HK1143191B - Methods and applications for target quantification - Google Patents

Claims (15)

1. Verfahren zum Quantifizierung eines Ziels in einer experimentellen Probe, umfassend:

   a) Bereitstellung:

   i) von Anfangssignaldaten umfassend ein Assay-Signalniveau, das in mehreren Zeitintervallen bei einer experimentellen Probe und mindestens zwei Standartkontrollproben, enthaltend eine bekannte Anzahl an Zielkopien die verschieden sind, detektiert wurde, wobei die Anfangssignaldaten als experimentelle Kurve und mindestens zwei Standartkontrollkurven gezeichnet werden können; und

   ii) einer Grenzwertsignallinie mit

   i) einem Anfangssignalwert zum Zeitpunkt Null, und

   ii) einem Grenzwertgefälle; wobei die Grenzwertsignallinie über den Hintergrundwerten liegt und die experimentelle Kurve und zwei oder mehr der mindestens zwei Standartkontrollkurven schneidet; und

   b) Verarbeitung der Anfangssignaldaten und der Grenzwertsignallinie um einen experimentellen Zeitintervallwert und mindestens zwei Standartkontrollzeitintervallwerte zu generieren;

   c) Verarbeitung der mindestens zwei Standartkontrollzeitintervallwerte und der bekannten Anzahl an Zielkopien um Log-Plot-Daten umfassend Koordinaten für einen log/log-Plot oder linearen/log-Plot der Zeitintervallwerte versus der bekannten Anzahl an Zielkopien zu generieren;

   d) Verarbeitung der Log-Plot-Daten um eine Steigungsgleichung zu generieren, die eine resultierende Steigung passend zu den Log-Plot-Daten beschreibt; und

   e) Verarbeitung des experimentellen Zeitintervallwerts mit der Steigungsgleichung um für die experimentelle Probe eine quantifizierbare Anzahl an Zielkopien zu generieren.
2. Verfahren nach Anspruch 1, wobei das Grenzwertgefälle Null ist oder wobei das Grenzwertgefälle negativ ist.
3. Verfahren nach Anspruch 1, wobei das Assay-Signalniveau durch ein Nukleinsäuredetektionsassay generiert wird, wobei das Nukleinsäuredetektionsassay vorzugsweise ein invasives Spaltungsassay umfasst.
4. Verfahren nach Anspruch 3, wobei das Nukleinsäuredetektionsassay unter isothermen Bedingungen durchgeführt wird.
5. Verfahren nach Anspruch 1, wobei das Ziel eine Nukleinsäuresequenz umfasst, wobei die Nukleinsäuresequenz vorzugsweise eine micro-RNA Sequenz oder siRNA Sequenz umfasst.
6. Verfahren zum Quantifizieren eines Ziels in einer experimentellen Probe, umfassend:

   a) Bereitstellung;

   i) einer Benutzeroberfläche die konfiguriert ist um Anfangssignaldaten zu erhalten, und

   ii) eines Computersystems mit einer darin gespeicherten Zielquantifizierungssoftwareanwendung, und

   b) Übertragung der Anfangssignaldaten von der Benutzeroberfläche auf das Computersystem, wobei die Anfangssignaldaten ein Assay-Signalniveau umfassen, das in mehreren Zeitintervallen bei einer experimentellen Probe und mindestens zwei Standartkontrollproben, enthaltend eine bekannte Anzahl an Zielkopien die verschieden sind, detektiert wurde, wobei die Anfangssignaldaten als experimentelle Kurve und mindestens zwei Standartkontrollkurven gezeichnet werden können;

   c) Verarbeitung der Signaldaten mit der Zielquantifizierungssoftwareanwendung, so dass die Zielquantifizierungssoftware:

   i) eine Grenzwertsignallinie generiert mit

   i) einem Anfangssignalwert zum Zeitpunkt Null, und

   ii) einem Grenzwertgefälle; wobei die Grenzwertsignallinie über den Hintergrundwerten liegt und die experimentelle Kurve und zwei oder mehr der mindestens zwei Standartkontrollkurven schneidet;

   ii) die Signaldaten und die Grenzwertsignallinie verarbeitet um einen experimentellen Zeitintervallwert und mindestens zwei Standartkontrollzeitintervallwerte zu generieren;

