Después de que su familia fuera brutalmente atacada por una banda de asaltantes enmascarados, Joe Higan es abordado por los agentes del FBI Mike y Emma para que le ayuden a investigar el asesinato de su mujer y su hijo.
Higan se entera de que una serie de víctimas de asesinatos recientes eran antiguos ninjas que habían sido descubiertos. Higan persigue al jefe ninja y jura vengarse de la muerte de su mujer y su hijo acabando con la organización.
Yamaji responde a las preguntas de uno de sus lugartenientes sobre la supervivencia de Higan. Mientras tanto, Mike une fuerzas con Higan y Emma para lanzar su propia investigación independiente sobre AUZA.
Un misterioso benefactor advierte a Higan de que le es imposible infiltrarse en Ciudad AUZA sin ayuda. Mientras tanto, Mike y Emma salen del accidente con heridas leves y relanzan su investigación sobre AUZA y los ninjas.
Mike utiliza información de Emma para localizar a Jason, un ex empleado de Auza. Zai detuviera su primer intento de infiltrarse en Auza City, Higan descubre una ruta alternativa gracias al misterioso benefactor.
Aska rescata a Higan de una muerte segura y se desvela su verdadera identidad. Mientras tanto, Mike se entera de que ahora es buscado por su propia agencia, el FBI.
Higan y Lil se enzarzan en combate, Higan consigue una sincronización completa con su Gusoku Gear, conocido como "Kamui". Después, Yamaji ordena finalmente a Zai que elimine a Higan.
El director ejecutivo de Auza sueña con tomar el control total de la infraestructura energética del país utilizando la organización ninja de Yamaji. Emma trata de detenerlos con la ayuda de Higan. Jason y Mike siguen huyendo.
Emma y Jason combinan sus esfuerzos para lanzar un ataque contra Auza, lo que les permite obtener información de alto secreto. Mike y Higan se defienden de un escuadrón de mercenarios enviados por Auza para detenerlos.
Higan llora la muerte de Emma cuando llega una carta de Zai retándole a un duelo. Mike y Jason quieren hacer públicos los datos que han pirateado de AUZA.
Higan gana su duelo contra Zai, pero no lo mata. Joseph envía a sus mercenarios a atacar el escondite ninja tras cortar sus lazos con Yamaji. Mientras tanto, Mike descubre la clave para descifrar los datos que Emma dejó atrás.
Dilly sigue sus órdenes originales y protege a Joseph eligiendo luchar contra Yamaji. Higan recibe una visita que le ruega que ponga fin a las contradicciones del clan ninja. Mientras tanto, Mike ha sido capturado en las oficinas del FBI.