File: esrasmol2721.html

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rasmol 2.7.2.1.1-3
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<TITLE>RasMol V2.7.2.1 Manual in Spanish</TITLE>
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<BODY LINK="#0000ff" VLINK="#800080"
BACKGROUND="../html_graphics/rasmolwallpaper.jpg">
<a href="http://www.iucr.org/iucr-top/welcome.html">
<img alt="[IUCr Home Page]" src="../html_graphics/iucrhome.jpg"></a>
<a href="http://www.iucr.org/iucr-top/cif/home.html">
<img alt="[CIF Home Page]" src="../html_graphics/cifhome.jpg"></a>
<A HREF="http://www.OpenRasMol.org"><IMG SRC="../html_graphics/rasmolbutton.jpg"
ALT="[OpenRasMol]"></A>
<hr>
<CENTER>
| <A href="../README.html#Copying">Copying and Distribution</A> |
<A href="../README.html#Contents">Contents</A> |
<A href="../INSTALL.html">Installation Instructions</A> |<BR>
| <A href="../ChangeLog.html">Changes</A> |
<A href="../TODO.html">Things To Do</A> |
<A href="../README.html#Introduction">Introduction</A> |
<A href="../README.html#CodeAndBinaries">Source Code and Binaries</A>
|<BR>
| <A href="rasmol.html">RasMol Manual in English</A> |
<a href="itrasmol.hlp">Italian Translation of RasMol Help File</a> |<BR>
<a href="../README.html">Release README</A> |<BR>
</CENTER>


<P ALIGN="CENTER">&nbsp;</P>
<FONT COLOR="#000080"><H1 ALIGN="CENTER">Manual<BR>
RasMol 2.7.2.1</H1>
<center>
<table border=0 callpadding=3 cellspacing=0>
<tr>
<td rowspan=8><IMG  SRC="../html_graphics/rasmollogo.jpg" ALT="RasMol"><BR>
<td colspan=11 bgcolor="#C0C0FF">&nbsp;
<tr>
<td rowspan=6 bgcolor="#C0C0FF">&nbsp;
<th valign="bottom">Version
<td rowspan=6 bgcolor="#C0C0FF">&nbsp;
<th align="center">MAC PPC<br>binaries
<td rowspan=6 bgcolor="#C0C0FF">&nbsp;
<th align="center">MSWIN<br>binaries
<th align="center">RasWin<br>Help File
<td rowspan=6 bgcolor="#C0C0FF">&nbsp;
<th align="center">LINUX<br>binaries
<th align="center">RasMol<br>Help File
<td rowspan=6 bgcolor="#C0C0FF">&nbsp;


<tr><td><a href="../../RasMol_2.7.1/README.html">2.7.1</a>
<td align="center">
<A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.1.MAC/RasMac_PPC_8BIT.bin">8</a>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.1.MAC/RasMac_PPC_32BIT.bin">32</a>
<td align="center"><A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.1.MSWIN/raswin.exe"  TYPE="application/octet-stream">8</a>
<td align="center"><A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.1/doc/raswin.hlp" TYPE="application/octet-stream">raw</a>&nbsp;<A HREF="../RasMol_2.7.1/doc/raswin.hlp.gz" TYPE="application/octet-stream">gz</a>
<td align="center">
<A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.1/RasMol.LINUX/RedHat_6.0/i386/rasmol_8BIT" TYPE="application/octet-stream">8</a>
<A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.1/RasMol.LINUX/RedHat_6.0/i386/rasmol_16BIT" TYPE="application/octet-stream">16</a>
<A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.1/RasMol.LINUX/RedHat_6.0/i386/rasmol_32BIT" TYPE="application/octet-stream">32</a>
<td align="center"><A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.1/doc/rasmol.hlp" TYPE="application/octet-stream">raw</a>&nbsp;<A HREF="../RasMol_2.7.1/doc/rasmol.hlp.gz" TYPE="application/octet-stream">gz</a>

<tr><td><a href="../../RasMol_2.7.1.1/README.html"><b>2.7.1.1</b></a>
<td align="center">
<A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.1.1.MAC/RasMac_PPC_8BIT.bin">8</a>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.1.1.MAC/RasMac_PPC_32BIT.bin">32</a>
<td align="center"><A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.1.1.MSWIN/raswin.exe"  TYPE="application/octet-stream">8</a>
<td align="center"><A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.1.1/doc/raswin.hlp" TYPE="application/octet-stream">raw</a>&nbsp;<A HREF="../RasMol_2.7.1.1/doc/raswin.hlp.gz" TYPE="application/octet-stream">gz</a>
<td align="center">
<A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.1.1/RasMol.LINUX/Mandrake_7.2/i586/rasmol_8BIT" TYPE="application/octet-stream">8</a>
<A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.1.1/RasMol.LINUX/Mandrake_7.2/i586/rasmol_16BIT" TYPE="application/octet-stream">16</a>
<A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.1.1/RasMol.LINUX/Mandrake_7.2/i586/rasmol_32BIT" TYPE="application/octet-stream">32</a>
<td align="center"><A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.1.1/doc/rasmol.hlp" TYPE="application/octet-stream">raw</a>&nbsp;<A HREF="../RasMol_2.7.1.1/doc/rasmol.hlp.gz" TYPE="application/octet-stream">gz</a>

<tr><td><a href="../../RasMol_2.7.2/README.html">2.7.2</a>
<td align="center">
<A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2.MAC/RasMac_PPC_8BIT.bin">8</a>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2.MAC/RasMac_PPC_32BIT.bin">32</a>
<td align="center"><A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2.MSWIN/raswin.exe"  TYPE="application/octet-stream">8</a>
<td align="center"><A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2/doc/raswin.hlp" TYPE="application/octet-stream">raw</a>&nbsp;<A HREF="../RasMol_2.7.2/doc/raswin.hlp.gz" TYPE="application/octet-stream">gz</a>
<td align="center">
<A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2/RasMol.LINUX/Mandrake_7.1/i386/rasmol_8BIT" TYPE="application/octet-stream">8</a>
<A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2/RasMol.LINUX/Mandrake_7.1/i386/rasmol_16BIT" TYPE="application/octet-stream">16</a>
<A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2/RasMol.LINUX/Mandrake_7.1/i386/rasmol_32BIT" TYPE="application/octet-stream">32</a>
<td align="center"><A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2/doc/rasmol.hlp" TYPE="application/octet-stream">raw</a>&nbsp;<A HREF="../RasMol_2.7.2/doc/rasmol.hlp.gz" TYPE="application/octet-stream">gz</a>

<tr><td><a href="../../RasMol_2.7.2.1/README.html"><b>2.7.2.1</b></a>
<td align="center">
<A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2.1.MAC/RasMac_PPC_8BIT.bin">8</a>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2.1.MAC/RasMac_PPC_32BIT.bin">32</a>
<td align="center">
<A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2.1.MSWIN/raswin.exe"  TYPE="application/octet-stream">8</a>
<td align="center">
<A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2.1/doc/raswin.hlp" TYPE="application/octet-stream">raw</a>&nbsp;<A HREF="../RasMol_2.7.2.1/doc/raswin.hlp.gz" TYPE="application/octet-stream">gz</a>
<td align="center">
<A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2.1/RasMol.LINUX/Mandrake_7.2/i386/rasmol_8BIT" TYPE="application/octet-stream">8</a>
<A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2.1/RasMol.LINUX/Mandrake_7.2/i386/rasmol_16BIT" TYPE="application/octet-stream">16</a>
<A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2.1/RasMol.LINUX/Mandrake_7.2/i386/rasmol_32BIT" TYPE="application/octet-stream">32</a>
<td align="center"><A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2.1/doc/rasmol.hlp" TYPE="application/octet-stream">raw</a>&nbsp;<A HREF="../RasMol_2.7.2.1/doc/rasmol.hlp.gz" TYPE="application/octet-stream">gz</a>

<tr><td colspan=6>&nbsp;
<tr><td colspan=11 bgcolor="#C0C0FF" align=center>See <A href="#CodeAndBinaries">Source Code and Binaries</A> for more.
</table>
</center>




<H3 ALIGN=CENTER>
</FONT>Programa de Visualizaci&oacute;n Molecular<FONT COLOR="#000080"><BR>
14 de Abril de 2001</H3>
</FONT><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">Basado en RasMol 2.6 de Roger Sayle<BR>
Biomolecular Structures Group<BR>
Glaxo Wellcome Research &amp; Development<BR>
Stevenage, Hertfordshire, UK<BR>
Versi&oacute;n 2.6, Agosto 1995, Versi&oacute;n 2.6.4, Diciembre 1998<BR>
Copyright &copy; Roger Sayle 1992-1999 </P>
<P ALIGN="CENTER">y basado en modificaciones de
<CENTER>
<table border=3>
<tr><th align="left">Autor<th align="left">Versi&oacute;n, Fecha<th align="left">Copyright
<tr><td>Arne Mueller<td>RasMol 2.6x1 Mayo 1998<td>&#169 Arne Mueller 1998
<tr><td valign="top">Gary Grossman and<br>Marco Molinaro<td>RasMol 2.5-ucb Noviembre 1995<br>RasMol 2.6-ucb Noviembre 1996
<td valign="top">&#169 UC Regents/ModularCHEM<br>Consortium 1995, 1996
<tr><td>Philippe Valadon<td>RasTop 1.3 Agosto 2000<td>&#169 Philippe Valadon 2000
<tr><td valign="top">Herbert J. Bernstein<td>RasMol 2.7.0 Marzo 1999<br>
RasMol 2.7.1 Junio 1999<br>RasMol 2.7.1.1 Enero 2001<BR>
RasMol 2.7.2 Agosto 2000<br>RasMol 2.7.2.1 Abril 2001<BR>
<td valign="top">&#169 Herbert J. Bernstein 1998-2001
</table>
</CENTER>
<P>
<CENTER>
y con traducciones de
<table border=3>
<tr><th align="left">Autor<th align="left">Item<th align="left">Lenguaje
<tr><td>Isabel Serv&aacute;n Mart&iacute;nez,<br>
Jos&eacute; Miguel Fern&aacute;ndez Fern&aacute;ndez
<td valign="top">2.6 Manual<td valign="top">espa&ntilde;ol
<tr><td>Jos&eacute; Miguel Fern&aacute;ndez Fern&aacute;ndez<td>2.7.1 Manual<td>espa&ntilde;ol
<tr><td>Fernando Gabriel Ranea<td>2.7.1 men&uacute;s y mensajes<td>espa&ntilde;ol
<tr><td>Jean-Pierre Demailly<td>2.7.1 men&uacute;s y mensajes<td>franc&eacute;s
<tr><td>Giuseppe Martini, Giovanni Paolella,<br>A. Davassi, M. Masullo, C. Liotto
<td valign="top">2.7.1 men&uacute;s y mensajes<br>
2.7.1 archivo de la ayuda<td valign="top">italiano
<tr border=3>
<tr>
</table>
</CENTER>
<P>
<CENTER>
Esta edici&oacute;n de
<BR>Herbert J. Bernstein,
Bernstein + Sons, P.O. Box 177, Bellport, NY, USA<BR>
<A HREF="mailto:yaya@bernstein-plus-sons.com">yaya@bernstein-plus-sons.com</A><BR>
Copyright &#169; Herbert J. Bernstein 1998-2001<BR>
</CENTER>


<P ALIGN="CENTER">
Las traducciones de la mayor&iacute;a de los mensajes de RasMol 
en espa&ntilde;ol fueron contribuidas por Fernando Gabriel Ranea
(Laboratorio de Micolog&iacute;a Museo de Farmacobot&aacute;nica,
Facultad de Farmacia y Bioqu&iacute;mica, Universidad de Buenos Aires
(<A HREF="mailto:davinci@dinamica.com.ar">davinci@dinamica.com.ar</a>)).
<P>
El manual original de RasMol fue creado por Roger Sayle. En julio de 1996, la
Dra. Margaret Wong del Departamento de Qu&iacute;mica de la Universidad
Tecnol&oacute;gica Swinburne, Australia, hizo una extensa revisi&oacute;n del
manual de RasMol 2.5 que reflejaba adecuadamente el funcionamiento de RasMol
2.6. Eric Martz de la Universidad de Massachusetts efectu&oacute; posteriores
revisiones. En mayo de 1997, William McClure de la Universidad Carnegie Mellon
reorganiz&oacute; la vesi&oacute;n HTML del manual en m&uacute;ltiple secciones
que pod&iacute;an ser descargadas rapidamente y a&ntilde;adi&oacute; el uso de
marcos (frames). Partes del manual de la versi&oacute;n 2.7.1 de RasMol se
obtuvieron de esta &uacute;ltima versi&oacute;n, con la autorizaci&oacute;n de
William McClure version usando el archivo rasmol.doc que Roger Sayle
prepar&oacute; para la versi&oacute;n 2.6.4 como fuente primaria. </P>
<P ALIGN="CENTER">La documentaci&oacute;n fue actualizada por &uacute;ltima vez
el 14 de abril de 2001<BR>
La versi&oacute;n inglesa de este manual fue editada por Herbert J. Bernstein y Frances C. Bernstein.</P>
<P ALIGN="CENTER">La traducci&oacute;n espa&ntilde;ola del manual de la
versi&oacute;n de la Dra. Wong revisada por Eric Martz fue realizada por Isabel
Serv&aacute;n Mart&iacute;nez y Jos&eacute; Miguel Fern&aacute;ndez
Fern&aacute;ndez </P>
<P ALIGN="CENTER">La actual traducci&oacute;n del Manual de RasMol 2.7.1 ha sido
realizada usando como base la anterior de RasMol 2.6 por &nbsp;Jos&eacute;
Miguel Fern&aacute;ndez Fern&aacute;ndez (Departamento de Bioqu&iacute;mica y
Biolog&iacute;a Molecular. Universidad de Granada. Espa&ntilde;a (</FONT><A
HREF="mailto:jmfernan@ugr.es"><FONT SIZE=4>jmfernan@ugr.es</FONT></A><FONT
SIZE=4>))</P>

<P>

Para los cambios en el manual del RasMol 2.7.1 a de RasMol 2.7.1.1 y a de RasMol 2.7.2.1 la
traducci&oacute;n de ingl&eacute;s al espa&ntilde;ol fue hecha parcialmente por Herbert J.
Bernstein usando el servicio de traducci&oacute;n del Alta Vista Babel Fish
en <A HREF="http://babelfish.altavista.digital.com">http://babelfish.altavista.digital.com</A>. </FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">
NOTA SOBRE LA TRADUCCI&Oacute;N AL ESPA&Ntilde;OL:</P>

<P>
Los comandos, &oacute;rdenes y palabras clave de RasMol, aunque en
alg&uacute;n caso se traduzcan, siempre conservan el texto ingl&eacute;s
adjunto. La raz&oacute;n es que lo que se ha traducido, al menos por ahora es
el manual, no el programa. RasMol est&aacute; escrito en ingl&eacute;s y solo
en ingles entiende las &oacute;rdenes. As&iacute; por ejemplo los colores se
traducen para su comprensi&oacute;n pero cuando se teclee un comando
deber&aacute; emplearse el t&eacute;rmino adecuado en ingl&eacute;s.</P>

<P>Pedimos disculapas por algunos problemas que no hemos podido solucionar
satisfactoriamente: Hay palabras del lenguaje de la programaci&oacute;n que
solo se usan en ingl&eacute;s. Hemos tratado de traducirlas siempre que ha sido
posible, y en el peor de los casos la hemos traducido manteniendo a su lado el
t&eacute;rmino ingl&eacute;s. </P>

<P>Por todo ello es seguro que habr&aacute; errores. Si se nos comunican al
correo electr&oacute;nico citado algo mas arriba, haremos lo posible por
solucionarlos.</P>

<P>Todo lo afirmado en este texto en las diversas notas de derechos de autor y
de reclamaciones es aplicable a la traducci&oacute;n.</P>
</FONT><P><HR></P>
<H4 ALIGN="CENTER">ESTA ES UNA EDICION PRELIMINAR QUE INCLUYE EXTENSAS MODIFICACIONES<BR>
***** SE ACONSEJA USARLA CON PRECAUTION ******</H4>

<P>
<HR></P>
<H2 ALIGN="CENTER">IMPORTANTE</H2>
<FONT SIZE=4><P>Esta versi&oacute;n se basa en la versi&oacute;n 2.6_CIF.2 de RasMol, en RasMol 2.6x1 y en RasMol versi&oacute;n 2.6.4. Por favor lea en el documento </FONT><A HREF="NOTICE.html"><FONT SIZE=4>NOTICE</FONT></A><FONT SIZE=4> las importantes novedades que aparecen en este paquete. Si usted no planea cambiar RasMol, no solo est&aacute; usted autorizado a hacer copias libres y gratuitas y distribuirlas, sino que se le anima fervientemente a ello, pidiendole lo siguiente: </P>

<UL>
<LI>1. Incluya la documentaci&oacute;n completa, especialmente el archivo </FONT><A HREF="NOTICE.html"><FONT SIZE=4>NOTICE</FONT></A><FONT SIZE=4>, con el que usted puede distribuir o suministrar claras indicaciones de donde los interesados pueden conseguir una de la documentaci&oacute;n; as&iacute; como </LI>
<LI>2. Por favor de c&oacute;mo cr&eacute;ditos, donde estos deban ser incluidos como citas, la versi&oacute;n correcta y los autores adecuados de RasMol; y tambi&eacute;n </LI>
<LI>3. Por favor evite cualquier impresi&oacute;n de que alguno o alguno de los autores originales, o incluso los traductores, provean garant&iacute;a de ninguna clase. </LI></UL>


<P>
Si desea emplear componentes importantes de de RasMol en alg&uacute;n otro programa, modificarlo el mismo RasMol, o de cualquier otra forma hacer lo que un legista pudiera llamar "trabajo derivado de", usted est&aacute;, no solo autorizado, sino que se le anima a hacerlo. A cambio le rogamos que, por favor, haga lo siguiente: </P>

<UL>
<LI>4. Por favor explique claramente en su documentaci&oacute;n que diferencias tiene su versi&oacute;n de aquella a que se hace referencia en este texto; y </LI>
<LI>5. Por favor mantenga el c&oacute;digo fuente modificado disponible. </LI></UL>


<P>
Esta versi&oacute;n de RasMol <B>no</B> es de dominio p&uacute;blico, pero se ofrece libremente a la comunidad en la esperanza del avance de la ciencia. Si desea hacer cambios, por favor h&aacute;galos en forma responsable, y, por favor, ofr&eacute;zcanos la oportunidad de incluirlos en futuras versiones del programa RasMol. </P>
</FONT><P><HR></P>
<H2>Tabla de Contenidos</H2>
<OL>

<LI><A HREF="#chnotice"><FONT SIZE=4>Notas</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#chintro"><FONT SIZE=4>Introducci&oacute;n</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#chgenop"><FONT SIZE=4>Operaci&oacute;n General</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI></OL>


<UL>

<UL>
</FONT><LI><A HREF="#go_unix"><FONT SIZE=4>Ejecutando RasMol bajo UNIX o VMS</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#go_mswin"><FONT SIZE=4>Ejecutando RasMol bajo Microsoft Windows</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#go_mac"><FONT SIZE=4>Ejecutando RasMol en un Apple Macintosh/PPC</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#go_canvas"><FONT SIZE=4>Las ventanas de RasMol</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#go_mouse"><FONT SIZE=4>Controles del rat&oacute;n</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#go_scrollbars"><FONT SIZE=4>Barras de desplazamiento</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#go_picking"><FONT SIZE=4>Picando</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#go_dials"><FONT SIZE=4>Caja de control</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#go_cmdline"><FONT SIZE=4>Interfase de la l&iacute;nea de comandos</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#go_dimensions"><FONT SIZE=4>Dimensiones en RasMol</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#go_ini"><FONT SIZE=4>Archivos de Inicializaci&oacute;n de arranque</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#go_interprocess"><FONT SIZE=4>Comunicaci&oacute;n entre procesos (IPC)</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI></UL>
</UL>

<OL>

</FONT><LI><A HREF="#chcomref"><FONT SIZE=4>Referencia de &oacute;rdenes</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI></FONT>
<P ALIGN="CENTER"><CENTER><TABLE BORDER CELLSPACING=1 CELLPADDING=2 WIDTH=677>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#backbone"><FONT SIZE=4>Backbone</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#background"><FONT SIZE=4>Background</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#bond"><FONT SIZE=4>Bond</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#cartoon"><FONT SIZE=4>Cartoon</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#centre"><FONT SIZE=4>Centre</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#clipboard"><FONT SIZE=4>Clipboard</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#colour"><FONT SIZE=4>Colour</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#connect"><FONT SIZE=4>Connect</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
</TR>


<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#spacefill"><FONT SIZE=4>CPK</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#define"><FONT SIZE=4>Define</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#depth"><FONT SIZE=4>Depth</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#dots"><FONT SIZE=4>Dots</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#echo"><FONT SIZE=4>Echo</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#english"><FONT SIZE=4>English</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#quit"><FONT SIZE=4>Exit</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#french"><FONT SIZE=4>French</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
</TR>

<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#hbonds"><FONT SIZE=4>HBonds</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
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<A HREF="#help"><FONT SIZE=4>Help</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
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</TABLE>
</CENTER></P>



<P ALIGN="CENTER"><LI><A HREF="#chsetopt"><FONT SIZE=4>Par&aacute;metros internos</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI></P></FONT>
<P ALIGN="CENTER">
<CENTER>
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<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
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<A HREF="#setmonitor"><FONT SIZE=4>Monitor</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
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<A HREF="#setmouse"><FONT SIZE=4>Mouse</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
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<P>
<A HREF="#setspecpower"><FONT SIZE=4>SpecPower</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
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<A HREF="#setssbonds"><FONT SIZE=4>SSBonds</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
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<P>
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<P>
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<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setunitcell"><FONT SIZE=4>UnitCell</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setvectps"><FONT SIZE=4>VectPS</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setwrite"><FONT SIZE=4>Write</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
</TR>
</TABLE>
</CENTER></P>

<P ALIGN="CENTER"><LI><A HREF="#chexprs"><FONT SIZE=4>Expresiones at&oacute;micas</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI></P>
</FONT><LI><A HREF="#predefinedsets"><FONT SIZE=4>Ajustes predefinidos</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#chcolours"><FONT SIZE=4>Esquemas de color</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#chfile"><FONT SIZE=4>Formatos de archivos</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#chmacspec"><FONT SIZE=4>Soporte de archivo espec&iacute;fico de m&aacute;quina</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#chbib"><FONT SIZE=4>Bibliograf&iacute;a</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI></OL>

</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><BR>
RasMol Copyright &copy; Roger Sayle 1992-1999 <BR>
Modificaciones de la Version 2.6x1 Copyright &copy; Arne Mueller 1998 <BR>
Modificaciones de la Version 2.5-ucb y 2.6-ucb Copyright &copy; UC Regents/ModularCHEM Consortium 1995, 1996 <BR>
Modificaciones de la Version RasTop 1.3 Copyright &copy; Philippe Valadon 2000 <BR>
Modificaciones de las Versiones 2.7.0, 2.7.1, 2.7.1.1, 2.7.2 y 2.7.2.1 Copyright &copy; Herbert J. Bernstein 1998-2001 </P>
</FONT><ADDRESS><A HREF="mailto:rasmol@bernstein-plus-sons.com"><FONT SIZE=4>rasmol@bernstein-plus-sons.com</FONT></A></ADDRESS>
<FONT SIZE=4><P>Todos los derechos reservados. El empleo de la nota de copyright
no implica publicaci&oacute;n o revelaci&oacute;n. La informaci&oacute;n
contenida en este documento es considerada fiable, pero no se asume ninguna
responsabilidad debida a su uso o por la invasi&oacute;n de derechos de otras
personas como resultado de su uso. La informaci&oacute;n en este documento
est&aacute; sujeta a cambios sin aviso previo, y no representa la
adquisici&oacute;n de un compromiso por parte del suministrador.</FONT> </P>

<P>
<HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="chnotice"></P>
</FONT><H2>Notas</H2>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Este programa ha sido creado a partir de diversas fuentes. Gran parte del
c&oacute;digo procede de RasMol 2.6, tal y como fue creado por Roger Sayle.
</P>

<P>
Ver: </FONT><A HREF="ftp://ftp.dcs.ed.ac.uk/pub/rasmol"><FONT
SIZE=4>ftp://ftp.dcs.ed.ac.uk/pub/rasmol</FONT></A></P>
<FONT SIZE=4><P>El c&oacute;digo para la torsi&oacute;n angular, el nuevo
c&oacute;digo POVRAY3 y otros nuevos capacidades se derivan de las revisiones
RasMol2.6x1 efectuadas por Arne Mueller. </P>

<P>
See: </FONT><A HREF="ftp://nexus.roko.goe.net/pub/rasmol"><FONT
SIZE=4>ftp://nexus.roko.goe.net/pub/rasmol</FONT></A></P>
<FONT SIZE=4><P>El c&oacute;digo para la impresi&oacute;n de los gr&aacute;ficos
de Ramachandran se deriva de fisipl que fue creado por Frances C. Bernstein.
Vease la cinta del programa de Protein Data Bank. </P>

<P>
Las modificaciones CIF hacen uso de un librer&iacute;a basada en parte en CBFlib de Paul J. Ellis y Herbert J. Bernstein. </P>

<P>
Ver: </FONT><A HREF="http://www.bernstein-plus-sons.com/software/CBF"><FONT SIZE=4>http://www.bernstein-plus-sons.com/software/CBF</FONT></A></P>
<FONT SIZE=4><P>Partes de CBFlib est&aacute;n fuertemente basadas en el paquete CIFPARSE de NDB en la Rutgers university. </P>

<P>
Ver: </FONT><A HREF="http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif/software"><FONT SIZE=4>http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif/software</FONT></A></P>
<FONT SIZE=4><P>Por favor teclee los comandos de RasMol '</FONT><B><TT>help copying</B></TT><FONT SIZE=4>', '</FONT><B><TT>help general</B></TT><FONT SIZE=4>', '</FONT><B><TT>help IUCR</B></TT><FONT SIZE=4>', '</FONT><B><TT>help CBFlib</B></TT><FONT SIZE=4>', y '</FONT><B><TT>help CIFPARSE</B></TT><FONT SIZE=4>' para obtener novedades de aplicables. Por favor teclee '</FONT><B><TT>help copyright</B></TT><FONT SIZE=4>' para noticias sobre copyright. Si emplea RasMol V2.6 o una versi&oacute;n anterior, teclee la orden de RasMol '</FONT><B><TT>help oldnotice</B></TT><FONT SIZE=4>'. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="copyingrasmol"></P>
</FONT><H3>Copiar RasMol</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Esta versi&oacute;n se basa en parte grande en la versi&oacute;n 2.7.2 de RasMol,
en la versi&oacute;n 2.7.1.1 de RasMol y en la versi&oacute;n 1.3 de RasTop e
indirectamente en la versi&oacute;n 2.5-ucb de RasMol, en
la versi&oacute;n 2.6-ucb de RasMol, en la versi&oacute;n 2.6_CIF.2 de RasMol, en RasMol
la versi&oacute;n 2.6x1 de RasMol y en la versi&oacute;n 2.6.4 de RasMol. Si usted no planea cambiar RasMol, no
solo est&aacute; usted autorizado a hacer copias libres y gratuitas y
distribuirlas, sino que se le anima fervientemente a ello, pidiendole lo
siguiente: </P>
<DIR>


<P> 1. Incluya la documentaci&oacute;n completa, especialmente el archivo
</FONT><A HREF="NOTICE.html"><FONT SIZE=4>NOTICE</FONT></A><FONT SIZE=4>, con
el que usted puede distribuir o suministrar claras indicaciones de donde los
interesados pueden conseguir una de la documentaci&oacute;n; as&iacute; como
</P>

<P> 2. Por favor de c&oacute;mo cr&eacute;ditos, donde estos deban ser
incluidos como cita, la versi&oacute;n y correcta y los autores adecuados; y
tambi&eacute;n </P>

<P> 3. Por favor evite cualquier impresi&oacute;n de que alguno o alguno de los
autores originales, o incluso los traductores, provean garant&iacute;a de
ninguna clase. </P>
</DIR>


<P> Si desea emplear componentes importantes de de RasMol en alg&uacute;n otro
programa, modificarlo el mismo RasMol, o de cualquier otra forma hacer lo que
un legista pudiera llamar "trabajo derivado de", usted est&aacute;, no solo
autorizado, sino que se le anima a hacerlo. A cambio le rogamos que, por favor,
haga lo siguiente: </P>
<DIR>


<P> 4. Por favor explique claramente en su documentaci&oacute;n que diferencias
tiene su versi&oacute;n de aquella a que se hace referencia en este texto; y
</P>

<P> 5. Por favor mantenga el c&oacute;digo fuente modificado disponible.
</P>
</DIR>


<P>
Esta versi&oacute;n de RasMol <B>no</B> es de dominio p&uacute;blico, pero se ofrece libremente a la comunidad en la esperanza del avance de la ciencia. Si desea hacer cambios, por favor h&aacute;galos en forma responsable, y, por favor, ofr&eacute;zcanos la oportunidad de incluirlos en futuras versiones del programa RasMol. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="generalnotice"></P>
</FONT><H3>Nota General</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P> Esta nota tse aplica a esta obra como un todo y a las obras que se incluyan
en &eacute;l: </P>

<P> * Las actividades creativas dependen del vivo intercambio de ideas. Existen
leyes y usos que establecen derechos y responsabilidades a los autores y a
quienes usan lo que los autores crean. Esta nota no intenta prevenir del uso de
este software ni de los documentos comprendidos en el paquete, sino que trata
de asegurar que no haya malos entendidos sobre los t&eacute;rminos y
condiciones de uso. </P>

<P> *Por favor lea la siguiente nota cuidadosamente. Si no entiende
alg&uacute;n fragmento, por favor busque la asesor&iacute;a profesional legal
adecuada antes de emplear este programa y los textos incluidos en el paquete.
Adem&aacute;s de cualquier otro paso que usted deba dar, o al que pueda ser
obligado para respetar los derechos de propiedad intelectual de las distintas
partes implicadas, si usted hace uso del software y los documentos de este
paquete, le rogamos de los debidos cr&eacute;ditos citando este paquete, sus
autores y la URL o cualquier otra fuente de la que usted lo hubiera obtenido, o
referencias primarias equivalentes en la literatura citada, con los mismos
autores.</P>

<P> * Parte de este software y los documentos asociados son propiedad
intelectual de varias partes, y su ubicaci&oacute;n en el paquete no implica
que esos derechos hayan sido olvidados o disminuidos. </P>

<P> * Con respecto al software o a los documentos sobre los que exista un
copyright, TODOS LOS DERECHOS EST&Aacute;N RESERVADOS A LOS PROPIETARIOS DE TAL
COPYRIGHT. </P>

<P> * A&uacute;n cuando los autores de lo diversos documentos y software de los
que aqu&iacute; se escribe han hecho un verdadero y fecundo esfuerzo para
asegurar que todos los documentos son correctos y que el software responde de
acuerdo con la documentaci&oacute;n, y aunque apreciar&iacute;amos enormemente
saber de cualquier problema que usted pueda encontrar, el programa y los
docuemntos y los archivos que puedan ser creados con el programa se suministran
**como est&aacute;n** sin ning&uacute;n tipo de garant&iacute;a en cuanto a
correcci&oacute;n, difundibilidad o ajuste a alg&uacute;n uso particular o
general.</P>

<P> * LA RESPONSABILIDAD SOBRE CUALQUIER CONSECUENCIA ADVERSA DEL USO DE ESTE
PROGRAMA Y/O LOS DOCUMENTOS ASOCIADOS O POR LOS ARCHIVOS CREADOS POR EL USO DE
LOS CITADOS PROGRAMA Y DOCUMENTOS RECAE EXCLUSIVAMENTE SOBRE LOS USUARIOS DEL
CITADO MATERIAL Y NO SOBRE EL AUTOR O AUTORES DE LOS CITADOS PROGRAMAS Y
DOCUMENTOS. </P>

<P> Sujeto a su aceptaci&oacute;n de las condiciones establecidas
anteriormente, y a su respeto de los t&eacute;rminos y condiciones descritas en
esta y las dem&aacute;s notas, si usted no va a hacer ninguna
modificaci&oacute;n o a crear "trabajo derivado", usted tiene el permiso
necesario para copiar libremente y distribuir este paquete, de acuerdo a lo
siguiente: </P>
<DIR>


<P> 1. Incluya la documentaci&oacute;n completa, especialmente el archivo
</FONT><A HREF="NOTICE.html"><FONT SIZE=4>NOTICE</FONT></A><FONT SIZE=4>, con
el que usted puede distribuir o suministrar claras indicaciones de donde los
interesados pueden conseguir una de la documentaci&oacute;n; as&iacute; como
</P>

<P> 2. Por favor de c&oacute;mo cr&eacute;ditos, donde estos deban ser
incluidos como cita, la versi&oacute;n y correcta y los autores adecuados; y
tambi&eacute;n </P>

<P> 3. Por favor evite cualquier impresi&oacute;n de que alguno o alguno de los
autores originales, o incluso los traductores, provean garant&iacute;a de
ninguna clase. </P>
</DIR>


<P> Si desea emplear componentes importantes de RasMol en alg&uacute;n otro
programa, modificarlo el mismo RasMol, o de cualquier otra forma hacer lo que
un legista pudiera llamar "trabajo derivado de", usted est&aacute;, no solo
autorizado, sino que se le anima a hacerlo. A cambio le rogamos que, por favor,
haga lo siguiente: </P>
<DIR>


<P> 4. Por favor explique claramente en su documentaci&oacute;n que diferencias
tiene su versi&oacute;n de aquella a que se hace referencia en este texto; y
</P>

<P> 5. Por favor mantenga el c&oacute;digo fuente modificado disponible.
</P>
</DIR>

</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="rasmolv26notice">&nbsp;&nbsp;</P>
</FONT><H3>Nota de RasMol V2.6 </H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
La siguiente nota es aplicable a RasMol V 2.6 y a las versiones anteriores.</P>

<P>
La informaci&oacute;n contenida en este documento est&aacute; sujeta a cambios sin noticia previa y no representa ninguna obligaci&oacute;n por parte del suministrador. Este paquete se vende/distribuye bajo condici&oacute;n de que no ser&aacute;, mediante negocio o de otra forma, ser prestada, revendida, alquilada o cualquier forma de circularla sin el permiso previo de quien lo suministra, en cualquier forma de empaquetamiento o cobertura distinta de aquella en la que fue producida. Ninguna parte de este manual o del software acompa&ntilde;ante puede ser reproducido, almacenado en sistemas de distribuci&oacute;n sobre disco &oacute;ptico o magn&eacute;tico, cinta o cualquier otro medio, o transmitido en cualquier forma o por cualquier medio, electr&oacute;nico, mec&aacute;nico, por fotocopia, grabaci&oacute;n o para cualquier otro prop&oacute;sito que no sea el uso personal del propietario. </P>
<P ALIGN="JUSTIFY">Este producto no puede ser usado, en ninguna forma, en la planificaci&oacute;n, construcci&oacute;n, mantenimiento, operaci&oacute;n o uso de cualquier instalaci&oacute;n nuclear, ni en el vuelo, navegaci&oacute;n o comunicaci&oacute;n de nave a&eacute;rea o equipo de apoyo en tierra alguno. El autor no ser&aacute; responsable, ni siquiera parcialmente, ante cualesquiera reclamaciones por da&ntilde;os y perjuicios derivados del uso de este manual, incluyendo muerte, insolvencia o declaraci&oacute;n de guerra como consecuencia de su uso. </small></P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="iucrpolicy"></P>



</FONT><H3>La pol&iacute;tica de IUCR</H3>

<FONT SIZE=4><B><TT><P>La pol&iacute;tica de IUCr para la protecci&oacute;n y la
promoci&oacute;n del archivo del STAR y est&aacute;ndares del CIF para que
intercambian y que archivan electr&oacute;nicos los datos.</TT></B>
</P>
<P>
El archivo de informaci&oacute;n cristalogr&aacute;fico (CIF)[1] es un est&aacute;ndar para el intercambio de informaci&oacute;n promulgado por la uni&oacute;n internacional de la cristalograf&iacute;a (IUCr). El CIF (Hall, Allen Y Brown, 1991) es el m&eacute;todo
recomendado para someter las publicaciones a la secci&oacute;n C del
Crystallographica del Acta y a los informes de las determinaciones de la
estructura cristalina a otras secciones del Crystallographica del Acta y de
muchos otros diarios. El sintaxis de un CIF es un subconjunto del formato m&aacute;s general del STAR File[2]. Los acercamientos del archivo del CIF y del STAR se utilizan cada vez m&aacute;s en las ciencias estructurales para el intercambio de datos y archivar, y est&aacute;n teniendo una influencia significativa en estas actividades en otros campos.

<p>

<tt><b>Declaraci&oacute;n del intento</b></tt>

<p>

El inter&eacute;s de la IUCr en el archivo del STAR es mientras que los datos
generales intercambian el est&aacute;ndar para la ciencia, y su inter&eacute;s
en el CIF, un derivado conformant del archivo del STAR, es para mientras que un
intercambio de datos sucinto y un est&aacute;ndar archival la
cristalograf&iacute;a y ciencia estructural.

<p>

<tt><b>Protecci&oacute;n de los est&aacute;ndares</b></tt>

<p>

Para proteger el archivo del STAR y el CIF como est&aacute;ndares para los
datos electr&oacute;nicos que intercambian y que archivan, la IUCr, a nombre de
la comunidad cient&iacute;fica,

<p>
<UL>
<LI>lleva a cabo el copyright en los est&aacute;ndares ellos mismos,
<p>
<LI>posee las marcas registradas y las marcas de servicio asociadas, y
<p>
<LI>lleva a cabo una patente en el archivo del STAR.
</UL>
<p>

Las estas derechas de caracter&iacute;stica intelectual se relacionan solamente
con los formatos del intercambio, no a los datos contenidos en esto, ni al
software l&oacute;gica usado en la generaci&oacute;n, el acceso o la
manipulaci&oacute;n de los datos.

