Die letzte Staffel knüpft nahtlos an die neunzehnte Episode der vierten Staffel an, in der die Beobachter in der Zukunft die Weltherrschaft übernommen haben. Olivias und Peters Tochter Etta holt Walter, Peter und Astrid in der Zukunft – im Jahr 2036 – aus dem Bernstein, worin das Fringe-Team sich zum Schutz vor den Beobachtern selbst eingeschlossen hatte. Auf der Suche nach Olivia werden die drei von Henrietta Bishop durch den totalitären Zukunftsstaat der Beobachter geführt. Nachdem sie Olivia gefunden haben, kehren sie über unterirdische Tunnel wieder zurück in das alte, mit Bernstein versiegelte Harvard-Labor. Dort beginnen sie Videos, die Einzelteile des Plans beinhalten, die Beobachter von der Erde zu vertreiben, aus dem Bernstein zu befreien. Dieser Plan wurde Walter von September gegeben, jedoch hat Walter ihn bei einem Verhör des Beobachters Captain Windmark vergessen.