In un prossimo futuro due multinazionali sono impegnate nella ricerca della più potente delle armi: La Doji Heavy Industry orientata nel campo delle armi convenzionali e la NSWF specializzata invece nella manipolazione genetica per la ricerca dell'essere umano superiore. Ciò che vogliono è la "WitchBlade" che può essere indossata solo da una donna particolare con il potere di controllarla. Sei anni dopo il terremoto che ha raso al suolo la città di Tokyo, Amaha Masane e la sua bambina Naoko si stabiliscono nella città ancora semidistrutta. Stanno fuggendo dall'Asylum, l'ente incaricato della salvaguardia dei pochi bambini nati dopo la catastrofe, e il loro unico desiderio è di continuare a vivere insieme come una famiglia. Ma ciò che le aspetta è un fato crudele asservito agli oscuri poteri della Witchblade.