Années 30, arrivée du nazisme au pouvoir en Allemagne. Les premiers improductifs (les handicapés) sont supprimés par le régime, gazés dans les douches des hôpitaux psychiatriques. Devant les réactions du Vatican, l'extermination est annulée en apparence. Mais celle des juifs va commencer. Années 40, seconde guerre mondiale. La machinerie nazie se met en route pour fonctionner à plein régime, jusqu'à la fin de la guerre et la défaite du parti de Hitler. Entre temps, profondément choqué par celle extermination, l'officier SS Gerstein, va s'acharner à sauver le plus de prisonniers possible, tout en essayant d'avertir le Pape Pie XII par l'intermédiaire d'un jeune jésuite, Ricardo Fontana.