<p>

<tt><b>Promoci&oacute;n de los est&aacute;ndares</b></tt>

<p>

El requisito &uacute;nico que la IUCr, en su papel protector, impone ante el
software l&oacute;gica que pretende procesar datos del archivo o del CIF del
STAR es que las condiciones siguientes est&eacute;n resueltas antes de venta o
de la distribuci&oacute;n.<p>
<UL>
<LI>El software l&oacute;gica que demanda leer los archivos escritos a el
archivo del STAR o el est&aacute;ndar del CIF debe poder extraer los datos
pertinentes de un archivo conformant al sintaxis del archivo del STAR, o el
sintaxis del CIF, respectivamente. <p>
<LI>El software l&oacute;gica que demanda escribir archivos en el archivo del
STAR, o el CIF, est&aacute;ndar debe producir los archivos que son conformant
al sintaxis del archivo del STAR, o el sintaxis del CIF, respectivamente.
<p>
<LI>El software l&oacute;gica que demanda leer definiciones de un diccionario
espec&iacute;fico de los datos aprobado por la IUCr debe poder extraer
cualquier definici&oacute;n pertinente que sea conformant al lenguaje de la
definici&oacute;n del diccionario (DDL)[3] asociado a ese diccionario.
</UL>
<p>


La IUCr, a trav&eacute;s de su comit&eacute; sobre est&aacute;ndares del CIF,
asistir&aacute; a cualquier revelador para verificar que el software
l&oacute;gica resuelve estas condiciones de la conformidad.<p>
<tt><b>Glosario de t&eacute;rminos
</b></tt>

<p>

[1] CIF:<br>
es un archivo de datos conformant al sintaxis del archivo definido en
http://www.iucr.org/iucr-top/cif/spec/index.html

<p>

[2] STAR File:<br>
es un archivo de datos conformant al sintaxis del archivo definido en
http://www.iucr.org/iucr-top/cif/spec/star/index.html

<p>

[3] DDL:<br>
es un lenguaje usado en un diccionario de los datos para definir items de datos
en t&eacute;rminos de &quot;atributos&quot;. Los diccionarios aprobados actualmente por el IUCr, y las versiones del DDL constru&iacute;an estos diccionarios, se enumeran en http://www.iucr.org/iucr-top/cif/spec/ddl/index.html

<p>

Last modified: 30 September 2000

<p>

IUCR Policy Copyright (C) 2000 International Union of Crystallography

</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="cbflib"></P>
</FONT><H3>CBFLIB</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
LA siguiente Nota de Reclamaciones es aplicable a CBFlib V0.1, de la que el c&oacute;digo es parcialmente derivado. </P>

<P>
* Los materiales despachados aqu&iacute; fueron desarrollados bajo el patrocinio del Gobierno Norteamericano. Ni los Estados Unidos, ni el U.S. D.O.E., ni la Universidad Leland Stanford Junior, ni sus empleados, otorgan ninguna garant&iacute;a, impl&iacute;cita o expl&iacute;cita, o asumen ninguna responsabilidad legal o de cualquier otro tipo por lo ajustado, completo o &uacute;til de cualquier informaci&oacute;n, aparato, producto o proceso, ni representa que su uso no infrinja derechos privadamente protegidos. La menci&oacute;n de cualquier producto, su productor, o suministrador no ser&aacute;, ni se podr&aacute; entender como, implicaci&oacute;n de aprobaci&oacute;n, desaprobaci&oacute;n, o ajuste a ning&uacute;n uso concreto. Los Estados Unidos y la Universidad siempre retendr&aacute;n el derecho a usar y difundir los temas producidos para cualquier prop&oacute;sito. </P>

<P>
Nota 91 02 01 </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="cifparse"></P>
</FONT><H3>CIFPARSE</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P> Partes de este software est&aacute;n profundamente basadas en el paquete
CIFPARSE DE NDB de la Rutgers University. Vease </P>

<P> http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif/software </P>

<P> CIFPARSE es parte de la aplicaci&oacute;n NDBQUERY, un programa componente
del Proyecto Nucleic Acid Database Project [ H. M. Berman, W. K. Olson, D. L.
Beveridge, J. K. Westbrook, A. Gelbin, T. Demeny, S. H. Shieh, A. R.
Srinivasan, and B. Schneider. (1992). The Nucleic Acid Database: A
Comprehensive Relational Database of Three-Dimensional Structures of Nucleic
Acids. Biophys J., 63, 751-759.], cuya cooperaci&oacute;n es reconocida con
agradecimiento, especialmente en la forma de dise&ntilde;ar conceptos creada
por J. Westbrook. </P>

<P> Por favor est&eacute; advertido de la siguiente comunicaci&oacute;n de
CIFPARSE API: </P>

<P>
Este software se suministra SIN GARANTIA DE APLICABILIDAD O ADECUACI&Oacute;N A UN PROP&Oacute;SITO PARTICULAR Y SIN NING&Uacute;N OTRO TIPO DE GARANT&Iacute;A, EXPRESADA O IMPLICITA. RUTGERS NO AFIRMA NI GARANTIZA QUE EL SOFTWARE NO NOT INFRINGE PATENTES, COPYRIGHT U OTRO DERECHO DE PROPRIETARIO. </P>
</FONT><P><HR></P>
<B><FONT SIZE=5><P><A NAME="chintro">Introducci&oacute;n</P>
</B></FONT><FONT SIZE=4>
<P ALIGN="JUSTIFY">RasMol2 es un programa de gr&aacute;ficos moleculares que permite la visualizaci&oacute;n de prote&iacute;nas, &aacute;cidos nucleicos y mol&eacute;culas peque&ntilde;as. Este programa est&aacute; ideado para hacer posible la visualizaci&oacute;n, la ense&ntilde;anza y la producci&oacute;n de im&aacute;genes con calidad de publicaci&oacute;n. RasMol es compatible con los siguientes sistemas operativos y arquitecturas: Microsoft Windows, Apple Macintosh, sistemas UNIX Y VMS. Las versiones UNIX y VMS requieren un visualizador de color X Windows de 8, 24 (X11R4 o posterior). La versi&oacute;n X Windows de RasMol proporciona soporte opcional para una caja de mandos en hardware y comunicaci&oacute;n mediante memoria compartida y acelerada. (v&iacute;a XInput y las extensiones de MIT- SHM) si es que est&aacute;n disponibles en el X Server en uso.</P>
<P ALIGN="JUSTIFY">El programa lee archivos de coordenadas moleculares y muestra
interact&iacute;vamente la mol&eacute;cula en la pantalla en una serie de
esquemas de colores y de representaciones moleculares. Los archivos de entrada
incluyen, espec&iacute;ficamente, los formatos Brookhaven Protein Databank
(PDB), Tripos Associates' Alchemy y Sybyl Mol2, Molecular Design Limited's
(MDL) Mol, Minnesota Supercomputer Centre's (MSC) XYZ (XMol), CHARMm, formato
CIF y archivos mmCIF. Si la informaci&oacute;n sobre conectividad no
est&aacute; contenida en el archivo, RasMol la calcular&aacute;
autom&aacute;ticamente.</FONT><FONT SIZE=2> </FONT><FONT SIZE=4>Actualmente las
representaciones disponibles incluyen estructuras de alambre con profundidad
(wireframe), bastones, esferas de espacio relleno (CPK), bolas y bastones,
cintas biomoleculares (bien lisas s&oacute;lidas y sombreadas, bien alambres
paralelos) etiquetas de &aacute;tomos y superficies de puntos. Los
&aacute;tomos pueden ser tambi&eacute;n etiquetados con cualquier texto.
Conf&oacute;rmeros alternativos y modelos NMR m&uacute;ltiples pueden ser
coloreados espec&iacute;ficamente y etiquetados sus &aacute;tomos. Diferentes
partes de la mol&eacute;cula pueden representarse y colorearse
independientemente del resto de la mol&eacute;cula o visualizados
simult&aacute;neamente en diferentes formas. La mol&eacute;cula exhibida puede
ser girada, desplazada, ampliada (zoom) y/o cortada en rebanadas
interact&iacute;vamente usando, bien el rat&oacute;n, bien las barras de
desplazamiento de windows, o bien la l&iacute;nea de comandos de la caja de
&oacute;rdenes adjunta. RasMol puede leer una sucesi&oacute;n de comandos
previamente preparada en un archivo de <B>script</B> (gui&oacute;n) (o
v&iacute;a comunicaci&oacute;n interactiva) para permitir cargar una imagen
dado o un punto de vista concreto, de forma r&aacute;pida. RasMol
tambi&eacute;n puede crear un archivo <B>script</B> conteniendo los comandos
requeridos para regenerar una imagen en uso. Finalmente, la imagen generada
podr&iacute;a exportarse en una variedad de formatos incluyendo GIF, PPM, BMP,
PICT, archivos de salida Sun o como un <B>script</B> MolScript o
Kinemage.</FONT><FONT SIZE=2>. </P>
<P ALIGN="JUSTIFY">.</A></FONT><FONT SIZE=4>La herramienta de ayuda RasMol (help) puede activarse tecleando "help &lt;tema&gt;" o "help &lt;tema&gt; &lt;subtema&gt;" en la l&iacute;nea de comandos. Una relaci&oacute;n completa de &oacute;rdenes de RasMol puede obtenerse con "help commands". Una &uacute;nica interrogaci&oacute;n (?) puede usarse como abreviatura de "help". Por favor teclee "help notices" para conseguir las importantes notas. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="chgenop"></P>
</FONT><H2>Operaci&oacute;n General</H2>
<FONT SIZE=4></A>

<UL>
</FONT><LI><A HREF="#go_unix"><FONT SIZE=4>Ejecutando RasMol bajo UNIX o VMS</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#go_mswin"><FONT SIZE=4>Ejecutando RasMol bajo Microsoft Windows</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#go_mac"><FONT SIZE=4>Ejecutando RasMol en el Macintosh/PPC de Apple</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#go_canvas"><FONT SIZE=4>La ventana de RasMol</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#go_mouse"><FONT SIZE=4>Controles del rat&oacute;n</FONT></A> </LI>
<LI><A HREF="#go_scrollbars"><FONT SIZE=4>Barras de desplazamiento</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#go_picking"><FONT SIZE=4>Picando</FONT></A> </LI>
<LI><A HREF="#go_dials"><FONT SIZE=4>Cajas de control</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#go_cmdline"><FONT SIZE=4>Interfase de l&iacute;nea de &oacute;rdenes (comandos)</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#go_dimensions"><FONT SIZE=4>Dimensiones en RasMol</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#go_ini"><FONT SIZE=4>Archivo de inicializaci&oacute;n de arranque</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#go_interprocess"><FONT SIZE=4>Comunicaci&oacute;n entre procesos (IPC)</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI></UL>


<P>
<A NAME="go_unix"></A></P>
</FONT><H3>Ejecutando RasMol bajo UNIX o VMS</H3>
<FONT SIZE=4><P ALIGN="JUSTIFY">Para arrancar RasMol desde el inductor de UNIX o el de VMS, teclee el comando 'rasmol'. A continuaci&oacute;n del comando puede a&ntilde;adir un nombre de archivo. Por defecto, inmediatamente del arranque el programa visualiza el siguiente mensaje, para identificar el n&uacute;mero de versi&oacute;n y la profundidad de visualizaci&oacute;n del programa que se va a correr: Habr&aacute; algunas variaciones en este mensaje en funci&oacute;n de su elecci&oacute;n de plataforma: </P>
</FONT><PRE>
     RasMol Molecular Renderer
     Roger Sayle, August 1995
     Copyright (C) Roger Sayle 1992-1999
     Version 2.7.2.1 April 2001
     Copyright (C) Herbert J. Bernstein 1998-2001
     *** See "help notice" for further notices ***
     [32-bit version]</PRE>
<FONT SIZE=4><P>Inmediatamente debajo de este mensaje aparece el inductor de la l&iacute;nea de comandos de 'RasMol'. Si el programa se ejecuta en un sistema X windows, el programa determina el tipo de visualizaci&oacute;n que se emplea. Si la pantalla tiene un tamp&oacute;n de marco de color de 8 bit o de 24 bit, RasMol crea otra ventana, que se usa para visualizar opciones de men&uacute; y las im&aacute;genes que RasMol devuelve. Si hay solo una ventana disponible, RasMol solo podr&aacute; ser empleado desde la l&iacute;nea de comandos. Los comandos pueden ser escritos para manipular el modelo, y para dar salida a la imagen generada hac&iacute;a un archivo de salida.</P>
<P ALIGN="JUSTIFY">Si el programa corre bajo entorno X Windows con una ventana de color disponible, RasMol crea una ventana adicional para exhibir la mol&eacute;cula dada interact&iacute;vamente, conforme es manipulada. Si RasMol no corre bajo entorno X Windows, el programa responder&aacute; con el mensaje "No se detect&oacute; un display utilizable". RasMol puede ser manejado de forma que no presente una ventana gr&aacute;fica, usando la opci&oacute;n de l&iacute;nea de &oacute;rdenes "nodisplay". Esto es particularmente &uacute;til para usar RasMol como proceso en "en el fondo" (batch).</P>

<P>
&nbsp;</P>

<P>
Es posible especificar el nombre de un archivo de coordenadas o bien de un
<B>script</B>, o ambos, en la l&iacute;nea de &oacute;rdenes UNIX/VMS. El
formato para hacerlo es a&ntilde;adir la opci&oacute;n "-<B> script</B> "nombre
de archivo" a la l&iacute;nea de comandos. Un archivo de coordenadas puede
cargarse colocando su nombre en la l&iacute;nea de &oacute;rdenes, precedido de
la opci&oacute;n del formato de archivo. Si no se especifica el tipo de
archivo, por defecto se asumir&aacute; que es PDB. Las opciones v&aacute;lidas
son: '-pdb', '-mdl', '-mol2', '-xyz', '- alchemy' o '-charmm', que se
corresponden a Brookhaven, MDL Mole, Sybyl Mol2, xyz de MSC, Alchemy y CHARMm
respectivamente. Si simult&aacute;neamente se especifican tanto un archivo,
como un <B>script</B> en la l&iacute;nea de comandos, la mol&eacute;cula se
carga primero y despu&eacute;s los comandos del <B>script</B> se aplican a
&eacute;l. Si el archivo no se encuentra, el programa muestra el mensaje de
error "Error: File not found!" y el usuario recibe el inductor de RasMol.</P>

<P ALIGN="JUSTIFY">Para cerrar RasMol, el usuario puede escribir el comando
"quit" en el inductor de "RasMol", y el programa volver&aacute; al inductor de
usuario de UNIX. Alternativamente, si un inductor distinto del principal de
RasMol se visualiza, el usuario puede pulsar control-C (^C) para dejar el
programa. El mensaje '***Quit***' aparece en la consola, antes del usual
inductor de unix sea mostrado de nuevo. Otra forma de terminar el programa es
seleccionando la opci&oacute;n Quit del men&uacute;, al fondo del men&uacute;
principal. <A NAME="go_mswin"></P>
<P ALIGN="JUSTIFY">&nbsp;</P>
</FONT><H3>Ejecutando RasMol bajo Microsoft Windows</H3>
<FONT SIZE=4><P ALIGN="JUSTIFY"></A>Para arrancar RasMol en Microsoft Windows, haga doble clic en el icono RasMol del gestor de programas. Cuando RasMol arranca por primera vez el programa muestra una ventana principal &uacute;nica con un fondo negro y adem&aacute;s provee de una ventana para la l&iacute;nea de comandos, minimizada, como un icono (win 3.x) o en la barra de funciones (95 y NT). La l&iacute;nea de comandos puede ser maximizada.</P>
<P ALIGN="JUSTIFY">Se puede especificar el nombre de un archivo de coordenadas at&oacute;micas o el nombre de un <B>script</B> o ambos en la ventana de l&iacute;nea de comandos. El formato ser&aacute; para un archivo <B>script</B> a&ntilde;adir la opci&oacute;n '-<B> script</B> &lt;nombre-del-archivo&gt;'a la l&iacute;nea de comando. Un archivo de coordenadas moleculares se especifica escribiendo su nombre en la l&iacute;nea de comandos, opcionalmente precedido por la opci&oacute;n de tipo de formato. Si no se especifica el tipo de archivo, por defecto se asumir&aacute; que es PDB. Las opciones v&aacute;lidas son: '-pdb', '-mdl', '-mol2', '-xyz', '- alchemy' o '-charmm', -'mopac' y 'CIF' que se corresponden con los formatos Protein Data Bank, Mol de Molecular Design Limited, Sybyl Mol2 de Tripos, XMOL xyz de MSC, Alchemy de Tripos, CHARMm, MOPAC de J. P. Stewart y CIF o mmCIF de la Uni&oacute;n Internacional de Cristalogr&aacute;f&iacute;a, respectivamente. Si simult&aacute;neamente se especifican tanto un archivo, como un <B>script</B> en la l&iacute;nea de comandos, la mol&eacute;cula se carga primero y despu&eacute;s los comandos del <B>script</B> se aplican a &eacute;l. Si el archivo no se encuentra, el programa muestra el mensaje de error "Error: File not found!" y ante el usuario recibe el inductor de RasMol. <A NAME="go_mac"></P>
</FONT><H3>&nbsp;</H3>
<H3>Ejecutando RasMol en el Macintosh/PPC de Apple </H3>
<FONT SIZE=4><P></A>Para usar RasMol en un Macintosh, haga doble clic en el
icono de RasMol empleando "Finder". Al empezar RasMol el programa muestra dos
ventanas, la de encima (con el fondo negro) es la ventana gr&aacute;fica o
"canvas" y la de abajo (de fondo blanco) es la ventana de la l&iacute;nea de
comandos de RasMol. RasMol en un Macintosh puede arrancar, tambi&eacute;n
clicando por duplicado en un archivo creado por la aplicaci&oacute;n con la
firma 'RSML'. Esto arrancar&aacute; la aplicaci&oacute;n y dar&aacute; paso al
archivo seleccionado para ser cargado. No hay forma de especificar el formato
del archivo en la l&iacute;nea de &oacute;rdenes en un Macintosh por lo que
RasMol tiene que determinar el tipo de formato del archivo inspeccionando el
nombre. Los archivos del tipo 'RSML' se asume que son <B>script</B> de RasMol,
los del tipo 'mMOL' son asumidos como archivos MDL Mol y todos los dem&aacute;s
(principalmente 'TEXT') se asume que est&aacute;n en formato PDB. A diferencia
de las dem&aacute;s versiones de RasMol es imposible de especificar
simult&aacute;neamente un <B>script</B> y un archivo de coordenadas.</P>

<P> Arrastrando y soltando (dragging and dropping) los archivos <B>script</B>
sobre alias, o accesos directos de RasMol pueden fracasar debido a errores
respecto al directorio correcto. Hacer doble clic sobre un "<B> script</B>
puede tener las mismas consecuencias si existen diferentes copias del
programa.</P>

<P> Note que debido a que en un Macintosh solo una ocurrencia de cada
aplicaci&oacute;n puede correrse cada vez, si hiciera doble clic sobre otra
archivo clasificado como 'RSML', la copia activa de RasMol expulsar&aacute;
(</FONT><A HREF="#zap"><B><U><FONT
COLOR="#0000ff"><TT>zap</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>) la
mol&eacute;cula en uso y la substituir&aacute; por la reci&eacute;n
clicada.</P>

<P>
<A NAME="go_canvas"></A></P>
</FONT><H3>La ventana de RasMol</H3>
<FONT SIZE=4><P ALIGN="JUSTIFY">En cualquier plataforma RasMol muestra dos
ventanas, la principal de <B>gr&aacute;ficos</B> o <B>canvas</B> de fondo negro
y una segunda ventana para la <B>l&iacute;nea de comandos</B> o ventana
<B>terminal</B>. Encima de la ventana gr&aacute;fica (en un MacIntosh en la
parte superior de la pantalla) est&aacute; la barra de men&uacute;s de RasMol.
El contenido de esta barra cambia de plataforma a plataforma para soportar las
l&iacute;neas generales de la interfase gr&aacute;fica de usuario, sin embargo
todas las plataformas soportan los men&uacute;s desplegables 'File', 'Display',
'Colours', 'Export' y 'Options'. La ventana gr&aacute;fica tiene dos barras de
desplazamiento (scroll) a la derecha y abajo que pueden ser usadas para mover,
interact&iacute;vamente, la mol&eacute;cula.</P>

<P> &nbsp;Mientras el puntero del rat&oacute;n est&aacute; localizado en el
&aacute;rea de gr&aacute;ficos de la ventana principal, este ser&aacute;
representado como una cruz, para poder centrar los objetos susceptibles de ser
</FONT><A HREF="#go_picking"><FONT SIZE=4>picados</FONT></A><FONT SIZE=4>; en
cualquier otro caso aparecer&aacute; como una punta de flecha. Cualquier
car&aacute;cter que sea escrito en el teclado mientras la ventana
gr&aacute;fica est&eacute; 'enfocada' (lo que quiere decir que est&aacute;
activa) se redirecciona a la ventana de la l&iacute;nea de &oacute;rdenes. Esto
le proporciona la facilidad de no tener que pasar de una a otra ventana para
dar &oacute;rdenes a RasMol.</P>

<P ALIGN="JUSTIFY">La ventana principal puede redimensionarse en cualquier
momento de la sesi&oacute;n. Lo cual tiene por efecto reescalar la imagen
visualizada, si la hubiera. RasMol impone como limites al tama&ntilde;o de la
ventana el permitir visualizar las barras de desplazamiento y el men&uacute;
superior, y que todo junto ocupe una &uacute;nica pantalla. En m&aacute;quinas
con insuficiente memoria de video los intentos de agrandar la ventana pueden
fracasar, en cuyo caso RasMol produce el mensaje de error 'Renderer Error:
Unable to allocate frame buffer!' o similar (seg&uacute;n el sistema operativo
en que corra). </P>
<P ALIGN="JUSTIFY"><BR>
En los sistemas de visualizaci&oacute;n de 8 bits, cuando el n&uacute;mero de
colores requerido por el programa exceda los colores libres en la pantalla, el
programa usa su propio mapa de colores. El efecto es que temporalmente todo lo
que aparezca en la pantalla que no sea la ventana gr&aacute;fica de RasMol
aparece en falsos colores cuando el puntero del rat&oacute;n est&eacute; sobre
dicha pantalla. Si el puntero del rat&oacute;n se desplaza fuera de la pantalla
de visualizaci&oacute;n de RasMol, los colores originales de la otra ventana
vuelven, y la imagen sobre el fondo es a su vez mostrada en falso color. En
cuanto el n&uacute;mero de colores requerido vuelve a los l&iacute;mites de la
capacidad de la pantalla vuelve la normalidad.<!--MZ2 go_mouse section
added--><A NAME="go_mouse"></P>
</FONT><H3>&nbsp;</H3>

<H3>Controles del rat&oacute;n</H3>
<FONT SIZE=4><P ALIGN="JUSTIFY"></A>Aqu&iacute; se presenta un resumen de los controles clica-y-arrastra de rat&oacute;n de RasMol. El comando </FONT><A HREF="#setmouse"><FONT SIZE=4>set mouse</FONT></A><FONT SIZE=4> por defecto est&aacute; ajustado a <B>set mouse rasmol</B>, que proporciona los controles resumidos a continuaci&oacute;n. Sin embargo, tambi&eacute;n existen los modos <B>set mouse insight</B> y <B>set mouse quanta</B> (que no se muestran aqu&iacute;). </P></FONT>
<TABLE BORDER CELLSPACING=1 CELLPADDING=10>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">

<P>
<FONT SIZE=4>Acci&oacute;n</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Windows</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Macintosh</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Rotar X,Y</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Izquierda</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>No modificado</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Trasladar X,Y</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Derecha</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Comando*</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Rotar Z</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Shift-derecha</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Shift-Commando*</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Zoom</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Shift-izquierda</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Shift</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Plano seccionado (slab)</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Ctrl-izquierda</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Ctrl</FONT></TD>
</TR>
</TABLE>

<FONT SIZE=4><P>*En algunos Macs, la opci&oacute;n (Alt) tecla tiene el mismo
efecto que el comando "key" de RasMol.. </P>
</FONT><P><HR></P>
<H3><A NAME="go_scrollbars"></A>Barras de desplazamiento (Scroll)</H3>
<FONT SIZE=4><P ALIGN="JUSTIFY">La barra de desplazamiento (scroll bar) que
atraviesa la parte inferior del marco se usa para rotar la mol&eacute;cula
sobre el eje y, i.e. gira el punto mas pr&oacute;ximo de la mol&eacute;cula a
derecha o izquierda, mientras que la de la derecha del marco lo hace sobre el
eje x, i.e. el punto mas pr&oacute;ximo sube o baja. Cada una de estas barras
tiene un indicador que se&ntilde;ala la posici&oacute;n relativa de la
mol&eacute;cula. El punto inicial de este indicador es el centro de cada barra.
Esta barra de desplazamiento puede ser operado en otras dos formas. La primera
pulsando cualquier bot&oacute;n del rat&oacute;n en cualquier punto de la barra
de desplazamiento, indicando una rotaci&oacute;n relativa respecto a la
posici&oacute;n actual. El segundo es picando una de las flechas en los
extremos de las barras rotando la mol&eacute;culas en valores fijos. Rotar la
mol&eacute;cula por el segundo m&eacute;todo puede causar que los indicadores
de las barras de desplazamiento salten de un extremo a otro de la barra. Eso
indica una revoluci&oacute;n completa (desplazamiento de toda la longitud de la
barra). El &aacute;ngulo girado usando las flechas depende del tama&ntilde;o de
la ventana. <A NAME="go_picking"></P>
</FONT><H3>&nbsp;</H3>
<H3>Picando</H3>
<FONT SIZE=4><P></A>Para identificar un &aacute;tomo o enlace concreto que
est&eacute; visualiz&aacute;ndose, RasMol permite al usuario picar sobre
cualquier objeto que est&aacute; en pantalla.. El rat&oacute;n es utilizable
para este fin siempre que est&eacute; mostrando como puntero la cruz, y que
este puntero se encuentre sobre el objeto que se desea seleccionar. En ese
momento pulsar cualquier bot&oacute;n del rat&oacute;n tiene como resultado
seleccionarlo. En el caso de que el rat&oacute;n no este, exactamente sobre un
objeto RasMol se encarga de adjudicar la selecci&oacute;n al &aacute;tomo
m&aacute;s pr&oacute;ximo. </P>

<P> El programa dar&aacute; como salida en la ventana terminal (la de la
l&iacute;nea de comando), el tipo at&oacute;mico, n&uacute;mero de serie,
nombre y n&uacute;mero del residuo. Si el &aacute;tomo forma parte de una
cadena con nombre, este tambi&eacute;n se visualiza.. A continuaci&oacute;n se
dan dos ejemplos de la salida generada seleccionando un &aacute;tomo: </P>
</FONT><PRE>
     Atom:  CA 349       Group:   SER 70
     Atom:  O  526       Hetero:  HOH 205    Chain:  P</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La primera l&iacute;nea describe el carbono alfa de la serina 70 de una prote&iacute;na El n&uacute;mero de serie de PDB para este &aacute;tomo es el 349. La siguiente l&iacute;nea describe el &aacute;tomo de ox&iacute;geno de una mol&eacute;cula de agua unida a la cadena P de la mol&eacute;cula principal. La palabra 'Hetero' distingue las mol&eacute;culas heterog&eacute;neas (p. e. cofactores) de los residuos de la mol&eacute;cula principal, anotada como 'Group'. [Estos dos &aacute;tomos son descritos por las dos expresiones 'SER70.CA' y 'HOH205:P.O', respectivamente, cuando se usan los comados de RasMol <B>select</B> y <B>restrict</B>.] </P>

<P>
Clicar el rat&oacute;n sobre un &aacute;tomo puede ser una forma de identificarlo (orden <B>identify)</B>, pero tambi&eacute;n para hallar las distancias (<B>distances</B>) entre dos &aacute;tomos<B> </B>(o para activar un monitor distante (<B>distance monitor</B>)), o el angulo de enlace (<B>the bond angle) </B>definido por 3 &aacute;tomos, el angulo de torsi&oacute;n (<B>torsion angle) </B>definido por 4 &aacute;tomos, activar o desactivar las etiquetas (<B>labels on</B> o <B>off</B>), o para especicar el centro de rotaci&oacute;n (<B>center of rotation) </B>. V&eacute;ase la orden </FONT><A HREF="#setpicking"><FONT SIZE=4>set picking</FONT></A><FONT SIZE=4> para detalles. </P>
</FONT><P>Caja de control<FONT SIZE=4> Si RasMol detecta una caja de control unida al puesto de trabajo del usuario, autom&aacute;ticamente se podr&aacute; manipular la mol&eacute;cula interact&iacute;vamente con los mandos. Una vez que RasMol arranca, marca los visualizadores LED sobre cada mando, 'ROTATE X', 'ROTATE Y', 'ROTATE Z' y 'ZOOM' en la fila superior de izquierda a derecha, y 'TRANS X', 'TRANS Y', 'TRANS Z' y 'SLAB' de izquierda a derecha en la fila de abajo. Rotando cada uno de los botones autom&aacute;ticamente se transformar&aacute; y revisualizar&aacute;, interact&iacute;vamente, la mol&eacute;cula. Los controles solo ser&aacute;n activos mientras el puntero del rat&oacute;n est&eacute; sobre la ventana gr&aacute;fica. Si varias aplicaciones simult&aacute;neamente usan la caja de controles, deben recordarse las etiquetas o marcas asignadas a cada programa, ya que cada aplicaci&oacute;n puede sobreescribir en los LEDS.</P>

<P>
La rotaci&oacute;n sobre los ejes X e Y actualizar&aacute; autom&aacute;ticamente los indicadores en las barras de desplazamiento apropiadas. Todos los mandos de rotaci&oacute;n giran la mol&eacute;cula 180 grados por cada vuelta completa del mando. El resto de los botones adecuan sus valores a los rangos permitidos; girar esos diales mas all&aacute; de sus l&iacute;mites no provoca efecto alguno. El centro de rotaci&oacute;n de la mol&eacute;cula puede cambiarse con el comando </FONT><A HREF="#centre"><FONT SIZE=4>centre</FONT></A><FONT SIZE=4> desde la l&iacute;nea de comandos, o con la orden </FONT><A HREF="#setpicking"><FONT SIZE=4>set picking centre</FONT></A><FONT SIZE=4> seguidos por un clic de rat&oacute;n.</P>

<P>
El mando 'ZOOM' permite ampliar interact&iacute;vamente la mol&eacute;cula entre el 10% y el 200% del tama&ntilde;o fijado por defecto como el original. Girando el dial en el sentido de las agujas del reloj aumenta el tama&ntilde;o de la mol&eacute;cula y en el contrario la disminuye. Una revoluci&oacute;n del mando se corresponde con el 100% de cambio de tama&ntilde;o. </P>

<P>
El mando 'SLAB', que solo es efectivo cuando la opci&oacute;n <B>slab</B> est&aacute; activada, permite al usuario desplazar el plano frontal desde el punto m&aacute;s pr&oacute;ximo al mas lejano. Una rotaci&oacute;n completa del bot&oacute;n <B>slab </B>se corresponde con un movimiento equivalente a la mitad de la distancia entre &eacute;l m&aacute;s pr&oacute;ximo y &eacute;l m&aacute;s lejano de la mol&eacute;cula. El giro en el sentido de las agujas del reloj acerca el plano al usuario (incrementando el n&uacute;mero de objetos visibles), y el contrario lo aleja (eliminando objetos de la visualizaci&oacute;n). </P>

<P>
El modo de rebanado (<B>slab</B>) tecleando la orden 'slab on' en la l&iacute;nea de comandos o activando la opci&oacute;n slab del men&uacute; de opciones. </P>

<P>
Desplazar a lo largo de los ejes X e Y permite mover el centro de la mol&eacute;cula en la zona gr&aacute;fica de la pantalla. Rotaci&oacute;n y ampliaci&oacute;n tambi&eacute;n se ejecutan respecto al centro de rotaci&oacute;n y al de la mol&eacute;cula, respectivamente, que a men&uacute;do pueden no coincidir con el centro de la zona gr&aacute;fica. El mando TRANS Z no tiene efecto por el momento. </P>

<P>
&nbsp;</P>
</FONT><H3>Interface de l&iacute;nea de comandos</H3>
<FONT SIZE=4><P>RasMol permite ejecutar comandos de forma interactiva tecle&aacute;ndolos en la ventana de terminal (command line). Los caracteres tecleados son procesados en la l&iacute;nea de comandos. Cada orden debe darse como una l&iacute;nea separada terminada pulsando retorno de carro. Las palabras clave (&oacute;rdenes o comandos) son caso insensibles y por tanto no diferencian may&uacute;sculas de min&uacute;sculas. Todos los espacios en blanco (as&iacute; como tabuladores y alimentaci&oacute;n de hojas), excepto aquellos que separan palabras clave de argumentos, son ignorados. Una restricci&oacute;n interna limita el tama&ntilde;o de la l&iacute;nea a 256 caracteres. Los delimitadores de cadenas son las comillas dobles o sencillas. La colocaci&oacute;n del car&aacute;cter "n&uacute;mero" # o sostenido (a veces en espa&ntilde;ol se le llama barrilete) sin comillas termina la l&iacute;nea, lo que permite su uso para l&iacute;neas de comentarios. </P>

<P>
Si se detecta un error sint&aacute;ctico a la entrada de un comando interactivo, RasMol indica la localizaci&oacute;n del error en la orden colocando el car&aacute;cter '^' debajo de la palabra o letra incorrecta o incoherente, y escribiendo un mensaje de error en la l&iacute;nea siguiente. Si el comando no es reconocido por RasMol, el programa genera el texto 'Unrecognised command!' y restaura el inductor (prompt principal). Si la l&iacute;nea incluye informaci&oacute;n no requerida al final del comando y los argumentos, RasMol ejecutar&aacute; el comando, pero mostrar&aacute; el texto de advertencia 'Warning: Ignoring rest of command!'. Algunas &oacute;rdenes pueden pedir al usuario mas informaci&oacute;n. Cuando ocurre as&iacute; aparece un inductor diferente que se discutir&aacute; en la secci&oacute;n referencia de &oacute;rdenes. </P>

<P>
Cuando RasMol da como salida de pantalla un mensaje de error de diagn&oacute;stico o de aviso debido a la selecci&oacute;n inadecuada de una orden alojada en los men&uacute;s desplegables, la l&iacute;nea de &oacute;rdenes actual se limpia. El inductor se revisualiza a continuaci&oacute;n del mensaje interno. </P>
</FONT><H3>Edici&oacute;n de la l&iacute;nea de &oacute;rdenes</H3>
<FONT SIZE=4><P>RasMol permite una edici&oacute;n b&aacute;sica de la l&iacute;nea de comandos. Tanto la tecla espacio atr&aacute;s (backspace), como suprimir (delete), como ^H (Control-H) borra el car&aacute;cter previo, mientras que ^D puede usarse para eliminar el car&aacute;cter que hay bajo el cursor. Otros varios caracteres pueden emplearse para mover el cursor a lo largo de la l&iacute;nea. Los caracteres ^B, ^F, ^A y ^E mueven el cursor atr&aacute;s un &uacute;nico espacio, adelante un solo espacio, al principio de la l&iacute;nea, o al final de ella, respectivamente. Si el cursor no est&aacute; al final de la l&iacute;nea, los caracteres tecleados se insertan en la l&iacute;nea sin eliminar a los existentes. Tras la edici&oacute;n un retorno de carro entrar&aacute; la informaci&oacute;n, sin importar donde est&eacute; el cursor. Ya que RasMol es incapaz de mover el cursor arriba, a la anterior l&iacute;nea, se debe cuidar la edici&oacute;n de comandos que ocupen varias. En el caso de otro proceso interrumpa o interfiera con la edici&oacute;n, el car&aacute;cter ^L puede usarse para revisualizar la l&iacute;nea en pantalla. </P>

<P>
RasMol mantiene una historia de las &oacute;rdenes usadas recientemente, de tal forma que no se necesita reescribir repetidamente. Control P ^P en la l&iacute;nea de comandos recupera el anterior comando y control N ^N el siguiente. Estas &oacute;rdenes pueden ser editadas como se describe mas adelante. Movi&eacute;ndose atr&aacute;s y adelante en la historia de las &oacute;rdenes se deshacen las modificaciones creadas en la orden editada. El n&uacute;mero de comandos retenidos depende de su longitud. RasMol puede retener mas &oacute;rdenes cortas y menos si son largas. </P>

<P>
Los usuarios de Microsoft Windows o de X windows y aquellos con un terminal 'vt100' compatible (como p.e. un 'xterm') pueden usar los caracteres de control del teclado para el puntero (las flechas) para hacer mas r&aacute;pida la manipulaci&oacute;n de la historia de &oacute;rdenes. Las flechas derecha e izquierda tienen el mismo efecto que control F ^F y control B ^B, y mueven adelante y atr&aacute;s un car&aacute;cter cada vez.. Las flechas arriba y abajo simulan ^P y ^N, evocando las &oacute;rdenes anterior y posterior respectivamente. </P>

<P>
<!-- Added the following paragraph. WM -->Los Usuarios de la versi&oacute;n para Macintosh pueden usar las cuatro flechas del cursor para desplazarse arriba y abajo por las sucesivamente ejecutadas l&iacute;neas de &oacute;rdenes; y atr&aacute;s y adelante en una l&iacute;nea concreta. Pulsar 'return' o 'enter' en cualquier momento lleva a la ejecuci&oacute;n del contenido de la l&iacute;nea actual, <I>e.g.</I> seleccionada o editada. </P>

<P>
<A NAME="go_dimensions"></A></P>
<B><P>Dimensiones en RasMol</P>
</B><P>Todas las dimensiones en RasMol, como radios y distancias, pueden especificarse tanto en unidades RasMol como en Angstroms. Las unidades RasMol fueron creadas para poder especificar valores de tama&ntilde;os razonables para operaciones ejecutadas en RasMol. Una unidad RasMol se corresponde con 1/250 de Angstrom,asi que sus valores aparecen principalmente como cientos. Por esta raz&oacute;n, si a RasMol se le da una distancia dada en cifras que no contengan decimales se asume que son unidades RasMol. Por ejemplo, el comando 'spacefill 300' especifica una esfera con un radio de 300 unidades RasMol, o sea 1.2 Angstroms. </P>

