HK1180010B

HK1180010B - Nucleic acid structure, method for producing complex using same, and screening method

Info

Publication number: HK1180010B
Application number: HK13107177.5A
Authority: HK
Inventors: Shotaro Tsuji; Makiko Tsuji; Takashi Ohtsu; Shintarou Katou; Jou Akitomi; Iwao Waga
Original assignee: Nec Solution Innovators, Ltd.; Shotaro Tsuji; Makiko Tsuji; Takashi Ohtsu
Priority date: 2010-04-01
Filing date: 2011-03-31
Publication date: 2015-05-15

Claims

Nukleinsäurekonstrukt, umfassend:
eine Klonierungsregion, in die eine kodierende Nukleinsäure eines beliebigen Peptids insertiert werden kann;

eine kodierende Nukleinsäure eines Peptid-Tag, wobei das Peptid-Tag ein Histidin-Tag ist; und

eine kodierende Nukleinsäure eines Aptamers, das an das Peptid-Tag binden kann;

wobei das Nukleinsäurekonstrukt zur Bildung eines Komplexes aus einem Fusionstranskript mit einer Basensequenz, die die kodierende Nukleinsäure des beliebigen Peptids, die codierende Nukleinsäure des Peptid-Tag und die kodierende Nukleinsäure des Aptamers umfaßt, und einem Fusionstranslationsprodukt, das das willkürliche Peptid und das Peptid-Tag umfaßt, dient.
Nukleinsäurekonstrukt nach Anspruch 1, wobei das Nukleinsäurekonstrukt fähig ist zur:
Transkription des Fusionstranskripts mit einer Basensequenz, die die kodierende Nukleinsäure des in die Klonierungsregion zu insertierenden beliebigen Peptids, die codierende Nukleinsäure des Peptid-Tag und die kodierende Nukleinsäure des Aptamers umfaßt; und

Translation des Fusionstranslationsprodukts, das das willkürliche Peptid und das Peptid-Tag umfaßt.
Nukleinsäurekonstrukt nach Anspruch 1 oder 2, wobei das Nukleinsäurekonstrukt ein Vektor ist.
Nukleinsäurekonstrukt nach Anspruch 3, wobei der Vektor ein Kälteschock-Expressionsvektor ist.
Nukleinsäurekonstrukt nach einem der Ansprüche 1 bis 3, wobei jede kodierende Nukleinsäure eines Peptid-Tag und jede kodierende Nukleinsäure der Aptamers DNA ist.
Nukleinsäurekonstrukt nach einem der Ansprüche 1 bis 5, wobei das Aptamer eine der folgenden Nukleinsäuren (a), (b), (c) und (d) ist:
(a) eine Nukleinsäure, die eine Basensequenz, dargestellt durch SEQ ID NO: 17, umfaßt:
GGUNnAYUmGGH (SEQ ID NO: 17),
wobei N A, G, C, U oder T darstellt, n von Nn die Anzahl von N darstellt, die eine ganze Zahl von 1 bis 3 ist, Y U, T oder C darstellt, m von Um die Anzahl von U darstellt, die eine ganze Zahl von 1 bis 3 ist, und H U, T, C oder A darstellt;

(b) einer Nukleinsäure, die eine Basensequenz umfaßt, die durch Substitution, Deletion, Addition oder Insertion von einer oder mehreren Basen in der in (a) gezeigten Basensequenz erhalten ist, und an das Histidin-Tag binden kann;

(c) einer Nukleinsäure, die eine Basensequenz, dargestellt durch SEQ ID NO: 18, umfaßt:
GGCGCCUUCGUGGAAUGUC (SEQ ID NO: 18);

