تقع أحداث شبح يُوتِيه بعد 300 سنة من أحداث لعبة شبح تسوشيما التي حظيت بإشادة كبيرة، وهي تجربة منفردة في القرن السابع عشر في المناطق الريفية في اليابان. تدور القصة حول مرتزقة مُطاردة ووحيدة تُدعى أتسو. متعطشة للانتقام، تجوب مناطق اليابان الشمالية الجميلة والوعرة لتطارد الذين قتلوا عائلتها قبل سنوات.
بعد ستة عشر عامًا من مقتل عائلة أتسو، تقودها رحلتها عبر إيزو إلى أراضٍ مجهولة خلال سعيها وراء ستة من الخارجين عن القانون، لكنها تكتشف أمورًا تتخطى فكرة الانتقام.
خلال رحلة أتسو، ستكتشف حلفاءً غير متوقعين، وتشكّل روابط أقوى مما تخيلت بكثير.