<P>
Sin embargo, las dimensiones en RasMol se pueden especificar, tambi&eacute;n, en Angstroms colocando un punto decimal en el n&uacute;mero. Por ejemplo, 'spacefill 1.2' especifica una esfera con el radio en Angstroms. Esto es particularmente &uacute;til para la distancia de corte en expresiones con par&aacute;metro 'within' (en). </P>

<P>
<A NAME="go_ini"></A></P>
</FONT><H3><A NAME="go_interprocess"></A>Archivos de inicializaci&oacute;n de arranque</H3>
<FONT SIZE=4><P>Cada vez que se arranca RasMol, busca un archivo de comandos de inicializaci&oacute;n para ejecutarlo antes de presentar el prompt (inductor)al usuario. Este archivo se llama <B>.rasmolrc</B> en sistemas UNIX, y <B>RASMOL.INI</B> en sistemas VMS y Microsoft Windows. El formato y la ejecuci&oacute;n de este archivo es id&eacute;ntico tal de un archivo <B>script</B> de RasMol. </P>

<P>
RasMol busca, en primer lugar, el archivo de inicializaci&oacute;n en el directorio actual, y si no lo encuentra, en el hogar ("home") del usuario. En todos los sistemas la variable de entorno <B>HOME</B> se puede emplear para nombrar el directorio hogar apropiado. Si no existe un archivo personal de inicializaci&oacute;n se leer&aacute; el archivo <B>rasmolrc</B> (o <B>RASMOLRC</B>) en el directorio del sistema RasMol al que apunte la variable de entorno <B>RASMOLPATH</B>. Este directorio deber&iacute;a contener tambi&eacute;n el archivo de ayuda on-line <B>rasmol.hlp</B>. En sistemas UNIX, RASMOLPATH se ajusta, t&iacute;picamente para ser '/usr/local/lib/rasmol'. </P>

<P>
A diferencia de la orden <B>script</B>, .<B>rasmolrc</B>, no generar&aacute; un mensaje de error si no encuentra el archivo. El archivo del sistema <B>rasmolrc</B> se emplea com&uacute;nmente por los gestores de sistemas para visualizar informaci&oacute;n sobre la instalaci&oacute;n local y para que quien necesita ayuda reciba una orden eco de RasMol detallando un n&uacute;mero de tel&eacute;fono, o direcci&oacute;n de correo electr&oacute;nico para contactar.</P>
</FONT><H3>Comunicaci&oacute;n entre procesos</H3>
<FONT SIZE=4><P>RasMol soporta Comunicaci&oacute;n entre procesos (Inter Process Communication (IPC)) en una u otra forma, en cualquier plataforma. En Microsoft Windows, IPC se implementa usando Dynamic Data Exchange (DDE), en un MacIntosh IPC se implementa usando Apple Events y en un sistema X Windows IPC se implementa usando el protocolo de comunicaci&oacute;n de John Ousterhaut Tcl/Tk.</P>

<P>
Cuando RasMol arranca en un sistema <B>X window</B> se registra ante el servidor X window como un <B>interprete</B> <B>Tcl</B>. Desde una aplicaci&oacute;n Tcl tal como 'wish', se puede usar &oacute;rdenes Tcl 'winfo interps' para determinar el interpretre registrado actualmente en la pantalla. En primera instancia RasMol se registra como 'rasmol', en segunda instancia como 'rasmol2', en tercera como 'rasmol #3' y as&iacute; sucesivamente. El interprete Tcl puede f&aacute;cilmente enviar una orden a rasmol empleando el comando <B>send </B>interconstruido. RasMol interpreta el par&aacute;metro de cadena para la orden <B>send</B> no como una funci&oacute;n Tcl para ejecutar, sino como una orden de RasMol. As&iacute;, teclear 'send {rasmol} {background red}' en el interprete deseado causar&aacute; que la ventana de visualizaci&oacute;n de RasMol cambie de color. Usando lo mismo codificado como protocolo Microsoft's DDE Execute, pueden enviarse &oacute;rdenes m&uacute;ltiplesen un &uacute;nico 'send', colocando los comandos consecutivamente entre corchetes. RasMol ejecutar&aacute; todos los comandos que haya en un 'send' antes de refrescar una pantalla. </P>

<P>
En <B>Microsoft Windows</B>, RasMol soporta un protocolo DDE completo. Las funciones m&aacute;s simples son accesibles enviando una orden de ejecuci&oacute;n DDE a la aplicaci&oacute;n 'RasWin' y alguna especificaci&oacute;n. Esto arrancar&aacute; una conversaci&oacute;n DDE con la mas recientemente arrancada instancia de RasMol. Aunque cualquier tema puede ser especificado, se recomienda emplear 'System' y/o 'RemoteControl'. De nuevo los contenidos del paquete ejecutable es una cadena para su ejecuci&oacute;n por RasMol. Si el primer car&aacute;cter distinto de espacio en blanco es una apertura de corchetes, la cadena se interpreta como una secuencia de &oacute;rdenes encadenadas entre corchetes; pero la cadena puede constar de un &uacute;nico comando. Los comandos entre corchetes opcionalmente pueden separarse por espacios y/o dos puntos. RasMol puede tambi&eacute;n actuar como un 'servidor de datos' soportando uniones (links) calientes, fr&iacute;os y templados. Los items DDE actualmente soportados incluyen 'Name', 'Image', 'Pick', 'Count' que significan nombre de mol&eacute;cula, imagen actualmente visualizada (en formato Microsoft DIB), la expresi&oacute;n &aacute;tomo del &uacute;ltimo &aacute;tomo picado (o una cadena vac&iacute;a) y el n&uacute;mero de &aacute;tomos seleccionados, respectivamente. Usar un enlace caliente o templado (hot o warm link) en el item 'Pick', p.e., permite que una aplicaci&oacute;n como Microsoft Word, Excel o Visual Basic responda cada vez que el usuario pica un &aacute;tomo en RasMol. </P>

<P>
RasMol en un <B>Apple Macintosh</B> soporta <B>AppleEvents</B>. Actualmente solo soporta los cuatro sucesos del n&uacute;cleo, abrir aplicaci&oacute;n, abrir documento, imprimir documento y salir de todo, ya que abrir documento determina sus acciones por la firma de tipo de documento se puede usar para implementar un IPC gen&eacute;rico. Debido a que RasMol para Macintosh trata todos los archivos de tipo 'RSML' como <B>script</B> (guiones), solo se necesita que la aplicaci&oacute;n que env&iacute;a coloque todos los comandos para ser ejecutados en un archivo temporal, ajustar el tipo del archivo a 'RSML' y entonces enviar a RasMol un "abrir documento AppleEvent" con el nombre del archivo como par&aacute;metro. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="chcomref"></P>
</FONT><H2>Referencia de &oacute;rdenes</H2>
<FONT SIZE=4><P></A>RasMol permite ejecutar comandos interactivos tecleados tras el inductor "<B>RasMol</B>" en la ventana de la l&iacute;nea de comandos. Las &oacute;rdenes se dan siempre en l&iacute;neas separadas. Se pueden utilizar tanto letras may&uacute;sculas como min&uacute;sculas para los comandos, ya que es insensible a esta caracter&iacute;stica. Los espacios en blanco son ignorados excepto en aquellos casos en los que sirvan para separar las &oacute;rdenes de sus argumentos. </P>

<P>
A continuaci&oacute;n presentamos una lista de los comandos y claves reconocidos actualmente por RasMol. </P></FONT>
<P ALIGN="CENTER"><CENTER><TABLE BORDER CELLSPACING=1 CELLPADDING=2>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#backbone"><FONT SIZE=4>Backbone</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#background"><FONT SIZE=4>Background</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#bond"><FONT SIZE=4>Bond</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#cartoon"><FONT SIZE=4>Cartoon</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#centre"><FONT SIZE=4>Centre</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#clipboard"><FONT SIZE=4>Clipboard</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#colour"><FONT SIZE=4>Colour</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#connect"><FONT SIZE=4>Connect</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
</TR>

<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#spacefill"><FONT SIZE=4>CPK</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#define"><FONT SIZE=4>Define</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#depth"><FONT SIZE=4>Depth</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#dots"><FONT SIZE=4>Dots</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#echo"><FONT SIZE=4>Echo</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#english"><FONT SIZE=4>English</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#quit"><FONT SIZE=4>Exit</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#french"><FONT SIZE=4>French</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
</TR>

<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#hbonds"><FONT SIZE=4>HBonds</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#help"><FONT SIZE=4>Help</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#italian"><FONT SIZE=4>Italian</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#label"><FONT SIZE=4>Label</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#load"><FONT SIZE=4>Load</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#molecule"><FONT SIZE=4>Molecule</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#monitor"><FONT SIZE=4>Monitor</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#pause"><FONT SIZE=4>Pause</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
</TR>

<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#print"><FONT SIZE=4>Print</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#quit"><FONT SIZE=4>Quit</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#refresh"><FONT SIZE=4>Refresh</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#renumber"><FONT SIZE=4>Renumber</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#reset"><FONT SIZE=4>Reset</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#restrict"><FONT SIZE=4>Restrict</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#ribbons"><FONT SIZE=4>Ribbons</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#rotate"><FONT SIZE=4>Rotate</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
</TR>

<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#save"><FONT SIZE=4>Save</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#script"><FONT SIZE=4>Script</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#select"><FONT SIZE=4>Select</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#set"><FONT SIZE=4>Set</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#show"><FONT SIZE=4>Show</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#slab"><FONT SIZE=4>Slab</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#script"><FONT SIZE=4>Source</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#spacefill"><FONT SIZE=4>Spacefill</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
</TR>

<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#spanish"><FONT SIZE=4>Spanish</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#ssbonds"><FONT SIZE=4>SSBonds</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#star"><FONT SIZE=4>Star</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#stereo"><FONT SIZE=4>Stereo</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#strands"><FONT SIZE=4>Strands</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#structure"><FONT SIZE=4>Structure</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#backbone"><FONT SIZE=4>Trace</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#translate"><FONT SIZE=4>Translate</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
</TR>

<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#unbond"><FONT SIZE=4>UnBond</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#wireframe"><FONT SIZE=4>Wireframe</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#write"><FONT SIZE=4>Write</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#zap"><FONT SIZE=4>Zap</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#zoom"><FONT SIZE=4>Zoom</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
</TR>
</TABLE>
</CENTER></P>


<P>
<HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="backbone"></P>
</FONT><H3></A>Backbone</H3>
<FONT SIZE=4><!-- MZ3 backbone section revised re: trace --><!-- MZ3 added dashes-->
<PRE>
Sintaxis:  backbone {&lt;booleano&gt;}
           backbone &lt;valor&gt;
           backbone dashes</PRE>
<FONT SIZE=4><P ALIGN="JUSTIFY">La orden "<B>backbone</B>" de RasMol hace posible la representaci&oacute;n del esqueleto del polip&eacute;ptido como una serie de enlaces que conectan los carbonos alfas adyacentes de cada amino&aacute;cido en una cadena. La visualizaci&oacute;n de estos enlaces a lo largo del eje de la mol&eacute;cula se activa o desactiva con el par&aacute;metro de la orden, al igual que con la orden </FONT><A HREF="#wireframe"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>wireframe</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>. Con la orden "<B>backbone off</B>" se desactivan los "enlaces" seleccionados y con "<B>backbone on</B>" o un n&uacute;mero se activan. El n&uacute;mero puede ser utilizado para especificar en unidades angstroms o unidades de rasmol el radio del cilindro de la representaci&oacute;n. Un valor de par&aacute;metro de 500 (2.0 angstroms) o mayor puede resultar en un error que aparecer&aacute; como "Valor del par&aacute;metro demasiado grande" (Parameter value too large). Los elementos de la representaci&oacute;n se pueden colorear utilizando el comando de RasMol </FONT><A HREF="#colour"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>colour backbone</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>.</P>
</FONT><FONT SIZE=4><P>Esta orden se puede utilizar como uno de los conjunto predefinido ("help sets") y como un par&aacute;metro para las &oacute;rdenes "<B>set hbond</B>" y "set ssbond". El comando de RasMol </FONT><A HREF="#trace"><B><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>trace</B></FONT></A><FONT SIZE=4> es sin&oacute;nimo de "backbone", en contraste con </FONT><B><TT>backbone</B></TT><FONT SIZE=4> que conecta los carbonos alfa mediante l&iacute;neas rectas.</P>

<P>
Este "esqueleto" puede visualizarse "borrado" usando la orden
'</FONT><B><TT>backbone dash</B></TT><FONT SIZE=4>'. </P>
</FONT>
</FONT>
<P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="background"></P>
</FONT><H3></A>Background</H3><FONT SIZE=4>
<PRE>
Sintaxis:  background &lt;color&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P ALIGN="JUSTIFY">La orden de RasMol <B>background</B> selecciona el color del "lienzo" de fondo. El color pude ser determinado a trav&eacute;s del nombre del color o por medio de componentes triples de Rojo, Verde y Azul (RVA) separados por comas y delimitados por corchetes. Al teclear la orden </FONT><A HREF="#help"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>help colours</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> se obtendr&aacute; una lista de los nombres de colores predefinidos y reconocidos por RasMol. Si se utiliza X Windows, RasMol es capaz de reconocer aquellos colores que se encuentran en la base de datos de nombres de colores del servidor X.</P>

<P>
La orden <B>background</B> es sin&oacute;nima de </FONT><A HREF="#setbackground"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>set background</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="cartoon"></P>
</FONT><H3>Cartoon</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  cartoon &lt;n&uacute;mero&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P ALIGN="JUSTIFY">La orden de RasMol </FONT><B><TT>cartoon</B></TT><FONT SIZE=4> extiende las representaciones de cintas para permitir mostrar la representaci&oacute;n de Richardson (MolScript). Actualmente se implementan como cintas delgadas. La forma mas simple de obtener este tipo de representaci&oacute;n es su uso desde el men&uacute; "display". Si empleamos la orden "cartoon" <number>o "cartoons" en la l&iacute;nea de &oacute;rdenes <number>de RasMol se ver&aacute;n as&iacute; representados los residuos seleccionados actualmente como una cinta estrecha, cuya anchura de especifica con los argumentos de la orden. Si usamos la orden cartoons sin par&aacute;metro alguno el ancho de las cintas tomar&aacute; del tipo de estructura secundaria de la prote&iacute;na, tal y como se describe en el comando ribbons. Por defecto, el extremo C-terminal de las hojas beta representar&aacute; como la cabeza de la flecha..</P>

<P>
Todo esto puede mejorarse o desactivarse usando la orden </FONT><A HREF="#setcartoon"><FONT SIZE=4>set cartoons <boolean></FONT></A><FONT SIZE=4>. La profundidad de la cinta se puede fijar usando el comando. Este comando, sin par&aacute;metro devuelve ambas opciones a sus valores por defecto. </P>
</FONT>
</FONT>
<P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="centre"></P>
</FONT><H3>Centre</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  centre {&lt;expresi&oacute;n&gt;} {translate|center}
           center {&lt;expresi&oacute;n&gt;} {translate|center}</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden <B>center</B> determina el punto alrededor
del que la orden </FONT><A HREF="#rotate"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>rotate</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> 
</FONT><FONT SIZE=4>y las barras de desplazamiento hacen girar la mol&eacute;cula
en cuesti&oacute;n. Sin un par&aacute;metro, la orden "centre" reubica el
centro de rotaci&oacute;n en el centro de gravedad de la mol&eacute;cula.
Si se especifica una expresi&oacute;n de &aacute;tomo, RasMol hace girar
la mol&eacute;cula alrededor del centro de gravedad del grupo de &aacute;tomos
especificados por la expresi&oacute;n. Por lo tanto, si la expresi&oacute;n
especifica un &uacute;nico &aacute;tomo, dicho &aacute;tomo permanecer&aacute;
"inm&oacute;vil" durante las rotaciones.</P>
<P>
Teclee '</FONT><A HREF="#help"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>help expression</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>'
para obtener mas informaci&oacute;n sobre cualquier orden.</P>

<P>
Alternativamente la acci&oacute;n de centrar puede darse mediante una coma
separada por los 3 valores [CenX, CenY, CenZ] en unidades RasMol (1/250 of
an &Aring;ngstrom) a partir del centro de gravedad de la mol&eacute;cula El
triplete debe ser encerrado entre corchetes. </P>

<P>
<p>
 Las formas opcionales
'<tt><b>centre ... translate</b></tt>'
y
'<tt><b>centre ... center</b></tt>'
puede ser utilizado especificar el uso del
centro desplazado de la rotaci&#243;n (no no necesariamente en el centro de la lona)
o un centrode la rotaci&#243;n que se pone en el centro de la lona.
Comenzando con RasMol 2.7.2, el valor por defecto es centrar el nuevo
eje en la lona.

</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="clipboard"></P>
</FONT><H3>Clipboard</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  clipboard</PRE>
<FONT SIZE=4><P ALIGN="JUSTIFY">La orden de RasMol <B>clipboard</B> coloca la imagen representada en un determinado momento en "clipboard" de gr&aacute;ficos local. </P>
<P ALIGN="JUSTIFY">Nota: esta orden a&uacute;n no se puede utilizar con los sistemas UNIX o VMS; est&aacute; ideada para hacer m&aacute;s f&aacute;cil la transferencia de im&aacute;genes entre aplicaciones bajo Microsoft Windows o Apple Macintosh</P>
<P ALIGN="JUSTIFY">Si se est&aacute; operando con el programa RasMol sobre los sistemas UNIX y VMS, esta funci&oacute;n se puede realizar generando una "imagen rendida" (raster image) en un formato que el programa receptor puede leer usando la orden de RasMol </FONT><A HREF="#write"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>write</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="colour"></P>
</FONT><H3>Colour</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  colour {&lt;objecto&gt;} &lt;color&gt;
           color {&lt;objecto&gt;} &lt;color&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P ALIGN="JUSTIFY">Esta orden sirve para colorear los &aacute;tomos (u otros elementos) de la regi&oacute;n seleccionada. El color puede ser determinado a trav&eacute;s del nombre del color o de componentes triples de Rojo, Verde y Azul (RVA) separados por comas y delimitados por corchetes. Un triplete t&iacute;pico es [255,255,255] que representa el color blanco</FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>.</FONT><FONT SIZE=4> Al teclear el comando </FONT><A HREF="#chcolours"><B><FONT FACE="Courier" SIZE=2>help colours</B></FONT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><FONT SIZE=4>se obtendr&aacute; una lista de los nombres de colores predefinidos reconocidos por RasMol.</P>
<P ALIGN="JUSTIFY">Los objetos permitidos son </FONT><B><TT>atoms</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>, </FONT><B><TT>bonds</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>, </FONT><A HREF="#backbone"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>backbone</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>, </FONT><A HREF="#ribbons"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>ribbons</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>, </FONT><A HREF="#labels"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>labels</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>, </FONT><A HREF="#dots"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>dots</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>, </FONT><A HREF="#hbonds"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>hbonds</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>, </FONT><FONT SIZE=4>y</FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><A HREF="#ssbonds"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>ssbonds</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>.</FONT><FONT SIZE=4> Si no se especifica ning&uacute;n objeto, la clave que, por omisi&oacute;n, se adopta es <B>atom</B>. Cierto tipo de objetos definen algunos esquemas de colores.</P>
<P ALIGN="JUSTIFY">El esquema de color "none" (ninguno) puede ser aplicado a todos los objetos excepto &aacute;tomos (atoms) y puntos (dots), dejando claro que los objetos seleccionados no tienen color propio sino que usan el color de sus &aacute;tomos asociados (es decir, los &aacute;tomos que ellos conectan). Los elementos del &aacute;tomo se pueden colorear tambi&eacute;n por </FONT><A HREF="#cpkcolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>cpk</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>, </FONT><A HREF="#aminocolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>amino</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>, </FONT><A HREF="#chaincolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>chain</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>, </FONT><A HREF="#groupcolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>group</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>, </FONT><A HREF="#shapelycolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>shapely</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>, </FONT><A HREF="#structurecolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>structure</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>, </FONT><A HREF="#temperaturecolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>temperature</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>, </FONT><A HREF="#chargecolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>charge</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>, y </FONT><A HREF="#usercolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>user</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>. Con la ayuda de </FONT><A HREF="#hbondtypecolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>type</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>, se pueden colorear tambi&eacute;n los enlaces de hidr&oacute;geno y con </FONT><A HREF="#potentialcolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>electrostatic potential</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> las superficies de punto.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="connect"></P>
</FONT><H3>Connect</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  connect {&lt;booleano&gt;}</PRE>
<FONT SIZE=4><P ALIGN="JUSTIFY">La orden de RasMol <B>connect</B> obliga a RasMol a (re) calcular la conectividad de la mol&eacute;cula con la que estamos trabajando. Si el archivo original de entrada de datos conten&iacute;a informaci&oacute;n sobre la conectividad, se descarta. La orden <B>connect false</B> utiliza un algoritmo heur&iacute;stico muy r&aacute;pido adecuado para determinar el enlace en grandes biomol&eacute;culas tales como prote&iacute;nas o &aacute;cidos nucleicos. La orden <B>connect true</B> usa un algoritmo m&aacute;s lento pero m&aacute;s exacto basado en radios covalentes que es m&aacute;s apropiado para mol&eacute;culas que contienen elementos inorg&aacute;nicos o "anillos tensionados". Si no se introduce ning&uacute;n par&aacute;metro, RasMol determina qu&eacute; algoritmo utilizar tomando como base el n&uacute;mero de &aacute;tomos en el archivo. Una cantidad mayor que 255 &aacute;tomos hace que RasMol utilice la ejecuci&oacute;n m&aacute;s r&aacute;pida. Este es el m&eacute;todo aplicado para determinar el enlace, si es necesario, cuando una mol&eacute;cula es le&iacute;da en primer lugar utilizando la orden &quot;</FONT><A HREF="#load"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>load</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>&quot;.</P>

<P>
&nbsp;</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="define"></P>
</FONT><H3>Define</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  define &lt;identificador&gt; &lt;expresi&oacute;n&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden <B>define</B> permite al usuario asociar un grupo arbitrario de &aacute;tomos con un identificador &uacute;nico. Esto hace posible la definici&oacute;n de grupos definidos por el usuario. A estos grupos se les declara est&aacute;ticamente, es decir, una vez definidos, el contenido de los grupos no cambian, incluso si la expresi&oacute;n que los define depende de las transformaciones llevadas a cabo en ese preciso momento y de la representaci&oacute;n de la mol&eacute;cula.</P>
</FONT>

<P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="depth"></P>
</FONT><H3>Depth</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  depth {&lt;booleano&gt;}
           depth &lt;valor&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden de RasMol <B>depth</B> activa, desactiva, o 
sit&uacute;a el plano del detr&#225;s-truncamiento que corta el eje Z
de la mol&eacute;cula.
El programa s&oacute;lo dibuja aquellas porciones de la mol&eacute;cula 
que se encuentran m&aacute;s cercano al
espectador que el plano del detr&#225;s-truncamiento.
El n&uacute;mero entero valora el
rango a partir de la cero en el muy posterior de la mol&#233;cula a 100
que est&#225; totalmente delante de la mol&#233;cula. Valores intermedios determinan el porcentaje de la mol&eacute;cula 
que va a ser dibujada.
</P>
<p>
Este comando obra rec&#237;procamente con 
'<a href="#slab"><tt><b>slab &lt;valor&gt;</b></tt></a>'
ordene, que acorta al frente de un plano dado del
z-truncamiento.
</p>
</FONT>

<P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="dots"></P>
</FONT>
<H3>Dots</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  dots {&lt;booleano&gt;}
           dots &lt;valor&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P ALIGN="JUSTIFY">La orden <B>dots</B> se usa con el fin de generar una superficie de puntos Van der Waal alrededor de los &aacute;tomos seleccionados en un determinado momento. Las superficies de puntos visualizan puntos a una distancia regular en una esfera de radio Van der Waas alrededor de cada &aacute;tomo seleccionado. Aquellos puntos que estar&iacute;an ocultos dentro del radio de Van der Waal de cualquier &aacute;tomo (seleccionados o no) no se visualizan. La orden <B>dots on</B> borra cualquier superficie de puntos existentes y genera una superficie de puntos alrededor del conjunto de &aacute;tomos actualmente seleccionados con una densidad de error de puntos de 100. El comando <B>dots off</B> borra cualquier superficie de puntos existente. Podemos especificar la densidad de puntos proporcionando un par&aacute;metro num&eacute;rico entre 1 y 1000. Este valor corresponde aproximadamente al n&uacute;mero de puntos que aparece en la superficie de un &aacute;tomo de tama&ntilde;o medio.</P>
<P ALIGN="JUSTIFY">Por defecto, el color de cada punto en la superficie de
puntos es el mismo que el del &aacute;tomo que se encuentre m&aacute;s
pr&oacute;ximo a &eacute;l en el momento de generar la superficie. Con la orden
</FONT><A HREF="#colour"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>colour
dots</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><FONT
SIZE=4>podemos cambiar el color de la superficie de puntos completa.</P>

<P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="echo"></P>
</FONT><H3>Echo</H3>
<FONT SIZE=4>
</A>
<PRE>
Sintaxis:  echo {&lt;cadena&gt;}
</PRE>
<FONT SIZE=4><P ALIGN="JUSTIFY">La orden de RasMol <B>echo</B> se utiliza para visualizar un
mensaje en la pantalla del terminal de RasMol. El par&aacute;metro de cadena
puede ser opcionalmente delimitado en caracteres separados por comillas. Si no
especificamos ning&uacute;n par&aacute;metro, la orden <B>echo</B> visualiza
una l&iacute;nea en blanco. Este comando es especialmente &uacute;til a la hora
de visualizar un texto del archivo de RasMol <A
HREF="#script"><B><TT>script</B></TT></A></P>
</FONT>
<P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="english"></P>
</font><H3>English</H3>
<FONT SIZE=4><PRE></A>
Sintaxis:  English</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden de RasMol '<tt><B>English</B></tt>'
fija los men&uacute;s y los mensajes a las versiones inglesas.
Las &oacute;rdenes
'<a href="#french"><tt><b>French</b></tt></a>',
'<a href="#italian"><tt><b>Italian</b></tt></a>'
y '<a href="#spanish"><tt><b>Spanish</b></tt></a>'
se pueden utilizar para elegir los men&uacute;s y los mensajes en franc&eacute;s, italiano e
espa&ntilde;ol.
</p>
<FONT SIZE=4>

</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="french"></P>
</font><H3>French</H3>
<FONT SIZE=4><PRE></A>
Sintaxis:  French</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden de RasMol '<tt><B>French</B></tt>'
fija los men&uacute;s y los mensajes a las versiones francesas.
Las &oacute;rdenes
'<a href="#english"><tt><b>English</b></tt></a>',
'<a href="#italian"><tt><b>Italian</b></tt></a>'
y '<a href="#spanish"><tt><b>Spanish</b></tt></a>'
se pueden utilizar para elegir los men&uacute;s y los mensajes en ingl&#233;s, italiano e
espa&ntilde;ol.
</p>
<FONT SIZE=4>

</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="hbonds"></P>
</FONT><H3>HBonds</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  hbonds {&lt;booleano&gt;}
           hbonds &lt;valor&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden de RasMol '<tt><B>hbond</B></tt>' se utiliza para representar los enlaces de hidr&oacute;geno del eje de la mol&eacute;cula de prote&iacute;na. Esta informaci&oacute;n sirve para evaluar la estructura secundaria de la prote&iacute;na. Los enlaces de hidr&oacute;genos se representan como l&iacute;neas punteadas o cilindros entre los residuos donante y aceptante. La primera vez que usamos la orden <B>hbond</B>, el programa se encarga primeramente de buscar la estructura de la mol&eacute;cula con el fin de encontrar residuos enlazados de hidr&oacute;genos y despu&eacute;s de informar al usuario del n&uacute;mero de enlaces. La orden <B>hbonds on</B> visualiza los enlaces seleccionados como l&iacute;neas punteada y el comando <B>hbonds off</B> lo desactiva. Podemos cambiar el color de los elementos del enlace hidr&oacute;geno (hbond) con el comando </FONT><A HREF="#colour"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>colour hbond</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>. En un principio, cada enlace hidr&oacute;geno es del color de los &aacute;tomos conectados con &eacute;l.</P>


<P>
Por defecto, las l&iacute;neas punteadas aparecen entre el ox&iacute;geno aceptante y el nitr&oacute;geno donante. En su lugar, con la orden </FONT><A HREF="#sethbonds"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>set hbonds</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> se pueden utilizar las posiciones del carbono alfa de los residuos apropiados. Esto es especialmente &uacute;til cuando examinamos prote&iacute;nas en representaci&oacute;n de "eje" (<B>backbone</B>).</P>
</FONT><P><HR></P>
<H3><A NAME="help">Help</H3>
<PRE></A>
Sintaxis:  help {&lt;tema&gt; {&lt;subtema}}
           ? {&lt;tema&gt; {&lt;subtema&gt;}}</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden de RasMol </FONT><B><TT>help</B></TT><FONT SIZE=4> provee ayuda en l&iacute;nea (on-line) sobre un tema concreto. </P>
</FONT><P><A NAME="label"></P>





<P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><a name="italian" ></P>
</FONT><h3>Italian</h3><FONT SIZE=4>
<PRE></a>
Sintaxis:  Italian</pre>
<FONT SIZE=4><P>La orden de RasMol
'<tt><b>Italian</b></tt>'
fija los men&uacute;s y los mensajes a las versiones italianas.

Las &oacute;rdenes
'<a href="#english"><tt><b>English</b></tt></a>',
'<a href="#french"><tt><b>French</b></tt></a>'
y '<a href="#spanish"><tt><b>Spanish</b></tt></a>'
se pueden utilizar para elegir los men&uacute;s y los mensajes en ingl&eacute;s, franc&eacute;s e
espa&ntilde;ol.

</p>
<FONT SIZE=4>








<P>
<HR></P>
<H3>Label</H3>
<PRE></A>
Sintaxis:  label {&lt;cadena&gt;}
           label &lt;booleano&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden de RasMol "label" permite asociar una cadena de texto formateado aleatoriamente con cada &aacute;tomo seleccionado en un preciso momento. Esta cadena puede contener, ya insertados, especificadores de expansi&oacute;n (expansion specifiers) que visualizan las propiedades del &aacute;tomo al que se est&aacute; etiquetando. Un especificador de expansi&oacute;n consiste en un car&aacute;cter "%" seguido de un &uacute;nico car&aacute;cter alfab&eacute;tico que especifica la propiedad que va a ser visualizada (similar a la sintaxis printf de C). Se puede visualizar un car&aacute;cter "%" real usando el especificador de expansi&oacute;n "%%".</P>

<P>
Con el comando <B>label off</B> se desactiva el etiquetado de los &aacute;tomos seleccionados actualmente Por defecto, si no se designa ninguna cadena como par&aacute;metro, RasMol utiliza etiquetas adecuadas para la mol&eacute;cula con la que trabajamos. RasMol usa la etiqueta '%n%r:%c.%a' si la mol&eacute;cula contiene mas de una cadena, '%e%i' si la mol&eacute;cula tiene un &uacute;nico residuo (una mol&eacute;cula peque&ntilde;a) y '%n%r.%a'en el resto de los casos. </P>

<P>
La orden <B>colour label</B> hace posible el cambio de color (</FONT><A HREF="#colour"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>colour label</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>) </FONT><FONT SIZE=4>de cada etiqueta. Por defecto, cada etiqueta obtiene el mismo color que el del &aacute;tomo al que est&aacute; adjunta. Podemos cambiar el tama&ntilde;o del texto visualizado con la orden </FONT><A HREF="#setfontsize"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>set fontsize</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>. El ancho del trazo se puede modificar usando la orden '</FONT><A HREF="#setfontstroke"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>set fontstroke</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>'. </P>

<P>
Estos son los especificadores: </P>
</FONT><PRE>
    %a      Nombre del &aacute;tomo.
    %b %t   factor B/temperatura.
    %c %s   Identificador de cadena.
    %e      S&iacute;mbolo del elemento at&oacute;mico.
    %i      N&uacute;mero de seriado del &aacute;tomo.
    %n      Nombre del residuo en forma de c&oacute;digo de tres letras.
    %r      N&uacute;mero de residuo.
    %M      N&uacute;mero del modelo NMR (con direccionado "/")
    %A      Alternate Conformation Identificador de conformaci&oacute;n alternativa (con direccionado ";")</PRE>

<P>
&nbsp;</P>

<P>
<A NAME="load"></P>

<P>
<HR></P>
<H3>Load</H3>
<PRE></A>
Sintaxis:  load {&lt;formato&gt;} &lt;nombre de archivo&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>Carga un archivo de coordenadas moleculares en RasMol2. Los formatos
v&aacute;lidos son '</FONT><B><TT>pdb</B></TT><FONT SIZE=4>' (Protein Data Bank format),
'</FONT><B><TT>mdl</B></TT><FONT SIZE=4>' (formato MOL de Molecular Design Limited),
'</FONT><B><TT>alchemy</B></TT><FONT SIZE=4>' (formato de archivo Alchemy de Tripos),
'</FONT><B><TT>mol2</B></TT><FONT SIZE=4>' (formato Tripos' Sybyl Mol2),
'</FONT><B><TT>charmm</B></TT><FONT SIZE=4>' (CHARMm file format),
'</FONT><B><TT>xyz</B></TT><FONT SIZE=4>' (MSC's XMol XYZ file format),
'</FONT><B><TT>mopac</B></TT><FONT SIZE=4>' (J. P. Stewart's MOPAC file format) o
'</FONT><B><TT>cif</B></TT><FONT SIZE=4>' (formatos de archivoIUCr CIF o mmCIF).
Si no se especifica formato de archivo, por defecto se asumen
'</FONT><B><TT>PDB</B></TT><FONT SIZE=4>', '</FONT><B><TT>CIF</B></TT><FONT SIZE=4>',
o '</FONT><B><TT>mmCIF</B></TT><FONT SIZE=4>'.
Hasta 5 mol&eacute;culas se
pueden cargar al mismo tiempo.  Para eliminar una mol&eacute;cula antes de
cargar otro uso el comando RasMol
'<a href="#zap" ><tt><b>zap</b></tt></a>'.  Para seleccionar una mol&eacute;cula para la
manipulaci&#243;n utilice el comando RasMol
'<a href="#molecule" ><tt><b>molecule &lt;n&uacute;mero&gt;</b></tt></a>'.
</P>

<P>
La orden </FONT><B><TT>load</B></TT><FONT SIZE=4> selecciona todos los &aacute;tomos
de la mol&eacute;cula, centr&aacute;ndola en la pantalla y produciendo un modelo
coloreado (colores CPK) en el modelo de alambre (wireframe). Si la mol&eacute;cula 
no contiene enlaces (i.e. contiene solo carbonos alfa), se dibuja como un esquema 
(backbone) que une los carbonos alfa. Si el archivo especifica menos enlaces 
que &aacute;tomos, RasMol determina la conectividad usando la orden 
</FONT><A HREF="#connect"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>connect</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>.</P>

<P>
El comando </FONT><B><TT>load inline</B></TT><FONT SIZE=4>
tambi&eacute;n permite <B>almacenar coordenadas at&oacute;micas en 
scripts</B> para permitir una integraci&oacute;n mejor en los 
visualizadores WWW. Un comando <B>load</B> ejecutado dentro de 
un archivo <B>script</B> puede especificar la palabra </FONT><B><TT>inline</B></TT><FONT SIZE=4>
en lugar de un nombre de archivo. Esta opci&oacute;n especifica que las coordenadas 
de la mol&eacute;cula que se debe cargar se almacenan en el mismo archivo como 
las &oacute;rdenes que se est&aacute;n ejecutando. </P>

<P>
Habitualmente esto se usa con el formato de la orden </FONT><B><TT>load pdb
inline</B></TT><FONT SIZE=4>, seguida de un cierto n&uacute;mero de &oacute;rdenes y
finaliza con </FONT><B><TT>exit</B></TT><FONT SIZE=4>. La orden
</FONT><B><TT>exit</B></TT><FONT SIZE=4> termina la ejecuci&oacute;n del actual
<B>script</B> y devuelve el control a la l&iacute;nea de comandos (o el archivo
<B>script</B> desde el que se le que llam&oacute;). Esto significa que ninguna
l&iacute;nea que siga a </FONT><B><TT>exit</B></TT><FONT SIZE=4> ser&aacute;
interpretada por RasMol. Esta particularidad puede usarse para almacenar coordenadas
at&oacute;micas en archivos PDB, CIF o mmCIF. Un posible uso es incluir en un script
de RasMol un apropiado archivo PDB al vuelo. </P>
</FONT>




<P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><a name="molecule" ></P>
</FONT><h3>Molecule</h3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  molecule &lt;n&uacute;mero&gt;
</pre>
<p>
<FONT SIZE=4><P>La orden </FONT><B><TT>molecule &lt;n&uacute;mero&gt;</B></TT><FONT SIZE=4>
de RasMol seleccion&#243; una de hasta 5 mol&eacute;culas
previamente cargadas para la manipulaci&#243;n activa.  Mientras que todos
los molcules se visualizan y se pueden rotar colectivamente (v&eacute;ase el comando
'<a href="#rotate" ><tt><b>rotate all</b></tt></a>), solamente una mol&eacute;cula al mismo tiempo mide
el tiempo es activo para la manipulaci&#243;n por los comandos que
controlan los detalles de la representaci&#243;n.