(d) eine Nukleinsäure, die eine Basensequenz umfaßt, die durch Substitution, Deletion, Addition oder Insertion von einer oder mehreren Basen in der in (c) gezeigten Basensequenz erhalten ist, und an das Histidin-Tag binden kann.
Nukleinsäurekonstrukt nach Anspruch 6, wobei die Nukleinsäure (a) ist:
eine Nukleinsäure, die eine Basensequenz, dargestellt durch eine der SEQ ID NOs: 89 bis 104, umfaßt;

eine Nukleinsäure, die eine Basensequenz, dargestellt durch eine der SEQ ID NOs: 1 bis 16, umfaßt;

eine Nukleinsäure, die eine Basensequenz, dargestellt durch eine der SEQ ID NOs: 105 bis 114, 116 bis 124 und 127 bis 146, umfaßt;

eine Nukleinsäure, die eine Basensequenz, dargestellt durch eine der SEQ ID NOs: 26 bis 35, 37 bis 45, 65 bis 68, 19 bis 25 und 48 bis 56, umfaßt;

eine Nukleinsäure, die eine Basensequenz, dargestellt durch eine der SEQ ID NOs: 2, 12, 14, 15 und 55, umfaßt; oder

eine Nukleinsäure, die eine Basensequenz, dargestellt durch eine der SEQ ID NOs: 158 bis 2302 und 2303 bis 2312, umfaßt.
Nukleinsäurekonstrukt nach Anspruch 6, wobei die Nukleinsäure (a) eine Nukleinsäure ist, die eine Basensequenz, dargestellt durch SEQ ID NO: 147, umfaßt:
GGUNnAYUmGGHGCCUUCGUGGAAUGUC (SEQ ID NO: 147),
wobei N A, G, C, U oder T darstellt, n von Nn die Anzahl N darstellt, die eine ganze Zahl von 1 bis 3 ist, Y U, T oder C darstellt, m von Um die Anzahl von U darstellt, die eine ganze Zahl von 1 bis 3 ist, und H U, T, C oder A darstellt.
Nukleinsäurekonstrukt nach Anspruch 8, wobei die Basensequenz, darstellt durch SEQ ID NO: 147, eine Basensequenz, darstellt durch SEQ ID NO: 148, ist:
GGUAUAUUGGCGCCUUCGUGGAAUGUC (SEQ ID NO: 148).
Nukleinsäurekonstrukt nach Anspruch 6, wobei die Nukleinsäure (c) eine Nukleinsäure ist, die eine Basensequenz, darstellt durch eine der SEQ ID NOs: 2, 12, 14, 15 und 55, umfaßt.
Nukleinsäurekonstrukt nach einem der Ansprüche 1 bis 10, wobei die Anzahl der Histidine in dem Histidin-Tag 6 bis 10 beträgt.
Nukleinsäurekonstrukt nach einem der Ansprüche 1 bis 11, wobei das Nukleinsäurekonstrukt die kodierende Nukleinsäure eines Peptid-Tag an der 5'-Seite der Klonierungsregion umfaßt und die kodierende Nukleinsäure des Aptamers an der 3'-Seite der Klonierungsregion umfaßt.
Nukleinsäurekonstrukt nach einem der Ansprüche 1 bis 12, ferner umfassend eine kodierende Nukleinsäure des T7-Gen-Leader.
Nukleinsäurekonstrukt nach einem der Ansprüche 1 bis 13, wobei die kodierende Nukleinsäure des beliebigen Peptids in die Klonierungsregion insertiert ist.
Nukleinsäurekonstrukt nach einem der Ansprüche 1 bis 14, wobei das Nukleinsäurekonstrukt ein Screeningnukleinsäurekonstrukt zum Screenen eines Peptids ist, das an ein Ziel oder dessen kodierende Nukleinsäure binden kann.
Komplexbildungsverfahren zur Bildung eines Komplexes aus einem Fusionstranskript mit einer Basensequenz, die eine kodierende Nukleinsäure eines beliebigen Peptids, eine kodierende Nukleinsäure eines Peptid-Tag und eine kodierende Nukleinsäure eines Aptamers, das an das Peptid-Tag binden kann, umfaßt, und einem Fusionstranslationsprodukt, das das beliebige Peptid und das Peptid-Tag umfaßt, umfassend den Schritt des:
Exprimierens des Nukleinsäurekonstrukts nach einem der Ansprüche 1 bis 15, wobei das Nukleinsäurekonstrukt umfaßt:
eine Klonierungsregion, in die eine kodierenden Nukleinsäure eines beliebigen Peptids insertiert werden kann;

