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Folder: src
| .. (parent) | ||||
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | samtools | |
| d | rwxr-xr-x | 65 | tabix | |
| - | rw-r--r-- | 1,242 | BamFileIterator.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,787 | BamIterator.h | |
| - | rw-r--r-- | 6,001 | BamRangeIterator.h | |
| - | rw-r--r-- | 31 | Biostrings_stubs.c | |
| - | rw-r--r-- | 638 | GenomicPosition.h | |
| - | rw-r--r-- | 28 | IRanges_stubs.c | |
| - | rw-r--r-- | 265 | Makevars | |
| - | rw-r--r-- | 1,618 | Makevars.common | |
| - | rw-r--r-- | 826 | Makevars.win | |
| - | rw-r--r-- | 7,503 | PileupBuffer.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 7,163 | PileupBuffer.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,654 | PileupBufferShim.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,362 | PosCache.h | |
| - | rw-r--r-- | 530 | PosCacheColl.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 4,197 | PosCacheColl.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,828 | R_init_Rsamtools.c | |
| - | rw-r--r-- | 11,956 | ResultManager.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 4,706 | ResultManager.h | |
| - | rw-r--r-- | 30 | S4Vectors_stubs.c | |
| - | rw-r--r-- | 8,371 | Template.h | |
| - | rw-r--r-- | 28 | XVector_stubs.c | |
| - | rw-r--r-- | 1,608 | as_bam.c | |
| - | rw-r--r-- | 169 | as_bam.h | |
| - | rw-r--r-- | 13,137 | bam_data.c | |
| - | rw-r--r-- | 1,667 | bam_data.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,079 | bam_mate_iter.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 935 | bam_mate_iter.h | |
| - | rw-r--r-- | 5,213 | bambuffer.c | |
| - | rw-r--r-- | 857 | bambuffer.h | |
| - | rw-r--r-- | 8,451 | bamfile.c | |
| - | rw-r--r-- | 1,726 | bamfile.h | |
| - | rw-r--r-- | 16,131 | bcffile.c | |
| - | rw-r--r-- | 627 | bcffile.h | |
| - | rw-r--r-- | 654 | encode.c | |
| - | rw-r--r-- | 193 | encode.h | |
| - | rw-r--r-- | 5,319 | fafile.c | |
| - | rw-r--r-- | 522 | fafile.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,980 | idxstats.c | |
| - | rw-r--r-- | 109 | idxstats.h | |
| - | rw-r--r-- | 25,123 | io_sam.c | |
| - | rw-r--r-- | 1,737 | io_sam.h | |
| - | rw-r--r-- | 189 | pbuffer_wrapper.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 254 | pbuffer_wrapper.h | |
| - | rw-r--r-- | 6,498 | pileup.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 613 | pileup.h | |
| - | rw-r--r-- | 21,071 | pileupbam.c | |
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| - | rw-r--r-- | 1,083 | samtools_patch.c | |
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| - | rw-r--r-- | 8,689 | scan_bam_data.c | |
| - | rw-r--r-- | 911 | scan_bam_data.h | |
| - | rw-r--r-- | 10,567 | tabixfile.c | |
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| - | rw-r--r-- | 7,038 | tagfilter.c | |
| - | rw-r--r-- | 598 | tagfilter.h | |
| - | rw-r--r-- | 17,490 | utilities.c | |
| - | rw-r--r-- | 2,117 | utilities.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,933 | zip_compression.c | |
| - | rw-r--r-- | 152 | zip_compression.h |