<P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="monitor"></P>
</FONT><H3>Monitor</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  monitor &lt;n&uacute;mero&gt;  &lt;n&uacute;mero&gt;
           monitor {&lt;booleano&gt;}</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden </FONT><B><TT>monitor</B></TT><FONT SIZE=4> de RasMol
permite activar la visualizaci&oacute;n de monitor de distancia. Un monitor de
distancia es una l&iacute;nea discontinua entre un par cualquiera de &aacute;tomos,
opcionalmente etiquetado con la distancia que separa a ambos. El comando de
RasMol '</FONT><B><TT>monitor &lt;n&uacute;mero&gt; &lt;n&uacute;mero&gt;</B></TT><FONT SIZE=4>'
a&ntilde;ade tal monitor de distancia entre los dos &aacute;tomos indicados por
los n&uacute;meros dados como par&aacute;metros.</P>

<P>
Los monitores de distancia se desconecta con el comando </FONT><B><TT>monitors off</B></TT><FONT SIZE=4>. Por defecto, los monitores visualizan la distancia entre sus dos puntos extremos como una etiqueta en el centro del monitor. Estas etiquetas de distancia pueden ser desconectadas mediante la orden </FONT><A HREF="#setmonitor"><FONT SIZE=4>set monitors off</FONT></A><FONT SIZE=4>, y reactivados con </FONT><A HREF="#setmonitor"><FONT SIZE=4>set monitors on</FONT></A><FONT SIZE=4>. Como muchas de las dem&aacute;s manifestaciones el color de un monitor se toma del color de sus extremos a menos que se especifique con la orden </FONT><A HREF="#colour"><FONT SIZE=4>colour monitors</FONT></A><FONT SIZE=4>. <!-- minor editing MZ2 --></P>

<P>
Los monitores de distancia pueden ser a&ntilde;adidos a una mol&eacute;cula interact&iacute;vamente, con el rat&oacute;n, usando el comando </FONT><A HREF="#setpicking"><!--MZ2--><FONT SIZE=4>set picking monitor</FONT></A><FONT SIZE=4>. Picar sobre un &aacute;tomo produce su identificaci&oacute;n en la l&iacute;nea de comandos. Adem&aacute;s cada &aacute;tomo picado produce un incremento de un m&oacute;dulo contador tal como el modo monitor, y cada segundo &aacute;tomo visualiza la distancia entre este y el picado previamente. La tecla de desplazamiento puede usarse para formar monitores de distancia entre el &aacute;tomo fijado y distintas posiciones consecutivas. Un monitor de distancia puede tambi&eacute;n eliminarse seleccionando el par apropiado de &aacute;tomos (los unidos en el monitor de distancia) una segunda vez. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="pause"></P>
</FONT><H3>Pause</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  pause
           wait</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden </FONT><B><TT>pause</B></TT><FONT SIZE=4> de RasMol se usa en
archivos <B>script</B> para detener moment&aacute;neamente la ejecuci&oacute;n de dichos
archivos para su manipulaci&oacute;n local con el rat&oacute;n, hasta que al pulsar cualquier
tecla se reanuda la ejecuci&oacute;n. </FONT><B><TT>Wait</B></TT><FONT SIZE=4> es sin&oacute;nimo
de </FONT><B><TT>pause</B></TT><FONT SIZE=4>. <!--MZ3 inserted following paragraph-->Este comando
puede ser ejecutado en los archivos <B>script</B> para suspender la ejecuci&oacute;n secuencial
de &oacute;rdenes permitiendo al usuario examinar la imagen actual. Cuando RasMol ejecuta una orden
"pause" en un archivo <B>script</B>, suspende la ejecuci&oacute;n del resto del archivo, refresca
la imagen en la pantalla y permite la manipulaci&oacute;n de la imagen usando el rat&oacute;n y
las barras de desplazamiento, o redimensionando la ventana gr&aacute;fica. Una vez que se presiona
una tecla, el control vuelve al archivo a la l&iacute;nea consecutiva a la orden "pause". Mientras
el archivo de &oacute;rdenes se est&aacute; ejecutando la mol&eacute;cula puede rotarse, transladarse, escalarse, rebanarse (<B>slab</B>) y picarse como habitualmente, pero todos los comandos del men&uacute; est&aacute;n desactivados. El comando "pause" se podr&aacute;, probablemente, emplear mas efectivamente con &oacute;rdenes "echo" en demostraciones para ense&ntilde;anza, en las que se presenta una descripci&oacute;n de la imagen que se est&aacute; visualizando al usuario/alumno. Lo razonable ser&iacute;a que la l&iacute;nea anterior a pause fuera: "echo Presione una tecla para continuar". </P>

<P>
La ejecuci&oacute;n de un script puede cancelarse presionando Control-D o Control-Z (en VAX/VMS, Control-C) mientras est&aacute; en una pausa. La orden '</FONT><A HREF="#setpicking"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>set picking none</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>' desactiva la respuesta al picado, lo que evita que se visualicen mensajes esp&uacute;reos mientras el gui&oacute;n (script) esta en suspenso por una pausa. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="print"></P>
</FONT><H3>Print</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  print</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden de RasMol </FONT><B><TT>print</B></TT><FONT SIZE=4> env&iacute;a la imagen actualmente visualizada a la impresora local, si no se especifica otra, utilizando el controlador original de la impresora del sistema operativo. Nota: este comando todav&iacute;a no se puede utilizar con los sistemas UNIX o VMS. Esta ideado para la utilizaci&oacute;n y aprovechamiento de los controladores de impresora de Microsoft Windows y Apple Macintosh. As&iacute;, por ejemplo, hace posible imprimir una imagen directamente en una impresora de matriz de puntos.</P>

<P>
Si utilizamos RasMol con lo sistemas UNIX y VMS esta funci&oacute;n se puede llevar a cabo creando un archivo PostScript con los comandos </FONT><A HREF="#write"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>write ps</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><FONT SIZE=4>o</FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><A HREF="#write"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>write vectps</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> e imprimi&eacute;ndolo posteriormente; o bien mediante la creaci&oacute;n de un archivo de im&aacute;genes exportables y utilizando alguna herramienta para mandarlo a la impresora local.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="quit"></P>
</FONT><H3>Quit</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  quit
           exit</PRE>
<FONT SIZE=4><P>Sale del programa RasMol. Las &oacute;rdenes de RasMol '</FONT><B><TT>exit</B></TT><FONT SIZE=4>' y '</FONT><B><TT>quit</B></TT><FONT SIZE=4>' son sin&oacute;nimos, excepto en los guiones (script) que se encuentren anidados. En ese caso, '</FONT><B><TT>exit</B></TT><FONT SIZE=4>' termina solo el nivel que en ese momento se est&aacute; ejecutando, mientras que '</FONT><B><TT>quit</B></TT><FONT SIZE=4>' termina todos los niveles del scripts. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="refresh"></P>
</FONT><H3>Refresh</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  refresh</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden de RasMol </FONT><B><TT>refresh</B></TT><FONT SIZE=4> se usa en archivos <B>script</B> para redibujar la imagen actual.</P>

<P>
Este comando es muy en scripts para asegurarse la aplicaci&oacute;n de una lista completa de cambios de par&aacute;metros.</FONT> </P>

<P>
<HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="renumber"></P>
</FONT><H3>Renumber</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  renumber {{-} &lt;valor&gt;}</PRE>
<FONT SIZE=4><P>El comando de RasMol </FONT><B><TT>renumber</B></TT><FONT SIZE=4> numera secuencialmente los residuos en una cadena macromolecular. El par&aacute;metro opcional especifica el valor del primer residuo de la secuencia; por defecto, este valor es uno. En el caso de la prote&iacute;na, a cada amino&aacute;cido se numera consecutivamente desde el t&eacute;rmino N hasta el C. En los &aacute;cidos nucleicos, cada base es numerada desde el t&eacute;rmino 5' hasta el 3'. En la base de datos actual, todas las cadenas se numeran y se ignoran los huecos en la secuencia original. El valor de comienzo de la numeraci&oacute;n puede ser negativo.</P>
</FONT><P><A NAME="reset"></P>

<P>
<HR></P>
<H3>Reset</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  reset</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden de RasMol </FONT><B><TT>reset</B></TT><FONT SIZE=4> restaura la transformaci&oacute;n de la imagen original y el centro de la rotaci&oacute;n. La escala se sit&uacute;a en su valor por defecto, </FONT><A HREF="#zoom"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>zoom 100,</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>; el centro de rotaci&oacute;n se sit&uacute;a en el centro geom&eacute;trico de la mol&eacute;cula actualmente cargada; con </FONT><A HREF="#centre"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>centre all,</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> este centro se traslada al centro de la pantalla y el punto panor&aacute;mico a la orientaci&oacute;n establecida inicialmente.</P>

<P>
Es importante no confundir &eacute;ste con la orden de RasMol </FONT><A HREF="#zap"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>zap</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>, que borra la mol&eacute;cula almacenada actualmente, volviendo al estadio inicial del programa.</P>

<P>
&nbsp;</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="restrict"></P>
</FONT><H3>Restrict</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  restrict {&lt;expresi&oacute;n&gt;}</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden de RasMol </FONT><B><TT>restrict</B></TT><FONT SIZE=4>, por una parte, define la parte de la mol&eacute;cula seleccionada actualmente y, por otra, inhabilita (la mayor&iacute;a o) aquellas partes de la mol&eacute;cula no seleccionadas. Las acciones posteriores llevadas a cabo por otras &oacute;rdenes que modifican el color de la mol&eacute;cula o la representaci&oacute;n afectan &uacute;nicamente a la regi&oacute;n de la mol&eacute;cula determinada en dicho momento. El par&aacute;metro de una orden </FONT><B><TT>restrict</B></TT><FONT SIZE=4> es una expresi&oacute;n RasMol de &aacute;tomo evaluada para cada &aacute;tomo de la mol&eacute;cula actual. &Eacute;sta orden es muy similar a </FONT><A HREF="#select"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>select</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> con la diferencia de que "restrict" desactiva las representaciones de </FONT><A HREF="#wireframe"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>wireframe,</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><A HREF="#spacefill"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>spacefill</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> y </FONT><A HREF="#backbone"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>backbone</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> en la parte no seleccionada de la mol&eacute;cula.</P>

<P>
Para obtener m&aacute;s informaci&oacute;n sobre las expresiones de &aacute;tomos RasMol, teclee "help expression".</P>

<P>
&nbsp;</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="ribbons"></P>
</FONT><H3>Ribbons</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  ribbons {&lt;booleano&gt;}
           ribbons &lt;valor&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden de RasMol "ribbons" visualiza la prote&iacute;na o &aacute;cido nucleico actualmente cargados como una superficie de "cintas" densa y lisa que pasa a lo largo del eje de la prote&iacute;na. La cinta aparece entre los amino&aacute;cidos cuyos carbonos alfas est&aacute;n seleccionados. Podemos cambiar el color de la cinta con la orden de RasMol </FONT><A HREF="#colour"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>colour ribbon</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>. Si el color es <B>none</B> (ninguno, el preestablecido), toma el color del carbono alfa que se encuentre a su misma altura. </P>

<P>
El par&aacute;metro opcional en las unidades normales de RasMol determina el ancho de la cinta en cada posici&oacute;n. Por defecto, la anchura de la cinta se adopta de la estructura secundaria de la prote&iacute;na o, para los &aacute;cidos nucleicos, de un valor constante de 720 (2,88 angstr&oacute;ms). La anchura por defecto de las h&eacute;lices alfas de las prote&iacute;nas y de las hojas plegadas beta es de 380 (1,52 angstr&oacute;ms) y de 100 (0,4 angstr&oacute;ms) para los giros y las h&eacute;lices al azar. La asignaci&oacute;n de la estructura secundaria es extra&iacute;da del archivo PDB o se calcula utilizando el algoritmo DSSP como hace la orden </FONT><A HREF="#structure"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>structure</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>. Este comando es parecido a </FONT><A HREF="#strands"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>strands</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> que representa la cinta biomolecular como cintas curvadas transparentes.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="rotate"></P>
</FONT><H3>Rotate</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  rotate &lt;eje&gt; {-} &lt;valor&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>Esta orden hace girar a la mol&eacute;cula alrededor del eje especificado. Los valores permitidos para el eje son "x", "y" y "z". El par&aacute;metro entero establece en grados el &aacute;ngulo que la estructura rotar&aacute;. En el caso de los ejes X e Y, los valores positivos desplazan el punto m&aacute;s cercano hacia arriba y a la derecha: mientras que los valores negativos lo desplazan hacia abajo y a la izquierda. En cuanto al eje Z, una rotaci&oacute;n positiva act&uacute;a en la direcci&oacute;n de las agujas del reloj y una negativa en sentido opuesto</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="save"></P>
</FONT><H3>Save</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  save {pdb} &lt;nombre de archivo&gt;
           save alchemy &lt;nombre de archivo&gt;
           save mdl &lt;nombre de archivo&gt;
           save xyz &lt;nombre de archivo&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>Guarda el grupo de &aacute;tomos seleccionados actualmente en un archivo Protein Data Bank (PDB), MDL, Alchemy (tm) o XYZ. La diferencia existente entre esta orden y </FONT><A HREF="#write"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>write</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> se ha eliminado. La &uacute;nica diferencia estriba en que sin un especificador de formato el comando "save" crea un archivo "PDB", mientras que </FONT><A HREF="#write"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>write</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> genera una imagen "GIF".</P>

<P>
&nbsp;</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="script"></P>
</FONT><H3>Script</H3>
<PRE></A>
Sintaxis:  script &lt;nombre de archivo&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>El comando de RasMol </FONT><B><TT>script</B></TT><FONT SIZE=4> lee un conjunto de &oacute;rdenes RasMol secuencialmente a partir de un archivo de texto y los ejecuta. Ello permite ejecutar secuencialmente las &oacute;rdenes que usamos, y efectuarlas con un &uacute;nico comando. Un archivo <B>script</B> puede contener un segundo comando llegando a una "profundidad" m&aacute;xima de 10, lo que permite secuencias complicadas de acciones a ejecutar. RasMol ignora todos los caracteres tras el primer '#' en cada l&iacute;nea, lo que permite comentar los <B>scripts</B>. Los archivos <B>script</B> a menudo se comentan usando el comando de RasMol </FONT><A HREF="#echo"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>echo</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>. <!--MZ revised--></P>

<P>
La forma m&aacute;s com&uacute;n de crear un archivo <B>script</B> de RasMol es por medio de las &oacute;rdenes </FONT><A HREF="#write"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>write script</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> o </FONT><A HREF="#write"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>write rasmol</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> con el fin de producir la secuencia de &oacute;rdenes que se necesitan para volver a generar la imagen actual, la representaci&oacute;n y los colores de la mol&eacute;cula visualizada en ese momento. Las &oacute;rdenes de RasMol <B>source</B> y <B>script</B> son sin&oacute;nimos.</P>

<P>
Se pueden crear archivos <B>script</B> de RasMol manualmente con un editor de texto.</P>
</FONT><P><HR></P>

<P>
<A NAME="select"></P>
<H3>Select</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  select {&lt;expresi&oacute;n&gt;}</PRE>
<FONT SIZE=4><P>Define la parte de la mol&eacute;cula ya seleccionada. En lo sucesivo, todos las &oacute;rdenes que manipulan una mol&eacute;cula o modifican su color o representaci&oacute;n, afectan &uacute;nicamente a la parte ya seleccionada. El par&aacute;metro de una orden <B>select</B> es una expresi&oacute;n RasMol interpretada para cada &aacute;tomo de la mol&eacute;cula con la que trabajamos. La parte de la mol&eacute;cula actualmente seleccionada son esos &aacute;tomos que hacen que la expresi&oacute;n sea interpretada como verdadera. Para definir la mol&eacute;cula entera se utiliza el comando de RasMol <B>select all</B>. Los par&aacute;metros </FONT><A HREF="#sethetero"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>hetero</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><FONT SIZE=4>e</FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><A HREF="#set"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>hydrogen</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> determina el comportamiento del comando <B>select</B> cuando no aparece definido por ning&uacute;n otro par&aacute;metro.</P>

<P>
Al teclear "help expression" se obtiene m&aacute;s informaci&oacute;n sobre las expresiones de &aacute;tomos RasMol.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="set"></P>
</FONT><H3>Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set &lt;par&aacute;metro&gt; {&lt;opci&oacute;n&gt;}</PRE>
<FONT SIZE=4><P>El comando de RasMol </FONT><B><TT>set</B></TT><FONT SIZE=4> permite al usuario cambiar algunos par&aacute;metros internos del programa tales como los que controlan las opciones de representaci&oacute;n. Cada par&aacute;metro posee una serie propia de opciones de par&aacute;metros permisibles. Normalmente, la omisi&oacute;n de la opci&oacute;n par&aacute;metro reajusta dicho par&aacute;metro a su valor por defecto. A continuaci&oacute;n aparece una lista de nombres v&aacute;lidos de par&aacute;metros</P></FONT>
<P ALIGN="CENTER"><CENTER><TABLE BORDER CELLSPACING=1 CELLPADDING=2>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setambient"><FONT SIZE=4>Ambient</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setaxes"><FONT SIZE=4>Axes</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setbackground"><FONT SIZE=4>Background</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setbackfade"><FONT SIZE=4>BackFade</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setbondmode"><FONT SIZE=4>BondMode</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setbonds"><FONT SIZE=4>Bonds</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setboundbox"><FONT SIZE=4>BoundBox</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setcartoon"><FONT SIZE=4>Cartoon</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
</TR>

<TR><TD  VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setcisangle"><FONT SIZE=4>CisAngle</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setdisplay"><FONT SIZE=4>Display</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setfontsize"><FONT SIZE=4>FontSize</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setfontstroke"><FONT SIZE=4>FontStroke</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD  VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#sethbonds"><FONT SIZE=4>HBonds</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#sethetero"><FONT SIZE=4>Hetero</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#sethourglass"><FONT SIZE=4>HourGlass</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#sethydrogen"><FONT SIZE=4>Hydrogen</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
</TR>

<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setkinemage"><FONT SIZE=4>Kinemage</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setmenus"><FONT SIZE=4>Men&uacute;s</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setmonitor"><FONT SIZE=4>Monitor</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setmouse"><FONT SIZE=4>Mouse</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setpicking"><FONT SIZE=4>Picking</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setradius"><FONT SIZE=4>Radius</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD  VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setshadepower"><FONT SIZE=4>ShadePower</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setshadow"><FONT SIZE=4>Shadow</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
</TR>

<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setslabmode"><FONT SIZE=4>SlabMode</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setsolvent"><FONT SIZE=4>Solvent</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setspecular"><FONT SIZE=4>Specular</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setspecpower"><FONT SIZE=4>SpecPower</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setstereo"><FONT SIZE=4>Stereo</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setssbonds"><FONT SIZE=4>SSBonds</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setstrands"><FONT SIZE=4>Strands</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#settransparent"><FONT SIZE=4>Transparent</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
</TR>

<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setunitcell"><FONT SIZE=4>UnitCell</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setvectps"><FONT SIZE=4>VectPS</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setwrite"><FONT SIZE=4>Write</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
</TR>
</TABLE>
</CENTER></P>


<P>
<HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="show"></P>
</FONT><H3>Show</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis: show information
          show centre
          show phipsi
          show RamPrint
          show rotation
          show selected {gruup | chain | atom}
          show sequence
          show symmetry
          show translation
          show zoom
</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden de RasMol </FONT><B><TT>show</B></TT><FONT SIZE=4> 
muestra detalles del estado de la mol&eacute;cula con la que
trabajamos. El comando </FONT><B><TT>show information</B></TT><FONT SIZE=4>
proporciona el nombre de la mol&eacute;cula, la clasificaci&oacute;n,
el c&oacute;digo PDB y el n&uacute;mero de &aacute;tomos, cadenas y grupos
que contiene.  En caso de que se hayan determinado el enlace de 
hidr&oacute;geno, los puentes de disulfuro o la estructura secundaria,
el n&uacute;mero de enlaces por puente de hidr&oacute;geno, enlaces
disulfuro, h&eacute;lices, plegamientos y giros beta se visualizan respectivamente.


La orden '</FONT><B><TT>show centre</B></TT><FONT SIZE=4>' muestra
cualquier valor de centro diferente a cero seleccionado por comando
'<a href="#centre"><tt><b>centre [CenX,CenY,CenZ]</b></tt></a>'.
 

La orden '</FONT><B><TT>show phipsi</B></TT><FONT SIZE=4>' muestra los
&aacute;ngulos phi y psi de los residuos que est&aacute;n actualmente
seleccionados y los omega angles de los enlaces pept&iacute;dicos cis.
 
La orden '</FONT><B><TT>show RamPrint</B></TT><FONT SIZE=4>' 
(o 'show RPP' o 'show RamachandranPrinterPlot') muestra 
un sencillo plot de Ramachandran en el estilo del programa 
de Frances Bernstein fisipl. 


La orden '</FONT><B><TT>show rotation</B></TT><FONT SIZE=4>' 
(o '</FONT><B><TT>show rot</B></TT><FONT SIZE=4>' o 
'</FONT><B><TT>show rotate</B></TT><FONT SIZE=4>') muestra
los valores actualmente seleccionados de z, de y, de
x y de rotaciones en enlace, si cualquiera.


La orden '</FONT><B><TT>show selected</B></TT><FONT SIZE=4>' 
(o 'show selected group' o 'show selected chain' o 'show selected atom' )
devuelve los grupos (por defecto), cadenas o &aacute;tomos de la
selecci&oacute;n actual. 

La orden '</FONT><B><TT>show sequence</B></TT><FONT SIZE=4>' lista
los residuos que comprenden cada cadena de la mol&eacute;cula.

La orden '</FONT><B><TT>show symmetry</B></TT><FONT SIZE=4>' muestra
el grupo espacial y la celda unitaria de la mol&eacute;cula.

La orden '</FONT><B><TT>show translation</B></TT><FONT SIZE=4>'
muestra cualquier valor diferente a cero del desalojamiento
seleccionado por commando 
'<a href="#translate" ><tt><b>translate &lt;eje&gt; &lt;valor&gt;</b></tt></a>.

La orden '</FONT><B><TT>show zoom</B></TT><FONT SIZE=4>'
muestra cualquier valor diferente a cero del zoom
seleccionado por comando '<a href="#zoom" ><tt><b>zoom &lt;valor&gt;</b></tt></a>' comando.

 </P>
</FONT>

<P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="slab"></P>
</FONT><H3>Slab</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  slab {&lt;booleano&gt;}
           slab &lt;valor&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden de RasMol <B>slab</B> activa, desactiva, o 
sit&uacute;a el plano que corta el eje Z de la mol&eacute;cula.
El programa s&oacute;lo dibuja aquellas porciones de la mol&eacute;cula 
que se encuentran m&aacute;s alejadas que el plano de corte respecto al 
observador.  Los valores oscilan desde cero en la parte m&aacute;s trasera 
de la mol&eacute;cula y 100, completamente delante de la mol&eacute;cula. 
Valores intermedios determinan el porcentaje de la mol&eacute;cula 
que va a ser dibujada.</P>
<p>
Este comando obra rec&#237;procamente con '<a href="#depth"><tt><b>depth &lt;valor&gt;</b></tt></a>'
ordene, que acorta en la parte trasera de un plano dado del
z-truncamiento.
</p>

</FONT><P>&nbsp;</P>

<P>
<A NAME="spacefill"></P>

<P>
<HR></P>
<H3>Spacefill</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis: spacefill {&lt;booleano&gt;}
          spacefill temperature
          spacefill user
          spacefill &lt;valor&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden de RasMol </FONT><B><TT>spacefill</B></TT><FONT SIZE=4> (espacio relleno) se usa para representar todos los &aacute;tomos actualmente seleccionados como esferas s&oacute;lidas. Este comando se emplea para producir tanto esferas unidas como modelos de bola y barra de una mol&eacute;cula. El comando, </FONT><B><TT>spacefilll true,</B></TT><FONT SIZE=4> el por defecto, representa cada &aacute;tomo como una esfera de Van der Waal. El comando </FONT><B><TT>spacefill off</B></TT><FONT SIZE=4> anula la representaci&oacute;n de los &aacute;tomos seleccionados como esferas. Se puede especificar el radio de la esfera como un n&uacute;mero entero en unidades RasMol (1/250 Angstrom) o un valor que contenga punto decimal. Un valor igual o superior a 500 (2.0 Angstroms) produce un error del tipo "Parameter value too large" (valor de par&aacute;metro demasiado grande).</P>

<P>
La opci&oacute;n <B>temperature</B> (temperatura) iguala el radio de la esfera al del valor almacenado en su campo de temperatura. Los valores negativos o cero no tienen efecto; mientras que aqu&eacute;llos mayores que 2,0 se truncan a 2. La opci&oacute;n <B>user</B> (usuario) hace que el radio de cada esfera sea especificado a trav&eacute;s de l&iacute;neas adicionales en el archivo PDB de la mol&eacute;cula por medio de una extensi&oacute;n del registro COLOR de Raster 3D.</P>

<P>
Los comandos <B>cpk</B> y <B>spacefill</B> son sin&oacute;nimos.</P>
</FONT><P><A NAME="ssbonds"></P>


<P>
&nbsp;</P>
</FONT>


<P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="spanish"></P>
</FONT><H3>Spanish</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  Spanish</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden de RasMol <B>Spanish</B> 
fija los men&uacute;s y los mensajes a las versiones espa&ntilde;oles.

Las &oacute;rdenes
'<a href="#english"><tt><b>English</b></tt></a>',
'<a href="#french"><tt><b>French</b></tt></a>'
y '<a href="#italian"><tt><b>Italian</b></tt></a>'
se pueden utilizar para elegir los men&uacute;s y los mensajes en ingl&eacute;s, franc&eacute;s e
italiano.

</p>
<FONT SIZE=4>



<P>
<HR></P>
<H3>SSBonds</H3>
<PRE></A>
Sintaxis:  ssbonds {&lt;boleano&gt;}
           ssbonds &lt;valor&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden </FONT><B><TT>ssbonds</B></TT><FONT SIZE=4> se utiliza para representar los puentes disulfuro de la mol&eacute;cula de prote&iacute;na, bien como l&iacute;neas punteadas, bien como cilindros entre las ciste&iacute;nas conectadas. La primera vez que se usa la orden </FONT><B><TT>ssbonds</B></TT><FONT SIZE=4>, el programa busca la estructura de la prote&iacute;na con el fin de encontrar pares de semiciste&iacute;nas (ciste&iacute;nas cuyos sulfuros est&eacute;n unos 3 angstr&oacute;ms de la otra) e informa al usuario del n&uacute;mero de puentes. La orden </FONT><B><TT>ssbonds on</B></TT><FONT SIZE=4> visualiza los enlaces escogidos como l&iacute;neas de puntos y </FONT><B><TT>ssbonds off</B></TT><FONT SIZE=4> desactiva la visualizaci&oacute;n de enlaces de azufre en el &aacute;rea seleccionada. La selecci&oacute;n de puentes de disulfuro se hace de la misma forma que la de enlaces normales, y podemos ajustarla utilizando la orden </FONT><A HREF="#setbondmode"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>set bondmode</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>. El color de los enlaces de disulfuro se puede cambiar con la orden </FONT><A HREF="#colour"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>colour ssbonds</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>. Por defecto. cada enlace de disulfuro posee el color de los &aacute;tomos que est&aacute;n conectados a &eacute;l.</P>

<P>
Por defecto, los enlaces disulfuro se dibujan entre los &aacute;tomos de sulfuro del grupo ciste&iacute;na. En vez de esto, con el comando </FONT><A HREF="#setssbonds"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>set ssbonds</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> se puede utilizar tambi&eacute;n la posici&oacute;n de los carbonos alfas de ciste&iacute;na.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="star"></P>
</FONT><H3>Star</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  star {&lt;booleano&gt;}
           star temperature
           star user
           star &lt;valor&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden '</FONT><B><TT>star</B></TT><FONT SIZE=4>' se usa para representar todos los &aacute;tomos actualmente seleccionados como estrellas (seis trazos, uno en cada una de las direcciones x, -x, y, -y, z y -z). El comando '</FONT><B><TT>select not bonded</B></TT><FONT SIZE=4>' seguido de '</FONT><B><TT>star 75</B></TT><FONT SIZE=4>' se usa para marcar los &aacute;tomos no unidos en una presentaci&oacute;n '</FONT><A HREF="#wireframe"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>wireframe</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>' con menos sobrecarga que la producida por '</FONT><A HREF="#spacefill"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>spacefill 75</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>'. Se puede hacer autom&aacute;ticamente para cualquier visualizaci&oacute;n de tipo wireframe '</FONT><A HREF="#setbondmode"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>set bondmode not bonded</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>'. </P>

<P>
La orden '</FONT><B><TT>star true</B></TT><FONT SIZE=4>', por defecto, representa cada &aacute;tomo como una estrella con trazos de longitud igual al radio de van der Waals. El comando '</FONT><B><TT>star off</B></TT><FONT SIZE=4>' supreme la visualizaci&oacute;n en estrellas de los &aacute;tomos relacionados. La longitud de los trazos de una estrella puede ser especificada mediante un entero en unidades RasMol (1/250 &Aring;ngstrom) o un valor conteniendo un punto decimal. Un valor de 500 (2.0 &Aring;ngstroms) o mayor produce un error "Parameter value too large". </P>

<P>
La opci&oacute;n '</FONT><B><TT>temperature</B></TT><FONT SIZE=4>' atribuye a la longitud del trazo de cada estrella el valor almacenado en su campo de temperatura. Valores de cero o negativos no tienen efecto y los valores mayores de 2.0 se trunca a 2.0. La opci&oacute;n '</FONT><B><TT>user</B></TT><FONT SIZE=4>' permite especificar la longitud de los trazos de cada estrella mediante l&iacute;neas adicionales en el archivo PDB empleando las extensiones de grabaci&oacute;n Raster 3D's COLOUR. </P>

<P>
Este comando de RasMol '</FONT><A HREF="#spacefill"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>spacefill</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>' puede ser usado para producir presentaciones mas art&iacute;sticas de &aacute;tomos y esferas. </P>
</FONT>

<P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="stereo"></P>
</FONT><H3>Stereo</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  stereo on
           stereo &lt;n&uacute;mero&gt;
           stereo off</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden '</FONT><B><TT>stereo</B></TT><FONT SIZE=4>' de RasMol activa
una visualizaci&oacute;n de im&aacute;genes est&eacute;reo lado con lado.
Esta visualizaci&oacute;n puede conectarse y desconectarse bien mediante
el men&uacute; de opciones (</FONT><B><TT>Options men&uacute;</B></TT><FONT SIZE=4>)
seleccionando </FONT><B><TT>Stereo</B></TT><FONT SIZE=4>, o bien tecleando la orden
'</FONT><B><TT>stereo on</B></TT><FONT SIZE=4>' o '</FONT><B><TT>stereo off</B></TT><FONT SIZE=4>'.
El &aacute;ngulo de separaci&oacute;n entre las dos vistas puede regularse con la orden
</FONT><A HREF="#setstereo"><FONT SIZE=4>set stereo [-] &lt;n&uacute;mero&gt;</FONT></A><FONT SIZE=4>,
donde los valores positivos producen una visi&oacute;n "bizca" y los negativos "relajada" (ojos en pared).
Incluir '</FONT><B><TT>[-] &lt;n&uacute;mero&gt;</B></TT><FONT SIZE=4>' en la orden
'</FONT><B><TT>stereo</B></TT><FONT SIZE=4>', como por ejerplo en '</FONT><B><TT>stereo 3</B></TT><FONT SIZE=4>'
 o '</FONT><B><TT>stereo -5</B></TT><FONT SIZE=4>', tambi&eacute;n permite controlar el
 &aacute;ngulo y direcci&oacute;n.</P>
<P>
 Comenzando con la versi&#243;n 2.7.2.1 de RasMol,
'<tt><b>Est&eacute;reo</b></tt>' selecci&#243;n del men&uacute;

y el comando '<tt><b>stereo</b></tt>'
sin argumentos complete un ciclo del estado inicial de '<tt><b>stereo off</b></tt>' a 
'<tt><b>stereo on</b></tt>'
en modo "bizco" a
'<tt><b>stereo on</b></tt>' en modo "relajado" (ojos en pared) y entonces de nuevo a 
'<tt><b>stereo off</b></tt>'.
<p>


<P>
El comando est&eacute;reo solo est&aacute; parcialmente implementado. Cuando se activa
la imagen est&eacute;reo no queda bien centrada. (Esto se puede arreglar con
</FONT><A HREF="#translate"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>translate x -&lt;n&uacute;mero&gt;</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>.) 
Tampoco est&aacute; soportada en el vector de archivos de salida PostScript, no es salvada por la orden </FONT><B><TT>write script</B></TT><FONT SIZE=4>, y en general no esta bien intercomunicadas con diversas otras funciones del programa.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="strands"></P>
</FONT><H3>Strands</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  strands {&lt;booleano&gt;}
           strands &lt;valor&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden de RasMol </FONT><B><TT>strands</B></TT><FONT SIZE=4> visualiza la prote&iacute;na o &aacute;cido nucleico con que trabajamos como una "cinta" lisa curvada "depth-cued" que pasa a lo largo del eje de la prote&iacute;na. La cinta est&aacute; compuesta de una serie de filamentos que corren paralelos entre s&iacute; a lo largo del plano pept&iacute;dico de cada residuo. La cinta aparece dibujada entre aquellos amino&aacute;cidos cuyo carbono alfa haya sido seleccionado. La orden </FONT><A HREF="#colour"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>colour ribbon</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> cambia el color de la cinta. Si el color de la cinta con la que trabajamos es (el inicial) </FONT><B><TT>none</B></TT><FONT SIZE=4> (ninguno), adopta el color del carbono alfa con el que se encuentre en su recorrido longitud. El filamento central y aqu&eacute;l que se encuentra en la parte m&aacute;s externa se pueden colorear independientemente con las &oacute;rdenes </FONT><A HREF="#colour"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>colour ribbon1</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> y </FONT><A HREF="#colour"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>colour ribbon2</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>, respectivamente. La orden </FONT><A HREF="#setstrands"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>set strands</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> altera el n&uacute;mero de filamentos de la cinta.</P>

<P>
El par&aacute;metro opcional determina la anchura de la cinta en cada posici&oacute;n en unidades RasMol. Por defecto, la cinta adquiere una anchura extra&iacute;da de la estructura secundaria de la prote&iacute;na o de un valor constante de 720 para &aacute;cidos nucleicos (lo cual significa una anchura de 2,88 angstr&oacute;ms). La anchura inicial de las h&eacute;lices alfas de prote&iacute;na y de las hojas plegadas beta es de 380 (1,52 angstr&oacute;ms) y 100 (0.4 angstr&oacute;ms) para giros y espirales. La asignaci&oacute;n de la estructura secundaria procede del archivo PDB o se calcula utilizando el algoritmo DSSP como ocurre con la orden </FONT><A HREF="#structure"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>structure</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>. Esta orden es parecida a </FONT><A HREF="#ribbons"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>ribbons</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> que representa la cinta biomolecular como una superficie sombreada lisa.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="structure"></P>
</FONT><H3>Structure</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:   structure</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden </FONT><B><TT>structure</B></TT><FONT SIZE=4> calcula las asignaciones de estructura secundaria para la prote&iacute;na cargada. Si el archivo original PDB conten&iacute;a registros de asignaciones estructurales (H&Eacute;LICE y HOJA PLEGADA), &eacute;stas se descartan. En primer lugar se localizan los enlaces de hidr&oacute;genos de la mol&eacute;cula, en caso de que no se hubiera hecho previamente. La estructura secundaria es determinada a trav&eacute;s de los algoritmo DSSP de Kabsch y Sander. Una vez finalizado, el programa informa del n&uacute;mero de h&eacute;lices, filamentos y giros encontrados.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="trace"></P>
</FONT><H3>Trace</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  trace {&lt;booleano&gt;}
           trace 
           trace temperature</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden de RasMol </FONT><B><TT>trace</B></TT><FONT SIZE=4>
visualiza una l&iacute;nea lisa entre dos carbonos alfa consecutivos. Esta
l&iacute;nea no pasa exactamente a trav&eacute;s de la posici&oacute;n del
carbono alfa de cada residuo, sino que sigue la misma v&iacute;a de
</FONT><A HREF="#ribbons"><B><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>ribbons</B></FONT></A><FONT SIZE=4>,
</FONT><A HREF="#strands"><B><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>strands</B></FONT></A><FONT SIZE=4>,
y </FONT><A HREF="#cartoons"><B><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>cartoons</B></FONT></A><FONT SIZE=4>.
Advierta que cada residuo puede ser visualizado como "ribbon", "strands",
"cartoon" o trace, y activando una de esas representaciones se inactivan
las otras. Sin embargo, un residuo puede visualizarse simult&aacute;neamente
como backbone y una de las representaciones anteriores [aunque esto podr&iacute;a
cambiar en versiones futuras de RasMol]. [Antes de la versi&oacute;n 2.6,
<B>trace</B> era sin&oacute;nimo de <B>backbone</B>.] </P>
<B><P>Trace temperature</B> permite
visualizar la columna como un cilindro
mas ancho para factores de alta temperatura y mas delgado para
factores de baja. Esta representaci&oacute;n es util para cristalografos
y NMR espectroscopistas. </P>
</FONT>

<P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="translate"></P>
</FONT><H3>Translate</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  translate &lt;eje&gt; {-} &lt;valor&gt;
</PRE>
<FONT SIZE=4>
<P>
La orden de RasMol
'<tt><b>translate</b></tt>'
mueve la posici&oacute;n del centro de la mol&eacute;cula respecto a la pantalla.
El par&acute;metro del eje especifica a lo largo de qu&eacute; eje debe la mol&eacute;cula ser
movida y el par&acute;metro del n&uacute;mero entero especifica la posici[Sqrt]&oacute;n absoluta del
centro de la mol&eacute;cula del centro de la pantalla. Los valores permitidos para el
par&acute;metro del eje son &quot;<tt><b>x</b></tt>&quot;, &quot;<tt><b>y</b></tt>&quot; y
&quot;<tt><b>z</b></tt>&quot;.
Los valores de la dislocaci&oacute;n deben estar entre -100 y 100 que corresponden
a mover la mol&eacute;cula actual apenas de la pantalla. Una dislocaci&oacute;n positiva 
de &quot;<tt><b>x</b></tt>&quot; mueve la mol&eacute;cula a la derecha,
y una dislocaci&oacute;n positiva de &quot;<tt><b>y</b></tt>&quot;
mueve la mol&eacute;cula abajo de la pantalla. El par de los comandos 
'<tt><b>translate x 0</b></tt>' 
y '<tt><b>translate y 0</b></tt>' centra la mol&eacute;cula en la pantalla. 

