때는 1999년 봄 지구. 천년을 주기로 타원궤도를 그리며 태양계를 도는 별 라메탈이 1999년 9월 9일 0시 9분 9초에 지구에 가장 가까이 접근하여 지구는 큰 재앙 앞에 놓이게 된다. 라메탈의 성여왕 라레라는 그녀의 딸이자 마지막 천년여왕인 "라 안드로메다 프로메슘"(지구명 '야요이')에게 라메탈의 운명을 결정짓는 중요한 임무를 부여한다. 영원히 떠돌이 별로 전락해 버릴 위기에 직면한 라메탈을 구하기 위해 라메탈인을 지구로 실어나를 우주선을 만드는 임무를 부여받은 천년여왕 야요이. 공학박사인 하지메의 아버지 야마모리는 지구의 천문대에 근무하는 야요이의 부탁으로 영문도 모른채 우주선의 동력부분의 설계도를 만든다.