HK1083345B - Process for producing dipeptides - Google Patents

Claims (14)

1. Procédé de production d'un dipeptide, qui comporte le fait de cultiver, dans un milieu, un microorganisme capable de produire une protéine dotée d'une activité de formation de dipeptide à partir d'acides aminés d'un ou de plusieurs types, laquelle protéine dotée d'une activité de formation de dipeptide à partir d'acides aminés d'un ou de plusieurs types est une protéine choisie parmi les protéines [1] à [11] suivantes :

   [1] une protéine dont la séquence d'acides aminés est l'une de celles qui sont présentées en tant que Séquences N° 1 à 8 ;

   [2] une protéine dont la séquence d'acides aminés est l'une de celles qui sont présentées en tant que Séquences N° 1 à 8, dans laquelle un ou plusieurs résidus d'acides aminés ont été supprimés, remplacés ou ajoutés, et qui est dotée d'une activité de formation de dipeptide à partir d'acides aminés d'un ou de plusieurs types ;

   [3] une protéine dont la séquence d'acides aminés est homologue, pour au moins 65 %, à l'une de celles qui sont présentées en tant que Séquences N° 1 à 8, et qui est dotée d'une activité de formation de dipeptide à partir d'acides aminés d'un ou de plusieurs types ;

   [4] une protéine dont la séquence d'acides aminés est homologue, pour au moins 80 %, à la séquence d'acides aminés présentée en tant que Séquence N° 17, et qui est dotée d'une activité de formation de dipeptide à partir d'acides aminés d'un ou de plusieurs types ;

   [5] une protéine dont la séquence d'acides aminés est l'une de celles qui sont présentées en tant que Séquences N° 37 ou 38 ;

   [6] une protéine dont la séquence d'acides aminés est l'une de celles qui sont présentées en tant que Séquences N° 37 ou 38, dans laquelle un ou plusieurs résidus d'acides aminés ont été supprimés, remplacés ou ajoutés, et qui est dotée d'une activité de formation de dipeptide à partir d'acides aminés d'un ou de plusieurs types ;

   [7] une protéine dont la séquence d'acides aminés est homologue, pour au moins 65 %, à l'une de celles qui sont présentées en tant que Séquences N° 37 ou 38, et qui est dotée d'une activité de formation de dipeptide à partir d'acides aminés d'un ou de plusieurs types ;

   [8] une protéine dotée d'une activité de peptide synthétase non ribosomique (ci-après appelée "NRPS") ;

   [9] une protéine dont la séquence d'acides aminés est celle qui est présentée en tant que Séquence N° 43 ;

   [10] une protéine dont la séquence d'acides aminés est celle qui est présentée en tant que Séquence N° 43, dans laquelle un ou plusieurs résidus d'acides aminés ont été supprimés, remplacés ou ajoutés, et qui est dotée d'une activité de formation de dipeptide à partir d'acides aminés d'un ou de plusieurs types ; et

   [11] une protéine dont la séquence d'acides aminés est homologue, pour au moins 65 %, à celle qui est présentée en tant que Séquence N° 43, et qui est dotée d'une activité de formation de dipeptide à partir d'acides aminés d'un ou de plusieurs types ; et pour lequel procédé ledit microorganisme a été génétiquement modifié de manière à pouvoir produire au moins l'un desdits acides aminés d'un ou de plusieurs types ; le fait de laisser le dipeptide se former et s'accumuler dans le milieu, et le fait de récupérer ce dipeptide en le séparant d'avec le milieu.
2. Procédé conforme à la revendication 1, dans lequel la protéine dotée d'une activité de formation de dipeptide à partir d'acides aminés d'un ou de plusieurs types est une protéine qui est codée par un ADN choisi parmi les ADN [1] à [8] suivants :

   [1] un ADN dont la séquence de nucléotides est l'une de celles qui sont présentées en tant que Séquences N° 9 à 16 et 36 ;

   [2] un ADN qui s'hybride, dans des conditions stringentes, avec un ADN dont la séquence de nucléotides est complémentaire de l'une de celles qui sont présentées en tant que Séquences N° 9 à 16 et 36, et qui code une protéine dotée d'une activité de formation de dipeptide à partir d'acides aminés d'un ou de plusieurs types ;

   [3] un ADN dont la séquence de nucléotides est homologue, pour au moins 80 %, à celle qui est présentée en tant que Séquence N° 18, et qui code une protéine dotée d'une activité de formation de dipeptide à partir d'acides aminés d'un ou de plusieurs types ;

   [4] un ADN dont la séquence de nucléotides est l'une de celles qui sont présentées en tant que Séquences N° 39 ou 40 ;

   [5] un ADN qui s'hybride, dans des conditions stringentes, avec un ADN dont la séquence de nucléotides est complémentaire de l'une de celles qui sont présentées en tant que Séquences N° 39 ou 40, et qui code une protéine dotée d'une activité de formation de dipeptide à partir d'acides aminés d'un ou de plusieurs types ;

   [6] un ADN qui code une protéine dotée d'une activité de peptide synthétase non-ribosomique (NRPS) ;

   [7] un ADN dont la séquence de nucléotides est celle qui est présentée en tant que Séquence N° 44 ; et

   [8] un ADN qui s'hybride, dans des conditions stringentes, avec un ADN dont la séquence de nucléotides est complémentaire de celle qui est présentée en tant que Séquence N° 44, et qui code une protéine dotée d'une activité de formation de dipeptide à partir d'acides aminés d'un ou de plusieurs types.
3. Procédé conforme à la revendication 1, dans lequel le microorganisme capable de produire une protéine dotée d'une activité de formation de dipeptide à partir d'acides aminés d'un ou de plusieurs types est un microorganisme qui héberge un ADN recombiné comprenant un ADN choisi dans l'ensemble des ADN [1] à [8] définis dans la revendication 2.
4. Procédé conforme à l'une des revendications 1 à 3, dans lequel la capacité à produire un acide aminé est conférée au microorganisme par application d'une méthode choisie parmi les méthodes [1] à [5] suivantes :