</P>
</FONT>

<P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="unbond"></P>
</FONT><H3>UnBond</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  unbond &lt;n&uacute;mero&gt; &lt;n&uacute;mero&gt;
           unbond
</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden de RasMol 
'</FONT><B><TT>unbond &lt;n&uacute;mero&gt; &lt;n&uacute;mero&gt;</B></TT><FONT SIZE=4>'
quita el enlace se&#241;alado del gr&#225;fico.
<P>
La orden 
'</FONT><B><TT>unbond</B></TT><FONT SIZE=4>'
sin argumentos quita un enlace escogido previamente por
'</FONT><B><TT>unbond &lt;n&uacute;mero&gt; &lt;n&uacute;mero&gt;</B></TT><FONT SIZE=4>'
comando.


<P>
El comando est&eacute;reo solo est&aacute; parcialmente implementado. Cuando se activa la imagen est&eacute;reo no queda bien centrada. (Esto se puede arreglar con </FONT><A HREF="#translate"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>translate x -&lt;n&uacute;mero&gt;</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>.) Tampoco est&aacute; soportada en el vector de archivos de salida PostScript, no es salvada por la orden </FONT><B><TT>write script</B></TT><FONT SIZE=4>, y en general no esta bien intercomunicadas con diversas otras funciones del programa.</P>
</FONT>

<P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="wireframe"></P>
</FONT><H3>Wireframe</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  wireframe {&lt;booleano&gt;}
           wireframe &lt;valor&gt; {&lt;valor&gt;}
           wireframe dashed</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden de RasMol '</FONT><B><TT>wireframe</B></TT><FONT SIZE=4>'
representa cada enlace de la regi&oacute;n seleccionada de la mol&eacute;cula como
un cilindro, una l&iacute;nea o un vector con sensaci&oacute;n de profundidad.
La visualizaci&oacute;n como un vector (dibujado mas oscuro cuanto mas lejano
del quien mira) se activa por medio del comando '</FONT><B><TT>wireframe</B></TT><FONT SIZE=4>'
o '</FONT><B><TT>wireframe on</B></TT><FONT SIZE=4>'. Los enlaces seleccionados
se visualizan como cilindros cuyo radio se puede especificar bien como un entero,
lo que significa unidades o con un decimal, lo que significa &Aring;ngstroms.
Un valor para el par&aacute;metro de 500 (2.0 &Aring;ngstroms) o mayor produce
un mensaje de error "Parameter value too large". Los enlaces pueden ser coloreados
con la orden '</FONT><A HREF="#colour"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>colour
bonds</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>'. 

Si los &#225;tomos implicados los enlaces seleccionados de conformers
alternos entonces los enlaces se enangostan en el centro a un radio de
0,8 del radio especificado (o al radio specifed como el segundo
par&#225;metro opcional).

</P>

<P>
Los &aacute;tomos sin enlaces, que podr&iacute;an resultar invisibles con una orden </FONT><B><FONT FACE="Courier" SIZE=2>'wireframe', </B></FONT><FONT SIZE=4>pueden marcarse previamente con un '</FONT><A HREF="#setbondmode"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>set bondmode not bonded</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>'. Si enlaces "cuasi lineales" dificultaran la visualizaci&oacute;n, el comando '</FONT><A HREF="#setbondmode"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>set bondmode all</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>' a&ntilde;ade marcadores para todos los '</FONT><B><TT>all</B></TT><FONT SIZE=4>' (todos) los &aacute;tomos cuando ejecutemos despu&eacute;s el comando '</FONT><B><TT>wireframe</B></TT><FONT SIZE=4>'. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="write"></P>
</FONT><H3>Write</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<P>Sintaxis: write {&lt;formato&gt;} &lt;nombre de archivo</P>
<FONT SIZE=4><P>Copia la imagen en un archivo en un formato de exportaci&oacute;n est&aacute;ndar. Los formatos de archivos de im&aacute;genes actualmente disponibles son: '</FONT><B><TT>bmp</B></TT><FONT SIZE=4>' (Microsoft bitmap) y '</FONT><B><TT>gif</B></TT><FONT SIZE=4>' (Compuserve GIF), '</FONT><B><TT>iris</B></TT><FONT SIZE=4>' (IRIS RGB), '</FONT><B><TT>ppm</B></TT><FONT SIZE=4>' (Portable Pixmap), '</FONT><B><TT>ras</B></TT><FONT SIZE=4>' (Sun rasterfile), '</FONT><B><TT>ps</B></TT><FONT SIZE=4>' y '</FONT><B><TT>epsf</B></TT><FONT SIZE=4>' (Encapsulated PostScript), '</FONT><B><TT>monops</B></TT><FONT SIZE=4>' (Monochrome Encapsulated PostScript), '</FONT><B><TT>pict</B></TT><FONT SIZE=4>' (Apple PICT), '</FONT><B><TT>vectps</B></TT><FONT SIZE=4>' (Vector Postscript). La orden '</FONT><B><TT>write</B></TT><FONT SIZE=4>' puede usarse tambi&eacute;n para generar guiones de &oacute;rdenes (scripts) para otros programas gr&aacute;ficos. El formato '</FONT><B><TT>script</B></TT><FONT SIZE=4>' produce un archivo del tipo '</FONT><A HREF="#script"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>script</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>' de RasMol que incluye las &oacute;rdenes dadas hasta llegar a producir la imagen actual. El formato '</FONT><B><TT>molscript</B></TT><FONT SIZE=4>' hace lo mismo para producir la mol&eacute;cula actual en la forma de cintas (ribbons) en el programa de Per Kraulis Molscript y el formato '</FONT><B><TT>kinemage</B></TT><FONT SIZE=4>' almacena los comandos de Mage, de David Richardson. Los siguientes formatos pueden usarse con otros programas:: '</FONT><B><TT>povray</B></TT><FONT SIZE=4>' (POVRay 2), '</FONT><B><TT>povray3</B></TT><FONT SIZE=4>' (POVRay 3 -- en desarrollo), '</FONT><B><TT>vrml</B></TT><FONT SIZE=4>' (archivos VRML). Finalmente, se han previsto formatos para almacenar datos phi-psi para ser listados o para la orden '</FONT><B><TT>phipsi</B></TT><FONT SIZE=4>' (los datos phi-psi en forma de lista anotada, que contiene tambi&eacute;n los &aacute;ngulos cis omega), '</FONT><B><TT>ramachan</B></TT><FONT SIZE=4>' y '</FONT><B><TT>RDF</B></TT><FONT SIZE=4>' y '</FONT><B><TT>RamachandranDataFile</B></TT><FONT SIZE=4>' (los datos phi-psi se presentan como columnas de n&uacute;meros para gnuplot), '</FONT><B><TT>RPP</B></TT><FONT SIZE=4>' y '</FONT><B><TT>RamachandranPrinterPlot</B></TT><FONT SIZE=4>' (datos phi-psi para un dibujo de impresora). </P>

<P>
LA diferencia entre este comando y '</FONT><A HREF="#save"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>save</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>' se ha eliminado. La &uacute;nica que resta es que por defecto, si no se introduce especificador de formato '</FONT><A HREF="#save"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>save</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>' genera un archivo '</FONT><B><TT>PDB</B></TT><FONT SIZE=4>' y '</FONT><B><TT>write</B></TT><FONT SIZE=4>' una imagen '</FONT><B><TT>GIF</B></TT><FONT SIZE=4>'. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="zap"></P>
</FONT><H3>Zap</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  zap</PRE>
<FONT SIZE=4><P>Esta orden borra el contenido de la base de datos actual y vuelve a colocar las variables de par&aacute;metros en su estado inicial.</P>
</FONT><P><A NAME="zoom"></P>

<P>
<HR></P>
<H3>Zoom</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  zoom {&lt;booleano&gt;}
           zoom &lt;valor&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>Esta orden altera el aumento de la imagen visualizada. Los par&aacute;metros booleanos o bien aumentan o bien recolocan a cero la escala de la mol&eacute;cula actual. Un par&aacute;metro entero entre 10 y 200 se&ntilde;ala el aumento deseado como un porcentaje de la escala inicial. El par&aacute;metro m&iacute;nimo es 10, el m&aacute;ximo depende del tama&ntilde;o de la mol&eacute;cula que se est&aacute; visualizando. Para una prote&iacute;na de tama&ntilde;o medio es de aproximadamente 500. </P>

<P>
&nbsp;</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="chsetopt"></P>
</FONT><H2>Par&aacute;metros Internos</H2>
<FONT SIZE=4><P></A>RasMol posee un cierto n&uacute;mero de par&aacute;metros internos que pueden ser modificados usando la orden </FONT><A HREF="#set"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>set</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>. Estos par&aacute;metros controlan un cierto n&uacute;mero de opciones del programa como las opciones de presentaci&oacute;n y el mapa de botones del rat&oacute;n. </P>

<P>
Una lista completa de nombres de par&aacute;metros internos se da bajo la orden </FONT><A HREF="#set"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>set</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>. </P></FONT>
<P ALIGN="CENTER"><CENTER><TABLE BORDER CELLSPACING=1 CELLPADDING=2>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setambient"><FONT SIZE=4>Ambient</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setaxes"><FONT SIZE=4>Axes</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setbackground"><FONT SIZE=4>Background</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setbackfade"><FONT SIZE=4>BackFade</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setbondmode"><FONT SIZE=4>BondMode</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setbonds"><FONT SIZE=4>Bonds</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setboundbox"><FONT SIZE=4>BoundBox</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setcartoon"><FONT SIZE=4>Cartoon</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
</TR>

<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setcisangle"><FONT SIZE=4>CisAngle</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setdisplay"><FONT SIZE=4>Display</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setfontsize"><FONT SIZE=4>FontSize</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setfontstroke"><FONT SIZE=4>FontStroke</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#sethbonds"><FONT SIZE=4>HBonds</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#sethetero"><FONT SIZE=4>Hetero</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#sethourglass"><FONT SIZE=4>HourGlass</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#sethydrogen"><FONT SIZE=4>Hydrogen</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
</TR>

<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setkinemage"><FONT SIZE=4>Kinemage</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setmenus"><FONT SIZE=4>Men&uacute;s</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setmonitor"><FONT SIZE=4>Monitor</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setmouse"><FONT SIZE=4>Mouse</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setpicking"><FONT SIZE=4>Picking</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setradius"><FONT SIZE=4>Radius</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setshadepower"><FONT SIZE=4>ShadePower</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setshadow"><FONT SIZE=4>Shadow</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
</TR>

<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setslabmode"><FONT SIZE=4>SlabMode</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setsolvent"><FONT SIZE=4>Solvent</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setspecular"><FONT SIZE=4>Specular</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setspecpower"><FONT SIZE=4>SpecPower</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setstereo"><FONT SIZE=4>Stereo</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setssbonds"><FONT SIZE=4>SSBonds</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setstrands"><FONT SIZE=4>Strands</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#settransparent"><FONT SIZE=4>Transparent</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
</TR>

<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setunitcell"><FONT SIZE=4>UnitCell</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setvectps"><FONT SIZE=4>VectPS</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<P>
<A HREF="#setwrite"><FONT SIZE=4>Write</FONT></A><FONT SIZE=4> </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
</TR>
</TABLE>
</CENTER></P>

<P ALIGN="CENTER">&nbsp;</P>

<P>
<A NAME="setambient"></P>

<P>
<HR></P>
<H3>Set Ambient</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set ambient {&lt;valor&gt;}</PRE>
<FONT SIZE=4><P>El par&aacute;metro </FONT><B><TT>ambient</B></TT><FONT SIZE=4> de RasMol se usa para controlar la intensidad de la luz de fondo en la pantalla. El valor de </FONT><B><TT>ambient</B></TT><FONT SIZE=4> debe estar comprendido entre 0 y 100; este valor se encarga de controlar la intensidad, en porcentaje, de la sombra m&aacute;s oscura de un objeto. En el caso de que el objeto sea opaco, este valor es la intensidad de las superficies que est&eacute;n fuera de la fuente de luz o a la sombra. Para objetos con profundidad (depth-cued) es la intensidad de los objetos m&aacute;s alejados del observador.</P>

<P>
Este par&aacute;metro se utiliza para monitores con diferentes valores gamma de brillo, para cambiar el grado de claridad u oscuridad con el que aparece una imagen al ser impresa desde pantalla; o bien para alterar la sensaci&oacute;n de profundidad producida en las representaciones de alambre o cinta.</P>
</FONT><P><A NAME="setaxes"></P>

<P>
<HR></P>
<H3>Set Axes</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set axes &lt;booleano&gt;
           </PRE>
<FONT SIZE=4><P>El par&aacute;metro de RasMol </FONT><B><TT>axes</B></TT><FONT SIZE=4> controla la visualizaci&oacute;n de los ejes de coordinadas ortogonales en la representaci&oacute;n actual. Los ejes coordinados son aquellos utilizados en el archivo de datos de la mol&eacute;cula y el origen es el centro de la caja de uni&oacute;n de la mol&eacute;cula. La orden </FONT><B><TT>set axes</B></TT><FONT SIZE=4> es parecida a </FONT><A HREF="#setboundbox"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>set boundbox</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> y </FONT><A HREF="#setunitcell"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>set unitcell</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>, que visualizan la caja de uni&oacute;n y la celda unidad cristalogr&aacute;fica respectivamente.</P>
</FONT><P><HR></P>

<P>
&nbsp;</P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="setbackfade"></P>
</FONT><H3>Set Backfade</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set backfade &lt;booleano&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>Se puede "sombrear" un color de fondo arbitrario, en lugar del simplemente negro. Se controla con los comandos "set backfade on" y "set backfade off". Por ejemplo, podemos usar esta caracter&iacute;stica para generar representaciones wireframe (alambre) con profundidad que se desplacen al blanco, en lugar de simplemente negras.</P>
</FONT><P><HR></P>

<P>
&nbsp;</P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="setbackground"></P>
</FONT><H3>Set Background</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set background {&lt;color&gt;}</PRE>
<FONT SIZE=4><P>El par&aacute;metro de RasMol </FONT><B><TT>background</B></TT><FONT SIZE=4> se utiliza para establecer el color del fondo. Puede especificarse el color con el nombre correspondiente, o bien por medio de componentes tripletes de Rojo, Verde y Azul (RVA) separados por comas y delimitados por corchetes. </FONT><A HREF="#help"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>Help colours</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> proporciona una lista de los nombres de colores predefinidos y reconocidos por RasMol. Si se utiliza X Windows, RasMol es capaz de reconocer aquellos colores que se encuentran en la base de datos de nombres de colores del servidor X.</P>

<P>
Las &oacute;rdenes </FONT><B><TT>set background</B></TT><FONT SIZE=4> y </FONT><A HREF="#background"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>background</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> son sin&oacute;nimas.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="setbondmode"></P>
</FONT><H3>Set BondMode</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set bondmode and
           set bondmode or
           set bondmode all
           set bondmode none
           set bondmode not bonded</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden de RasMol </FONT><B><TT>set bondmode</B></TT><FONT SIZE=4> controla el mecanismo utilizado para seleccionar enlaces individuales y modifica la visualizaci&oacute;n de los &aacute;tomos unidos o no unidos en una ejecuci&oacute;n subsecuente de la orden '</FONT><A HREF="#wireframe"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>wireframe</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>'. </P>

<P>
La orden de RasMol </FONT><B><TT>set bondmode</B></TT><FONT SIZE=4> controla el mecanismo utilizado para seleccionar enlaces individuales. Al utilizar las &oacute;rdenes </FONT><A HREF="#select"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>select</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> y </FONT><A HREF="#restrict"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>restrict</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> se selecciona un determinado enlace si a) el modo de enlace es </FONT><B><TT>or</B></TT><FONT SIZE=4> cualquiera de los &aacute;tomos conectados es seleccionados; o b) si el modo de enlace es </FONT><B><TT>and</B></TT><FONT SIZE=4> los dos &aacute;tomos conectados por el enlace son seleccionados. Por lo tanto, se puede seleccionar un enlace dado identificado con la orden </FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>"</FONT><B><TT>set bondmode and</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>"</FONT><FONT SIZE=4> y luego seleccionando &uacute;nicamente los &aacute;tomos a ambos extremos.</P>

<P>
El comando '</FONT><B><TT>bondmode [all | none | not bonded]</B></TT><FONT SIZE=4>' a&ntilde;ade los marcadores '</FONT><A HREF="#star"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>star 75</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>' o '</FONT><A HREF="#spacefill"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>spacefill 75</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>' a los &aacute;tomos designados para una visualizaci&oacute;n '</FONT><A HREF="#wireframe"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>wireframe</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>'. La presentaci&oacute;n en forma de estrellas (Stars) se puede usar cuando el radio especificado en cero. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="setbonds"></P>
</FONT><H3>Set Bonds</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set bonds &lt;booleano&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden RasMol </FONT><B><TT>set bonds</B></TT><FONT SIZE=4> controla la visualizaci&oacute;n de enlaces dobles y triples como l&iacute;neas o cilindros m&uacute;ltiples. Actualmente esta orden solo puede ser le&iacute;da en archivos de formatos MDL Mol, Sybyl Mol2, Tripos Alchemy CIF y mmCIF y algunos PDB. Los enlaces dobles (y triples) se especifican en algunos archivos PDB especificando un enlace dos o tres veces en registros CONECT. El comando "set bonds on" activa la visualizaci&oacute;n de la orden bond, y las &oacute;rdenes "set bonds off" y "set bonds off" la desactiva.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="setboundbox"></P>
</FONT><H3>Set BoundBox</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set boundbox &lt;booleano&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>El par&aacute;metro </FONT><B><TT>boundbox</B></TT><FONT SIZE=4> de RasMol controla la visualizaci&oacute;n de las cajas de uni&oacute;n de la mol&eacute;cula en cuesti&oacute;n. La caja de uni&oacute;n es ortogonal a los ejes coordinados originales del archivo de datos. La orden </FONT><B><TT>set boundbox</B></TT><FONT SIZE=4> es parecida a </FONT><A HREF="#setaxes"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>set axes</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> y </FONT><A HREF="#setboundbox"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>set unitcell</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>; &eacute;stas &uacute;ltimas visualizan ejes de coordenadas ortogonales y la celda unidad respectivamente.</P>

<P>
&nbsp;</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="setcartoon"></P>
</FONT><H3>Set Cartoon</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set cartoon {&lt;booleano&gt;}
           set cartoon {&lt;n&uacute;mero&gt;}</PRE>
<FONT SIZE=4><P>Por defecto, el extremo C -terminal de las hojas beta se visualiza como cabeza de flecha. Podemos activar o desactivar usando la orden </FONT><B><TT>set cartoons<boolean></B></TT><FONT SIZE=4>. La profundidad del dibujo puede ser ajustada usando el comando </FONT><B><TT>set cartoons<number></B></TT><FONT SIZE=4>. La orden </FONT><B><TT>set cartoons</B></TT><FONT SIZE=4> sin par&aacute;metros devuelve las opciones a sus valores por defecto.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="setcisangle"></P>
</FONT><H3>Set CisAngle</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set cisangle {&lt;valor&gt;}</PRE>
<FONT SIZE=4><P>El par&aacute;metro de RasMol '</FONT><B><TT>cisangle</B></TT><FONT SIZE=4>' controla el &aacute;ngulo de corte que identifica enlaces pept&iacute;dicos cis. Si no se le atribuye valor, defectivamente ajusta a 90 grados. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="setdisplay"></P>
</FONT><H3>Set Display</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set display selected
           set display normal</PRE>
<FONT SIZE=4><P>Esta orden controla el modo de visualizaci&oacute;n en RasMol. Por defecto, </FONT><B><TT>set display normal</B></TT><FONT SIZE=4>, visualiza la mol&eacute;cula en la representaci&oacute;n especificada por el usuario. La orden </FONT><B><TT>set display selected</B></TT><FONT SIZE=4> cambia el modo de visualizaci&oacute;n de tal manera que la mol&eacute;cula aparece temporalmente dibujada para indicar su parte seleccionada. El esquema de color especificado por el usuario y la representaci&oacute;n permanecen inalterados. En esta representaci&oacute;n los &aacute;tomos seleccionados aparecen en amarillo, mientras que los no seleccionados en azul. El color de fondo pasa a ser gris oscuro para indicar el cambio en el modo de visualizaci&oacute;n. En la mayor&iacute;a de los casos, esta orden es &uacute;nicamente utilizada por Interfaces Gr&aacute;ficos del Usuario externos (GUIs).</P>
</FONT><P><A NAME="setfontsize"></P>

<P>
<HR></P>
<H3>&nbsp;</H3>
<H3>Set FontSize</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set fontsize {&lt;valor&gt;} { FS | PS }</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden de RasMol '</FONT><B><TT>set fontsize</B></TT><FONT SIZE=4>'
se emplea para controlar el tama&ntilde;o de los caracteres en las etiquetas at&oacute;micas.
Este valor corresponde a la altura del car&aacute;cter en pixeles. El valor
m&aacute;ximo de '</FONT><B><TT>fontsize</B></TT><FONT SIZE=4>' es 48 pixeles,
y el valor por defecto 8 pixeles de altura. Se puede seleccionar espaciado fijo
o proporcional a&ntilde;adiendo los modificadores "FS" o "PS", respectivamente.
Por defecto se activa "FS". Para visualizar las etiquetas en la pantalla use el
comando de RasMol '</FONT><A HREF="#label"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>label</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>'
y para cambiar el color de visualizaci&oacute;n de las etiquetas, use
'</FONT><A HREF="#colour"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>colour
labels</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>'. </P>
</FONT>
<P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="setfontstroke"></P>
</FONT><H3>Set FontStroke</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set fontstroke {&lt;valor&gt;}</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden de RasMol '</FONT><B><TT>set fontstroke</B></TT><FONT SIZE=4>'
se usa pata controlar el tama&ntilde;o del ancho de trazo de los caracteres de las
etiquetas de &aacute;tomos. Este valor asigna el radio, en pixeles, de los cilindros
usados para formar los trazos. El valor especial "0" es el defectivo para el normal
ancho de un pixel, que permite rotaciones y dibujos r&aacute;pidos. Valores distintos
de cero se emplean para permitir formas m&aacute;s art&iacute;sticas para publicaciones
a expensas de tiempo extra para la obtenci&oacute;n de la imagen. </P>

<P>
Cuando se desee un mayor ancho de trazo, se recomienda una mayor fuente, e.g. usando
la orden de RasMol '</FONT><A HREF="#setfontsize"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>set fontsize 24 PS</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>',
seguida de '</FONT><B><TT>set fontstroke 2</B></TT><FONT SIZE=4>' </P>

<P>
El conjunto de caracteres usado para las presentaciones por RasMol con espaciado
fijo y ancho de trazo de un solo pixel y espaciado proporcional y con cilindros
de trazo de 2 pixeles se muestra en la siguiente muestra: </P>

<P>
&nbsp;</P>
</FONT><P ALIGN="CENTER"><IMG SRC="../html_graphics/fontsample.jpg" ALT="[font sample]"></P>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</P>

<P>
Para visualizar etiquetas de &aacute;tomos en pantalla use la orden de RasMol '</FONT><A HREF="#label"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>label</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>', y para cambiar el color el comando '</FONT><A HREF="#colour"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>colour labels</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>'. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="sethbonds"></P>
</FONT><H3>Set HBonds</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set hbonds backbone
           set hbonds sidechain</PRE>
<FONT SIZE=4><P>El par&aacute;metro de RasMol </FONT><B><TT>hbonds</B></TT><FONT SIZE=4> determina si los enlaces de hidr&oacute;geno se trazan entre los &aacute;tomos donantes y aceptantes del enlace de hidr&oacute;geno (</FONT><B><TT>set hbonds sidechain)</B></TT><FONT SIZE=4>, entre los &aacute;tomos de carbonos alfa del eje de la prote&iacute;na, (</FONT><B><TT>set hbonds backbone)</B></TT><FONT SIZE=4>, o entre los &aacute;tomos de f&oacute;sforo del eje del &aacute;cido nucleico (</FONT><B><TT>set hbonds backbone)</B></TT><FONT SIZE=4>. La orden </FONT><A HREF="#hbonds"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>hbonds</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> controla la visualizaci&oacute;n real de los enlaces de hidr&oacute;geno. El trazado de enlaces de hidr&oacute;geno entre los carbonos alfa de prote&iacute;na o los &aacute;tomos de f&oacute;sforo de los &aacute;cidos nucleicos resulta &uacute;til cuando el resto de la mol&eacute;cula es representada esquem&aacute;ticamente, con los modelos '</FONT><A HREF="#backbone"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>backbone</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4></FONT>' <FONT SIZE=4>(eje), </FONT><A HREF="#ribbons"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>ribbons</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><FONT SIZE=4>("cintas") o </FONT><A HREF="#strands"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>strands.</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> ("filamentos"). Este par&aacute;metro es parecido a </FONT><A HREF="#setssbonds"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>ssbonds</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>.</P>
</FONT><P>&nbsp;</P>

<P>
<A NAME="sethetero"></P>

<P>
<HR></P>
<H3>Set Hetero</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set hetero &lt;booleano&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>El par&aacute;metro </FONT><B><TT>hetero</B></TT><FONT SIZE=4> sirve para modificar el funcionamiento preestablecido de la orden </FONT><A HREF="#select"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>select</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> de RasMol, esto es, el funcionamiento de </FONT><B><TT>select</B></TT><FONT SIZE=4> sin ning&uacute;n par&aacute;metro. Cuando este valor es falso, </FONT><B><TT>false</B></TT><FONT SIZE=4>, el grupo por defecto de </FONT><A HREF="#select"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>select</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> no incluye ning&uacute;n &aacute;tomo heterog&eacute;neo (vease </FONT><A HREF="#heteroset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>hetero</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>). Cuando este valor es verdadero, </FONT><B><TT>true</B></TT><FONT SIZE=4>, el grupo por defecto </FONT><A HREF="#select"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>select</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> puede contener &aacute;tomos hetero. Este par&aacute;metro es parecido a </FONT><A HREF="#sethydrogen"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>hydrogen</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>, que determina si los &aacute;tomos de hidr&oacute;geno deber&iacute;an incluirse en el grupo de &aacute;tomos por defecto.</P>
</FONT><P><HR></P>
<H3><A NAME="sethourglass">Set HourGlass</H3>
<PRE></A>
Sintaxis:  set hourglass &lt;booleano&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>Este par&aacute;metro </FONT><B><TT>hourglass</B></TT><FONT SIZE=4> sirve para que el usuario pueda activar o desactivar el uso del cursor "reloj de arena", utilizado por RasMol para indicar que el programa en esos momentos est&aacute; ocupado configurando el siguiente marco. La orden </FONT><B><TT>set hourglass on</B></TT><FONT SIZE=4> activa el indicador; mientras que </FONT><B><TT>set hourglass off</B></TT><FONT SIZE=4> impide a RasMol cambiar el cursor. Esto resulta especialmente &uacute;til al girar a mol&eacute;cula, ejecutar una secuencia de &oacute;rdenes desde un archivo de texto (script) o al utilizar la comunicaci&oacute;n entre procesos para ejecutar secuencias complejas de &oacute;rdenes. En &eacute;ste caso un cursor parpadeante podr&iacute;a distraer la atenci&oacute;n.</P>

<P>
&nbsp;</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="sethydrogen"></P>
</FONT><H3>Set Hydrogen</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>Sintaxis:  set hydrogen &lt;booleano&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>Este par&aacute;metro </FONT><B><TT>hydrogen</B></TT><FONT SIZE=4> modifica el comportamiento por defecto de la orden </FONT><A HREF="#select"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>select</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>, es decir el comportamiento de </FONT><B><TT>select</B></TT><FONT SIZE=4> sin ning&uacute;n par&aacute;metro. Si este valor es "falso" (</FONT><B><TT>false</B></TT><FONT SIZE=4>), la regi&oacute;n por defecto de </FONT><A HREF="#select"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>select</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> no incluye ning&uacute;n &aacute;tomo de hidr&oacute;geno o deuterio (sino que se refiere al grupo predefinido "hidr&oacute;geno" -</FONT><A HREF="#hydrogenset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>hydrogen</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>-). Si el valor del es "verdadero" ("true"), la regi&oacute;n por defecto de </FONT><A HREF="#select"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>select</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> puede contener &aacute;tomos de hidr&oacute;geno. Este par&aacute;metro es parecido a </FONT><A HREF="#sethetero"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>hetero</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>, que determina si los &aacute;tomos heterog&eacute;neos deber&iacute;an ser incluidos en el grupo inicial. Si el valor de los dos par&aacute;metros (</FONT><A HREF="#hydrogenset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>hydrogen</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><FONT SIZE=4>y </FONT><A HREF="#sethetero"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>hetero</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>) es verdadero, </FONT><A HREF="#select"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>select</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> equivale a </FONT><A HREF="#select"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>select all.</B></U></FONT></TT></A></P>

<P>
<HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="setkinemage"></P>
</FONT><H3>Set Kinemage</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set kinemage &lt;booleano&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden de RasMol </FONT><B><TT>set kinemage</B></TT><FONT SIZE=4> controla la cantidad de detalles almacenados en un archivo de salida Kinemage, creado por la orden </FONT><A HREF="#write"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>write kinemage</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> Los archivos de salida kinemage est&aacute;n pensados para que el programa Mage de David Richardson los visualice. </FONT><B><TT>set kinemage false</B></TT><FONT SIZE=4>, la orden preestablecida, s&oacute;lo almacena en el archivo de salida de datos generados la representaci&oacute;n que est&aacute; siendo visualizada en ese momento. La orden </FONT><B><TT>set kinemage true</B></TT><FONT SIZE=4> genera un Kinemage m&aacute;s complejo que contiene tanto las representaciones de alambre y de backbone, como los ejes coordinados, la caja de uni&oacute;n y la c&eacute;lula unidad del cristal.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="setmenus"></P>
</FONT><H3>Set Men&uacute;s</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set men&uacute;s &lt;booleano&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden </FONT><B><TT>set men&uacute;s</B></TT><FONT SIZE=4> activa la barra o botones del men&uacute; sobre el fondo de la pantalla. Por lo general, &uacute;nicamente hacen uso de esta orden los Interfaces Gr&aacute;ficos de Usuario. En Microsoft Windows, esta orden se utiliza para crear im&aacute;genes lo m&aacute;s grandes posibles.</P>
</FONT><P><HR></P>

<P>
&nbsp;</P>
<H3><A NAME="setmonitor">Set Monitor</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set monitor &lt;booleano&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>Las etiquetas de monitor a distancia </FONT><B><TT>distance monitor labels</B></TT><FONT SIZE=4> pueden ser anuladas con la orden </FONT><B><TT>set monitors off</B></TT><FONT SIZE=4>, y restablecidas con la orden </FONT><B><TT>set monitors on</B></TT><FONT SIZE=4>.</P>
</FONT><P><A NAME="setmouse"></P>

<P>
<HR></P>
<H3>Set Mouse</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set mouse rasmol
           set mouse insight
           set mouse quanta</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden </FONT><B><TT>set mouse</B></TT><FONT SIZE=4> ajusta los enlaces de rotaci&oacute;n, desplazamiento, escalado y zoom del rat&oacute;n. El valor inicial es </FONT><B><TT>rasmol</B></TT><FONT SIZE=4> que es adecuado para ratones de dos botones (en los ratones de dos botones, el segundo y el tercer bot&oacute;n son sin&oacute;nimos). El primer bot&oacute;n controla las rotaciones X-Y, y el segundo los desplazamientos X-Y. Al pulsar una tecla modificadora se controlan funciones adicionales: Techa de desplazamiento [Shift] y el primer bot&oacute;n escala. Desplazamiento [Shift] y el segundo bot&oacute;n produce rotaciones sobre el eje Z.[Control] y el primer bot&oacute;n del rat&oacute;n controla el plano de corte. </FONT><B><TT>insight</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> y </FONT><B><TT>quanta</B></TT><FONT SIZE=4> producen los mismos efectos que el de esos paquetes, para usuarios experimentados.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="setpicking"></P>
</FONT><H3>Set Picking</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set picking &lt;booleano&gt;
           set picking off
           set picking none
           set picking ident
           set picking distance
           set picking monitor
           set picking angle
           set picking torsion
           set picking label
           set picking centre
           set picking center
           set picking coord
           set picking bond
           set picking atom
           set picking group
           set picking chain
 </PRE>
<FONT SIZE=4><P>La serie de &oacute;rdenes '<tt><b>set picking</b></tt>' act&uacute;a
modificando como un usuario interact&uacute;a con una mol&eacute;cula
visualizada en la pantalla de Rasmol.</P>
<B><P>Activando/desactivando la elecci&oacute;n de la identificaci&oacute;n
del atomo</B>. Clicar sobre un
&aacute;tomo con el rat&oacute;n produce la identificaci&oacute;n y
visualizaci&oacute;n del nombre del grupo (o residuo),
n&uacute;mero del grupo, nombre del &aacute;tomo, numero de
serie del &aacute;tomo y cadena en la ventana de &oacute;rdenes.
Esta conducta se desactiva con la orden '<tt><b><B>set picking none</B></b></tt>' y
se restaura con '<tt><b>set picking ident</b></tt>'. La orden
'</FONT><B><TT>set picking coord</B></TT><FONT SIZE=4>' a&ntilde;ade
las coordenadas at&oacute;micas del atom que se visualiza. </P>

<P>
Desactivar el picado usando '<tt><b>set picking off</b></tt>' es &uacute;til
cuando efectuamos una pausa con la orden 
'</FONT><A HREF="#pause"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>pause</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>'
en los script de RasMol ya que previene la aparici&oacute;n de mensajes
espurios en la ventana de comandos mientras el script esta suspendido.</P>

<B><P>Midiendo distancias, angulos y torsiones</B>. Se pueden medir
interact&iacute;vamente distancias, &aacute;ngulos y torsiones
usando los comandos: '</FONT><B><TT>set picking distance</B></TT><FONT SIZE=4>',
'</FONT><B><TT>set picking monitor</B></TT><FONT SIZE=4>',
'</FONT><B><TT>set picking angle</B></TT><FONT SIZE=4>'
y '</FONT><B><TT>set picking torsion</B></TT><FONT SIZE=4>',
respectivamente. 
En estos modos, clicar sobre un &aacute;tomo resulta en que esta
sea identificado. Adem&aacute;s cada &aacute;tomo picado incrementa
un m&oacute;dulo contador tal que en modo de distancia se visualiza
la distancia entre ese y un segundo &aacute;tomo, y siempre as&iacute;.
En modo angular, cada tercer &aacute;ngulo picado visualiza el &aacute;ngulo
entre los tres &aacute;tomos picados anteriormente, y en modo torsi&oacute;n
cada cuarto &aacute;ngulo picado produce la visualizaci&oacute;n del
&aacute;ngulo de torsi&oacute;n entre los cuatro. Pulsando la tecla
de desplazamiento (shift) mientras picamos sobre un &aacute;tomo,
este m&oacute;dulo contador no se incrementa, por lo que podemos medir
distancias de otra forma. V&eacute;ase el<!--MZ2 this
sentence added:--> comando 
'</FONT><A HREF="#monitor"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>monitor</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>'
para saber como controlar las l&iacute;neas y etiquetas del monitor de distancia. 
<B><P>Marcando &aacute;tomos con el rat&oacute;n.</B> El rat&oacute;n puede
ser usado tambi&eacute;n para obtener informaci&oacute;n en forma de etiqueta
de un &aacute;tomo dado. La orden de RasMol '<tt><b>set picking label</b></tt>' elimina
la etiqueta de un &aacute;tomo picado si la ten&iacute;a, o la visualiza
si no la ten&iacute;a.</P>


<B><P>Centrando la rotaci&oacute;n con el rat&oacute;n</B>. Una mol&eacute;cula puede
ser centrada sobre el &aacute;tomo especificado usando
'<tt><B>set picking centre</B></tt>' o '<tt><B>set picking center</B></tt>'.
En este modo, picar un &aacute;tomo hace que todas las
 rotaciones sean alrededor de ese punto.</P>
<P>
<b>Eligir de un enlace como eje de rotaci&#243;n</b>. 
Cualquier enlace se puede escoger como eje de la rotaci&#243;n
para la porci&#243;n de la mol&eacute;cula m&#225;s all&#225; del segundo &#225;tomo
seleccionado.  Esta caracter&#237;stica se debe utilizar con la
precauci&#243;n, puesto que, naturalmente, cambia la conformaci&#243;n de la
mol&eacute;cula.  Despu&eacute;s de ejecutarse 
'<tt><b>set picking bond</b></tt>' o utilizar equivalente '<tt><b>Elegir enlace</b></tt>'
en '<tt><b>Configuraci&#243;nes</b></tt>' men&uacute;, uno enlace
para ser rotar ser escoger con mismo clase rat&#243;n tecleo como ser
utilizar para cosecha &#225;tomo para uno distancia medida.  Esto debe ser
hecha normalmente donde existe un enlace, pero si existe ning&uacute;n
enlace, ser&#225; agregado.  El enlace no se puede utilizar para la
rotaci&#243;n si es parte de un anillo de cualquier talla.  Todos los
enlaces seleccionados para la rotaci&#243;n son recuerdan para poderlos
se&#241;alar correctamente cuando escribir una escritura, pero solamente
el enlace lo m&#225;s recientemente posible seleccionado puede ser rotada
activamente.
<p>
<b> Habilitar de elegir de la selecci&#243;n de Atom/Group/Chain</b>.
Los &#225;tomos, los grupos y los encadenamientos pueden ser
seleccionados (como si con '<tt><b>select</b></tt>' comando), con
'<tt><b>set picking atom</b></tt>',
'<tt><b>set picking group</b></tt>',
'<tt><b>set picking chain</b></tt>' comandos.  Para cada uno de estos comandos, la tecla de
may&uacute;sculas se puede utilizar para tener una nueva selecci&#243;n agregada
al viejo, y la tecla de control se puede utilizar para tener una nueva
selecci&#243;n suprimida del viejo.  Cuando se da el 
comando '<tt><b>set picking atom</b></tt>', el rat&#243;n puede ser utilizado para
escoger o para arrastrar un rect&#225;ngulo alrededor de los &#225;tomos para
los cuales se desea la selecci&#243;n.  Cuando se da el comando '<tt><b>set picking group</b></tt>'
, el escoger cualquier un &#225;tomo causar&#225;
la selecci&#243;n de todos los &#225;tomos que convengan en n&uacute;mero de residuo
con el &#225;tomo escogido, incluso si en diversos encadenamientos.
Cuando se da el comando '<tt><b>set picking chain</b></tt>', escogiendo cualquier
&#225;tomo causar&#225; la
selecci&#243;n de todos los &#225;tomos que convengan en el identificador de cadena 
con el &#225;tomo escogido.

