在電影開始開篇，場景被設置在40年前的一片大森林中。一個叫雪成的男孩想進去那個森林去畫畫，在森林內，雪成遇到了被神奇寶貝獵人追捕並受重傷的雪拉比，當他們被神奇寶貝獵人追的走投無路的時候，雪拉比帶著雪成到了40年後（現代），正好小智他們在這森林裡，他們救了雪成，雪成告訴了小智他們關於時拉比的事，小智他們救了雪拉比，並和他成為了好朋友。與此同時，火箭隊的三幹部比夏斯也在尋找著並打算捕獵雪拉比。比夏斯擁有能將一切神奇寶貝變得兇惡的黑暗球，將雪拉比自小智他們的身邊奪走。為了拯救被比夏斯捕捉的雪拉比，小智與雪成拼命奮戰。可是，溫柔的雪拉比已經發生了很大的變化…… 激烈的對戰中，傳說中的神奇寶貝水君出現了！小智他們能否拯救雪拉比和森林呢......