MX2008012173A - Composiciones de arnds y métodos para el tratamiento de infecciones por el virus de papiloma humano (hpv). - Google Patents
Composiciones de arnds y métodos para el tratamiento de infecciones por el virus de papiloma humano (hpv).Info
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Abstract
La invención se refiere a un ácido ribonucleico de doble cadena (ARNds) para el tratamiento de infección por el virus de papiloma humano (HPV). El ácido ribonucleico de doble cadena comprende una cadena anti-sentido que tiene una secuencia de nucleótidos que es de menos de 30 nucleótidos de longitud, en general de 19 a 25 nucleótidos de longitud, y que es sustancialmente complementaria para cuando menos una parte de un gen objetivo del virus de papiloma humano seleccionado de entre el gen E1 de HPV, el gen E6 de HPV, y el gen E6AP humano. La invención también se refiere a una composición farmacéutica que comprende el ácido ribonucleico de doble cadena, junto con un vehículo farmacéuticamente aceptable; a métodos para el tratamiento de las enfermedades causadas por infección por el virus de papiloma humano, y la expresión del gen E6AP, utilizando la composición farmacéutica; y a métodos para inhibir la expresión de los genes objetivo del virus de papiloma humano en una célula.
Description
COMPOSICIONES DE ARNds Y MÉTODOS PARA EL TRATAMIENTO DE INFECCIONES POR EL VIRUS DE PAPILOMA
HUMANO (HPV)
Campo de la Invención Esta invención se refiere a un ácido ribonucleico de doble cadena (ARNds), y a su uso en la mediación de la interferencia del ARN para tratar procesos patológicos mediados por la infección del virus de papiloma humano (HPV), tales como cáncer cervical, cáncer anal, lesiones precancerosas asociadas con el virus de papiloma humano, y verrugas genitales. Antecedentes de la Invención Los virus de papiloma (PV) son virus de ADN sin envoltura que inducen lesiones híper-proliferativas del epitelio. Los virus de papiloma están ampliamente extendidos en la naturaleza, y han sido reconocidos en los vertebrados superiores. Los virus se han caracterizado, entre otros, a partir de seres humanos, reses, conejos, caballos, y perros. El primer virus de papiloma fue descrito en 1933 como el virus de papiloma de conejo de cola de algodón (CRPV). Desde entonces, el conejo de cola de algodón, así como el virus de papiloma bovino tipo 1 (BPV-1) han servido como los prototipos experimentales para los estudios sobre los virus de papiloma. La mayoría de los virus de papiloma de los animales están asociados con lesiones proliferativas puramente epiteliales, y la mayoría de las lesiones en los animales son cutáneas. En el ser
humano, se han identificado más de 100 tipos de virus de papiloma (HPV), y se han catalogado por el sitio de la infección: epitelio cutáneo y epitelio mucoso (mucosa oral y genital). Las enfermedades relacionadas con el epitelio cutáneo incluyen verrugas planas, verrugas plantares, etc. Las enfermedades relacionadas con el epitelio mucoso incluyen papilomas de laringe y enfermedades anogenitales que comprenden carcinomas cervicales (Fields, 1996, Virology, 3a Edición, Lippincott--Raven Pub., Filadelfia, N. Y.; Bernard, H. U., 2005. J. Clin. Virol. 328:S1-S6). El virus de papiloma humano (HPV) es una de las infecciones sexualmente transmitidas más prevalecientes en el mundo. La mayoría de las infecciones por el virus de papiloma humano son inocuas. Algunos tipos de virus de papiloma humano provocan verrugas genitales, que aparecen como protuberancias individuales o múltiples en las áreas genitales de los hombres y de las mujeres, incluyendo la vagina, el cérvix, la vulva (área exterior de la vagina), el pene, y el recto. Muchas personas infectadas con el virus de papiloma humano no tienen síntomas. Aunque la mayoría de los subtipos de virus de papiloma humano dan como resultado lesiones benignas, ciertos subtipos se consideran de alto riesgo, y pueden conducir a lesiones más serias, tales como displasia cervical y anal. Recientemente se clasificaron quince tipos de virus de papiloma humano como los tipos de alto riesgo (Muñoz, N. y colaboradores, 2003. N. Engl. J. Med. 348(6):518-27.) Estos subtipos de alto riesgo son en general
diversos, demostrando una divergencia de secuencias >10% en el gen L1, una proteína de capsida viral mayor. (Bernard, H. U., 2005. J. Clin. Virol. 328:S1-S6). Las mujeres que tiene la infección por el virus de papiloma humano con frecuencia son asintomáticas, y pueden descubrir solamente su lesión después de un rastreo cervical. El rastreo cervical se lleva a cabo ampliamente utilizando la prueba Pap. Una prueba Pap es una evaluación histológica del tejido cervical que se utiliza para identificar células cervicales anormales. Como parte de una prueba Pap, se puede determinar la presencia de la infección por el virus de papiloma humano y el subtipo específico, con el uso de ensayos basados en ácidos nucleicos, tales como reacción en cadena de la polimerasa, o la técnica comercial Hybrid Capture II (HCII) (Digene, Gaithersburg, Maryland, EAU). Las células cervicales anormales, si se identifican, se califican como LSIL (lesiones intraepiteliales escamosas de grado bajo), que tienen un bajo riesgo de progresar hasta cáncer (incluyendo las células designadas como CIN-1 ("neoplasia intraepitelial cervical-1 ")); ó HSIL (lesiones intraepiteliales escamosas de grado alto), incluyendo las células designadas como CIN-2 y CIN-3, que tienen una mayor probabilidad de progresar hasta cáncer. Aproximadamente del 85 por ciento de las lesiones de grado bajo se revierten espontáneamente, y el resto quedan sin cambios, o progresan hasta lesiones de grado alto. Se espera que
aproximadamente el 10 por ciento de las lesiones de grado alto, si se dejan sin tratamiento, se transformen en tejidos cancerosos. HPV-16 y HPV-18 están más frecuentemente asociados con displasias, aunque otros diferentes subtipos del virus de papiloma humano transformantes también están asociados con displasias. Los estudios recientes indican que hasta el 89 por ciento de los hombres homosexuales positivos para el virus de inmunodeficiencia humana pueden estar infectados con estos subtipos de alto riesgo del virus de papiloma humano. Los pacientes positivos para el virus de inmunodeficiencia humana también tienen más probabilidades de infectarse con múltiples subtipos del virus de papiloma humano al mismo tiempo, lo cual está asociado con un riesgo más alto de progreso hasta displasia. La evidencia durante las últimas dos décadas ha conducido a una amplia aceptación de que la infección por el virus de papiloma humano es necesaria, aunque no suficiente, para el desarrollo de cáncer cervical. La presencia del virus de papiloma humano en el cáncer cervical se estima en un 99.7 por ciento. Se piensa que el cáncer anal tiene una asociación similar entre la infección por el virus de papiloma humano y el desarrollo de displasia anal y cáncer anal, como es el caso con el cáncer cervical. En un estudio de pacientes negativos para el virus de inmunodeficiencia humana con cáncer anal, se encontró la infección por el virus de papiloma humano en el 88 por ciento de los cánceres anales. En los Estados Unidos, en el 2003, se predijeron 12,200 nuevos casos de cáncer
cervical y 4,100 muertes por cáncer cervical, junto con 4,000 nuevos casos de cáncer anal, y 500 muertes por cáncer anal. Aunque ha disminuido la incidencia del cáncer cervical en las últimas cuatro décadas, debido al rastreo preventivo ampliamente extendido, sigue aumentando la incidencia del cáncer anal. El aumento en la incidencia del cáncer anal se puede atribuir en parte a la infección por el virus de inmunodeficiencia humana, debido a que los pacientes positivos para el virus de inmunodeficiencia humana tienen una incidencia más alta de cáncer anal que la población en general. Aunque el cáncer anal tiene una incidencia de 0.9 casos por 100,000 en la población en general, el cáncer anal tiene una incidencia de 35 casos por 100,000 en la población masculina homosexual, y de 70 a 100 casos por 100,000 en la población masculina homosexual positiva para el virus de inmunodeficiencia humana. De hecho, debido a la alta prevalencia de la displasia anal entre los pacientes infectados por el virus de inmunodeficiencia humana, y a una tendencia creciente de cánceres anales, los Lineamientos para el Tratamiento de Infecciones Oportunistas en los Pacientes Positivos para el Virus de Inmunodeficiencia Humana de USPHA/IDSA de 2003, incluirán lineamientos de tratamiento para los pacientes diagnosticados con displasia anal. No existe una cura conocida para la infección por el virus de papiloma humano. Existen tratamientos para las verrugas genitales, aunque con frecuencia desaparecen inclusive sin tratamiento. El método de tratamiento depende de factores tales
como el tamaño y la localización de las verrugas genitales. Entre los tratamientos empleados están la crema Imiquimod, solución antimitótica de podofilina al 20 por ciento, solución de podofiloxal 0.5 por ciento, crema de 5-fluoro-uracilo al 5 por ciento, y ácido tricloro-acético. El uso de podofilina o podofilox no se recomienda para las mujeres embarazadas, debido a que son absorbidos por la piel, y pueden provocar defectos del nacimiento. El uso de la crema de 5-fluoro-uracilo tampoco se recomienda para las mujeres embarazadas. Las pequeñas verrugas genitales se pueden remover físicamente mediante congelación (criocirugía) , quemadura (electro-cauterización), o tratamiento con láser. Las verrugas grandes que no hayan respondido a otro tratamiento, pueden tener que removerse mediante cirugía. Se ha sabido que las verrugas genitales regresan después de su remoción física; en estos casos, se ha inyectado directamente el interferón-a en estas verrugas. Sin embargo, el interferón-a es costoso, y su uso no reduce el índice de retorno de las verrugas genitales. Como tal, existe una necesidad insatisfecha de un tratamiento efectivo para el virus de papiloma humano. De una manera sorprendente, se han descubierto compuestos que satisfacen esta necesidad, y que también proporcionan otros beneficios. Recientemente, se ha demostrado que las moléculas de ARN de doble cadena (ARNds) bloquean la expresión genética en un mecanismo regulador altamente conservado conocido como interferencia de ARN (ARNi). La Publicación Internacional Número
WO 99/32619 (Fire y colaboradores) da a conocer el uso de un ARNds de cuando menos 25 nucleótidos de longitud, para inhibir la expresión de genes en C. elegans. También se ha demostrado que el ARNds degrada el ARN objetivo en otros organismos, incluyendo plantas (véase, por ejemplo, la Publicación Internacional Número WO 99/53050, Waterhouse y colaboradores; y la Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 99/61631, Heifetz y colaboradores), Drosophila (véase, por ejemplo, Yang, D., y colaboradores, Curr. Biol. (2000) 10:1191-1200), y en mamíferos (véase la Publicación Internacional Número WO 00/44895, Limmer; y la Patente Alemana No. DE 101 00 586.5, Kreutzer y colaboradores). Este mecanismo natural ahora ha llegado a ser el enfoque para el desarrollo de una nueva clase de agentes farmacéuticos para el tratamiento de trastornos que sean causados por la regulación aberrante o indeseada de un gen. La Publicación del TCP Número WO 03/008573 da a conocer un esfuerzo previo por desarrollar un medicamento basado en ácido nucleico para el tratamiento de una enfermedad provocada por la infección del virus de papiloma humano. Esta publicación reporta el uso de dos ARNsis dirigidos hacia el ARNm del virus de papiloma humano, para inhibir la réplica del virus de papiloma humano en un sistema basado en células; se encuentra una publicación relacionada en Jiang, M. y colaboradores, 2005. N. A. R. 33(18): e151. A pesar de los avances significativos en el campo del ARNi,
y de los avances en el tratamiento de los procesos patológicos mediados por la infección por el virus de papiloma humano, queda una necesidad de agentes que puedan inhibir el progreso de la infección por el virus de papiloma humano, y que puedan tratar las enfermedades asociadas con la infección por virus de papiloma humano. El desafío es exacerbado, debido a que estos agentes se deben diseñar para inhibir todos los subtipos de virus de papiloma humano de alto riesgo, que juntos exhiben un amplio grado de diversidad genotípica. Breve Descripción de la Invención La invención proporciona una solución al problema de tratar las enfermedades asociadas con la infección por el virus de papiloma humano, mediante la utilización de un ácido ribonucleico de doble cadena (ARNds) para silenciar la expresión genética esencial para la propagación del virus de papiloma humano. E6AP es un gen conservado de la especie huésped humana requerido por el virus de papiloma humano para su proliferación. La invención proporciona un ácido ribonucleico de doble cadena (ARNds), así como composiciones y métodos para inhibir la expresión del gen E6AP en una célula o en un mamífero, utilizando este ARNds. La invención también proporciona composiciones y métodos para el tratamiento de condiciones y enfermedades patológicas causadas por la expresión del gen E6AP en relación con la infección por el virus de papiloma humano, tal como en el cáncer cervical y en las verrugas genitales. El ARNds de la invención
comprende una cadena de ARN (la cadena anti-sentido) que tiene una región que es de menos de 30 nucleótidos de longitud, en general de 19 a 24 nucleótidos de longitud, y es sustancialmente complementaria para cuando menos parte de una transcripción de ARNm del gen E6AP. En una modalidad, la invención proporciona moléculas de ácido ribonucleico de doble cadena (ARNds) para inhibir la expresión del gen E6AP. El ARNds comprende cuando menos dos secuencias que son complementarias una para la otra. El ARNds comprende una cadena en sentido que comprende una primera secuencia, y una cadena anti-sentido que comprende una segunda secuencia. La cadena anti-sentido comprende una secuencia de nucleótidos que es sustancialmente complementaria para cuando menos parte de un ARNm que codifica E6AP, y la región de complementariedad es de menos de 30 nucleótidos de longitud, en general de 19 a 24 nucleótidos de longitud. El ARNds, al ponerse en contacto con una célula que exprese el E6AP, inhibe la expresión del gen E6AP por cuando menos el 40 por ciento. Por ejemplo, las moléculas de ARNds de la invención pueden estar comprendidas de una primera secuencia del ARNds, que se selecciona a partir del grupo que consiste en las secuencias en sentido de la Tabla 1 , y la segunda secuencia se selecciona a partir del grupo que consiste en las secuencias anti-sentido de la Tabla 1. Las moléculas de ARNds de la invención pueden estar comprendidas de nucleótidos que se presenten naturalmente, o
pueden estar comprendidas de cuando menos un nucleótido modificado, tal como el nucleótido modificado por 2'-0-metilo, un nucleótido que comprenda un grupo 5'-fosforotioato, y un nucleótido terminal enlazado con un derivado de colesterilo. De una manera alternativa, el nucleótido modificado se puede seleccionar a partir del grupo de: un nucleótido modificado por 2'-desoxi-2'-flúor, un nucleótido modificado por 2'-desox¡, un nucleótido asegurado, un nucleótido abásico, un nucleótido modificado por 2'-amino, un nucleótido modificado por 2'-alquilo, un nucleótido de morfolino, un fosforamidato, y un nucleótido que no comprenda una base natural. En términos generales, esta secuencia modificada se basará en una primera secuencia del ARNds, seleccionada a partir del grupo de las secuencias en sentido de la Tabla 1, y una segunda secuencia seleccionada a partir del grupo que consiste en las secuencias anti-sentido de la Tabla 1. En otra modalidad, la invención proporciona una célula que comprende uno de los ARNds de la invención. La célula es en general una célula de mamífero, tal como una célula humana. En otra modalidad, la invención proporciona una composición farmacéutica para inhibir la expresión del gen E6AP en un organismo, en general un sujeto humano, la cual comprende uno o más ARNds de la invención, y un portador o vehículo de suministro farmacéuticamente aceptable. En otra modalidad, la invención proporciona un método para inhibir la expresión del gen E6AP en una célula, el cual comprende
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los siguientes pasos: (a) Introducir en la célula un ácido ribonucleico de doble cadena (ARNds), en donde el ARNds comprende cuando menos dos secuencias que son complementarias una para la otra. El ARNds comprende una cadena en sentido que comprende una primera secuencia, y una cadena anti-sentido que comprende una segunda secuencia. La cadena anti-sentido comprende una región de complementariedad que es sustancialmente complementaria para cuando menos una parte del ARNm que codifica E6AP, y en donde la región de complementariedad es de menos de 30 nucleótidos de longitud, en general de 19 a 24 nucleótidos de longitud, y en donde el ARNds, después de ponerse en contacto con una célula que exprese el E6AP, inhibe la expresión del gen E6AP por cuando menos el 40 por ciento; y (b) Mantener la célula producida en el paso (a) durante un tiempo suficiente para obtener la degradación de la transcripción del ARNm del gen E6AP, inhibiendo de esta manera la expresión del gen E6AP en la célula. En otra modalidad, la invención proporciona métodos para el tratamiento, la prevención, o el manejo de procesos patológicos mediados por la infección por el virus de papiloma humano, por ejemplo cáncer o verrugas genitales, los cuales comprenden administrar a un paciente que necesite dicho tratamiento, prevención, o manejo, una cantidad terapéuticamente o profilácticamente efectiva de uno o más de los ARNds de la
invención. En otra modalidad, la invención proporciona vectores para inhibir la expresión del gen E6AP en una célula, los cuales comprenden una secuencia reguladora operativamente enlazada con una secuencia de nucleótidos que codifica cuando menos una cadena de uno de los ARNds de la invención. En otra modalidad, la invención proporciona una célula que comprende un vector para inhibir la expresión del gen E6AP en una célula. El vector comprende una secuencia reguladora operativamente enlazada con una secuencia de nucleótidos que codifica cuando menos una cadena de uno de los ARNds de la invención. Breve Descripción de las Figuras No se presentan figuras. Descripción Detallada de la Invención La invención proporciona una solución al problema de tratar las enfermedades asociadas con la infección por el virus de papiloma humano, mediante la utilización de ácido ribonucleico de doble cadena (ARNds) para silenciar la expresión de los genes esenciales para la proliferación del virus de papiloma humano. En particular, el ácido ribonucleico de doble cadena de la invención silencia a los genes del virus de papiloma humano E1 o E6 o E6AP humano, un gen conservado de la especie de huésped humano requerido por el virus de papiloma humano para la proliferación. En la presente, estos genes son algunas veces denominados
colectivamente como los genes objetivo del virus de papiloma humano. La invención proporciona ácido ribonucleico de doble cadena (ARNds), así como composiciones y métodos para inhibir la expresión del gen E1, E6, o E6AP en una célula o en un mamífero, utilizando el ácido ribonucleico de doble cadena. La invención también proporciona composiciones y métodos para el tratamiento de condiciones y enfermedades patológicas en un mamífero, causadas por la expresión del gen E1, E6, o E6AP en asociación con la infección por el virus de papiloma humano, utilizando el ácido ribonucleico de doble cadena. El ácido ribonucleico de doble cadena dirige la degradación específica de la secuencia del ARNm a través de un proceso conocido como interferencia de ARN (ARNi). El ácido ribonucleico de doble cadena de la invención comprende una cadena de ARN (la cadena anti-sentido), que tiene una región que es de menos de 30 nucleótidos de longitud, en general de 19 a 24 nucleótidos de longitud, y es sustancialmente complementaria para cuando menos parte de la transcripción del ARNm objetivo del virus de papiloma humano. El uso de estos ácidos ribonucleicos de doble cadena hace posible la degradación dirigida de los ARNms de los genes que están implicados en la réplica y/o mantenimiento de un virus de papiloma humano en mamíferos. Empleando los ensayos basados en células y basados en animales, los presentes inventores han demostrado que las dosificaciones muy bajas de estos ácidos ribonucleicos de doble cadena pueden mediar
de una manera específica y eficiente el ARNi, dando como resultado una inhibición significativa de la expresión del gen E1, E6, o E6AP. Por consiguiente, los métodos y composiciones de la invención que comprenden estos ácidos ribonucleicos de doble cadena, son útiles para el tratamiento de los procesos patológicos mediados por la infección del virus de papiloma humano, mediante la dirección hacia un gen del factor huésped involucrado en el ciclo de vida del virus de papiloma humano. Descripción de los Objetivos del Virus de Papiloma Humano: HPV E1 Y E6, Y E6AP Humano. El E6AP de ligasa de ubiquitina celular del huésped humano está implicado en la réplica del virus de papiloma humano, en particular las formas integradas (no episomales) del virus de papiloma humano, a través de su complejo con la proteína E6 del virus. E6 se enlaza con muchas proteínas que regulan las sendas de proliferación celular, y con frecuencia provoca su degradación (Chakrabarti, O. y Krishná, S.2003. J. Biosci.28:337-348). E6 forma complejo con E6AP para dirigir el p53 supresor de tumor para la degradación (Scheffner, M. y colaboradores, 1990, Cell. 63:1129-1136; y Scheffner, M. y colaboradores, 1993. Cell 75:495-505). Mediante la inactivación de p53, el virus no solamente impide la apoptosis mediada por p53 de las células infectadas (Chakrabarti y Krishna, 2003) y facilita la réplica de su ADN, que de otra manera se bloquearía mediante el p53 (Lepik, D. y colaboradores, 1998. J. Virol. 72:6822-6831), sino que también favorece la oncogénesis
mediante la disminución del control mediado por p53 sobre la integridad genómica (Thomas, M. y colaboradores, 1999. Oncogene. 18:7690-7700). E1 y E6 se describen ambos con un detalle considerable en "Papillomaviridae: The Viruses and Their Replication" por Peter M. Howley, páginas 947-978, en: Fundamental Virology, 3a Edición, Bernard N. Fields, David M. Knipe, y Peter M. Howley, editores, Lippincott-Raven Publishers, Filadelfia, 1996. El marco de lectura abierta de E1 codifica una proteína de 68-76 kD esencial para la réplica del ADN del plásmido. El producto E1 de longitud completa es una proteína nuclear fosforilada que se enlaza con el origen de réplica en la LCR de BPV1. También se ha demostrado que se enlaza con el ATP, y que se enlaza ¡n vitro con la proteína E2 de longitud completa denominada como el transactivador de transcripción de E2 (E2TA), mejorando de esta manera la transcripción viral. El enlace con E2 también refuerza la afinidad de E1 con el origen de réplica del ADN. En el HPV16, E1 tiene efectos indirectos sobre la inmortalización. E6 es una proteína transformante de células básica pequeña (por ejemplo, la HPV16 E6 comprende 151 aminoácidos), de aproximadamente 16-19 kD, que se localiza en la matriz nuclear y en la fracción de membrana no nuclear. El producto genético E6 contiene cuatro motivos Cys-X-X-Cys, que indican un potencial para el enlace de zinc; también puede actuar como una proteína de enlace de ácido nucleico. En los virus de papiloma humano de alto riesgo,
tales como HPV16, son necesarias y suficientes las proteínas E6 y E7 para inmortalizar a sus huéspedes - células epiteliales escamosas. Se ha demostrado que los productos genéticos E6 de los virus de papiloma humano de alto riesgo, forman complejo con p53, y promueven su degradación. La siguiente descripción detallada da a conocer la manera de hacer y utilizar el ácido ribonucleico de doble cadena y las composiciones que contienen el ácido ribonucleico de doble cadena para inhibir la expresión de los genes objetivo del virus de papiloma humano, así como las composiciones y métodos para el tratamiento de enfermedades y trastornos causados por la infección por el virus de papiloma humano, por ejemplo cáncer cervical y verrugas genitales. Las composiciones farmacéuticas de la invención comprenden un ácido ribonucleico de doble cadena que tiene una cadena anti-sentido que comprende una región de complementariedad que es de menos de 30 nucleótidos de longitud, en general de 19 a 24 nucleótidos de longitud, y es sustancialmente complementaria para cuando menos parte de una transcripción de ARN de un gen objetivo del virus de papiloma humano, junto con un vehículo farmacéuticamente aceptable. Una modalidad de la invención es el empleo de más de un ácido ribonucleico de doble cadena, que opcionalmente se dirija a diferentes genes objetivo del virus de papiloma humano, en combinación en una formulación farmacéutica. De conformidad con lo anterior, ciertos aspectos de la
invención proporcionan composiciones farmacéuticas que comprenden el ácido ribonucleico de doble cadena de la invención, junto con un vehículo farmacéuticamente aceptable, métodos para utilizar las composiciones para inhibir la expresión de uno o más genes objetivo del virus de papiloma humano, y métodos para utilizar las composiciones farmacéuticas con el fin de tratar las enfermedades causadas por la infección por el virus de papiloma humano. 1. Definiciones Para mayor conveniencia, en seguida se proporciona el significado de ciertos términos y frases utilizadas en la memoria descriptiva, en los ejemplos, y en las reivindicaciones adjuntas. Si hay una discrepancia aparente entre el uso de un término en otras partes de esta memoria descriptiva y su definición proporcionada en esta sección, prevalecerá la definición de esta sección. "G", "C", "A" y "U", cada uno representan en general un nucleótido que contiene guanina, citosina, adenina, y uracilo como una base, respectivamente. Sin embargo, se entenderá que el término "ribonucleótido" o "nucleótido" también puede referirse a un nucleótido modificado, como se detalla adicionalmente más adelante, o a una fracción de reemplazo subrogada. La persona experta está bien consciente de que guanina, citosina, adenina, y uracilo pueden ser reemplazados por otras fracciones sin alterar sustancialmente las propiedades de emparejamiento de bases de un oligonucleótido que comprenda un nucleótido que lleve esta fracción de reemplazo. Por
ejemplo, sin limitación, un nucleótido que comprenda inosina como su base, puede emparejar bases con nucleotidos que contengan adenina, citosina, o uracilo. Por consiguiente, los nucleotidos que contengan uracilo, guanina, o adenina, pueden ser reemplazados en las secuencias de nucleotidos de la invención por un nucleótido que contenga, por ejemplo, inosina. Las secuencias que comprenden estas fracciones de reemplazo son modalidades de la invención. Como se utiliza en la presente, "E6AP" se refiere al gen o proteína de la ligasa de proteína ubiquitina E3A (también referida como una proteína asociada con E6, o E6AP). Las secuencias de ARNm humanas para E6AP que representan diferentes isoformas, se proporcionan como GenBank, Números de Acceso NM_130838.1, NM_130839.1 , y NM_000462.2. Como se utiliza en la presente, "E1" se refiere al gen E1 del virus de papiloma humano tipo 16 (HPV16) (GenBank, Número de Acceso NC_001526, nucleotidos 865 a 2813). Como se utiliza en la presente, "E6" se refiere al gen E6 del virus de papiloma humano tipo 16 (HPV16) (GenBank, Número de Acceso NC_001526, nucleotidos 65 a 559). También se han dado a conocer públicamente muchas variantes de los genes E1 y E6. Estas y futuras variantes de los genes E1 y E6 publicadas pretenden ser cubiertas en la presente mediante el uso de "E1" y "E6", a menos que sea excluidas específicamente por el contexto. Como se utiliza en la presente, "secuencia objetivo" se refiere a una porción contigua de la secuencia de nucleotidos de una
molécula de ARNm formada durante la transcripción de uno de los genes objetivo del virus de papiloma humano, incluyendo ARNm que sea un producto del procesamiento del ARN de un producto de transcripción primaria. Como se utiliza en la presente, el término "cadena que comprende una secuencia" se refiere a un oligonucleótido que comprende una cadena de nucleotidos descrita por la secuencia referida, utilizando la nomenclatura de nucleotidos convencional. Como se utiliza en la presente, y a menos que se indique de otra manera, el término "complementaria", cuando se utiliza para describir una primera secuencia de nucleotidos en relación con una segunda secuencia de nucleotidos, se refiere a la capacidad de un oligonucleótido o polinucleótido que comprende a la primera secuencia de nucleotidos, para hibridarse y formar una estructura dúplex bajo ciertas condiciones, con un oligonucleótido o polinucleótido que comprenda la segunda secuencia de nucleotidos, como será entendido por la persona experta. Por ejemplo, estas condiciones pueden ser restringentes, en donde las condiciones restringentes pueden incluir: NaCI 400 m , PIPES 40 mM, pH de 6.4, EDTA 1 mM, 50°C ó 70°C durante 12 a 16 horas, seguido por lavado. Se pueden aplicar otras condiciones, tales como las condiciones fisiológicamente relevantes, como se puedan encontrar dentro de un organismo. La persona experta podrá determinar el conjunto de condiciones más apropiadas para una prueba de complementariedad de dos secuencias, de acuerdo con la última aplicación de los
nucleótidos hibridados. Esto incluye el emparejamiento de bases del oligonucleótido o polinucleótido que comprenda a la primera secuencia de nucleótidos, con el oligonucleótido o polinucleótido que comprenda a la segunda secuencia de nucleótidos, sobre toda la longitud de las primera y segunda secuencias de nucleótidos. Estas secuencias pueden ser referidas como "completamente complementarias" una con respecto a la otra en la presente. Sin embargo, cuando una primera secuencia es referida como "sustancialmente complementaria" con respecto a una segunda secuencia de la presente, las dos secuencias pueden ser completamente complementarias, o pueden formar uno o más, pero en general no más de 4, 3, ó 2 pares de bases mal emparejados después de la hibridación, mientras que retendrán la capacidad para hibridarse bajo las condiciones más pertinentes para su aplicación final. Sin embargo, cuando se diseñan dos oligonucleótidos para formar, después de la hibridación, una o más colgaduras de una sola cadena, estas colgaduras no serán consideradas como malos emparejamientos con respecto a la determinación de la complementariedad. Por ejemplo, un ácido ribonucleico de doble cadena que comprenda un oligonucleótido de 21 nucleótidos de longitud, y otro oligonucleótido de 23 nucleótidos de longitud, en donde el oligonucleótido más largo comprenda una secuencia de 21 nucleótidos que sea completamente complementaria para el oligonucleótido más corto, todavía puede ser referido como
"completamente complementario" para los propósitos de la invención.
Secuencias "complementarias", como se utilizan en la presente, también pueden incluir, o se pueden formar enteramente de, pares e bases que no sean de Watson-Crick, y/o pares de bases formados de nucleótidos no naturales y modificados, hasta donde se satisfagan los requerimientos anteriores con respecto a su capacidad para hibridarse. Los términos "complementaria", "completamente complementaria", y "sustancialmente complementaria", se pueden utilizar en la presente con respecto al emparejamiento de bases entre la cadena en sentido y la cadena anti-sentido de un ácido ribonucleico de doble cadena, o entre la cadena anti-sentido de un ácido ribonucleico de doble cadena y una secuencia objetivo, como se entenderá a partir del contexto de su uso. Como se utiliza en la presente, un polinucleótido que es
"sustancialmente complementario para cuando menos parte de" un ARN mensajero (ARNm), se refiere a un polinucleótido que es sustancialmente complementario para una porción contigua del ARNm de interés. Por ejemplo, que codifique E6AP. Por ejemplo, un polinucleótido es complementario para cuando menos una parte del ARNm de E6AP si la secuencia es sustancialmente complementaria para una porción no interrumpida de un ARNm que codifique E6AP. El término "ARN de doble cadena" o "ARNds", como se utiliza en la presente, se refiere a un complejo de moléculas de ácido ribonucleico, que tiene una estructura dúplex que comprende dos
cadenas de ácido nucleico anti-paralelas y sustancialmente complementarias, como se definen anteriormente. Las dos cadenas que forman la estructura dúplex pueden ser porciones diferentes de una molécula de ARN más grande, o pueden ser moléculas de ARN separadas. Las moléculas de ARN separadas, tales como el ácido ribonucleico de doble cadena, son con frecuencia referidas en la literatura como ARNsi (ARN de interferencia corta"). Cuando las dos cadenas son parte de una molécula más grande, y por consiguiente están conectadas mediante una cadena ininterrumpida de nucleotidos entre el extremo 3' de una cadena y el extremo 5' de la otra cadena respectiva, formando la estructura dúplex, la cadena de ARN de conexión es referida como un "ciclo de horquilla", "ARN de horquilla corto", o "ARNsh". Cuando dos cadenas se conectan de una manera covalente por medio de otra que no sea una cadena ininterrumpida de nucleotidos entre el extremo 3' de una cadena y el extremo 5' de la otra cadena respectiva formando una estructura dúplex, la estructura de conexión es referida como un "enlazador". Las cadenas de ARN pueden tener el mismo o diferente número de nucleotidos. El máximo número de pares de bases es el número de nucleotidos en la cadena más corta del ácido ribonucleico de doble cadena, menos cualquier colgadura que esté presente en el dúplex. En adición a la estructura dúplex, un ácido ribonucleico de doble cadena puede comprender una o más colgaduras de nucleotidos. En adición, como se utiliza en esta memoria descriptiva, "ARNds" puede incluir modificaciones químicas a los ribonucleótidos, enlaces ínter-
nucleósidos, grupos de extremo, tapas, y fracciones conjugadas, incluyendo modificaciones sustanciales en múltiples nucleótidos, e incluyendo todos los tipos de modificaciones que se dan a conocer en la presente o que se conocen en la técnica. Cualquiera de estas modificaciones, como se utilicen en una molécula de tipo ARNsi, están abarcadas por "ARNds" para los propósitos de esta memoria descriptiva y de las reivindicaciones. Como se utiliza en la presente, una "colgadura de nucleótidos" se refiere al nucleótido o nucleótidos no emparejados que sobresalen desde la estructura dúplex del ácido ribonucleico de doble cadena, cuando se extiende un extremo 3' de una cadena del ácido ribonucleico de doble cadena más allá del extremo 5' de la otra cadena, o viceversa. "Romo" o "extremo romo", significa que no hay nucleótidos no emparejados en ese extremo del ácido ribonucleico de doble cadena, es decir, no hay colgadura de nucleótidos. Un ácido ribonucleico de doble cadena de "extremos romos" es un ácido ribonucleico de doble cadena que tiene la doble cadena sobre toda su longitud, es decir, no hay colgadura de nucleótidos en ningún extremo de la molécula. Para mayor claridad, las tapas químicas o las fracciones químicas que no sean nucleótidos conjugadas con el extremo 3' o con el extremo 5' de un ARNsi, no se consideran en la determinación de si un ARNsi tiene una colgadura o es de extremos romos. El término "cadena anti-sentido" se refiere a la cadena de un ácido ribonucleico de doble cadena que incluye una región que es
sustancialmente complementaria para una secuencia objetivo. Como se utiliza en la presente, el término "región de complementariedad" se refiere a la región sobre la cadena anti-sentido que es sustancialmente complementaria para una secuencia, por ejemplo, una secuencia objetivo, como se define en la presente. Cuando la región de complementariedad no es completamente complementaria para la secuencia objetivo, los malos emparejamientos se toleran en su mayor parte en las regiones terminales, y si están presentes, están en general en una región o regiones terminales, por ejemplo, dentro de 6, 5, 4, 3, ó 2 nucleótidos del término 5' y/o 3. El término "cadena en sentido", como se utiliza en la presente, se refiere a la cadena de un ácido ribonucleico de doble cadena que incluye una región que es sustancialmente complementaria para una región de la cadena anti-sentido. "Introducir en una célula", al referirse a un ácido ribonucleico de doble cadena, significa facilitar la recuperación o absorción en la célula, como es entendido por los expertos en este campo. La absorción o recuperación del ácido ribonucleico de doble cadena puede presentarse a través de procesos celulares de difusión o activos no auxiliados, o mediante agentes de dispositivos auxiliares. El significado de este término no está limitado a las células in vitro; un ácido ribonucleico de doble cadena también se puede "introducir en una célula", en donde la célula sea parte de un organismo vivo. En este caso, la introducción en la célula incluirá el suministro al organismo. Por ejemplo, para el suministro in vivo, el
ácido ribonucleico de doble cadena se puede inyectar en un sitio de tejido, o se puede administrar sistémicamente. La introducción in vitro en una célula incluye métodos conocidos en la técnica, tales como electroporación y lipofección. Los términos "silenciar" e "inhibir la expresión de", en lo que se refieren al gen objetivo del virus de papiloma humano, se refieren en la presente a la supresión cuando menos parcial de la expresión del gen objetivo del virus de papiloma humano, como se manifieste por una reducción de la cantidad de ARNm transcrito desde el gen objetivo del virus de papiloma humano que se pueda aislar a partir de una primera célula o grupo de células en donde se transcriba el gen objetivo del virus de papiloma humano, y que se haya tratado de tal manera que se inhiba la expresión del gen objetivo del virus de papiloma humano, comparándose con una segunda célula o grupo de células sustancialmente idénticas a la primera célula o grupo de células, pero que no se hayan tratado de esa manera (células de control). El grado de inhibición normalmente se expresa en términos de: (ARNm en células de control )-(ARNm en células tratadas) · 100% (ARNm en células de control) De una manera alternativa, el grado de inhibición se puede dar en términos de una reducción en un parámetro que esté funcionalmente ligado a la transcripción del gen objetivo del virus de papiloma humano, por ejemplo, la cantidad de proteína codificada por el gen objetivo del virus de papiloma humano que sea secretada
por una célula, o el número de células que exhiban cierto fenotipo, por ejemplo apoptosis. En principio, se puede determinar el silenciamiento del gen objetivo del virus de papiloma humano en cualquier célula que exprese el objetivo, ya sea de una manera constitutiva o bien mediante ingeniería genómica, y mediante cualquier ensayo apropiado. Sin embargo, cuando se necesita una referencia con el objeto de determinar si un ácido ribonucleico de doble cadena dado inhibe la expresión del gen objetivo del virus de papiloma humano por cierto grado, y por consiguiente es abarcado por la presente invención, el ensayo proporcionado en los Ejemplos que se encuentran más adelante servirá como esta referencia. Por ejemplo, en ciertos casos, se suprime la expresión del gen E6AP por cuando menos aproximadamente el 20 por ciento, el 25 por ciento, el 35 por ciento, o el 50 por ciento, mediante la administración del oligonucleótido de doble cadena de la invención. En algunas modalidades, se suprime el gen E6AP por cuando menos aproximadamente el 60 por ciento, el 70 por ciento, o el 80 por ciento, mediante la administración del oligonucleótido de doble cadena de la invención. En algunas modalidades, se suprime el gen E6AP por cuando menos aproximadamente el 85 por ciento, el 90 por ciento, o el 95 por ciento, mediante la administración del oligonucleótido de doble cadena de la invención. La Tabla 2 proporciona un amplio intervalo de valores para la inhibición de la transcripción obtenida en un ensayo in vitro, utilizando diferentes moléculas de ácido ribonucleico de doble cadena de E6AP en
diferentes concentraciones. De la misma manera, la Tabla 6 proporciona un amplio intervalo de valores para la inhibición de la transcripción de E1; y la Tabla 8 proporciona un amplio intervalo de valores para la inhibición de la transcripción de E6. Como se utiliza en la presente, en el contexto de la infección por el virus de papiloma humano, los términos "tratar", "tratamiento", y similares, se refieren a la liberación o alivio de los procesos patológicos mediados por la infección por el virus de papiloma humano. Esta descripción incluye el uso de los agentes terapéuticos de la invención para la profilaxis o la prevención de la infección por el virus de papiloma humano, y el alivio de los síntomas o de las patologías provocadas por la infección por el virus de papiloma humano. En el contexto de la presente invención, hasta donde se refiera a cualquiera de las otras condiciones mencionadas más adelante en la presente (que no sean los procesos patológicos mediados por la infección por el virus de papiloma humano), los términos "tratar", "tratamiento", y similares, significan liberar o aliviar cuando menos un síntoma asociado con esta condición, o hacer más lento o revertir el progreso de dicha condición. Como se utilizan en la presente, las frases "cantidad farmacéuticamente efectiva" y "cantidad profilácticamente efectiva", se refieren a una cantidad que proporciona un beneficio terapéutico en el tratamiento, la prevención, o el manejo de los procesos patológicos mediados por la infección por el virus de papiloma humano o un síntoma manifiesto de los procesos patológicos
mediados por la infección por el virus de papiloma humano. La cantidad específica que sea terapéuticamente efectiva puede ser fácilmente determinada por el practicante médico ordinario, y puede variar dependiendo de factores conocidos en este campo, tales como, por ejemplo, el tipo de procesos patológicos mediados por la infección por el virus de papiloma humano, la historia y edad del paciente, la etapa de los procesos patológicos mediados por la infección por el virus de papiloma humano, y la administración de otros agentes anti-patológicos. Como se utiliza en la presente, una "composición farmacéutica" comprende una cantidad farmacológicamente efectiva de un ácido ribonucleico de doble cadena y un vehículo farmacéuticamente aceptable. Como se utiliza en la presente, una "cantidad farmacológicamente efectiva", "cantidad terapéuticamente efectiva", o simplemente una "cantidad efectiva", se refiere a la cantidad de un ácido ribonucleico de doble cadena efectiva para producir el resultado farmacológico, terapéutico, o preventivo pretendido. Por ejemplo, si un tratamiento clínico dado se considera efectivo cuando hay una reducción de cuando menos el 25 por ciento en un parámetro mensurable asociado con una enfermedad o con un trastorno, una cantidad terapéuticamente efectiva de un fármaco para el tratamiento de esta enfermedad o trastorno es la cantidad necesaria para efectuar una reducción de cuando menos el 25 por ciento en ese parámetro. El término "vehículo farmacéuticamente aceptable", se
refiere a un vehículo para la administración de un agente terapéutico. Estos vehículos incluyen, pero no se limitan a, suero, suero regulado, dextrosa, agua, glicerol, etanol, y combinaciones de los mismos. El término excluye específicamente el medio de cultivo celular. Para los fármacos administrados oralmente, los vehículos farmacéuticamente aceptables incluyen, pero no se limitan a, excipientes farmacéuticamente aceptables, tales como diluyentes inertes, agentes desintegrantes, agentes aglutinantes, agentes lubricantes, agentes edulcorantes, agentes saborizantes, agentes colorantes, y conservadores. Los diluyentes inertes adecuados incluyen carbonato de sodio y de calcio, fosfato de sodio y calcio, y lactosa, mientras que el almidón de maíz y el ácido algínico son agentes desintegrantes adecuados. Los agentes aglutinantes pueden incluir almidón y gelatina, mientras que el agente lubricante, si está presente, será en general estearato de magnesio, ácido esteárico, o talco. Si se desea, las tabletas se pueden recubrir con un material, tal como monoestearato de glicerilo o diestearato de glicerilo, para demorar la absorción en el tracto gastrointestinal. Como se utiliza en la presente, una "célula transformada" es una célula en la que se ha introducido un vector a partir del cual se puede expresar la molécula del ácido ribonucleico de doble cadena. II. Ácido Ribonucleico de Doble Cadena (ARNds) En una modalidad, la invención proporciona moléculas de ácido ribonucleico de doble cadena (ARNds) para inhibir la expresión
del gen objetivo del virus de papiloma humano en una célula o en un mamífero, en donde el ácido ribonucleico de doble cadena comprende una cadena anti-sentido que comprende una región de complementariedad que es complementaria para cuando menos una parte del ARNm formado en la expresión del gen objetivo del virus de papiloma humano, y en donde la región de complementariedad es de menos de 30 nucleótidos de longitud, en general de 19 a 24 nucleótidos de longitud, y en donde el ácido ribonucleico de doble cadena, al hacer contacto con una célula que exprese el gen objetivo del virus de papiloma humano mencionado, inhibe la expresión del gen objetivo del virus de papiloma humano por cuando menos el 10 por ciento, el 25 por ciento, o el 40 por ciento. El ácido ribonucleico de doble cadena comprende dos cadenas de ARN que son suficientemente complementarias para hibridarse y formar una estructura dúplex. Una cadena del ácido ribonucleico de doble cadena (la cadena anti-sentido) comprende una región de complementariedad que es sustancialmente complementaria, y en general completamente complementaria, para una secuencia objetivo, derivada a partir de la secuencia de un ARNm formada mediante la expresión del gen objetivo del virus de papiloma humano, y la otra cadena (la cadena en sentido) comprende una región que es complementaria para la cadena antisentido, de tal manera que las dos cadenas se hibridan y forman una estructura dúplex cuando se combinan bajo condiciones adecuadas. En términos generales, la estructura dúplex es de entre 15 y 30, más
generalmente de entre 18 y 25, todavía más generalmente de entre 19 y 24, y muy generalmente de entre 19 y 21 pares de bases de longitud. De una manera similar, la región de complementariedad para la secuencia objetivo es de entre 15 y 30, más generalmente de entre 18 y 25, todavía más generalmente de entre 19 y 24, y muy generalmente de entre 19 y 21 nucleótidos de longitud. El ácido ribonucleico de doble cadena de la invención puede comprender además una o más colgaduras de nucleótidos de una sola cadena. El ácido ribonucleótido de doble cadena se puede sintetizar mediante métodos convencionales conocidos en la técnica, como se discute adicionalmente más adelante, por ejemplo, mediante el uso de un sintetizador de ADN automatizado, tal como está comercialmente disponible, por ejemplo, en Biosearch, Applied Biosystems, Inc. En una modalidad preferida, el gen objetivo del virus de papiloma humano es el gen E6AP humano. En las modalidades específicas, la cadena anti-sentido del ácido ribonucleico de doble cadena comprende una cadena seleccionada a partir de las secuencias en sentido de la Tabla 1, y una segunda secuencia seleccionada a partir del grupo que consiste en las secuencias anti-sentido de la Tabla 1. Los agentes anti-sentido alternativos que se dirigen hacia cualquier parte de la secuencia objetivo proporcionada en la Tabla 1 , se pueden determinar fácilmente utilizando la secuencia objetivo y la secuencia de E6AP de flanqueo. En las modalidades adicionales, el ácido ribonucleico de doble cadena comprende cuando menos una secuencia de
nucleótidos seleccionada a partir de los grupos de secuencias proporcionadas en la Tabla 1. En otras modalidades, el ácido ribonucleico de doble cadena comprende cuando menos dos secuencias seleccionadas a partir de este grupo, en donde una de las cuando menos dos secuencias es complementaria para otra de las cuando menos dos secuencias, y una de las cuando menos dos secuencias es sustancialmente complementaria para una secuencia de ARNm generado en la expresión del gen E6AP. En términos generales, el ácido ribonucleico de doble cadena comprende dos oligonucleótidos, en donde un oligonucleótido se describe como la cadena en sentido en la Tabla 1 , y el segundo oligonucleótido se describe como la cadena anti-sentido en la Tabla 1. La Tabla 1 proporciona un nombre dúplex y un número de identificación de secuencia para cada ácido ribonucleico de doble cadena preferido. En las modalidades adicionales, el ácido ribonucleico de doble cadena comprende cuando menos un ácido ribonucleico de doble cadena dúplex mencionado a partir de los grupos de secuencias proporcionadas en la Tabla 5 (ARNds de E1) o en la Tabla 7 (ARNds de E6). La persona experta está bien consciente de que los ácidos ribonucleicos de doble cadena que comprenden una estructura dúplex de entre 20 y 23, pero específicamente de 21 pares de bases, han demostrado ser particularmente efectivos para inducir la interferencia del ARN (Elbashir y colaboradores, EMBO 2001, 20:6877-6888). Sin embargo, otros han encontrado que los ácidos
ribonucleicos de doble cadena más cortos o más largos pueden también ser efectivos. En las modalidades descritas anteriormente, en virtud de la naturaleza de las secuencias de oligonucleótidos proporcionadas en la Tabla 1, en la Tabla 5, o en la Tabla 7, los ácidos ribonucleicos de doble cadena de la invención pueden comprender cuando menos una cadena de una longitud de mínimo 21 nucleótidos. Se puede esperar razonablemente que los ácidos ribonucleicos de doble cadena más cortos que comprendan una de las secuencias de la Tabla 1, de la Tabla 5, o de la Tabla 7, menos solamente unos cuantos nucleótidos sobre uno o ambos extremos, pueden ser similarmente efectivos, comparándose con los ácidos ribonucleicos de doble cadena descritos anteriormente. Por consiguiente, la invención contempla ácidos ribonucleicos de doble cadena que comprenden una secuencia parcial de cuando menos 15, 16, 17, 18, 19, 20, o más nucleótidos contiguos a partir de una de las secuencias de la Tabla 1, de la Tabla 5, o de la Tabla 7, y que difieren en su capacidad para inhibir la expresión del gen objetivo del virus de papiloma humano en un ensayo FACS u otro ensayo, como se describe más adelante en la presente, por una inhibición no mayor del 5, 10, 15, 20, 25, ó 30 por ciento, de un ácido ribonucleico de doble cadena que comprenda la secuencia completa. Se pueden hacer fácilmente otros ácidos ribonucleicos de doble cadena que se disocien dentro de la secuencia objetivo proporcionada en la Tabla 1, en la Tabla 5, o en la Tabla 7, utilizando la secuencia de referencia y la secuencia objetivo proporcionadas.
