la ingesta de alimento, proporción de crecimiento, peso del cuerpo, valia y composición del canal, rendimiento de leche o cualquier combinación de los mismos. 7. El método del párrafo 5 o 6, en donde el fenotipo deseable es el valor del canal adicional (valor del canal adicional, $), ganancia diaria promedio (ADG, lb/d) , espesor de grasa posterior (BFAT, pg) , peso vivo calculado (Cale Lv Wt, Ib) , grado de rendimiento calculado (cYG), días en el alimento (DOF, d) , porcentaje de abono (DP, %), ingesta de materia seca (DMI, Ib) , ingesta de materia seca por día en el alimento (DMI por DOF, lb/d) , peso del canal caliente (HCW, Ib), valor del peso del canal caliente (HCW valor, $), contenido de grasa intramuscular (IMF%, %), registro de marmoleo (MBS, 10 a 99) , registro de marmoleo dividido entre días en el alimento (MBS/DOF) , grado de calidad, menor que o igual a la selección contra mayor que o igual a la elección (QG, < Se vs, > Ch) , área de ribeye (REA, pg2) , área de ribeye por ciento en peso HCW (REA/cwt HCW , pg2/100 Ib de peso del canal caliente (HCW) , profundidad de grasa subcutánea (SFD) o cualquier combinación de los mismos. 8. El método de cualquiera de los párrafos 1 a 7 en donde el animal es un bovino. 9. El método de cualquiera de los párrafos 1 a 8 en donde el gen TFAM es un gen TFAM bovino. 10. Un método asistido por computadora interactivo para rastrear la crianza de bovinos de ganado que comprende, usar un sistema de computadora que comprende una computadora programada que comprende un procesador, un sistema de almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada, un dispositivo de salida y un dispositivo interactivo, las etapas de: (a) introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada datos que comprenden una historia de reproducción de un bovino o manada de bovinos, (b) introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada datos que comprenden una historia veterinaria de un bovino o manada de bovinos, (c) correlacionar los datos veterinarios con la historia de reproducción del bovino o manadas de bovinos usando el procesador y el sistema de almacenamiento de datos, y (d) hacer salir al dispositivo de salida a la historia de reproducción de historia veterinaria del bovino o manada de bovinos . 11. El método de acuerdo con el párrafo 10, en donde el sistema de computadora es un sistema interactivo mediante lo cual las modificaciones a la salida del método asistido por computadora puede ser correlacionado de acuerdo con la entrada del dispositivo interactivo. 12. El método de acuerdo con el párrafo 10 o 11, además que comprende las etapas de introducir en la computadora programada datos de diagnóstico relacionados con la salud de la vaca o manadas de vacas; y correlacionar los datos de diagnóstico con la reproducción e historias veterinarias de la vaca o manada de vacas. 13. El método de acuerdo con cualquiera de los párrafos 10 a 12, en donde los datos veterinarios comprenden un registro de vacunación para una vaca o manada de vacas. 14. El método de acuerdo con cualquiera de los párrafos 10 a 13, en donde los datos de salud se seleccionan del grupo que consiste de datos de condición de crianza, historia de la manada y datos de seguridad del alimento. 15. El método de acuerdo con cualquiera de los párrafos 10 a 14, además que comprende por lo menos una etapa adicional seleccionada del grupo que consiste de introducir en la computadora programada datos relacionados con el control de calidad del bovino o manada de bovinos y correlacionar los datos de control de calidad con la reproducción y las historias veterinarias de la vaca o manada de vacas, introducir en la computadora programada los parámetros de desempeño de la vaca o manada de vacas; y correlacionar los parámetros de desempeño requeridos del bovino o manada de bovinos a un requerimiento de desempeño especifico de un cliente, correlacionar los datos de vacuna a los parámetros de desempeño del bovino o manada de bovinos, correlacionar la manada con los parámetros de desempeño del bovino o manada de bovinos, correlacionar los datos de seguridad del alimento con los parámetros de desempeño del bovino o manada de bovinos, correlacionar los datos de condición de crianza con lo parámetros de desempeño del bovino o manada de bovinos, introducir en la computadora programada datos relacionados con los datos nutricionales del bovino o manada de bovinos; y correlacionar los datos nutricionales con los parámetros de desempeño del bovino o manada de bovinos, y alertar a los cambios indeseables en los parámetros de desempeño en el bovino o manada de bovinos. 