 
 
 
 
 
</FONT>


<P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="setradius"></P>
</FONT><H3>Set Radius</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set radius {&lt;valor&gt;}</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden de RasMol </FONT><B><TT>set radius</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><FONT SIZE=4>se utiliza para alterar el comportamiento de la orden </FONT><A HREF="#dots"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>dots</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> dependiente del valor del par&aacute;metro</FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><A HREF="#setsolvent"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>solvent</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>. </FONT><FONT SIZE=4>Cuando el par&aacute;metro</FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><A HREF="#setsolvent"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>solvent</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><FONT SIZE=4>es "verdadero" </FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>(</FONT><B><TT>true</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>), </FONT><FONT SIZE=4>el par&aacute;metro </FONT><B><TT>radius</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><FONT SIZE=4>controla la posibilidad de que la orden</FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><A HREF="#dots"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>dots</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><FONT SIZE=4>genere una superficie Van der Waal verdadera. Si el valor de </FONT><B><TT>radius</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><FONT SIZE=4>no es cero, &eacute;ste se utiliza como el radio de cada &aacute;tomo en lugar de su valor VdW verdadero. Cuando el valor de </FONT><A HREF="#setsolvent"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>solvent</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><FONT SIZE=4>es verdadero</FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> (</FONT><B><TT>true</B></TT><FONT SIZE=4>), este par&aacute;metro determina el radio para el disolvente de "la esfera de prueba" (`probe sphere'). El par&aacute;metro se puede especificar en unidades rasmol enteras o en decimales en unidades angstr&oacute;ms. El valor por defecto de este par&aacute;metro es determinado por el valor de</FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><A HREF="#setsolvent"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>solvent</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>; </FONT><FONT SIZE=4>y cambiando</FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><A HREF="#setsolvent"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>solvent</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><FONT SIZE=4>se reestablece </FONT><B><TT>radius</B></TT><FONT SIZE=4> en su nuevo valor inicial.</P>





<P>
&nbsp;</P>
</FONT><P><HR></P>



<FONT SIZE=4><P><A NAME="setshadepower"></P>
</FONT><H3>Set ShadePower</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set shadepower {&lt;valor&gt;}</PRE>
<FONT SIZE=4><P>El par&aacute;metro </FONT><B><TT>shadepower</B></TT><FONT SIZE=4>
determina el reparto del matiz (el contraste) usado en la representaci&#243;n de objetos
s&#243;lidos.  Este valor entre 0 y 100 ajusta sombrear en una superficie
del objeto orientada a lo largo de la direcci&#243;n a la fuente de luz.
Cambiar el par&#225;metro del shadepower no cambia el m&#225;ximo o los
valores m&#237;nimos de este sombrear, al igual que el cambiar
'<a href="#setambient" ><tt><b>ambient</b></tt></a>' par&#225;metro.  Un
valor de 100 concentrados la luz en la tapa
de esferas, dando una representaci&#243;n altamente specular, vidriosa
(v&eacute;ase '<a href="#setspecpower" ><tt><b>specpower</b></tt></a>' par&#225;metro).
Un valor de 0 distribuye la luz en el objeto
entero.
<p>
 Esta puesta en pr&#225;ctica del shadepower es diferente de la que
est&#225; en RasTop solamente en la selecci&#243;n de la extensi&oacute;n (0 a 100 contra -20
a 20 en RasTop).
</FONT><P><HR></P>


<FONT SIZE=4><P><A NAME="setshadow"></P>
</FONT><H3>Set Shadow</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set shadow &lt;booleano&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden de RasMol </FONT><B><TT>set shadow</B></TT><FONT SIZE=4> activa y desactiva
el trazado de rayos de la imagen representada, lo que produce sombras. Hasta ahora, s&oacute;lo
la representaci&oacute;n Spacefilling puede ser sombreada o emitir sombras. La capacidad de
emisi&oacute;n de sombras desactivar&aacute; autom&aacute;ticamente el plano que corta el eje
Z utilizando la orden </FONT><A HREF="#slab"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>slab off</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>.
El trazado de rayos dura aproximadamente 10 segundos en una prote&iacute;na de
tama&ntilde;o medio. Se recomienda que el proceso de sombrear sea desactivado mientras
que se manipula o transforma la mol&eacute;cula y que se active &uacute;nicamente una vez
que se haya seleccionado un perspectiva apropiada, con el fin de proporcionar una mayor
sensaci&oacute;n de profundidad.</P>
</FONT><P><HR></P>

<FONT SIZE=4><P><A NAME="setslabmode"></P>
</FONT><H3>Set SlabMode</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set slabmode &lt;par&aacute;metro&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>El par&aacute;metro de RasMol </FONT><B><TT>slabmode</B></TT><FONT SIZE=4> controla el m&eacute;todo de representaci&oacute;n de los objetos cortados por el plano que corta el eje Z. Par&aacute;metros v&aacute;lidos de slabmode son "</FONT><B><TT>reject</B></TT><FONT SIZE=4>", "</FONT><B><TT>half</B></TT><FONT SIZE=4>", "</FONT><B><TT>hollow</B></TT><FONT SIZE=4>", "</FONT><B><TT>solid</B></TT><FONT SIZE=4>" y "</FONT><B><TT>section</B></TT><FONT SIZE=4>". </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="setsolvent"></P>
</FONT><H3>Set Solvent</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set solvent &lt;booleano&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La orden de RasMol </FONT><B><TT>set solvent</B></TT><FONT SIZE=4> controla el comportamiento de la orden </FONT><A HREF="#dots"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>dots</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>. Dependiendo del valor del par&aacute;metro </FONT><B><TT>solvent</B></TT><FONT SIZE=4>, la orden </FONT><A HREF="#dots"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>dots</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> genera bien una superficie Van der Waal o una superficie accesible al soluto alrededor del grupo de &aacute;tomos seleccionados. Al cambiar este par&aacute;metro se recoloca el valor del par&aacute;metro "radius". La orden </FONT><B><TT>set solvent false</B></TT><FONT SIZE=4>, el valor inicial, indica que deber&iacute;amos generar una superficie VdW y reestablecer el valor de </FONT><A HREF="#setradius"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>radius</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> a cero. La orden </FONT><B><TT>set solvent true</B></TT><FONT SIZE=4> indica que un disolvente accesible a la superficie de "Connolly" o "Richards" deber&iacute;a ser dibujado y establecer el par&aacute;metro </FONT><A HREF="#setradius"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>radius</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>, el radio disolvente, a 1, 2 angstr&oacute;ms (o 300 unidades rasmol).</P>
</FONT><P>&nbsp;</P>

<P>
<A NAME="setspecular"></P>

<P>
<HR></P>
<H3>Set Specular</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set specular &lt;booleano&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="setspecpower">La orden de RasMol </FONT><B><TT>set specular</B></TT><FONT SIZE=4> activa y desactiva la visualizaci&oacute;n de reflejos luminosos sobre aquellos objetos opacos dibujados por RasMol. Los haces de luces especulares aparecen como reflejos blancos de la fuente de luz sobre la superficie del objeto. La aplicaci&oacute;n actual de RasMol utiliza una funci&oacute;n de aproximaci&oacute;n para generar este haz de luz.</P>

<P>
El coeficiente de reflexi&oacute;n especular puede alterar los haces de luces especulares sobre la superficie de objetos opacos; dicho coeficiente se puede modificar con la orden </FONT><A HREF="#setspecpower"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>set specpower</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>.</P>
</FONT><P><HR></P>
<H3>Set SpecPower</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set specpower {&lt;valor&gt;}</PRE>
<FONT SIZE=4><P>El par&aacute;metro </FONT><B><TT>specpower</B></TT><FONT SIZE=4> determina el brillo de los objetos s&oacute;lidos representados por RasMol. Este valor, entre 0 y 100, ajusta el coeficiente de reflexi&oacute;n utilizado en los c&aacute;lculos de haces de luces especulares. La orden </FONT><A HREF="#setspecular"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>set specular</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> activa y desactiva estos haces de luces especulares. Los valores comprendidos entre 20 y 30 dan lugar a superficies con apariencia de pl&aacute;stico. Los valores altos (20 o 30) crean superficies m&aacute;s brillantes, como metales; mientras que los m&aacute;s bajos producen superficies m&aacute;s difusas u oscuras.</P>

<P>
&nbsp;</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="setssbonds"></P>
</FONT><H3>Set SSBonds</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set ssbonds backbone
           set ssbonds sidechain</PRE>
<FONT SIZE=4><P>El par&aacute;metro de RasMol </FONT><B><TT>ssbonds</B></TT><FONT SIZE=4> determina si se dibujan los puentes de disulfuro entre los &aacute;tomos de azufre de la cadena lateral (lo preestablecido) o entre los &aacute;tomos de carbono alfa en el eje de los residuos de ciste&iacute;na. La orden </FONT><A HREF="#ssbonds"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>ssbonds</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> controla la visualizaci&oacute;n actual de puentes de disulfuro. El dibujar puentes de disulfuro entre los carbonos alfas resulta &uacute;til cuando el resto de la prote&iacute;na aparece representada esquem&aacute;ticamente en "eje" (</FONT><A HREF="#backbone"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>backbone</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>) ,"cintas" (</FONT><A HREF="#ribbons"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>ribbons</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>), o "filamentos" (</FONT><A HREF="#strands"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>strands</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>). Este par&aacute;metro es parecido a </FONT><A HREF="#sethbonds"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>hbonds</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="setstereo"></P>
</FONT><H3>Set Stereo</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set stereo &lt;booleano&gt;
         set stereo [-] &lt;n&uacute;mero&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>El par&aacute;metro de RasMol </FONT><B><TT>set stereo</B></TT><FONT SIZE=4> controla la separaci&oacute;n entre las im&aacute;genes izquierda y derecha. Activar y desactivar est&eacute;reo no reposiciona el centro de la mol&eacute;cula.</P>

<P>
La visi&oacute;n est&eacute;reo de una mol&eacute;cula puede ser activada (y desactivada) bien seleccionando '</FONT><B><TT>Stereo</B></TT><FONT SIZE=4>' en el men&uacute; '</FONT><B><TT>Options</B></TT><FONT SIZE=4>', o bien tecleando las &oacute;rdenes '</FONT><B><TT>stereo on</B></TT><FONT SIZE=4>' o '</FONT><B><TT>stereo off</B></TT><FONT SIZE=4>'. </P>

<P>
El &aacute;ngulo de separaci&oacute;n entre las dos vistas puede ser ajustado con la orden </FONT><B><TT>set stereo [-] &lt;number&gt;</B></TT><FONT SIZE=4>, donde los valores positivos representan visi&oacute;n relajada y negativos ojos cruzados. Actualmente, la visi&oacute;n est&eacute;reo no est&aacute; implementada para los archivos de salida '</FONT><A HREF="#setvectps"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>vector PostScript</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>'. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="setstrands"></P>
</FONT><H3>Set Strands</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set strands {&lt;valor&gt;}</PRE>
<FONT SIZE=4><P>El par&aacute;metro de RasMol </FONT><B><TT>strands</B></TT><FONT SIZE=4> controla el n&uacute;mero de filamentos paralelos que se visualizan en las representaciones en "cintas" ("ribbons") de las prote&iacute;nas. Los valores permitidos para este par&aacute;metro son 1, 2, 3, 4, 5 y 9. El valor inicial es 5. En todas las cintas visualizadas, el n&uacute;mero de filamentos es constante. No obstante, la anchura de la cinta (la separaci&oacute;n entre los filamentos) sobre un residuo se puede controlar a trav&eacute;s de una base de residuo con el comando </FONT><A HREF="#ribbons"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>ribbons</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>. </P>

<P>
&nbsp;</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="settransparent"></P>
</FONT><H3>Set Transparent</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set transparent &lt;booleano&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>El par&aacute;metro interno de RasMol '</FONT><B><TT>transparent</B></TT><FONT SIZE=4>' controla la escritura de imagenes GIFs transparentes con el commando '</FONT><A HREF="#write"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>write gif &lt;nombre de archivo&gt;</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>'. Esto se maneja mediante las &oacute;rdenes '</FONT><B><TT>set transparent on</B></TT><FONT SIZE=4>' y '</FONT><B><TT>set transparent off</B></TT><FONT SIZE=4>'. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="setunitcell"></P>
</FONT><H3>Set UnitCell</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set unitcell &lt;booleano&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>El par&aacute;metro </FONT><B><TT>unitcell</B></TT><FONT SIZE=4> controla la visualizaci&oacute;n de la c&eacute;lula unidad cristalogr&aacute;fica. La c&eacute;lula del cristal se activa &uacute;nicamente si la informaci&oacute;n apropiada sobre la simetr&iacute;a de cristal se encuentra en el archivo PDB. La orden </FONT><A HREF="#show"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>show symmetry</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> visualiza detalles de los grupos espaciales y los ejes de las c&eacute;lulas de unidad cristalogr&aacute;fica. La orden </FONT><B><TT>set unitcell</B></TT><FONT SIZE=4> es parecida a las &oacute;rdenes </FONT><A HREF="#setaxes"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>set axes</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> y </FONT><A HREF="#setboundbox"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>set boundbox</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> que visualizan ejes coordinados ortogonales y la caja de uni&oacute;n respectivamente.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="setvectps"></P>
</FONT><H3>Set VectPS</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set vectps &lt;booleano&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>El par&aacute;metro </FONT><B><TT>vectps</B></TT><FONT SIZE=4> controla la forma en que la orden </FONT><A HREF="#write"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>write</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> genera archivos de salida vectoriales . La orden </FONT><B><TT>set vectps on</B></TT><FONT SIZE=4> activa el uso de perfiles negros alrededor de las esferas y enlaces de cilindro con lo cual se produce un resultado de alta resoluci&oacute;n, similar al conseguido en los "dibujos animados". No obstante, la actual aplicaci&oacute;n de RasMol ilustra incorrectamente esferas intersectadas, a su vez, por m&aacute;s de una esfera. Por lo tanto, los modelos "ball and stick" son representados correctamente pero no los modelos de esferas spacefilling. </FONT><B><TT>set vectps off</B></TT><FONT SIZE=4> desactiva, por defecto, los perfiles negros.</P>

<P>
&nbsp;</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="setwrite"></P>
</FONT><H3>Set Write</H3>
<FONT SIZE=4></A>
<PRE>
Sintaxis:  set write &lt;booleano&gt;</PRE>
<FONT SIZE=4><P>La ord&eacute;n de RasMol </FONT><B><TT>set write</B></TT><FONT SIZE=4> activa (y desactiva) el uso de '</FONT><A HREF="#save"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>save</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>' y '</FONT><A HREF="#write"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>write</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>' de los guiones (scripts), pero solo puede ser ejecutada desde la l&iacute;nea de comandos. Por defecto, su valor es '</FONT><B><TT>false</B></TT><FONT SIZE=4>', prohibiendo la producci&oacute;n de archivos en cualquier script ejecutado al arrancar (como aquellos cargados de un navegante WWW). Sin embargo, se puede arrancar RasMol interact&iacute;vamente: Teclee '</FONT><B><TT>set write on</B></TT><FONT SIZE=4>' y entonces ejecute un script para generar cada uno de los marcos (frames) empleando la orden </FONT><B><FONT SIZE=2>source</B></FONT><FONT SIZE=4>. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="chexprs"></P>
</FONT><H2>Expresiones at&oacute;micas</H2>
<FONT SIZE=4><P></A>Las expresiones de &aacute;tomos RasMol solo identifican, arbitrariamente, un grupo de &aacute;tomos dentro de una mol&eacute;cula. Las expresiones de &aacute;tomos se componen de expresiones primitivas, conjuntos predefinidos, operadores de comparaci&oacute;n, expresiones internas (</FONT><B><TT>within)</B></TT><FONT SIZE=4>, o combinaciones l&oacute;gicas (booleanas) de los tipos de expresiones arriba mencionadas. </P>

<P>
Los operadores &oacute;gicos hacen posible b&uacute;squedas complejas a partir de b&uacute;squedas simples utilizando los conectores booleanos est&aacute;ndares </FONT><B><TT>and</B></TT><FONT SIZE=4>, </FONT><B><TT>or</B></TT><FONT SIZE=4> y </FONT><B><TT>not</B></TT><FONT SIZE=4>, que pueden ser abreviados por los siguientes s&iacute;mbolos: "</FONT><B><TT>&amp;</B></TT><FONT SIZE=4>", "</FONT><B><TT>|</B></TT><FONT SIZE=4>", y "</FONT><B><TT>!</B></TT><FONT SIZE=4>", respectivamente. Los par&eacute;ntesis pueden emplearse para alterar la precedencia de los operadores. Es conveniente utilizar una coma para la disyunci&oacute;n booleana.</P>

<P>
Para cada &aacute;tomo se eval&uacute;a la expresi&oacute;n de &aacute;tomo, por tanto </FONT><B><TT>protein and backbone</B></TT><FONT SIZE=4> selecciona &aacute;tomos del eje de la prote&iacute;na, y, no los &aacute;tomos de eje de prote&iacute;nas y &aacute;cidos nucleicos.</P>
</FONT><PRE>
Ejemplos:    <B>backbone and not helix
</B>             <B>within( 8.0, ser70 )
</B>             <B>not (hydrogen or hetero)
</B>             <B>not *.FE and hetero
</B>             <B>8, 12, 16, 20-28
</B>             <B>arg, his, lys</PRE>

<UL>
</B><LI><A HREF="#primitiveexpressions"><FONT SIZE=4>Expresiones primitivas</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#predefinedsets"><FONT SIZE=4>Pajustes (set) predefined</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#comparisonoperators"><FONT SIZE=4>Operadores comparativos</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI>
</FONT><LI><A HREF="#withinexpressions"><FONT SIZE=4>Expresiones "en" (within)</FONT></A> </LI>
<LI><A HREF="#exampleexpressions"><FONT SIZE=4>Ejemplos</FONT></A><FONT SIZE=4> </LI></UL>

</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="exampleexpressions"></P>
</FONT><H3>Expresiones de ejemplo</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Aqu&iacute; se dan ejemplos &uacute;tiles de expresiones de &aacute;tomos RasMol. </P>
</FONT><PRE>
    <B>Expresi&oacute;n</B>      <B>Interpretaci&oacute;n
</B>
    *               Todos los &aacute;tomos
    cys             &aacute;tomos de ciste&iacute;nas
    hoh             &aacute;tomos heterog&eacute;neos o mol&eacute;culas de agua
    as?             &aacute;tomos de asparagina o &aacute;cido asp&aacute;rtico
    *120            &aacute;tomos en el residuo 120 de todas las cadenas
    *p              &aacute;tomos en la cadena P
    *.n?            &aacute;tomos de nitrogeno
    cys.sg          &aacute;tomos de azufre en residuos de cisteina
    ser70.c?        &aacute;tomos de carbono en la serina 70
    hem*p.fe        &aacute;tomos de hierro en los grupos hemo de la cadena P
    *.*;A           Todos los &aacute;tomos en comformaci&oacute;n alternativa A
    */4             Todos &aacute;tomos del modelo 4</PRE>

<P>
<HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="primitiveexpressions"></P>
</FONT><H3>Expresiones Primitivas</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Las expresiones primitivas de RasMol son los pilares fundamentales de las expresiones de &aacute;tomos. Hay dos tipos de expresiones primitivas. El primero, sirve para identificar el n&uacute;mero de un residuo determinado o una gama de n&uacute;meros de residuos. Un &uacute;nico residuo se identifica por su n&uacute;mero (posici&oacute;n en la secuencia), mientras que una gama por un l&iacute;mite superior e inferior separados por un gui&oacute;n. Por ejemplo </FONT><B><TT>select 5,6,7,8</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><FONT SIZE=4>es lo mismo que</FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><B><TT>select 5-8.</B></TT><FONT SIZE=4> N&oacute;tese que as&iacute; se seleccionan los n&uacute;meros de residuos determinados en todas las cadenas de la macromol&eacute;cula. </P>

<P>
El segundo tipo de expresiones primitivas especifica una secuencia de campos que deben corresponder a un &aacute;tomo dado. La primera parte especifica un residuo (o grupo de residuos) y una segunda parte opcional especifica los &aacute;tomos dentro de esos residuos. La primera parte consiste en un nombre de residuo seguido, opcionalmente, de un n&uacute;mero de residuo y/o de un identificador de cadena. Un residuo consta t&iacute;picamente de hasta 3 caracteres alfab&eacute;ticos, caso insensibles. As&iacute; las expresiones primitivas '</FONT><B><TT>SER</B></TT><FONT SIZE=4>' y '</FONT><B><TT>ser</B></TT><FONT SIZE=4>' son equivalentes, identificando a todos los residuos serina. Los nombres de residuos que contengan caracteres no alfab&eacute;ticos, como p. e. los grupos fosfato, pueden ser delimitados entre corchetes, <I>i.e.</I> '</FONT><B><TT>[SO4]</B></TT><FONT SIZE=4>'. </P>

<P>
El n&uacute;mero de residuo trata de ser la posici&oacute;n del residuo en la cadena, pero la presencia de n&uacute;meros negativos, de huecos entre cadenas o dentro de una cadena, e incluso numeraciones "al rev&eacute;s" son permitidos en el formato PDB. Debe tenerse cuidado en especificar nombre y n&uacute;mero del residuo. Si no coinciden nombre y n&uacute;mero no se seleccionan &aacute;tomos. </P>

<P>
El identificador de cadena es t&iacute;picamente un &uacute;nico car&aacute;cter alfab&eacute;tico caso-insensible, o bien un car&aacute;cter num&eacute;rico. Los identificadores de cadena de tipo num&eacute;rico deben separarse de los n&uacute;meros de residuo e identificarse mediante un signo de dos puntos. Por ejemplo: </FONT><B><TT>SER70A </B></TT><FONT SIZE=4>para el identificador alfab&eacute;tico de cadena, "A", o "</FONT><B><TT>SER70:1</B></TT><FONT SIZE=4>" para un identificador num&eacute;rico de cadena, "1". </P>

<P>
La segunda parte consta de un car&aacute;cter seguido por un nombre de &aacute;tomo. Un nombre de &aacute;tomo puede constar de hasta 4 caracteres alfab&eacute;ticos o num&eacute;ricos. Pueden a&ntilde;adirse un punto y coma adicional seguido de una conformaci&oacute;n alternativa. Una tilde adicional seguida por otro n&uacute;mero de modelo tambi&eacute;n se puede a&ntilde;adir. El nombre de un &aacute;tomo consta de hasta 4 caracteres alfanum&eacute;ricos.</P>

<P>
Un asterisco se usa como comod&iacute;n para un campo completo, mientras que una interrogaci&oacute;n de cierre es un comod&iacute;n de un solo car&aacute;cter,</FONT> </P>

<P>
<A NAME="comparisonoperators"></P>

<P>
<HR></P>
<H3>Operadores comparativos</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Las distintas partes de una mol&eacute;cula pueden ser tambi&eacute;n distinguidas usando los operadores de igualdad, desigualdad y orden aplicados a sus propiedades. El formato de tales expresiones de comparaci&oacute;n es un nombre adecuado, seguido de un operador y luego un valor entero.</P>

<P>
Las propiedades del &aacute;tomo que se pueden utilizar en RasMol son </FONT><B><TT>atomno</B></TT><FONT SIZE=4>, para el n&uacute;mero de serie del &aacute;tomo, </FONT><B><TT>elemno</B></TT><FONT SIZE=4> para el n&uacute;mero at&oacute;mico del &aacute;tomo (elemento), </FONT><B><TT>resno</B></TT><FONT SIZE=4>, para el n&uacute;mero de residuo, </FONT><B><TT>radius</B></TT><FONT SIZE=4>, para el radio spacefill en unidades RasMol (o cero si no se representa como una esfera) y </FONT><B><TT>temperature</B></TT><FONT SIZE=4>, para el valor anis&oacute;tropo de temperatura en PDB.</P>
</FONT>El operador de igualdad es indicado como "=" o como "=="; El de desigualdad como "&lt;&gt;", "!=" o "/=". Los operadores de orden son "&lt;" para "menor que", "&lt;=" para "menor o igual que"; "&gt;" para "mayor que" y "&gt;=" para "mayor o igual que".
<PRE>
Elemplos:    resno &lt; 23
             temperature &gt;= 900
             atomno == 487</PRE>
<P><HR></P>
<A NAME="withinexpressions"></P>
<H3>Expresiones "en"</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Una expresi&oacute;n </FONT><B><TT>within</B></TT><FONT SIZE=4> (en) permite seleccionar &aacute;tomos en la proximidad de otros &aacute;tomos. Una expresi&oacute;n </FONT><B><TT>within</B></TT><FONT SIZE=4> toma dos par&aacute;metros rodeados por un par&eacute;ntesis. El primero es un valor entero llamado distancia de corte "cut-off" de la expresi&oacute;n en (within) y el segundo argumento es cualquier expresi&oacute;n at&oacute;mica v&aacute;lida. La distancia de corte se representa como un entero en unidades Rasmol, o en amstromg conteniendo un n&uacute;mero decimal. Un &aacute;tomo es seleccionado si se encuentra en la distancia de corte de los &aacute;tomos definidos en el segundo argumento. Esto permite expresiones complejas usando expresiones </FONT><B><TT>within</B></TT><FONT SIZE=4> anidadas. </P>

<P>
Por ejemplo, la orden </FONT><B><TT>select within (3.2,backbone)</B></TT><FONT SIZE=4> selecciona cualquier &aacute;tomo en un radio de 3.2 Angstrom a partir de cualquier &aacute;tomo en el esqueleto (backbone) de una prote&iacute;na o &aacute;cido nucleico. Las expresiones </FONT><B><TT>within</B></TT><FONT SIZE=4> son particularmente &uacute;tiles para seleccionar &aacute;tomos alrededor de un sitio activo. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="predefinedsets"></P>
</FONT><H2></A>Conjuntos predefinidos</H2>
<FONT SIZE=4><P>Las expresiones de &aacute;tomos RasMol pueden incluir grupos predefinidos. Estos grupos consisten en claves que representan algunas regiones de la mol&eacute;cula que nos ocupa. Con frecuencia, los grupos predefinidos son abreviaciones de expresiones de &aacute;tomos primitivas, y en otros casos, de &aacute;reas que se seleccionan de una mol&eacute;cula que de otra manera no podr&iacute;an ser distinguidas. A continuaci&oacute;n aparece una lista de los grupos predefinidos. Adem&aacute;s, RasMol trata los nombres de elementos (y sus plurales) como grupos predefinidos que contienen todos los &aacute;tomos de dicho tipo de elemento; es decir, la orden </FONT><A HREF="#select"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>select oxygen</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> equivale a la orden </FONT><A HREF="#select"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>select elemno=8.</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>. </P>
</FONT><PRE>
    <A HREF="#atset">AT</A>              <A HREF="#acidicset">Acidic</A>          <A HREF="#acyclicset">Acyclic</A>
    <A HREF="#aliphaticset">Aliphatic</A>       <A HREF="#alphaset">Alpha</A>           <A HREF="#aminoset">Amino</A>
    <A HREF="#aromaticset">Aromatic</A>        <A HREF="#backboneset">Backbone</A>        <A HREF="#basicset">Basic</A>
    <A HREF="#bondedset">Bonded</A>          <A HREF="#buriedset">Buried</A>          <A HREF="#cgset">CG</A>
    <A HREF="#chargedset">Charged</A>         <A HREF="#cyclicset">Cyclic</A>          <A HREF="#cystineset">Cystine</A>
    <A HREF="#helixset">Helix</A>           <A HREF="#heteroset">Hetero</A>          <A HREF="#hydrogenset">Hydrogen</A>
    <A HREF="#hydrophobicset">Hydrophobic</A>     <A HREF="#ionsset">Ions</A>            <A HREF="#largeset">Large</A>
    <A HREF="#ligandset">Ligand</A>          <A HREF="#mediumset">Medium</A>          <A HREF="#neutralset">Neutral</A>
    <A HREF="#nucleicset">Nucleic</A>         <A HREF="#polarset">Polar</A>           <A HREF="#proteinset">Protein</A>
    <A HREF="#purineset">Purine</A>          <A HREF="#pyrimidineset">Pyrimidine</A>      <A HREF="#selectedset">Selected</A>
    <A HREF="#sheetset">Sheet</A>           <A HREF="#sidechainset">Sidechain</A>       <A HREF="#smallset">Small</A>
    <A HREF="#solventset">Solvent</A>         <A HREF="#surfaceset">Surface</A>         <A HREF="#turnset">Turn</A>
    <A HREF="#waterset">Water</A></PRE>

<P>
<HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="atset"></P>
</FONT><H3>AT Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Este grupo contiene los &aacute;tomos de la adenosina de nucle&oacute;tidos complementaria y de la
timidina (A y T respectivamente). Todos los nucle&oacute;tidos son clasificados bien como del grupo
</FONT><B><TT>at</B></TT><FONT SIZE=4>, o bien, como del grupo
</FONT><A HREF="#cgset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>cg</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>.
Este grupo es equivalente a las expresiones de &aacute;tomos de RasMol "</FONT><B><TT>a,t</B></TT><FONT SIZE=4>" y "</FONT><B><TT>nucleic and not cg</B></TT><FONT SIZE=4>". </P>

<P>
&nbsp;</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="acidicset"></P>
</FONT><H3></A>Acidic Set</H3>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</P>

<P>
Este es el grupo de los amino&aacute;cidos &aacute;cidos; son los tipos de residuos Asp y Glu.
Todos los amino&aacute;cidos se clasifican como </FONT><B><TT>acidic</B></TT><FONT SIZE=4>
(&aacute;cido). </FONT><A HREF="#basicset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>basic</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (b&aacute;sic) o </FONT><A HREF="#neutralset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>neutral.</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (neutro). Este grupo es equivalente a las expresiones de &aacute;tomos RasMol "</FONT><B><TT>asp, glu</B></TT><FONT SIZE=4>" y "</FONT><B><TT>amino and not (basic or neutral)</B></TT><FONT SIZE=4>". </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="acyclicset"></P>
</FONT><H3>Acyclic Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Se refiere al grupo de amino&aacute;cidos que no contienen un ciclo o anillo. Los amino&aacute;cidos son clasificados como </FONT><A HREF="#cyclicset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>cyclic</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><FONT SIZE=4>o</FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><B><TT>acyclic</B></TT><FONT SIZE=4>. Este grupo es equivalente a la expresi&oacute;n de &aacute;tomo RasMol </FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>"</FONT><B><TT>amino and not cyclic</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>"</FONT><FONT SIZE=4>.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="aliphaticset"></P>
</FONT><H3>Aliphatic Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Este es el conjunto de los amino&aacute;cidos alif&aacute;ticos. Es decir Ala, Gly, Ile, Leu y Val. Este conjunto (set) es equivalente a la expresi&oacute;n at&oacute;mica de RasMol "</FONT><B><TT>ala, gly, ile, leu, val</B></TT><FONT SIZE=4>" </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="alphaset"></P>
</FONT><H3>Alpha Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
El conjunto de los carbonos alfa en la mol&eacute;cula de la prote&iacute;na. Equivale aproximadamente a la expresi&oacute;n at&oacute;mica de RasMol "</FONT><B><TT>*.CA</B></TT><FONT SIZE=4>" Este comando no debe ser confundido con el conjunto predefinido </FONT><A HREF="#helixset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>helix</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> que contiene los &aacute;tomos de los amino&aacute;cidos en las alfa h&eacute;lices. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="aminoset"></P>
</FONT><H3>Amino Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Este conjunto contiene todos los &aacute;tomos de todos los residuos amino&aacute;cidos. Es &uacute;til para distinguir la prote&iacute;na de los &aacute;cidos nucleicos y los &aacute;tomos heterog&eacute;neos en los datos de la mol&eacute;cula activa. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="aromaticset"></P>
</FONT><H3>Aromatic Set</H3>
<FONT SIZE=4><P></A>Se refiere al grupo de &aacute;tomos en los amino&aacute;cidos que contienen anillos arom&aacute;ticos. Son los siguientes: His, Phe, Trp y Tyr. Al tener anillos arom&aacute;ticos, todos los miembros de este grupo pertenecen al grupo predefinido </FONT><A HREF="#cyclicset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>cyclic.</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> Este grupo equivale a la expresi&oacute;n de &aacute;tomo RasMol "</FONT><B><TT>his, phe, trp, tyr</B></TT><FONT SIZE=4>" y "</FONT><B><TT>cyclic and not pro</B></TT><FONT SIZE=4>".</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="backboneset"></P>
</FONT><H3>Backbone Set</H3>
<FONT SIZE=4><P></A>Este grupo contiene los cuatro &aacute;tomos de cada amino&aacute;cido que forman el eje polip&eacute;ptido N-C-C-O de las prote&iacute;nas y los &aacute;tomos del eje de fosfoaz&uacute;car de los &aacute;cidos nucleicos. Los grupos predefinidos RasMol </FONT><B><TT>protein</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> y </FONT><B><TT>nucleic</B></TT><FONT SIZE=4> diferencian entre los dos posibles ejes. Los &aacute;tomos en los &aacute;cidos nucleicos y en las prote&iacute;nas son </FONT><B><TT>backbone</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> or </FONT><A HREF="#sidechainset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>sidechain.</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> Este grupo es equivalente a la expresi&oacute;n de &aacute;tomo RasMol </FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>"</FONT><B><TT>(protein or nucleic) and not sidechain</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>"</P>
</FONT><FONT SIZE=4><P>El grupo predefinido </FONT><B><TT>mainchain</B></TT><FONT SIZE=4> es sin&oacute;nimo del grupo </FONT><B><TT>backbone</B></TT><FONT SIZE=4>.</P>

<P>
&nbsp;</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="basicset"></P>
</FONT><H3>Basic Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
El conjunto de los amino&aacute;cidos b&aacute;sicos: Los residuos de Arg, His and Lys. Todos los amino&aacute;cidos se clasifican como. </FONT><A HREF="#acidicset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>acidic,</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (&aacute;cidos) </FONT><B><TT>basic</B></TT><FONT SIZE=4> (b&aacute;sicos) </FONT><A HREF="#neutralset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>neutral</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (neutros). Este conjunto es equivalente e las expresiones at&oacute;micas de RasMol "</FONT><B><TT>arg, his, lys</B></TT><FONT SIZE=4>" y "</FONT><B><TT>amino and not (acidic or neutral)</B></TT><FONT SIZE=4>" </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="bondedset"></P>
</FONT><H3>Bonded Set</H3>
<FONT SIZE=4><P></A>Este grupo contiene todos los &aacute;tomos de la mol&eacute;cula
en uso que est&aacute;n unidos, al menos, a otro &aacute;tomo.</P>