   iii) die mindestens zwei Standartkontrollzeitwerte und die bekannte Anzahl an Zielkopien verarbeitet um Log-Plot-Daten umfassend Koordinaten für einen log/log-Plot oder linearen/log-Plot der Zeitintervallwerte versus der bekannten Anzahl an Zielkopien zu generieren;

   iv) die Log-Plot-Daten verarbeitet um eine Steigungsgleichung zu generieren, die eine resultierende Steigung passend zu den Log-Plot-Daten beschreibt; und

   v) den experimentellen Zeitintervallwert mit der Steigungsgleichung verarbeitet um für die experimentelle Probe eine quantifizierbare Anzahl an Zielkopien zu generieren.
7. Verfahren nach Anspruch 6, wobei das Grenzwertgefälle Null ist oder wobei das Grenzwertgefälle negativ ist.
8. Verfahren nach Anspruch 6, wobei das Assay-Signalniveau durch ein Nukleinsäuredetektionsassay generiert wird.
9. Verfahren nach Anspruch 8, wobei das Nukleinsäuredetektionsassay ein invasives Spaltungsassay umfasst.
10. Verfahren nach Anspruch 8, wobei das Nukleinsäuredetektionsassay unter isothermen Bedingungen durchgeführt wird.
11. Verfahren nach Anspruch 6, wobei das Ziel eine Nukleinsäuresequenz umfasst, wobei die Nukleinsäuresequenz vorzugsweise eine micro-RNA Sequenz oder siRNA Sequenz umfasst.
12. System zum Quantifizieren eines Ziels in einer experimentellen Probe, umfassend:

    a) Vorrichtung, die konfiguriert ist um ein Assay-Signalniveau in mehreren Zeitintervallen bei einer experimentellen Probe und mindestens zwei Standartkontrollproben enthaltend eine bekannte Anzahl an Zielkopien die verschieden sind zu detektieren um Anfangssignaldaten zu generieren;

    b) Zielquantifizierungssoftwareanwendung, eingerichtet um:

    i) die Anfangssignaldaten zu verarbeiten um Signaldaten zu generieren, die als eine experimentelle Kurve und mindestens zwei Standartkontrollkurven gezeichnet werden können;

    ii) eine Grenzwertsignallinie zu generieren mit

    i) einem Anfangssignalwert zum Zeitpunkt Null, und

    ii) einem Grenzwertgefälle; wobei die Grenzwertsignallinie über den Hintergrundwerten liegt und die experimentelle Kurve und zwei oder mehr der mindestens zwei Standartkontrollkurven schneidet;

    iii) die Signaldaten und die Grenzwertsignallinie zu verarbeiten um einen experimentellen Zeitintervallwert und mindestens zwei Standartkontrollzeitintervallwerte zu generieren;

    iv) die mindestens zwei Standartkontrollzeitwerte und die bekannte Anzahl an Zielkopien zu verarbeiten um Log-Plot-Daten umfassend Koordinaten für einen log/log-Plot oder linearen/log-Plot der Zeitintervallwerte versus der bekannten Anzahl an Zielkopien zu generieren;

    v) die Log-Plot-Daten zu verarbeiten um eine Steigungsgleichung zu generieren, die eine resultierende Steigung passend zu den Log-Plot-Daten beschreibt; und

    vi) den experimentellen Zeitintervallwert mit der Steigungsgleichung zu verarbeiten um für die experimentelle Probe eine quantifizierbare Anzahl an Zielkopien zu generieren; und

    c) Computersystem mit einer darin gespeicherten Zielquantifizierungssoftwareanwendung, wobei das Computersystem einen Computerspeicher und einen Computerprozessor umfasst.
13. System nach Anspruch 12, wobei das Assay-Signalniveau durch ein Nukleinsäuredetektionsassay generiert wird, wobei das Nukleinsäuredetektionsassay vorzugsweise ein invasives Spaltungsassay umfasst.
14. System nach Anspruch 13, wobei das Nukleinsäuredetektionsassay eingerichtet ist um unter isothermen Bedingungen durchgeführt zu werden.
15. System nach Anspruch 12, wobei vorzugsweise das Ziel eine Nukleinsäuresequenz umfasst, wobei die Nukleinsäuresequenz vorzugsweise eine RNA oder DNA Sequenz umfasst.