Depois que sua família foi brutalmente atacada por uma gangue de assaltantes mascarados, Joe Higan é abordado pelos agentes do FBI Mike e Emma para ajudar a investigar o assassinato de sua esposa e filho.
Higan descobre que uma série de vítimas de assassinatos recentes eram todos ex-ninjas que tiveram seus disfarces descobertos. Higan vai atrás do chefe ninja e jura se vingar de sua esposa e filho mortos esmagando a organização.
Yamaji responde às perguntas de um de seus tenentes sobre a sobrevivência de Higan. Enquanto isso, Mike une forças com Higan e Emma para lançar sua própria investigação independente sobre o AUZA.
Um misterioso benfeitor avisa Higan que é impossível ele se infiltrar na cidade de AUZA sem ajuda. Enquanto isso, Mike e Emma saem do acidente com ferimentos leves e reiniciam a investigação sobre o AUZA e os ninjas.
Mike usa informações de Emma para localizar Jason, um ex-funcionário do AUZA. Em outro lugar, depois de ter sua primeira tentativa de se infiltrar na cidade de AUZA impedida por Zai, Higan fica sabendo de uma rota alternativa.
Aska salva Higan de uma condenação certa, e sua verdadeira identidade é revelada. Enquanto isso, Mike descobre que agora é procurado por sua própria agência, o FBI.
Quando Higan e Lil entram em combate, Higan atinge a sincronização completa com seu Gusoku Gear, conhecido como "Kamui". Depois disso, Yamaji finalmente ordena que Zai elimine Higan.
O CEO da AUZA sonha em assumir o controle total da infraestrutura de energia do país usando a organização ninja de Yamaji. Emma tem como objetivo pessoal impedi-los com a ajuda de Higan. Enquanto isso, Jason e Mike ainda estão fugindo.
Emma e Jason unem seus esforços para lançar um ataque de hackers ao AUZA, o que resulta na obtenção de informações ultrassecretas. Enquanto isso, Mike e Higan se defendem de um esquadrão de mercenários enviados pela AUZA para detê-los.
Higan lamenta a morte de Emma quando chega uma carta de Zai desafiando-o para um duelo. Mike e Jason querem divulgar ao público os dados que hackearam do AUZA.
Higan vence seu duelo contra Zai, mas não chega a matá-lo. Joseph envia seus mercenários para atacar o esconderijo dos ninjas depois de cortar seus laços com Yamaji.
Dilly segue suas ordens originais e protege Joseph, optando por lutar contra Yamaji. Higan recebe uma visita surpresa que lhe pede para acabar com as contradições do clã ninja. Enquanto isso, Mike é capturado nos escritórios do FBI.