</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="buriedset"></P>
</FONT><H3>Buried Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Este conjunto contiene a los &aacute;tomos de aquellos amino&aacute;cidos que tienden a estar incluidos en el interior de la prote&iacute;na, lejos del contacto con las mol&eacute;culas del disolvente. Este conjunto se refiere a la preferencia de los amino&aacute;cidos, y no a su situaci&oacute;n en la mol&eacute;cula concreta. Todos los amino&aacute;cidos son as&iacute; clasificados en </FONT><A HREF="#surfaceset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>surface</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> or </FONT><B><TT>buried.</B></TT><FONT SIZE=4> Este conjunto es equivalente a la expresi&oacute;n at&oacute;mica de RasMol "</FONT><B><TT>amino and not surface</B></TT><FONT SIZE=4>", o "</FONT><B><TT>ala, leu, val, ile, phe, cys, met, trp</B></TT><FONT SIZE=4>", o "</FONT><B><TT>(hydrophobic and not pro) or cys</B></TT><FONT SIZE=4>". </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="cgset"></P>
</FONT><H3>CG Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Este conjunto contiene los &aacute;tomos presentes en los nucle&oacute;tidos complementarios citidina y guanina (C y G respectivamente). Todos los nucle&oacute;tidos se clasifican como conjunto </FONT><A HREF="#atset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>at</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> o conjunto </FONT><B><TT>cg</B></TT><FONT SIZE=4> Este grupo es equivalente a las expresiones at&oacute;micas de RasMol "</FONT><B><TT>c,g</B></TT><FONT SIZE=4>" y "</FONT><B><TT>nucleic and not at</B></TT><FONT SIZE=4>" </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="chargedset"></P>
</FONT><H3>Charged Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Este conjunto contiene a los amino&aacute;cidos con carga. Estos amino&aacute;cidos pueden ser </FONT><A HREF="#acidicset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>acidic</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (&aacute;cidos) o </FONT><A HREF="#basicset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>basic</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (b&aacute;sicos). Los amino&aacute;cidos resultan clasificados en </FONT><B><TT>charged</B></TT><FONT SIZE=4> (cargados) o </FONT><A HREF="#neutralset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>neutral</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (neutros). Este conjunto es equivalente a las expresiones at&oacute;micas de RasMol "</FONT><B><TT>acidic or basic</B></TT><FONT SIZE=4>" y "</FONT><B><TT>amino and not neutral</B></TT><FONT SIZE=4>" </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="cyclicset"></P>
</FONT><H3>Cyclic Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
El conjunto de los &aacute;tomos de los amino&aacute;cidos que contienen anillos o ciclos. Todos los amino&aacute;cidos se clasifican en </FONT><B><TT>cyclic</B></TT><FONT SIZE=4> (c&iacute;clicos) o </FONT><A HREF="#acyclicset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>acyclic</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (ac&iacute;clicos). Este grupo consta de los amino&aacute;cidos His, Phe, Pro, Trp and Tyr. Los miembros del conjunto predefinido </FONT><A HREF="#aromaticset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>aromatic</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (arom&aacute;ticos) son miembros de este conjunto. El &uacute;nico c&iacute;clico y no arom&aacute;tico es prolina. Este grupo es equivalente a la expresiones at&oacute;micas de RasMol "</FONT><B><TT>his, phe, pro, trp, tyr</B></TT><FONT SIZE=4>" y "</FONT><B><TT>aromatic or pro</B></TT><FONT SIZE=4>" y "</FONT><B><TT>amino and not acyclic</B></TT><FONT SIZE=4>" </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="cystineset"></P>
</FONT><H3>Cystine Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Este grupo contiene los &aacute;tomos de residuos de ciste&iacute;nas que forman parte de un puente de disulfuro, i. e., semi ciste&iacute;nas. RasMol determina autom&aacute;ticamente puentes de disulfuro en caso de que ni el grupo predefinido </FONT><B><TT>cystine</B></TT><FONT SIZE=4>, ni la orden </FONT><A HREF="#ssbonds"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>ssbonds</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> se hayan utilizado desde que se carg&oacute; la mol&eacute;cula. El grupo de ciste&iacute;nas libres puede ser definido con la expresi&oacute;n de &aacute;tomo RasMol </FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>"</FONT><B><TT>cys and not cystine</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>"</FONT><FONT SIZE=4>.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="helixset"></P>
</FONT><H3>Helix Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Este grupo contiene todos los &aacute;tomos que forman parte de una h&eacute;lice alfa de prote&iacute;na como determinan el autor del archivo PDB o el algoritmo DSSP de Kabsch y Sander. Por defecto, RasMol utiliza la determinaci&oacute;n de estructura secundaria dada en el archivo PDB, si existe. De otra manera, utiliza el algoritmo DSSP como lo hace la orden </FONT><A HREF="#structure"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>structure</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>.</P>
</FONT><FONT SIZE=4><P>Este grupo predefinido no debe ser confundido con el grupo predefinido </FONT><A HREF="#alphaset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>alpha</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> que contiene los &aacute;tomos de carbonos alfas de una prote&iacute;na.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="heteroset"></P>
</FONT><H3>Hetero Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Este grupo contiene todos los &aacute;tomos heterog&eacute;neos de la mol&eacute;cula. Son los &aacute;tomos descritos bajo la entrada HETATM en el archivo PDB. Normalmente contiene agua, cofactores y otros disolventes y ligandos. Todos los &aacute;tomos "hetero" son clasificados como </FONT><A HREF="#ligandset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>ligand</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (ligandos) o </FONT><A HREF="#solventset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>solvent</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (disolvente). Estos &aacute;tomos heterog&eacute;neos </FONT><A HREF="#solventset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>solvent</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (disolvente) son m&aacute;s tarde clasificados como </FONT><A HREF="#waterset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>water</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (agua) o </FONT><A HREF="#ionsset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>ions</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (iones).</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="hydrogenset"></P>
</FONT><H3>Hydrogen Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Este grupo predefinido incluye todos los &aacute;tomos de hidr&oacute;geno y deuterio de la mol&eacute;cula con la que trabajamos. Es equivalente a la expresi&oacute;n de &aacute;tomo RasMol </FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>"</FONT><B><TT>elemno=1</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>"</FONT><FONT SIZE=4>.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="hydrophobicset"></P>
</FONT><H3>Hydrophobic Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Este grupo est&aacute; compuesto de todos los amino&aacute;cidos hidr&oacute;fobos, a saber, Ala, Leu, Val, Ile, Pro, Phe, Met y Trp. A los amino&aacute;cidos se les clasifica como </FONT><B><TT>hydrophobic</B></TT><FONT SIZE=4> (hidr&oacute;fobos) o </FONT><A HREF="#polarset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>polar</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (polares). Este grupo equivale a las siguientes expresiones de &aacute;tomos RasMol: </FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>"</FONT><B><TT>ala, leu, val, ile, pro, phe, met, trp</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>" y "</FONT><B><TT>amino and not polar</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>"</FONT><FONT SIZE=4>.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="ionsset"></P>
</FONT><H3>Ions Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Este grupo incluye todos los fosfatos heterog&eacute;neos e iones de sulfatos del archivo de datos sobre mol&eacute;culas con el que trabajamos. En ocasiones, un gran n&uacute;mero de estos iones son asociados con estructuras de prote&iacute;nas y &aacute;cidos nucleicos determinados por cristalograf&iacute;a de rayos X. Estos &aacute;tomos tienden a rellenar desordenadamente una imagen. Los &aacute;tomos </FONT><A HREF="#heteroset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>hetero</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> son clasificados como &aacute;tomos </FONT><A HREF="#ligandset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>ligand</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (ligando) o </FONT><A HREF="#solventset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>solvent</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (sovente); a su vez, todos los &aacute;tomos </FONT><A HREF="#solventset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>solvent</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> son clasificados como </FONT><A HREF="#waterset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>water</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (agua) o </FONT><B><TT>ions</B></TT><FONT SIZE=4> (iones).</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="largeset"></P>
</FONT><H3>Large Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Todos los amino&aacute;cidos son clasificados como </FONT><A HREF="#smallset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>small</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (peque&ntilde;os), </FONT><A HREF="#mediumset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>medium</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (medios) o </FONT><B><TT>large</B></TT><FONT SIZE=4> (grandes). Este grupo equivale a la expresi&oacute;n de &aacute;tomo RasMol </FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>"</FONT><B><TT>amino and not (small or medium)</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>"</FONT><FONT SIZE=4>.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="ligandset"></P>
</FONT><H3>Ligand Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Este grupo contiene todos los cofactores heterog&eacute;neos y semiligandos que se encuentran en el archivo de datos sobre mol&eacute;culas con el que trabajamos. En este grupo, todos los &aacute;tomos que no son </FONT><A HREF="#solventset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>solvent</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (disolvente) pasan a ser </FONT><A HREF="#heteroset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>hetero</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>. De esta manera, este grupo equivale a la expresi&oacute;n de &aacute;tomo RasMol </FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>"</FONT><B><TT>hetero and not solvent</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>"</FONT><FONT SIZE=4>.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="mediumset"></P>
</FONT><H3>Medium Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Todos los amino&aacute;cidos son clasificados como </FONT><A HREF="#smallset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>small</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (peque&ntilde;os), </FONT><A HREF="#mediumset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>medium</B></U></FONT></TT><FONT SIZE=4> </FONT></A><FONT SIZE=4>(medios) o </FONT><A HREF="#largeset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>large.</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (grandes). Este grupo equivale a la expresi&oacute;n de &aacute;tomo "</FONT><B><TT>amino and not (large or small)</B></TT><FONT SIZE=4>", o "</FONT><B><TT>val, thr, asp, asn, pro, cys</B></TT><FONT SIZE=4>".</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="neutralset"></P>
</FONT><H3>Neutral Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Se refiere al grupo de los amino&aacute;cidos neutros. Todos los amino&aacute;cidos son clasificados como "acidic" (&aacute;cidos), "basic" (b&aacute;sicos) o "neutral" (neutros). Este grupo es equivalente a la expresi&oacute;n de &aacute;tomo RasMol "</FONT><B><TT>amino and not (acidic or basic)</B></TT><FONT SIZE=4>".</P>

<P>
&nbsp;</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="nucleicset"></P>
</FONT><H3>Nucleic Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Se refiere al grupo de todos los &aacute;tomos en los &aacute;cidos nucleicos que est&aacute; compuesto de las cuatro bases nucle&iacute;tidas de adenosina, citidina, guanosina y timidina (A, C, G y T respectivamente). Todos los nucle&iacute;tidos se clasifican como</FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><A HREF="#purineset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>purine</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><FONT SIZE=4>(purina) o</FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><A HREF="#pyrimidineset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>pyrimidine</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><FONT SIZE=4>(pirimid&iacute;na)</FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>. </FONT><FONT SIZE=4>Este grupo es equivalente a las expresiones de RasMol</FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> "</FONT><B><TT>a,c,g,t</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>" </FONT><FONT SIZE=4>y</FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> "</FONT><B><TT>purine or pyrimidine</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>"</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="polarset"></P>
</FONT><H3>Polar Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Este conjunto incluye a los amino&aacute;cidos polares. Los amino&aacute;cidos se clasifican en </FONT><A HREF="#hydrophobicset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>hydrophobic</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (hidr&oacute;fobos) o </FONT><B><TT>polar</B></TT><FONT SIZE=4> (polares). Esta conjunto es equivalente a la expresi&oacute;n at&oacute;mica de RasMol "</FONT><B><TT>amino and not hydrophobic</B></TT><FONT SIZE=4>" </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="proteinset"></P>
</FONT><H3>Protein Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
El conjunto de todos los &aacute;tomos de una o varias prote&iacute;nas. Consta del grupo predefinido de RasMol </FONT><A HREF="#aminoset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>amino</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> y las modificaciones post-tranducci&oacute;n mas frecuentes</P>

<P>
. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="purineset"></P>
</FONT><H3>Purine Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
El conjunto de los nucle&oacute;tidos de purina. Son las bases adenosina and guanosina (A y G respetivamente). Todos los nucle&oacute;tidos son, bien </FONT><B><TT>purines</B></TT><FONT SIZE=4> (purinas) o </FONT><A HREF="#pyrimidineset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>pyrimidines</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (pirimid&iacute;nas). Este conjunto es equivalente a las expresiones at&oacute;micas de RasMol "</FONT><B><TT>a,g</B></TT><FONT SIZE=4>" y "</FONT><B><TT>nucleic and not purine</B></TT><FONT SIZE=4>" </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="pyrimidineset"></P>
</FONT><H3>Pyrimidine Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Este es el grupo de los nucle&oacute;tidos de pirimidina, es decir, las bases citidina y timidina (C y T respectivamente). Todos los nucle&oacute;tidos son </FONT><A HREF="#purineset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>purines</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> o </FONT><B><TT>pyrimidines.</B></TT><FONT SIZE=4> Este grupo equivale a las expresiones de &aacute;tomos RasMol </FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>"</FONT><B><TT>c,t</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>" y "</FONT><B><TT>nucleic and not pyrimidine</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>"</FONT><FONT SIZE=4>.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="selectedset"></P>
</FONT><H3>Selected Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Este grupo contiene el grupo de &aacute;tomos seleccionado en un momento dado. La regi&oacute;n seleccionada queda definida por las &oacute;rdenes previas </FONT><A HREF="#select"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>select</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> o </FONT><A HREF="#restrict"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>restrict</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> y no por aquellas expresiones de &aacute;tomos que contienen la clave </FONT><B><TT>selected</B></TT><FONT SIZE=4>.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="sheetset"></P>
</FONT><H3>Sheet Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Este grupo est&aacute; compuesto de todos los &aacute;tomos que forman parte de una hoja plegada en la prote&iacute;na como aparece determinado tanto por el autor del archivo PDB o por el algoritmo DSSP de Kabsch y Sander. Por defecto, RasMol utiliza la denominaci&oacute;n de estructura secundaria dada en el archivo PDB, en el case de que exista. De otra forma utiliza el algoritmo DSSP como lo hace la orden </FONT><A HREF="#structure"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>structure</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="sidechainset"></P>
</FONT><H3>Sidechain Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Este grupo se compone de las cadenas laterales funcionales de cada amino&aacute;cido y de la base de cada nucle&oacute;tido. Son precisamente los &aacute;tomos que no forman parte del eje N-C-C-O de polip&eacute;ptido o del de fosfato de az&uacute;car de los &aacute;cidos nucleicos. Los grupos RasMol predefinidos </FONT><B><TT>protein</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> y </FONT><B><TT>nucleic</B></TT><FONT SIZE=4> sirven para distinguir entre las dos formas de cadenas laterales. Los &aacute;tomos de los &aacute;cidos nucleicos y de las prote&iacute;nas son, bien , </FONT><A HREF="#backboneset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>backbone</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><FONT SIZE=4>(eje), bien, </FONT><B><TT>sidechain</B></TT><FONT SIZE=4> (cadena lateral). Este grupo equivale a la expresi&oacute;n RasMol </FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>"</FONT><B><TT>(protein or nucleic) and not backbone</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>"</FONT><FONT SIZE=4>.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="smallset"></P>
</FONT><H3>Small Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Todos los amino&aacute;cidos de clasifican en </FONT><B><TT>small,</B></TT><FONT SIZE=4> </FONT><A HREF="#mediumset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>medium</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> or </FONT><A HREF="#largeset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>large.</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> Este Grupo es equivalente a las expresiones at&oacute;micas de RasMol "</FONT><B><TT>amino and not (medium or large)</B></TT><FONT SIZE=4>", o "</FONT><B><TT>ala, gly, ser</B></TT><FONT SIZE=4>". </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="solventset"></P>
</FONT><H3>Solvent Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Este grupo se compone de lo &aacute;tomos disolventes del archivo coordinado de mol&eacute;culas, es decir, mol&eacute;culas de agua heterog&eacute;neas e iones de fosfato y sulfato. A todos los &aacute;tomos </FONT><A HREF="#heteroset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>hetero</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> se les clasifica como &aacute;tomos </FONT><A HREF="#ligandset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>ligand</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (ligandos) o </FONT><B><TT>solvent</B></TT><FONT SIZE=4> (solvente); a su vez, a los &aacute;tomos solubles se les clasifica como </FONT><A HREF="#waterset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>water</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (agua) o </FONT><A HREF="#ionsset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>ions</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (iones). Este grupo equivale a las expresiones de &aacute;tomo RasMol </FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>"</FONT><B><TT>hetero and not ligand</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>" y "</FONT><B><TT>water or ions</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>"</FONT><FONT SIZE=4>.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="surfaceset"></P>
</FONT><H3>Surface Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Este grupo se compone de aquellos &aacute;tomos de amino&aacute;cidos que tienden (prefieren) a estar en la superficie de las prote&iacute;nas, en contacto con las mol&eacute;culas de disolvente. Este grupo tiene que ver con la preferencia de los amino&aacute;cidos y no con la accesibilidad real del disolvente a la prote&iacute;na en cuesti&oacute;n. A todos los amino&aacute;cidos se les clasifica como </FONT><B><TT>surface</B></TT><FONT SIZE=4> (superficie) o </FONT><A HREF="#buriedset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>buried</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (enterrado). Este grupo equivale a la expresi&oacute;n de &aacute;tomo RasMol </FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>"</FONT><B><TT>amino and not buried</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>" o "</FONT><B><TT>gly, ser, thr, lys, asp, asn, glu, pro, arg, gln, tyr, his</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>" o "</FONT><B><TT>(polar and not cys) or pro</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>"</FONT><FONT SIZE=4>.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="turnset"></P>
</FONT><H3>Turn Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Este grupo se compone de todos los &aacute;tomos que forman parte de un giro de prote&iacute;na como queda determinado por el autor del archivo PDB o por el algoritmo DSSP de Kabsch y Sander. Por defecto, RasMol utiliza la determinaci&oacute;n de estructura secundaria dada en el archivo PDB, si existe; de otra forma, utiliza el algoritmo DSSP como lo hace la orden </FONT><A HREF="#structure"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>structure</B></U></FONT></TT></A>.</P>

<P>
<HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="waterset"></P>
</FONT><H3>Water Set</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Este grupo se compone de todas las mol&eacute;culas heterog&eacute;neas de agua existentes en la base de datos con la que trabajamos. Un gran n&uacute;mero de mol&eacute;culas de agua aparecen, a veces, asociadas con estructuras de prote&iacute;nas y &aacute;cidos nucleicos determinadas por cristalograf&iacute;a de rayos X. Estos &aacute;tomos tienden a desordenar la imagen. A todos los &aacute;tomos </FONT><A HREF="#heteroset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>hetero</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> se les clasifican como "ligand" (ligando) o </FONT><A HREF="#solventset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>solvent</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (disolvente); los &aacute;tomos de disolvente (</FONT><A HREF="#solventset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>solvent</B></U></FONT></TT></A><FONT FACE="Courier New" SIZE=4>)</FONT><FONT SIZE=4>son clasificados luego como </FONT><B><TT>water</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><FONT SIZE=4>(agua) o</FONT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> </FONT><A HREF="#ionsset"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>ions</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> (iones).</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="setsummary"></P>
</FONT><H3>Resumen de los conjuntos</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
La tabla de abajo resume la clasificaci&oacute;n de RasMol de los amino&aacute;cidos comunes.</P></FONT>
<P ALIGN="CENTER"><CENTER><TABLE BORDER CELLSPACING=1 CELLPADDING=2 WIDTH=832>
<TR><TD WIDTH="15%" VALIGN="MIDDLE">
<P ALIGN="CENTER"><B><FONT SIZE=4>Residues:</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="5%" VALIGN="MIDDLE">
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">ala</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="5%" VALIGN="MIDDLE">
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">arg</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="5%" VALIGN="MIDDLE">
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">asn</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="5%" VALIGN="MIDDLE">
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">asp</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="5%" VALIGN="MIDDLE">
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">cys</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="5%" VALIGN="MIDDLE">
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<TD WIDTH="5%" VALIGN="MIDDLE">
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<P>
<HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="chcolours"></P>
</FONT><H2>Esquemas de color</H2>
<FONT SIZE=4><P></A>La orden de RasMol </FONT><A HREF="#colour"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>colour</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> permite dar un color concreto y especificado a diferentes objetos (como &aacute;tomos, enlaces y segmentos de cinta). Habitualmente este color es el nombre de color predefinido por RasMol o un triplete RGB. Adem&aacute;s RasMol tambi&eacute;n soporta '</FONT><A HREF="#altcolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>alt</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>', '</FONT><A HREF="#aminocolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>amino</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>', '</FONT><A HREF="#chaincolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>chain</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>', '</FONT><A HREF="#chargecolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>charge</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>', '</FONT><A HREF="#cpkcolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>cpk</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>', '</FONT><A HREF="#groupcolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>group</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>', '</FONT><A HREF="#nmrmodelcolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>model</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>', '</FONT><A HREF="#shapelycolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>shapely</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>', '</FONT><A HREF="#structurecolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>structure</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>', '</FONT><A HREF="#temperaturecolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>temperature</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>' or '</FONT><A HREF="#usercolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>user</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>' como esquemas de color para &aacute;tomos, y '</FONT><A HREF="#hbondtypecolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>hbond type</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>' un esquema de color para los puentes de hidr&oacute;genos y '</FONT><A HREF="#potentialcolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>electrostatic potential</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>' el esquema de color para superficies de puntos. Los 24 nombres de color actualmente definidos se listan a continuaci&oacute;n con sus correspondientes triplete RGB y valor hexadecimal. </P></FONT>
<P ALIGN="CENTER"><CENTER><TABLE BORDER CELLSPACING=1 CELLPADDING=2>
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<B><TT><P>Rosa (Pink)</B></TT></TD>
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<B><TT><P>Rosa tinte (PinkTint)</B></TT></TD>
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<B><TT><P>Purpura (Purple)</B></TT></TD>
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<TT><P>A020F0</TT></TD>
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<TR><TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=18>
<B><TT><P>Roja (Red)</B></TT></TD>
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<TT><P>[255, 0, 0]</TT></TD>
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<TT><P>FF0000</TT></TD>
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<B><TT><P>Rojo anaranjado (RedOrange)</B></TT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff0000" HEIGHT=18>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=18>
<TT><P>[255, 69, 0]</TT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=18>
<TT><P>FF4500</TT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=18>
<B><TT><P>Verde mar (SeaGreen)</B></TT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#00ff00" HEIGHT=18>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=18>
<TT><P>[ 0,250,109]</TT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=18>
<TT><P>00FA6D</TT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=18>
<B><TT><P>Azul cielo (SkyBlue)</B></TT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#0000ff" HEIGHT=18>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=18>
<TT><P>[ 58,144,255]</TT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=18>
<TT><P>3A90FF</TT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=18>
<B><TT><P>Violeta (Violet)</B></TT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff" HEIGHT=18>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=18>
<TT><P>[238,130,238]</TT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=18>
<TT><P>EE82EE</TT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=18>
<B><TT><P>Blanco (White)</B></TT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=18>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=18>
<TT><P>[255,255,255]</TT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=18>
<TT><P>FFFFFF</TT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=18>
<B><TT><P>Amarillo (Yellow)</B></TT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffff00" HEIGHT=18>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=18>
<TT><P>[255,255, 0]</TT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=18>
<TT><P>FFFF00</TT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=18>
<B><TT><P>Amarillo tinte (YellowTint)</B></TT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffff00" HEIGHT=18>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=18>
<TT><P>[246,246,117]</TT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=18>
<TT><P>F6F675</TT></TD>
</TR>
</TABLE>
</CENTER></P>

<FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">Notese que la presentaci&oacute;n del equivalente hexadecimal que aqu&iacute; se muestra depende de varios factores. As&iacute;, representan solamente de forma aproximada lo que su monitor le mostrar&aacute; como color RGB. </P>

<P>
Si frecuentemente quiere usar un color no definido, podr&iacute;a escribir un script de una l&iacute;nea. Por ejemplo, si escribe el rachivo '</FONT><B><TT>gris.col</B></TT><FONT SIZE=4>' conteniendo la l&iacute;nea, '</FONT><A HREF="#colour"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>colour [180,180,180] #gris</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>', ejecutar '</FONT><A HREF="#script"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>script gris.col</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>' colorear&aacute; de gris el &aacute;tomo o &aacute;tomos actualmente seleccionado. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="altcolours"></P>
</FONT><H3>Colores Alt</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
El esquema de color '</FONT><B><TT>alt</B></TT><FONT SIZE=4>' (corf&oacute;rmero alternativo) codifica la estructura base con un color y aplica un n&uacute;mero limitado de colores a cada corf&oacute;rmero alternativo. En RasMol para sistemas de color de 8-bit, se permiten 4 colores para los distintos conf&oacute;rmeros. En el resto de los casos se dispone de 8 colores. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="aminocolours"></P>
</FONT><H3>Colores Amino</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
El esquema de color RasMol </FONT><B><TT>amino</B></TT><FONT SIZE=4> colorea los amino&aacute;cidos de acuerdo con las propiedades tradicionales de &eacute;stos. Los colores sirven para identificar los amino&aacute;cidos en un ambiente inusual o "sorprendente". Las partes externas de una prote&iacute;na que son polares son colores visibles (brillantes) y los residuos no polares, m&aacute;s oscuros. La mayor&iacute;a de los colores son normalmente adscritos por tradici&oacute;n. Este esquema de color es parecido al esquema </FONT><A HREF="#shapelycolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>shapely</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>.</P></FONT>
<P ALIGN="CENTER"><CENTER><TABLE BORDER CELLSPACING=1 CELLPADDING=2 WIDTH=692>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<P ALIGN="CENTER"><B><FONT SIZE=4>Amino&aacute;cidos</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="32%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">Colour Name</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="11%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">Sample</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">RGB Values</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">Hexadecimal</B></FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>ASP, GLU</B></TT></TD>
<TD WIDTH="32%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Rojo brillante (Bright Red)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="11%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff0000" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[230,230, 10]</TT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>E60A0A</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>CYS, MET</B></TT></TD>
<TD WIDTH="32%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Amarillo (Yellow)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="11%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffff00" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[230,230, 0]</TT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>E6E600</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>LYS, ARG</B></TT></TD>
<TD WIDTH="32%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Azul (Blue)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="11%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#0000ff" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[ 20, 90,255]</TT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>145AFF</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>SER, THR</B></TT></TD>
<TD WIDTH="32%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Naranja (Orange)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="11%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffff00" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[250,150, 0]</TT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>FA9600</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>PHE, TYR</B></TT></TD>
<TD WIDTH="32%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Azul medio (Mid Blue)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="11%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#0000ff" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[ 50, 50,170]</TT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>3232AA</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>ASN, GLN</B></TT></TD>
<TD WIDTH="32%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Cian (Cyan)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="11%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#00ffff" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[ 0,220,220]</TT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>00DCDC</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>GLY</B></TT></TD>
<TD WIDTH="32%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Gris claro (Light Grey)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="11%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[235,235,235]</TT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>EBEBEB</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>LEU, VAL, ILE</B></TT></TD>
<TD WIDTH="32%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Verde (Green)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="11%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#008000" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[ 15,130, 15]</TT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>0F820F</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>ALA</B></TT></TD>
<TD WIDTH="32%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Gris oscuro (Dark Grey)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="11%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#c0c0c0" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[200,200,200]</TT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>C8C8C8</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>TRP</B></TT></TD>
<TD WIDTH="32%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Purpura (Purple)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="11%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[180, 90,180]</TT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>B45AB4</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>HIS</B></TT></TD>
<TD WIDTH="32%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Azul p&aacute;lido (Pale Blue)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="11%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#0000ff" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[130,130,210]</TT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>8282D2</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>PRO</B></TT></TD>
<TD WIDTH="32%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Carne (Flesh)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="11%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#c0c0c0" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[220,150,130]</TT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>DC9682</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Others</B></TT></TD>
<TD WIDTH="32%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Tostado (Tan)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="11%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#808080" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[190,160,110]</TT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>BEA06E</TT></TD>
</TR>
</TABLE>
</CENTER></P>

<P ALIGN="CENTER">&nbsp;</P>

<P>
<A NAME="chaincolours"></P>

<P>
<HR></P>
<H3>Colores Chain</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
El esquema de color de RasMol </FONT><B><TT>chain</B></TT><FONT SIZE=4> asigna a cada cadena macromolecular un color &uacute;nico. Este esquema es particularmente &uacute;til para distinguir partes de una estructura multim&eacute;rica o cada "tira" de una cadena de DNA. '</FONT><B><TT>Chain</B></TT><FONT SIZE=4>' es una opci&oacute;n del men&uacute; '</FONT><B><TT>Colours</B></TT><FONT SIZE=4>' de RasMol. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="chargecolours"></P>
</FONT><H3>Colores Charge</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
Este esquema de color, '</FONT><B><TT>charge</B></TT><FONT SIZE=4>' colorea cada &aacute;tomo de acuerdo con el valor almacenado en el archivo de entrada (o el campo factor beta en PDBs). Los valores altos se colorean en azul (positivo) y los mas bajos en rojo (negativo). Este esquema no asigna a cada carga un valos fijo, si no que en base al mayor y menor valor de carga, interpola colores aproximadamente del azul al rojo. Por ello el verde no puede ser considerado como sin carga neta. </P>

<P>
La diferencia entre los esquemas '</FONT><A HREF="#chargecolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>charge</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>' y '</FONT><B><TT>temperature</B></TT><FONT SIZE=4>' es el orden de colores, el incremento de temperatura lleva del azul al rojo, mientras que el incremento de carga lleva del rojo al azul. </P>

<P>
Si los campos de carga/temperatura contienen valores razonables es posible usar la orden de RasMol '</FONT><A HREF="#potentialcolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>colour dots potential</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>' colorea una superficie de puntos (generados por el comando '</FONT><A HREF="#dots"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>dots</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>') con el color correspondiente al potencial electrost&aacute;tico. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="cpkcolours"></P>
</FONT><H3>Colores CPK</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
El esquema de color de RasMol </FONT><B><TT>cpk</B></TT><FONT SIZE=4> se basa en los colores de los populares modelos de bolas desarrollados por Corey, Pauling y mas tarde mejorado por Kultun. Seg&uacute;n este esquema los objetos &aacute;tomo son coloreados por tipo. Es el esquema convencionalmente usado por los qu&iacute;micos. La relaci&oacute;n de colores asignados se da a continuaci&oacute;n.</P></FONT>
<P ALIGN="CENTER"><CENTER><TABLE BORDER CELLSPACING=1 CELLPADDING=2 WIDTH=693>
<TR><TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<P ALIGN="CENTER"><B><FONT SIZE=4>Element</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="31%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">Colour Name</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="12%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">Sample</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">RGB Values</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="19%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">Hexadecimal</B></FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#000000" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4 COLOR="#c0c0c0"><P>Carbono</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="31%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#000000" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4 COLOR="#c0c0c0"><P>Gris claro (Light grey)</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="12%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#c0c0c0" HEIGHT=20>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[200,200,200]</TT></TD>
<TD WIDTH="19%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<FONT SIZE=4><P>C8C8C8</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#000000" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4 COLOR="#ff0000"><P>Oxigeno</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="31%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#000000" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4 COLOR="#ff0000"><P>Rojo (Red)</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="12%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff0000" HEIGHT=20>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[240,0,0]</TT></TD>
<TD WIDTH="19%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<FONT SIZE=4><P>F00000</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#000000" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4 COLOR="#ffffff"><P>Hidr&oacute;geno</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="31%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#000000" HEIGHT=20>
<B><FONT COLOR="#ffffff"><TT><P>Blanco (White)</B></FONT></TT></TD>
<TD WIDTH="12%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[255,255,255]</TT></TD>
<TD WIDTH="19%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<FONT SIZE=4><P>FFFFFF</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#000000" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4 COLOR="#0000ff"><P>Nitrogeno</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="31%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#000000" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4 COLOR="#0000ff"><P>Azul celeste (Sky blue)</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="12%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#0000ff" HEIGHT=20>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[143,143,255]</TT></TD>
<TD WIDTH="19%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<FONT SIZE=4><P>8F8FFF</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#000000" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4 COLOR="#ffff00"><P>Sulfuro</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="31%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#000000" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4 COLOR="#ffff00"><P>Amarillo (Yellow)</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="12%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffff00" HEIGHT=20>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[255,200,50]</TT></TD>
<TD WIDTH="19%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<FONT SIZE=4><P>FFC832</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#000000" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4 COLOR="#ffff00"><P>Phosphoro</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="31%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#000000" HEIGHT=20>
<B><FONT COLOR="#ffff00"><TT><P>Naranja (Orange)</B></FONT></TT></TD>
<TD WIDTH="12%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffff00" HEIGHT=20>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[255,165,0]</TT></TD>
<TD WIDTH="19%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<FONT SIZE=4><P>FFA500</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#000000" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4 COLOR="#00ff00"><P>Cloro</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="31%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#000000" HEIGHT=20>
<B><FONT COLOR="#00ff00"><TT><P>Verde (Green)</B></FONT></TT></TD>
<TD WIDTH="12%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#00ff00" HEIGHT=20>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[0,255,0]</TT></TD>
<TD WIDTH="19%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<FONT SIZE=4><P>00FF00</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#000000" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4 COLOR="#ff0000"><P>Bromo, Zinc</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="31%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#000000" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4 COLOR="#ff0000"><P>Casta&ntilde;o (Brown)</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="12%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff0000" HEIGHT=20>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[165,42,42]</TT></TD>
<TD WIDTH="19%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<FONT SIZE=4><P>A52A2A</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#000000" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4 COLOR="#0000ff"><P>Sodio</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="31%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#000000" HEIGHT=20>
<B><FONT COLOR="#0000ff"><TT><P>Azul Blue</B></FONT></TT></TD>
<TD WIDTH="12%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#0000ff" HEIGHT=20>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[0,0,255]</TT></TD>
<TD WIDTH="19%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<FONT SIZE=4><P>0000FF</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#000000" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4 COLOR="#ffff00"><P>Hierro</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="31%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#000000" HEIGHT=20>
<B><FONT COLOR="#ffff00"><TT><P>Naranka (Orange)</B></FONT></TT></TD>
<TD WIDTH="12%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffff00" HEIGHT=20>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[255,165,0]</TT></TD>
<TD WIDTH="19%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<FONT SIZE=4><P>FFA500<!-- 5/26/97 Changed Iron from purple to orange. WM --></FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#000000" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4 COLOR="#008000"><P>Magnesio</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="31%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#000000" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4 COLOR="#008000"><P>Verde (Forest green)</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="12%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#008000" HEIGHT=20>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[34,139,34]</TT></TD>
<TD WIDTH="19%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<FONT SIZE=4><P>228B22</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#000000" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4 COLOR="#0000ff"><P>Calcio</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="31%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#000000" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4 COLOR="#0000ff"><P>Gris oscuro (Dark grey)</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="12%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#0000ff" HEIGHT=20>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[128,128,144]</TT></TD>
<TD WIDTH="19%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<FONT SIZE=4><P>808090</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#000000" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4 COLOR="#ff00ff"><P>Desconocido</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="31%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#000000" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4 COLOR="#ff00ff"><P>Rosa oscuro (Deep pink)</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="12%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff" HEIGHT=20>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="20%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[255,20,147]</TT></TD>
<TD WIDTH="19%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<FONT SIZE=4><P>FF1493</FONT></TD>
</TR>
</TABLE>
</CENTER></P>

<FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">Note que excepto para </FONT><B><TT>green</B></TT><FONT SIZE=4>, </FONT><B><TT>white</B></TT><FONT SIZE=4>, </FONT><B><TT>blue</B></TT><FONT SIZE=4>, y </FONT><B><TT>orange</B></TT><FONT SIZE=4>, estos nombres de color no son los especificados como "<B>Predefined colours</B>" en RasMol; Eso significa que solo pueden especificarse en una l&iacute;nea de &oacute;rdenes como tripletes RGB.</P>

<P>
En el esquema CPK de colores, RasMol intenta asignar un color a cada elemento de la tabla peri&oacute;dica a partir de una tabla de 16 colores (los c&oacute;digos de colores listados son solo una ayuda a la comprensi&oacute;n del mapa, pero no son usados por el programa RanMol): </P></FONT>
<P ALIGN="CENTER"><CENTER><TABLE BORDER CELLSPACING=1 CELLPADDING=2 WIDTH=674>
<TR><TD WIDTH="8%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<P ALIGN="CENTER"><B><FONT SIZE=4>Code</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">Nombre del color</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="15%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">Muestra</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">Valores RGB</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">Hexadecimal</B></FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="8%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P>LG</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Gris claro (Light Grey)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="15%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#c0c0c0" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[200,200,200]</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>C8C8C8</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="8%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P>SB</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Azul celeste (Sky Blue)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="15%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#0000ff" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[143,143,255]</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>8F8FFF</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="8%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P>R</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Rojo (Red)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="15%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff0000" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[240, 0, 0]</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>F00000</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="8%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P>Y</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Amarillo (Yellow)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="15%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffff00" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[255,200, 50]</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>FFC832</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="8%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P>W</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Blance (White)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="15%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[255,255,255]</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>FFFFFF</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="8%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P>Pk</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Rosa (Pink)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="15%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[255,192,203]</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>FFC0CB</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="8%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P>Go</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Amarillo dorado (Golden Rod)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="15%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffff00" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[218,165, 32]</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>DAA520</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="8%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P>Bl</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Azul (Blue)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="15%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#0000ff" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[ 0, 0,255]</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>0000FF</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="8%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P>Or</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Naranja (Orange)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="15%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffff00" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[255,165, 0]</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>FFA500</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="8%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P>DG</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Gris oscuro (Dark Grey)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="15%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#0000ff" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[128,128,144]</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>808090</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="8%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P>Br</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Casta&ntilde;o (Brown)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="15%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff0000" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[165, 42, 42]</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>A52A2A</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="8%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P>P</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Purpura (Purple)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="15%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[160, 32,240]</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>A020F0</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="8%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P>DP</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Deep Pink</B></TT></TD>
<TD WIDTH="15%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[255, 20,147]</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>FF1493</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="8%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P>G</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Verde (Green)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="15%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#00ff00" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[ 0,255, 0]</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>00FF00</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="8%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P>FB</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Rojo ladrillo (Fire Brick)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="15%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff0000" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[178, 34, 34]</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>B22222</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="8%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P>FG</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Verde arbol (Forest Green)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="15%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#008000" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[ 34,139, 34]</TT></TD>
<TD WIDTH="21%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>228B22</TT></TD>
</TR>
</TABLE>
</CENTER></P>

