Die Menschheit wurde durch die unbekannten Lebensformen Gadoll an den Rand des Aussterbens getrieben. Bis eines Tages Natsume, ein Mädchen, das davon träumt, Kriegerin zu werden, auf Kaburagi, einen Rüstungsmechaniker, trifft.
Tsunehiro hat nur noch zwei Jahre zu leben, aber als er zwei begeisterte Fischer, Hana und Takaki, kennenlernt, erwachen sein Interesse und sein Wille wieder.
Since the episodes of FLCL: Alternative, people are once again living their ordinary lives. Meanwhile, two frustrated teenagers hope for a major change.
Der junge Ingenieur Tetsurou Okino wird mit dem neuen, von ihm selbst entwickelten Roboter Bullbuster zu einer Ungeziefervernichtungsfirma namens Hato Industries versetzt.
