O estudante do ensino médio Jiro Yakuin faz par com Akari Watanabe, uma garota que o acha repulsivo no início, mas eles concordam em obter pontos suficientes para que possam trocar de parceiro com as pessoas de quem realmente gostam.
Renako, uma garota tímida, entra no ensino médio procurando amigos normais. Ela faz amizade com Mai, uma modelo confiante, mas os sentimentos românticos de Mai criam tensão.
Em 2209, um misterioso "Grande Reverso" invade a capital da Terra, desafiando as defesas. A antiga tripulação da Yamato se reúne em uma ordem secreta, embarcando em uma jornada perigosa enquanto um invasor desconhecido ameaça.