En adición, los agentes de ARNi proporcionados en la Tabla 1 , en la Tabla 5, o en la Tabla 7, identifican un sitio en el ARNm objetivo del virus de papiloma humano respectivo, que es susceptible a la disociación basada en el ARNi. Como tal, la presente invención incluye además agentes de ARNi que se dirigen dentro de la secuencia dirigida por uno de los agentes de la presente invención. Como se utiliza en la presente, se dice que un segundo agente de ARNi se dirige dentro de la secuencia de un primer agente de ARNi, si el segundo agente de ARNi disocia el mensaje en cualquier parte dentro del ARNm que sea complementario a la cadena anti-sentido del primer agente de ARNi. Este segundo agente generalmente consistirá en cuando menos 15 nucleótidos contiguos a partir de una de las secuencias proporcionadas en la Tabla 1 , en la Tabla 5, o en la Tabla 7, acopladas con las secuencias de nucleótidos adicionales tomadas a partir de la región contigua a la secuencia seleccionada en el gen objetivo del virus de papiloma humano. Por ejemplo, los últimos 15 nucleótidos de la SEQ ID NO:1 (menos las secuencias AA agregadas), combinados con los siguientes 6 nucleótidos a partir del gen objetivo E6AP, producen un agente de una sola cadena de 21 nucleótidos que está basado en una de las secuencias proporcionadas en la Tabla 1. El ácido ribonucleico de doble cadena de la invención puede tener uno o más malos emparejamientos con la secuencia objetivo. En una modalidad preferida, el ácido ribonucleico de doble cadena de la invención contiene no más de tres malos
emparejamientos. Si la cadena anti-sentido del ácido ribonucleico de doble cadena contiene malos emparejamientos con una secuencia objetivo, es preferible que el área de mal emparejamiento no se localice en el centro de la región de complementariedad. Si la cadena anti-sentido del ácido ribonucleico de doble cadena de doble cadena contiene malos emparejamientos con la secuencia objetivo, es preferible que el mal acoplamiento se restrinja a los cinco nucleótidos desde cualquier extremo, por ejemplo, 5, 4, 3, 2, ó 1 nucleótido desde el extremo 5' o 3' de la región de complementariedad. Por ejemplo, para una cadena de ácido ribonucleico de doble cadena de 23 nucleótidos, que sea complementaria con una región del gen objetivo del virus de papiloma humano, el ácido ribonucleico de doble cadena generalmente no contiene ningún mal emparejamiento dentro de los 13 nucleótidos centrales. Los métodos descritos en la invención se pueden utilizar para determinar si un ácido ribonucleico de doble cadena que contengan un mal emparejamiento con una secuencia objetivo es efectivo para inhibir la expresión del gen objetivo del virus de papiloma humano. La consideración de la eficacia de los ácidos ribonucleicos de doble cadena con malos emparejamientos para inhibir la expresión del gen objetivo del virus de papiloma humano es importante, en especial si se sabe que la región particular de complementariedad en el gen objetivo del virus de papiloma humano tiene la variación de secuencia polimórfica en el virus (si es E1 ó E6), o dentro de la población humana (para E6AP).
En una modalidad, cuando menos un extremo del ácido ribonucleico de doble cadena tiene una colgadura de nucleótidos de una sola cadena, de 1 a 4, en general de 1 ó 2 nucleótidos. Los ácidos ribonucleicos de doble cadena que tengan cuando menos una colgadura de un nucleótido tienen inesperadamente propiedades inhibidoras superiores a las de sus contrapartes de extremos romos. Más aún, los presentes inventores han descubierto que la presencia de solamente una colgadura de un nucleótido refuerza la actividad de interferencia del ácido ribonucleico de doble cadena, sin afectar su estabilidad global. El ácido ribonucleico de doble cadena que tenga solamente una colgadura ha probado ser particularmente estable y efectivo in vivo, así como en una variedad de células, medios de cultivo celular, sangre, y suero. En términos generales, la colgadura de una sola cadena se localiza en el extremo 3'-terminal de la cadena anti-sentido, o de una manera alternativa, en el extremo 3'-terminal de la cadena en sentido. El ácido ribonucleico de doble cadena también puede tener un extremo romo, generalmente localizado en el extremo 5' de la cadena anti-sentido. Estos ácidos ribonucleicos de doble cadena tienen una mejor estabilidad y actividad inhibidora, permitiendo de esta manera la administración en bajas dosificaciones, es decir, menos de 5 miligramos/kilogramo de peso corporal del receptor al día. En general, la cadena anti-sentido del ácido ribonucleico de doble cadena tiene una colgadura de nucleótido en el extremo 3', y el extremo 5' es romo. En otra modalidad, uno o más de los nucleótidos de la colgadura son
reemplazados con un nucleósido tiofosfato. En todavía otra modalidad, el ácido ribonucleico de doble cadena se modifica químicamente para mejorar la estabilidad. Los ácidos nucleicos de la invención se pueden sintetizar y/o modificar mediante métodos bien establecidos en la materia, tales como aquéllos descritos en "Current protocols in nucleic acid chemistry", Beaucage, S. L. y colaboradores, (Editores), John Wiley & Sons, Inc., Nueva York, NY, EUA, el cual se incorpora a la presente como referencia. Las modificaciones químicas pueden incluir, pero no se limitan a, modificaciones 2', modificaciones en otros sitios del azúcar o de la base de un oligonucleótido, introducción de bases no naturales en la cadena de oligonucleótido, unión covalente con un ligando o con una fracción química, y reemplazo de los enlaces de fosfato inter-nucleótidos con enlaces alternativos, tales como tiofosfatos. Se puede emplear más de una de estas modificaciones. El enlace químico de las dos cadenas separadas del ácido ribonucleico de doble cadena se puede lograr mediante cualquiera de una variedad de técnicas bien conocidas, por ejemplo, mediante la introducción de enlaces covalentes, iónicos, o de hidrógeno; interacciones hidrofóbicas, interacciones de van der Waals, o de apilación; por medio de coordinación de iones de metales, o a través del uso de análogos de purina. En términos generales, los grupos químicos que se pueden utilizar para modificar el ácido ribonucleico de doble cadena incluyen, sin limitación, azul de metileno; grupos bifuncionales, en general bis-(2-cloro-etil)-amina; N-acetil-N'-(p-
glioxil-benzoil)-cistam¡na; 4-tiouracilo; y psoraleno. En una modalidad, el enlazador es un enlazador de hexa-etilenglicol. En este caso, el ácido ribonucleico de doble cadena se produce mediante síntesis en fase sólida, y el enlazador de hexa-etilenglicol se incorpora de acuerdo con los métodos convencionales (por ejemplo, Williams, D. J., y K. B. Hall, Biochem. (1996) 35:14665-14670). En una modalidad particular, el extremo 5' de la cadena antisentido, y el extremo 3' de la cadena en sentido, se enlazan químicamente por medio de un enlazador de hexa-etilenglicol. En otra modalidad, cuando menos un nucleótido del ácido ribonucleico de doble cadena comprende un grupo fosforotioato o fosforoditioato. El enlace químico en los extremos del ácido ribonucleico de doble cadena se forma en general mediante enlaces de triple hélice. La Tabla 1 proporciona ejemplos de los agentes de ARNi modificados de la invención. En todavía otra modalidad, los nucleótidos en una o ambas de las dos cadenas individuales, se pueden modificar para prevenir o inhibir las actividades dé degradación de las enzimas celulares, tales como, por ejemplo, sin limitación, ciertas nucleasas. Las técnicas para inhibir la actividad de degradación de las enzimas celulares contra los ácidos nucleicos son conocidas en este campo, incluyendo, pero no limitándose a, modificaciones de 2'-amino, modificaciones de 2'-amino-azúcar, modificaciones de 2'-F-azúcar, modificaciones de 2'-F, modificaciones de 2'-alquilo-azúcar, modificaciones de estructura base no cargada, modificaciones de
morfolino, modificaciones de 2'-0-metilo, y fosforamidato (véase, por ejemplo, Wagner, Nat. Med. (1995) 1:1116-8). Por consiguiente, cuando menos un grupo 2'-hidroxilo de los nucleótidos sobre un ácido ribonucleico de doble cadena, es reemplazado por un grupo químico, en general por un grupo 2'-amino ó 2'-metilo. También, se puede modificar cuando menos un nucleótido para formar un nucleótido asegurado. Este nucleótido asegurado contiene un puente e metileno que conecta el 2'-oxígeno de la ribosa con el 4'-carbono de la ribosa. Los oligonucleótidos que contienen el nucleótido asegurado se describen en Koshkin, A. A., y colaboradores, Tetrahedron (1998), 54:3607-3630, y Obika, S. y colaboradores, Tetrahedron Lett. (1998), 39:5401-5404. La introducción de un nucleótido asegurado en un oligonucleótido mejora la afinidad con las secuencias complementarias, y aumenta la temperatura de fusión por varios grados (Braasch, D. A. y D. R. Corey, Chem. Biol. (2001), 8:1-7). La conjugación de un ligando con un ácido ribonucleico de doble cadena puede mejorar su absorción celular, así como dirigirse hacia un tejido particular, o ser absorbido por tipos específicos de células, tales como el epitelio vaginal. En ciertos casos, se conjuga un ligando hidrofóbico con el ácido ribonucleico de doble cadena para facilitar la permeacion directa de la membrana celular. De una manera alternativa, el ligando conjugado con el ácido ribonucleico de doble cadena, es una sustancia para la endocitosis mediada por el receptor. Estos planteamientos se han empleado para facilitar la
formación celular de los oligonucleotidos anti-sentido, así como los agentes de ácidos ribonucleicos de doble cadena. Por ejemplo, se ha conjugado el colesterol con diferentes oligonucleotidos anti-sentido, dando como resultado compuestos que son sustancialmente más activos, comparándose con sus análogos no conjugados. Véase M. Manoharan Antisense & Nucleic Acid Drug Development 2002, 12, 103. Otros compuestos lipofílicos que se han conjugado con los oligonucleotidos incluyen el ácido 1 -piren-butírico, 1,3-bis-O-(hexadecil)-glicerol, y mentol. Un ejemplo de un ligando para la endocitosis mediada por el receptor es el ácido fólico. El ácido fólico entra a la célula por medio de endocitosis mediada por el receptor de folato. Los compuestos de ácido ribonucleico de doble cadena que llevan ácido fólico, serían eficientemente transportados hacia dentro de la célula, por medio de la endocitosis mediada por el receptor de folato. Li y colaboradores reportan que la unión del ácido fólico al término 3' de un oligonucleótido, da como resultado un aumento de 8 veces en la absorción celular del oligonucleótido. Li, S.; Deshmukh, H. M.; Huang, L. Pharm. Res. 1998, 15, 1540. Otros ligandos que se han conjugado con oligonucleotidos incluyen polietilenglicoles, racimos de carbohidratos, agentes reticulantes, conjugados de porfirina, y péptidos de suministro. En ciertos casos, la conjugación de un ligando catiónico con los oligonucleotidos, da como resultado una mejor resistencia a las nucleasas. Los ejemplos representativos de los ligandos catiónicos son propil-amonio y dimetil-propil-amonio. Es interesante que se
reportó que los oligonucleótidos anti-sentido retienen su alta afinidad de enlace con el ARNm cuando se dispersa el ligando catiónico a través de todo el oligonucleótido. Véase M. Manoharan Antisense & Nucleic Acid Drug Development 2002, 12, 103, y las referencias en el mismo. El ácido ribonucleico de doble cadena conjugado con ligando de la invención, se puede sintetizar mediante el uso de un ácido ribonucleico de doble cadena que lleve una funcionalidad reactiva colgante, tal como aquélla derivada a partir de la unión de una molécula de enlace sobre el ácido ribonucleico de doble cadena. Este oligonucleótido reactivo puede reaccionar directamente con los ligandos comercialmente disponibles, con ligandos que sean sintetizados llevando cualquiera de una variedad de grupos protectores, o con ligandos que tengan una fracción de enlace unida a los mismos. Los métodos de la invención facilitan la síntesis del ácido ribonucleico de doble cadena conjugado con ligando, mediante el uso de, en algunas modalidades preferidas, monómeros de nucleósidos que se hayan conjugado apropiadamente con ligandos, y que se puedan unir adicionalmente a un material de soporte sólido. Estos conjugados de ligando-nucleósido, opcionalmente unidos a un material de soporte sólido, se preparan de acuerdo con algunas modalidades preferidas de los métodos de la invención, mediante la reacción de un ligando de enlace de suero seleccionado, con una fracción de enlace localizada sobre la posición 5' de un nucleosido u oligonucleótido. En ciertos casos, se prepara un ácido ribonucleico
de doble cadena que lleve un ligando de aralquilo unido al término 3' del ácido ribonucleico de doble cadena, uniendo primero covalentemente un bloque de construcción de monómero a un soporte de vidrio de poros controlados, por medio de un grupo amino-alquilo de cadena larga. Entonces, se enlazan los nucleótidos por medio de técnicas convencionales de síntesis en fase sólida al bloque de construcción de monómero enlazado con el soporte sólido. El bloque de construcción de monómero puede ser un nucleósido u otro compuesto orgánico que sea compatible con la síntesis en fase sólida. El ácido ribonucleico de doble cadena utilizado en los conjugados de la invención se puede hacer de una manera conveniente y rutinaria, a través de la técnica bien conocida de síntesis en fase sólida. El equipo para esta síntesis se vende con varios vendedores, incluyendo, por ejemplo, Applied Biosystems (Foster City, CA). De una manera adicional o alternativa, se puede emplear cualquier otro medio para esta síntesis conocido en este campo. También se conoce utilizar técnicas similares para preparar otros oligonucleotidos, tales como los fosforotioatos y los derivados alquilados. Las enseñanzas con respecto a la síntesis de oligonucleotidos modificados particulares, se pueden encontrar en las siguientes Patentes de los Estados Unidos de Norteamérica: Patentes de los Estados Unidos de Norteamérica Números 5,138,045 y 5,218,105, que se refieren a oligonucleotidos conjugados con
poliamina; Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,212,295, que se refiere a monómeros para la preparación de oligonucleótidos que tienen enlaces de fósforo quirales; Patentes de los Estados Unidos de Norteamérica Números 5,378,825 y 5,541,307, que se refieren a oligonucleótidos que tienen estructuras base modificadas, Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,386,023, que se refiere a oligonucleótidos modificados en la estructura base, y a la preparación de los mismos a través de acoplamiento reductivo; Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,457,191, que se refiere a nucleobases modificadas basadas en el sistema de anillo de 3-desazapurina, y a métodos para su síntesis; Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,459,255, que se refiere a nucleobases modificadas basadas en purinas ?-2-sustituidas; Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,521,302, que se refiere a procesos para la preparación de oligonucleótidos que tienen enlaces de fósforo quirales; Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,539,082, que se refiere a ácidos nucleicos peptídicos; Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,554,746, que se refiere a oligonucleótidos que tienen estructuras base de ß-lactama; Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,571,902, que se refiere a métodos y materiales para la síntesis de oligonucleótidos; Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,578,718, que se refiere a nucleótidos que tienen grupos tioalquilo, en donde estos grupos se pueden utilizar como
enlazadores con otras fracciones unidas en cualquiera de una variedad de posiciones del nucleósido; Patentes de los Estados Unidos de Norteamérica Números 5,587,361 y 5,599,797, que se refieren a oligonucleótidos que tienen enlaces de fosforotioato de una alta pureza quiral; Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,506,351, que se refiere a procesos para la preparación de compuestos de 2'-0-alquil-guanosina y compuestos relacionados, incluyendo compuestos de 2,6-diamino-purina; Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,587,469, que se refiere a oligonucleótidos que tienen purinas ?-2-sustituidas; Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,587,470, que se refiere a oligonucleótidos que tienen 3-desaza-purinas; Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,223,168 y Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,608,046, que se refieren ambas a análogos de nucleósido de 4-desmetilo conjugados; Patentes de los Estados Unidos de Norteamérica Números 5,602,240 y 5,610,289 que se refieren a análogos de oligonucleótidos modificados en la estructura base; Patentes de los Estados Unidos de Norteamérica Números 6,262,241 y 5,459,255, que se refieren, entre otras cosas, a métodos para sintetizar 2'-fluoro-oligonucleótidos. En el ácido ribonucleico de doble cadena conjugado con ligando y los nucleosidos enlazados específicos de la secuencia que lleva la molécula de ligando de la invención, los oligonucleótidos y los oligonucleósidos se pueden ensamblar en un sintetizador de ADN
adecuado, utilizando precursores de nucleótidos o de nucleósidos convencionales, o precursores de conjugados de nucleótidos o nucleósidos que ya lleven la fracción de enlace, precursores de nucleótido-ligando o de conjugado de nucleósido que ya lleven la molécula de ligando, o bloques de construcción que no lleven ligando de nucleósido. Cuando se utilizan precursores de conjugado de nucleótidos que ya llevan una fracción de enlace, típicamente se realiza la síntesis de los nucleósidos enlazados específicos de la secuencia, y luego se hace reaccionar la molécula de ligando con la fracción de enlace para formar un oligonucleótido conjugado con ligando. Los conjugados de oligonucleótidos que llevan una variedad de moléculas, tales como esteroides, vitaminas, lípidos, y moléculas reporteras, ya se han descrito previamente (véase Manoharan y colaboradores, Solicitud del TCP Número WO 93/07883). En una modalidad preferida, los oligonucleótidos o los nucleósidos enlazados de la invención se sintetizan mediante un sintetizador automatizado, utilizando fosforamiditas derivadas a partir de conjugados de ligando-nucleósido, en adición a las fosforamiditas convencionales y a las fosforamiditas no estándar que están comercialmente disponibles y se utilizan rutinariamente en la síntesis de oligonucleótidos. La incorporación de un grupo 2'-0-metilo, 2'-0-etilo, 2'-0-propilo, 2'-0-alilo, 2'-0-amino-alquilo, ó 2'-0-desoxi-2'-flúor en los nucleósidos de un oligonucleótido, confiere mejores propiedades de
hibridación con al oligonucleótido. Además, los oligonucleótidos que contienen estructuras base de fosforotioato tiene una mejor estabilidad de nucleasa. Por consiguiente, los nucleósidos enlazados y funcionalizados de la invención se pueden aumentar para incluir cualquiera o tanto una estructura base de fosforotioato como un grupo 2'-0-metilo, 2'-0-etilo, 2'-0-propilo, 2'-0-amino-alquilo, ó 2'-0-desoxi-2'-flúor. Un listado resumido de algunas de las modificaciones de oligonucleótidos conocidas en la materia, se encuentra, por ejemplo, en la Publicación del TCP Número WO 200370918. En algunas modalidades, las secuencias de nucleósidos f uncionalizadas de la invención, que poseen un grupo amino en el término 5', se preparan utilizando un sintetizador de ADN, y luego se hacen reaccionar con un derivado de éster activo de un ligando seleccionado. Los derivados de éster activo son bien conocidos por los expertos en la materia. Los ésteres activos representativos incluyen ésteres de N-hidroxi-succinimida, ésteres tetrafluoro-fenólicos, ésteres pentafluorofenólicos, y ésteres pentacloro-fenólicos. La reacción del grupo amino y el éster activo produce un oligonucleótido en donde se une el ligando seleccionado a la posición 5' a través de un grupo de enlace. El grupo amino en el término 5' se puede preparar utilizando un reactivo de 5'-Amino-Modificador C6. En una modalidad, las moléculas de ligando se pueden conjugar con los oligonucleótidos en la posición 5' mediante el uso de una fosforamidita de nucleósido de ligando, en donde el ligando se enlaza con el grupo 5'-hidroxilo directamente o
indirectamente por medio de un enlazador. Estas fosforamiditas de nucleósido de ligando, se utilizan típicamente al final de un procedimiento de síntesis automatizado, para proporcionar un oligonucleótido conjugado con ligando que lleve el ligando en el término 5'. Los ejemplos de los enlaces inter-nucleósidos modificados o estructuras base incluyen, por ejemplo, fosforotioatos, fosforotioatos quirales, fosforoditioatos, fosfotriésteres, fosfotriésteres de amino-alquilo, fosfonatos de metilo y otros fosfonatos de alquilo, incluyendo fosfonatos de 3'-alquileno y fosfonatos quirales, fosfinatos, fosforamidatos, incluyen fosforamidato de 3-amino y fosforamidatos de amino-alquilo, tionofosforamidatos, fosfonatos de tionoalquilo, fosfotriésteres de tionoalquilo, y boranofosfatos que tengan enlaces 3'-5' normales, análogos 2'-5'-enlazados de los mismos, y aquéllos que tengan una polaridad invertida, en donde los pares adyacentes de unidades de nucleósidos están enlazadas en 3'-5' a 5'-3' ó 2'-5' a 5'-2'. También se incluyen diferentes sales, sales mixtas, y formas de ácido libre. Las Patentes de los Estados Unidos representativas relacionadas con la preparación de los enlaces que contienen átomos de fósforo anteriores incluyen, pero no se limitan a, las Patentes de los Estados Unidos de Norteamérica Números 3,687,808; 4,469,863; 4,476,301; 5,023,243; 5,177,196; 5,188,897; 5,264,423; 5,276,019; 5,278,302; 5,286,717; 5,321,131; 5,399,676; 5,405,939; 5,453,496; 5,455,233; 5,466,677; 5,476,925; 5,519,126;
5,536,821; 5,541,306; 5,550,111; 5,563,253; 5,571,799; 5,587,361; 5,625,050; y 5,697,248, cada una de las cuales se incorpora a la presente como referencia. Los ejemplos de los enlaces inter-nucleósidos modificados o estructuras base que no incluyen un átomo de fósforo en los mismos (es decir, oligonucleósidos), tienen estructuras base que se forman mediante enlaces inter-azúcar de alquilo o cicloalquilo de cadena corta, enlaces inter-azúcar de heteroátomos y alquilo-cicloalquilo mixtos, o uno o más enlaces inter-azúcar heterocíclicos o heteroátomos de cadena corta. Estos incluyen aquéllos que tienen enlaces de morfolino (formados en parte a partir de la porción de azúcar de un nucleósido); estructuras base de siloxano; estructuras base de sulfuro, sulfóxido, y sulfona; estructuras base de formacetilo y tioformacetilo; estructuras base de metilen-formacetilo y -tioformacetilo; estructuras base que contienen alqueno; estructuras base de sulfamato; estructuras base de metilenimino y metilenhidrazino; estructuras base de sulfonato y sulfonamida; estructuras base de amida; y otras que tienen partes componentes mixtas de N, O, S, y CH2. Las Patentes de los Estados Unidos representativas relacionadas con la preparación de los oligonucleósidos anteriores incluyen, pero no se limitan a, las Patentes de los Estados Unidos de Norteamérica Números 5,034,506; 5,166,315; 5,185,444; 5,214,134; 5,216,141; 5,235,033; 5,264,562; 5,264,564; 5,405,938; 5,434,257; 5,466,677; 5,470,967; 5,489,677; 5,541,307; 5,561,225; 5,596,086;
5,602,240; 5,610,289; 5,602,240; 5,608,046; 5,610,289; 5,618,704; 5,623,070; 5,663,312; 5,633,360; 5,677,437; y 5,677,439, cada una de las cuales se incorpora a la presente como referencia. En ciertos casos, el oligonucleótido se puede modificar mediante un grupo que no sea ligando. Se han conjugado un número de moléculas que no son ligandos a los oligonucleótidos, con el objeto de mejorar la actividad, la distribución celular o la absorción celular del oligonucleótido, y los procedimientos para llevar a cabo estas conjugaciones están disponibles en la literatura científica. Estas fracciones que no son ligando tienen fracciones de lípido incluidas, tales como colesterol (Letsinger y colaboradores, Proc. Nati. Acad. Sci. EUA, 1989, 86:6553), ácido cólico (Manoharan y colaboradores, Bioorg. Med. Chem. Lett., 1994, 4:1053), un tioéter, por ejemplo hexil-S-tritil-tiol (Manoharan y colaboradores, Ann. N. Y. Acad. Sci., 1992, 660:306; Manoharan y colaboradores, Bioorg. Med. Chem. Let., 1993, 3:2765), un tiocolesterol (Oberhauser y colaboradores, Nucí. Acids Res., 1992, 20:533), una cadena alifática, por ejemplo, residuos de dodecanodiol o de undecilo (Saison-Behmoaras y colaboradores, EMBO J., 1991, 10:111; Kabanov y colaboradores, FEBS Lett., 1990, 259:327; Svinarchuk y colaboradores, Biochimie, 1993, 75:49), un fosfolípido, por ejemplo, di-hexadecil-rac-glicerol o 1 ,2-di-0-hexadecil-rac-glicero-3-H-fosfonato de trietil-amonio (Manoharan y colaboradores, Tetrahedron Lett., 1995, 36:3651; Shea y colaboradores, Nucí. Acids Res., 1990, 18:3777), a poliamina o una cadena de polietilenglicol (Manoharan y
colaboradores, Nucleosides & Nucleotides, 1995, 14:969), o ácido adamantan-acético (Manoharan y colaboradores, Tetrahedron Lett., 1995, 36:3651), una fracción de palmitilo (Mishra y colaboradores, Biochem. Biophys. Acta, 1995, 1264:229), o una fracción de octadecil-amina o hexil-amino-carbonil-oxi-colesterol (Crooke y colaboradores, J. Pharmacol. Exp. Ther., 1996, 277:923). Las Patentes de los Estados Unidos representativas que enseñan la preparación de estos conjugados de oligonucleótidos ya se han enlistado anteriormente. Los protocolos de conjugación típicos involucran la síntesis de oligonucleótidos que lleven un amino-enlazador en una o más posiciones de la secuencia. Entonces se hace reaccionar el grupo amino con la molécula que se esté conjugando, utilizando reactivos de acoplamiento o activadores apropiados. La reacción de conjugación se puede llevar a cabo ya sea con el oligonucleótido todavía enlazado al soporte sólido, o en seguida de la disociación del oligonucleótido en fase de solución. La purificación del conjugado de oligonucleótido mediante HPLC típicamente proporciona el conjugado puro. El uso de un conjugado de colesterol se prefiere particularmente, debido a que esta fracción puede aumentar la dirección a las células del epitelio vaginal, un sitio de infección por el virus de papiloma humano. La presente divulgación describe una amplia variedad de modalidades de ácido ribonucleico de doble cadena que son útiles para silenciar los genes objetivo del virus de papiloma humano, y por lo tanto, para tratar trastornos asociados con el virus de papiloma
humano. Aunque el diseño del agente terapéutico específico puede tomar una variedad deformas, ciertas características funcionales distinguirán al ácido ribonucleico de doble cadena preferido de otro ácido nucleico de doble cadena. En particular, se probarán características tales como buena estabilidad en suero, alta potencia, falta de respuesta inmune inducida, y buen comportamiento tipo fármaco, todas mensurables por los expertos en la materia, para identificar el ácido ribonucleico de doble cadena preferido de la invención. En algunas situaciones, no estarán presentes todos estos aspectos funcionales en el ácido ribonucleico de doble cadena preferido. Pero los expertos en este campo pueden optimizar estas variables y otras para seleccionar los compuestos preferidos de la invención. Aunque son posibles muchas modificaciones de nucleótidos, los inventores han identificado patrones de modificaciones químicas que proporcionan un beneficio farmacológico, inmunológico, y finalmente terapéutico significativamente mejorado. La Tabla 9 estipula los patrones de las modificaciones químicas preferidas para utilizarse con el ácido ribonucleico de doble cadena dúplex estipulado en la Tabla 1, en la Tabla 5, o en la Tabla 7, de la invención. Algunas de estas modificaciones también se ilustran en la Tabla 3.
Tabla 9
Cambios Hechos Cambios hechos
Serie de Modificación a la Cadena en a la cadena antiQuímica Sentido (5'-3') sentido (5'-3')
1 (un solo fosforotioato en los extremos de ambas dTsdT dTsdT cadenas)
2 (un solo fosforotioato en los extremos de ambas cadenas más modificación de la cadena en sentido dTsdT, dTsdT, 2'OMe de todas las 2'0Me@all Py 2'OMe@uA, cA pirimidinas, y modificación 2'OMe de todas los Us, seguida por A y todas las Cs, seguidas por A)
3 (un solo fosforotioato en los extremos de ambas cadenas más modificación de la cadena en sentido dTsdT, dTsdT, 2'0Me@uA
2'OMe de todas las 2'0Me@all Py ,cA,uG,uU pirimidinas, y 2'OMe de las bases indicadas todas de Us, seguidos por una A,
Cambios Hechos Cambios hechos
Serie de Modificación a la Cadena en a la cadena antiQuímica Sentido (5'-3') sentido (5'-3')
todas las Cs, seguidas por A, todos los Us seguidos por una G, y todos los Us seguidos por U sobre la cadena anti-sentido)
4 (igual que en 1, excepto por la adición de colesterol Col ("exo") dTsdT ("exo") conjugado con la cadena en sentido)
5 (igual que en 2, excepto dTsdT, por el colesterol conjugado Col ("endo") 2'0Me@uA, cA a la cadena en sentido)
6 (igual que en 3, excepto dTsdT,2'OMe@uA por el colesterol conjugado Col ("endo") ,cA,uG,uU a la cadena en sentido)
II. Agentes de ARNi codificados por el vector El ácido ribonucleico de doble cadena de la invención también se puede expresar a partir de vectores virales recombinantes intracelularmente in vivo. Los vectores virales recombinantes de la invención comprenden secuencias que codifican
el ácido ribonucleico de doble cadena de la invención, y cualquier promotor adecuado para expresar las secuencias del ácido ribonucleico de doble cadena. Los promotores adecuados incluyen, por ejemplo, las secuencias promotoras pol III de ARN U6 ó H1, y el promotor de cltomegalovirus. La selección de otros promotores adecuados está dentro de la experiencia de la técnica. Los vectores virales recombinantes de la invención también pueden comprender promotores inducibles o regulables para la expresión del ácido ribonucleico de doble cadena en un tejido particular o en un medio ambiente intracelular particular. El uso de vectores virales recombinantes para suministrar el ácido ribonucleico de doble cadena de la invención a las células in vivo, se discute con mayor detalle más adelante. El ácido ribonucleico de doble cadena de la invención se puede expresar a partir de un vector viral recombinante, ya sea como dos moléculas de ARN complementarias separadas, o como una sola molécula de ARN con dos regiones de complementariedad. Se puede utilizar cualquier vector viral capaz de aceptar las secuencias de codificación para que se expresen las moléculas del ácido ribonucleico de doble cadena, por ejemplo, vectores derivados a partir de adenovirus (AV); virus adeno-asociados (AAV), retrovirus (por ejemplo, lentivirus (LV), rabdovirus, virus de leucemia de murino); virus de herpes, y similares. El tropismo de los vectores virales se puede modificar mediante la pseudo-tipificación de los vectores con proteínas de envoltura u otros antígenos superficiales
de otros virus, o sustituyendo con diferentes proteínas de capsida viral, según sea apropiado. Por ejemplo, los vectores lentivirales de la invención se pueden pseudo-tipificar con proteínas superficiales a partir del virus de estomatitis vesicular (VSV), rabia, Ébola, Mokola, y similares. Los vectores AAV de la invención se pueden hacer para dirigirse a diferentes células, mediante el diseño de los vectores para expresar diferentes serotipos de proteína de capsida. Por ejemplo, un vector AAV que exprese una capsida del serotipo 2 sobre un genoma del serotipo 2 se denomina como AAV 2/2. Este gen de capsida del serotipo 2 en el vector AAV 2/2 puede estar reemplazado por un gen de capsida del serotipo 5 para producir un vector AAV 2/5. Las técnicas para construir vectores AAV que expresen diferentes serotipos de proteína de capsida están dentro de la experiencia en este campo; véase, por ejemplo, Rabinowitz J. E. y colaboradores, (2002), J. Virol. 76:791-801, cuya divulgación total se incorpora a la presente como referencia. La selección de los vectores virales recombinantes adecuados para utilizarse en la invención, los métodos para insertar secuencias de ácidos nucleicos para expresar el ácido ribonucleico de doble cadena en el vector, y los métodos para suministrar el vector viral a las células de interés, están dentro de la experiencia de la técnica. Véase, por ejemplo, Dornburg R. (1995), Gene Therap. 2:301-310; Eglitis M. A. (1988), Biotechniques 6:608-614; Miller A. D. (1990), Hum Gene Therap. 1:5-14; Anderson W. F. (1998), Nature
392:25-30; y Rubinson D. A. y colaboradores, Nat. Genet. 33:401-406, cuyas divulgaciones totales se incorporan a la presente como referencia. Los vectores virales preferidos son aquéllos derivados a partir de AV y AAV. En una modalidad particularmente preferida, el ácido ribonucleico de doble cadena de la invención se expresa como dos moléculas de ARN de una sola cadena complementarias separadas a partir de un vector AAV recombinante que comprende, por ejemplo, los promotores de ARN U6 ó H1, o bien el promotor de citomegalovirus (CMV). Un vector AV adecuado para expresar el ácido ribonucleico de doble cadena de la invención, un método para construir el vector AV recombinante, y un método para suministrar el vector a las células objetivo, se describen en Xia H. y colaboradores (2002), Nat. Biotech.20:1006-1010. Los vectores AAV adecuados para expresar el ácido ribonucleico de doble cadena de la invención, los métodos para construir el vector AV recombinante, y los métodos para suministrar los vectores a las células objetivo se describen en Samulski R. y colaboradores (1987), J. Virol. 61: 3096-3101; Fisher K. J. y colaboradores, (1996), J. Virol, 70: 520-532; Samulski R. y colaboradores (1989), J. Virol. 63: 3822-3826; Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,252,479; Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,139,941; Solicitud de Patente Internacional Número WO 94/13788; Solicitud de Patente
Internacional Número WO 93/24641, cuyas divulgaciones totales se incorporan a la presente como referencia. III. Composiciones farmacéuticas que comprenden el ARNds En una modalidad, la invención proporciona composiciones farmacéuticas que comprenden un ácido ribonucleico de doble cadena, como se describe en la presente, y un vehículo farmacéuticamente aceptable. La composición farmacéutica que comprende el ácido ribonucleico de doble cadena es útil para el tratamiento de una enfermedad o un trastorno asociado con la expresión o la actividad del gen objetivo del virus de papiloma humano, tal como los procesos patológicos mediados por la infección por el virus de papiloma humano. Estas composiciones farmacéuticas se formulan basándose en el modo de suministro. Un ejemplo es el de las composiciones que se formulan para administración tópica en el cérvix, o para la administración sistémica por medio de suministro parenteral. Las composiciones farmacéuticas de la invención se administran en dosificaciones suficientes para inhibir la expresión del gen objetivo del virus de papiloma humano. Los presentes inventores han determinado que, debido a su mejor eficiencia, se pueden administrar composiciones que comprendan el ácido ribonucleico de doble cadena de la invención en dosificaciones sorprendentemente bajas. Una dosificación de 5 miligramos de ácido ribonucleico de doble cadena por kilogramo de peso corporal del receptor al día, es suficiente para inhibir o suprimir la expresión del
gen objetivo del virus de papiloma humano, y en el caso de las verrugas o del tratamiento cervical o anal, se puede aplicar directamente al tejido infectado. En general, una dosis adecuada del ácido ribonucleico de doble cadena estará en el intervalo de 0.01 a 5.0 miligramos por kilogramo de peso corporal del receptor al día, en general en el intervalo de 1 microgramo a 1 miligramo por kilogramo de peso corporal al día. La composición farmacéutica se puede administrar una vez al día, o el ácido ribonucleico de doble cadena se puede administrar como dos, tres, o más su-dosis a intervalos apropiados a través de todo el día, o inclusive utilizando infusión continua o suministro a través de una formulación de liberación controlada de gel vaginal. En ese caso, el ácido ribonucleico de doble cadena contenido en cada sub-dosis debe ser correspondientemente más pequeño, con el objeto de alcanzar la dosificación diaria total. La unidad de dosificación también puede componerse para suministrar durante varios días, por ejemplo, utilizando una formulación de liberación sostenida convencional que proporcione la liberación sostenida del ácido ribonucleico de doble cadena durante un período de varios días. Las formulaciones de liberación sostenida son bien conocidas en la técnica, y son particularmente útiles para el suministro vaginal de agentes, tal como se podría utilizar con los agentes de la presente invención. En esta modalidad, la unidad de dosificación contiene un múltiplo correspondiente de la dosis diaria. El experto apreciará que ciertos factores pueden tener
influencia sobre la dosificación y el tiempo requerido para tratar efectivamente a un sujeto, incluyendo, pero no limitándose a, la severidad de la enfermedad o del trastorno, los tratamientos previos, la salud general y/o edad del sujeto, y otras enfermedades presentes. Más aún, el tratamiento de un sujeto con una cantidad terapéuticamente efectiva de una composición, puede incluir un solo tratamiento o una serie de tratamientos. Las estimaciones de las dosificaciones efectivas y las vidas medias in vivo para los ácidos ribonucleicos de doble cadena individuales abarcados por la invención se pueden hacer empleando metodologías convencionales, o con base en las pruebas in vivo, utilizando un modelo animal apropiado, como se describe en cualquier otra parte de la presente.
