Quando tre diversi animali vengono infettati da un pericoloso agente patogeno, un primatologo e un genetista si uniscono per impedirli di distruggere Chicago.
Dopo avere lasciato il Joker, Harley Quinn e altre tre super-eroine decidono di unire le forze per salvare la vita di una giovane (Cassandra Cain) nelle mani di un super criminale.
La città umana di Zion si difende dall'enorme invasione delle macchine mentre Neo combatte per porre fine alla guerra su un altro fronte e contrasta inoltre l'agente Smith.