16. El método de acuerdo con cualquiera de los párrafos 10 a 15, que además comprende las etapas de introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada datos que comprenden un genotipo de un bovino; correlacionar una característica física predicha por el genotipo usando el procesador y el sistema de almacenamiento de datos; y hacer salir al dispositivo de salida la característica física correlacionada con el genotipo para un bovino o población de bovinos y alimentar al animal (s) con una dieta basada en la característica física, para de esa manera mejorar la producción del bovino. 17. El método asistido por computadora de acuerdo con cualquiera de los párrafos 10 a 16 para optimizar la eficiencia de los lotes de alimento para el ganado que comprende hacer salir del dispositivo de salida la reproducción e historia veterinaria del bovino o manada de bovinos y alimentar el animal (s) con una dieta basada en su reproducción e historias veterinarias, para de esta manera optimizar la eficiencia de los lotes de alimentación para el bovino o manada de bovinos. 18. Un método para transmitir datos que comprenden la transmisión de información de tales métodos de acuerdo con cualquiera de los párrafos 10 a 16, seleccionado del grupo que consiste de telecomunicación teléfono, videoconferencia , comunicación masiva, una presentación, una presentación en computadora, una presentación de POWERPOINT™, Internet, correo electrónico y comunicación documental. 19. Un sistema de computadora interactivo de acuerdo con cualquiera de los párrafos 10 a 16 para rastrear la reproducción y las historias de bienestar de vacas que comprenden la reproducción y datos veterinarios correspondientes a un bovino o manada de bovinos y en donde el sistema de computadora se configura para permitir al operador del mismo intercambiar datos con el dispositivo o con una base de datos remota. 20. El sistema de computadora interactivo de acuerdo con el párrafo 19, en donde los dispositivos de entrada y salida son un asistente digital personal o una computadora de bolsillo. 21. Un método para hacer negocio para rastrear la reproducción e historias de bienestar del ganado que comprenden la reproducción y datos veterinarios correspondientes a uno o más animales de ganado que comprende proporcionar a un usuario el sistema de computadora del párrafo 19. 22. Un método para hacer negocio para rastrear la reproducción e historias de bienestar del ganado que comprende la reproducción y datos veterinarios correspondientes a uno o más animales de ganado que comprende proporcionar a un usuario el sistema de computadora del párrafo 20. 23. El método para hacer negocio de acuerdo con el párrafo 21, que además comprende proporcionar al propietario del animal o cliente con equipo de recolección de muestra, tales como torundas y etiquetas útiles para recolectar muestras de las cuales se pueden obtener datos genéticos, y en donde las etiquetas son opcionalmente empaquetadas en un contenedor que es codificado con leyendas de identificación. 24. El método para hacer negocio de acuerdo con cualquiera de los párrafos 10 a 16, en donde el sistema de computadora además comprende una pluralidad de dispositivos interactivos y en donde el método además comprende las etapas de recibir datos de los dispositivos interactivos, compilar los datos, hacer salir los datos para indicar la respuesta de un estudiante o clase de estudiantes a una pregunta relacionada con la operación del método asistido por computadora, y opcionalmente modificar la operación del método asistido por computadora de acuerdo con la indicación de la respuesta. 25. El método de cualquiera de los párrafos 8 a 24, en donde los datos comprenden la presencia o ausencia de uno o más de un polimorfismo ( s ) de nucleótido individual de interés en el gen TFAM. 26. El método del párrafo 25, en donde el polimorfismo ( s ) de nucleótido individual es seleccionado del grupo que consiste de una sustitución de A a C en la posición de nucleótido -1220 en el promotor del gen TFAM, una sustitución de T a C en la posición -1212 en el promotor del gen TFAM y una sustitución de T a C en la posición -995 en el promotor del gen TFAM. * * * Habiéndose descrito de esta manera en detalle las modalidades preferidas de la presente invención, se va a entender que la invención definida por los párrafos anteriores no va a ser limitada a los detalles particulares expuestos en la descripción anterior ya que muchas variaciones evidentes . de las mismas son posibles sin apartarse del espíritu o alcance de la presente invención.

