細胞内共生説（さいぼうないきょうせいせつ、endosymbiotic theory）とは、真核生物の起源を説明する仮説。真核生物がもつ細胞小器官、特にミトコンドリアや葉緑体は細胞内共生した好気性細菌（アルファプロテオバクテリア）およびシアノバクテリアに由来するとする。1883年にフランスの植物学者アンドレアス・シンパーが葉緑体の起源に関連して、2つの生物の共生という概念を提唱した。その後、1905年にロシアの植物学者（Konstantin Mereschkowski）がより明確に定式化し、1967年にアメリカの生物学者リン・マーギュリスによってさらに大きく発展した。