Tras abandonar su sueño de unirse a las Fuerzas de Defensa, el trabajo de Kafka Hibino consiste en deshacerse de los cadáveres de Kaiju. Los recuerdos de su amiga Mina Ashiro, capitana de la Fuerza, le persiguen.
Kafka es ahora miembro de las Fuerzas de Defensa, aunque no de pleno derecho. Pero Hoshina le dice que tiene tres meses para demostrar su valía antes de ser despedido.
Transformado en Kaiju para salvar a sus amigos, Kafka se enfrenta a Hoshina, quien lo ataca sin descanso. Se desarrolla una apasionante batalla mientras Kafka lucha por sobrevivir.
La base de Tachikawa sufre el devastador ataque aéreo de un poderoso Kaiju, lo que obliga a las Fuerzas de Defensa a enfrentarse a la monstruosa amenaza.