Er zijn 15 jaar verstreken sinds de zogenaamde 'Heaven's Fall'. Na een verwoestende oorlog over een technologie genaamd 'Aldnoah' tussen mensen en een kolonie op Mars, is de aarde een gekwelde planeet. Op dat moment stortten delen van de zwaar beschadigde maan neer op de wereld. Sindsdien is er een wapenstilstand tussen de vijandige kampen, waardoor de jonge Inaho en zijn zus Yuki op zijn minst een half normaal leven kunnen leiden, weg van militaire training. Wanneer de kroonprinses van het koninkrijk Vers de aarde bezoekt als teken van verzoening, worden de vreedzame bedoelingen van de jonge Asseylum echter overschaduwd door een aanval. Nu kan de oorlog tussen de ongelijksoortige krachten weer worden ontketend. En inderdaad: het antwoord van Mars laat niet lang op zich wachten...