eine kodierende Nukleinsäure eines Peptid-Tag, wobei das Peptid-Tag ein Histidin-Tag ist; und

eine kodierende Nukleinsäure eines Aptamers, das an das Peptid-Tag binden kann;

wobei die kodierende Nukleinsäure des beliebigen Peptids in die Klonierungsregion insertiert ist.
Komplexbildungsverfahren nach Anspruch 16, wobei der Komplex in vivo gebildet wird.
Komplexbildungsverfahren nach Anspruch 16 oder 17, wobei das Nukleinsäurekonstrukt in vivo exprimiert wird.
Komplexbildungsverfahren nach einem der Ansprüche 16 bis 18, wobei das Nukleinsäurekonstrukt in einer lebenden Zelle exprimiert wird.
Komplexbildungsverfahren nach Anspruch 19, wobei die lebende Zelle Escherichia coli ist.
Komplexbildungsverfahren nach Anspruch 16, wobei der Komplex in vitro gebildet wird.
Komplexbildungsverfahren nach Anspruch 16 oder 21, wobei das Nukleinsäurekonstrukt in vitro exprimiert wird.
Komplexbildungsverfahren nach einem der Ansprüche 16 bis 22, wobei das Nukleinsäurekonstrukt ein Vektor ist.
Screeningverfahren zum Screenen eines Peptids, das an ein Ziel oder eine kodierende Nukleinsäure des Peptids bindet, umfassend die Schritte des:
(A) Bildens eines Komplexes durch das Komplexbildungsverfahren nach einem der Ansprüche 16 bis 23;

(B) Inkontaktbringens des Komplexes mit dem Ziel; und

(C) Gewinnens des Komplexes, der an das Target gebunden ist.
Screeningverfahren nach Anspruch 24, wobei in dem Schritt (B), das Ziel ein Ziel ist, das auf einer festen Phase immobilisiert ist.
Screeningverfahren nach Anspruch 24 oder 25, ferner umfassend den Schritt des:
(D) Synthetisierens der kodierenden Nukleinsäure des beliebigen Peptids unter Verwendung eines Transkripts der kodierenden Nukleinsäure des beliebigen Peptids in dem in Schritt (C) gewonnenen Komplexes als Templat.
Screeningverfahren nach Anspruch 26, wobei in dem Schritt (D) die kodierende Nukleinsäure des beliebigen Peptids durch eine Reverse Transkriptase-Polymerase-Kettenreaktion synthetisiert wird.
Screeningverfahren nach Anspruch 26 oder 27, wobei die in dem Schritt (D) erhaltene kodierende Nukleinsäure des beliebigen Peptids in die Klonierungsregion des Nukleinsäurekonstrukts nach einem der Ansprüche 1 bis 15 insertiert wird und die Schritte (A), (B) und (C) erneut durchgeführt werden.
Screeningverfahren nach Anspruch 28, wobei die Schritte (A), (B), (C) und (D) wiederholt durchgeführt werden.
Screeningverfahren nach einem der Ansprüche 26 bis 29, wobei eine Basensequenz der kodierenden Nukleinsäure des in Schritt (D) erhaltenen beliebigen Peptids bestimmt wird.
Screeningverfahren nach Anspruch 30, wobei eine Aminosäuresequenz des beliebigen Peptids, das an das Ziel binden kann, basierend auf der Basensequenz der kodierenden Nukleinsäure des beliebigen Peptids bestimmt wird.
Komplexbildungskit, das für das Komplexbildungsverfahren nach einem der Ansprüche 16 bis 23 verwendet wird, umfassend:
das Nukleinsäurekonstrukt nach einem der Ansprüche 1 bis 15.
Komplexbildungskit nach Anspruch 32, ferner umfassend eine lebende Zelle, die mit dem Nukleinsäurekonstrukt transfiziert wird.
Screeningkit, das für das Screeningverfahren nach einem der Ansprüche 24 bis 31 verwendet wird, umfassend:
das Nukleinsäurekonstrukt nach einem der Ansprüche 1 bis 15.
Screeningkit nach Anspruch 34, ferner umfassend eine lebende Zelle, die mit dem Nukleinsäurekonstrukt transfiziert wird.