La invención reconoce que, por una variedad de razones, incluyendo la variabilidad de los genotipos del virus de papiloma humano, puede ser deseable tratar la infección por el virus de papiloma humano con más de un ácido ribonucleico de doble cadena de la invención al mismo tiempo. En una modalidad, se selecciona una combinación de ácidos ribonucleicos de doble cadena para dirigirse al intervalo más amplio de genotipos del virus de papiloma humano, con la mezcla menos compleja de ácido ribonucleico de doble cadena. Se esperaría que una composición farmacéutica de la invención que comprenda más de un tipo de ácido ribonucleico de doble cadena contendría dosificaciones de los ácidos ribonucleicos de doble cadena individuales, como se describe en la presente. Las combinaciones de ácido ribonucleico de doble cadena
se pueden proporcionar juntas en una composición farmacéutica de una sola forma de dosificación. De una manera alternativa, la combinación del ácido ribonucleico de doble cadena se puede proporcionar en formas de dosificación separadas, en cuyo caso, se pueden administrar al mismo tiempo o en diferentes tiempos, y posiblemente por diferentes medios. Por consiguiente, la invención contempla composiciones farmacéuticas que comprenden las combinaciones deseadas de ácido ribonucleico de doble cadena de la invención; y también contempla composiciones farmacéuticas de un solo ácido ribonucleico de doble cadena, que se pretende que se proporcionen como parte de un régimen de combinación. En este último caso, la invención de la terapia de combinación es por lo mismo un método de administración, en lugar de una composición de materia. Los avances en la genética de los ratones han generado un número de modelos de ratón para el estudio de diferentes enfermedades humanas, tales como los procesos patológicos mediados por la infección por el virus de papiloma humano. Estos modelos se utilizan para la prueba in vivo del ácido ribonucleico de doble cadena, así como para determinar una dosis terapéuticamente efectiva. Se puede utilizar cualquier método para administrar el ácido ribonucleico de doble cadena de la presente invención a un mamífero que contenga células infectadas con el virus de papiloma humano. Por ejemplo, la administración puede ser tópica (por ejemplo, vaginal
transdérmica, etc.); oral; o parenteral (por ejemplo, mediante inyección subcutánea, intraventricular, intramuscular, o intraperitoneal, o mediante goteo intravenoso). La administración puede ser rápida (por ejemplo, mediante inyección), o puede presentarse durante un período de tiempo (por ejemplo, mediante infusión lenta o administración de formulaciones de liberación lenta).
Típicamente, cuado se trata a un mamífero que tiene células infectadas con el virus de papiloma humano, las moléculas de ácido ribonucleico de doble cadena se administran tópicamente en un gel o crema vaginal. Por ejemplo, los ácidos ribonucleicos de doble cadena formulados con o sin liposomas se pueden aplicar de manera tópica directamente al cérvix, al tracto anal, o a las lesiones por el virus de papiloma humano, tales como las verrugas genitales. Para la administración tópica, se puede formular una molécula de ácido ribonucleico de doble cadena en composiciones tales como soluciones acuosas estériles o no estériles, soluciones no acuosas en solventes comunes tales como alcoholes, o soluciones en bases de aceite líquidas o sólidas. Estas soluciones también pueden contener reguladores del pH, diluyentes, y otros aditivos adecuados. Las composiciones para administración tópica se pueden formular en la forma de parches transdérmicos, ungüentos, lociones, cremas, geles, gotas, supositorios, aerosoles, líquidos, y polvos. Los geles y cremas se pueden formular utilizando polímeros y permeabilizantes conocidos en este campo. Los geles o cremas que contengan al ácido ribonucleico de doble cadena y los excipientes asociados, se
pueden aplicar al cérvix utilizando una tapa cervical, diafragma vaginal, codón recubierto, guante, y similares. Se pueden agregar vehículos farmacéuticos convencionales, bases acuosas, en polvo u oleosas, espesantes, y similares. Para la administración parenteral, intratecal, o intraventricular, la molécula de ácido ribonucleico de doble cadena se puede formular en composiciones, tales como soluciones acuosas estériles, las cuales también pueden contener reguladores del pH, diluyentes, y otros aditivos adecuados (por ejemplo, potenciadores de la penetración, compuestos portadores, y otros vehículos farmacéuticamente aceptables). En adición, las moléculas de ácido ribonucleico de doble cadena se pueden administrara un mamífero que contenga células infectadas por el virus de papiloma humano, empleando métodos no virales, tales como medios biológicos o abiológicos, como se describen, por ejemplo, en la Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 6,271,359. El suministro abiológico se puede llevar a cabo mediante una variedad de métodos, incluyendo, sin limitación: (1) cargar liposomas con una molécula de ácido ribonucleico de doble cadena proporcionada en la presente, y (2) formar complejo de una molécula de ácido ribonucleico de doble cadena con lípidos o liposomas, para formar complejos de ácido nucleico-lípido o de ácido nucleico-liposoma. El liposoma se puede componer de lípidos catiónicos y neutros comúnmente utilizados para transfectar células in vitro. Los lípidos catiónicos pueden formar
complejo (por ejemplo, asociarse por carga) con ácidos nucleicos negativamente cargados para formar liposomas. Los ejemplos de los liposomas catiónicos incluyen, sin limitación, lipofectina, lipofectamina, lipofectace, DOTAP ( 1 ,2-dioleoil-3-trimetil-amonio-propano), DOTMA (cloruro de N-[1 ,2(2,3-dioleiloxi)-propil]-N,N,N-trimetil-amonio), DOSPA (2,3-dioleoiloxi-N-[2-(espermin-carboxamido)-etil]-N,N-deimetil-1 - propanaminio), DOGS (dioctadecil-amido-glicil-espermina), y DC-col (3,[N,N\N-dimetil-etilen-diamin)-carbamo¡l]-colesterol). Los procedimientos para formar liposomas son bien conocidos en este campo. Las composiciones de liposoma se pueden formar, por ejemplo, a partir de fosfatidil-colina, dimiristoil-fosfatidil-colina, dipalmitoil-fosfatidil-colina, dimiristoil-fosfatidil-glicerol, o dioleoil-fosfatidil-etanolamina. Numerosos agentes lipofílicos están comercialmente disponibles, incluyendo lipofectina R (Invitrogen/Life Technologies, Carlsbad, Calif.) y EffecteneMR (Qiagen, Valencia, Calif .) . En adición, los métodos de suministro sistémico se pueden optimizar utilizando I í idos catiónicos comercialmente disponibles, tales como DDAB ó DOTAP, cada uno de los cuales se puede mezclar con un lípido neutro, tal como DOPE o colesterol. En algunos casos, se pueden utilizar liposomas, tales como los descritos por Templeton y colaboradores, (Nature Biotechnology, 15:647-652 (1997)). En otras modalidades, se pueden utilizar policationes, tales como polietilenimina, para lograr el suministro in vivo y ex vivo (Boletta y colaboradores, J. Am. Soc. Nephrol. 7:1728
(1996)). Se puede encontrar información adicional con respecto al uso de liposomas para suministrar ácidos nucleicos en la Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 6,271,359, en la Publicación del TCP Número WO 96/40964, y en Morrissey, D. y colaboradores, 2005. Nat. Biotechnol.23(8): 1002-7. Otros métodos no virales para administrar moléculas de ácido ribonucleico de doble cadena a un mamífero que contenga células infectadas por el virus de papiloma humano incluyen sistemas de suministro basados en lípidos (en adición a los liposomas), tales como lipoplejos y nanoemulsiones. Adicionalmente, se pueden utilizar sistemas de suministro polimérico condensante (es decir, complejos de ADN-polímero, o "poliplejos", incluyendo, pero no limitándose a, quitosanos, poli-(L-lisina) (PLL), polietilenimina (PEI), dendrímeros (por ejemplo, dendrímeros de poliamido-amina (PAMAM)), y poloxaminas. Adicionalmente, se pueden utilizar sistemas de suministro polimérico no condensantes, incluyendo, pero no limitándose a, poloxámeros, gelatina, PLGA (ácido poliláctico-co-glicólico), PVP (polivinil-pirrolidona), y PVA (poli-alcohol vinílico). Los procedimientos para el suministro anteriormente mencionado o las técnicas de administración son bien conocidos en la materia. Por ejemplo, los sistemas de suministro polimérico condensantes funcionan formando complejos fácilmente con moléculas de ADN amónicas; por ejemplo, la pol i - ( L- 1 i si na) (PLL) funciona formando un complejo positivamente cargado que interactúa con la superficie celular negativamente cargada, y
subsiguientemente sufre una rápida internalización. El suministro biológico se puede llevar a cabo mediante una variedad de métodos, incluyendo, sin limitación, el uso de vectores virales. Por ejemplo, los vectores virales (por ejemplo, vectores de adenovirus y virus de herpes) se pueden utilizar para suministrar moléculas de ácido ribonucleico de doble cadena a las células de la piel y a las células cervicales. Se pueden emplear técnicas de biología molecular convencionales para introducir uno o más de los ácidos ribonucleicos de doble cadena proporcionados en la presente, en uno de los muchos vectores virales diferentes previamente desarrollados para suministrar ácido nucleico a las células. Estos vectores virales resultantes se pueden utilizar para suministrar el uno o más ácidos ribonucleicos de doble cadena a las células, por ejemplo, mediante infección. Los ácidos ribonucleicos de doble cadena de la presente invención se pueden formular en un vehículo o diluyente farmacéuticamente aceptable. Un "vehículo farmacéuticamente aceptable" (también referido en la presente como un "excipiente") es un solvente farmacéuticamente aceptable, agente de suspensión, o cualquier otro vehículo farmacológicamente inerte. Los vehículos farmacéuticamente aceptables pueden ser líquidos o sólidos, y se pueden seleccionar teniendo en mente la manera planeada de administración, para proporcionar el volumen, la consistencia, y otras propiedades de transporte y químicas pertinentes deseadas. Los vehículos farmacéuticamente aceptables típicos incluyen, a manera
de ejemplo y no de limitación: agua; solución salina; agentes aglutinantes (por ejemplo, polivinil-pirrolidona o hidroxi-propil-metil-celulosa); rellenos (por ejemplo, lactosa y otros azúcares, gelatina, o sulfato de calcio); lubricantes (por ejemplo, almidón, po I i et i I en g I icol , o acetato de sodio); desintegrantes (por ejemplo, almidón o glicolato de almidón de sodio); y agentes humectantes (por ejemplo, lauril-sulfato de sodio). En adición, el ácido ribonucleico de doble cadena que se dirija al gen objetivo del virus de papiloma humano se puede formular en composiciones que contengan el ácido ribonucleico de doble cadena mezclado, encapsulado, conjugado, o asociado de otra manera con otras moléculas, estructuras moleculares, o mezclas de ácidos nucleicos. Por ejemplo, una composición que contenga uno o más agentes de ácido ribonucleico de doble cadena que se dirijan al gen E6AP, pueden contener otros agentes terapéuticos, tales como fármacos anti-inflamatorios (por ejemplo, fármacos anti-inflamatorios no esteroideos y corticosteroides), y fármacos antivirales (por ejemplo, ribavirina, vidarabina, aciclovir, y ganciclovir). En algunas modalidades, una composición puede contener uno o más ácidos ribonucleicos de doble cadena que tenga una secuencia complementaria para el gen objetivo del virus de papiloma humano en combinación con un agente queratolítico. Los agentes queratolíticos son agentes que separan o aflojan la capa córnea de la epidermis. Un ejemplo de un agente queratolítico incluye, sin limitación, ácido salicílico. Otros ejemplos se proporcionan en la
Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,543,417. Los agentes queratolíticos se pueden administrar en una cantidad efectiva para potenciar la penetración de los ácidos ribonucleicos de doble cadena, por ejemplo, en los tejidos, tales como la piel. Por ejemplo, un agente queratolítico se puede utilizar en una cantidad que permita que se aplique un ácido ribonucleico de doble cadena a una verruga genital, para penetrar a través de la verruga. La toxicidad y la eficacia terapéutica de estos compuestos se pueden determinar mediante procedimientos farmacéuticos convencionales en cultivos celulares o en animales experimentales, por ejemplo, para determinar la LD50 (la dosis letal para el 50 por ciento de la población) y la ED50 (la dosis terapéuticamente efectiva en el 50 por ciento de la población). La proporción de dosis entre los efectos tóxicos y terapéuticos es el índice terapéutico, y se puede expresar como la proporción LD50/LD50. Se prefieren los compuestos que exhiban altos índices terapéuticos. Los datos obtenidos a partir de los ensayos de cultivo celular y de los estudios con animales, se pueden utilizar en la formulación de un intervalo de dosificaciones para uso en seres humanos. La dosificación de las composiciones de la invención está generalmente dentro de un intervalo de concentraciones circulantes que incluya la ED50 con poca o ninguna toxicidad. La dosificación puede variar dentro de este intervalo, dependiendo de la forma de dosificación empleada, y de la vía de administración utilizada. Para cualquier compuesto utilizado en el método de la invención, la dosis
terapéuticamente efectiva se puede estimar inicialmente a partir de ensayos en cultivos celulares. Una dosis se puede formular en modelos animales para alcanzar un intervalo de concentración en plasma circulante del compuesto, o, cuando sea apropiado, del producto polipeptídico de una secuencia objetivo (por ejemplo, alcanzando una concentración reducida del polipéptido) que incluya la IC50 (es decir, la concentración del compuesto de prueba que logre una inhibición media-máxima de los síntomas), como sea determinado en un cultivo celular. Esta información se puede utilizar para determinar más precisamente las dosis útiles en seres humanos. Los niveles en plasma se pueden medir, por ejemplo, mediante cromatografía de líquidos de alto rendimiento. En adición a su administración individualmente o como una pluralidad, como se discute en lo anterior, los ácidos ribonucleicos de doble cadena de la invención se pueden administrar en combinación con otros agentes conocidos efectivos en el tratamiento de procesos patológicos mediados por la infección por el virus de papiloma humano. En cualquier caso, el médico que administre puede ajustar la cantidad y el tiempo de administración del ácido ribonucleico de doble cadena con base en los resultados observados utilizando medidas de eficacia convencionales conocidas en la técnica o descritas en la presente. Las combinaciones de ácido ribonucleico de doble cadena se pueden probar in vitro e in vivo, empleando los mismos métodos empleados para la identificación del ácido ribonucleico de doble
cadena individual preferido. Estas combinaciones se pueden seleccionar basándose puramente en la bioinformática, en donde se selecciona el número mínimo de ARNsi que proporcione cobertura sobre el intervalo más amplio de genotipos. De una manera alternativa, estas combinaciones se pueden seleccionar basándose en evaluaciones in vitro o in vivo a lo largo de las líneas descritas en la presente para los agentes individuales de ácido ribonucleico de doble cadena. Un ensayo preferido para probar las combinaciones de ácido ribonucleico de doble cadena es evaluar las consecuencias fenotípicas de la eliminación del objetivo del virus de papiloma humano mediada por el ARNsi en las líneas celulares de cáncer positivas para HPV16 (por ejemplo, SiHa o Caski, como se describe, por ejemplo, en Hengstermann y colaboradores (2005) Journal Vir. 79(14): 9296; y Butz y colaboradores, (2003) Oncogene 22: 5938), o en sistemas de cultivo organotípicos, como se describen, por ejemplo, en Jeon y colaboradores, (1995) Journal Vir.69(5):2989. Los inventores han identificado ciertas combinaciones preferidas de ácido ribonucleico de doble cadena que se pueden utilizar para tratar la infección por el virus de papiloma humano. En los términos más generales, la combinación del ácido ribonucleico de doble cadena comprende más de un ácido ribonucleico de doble cadena seleccionado de la Tabla 1, de la Tabla 3, de la Tabla 5, o de la Tabla 7. Por lo tanto, la invención contempla el uso de 2, 3, 4, 5, o más dúplexes de ácido ribonucleico de doble cadena seleccionados de la Tabla 1 , de la Tabla 3, de la Tabla 5, o de la Tabla 7, en una
terapia de combinación. En principio, se prefiere el número más pequeño de ácido ribonucleico de doble cadena para mayor simplicidad del producto terapéutico. Esto fuerza la selección del ácido ribonucleico de doble cadena que cubrirá el mayor número de genotipos del virus de papiloma humano perjudiciales o potencialmente perjudiciales, y en realidad, puede justificar la selección de una combinación que no necesariamente cubra todos los genotipos del virus de papiloma humano. Los siguientes ácidos ribonucleicos de doble cadena son particularmente susceptibles a la combinación: A partir de E1: ND-9072; ND-9142; ND-9092; ND-9162; ND-9097; ND-9167; ND-9066; ND-9123; AL-DP-8082; AL-DP-8095; A partir de E6: ND-8903; ND-8991; ND-8914; ND-9002; ND-8906; ND-8994; ND-8943; ND-9031; ND-9032; ND-8920; ND-8952; ND-8951; ND-9008; ND-9040; ND-9039; AL-DP-7783; AL-DP-7784; A partir de E6AP: AL-DP-7365; AL-DP-7371; AL-DP-7499; AL-DP-7545; AL-DP-7492; AL-DP-7473; AL-DP-7478; AL-DP-7554; AL-DP-7514; AL-DP-7397, ND-9300. Métodos para el tratamiento de las enfermedades causadas por la infección por el virus de papiloma humano Los métodos y composiciones descritos en la presente se pueden utilizar para tratar enfermedades y condiciones causadas por el virus de papiloma humano, que pueden ser el resultado de infecciones por el virus de papiloma humano clínicas o sub-clínicas. Estas enfermedades y condiciones, denominadas algunas veces en
la presente como "trastornos asociados con el virus de papiloma humano" o "procesos patológicos mediados por la infección por el virus de papiloma humano", incluyen, por ejemplo, malignidades epiteliales, cáncer de piel (no melanoma o melanoma), malignidades anogenitales tales como cáncer cervical, lesiones precancerosas asociadas con el virus de papiloma humano (incluyendo tejido cervical LSIL ó HSIL), carcinoma anal, lesiones malignas, lesiones benignas, carcinomas de papiloma, papiloadenoquistomas, neuropaticum de papiloma, papilomatosis, papilomas cutáneos y mucosos, condilomas, tumores fibroblásticos, y otras condiciones patológicas asociadas con el virus de papiloma. Por ejemplo, las composiciones descritas en la presente se pueden utilizar para tratar verrugas causadas por el virus de papiloma humano. Estas verrugas incluyen, por ejemplo, verrugas comunes {verruca vulgaris), por ejemplo, verrugas palmares, plantares, y periunguales; verrugas planas y filiformes; papilomas anales, orales, faríngeos, laríngeos, y de la lengua; y verrugas venéreas (condyloma accuminata) , también conocidas como verrugas genitales (por ejemplo, verrugas de pene, vulvares, vaginales, y cervicales), que son una de las manifestaciones más serias de la infección por el virus de papiloma humano. El ADN del virus de papiloma humano se puede encontrar en todos los grados de la neoplasia intraepitelial cervical (CIN l-lll), y se puede encontrar un subconjunto específico de tipos del virus de papiloma humano en el carcinoma in situ del cérvix. En consecuencia, las mujeres con
verrugas genitales, que contengan tipos específicos del virus de papiloma humano, se consideran en alto riesgo para desarrollar cáncer cervical. La enfermedad más común asociada con la infección por el virus de papiloma es el de verrugas de piel benignas, o verrugas comunes. Las verrugas comunes generalmente contienen los tipos 1, 2, 3, 4, ó 10 del virus de papiloma humano. Otras condiciones causadas por el virus de papiloma incluyen, por ejemplo, papilomas de laringe, las cuales son tumores epiteliales benignos de la laringe. Dos tipos de virus de papiloma, HPV-6 y HPV-11, son los más comúnmente asociados con los papilomas de laringe. Las composiciones descritas en la presente se pueden utilizar para tratar estas enfermedades y condiciones. Las composiciones descritas en la presente también se pueden utilizar en el tratamiento de epidermodisplasia verruciforme (EV), una rara enfermedad genéticamente transmitida, caracterizada por verrugas planas diseminadas que aparecen como máculas rojizas pequeñas. En adición, las composiciones descritas en la presente se pueden utilizar para tratar lesiones resultantes de la transformación celular para la cual el virus de papiloma humano es agente etiológico, por ejemplo, en el tratamiento de cáncer cervical. Las composiciones descritas en la presente también se pueden utilizar en el tratamiento de displasias inducidas por el virus de papiloma humano, por ejemplo displasias de pene, vulvares,
cervicales, vaginales, orales, anales, y de faringe, y en el tratamiento de cánceres inducidos por el virus de papiloma humano, por ejemplo cánceres de pene, vulvares, cervicales, vaginales, anales, orales, de faringe, y de cabeza y cuello. La invención también se puede practicar mediante la inclusión de un ácido ribonucleico de doble cadena específico en combinación con otro agente quimioterapéutico contra el cáncer, tal como cualquier agente quimioterapéutico convencional. La combinación de un agente de enlace específico con estos otros agentes puede potenciar el protocolo quimioterapéutico. Numerosos protocolos quimioterapéutico estarán presentes ellos mismos en la mente del experto, como capaces de incorporarse en el método de la invención. Se puede utilizar cualquier agente quimioterapéutico, incluyendo agentes alquilantes, anti-metabolitos, hormonas y antagonistas, radioisótopos, así como productos naturales. Por ejemplo, el compuesto de la invención se puede administrar con antibióticos, tales como doxorrubicina y otros análogos de antraciclina, mostazas de nitrógeno tales como ciclofosfamida, análogos de pirimidina tales como 5-fluoro-uracilo, cisplatina, hidroxi-urea, taxol y sus derivados naturales y sintéticos, y similares. Como otro ejemplo, en el caso de los tumores mixtos, tales como adenocarcinoma de mama, en donde los tumores incluyen células dependientes de gonadotropina e independientes de gonadotropina, el compuesto se puede administrar en conjunto de leuprolida o goserelina (análogos peptídicos sintéticos de LH-RH). Otros
protocolos antineoplásicos incluyen el uso de un compuesto de tetraciclina con otra modalidad de tratamiento, por cirugía, radiación, etc., también referidas en la presente como "modalidades antineoplásicas adjuntas". Por consiguiente, el método de la invención se puede emplear con estos regímenes convencionales con el beneficio de reducir los efectos secundarios y de mejorar la eficacia. En una alternativa adicional, los ácidos ribonucleicos de doble cadena que se dirigen al E6AP se pueden emplear para tratar trastornos neurológicos y del comportamiento. E6AP se ha implicado en trastornos neurológicos y del comportamiento a través de la identificación de mutaciones de E6AP en pacientes que tienen síndrome de Angelman. El síndrome de Angelman (AS) es un trastorno de neuro-comportamiento impreso caracterizado por retardo mental, habla ausente, risa excesiva, ataques, ataxia, y un patrón de EEG característico. (Hitchins, M. P. y colaboradores, 2004. Am. J. Med. Genet. A. 125(2): 167-72). Presumiblemente, no sería la intención del tratamiento inducir estas condiciones; más bien, como se observa en muchos defectos hereditarios, esta evidencia de que E6AP tiene un papel crítico en las condiciones neurológicas y del comportamiento, también indica que este objetivo puede tener una variedad de papeles en las patologías humanas, y probablemente es un objetivo adecuado para otras enfermedades en esta clase, en donde el silenciamiento de E6AP compensará otros defectos bioquímicos o enfermedades. Como se utilizan en la presente, los
"trastornos asociados con E6AP" incluyen los trastornos asociados con el virus de papiloma humano mencionados anteriormente, y otros trastornos neurológicos y del comportamiento. Métodos para inhibir la expresión del gen E6AP En todavía otro aspecto, la invención proporciona un método para inhibir la expresión del gen E6AP en un mamífero. El método comprende administrar una composición de la Tabla 1 de la invención al mamífero, de tal manera que se silencie la expresión del gen E6AP objetivo. Debido a su alta especificidad, estos ácidos ribonucleicos de doble cadena de la invención se dirigen específicamente a los ARNs (primarios o procesados) del gen E6AP objetivo. Las composiciones y métodos para inhibir la expresión de estos genes E6AP utilizando estos ácidos ribonucleicos de doble cadena, se pueden llevar a cabo como se describe en cualquier otra parte de la presente. En una modalidad, el método comprende administrar una composición que comprende un ácido ribonucleico de doble cadena, en donde el ácido ribonucleico de doble cadena comprende una secuencia de nucleótidos que es complementaria para cuando menos una parte de una transcripción de ARN del gen E6AP del mamífero que se va a tratar. Cuando el organismo que se va a tratar es un mamífero, tal como un ser humano, la composición se puede administrar por cualquier medio conocido en la técnica, incluyendo, pero no limitándose a, las vías oral o parenteral, incluyendo la administración intravenosa, intramuscular, subcutánea, transdérmica,
de las vías respiratorias (aerosol), nasal, rectal, vaginal, y tópica (incluyendo bucal y sublingual). En las modalidades preferidas, las composiciones se administran mediante administración tópica/ vaginal, o mediante infusión o inyección intravenosa. A menos que se definan de otra manera, todos los términos técnicos y científicos utilizados en la presente tienen el mismo significado que es comúnmente entendido por un experto ordinario en la materia a la que pertenece esta invención. Aunque se pueden emplear métodos y materiales similares o equivalentes a los descritos en la presente en la práctica o prueba de la invención, más adelante se describen los métodos y materiales adecuados. Todas las publicaciones, solicitudes de patente, patentes, y otras referencias mencionadas en la presente, se incorporan como referencia en su totalidad. En caso de conflicto, controlará la presente memoria descriptiva, incluyendo las definiciones. En adición, los materiales, métodos, y ejemplos son ilustrativos solamente, y no pretenden ser limitantes. EJEMPLOS Marcha genética del gen E6AP Se llevó a cabo el diseño del ARNsi para identificar los
ARNsi que se dirigen la ligasa de proteína de ubiquitina humana E3A (ube3A, también referida como E6AP). Se utilizaron secuencias de ARNm humanas para E6AP que representan diferentes isoformas (NM_130838.1 , NM_130839.1, NM_000462.2). Se utilizó la función de alineación múltiple ClustalW
(Thompson J. D., y colaboradores, Nucleic Acids Res. 1994, 22:4673) del software BioEdit, con todas las isoformas de E6AP humanas, para identificar la secuencia de ARNm NM_130838.1 como la secuencia más corta, así como para confirmar la conservación de secuencia desde la posición 5 hasta la 4491 (posición final) de la secuencia de referencia, un requerimiento para la dirección eficiente de todas las isoformas E6AP. Se identificaron todos los posibles 19mer traslapados (que representan las secuencias de cadena en sentido de ARNsi) que se extienden en la secuencia de referencia de E6AP NM_130838.1 , dando como resultado 4473 secuencias candidatas de 19mer. Combinadas, estas secuencias objetivo candidatas cubren la 5'-UTR, y la codificación de los dominios 3'UTR del ARNm de E6AP, y los sitios de unión de estos dominios. Con el objeto de clasificar y seleccionar los ARNsis a partir de la reserva de candidatos, se tomó el potencial predicho para interactuar con los objetivos irrelevantes (potencial no objetivo) como su parámetro de clasificación. Los ARNsis con un bajo potencial no objetivo se definieron como preferibles, y se asumieron como más específicos in vivo. Para predecir el potencial no objetivo específico del ARNsi, se hicieron las siguientes suposiciones: 1) La complementariedad con un gen objetivo en las posiciones 2 a 9 (contando 5' a 3') de una cadena (región de siembra) puede ser suficiente para la interacción de esa cadena con
el ARNm transcrito desde el gen objetivo y la siguiente disminución (Jackson A. L., y colaboradores, Nat Biotechnol. junio de 2003; 21(6):635-7). 2) Las posiciones 1 y 19 de cada cadena no son relevantes para todas las interacciones no objetivo. 3) La región de siembra puede contribuir con más potencial no objetivo que el resto de la secuencia. 4) Las posiciones 10 y 11 de la región del sitio de disociación (contando 5' a 3') de una cadena, pueden contribuir con más potencial no objetivo que las secuencias 3' para el sitio de disociación (región que no es de siembra), pero no tanto como la región de siembra. 5) Se puede calcular un puntaje no objetivo para cada gen y cada cadena, basándose en la complementariedad de la secuencia de la cadena de ARNsi con la secuencia del gen y la posición de los malos emparejamientos, mientras que se consideran las suposiciones 1 a 4. 6) Asumiendo una absorción potencial de actividad de la cadena en sentido por las modificaciones internas introducidas, solamente será relevante el potencial no objetivo de la cadena antisentido. 7) El potencial no objetivo de un ARNsi puede ser inferido a partir del gen que exhiba la más alta homología de acuerdo con nuestros criterios (mejor gen no objetivo), y por lo tanto, se puede expresar como el puntaje no objetivo del gen respectivo.
Con el fin de identificar los genes no objetivos potenciales, las secuencias anti-sentido 19mer se sometieron a una búsqueda de homologías contra las secuencias de ARNm humanas públicamente disponibles. Para este propósito, se llevaron a cabo búsquedas de fastA (versión 3.4) con todas las secuencias anti-sentido candidatas 19mer contra la base de datos RefSeq humana. Se utilizó un escrito Perl para generar secuencias anti-sentido a partir de las secuencias 19mer candidatas (perl escrito 2). La búsqueda fastA se ejecutó con los pares de parámetro/valor -g 30 -f 30 -L -i -H con el objeto de tomar en cuenta la homología sobre toda la longitud de la 19mer, y para formatear la salida adecuada para el análisis descrito en el siguiente paso. La búsqueda dio como resultado una lista de genes no objetivos potenciales para los ARNsis candidatos. Además, se aplicaron los parámetros de búsqueda de fastA con los valores -E 15000, con el objeto de hacer las entradas de la base de datos con más de 8 nucleobases contiguas idénticas a las secuencias de la cadena en sentido 19mer, muy probablemente para transferirse a un archivo de salida de fastA, mientras que se exhibe la homología de la longitud completa de 19mer (vea la suposición 1). Con el objeto de identificar el mejor gen no objetivo y su puntaje no objetivo, se analizó el archivo de salida de fastA. Para cada gen no objetivo potencial, se extrajeron las siguientes propiedades no objetivo para cada secuencia de entrada 19mer: Número de malos emparejamientos en la región de siembra. Número de malos emparejamientos en la región que no es
de siembra. Número de malos emparejamientos en la región del sitio de disociación. El puntaje no objetivo para cada gen no objetivo se calculó como sigue: (Número de malos emparejamientos de siembra multiplicado por 10) + (Número de malos emparejamientos del sitio de disociación multiplicado por 1.2) + Número de malos emparejamientos que no son de siembra. El puntaje no objetivo más bajo se extrajo para cada secuencia de entrada 19mer, y se escribió sucesivamente en un archivo de salida, dando como resultado una lista de puntajes no objetivo para todos los ARNsis correspondientes a las secuencias 19mer de entrada. Con el objeto de generar una clasificación de ARNsis, se introdujeron los puntajes no objetivo en una tabla de resultados. Todos los ARNsis se clasificaron finalmente de acuerdo con el puntaje no objetivo descendente, y se excluyeron de la selección las secuencias que contenían estiramientos con más de 3 Gs en una fila. Se seleccionaron y se sintetizaron los 156 ARNsis con un puntaje no objetivo de >=3 (Tabla 1).
Tabla 1 : AR Nd s q ue se d i ri ge al E6AP.
