HK1227442B - Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations - Google Patents

Claims (10)

1. Verfahren zum Nachweis von einer, zwei, drei oder vier Kopie(n) eines fötalen Chromosoms 13, Chromosoms 18 und Chromosoms 21 oder Teilen davon in einer Probe, umfassend:

   (a) Kontaktieren einer Probe, die zirkulierende zellfreie Nukleinsäure einer menschlichen schwangeren Frau umfasst, die einen Fötus trägt, mit einem methylierungssensitiven Restriktionsenzym, wodurch gespaltene Nukleinsäure und nicht gespaltene Nukleinsäure generiert wird;

   (b) Bestimmung der Mengen eines jeden Zielpolynukleotids in Chromosom 13, Chromosom 18 und Chromosom 21 in der nicht gespaltenen Nukleinsäure nach (a) in einer einzigen Multiplexreaktion, wobei die Zielpolynukleotide die Chromosom 13-Polynukleotide der SEQ ID Nrn. 193-198, 200-204, 206, 208-210 und 212-215 sind; die Chromosom 18-Polynukleotide der SEQ ID Nrn. 216-218, 220-230 und 232 sind; und die Chromosom 21-Polynukleotide der SEQ ID Nrn. 234, 236, 238-240, 242-246, 248-253, 255 und 256 sind, wobei die einzige Multiplexreaktion das Kontaktieren der Nukleinsäure nach (a) umfasst mit

   (i) einer Sammlung von Primerpaaren, die spezifisch an die Zielpolynukleotide hybridisieren; und

   (ii) bekannten Mengen an Konkurrenzpolynukleotiden, wobei die Konkurrenzoligonukleotide Polynukleotide sind, die eine Nukleinsäuresequenz umfassen, die mit der ihrer korrespondierenden Zielnukleinsäure übereinstimmt, abgesehen von einer einzigen Nukleotidbasensubstitution in den Konkurrenzpoligonukleotiden, die die Konkurrenzoligonukleotide von den korrespondierenden Zielnukleinsäuren unterscheidet

   unter Amplifikationsbedingungen, wodurch Amplikone generiert werden, wobei die Amplikone weiter prozessiert werden, indem sie mit Verlängerungsoligonukleotiden unter Bedingungen kontaktiert werden, unter denen die Verlängerungsoligonukleotide sich an die Amplikone anlagern und durch ein oder mehrere Nukleotid(e) verlängert werden, wodurch Verlängerungsprodukte generiert werden; und

   (c) Quantifizierung, ausgehend von den Mengen der Verlängerungsprodukte, der Mengen der Zielpolynukleotide, einer, zwei, drei oder vier Kopie(n) des Chromosoms 13, Chromosoms 18 und Chromosoms 21 oder Teilen davon in dem Fötus.
2. Verfahren nach Anspruch 1, wobei die Mengen der Zielpolynukleotide mit einem Verfahren bestimmt werden, das Massenspektrometrie umfasst.
3. Verfahren nach Anspruch 2, wobei die Massenspektrometrie eine Matrix-Assistierte Laser-Desorption-Ionisierung (MALDI)-Massenspektrometrie ist.
4. Verfahren nach Anspruch 1, wobei die Mengen der Zielpolynukleotide mit einem Verfahren bestimmt werden, das Sequenzierung umfasst.
5. Verfahren nach Anspruch 1, wobei jedes Konkurrenzoligonukleotid ein Polynukleotid umfasst, ausgewählt aus den SEQ ID Nrn. 257, 258, 259, 260, 261, 262, 264, 265, 266, 267, 268, 270, 272, 273, 274, 276, 277, 278, 279, 280, 281, 282, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 291, 292, 293, 294, 296, 298, 300, 302, 303, 304, 306, 307, 308, 309, 310, 312, 313, 314, 315, 316, 317, 319, 320 oder Komplementären davon.
6. Verfahren nach Anspruch 5, wobei jedes Konkurrenzoligonukleotid ein Polynukleotid umfasst, ausgewählt aus den SEQ ID Nrn. 263, 269, 271, 275, 283, 295, 297, 299, 301, 305, 311, 318 oder Komplementären davon.
7. Verfahren nach Anspruch 1, wobei die Primer Polynukleotide der SEQ ID Nrn. 1, 65, 2, 66, 3, 67, 4, 68, 5, 69, 6, 70, 8, 72, 9, 73, 10, 74, 11, 75, 12, 76, 14, 78, 16, 80, 17, 81, 18, 82, 20, 84, 21, 85, 22, 86, 23, 87, 24, 88, 25, 89, 26, 90, 28, 92, 29, 93, 30, 94, 31, 95, 32, 96, 33, 97, 34, 98, 35, 99, 36, 100, 37, 101, 38, 102, 40, 104, 42, 106, 44, 108, 46, 110, 47, 111, 48, 112, 50, 114, 51, 115, 52, 116, 53, 117, 54, 118, 56, 120, 57, 121, 58, 122, 59, 123, 60, 124, 61, 125, 63, 127, 64, 128 oder Komplementäre davon umfassen.
8. Verfahren nach Anspruch 7, wobei die Primer Polynukleotide der SEQ ID Nrn. 7, 71, 13, 77, 15, 79, 19, 83, 27, 91, 39, 103, 41, 105, 43, 107, 45, 109, 49, 113, 55, 119, 62, 126 oder Komplementäre davon umfassen.
9. Verfahren nach Anspruch 1, wobei jedes der Verlängerungsoligonukleotide ein Polynukleotid umfasst, ausgewählt aus den SEQ ID Nrn. 257, 258, 259, 260, 261, 262, 264, 265, 266, 267, 268, 270, 272, 273, 274, 276, 277, 278, 279, 280, 281, 282, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 291, 292, 293, 294, 296, 298, 300, 302, 303, 304, 306, 307, 308, 309, 310, 312, 313, 314, 315, 316, 317, 319, 320 oder Komplementäre davon.
10. Verfahren nach Anspruch 9, wobei jedes der Verlängerungsoligonukleotide ein Polynukleotid umfasst, ausgewählt aus den SEQ ID Nrn. 263, 269, 271, 275, 283, 295, 297, 299, 301, 305, 311, 318 oder Komplementäre davon.