Claims (1)

1. REIVINDICACIONES 1. Un método para identificar un animal que tiene peso vivo calculado (Cale Lv Wt, Ib) deseable, grado de rendimiento calculado (cYG) , días en el alimento (DOF, d) , ingesta de materia seca (DMI, Ib), ingesta de materia seca por día en el alimento (DMI por DOF, Ib/d), peso del canal caliente (HCW, Ib) , valor del peso del canal caliente (HCW valor, $), contenido de grasa intramuscular (IMF%, %), registro de marmoleo (MBS, 10 a 99) , registro de marmoleo dividido entre días en el alimento (MBS/DOF) , grado de calidad, menor que o igual a la selección contra mayor que o igual a la elección (QG, < Se vs, > Ch) , área de ribeye (REA, pg2) , área de ribeye por ciento en peso HCW (REA/cwt HCW, pg2/100 Ib de peso del canal caliente (HCW) , o una combinación de los mismos, como es comparado con la población general de animales de esa especie, caracterizado porque comprende determinar la presencia de un polimorfismo de nucleótido individual en un gen del factor A de transcripción mitocóndrico ("TFAM") del animal, la presencia de un polimorfismo de nucleótido individual en el gen TFAM del animal, en donde el polimorfismo de nucleótido individual es indicativo de peso vivo calculado (Cale Lv Wt, Ib) deseable, grado de rendimiento calculado (cYG) , días en el alimento (DOF, d) , ingesta de materia seca (DMI, Ib), ingesta de materia seca por día en el alimento (DMI por DOF, lb/d) , peso del canal caliente (HCW, Ib) , valor del peso del canal caliente (HCW valor, $), contenido de grasa intramuscular (IMF%, %), registro de marmoleo (MBS, 10 a 99), registro de marmoleo dividido entre días en el alimento (MBS/DOF) , grado de calidad, menor que o igual a la selección contra mayor que o igual a la elección (QG, < Se vs, > Ch) , área de ribeye (REA, pg2) , área de ribeye por ciento en peso HCW (REA/cwt HCW, pg2/100 Ib de peso del canal caliente (HCW) , o una combinación de los mismos. 2. El método de conformidad con la reivindicación 1, que además comprende subagrupar animales de acuerdo con el genotipo, en donde los animales de cada subgrupo tienen un polimorfismo similar en el gen TFAM, el método caracterizado porque comprende: (a) determinar el genotipo de cada animal que es subagrupado al determinar la presencia de un polimorfismo de nucleótido individual en el gen TFAM, y (b) segregar animales individuales en subgrupos dependiendo de si los animales tienen, o no tienen, el polimorfismo de nucleótido individual de interés en el gen TFAM. 3. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el polimorfismo ( s ) de nucleótido individual de interés se selecciona del grupo que consiste de una sustitución de A a C en la posición de nucleótido -1220 en el promotor del gen TFAM, una sustitución de T a C en la posición -1212 en el promotor del gen TFAM y una sustitución de T a C en la posición -995 en el promotor del gen TFAM. 4. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el animal es un bovino. 5. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el gen TFAM es un gen TFAM bovino. 6. Un método asistido por computadora interactivo para rastrear la crianza de bovinos de ganado, caracterizado porque comprende, usar un sistema de computadora que comprende una computadora programada que comprende un procesador, un sistema de almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada, un dispositivo de salida y un dispositivo interactivo, las etapas de: (a) introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada datos que comprenden una historia de reproducción de un bovino o manada de bovinos y un genotipo de un bovino; correlacionar una característica física predicha por el genotipo usando el procesador y el sistema de almacenamiento de datos, (b) introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada datos que comprenden una historia veterinaria de un bovino o manada de bovinos, (c) correlacionar los datos veterinarios con la historia de reproducción del bovino o manada de bovinos usando el procesador y el sistema de almacenamiento de datos, y (d) hacer salir del dispositivo de salida la historia de reproducción, la historia veterinaria del bovino o manada de bovinos y la característica física correlacionada con el genotipo para un bovino o población de bovinos, en donde la característica física es el peso vivo calculado (Cale Lv Wt, Ib) deseable, grado de rendimiento calculado (cYG) , días en el alimento (DOF, d) , ingesta de materia seca (DMI, Ib), ingesta de materia seca por día en el alimento (DMI por DOF, lb/d) , peso del canal caliente (HCW, Ib), valor del peso del canal caliente (HCW valor, $), contenido de grasa intramuscular (IMF%, %), registro de marmoleo (MBS, 10 a 99) , registro de marmoleo dividido entre días en el alimento (MBS/DOF) , grado de calidad, menor que o igual a la selección contra mayor que o igual a la elección (QG, < Se vs, > Ch) , área de ribeye (REA, pg2) , área de ribeye por ciento en peso HCW (REA/cwt HCW, pg2/100 Ib de peso del canal caliente (HCW) , o una combinación de los mismos, como es comparado con la población general de bovinos, y el genotipo es un polimorfismo de nucleótido individual en un gen TFAM. 1. El método de conformidad con la reivindicación 6, caracterizado porque el sistema de computadora es un sistema interactivo mediante lo cual las modificaciones a la salida del método asistido por computadora se pueden correlacionar de acuerdo con la entrada del dispositivo interactivo . 