Secuencia objetivo de ARNm a SEQ Cadena en sentido SEQ Cadena anti-sentido SEQ partir de la secuencia de referencia ID. (secuencia objetivo) ID. (secuencia guía) que tiene ID. 5 humana NM_130838 (¡so3 humana) O. que tiene doble colgadura NO. doble colgadura NO. Secuencia de sitio objetivo 19mer Nombre de Secuencia (5 '-3') Secuencia (5 '-3') total + AA en los extremos dúplex
AAAUACGAUGAAUCUACAAAAAA 1 AUACGAUGAAUCUACAAAATT 157 UUUUGUAGAUUCAUCGUAUTT 313 AL-DP-7545
10 AAUGACUACAUUCUCAAUAAAAA 2 UGACUACAUUCUCAAUAAATT 158 UUUAUUGAGAAUGUAGUCATT 314 AL-DP-7558
AAAGCCUGCACGAAUGAGUUUAA 3 AGCCUGCACGAAUGAGUUUTT 159 AAACUCAUUCGUGCAGGCUTT 315 AL-DP-7548
AAGGAUUGUCGAAAACCACUUAA 4 GGAUUGUCGAAAACCACUUTT 160 AAGUGGUUUUCGACAAUCCTT 316 AL-DP-7509
AACUCUCGAGAUCCUAAUUAUAA 5 CUCUCGAGAUCCUAAUUAUTT 161 AUAAUUAGGAUCUCGAGAGTT 317 AL-DP-7492
15 AAAUGUGACUUACUUAACAGAAA 6 AUGUGACUUACUUAACAGATT 162 UCUGUUAAGUAAGUCACAUTT 318 AL-DP-7554
AAGUAUACUCUCGAGAUCCUAAA 7 GUAUACUCUCGAGAUCCUATT 163 UAGGAUCUCGAGAGUAUACTT 319 AL-DP-7557
AAAGGUUACCUACAUCUCAUAAA 8 AGGUUACCUACAUCUCAUATT 164 UAUGAGAUGUAGGUAACCUTT 320 AL-DP-7476
AAAGUACUUAUUCAGACCAGAAA 9 AGUACUUAUUCAGACCAGATT 165 UCUGGUCUGAAUAAGUACUTT 321 AL-DP-7514
20 AAAUCCUAAUUAUCUGAAUUUAA 10 AUCCUAAUUAUCUGAAUUUTT 166 AAAUUCAGAUAAUUAGGAUTT 322 AL-DP-7540
Secuencia objetivo de ARNm a SEQ Cadena en sentido SEQ Cadena anti-sentido SEQ partir de la secuencia de referencia ID. (secuencia objetivo) ID. (secuencia guía) que tiene ID. humana N _130838 (iso3 humana) O. que tiene doble colgadura NO. doble colgadura O. Secuencia de sitio objetivo 19mer Nombre de Secuencia (5 '-3') Secuencia (5 '-3') total + AA en los extremos dúplex
AAAAGGAUAGGUGAUAGCUCAAA 1 1 AAGGAUAGGUGAUAGCUCATT 167 UGAGCUAUCACCUAUCCUUTT 323 AL-DP-7397
AAGGAAGCCGGAAUCUAGAUUAA 12 GGAAGCCGGAAUCUAGAUUTT 168 AAUCUAGAUUCCGGCUUCCTT 324 AL-DP-7526
AAUGCUUCGAAGUGCUUGAAAAA 13 UGCUUCGAAGUGCUUGAAATT 169 UUUCAAGCACUUCGAAGCATT 325 AL-DP-7473
AAUGGAUUGUCGAAAACCACUAA 14 UGGAUUGUCGAAAACCACUTT 170 AGUGGUUUUCGACAAUCCATT 326 AL-DP-7478
AACGGCUAGAGAUGAUCGCUAAA 15 CGGCUAGAGAUGAUCGCUATT 171 UAGCGAUCAUCUCUAGCCGTT 327 AL-DP-7553
AAACAGUCGAAAUCUAGUGAAAA 16 ACAGUCGAAAUCUAGUGAATT 172 UUCACUAGAUUUCGACUGUTT 328 AL-DP-7395
AAGAUCAGACUGUGGUCUAAAAA 17 GAUCAGACUGUGGUCUAAATT 173 UUUAGACCACAGUCUGAUCTT 329 AL-DP-7522
15 AACUCGAGAUCCUAAUUAUCUAA 18 CUCGAGAUCCUAAUUAUCUTT 174 AGAUAAUUAGGAUCUCGAGTT 330 AL-DP-7499
AAUAUCGUAAUGGAGAAUAGAAA 19 UAUCGUAAUGGAGAAUAGATT 175 UCUAUUCUCCAUUACGAUATT 331 AL-DP-7527
AACUCAAAGUUAGACGUGACCAA 20 CUCAAAGUUAGACGUGACCTT 176 GGUCACGUCUAACUUUGAGTT 332 AL-DP-7544
AAAGGAUAGGUGAUAGCUCACAA 21 AGGAUAGGUGAUAGCUCACTT 177 GUGAGCUAUCACCUAUCCUTT 333 AL-DP-7489
20 AACACCUAACGUGGAAUGUGAAA 22 CACCUAACGUGGAAUGUGATT 178 UCACAUUCCACGUUAGGUGTT 334 AL-DP-7365
Secuencia objetivo de ARNm a SEQ Cadena en sentido SEQ Cadena anti-sentido SEQ partir de la secuencia de referencia ID. (secuencia objetivo) ID. (secuencia guía) que tiene ID. humana NM_130838 (iso3 humana) NO. que tiene doble colgadura NO. doble colgadura NO. Secuencia de sitio objetivo 19mer Nombre de Secuencia (5'-3') Secuencia (5'-3') total + AA en los extremos dúplex
AAAAUCGUUCAUUCAUUUACAAA 23 AAUCGUUCAUUCAUUUACATT 179 UGUAAAUGAAUGAACGAUUTT 335 AL-DP-7390
AACUUG ACG UAUCACAAUG U AAA 24 CUUGACGUAUCACAAUGUATT 180 UACAUUGUGAUACGUCAAGTT 336 AL-DP-7458
AAUGGUAUGUUCACAUACGAUAA 25 UGGUAUGUUCACAUACGAUTT 181 AUCGUAUGUGAACAUACCATT 337 AL-DP-7532
AAGAUAGGUGAUAGCUCACAGAA 26 GAUAGGUGAUAGCUCACAGTT 182 CUGUGAGCUAUCACCUAUCTT 338 AL-DP-7546
AACCGGCUAGAGAUGAUCGCUAA 27 CCGGCUAGAGAUGAUCGCUTT 183 AGCGAUCAUCUCUAGCCGGTT 339 AL-DP-7512
AACAUAGUACUGGGUCUGGCUAA 28 CAUAGUACUGGGUCUGGCUTT 184 AGCCAGACCCAGUACUAUGTT 340 AL-DP-7470
AAAAUGUAUACUCUCGAGAUCAA 29 AAUGUAUACUCUCGAGAUCTT 185 GAUCUCGAGAGUAUACAUUTT 341 AL-DP-7406
15 AAAACUUUUCGUGACUUGGGAAA 30 AACUUUUCGUGACUUGGGATT 186 UCCCAAGUCACGAAAAGUUTT 342 AL-DP-7382
AAAAAGUUAGACGUGACCAUAAA 31 AAAGUUAGACGUGACCAUATT 187 UAUGGUCACGUCUAACUUUTT 343 AL-DP-7547
AAUGAUUAGGGAGUUCUGGGAAA 32 UGAUUAGGGAGUUCUGGGATT 188 UCCCAGAACUCCCUAAUCATT 344 AL-DP-7490
AAUACGAUGAAUCUACAAAAUAA 33 UACGAUGAAUCUACAAAAUTT 189 AUUUUGUAGAUUCAUCGUATT 345 AL-DP-7493
20 AACUUGUCCGGCUAGAGAUGAAA 34 CUUGUCCGGCUAGAGAUGATT 190 UCAUCUCUAGCCGGACAAGTT 346 AL-DP-7529
Secuencia objetivo de ARNm a SEQ Cadena en sentido SEQ Cadena anti-sentido SEQ partir de la secuencia de referencia ID. (secuencia objetivo) ID. (secuencia guía) que tiene ID. humana NM_130838 (iso3 humana) NO. que tiene doble colgadura NO. doble colgadura NO. Secuencia de sitio objetivo 19mer Nombre de Secuencia (5 -3 ) Secuencia (5'-3') total + AA en los extremos dúplex
AAUAUACUCUCGAGAUCCUAAAA 35 UAUACUCUCGAGAUCCUAATT 191 UUAGGAUCUCGAGAGUAUATT 347 AL-DP-7400
AAACUUGACGUAUCACAAUGUAA 36 ACUUGACGUAUCACAAUGUTT 192 ACAUUGUGAUACGUCAAGUTT 348 AL-DP-7391
AAAACAGUCGAAAUCUAGUGAAA 37 AACAGUCGAAAUCUAGUGATT 193 UCACUAGAUUUCGACUGUUTT 349 AL-DP-7393
AAUCAUUAUCGUAAUGGAGAAAA 38 UCAUUAUCGUAAUGGAGAATT 194 UUCUCCAUUACGAUAAUGATT 350 AL-DP-751 1
AAAUAGUACUGGGUCUGGCUAAA 39 AUAGUACUGGGUCUGGCUATT 195 UAGCCAGACCCAGUACUAUTT 351 AL-DP-7454
AACCUAACGUGGAAUGUGACUAA 40 CCUAACGUGGAAUGUGACUTT 196 AGUCACAUUCCACGUUAGGTT 352 AL-DP-7450
AAUUGUCCGGCUAGAGAUGAUAA 41 UUGUCCGGCUAGAGAUGAUTT 197 AUCAUCUCUAGCCGGACAATT 353 AL-DP-7533
15 AAACCUAACGUGGAAUGUGACAA 42 ACCUAACGUGGAAUGUGACTT 198 GUCACAUUCCACGUUAGGUTT 354 AL-DP-7485
AAUUAACAGUCGAAAUCUAGUAA 43 UUAACAGUCGAAAUCUAGUTT 199 ACUAGAUUUCGACUGUUAATT 355 AL-DP-7495
AAUUGGCAUAGUACUGGGUCUAA 44 UUGGCAUAGUACUGGGUCUTT 200 AGACCCAGUACUAUGCCAATT 356 AL-DP-7456
AAGAACUUUUCGUGACUUGGGAA 45 GAACUUUUCGUGACUUGGGTT 201 CCCAAGUCACGAAAAGUUCTT 357 AL-DP-7538
20 AAG UCCGGCUAGAGAUGAUCGAA 46 GUCCGGCUAGAGAUGAUCGTT 202 CGAUCAUCUCUAGCCGGACTT 358 AL-DP-7377
Secuencia objetivo de ARNm a SEQ Cadena en sentido SEQ Cadena anti-sentido SEQ partir de la secuencia de referencia ID. (secuencia objetivo) ID. (secuencia guía) que tiene ID. humana N _130838 (¡so3 humana) O. que tiene doble colgadura NO. doble colgadura NO. Secuencia de sitio objetivo 19mer Nombre de Secuencia (5 '-3') Secuencia (5'-3") total + AA en los extremos dúplex
AAGCCCUCGAGCUUUAUAAGAAA 47 GCCCUCGAGCUUUAUAAGATT 203 UCUUAUAAAGCUCGAGGGCTT 359 AL-DP-7405
AACUCGAGCUUUAUAAGAUUAAA 48 CUCGAGCUUUAUAAGAUUATT 204 UAAUCUUAUAAAGCUCGAGTT 360 AL-DP-7392
AAUGGCAUAGUACUGGGUCUGAA 49 UGGCAUAGUACUGGGUCUGTT 205 CAGACCCAGUACUAUGCCATT 361 AL-DP-7453
AAACGAAUGAGUUUUGUGCUUAA . 50 ACGAAUGAGUUUUGUGCUUTT 206 AAGCACAAAACUCAU UCG UTT 362 AL-DP-7366
AAUUUCUUCGUAUGGAUAAUAAA 51 UUUCUUCGUAUGGAUAAUATT 207 UAUUAUCCAUACGAAGAAATT 363 AL-DP-7534
AAAGACGUGACCAUAUCAUAGAA 52 AGACGUGACCAUAUCAUAGTT 208 CUAUGAUAUGGUCACGUCUTT 364 AL-DP-7401
AAUAGUACUGGGUCUGGCUAUAA 53 UAGUACUGGGUCUGGCUAUTT 209 AUAGCCAGACCCAGUACUATT 365 AL-DP-7523
15 AACGUAUGGAUAAUAAUGCAGAA 54 CGUAUGGAUAAUAAUGCAGTT 210 CUGCAUUAUUAUCCAUACGTT 366 AL-DP-7555
AAUGGCUAUUUACAAUAACUGAA 55 UGGCUAUUUACAAUAACUGTT 21 1 CAGUUAUUGUAAAUAGCCATT 367 AL-DP-7536
AAAAUUCGCAUGUACAGUGAAAA 56 AAUUCGCAUGUACAGUGAATT 212 UUCACUGUACAUGCGAAUUTT 368 AL-DP-7371
AAAAUAGAAUUCGCAUGUACAAA 57 AAUAGAAUUCGCAUGUACATT 213 UGUACAUGCGAAUUCUAUUTT 369 AL-DP-7372
20 AAUGGUAACCCAAUGAUGUAUAA 58 UGGUAACCCAAUGAUGUAUTT 214 AUACAUCAUUGGGUUACCATT 370 AL-DP-7370
Secuencia objetivo de A Nm a SEQ Cadena en sentido SEQ Cadena anti-sentido SEQ partir de la secuencia de referencia ID. (secuencia objetivo) ID. (secuencia guía) que tiene ID. humana N _ 30838 (iso3 humana) NO. que tiene doble colgadura NO. doble colgadura NO. Secuencia de sitio objetivo 19mer Nombre de Secuencia (5 '-3') Secuencia (5'-3') total + AA en los extremos dúplex
AAAGCCGGAAUCUAGAUUUCCAA 59 AGCCGGAAUCUAGAUUUCCTT 215 GGAAAUCUAGAUUCCGGCUTT 371 AL-DP-7474
AAACUUUUCGUGACUUGGGAGAA 60 ACUUUUCGUGACUUGGGAGTT 216 CUCCCAAGUCACGAAAAGUTT 372 AL-DP-7452
AAAGCCCUCGAGCUUUAUAAGAA 61 AGCCCUCGAGCUUUAUAAGTT 21 7 CUUAUAAAGCUCGAGGGCUTT 373 AL-DP-7498
AAGAACGAAGAAUCACUGUUCAA 62 GAACGAAGAAUCACUGUUCTT 218 GAACAGUGAUUCUUCGUUCTT 374 AL-DP-7551
AAUAUUCUGACUACAUUCUCAAA 63 UAUUCUGACUACAUUCUCATT 219 UG AG AAUG UAG UCAG AAU ATT 375 AL-DP-7552
AAGCAUCUAAUAGAACGCUACAA 64 GCAUCUAAUAGAACGCUACTT 220 GUAGCGUUCUAUUAGAUGCTT 376 AL-DP-7504
AAUCGAAAUCUAGUGAAUGAUAA 65 UCGAAAUCUAGUGAAUGAUTT 221 AUCAUUCACUAGAUUUCGATT 377 AL-DP-7467
15 AAAGUCGAAAUCUAGUGAAUGAA 66 AGUCGAAAUCUAGUGAAUGTT 222 CAUUCACUAGAUUUCGACUTT 378 AL-DP-7463
AAGAAAGGCGCUAGAAUUGAUAA 67 GAAAGGCGCUAGAAUUGAUTT 223 AUCAAUUCUAGCGCCUUUCTT 379 AL-DP-7399
AAAAAGGCGCUAGAAUUGAUUAA 68 AAAGGCGCUAGAAUUGAUUTT 224 AAUCAAUUCUAGCGCCUUUTT 380 AL-DP-7501
AAAGGCGCUAGAAUUGAUUUUAA 69 AGGCGCUAGAAUUGAUUUUTT 225 AAAAUCAAUUCUAGCGCCUTT 381 AL-DP-7385
20 AAAGCAUCUAAUAGAACGCUAAA 70 AGCAUCUAAUAGAACGCUATT 226 UAGCGUUCUAUUAGAUGCUTT 382 AL-DP-7480
Secuencia objetivo de ARNm a SEQ Cadena en sentido SEQ Cadena anti-sentido SEQ partir de la secuencia de referencia ID. (secuencia objetivo) ID. (secuencia guía) que tiene ID. humana NM_130838 (iso3 humana) NO. que tiene doble colgadura NO. doble colgadura NO. Secuencia de sitio objetivo 19mer Nombre de Secuencia (5 '-3') Secuencia (5 '-3') total + AA en los extremos dúplex
AACAAAGCGAUGAGCAAGCUAAA 71 CAAAGCGAUGAGCAAGCUATT 227 UAGCUUGCUCAUCGCUUUGTT 383 AL-DP-7528
AACCAUGGUUGUCUACAGGAAAA 72 CCAUGGUUGUCUACAGGAATT 228 UUCCUGUAGACAACCAUGGTT 384 AL-DP-7535
AAAGAAAGGCGCUAGAAUUGAAA 73 AGAAAGGCGCUAGAAUUGATT 229 UCAAUUCUAGCGCCUUUCUTT 385 AL-DP-7403
AAAACGCUACUACCACCAGUUAA 74 AACGCUACUACCACCAGUUTT 230 AACUGGUGGUAGUAGCGUUTT 386 AL-DP-7380
AAGCGCUAGAAUUGAUUUUAAAA 75 GCGCUAGAAUUGAUUUUAATT 231 UUAAAAUCAAUUCUAGCGCTT 387 AL-DP-7364
AAGCACGUGAUCAGUGUUGCAAA 76 GCACGUGAUCAGUGUUGCATT 232 UGCAACACUGAUCACGUGCTT 388 AL-DP-7469
AAGAUAG UG UCCCAG U AC AAAAA 77 GAUAGUGUCCCAGUACAAATT 233 UUUGUACUGGGACACUAUCTT 389 AL-DP-7518
15 AAUUUGCGUGAAAGUGUUACAAA 78 UUUGCGUGAAAGUGUUACATT 234 UGUAACACUUUCACGCAAATT 390 AL-DP-7464
AAAGUAUGUGCUACUUUUUUGAA 79 AGUAUGUGCUACUUUUUUGTT 235 CAAAAAAGUAGCACAUACUTT 391 AL-DP-7560
AAGUAUGUCGUCUUCAUGUGUAA 80 G UAUG UCGUCUUCAUG UGUTT 236 ACACAUGAAGACGACAUACTT 392 AL-DP-7461
AAGGUAGUCAAGCCUAUUGCAAA 81 GGUAGUCAAGCCUAUUGCATT 237 UGCAAUAGGCUUGACUACCTT 393 AL-DP-7472
20 AAACGUAACCUUCAAGUAUGUAA 82 ACGUAACCUUCAAGUAUGUTT 238 ACAUACUUGAAGGUUACGUTT 394 AL-DP-7459
Secuencia objetivo de ARNm a SEQ Cadena en sentido SEQ Cadena anti-sentido SEQ partir de la secuencia de referencia ID. (secuencia objetivo) ID. (secuencia guia) que tiene ID. humana NM_ 30838 (iso3 humana) NO. que tiene doble colgadura NO. doble colgadura NO. Secuencia de sitio objetivo 19mer Nombre de Secuencia (5'-3') Secuencia (5 '-3') total + AA en los extremos dúplex
AAACCACGUAACCUUCAAGUAAA 83 ACCACGUAACCUUCAAGUATT 239 UACUUGAAGGUUACGUGGUTT 395 AL-DP-7381
AACAGUAAGCUGACCUGGAAAAA 84 CAGUAAGCUGACCUGGAAATT 240 UUUCCAGGUCAGCUUACUGTT 396 AL-DP-7515
AAAGUAGGUUUACAUUACUGAAA 85 AGUAGGUUUACAUUACUGATT 241 UCAGUAAUGUAAACCUACUTT 397 AL-DP-7517
AAAAUGGUAGUCAAGCCUAUUAA 86 AAUGGUAGUCAAGCCUAUUTT 242 AAUAGGCUUGACUACCAUUTT 398 AL-DP-7521
AAGCCUAUUGCAACAAAGUUAAA 87 GCCUAUUGCAACAAAGUUATT 243 UAACUUUGUUGCAAUAGGCTT 399 AL-DP-7530
AAGACCACGUAACCUUCAAGUAA 88 GACCACGUAACCUUCAAGUTT 244 ACUUGAAGGUUACGUGGUCTT 400 AL-DP-7388
AAUGUUAAACGUUACUUUCAUAA 89 UGUUAAACGUUACUUUCAUTT 245 AUGAAAGUAACGUUUAACATT 401 AL-DP-7451
15 AAAUUGAAGCUAGCCGAAUGAAA 90 AUUGAAGCUAGCCGAAUGATT 246 UCAUUCGGCUAGCUUCAAUTT 402 AL-DP-7484
AAAUAUAACGAGGGAUAAAUUAA 91 AU AU AACG AGGG AUAAAU UTT 247 AAUUUAUCCCUCGUUAUAUTT 403 AL-DP-7376
AAACUUACUUAUUACCUAGAUAA 92 ACUUACUUAUUACCUAGAUTT 248 AUCUAGGUAAUAAGUAAGUTT 404 AL-DP-7500
AAUGUUCUCGUUGUUGUUUUAAA 93 UGUUCUCGUUGUUGUUUUATT 249 UAAAACAACAACGAGAACATT 405 AL-DP-7488
20 AAUUUUAAGGGUUAAAUCACUAA 94 UUUUAAGGGUUAAAUCACUTT 250 AG UG AU U U AACCCUUAAAATT 406 AL-DP-7541
Secuencia objetivo de ARNm a SEQ Cadena en sentido SEQ Cadena anti-sentido SEQ partir de la secuencia de referencia ID. (secuencia objetivo) ID. (secuencia guía) que tiene ID. humana N _130838 (¡so3 humana) NO. que tiene doble colgadura NO. doble colgadura NO. Secuencia de sitio objetivo 19mer Nombre de Secuencia (5'-3') Secuencia (5 '-3') total + AA en los extremos dúplex
AAAGUAACAGCACAACAAAUUAA 95 AGUAACAGCACAACAAAUUTT 251 AAUUUGUUGUGCUGUUACUTT 407 AL-DP-7550
AACAACUCCUGCUCUGAGAUAAA 96 CAACUCCUGCUCUGAGAUATT 252 UAUCUCAGAGCAGGAGUUGTT 408 AL-DP-7776
AAGAUGUGACUUACUUAACAGAA 97 GAUGUGACUUACUUAACAGTT 253 CUGUUAAGUAAGUCACAUCTT 409 AL-DP-7777
AACAUUAUCGUAAUGGAGAAUAA 98 CAUUAUCGUAAUGGAGAAUTT 254 AUUCUCCAUUACGAUAAUGTT 410 AL-DP-7510
AACCAUUUUAUCGAGGCACGUAA 99 CCAUUUUAUCGAGGCACGUTT 255 ACGUGCCUCGAUAAAAUGGTT 41 1 AL-DP-7507
AAAGUAGCCAAUCCUCUUUCUAA 100 AGUAGCCAAUCCUCUUUCUTT 256 AGAAAGAGGAUUGGCUACUTT 412 AL-DP-7479
AAUAAUAGAACGCUACUACCAAA 101 UAAUAGAACGCUACUACCATT 257 UGGUAGUAGCGUUCUAUUATT 413 AL-DP-7542
15 AACUUCGUGCAACUGUAGUCAAA 102 CUUCGUGCAACUGUAGUCATT 258 UGACUACAGUUGCACGAAGTT 414 AL-DP-7494
AAUCAUAUGGUGACCAAUGAAAA 103 UCAUAUGGUGACCAAUGAATT 259 UUCAUUGGUCACCAUAUGATT 415 AL-DP-7531
AAUUAAUCCGUGUUAUUGGAAAA 104 UUAAUCCGUGUUAUUGGAATT 260 UUCCAAUAACACGGAUUAATT 416 AL-DP-7373
AAAUACGCUACCUUGAUGAAAAA 105 AUACGCUACCUUGAUGAAATT 261 UUUCAUCAAGG UAGCG UAUTT 417 AL-DP-7508
20 AAAGCUAGCCGAAUGAAGCGAAA 106 AGCUAGCCGAAUGAAGCGATT 262 UCGCUUCAUUCGGCUAGCUTT 418 AL-DP-7487
Secuencia objetivo de ARNm a SEQ Cadena en sentido SEQ Cadena anti-sentido SEQ partir de la secuencia de referencia ID. (secuencia objetivo) ID. (secuencia guía) que tiene ID. humana NM_130838 (iso3 humana) O. que tiene doble colgadura NO. doble colgadura NO. Secuencia de sitio objetivo 19mer Nombre de Secuencia (5 '-3') Secuencia (5'-3") total + AA en los extremos dúplex
AAUACAUACGCUACCUUGAUGAA 107 UACAUACGCUACCUUGAUGTT 263 CAUCAAGGUAGCGUAUGUATT 419 AL-DP-7375
AAAAUAUAACGAGGGAUAAAUAA 108 AAUAUAACGAGGGAUAAAUTT 264 AUUUAUCCCUCGUUAUAUUTT 420 AL-DP-7462
AAGUUCUCGUUGUUGUUUUAAAA 109 GUUCUCGUUGUUGUUUUAATT 265 UUAAAACAACAACGAGAACTT 421 AL-DP-7513
AAUGAUUGACUGAUUGUUUUAAA 110 UGAUUGACUGAUUGUUUUATT 266 UAAAACAAUCAGUCAAUCATT 422 AL-DP-7455
AAUUUAAUCCGUGUUAUUGGAAA 11 1 UUUAAUCCGUGUUAUUGGATT 267 UCCAAUAACACGGAUUAAATT 423 AL-DP-7374
AAUGUCCGGCUAGAGAUGAUCAA 112 UGUCCGGCUAGAGAUGAUCTT 268 GAUCAUCUCUAGCCGGACATT 424 AL-DP-7475
AAGCUAGCCGAAUGAAGCGAGAA 113 GCUAGCCGAAUGAAGCGAGTT 269 CUCGCUUCAUUCGGCUAGCTT 425 AL-DP-7369
15 AAGUACAUACGCUACCUUGAUAA 114 GUACAUACGCUACCUUGAUTT 270 AUCAAGGUAGCGUAUGUACTT 426 AL-DP-7466
AAUCGAGCUUUAUAAGAUUAAAA 115 UCGAGCUUUAUAAGAUUAATT 271 UUAAUCUUAUAAAGCUCGATT 427 AL-DP-7491
AACUACCACCAGUUAACUGAGAA 116 CUACCACCAGUUAACUGAGTT 272 CUCAGUUAACUGGUGGUAGTT 428 AL-DP-7482
AAUUUUAUCGAGGCACGUGAUAA 117 UUUUAUCGAGGCACGUGAUTT 273 AUCACGUGCCUCGAUAAAATT 429 AL-DP-7398
20 AAAUUUUAUCGAGGCACGUGAAA 118 AUUUUAUCGAGGCACGUGATT 274 UCACGUGCCUCGAUAAAAUTT 430 AL-DP-7471
Secuencia objetivo de ARNm a SEQ Cadena en sentido SEQ Cadena anti-sentido SEQ partir de la secuencia de referencia ID. (secuencia objetivo) ID. (secuencia guía) que tiene ID. humana NM_130838 (¡so3 humana) O. que tiene doble colgadura NO. doble colgadura O. Secuencia de sitio objetivo 19mer Nombre de Secuencia (5 '-3') Secuencia (5 '-3') total + AA en los extremos dúplex
AAAACGUUACUUUCAUGUACUAA 1 19 AACGUUACUUUCAUGUACUTT 275 AGUACAUGAAAGUAACGUUTT 431 AL-DP-7383
AAAGAAUUCGCAUGUACAGUGAA 120 AGAAUUCGCAUGUACAGUGTT 276 CACUGUACAUGCGAAUUCUTT 432 AL-DP-7367
AAUCACGUAUGCCAAAGGAUUAA 121 UCACGUAUGCCAAAGGAUUTT 277 AAUCCUUUGGCAUACGUGATT 433 AL-DP-7386
AACUUUAAUCCGUGUUAUUGGAA 122 CUUUAAUCCGUGUUAUUGGTT 278 CCAAUAACACGGAUUAAAGTT 434 AL-DP-7525
AAACAUACGCUACCUUGAUGAAA 123 ACAUACGCUACCUUGAUGATT 279 UCAUCAAGGUAGCGUAUGUTT 435 AL-DP-7486
AAUCCUAGUCUUCUGUGUAUGAA 124 UCCUAGUCUUCUGUGUAUGTT 280 CAUACACAGAAGACUAGGATT 436 AL-DP-7539
AACAUUUUAUCGAGGCACGUGAA 125 CAUUUUAUCGAGGCACGUGTT 281 CACGUGCCUCGAUAAAAUGTT 437 AL-DP-7483
15 AAUUAACUGAUUACUGUAGAUAA 126 UUAACUGAUUACUGUAGAUTT 282 AUCUACAGUAAUCAGUUAATT 438 AL-DP-7503
AACCUUCGUGCAACUGUAGUCAA 127 CCU UCG UGCAACUG U AG UCTT 283 GACUACAGUUGCACGAAGGTT 439 AL-DP-7537
AAUGUUAGGGUACAUACGCUAAA 128 UGUUAGGGUACAUACGCUATT 284 UAGCGUAUGUACCCUAACATT 440 AL-DP-7396
AACACUGUUAGGGUACAUACGAA 129 CACUGUUAGGGUACAUACGTT 285 CGUAUGUACCCUAACAGUGTT 441 AL-DP-7404
20 AAUGUGGCACUUUUCACCAUAAA 130 UGUGGCACUUUUCACCAUATT 286 UAUGGUGAAAAGUGCCACATT 442 AL-DP-7543
Secuencia objetivo de ARNm a SEQ Cadena en sentido SEQ Cadena anti-sentido SEQ partir de la secuencia de referencia ID. (secuencia objetivo) ID. (secuencia guía) que tiene ID. humana NM_130838 (iso3 humana) NO. que tiene doble colgadura NO. doble colgadura NO. Secuencia de sitio objetivo 19mer Nombre de Secuencia (5 '-3') Secuencia (5'-3') total + AA en los extremos dúplex
AAAUCACGUAUGCCAAAGGAUAA 131 AUCACGUAUGCCAAAGGAUTT 287 AUCCUUUGGCAUACGUGAUTT 443 AL-DP-7379
AAAGGGUACAUACGCUACCUUAA 132 AGGGUACAUACGCUACCUUTT 288 AAGGUAGCGUAUGUACCCUTT 444 AL-DP-7502
AAACUAAGGUGAGACAUUGAUAA 133 ACUAAGGUGAGACAUUGAUTT 289 AUCAAUGUCUCACCUUAGUTT 445 AL-DP-7519
AAUGUCACCUAACGUGGAAUGAA 134 UGUCACCUAACGUGGAAUGTT 290 CAUUCCACGUUAGGUGACATT 446 AL-DP-7506
AAAUAGAAUUCGCAUGUACAGAA 135 AUAGAAUUCGCAUGUACAGTT 291 CUGUACAUGCGAAUUCUAUTT 447 AL-DP-7457
AAUUCGUGACUUGGGAGACUCAA 136 UUCGUGACUÜGGGAGACUCTT 292 GAGUCUCCCAAGUCACGAATT 448 AL-DP-7468
AAUAGAAUUCGCAUGUACAGUAA 137 UAGAAUUCGCAUG UACAGUTT 293 ACUGUACAUGCGAAUUCUATT 449 AL-DP-7368
15 AAUGAGGGCGUUUUAUAUAAUAA 138 UGAGGGCGUUUUAUAUAAUTT 294 AUUAUAUAAAACGCCCUCATT 450 AL-DP-7402
AAACACUGUUAGGGUACAUACAA 139 ACACUGUUAGGGUACAUACTT 295 GUAUGUACCCUAACAGUGUTT 451 AL-DP-7481
AAUUCUCGUUGUUGUUUUAAGAA 140 UUCUCGUUGUUGUUUUAAGTT 296 CU UAAAACAACAACG AG AATT 452 AL-DP-7465
AACUGUUAGGGUACAUACGCUAA 141 CUGUUAGGGUACAUACGCUTT 297 AGCGUAUGUACCCUAACAGTT 453 AL-DP-7496
20 AAUUUAACUAAGGUGAGACAUAA 142 U UU AACUAAGG UG AGACAUTT 298 AUGUCUCACCUUAGUUAAATT 454 AL-DP-7549
Secuencia objetivo de ARNm a SEQ Cadena en sentido SEQ Cadena anti-sentido SEQ partir de la secuencia de referencia ID. (secuencia objetivo) ID. (secuencia guía) que tiene ID. humana NM_ 30838 (iso3 humana) NO. que tiene doble colgadura NO. doble colgadura NO. Secuencia de sitio objetivo 19mer Nombre de Secuencia (5 '-3') Secuencia (5'-3") total + AA en los extremos dúplex
AAUAACAGUCGAAAUCUAGUGAA 143 UAACAGUCGAAAUCUAGUGTT 299 CACUAGAUUUCGACUGUUATT 455 AL-DP-7394
AAUGUGGUCUAAAUACAAUGCAA 144 UGUGGUCUAAAUACAAUGCTT 300 GCAUUGUAUUUAGACCACATT 456 AL-DP-7477
AAUCACCUAACGUGGAAUGUGAA 145 UCACCUAACGUGGAAUGUGTT 301 CACAU UCCACGU U AGG UG ATT 457 AL-DP-7516
AAUUCUUAGUAUAUGAAAGGAAA 146 UUCUUAGUAUAUGAAAGGATT 302 UCCUUUCAUAUACUAAGAATT 458 AL-DP-7556
AAAAUAGAACGCUACUACCACAA 147 AAUAGAACGCUACUACCACTT 303 GUGGUAGUAGCGUUCUAUUTT 459 AL-DP-7387
AACUGAGGGCGUUUUAUAUAAAA 148 CUGAGGGCGUUUUAUAUAATT 304 UUAUAUAAAACGCCCUCAGTT 460 AL-DP-7524
AAAAAUCGUUCAUUCAUUUACAA 149 AAAUCGUUCAUUCAUUUACTT 305 GUAAAUGAAUGAACGAUUUTT 461 AL-DP-7378
15 AAUUUUCGUGACUUGGGAGACAA 150 UUUUCGUGACUUGGGAGACTT 306 GUCUCCCAAGUCACGAAAATT 462 AL-DP-7389
AAUCGUGCAACUGUAGUCAUCAA 151 UCGUGCAACUGUAGUCAUCTT 307 GAUGACUACAGUUGCACGATT 463 AL-DP-7384
AAUCAUACAGUAAGCUGACCUAA 152 UCAUACAGUAAGCUGACCUTT 308 AGGUCAGCUUACUGUAUGATT 464 AL-DP-7497
AACGUGCAACUGUAGUCAUCUAA 153 CGUGCAACUGUAGUCAUCUTT 309 AGAUGACUACAGUUGCACGTT 465 AL-DP-7559
20 AAUGCCAUUAGAAGGGUCUACAA 154 UGCCAUUAGAAGGGUCUACTT 310 GUAGACCCUUCUAAUGGCATT 466 AL-DP-7520
Secuencia objetivo de ARNm a SEQ Cadena en sentido SEQ Cadena anti-sentido SEQ partir de la secuencia de referencia ID. (secuencia objetivo) ID. (secuencia guía) que tiene ID. humana NM_130838 (iso3 humana) NO. que tiene doble colgadura O. doble colgadura NO. Secuencia de sitio objetivo 19mer Nombre de Secuencia (5 -3') Secuencia (5'-3') total + AA en los extremos dúplex AAUUACAAUAACUGUAUACUGAA 155 UUACAAUAACUGUAUACUGTT 31 1 CAGUAUACAGUUAUUGUAATT 467 AL-DP-7505 AAUUCGCAUGUACAGUGAACGAA 156 UUCGCAUGUACAGUGAACGTT 312 CGUUCACUGUACAUGCGAATT 468 AL-DP-7460
10 -1^
15
20
Síntesis del ARNds Fuente de reactivos Donde no se da específicamente en la presente la fuente de un reactivo, este reactivo se puede obtener con cualquier proveedor de reactivos para biología molecular en un estándar de calidad/pureza para aplicarse en biología molecular. Síntesis del ARNsi Se produjeron ARNs de una sola cadena mediante síntesis en fase sólida a una escala de 1 micromol utilizando un sintetizador Expedite 8909 (Applied Biosystems, Applera Deutschland GmbH, Darmstadt, Alemania), y un vidrio de poros controlados (CPG, 500Á, Proligo Biochemie GmbH, Hamburgo, Alemania) como el soporte sólido. Se generaron ARN, y ARN que contenía nucleótidos de 2'-0-metilo, mediante síntesis en fase sólida, empleando las fosforamiditas y las fosforamiditas de 2'-0-metilo correspondientes, respectivamente (Proligo Biochemie GmbH, Hamburgo, Alemania). Estos bloques de construcción se incorporaron en sitios seleccionados dentro de la secuencia de la cadena del oligo-ribonucleótido, empleando la química de fosforamidita de nucleótidos estándar, tal como se describe en Current Protocols, Beaucage, S. L. y colaboradores, (editores), John Wiley and Sons, Inc., Nueva York, N. Y., EUA. Se introdujeron enlaces de fosforotioato mediante el reemplazo de la solución oxidante de yodo con una solución del reactivo de Beaucage (Chruachem Ltd, Glasgow, Reino Unido) en acetonitrilo (al 1 por ciento). Otros reactivos auxiliares se obtuvieron
en Mallinckrodt Baker (Griesheim, Alemania). La desprotección y la purificación de los oligo-ribonucleótidos crudos mediante HPLC de intercambio de aniones se llevaron a cabo de acuerdo con los procedimientos establecidos. Los rendimientos y las concentraciones se determinaron mediante absorción ultravioleta de una solución del ARN respectivo, a una longitud de onda de 260 nanómetros, utilizando un fotómetro espectral (DU 640B, Beckman Coulter GmbH, UnterschleiBheim, Alemania). El ARN de doble cadena se generó mezclando una solución equimolar de cadenas complementarias en regulador de templado (fosfato de sodio 20 mM, pH de 6.8; cloruro de sodio 100 mM), se calentó en un baño de agua a 85-90°C durante 3 minutos, y se enfrió a temperatura ambiente durante un período de 3 a 4 horas. La solución de ARN templado se almacenó a -20°C hasta su uso. Para la síntesis de los ARNsis conjugados con 3'-colesterol
(referidos en la presente como -Col-3'), se utilizó un soporte sólido apropiadamente modificado para la síntesis del ARN. El soporte sólido modificado se preparó como sigue: Dietil-2-azabutan-1,4-dicarboxilato AA:
Una solución acuosa 4.7 M de hidróxido de sodio (50 mililitros) se agregó a una solución helada y agitada de clorhidrato
de glicinato de etilo (32.19 gramos, 0.23 moles) en agua (50 mililitros). Entonces, se agregó acrilato de etilo (23.1 gramos, 0.23 moles), y la mezcla se agitó a temperatura ambiente hasta que se aseveró que la reacción se había completado mediante cromatografía de capa delgada. Después de 19 horas, la solución se dividió con dicloro-metano (100 mililitros, tres veces). La capa orgánica se secó con sulfato de sodio anhidro, se filtró, y se evaporó. El residuo se destiló para proporcionar el AA (28.8 gramos, 61 por ciento). Etil-éster del ácido 3-{etoxi-carbonil-metil-[6-(9H-f luoren-9-il-metoxi-carbonil-amino)-hexanoil]-amino}-propiónico AB:
AB El ácido Fmoc-6-amino-hexanoico (9.12 gramos, 25.83 milimoles) se disolvió en dicloro-metano (50 mililitros), y se enfrió con hielo. Se agregó di-isopropil-carbodi-imida (3.25 gramos, 3.99 mililitros, 25.83 milimoles) a la solución, a 0°C. Esto fue luego seguido por la adición del dietil-azabutan-1 ,4-dicarboxilato (5 gramos, 24.6 milimoles) y dimetil-amino-piridina (0.305 gramos, 2.5 milimoles). La solución se llevó hasta la temperatura ambiente, y se agitó durante 6 horas adicionales. Se aseveró que la reacción estaba completa mediante cromatografía de capa delgada. La mezcla de reacción se concentró al vacío, y se agregó acetato de etilo para precipitar la di-isopropil-urea. La suspensión se filtró. El filtrado se
lavó con ácido clorhídrico acuoso al 5 por ciento, bicarbonato de sodio al 5 por ciento, y agua. La capa orgánica combinada se secó sobre sulfato de sodio, y se concentró para dar el producto crudo, el cual se purificó mediante cromatografía en columna (EtOAc al 50 por ciento/hexanos), para proporcionar 11.87 gramos (88 por ciento) del AB. Etil-éster del ácido 3-[(6-amino-hexanoil)-etoxi-carbonil-metil-amino]-propiónico AC:
AC
El etil-éster del ácido 3-{etoxi-carbonil-metil-[6-(9H-fluoren-9-il-metoxi-carbonil-amino)-hexanoil]-amino}-propiónico AB (11.5 gramos, 21.3 milimoles) se disolvió en piperidina al 20 por ciento en dimetil-formamida a 0°C. La solución se continuó agitándose durante 1 hora. La mezcla de reacción se concentró al vacío, se agregó agua al residuo, y el producto se extrajo con acetato de etilo. El producto crudo se purificó mediante conversión en su sal de clorhidrato. Etil-éster del ácido 3-({6-[17-(1 ,5-dimetil-hexil)-10,13-dimetil-2,3,4,7,8,9,10,11 ,12,13,14,15,16,17-tetradecahidro-1 H-ciclopenta[a]-fenantren-3-iloxi-carbonil-amino]-hexanoil}-etoxi-carbonil-metil-amino)-propiónico AD:
AD
La sal de clorhidrato del etil-éster del ácido 3-[(6-amino-hexanoil)-etoxi-carbonil-metil-amino]-propiónico AC (4.7 gramos, 14.8 milimoles) se absorbió en dicloro-metano. La suspensión se enfrió a 0°C sobre hielo. A la suspensión se le agregó di-isopropil-etil-amina (3.87 gramos, 5.2 mililitros, 30 milimoles). A la solución resultante, se le agregó cloroformato de colesterilo (6.675 gramos, 14.8 milimoles). La mezcla de reacción se agitó durante la noche. La mezcla de reacción se diluyó con dicloro-metano, y se lavó con ácido clorhídrico al 10 por ciento. El producto se purificó mediante cromatografía por evaporación instantánea (10.3 gramos, 92 por ciento).
