En una colonia penal, Nemo planea una fuga en el submarino que él mismo diseñó. Cuando se le ordena que se ponga en marcha antes de tiempo, parte con unos pocos prisioneros como tripulación; en su camino, chocan con un barco.
Cuando algunos miembros de la tripulación intentan salir del Nautilus y nadar hasta la orilla, son descubiertos por los emisarios de la compañía y obligados a retroceder. Ahora el Nautilus debe salir al mar para evitar la captura.
El capitán Nemo y su tripulación se ven obligados a hacer una parada en la isla de Karajan para obtener agua y suministros. Nemo descubre una verdad impactante y Humildad y la tripulación descubren quién es Nemo realmente.
El capitán Nemo y su hambrienta tripulación desembarcan en una isla desierta. Cuando Blaster desaparece, Nemo y Humildad se embarcan en una arriesgada misión de rescate, pero pronto se encuentran con una anguila eléctrica gigante.
Cuando aparece un misterioso resplandor rojo, la anguila gigante libera repentinamente el Nautilus, resulta ser una cadena de volcanes submarinos. Sin poder de dirección, el Nautilus continúa hundiéndose hacia la peligrosa lava.
Los volcanes submarinos resultan revelar una pista sobre la legendaria ciudad submarina de Atlantis. Un pequeño grupo va a explorar y encuentra lo que parece ser un antiguo puesto avanzado de la civilización perdida.
Una audaz batalla entre naves de la Compañía Dreadnought y el Nautilus los deja varados en el hielo ártico, forzando una tregua tensa. Nemo encuentra un amigo del pasado y lo estremecen revelaciones sobre su padre.
Tras poner Nemo en peligro a la tripulación, lo encierran y nombran a Boniface capitán. En el polo magnético surgen problemas y Nemo debe reunificar su tripulación.
Con el nuevo objetivo -derrocar a la Compañía- la tripulación difunde rumores de que la compañía está a punto de caer. El precio de las acciones baja bruscamente y la Compañía llama a todos los propietarios a una reunión.