<P ALIGN="CENTER"></P>
<P ALIGN="CENTER"><CENTER><TABLE BORDER CELLSPACING=1 CELLPADDING=2>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<P ALIGN="CENTER"><B><FONT SIZE=4>1a</B></FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">2a</B></FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">3b</B></FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">4b</B></FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">5b</B></FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">6b</B></FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">7b</B></FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" COLSPAN=3>
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">8</B></FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">1b</B></FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">2b</B></FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">3a</B></FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">4a</B></FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">5a</B></FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">6a</B></FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">7a</B></FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">0</B></FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff">
<FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">H<BR>
1 W</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" COLSPAN=16>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">He<BR>
2 Pk</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff0000">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Li<BR>
3 FB</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Be<BR>
4 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" COLSPAN=10>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#00ff00">
<FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">B<BR>
5 G</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#c0c0c0">
<FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">C<BR>
6 LG</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#0000ff">
<FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">N<BR>
7 SB</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff0000">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">O<BR>
8 R</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffff00">
<FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">F<BR>
9 Go</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Ne<BR>
10 DP</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#0000ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#ffff00"><P ALIGN="CENTER">Na<BR>
11 Bl</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#008000">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Mg<BR>
12 FG</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" COLSPAN=10>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#0000ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Al<BR>
13 DG</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffff00">
<FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">Si<BR>
14 Go</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffff00">
<FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">P<BR>
15 Or</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffff00">
<FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">S<BR>
16 Y</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#00ff00">
<FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">Cl<BR>
17 G</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Ar<BR>
18 DP</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">K<BR>
19 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#0000ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Ca<BR>
20 DG</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Sc<BR>
21 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#0000ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Ti<BR>
22 DG</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">V<BR>
23 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#0000ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Cr<BR>
24 DG</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#0000ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Mn<BR>
25 DG</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffff00">
<FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">Fe<BR>
26 Or</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Co<BR>
27 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff0000">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Ni<BR>
28 Br</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff0000">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Cu<BR>
29 Br</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff0000">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Zn<BR>
30 Br</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Ga<BR>
31 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Ge<BR>
32 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">As<BR>
33 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Se<BR>
34 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff0000">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Br<BR>
35 Br</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Kr<BR>
36 DP</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Rb<BR>
37 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Sr<BR>
38 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Y<BR>
39 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Zr<BR>
40 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Nb<BR>
41 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Mo<BR>
42 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Tc<BR>
43 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Ru<BR>
44 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Rh<BR>
45 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Pd<BR>
46 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#0000ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Ag<BR>
47 DG</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Cd<BR>
48 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">In<BR>
49 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Sn<BR>
50 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Sb<BR>
51 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Te<BR>
52 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">I<BR>
53 P</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Xe<BR>
54 DP</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Cs<BR>
55 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffff00">
<FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">Ba<BR>
56 Or</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">La<BR>
57 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Hf<BR>
72 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Ta<BR>
73 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">W<BR>
74 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Re<BR>
75 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Os<BR>
76 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Ir<BR>
77 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Pt<BR>
78 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffff00">
<FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">Au<BR>
79 Go</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Hg<BR>
80 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Tl<BR>
81 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Pb<BR>
82 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Bi<BR>
83 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Po<BR>
84 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">At<BR>
85 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Rn<BR>
86 DP</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Fr<BR>
87 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Ra<BR>
88 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Ac<BR>
89 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">&lt;COLSPAN=15</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE" COLSPAN=18>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE" COLSPAN=18>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE" COLSPAN=2>
<FONT SIZE=2><P ALIGN="CENTER">Lanthinide<BR>
Series</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Ce<BR>
58 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Pr<BR>
59 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Nd<BR>
60 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Pm<BR>
61 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Sm<BR>
62 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Eu<BR>
63 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Gd<BR>
64 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Tb<BR>
65 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Dy<BR>
66 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Ho<BR>
67 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Er<BR>
68 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Tm<BR>
69 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Yb<BR>
70 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Lu<BR>
71 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" COLSPAN=2>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE" COLSPAN=2>
<FONT SIZE=2><P ALIGN="CENTER">Actinide<BR>
Series</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Th<BR>
90 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Pa<BR>
91 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">U<BR>
92 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Np<BR>
93 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Pu<BR>
94 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Am<BR>
95 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Cm<BR>
96 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Bk<BR>
97 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Cf<BR>
98 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Es<BR>
99 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Fm<BR>
100 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Md<BR>
101 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">No<BR>
102 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff">
<FONT SIZE=4 COLOR="#00ffff"><P ALIGN="CENTER">Lr<BR>
103 DP</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE" COLSPAN=2>
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
</TR>
</TABLE>
</CENTER></P>

<P ALIGN="CENTER"><!-- David Hackney (CMU) suggests: --><FONT SIZE=4>Para modelos de prote&iacute;nas y de &aacute;cido nucleicos de cristalograf&iacute;a de rayos X (<I>i.e.</I> sin hidr&oacute;genos) la visualizaci&oacute;n puede ser 'abrillantada' convirtiendo los &aacute;tomos de O, C, y N de los colores </FONT><B><TT>cpk</B></TT><FONT SIZE=4> que RasMol tiene por defecto, a rojo, blanco y azul verdaderos ("red, white, blue") usando el esquema de color predefinido de RasMol. Puede emplear la siguiente secuencia de &oacute;rdenes para conseguirlo: </P>
</FONT><B><PRE>
     select all
     select oxygen
     color red
     select carbon
     color white
     select nitrogen
     color blue
     select all</PRE>
</B><FONT SIZE=4><P>La extensi&oacute;n de esta idea puede extenderse a otros &aacute;tomos y esquemas de color. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="groupcolours"></P>
</FONT><H3>Colores Group</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
El esquema de color </FONT><B><TT>group</B></TT><FONT SIZE=4> colorea los residuos de acuerdo con su posici&oacute;n en una cadena macromolecular. Cada una de las cadenas aparece como un espectro desde el azul al rojo pasando por el verde, el amarillo y el naranja. Por tanto, el extremo N de la prote&iacute;na y el 5' del &aacute;cido nucleico ser&aacute;n rojos y los extremos C de la prote&iacute;na y 3' del &aacute;cido nucleico azules. Si una cadena contiene un gran n&uacute;mero de mol&eacute;culas hetero puede que la macromol&eacute;cula no aparezca en la "extensi&oacute;n" completa del espectro. El esquema grupo es accesible desde el men&uacute; colo de RasMol '</FONT><B><TT>Colours</B></TT><FONT SIZE=4>'. </P>

<P>
Si una cadena tiene muchas mol&eacute;culas heterog&eacute;neas asociadas, la macromol&eacute;cula no se representara con todo el rango de colores. Cuando RasMol colorea por grupo decide el rango de colores a usar a partir de los n&uacute;meros de los residuos en la PDB. El residuo de n&uacute;mero menor ser&aacute; azul, y el de mas alto rojo. Desgraciadamente si una prote&iacute;na contiene un gran n&uacute;mero de &aacute;tomos hetero, por ejemplo aguas, ocuparan los mas altos de los residuos num&eacute;ricos, y por tanto los colores mas pr&oacute;ximos al rojo, y la prote&iacute;na se visualiza en la zona verde-azul. Esto se ve agravado por que es frecuente que haya m&aacute;s mol&eacute;culas de agua que de residuos amino&aacute;cidos. La soluci&oacute;n es usar la orden </FONT><A HREF="#sethetero"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>set hetero off</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> antes de aplicar este esquema de colores. Tambi&eacute;n se puede conseguir lo mismo desactivando la opci&oacute;n <I>Hetero atoms</I> el en men&uacute; <I>Options</I> antes de seleccionar <I>Group</I> en el men&uacute; de <I>Colour</I>. Esta orden instruye a RasMol para usar solo residuos no hetero en la escala de colores de grupo.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="nmrmodelcolours"></P>
</FONT><H3>Colores NMR Model</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
El esquema de colores de RasMol '</FONT><B><TT>model</B></TT><FONT SIZE=4>' codifica cada NMR modelo con un color distinto. El n&uacute;mero de modelo NMR como un valor num&eacute;rico. Los valores altos se colorean en azul y los mas bajos en rojo. El mecanismo no es una regla fija, sino que se fijan los valores m&aacute;ximos y los intermedios se colorean por interpolaci&oacute;n. </P>
</FONT><P><HR></P>
<H3><A NAME="shapelycolours">Shapely Colours</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
El esquema de color </FONT><B><TT>shapely</B></TT><FONT SIZE=4> colorea los residuos de acuerdo con las propiedades del amino&aacute;cido. Este esquema se basa en los "Shapely Models" de Bob Fletterick. A cada amino&aacute;cido y &aacute;cido nucleico se le asigna un &uacute;nico color. El programa Raster3D de David Bacon tambi&eacute;n utiliza este esquema </FONT><B><TT>shapely</B></TT><FONT SIZE=4>. Es parecido al esquema de color </FONT><A HREF="#aminocolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>amino</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>.</P></FONT>
<P ALIGN="CENTER"><CENTER><TABLE BORDER CELLSPACING=1 CELLPADDING=2 WIDTH=731>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<P ALIGN="CENTER"><B><FONT SIZE=4>Residuos</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">Nombre del Color</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">Muestra</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">Valores RGB</B></FONT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<B><FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">Hexadecimal</B></FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>ALA</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Gris medio (Medium Green)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#00ff00" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[140,255,140]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>8CFF8C</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>GLY</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Blanco (White)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[255,255,255]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>FFFFFF</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>LEU</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Verde oliva (Olive Green)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#008000" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[ 69, 94, 69]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>455E45</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>SER</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Naranja medio (Medium Orange)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff0000" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[255,112, 66]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>FF7042</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>VAL</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Purpura claro (Light Purple)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[255,140,255]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>FF8CFF</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>THR</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Naranja oscuro (Dark Orange)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#800000" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[184, 76, 0]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>B84C00</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>LYS</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Azul real (Royal Blue)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#0000ff" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[ 71, 71,184]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>4747B8</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>ASP</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Rosa oscuro (Dark Rose)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#800080" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[160,0,66]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>A00042</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>ILE</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Verde oscuro (Dark Green)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#008000" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[ 0, 76, 0]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>004C00</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>ASN</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Salm&oacute;n claro (Light Salmon)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff0000" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[255,124,112]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>FF7C70</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>GLU</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Casta&ntilde;o oscuro (Dark Brown)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#800000" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[102, 0, 0]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>660000</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>PRO</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Gris oscuro (Dark Grey)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#808080" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[ 82, 82, 82]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>525252</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>ARG</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Azul oscuro (Dark Blue)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#000080" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[ 0, 0,124]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>00007C</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>PHE</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Gris oliva (Olive Grey)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#808080" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[ 83, 76, 66]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>534C42</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>GLN</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Salm&oacute;n claro (Dark Salmon)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff0000" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[255, 76, 76]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>FF4C4C</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>TYR</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Casta&ntilde;o medio (Medium Brown)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#808080" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[140,112,76]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>8C704C</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>HIS</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Azul medio (Medium Blue)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#0000ff" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[112,112,255]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>7070FF</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>CYS</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Amarillo medio (Medium Yellow)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffff00" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[255,255,112]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>FFFF70</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>MET</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Casta&ntilde;o claro (Light Brown)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffff00" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[184,160, 66]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>B8A042</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>TRP</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Casta&ntilde;o oliva (Olive Brown)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#808000" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[ 79, 70, 0]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>4F4600</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>ASX,GLX,PCA,HYP</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Purpura medio (Medium Purple)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[255, 0,255]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>FF00FF</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>A</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Azul claro (Light Blue)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#0000ff" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[160,160,255]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>A0A0FF</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>C</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Naranja claro (Light Orange)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff0000" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[255,140,75]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>FF8C4B</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>G</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Salmon medio (Medium Salmon)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff0000" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[255,112,112]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>FF7070</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>T</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Verde claro (Light Green)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#00ff00" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[160,255,160]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>A0FFA0</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Backbone</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Gris claro (Light Grey)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#c0c0c0" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[184,184,184]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>B8B8B8</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Special</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Purpura oscuro (Dark Purple)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#800080" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[ 94, 0, 94]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>5E005E</TT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Default</B></TT></TD>
<TD WIDTH="34%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ffffff" HEIGHT=20>
<B><TT><P>Purpura medio (Medium Purple)</B></TT></TD>
<TD WIDTH="13%" VALIGN="MIDDLE" BGCOLOR="#ff00ff" HEIGHT=20>
<TT><P>&nbsp;</TT></TD>
<TD WIDTH="18%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>[255, 0,255]</TT></TD>
<TD WIDTH="17%" VALIGN="MIDDLE" HEIGHT=20>
<TT><P>FF00FF</TT></TD>
</TR>
</TABLE>
</CENTER></P>


<P>
<HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="structurecolours"></P>
</FONT><H3>Colores Structure</A></H3>

<P>
&nbsp;</P>
<FONT SIZE=4><P>El esquema de RasMol '</FONT><B><TT>structure</B></TT><FONT SIZE=4>' colorea la mol&eacute;cula por estructura secundaria de la prote&iacute;na. Las alfa h&eacute;lices se colorean en magenta, [240,0,128], las hojas beta son coloreadas en amarillo, [255,255,0], los giros en azul p&aacute;lido, [96,128,255] y todos los dem&aacute;s residuos se ti&ntilde;en de blanco. La estructura secundaria o bien se lee del archivo PDB (registros HELIX, SHEET y TURN), si est&aacute;n disponibles, o determinados usando el algoritmo DSSP de Kabsch y Sander. La orden RasMol '</FONT><A HREF="#structure"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>structure</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>' puede usarse para forzar al programa a calcular con el algoritmo DSSP. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="temperaturecolours"></P>
</FONT><H3>Colores Temperature</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
El esquema de color RasMol </FONT><B><TT>temperature</B></TT><FONT SIZE=4> colorea los c&oacute;digos de cada &aacute;tomo de acuerdo con el valor de temperatura anis&oacute;tropo (beta) almacenado en el archivo PDB. Normalmente, proporciona una medida aproximada de la movilidad/incertidumbre de la posici&oacute;n de un &aacute;tomo determinado. Los valores m&aacute;s altos aparecen en colores m&aacute;s c&aacute;idos (rojo) y los m&aacute;s bajos en colores m&aacute;s fr&iacute;os (blue). Este aspecto sirve a menudo para asociar un valor "scale" (tales como la variabilidad de los amino&aacute;cidos en las mutantes v&iacute;ricas) a cada &aacute;tomo de un archivo PDB y colorea la mol&eacute;cula apropiadamente.</P>

<P>
La diferencia entre los esquemas de colores </FONT><B><TT>temperature</B></TT><FONT FACE="Courier New" SIZE=4> y </FONT><A HREF="#chargecolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>charge</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> consiste en que los valores de temperatura que aumentan van desde el azul al rojo; mientras que los valores de carga en aumento del rojo al azul.</P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="usercolours"></P>
</FONT><H3>Colores usuario</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
El esquema de colores </FONT><B><TT>user</B></TT><FONT SIZE=4> (usuario) de RasMol permite a este programa usar el esquema de colores almacenado en el archivo PDB. El color de cada &aacute;tomo esta guardado en los registros COLO del archivo de datos PDB. Esta convenci&oacute;n fue introducida por el programa de David Bacon Raster3D. <!--MZ inserted--></P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="hbondtypecolours"></P>
</FONT><H3>Colores HBond Type</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
El esquema de colores </FONT><B><TT>type</B></TT><FONT SIZE=4> (tipo) de RasMol es aplicable solo a enlaces por puente de hidrogeno, as&iacute; se usa en el comando "</FONT><B><TT>colour hbonds type</B></TT><FONT SIZE=4>". Este esquema de colores codifica cada enlace de acuerdo con la distancia entre aceptor y dador de hidr&oacute;geno. Este tipo de esquema de colores fue introducido por Belhadj-Mostefa y Milner-White. Esta representaci&oacute;n da una buena visi&oacute;n de la estructura secundaria de la prote&iacute;na (los puentes de hidr&oacute;geno que forman alfa h&eacute;lices aparecen rojos, los que forman hojas se visualizan amarillos y los de los giros magenta). </P>
</FONT><PRE>
    Distancia    Color    Triple
        +2      blanco    [255,255,255]
        +3      magenta   [255,0,255]
        +4      rojo      [255,0,0]
        +5      naranja   [255,165,0]
        -3      cian      [0,255,255]
        -4      verde     [0,255,0]
      defecto   amarillo  [255,255,0]</PRE>

<P>
<HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="potentialcolours"></P>
</FONT><H3>Colores Potencial</H3>
<FONT SIZE=4></A>

<P>
El esquema de color de</FONT><B><TT> potential</B></TT><FONT SIZE=4> (potencial) es aplicable solo a superficies de puntos, y as&iacute; es usado en la orden "</FONT><B><TT>colour dots potential</B></TT><FONT SIZE=4>" Este esquema de colores visualiza cada concurrencia como el potencial electrost&aacute;tico en un punto dado del espacio. Este potencial se calcula usando las leyes de Coulomb tomando el campo temperatura/carga del archivo de entrada, como la carga asociada a un &aacute;tomo. Esta es la misma interpretaci&oacute;n usada por la orden </FONT><A HREF="#chargecolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>colour charge</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>. Como en el esquema de color de carga </FONT><A HREF="#chargecolours"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>charge</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4> los valores bajos son azul/blanco y los altos rojos. La tabla que sigue muestra las asignaciones est&aacute;ticas de colores para un valor diel&eacute;ctrico constante de 10. </P>
</FONT><PRE>
     25 &lt; V          red       [255,0,0]
     10 &lt; V &lt;  25    orange    [255,165,0]
      3 &lt; V &lt;  10    yellow    [255,255,0]
      0 &lt; V &lt;   3    green     [0,255,0]
     -3 &lt; V &lt;   0    cyan      [0,255,255]
    -10 &lt; V &lt;   3    blue      [0,0,255]
    -25 &lt; V &lt; -10    purple    [160,32,240]
          V &lt; -25    white     [255,255,255]
</PRE>

<P>
<HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="aminoacidcodes"></P>
</FONT><H3>Amino Acid Codes</H3>
<FONT SIZE=4><P></A>La siguiente tabla resume los nombres y abreviaturas de 3 y una letra de los amino&aacute;cidos.</P></FONT>

<P>
<CENTER><TABLE BORDER CELLSPACING=1 CELLPADDING=2>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">

<P>
<FONT SIZE=4>Alanina</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>A </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>ALA </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Arginina </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>R </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>ARG </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Asparagina </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>N </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>ASN </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&Aacute;cido asp&aacute;rtico </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>D </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>ASP </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Cysteina </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>C </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>CYS </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&Auml;cido asp&aacute;rtico </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>E </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>GLU </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Glutamina </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Q </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>GLN </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Glicina </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>G </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>GLY </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Histidina</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>H </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>HIS </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Isoleucina </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>I </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>ILE </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Leucina</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>L </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>LEU </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Lisina </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>K </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>LYS </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Metionina </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>M </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>MET </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Fenilalanina </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>F </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>PHE </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Prolina </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>P </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>PRO </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Serina </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>S </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>SER </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Treonina</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>T </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>THR </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Triptofano </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>W </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>TRP </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Tirosina </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Y </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>TYR </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Valina</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>V </FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>VAL </FONT></TD>
</TR>
</TABLE>
</CENTER></P>


<P>
<HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="booleans"></P>
</FONT><H3>Booleanos</H3>
<FONT SIZE=4><P></A>Un par&aacute;metro booleano es un valor verdadero. Los valores booleanos 'true' (verdadero) y 'false' (falso), y sus sin&oacute;nimos 'on' y 'off'. Los valores booleanos se emplean com&uacute;nmente en RasMoll para activar o desactivar opciones de representaci&oacute;n </P>

<P>
<A NAME="chfile"></P>
</FONT><H2>&nbsp;</H2>

<P>
<HR></P>
<H2>Formatos de archivos</H2>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="proteindatabankfiles"></A>Protein Data Bank Files </A>Si usted no tiene la documentaci&oacute;n PDB, puede que encuentre &uacute;til el siguiente resumen del formato PDB. La base de datos Protein Data Bank is un archivo de datos de estructuras macromoleculares basado en ordenador. Fue establecido en 1971 por el Brookhaven National Laboratory, Upton, New York, como un dep&oacute;sito de dominio p&uacute;blico para estructuras cristalogr&aacute;ficas resueltas. El Bank usa un formato uniforme para almacenar coordenadas at&oacute;micas y una parte de la conectividad como es derivada de los estudios cristalogr&aacute;ficos. En 1999 el Protein Data Bank se desplaz&oacute; al Research Collaboratory for Structural Biology. Los archivos PDB consisten en registros 80 caracteres cada uno. Usando el modelo de tarjeta perforada, las columnas 1 a 6 contienen un identificador del tipo de registro, las columnas 7 a 70 contienen datos. En las entradas antiguas las columnas 71 a 80 estaban en blanco, aunque pod&iacute;an contener informaci&oacute;n secuencial a&ntilde;adida por bibliotecas de gesti&oacute;n de programas. En las entradas actuales que se hacen acordes al formato reformado de 1996, aparece otra informaci&oacute;n. Los primeros 4 caracteres del identificador de registro son suficientes para identificar el tipo de registro, de forma inambigua, y la sintaxis de cada registro es independiente del orden de los registros en cualquier entrada de cualquier macromol&eacute;cula. Los tipos de registros que interesan a RasMol son ATOM y HETATM que describen la posici&oacute;n de cada &aacute;tomo. Los registros ATOM/HETATM contienen los nombres est&aacute;ndar de los &aacute;tomos y las abreviaturas de los residuos, junto con identificadores de secuencia, las coordenadas est&aacute;n en unidades &Aring;ngstrom, y factores de ocupaci&oacute;n y de movimiento. Los detalles exactos se dan a continuaci&oacute;n el formato FORTRAN. La columna "fmt" indica el use del campo en los formatos diferentes formatos PDB, en los de 1992 y anteriores o el de 1996 y posteriores. FORMAT(6A1,I5,1X,A4,A1,A3,1X,A1,I4,A1,3X,3F8.3,2F6.2,1X,I3,2X,A4,2A2) </P></FONT>
<P ALIGN="CENTER"><CENTER><TABLE BORDER CELLSPACING=1 CELLPADDING=2>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<P ALIGN="CENTER"><FONT SIZE=4>Columna</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Contenido</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>fmt </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>1-6</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>'&Aacute;TOMO' o 'HETATM'</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Todos</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>7-11</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>N&uacute;mero de serie del &aacute;tomo (puede haber huecos)</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Todos</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>13-16</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Nombre del &aacute;tomo, en formato est&aacute;ndar IUPAC</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Todos </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>17</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Indicador de ubicaci&oacute;n alternativa indicado como A, B o C</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Todos </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>18-20</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Nombre del res&iacute;duo, en formato est&aacute;ndar IUPAC</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Todos </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>23-26</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Numero del residuo en la secuencia</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Todos </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>27</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>C&oacute;digo para inserciones de residuos (i.e. 66A &amp; 66B)</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Todos </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>31-38</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>coordenada X</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Todos </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>39-46</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>coordenada Y</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Todos </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>47-54</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>coordenada Z</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Todos </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>55-60</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Ocupaci&oacute;n</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Todos </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>61-66</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Factor de temperatura</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Todos </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>68-70</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Nota al pie</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>92 </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>73-76</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Identificador del segmento (justificado a la izquierda)</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>96 </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>77-78</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>S&iacute;mbolo del elemento (justificado a la derecha)</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>96 </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>79-80</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Carga del &aacute;tomo</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>96 </FONT></TD>
</TR>
</TABLE>
</CENTER></P>

<FONT SIZE=4><P>Los residuos se cuentan en orden desde el extremo amino en prote&iacute;nas, y a partir del extremo 5' en &aacute;cidos nucleicos. Si la secuencia es conocida, ciertos n&uacute;meros seriales de &aacute;tomos se pueden omitir para permitir la futura inserci&oacute;n de perdidos &aacute;tomos. En cada residuo, los &aacute;tomos se ordenan de forma est&aacute;ndar, empezando con el esqueleto (N-C-C-O en prote&iacute;nas) y procediendo a incrementar alej&aacute;ndonos del carbono alfa, a lo largo de la cadena lateral. Los registros HETATM se usan para definir modificaciones post-transduci&oacute;n y cofactores asociados con la mol&eacute;cula principal. Las grabaciones TER se interpretan como discontinuidades entre cadenas. Si estuvieran presentes, RasMol tambi&eacute;n inspecciona los registros HEADER, COMPND, HELIX, SHEET, TURN, CONECT, CRYST1, SCALE, MODEL, ENDMDL, EXPDTA y END. Informaci&oacute;n tal como en el nombre, c&oacute;digo de database, fecha de revisi&oacute;n y clasificaci&oacute;n de la mol&eacute;cula se extraen de los registros HEADER y COMPND, datos referentes a la estructura secundaria inicial se toman de los campos HELIX, SHEET y TURN, y el fin del archivo puede ser indicado por un registro END. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="rasmolinterpretationofpdbfields"></P>
</FONT><H3>Interpretaci&oacute;n por RasMol de los campos PDB.</H3>
<FONT SIZE=4><P></A>Los &aacute;tomos localizados en 9999.000, 9999.000, 9999.000 se asume que pseudo&aacute;tomos (de Insight) y son ignorados por RasMol. Los nombres at&oacute;micos que empiezan por ' Q' son asumidos como pseudo&aacute;tomos o marcadores de posici&oacute;n. Cuando un archivo de datos contiene una estructura NMR, puede contener m&uacute;ltiples conformaciones alternativas en un &uacute;nico archivo PDB delimitado por parejas de registros MODEL y ENDMDL. RasMol visualiza todos los modelos NMR contenidos en el archivo. Los nombres de residuos "CSH", "CYH" y "CSM" se consideran seud&oacute;nimos de cisteina "CYS". Los nombres "WAT", "H20", "SOL" y "TIP" se consideran sin&oacute;nimos de agua "HOH". El nombre de residuo "D20" es considerado agua pesada "DOD". El nombre de residuo "SUL" se considera i&oacute;n sulfato "SO4". El nombre de residuo "CPR" se considera cis-proline y se traduce como "PRO". El nombre "TRY"eis considerado un seud&oacute;nimo de tript&oacute;fano "TRP". RasMol usa los campos HETATM para definir los grupos predefinidos hetero, water, solvent y ligand. Cualquier grupo con el nombre "HOH", "DOD", "SO4" o "PO4" (o con una conexi&oacute;n alias a alguno de estos nombres por las reglas precedentes) se considera un disolvente y se interpreta que est&aacute; definido por un campo HETATM. RasMol solo respeta los registros de conectividad CONECT en los archivos PDB que contengan ,emos de 256 &aacute;tomos. Esto se explica con mas detalles en la secci&oacute;n donde se determina la conectividad de la mol&eacute;cula. Los registros CONECT que definen mas de un enlace se interpretan como especificadores del orden de enlace de ese enlace, i.e. un enlace que se especifica dos veces es un doble enlace y el que se especifica 3 o mas es un triple enlace. Esto no es parte del formato est&aacute;ndar PDB. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="pdbcolourschemespecification"></P>
</FONT><H3>Especificaci&oacute;n del esquema de color en PDBs </H3>
<FONT SIZE=4><P></A>RasMol tambi&eacute;n acepta tipos de registro COLO suplementarios en los archivos PDB. El formato del este registro fue introducido por el programa Raster3D de David Bacon para poder especificar un esquema de colores a la hora de hacer una presentaci&oacute;n de una mol&eacute;cula. Esta extensi&oacute;n no se soporta, actualmente, por el formato PDB. El registro COLO mantiene b&aacute;sicamente la misma informaci&oacute;n de los registros ATOM y HETATM descritos antes. Los colores se asignan a &aacute;tomos usando proceso de correlaci&oacute;n. El campo Mask se usa en el proceso de correspondencia como sigue. Primero RasMol lee y "recuerda" todos los registros ATOM, HETATM y COLO en el orden de entrada. Cuando el esquema de color es el definido por el usuario, RasMol va a trav&eacute;s de cada registro ATOM/HETATM por turno, y busca un registro COLO que encaje con todas las columnas desde 7 a 30. El primer registro COLO que se encuentra determina el color y el radio del &aacute;tomo. </P></FONT>
<P ALIGN="CENTER"><CENTER><TABLE BORDER CELLSPACING=1 CELLPADDING=2>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<P ALIGN="CENTER"><FONT SIZE=4>Columna</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Contenido </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>1-6</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>'COLOR' o 'COLOUR' </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>7-30</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Mask (descrito arriba) </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>31-38</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Componente rojo </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>39-46</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Componente verde </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>47-54</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Componente azul</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>55-60</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Radio de la esfera en &Aring;ngstroms </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>61-70</FONT></TD>
<TD VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Comentarios </FONT></TD>
</TR>
</TABLE>
</CENTER></P>

<FONT SIZE=4><P>Note se que los componentes rojo, verde y azul est&aacute;n en las mismas posiciones que los posiciones X, Y, y Z que componen un registro ATOM o HETA, y el radio de van der Waal ocupa el lugar de la ocupaci&oacute;n. Los componentes rojo, verde y azul deben estar en el rango de 0 a 1. Para que un registro COLO pueda suministrar las especificaciones de color y radio para uno o mas &aacute;tomos (e.g. basado en residuo, typo de &aacute;tomo, o cualquier otra criterio para que las etiquetas se coloquen en las columnas 7 a 30), un car&aacute;cter "sin sentido" ('don't-care') , el s&iacute;mbolo de sostenido o de n&uacute;mero "#" se emplea para eso. Si se encuentra en un registro COLO, encaja cualquier car&aacute;cter en la correspondiente columna en un registro ATOM/HETATM. El resto de los caracteres tambi&eacute;n deben encajar. Cuando un &aacute;tomo no coincide el registro COLO se visualiza en blanco. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="multiplenmrmodels"></P>
</FONT><H3>Modelos NMR Multiples</H3>
<FONT SIZE=4><P></A>RasMol carga todos los modelos NMR que hay en un archivo PDB sin importar que comando se use para abrir el archivo: '</FONT><A HREF="#load"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>load pdb &lt;nombre de archivo&gt;</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>' o '</FONT><A HREF="#load"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>load nmrpdb &lt;nombre de archivo&gt;</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>' Una vez que las distintas conformaciones de han cargado pueden ser manipuladas con las expresiones at&oacute;micas descritas en '</FONT><A HREF="#primitiveexpressions"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>Expresiones Primitivas</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>'. En particular, la orden '</FONT><A HREF="#restrict"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>restrict */1</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>' que restringe la visualizaci&oacute;n al primero de los modelos. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="cifandmmcifformatfiles"></P>
</FONT><H3>Formatos de archivos CIF y mmCIF </H3>
<FONT SIZE=4><P></A>CIF es el est&aacute;ndar de la IUCr para la presentaci&oacute;n de peque&ntilde;as mol&eacute;culas y mmCIF intenta que reemplace a los formatos de campo fijo PDB como herramienta de presentaci&oacute;n de macromol&eacute;culas. RasMol puede aceptar datos de cualquier de los dos formatos. Existen muchos sitios &uacute;tiles en la World Wide Web donde se encuentra informaci&oacute;n sobre herramientas y software relacionado con CIF, mmCIF y donde se pueden encontrar PDBs. Los que se mencionan buenos puntos de comienzo para la exploraci&oacute;n: La International Union of Crystallography (IUCr) suministra acceso a programas, diccionarios, documentaci&oacute;n y exposiciones de pol&iacute;tica relacionada con CIF y mmCIF en: IUCr, Chester, England (www.iucr.org/iucr-top/cif/) con muchos lugares espejo (mirrors). El Nucleic Acid Database Project suministra acceso a sus entradas as&iacute; como software y documentaci&oacute;n, con una p&aacute;gina sobre mmCIF que da acceso a diccionario y programas en la Rutgers University, New Jersey, USA (http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif) tambi&eacute;n con muchos espejos (mirror sites). Esta versi&oacute;n de RasMol restringe los valores de las etiquetas CIF y mmCIF esencialmente a las mismas convenciones que se usan en el formato PDB. As&iacute; los identificadores de cadena y de conformaciones alternativas se limitan a un solo car&aacute;cter, los nombres de &aacute;tomos a 4 caracteres, etc. RasMol interpreta las etiquetas CIF y mmCIF de la siguiente forma: </P></FONT>
<P ALIGN="CENTER"><CENTER><TABLE BORDER CELLSPACING=1 CELLPADDING=2 WIDTH=623>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<P ALIGN="CENTER"><FONT SIZE=4>Etiqueta mmCIF</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Etiqueta CIF</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Usada para: </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_struct_biol.details</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Info.classification </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_database_2.database_code</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Info.identcode </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_entry.id </FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_struct_biol.id</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_struct.title</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;Info.moleculename </FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_chemical_name_common </FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_chemical_name_systematic</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_chemical_name_mineral</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_symmetry.space_group_name_H-M</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_symmetry_space_group_name_H-M</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Info.spacegroup </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_cell.length_a</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_cell_length_a</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Info.cell </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_cell.length_b</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_cell_length_b</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_cell.length_c</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_cell_length_c</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_cell.angle_alpha</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_cell_angle_alpha</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_cell.angle_alpha</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_cell_angle_alpha</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_cell.angle_beta</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_cell_angle_beta</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_cell.angle_gamma</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_cell_angle_gamma</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_atom_sites_fract_tran_matrix_11</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Usada para computar coordenadas ortogonales </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>...</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>...</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_atom_sites.fract_transf_vector[1]</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_atom_sites_fract_tran_vector_1</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>...</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>...</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_atom_sites.cartn_transf_matrix[1][1]</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_atom_sites_cartn_tran_matrix_11</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Alternativa a la computaci&oacute;n de coordenadas ortogonales </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>...</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>...</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_atom_sites.cartn_transf_vector[1]</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_atom_sites_cartn_tran_vector_1</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>...</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>...</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_atom_site.cartn_x</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_atom_site_cartn_x</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>Coordenadas at&oacute;micas</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>...</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>...</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>or</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_atom_site.fract_x</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_atom_site_fract_x</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>...</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>...</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_struct_conn.id</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>enlaces</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>...</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_geom_bond.atom_site_id_1</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_geom_bond_atom_site_label_1</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>...</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>...</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_struct_conf.id</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>helices, plegamientos, giros</FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>_struct_sheet_range.id</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>...</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp; </FONT></TD>
</TR>
<TR><TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="35%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
<TD WIDTH="30%" VALIGN="MIDDLE">
<FONT SIZE=4><P>&nbsp;</FONT></TD>
</TR>
</TABLE>
</CENTER></P>

<FONT SIZE=4><P ALIGN="CENTER">&nbsp;</P>
<P ALIGN="CENTER">Una b&uacute;squeda de la etiqueta deseada se hace a trav&eacute;s de m&uacute;ltiples bloques de datos, as&iacute; un &uacute;nico conjunto de datos puede ser compuesto por m&uacute;ltiples bloques, pero m&uacute;ltiples conjuntos de datos pueden no estar&aacute; agrupados en el mismo archivo. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="chmacspec"></P>
</FONT><H2>Soporte Espec&iacute;fico de M&aacute;quina </H2>
<FONT SIZE=4><P></A>En las siguientes secciones se describe soporte espec&iacute;fico para '</FONT><A HREF="#monochromexwindowssupport"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>Monochrome X-Windows</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>', '</FONT><A HREF="#tcltkipcsupport"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>Tcl/Tk IPC</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>', '</FONT><A HREF="#unixsocketsbasedipc"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>UNIX sockets based IPC</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>', '</FONT><A HREF="#compilingraswinwithborlandandmetrowerks"><B><U><FONT COLOR="#0000ff"><TT>Compiling RasWin with Borland and MetroWerks</B></U></FONT></TT></A><FONT SIZE=4>'. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="monochromexwindowssupport"></P>
</FONT><H3>Soporte para X-Windows Monocromo</H3>
<FONT SIZE=4><P></A>RasMol soporta las muchas estaciones Unix monocromas que habitualmente se encuentran en instalaciones acad&eacute;micas, tales como low-end SUN y NCD X-terminales. La versi&oacute;n X11 de RasMol (cuando se compila en modo de 8 bit) ahora detecta visualizadores X-Windows blanco y negro y se activa de forma autom&aacute;tica. El uso de la activaci&oacute;n de errores en tiempo de ejecuci&oacute;n significa que todas las formas de visualizaci&oacute;n que est&aacute;n disponibles en RasMol son usables en modo monocromo. Para obtener los mejores resultados, los usuarios experimentados deber&iacute;an experimentar con el comando set ambient command para asegurarse del m&aacute;ximo contraste en las im&aacute;genes resultantes. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="tcltkipcsupport"></P>
</FONT><H3>Soporte para Tcl/Tk IPC</H3>
<FONT SIZE=4><P></A>La versi&oacute;n 4 def la librer&iacute;a gr&aacute;fica de Tk cambia el protocolo usado para comunicarse entre aplicaciones Tk. LA versi&oacute;n 2.6 de RasMol se modific&oacute; de tal forma que se pudiera comunicar tanto con el viejo como con el nuevo protocolo que soportaba la versi&oacute;n 2.5 de RasMol. Aunque las aplicaciones pueden, a trav&eacute;s de Tcl/Tk 3.x, comunicarse solo con otras aplicaciones 3.x applications y las de Tcl/Tk 4.x solo con otras aplicaciones 4.x, estos cambios permiten a RasMol comunicarse entre ambos procesos con ambos protocolos (potencialmente de forma concurrente). </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="unixsocketsbasedipc"></P>
</FONT><H3>Soporte para IPC basado en sockets UNIX</H3>
<FONT SIZE=4><P></A>La implementaci&oacute;n de RasMol para UNIX soporta
comunicaci&oacute;n estilo socket BSD. Un mecanismo de comunicaci&oacute;n se
est&aacute; desarrollando para VMS, Apple Macintosh y Microsoft Windows. Esto
podr&iacute;a llevar a RasMol a visualizar interact&iacute;vamente los
resultados de su computaci&oacute;n en un ordenador remoto. El actual protocolo
act&uacute;a como un servidor TCP/IP en el puerto 21069 tque ejecuta
l&iacute;neas de comandos hasta que el comando '<TT>exit</TT>' o '<TT>quit</TT>' se
teclea. Tla orden exit sale del servidor RasMol, el comando '<TT>quit</TT>'
simultaneamente desconecta la sesi&oacute;n y acaba la ejecuci&oacute;n de
RasMol. Esto se puede comprobar con el comando UNIX 'telnet &lt;hostname&gt;
21069'.</P>
</TT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="compilingraswinwithborlandandmetrowerks"></P>
</FONT><H3>Compilando RasWin con Borland y MetroWerks</H3>
<FONT SIZE=4><P></A>Un cierto n&uacute;mero de cambios se hicieron en el c&oacute;digo fuente entre las versiones 2.5 y 2.6 para permitir que la versi&oacute;n de RasMol para Microsoft Windows se pueda compilar con el compilador de Borland C/C++. Estos arreglos incluyen cambios en la librer&iacute;a est&aacute;ndar y c&oacute;digo especial para evitar un gazapo en fmemset. Posteriormente se a&ntilde;adieron mas cambios se hicieron en la transici&oacute;n de 2.6 a 2.7 para permitir la compilaci&oacute;n con los compiladores de MetroWerks. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="chbib"></P>
</FONT><H2>Bibliograf&iacute;a</H2>
<FONT SIZE=4><P><A NAME="moleculargraphics"></A>Molecular Graphics </A>


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[24] Sydney R. Hall, "The STAR File: a New Format for
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Computer Sciences, Vol. 31, 326-333, 1991. </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P>
<CENTER>
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</CENTER>
 </P>
</FONT><P><HR></P>
<FONT SIZE=4><P>Updated 21 de Abril de 2001.<BR>
Herbert J. Bernstein<BR>
Bernstein + Sons, 5 Brewster Lane, Bellport, NY 11713-2803, USA<BR>
</FONT><A HREF="mailto:yaya@bernstein-plus-sons.com"><FONT SIZE=4>yaya@bernstein-plus-sons.com</FONT></A><FONT SIZE=4><BR>
+1-631-286-1339</P></FONT></BODY>
</HTML>