HK1193847B - Method for verifying bioassay samples - Google Patents

Claims (13)

1. Méthode de vérification de l'intégrité d'une multitude d'échantillons de source biologique comprenant des acides nucléiques génomiques et de détermination de la présence ou de l'absence d'au moins une anomalie chromosomique foetale dans chacun des échantillons de ladite multitude d'échantillons de source biologique, ladite méthode comprenant :

   (a) la combinaison d'un acide nucléique marqueur unique avec chacun des échantillons de ladite multitude d'échantillons de source biologique, où ladite multitude d'échantillons de source biologique est constituée d'échantillons de plasma ou de sang maternel qui comprennent de l'ADN foetal et maternel hors cellule, obtenant ainsi une multitude d'échantillons à marquage unique, chacun comprenant un mélange unique d'acides nucléiques génomiques et marqueurs ;

   (b) l'incorporation de séquences d'indexation distinctes dans lesdits acides nucléiques génomiques et marqueurs de chacun desdits échantillons à marquage unique, pour obtenir un mélange indexé à marquage unique d'acides nucléiques marqueurs indexés et d'échantillons indexés pour chacun des échantillons de ladite multitude d'échantillons de source ;

   (c) le séquençage parallèle à grande échelle d'une combinaison de mélanges indexés à marquage unique d'acides nucléiques indexés par séquençage multiplexé ; et

   (d) la détermination d'une correspondance entre la séquence dudit marqueur indexé et la séquence desdits acides nucléiques génomiques indexés obtenus dans l'étape (c) pour chacun desdits mélanges indexés à marquage unique d'acides nucléiques dans ladite combinaison et la séquence dudit acide nucléique marqueur unique de chacun desdits échantillons à marquage unique, vérifiant ainsi l'intégrité de chacun des échantillons de ladite multitude d'échantillons de source biologique,

   et la détermination de la présence ou de l'absence d'au moins une anomalie chromosomique foetale dans chacun des échantillons de ladite multitude d'échantillons indexés marqués.
2. Méthode selon la Revendication 1, comprenant en outre l'isolement dudit mélange unique d'acides nucléiques génomiques et marqueurs pour chacun des échantillons de ladite multitude d'échantillons.
3. Méthode selon l'une quelconque des revendications précédentes, où l'au moins une anomalie chromosomique foetale est :

   (i) choisie parmi une aneuploïdie chromosomique partielle, une aneuploïdie chromosomique complète et un polymorphisme ; ou

   (ii) associée à un trouble.
4. Méthode selon l'une quelconque des revendications précédentes, où ladite multitude d'échantillons de source est obtenue à partir de différentes femmes enceintes.
5. Méthode selon l'une quelconque des revendications précédentes, où (i) ledit acide nucléique marqueur est l'ADN ou l'un de ses analogues ; et/ou (ii) les molécules marqueurs uniques au sein d'un échantillon sont une combinaison de deux, trois, quatre, cinq, six, sept, huit, neuf, dix, quinze, vingt séquences différentes ou plus.
6. Méthode selon l'une quelconque des revendications précédentes, où l'identité d'un échantillon est vérifiée en utilisant une multitude de molécules d'acides nucléiques marqueurs comportant au moins deux, au moins trois, au moins quatre, au moins cinq, au moins six, au moins sept, au moins huit, au moins neuf, au moins dix, au moins 15, au moins 20, au moins 30, au moins 40, ou au moins 50 séquences différentes.
7. Méthode selon l'une quelconque des revendications 1 à 6, où les molécules d'acides nucléiques marqueurs sont ajoutées à des échantillons de source traitée ou partiellement traitée.
8. Méthode selon l'une quelconque des revendications 1 à 6, où les molécules d'acides nucléiques marqueurs sont ajoutées à un échantillon purifié.
9. Méthode selon l'une quelconque des revendications 1 à 8, où les molécules d'acides nucléiques marqueurs sont ajoutées à une fraction de l'échantillon.
10. Méthode selon l'une quelconque des revendications précédentes, où :

    (i) les molécules d'acides nucléiques marqueurs sont longues d'au moins 30 bp ;

    (ii) la longueur des acides nucléiques marqueurs peut atteindre 600 bp ;

    (iii) la longueur des acides nucléiques marqueurs est d'environ 150 bp, d'environ 160 bp, de 170 bp, d'environ 180 bp, d'environ 190 bp, ou d'environ 200 bp ;

    (iv) la longueur des acides nucléiques marqueurs est d'environ 170 bp ; ou

    (v) la longueur des acides nucléiques marqueurs est comprise entre environ 100 bp et 600 bp.
11. Méthode selon l'une quelconque des revendications précédentes, où les séquences d'indexation distinctes sont des séquences de bases distinctes d'environ 5, d'environ 10, d'environ 15, d'environ 20, d'environ 25 bases ou plus, qui sont ajoutées à l'extrémité 3' des acides nucléiques génomiques et marqueurs.
12. Méthode selon l'une quelconque des revendications précédentes, où ledit séquençage parallèle à grande échelle concerne des molécules de cfADN amplifié par clonage ou de molécules de cfADN uniques.
13. Méthode selon l'une quelconque des revendications précédentes, où ledit séquençage parallèle à grande échelle est :

    (a) un séquençage parallèle par synthèse à grande échelle ;

    (b) mis en oeuvre en utilisant un séquençage parallèle par ligature à grande échelle

    (c) un pyroséquençage parallèle à grande échelle ;

    (d) un séquençage par interrogation nucléotidique directe parallèle à grande échelle ; ou

    (e) un séquençage par semi-conducteurs ioniques.