Um menino de cinco anos desenvolve um relacionamento com Ponyo, uma jovem princesa peixinho dourado que deseja se tornar humana depois de se apaixonar por ele.
Marcada pelo Segundo Impacto, Tóquio III é atacada pelo Quarto Anjo, e o destino da humanidade fica nas mãos da agência especial NERV. O jovem Shinji Ikari é forçado a pilotar a EVA-01. Ele e Rei Ayanami, pilota da EVA-00, têm que lutar.
Misato e o grupo anti-NERV, WILLE, chegam a Paris, uma cidade vermelha em função dos núcleos. Enquanto isso, Shinji, Asuka e Rei perambulam pelo Japão.
Shinji acorda após 14 anos a bordo da AAA Wunder, que pertence a uma organização anti-NERV fundada por ex-membros da NERV. Ele descobre que salvar Rei desencadeou o Quase Terceiro Impacto, que causou danos catastróficos na Terra.
Na batalha para evitar o Terceiro Impacto apocalíptico, Shinji e Rei assumem a responsabilidade e carregam as esperanças da humanidade nos ombros de suas imponentes unidades Eva, com a ajuda de duas novas pilotos, Asuka e Mari.