Etil-éster del ácido 1 -{6-[17-(1 ,5-dimetil-hexil)- 10, 13-dimetil-2,3,4, 7,8,9,10,11 ,12, 13,14, 15,16,17-tetradecahidro- 1 H-ciclopenta[a]-fenantren-3-iloxi-carbonil-amino]-hexanoil}-4-oxo-pirrolidin-3-carboxílico AE:
AE El terbutóxido de potasio (1.1 gramos, 9.8 milimoles) se formó en una pasta en 30 mililitros de tolueno seco. La mezcla se enfrió a 0°C sobre hielo, y se agregaron lentamente 5 gramos (6.6 milimoles) de diéster AD con agitación dentro de 20 minutos. La temperatura se mantuvo debajo de 5°C durante la adición. La agitación se continuó durante 30 minutos a 0°C, y se agregó 1 mililitro de ácido acético glacial, inmediatamente seguido por 4 gramos de ?3?2?04·?20 en 40 mililitros de agua. La mezcla resultante se extrajo dos veces con 100 mililitros de dicloro-metano cada una, y los extractos orgánicos combinados se lavaron dos veces con 10 mililitros de regulador de fosfato cada una, se secaron, y se evaporaron a sequedad. El residuo se disolvió en 60 mililitros de tolueno, se enfrió a 0°C, y se extrajo con tres porciones de 50 mililitros de regulador de carbonato frío a un pH de 9.5. Los extractos acuosos se ajustaron a un pH de 3 con ácido fosfórico, y se extrajeron con cinco porciones de 40 mililitros de cloroformo, las cuales se combinaron, se secaron, y se evaporaron a sequedad. El residuo se purificó mediante cromatografía en columna utilizando
acetato de etilo al 25 por ciento/hexano, para proporcionar 1.9 gramos del b-ceto-éster (39 por ciento). 17-(1 ,5-d¡metil-hexil)-10,13-dimetil-2,3,4,7,8,9,10,11 ,12, 13,14,15,16,17-tetradecahidro-1 H-ciclopenta-[a)-fenantren-3-il-éster del ácido [6-(3-hidroxi-4-hidroxi-metil-pirrolidin-1 -il)-6-oxo-hexil]-carbámico AF:
AF Se agregó por goteo metanol (2 mililitros) durante un período de 1 hora, a una mezcla a reflujo del b-cetoéster AE (1.5 gramos, 2.2 milimoles) y borohidruro de sodio (0.226 gramos, 6 milimoles) en tetrahidrofurano (10 mililitros). Se continuó la agitación a temperatura de reflujo durante 1 hora. Después de enfriar a temperatura ambiente, se agregó HCI 1N (12.5 mililitros), y la mezcla se extrajo con acetato de etilo (40 mililitros, tres veces). La capa de acetato de etilo combinada se secó sobre sulfato de sodio anhidro, y se concentró al vacío para proporcionar el producto, el cual se purificó mediante cromatografía en columna (MeOH al 10 por ciento/CHCI3) (89 por ciento). 17-(1 ,5-dimetil-hexil)-10,13-dimetil-2,3,4,7,8,9,10,11,12, 13,14,15,16,17-tetradecahidro-1 H-ciclopenta[a]fenantren-3-il-éster
del ácido (6-{3-[bis-(4-metoxi-fen¡l)-fenil-metoxi-metil]-4-hidroxi-pirrolidin-1-il}-6-oxo-hexil)-carbámico AG:
AG El diol AF (1.25 gramos, 1.994 milimoles) se secó mediante evaporación con piridina (5 mililitros, dos veces) al vacío. Se agregaron piridina anhidra (10 mililitros) y cloruro de 4,4'-dimetoxi-tritilo (0.724 gramos, 2.13 milimoles) con agitación. La reacción se llevó a cabo a temperatura ambiente durante la noche. La reacción se apagó mediante la adición de metanol. La mezcla de reacción se concentró al vacío, y al residuo se le agregó dicloro-metano (50 mililitros). La capa orgánica se lavó con bicarbonato de sodio acuoso 1M. La capa orgánica se secó sobre sulfato de sodio anhidro, se filtró, y se concentró. La piridina residual se removió mediante evaporación con tolueno. El producto crudo se purificó mediante cromatografía en columna (MeOH al 2 por ciento/cloroformo, Rf = 0.5 en MeOH al 5 por ciento/CHCI3) (1.75 gramos, 95 por ciento). El mono-(4-[bis-(4-metoxi-fenil)-fenil-metoxi-metil]-1 -{6-[17-
(1 ,5-dimetil-hexil)-10,13-dimetil-2, 3,4, 7,8,9,10,11 ,12,13,14,15,16,17- tetradecahidro-1H-ciclopenta-[a]-fenantren-3-iloxi-carbonil-amino]- hexanoil}-p¡rrolid¡n-3-il)-éster del ácido succínico AH:
El compuesto AG (1.0 gramos, 1.05 milimoles) se mezcló con anhídrido succínico (0.150 gramos, 1.5 milimoles) y dimetil- amino-piridina (0.073 gramos, 0.6 milimoles), y se secó al vacío a 40°C durante la noche. La mezcla se disolvió en dicloro-etano anhidro (3 mililitros), se agregó trietil-amina (0.318 gramos, 0.440 mililitros, 3.15 milimoles), y la solución se agitó a temperatura ambiente bajo una atmósfera de argón durante 16 horas. Luego se diluyó con dicloro-metano (40 mililitros), y se lavó con ácido cítrico acuoso helado (5 por ciento en peso, 30 mililitros) y agua (20 mililitros, dos veces). La fase orgánica se secó sobre sulfato de sodio anhidro, y se concentró a sequedad. El residuo se utilizó como tal para el siguiente paso. CPG derivado de colesterol Al:
El succinato AH (0.254 gramos, 0.242 milimoles) se disolvió en una mezcla de dicloro-metano/acetonitrilo (3:2, 3 mililitros). A esta solución, se le agregaron sucesivamente dimetil-amino-piridina (0.0296 gramos, 0.242 milimoles) en acetonitrilo (1.25 mililitros), 2,2'-ditio-bis-(5-nitro-piridina) (0.075 gramos, 0.242 milimoles) en acetonitrilo/dicloro-metano (3:1, 1.25 mililitros). A la solución resultante, se le agregó trifenil-fosfina (0.064 gramos, 0.242 milimoles) en acetonitrilo (0.6 mililitros). La mezcla de reacción se hizo de un color naranja brillante. La solución se agitó brevemente utilizando un agitador de acción de torcimiento (5 minutos). Se agregó el CPG de alquil-amina de cadena larga (LCAA-CPG) (1.5 gramos, 61 milimoles). La suspensión se agitó durante 2 horas. El CPG se filtró a través de un embudo sinterizado, y se lavó con acetonitrilo, dicloro-metano, y éter, sucesivamente. Los grupos amino sin reaccionar se enmascararon utilizando anhídrido acético/piridina. La carga alcanzada del CPG se midió tomando la medición ultravioleta (37 mM/g). La síntesis de ARNsis que llevan un grupo bis-decil-amida
del ácido 5'-12-dodecanoico (referido en la presente como "5'-C32-"), o un grupo derivado de 5'-colesterilo (referido en la presente como "5'-Col"), se llevó a cabo como se describe en la Publicación Internacional Número WO 2004/065601, excepto que, para el derivado de colesterilo, el paso de oxidación se llevó a cabo utilizando el reactivo de Beaucage con el objeto de introducir un enlace de fosforotioato en el extremo 5' del oligómero de ácido nucleico. Vectores de expresión de ARNds En otro aspecto de la invención, las moléculas de ácido ribonucleico de doble cadena específicas de E6AP que modulan la actividad de la expresión genética de E6AP se expresan a partir de unidades de transcripción insertadas en los vectores de ADN ó de ARN (véase, por ejemplo, Couture, A, y colaboradores, TIG. (1996), 12:5-10; Skillern, A., y colaboradores, Publicación del TCP Internacional Número WO 00/22113, Conrad, Publicación del TCP Internacional Número WO 00/22114, y Conrad, Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 6,054,299). Estos transgenes se pueden introducir como una construcción lineal, un plásmido circular, o un vector viral, que se pueden incorporar y heredar como un transgén integrado en el genoma huésped. El transgén también se puede construir para permitir que sea heredado como un plásmido extracromosómico (Gassmann, y colaboradores, Proc. Nati. Acad. Sci. EUA (1995) 92:1292). Las cadenas individuales del ácido ribonucleico de doble
cadena se pueden transcribir mediante promotores sobre dos vectores de expresión separados, y se co-transfectan en una célula objetivo. De una manera alternativa, cada cadena individual del ácido ribonucleico de doble cadena se puede transcribir mediante promotores, ambos de los cuales se localicen sobre el mismo plásmido de expresión. En una modalidad preferida, se expresa un ácido ribonucleico de doble cadena como una repetición invertida unida por una secuencia de polinucleótido enlazadora, de tal manera que el ácido ribonucleico de doble cadena tenga una estructura de vástago y ciclo. Los vectores de expresión de ácido ribonucleico de doble cadena recombinantes son en general plásmidos de ADN o vectores virales. Se puede construir vectores virales que expresen el ácido ribonucleico de doble cadena basándose en, pero no limitándose a, virus adeno-asociados (para una revisión, véase Muzyczka, y colaboradores, Curr. Topics Micro. Immunol. (1992) 158:97-129)); adenovirus (véase, por ejemplo, Berkner, y colaboradores, BioTechniques (1998) 6:616), Rosenfeld y colaboradores, (1991, Science 252:431-434), y Rosenfeld y colaboradores, (1992), Cell 68:143-155)); o alfa-virus, así como otros conocidos en este campo. Los retrovirus se han utilizado para introducir una variedad de genes en muchos tipos de células diferentes, incluyendo células epiteliales, in vitro y/o in vivo (véase, por ejemplo, Eglitis y colaboradores, Science (1985) 230: 1395-1398; Danos y Mulligan, Proc. Nati. Acad. Sci. EUA (1998) 85: 6460-6464; Wilson y colaboradores, 1988, Proc.
Nati. Acad. Sci. EUA 85:3014-3018; Armentano y colaboradores, 1990, Proc. Nati. Acad. Sci. EUA 87: 6141-6145; Huber y colaboradores, 1991, Proc. Nati. Acad. Sci. EUA 88: 8039-8043; Ferry y colaboradores, 1991, Proc. Nati. Acad. Sci. EUA 88: 8377-8381; Chowdhury y colaboradores, 1991, Science 254:1802-1805; van Beusechem. y colaboradores, 1992, Proc. Nad. Acad. Sci. EUA 89: 7640-19; Kay y colaboradores, 1992, Human Gene Therapy 3: 641-647; Dai y colaboradores, 1992, Proc. Nati. Acad. Sci. EUA 89: 10892-10895; Hwu y colaboradores, 1993, J. Immunol. 150: 4104-4115; Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 4,868,116; Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 4,980,286; Solicitud del TCP Número WO 89/07136; Solicitud del TCP Número WO 89/02468; Solicitud del TCP Número WO 89/05345; y Solicitud del TCP Número WO 92/07573). Los vectores retrovirales recombinantes capaces de transducir y expresar los genes insertados en el genoma de una célula se pueden producir mediante la transfección del genoma retroviral recombinante en líneas celulares de empaque adecuadas, tales como PA317 y Psi-CRIP (Comette y colaboradores, 1991, Human Gene Therapy 2:5-10; Cone y colaboradores, 1984, Proc. Nati. Acad. Sci. EUA 81:6349). Los vectores adenovirales recombinantes se pueden utilizar para infectar una amplia variedad de células y tejidos en los huéspedes susceptibles (por ejemplo, rata, hámster, perro, y chimpancé) (Hsu y colaboradores, 1992, J. Infectious Disease, 166:769), y también tienen la ventaja de no requerir de células mitóticamente activas
para la infección. El promotor que impulse la expresión del ácido ribonucleico de doble cadena en ya sea un plásmido de ADN o bien en un vector viral de la invención, puede ser una polimerasa de ARN I eucariótica (por ejemplo, promotor de ARN ribosomal), polimerasa de ARN II (por ejemplo, promotor temprano de CMV, o promotor de actina, o promotor de ARNsn de U1), o en general el promotor de polimerasa de ARN III (por ejemplo, el promotor de ARNsn U6 ó de ARN 7SK), o un promotor procariótico, por ejemplo el promotor T7, en el entendido de que el plásmido de expresión también codifique la polimerasa de ARN T7 requerida para la transcripción desde un promotor T7. El promotor también puede dirigir la expresión transgénica hacia el páncreas (véase, por ejemplo, la secuencia reguladora de insulina para el páncreas (Bucchini y colaboradores, 1986, Proc. Nati. Acad. Sci. EUA 83:2511-2515)). En adición, se puede regular precisamente la expresión del transgén, utilizando una secuencia reguladora inducible y sistemas de expresión, tales como una secuencia reguladora que sea sensible a ciertos reguladores fisiológicos, por ejemplo a los niveles de glucosa circulantes, o las hormonas (Docherty y colaboradores, 1994, FASEB J. 8:20-24). Estos sistemas de expresión inducibles, adecuados para el control de la expresión del transgén en células o en mamíferos, incluyen la regulación por ecdisona, por estrógeno, progesterona, tetraciclina, inductores químicos de dimerización, e isopropil-beta-D1 -tiogalactopiranosida (EPTG). Una persona experta
en la materia sería capaz de seleccionar la secuencia reguladora/promotora apropiada, basándose en el uso pretendido del transgén de ácido ribonucleico de doble cadena. En general, los vectores recombinantes capaces de expresar las moléculas de ácido ribonucleico de doble cadena, se suministran como se describe más adelante, y persisten en las células objetivo. De una manera alternativa, se pueden utilizar vectores virales que proporcionen la expresión transitoria de las moléculas del ácido ribonucleico de doble cadena. Estos vectores se pueden administrar repetidamente como sea necesario. Una vez expresados, los ácidos ribonucleicos de doble cadena se enlazan con el ARN objetivo, y modulan su función o expresión. El suministro de vectores de expresión de ácido ribonucleico de doble cadena puede ser sistémico, tal como mediante administración intravenosa o intramuscular, mediante administración a las células objetivo explantadas desde el paciente, seguida por reintroducción al paciente, o mediante cualquier otro medio que permita la introducción en una célula objetivo deseada. Los plásmidos de ADN de expresión del ácido ribonucleico de doble cadena típicamente se transfectan a las células objetivo como un complejo con vehículos de lípido catiónicos (por ejemplo, oligofectamina), o con vehículos no basados en lípidos catiónicos (por ejemplo, Transit-TKO R) . La invención también contempla múltiples transfecciones de lípido para las eliminaciones mediadas por ácido ribonucleico de doble cadena que se dirijan hacia
diferentes regiones de un solo gen E6AP o múltiples genes E6AP durante un período de una semana o más. Se puede monitorear la introducción con éxito de los vectores de la invención en las células huésped empleando varios métodos conocidos. Por ejemplo, la transfección transitoria se puede señalar con un reportero, tal como un marcador fluorescente, tal como la proteína fluorescente verde (GFP). La transfección estable de las células ex vivo se puede asegurar utilizando marcadores que proporcionen a la célula transfectada la resistencia a factores medio-ambientales específicos (por ejemplo, antibióticos y fármacos), tal como la resistencia a higromicina B. También se pueden insertar moléculas de ácido ribonucleico de doble cadena específicas de E6AP en los vectores, y se pueden utilizar como vectores de terapia genética para pacientes humanos. Los vectores de terapia genética se pueden suministrar a un sujeto, por ejemplo, mediante inyección intravenosa, administración local (véase la Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,328,470), o mediante inyección estereotáctica (véase, por ejemplo, Chen y colaboradores (1994) Proc. Nati. Acad. Sci. EUA 91:3054-3057). La preparación farmacéutica del vector de terapia genética puede incluir al vector de terapia genética en un diluyente aceptable, o puede comprender una matriz de liberación lenta, en donde se empotre el vehículo de suministro genético. De una manera alternativa, cuando el vector de suministro genético completo se puede producir intacto a partir de
las células recombinantes, por ejemplo los vectores retrovirales, la preparación farmacéutica puede incluir una o más células que produzcan el sistema de suministro genético. Rastreo de ARNsi de E6AP en células HCT-116 Las células HCT-116 se obtuvieron en DSMZ (Deutsche
Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen) (Braunschweig, Alemania, Número de Catálogo ACC 581) y se cultivaron en McCoys (Biochrom AG, Berlín, Alemania, Número de Catálogo F1015) complementado para contener suero fetal de becerro al 10 por ciento (FCS), 100 unidades/mililitro de penicilina, 100 microgramos/mililitro de estreptomicina, y L-glutamina 2 mM a 37°C, en una atmósfera con CO2 al 5 por ciento, en una incubadora humidificada. Para la transfección con el ARNsi, las células HCT-116 se sembraron a una densidad de 2.0x104 células/pozo en placas de 96 pozos, y se transí ectaron directamente. La transfección del ARNsi (30 nM y 3 nM para el rastreo de una sola dosis) se llevó a cabo con lipofectamina 2000 (Invitrogen), como es descrito por el fabricante. Veinticuatro horas después de la transfección, las células HCT-116 se lisaron, y se cuantificaron los niveles de expresión de ARNm de E6AP con el Kit Quantigene Explore (Panomics, Inc. (Fremont, CA) (anteriormente Genospectra, Inc.)), de acuerdo con el protocolo estándar. Los niveles de ARNm de E6AP se normalizaron al ARNm de GAP-DH. Por cada ARNsi, se recolectaron cuatro puntos de datos individuales. Se utilizaron dúplexes de ARNsi no relacionados con el gen E6AP como control. La actividad de un
dúplex de ARNsi específico de E6AP dado se expresó como el porcentaje de concentración de ARNm de E6AP en las células tratadas, en relación con la concentración de ARNm de E6AP en las células tratadas con el dúplex de ARNsi de control. La siguiente Tabla 2 proporciona los resultados. Se identificaron muchas moléculas de ARNsi activas que se dirigen al gen E6AP.
Tabla 2: Actividad de ARNds que se dirige al E6AP
Actividad Desviación Actividad Desviación Nombre de media a estándar a media a estándar a dúplex 30nM 30nM 3nM 3nM
AL-DP-7545 9.35 3.36 14.04 3.82
AL-DP-7558 12.36 3.07 8.49 4.36
AL-DP-7548 12.55 5.85 18.92 4.72
AL-DP-7509 14.42 3.99 19.39 2.71
AL-DP-7492 11.25 2.53 19.61 7.89
AL-DP-7554 14.16 4.56 19.83 5.15
AL-DP-7557 16.00 6.50 19.97 7.04
AL-DP-7476 14.15 7.05 20.21 6.19
AL-DP-7514 24.01 12.46 20.54 6.13
AL-DP-7540 15.61 5.14 21.78 3.95
Actividad Desviación Actividad Desviación
Nombre de media a estándar a media a estándar a dúplex 30nM 30nM 3nM 3nM
AL-DP-7397 13.05 5.68 22.03 1 1 .42
AL-DP-7526 15.87 5.65 22.28 5.61
AL-DP-7473 17.22 6.09 22.65 6.64
AL-DP-7478 16.76 9.85 22.69 6.84
AL-DP-7553 23.50 5.15 23.19 3.34
AL-DP-7395 17.30 7.48 23.22 8.88
AL-DP-7522 26.16 10.71 23.51 8.18
AL-DP-7499 14.21 6.15 23.81 12.13
AL-DP-7527 24.1 1 5.05 23.98 8.89
AL-DP-7544 17.23 5.90 24.03 2.56
AL-DP-7489 23.56 10.21 24.54 7.57
AL-DP-7365 14.54 7.13 24.56 8.90
AL-DP-7390 16.44 6.37 24.74 6.73
AL-DP-7458 14.25 5.1 1 25.28 6.56
AL-DP-7532 21 .47 4.18 25.48 6.40
AL-DP-7546 17.66 4.28 25.91 7.73
AL-DP-7512 27.88 6.58 26.22 5.07
Actividad Desviación Actividad Desviación
Nombre de media a estándar a media a estándar a dúplex 30nM 30nM 3nM 3nM
AL-DP-7470 28.22 6.50 26.31 8.12
AL-DP-7406 20.23 6.01 26.62 6.35
AL-DP-7382 17.82 7.24 26.93 9.30
AL-DP-7547 24.63 6.66 28.80 10.23
AL-DP-7490 25.94 9.32 28.95 10.29
AL-DP-7493 12.53 5.36 29.56 12.54
AL-DP-7529 17.61 8.36 29.59 10.53
AL-DP-7400 21 .03 14.86 30.04 12.58
AL-DP-7391 26.74 12.00 30.06 8.07
AL-DP-7393 22.40 9.77 30.69 8.51
AL-DP-751 1 26.50 6.02 30.88 6.43
AL-DP-7454 25.16 14.85 31 .09 8.75
AL-DP-7450 20.09 8.43 32.10 8.57
AL-DP-7533 26.93 5.86 33.91 5.52
AL-DP-7485 27.45 4.36 34.12 10.28
AL-DP-7495 28.51 13.42 34.45 1 1.20
AL-DP-7456 16.82 5.62 34.54 10.30
Actividad Desviación Actividad Desviación
Nombre de media a estándar a media a estándar a dúplex 30nM 30nM 3nM 3nM
AL-DP-7538 29.04 5.12 34.71 6.42
AL-DP-7377 22.98 8.19 35.31 12.53
AL-DP-7405 21.93 10.30 35.66 15.22
AL-DP-7392 23.83 8.93 36.14 6.31
AL-DP-7453 25.78 12.10 36.98 5.22
AL-DP-7366 19.60 7.30 37.20 13.88
AL-DP-7534 26.35 5.24 37.69 8.49
AL-DP-7401 28.74 9.10 37.75 7.70
AL-DP-7523 33.88 6.85 39.81 9.45
AL-DP-7555 29.13 8.87 40.35 6.23
AL-DP-7536 32.33 3.49 41.08 8.00
AL-DP-7371 25.49 9.83 42.19 16.08
AL-DP-7372 21.83 12.03 42.87 17.78
AL-DP-7370 24.51 12.64 43.75 14.09
AL-DP-7474 32.57 13.13 44.40 7.78
AL-DP-7452 30.12 12.02 46.66 9.19
AL-DP-7498 32.38 1 1.81 54.1 1 12.74
Actividad Desviación Actividad Desviación
Nombre de media a estándar a media a estándar a dúplex 30nM 30nM 3nM 3nM
AL-DP-7504 15.04 6.39 19.69 5.67
AL-DP-7467 19.81 6.42 21.66 8.12
AL-DP-7463 26.63 8.84 21.73 8.80
AL-DP-7399 15.62 8.32 22.98 7.65
AL-DP-7501 17.32 5.24 23.45 7.44
AL-DP-7385 17.60 5.1 1 28.00 1 1 .84
AL-DP-7480 21 .89 8.21 29.42 8.64
AL-DP-7528 26.47 2.94 30.76 10.87
AL-DP-7535 26.65 3.13 31.77 4.34
AL-DP-7403 24.10 6.21 38.79 14.41
AL-DP-7380 29.84 7.65 40.42 5.72
AL-DP-7469 17.18 7.41 21 .13 6.29
AL-DP-7518 15.71 6.00 21.89 6.68
AL-DP-7464 29.18 12.30 22.13 8.99
Actividad Desviación Actividad Desviación
Nombre de media a estándar a media a estándar a dúplex 30nM 30nM 3n 3nM
AL-DP-7560 17.33 4.85 24.84 5.80
AL-DP-7461 30.55 8.26 25.62 9.48
AL-DP-7472 25.17 1 1 .50 26.31 8.61
AL-DP-7459 29.60 7.71 27.27 9.68
AL-DP-7381 17.29 6.63 27.31 7.42
AL-DP-7515 32.18 10.22 29.76 6.01
AL-DP-7517 29.75 6.99 29.87 5.69
AL-DP-7521 28.60 8.06 31.68 5.72
AL-DP-7530 31 .09 8.09 31.94 3.36
AL-DP-7388 22.81 3.80 32.28 6.23
AL-DP-7451 22.66 8.92 32.45 8.26
AL-DP-7484 26.77 13.00 32.84 6.95
AL-DP-7376 34.18 14.1 1 39.93 8.41
AL-DP-7500 32.69 8.47 41 .55 13.32
Actividad Desviación Actividad Desviación
Nombre de media a estándar a media a estándar a dúplex 30nM 30nM 3nM 3nM
AL-DP-7776 17.91 4.95 21.77 5.04
AL-DP-7777 21 .10 7.60
AL-DP-7510 34.70 5.83
AL-DP-7507 35.1 1 6.78
AL-DP-7479 35.29 13.76
AL-DP-7542 36.32 5.00
AL-DP-7494 38.34 12.68
AL-DP-7531 38.58 14.26
AL-DP-7373 39.04 16.08
AL-DP-7508 39.95 12.87
AL-DP-7487 40.48 15.20
AL-DP-7375 41.19 15.06
AL-DP-7462 41 .61 17.23
AL-DP-7513 41 .69 9.15
AL-DP-7455 43.35 12.72
AL-DP-7374 43.37 12.26
AL-DP-7475 43.68 1 1 .45
Actividad Desviación Actividad Desviación
Nombre de media a estándar a media a estándar a dúplex 30nM 30nM 3nM 3nM
AL-DP-7369 43.99 15.44
AL-DP-7466 44.27 15.53
AL-DP-7491 45.06 0.32
AL-DP-7482 45.06 12.37
AL-DP-7398 45.79 9.50
AL-DP-7471 46.1 1 13.53
AL-DP-7383 46.87 20.08
AL-DP-7367 46.96 16.88
AL-DP-7386 47.46 10.01
AL-DP-7525 49.60 14.1 1
AL-DP-7486 49.64 8.95
AL-DP-7539 49.97 12.73
AL-DP-7483 49.97 12.50
AL-DP-7503 51 .28 7.08
AL-DP-7537 53.19 7.75
AL-DP-7396 54.1 1 13.02
AL-DP-7404 54.96 17.72
Actividad Desviación Actividad Desviación
Nombre de media a estándar a media a estándar a dúplex 30n 30nM 3nM 3nM
AL-DP-7543 55.48 9.23
AL-DP-7379 55.82 18.47
AL-DP-7502 56.15 16.52
AL-DP-7519 56.15 13.30
AL-DP-7506 57.24 21.04
AL-DP-7457 57.30 15.19
AL-DP-7468 57.83 15.40
AL-DP-7368 59.38 22.50
AL-DP-7402 59.57 13.42
AL-DP-7481 60.17 14.54
AL-DP-7465 61 .44 28.49
AL-DP-7496 61 .65 17.78
AL-DP-7549 61 .90 12.36
AL-DP-7394 61 .94 17.08
AL-DP-7477 63.20 14.74
AL-DP-7516 67.72 19.24
AL-DP-7556 69.49 13.89
Actividad Desviación Actividad Desviación Nombre de media a estándar a media a estándar a dúplex 30nM 30nM 3nM 3nM
AL-DP-7387 72.14 16.20
AL-DP-7524 72.52 19.76
AL-DP-7378 73.44 19.20
AL-DP-7389 73.74 23.83
AL-DP-7384 76.45 21.99
AL-DP-7497 77.66 22.60
AL-DP-7559 78.86 16.61
AL-DP-7520 85.45 14.83
AL-DP-7505 86.86 39.07
AL-DP-7460 100.95 22.69
Los expertos en la materia están familiarizados con los métodos y composiciones, en adición a los que se estipulan específicamente en la presente divulgación, que les permitirán practicar esta invención hasta todo el alcance de las reivindicaciones adjuntas posteriormente a la presente.
Prueba de ARNds químicamente modificado que se dirige al
E6AP Los ácidos ribonucleicos de doble cadena químicamente modificados se probaron para identificar sus capacidades relativas para reducir el nivel de expresión del ARNm que codifica el E6AP en una célula. Se emplearon las condiciones de ensayo descritas anteriormente para las células HCT-116. La actividad de un dúplex de ARNsi específico de E6AP dado se expresó como un porcentaje de la concentración del ARNm de E6AP en las células tratadas en relación con la concentración del ARNm de E6AP en las células tratadas con el dúplex de ARNsi de control. 1. Ácido ribonucleico de doble cadena químicamente modificado La Tabla 3 estipula las composiciones de ácido ribonucleico de doble cadena de la invención. En esta tabla, la secuencia no modificada es seguida por la misma secuencia que contiene una o más modificaciones de nucleótidos.
Tabla 3 Letras en mayúsculas: Ribonucleótido no modificado (excepto por T que es un desoxi-ribonucleótido no modificado). Letras en minúsculas: Ribonucleótido que lleva un sustituyente de 2'-O-metilo sobre la fracción de ribosa. s : Indica la posición del enlace de fosforotioato inter-nucleósidos. col: Fracción de colesterol conjugada con el ribonucleótido 3'. "Nombre de dúplex" significa el nombre de la composición formada mediante la hibridación específica de la cadena en sentido indicada y
de la cadena anti-sentido i ndicada .
Cadena en sentido Cadena anti-sentido
SEQ SEQ Nombre
Secuencia (5 '-3') ID Secuencia (5 '-3') ID de dúplex NO: NO: AL-DP- AUACGAUGAAUCUACAAAATT 469 UUUUGUAGAUUCAUCGUAUTT 644 7545