   [1] une méthode dans laquelle on fait en sorte qu'au moins l'un des mécanismes de régulation de la biosynthèse de cet acide aminé soit affaibli ou supprimé ;

   [2] une méthode dans laquelle on fait en sorte que l'expression d'au moins l'une des enzymes impliquées dans la biosynthèse de cet acide aminé soit renforcée ;

   [3] une méthode dans laquelle on fait en sorte que le nombre de copies d'au moins l'un des gènes d'enzymes impliquées dans la biosynthèse de cet acide aminé soit augmenté ;

   [4] une méthode dans laquelle on fait en sorte qu'au moins l'une des voies métaboliques qui dérivent de la voie de biosynthèse de cet acide aminé et qui mènent à la production de métabolites autres que cet acide aminé soit partiellement ou totalement bloquée ; et

   [5] une méthode dans laquelle on sélectionne une souche cellulaire qui est dotée d'une résistance à un analogue de cet acide aminé plus forte que celle d'une souche sauvage.
5. Procédé conforme à l'une des revendications 1 à 4, dans lequel le microorganisme est un microorganisme qui appartient à l'un des genres Escherichia, Corynebacterium, Bacillus, Serratia, Pseudomonas ou Streptomyces.
6. Procédé conforme à la revendication 5, dans lequel le microorganisme qui appartient à l'un des genres Escherichia, Corynebacterium, Bacillus, Serratia, Pseudomonas ou Streptomyces est l'un des suivants : Escherichia coli, Corynebacterium glutamicum, Corynebacterium ammoniagenes, Corynebacterium lactofermentum, Corynebacterium flavum, Corynebacterium efficiens, Bacillus subtilis, Bacillus megaterium, Serratia marcescens, Pseudomonas putida, Pseudomonas aeruginosa, Streptomyces coelicolor ou Streptomyces lividans.
7. Procédé conforme à l'une des revendications 1 à 4, dans lequel le microorganisme est un microorganisme chez lequel les activités de peptidases d'un ou plusieurs types et de protéines dotées d'une activité de perméation/transport de peptide (ci-après appelées "protéines de perméation/transport de peptide") d'un ou plusieurs types sont réduites ou perdues.
8. Procédé conforme à l'une des revendications 1 à 4, dans lequel le microorganisme est un microorganisme chez lequel les activités de peptidases de trois types ou plus sont réduites ou perdues.
9. Procédé conforme à la revendication 7 ou 8, dans lequel les peptidases sont des protéines dont la séquence d'acides aminés est l'une de celles qui sont présentées en tant que Séquences N° 45 à 48, ou des protéines dont la séquence d'acides aminés est homologue, pour au moins 80 %, à l'une de celles qui sont présentées en tant que Séquences N° 45 à 48, et qui sont dotées d'une activité de peptidase.
10. Procédé conforme à la revendication 7 ou 9, dans lequel les protéines de perméation/transport de peptide sont des protéines dont la séquence d'acides aminés est l'une de celles qui sont présentées en tant que Séquences N° 49 à 53, ou des protéines dont la séquence d'acides aminés est homologue, pour au moins 80 %, à l'une de celles qui sont présentées en tant que Séquences N° 49 à 53, et qui sont dotées d'une activité de perméation/transport de peptide.
11. Procédé conforme à l'une des revendications 7 à 10, dans lequel le microorganisme est un microorganisme qui appartient à l'un des genres Escherichia, Corynebacterium ou Bacillus.
12. Procédé conforme à la revendication 11, dans lequel le microorganisme qui appartient à l'un des genres Escherichia, Corynebacterium ou Bacillus est l'un des suivants : Escherichia coli, Corynebacterium glutamicum, Corynebacterium ammoniagenes, Corynebacterium lactofermentum, Corynebacterium flavum, Corynebacterium efficiens, Bacillus subtilis ou Bacillus menaterium.
13. Procédé conforme à l'une des revendications 1 à 12, dans lequel l'acide aminé est un acide aminé choisi dans l'ensemble constitué par les suivants : L-alanine, L-glutamine, acide L-glutamique, glycine, L-valine, L-leucine, L-isoleucine, L-proline, L-phénylalanine, L-tryptophane, L-méthionine, L-sérine, L-thréonine, L-cystéine, L-asparagine, L-tyrosine, L-lysine, L-arginine, L-histidine, acide L-aspartique, acide L-α-amino-butyrique, L-4-hydroxy-proline, L-3-hydroxy-proline, L-ornithine et L-citrulline.
14. Procédé conforme à l'une des revendications 1 à 13, dans lequel le dipeptide est un dipeptide représenté par la formule (I) :         R¹ - R² (I) dans laquelle R¹ et R² représentent des résidus d'acides aminés qui peuvent être identiques ou différents, chacun d'eux étant choisi dans l'ensemble constitué par les suivants : L-alanine, L-glutamine, acide L-glutamique, glycine, L-valine, L-leucine, L-isoleucine, L-proline, L-phénylalanine, L-tryptophane, L-méthionine, L-sérine, L-thréonine, L-cystéine, L-asparagine, L-tyrosine, L-lysine, L-arginine, L-histidine, acide L-aspartique, acide L-α-amino-butyrique, L-4-hydroxy-proline, L-3-hydroxy-proline, L-ornithine et L-citrulline.