8. El método de conformidad con la reivindicación 6, caracterizado porque el método además comprende las etapas de introducir en la computadora programada datos de diagnóstico relacionados con la salud de la vaca o manada de vacas; y correlacionar los datos de diagnóstico con las historias de reproducción y veterinarias de la vaca o manada de vacas. 9. El método de conformidad con la reivindicación 6, caracterizado porque los datos veterinarios comprenden un registro de vacunación para una vaca o manada de vacas. 10. El método de conformidad con la reivindicación 6, caracterizado porque los datos de salud se seleccionan del grupo que consiste de los datos de condición de crianza, historia de la manada y datos de seguridad del alimento. 11. El método de conformidad con la reivindicación 6, caracterizado porque el método además comprende por lo menos una etapa adicional seleccionada del grupo que consiste de introducir en la computadora programada datos relacionados con el control de calidad del bovino o manada de bovinos y correlacionar los datos de control de calidad con las historias de reproducción y veterinaria de la vaca o manadas de vacas, introducir en la computadora programada parámetros de desempeño de la vaca o manada de vacas; y correlacionar los parámetros de desempeño requeridos del bovino o manada de bovino con un requerimiento de desempeño especifico de un cliente, correlacionar los datos de vacuna con los parámetros de desempeño del bovino o manada de bovinos, correlacionar la manada con los parámetros de desempeño del bovino o manada de bovinos, correlacionar los datos de seguridad del alimento con los parámetros de desempeño del bovino o manada de bovinos, correlacionar los datos de condición de crianza con los parámetros de desempeño del bovino o manada de bovinos, introducir en la computadora programada datos relacionados con los datos nutricionales del bovino o manada de bovinos; y correlacionar los datos nutricionales con los parámetros de desempeño del bovino o manada de bovinos, y alertar a los cambios indeseables en los parámetros de desempeño del bovino o manada de bovinos. 12. El método de conformidad con la reivindicación 6, caracterizado porque el polimorfismo ( s ) de nucleótido individual de interés se selecciona del grupo que consiste de una sustitución de A a C en la posición de nucleótido -1220 en el promotor del gen TFAM, una sustitución de T a C en la posición -1212 en el promotor del gen TFAM y una sustitución de T a C en la posición -995 en el promotor del gen TFAM. 13. Un método para transmitir datos, caracterizado porque comprende la transmisión de información de conformidad con la reivindicación 6, seleccionado del grupo que consiste de telecomunicación, teléfono, video conferencia, comunicación masiva, una presentación, una presentación en computadora, una presentación de POWERPOINT™, internet, correo electrónico y comunicación documental. 14. Un sistema de computadora interactivo de conformidad con la reivindicación 6, caracterizado porque es para rastrear las historias de reproducción y de bienestar de vacas que comprenden datos de reproducción y veterinarios correspondientes a un bovino o manada de bovinos, y en donde el sistema de computadora es configurado para permitir al operador del mismo intercambiar datos con el dispositivo o una base de datos remota. 15. El sistema de computadora interactivo de conformidad con la reivindicación 14, caracterizado porque los dispositivos de entrada y de salida son un asistente digital personal o una computadora de bolsillo. 16. Un método para hacer negocio para rastrear las historias de reproducción y de bienestar de ganado que comprenden datos de reproducción y veterinarios correspondientes a uno o más animales de ganado, caracterizado porque comprende proporcionar a un usuario el sistema de computadora de la reivindicación 1 . 17. Un método para hacer negocio para rastrear las historias de reproducción y de bienestar de ganado que comprenden datos de reproducción y veterinarios correspondientes a uno o más animales de ganado, caracterizado porque comprende proporcionar a un usuario el sistema de computadora de la reivindicación 14. 18. El método para hacer negocio de conformidad con la reivindicación 16, caracterizado porque .además comprende proporcionar al propietario del animal o cliente con equipo de recolección de muestra, tales como torundas y etiquetas útiles para recolectar muestras de las cuales se pueden obtener datos genéticos, y en donde las etiquetas son opcionalmente empaquetadas en un contenedor que es codificado con leyendas de identificación. 19. El método para hacer negocio de conformidad con la reivindicación 16, caracterizado porque el sistema de computadora además comprende una pluralidad de dispositivos interactivos y el donde el método además comprende las etapas de recibir datos de los dispositivos interactivos, compilar los datos, hacer salir los datos para indicar la respuesta de un estudiante o clase de estudiantes a una pregunta relacionada con la operación del método asistido por computadora, y opcionalmente modificar la operación del método asistido por computadora de acuerdo con la indicación de la respuesta.