AUACGAUGAAUCUACAAAATsT 470 UUUUGUAGAUUCAUCGUAUTsT 645 ND-8763
AuAcGAuGAAucuAcAAAATsT 471 UUUUGuAGAUUcAUCGuAUTsT 646 ND-8782
AuAcGAuGAAucuAcAAAATsT 472 uuuuGuAGAuUcAUCGuAUTsT 647 ND-8801
AUACGAUGAAUCUACAAAATTCol 473 UUUUGUAGAUUCAUCGUAUTsT 648 ND-8820
AuAcGAuGAAucuAcAAAATTcol 474 UUUUGuAGAUUcAUCGuAUTsT 649 ND-8845
AuAcGAuGAAucuAcAAAATTcol 475 UuuuGuAGAuUcAUCGuAUTsT 650 ND-8870 AL-DP- UGACUACAUUCUCAAUAAATT 476 UUUAUUGAGAAUGUAGUCATT 651 7558
UGACUACAUUCUCAAUAAATsT 477 UUUAUUGAGAAUGUAGUCATsT 652 ND-8764 uGAcuAcAuucucAAuAAATsT 478 UUuAUUGAGAAUGuAGUcATsT 653 ND-8783 uGAcuAcAuucucAAuAAATsT 479 uuuAuuGAGAAuGuAGUcATsT 654 ND-8802
UGACUACAUUCUCAAUAAATTCol 480 UUUAUUGAGAAUGUAGUCATsT 655 ND-8821 uGAcuAcAuucucAAuAAATTcol 481 UUuAUUGAGAAUGuAGUcATsT 656 ND-8846 uGAcuAcAuucucAAuAAATTcol 482 UuuAuuGAGAAuGuAGUcATsT 657 ND-8871 AL-DP- AGCCUGCACGAAUGAGUUUTT 483 AAACUCAUUCGUGCAGGCUTT 658 7548
AGCCUGCACGAAUGAGUUUTsT 484 AAACUCAUUCGUGCAGGCUTsT 659 ND-8765
Cadena en sentido Cadena anti-sentido
SEQ SEO Nombre
Secuencia (5 '-3') ID Secuencia (5'-3') ID de dúplex NO: NO: AGccuGcAcGAAuGAGuuuTsT 485 AAACUcAUUCGUGcAGGCUTsT 660 ND-8784
AGccuGcAcGAAuGAGuuuTsT 486 AAACUcAuUCGuGcAGGCUTsT 661 ND-8803
AGCCUGCACGAAUG AG UUUTTCol 487 AAACUCAUUCGUGCAGGCUTST 662 ND-8822
AGccuGcAcGAAuGAGuuuTTcol 488 AAACUcAUUCGUGcAGGCUTsT 663 ND-8847
AGccuGcAcGAAuGAGuuuTTcol 489 AAACUcAuUCGuGcAGGCUTsT 664 ND-8872 AL-DP- GGAUUGUCGAAAACCACUUTT 490 AAGUGGUUUUCGACAAUCCTT 665 7509
GGAUUGUCGAAAACCACUUTsT 491 AAGUGGUUUUCGACAAUCCTsT 666 ND-8766
GG Au uG ucG AAAAcc Acu uTsT 492 AAGUGGUUUUCGACAAUCCTsT 667 ND-8785
GGAuuGucGAAAAccAcuuTsT 493 AAGuGGuUuUCGAcAAUCCTsT 668 ND-8804
GGAUUGUCGAAAACCACUUTTCol 494 AAGUGGUUUUCGACAAUCCTsT 669 ND-8823
GGAuuGucGAAAAccAcuuTTcol 495 AAGUGGUUUUCGACAAUCCTsT 670 ND-8848
GGAuuGucGAAAAccAcuuTTcol 496 AAGuGGuUuUCGAcAAUCCTsT 671 ND-8873 AL-DP- CUCUCGAGAUCCUAAUUAUTT 497 AUAAUUAGGAUCUCGAGAGTT 672 7492
CUCUCGAGAUCCUAAUUAUTsT 498 AUAAUUAGGAUCUCGAGAGTsT 673 ND-8767 cucucGAGAuccuAAuuAuTsT 499 AuAAUuAGGAUCUCGAGAGTsT 674 ND-8786 cucucGAGAuccuAAuuAuTsT 500 AuAAuUAGGAUCUCGAGAGTsT 675 ND-8805
CUCUCGAGAUCCUAAUUAUTTCol 501 AUAAUUAGGAUCUCGAGAGTsT 676 ND-8824
Cadena en sentido Cadena anti-sentido
SEQ SEQ Nombre
Secuencia (5 '-3') ID Secuencia (5 -3 ) ID de dúplex NO: NO: cucucGAGAuccuAAuuAuTTcol 502 AuAAUuAGGAUCUCGAGAGTsT 677 ND-8849 cucucGAGAuccuAAuuAuTTcol 503 AuAAuUAGGAUCUCGAGAGTsT 678 ND-8874 AL-DP- AUGUGACUUACUUAACAGATT 504 UCUGUUAAGUAAGUCACAUTT 679 7554
AUGUGACUUACUUAACAGATsT 505 UCUGUUAAGUAAGUCACAUTsT 680 ND-8768
AuGuGAcuuAcuuAAcAGATsT 506 UCUGUuAAGuAAGUcAcAUTsT 681 ND-8787
AuGuGAcuuAcuuAAcAGATsT 507 UCuGuuAAGuAAGUcAcAUTsT 682 ND-8806
AUG UG ACU U ACU U AACAG ATTCol 508 UCUG U UAAG U AAG UCAC AUTsT 683 ND-8825
AuGuGAcuuAcuuAAcAGATTcol 509 UCUGUuAAGuAAGUcAcAUTsT 684 ND-8850
AuGuGAcuuAcuuAAcAGATTcol 510 UCuGuuAAGuAAGUcAcAUTsT 685 ND-8875 AL-DP- GUAUACUCUCGAGAUCCUATT 51 1 UAGGAUCUCGAGAGUAUACTT 686 7557
GUAUACUCUCGAGAUCCUATsT 512 UAGGAUCUCGAGAGUAUACTsT 687 ND-8769
GuAuAcucucGAGAuccuATsT 513 uAGGAUCUCGAGAGuAuACTsT 688 ND-8788
GuAuAcucucGAGAuccuATsT 514 UAGGAUCUCGAGAGUAUACTsT 689 ND-8788
GUAUACUCUCGAGAUCCUATTCol 515 UAGGAUCUCGAGAGUAUACTsT 690 ND-8826
GuAuAcucucGAGAuccuATTcol 516 uAGGAUCUCGAGAGuAuACTsT 691 ND-8851
GuAuAcucucGAGAuccuATTcol 517 UAGGAUCUCGAGAGuAuACTsT 692 ND-8851 AL-DP- AGGUUACCUACAUCUCAUATT 518 UAUGAGAUGUAGGUAACCUTT 693 7476
Cadena en sentido Cadena anti-sentido
SEQ SEQ Nombre
Secuencia (5 -3 ) ID Secuencia (5 -3 ) ID de dúplex NO: NO: AGGUUACCUACAUCUCAUATsT 519 UAUGAGAUGUAGGUAACCUTsT 694 ND-8770
AGGuuAccuAcAucucAuATsT 520 uAUGAGAUGuAGGuAACCUTsT 695 ND-8789
AGGuuAccuAcAucucAuATsT 521 uAuGAGAuGuAGGuAACCUTsT 696 ND-8808
AGGUUACCUACAUCUCAUATTCol 522 UAUGAGAUGUAGGUAACCUTsT 697 ND-8827
AGGuuAccuAcAucucAuATTcol 523 UAUGAGAUGuAGGuAACCUTsT 698 ND-8852
AGGuuAccuAcAucucAuATTcol 524 UAuGAGAuGuAGGuAACCUTsT 699 ND-8877 AL-DP- AGUACUUAUUCAGACCAGATT 525 UCUGGUCUGAAUAAGUACUTT 700 7514
AGUACUUAUUCAGACCAGATsT 526 UCUGGUCUGAAUAAGUACUTsT 701 ND-8771
AGuAcuuAuucAGAccAGATsT 527 UCUGGUCUGAAuAAGuACUTsT 702 ND-8790
AGuAcuuAuucAGAccAGATsT 528 UCuGGUCuGAAuAAGuACUTsT 703 ND-8809
AGUACUUAUUCAGACCAGATTCol 529 UCUGGUCUGAAUAAGUACUTsT 704 ND-8828
AGuAcuuAuucAGAccAGATTcol 530 UCUGGUCUGAAuAAGuACUTsT 705 ND-8853
AGuAcuuAuucAGAccAGATTcol 531 UCuGGUCuGAAuAAGuACUTsT 706 ND-8878 AL-DP- AUCCUAAUUAUCUGAAUUUTT 532 AAAUUCAGAUAAUUAGGAUTT 707 7540
AUCCUAAUUAUCUGAAUUUTsT 533 AAAUUCAGAUAAUUAGGAUTsT 708 ND-8772
AuccuAAuuAucuGAAuuuTsT 534 AAAUUcAGAuAAUuAGGAUTsT 709 ND-8791
AuccuAAuuAucuGAAuuuTsT 535 AAAuUcAGAuAAuUAGGAUTsT 710 ND-8810
Cadena en sentido Cadena anti-sentido
SEQ SEQ Nombre
Secuencia (5 '-3') ID Secuencia (5 '-3') ID de dúplex NO: NO: AUCCUAAUUAUCUGAAUUUTTCol 536 AAAUUCAGAUAAUUAGGAUTsT 71 1 ND-8829
AuccuAAuuAucuGAAuuuTTcol 537 AAAU UcAG AuAAU uAGGAUTsT 712 ND-8854
AuccuAAuuAucuGAAuuuTTcol 538 AAAuUcAGAuAAuUAGGAUTsT 713 ND-8879 AL-DP- AAGGAUAGGUGAUAGCUCATT 539 UGAGCUAUCACCUAUCCUUTT 714 7397
AAGGAUAGGUGAUAGCUCATsT 540 UGAGCUAUCACCUAUCCUUTsT 715 ND-8731
AAGGAuAGGuGAuAGcucATsT 541 UGAGCuAUcACCuAUCCUUTsT 716 ND-8743
AAGGAuAGGuGAuAGcucATsT 542 uGAGCuAUcACCuAUCCuuTsT 717 ND-8754
AAGGAUAGGUGAUAGCUCATTCol 543 UGAGCUAUCACCUAUCCUUTsT 718 ND-8839
AAGGAuAGGuGAuAGcucATTcol 544 UGAGCuAUcACCuAUCCUUTsT 719 ND-8864
AAGGAuAGGuGAuAGcucATTcol 545 UGAGCuAUcACCuAUCCuuTsT 720 ND-8889 AL-DP- GGAAGCCGGAAUCUAGAUUTT 546 AAUCUAGAUUCCGGCUUCCTT 721 7526
GGAAGCCGGAAUCUAGAUUTsT 547 AAUCUAGAUUCCGGCUUCCTsT 722 ND-8773
GGAAGccGGAAucuAGAuuTsT 548 AAUCuAGAUUCCGGCUUCCTsT 723 ND-8792
GGAAGccGGAAucuAGAuuTsT 549 AAUCuAGAuUCCGGCuUCCTsT 724 ND-881 1
GGAAGCCGGAAUCUAGAUUTTCol 550 AAUCUAGAUUCCGGCUUCCTsT 725 ND-8830
GGAAGccGGAAucuAGAuuTTcol 551 AAUCuAGAUUCCGGCUUCCTsT 726 ND-8855
GGAAGccGGAAucuAGAuuTTcol 552 AAUCuAGAuUCCGGCuUCCTsT 727 ND-8880
Cadena en sentido Cadena anti-sentido
SEQ SEQ Nombre
Secuencia (5 '-3') ID Secuencia (5'-3') ID de dúplex NO: NO: AL-DP- UGCUUCGAAGUGCUUGAAATT 553 UUUCAAGCACUUCGAAGCATT 728 7473
UGCUUCGAAGUGCUUGAAATsT 554 UUUCAAGCACUUCGAAGCATsT 729 ND-8774 uGcuucGAAGuGcuuGAAATsT 555 UUUcAAGcACUUCGAAGcATsT 730 ND-8793 uGcuucGAAGuGcuuGAAATsT 556 uuUcAAGcACuUCGAAGcATsT 731 ND-8812
UGCUUCGAAGUGCUUGAAATTCol 557 UUUCAAGCACUUCGAAGCATsT 732 ND-8831 uGcuucGAAGuGcuuGAAATTcol 558 UUUcAAGcACUUCGAAGcATsT 733 ND-8856 uGcuucGAAGuGcuuGAAATTcol 559 UuUcAAGcACuUCGAAGcATsT 734 ND-8881 AL-DP- UGGAUUGUCGAAAACCACUTT 560 AGUGGUUUUCGACAAUCCATT 735 7478
UGGAUUGUCGAAAACCACUTsT 561 AGUGGUUUUCGACAAUCCATsT 736 ND-8775 uGGAuuGucGAAAAccAcuTsT 562 AGUGGUUUUCGAcAAUCcATsT 737 ND-8794 uGGAuuGucGAAAAccAcuTsT 563 AGuGGuuuUCGAcAAUCcATsT 738 ND-8813
UGGAUUGUCGAAAACCACUTTCol 564 AGUGGUUUUCGACAAUCCATsT 739 ND-8832 uGGAuuGucGAAAAccAcuTTcol 565 AGUGGUUUUCGAcAAUCcATsT 740 ND-8857 uGGAuuGucGAAAAccAcuTTcol 566 AGuGGuuuUCGAcAAUCcATsT 741 ND-8882 AL-DP- CGGCUAGAGAUGAUCGCUATT 567 UAGCGAUCAUCUCUAGCCGTT 742 7553
CGGCUAGAGAUGAUCGCUATsT 568 UAGCGAUCAUCUCUAGCCGTsT 743 ND-8776 cGGcuAGAGAuGAucGcuATsT 569 uAGCGAUcAUCUCuAGCCGTsT 744 ND-8795
Cadena en sentido Cadena anti-sentido
SEQ SEQ Nombre
Secuencia (5 '-3') ID Secuencia (5 '-3') ID de dúplex NO: NO: cGGcuAGAGAuGAucGcuATsT 570 uAGCGAUcAUCUCuAGCCGTsT 745 ND-8795
CGGCUAGAGAUGAUCGCUATTCol 571 UAGCGAUCAUCUCUAGCCGTsT 746 ND-8833 cGGcuAGAGAuGAucGcuATTcol 572 UAGCGAUcAUCUCuAGCCGTsT 747 ND-8858 cGGcuAGAGAuGAucGcuATTcol 573 uAGCGAUcAUCUCuAGCCGTsT 748 ND-8858 AL-DP- ACAGUCGAAAUCUAGUGAATT 574 UUCACUAGAUUUCGACUGUTT 749 7395
ACAG UCG AAAUCUAGUGAATsT 575 UUCACUAGAUUUCGACUGUTsT 750 ND-8730
AcAGucGAAAucuAGuGAATsT 576 UUcACuAGAUUUCGACUGUTsT 751 ND-8742
AcAGucGAAAucuAGuGAATsT 577 uucACuAGAuuUCGACuGUTsT 752 ND-8753
ACAG UCG AAAUCUAG UG AATTCol 578 UUCACUAGAUUUCGACUGUTsT 753 ND-8840
AcAGucGAAAucuAGuGAATTcol 579 UUcACuAGAUUUCGACUGUTsT 754 ND-8865
AcAG ucGAAAucu AG uG AATTcol 580 uucACuAGAuuUCGACuGUTsT 755 ND-8890 AL-DP- CUCGAGAUCCUAAUUAUCUTT 581 AGAUAAUUAGGAUCUCGAGTT 756 7499
CUCGAGAUCCUAAUUAUCUTsT 582 AGAUAAUUAGGAUCUCGAGTsT 757 ND-8777 cucGAGAuccuAAuuAucuTsT 583 AGAuAAUuAGGAUCUCGAGTsT 758 ND-8796 cucGAGAuccuAAuuAucuTsT 584 AGAuAAuUAGGAUCUCGAGTsT 759 ND-8815
CUCGAGAUCCUAAUUAUCUTTCol 585 AGAUAAUUAGGAUCUCGAGTsT 760 ND-8834 cucGAGAuccuAAuuAucuTTcol 586 AGAuAAUuAGGAUCUCGAGTsT 761 ND-8859
Cadena en sentido Cadena anti-sentido
SEQ SEQ Nombre
Secuencia (5 -3 ) ID Secuencia (5 '-3') ID de dúplex NO: NO: cucGAGAuccuAAuuAucuTTcol 587 AGAuAAuUAGGAUCUCGAGTsT 762 ND-8884 AL-DP- CACCUAACGUGGAAUGUGATT 588 UCACAUUCCACGUUAGGUGTT 763 7365
CACCUAACGUGGAAUGUGATsT 589 UCACAUUCCACGUUAGGUGTsT 764 ND-8724 cAccuAAcGuGGAAuGuGATsT 590 UcAcAUUCcACGUuAGGUGTsT 765 ND-8736 cAccuAAcGuGGAAuGuGATsT 591 UcAcAuuCcACGuuAGGuGTsT 766 ND-8748
CACCUAACGUGGAAUGUGATTCol 592 UCACAUUCCACGUUAGGUGTsT 767 ND-8841 cAccuAAcGuGGAAuGuGATTcol 593 UcAcAUUCcACGUuAGGUGTsT 768 ND-8866 cAccuAAcGuGGAAuGuGATTcol 594 UcAcAuuCcACGuuAGGuGTsT 769 ND-8891 AL-DP- AAUCG UUCAU UCAU U UACATT 595 UGUAAAUGAAUGAACGAUUTT 770 7390
AAUCGUUCAUUCAUUUACATsT 596 UGUAAAUGAAUGAACGAUUTsT 771 ND-8727
AAucGuucAuucAuuuAcATsT 597 UGuAAAUGAAUGAACGAUUTsT 772 ND-8739
AAucGuucAuucAuuuAcATsT 598 uGuAAAuGAAuGAACGAuuTsT 773 ND-8750
AAUCGUUCAUUCAUUUACATTCol 599 UGUAAAUGAAUGAACGAUUTsT 774 ND-8842
AAucGuucAuucAuuuAcATTcoi 600 UGuAAAUGAAUGAACGAUUTsT 775 ND-8867
AAucGuucAuucAuuuAcATTcol 601 UGuAAAuGAAuGAACGAuuTsT 776 ND-8892 AL-DP- AACUUUUCGUGACUUGGGATT 602 UCCCAAGUCACGAAAAGUUTT 777 7382
AACUUUUCGUGACUUGGGATsT 603 UCCCAAGUCACGAAAAGUUTsT 778 ND-8726
Cadena en sentido Cadena anti-sentido
SEQ SEQ Nombre
Secuencia (5 '-3') ID Secuencia (5 -3 ) ID de dúplex NO: NO: AAcuuuucGuGAcuuGGGATsT 604 UCCcAAGUcACGAAAAGUUTsT 779 ND-8738
AAcuuuucGuGAcuuGGGATsT 605 UCCcAAGUcACGAAAAGuuTsT 780 ND-8749
AACUUUUCGUGACUUGGGATTCol 606 UCCCAAGUCACGAAAAGUUTST 781 ND-8843
AAcuuuucGuGAcuuGGGATTcol 607 U CCcAAG Uc ACG AA A AG U UTsT 782 ND-8868
AAcuuuucGuGAcuuGGGATTcol 608 UCCcAAGUcACGAAAAGuuTsT 783 ND-8893 AL-DP- AACAGUCGAAAUCUAGUGATT 609 UCACUAGAUUUCGACUGUUTT 784 7393
AACAGUCGAAAUCUAGUGATsT 610 UCACUAGAUUUCGACUGUUTsT 785 ND-8729
AAcAG ucG AAAucuAG uGATsT 61 1 UcACuAGAUUUCGACUGUUTsT 786 ND-8741
AAcAG ucG AAAucuAG uGATsT 612 UcACuAGAuuUCGACuGuuTsT 787 ND-8752
AACAGUCGAAAUCUAGUGATTCol 613 UCACUAGAUUUCGACUGUUTsT 788 ND-8844
AAcAGucGAAAucuAGuGATTcol 614 UcACuAGAUUUCGACUGUUTsT 789 ND-8869
AAcAGucGAAAucuAGuGATTcol 615 UcACuAGAuuUCGACuGuuTsT 790 ND-8894 AL-DP- ACGAAUGAGUUUUGUGCUUTT 616 AAGCACAAAACUCAUUCGUTT 791 7366
ACGAAUGAGUUUUGUGCUUTsT 617 AAGCACAAAACUCAUUCGUTsT 792 ND-8778
AcGAAuGAGuuuuGuGcuuTsT 618 AAGcAcAAAACUcAUUCGUTsT 793 ND-8797
AcGAAuGAGuuuuGuGcuuTsT 619 AAGcAcAAAACUcAuUCGUTsT 794 ND-8816
ACGAAUGAGUUUUGUGCUUTTCol 620 AAGCAC AAAACUCAU UCG UTsT 795 ND-8835
Cadena en sentido Cadena anti-sentido
SEQ SEQ Nombre
Secuencia (5 -3 ) ID Secuencia (5 '-3') ID de dúplex NO: NO: AcGAAuGAGuuuuGuGcuuTTcol 621 AAGcAcAAAACUcAUUCGUTsT 796 ND-8860
AcGAAuGAGuuuuGuGcuuTTcol 622 AAGcAcAAAACUcAuUCGUTsT 797 ND-8885 AL-DP- AAUUCGCAUGUACAGUGAATT 623 UUCACUGUACAUGCGAAUUTT 798 7371
AAUUCGCAUGUACAGUGAATsT 624 UUCACUGUACAUGCGAAUUTsT 799 ND-8779
AAuucGcAuGuAcAGuGAATsT 625 UUcACUGuAcAUGCGAAUUTsT 800 ND-8798
AAuucGcAuGuAcAGuGAATsT 626 uUcACuGuAcAuGCGAAuUTsT 801 ND-8817
AAUUCGCAUGUACAGUGAATTCol 627 UUCACUGUACAUGCGAAUUTsT 802 ND-8836
AAuucGcAuGuAcAGuGAATTcol 628 UUcACUGuAcAUGCGAAUUTsT 803 ND-8861
AAuucGcAuGuAcAGuGAATTcol 629 UUcACuGuAcAuGCGAAuUTsT 804 ND-8886 AL-DP- AAUAGAAUUCGCAUGUACATT 630 UGUACAUGCGAAUUCUAUUTT 805 7372
AAUAGAAUUCGCAUGUACATsT 631 UGUACAUGCGAAUUCUAUUTsT 806 ND-8780
AAuAGAAuucGcAuGuAcATsT 632 UGuAcAUGCGAAUUCuAUUTsT 807 ND-8799
AAuAG AAuucGcAuG u AcATsT 633 uGuAcAuGCGAAuUCuAuUTsT 808 ND-8818
AAUAGAAUUCGCAUGUACATTCol 634 UGUACAUGCGAAUUCUAUUTsT 809 ND-8837
AAuAGAAuucGcAuGuAcATTcol 635 UGuAcAUGCGAAUUCuAUUTsT 810 ND-8862
AAuAGAAuucGcAuGuAcATTcol 636 UGuAcAuGCGAAuUCuAuUTsT 81 1 ND-8887 AL-DP- UGGUAACCCAAUGAUGUAUTT 637 AUACAUCAUUGGGUUACCATT 812 7370
Cadena en sentido Cadena anti-sentido
SEQ SEQ Nombre
Secuencia (5 -3 ) ID Secuencia (5 '-3') ID de dúplex NO: NO: UGGUAACCCAAUGAUGUAUTsT 638 AUACAUCAUUGGGUUACCATsT 813 ND-8781 uGG uAAcccAAuG AuG uAuTsT 639 AuAcAUcAUUGGGUuACcATsT 814 ND-8800 uGGuAAcccAAuGAuGuAuTsT 640 AuAcAUcAuUGGGuUACcATsT 815 ND-8819
UGGUAACCCAAUGAUGUAUTTCol 641 AUACAUCAUUGGGUUACCATsT 816 ND-8838 uGGuAAcccAAuGAuGuAuTTcol 642 Au AcAUcAU UGGG UuACcATsT 817 ND-8863 uGGuAAcccAAuGAuGuAuTTcol 643 AuAcAUcAuUGGGuUACcATsT 818 ND-8888 cucGAGAuccuAAuuAucuTsT 1748 AGAuAAuuAGGAUCUCGAGTst 1749 ND-9300
La Tab la 4 esti p u la los resu ltados de la prueba d e A R N ds e n l istados e n la Tabl a 3. Tabl a 4
Actividad Actividad media media Nombre de restante Desviación restante Desviación dúplex después del estándar después del estándar tratamiento tratamiento con 30nM con 100p AL-DP-7545 6.74 1.80 18.41 4.14
ND-8763 6.28 1 .79 21 .38 5.93
Actividad Actividad media media Nombre de restante Desviación restante Desviación dúplex después del estándar después del estándar tratamiento tratamiento con 30nM con 100pM ND-8782 7.21 1 .59 23.76 7.49
ND-8801 18.52 2.58 51 .10 12.01
ND-8820 9.26 1 .88 58.34 10.61
ND-8845 34.08 7.03 69.28 14.97
ND-8870 30.96 5.97 77.58 12.41
AL-DP-7558 1 1 .93 1 .66 25.71 3.57
ND-8764 8.97 1 .53 25.81 7.79
ND-8783 27.33 3.10 51 .35 6.52
ND-8802 28.82 4.39 91 .90 14.32
ND-8821 8.96 2.36 71 .92 10.68
ND-8846 75.94 17.07 88.87 7.90
ND-8871 58.02 9.96 91 .79 13.92
AL-DP-7548 1 1 .23 1.92 35.58 6.27
ND-8765 8.24 1 .01 45.42 10.63
ND-8784 25.07 4.28 68.74 7.10
ND-8803 45.89 10.22 97.46 12.87
Actividad Actividad media media Nombre de restante Desviación restante Desviación dúplex después del estándar después del estándar tratamiento tratamiento con 30n con 100pM ND-8822 11.59 2.94 75.22 17.11
ND-8847 64.96 9.30 100.47 16.50
ND-8872 78.50 14.11 86.77 5.96
AL-DP-7509 17.62 2.26 21.58 2.98
ND-8766 15.26 1.22 25.45 2.92
ND-8785 19.66 3.35 43.13 4.50
ND-8804 21.66 2.34 50.36 8.66
ND-8823 15.66 2.09 48.14 4.88
ND-8848 27.84 3.58 95.42 20.53
ND-8873 29.97 3.32 91.79 13.36
AL-DP-7492 11.09 1.19 19.22 3.29
ND-8767 1.90 1.73 20.65 2.66
ND-8786 1 .69 1.72 19.78 2.74
ND-8805 14.97 1.46 26.41 6.08
ND-8824 11.53 1.51 43.76 5.00
ND-8849 25.37 11.97 43.95 10.44
Actividad Actividad media media Nombre de restante Desviación restante Desviación dúplex después del estándar después del estándar tratamiento tratamiento con 30nM con 100pM ND-8874 16.84 2.99 53.87 6.12
AL-DP-7554 15.01 1.22 23.48 4.39
ND-8768 14.46 1.30 26.79 4.77
ND-8787 15.20 2.47 24.76 4.44
ND-8806 15.01 2.02 33.77 10.43
ND-8825 17.00 3.82 72.33 14.34
ND-8850 29.25 7.49 93.94 19.23
ND-8875 23.33 3.94 79.79 9.03
AL-DP-7557 13.10 1.34 22.30 8.07
ND-8769 1 1.17 1 .10 24.91 4.44
ND-8788 21 .84 2.02 60.20 10.58
ND-8788 23.53 1 .55 69.43 13.87
ND-8826 12.81 1 .35 50.68 10.86
ND-8851 36.41 3.49 1 16.14 48.06
ND-8851 36.42 5.05 100.91 26.50
AL-DP-7476 17.1 1 2.75 25.33 7.43
Actividad Actividad media media Nombre de restante Desviación restante Desviación dúplex después del estándar después del estándar tratamiento tratamiento con 30n con 100pM ND-8770 13.36 1.65 30.58 8.25
ND-8789 46.06 6.35 76.12 14.80
ND-8808 43.15 5.55 98.81 21 .90
ND-8827 14.76 2.03 56.08 13.96
ND-8852 70.35 13.51 107.70 22.62
ND-8877 58.73 8.08 90.83 10.87
AL-DP-7514 15.63 2.76 18.89 0.67
ND-8771 14.96 1 .69 23.31 10.62
ND-8790 15.91 1 .57 31 .71 2.88
ND-8809 16.79 2.80 36.42 5.40
ND-8828 14.61 2.09 53.50 8.13
ND-8853 34.20 4.88 81 .95 16.33
ND-8878 26.63 2.95 87.21 33.73
AL-DP-7540 18.18 3.06 32.59 5.25
ND-8772 19.31 2.99 36.01 5.41
ND-8791 35.43 4.60 55.34 7.39
Actividad Actividad media media Nombre de restante Desviación restante Desviación dúplex después del estándar después del estándar tratamiento tratamiento con 30n con 100pM ND-8810 17.83 2.64 25.48 7.36
ND-8829 18.93 3.20 68.53 14.55
ND-8854 50.71 6.95 89.19 9.26
ND-8879 21 .76 5.10 62.43 16.86
AL-DP-7397 17.10 2.37 22.44 4.36
ND-8731 17.09 2.86 31 .25 8.34
ND-8743 15.89 2.29 27.33 4.67
ND-8754 19.53 2.97 41 .57 9.22
ND-8839 18.18 2.95 66.39 13.77
ND-8864 19.51 3.79 59.13 5.60
ND-8889 19.91 2.30 92.91 14.85
AL-DP-7526 17.67 2.32 41 .09 7.63
ND-8773 15.59 1.57 42.07 6.55
ND-8792 19.42 2.08 46.87 6.99
ND-881 1 34.56 7.82 72.57 9.85
ND-8830 19.49 3.09 69.87 7.25
Actividad Actividad media media Nombre de restante Desviación restante Desviación dúplex después del estándar después del estándar tratamiento tratamiento con 30nM con 100pM ND-8855 27.49 4.52 85.38 13.45
ND-8880 38.04 6.41 87.78 13.97
AL-DP-7473 15.81 2.07 31 .86 6.43
ND-8774 15.81 2.61 30.89 8.60
ND-8793 14.04 1.44 25.98 2.91
ND-8812 21.16 3.28 49.59 8.12
ND-8831 19.07 3.60 75.06 6.79
ND-8856 17.86 5.51 65.08 1 1 .14
ND-8881 28.56 6.18 83.97 12.49
AL-DP-7478 16.41 2.58 33.38 6.20
ND-8775 16.74 1 .63 31 .52 2.92
ND-8794 19.05 3.19 24.88 3.34
ND-8813 17.04 2.34 26.53 3.90
ND-8832 16.40 2.16 66.67 15.18
ND-8857 26.53 6.20 69.13 9.30
ND-8882 20.04 2.43 68.67 8.67
Actividad Actividad media media Nombre de restante Desviación restante Desviación dúplex después del estándar después del estándar tratamiento tratamiento con 30nM con 100pM AL-DP-7553 20.83 2.66 28.97 4.93
ND-8776 21.10 2.76 29.95 5.15
ND-8795 26.00 3.54 79.53 1 1 .78
ND-8795 25.14 3.95 80.83 12.02
ND-8833 21 .76 3.23 52.28 7.24
ND-8858 33.25 7.09 92.18 20.40
ND-8858 31 .50 5.36 84.22 13.01
AL-DP-7395 18.01 2.33 25.01 4.17
ND-8730 18.63 2.22 35.55 6.30
ND-8742 18.04 2.92 29.24 6.48
ND-8753 19.03 3.21 50.35 10.66
ND-8840 24.81 3.87 81 .78 17.12
ND-8865 27.65 3.29 72.55 12.44
ND-8890 22.03 1.60 105.32 26.89
AL-DP-7499 12.40 1 .94 25.24 3.83
ND-8777 12.78 2.14 25.07 6.35
Actividad Actividad media media Nombre de restante Desviación restante Desviación dúplex después del estándar después del estándar tratamiento tratamiento con 30nM con 100pM ND-8796 1 .28 0.83 21 .19 2.68
ND-8815 10.85 1.12 27.56 7.33
ND-8834 9.88 1.77 48.81 8.56
ND-8859 38.05 5.09 56.68 8.15
ND-8884 38.13 7.42 75.98 15.04
AL-DP-7365 15.72 2.57 23.60 5.58
ND-8724 14.88 2.37 27.95 1 1 .09
ND-8736 71.51 1 1 .99 81 .07 19.08
ND-8748 71.98 14.80 82.12 16.76
ND-884 18.39 3.01 66.82 19.67
ND-8866 79.40 15.36 80.86 15.81
ND-8891 73.79 17.04 86.53 21 .21
AL-DP-7390 17.45 3.14 30.46 4.87
ND-8727 17.98 3.47 44.60 4.60
ND-8739 23.47 4.83 53.99 8.89
ND-8750 25.98 3.55 83.20 10.09
Actividad Actividad media media Nombre de restante Desviación restante Desviación dúplex después del estándar después del estándar tratamiento tratamiento con 30nM con 100pM ND-8842 21.10 2.77 109.29 34.23
ND-8867 44.74 4.83 91 .06 22.68
ND-8892 57.70 9.50 96.07 23.52
AL-DP-7382 16.90 3.54 30.39 3.91
ND-8726 17.17 3.84 38.93 6.26
ND-8738 19.51 2.77 41 .20 3.80
ND-8749 17.03 3.66 34.1 1 8.30
ND-8843 26.36 4.99 83.57 8.12
ND-8868 26.78 3.25 88.44 7.96
ND-8893 22.70 2.05 86.71 12.41
AL-DP-7393 24.38 3.02 38.04 7.48
ND-8729 29.07 4.34 59.65 1 1 .35
ND-8741 68.38 7.91 87.12 8.74
ND-8752 50.68 7.27 86.26 1 1 .15
ND-8844 36.14 5.29 102.26 16.83
ND-8869 71.02 12.42 97.57 17.41
Actividad Actividad media media Nombre de restante Desviación restante Desviación dúplex después del estándar después del estándar tratamiento tratamiento con 30nM con 100pM ND-8894 52.86 8.43 106.24 17.77
AL-DP-7366 18.69 2.05 44.08 7.35
ND-8778 18.46 2.08 41 .29 5.42
ND-8797 15.49 2.21 36.71 5.29
ND-8816 13.61 1 .76 33.13 6.21
ND-8835 22.00 3.84 76.17 1 1 .70
ND-8860 17.81 4.03 68.48 8.32
ND-8885 15.76 2.33 70.03 10.95
AL-DP-7371 18.77 2.20 52.94 1 1 .86
ND-8779 19.88 2.86 56.27 9.68
ND-8798 24.79 4.89 59.87 8.65
ND-8817 26.06 2.89 85.76 15.79
ND-8836 33.17 7.60 87.15 20.65
ND-8861 78.78 18.21 88.22 14.97
ND-8886 70.66 10.62 96.55 14.35
AL-DP-7372 19.23 3.22 46.80 10.62
Actividad Actividad media media Nombre de restante Desviación restante Desviación dúplex después del estándar después del estándar tratamiento tratamiento con 30nM con 100pM ND-8780 19.94 0.97 62.29 12.87
ND-8799 42.73 4.67 81 .61 10.68
ND-8818 88.99 6.53 104.90 8.74
ND-8837 25.18 3.70 99.41 12.93
ND-8862 79.80 15.30 92.36 10.28
ND-8887 78.27 16.96 92.55 14.48
AL-DP-7370 20.04 1.52 46.57 9.68
ND-8781 16.68 1.83 62.43 12.82
ND-8800 41 .69 5.44 77.39 12.71
ND-8819 35.98 3.15 78.56 17.49
ND-8838 21.49 3.65 84.71 30.30
ND-8863 59.44 19.74 91 .91 17.80
ND-8888 49.74 16.09 97.57 15.46
Diseño de ARNsi que dirige la expresión del gen E1 del HPV. La Tabla 5 estipula las composiciones de ácido ribonucleico de doble cadena de la invención. Tabla 5 Letras en mayúsculas: Ribonucleótido no modificado (excepto por T que es un desoxi- ribonucleótido no modificado). Letras en minúsculas: Ribonucleótido que lleva un sustituyente de 2'-0-metilo sobre la fracción de ribosa. s : Indica la posición del enlace de fosforotioato inter-nucleósidos. 10 col: Fracción de colesterol conjugada con el ribonucleótido 3'. "Nombre de dúplex" significa el nombre de la composición formada mediante la hibridación ^ específica de la cadena en sentido indicada y de la cadena anti-sentido indicada.
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene de E1 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT doble colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5-3) (5-3) ambos extremos) AAAAAUCAACGUGUUGCGAUUAA 819 AAAUCAACGUGUUGCGAUUTT 945 AAUCGCAACACGUUGAUUUTT 1141 ND-9061 AAGAGCCUCCAAAAUUGCGUAAA 820 GAGCCUCCAAAAUUGCGUATT 946 UACGCAAUUUUGGAGGCUCTT 1142 ND-9062 AAUCAACGUGUUGCGAUUGGUAA 821 UCAACGUGUUGCGAUUGGUTT 947 ACCAAUCGCAACACGUUGATT 1143 ND-9063
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene de E1 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT doble colgadura TT objetivo de 9mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 AAUCCAAAAUUGCGUAGUACAAA 822 UCCAAAAUUGCGUAGUACATT 948 UGUACUACGCAAUUUUGGATT 1 144 ND-9064
AAAAUCAACGUGUUGCGAUUGAA 823 AAUCAACGUGUUGCGAUUGTT 949 CAAUCGCAACACGUUGAUUTT 1 145 ND-9065
AACCUCCAAAAUUGCGUAGUAAA 824 CCUCCAAAAUUGCGUAGUATT 950 UACUACGCAAUUUUGGAGGTT 1146 ND-9066
AAAG AG CCUCC AAAAU UG CG U AA 825 AGAGCCUCCAAAAUUGCGUTT 951 ACGCAAUUUUGGAGGCUCUTT 1147 ND-9067
10 AACAACGUGUUGCGAUUGGUGAA 826 CAACGUGUUGCGAUUGGUGTT 952 CACCAAUCGCAACACGUUGTT 1 148 ND-9068
AAAUAGAUGUGAUAGGGUAGAAA 827 AUAGAUGUGAUAGGGUAGATT 953 UCUACCCUAUCACAUCUAUTT 1 149 ND-9069
AAGGGAAGAGGGUACGGGAUGAA 828 GGGAAGAGGGUACGGGAUGTT 954 CAUCCCGUACCCUCUUCCCTT 1 150 ND-9070
AAAGAUUAAGUUUGCACGAGGAA 829 AGAUUAAGUUUGCACGAGGTT 955 CCUCGUGCAAACUUAAUCUTT 1151 ND-9071
AAGGUAUCAAGGUGUAGAGUUAA 830 GGUAUCAAGGUGUAGAGUUTT 956 AACUCUACACCUUGAUACCTT 1152 ND-9072
AAACUUAG UGAUAUUAG UGGAAA 831 ACUUAGUGAUAUUAGUGGATT 957 UCCACUAAUAUCACUAAGUTT 1153 ND-9073
AAGAGAUUAUUUGAAAGCGAAAA 832 GAGAUUAUUUGAAAGCGAATT 958 UUCGCUUUCAAAUAAUCUCTT 1154 ND-9074
AAAACACCAUGUAGUCAGUAUAA 833 AACACCAUGUAGUCAGUAUTT 959 AUACUGACUACAUGGUGUUTT 1 155 ND-9075
AAAGCCUCCAAAAUUGCGUAGAA 834 AGCCUCCAAAAUUGCGUAGTT 960 CUACGCAAUUUUGGAGGCUTT 1 156 ND-9076
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene de E1 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT doble colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) AAGCCUCCAAAAUUGCGUAGUAA 835 GCCUCCAAAAUUGCGUAGUTT 961 ACUACGCAAUUUUGGAGGCTT 1157 ND-9077
AAGUGUAUGGAGACACGCCAGAA 836 GUGUAUGGAGACACGCCAGTT 962 CUGGCGUGUCUCCAUACACTT 1158 ND-9078
AAGUACAAUGGGCCUACGAUAAA 837 G UACAAUGGGCCUACGAUATT 963 UAUCGUAGGCCCAUUGUACTT 1159 ND-9079
AAUACAAUGGGCCUACGAUAAAA 838 UACAAUGGGCCUACGAUAATT 964 UUAUCGUAGGCCCAUUGUATT 1160 ND-9080
AAUGACAUAGUAGACGAUAGUAA 839 UGACAUAGUAGACGAUAGUTT 965 ACUAUCGUCUACUAUGUCATT 1 161 ND-9081
AAGACAUAGUAGACGAUAGUGAA 840 GACAUAGUAGACGAUAGUGTT 966 CACUAUCGUCUACUAUGUCTT 1162 ND-9082
AAACUCUUUGCCAACGUUUAAAA 841 ACUCUUUGCCAACGUUUAATT 967 UUAAACGUUGGCAAAGAGUTT 1163 ND-9083
AAAU AAUG ACAUAG UAGACG AAA 842 AUAAUGACAUAGUAGACGATT 968 UCGUCUACUAUGUCAUUAUTT 1 164 ND-9084
AAAAGUAUUUGGGUAGUCCACAA 843 AAGUAUUUGGGUAGUCCACTT 969 GUGGACUACCCAAAUACUUTT 1165 ND-9085
AAACGUGUUGCGAUUGGUGUAAA 844 ACGUGUUGCGAUUGGUGUATT 970 UAC ACCAAUCGCAACACG UTT 1 166 ND-9086
AACGAAAGUAUUUGGGUAGUCAA 845 CGAAAGUAUUUGGGUAGUCTT 971 GACUACCCAAAUACUUUCGTT 1167 ND-9087
AACUCCAAAAUUGCGUAGUACAA 846 CUCCAAAAUUGCGUAGUACTT 972 GUACUACGCAAUUUUGGAGTT 1 168 ND-9088
AAUGGUACAAUGGGCCUACGAAA 847 UGGUACAAUGGGCCUACGATT 973 UCGUAGGCCCAUUGUACCATT 1169 ND-9089
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene de E1 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT doble colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. O. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) AAUAAUGACAUAGUAGACGAUAA 848 UAAUGACAUAGUAGACGAUTT 974 AUCGUCUACUAUGUCAUUATT 11 0 ND-9090
AAACAUAGUAGACGAUAGUGAAA 849 ACAUAGUAGACGAUAGUGATT 975 UCACUAUCGUCUACUAUGUTT 1 171 ND-9091
