HK40062687B - Noninvasive prenatal genotyping of fetal sex chromosomes - Google Patents

Claims (9)

1. Méthode pour déterminer si un foetus mâle d'une femme enceinte présente une mutation liée à l'X, la méthode comprenant :

   la réception de données provenant d'une pluralité de réactions, chacune impliquant une ou plusieurs molécules d'acide nucléique provenant d'un échantillon biologique, l'échantillon biologique incluant des molécules d'acide nucléique provenant de la femme enceinte et provenant du foetus mâle,

   dans laquelle la femme enceinte est homozygote pour un allèle à un locus sur le chromosome X, présente une mutation d'une amplification de l'allèle sur un chromosome X mutant, le chromosome X mutant ayant une copie normale de l'allèle au locus et une ou plusieurs copies supplémentaires de l'allèle, et présente un chromosome X normal ayant une copie normale de l'allèle au locus,

   dans laquelle les données incluent :

   un premier ensemble de données quantitatives indiquant une première quantité d'une jonction supplémentaire créée par l'une ou les plusieurs copies supplémentaires de l'allèle ; et

   un second ensemble de données quantitatives indiquant une seconde quantité d'une jonction normale créée par la copie normale de l'allèle sur les deux chromosomes X ;

   la détermination d'un paramètre à partir de la première quantité et de la seconde quantité, dans laquelle le paramètre représente une quantité relative entre les première et seconde quantités ;

   l'obtention d'un pourcentage Pf de molécules d'acide nucléique foetal dans l'échantillon biologique ;

   le calcul d'une première valeur limite pour déterminer si le foetus a hérité du chromosome X mutant, dans laquelle la première valeur limite est dérivée au moins d'une première proportion de n/(n+2-Pf), où n est le nombre de copies supplémentaires de l'allèle, n étant un nombre entier égal ou supérieur à un ;

   le calcul d'une seconde valeur limite pour déterminer si le foetus a hérité du chromosome X normal, dans laquelle la seconde valeur limite est dérivée au moins d'une seconde proportion de n(1-Pf)/[n+2-Pf(n+1)] ; et

   la comparaison du paramètre à au moins une des première et seconde valeurs limites pour déterminer une classification du fait que le foetus a hérité du chromosome X mutant ou du chromosome X normal.
2. Méthode de la revendication 1, dans laquelle le paramètre est comparé à la première valeur limite et à la seconde valeur limite.
3. Méthode d'une quelconque des revendications précédentes, dans laquelle les classifications incluent état de maladie, état de non-maladie, et non classifiable.
4. Méthode d'une quelconque des revendications précédentes, dans laquelle les réactions incluent une ou plusieurs quelconques de ce qui suit : réactions de séquençage, analyse optique, et hybridation à l'aide d'une sonde fluorescente, ou un séquençage nanopore.
5. Méthode d'une quelconque des revendications 1 à 3, dans laquelle une réaction est une réaction d'amplification.
6. Méthode de la revendication 5, dans laquelle les réactions incluent des réactions en chaîne de polymérase.
7. Méthode de la revendication 6, dans laquelle la concentration moyenne est inférieure à une molécule matrice par réaction, et dans laquelle une distribution Poisson est utilisée dans la détermination du pourcentage Pf de molécules d'acide nucléique foetal dans l'échantillon biologique.
8. Méthode d'une quelconque des revendications précédentes, dans laquelle l'échantillon biologique est du plasma ou du sérum provenant d'une femme enceinte.
9. Produit-programme d'ordinateur, comprenant un support non transitoire lisible par ordinateur stockant une pluralité d'instructions pour commander un processeur pour réaliser une opération, les instructions comprenant de quelconques des méthodes ci-dessus.