皇歷2017年（革命歷228年）、不列顛尼亞與歐洲共和國聯盟（E.U.）的戰爭還在持續。身處劣勢的E.U.軍將11區－－在不列顛尼亞佔領之下亡國的日本人－－集結起來設定特殊部隊、「wZERO隊」

E.U.軍向wZERO隊發出了新的命令——讓他們空降敵陣詐攻。這項命令太過殘酷，隊長蕾拉之下包括這幾位隊員：身為wZERO的駕駛員，同時也是在之前的戰役中唯一的存活者日向瑛鬥。從11區的管制區逃出，在社會陰影下生活過來的佐山流。成瀨幸也，以及香阪綾乃，共計四人。這四個隊員各懷心事，作戰就在這樣的情況下開始了。

另一邊，不列顛尼亞。曾使用GEASS的力量讓自己的長官自盡的真·日向·夏英格被如願任命為聖米迦勒騎士團的總帥。他為了實在自己的野心而一步一步地推進計劃。信·修加與其屬下阿修羅隊接到了出動命令。

為了戰鬥而生存下去的人，為了生存而戰鬥下去的人。在殘酷的前線，日向瑛斗發揮出了自己令人恐懼的潛在力量，趕赴戰場的真·日向·夏英格感覺到了日向瑛斗的存在。