AAGUGUAGACAUUAUAAACGAAA 850 GUG U AG ACAU U AUAAACGATT 976 UCGUUUAUAAUGUCUACACTT 1172 ND-9092
AAUAGACAUUAUAAACGAGCAAA 851 UAGACAUUAUAAACGAGCATT 977 UGCUCGUUUAUAAUGUCUATT 1173 ND-9093
AAUUGCGAUUGGUGUAUUGCUAA 852 UUGCGAUUGGUGUAUUGCUTT 978 AGCAAUACACCAAUCGCAATT 1174 ND-9094
AAUUGGCAGACACUAAUAGUAAA 853 UUGGCAGACACUAAUAGUATT 979 UACUAUUAGUGUCUGCCAATT 1175 ND-9095
AAUUCAGAAUUAGUAAGACCAAA 854 UUCAGAAUUAGUAAGACCATT 980 UGGUCUUACUAAUUCUGAATT 1176 ND-9096
AAGGAGAUUAUUUGAAAGCGAAA 855 GGAGAUUAUUUGAAAGCGATT 981 UCGCUUUCAAAUAAUCUCCTT 1177 ND-9097
AAACCAUG U AGUCAG UAUAG UAA 856 ACCAUGUAGUCAGUAUAGUTT 982 ACUAUACUGACUACAUGGUTT 1178 ND-9098
AAGAAGAGGGUACGGGAUGUAAA 857 GAAGAGGGUACGGGAUGUATT 983 UACAUCCCGUACCCUCUUCTT 1179 ND-9099
AAAUAAAUCAACGUGUUGCGAAA 858 AUAAAUCAACGUGUUGCGATT 984 UCGCAACACGUUGAUUUAUTT 1180 ND-9100
AACGUGUUGCGAUUGGUGUAUAA 859 CGUGUUGCGAUUGGUGUAUTT 985 AUACACCAAUCGCAACACGTT 1 181 ND-9101
AAUGGGCCUACGAUAAUGACAAA 860 UGGGCCUACGAUAAUGACATT 986 UGUCAUUAUCGUAGGCCCATT 1182 ND-9102
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene de E1 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT doble colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) AAUGCAUAUUACUAUAUGGUGAA 861 UGCAUAUUACUAUAUGGUGTT 987 CACCAUAUAGUAAUAUGCATT 1183 ND-9103
AACCAGAUUAAGUUUGCACGAAA 862 CCAGAUUAAGUUUGCACGATT 988 UCGUGCAAACUUAAUCUGGTT 1 184 ND-9104
AAAGAUUAUUUGAAAGCGAAGAA 863 AGAUUAUUUGAAAGCGAAGTT 989 CUUCGCUUUCAAAUAAUCUTT 1185 ND-9105
AAGUUACAGGUAGAAGGGCGCAA 864 GUUACAGGUAGAAGGGCGCTT 990 GCGCCCUUCUACCUGUAACTT 1 186 ND-9106
10 AAGCCAAAAUAGG U AUGU UAGAA 865 GCCAAAAUAGGUAUGUUAGTT 991 CUAACAUACCUAUUUUGGCTT 1187 ND-9107
AAGCAUAGACCAUUGGUACAAAA 866 GCAUAGACCAUUGGUACAATT 992 UUGUACCAAUGGUCUAUGCTT 1 188 ND-9108
AAAAAUUGCGUAGUACAGCAGAA 867 AAAUUGCGUAGUACAGCAGTT 993 CUGCUGUACUACGCAAUUUTT 1 189 ND-9109
AAAGUAUUUGGGUAGUCCACUAA 868 AGUAUUUGGGUAGUCCACUTT 994 AGUGGACUACCCAAAUACUTT 1 190 ND-91 10
15 AAAUGACAUAGUAGACGAUAGAA 869 AUGACAUAGUAGACGAUAGTT 995 CUAUCGUCUACUAUGUCAUTT 1191 ND-9111
AAGGUAGUCCACUUAGUGAUAAA 870 GGUAGUCCACUUAGUGAUATT 996 UAUCACUAAGUGGACUACCTT 1 192 ND-91 12
AAAGCAUAGACCAUUGGUACAAA 871 AGCAUAGACCAUUGGUACATT 997 UGUACCAAUGGUCUAUGCUTT 1193 ND-91 13
AAUUUCAGAAUUAGUAAGACCAA 872 UUUCAGAAUUAGUAAGACCTT 998 GGUCUUACUAAUUCUGAAATT 1 194 ND-9114
20 AAUGCGAUUGGUGUAUUGCUGAA 873 UGCGAUUGGUGUAUUGCUGTT 999 CAGCAAUACACCAAUCGCATT 1195 ND-91 15
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene de E1 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT doble colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en O. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 AACCAAAAUUGCGUAGUACAGAA 874 CCAAAAUUGCGUAGUACAGTT 1000 CUGUACUACGCAAUUUUGGTT 1196 ND-91 16
AAGACAGCACAUGCG UUG UU UAA 875 GACAGCACAUGCGUUGUUUTT 1001 AAACAACGCAUG UGCUG UCTT 1197 ND-91 17
AAUGUUACAGGUAGAAGGGCGAA 876 UGUUACAGGUAGAAGGGCGTT 1002 CGCCCUUCUACCUGUAACATT 1198 ND-91 18
AAAGACAAUAAU AU UAG UCCU AA 877 AGACAAUAAUAUUAGUCCUTT 1003 AGGACUAAUAUUAUUGUCUTT 1199 ND-91 19
10 AAAUGAUUAUUUAACACAGGCAA 878 AUGAUUAUUUAACACAGGCTT 1004 GCCUGUGUUAAAUAAUCAUTT 1200 ND-9120
AAAGAUGUGAUAGGGUAGAUGAA 879 AGAUGUGAUAGGGUAGAUGTT 1005 CAUCUACCCUAUCACAUCUTT 1201 ND-9121
AACUGCAAGGGUCUGUAAUAUAA 880 CUGCAAGGGUCUGUAAUAUTT 1006 AUAUUACAGACCCUUGCAGTT 1202 ND-9122
AAUCAGAUGACGAGAACGAAAAA 881 UCAGAUGACGAGAACGAAATT 1007 UUUCGUUCUCGUCAUCUGATT 1203 ND-9123
15 AACACCAUGUAGUCAGUAUAGAA 882 CACCAUGUAGUCAGUAUAGTT 1008 CUAUACUGACUACAUGGUGTT 1204 ND-9124
AAAGACAGCACAUGCGUUGUUAA 883 AGACAGCACAUGCGUUGUUTT 1009 AACAACGCAUG UGCUGUCUTT 1205 ND-9125
AAAGAGGGUACGGGAUGUAAUAA 884 AGAGGGUACGGGAUGUAAUTT 1010 AUUACAUCCCGUACCCUCUTT 1206 ND-9126
AAAAAAGUAAUAAAUCAACGUAA 885 AAAAG UAAUAAAUCAACG UTT 1011 ACGUUGAUUUAUUACUUUUTT 1207 ND-9127
AAAAAGCAUAGACCAUUGGUAAA 886 AAAGCAUAGACCAUUGGUATT 1012 UACCAAUGGUCUAUGCUUUTT 1208 ND-9128
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene de E1 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT doble colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 AAUUGUACAUUUGAAUUAUCAAA 887 UUGUACAUUUGAAUUAUCATT 1013 UG AU AAU UCAAAUG U ACAATT 1209 ND-9129
AAGUAAAGCAUAGACCAUUGGAA 888 GUAAAGCAUAGACCAUUGGTT 1014 CCAAUGGUCUAUGCUUUACTT 1210 ND-9130 AAAuc AAcG uG u uG cG AuuTsT 1015 AAUCGcAAcACGUUGAUUUTsT 121 1 ND-9131 GAGccuccAAAAuuGcGuATsT 1016 uACGcAAUUUUGGAGGCUCTsT 1212 ND-9132
10 ucAAcGuGuuGcGAuuGGuTsT 1017 ACcAAUCGcAAcACGUUGATsT 1213 ND-9133 uccAAAAuuGcGuAGuAcATsT 1018 UGuACuACGcAAUUUUGGATsT 1214 ND-9134 AAucAAcGuGuuGcGAuuGTsT 1019 cAAUCGcAAcACG U UGAU UTsT 1215 ND-9135 ccuccAAAAuuGcGuAGuATsT 1020 uACuACGcAAUUUUGGAGGTsT 1216 ND-9136 AGAGccuccAAAAuuGcGuTsT 021 ACGcAAUUUUGGAGGCUCUTsT 1217 ND-9137 cAAcGuGuuGcGAuuGGuGTsT 1022 cACcAAUCGcAAcACGUUGTsT 1218 ND-9138 AuAGAuGuGAuAGGGuAGATsT 1023 UCuACCCuAUcAcAUCuAUTsT 1219 ND-9139 GGGAAGAGGGuAcGGGAuGTsT 1024 cAUCCCGuACCCUCUUCCCTsT 1220 ND-9140 AGAuuAAGuuuGcAcGAGGTsT 1025 CCUCGUGcAAACUuAAUCUTsT 1221 ND-9141
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene de E1 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT doble colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 GGuAucAAGGuGuAGAGuuTsT 1026 AACUCuAcACCUUGAuACCTsT 1222 ND-9142 AcuuAGuGAuAuuAGuGGATsT 1027 UCcACuAAuAUcACuAAG UTsT 1223 ND-9143 GAGAuuAuuuGAAAGcGAATsT 1028 UUCGCUUUcAAAuAAUCUCTsT 1224 ND-9144 AAcAccAuGuAGucAGuAuTsT 1029 AuACUGACuAcAUGGUGUUTsT 1225 ND-9145
10 AGccuccAAAAuuGcG uAGTsT 1030 CuACGcAAUUUUGGAGGCUTsT 1226 ND-9146 GccuccAAAAu uGcGuAGuTsT 1031 ACuACGcAAUUUUGGAGGCTsT 1227 ND-9147 GuGuAuGGAGAcAcGccAGTsT 1032 CUGGCGUGUCUCcAuAcACTsT 1228 ND-9148 GuAcAAuGGGccuAcGAuATsT 1033 uAUCGuAGGCCcAUUGuACTsT 1229 ND-9149 uAcAAuGGGccuAcGAuAATsT 1034 UuAUCGuAGGCCcAUUGuATsT 230 ND-9150 uGAcAuAGuAGAcGAuAGuTsT 1035 ACuAUCGUCuACuAUGUcATsT 1231 ND-9151 GAcAuAGuAGAcGAuAGuGTsT 1036 cACuAUCGUCuACuAUGUCTsT 1232 ND-9152 AcucuuuGccAAcGuuuAATsT 1037 UuAAACGUUGGcAAAGAGUTsT 1233 ND-9153 AuAAuGAcAuAGuAGAcGATsT 1038 UCGUCuACuAUGUcAUuAUTsT 1234 ND-9154
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene de E1 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT doble colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 AAGuAuuuGGGuAGuccAcTsT 1039 GUGGACuACCcAAAuACUUTsT 1235 ND-9155 AcGuGuuGcGAuuGGuGuATsT 1040 uAcACcAAUCGcAAcACGUTsT 1236 ND-9156 cGAAAGuAuuuGGGuAGucTsT 1041 GACuACCcAAAuACUUUCGTsT 1237 ND-9157 cuccAAAAuuGcGuAGuAcTsT 1042 GuACuACGcAAUUUUGGAGTsT 1238 ND-9158
10 uGGuAcAAuGGGccuAcGATsT 1043 UCGuAGGCCcAUUGuACcATsT 1239 ND-9159 uAAuGAcAuAGuAGAcGAuTsT 1044 AUCGUCuACuAUGUcAUuATsT 1240 ND-9160 Ac Au AG u AG AcG Au AG uG ATsT 1045 UcACuAUCGUCuACuAUGUTsT 1241 ND-9161 GuGuAGAcAuuAuAAAcGATsT 1046 UCGUUuAuAAUGUCuAcACTsT 1242 ND-9162 uAGAcAuuAuAAAcGAGcATsT 1047 UGCUCGUUuAuAAUGUCuATsT 1243 ND-9163 uuGcGAuuGGuGuAuuGcuTsT 1048 AGcAAuAcACcAAUCGcAATsT 1244 ND-9164 uuGGcAGAcAcuAAuAGuATsT 1049 uACuAUuAGUGUCUGCcAATsT 1245 ND-9165 uucAGAAuuAGuAAGAccATsT 1050 UGGUCUuACuAAUUCUGAATsT 1246 ND-9166 GGAGAuuAuuuGAAAGcGATsT 1051 UCGCUUUcAAAuAAUCUCCTsT 1247 ND-9167
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene de E1 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT doble colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. O. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) AccAuGuAGucAGuAuAGuTsT 1052 ACuAuACUGACuAcAUGGUTsT 1248 ND-9168 GAAGAGGGuAcGGGAuGuATsT 1053 uAcAUCCCGuACCCUCUUCTsT 1249 ND-9169 AuAAAucAAcGuGuuGcGATsT 1054 UCGcAAcACGUUGAUUuAUTsT 1250 ND-9170 cGuGuuGcGAuuGGuGuAuTsT 1055 AuAcACcAAUCGcAAcACGTsT 1251 ND-9171 uGGGccuAcGAuAAuGAcATsT 1056 UG UcAU uAUCGuAGGCCcATsT 1252 ND-9172 uGcAuAuuAcuAuAuGGuGTsT 1057 cACcAuAuAGuAAuAUGcATsT 1253 ND-9173 ccAGAuuAAGuuuGcAcGATsT 1058 UCGUGcAAACUuAAUCUGGTsT 1254 ND-9174 AGAuuAuuuGAAAGcGAAGTsT 1059 CUUCGCUUUcAAAuAAUCUTsT 1255 ND-9175 GuuAcAGGuAGAAGGGcGcTsT 1060 GCGCCCUUCuACCUGuAACTsT 1256 ND-91 6 GccAAAAuAGGuAuGuuAGTsT 1061 CuAAcAuACCuAUUUUGGCTsT 1257 ND-9177 GcAuAGAccAuuGGuAcAATsT 1062 UUG uACcAAUGG UCuAUGCTsT 1258 ND-91 8 AAAuuGcGuAGuAcAGcAGTsT 1063 CUGCUGuACuACGcAAUUUTsT 1259 ND-9179 AGuAuuuGGGuAGuccAcuTsT 1064 AGUGGACuACCcAAAuACUTsT 1260 ND-9180
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene de E1 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT doble colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. O. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 AuGAcAuAGuAGAcGAuAGTsT 1065 CuAUCGUCuACuAUGUcAUTsT 1261 ND-9181 GG u AG ucc Acuu AG uG AuATsT 1066 uAUcACu AAG UGG ACuACCTsT 1262 ND-9182 AGcAuAG AccAuuGG u AcATsT 1067 UGuACcAAUGGUCuAUGCUTsT 1263 ND-9183 uuucAGAAuuAGuAAGAccTsT 1068 GGUCUuACuAAUUCUGAAATsT 1264 ND-9184
10 uGcGAuuGGuGuAuuGcuGTsT 1069 cAGcAAuAcACcAAUCGcATsT 1265 ND-9185 ccAAAAuuGcGuAGuAcAGTsT 1070 CUGuACuACGcAAUUUUGGTsT 1266 ND-9186 GAcAGcAcAuGcGuuGuuuTsT 1071 AAAcAACGcAUGUGCUGUCTsT 1267 ND-9187 uGuuAcAGGuAGAAGGGcGTsT 1072 CGCCCUUCuACCUGuAAcATsT 1268 ND-9188 AGAcAAuAAuAuuAGuccuTsT 1073 AGGACuAAuAUuAUUGUCUTsT 1269 ND-9189 AuGAuuAuuuAAcAcAGGcTsT 1074 GCCUG UGUuAAAuAAUcAUTsT 1270 ND-9190 AGAuGuGAuAGGGuAGAuGTsT 1075 cAUCuACCCuAUcAcAUCUTsT 1271 ND-9191 cuGcAAGGGucuGuAAuAuTsT 1076 AuAUuAcAGACCCUUGcAGTsT 1272 ND-9192 ucAGAuGAcGAGAAcGAAATsT 1077 UUUCGUUCUCGUcAUCUGATsT 1273 ND-9193
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene de E1 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT doble colgadura TT objetivo de 9mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 cAccAuGuAGucAGuAuAGTsT 1078 CuAuACUGACuAcAUGGUGTsT 1274 ND-9194 AGAcAGcAcAuGcGuuGuuTsT 1079 AAcAACGcAUGUGCUGUCUTsT 1275 ND-9195 AGAGGGuAcGGGAuGuAAuTsT 080 AUuAcAUCCCGuACCCUCUTsT 1276 ND-9196 AAAAG u AAu AAAuc AAcG uTsT 1081 ACGUUGAUUuAUuACUUUUTsT 1277 ND-9197
10 AAAGcAuAGAccAuuGGuATsT 1082 uACcAAUGGUCuAUGCUUUTsT 1278 ND-9198 uuGuAcAuuuGAAuuAucATsT 1083 UG Au AAU UcAAAUG u AcA ATsT 1279 ND-9199 GuAAAGcAuAGAccAuuGGTsT 1084 CcAAUGGUCuAUGCUUuACTsT 1280 ND-9200 AL-DP- AAAUAUCAAAUAUUAGUGAAGAA 889 AUAUCAAAUAUUAGUGAAGTT 1085 CUUCACUAAUAUUUGAUAUTT 1281 15 8042 AL-DP- AAUAUCAAAUAUUAGUGAAGUAA 890 UAUCAAAUAUUAGUGAAGUTT 1086 ACUUCACUAAUAUUUGAUATT 1282 8043 AL-DP- AAGGGUAUGGCAAUACUGAAGAA 891 GGGUAUGGCAAUACUGAAGTT 1087 CUUCAGUAUUGCCAUACCCTT 1283 8044
AACAACGU U UAAAUG UG UGUCAA 892 CAACGUUUAAAUGUGUGUCTT 1088 GACACACAUUUAAACGUUGTT 1284 AL-DP-
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene de E1 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT doble colgadura TT objetivo de 9mer total + AA en NO. O. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 8045 AL-DP- AAAACGUUUAAAUGUGUGUCAAA 893 AACGUUUAAAUGUGUGUCATT 1089 UGACACACAUUUAAACGUUTT 1285 8046 AL-DP- AAGAAAACGAUGGAGACUCUUAA 894 GAAAACGAUGGAGACUCUUTT 1090 AAGAGUCUCCAUCGUUUUCTT 1286 8047 AL-DP- AAGCGGGUAUGGCAAUACUGAAA 895 GCGGGUAUGGCAAUACUGATT 091 UCAGUAUUGCCAUACCCGCTT 1287 8048 AL-DP- AACGGGUAUGGCAAUACUGAAAA 896 CGGGUAUGGCAAUACUGAATT 1092 UUCAGUAUUGCCAUACCCGTT 1288 8049
15 AL-DP- AA U UAUAAACG AG C AG AA AAAAA 897 UUAUAAACGAGCAGAAAAATT 1093 UUUUUCUGCUCGUUUAUAATT 1289 8050 AL-DP- AAACAAUGUGUAGACAUUAUAAA 898 ACAAUGUGUAGACAUUAUATT 1094 UAUAAUGUCUACACAUUGUTT 1290 8051 AL-DP- AAAUUAUAAACGAGCAGAAAAAA 899 AUUAUAAACGAGCAGAAAATT 1095 UUUUCUGCUCGUUUAUAAUTT 1291 8052
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene de E1 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT doble colgadura TT objetivo de 9mer total + AA en NO. NO. O. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 AL-DP- AAUGUGUAGACAUUAUAAACGAA 900 UGUGUAGACAUUAUAAACGTT 1096 CGUUUAUAAUGUCUACACATT 1292 8053 AL-DP- AAUGUGUGUCAGGACAAAAUAAA 901 UGUGUGUCAGGACAAAAUATT 1097 UAUUUUGUCCUGACACACATT 1293 8054 AL-DP- AAACAU UA U A AACG AG CAGAAAA 902 ACAUUAUAAACGAGCAGAATT 1098 UUCUGCUCGUUUAUAAUGUTT 1294 8055 AL-DP- AAAGACAGCGGGUAUGGCAAUAA 903 AGACAGCGGGUAUGGCAAUTT 1099 AUUGCCAUACCCGCUGUCUTT 1295 8056 AL-DP- AAGACAGCGGGUAUGGCAAUAAA 904 GACAGCGGGUAUGGCAAUATT 1 100 UAUUGCCAUACCCGCUGUCTT 1296 8057 AL-DP- AAACAGCGGGUAUGGCAAUACAA 905 ACAGCGGGUAUGGCAAUACTT 1 101 GUAUUGCCAUACCCGCUGUTT 1297 8058 AL-DP- AAAGCGGGUAUGGCAAUACUGAA 906 AGCGGGUAUGGCAAUACUGTT 1 102 CAGUAUUGCCAUACCCGCUTT 1298 8059
AAAACAAUGUGUAGACAUUAUAA 907 AACAAUGUGUAGACAUUAUTT 1 103 AUAAUGUCUACACAUUGUUTT 1299 AL-DP-
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene de E1 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT doble colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 8060 AL-DP- AACAUUAUAAACGAGCAGAAAAA 908 CAUUAUAAACGAGCAGAAATT 1 104 UUUCUGCUCGUUUAUAAUGTT 1300 8061 AL-DP- AAACGUUUAAAUGUGUGUCAGAA 909 ACGUUUAAAUGUGUGUCAGTT 1 105 CUGACACACAUUUAAACGUTT 1301 8062 AL-DP- AAAAAUGUGUGUCAGGACAAAAA 910 AAAUGUGUGUCAGGACAAATT 1 106 UUUGUCCUGACACACAUUUTT 1302 8063 AL-DP- AAGGUUCUAAAACGAAAGUAUAA 91 1 GGUUCUAAAACGAAAGUAUTT 1 107 AUACUUUCGUUUUAGAACCTT 1303 8064
15 AL-DP- AAAUGUGUAGACAUUAUAAACAA 912 AUGUGUAGACAUUAUAAACTT 1 108 GUUUAUAAUGUCUACACAUTT 1304 8065 AL-DP- AAAGUAAGACCAUUUAAAAGUAA 913 AG U AAG ACCAUU UAAAAG UTT 1 109 ACUUUUAAAUGGUCUUACUTT 1305 8066 AL-DP- AAUAGUAAGACCAUUUAAAAGAA 914 UAGUAAGACCAUUUAAAAGTT 1 1 10 CUUUUAAAUGGUCUUACUATT 1306 8067
Secuencia objetivo de A Nm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene de E1 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT doble colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 AL-DP- AAGAAUUAGUAAGACCAUUUAAA 915 GAAUUAGUAAGACCAUUUATT 1 1 1 1 UAAAUGGUCUUACUAAUUCTT 1307 8068 AL-DP- AAAAUUAGUAAGACCAUUUAAAA 916 AAUUAGUAAGACCAUUUAATT 1 1 12 UUAAAUGGUCUUACUAAUUTT 1308 8069 AL-DP- AAAUUAGUAAGACCAUUUAAAAA 917 AUUAG UAAG ACCAU U UAAATT 1 1 13 UUUAAAUGGUCUUACUAAUTT 1309 8070 AL-DP- AAUUAGUAAGACCAUUUAAAAAA 918 UUAGUAAGACCAUUUAAAATT 1 1 14 UUUUAAAUGGUCUUACUAATT 1310 8071 AL-DP- AAAAUACUGAAGUGGAAACUCAA 919 AAUACUGAAGUGGAAACUCTT 1 1 15 GAGUUUCCACUUCAGUAUUTT 131 1 8072 AL-DP- AAAUACUGAAGUGGAAACUCAAA 920 AUACUGAAGUGGAAACUCATT 1 1 16 UGAGUUUCCACUUCAGUAUTT 1312 8073 AL-DP- AACAAUACUGAAGUGGAAACUAA 921 CAAUACUGAAGUGGAAACUTT 1 1 17 AGUUUCCACUUCAGUAUUGTT 1313 8074
AAUACUGAAGUGGAAACUCAGAA 922 UACUGAAGUGGAAACUCAGTT 1 1 18 CUGAGUUUCCACUUCAGUATT 1314 AL-DP-
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene de E1 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT doble colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 8075 AL-DP- AAACUGAAGUGGAAACUCAGCAA 923 ACUGAAGUGGAAACUCAGCTT 1 1 19 GCUGAGUUUCCACUUCAGUTT 1315 8076 AL-DP- AACUGAAGUGGAAACUCAGCAAA 924 CUGAAGUGGAAACUCAGCATT 1120 UGCUGAGUUUCCACUUCAGTT 1316 8077 AL-DP- AAUGAAGUGGAAACUCAGCAGAA 925 UGAAGUGGAAACUCAGCAGTT 1121 CUGCUGAGUUUCCACUUCATT 1317 8078 AL-DP- AAGAAGUGGAAACUCAGCAGAAA 926 GAAGUGGAAACUCAGCAGATT 1122 UCUGCUGAGUUUCCACUUCTT 1318 8079
15 AL-DP- AAAAGUGGAAACUCAGCAGAUAA 927 AAGUGGAAACUCAGCAGAUTT 1 123 AUCUGCUGAGUUUCCACUUTT 1319 8080 AL-DP- AAAGUGGAAACUCAGCAGAUGAA 928 AGUGGAAACUCAGCAGAUGTT 1 124 CAUCUGCUGAGUUUCCACUTT 1320 8081 AL-DP- AAAUGGCAAUACUGAAGUGGAAA 929 AUGGCAAUACUGAAGUGGATT 1 125 UCCACUUCAGUAUUGCCAUTT 321 8082
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene de E1 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT doble colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 AL-DP- AAAAAUCCUUUUUCUCAAGGAAA 930 AAAUCCUUUUUCUCAAGGATT 1 126 UCCUUGAGAAAAAGGAUUUTT 1322 8083 AL-DP- AAUCCUUUUUCUCAAGGACGUAA 931 UCCUUUUUCUCAAGGACGUTT 1 127 ACGUCCUUGAGAAAAAGGATT 1323 8084 AL-DP- AAAUCCUUUUUCUCAAGGACGAA 932 AUCCUUUUUCUCAAGGACGTT 128 CGUCCUUGAGAAAAAGGAUTT 1324 8085 AL-DP- AAGGCAAUACUGAAGUGGAAAAA 933 GGCAAUACUGAAGUGGAAATT 1 129 UUUCCACUUCAGUAUUGCCTT 1325 8086 AL-DP- AACUUUUUCUCAAGGACGUGGAA 934 CUUUUUCUCAAGGACGUGGTT 1130 CCACG UCCU UG AGAAAAAGTT 1326 8087 AL-DP- AACCUUUUUCUCAAGGACGUGAA 935 CCUUUUUCUCAAGGACGUGTT 1 131 CACGUCCUUGAGAAAAAGGTT 1327 8088 AL-DP- AAUUUUUCUCAAGGACGUGGUAA 936 UUUUUCUCAAGGACGUGGUTT 1 132 ACCACG UCCU UG AG AAAAATT 1328 8089
AAUGGAAAUCCUUUUUCUCAAAA 937 UGGAAAUCCUUUUUCUCAATT 1 133 UUGAGAAAAAGGAUUUCCATT 1329 AL-DP-
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene de E1 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT doble colgadura TT objetivo de 9mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 8090 AL-DP- AAGGAAAUCCUUUUUCUCAAGAA 938 GGAAAUCCUUUUUCUCAAGTT 1 134 CUUGAGAAAAAGGAUUUCCTT 1330 8091 AL-DP- AAGAAAUCCUUUUUCUCAAGGAA 939 GAAAUCCUUUUUCUCAAGGTT 1 135 CCUUGAGAAAAAGGAUUUCTT 1331 8092 AL-DP- AAAAUCCUUUUUCUCAAGGACAA 940 AAUCCUUUUUCUCAAGGACTT 1 136 GUCCUUGAGAAAAAGGAUUTT 1332 8093 AL-DP- AAUAUGGCAAUACUGAAGUGGAA 941 UAUGGCAAUACUGAAGUGGTT 1 137 CCACUUCAGUAUUGCCAUATT 1333 8094
15 AL-DP- AAUGGCAAUACUGAAGUGGAAAA 942 UGGCAAUACUGAAGUGGAATT 1 138 UUCCACUUCAGUAUUGCCATT 1334 8095 AL-DP- AAGCAAUACUGAAGUGGAAACAA 943 GCAAUACUGAAGUGGAAACTT 1 139 GUUUCCACUUCAGUAUUGCTT 1335 8096 AL-DP- AAAAUGUGUAGACAUUAUAAAAA 944 AAUGUGUAGACAUUAUAAATT 1 140 UUUAUAAUGUCUACACAUUTT 1336 8097
Prueba de ARNsi que dirige la expresión del gen E1 del HPV. Se probaron los ácidos ribonucleicos de doble cadena no modificados y químicamente modificados para identificar sus capacidades relativas para reducir el nivel de expresión del ARNm que codifica el gen E1 del HPV en una célula. Las condiciones de ensayo empleadas fueron como sigue: Las células C33A se obtuvieron de ATCC. Las secuencias que codificaban E6 y E1 del HPV16 se clonaron en el vector pNAS-055 (Husken y colaboradores, Nucleic Acids Research, 31:e102, 2003), para la expresión como transcripciones de fusión YFP. Los plásmidos resultantes se transfectaron en células C33A, y se derivaron las líneas estables que expresaban estas transcripciones de fusión mediante selección de Zeocina, de acuerdo con el protocolo del fabricante (Invitrogen). Para la transfección con el ARNsi contra E6 de HPV16 o E1 de HPV16, las células respectivas se sembraron a una densidad de 2.0 x 104 células/pozo en placas de 96 pozos, y se transfectaron directamente. La transfección del ARNsi (30nM, 3nM, o 300pM, como se indica) se llevó a cabo en una sola dosis con lipofectamina 2000® (Invitrogen), como es descrito por el fabricante. 24 horas después de la transfección, las células se lisaron, y se cuantificaron los niveles de expresión de ARNm de YFP lisadas y de fusión con el Quantigene Explore Kit (Panomics Inc. (Fremont, CA) (anteriormente Genospectra, Inc.)), utilizando una sonda dirigida contra YFP, de acuerdo con el protocolo convencional. Los niveles de ARNm de YFP de fusión se normalizaron al ARNm de GAP-DH.
Por cada ARNsi se recolectaron cuatro puntos de datos individuales. Se utilizaron los dúplexes de ARNsi no relacionados con los genes E1 o E6 del HPV16 como control. La actividad de un dúplex de ARNsi dado se expresó como un porcentaje de concentración de ARNm de YFP de fusión en las células tratadas en relación con la concentración de la misma transcripción en las células tratadas con el dúplex de ARNsi de control. La Tabla 6 muestra los resultados de la prueba del ARNds de E1 de la invención.
%ARNm restante Desviación ARNds dúplex después del Estándar tratamiento a 300pM
ND-9061 41.45 10.69
ND-9062 30.67 10.43
ND-9063 61.87 22.99
ND-9064 40.79 22.73
ND-9065 68.58 28.46
ND-9066 23.51 7.60
ND-9067 37.13 13.60
ND-9068 34.50 17.21
ND-9069 40.61 12.42
ND-9070 32.61 8.73
%ARNm restante Desviación
ARNds dúplex después del Estándar tratamiento a 300pM
ND-9071 30.68 11.65
ND-9072 24.38 7.47
ND-9073 76.28 15.06
ND-9074 29.11 10.42
ND-9075 27.20 11.56
ND-9076 42.06 17.88
ND-9077 51.19 9.09
ND-9078 43.42 16.63
ND-9079 25.79 4.85
ND-9080 29.33 5.67
ND-9081 36.66 4.51
ND-9082 48.67 10.47
ND-9083 39.51 12.70
ND-9084 44.28 7.54
ND-9085 55.73 9.77
ND-9086 28.90 7.93
ND-9087 28.88 5.47
%ARNm restante Desviación
ARNds dúplex después del Estándar tratamiento a 300pM
ND-9088 45.35 11.67
ND-9089 49.13 12.46
ND-9090 41.76 5.88
ND-9091 31.35 9.16
ND-9092 23.79 8.74
ND-9093 47.62 9.89
ND-9094 91.33 29.84
ND-9095 43.33 8.69
ND-9096 63.53 11.44
ND-9097 30.51 4.48
ND-9098 40.76 10.57
ND-9099 37.61 9.94
ND-9100 106.18 30.69
ND-9101 37.75 16.37
ND-9102 41.98 14.66
ND-9103 98.17 14.30
ND-9104 29.61 11.44
%ARNm restante Desviación
ARNds dúplex después del Estándar tratamiento a 300pM
ND-9105 29.71 6.48
ND-9106 51.42 14.12
ND-9107 78.38 28.72
ND-9108 34.69 4.19
ND-9109 97.63 14.18
ND-9110 47.58 7.48
ND-9111 65.14 15.02
ND-9112 30.24 7.33
ND-9113 31.69 10.80
ND-91 4 108.54 7.17
ND-9115 87.16 14.74
ND-9116 56.35 14.69
ND-9117 33.79 8.42
ND-9118 65.12 19.60
ND-9119 33.37 12.37
ND-9120 70.98 18.74
ND-9121 39.37 10.06
%ARNm restante Desviación
ARNds dúplex después del Estándar tratamiento a 300pM
ND-9122 33.24 14.79
ND-9123 20.37 7.53
ND-9124 30.47 5.18
ND-9125 26.22 5.56
ND-9126 29.86 5.15
ND-9127 84.95 22.37
ND-9128 35.14 6.10
ND-9129 49.41 15.75
ND-9130 51.54 12.31
ND-9131 45.51 7.96
ND-9132 81.48 16.52
ND-9133 46.79 13.27
ND-9134 63.22 32.12
ND-9135 118.82 19.88
ND-9136 47.83 12.16
ND-9137 65.11 15.44
ND-9138 92.31 36.27
%ARNm restante Desviación
ARNds dúplex después del Estándar tratamiento a 300pM
ND-9139 42.01 10.70
ND-9140 40.54 7.24
ND-9141 101.31 24.39
ND-9142 33.83 7.06
ND-9143 86.43 16.50
ND-9144 33.94 11.74
ND-9145 41.93 12.85
ND-9146 118.24 29.81
ND-9147 69.90 30.13
ND-9148 40.74 6.28
ND-9149 65.26 10.10
ND-9150 36.62 4.85
ND-9151 27.83 4.48
ND-9152 88.99 9.86
ND-9153 66.45 33.75
ND-9154 45.42 8.86
ND-9155 63.55 8.36
%ARNm restante Desviación
ARNds dúplex después del Estándar tratamiento a 300pM
ND-9156 53.00 7.71
ND-9157 32.74 7.39
ND-9158 102.06 26.87
ND-9159 59.47 10.16
ND-9160 31.23 7.52
ND-9161 84.78 36.89
ND-9162 24.83 5.17
ND-9163 26.64 5.90
ND-9164 77.97 10.06
ND-9165 59.95 25.75
ND-9166 69.74 8.15
ND-9167 23.04 5.43
ND-9168 46.16 12.02
ND-9169 62.24 11.73
ND-9170 92.69 14.72
ND-9171 46.55 6.56
ND-9172 49.39 16.23
%ARNm restante Desviación
ARNds dúplex después del Estándar tratamiento a 300pM
ND-9173 98.36 37.53
ND-9174 44.90 13.73
ND-9175 69.98 18.22
ND-9176 60.73 13.02
ND-9177 70.93 10.18
ND-9178 62.53 7.70
ND-9179 76.68 31.77
ND-9180 66.35 10.48
ND-9181 78.42 12.70
ND-9182 72.09 28.88
ND-9183 58.97 28.59
ND-9184 97.06 8.62
ND-9185 85.29 16.92
ND-9186 77.52 18.17
ND-9187 60.16 36.16
ND-9188 58.61 39.92
ND-9189 69.35 30.11
%ARNm restante Desviación
ARNds dúplex después del Estándar tratamiento a 300pM
ND-9190 71.87 36.13
ND-9191 81.64 18.99
ND-9192 52.76 14.33
ND-9193 25.18 8.23
ND-9194 50.69 12.78
ND-9195 40.01 10.21
ND-9196 47.41 15.85
ND-9197 94.68 24.60
ND-9198 103.12 27.52
ND-9199 50.82 15.18
ND-9200 97.72 24.20
AL-DP-8042 117.14 34.54
AL-DP-8043 131.44 38.69
AL-DP-8044 28.60 1 .52
AL-DP-8045 120.81 36.35
AL-DP-8046 93.19 17.57
AL-DP-8047 66.27 5.06
%ARNm restante Desviación
ARNds dúplex después del Estándar tratamiento a 300p
AL-DP-8048 33.70 8.18
AL-DP-8049 34.31 7.16
AL-DP-8050 60.60 19.36
AL-DP-8051 66.49 12.36
AL-DP-8052 45.46 12.49
AL-DP-8053 121.92 29.06
AL-DP-8054 45.00 4.56
AL-DP-8055 51.64 9.55
AL-DP-8056 35.51 4.67
AL-DP-8057 45.89 8.82
AL-DP-8058 38.47 4.44
AL-DP-8059 34.97 7.85
AL-DP-8060 66.44 14.39
AL-DP-8061 52.17 12.80
AL-DP-8062 100.52 25.88
AL-DP-8063 43.83 8.22
AL-DP-8064 26.25 5.84
%ARNm restante Desviación
ARNds dúplex después del Estándar tratamiento a 300pM
AL-DP-8065 107.74 32.53
AL-DP-8066 94.13 13.45
AL-DP-8067 107.09 17.49
AL-DP-8068 48.99 10.40
AL-DP-8069 68.14 19.39
AL-DP-8070 60.42 11.52
AL-DP-8071 7 .76 13.75
AL-DP-8072 62.25 6.16
AL-DP-8073 31.33 7.21
AL-DP-8074 47.97 11.55
AL-DP-8075 51.35 14.67
AL-DP-8076 50.40 17.25
AL-DP-8077 38.99 8.15
AL-DP-8078 50.93 1.54
AL-DP-8079 32.27 10.82
AL-DP-8080 33.91 10.48
AL-DP-8081 31.45 6.72
%ARNm restante Desviación
ARNds dúplex después del Estándar tratamiento a 300pM
AL-DP-8082 26.41 7.99
AL-DP-8083 86.75 6.66
AL-DP-8084 112.73 25.79
AL-DP-8085 112.33 22.53
AL-DP-8086 39.84 12.22
AL-DP-8087 104.24 29.47
AL-DP-8088 59.29 13.99
AL-DP-8089 114.08 24.06
AL-DP-8090 35.69 6.75
AL-DP-8091 47.28 12.14
AL-DP-8092 92.85 19.28
AL-DP-8093 102.59 15.83
AL-DP-8094 87.51 18.86
AL-DP-8095 27.99 8.27
AL-DP-8096 31.74 7.52
AL-DP-8097 40.29 9.18
Diseno de ARNds que dirige la expresión del gen E6 del HPV. La Tabla 7 estipula las composiciones de ácido ribonucleico de doble cadena de la invención. Tabla 7 Letras en mayúsculas: Ribonucleotido no modificado (excepto por T que es un desoxi- ribonucleótido no modificado). Letras en minúsculas: Ribonucleotido que lleva un sustituyente de 2'-0-metilo sobre la fracción de ribosa. s : Indica la posición del enlace de fosforotioato inter-nucleósidos. col: Fracción de colesterol conjugada con el ribonucleotido 3'. "Nombre de dúplex" significa el nombre de la composición formada mediante la hibridación específica de la cadena en sentido indicada y de la cadena anti-sentido indicada.
