グラム陰性菌（グラムいんせいきん、英: gram-negative bacteria）とは、グラム染色においてクリスタルバイオレットによる染色が脱色される細菌の総称。グラム陽性菌ではクリスタルバイオレットは脱色されない。グラム染色試験では対比染色として通常はサフラニンがクリスタルバイオレットの後に加えられ、全てのグラム陰性菌は赤あるいは桃色に染色される。 グラム染色法でのグラム陽性菌との差は、ペプチドグリカン層が薄くクリスタルバイオレットが脱色されやすいことによる。大半は外膜を持つDD細菌（二重膜細菌）である。 かつてグラム陰性の細菌には、グラキリクテス（Gracilicutes）というラテン語の分類名が与えられ、門相当として扱われた。命名はグラム陰性菌の薄い細胞壁にちなんでおり、ラテン語のグラキリス（gracilis : 細い、貧弱な）とクティス（cutis : 皮膚）の合成語であった。