15 Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene doble de E6 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5-3) (5-3) ambos extremos)
20 AAUCGGUGGACCGGUCGAUGUAA 1336 UCGGUGGACCGGUCGAUGUTT 1424 ACAUCGACCGGUCCACCGATT 1586 ND-8899
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene doble de E6 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 AAGGUCGGUGGACCGGUCGAUAA 1337 GGUCGGUGGACCGGUCGAUTT 1425 AUCGACCGGUCCACCGACCTT 1587 ND-8900
AACGGUGGACCGGUCGAUGUAAA 1338 CGGUGGACCGGUCGAUGUATT 1426 UACAUCGACCGGUCCACCGTT 1588 ND-8901
10 AAGUCGGUGGACCGGUCGAUGAA 1339 GUCGGUGGACCGGUCGAUGTT 1427 CAUCGACCGGUCCACCGACTT 1589 ND-8902
AAAUCAUCAAGAACACGUAGAAA 1340 AUCAUCAAGAACACGUAGATT 1428 UCUACGUGUUCUUGAUGAUTT 1590 ND-8903
15 AACAACAGUUACUGCGACGUGAA 1341 CAACAGUUACUGCGACGUGTT 1429 CACGUCGCAGUAACUGUUGTT 1591 ND-8904
A AC AAU AC AAC AAACCGU UG U AA 1342 CAAUACAACAAACCGUUGUTT 1430 ACAACGGUUUGUUGUAUUGTT 1592 ND-8905
AAGCUGCAAACAACUAUACAUAA 1343 GCUGCAAACAACUAUACAUTT 1431 AUGUAUAGUUGUUUGCAGCTT 1593 ND-8906
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene doble de E6 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 AAGGUGGACCGGUCGAUGUAUAA 1344 GGUGGACCGGUCGAUGUAUTT 1432 AUACAUCGACCGGUCCACCTT 1594 ND-8907
AAAAAUUAGUGAGUAUAGACAAA 1345 AAAUUAGUGAGUAUAGACATT 1433 UGUCUAUACUCACUAAUUUTT 1595 ND-8908
10 AAUCAUCAAGAACACGUAGAGAA 1346 UCAUCAAGAACACGUAGAGTT 1434 CUCUACGUGUUCUUGAUGATT 1596 ND-8909
AAAUACAACAAACCGUUGUGUAA 1347 AUACAACAAACCGUUGUGUTT 1435 ACACAACGGUUUGUUGUAUTT 1597 ND-8910
15 AAUGGACCGGUCGAUGUAUGUAA 1348 UGGACCGGUCGAUGUAUGUTT 1436 ACAUACAUCGACCGGUCCATT 1598 ND-8911
AAUACAACAAACCGUUGUGUGAA 1349 UACAACAAACCGUUGUGUGTT 1437 CACACAACGGUUUGUUGUATT 1599 ND-8912
AAAGAUUCCAUAAUAUAAGGGAA 1350 AGAUUCCAUAAUAUAAGGGTT 1438 CCCUUAUAUUAUGGAAUCUTT 1600 ND-8913
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene doble de E6 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 AACAAGCAACAGUUACUGCGAAA 1351 CAAGCAACAGUUACUGCGATT 1439 UCGCAGUAACUGUUGCUUGTT 1601 ND-8914
AAGUUAAUUAGGUGUAUUAACAA 1352 GUUAAUUAGGUGUAUUAACTT 1440 GUUAAUACACCUAAUUAACTT 1602 ND-8915
10 AAUUUGCUUUUCGGGAUUUAUAA 1353 UUUGCUUUUCGGGAUUUAUTT 1441 AUAAAUCCCGAAAAGCAAATT 1603 ND-8916
AAACUUUGCUUUUCGGGAUUUAA 1354 ACUUUGCUUUUCGGGAUUUTT 1442 AAAUCCCG AAAAGCAAAG UTT 1604 ND-8917
15 AACUGCAAACAACUAUACAUGAA 1355 CUGCAAACAACUAUACAUGTT 1443 CAUGUAUAGUUGUUUGCAGTT 1605 ND-89 8
AAAUGACUUUGCUUUUCGGGAAA 1356 AUGACUUUGCUUUUCGGGATT 1444 UCCCGAAAAGCAAAGUCAUTT 1606 ND-8919
AACGACCCAGAAAGUUACCACAA 1357 CGACCCAGAAAGUUACCACTT 1445 GUGGUAACUUUCUGGGUCGTT 1607 ND-8920
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene doble de E6 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 AAUUACUGCGACGUGAGGUAUAA 1358 UUACUGCGACGUGAGGUAUTT 1446 AUACCUCACGUCGCAGUAATT 1608 ND-8921
AAGUUACUGCGACGUGAGGUAAA 1359 GUUACUGCGACGUGAGGUATT 1447 UACCUCACGUCGCAGUAACTT 1609 ND-8922
10 AAUGCGACGUGAGGUAUAUGAAA 1360 UGCGACGUGAGGUAUAUGATT 1448 UCAUAUACCUCACGUCGCATT 1610 ND-8923
AAGUCGAUGUAUGUCUUGUUGAA 1361 GUCGAUGUAUGUCUUGUUGTT 1449 CAACAAGACAUACAUCGACTT 1611 ND-8924
15 AACGACGUGAGGUAUAUGACUAA 1362 CGACGUGAGGUAUAUGACUTT 1450 AGUCAUAUACCUCACGUCGTT 1612 ND-8925
AAGACUUUGCUUUUCGGGAUUAA 1363 GACUUUGCUUUUCGGGAUUTT 1451 AAUCCCGAAAAGCAAAGUCTT 1613 ND-8926
AAUUAGGUGUAUUAACUGUCAAA 1364 UUAGGUGUAUUAACUGUCATT 1452 UGACAGUUAAUACACCUAATT 1614 ND-8927
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene doble de E6 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 AAUUACCACAGUUAUGCACAGAA 1365 UUACCACAGUUAUGCACAGTT 1453 CUGUGCAUAACUGUGGUAATT 1615 ND-8928
AAGCAACAGUUACUGCGACGUAA 1366 GCAACAGUUACUGCGACGUTT 1454 ACGUCGCAGUAACUGUUGCTT 1616 ND-8929
10 AAUGCUUUUCGGGAUUUAUGCAA 1367 UGCUUUUCGGGAUUUAUGCTT 1455 GCAUAAAUCCCGAAAAGCATT 1617 ND-8930
AAUUAGUGAGUAUAGACAUUAAA 1368 UUAGUGAGUAUAGACAUUATT 1456 UAAUGUCUAUACUCACUAATT 1618 ND-8931
15 AAUAAUUAGGUGUAUUAACUGAA 1369 UAAUUAGGUGUAUUAACUGTT 1457 CAGUUAAUACACCUAAUUATT 1619 ND-8932
AAGAUGUAUGUCUUGUUGCAGAA 1370 GAUGUAUGUCUUGUUGCAGTT 1458 CUGCAACAAGACAUACAUCTT 1620 ND-8933
AACCGGUCGAUGUAUGUCUUGAA 1371 CCGGUCGAUGUAUGUCUUGTT 1459 CAAGACAUACAUCGACCGGTT 1621 ND-8934
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene doble de E6 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos)
AAGGAGCGACCCAGAAAGUUAAA 1372 GGAGCGACCCAGAAAGUUATT 1460 UAACUUUCUGGGUCGCUCCTT 1622 ND-8935
AAGAGCGACCCAGAAAGUUACAA 1373 GAGCGACCCAGAAAGUUACTT 1461 GUAACUUUCUGGGUCGCUCTT 1623 ND-8936
10 AAUGAGUAUAGACAUUAUUGUAA 1374 UGAGUAUAGACAUUAUUGUTT 1462 ACAAUAAUGUCUAUACUCATT 1624 ND-8937
AAAAUACAACAAACCGUUGUGAA 1375 AAUACAACAAACCGUUGUGTT 1463 CACAACGGUUUGUUGUAUUTT 1625 ND-8938
15 AAGUAUGUCUUGUUGCAGAUCAA 1376 GUAUGUCUUGUUGCAGAUCTT 1464 GAUCUGCAACAAGACAUACTT 1626 ND-8939
AACUUUGCUUUUCGGGAUUUAAA 1377 CUUUGCUUUUCGGGAUUUATT 1465 UAAAUCCCGAAAAGCAAAGTT 1627 ND-8940
20 AAAUUAGUGAGUAUAGACAUUAA 1378 AUUAGUGAGUAUAGACAUUTT 1466 AAUGUCUAUACUCACUAAUTT 1628 ND-8941
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene doble de E6 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 AAAAG AUUCCAUAAUAUAAGGAA 1379 AAGAUUCCAUAAUAUAAGGTT 1467 CCUUAUAUUAUGGAAUCUUTT 1629 ND-8942
AAGGUCGAUGUAUGUCUUGUUAA 1380 GGUCGAUGUAUGUCUUGUUTT 1468 AACAAGACAUACAUCGACCTT 1630 ND-8943
10 A AC AU C AAG AACACGUAG AG AA A 1381 CAUCAAG AACACGUAG AG ATT 1469 UCUCUACGUGUUCUUGAUGTT 1631 ND-8944
AAAACAGUUACUGCGACGUGAAA 1382 AACAGUUACUGCGACGUGATT 1470 UCACGUCGCAGUAACUGUUTT 1632 ND-8945
15 AAACAGUUACUGCGACGUGAGAA 1383 ACAGUUACUGCGACGUGAGTT 1471 CUCACGUCGCAGUAACUGUTT 1633 ND-8946
AAGUGUGAUUUGUUAAUUAGGAA 1384 GUGUGAUUUGUUAAUUAGGTT 1472 CCUAAUUAACAAAUCACACTT 1634 ND-8947
AAAUC AAG AACACGUAG AGAAAA 1385 AUCAAGAACACGUAGAGAATT 1473 UUCUCUACGUGUUCUUGAUTT 1635 ND-8948
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene doble de E6 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 AAUUUCGGGAUUUAUGCAUAGAA 386 UUUCGGGAUUUAUGCAUAGTT 1474 CUAUGCAUAAAUCCCGAAATT 1636 ND-8949
AAACCCACAGGAGCGACCCAGAA 1387 ACCCACAGGAGCGACCCAGTT 1475 CUGGGUCGCUCCUGUGGGUTT 1637 ND-8950
10 AAAGAUGGGAAUCCAUAUGCUAA 1388 AGAUGGGAAUCCAUAUGCUTT 1476 AGCAUAUGGAUUCCCAUCUTT 1638 ND-8951
AAUAGUGAGUAUAGACAUUAUAA 1389 UAGUGAGUAUAGACAUUAUTT 1477 AUAAUGUCUAUACUCACUATT 1639 ND-8952
15 AAUGUGUGAUUUGUUAAUUAGAA 1390 UGUGUGAUUUGUUAAUUAGTT 1478 CUAAUUAACAAAUCACACATT 1640 ND-8953
AAUUAAUUAGGUGUAUUAACUAA 1391 UUAAUUAGGUGUAUUAACUTT 1479 AGUUAAUACACCUAAUUAATT 1641 ND-8954
AAAUAUGACUUUGCUUUUCGGAA 392 AUAUGACUUUGCUUUUCGGTT 1480 CCGAAAAGCAAAGUCAUAUTT 1642 ND-8955
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene doble de E6 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 AACGGUCGAUGUAUGUCUUGUAA 1393 CGGUCGAUGUAUGUCUUGUTT 1481 ACAAGACAUACAUCGACCGTT 1643 ND-8956
AACAGGACCCACAGGAGCGACAA 1394 CAGGACCCACAGGAGCGACTT 1482 GUCGCUCCUGUGGGUCCUGTT 1644 ND-8957
10 AAUUUUCGGGAUUUAUGCAUAAA 1395 UUUUCGGGAUUUAUGCAUATT 1483 UAUGCAUAAAUCCCGAAAATT 1645 ND-8958
AAAAACAACUAUACAUGAUAUAA 1396 AAACAACUAUACAUGAUAUTT 1484 AUAUCAUGUAUAGUUGUUUTT 1646 ND-8959
15 AAUCCAUAUGCUGUAUGUGAUAA 1397 UCCAUAUGCUGUAUGUGAUTT 1485 AUCACAUACAGCAUAUGGATT 1647 ND-8960
AAU AUUCU AAAAUU AGUG AG UAA 1398 UAUUCUAAAAUUAGUGAGUTT 1486 ACUCACUAAUUUUAGAAUATT 1648 ND-8961
AAUAUGGAACAACAUUAGAACAA 1399 UAUGGAACAACAUUAGAACTT 1487 GUUCUAAUGUUGUUCCAUATT 1649 ND-8962
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene doble de E6 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 AAGUCUUGUUGCAGAUCAUCAAA 1400 GUCUUGUUGCAGAUCAUCATT 1488 UGAUGAUCUGCAACAAGACTT 1650 ND-8963
AAUAUUAACUGUCAAAAGCCAAA 1401 UAUUAACUGUCAAAAGCCATT 1489 UGGCUUUUGACAGUUAAUATT 1651 ND-8964
10 AAACCAAAAGAGAACUGCAAUAA 1402 ACCAAAAGAGAACUGCAAUTT 1490 AUUGCAGUUCUCUUUUGGUTT 1652 ND-8965
AAAAUUAGUGAGUAUAGACAUAA 1403 AAUUAGUGAGUAUAGACAUTT 1491 AUGUCUAUACUCACUAAUUTT 1653 ND-8966
15 AACAGAUCAUCAAGAACACGUAA 1404 CAG AUCAUCAAG AACACG UTT 1492 ACGUGUUCUUGAUGAUCUGTT 1654 ND-8967
AAUAUGCAUAGUAUAUAGAGAAA 1405 U AUGC AU AG U AU AU AG AG ATT 1493 UCUCUAUAUACUAUGCAUATT 1655 ND-8968
20 AAAGAGAUGGGAAUCCAUAUGAA 1406 AGAGAUGGGAAUCCAUAUGTT 1494 CAUAUGGAUUCCCAUCUCUTT 1656 ND-8969
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene doble de E6 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT colgadura TT objetivo de 9mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 AAAGUGAGUAUAGACAUUAUUAA 1407 AGUGAGUAUAGACAUUAUUTT 1495 AAUAAUGUCUAUACUCACUTT 1657 ND-8970
AAUUCUAAAAUUAGUGAGUAUAA 1408 UUCUAAAAUUAGUGAGUAUTT 1496 AUACUCACUAAUUUUAGAATT 1658 ND-8971
10 AAAUGCAUAGUAUAUAGAGAUAA 1409 AUGCAUAGUAUAUAGAGAUTT 1497 AUCUCUAUAUACUAUGCAUTT 1659 ND-8972
ucGGuGGAccGGucGAuGuTsT 1498 AcAUCGACCGGUCcACCGATsT 1660 ND-8987
15 GGucGGuGGAccGGucGAuTsT 1499 AUCGACCGGUCcACCGACCTsT 1661 ND-8988
cGGuGGAccGGucGAuGuATsT 1500 uAcAUCGACCGGUCcACCGTsT 1662 ND-8989
20 GucGGuGGAccGGucGAuGTsT 1501 cAUCGACCGGUCcACCGACTsT 1663 ND-8990
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene doble de E6 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. O. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 AucAucAAGAAcAcGuAGATsT 1502 UCuACGUGUUCUUGAUGAUTsT 1664 ND-8991
cAAcAGuuAcuGcGAcGuGTsT 1503 cACGUCGcAGuAACUGUUGTsT 1665 ND-8992
10 cAAuAcAAcAAAccGuuGuTsT 1504 AcAACGGUUUGUUGuAUUGTsT 1666 ND-8993
GcuGcAAAcAAcuAuAcAuTsT 1505 AUGuAuAGUUGUUUGcAGCTsT 1667 ND-8994
15 GGuGGAccGGucGAuGuAuTsT 1506 AuAcAUCGACCGGUCcACCTsT 1668 ND-8995
AAAuuAGuGAGuAuAGAcATsT 1507 UGUCuAuACUcACuAAUUUTsT 1669 ND-8996
20 ucAucAAGAAcAcGuAGAGTsT 1508 CUCuACGUGUUCUUGAUGATsT 1670 ND-8997
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene doble de E6 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos)
AuAcAAcAAAccGuuGuGuTsT 1509 AcAcAACGGUUUGUUGuAUTsT 1671 ND-8998
uGGAccGGucGAuGuAuGuTsT 1510 AcAuAcAUCGACCGGUCcATsT 1672 ND-8999
uAcAAcAAAccGuuGuGuGTsT 1511 cAcAcAACGGUUUGUUGuATsT 1673 ND-9000
AGAuuccAuAAuAuAAGGGTsT 1512 CCCUuAuAUuAUGGAAUCUTsT 1674 ND-9001
cAAGcAAcAGuuAcuGcGATsT 1513 UCGcAGuAACUGUUGCUUGTsT 1675 ND-9002
GuuAAuuAGGuGuAuuAAcTsT 1514 GUuAAuAcACCuAAUuAACTsT 1676 ND-9003
uuuGcuuuucGGGAuuuAuTsT 1515 AuAAAUCCCGAAAAGcAAATsT 1677 ND-9004
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene doble de E6 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT colgadura TT objetivo de 9mer total + AA en NO. O. NO. dúplex (5 -3-) (5 -3 ) ambos extremos) 5 AcuuuGcuuuucGGGAuuuTsT 1516 AAAUCCCG AAAAGc AAAG UTsT 1678 ND-9005
cuGcAAAcAAcuAuAcAuGTsT 1517 cAUGuAuAGUUGUUUGcAGTsT 1679 ND-9006
10 AuGAcuuuGcuuuucGGGATsT 1518 UCCCG AAAAG c A A AG Uc AUTsT 1680 ND-9007
cGAcccAGAAAGuuAccAcTsT 1519 GUGGuAACUUUCUGGGUCGTsT 1681 ND-9008
15 uuAcuGcGAcGuGAGGuAuTsT 1520 AuACCUcACGUCGcAGuAATsT 1682 ND-9009
GuuAcuGcGAcGuGAGGuATsT 1521 uACCUcACGUCGcAGuAACTsT 1683 ND-9010
20 uGcGAcGuGAGGuAuAuGATsT 1522 UcAuAuACCUcACGUCGcATsT 1684 ND-9011
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene doble de E6 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en O. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 GucGAuGuAuGucuuGuuGTsT 1523 cAAcAAGAcAuAcAUCGACTsT 1685 ND-9012
cGAcGuGAGGuAuAuGAcuTsT 1524 AGUcAuAuACCUcACGUCGTsT 1686 ND-9013
10 GAcuuuGcuuuucGGGAuuTsT 1525 AAUCCCGAAAAGcAAAGUCTsT 1687 ND-9014
uuAGGuGuAuuAAcuGucATsT 1526 UGAcAGUuAAuAcACCuAATsT 1688 ND-9015
15 uuAccAcAGuuAuGcAcAGTsT 1527 CUGUGcAuAACUGUGGuAATsT 1689 ND-9016
GcAAcAGuuAcuGcGAcGuTsT 1528 ACGUCGcAGuAACUGUUGCTsT 1690 ND-9017
20 uGcuuuucGGGAuuuAuGcTsT 1529 GcAuAAAUCCCGAAAAGcATsT 1691 ND-9018
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene doble de E6 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 uuAGuGAGuAuAGAcAuuATsT 1530 uAAUGUCuAuACUcACuAATsT 1692 ND-9019
uAAuuAGGuGuAuuAAcuGTsT 1531 cAGUuAAuAcACCuAAUuATsT 1693 ND-9020
10 GAuGuAuGucuuGuuGcAGTsT 1532 CUGcAAcAAGAcAuAcAUCTsT 1694 ND-9021
ccGGucGAuGuAuGucuuGTsT 1533 cAAGAcAuAcAUCGACCGGTsT 1695 ND-9022
15 GGAGcGAcccAGAAAGuuATsT 1534 uAACUUUCUGGGUCGCUCCTsT 1696 ND-9023
GAGcGAcccAGAAAGuuAcTsT 1535 GuAACUUUCUGGGUCGCUCTsT 1697 D-9024
20 uGAGuAuAGAcAuuAuuGuTsT 1536 AcAAuAAUGUCuAuACUcATsT 1698 ND-9025
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene doble de E6 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en O. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 AAuAcAAcAAAccGuuGuGTsT 1537 cAcAACGGUUUGUUGuAUUTsT 1699 ND-9026
GuAuGucuuGuuGcAGAucTsT 1538 GAUCUGcAAcAAGAcAuACTsT 1700 ND-9027
10 cuuuGcuuuucGGGAuuuATsT 1539 uAAAUCCCGAAAAGcAAAGTsT 1701 ND-9028
AuuAGuGAGuAuAGAcAuuTsT 1540 AAUGUCuAuACUcACuAAUTsT 1702 ND-9029
15 AAGAuuccAuAAuAuAAGGTsT 1541 CCUuAuAUuAUGGAAUCUUTsT 1703 ND-9030
GGucGAuGuAuGucuuGuuTsT 1542 A Ac AAG Ac Au Ac AU CG ACCTsT 1704 ND-9031
cAucAAGAAcAcGuAGAGATsT 1543 UCUCuACGUGUUCUUGAUGTsT 1705 ND-9032
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene doble de E6 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. O. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 AAcAGuuAcuGcGAcGuGATsT 1544 UcACGUCGcAGuAACUGUUTsT 1706 ND-9033
AcAGuuAcuGcGAcGuGAGTsT 1545 CUcACGUCGcAGuAACUGUTsT 1707 ND-9034
10 GuGuGAuuuGuuAAuuAGGTsT 1546 CCuAAUuAAcAAAUcAcACTsT 1708 ND-9035
AucAAGAAcAcGu AG AG AATsT 1547 UUCUCuACGUGUUCUUGAUTsT 1709 ND-9036
15 uuucGGG Auuu AuGcAu AGTsT 1548 CuAUGcAuAAAUCCCGAAATsT 1710 ND-9037
AcccAcAGGAGcGAcccAGTsT 1549 CuGGGUCGCUCCuGuGGGUTsT 1711 ND-9038
AGAuGGGAAuccAuAuGcuTsT 1550 AGcAuAUGGAUUCCcAUCUTsT 1712 ND-9039
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene doble de E6 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. O. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 uAGuGAGuAuAGAcAuuAuTsT 1551 Au AAU G UCu Au AC UcACuATsT 1713 ND-9040
uGuGuGAuuuGuuAAuuAGTsT 1552 CuAAUuAAcAAAUcAcAcATsT 1714 ND-9041
10 uuAAuuAGGuGuAuuAAcuTsT 1553 AGUuAAuAcACCuAAUuAATsT 1715 ND-9042
AuAuGAcuuuGcuuuucGGTsT 1554 CCG AA AAGc AA AG Uc Au AUTsT 1716 ND-9043
15 cGGucGAuGuAuGucuuGuTsT 1555 AcAAGAcAuAcAUCGACCGTsT 1717 ND-9044
cAGGAcccAcAGGAGcGAcTsT 1556 GUCGCUCCuGuGGGUCCUGTsT 1718 ND-9045
20 uuuucGGGAuuuAuGcAuATsT 1557 u AUGc Au AAAU CCCG AAAATsT 1719 ND-9046
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene doble de E6 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 AAAcAAcuAuAcAuGAuAuTsT 1558 AuAUcAUGuAuAGUUGUUUTsT 1720 ND-9047
uccAuAuGcuGuAuGuGAuTsT 1559 AUcAcAuAcAGcAuAUGGATsT 1721 ND-9048
10 uAuucuAAAAuuAGuGAGuTsT 1560 ACUcACuAAUUUuAGAAuATsT 1722 ND-9049
u Au GG AAc AAcAuuAGAAcTsT 1561 GUUCuAAUGUUGUUCcAuATsT 1723 ND-9050
15 GucuuGuuGcAGAucAucATsT 1562 UGAUGAUCUGcAAcAAGACTsT 1724 ND-9051
uAuuAAcuGucAAAAGccATsT 1563 UGGCUUUUGAcAGUuAAuATsT 1725 ND-9052
20 AccAAAAG AG AAcuGc AAuTsT 1564 AUUGcAGUUCUCUUUUGGUTsT 1726 ND-9053
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene doble de E6 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 AAuuAGuGAGuAuAGAcAuTsT 1565 AUGUCuAuACUcACuAAUUTsT 1727 ND-9054
cAGAucAucAAGAAcAcGuTsT 1566 ACGuGUUCUuGAuGAUCuGTsT 1728 ND-9055
10 uAuGcAuAGuAuAuAGAGATsT 1567 UCUCuAuAuACuAUGcAuATsT 1729 ND-9056
AGAGAuGGGAAuccAuAuGTsT 1568 cAuAUGGAUUCCcAUCUCUTsT 1730 ND-9057
15 AGuGAGuAuAGAcAuuAuuTsT 1569 AAuAAUGUCuAuACUcACUTsT 1731 ND-9058
uucuAAAAuuAGuGAGuAuTsT 1570 AuACUcACuAAUUUuAGAATsT 1732 ND-9059
AuGcAuAGuAuAuAGAGAuTsT 1571 AUCUCuAuAuACuAUGcAUTsT 1733 ND-9060
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene doble de E6 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 AL-DP- AAGUGAUUUGUUAAUUAGGUGAA 1410 GUGAUUUGUUAAUUAGGUGTT 1572 CACCUAAUUAACAAAUCACTT 1734 7778
AL-DP- AAUGAUUUGUUAAUUAGGUGUAA 1411 UGAUUUGUUAAUUAGGUGUTT 1573 ACACCUAAUUAACAAAUCATT 1735 7779
AL-DP- AAGAUUUGUUAAUUAGGUGUAAA 1412 GAUUUGUUAAUUAGGUGUATT 1574 UACACCUAAUUAACAAAUCTT 1736 7780
AL-DP- AAAUUUGUUAAUUAGGUGUAUAA 1413 AUUUGUUAAUUAGGUGUAUTT 1575 AUACACCUAAUUAACAAAUTT 1737 7781
AL-DP- AAUGUGAUUUGUUAAUUAGGUAA 1414 UGUGAUUUGUUAAUUAGGUTT 1576 ACCUAAUUAACAAAUCACATT 1738 7782
AL-DP- AAUGUAUGGAACAACAUUAGAAA 1415 UGUAUGGAACAACAUUAGATT 1577 UCUAAUGUUGUUCCAUACATT 1739 7783
20
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene doble de E6 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. NO. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) AL-DP- AAGUAUGGAACAACAUUAGAAAA 1416 GUAUGGAACAACAUUAGAATT 1578 UUCUAAUGUUGUUCCAUACTT 1740 7784
AL-DP- AAUGUGUACUGCAAGCAACAGAA 1417 UGUGUACUGCAAGCAACAGTT 1579 CUGUUGCUUGCAGUACACATT 1741 7803
10 AAACUGCGACGUGAGGUAUAUAA 1418 ACUGCGACGUGAGGUAUAUTT 1580 AUAUACCUCACGUCGCAGUTT 1742 7804
AL-DP- AAGAGGUAUAUGACUUUGCUUAA 1419 GAGGUAUAUGACUUUGCUUTT 1581 AAGCAAAGUCAUAUACCUCTT 1743 7805
AL-DP- AAAUGCUGUAUGUGAUAAAUGAA 1420 AUGCUGUAUGUGAUAAAUGTT 1582 CAUUUAUCACAUACAGCAUTT 1744 7807
AL-DP- AAUUUAUUCUAAAAUUAGUGAAA 1421 UUUAUUCUAAAAUUAGUGATT 1583 UCACUAAUUUUAGAAUAAATT 1745 7808
20
Secuencia objetivo de ARNm a Cadena en sentido Cadena anti-sentido partir de la secuencia de referencia SEQ SEQ SEQ Nombre (secuencia objetivo) (secuencia guía) que tiene doble de E6 de HPV (secuencia del sitio ID. ID. ID. de que tiene doble colgadura TT colgadura TT objetivo de 19mer total + AA en NO. NO. O. dúplex (5 -3 ) (5 -3 ) ambos extremos) 5 AL-DP- AACUGCGACGUGAGGUAUAUGAA 1422 CUGCGACGUGAGGUAUAUGTT 584 CAUAUACCUCACGUCGCAGTT 1746 7810
AL-DP- AAACCGUUGUGUGAUUUGUUAAA 1423 ACCGUUGUGUGAUUUGUUATT 1585 UAACAAAUCACACAACGGUTT 1747 7812
o
15
20
Prueba de ARNsi que dirige la expresión del gen E6 del HPV. Se probaron los ácidos ribonucleicos de doble cadena no modificados y químicamente modificados para identificar sus capacidades relativas para reducir el nivel de expresión del ARNm que codifica el gen E1 del HPV en una célula. Las condiciones de ensayo empleadas fueron como sigue: Las células C33A se obtuvieron de ATCC. Las secuencias que codificaban E6 y E1 del HPV16 se clonaron en el vector pNAS-055 (Husken y colaboradores, Nucleic Acids Research, 31:e102, 2003), para la expresión como transcripciones de fusión YFP. Los plásmidos resultantes se transfectaron en células C33A, y se derivaron las líneas estables que expresaban estas transcripciones de fusión mediante selección de Zeocina, de acuerdo con el protocolo del fabricante (Invitrogen). Para la transfección con el ARNsi contra E6 de HPV16 o E1 de HPV16, las células respectivas se sembraron a una densidad de 2.0 x 104 células/pozo en placas de 96 pozos, y se transfectaron directamente. La transfección del ARNsi (30nM, 3nM, o 300pM, como se indica) se llevó a cabo en una sola dosis con lipofectamina 2000® (Invitrogen), como es descrito por el fabricante. 24 horas después de la transfección, las células se lisaron, y se cuantificaron los niveles de expresión de ARNm de YFP lisadas y de fusión con el Quantigene Explore Kit (Panomics Inc. (Fremont, CA) (anteriormente Genospectra, Inc.)), utilizando una sonda dirigida contra YFP, de acuerdo con el protocolo convencional. Los niveles de ARNm de YFP de fusión se normalizaron al ARNm de GAP-DH.
Por cada ARNsi se recolectaron cuatro puntos de datos individuales. Se utilizaron los dúplexes de ARNsi no relacionados con los genes E1 o E6 del HPV16 como control. La actividad de un dúplex de ARNsi dado se expresó como un porcentaje de concentración de ARNm de YFP de fusión en las células tratadas en relación con la concentración de la misma transcripción en las células tratadas con el dúplex de ARNsi de control. La Tabla 8 muestra los resultados de la prueba del ARNds de E6 de la invención. Tabla 8
Actividad Actividad media media restante restante Nombre de Desviación Desviación después después dúplex Estándar Estándar del del tratamiento tratamiento a 30 nM a 300 pM
ND-8899 15.23 3.19 31.29 9.57
ND-8900 11.61 2.88 26.80 10.23
ND-8901 10.88 3.54 24.77 5.19
ND-8902 20.19 7.36 43.46 6.89
ND-8903 10.38 2.51 22.95 5.47
ND-8904 13.71 4.67 22.11 5.50
ND-8905 13.81 4.29 24.69 4.62
Actividad Actividad media media restante restante Nombre de Desviación Desviación después después dúplex Estándar Estándar del del tratamiento tratamiento a 30 nM a 300 pM
ND-8906 8.35 2.17 24.23 6.62
ND-8907 13.88 3.12 36.94 6.13
ND-8908 14.47 3.48 45.15 7.92
ND-8909 19.99 3.67 49.36 9.80
ND-8910 36.96 9.77 74.18 15.82
ND-8911 18.66 4.19 45.51 6.82
ND-8912 47.42 6.99 76.11 12.97
ND-8913 55.53 16.75 76.63 15.4
ND-8914 9.69 2.50 19.91 6.63
ND-8915 49.02 7.97 93.38 6.83
ND-8916 1 .88 2.94 49.78 8.49
ND-8917 14.00 2.04 50.36 8.31
ND-8918 13.70 3.43 29.01 6.51
ND-8919 10.31 2.44 42.51 10.89
ND-8920 10.29 2.72 25.20 9.73
Actividad Actividad media media restante restante Nombre de Desviación Desviación después después dúplex Estándar Estándar del del tratamiento tratamiento a 30 nM a 300 pM
ND-8921 20.23 3.71 37.17 10.15
ND-8922 11.64 2.31 24.95 8.99
ND-8923 12.43 1.97 24.39 8.13
ND-8924 15.19 4.52 32.09 7.01
ND-8925 14.24 1.87 34.21 5.61
ND-8926 10.17 2.85 19.04 3.68
ND-8927 20.77 4.89 41.40 9.23
ND-8928 95.02 20.87 92.24 15.19
ND-8929 17.51 5.27 19.86 6.81
ND-8930 13.58 2.65 61.16 11.03
ND-8931 13.78 2.00 37.55 8.11
ND-8932 105.07 21.10 91.19 12.68
ND-8933 14.88 3.07 43.06 8.64
ND-8934 13.03 3.75 24.32 5.92
ND-8935 13.19 2.88 21.87 4.17
Actividad Actividad media media restante restante Nombre de Desviación Desviación después después dúplex Estándar Estándar del del tratamiento tratamiento a 30 nM a 300 pM
ND-8936 10.04 1.94 21.98 6.92
ND-8937 15.39 3.44 42.70 11.35
ND-8938 55.90 5.56 93.49 10.41
ND-8939 11.51 2.04 29.57 10.38
ND-8940 12.80 2.94 29.67 6.73
ND-8941 19.46 2.91 43.13 3.64
ND-8942 96.02 29.93 85.34 4.57
ND-8943 13.44 3.90 19.03 5.18
ND-8944 14.35 2.09 20.03 4.68
ND-8945 1 .45 1.98 23.80 8.36
ND-8946 15.43 2.27 43.12 13.34
ND-8947 13.32 2.20 53.58 18.04
ND-8948 12.85 3.18 23.22 6.79
ND-8949 86.23 23.43 75.99 7.17
ND-8950 29.49 7.99 47.19 14.70
Actividad Actividad media media restante restante Nombre de Desviación Desviación después después dúplex Estándar Estándar del del tratamiento tratamiento a 30 nM a 300 pM
ND-8951 10.51 2.85 20.21 6.23
ND-8952 12.10 2.74 28.82 9.06
ND-8953 41.13 1 .23 77.64 9.46
ND-8954 46.52 8.41 81.61 14.93
ND-8955 38.40 8.46 83.38 16.32
ND-8956 12.13 2.23 21.94 9.54
ND-8957 28.39 6.18 53.84 12.53
ND-8958 36.41 9.92 55.67 8.77
ND-8959 33.95 11.23 63.63 5.53
ND-8960 13.63 2.39 26.49 9.24
ND-8961 80.42 18.39 89.13 8.61
ND-8962 33.00 4.18 82.57 9.01
ND-8963 16.67 1.85 28.39 9.50
ND-8964 14.17 2.58 43.74 14.37
ND-8965 17.23 5.15 48.03 10.97
Actividad Actividad media media restante restante Nombre de Desviación Desviación después después dúplex Estándar Estándar del del tratamiento tratamiento a 30 nM a 300 pM
ND-8966 23.01 5.10 53.86 10.10
ND-8967 18.68 5.13 23.30 6.20
ND-8968 10.99 1.83 28.22 9.33
ND-8969 13.75 2.67 32.62 10.53
ND-8970 11.02 2.68 29.14 10.73
ND-8971 21.71 3.11 57.75 10.54
ND-8972 17.10 3.20 52.10 10.84
ND-8987 40.36 7.25 91.12 9.07
ND-8988 20.54 5.27 30.76 12.23
ND-8989 36.60 7.23 74.41 8.61
ND-8990 17.55 8.33 61.02 11.13
ND-8991 11.29 2.87 19.03 5.98
ND-8992 14.49 3.37 44.53 14.74
ND-8993 18.45 5.75 48.07 6.79
ND-8994 13.16 1.80 25.92 7.94
Actividad Actividad media media restante restante Nombre de Desviación Desviación después después dúplex Estándar Estándar del del tratamiento tratamiento a 30 nM a 300 pM
ND-8995 52.21 5.93 90.43 4.86
ND-8996 32.77 6.96 57.54 7.12
ND-8997 14.45 1.50 20.63 4.28
ND-8998 137.83 33.37 90.09 14.65
ND-8999 82.01 13.74 85.69 10.39
ND-9000 69.77 21.32 83.16 14.34
ND-9001 54.71 18.91 74.70 8.87
ND-9002 12.15 2.05 22.98 6.98
ND-9003 76.52 11.49 98.54 7.10
ND-9004 62.23 16.29 84.38 8.22
ND-9005 38.12 6.77 64.57 6.57
ND-9006 12.96 3.15 26.03 4.76
ND-9007 18.24 4.88 42.16 7.87
ND-9008 21.06 4.60 20.01 6.00
ND-9009 35.15 5.62 79.96 7.01
Actividad Actividad media media restante restante Nombre de Desviación Desviación después después dúplex Estándar Estándar del del tratamiento tratamiento a 30 nM a 300 pM
ND-9010 13.71 2.83 53.80 12.21
ND-9011 38.04 3.56 60.45 10.19
ND-9012 44.63 37.28 67.30 8.30
ND-9013 13.31 1.81 31.12 6.40
ND-9014 12.69 3.66 27.50 7.48
ND-9015 16.26 3.61 21.18 4.80
ND-9016 29.49 8.14 66.50 15.07
ND-9017 16.98 2.22 27.17 7.64
ND-9018 35.62 7.31 86.49 7.60
ND-9019 23.48 2.57 60.66 13.05
ND-9020 113.04 21.57 88.75 12.94
ND-9021 38.45 5.44 68.21 9.53
ND-9022 14.21 2.86 53.78 13.38
ND-9023 21.84 3.72 41.95 11.93
ND-9024 117.68 33.94 86.00 6.55
Actividad Actividad media media restante restante Nombre de Desviación Desviación después después dúplex Estándar Estándar del del tratamiento tratamiento a 30 nM a 300 pM
ND-9025 86.38 19.82 81.09 9.82
ND-9026 113.52 9.02 95.62 10.60
ND-9027 13.61 2.09 51.98 15.63
ND-9028 14.49 4.02 45.08 11.80
ND-9029 20.16 3.25 39.00 8.28
ND-9030 104.95 34.72 76.74 10.03
ND-9031 19.90 6.09 26.32 9.90
ND-9032 16.43 3.38 19.10 5.44
ND-9033 100.99 24.54 86.16 11.95
ND-9034 13.77 2.84 33.36 13.56
ND-9035 13.54 1.58 57.07 19.24
ND-9036 12.91 3.20 21.78 6.03
ND-9037 30.90 8.30 74.12 12.35
ND-9038 121.49 24.79 87.65 7.07
ND-9039 10.19 3.13 23.32 9.60
Actividad Actividad media media restante restante Nombre de Desviación Desviación después después dúplex Estándar Estándar del del tratamiento tratamiento a 30 nM a 300 pM
ND-9040 11.45 2.34 22.86 8.27
ND-9041 33.73 8.63 82.99 13.62
ND-9042 18.21 3.81 60.07 13.85
ND-9043 36.15 3.87 71.81 12.23
ND-9044 13.77 3.59 30.27 10.81
ND-9045 56.81 19.55 85.99 9.99
ND-9046 26.03 6.18 51.21 10.14
ND-9047 100.23 24.53 85.98 5.59
ND-9048 21.82 4.07 44.44 12.82
ND-9049 82.93 21.46 87.79 7.07
ND-9050 18.51 3.33 40.70 10.96
ND-9051 22.80 3.37 42.44 14.86
ND-9052 12.61 3.78 37.58 13.35
ND-9053 19.88 4.32 53.11 3.23
ND-9054 33.65 8.32 59.71 6.42
Actividad Actividad media media restante restante Nombre de Desviación Desviación después después dúplex Estándar Estándar del del tratamiento tratamiento a 30 nM a 300 pM
ND-9055 22.61 7.41 27.44 7.04
ND-9056 16.61 3.38 34.34 13.22
ND-9057 25.51 6.29 51.45 10.10
ND-9058 27.60 4.56 54.99 13.52
ND-9059 23.83 4.36 84.76 13.88
ND-9060 17.12 3.29 44.54 15.68
AL-DP-7778 19.35 8.95 63.31 14.21
AL-DP-7779 41.30 9.51 65.96 7.82
AL-DP-7780 24.01 7.52 59.43 8.85
AL-DP-7781 13.69 3.41 53.58 9.31
AL-DP-7782 31.35 5.31 65.84 10.41
AL-DP-7783 14.46 2.85 38.92 10.30
AL-DP-7784 13.52 1.52 25.09 7.89
AL-DP-7803 39.68 4.75 66.72 11.32
7804 12.56 3.96 26.81 6.28
Actividad Actividad media media restante restante Nombre de Desviación Desviación después después dúplex Estándar Estándar del del tratamiento tratamiento a 30 nM a 300 pM
AL-DP-7805 13.92 2.22 35.87 8.95
AL-DP-7807 35.54 4.95 70.94 11.01
AL-DP-7808 81.47 9.77 96.18 10.87
AL-DP-7810 15.14 2.12 37.66 16.19
AL-DP-7812 12.89 1.99 25.18 12.05
Los expertos en la materia están familiarizados con los métodos y composiciones, en adición a los que se estipulan específicamente en la presente divulgación, que les permitirán practicar esta invención hasta todo el alcance de las reivindicaciones adjuntas posteriormente a la presente.
Claims (14)
1. Un ácido ribonucleico de doble cadena (ARNds) para inhibir la expresión de un gen E6AP humano en una célula, en donde el ácido ribonucleico de doble cadena comprende cuando menos dos secuencias que son complementarias una para la otra, y en donde una cadena en sentido comprende una primera secuencia, y una cadena anti-sentido comprende una segunda secuencia que comprende una región de complementariedad que es sustancialmente complementaria para cuando menos una parte de un ARNm que codifica E6AP, y en donde esta región de complementariedad es de menos de 30 nucleótidos de longitud, y en donde el ácido ribonucleico de doble cadena, después de su contacto con una célula que exprese el E6AP mencionado, inhibe la expresión del gen E6AP por cuando menos el 40 por ciento.
2. El ácido ribonucleico de doble cadena de la reivindicación 1, en donde la primera secuencia se selecciona a partir del grupo que consiste en la Tabla 1, y la segunda secuencia se selecciona a partir del grupo que consiste en la Tabla 1.
3. El ácido ribonucleico de doble cadena de la reivindicación 1, en donde el ácido ribonucleico de doble cadena comprende cuando menos un nucleótido modificado.
4. El ácido ribonucleico de doble cadena de la reivindicación 2, en donde el ácido ribonucleico de doble cadena comprende cuando menos un nucleótido modificado.
5. El ácido ribonucleico de doble cadena de las reivindicaciones 3 ó 4, en donde el nucleótido modificado mencionado se selecciona a partir del grupo de: nucleótido modificado por 2'-0-metilo, un nucleótido que comprende un grupo 5'-fosforotioato, y un nucleótido terminal enlazado con un derivado de colesterilo o un grupo bís-decil-amida del ácido dodecanoico.
6. El ácido ribonucleico de doble cadena de las reivindicaciones 3 ó 4, en donde el nucleótido modificado mencionado se selecciona a partir del grupo de: nucleótido modificado con 2'-desoxi-2'-f lúor, un nucleótido modificado con 2'-desoxi, un nucleótido asegurado, un nucleótido abásico, un nucleótido modificado con 2'-amino, un nucleótido modificado con 2'-alquilo, un nucleótido de morfolino, un fosforamidato, y un nucleótido que comprende una base no natural.
7. El ácido ribonucleico de doble cadena de las reivindicaciones 3 ó 4, en donde la primera secuencia se selecciona a partir del grupo que consiste en la Tabla 1, y la segunda secuencia se selecciona a partir del grupo que consiste en la Tabla 1.
8. El ácido ribonucleico de doble cadena de las reivindicaciones 6 ó 7, en donde la primera secuencia se selecciona a partir del grupo que consiste en la Tabla 1, y la segunda secuencia se selecciona a partir del grupo que consiste en la Tabla 1.
9. Una célula que comprende el ácido ribonucleico de doble cadena de la reivindicación 1.
10. Una composición farmacéutica para inhibir la expresión del gen E6AP en un organismo, la cual comprende un ácido ribonucleico de doble cadena y un vehículo farmacéuticamente aceptable, en donde el ácido ribonucleico de doble cadena comprende cuando menos dos secuencias que son complementarias una para la otra, y en donde una cadena en sentido comprende una primera secuencia, y una cadena anti-sentido comprende una segunda secuencia que comprende una región de complementariedad que es sustancialmente complementaria para cuando menos una parte de un ARNm que codifica E6AP, y en donde esta región de complementariedad es de menos de 30 nucieótidos de longitud, y en donde el ácido ribonucleico de doble cadena, después de su contacto con una célula que exprese el E6AP mencionado, inhibe la expresión del gen E6AP por cuando menos el 20 por ciento.
11. La composición farmacéutica de la reivindicación 10, en donde la primera secuencia del ácido ribonucleico de doble cadena se selecciona a partir del grupo que consiste en la Tabla 1, y la segunda secuencia del ácido ribonucleico de doble cadena se selecciona a partir del grupo que consiste en la Tabla 1.
12. Un método para inhibir la expresión del gen E6AP en una célula, comprendiendo el método: (a) introducir en la célula un ácido ribonucleico de doble cadena (ARNds), en donde el ácido ribonucleico de doble cadena comprende cuando menos dos secuencias que son complementarias una para la otra, y en donde una cadena en sentido comprende una primera secuencia, y una cadena anti-sentido comprende una segunda secuencia que comprende una región de complementariedad que es sustancialmente complementaria para cuando menos una parte de un ARNm que codifica E6AP, y en donde esta región de complementariedad es de menos de 30 nucleótidos de longitud, y en donde el ácido ribonucleico de doble cadena, después de su contacto con una célula que exprese el E6AP mencionado, inhibe la expresión del gen E6AP por cuando menos el 40 por ciento; y (b) mantener la célula producida en el paso (a) durante un tiempo suficiente para obtener la degradación de la transcripción del ARNm del gen E6AP, inhibiendo de esta manera la expresión del gen E6AP en la célula.
13. Un método para el tratamiento, la prevención, o el manejo de procesos patológicos mediados por infección por el virus de papiloma humano, el cual comprende administrar a un paciente que necesite dicho tratamiento, prevención, o manejo, una cantidad terapéuticamente o profilácticamente efectiva de un ácido ribonucleico de doble cadena, en donde el ácido ribonucleico de doble cadena comprende cuando menos dos secuencias que son complementarias una para la otra, y en donde una cadena en sentido comprende una primera secuencia, y una cadena anti-sentido comprende una segunda secuencia que comprende una región de complementariedad que es sustancialmente complementaria para cuando menos una parte de un ARNm que codifica E6AP, y en donde esta región de complementariedad es de menos de 30 nucleótidos de longitud, y en donde el ácido ribonucleico de doble cadena, después de su contacto con una célula que exprese el E6AP mencionado, inhibe la expresión del gen E6AP por cuando menos el 40 por ciento. 14. Un vector para inhibir la expresión del gen E6AP en una célula, comprendiendo este vector una secuencia reguladora operativamente enlazada con una secuencia de nucleótidos que codifica cuando menos una cadena de un ácido ribonucleico de doble cadena, en donde una de las cadenas del ácido ribonucleico de doble cadena es sustancialmente complementaria para cuando menos una parte del ARNm que codifica E6AP, y en donde este ácido ribonucleico de doble cadena es de menos de 30 pares de bases de longitud, y en donde el ácido ribonucleico de doble cadena, después de su contacto con una célula que exprese el E6AP mencionado, inhibe la expresión del gen E6AP por cuando menos el 40 por ciento. 15. Una célula que comprende el vector de la reivindicación
14. 16. Un ácido ribonucleico de doble cadena (ARNds) para reducir el nivel de expresión de un gen E6AP humano en una célula, en donde este ácido ribonucleico de doble cadena comprende cuando menos dos secuencias que son complementarias una para la otra, y en donde una cadena en sentido comprende una primera secuencia, y una cadena anti-sentido comprende una segunda secuencia que comprende una región de complementariedad que es sustancialmente complementaria para cuando menos una parte de un ARNm que codifica E6AP, y en donde el ácido ribonucleico de doble cadena, después de su contacto con una célula que exprese el E6AP mencionado, reduce el nivel de expresión del gen E6AP. 17. El ácido ribonucleico de doble cadena de la reivindicación 16, en donde el contacto mencionado reduce el nivel de expresión del gen E6AP por cuando menos el 40 por ciento. 18. El ácido ribonucleico de doble cadena de la reivindicación 16, en donde el contacto mencionado se lleva a cabo in vitro a 30 nM o menos. 19. Una composición farmacéutica para reducir el nivel de expresión del gen E6AP en un organismo, la cual comprende el ácido ribonucleico de doble cadena de la reivindicación 16, y un vehículo farmacéuticamente aceptable. 20. Un método para el tratamiento de un trastorno asociado con el virus de papiloma humano, el cual comprende administrar a un paciente que necesite dicho tratamiento, una cantidad terapéuticamente efectiva de un ácido ribonucleico de doble cadena de la reivindicación 16. 21. Un método para el tratamiento de un trastorno asociado con E6AP, el cual comprende administrar a un paciente que necesite dicho tratamiento, una cantidad terapéuticamente efectiva de un ácido ribonucleico de doble cadena de la reivindicación 16. 22. Un ácido ribonucleico de doble cadena seleccionado de entre aquéllos enlistados en la Tabla 3. 23. Una composición farmacéutica, la cual comprende el ácido ribonucleico de doble cadena de la reivindicación 22. 24. Un método para el tratamiento de un trastorno asociado con el virus de papiloma humano, el cual comprende administrar a un paciente que necesite dicho tratamiento, una cantidad terapéuticamente efectiva de un ácido ribonucleico de doble cadena de la reivindicación 22. 25. Un ácido ribonucleico de doble cadena seleccionado de entre aquéllos enlistados en la Tabla 5. 26. Una composición farmacéutica, la cual comprende el ácido ribonucleico de doble cadena de la reivindicación 25. 27. Un método para el tratamiento de un trastorno asociado con el virus de papiloma humano, el cual comprende administrar a un paciente que necesite dicho tratamiento, una cantidad terapéuticamente efectiva de un ácido ribonucleico de doble cadena de la reivindicación 25. 28. Un ácido ribonucleico de doble cadena seleccionado de entre aquéllos enlistados en la Tabla 7. 29. Una composición farmacéutica, la cual comprende el ácido ribonucleico de doble cadena de la reivindicación 28. 30. Un método para el tratamiento de un trastorno asociado con el virus de papiloma humano, el cual comprende administrar a un paciente que necesite dicho tratamiento, una cantidad terapéuticamente efectiva de un ácido ribonucleico de doble cadena de la reivindicación 28. 31. Una composición farmacéutica, la cual comprende cuando menos dos ácidos ribonucleicos de doble cadena seleccionados de entre los ácidos ribonucleicos de doble cadena de la reivindicación 2, de la reivindicación 22, de la reivindicación 25, y de la reivindicación 28. 32. Un método para el tratamiento de un trastorno asociado con el virus de papiloma humano, el cual comprende administrar a un paciente que necesite dicho tratamiento, una cantidad terapéuticamente efectiva de la composición farmacéutica de la reivindicación 31. 33. El ácido ribonucleico de doble cadena de la reivindicación 25 o de la reivindicación 28, en donde este ácido ribonucleico de doble cadena comprende cuando menos un nucleótido modificado. 34. El ácido ribonucleico de doble cadena de la reivindicación 33, en donde el nucleótido modificado mencionado se selecciona a partir del grupo de: un nucleótido modificado por 2'-0-metilo, un nucleótido que comprende un grupo 5'-fosforotioato, y un nucleótido terminal enlazado con un derivado de colesterilo o con un grupo bis-decil-amida del ácido dodecanoico. 35. El ácido ribonucleico de doble cadena de la reivindicación 33, en donde el nucleótido modificado mencionado se selecciona a partir del grupo de: un nucleótido modificado por 2'-desoxi-2'-flúor, un nucleótido modificado por 2'-desoxi, un nucleótido asegurado, un nucleótido abásico, un nucleótido modificado por 2'-amino, un nucleótido modificado por 2'-alquilo, un nucleótido de morfolino, n fosforamidato, y un nucleótido que comprende una base no natural.
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